src/gdcmFile.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: gdcmFile.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/02/02 17:47:56 $
   7   Version:   $Revision: 1.209 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 //
  20 // --------------  Remember ! ----------------------------------
  21 //
  22 // Image Position Patient                              (0020,0032):
  23 // If not found (ACR_NEMA) we try Image Position       (0020,0030)
  24 // If not found (ACR-NEMA), we consider Slice Location (0020,1041)
  25 //                                   or Location       (0020,0050)
  26 // as the Z coordinate,
  27 // 0. for all the coordinates if nothing is found
  28 //
  29 // ---------------------------------------------------------------
  30 //
  31 #include "gdcmFile.h"
  32 #include "gdcmGlobal.h"
  33 #include "gdcmUtil.h"
  34 #include "gdcmDebug.h"
  35 #include "gdcmTS.h"
  36 #include "gdcmValEntry.h"
  37 #include "gdcmBinEntry.h"
  38 #include "gdcmRLEFramesInfo.h"
  39 #include "gdcmJPEGFragmentsInfo.h"
  40
  41 #include <stdio.h> //sscanf
  42 #include <vector>
  43
  44 namespace gdcm
  45 {
  46 //-----------------------------------------------------------------------------
  47 // Constructor / Destructor
  48 /**
  49  * \brief  Constructor
  50  * @param  filename name of the file whose header we want to analyze
  51  */
  52 File::File( std::string const &filename )
  53      :Document( filename )
  54 {
  55    RLEInfo  = new RLEFramesInfo;
  56    JPEGInfo = new JPEGFragmentsInfo;
  57
  58    // for some ACR-NEMA images GrPixel, NumPixel is *not* 7fe0,0010
  59    // We may encounter the 'RETired' (0x0028, 0x0200) tag
  60    // (Image Location") . This entry contains the number of
  61    // the group that contains the pixel data (hence the "Pixel Data"
  62    // is found by indirection through the "Image Location").
  63    // Inside the group pointed by "Image Location" the searched element
  64    // is conventionally the element 0x0010 (when the norm is respected).
  65    // When the "Image Location" is missing we default to group 0x7fe0.
  66    // Note: this IS the right place for the code
  67
  68    // Image Location
  69    const std::string &imgLocation = GetEntryValue(0x0028, 0x0200);
  70    if ( imgLocation == GDCM_UNFOUND )
  71    {
  72       // default value
  73       GrPixel = 0x7fe0;
  74    }
  75    else
  76    {
  77       GrPixel = (uint16_t) atoi( imgLocation.c_str() );
  78    }
  79
  80    // sometimes Image Location value doesn't follow
  81    // the supposed processor endianness.
  82    // see gdcmData/cr172241.dcm
  83    if ( GrPixel == 0xe07f )
  84    {
  85       GrPixel = 0x7fe0;
  86    }
  87
  88    if ( GrPixel != 0x7fe0 )
  89    {
  90       // This is a kludge for old dirty Philips imager.
  91       NumPixel = 0x1010;
  92    }
  93    else
  94    {
  95       NumPixel = 0x0010;
  96    }
  97
  98    // Now, we know GrPixel and NumPixel.
  99    // Let's create a VirtualDictEntry to allow a further VR modification
 100    // and force VR to match with BitsAllocated.
 101    DocEntry *entry = GetDocEntry(GrPixel, NumPixel);
 102    if ( entry != 0 )
 103    {
 104       // Compute the RLE or JPEG info
 105       OpenFile();
 106       std::string ts = GetTransferSyntax();
 107       Fp->seekg( entry->GetOffset(), std::ios::beg );
 108       if ( Global::GetTS()->IsRLELossless(ts) )
 109          ComputeRLEInfo();
 110       else if ( Global::GetTS()->IsJPEG(ts) )
 111          ComputeJPEGFragmentInfo();
 112       CloseFile();
 113
 114       // Create a new BinEntry to change the the DictEntry
 115       // The changed DictEntry will have
 116       // - a correct PixelVR OB or OW)
 117       // - a VM to "PXL"
 118       // - the name to "Pixel Data"
 119       BinEntry *oldEntry = dynamic_cast<BinEntry *>(entry);
 120       if(oldEntry)
 121       {
 122          std::string PixelVR;
 123          // 8 bits allocated is a 'O Bytes' , as well as 24 (old ACR-NEMA RGB)
 124          // more than 8 (i.e 12, 16) is a 'O Words'
 125          if ( GetBitsAllocated() == 8 || GetBitsAllocated() == 24 )
 126             PixelVR = "OB";
 127          else
 128             PixelVR = "OW";
 129
 130          // Change only made if usefull
 131          if( PixelVR != oldEntry->GetVR() )
 132          {
 133             DictEntry* newDict = NewVirtualDictEntry(GrPixel,NumPixel,
 134                                                      PixelVR,"1","Pixel Data");
 135
 136             BinEntry *newEntry = new BinEntry(newDict);
 137             newEntry->Copy(entry);
 138             newEntry->SetBinArea(oldEntry->GetBinArea(),oldEntry->IsSelfArea());
 139             oldEntry->SetSelfArea(false);
 140
 141             RemoveEntry(oldEntry);
 142             AddEntry(newEntry);
 143          }
 144       }
 145    }
 146 }
 147
 148 /**
 149  * \brief Constructor used when we want to generate dicom files from scratch
 150  */
 151 File::File():
 152    Document()
 153 {
 154    RLEInfo  = new RLEFramesInfo;
 155    JPEGInfo = new JPEGFragmentsInfo;
 156    InitializeDefaultFile();
 157 }
 158
 159 /**
 160  * \brief   Canonical destructor.
 161  */
 162 File::~File ()
 163 {
 164    if( RLEInfo )
 165       delete RLEInfo;
 166    if( JPEGInfo )
 167       delete JPEGInfo;
 168 }
 169
 170 //-----------------------------------------------------------------------------
 171 // Public
 172 /**
 173  * \brief  This predicate, based on hopefully reasonable heuristics,
 174  *         decides whether or not the current File was properly parsed
 175  *         and contains the mandatory information for being considered as
 176  *         a well formed and usable Dicom/Acr File.
 177  * @return true when File is the one of a reasonable Dicom/Acr file,
 178  *         false otherwise.
 179  */
 180 bool File::IsReadable()
 181 {
 182    if( !Document::IsReadable() )
 183    {
 184       return false;
 185    }
 186
 187    const std::string &res = GetEntryValue(0x0028, 0x0005);
 188    if ( res != GDCM_UNFOUND && atoi(res.c_str()) > 4 )
 189    {
 190       return false; // Image Dimensions
 191    }
 192    if ( !GetDocEntry(0x0028, 0x0100) )
 193    {
 194       return false; // "Bits Allocated"
 195    }
 196    if ( !GetDocEntry(0x0028, 0x0101) )
 197    {
 198       return false; // "Bits Stored"
 199    }
 200    if ( !GetDocEntry(0x0028, 0x0102) )
 201    {
 202       return false; // "High Bit"
 203    }
 204    if ( !GetDocEntry(0x0028, 0x0103) )
 205    {
 206       return false; // "Pixel Representation" i.e. 'Sign'
 207    }
 208
 209    return true;
 210 }
 211
 212 /**
 213  * \brief gets the info from 0020,0013 : Image Number else 0.
 214  * @return image number
 215  */
 216 int File::GetImageNumber()
 217 {
 218    // The function i atoi() takes the address of an area of memory as
 219    // parameter and converts the string stored at that location to an integer
 220    // using the external decimal to internal binary conversion rules. This may
 221    // be preferable to sscanf() since atoi() is a much smaller, simpler and
 222    // faster function. sscanf() can do all possible conversions whereas
 223    // atoi() can only do single decimal integer conversions.
 224    //0020 0013 IS REL Image Number
 225    std::string strImNumber = GetEntryValue(0x0020,0x0013);
 226    if ( strImNumber != GDCM_UNFOUND )
 227    {
 228       return atoi( strImNumber.c_str() );
 229    }
 230    return 0;   //Hopeless
 231 }
 232
 233 /**
 234  * \brief gets the info from 0008,0060 : Modality
 235  * @return Modality Type
 236  */
 237 ModalityType File::GetModality()
 238 {
 239    // 0008 0060 CS ID Modality
 240    std::string strModality = GetEntryValue(0x0008,0x0060);
 241    if ( strModality != GDCM_UNFOUND )
 242    {
 243            if ( strModality.find("AU") < strModality.length()) return AU;
 244       else if ( strModality.find("AS") < strModality.length()) return AS;
 245       else if ( strModality.find("BI") < strModality.length()) return BI;
 246       else if ( strModality.find("CF") < strModality.length()) return CF;
 247       else if ( strModality.find("CP") < strModality.length()) return CP;
 248       else if ( strModality.find("CR") < strModality.length()) return CR;
 249       else if ( strModality.find("CT") < strModality.length()) return CT;
 250       else if ( strModality.find("CS") < strModality.length()) return CS;
 251       else if ( strModality.find("DD") < strModality.length()) return DD;
 252       else if ( strModality.find("DF") < strModality.length()) return DF;
 253       else if ( strModality.find("DG") < strModality.length()) return DG;
 254       else if ( strModality.find("DM") < strModality.length()) return DM;
 255       else if ( strModality.find("DS") < strModality.length()) return DS;
 256       else if ( strModality.find("DX") < strModality.length()) return DX;
 257       else if ( strModality.find("ECG") < strModality.length()) return ECG;
 258       else if ( strModality.find("EPS") < strModality.length()) return EPS;
 259       else if ( strModality.find("FA") < strModality.length()) return FA;
 260       else if ( strModality.find("FS") < strModality.length()) return FS;
 261       else if ( strModality.find("HC") < strModality.length()) return HC;
 262       else if ( strModality.find("HD") < strModality.length()) return HD;
 263       else if ( strModality.find("LP") < strModality.length()) return LP;
 264       else if ( strModality.find("LS") < strModality.length()) return LS;
 265       else if ( strModality.find("MA") < strModality.length()) return MA;
 266       else if ( strModality.find("MR") < strModality.length()) return MR;
 267       else if ( strModality.find("NM") < strModality.length()) return NM;
 268       else if ( strModality.find("OT") < strModality.length()) return OT;
 269       else if ( strModality.find("PT") < strModality.length()) return PT;
 270       else if ( strModality.find("RF") < strModality.length()) return RF;
 271       else if ( strModality.find("RG") < strModality.length()) return RG;
 272       else if ( strModality.find("RTDOSE")   < strModality.length()) return RTDOSE;
 273       else if ( strModality.find("RTIMAGE")  < strModality.length()) return RTIMAGE;
 274       else if ( strModality.find("RTPLAN")   < strModality.length()) return RTPLAN;
 275       else if ( strModality.find("RTSTRUCT") < strModality.length()) return RTSTRUCT;
 276       else if ( strModality.find("SM") < strModality.length()) return SM;
 277       else if ( strModality.find("ST") < strModality.length()) return ST;
 278       else if ( strModality.find("TG") < strModality.length()) return TG;
 279       else if ( strModality.find("US") < strModality.length()) return US;
 280       else if ( strModality.find("VF") < strModality.length()) return VF;
 281       else if ( strModality.find("XA") < strModality.length()) return XA;
 282       else if ( strModality.find("XC") < strModality.length()) return XC;
 283
 284       else
 285       {
 286          /// \todo throw error return value ???
 287          /// specified <> unknown in our database
 288          return Unknow;
 289       }
 290    }
 291
 292    return Unknow;
 293 }
 294
 295 /**
 296  * \brief   Retrieve the number of columns of image.
 297  * @return  The encountered size when found, 0 by default.
 298  *          0 means the file is NOT USABLE. The caller will have to check
 299  */
 300 int File::GetXSize()
 301 {
 302    const std::string &strSize = GetEntryValue(0x0028,0x0011);
 303    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 304    {
 305       return 0;
 306    }
 307
 308    return atoi( strSize.c_str() );
 309 }
 310
 311 /**
 312  * \brief   Retrieve the number of lines of image.
 313  * \warning The defaulted value is 1 as opposed to File::GetXSize()
 314  * @return  The encountered size when found, 1 by default
 315  *          (The ACR-NEMA file contains a Signal, not an Image).
 316  */
 317 int File::GetYSize()
 318 {
 319    const std::string &strSize = GetEntryValue(0x0028,0x0010);
 320    if ( strSize != GDCM_UNFOUND )
 321    {
 322       return atoi( strSize.c_str() );
 323    }
 324    if ( IsDicomV3() )
 325    {
 326       return 0;
 327    }
 328
 329    // The Rows (0028,0010) entry was optional for ACR/NEMA. It might
 330    // hence be a signal (1D image). So we default to 1:
 331    return 1;
 332 }
 333
 334 /**
 335  * \brief   Retrieve the number of planes of volume or the number
 336  *          of frames of a multiframe.
 337  * \warning When present we consider the "Number of Frames" as the third
 338  *          dimension. When Missing we consider the third dimension as
 339  *          being the ACR-NEMA "Planes" tag content.
 340  * @return  The encountered size when found, 1 by default (single image).
 341  */
 342 int File::GetZSize()
 343 {
 344    // Both  DicomV3 and ACR/Nema consider the "Number of Frames"
 345    // as the third dimension.
 346    const std::string &strSize = GetEntryValue(0x0028,0x0008);
 347    if ( strSize != GDCM_UNFOUND )
 348    {
 349       return atoi( strSize.c_str() );
 350    }
 351
 352    // We then consider the "Planes" entry as the third dimension
 353    const std::string &strSize2 = GetEntryValue(0x0028,0x0012);
 354    if ( strSize2 != GDCM_UNFOUND )
 355    {
 356       return atoi( strSize2.c_str() );
 357    }
 358
 359    return 1;
 360 }
 361
 362 /**
 363   * \brief gets the info from 0028,0030 : Pixel Spacing
 364   *             else 1.0
 365   * @return X dimension of a pixel
 366   */
 367 float File::GetXSpacing()
 368 {
 369    float xspacing, yspacing;
 370    const std::string &strSpacing = GetEntryValue(0x0028,0x0030);
 371
 372    if ( strSpacing == GDCM_UNFOUND )
 373    {
 374       gdcmVerboseMacro( "Unfound Pixel Spacing (0028,0030)" );
 375       return 1.;
 376    }
 377
 378    int nbValues;
 379    if( ( nbValues = sscanf( strSpacing.c_str(),
 380          "%f\\%f", &yspacing, &xspacing)) != 2 )
 381    {
 382       // if single value is found, xspacing is defaulted to yspacing
 383       if ( nbValues == 1 )
 384       {
 385          xspacing = yspacing;
 386       }
 387
 388       if ( xspacing == 0.0 )
 389          xspacing = 1.0;
 390
 391       return xspacing;
 392
 393    }
 394
 395    // to avoid troubles with David Clunie's-like images
 396    if ( xspacing == 0. && yspacing == 0.)
 397       return 1.;
 398
 399    if ( xspacing == 0.)
 400    {
 401       gdcmVerboseMacro("gdcmData/CT-MONO2-8-abdo.dcm problem");
 402       // seems to be a bug in the header ...
 403       nbValues = sscanf( strSpacing.c_str(), "%f\\0\\%f", &yspacing, &xspacing);
 404       gdcmAssertMacro( nbValues == 2 );
 405    }
 406
 407    return xspacing;
 408 }
 409
 410 /**
 411   * \brief gets the info from 0028,0030 : Pixel Spacing
 412   *             else 1.0
 413   * @return Y dimension of a pixel
 414   */
 415 float File::GetYSpacing()
 416 {
 417    float yspacing = 1.;
 418    std::string strSpacing = GetEntryValue(0x0028,0x0030);
 419
 420    if ( strSpacing == GDCM_UNFOUND )
 421    {
 422       gdcmVerboseMacro("Unfound Pixel Spacing (0028,0030)");
 423       return 1.;
 424     }
 425
 426    // if sscanf cannot read any float value, it won't affect yspacing
 427    sscanf( strSpacing.c_str(), "%f", &yspacing);
 428
 429    if ( yspacing == 0.0 )
 430       yspacing = 1.0;
 431
 432    return yspacing;
 433 }
 434
 435 /**
 436  * \brief gets the info from 0018,0088 : Space Between Slices
 437  *                 else from 0018,0050 : Slice Thickness
 438  *                 else 1.0
 439  * @return Z dimension of a voxel-to be
 440  */
 441 float File::GetZSpacing()
 442 {
 443    // Spacing Between Slices : distance entre le milieu de chaque coupe
 444    // Les coupes peuvent etre :
 445    //   jointives     (Spacing between Slices = Slice Thickness)
 446    //   chevauchantes (Spacing between Slices < Slice Thickness)
 447    //   disjointes    (Spacing between Slices > Slice Thickness)
 448    // Slice Thickness : epaisseur de tissus sur laquelle est acquis le signal
 449    //   ca interesse le physicien de l'IRM, pas le visualisateur de volumes ...
 450    //   Si le Spacing Between Slices est Missing,
 451    //   on suppose que les coupes sont jointives
 452
 453    const std::string &strSpacingBSlices = GetEntryValue(0x0018,0x0088);
 454
 455    if ( strSpacingBSlices == GDCM_UNFOUND )
 456    {
 457       gdcmVerboseMacro("Unfound Spacing Between Slices (0018,0088)");
 458       const std::string &strSliceThickness = GetEntryValue(0x0018,0x0050);
 459       if ( strSliceThickness == GDCM_UNFOUND )
 460       {
 461          gdcmVerboseMacro("Unfound Slice Thickness (0018,0050)");
 462          return 1.;
 463       }
 464       else
 465       {
 466          // if no 'Spacing Between Slices' is found,
 467          // we assume slices join together
 468          // (no overlapping, no interslice gap)
 469          // if they don't, we're fucked up
 470          return (float)atof( strSliceThickness.c_str() );
 471       }
 472    }
 473    //else
 474    return (float)atof( strSpacingBSlices.c_str() );
 475 }
 476
 477 /**
 478  * \brief gets the info from 0020,0032 : Image Position Patient
 479  *                 else from 0020,0030 : Image Position (RET)
 480  *                 else 0.
 481  * @return up-left image corner X position
 482  */
 483 float File::GetXOrigin()
 484 {
 485    float xImPos, yImPos, zImPos;
 486    std::string strImPos = GetEntryValue(0x0020,0x0032);
 487
 488    if ( strImPos == GDCM_UNFOUND )
 489    {
 490       gdcmVerboseMacro( "Unfound Image Position Patient (0020,0032)");
 491       strImPos = GetEntryValue(0x0020,0x0030); // For ACR-NEMA images
 492       if ( strImPos == GDCM_UNFOUND )
 493       {
 494          gdcmVerboseMacro( "Unfound Image Position (RET) (0020,0030)");
 495          return 0.;
 496       }
 497    }
 498
 499    if( sscanf( strImPos.c_str(), "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos) != 3 )
 500    {
 501       return 0.;
 502    }
 503
 504    return xImPos;
 505 }
 506
 507 /**
 508  * \brief gets the info from 0020,0032 : Image Position Patient
 509  *                 else from 0020,0030 : Image Position (RET)
 510  *                 else 0.
 511  * @return up-left image corner Y position
 512  */
 513 float File::GetYOrigin()
 514 {
 515    float xImPos, yImPos, zImPos;
 516    std::string strImPos = GetEntryValue(0x0020,0x0032);
 517
 518    if ( strImPos == GDCM_UNFOUND)
 519    {
 520       gdcmVerboseMacro( "Unfound Image Position Patient (0020,0032)");
 521       strImPos = GetEntryValue(0x0020,0x0030); // For ACR-NEMA images
 522       if ( strImPos == GDCM_UNFOUND )
 523       {
 524          gdcmVerboseMacro( "Unfound Image Position (RET) (0020,0030)");
 525          return 0.;
 526       }
 527    }
 528
 529    if( sscanf( strImPos.c_str(), "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos) != 3 )
 530    {
 531       return 0.;
 532    }
 533
 534    return yImPos;
 535 }
 536
 537 /**
 538  * \brief gets the info from 0020,0032 : Image Position Patient
 539  *                 else from 0020,0030 : Image Position (RET)
 540  *                 else from 0020,1041 : Slice Location
 541  *                 else from 0020,0050 : Location
 542  *                 else 0.
 543  * @return up-left image corner Z position
 544  */
 545 float File::GetZOrigin()
 546 {
 547    float xImPos, yImPos, zImPos;
 548    std::string strImPos = GetEntryValue(0x0020,0x0032);
 549
 550    if ( strImPos != GDCM_UNFOUND )
 551    {
 552       if( sscanf( strImPos.c_str(), "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos) != 3)
 553       {
 554          gdcmVerboseMacro( "Wrong Image Position Patient (0020,0032)");
 555          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x0032
 556       }
 557       else
 558       {
 559          return zImPos;
 560       }
 561    }
 562
 563    strImPos = GetEntryValue(0x0020,0x0030); // For ACR-NEMA images
 564    if ( strImPos != GDCM_UNFOUND )
 565    {
 566       if( sscanf( strImPos.c_str(),
 567           "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos ) != 3 )
 568       {
 569          gdcmVerboseMacro( "Wrong Image Position (RET) (0020,0030)");
 570          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x0032
 571       }
 572       else
 573       {
 574          return zImPos;
 575       }
 576    }
 577
 578    std::string strSliceLocation = GetEntryValue(0x0020,0x1041); // for *very* old ACR-NEMA images
 579    if ( strSliceLocation != GDCM_UNFOUND )
 580    {
 581       if( sscanf( strSliceLocation.c_str(), "%f", &zImPos) != 1)
 582       {
 583          gdcmVerboseMacro( "Wrong Slice Location (0020,1041)");
 584          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x1041
 585       }
 586       else
 587       {
 588          return zImPos;
 589       }
 590    }
 591    gdcmVerboseMacro( "Unfound Slice Location (0020,1041)");
 592
 593    std::string strLocation = GetEntryValue(0x0020,0x0050);
 594    if ( strLocation != GDCM_UNFOUND )
 595    {
 596       if( sscanf( strLocation.c_str(), "%f", &zImPos) != 1)
 597       {
 598          gdcmVerboseMacro( "Wrong Location (0020,0050)");
 599          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x0050
 600       }
 601       else
 602       {
 603          return zImPos;
 604       }
 605    }
 606    gdcmVerboseMacro( "Unfound Location (0020,0050)");
 607
 608    return 0.; // Hopeless
 609 }
 610
 611 /**
 612   * \brief gets the info from 0020,0037 : Image Orientation Patient
 613   * (needed to organize DICOM files based on their x,y,z position)
 614   * @param iop adress of the (6)float aray to receive values
 615   * @return cosines of image orientation patient
 616   */
 617 void File::GetImageOrientationPatient( float iop[6] )
 618 {
 619    std::string strImOriPat;
 620    //iop is supposed to be float[6]
 621    iop[0] = iop[1] = iop[2] = iop[3] = iop[4] = iop[5] = 0.;
 622
 623    // 0020 0037 DS REL Image Orientation (Patient)
 624    if ( (strImOriPat = GetEntryValue(0x0020,0x0037)) != GDCM_UNFOUND )
 625    {
 626       if( sscanf( strImOriPat.c_str(), "%f\\%f\\%f\\%f\\%f\\%f",
 627           &iop[0], &iop[1], &iop[2], &iop[3], &iop[4], &iop[5]) != 6 )
 628       {
 629          gdcmVerboseMacro( "Wrong Image Orientation Patient (0020,0037). Less than 6 values were found." );
 630       }
 631    }
 632    //For ACR-NEMA
 633    // 0020 0035 DS REL Image Orientation (RET)
 634    else if ( (strImOriPat = GetEntryValue(0x0020,0x0035)) != GDCM_UNFOUND )
 635    {
 636       if( sscanf( strImOriPat.c_str(), "%f\\%f\\%f\\%f\\%f\\%f",
 637           &iop[0], &iop[1], &iop[2], &iop[3], &iop[4], &iop[5]) != 6 )
 638       {
 639          gdcmVerboseMacro( "wrong Image Orientation Patient (0020,0035). Less than 6 values were found." );
 640       }
 641    }
 642 }
 643
 644 /**
 645  * \brief   Retrieve the number of Bits Stored (actually used)
 646  *          (as opposite to number of Bits Allocated)
 647  * @return  The encountered number of Bits Stored, 0 by default.
 648  *          0 means the file is NOT USABLE. The caller has to check it !
 649  */
 650 int File::GetBitsStored()
 651 {
 652    std::string strSize = GetEntryValue( 0x0028, 0x0101 );
 653    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 654    {
 655       gdcmVerboseMacro("(0028,0101) is supposed to be mandatory");
 656       return 0;  // It's supposed to be mandatory
 657                  // the caller will have to check
 658    }
 659    return atoi( strSize.c_str() );
 660 }
 661
 662 /**
 663  * \brief   Retrieve the number of Bits Allocated
 664  *          (8, 12 -compacted ACR-NEMA files, 16, ...)
 665  * @return  The encountered number of Bits Allocated, 0 by default.
 666  *          0 means the file is NOT USABLE. The caller has to check it !
 667  */
 668 int File::GetBitsAllocated()
 669 {
 670    std::string strSize = GetEntryValue(0x0028,0x0100);
 671    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 672    {
 673       gdcmVerboseMacro( "(0028,0100) is supposed to be mandatory");
 674       return 0; // It's supposed to be mandatory
 675                 // the caller will have to check
 676    }
 677    return atoi( strSize.c_str() );
 678 }
 679
 680 /**
 681  * \brief   Retrieve the high bit position.
 682  * \warning The method defaults to 0 when information is Missing.
 683  *          The responsability of checking this value is left to the caller.
 684  * @return  The high bit positin when present. 0 when Missing.
 685  */
 686 int File::GetHighBitPosition()
 687 {
 688    std::string strSize = GetEntryValue( 0x0028, 0x0102 );
 689    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 690    {
 691       gdcmVerboseMacro( "(0028,0102) is supposed to be mandatory");
 692       return 0;
 693    }
 694    return atoi( strSize.c_str() );
 695 }
 696
 697 /**
 698  * \brief   Retrieve the number of Samples Per Pixel
 699  *          (1 : gray level, 3 : RGB -1 or 3 Planes-)
 700  * @return  The encountered number of Samples Per Pixel, 1 by default.
 701  *          (Gray level Pixels)
 702  */
 703 int File::GetSamplesPerPixel()
 704 {
 705    const std::string &strSize = GetEntryValue(0x0028,0x0002);
 706    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 707    {
 708       gdcmVerboseMacro( "(0028,0002) is supposed to be mandatory");
 709       return 1; // Well, it's supposed to be mandatory ...
 710                 // but sometimes it's missing : *we* assume Gray pixels
 711    }
 712    return atoi( strSize.c_str() );
 713 }
 714
 715 /**
 716  * \brief   Retrieve the Planar Configuration for RGB images
 717  *          (0 : RGB Pixels , 1 : R Plane + G Plane + B Plane)
 718  * @return  The encountered Planar Configuration, 0 by default.
 719  */
 720 int File::GetPlanarConfiguration()
 721 {
 722    std::string strSize = GetEntryValue(0x0028,0x0006);
 723    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 724    {
 725       gdcmVerboseMacro( "Not found : Planar Configuration (0028,0006)");
 726       return 0;
 727    }
 728    return atoi( strSize.c_str() );
 729 }
 730
 731 /**
 732  * \brief   Return the size (in bytes) of a single pixel of data.
 733  * @return  The size in bytes of a single pixel of data; 0 by default
 734  *          0 means the file is NOT USABLE; the caller will have to check
 735  */
 736 int File::GetPixelSize()
 737 {
 738    // 0028 0100 US IMG Bits Allocated
 739    // (in order no to be messed up by old RGB images)
 740    //   if (File::GetEntryValue(0x0028,0x0100) == "24")
 741    //      return 3;
 742
 743    std::string pixelType = GetPixelType();
 744    if ( pixelType ==  "8U" || pixelType == "8S" )
 745    {
 746       return 1;
 747    }
 748    if ( pixelType == "16U" || pixelType == "16S")
 749    {
 750       return 2;
 751    }
 752    if ( pixelType == "32U" || pixelType == "32S")
 753    {
 754       return 4;
 755    }
 756    if ( pixelType == "FD" )
 757    {
 758       return 8;
 759    }
 760    gdcmVerboseMacro( "Unknown pixel type");
 761    return 0;
 762 }
 763
 764 /**
 765  * \brief   Build the Pixel Type of the image.
 766  *          Possible values are:
 767  *          - 8U  unsigned  8 bit,
 768  *          - 8S    signed  8 bit,
 769  *          - 16U unsigned 16 bit,
 770  *          - 16S   signed 16 bit,
 771  *          - 32U unsigned 32 bit,
 772  *          - 32S   signed 32 bit,
 773  *          - FD floating double 64 bits (Not kosher DICOM, but so usefull!)
 774  * \warning 12 bit images appear as 16 bit.
 775  *          24 bit images appear as 8 bit
 776  * @return  0S if nothing found. NOT USABLE file. The caller has to check
 777  */
 778 std::string File::GetPixelType()
 779 {
 780    std::string bitsAlloc = GetEntryValue(0x0028, 0x0100); // Bits Allocated
 781    if ( bitsAlloc == GDCM_UNFOUND )
 782    {
 783       gdcmVerboseMacro( "Missing  Bits Allocated (0028,0100)");
 784       bitsAlloc = "16"; // default and arbitrary value, not to polute the output
 785    }
 786
 787    if ( bitsAlloc == "64" )
 788    {
 789       return "FD";
 790    }
 791    else if ( bitsAlloc == "12" )
 792    {
 793       // It will be unpacked
 794       bitsAlloc = "16";
 795    }
 796    else if ( bitsAlloc == "24" )
 797    {
 798       // (in order no to be messed up
 799       bitsAlloc = "8";  // by old RGB images)
 800    }
 801
 802    std::string sign = GetEntryValue(0x0028, 0x0103);//"Pixel Representation"
 803
 804    if (sign == GDCM_UNFOUND )
 805    {
 806       gdcmVerboseMacro( "Missing Pixel Representation (0028,0103)");
 807       sign = "U"; // default and arbitrary value, not to polute the output
 808    }
 809    else if ( sign == "0" )
 810    {
 811       sign = "U";
 812    }
 813    else
 814    {
 815       sign = "S";
 816    }
 817    return bitsAlloc + sign;
 818 }
 819
 820 /**
 821  * \brief   Check whether the pixels are signed or UNsigned data.
 822  * \warning The method defaults to false (UNsigned) when information is Missing.
 823  *          The responsability of checking this value is left to the caller.
 824  * @return  True when signed, false when UNsigned
 825  */
 826 bool File::IsSignedPixelData()
 827 {
 828    std::string strSize = GetEntryValue( 0x0028, 0x0103 );
 829    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 830    {
 831       gdcmVerboseMacro( "(0028,0103) is supposed to be mandatory");
 832       return false;
 833    }
 834    int sign = atoi( strSize.c_str() );
 835    if ( sign == 0 )
 836    {
 837       return false;
 838    }
 839    return true;
 840 }
 841
 842 /**
 843  * \brief   Check whether this a monochrome picture or not by accessing
 844  *          the "Photometric Interpretation" tag ( 0x0028, 0x0004 ).
 845  * @return  true when "MONOCHROME1" or "MONOCHROME2". False otherwise.
 846  */
 847 bool File::IsMonochrome()
 848 {
 849    const std::string &PhotometricInterp = GetEntryValue( 0x0028, 0x0004 );
 850    if (  Util::DicomStringEqual(PhotometricInterp, "MONOCHROME1")
 851       || Util::DicomStringEqual(PhotometricInterp, "MONOCHROME2") )
 852    {
 853       return true;
 854    }
 855    if ( PhotometricInterp == GDCM_UNFOUND )
 856    {
 857       gdcmVerboseMacro( "Not found : Photometric Interpretation (0028,0004)");
 858    }
 859    return false;
 860 }
 861
 862 /**
 863  * \brief   Check whether this a "PALETTE COLOR" picture or not by accessing
 864  *          the "Photometric Interpretation" tag ( 0x0028, 0x0004 ).
 865  * @return  true when "PALETTE COLOR". False otherwise.
 866  */
 867 bool File::IsPaletteColor()
 868 {
 869    std::string PhotometricInterp = GetEntryValue( 0x0028, 0x0004 );
 870    if (   PhotometricInterp == "PALETTE COLOR " )
 871    {
 872       return true;
 873    }
 874    if ( PhotometricInterp == GDCM_UNFOUND )
 875    {
 876       gdcmVerboseMacro( "Not found : Palette color (0028,0004)");
 877    }
 878    return false;
 879 }
 880
 881 /**
 882  * \brief   Check whether this a "YBR_FULL" color picture or not by accessing
 883  *          the "Photometric Interpretation" tag ( 0x0028, 0x0004 ).
 884  * @return  true when "YBR_FULL". False otherwise.
 885  */
 886 bool File::IsYBRFull()
 887 {
 888    std::string PhotometricInterp = GetEntryValue( 0x0028, 0x0004 );
 889    if (   PhotometricInterp == "YBR_FULL" )
 890    {
 891       return true;
 892    }
 893    if ( PhotometricInterp == GDCM_UNFOUND )
 894    {
 895       gdcmVerboseMacro( "Not found : YBR Full (0028,0004)");
 896    }
 897    return false;
 898 }
 899
 900 /**
 901   * \brief tells us if LUT are used
 902   * \warning Right now, 'Segmented xxx Palette Color Lookup Table Data'
 903   *          are NOT considered as LUT, since nobody knows
 904   *          how to deal with them
 905   *          Please warn me if you know sbdy that *does* know ... jprx
 906   * @return true if LUT Descriptors and LUT Tables were found
 907   */
 908 bool File::HasLUT()
 909 {
 910    // Check the presence of the LUT Descriptors, and LUT Tables
 911    // LutDescriptorRed
 912    if ( !GetDocEntry(0x0028,0x1101) )
 913    {
 914       return false;
 915    }
 916    // LutDescriptorGreen
 917    if ( !GetDocEntry(0x0028,0x1102) )
 918    {
 919       return false;
 920    }
 921    // LutDescriptorBlue
 922    if ( !GetDocEntry(0x0028,0x1103) )
 923    {
 924       return false;
 925    }
 926    // Red Palette Color Lookup Table Data
 927    if ( !GetDocEntry(0x0028,0x1201) )
 928    {
 929       return false;
 930    }
 931    // Green Palette Color Lookup Table Data
 932    if ( !GetDocEntry(0x0028,0x1202) )
 933    {
 934       return false;
 935    }
 936    // Blue Palette Color Lookup Table Data
 937    if ( !GetDocEntry(0x0028,0x1203) )
 938    {
 939       return false;
 940    }
 941
 942    // FIXME : (0x0028,0x3006) : LUT Data (CTX dependent)
 943    //         NOT taken into account, but we don't know how to use it ...
 944    return true;
 945 }
 946
 947 /**
 948   * \brief gets the info from 0028,1101 : Lookup Table Desc-Red
 949   *             else 0
 950   * @return Lookup Table number of Bits , 0 by default
 951   *          when (0028,0004),Photometric Interpretation = [PALETTE COLOR ]
 952   * @ return bit number of each LUT item
 953   */
 954 int File::GetLUTNbits()
 955 {
 956    std::vector<std::string> tokens;
 957    int lutNbits;
 958
 959    //Just hope Lookup Table Desc-Red = Lookup Table Desc-Red
 960    //                                = Lookup Table Desc-Blue
 961    // Consistency already checked in GetLUTLength
 962    std::string lutDescription = GetEntryValue(0x0028,0x1101);
 963    if ( lutDescription == GDCM_UNFOUND )
 964    {
 965       return 0;
 966    }
 967
 968    tokens.clear(); // clean any previous value
 969    Util::Tokenize ( lutDescription, tokens, "\\" );
 970    //LutLength=atoi(tokens[0].c_str());
 971    //LutDepth=atoi(tokens[1].c_str());
 972
 973    lutNbits = atoi( tokens[2].c_str() );
 974    tokens.clear();
 975
 976    return lutNbits;
 977 }
 978
 979 /**
 980  *\brief gets the info from 0028,1052 : Rescale Intercept
 981  * @return Rescale Intercept
 982  */
 983 float File::GetRescaleIntercept()
 984 {
 985    float resInter = 0.;
 986    /// 0028 1052 DS IMG Rescale Intercept
 987    const std::string &strRescInter = GetEntryValue(0x0028,0x1052);
 988    if ( strRescInter != GDCM_UNFOUND )
 989    {
 990       if( sscanf( strRescInter.c_str(), "%f", &resInter) != 1 )
 991       {
 992          // bug in the element 0x0028,0x1052
 993          gdcmVerboseMacro( "Rescale Intercept (0028,1052) is empty." );
 994       }
 995    }
 996
 997    return resInter;
 998 }
 999
1000 /**
1001  *\brief   gets the info from 0028,1053 : Rescale Slope
1002  * @return Rescale Slope
1003  */
1004 float File::GetRescaleSlope()
1005 {
1006    float resSlope = 1.;
1007    //0028 1053 DS IMG Rescale Slope
1008    std::string strRescSlope = GetEntryValue(0x0028,0x1053);
1009    if ( strRescSlope != GDCM_UNFOUND )
1010    {
1011       if( sscanf( strRescSlope.c_str(), "%f", &resSlope) != 1)
1012       {
1013          // bug in the element 0x0028,0x1053
1014          gdcmVerboseMacro( "Rescale Slope (0028,1053) is empty.");
1015       }
1016    }
1017
1018    return resSlope;
1019 }
1020
1021 /**
1022  * \brief This function is intended to user who doesn't want
1023  *   to have to manage a LUT and expects to get an RBG Pixel image
1024  *   (or a monochrome one ...)
1025  * \warning to be used with GetImagePixels()
1026  * @return 1 if Gray level, 3 if Color (RGB, YBR or PALETTE COLOR)
1027  */
1028 int File::GetNumberOfScalarComponents()
1029 {
1030    if ( GetSamplesPerPixel() == 3 )
1031    {
1032       return 3;
1033    }
1034
1035    // 0028 0100 US IMG Bits Allocated
1036    // (in order no to be messed up by old RGB images)
1037    if ( GetEntryValue(0x0028,0x0100) == "24" )
1038    {
1039       return 3;
1040    }
1041
1042    std::string strPhotometricInterpretation = GetEntryValue(0x0028,0x0004);
1043
1044    if ( ( strPhotometricInterpretation == "PALETTE COLOR ") )
1045    {
1046       if ( HasLUT() )// PALETTE COLOR is NOT enough
1047       {
1048          return 3;
1049       }
1050       else
1051       {
1052          return 1;
1053       }
1054    }
1055
1056    // beware of trailing space at end of string
1057    // DICOM tags are never of odd length
1058    if ( strPhotometricInterpretation == GDCM_UNFOUND   ||
1059         Util::DicomStringEqual(strPhotometricInterpretation, "MONOCHROME1") ||
1060         Util::DicomStringEqual(strPhotometricInterpretation, "MONOCHROME2") )
1061    {
1062       return 1;
1063    }
1064    else
1065    {
1066       // we assume that *all* kinds of YBR are dealt with
1067       return 3;
1068    }
1069 }
1070
1071 /**
1072  * \brief This function is intended to user that DOESN'T want
1073  *  to get RGB pixels image when it's stored as a PALETTE COLOR image
1074  *   - the (vtk) user is supposed to know how deal with LUTs -
1075  * \warning to be used with GetImagePixelsRaw()
1076  * @return 1 if Gray level, 3 if Color (RGB or YBR - NOT 'PALETTE COLOR' -)
1077  */
1078 int File::GetNumberOfScalarComponentsRaw()
1079 {
1080    // 0028 0100 US IMG Bits Allocated
1081    // (in order no to be messed up by old RGB images)
1082    if ( File::GetEntryValue(0x0028,0x0100) == "24" )
1083    {
1084       return 3;
1085    }
1086
1087    // we assume that *all* kinds of YBR are dealt with
1088    return GetSamplesPerPixel();
1089 }
1090
1091 /**
1092  * \brief   Recover the offset (from the beginning of the file)
1093  *          of *image* pixels (not *icone image* pixels, if any !)
1094  * @return Pixel Offset
1095  */
1096 size_t File::GetPixelOffset()
1097 {
1098    DocEntry* pxlElement = GetDocEntry(GrPixel,NumPixel);
1099    if ( pxlElement )
1100    {
1101       return pxlElement->GetOffset();
1102    }
1103    else
1104    {
1105 #ifdef GDCM_DEBUG
1106       std::cout << "Big trouble : Pixel Element ("
1107                 << std::hex << GrPixel<<","<< NumPixel<< ") NOT found"
1108                 << std::endl;
1109 #endif //GDCM_DEBUG
1110       return 0;
1111    }
1112 }
1113
1114 /**
1115  * \brief   Recover the pixel area length (in Bytes)
1116  * @return Pixel Element Length, as stored in the header
1117  *         (NOT the memory space necessary to hold the Pixels
1118  *          -in case of embeded compressed image-)
1119  *         0 : NOT USABLE file. The caller has to check.
1120  */
1121 size_t File::GetPixelAreaLength()
1122 {
1123    DocEntry* pxlElement = GetDocEntry(GrPixel,NumPixel);
1124    if ( pxlElement )
1125    {
1126       return pxlElement->GetLength();
1127    }
1128    else
1129    {
1130 #ifdef GDCM_DEBUG
1131       std::cout << "Big trouble : Pixel Element ("
1132                 << std::hex << GrPixel<<","<< NumPixel<< ") NOT found"
1133                 << std::endl;
1134 #endif //GDCM_DEBUG
1135       return 0;
1136    }
1137 }
1138
1139 /**
1140  * \brief anonymize a File (removes Patient's personal info)
1141  *        (read the code to see which ones ...)
1142  */
1143 bool File::AnonymizeFile()
1144 {
1145    // If exist, replace by spaces
1146    SetValEntry ("  ",0x0010, 0x2154); // Telephone
1147    SetValEntry ("  ",0x0010, 0x1040); // Adress
1148    SetValEntry ("  ",0x0010, 0x0020); // Patient ID
1149
1150    DocEntry* patientNameHE = GetDocEntry (0x0010, 0x0010);
1151
1152    if ( patientNameHE ) // we replace it by Study Instance UID (why not)
1153    {
1154       std::string studyInstanceUID =  GetEntryValue (0x0020, 0x000d);
1155       if ( studyInstanceUID != GDCM_UNFOUND )
1156       {
1157          InsertValEntry(studyInstanceUID, 0x0010, 0x0010);
1158       }
1159       else
1160       {
1161          InsertValEntry("anonymised", 0x0010, 0x0010);
1162       }
1163    }
1164
1165   // Just for fun :-(
1166   // (if any) remove or replace all the stuff that contains a Date
1167
1168 //0008 0012 DA ID Instance Creation Date
1169 //0008 0020 DA ID Study Date
1170 //0008 0021 DA ID Series Date
1171 //0008 0022 DA ID Acquisition Date
1172 //0008 0023 DA ID Content Date
1173 //0008 0024 DA ID Overlay Date
1174 //0008 0025 DA ID Curve Date
1175 //0008 002a DT ID Acquisition Datetime
1176 //0018 9074 DT ACQ Frame Acquisition Datetime
1177 //0018 9151 DT ACQ Frame Reference Datetime
1178 //0018 a002 DT ACQ Contribution Date Time
1179 //0020 3403 SH REL Modified Image Date (RET)
1180 //0032 0032 DA SDY Study Verified Date
1181 //0032 0034 DA SDY Study Read Date
1182 //0032 1000 DA SDY Scheduled Study Start Date
1183 //0032 1010 DA SDY Scheduled Study Stop Date
1184 //0032 1040 DA SDY Study Arrival Date
1185 //0032 1050 DA SDY Study Completion Date
1186 //0038 001a DA VIS Scheduled Admission Date
1187 //0038 001c DA VIS Scheduled Discharge Date
1188 //0038 0020 DA VIS Admitting Date
1189 //0038 0030 DA VIS Discharge Date
1190 //0040 0002 DA PRC Scheduled Procedure Step Start Date
1191 //0040 0004 DA PRC Scheduled Procedure Step End Date
1192 //0040 0244 DA PRC Performed Procedure Step Start Date
1193 //0040 0250 DA PRC Performed Procedure Step End Date
1194 //0040 2004 DA PRC Issue Date of Imaging Service Request
1195 //0040 4005 DT PRC Scheduled Procedure Step Start Date and Time
1196 //0040 4011 DT PRC Expected Completion Date and Time
1197 //0040 a030 DT PRC Verification Date Time
1198 //0040 a032 DT PRC Observation Date Time
1199 //0040 a120 DT PRC DateTime
1200 //0040 a121 DA PRC Date
1201 //0040 a13a DT PRC Referenced Datetime
1202 //0070 0082 DA ??? Presentation Creation Date
1203 //0100 0420 DT ??? SOP Autorization Date and Time
1204 //0400 0105 DT ??? Digital Signature DateTime
1205 //2100 0040 DA PJ Creation Date
1206 //3006 0008 DA SSET Structure Set Date
1207 //3008 0024 DA ??? Treatment Control Point Date
1208 //3008 0054 DA ??? First Treatment Date
1209 //3008 0056 DA ??? Most Recent Treatment Date
1210 //3008 0162 DA ??? Safe Position Exit Date
1211 //3008 0166 DA ??? Safe Position Return Date
1212 //3008 0250 DA ??? Treatment Date
1213 //300a 0006 DA RT RT Plan Date
1214 //300a 022c DA RT Air Kerma Rate Reference Date
1215 //300e 0004 DA RT Review Date
1216
1217    return true;
1218 }
1219
1220 /**
1221  * \brief Performs some consistency checking on various 'File related'
1222  *       (as opposed to 'DicomDir related') entries
1223  *       then writes in a file all the (Dicom Elements) included the Pixels
1224  * @param fileName file name to write to
1225  * @param filetype Type of the File to be written
1226  *          (ACR, ExplicitVR, ImplicitVR)
1227  */
1228 bool File::Write(std::string fileName, FileType filetype)
1229 {
1230    std::ofstream *fp = new std::ofstream(fileName.c_str(),
1231                                          std::ios::out | std::ios::binary);
1232    if (*fp == NULL)
1233    {
1234       gdcmVerboseMacro("Failed to open (write) File: " << fileName.c_str());
1235       return false;
1236    }
1237
1238    // Entry : 0002|0000 = group length -> recalculated
1239    ValEntry *e0002 = GetValEntry(0x0002,0x0000);
1240    if( e0002 )
1241    {
1242       std::ostringstream sLen;
1243       sLen << ComputeGroup0002Length(filetype);
1244       e0002->SetValue(sLen.str());
1245    }
1246
1247    // Bits Allocated
1248    if ( GetEntryValue(0x0028,0x0100) ==  "12")
1249    {
1250       SetValEntry("16", 0x0028,0x0100);
1251    }
1252
1253    int i_lgPix = GetEntryLength(GrPixel, NumPixel);
1254    if (i_lgPix != -2)
1255    {
1256       // no (GrPixel, NumPixel) element
1257       std::string s_lgPix = Util::Format("%d", i_lgPix+12);
1258       s_lgPix = Util::DicomString( s_lgPix.c_str() );
1259       InsertValEntry(s_lgPix,GrPixel, 0x0000);
1260    }
1261
1262    // FIXME : should be nice if we could move it to File
1263    //         (or in future gdcmPixelData class)
1264
1265    // Drop Palette Color, if necessary
1266    if ( GetEntryValue(0x0028,0x0002).c_str()[0] == '3' )
1267    {
1268       // if SamplesPerPixel = 3, sure we don't need any LUT !
1269       // Drop 0028|1101, 0028|1102, 0028|1103
1270       // Drop 0028|1201, 0028|1202, 0028|1203
1271
1272       DocEntry *e = GetDocEntry(0x0028,0x01101);
1273       if (e)
1274       {
1275          RemoveEntryNoDestroy(e);
1276       }
1277       e = GetDocEntry(0x0028,0x1102);
1278       if (e)
1279       {
1280          RemoveEntryNoDestroy(e);
1281       }
1282       e = GetDocEntry(0x0028,0x1103);
1283       if (e)
1284       {
1285          RemoveEntryNoDestroy(e);
1286       }
1287       e = GetDocEntry(0x0028,0x01201);
1288       if (e)
1289       {
1290          RemoveEntryNoDestroy(e);
1291       }
1292       e = GetDocEntry(0x0028,0x1202);
1293       if (e)
1294       {
1295          RemoveEntryNoDestroy(e);
1296       }
1297       e = GetDocEntry(0x0028,0x1203);
1298       if (e)
1299       {
1300           RemoveEntryNoDestroy(e);
1301       }
1302    }
1303
1304
1305 #ifdef GDCM_WORDS_BIGENDIAN
1306    // Super Super hack that will make gdcm a BOMB ! but should
1307    // Fix temporarily the dashboard
1308    BinEntry *b = GetBinEntry(GrPixel,NumPixel);
1309    if ( GetPixelSize() ==  16 )
1310    {
1311       uint16_t *im16 = (uint16_t *)b->GetBinArea();
1312       int lgr = b->GetLength();
1313       for( int i = 0; i < lgr / 2; i++ )
1314       {
1315          im16[i]= (im16[i] >> 8) | (im16[i] << 8 );
1316       }
1317    }
1318 #endif //GDCM_WORDS_BIGENDIAN
1319
1320
1321    Document::WriteContent(fp, filetype);
1322
1323
1324 #ifdef GDCM_WORDS_BIGENDIAN
1325    // Flip back the pixel ... I told you this is a hack
1326    if ( GetPixelSize() ==  16 )
1327    {
1328       uint16_t *im16 = (uint16_t*)b->GetBinArea();
1329       int lgr = b->GetLength();
1330       for( int i = 0; i < lgr / 2; i++ )
1331       {
1332          im16[i]= (im16[i] >> 8) | (im16[i] << 8 );
1333       }
1334    }
1335 #endif //GDCM_WORDS_BIGENDIAN
1336
1337
1338    fp->close();
1339    delete fp;
1340
1341    return true;
1342 }
1343
1344 //-----------------------------------------------------------------------------
1345 // Protected
1346 /**
1347  * \brief Initialize a default DICOM File that should contain all the
1348  *        field require by other reader. DICOM standard does not
1349  *        explicitely defines those fields, heuristic has been choosen.
1350  *        This is not perfect as we are writting a CT image...
1351  */
1352 void File::InitializeDefaultFile()
1353 {
1354    typedef struct
1355    {
1356       const char *value;
1357       uint16_t group;
1358       uint16_t elem;
1359    } DICOM_DEFAULT_VALUE;
1360
1361    std::string date = Util::GetCurrentDate();
1362    std::string time = Util::GetCurrentTime();
1363    std::string uid  = Util::CreateUniqueUID();
1364    std::string uidMedia = uid;
1365    std::string uidInst  = uid;
1366    std::string uidClass = Util::CreateUniqueUID();
1367    std::string uidStudy = Util::CreateUniqueUID();
1368    std::string uidSerie = Util::CreateUniqueUID();
1369
1370    static DICOM_DEFAULT_VALUE defaultvalue[] = {
1371     { "146 ",                      0x0002, 0x0000}, // Meta Element Group Length // FIXME: how to recompute ?
1372     { "1.2.840.10008.5.1.4.1.1.2", 0x0002, 0x0002}, // Media Storage SOP Class UID (CT Image Storage)
1373     { uidClass.c_str(),            0x0002, 0x0003}, // Media Storage SOP Instance UID
1374     { "1.2.840.10008.1.2.1 ",      0x0002, 0x0010}, // Transfer Syntax UID (Explicit VR Little Endian)
1375     { uidClass.c_str(),            0x0002, 0x0012}, // META Implementation Class UID
1376     { "GDCM",                      0x0002, 0x0016}, // Source Application Entity Title
1377
1378     { date.c_str(),                0x0008, 0x0012}, // Instance Creation Date
1379     { time.c_str(),                0x0008, 0x0013}, // Instance Creation Time
1380     { "1.2.840.10008.5.1.4.1.1.2", 0x0008, 0x0016}, // SOP Class UID
1381     { uidInst.c_str(),             0x0008, 0x0018}, // SOP Instance UID
1382     { "CT",                        0x0008, 0x0060}, // Modality
1383     { "GDCM",                      0x0008, 0x0070}, // Manufacturer
1384     { "GDCM",                      0x0008, 0x0080}, // Institution Name
1385     { "http://www-creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm", 0x0008, 0x0081},  // Institution Address
1386
1387     { "GDCM",                      0x0010, 0x0010}, // Patient's Name
1388     { "GDCMID",                    0x0010, 0x0020}, // Patient ID
1389
1390     { uidStudy.c_str(),            0x0020, 0x000d}, // Study Instance UID
1391     { uidSerie.c_str(),            0x0020, 0x000e}, // Series Instance UID
1392     { "1",                         0x0020, 0x0010}, // StudyID
1393     { "1",                         0x0020, 0x0011}, // SeriesNumber
1394
1395     { "1",                         0x0028, 0x0002}, // Samples per pixel 1 or 3
1396     { "MONOCHROME1",               0x0028, 0x0004}, // photochromatic interpretation
1397     { "0",                         0x0028, 0x0010}, // nbRows
1398     { "0",                         0x0028, 0x0011}, // nbCols
1399     { "8",                         0x0028, 0x0100}, // BitsAllocated 8 or 12 or 16
1400     { "8",                         0x0028, 0x0101}, // BitsStored    <= BitsAllocated
1401     { "7",                         0x0028, 0x0102}, // HighBit       <= BitsAllocated - 1
1402     { "0",                         0x0028, 0x0103}, // Pixel Representation 0(unsigned) or 1(signed)
1403     { 0, 0, 0 }
1404    };
1405
1406    // default value
1407    // Special case this is the image (not a string)
1408    GrPixel = 0x7fe0;
1409    NumPixel = 0x0010;
1410    InsertBinEntry(0, 0, GrPixel, NumPixel);
1411
1412    // All remaining strings:
1413    unsigned int i = 0;
1414    DICOM_DEFAULT_VALUE current = defaultvalue[i];
1415    while( current.value )
1416    {
1417       InsertValEntry(current.value, current.group, current.elem);
1418       current = defaultvalue[++i];
1419    }
1420 }
1421
1422 //-----------------------------------------------------------------------------
1423 // Private
1424 /**
1425  * \brief Parse pixel data from disk of [multi-]fragment RLE encoding.
1426  *        Compute the RLE extra information and store it in \ref RLEInfo
1427  *        for later pixel retrieval usage.
1428  */
1429 void File::ComputeRLEInfo()
1430 {
1431    std::string ts = GetTransferSyntax();
1432    if ( !Global::GetTS()->IsRLELossless(ts) )
1433    {
1434       return;
1435    }
1436
1437    // Encoded pixel data: for the time being we are only concerned with
1438    // Jpeg or RLE Pixel data encodings.
1439    // As stated in PS 3.5-2003, section 8.2 p44:
1440    // "If sent in Encapsulated Format (i.e. other than the Native Format) the
1441    //  value representation OB is used".
1442    // Hence we expect an OB value representation. Concerning OB VR,
1443    // the section PS 3.5-2003, section A.4.c p 58-59, states:
1444    // "For the Value Representations OB and OW, the encoding shall meet the
1445    //   following specifications depending on the Data element tag:"
1446    //   [...snip...]
1447    //    - the first item in the sequence of items before the encoded pixel
1448    //      data stream shall be basic offset table item. The basic offset table
1449    //      item value, however, is not required to be present"
1450    ReadAndSkipEncapsulatedBasicOffsetTable();
1451
1452    // Encapsulated RLE Compressed Images (see PS 3.5-2003, Annex G)
1453    // Loop on the individual frame[s] and store the information
1454    // on the RLE fragments in a RLEFramesInfo.
1455    // Note: - when only a single frame is present, this is a
1456    //         classical image.
1457    //       - when more than one frame are present, then we are in
1458    //         the case of a multi-frame image.
1459    long frameLength;
1460    while ( (frameLength = ReadTagLength(0xfffe, 0xe000)) )
1461    {
1462       // Parse the RLE Header and store the corresponding RLE Segment
1463       // Offset Table information on fragments of this current Frame.
1464       // Note that the fragment pixels themselves are not loaded
1465       // (but just skipped).
1466       long frameOffset = Fp->tellg();
1467
1468       uint32_t nbRleSegments = ReadInt32();
1469       if ( nbRleSegments > 16 )
1470       {
1471          // There should be at most 15 segments (refer to RLEFrame class)
1472          gdcmVerboseMacro( "Too many segments.");
1473       }
1474
1475       uint32_t rleSegmentOffsetTable[16];
1476       for( int k = 1; k <= 15; k++ )
1477       {
1478          rleSegmentOffsetTable[k] = ReadInt32();
1479       }
1480
1481       // Deduce from both the RLE Header and the frameLength the
1482       // fragment length, and again store this info in a
1483       // RLEFramesInfo.
1484       long rleSegmentLength[15];
1485       // skipping (not reading) RLE Segments
1486       if ( nbRleSegments > 1)
1487       {
1488          for(unsigned int k = 1; k <= nbRleSegments-1; k++)
1489          {
1490              rleSegmentLength[k] =  rleSegmentOffsetTable[k+1]
1491                                   - rleSegmentOffsetTable[k];
1492              SkipBytes(rleSegmentLength[k]);
1493           }
1494        }
1495
1496        rleSegmentLength[nbRleSegments] = frameLength
1497                                       - rleSegmentOffsetTable[nbRleSegments];
1498        SkipBytes(rleSegmentLength[nbRleSegments]);
1499
1500        // Store the collected info
1501        RLEFrame *newFrame = new RLEFrame;
1502        newFrame->SetNumberOfFragments(nbRleSegments);
1503        for( unsigned int uk = 1; uk <= nbRleSegments; uk++ )
1504        {
1505           newFrame->SetOffset(uk,frameOffset + rleSegmentOffsetTable[uk]);
1506           newFrame->SetLength(uk,rleSegmentLength[uk]);
1507        }
1508        RLEInfo->AddFrame(newFrame);
1509    }
1510
1511    // Make sure that at the end of the item we encounter a 'Sequence
1512    // Delimiter Item':
1513    if ( !ReadTag(0xfffe, 0xe0dd) )
1514    {
1515       gdcmVerboseMacro( "No sequence delimiter item at end of RLE item sequence");
1516    }
1517 }
1518
1519 /**
1520  * \brief Parse pixel data from disk of [multi-]fragment Jpeg encoding.
1521  *        Compute the jpeg extra information (fragment[s] offset[s] and
1522  *        length) and store it[them] in \ref JPEGInfo for later pixel
1523  *        retrieval usage.
1524  */
1525 void File::ComputeJPEGFragmentInfo()
1526 {
1527    // If you need to, look for comments of ComputeRLEInfo().
1528    std::string ts = GetTransferSyntax();
1529    if ( ! Global::GetTS()->IsJPEG(ts) )
1530    {
1531       return;
1532    }
1533
1534    ReadAndSkipEncapsulatedBasicOffsetTable();
1535
1536    // Loop on the fragments[s] and store the parsed information in a
1537    // JPEGInfo.
1538    long fragmentLength;
1539    while ( (fragmentLength = ReadTagLength(0xfffe, 0xe000)) )
1540    {
1541       long fragmentOffset = Fp->tellg();
1542
1543        // Store the collected info
1544        JPEGFragment *newFragment = new JPEGFragment;
1545        newFragment->SetOffset(fragmentOffset);
1546        newFragment->SetLength(fragmentLength);
1547        JPEGInfo->AddFragment(newFragment);
1548
1549        SkipBytes(fragmentLength);
1550    }
1551
1552    // Make sure that at the end of the item we encounter a 'Sequence
1553    // Delimiter Item':
1554    if ( !ReadTag(0xfffe, 0xe0dd) )
1555    {
1556       gdcmVerboseMacro( "No sequence delimiter item at end of JPEG item sequence");
1557    }
1558 }
1559
1560 /**
1561  * \brief   Assuming the internal file pointer \ref Document::Fp
1562  *          is placed at the beginning of a tag check whether this
1563  *          tag is (TestGroup, TestElement).
1564  * \warning On success the internal file pointer \ref Document::Fp
1565  *          is modified to point after the tag.
1566  *          On failure (i.e. when the tag wasn't the expected tag
1567  *          (TestGroup, TestElement) the internal file pointer
1568  *          \ref Document::Fp is restored to it's original position.
1569  * @param   testGroup   The expected group of the tag.
1570  * @param   testElement The expected Element of the tag.
1571  * @return  True on success, false otherwise.
1572  */
1573 bool File::ReadTag(uint16_t testGroup, uint16_t testElement)
1574 {
1575    long positionOnEntry = Fp->tellg();
1576    long currentPosition = Fp->tellg();          // On debugging purposes
1577
1578    //// Read the Item Tag group and element, and make
1579    // sure they are what we expected:
1580    uint16_t itemTagGroup;
1581    uint16_t itemTagElement;
1582    try
1583    {
1584       itemTagGroup   = ReadInt16();
1585       itemTagElement = ReadInt16();
1586    }
1587    catch ( FormatError e )
1588    {
1589       //std::cerr << e << std::endl;
1590       return false;
1591    }
1592    if ( itemTagGroup != testGroup || itemTagElement != testElement )
1593    {
1594       gdcmVerboseMacro( "Wrong Item Tag found:"
1595        << "   We should have found tag ("
1596        << std::hex << testGroup << "," << testElement << ")" << std::endl
1597        << "   but instead we encountered tag ("
1598        << std::hex << itemTagGroup << "," << itemTagElement << ")"
1599        << "  at address: " << "  0x(" << (unsigned int)currentPosition  << ")"
1600        ) ;
1601       Fp->seekg(positionOnEntry, std::ios::beg);
1602
1603       return false;
1604    }
1605    return true;
1606 }
1607
1608 /**
1609  * \brief   Assuming the internal file pointer \ref Document::Fp
1610  *          is placed at the beginning of a tag (TestGroup, TestElement),
1611  *          read the length associated to the Tag.
1612  * \warning On success the internal file pointer \ref Document::Fp
1613  *          is modified to point after the tag and it's length.
1614  *          On failure (i.e. when the tag wasn't the expected tag
1615  *          (TestGroup, TestElement) the internal file pointer
1616  *          \ref Document::Fp is restored to it's original position.
1617  * @param   testGroup   The expected group of the tag.
1618  * @param   testElement The expected Element of the tag.
1619  * @return  On success returns the length associated to the tag. On failure
1620  *          returns 0.
1621  */
1622 uint32_t File::ReadTagLength(uint16_t testGroup, uint16_t testElement)
1623 {
1624
1625    if ( !ReadTag(testGroup, testElement) )
1626    {
1627       return 0;
1628    }
1629
1630    //// Then read the associated Item Length
1631    long currentPosition = Fp->tellg();
1632    uint32_t itemLength  = ReadInt32();
1633    {
1634       gdcmVerboseMacro( "Basic Item Length is: "
1635         << itemLength << std::endl
1636         << "  at address: " << std::hex << (unsigned int)currentPosition);
1637    }
1638    return itemLength;
1639 }
1640
1641 /**
1642  * \brief When parsing the Pixel Data of an encapsulated file, read
1643  *        the basic offset table (when present, and BTW dump it).
1644  */
1645 void File::ReadAndSkipEncapsulatedBasicOffsetTable()
1646 {
1647    //// Read the Basic Offset Table Item Tag length...
1648    uint32_t itemLength = ReadTagLength(0xfffe, 0xe000);
1649
1650    // When present, read the basic offset table itself.
1651    // Notes: - since the presence of this basic offset table is optional
1652    //          we can't rely on it for the implementation, and we will simply
1653    //          trash it's content (when present).
1654    //        - still, when present, we could add some further checks on the
1655    //          lengths, but we won't bother with such fuses for the time being.
1656    if ( itemLength != 0 )
1657    {
1658       char *basicOffsetTableItemValue = new char[itemLength + 1];
1659       Fp->read(basicOffsetTableItemValue, itemLength);
1660
1661 #ifdef GDCM_DEBUG
1662       for (unsigned int i=0; i < itemLength; i += 4 )
1663       {
1664          uint32_t individualLength = str2num( &basicOffsetTableItemValue[i],
1665                                               uint32_t);
1666          gdcmVerboseMacro( "Read one length: " <<
1667                           std::hex << individualLength );
1668       }
1669 #endif //GDCM_DEBUG
1670
1671       delete[] basicOffsetTableItemValue;
1672    }
1673 }
1674
1675 //-----------------------------------------------------------------------------
1676 // Print
1677
1678 //-----------------------------------------------------------------------------
1679 } // end namespace gdcm