src/gdcmFile.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: gdcmFile.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/01/24 16:44:54 $
   7   Version:   $Revision: 1.199 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #include "gdcmFile.h"
  20 #include "gdcmGlobal.h"
  21 #include "gdcmUtil.h"
  22 #include "gdcmDebug.h"
  23 #include "gdcmTS.h"
  24 #include "gdcmValEntry.h"
  25 #include "gdcmBinEntry.h"
  26 #include <stdio.h> //sscanf
  27
  28 #include <vector>
  29
  30 namespace gdcm
  31 {
  32 //-----------------------------------------------------------------------------
  33 // Constructor / Destructor
  34 /**
  35  * \brief  Constructor
  36  * @param  filename name of the file whose header we want to analyze
  37  */
  38 File::File( std::string const &filename ):
  39             Document( filename )
  40 {
  41    // for some ACR-NEMA images GrPixel, NumPixel is *not* 7fe0,0010
  42    // We may encounter the 'RETired' (0x0028, 0x0200) tag
  43    // (Image Location") . This entry contains the number of
  44    // the group that contains the pixel data (hence the "Pixel Data"
  45    // is found by indirection through the "Image Location").
  46    // Inside the group pointed by "Image Location" the searched element
  47    // is conventionally the element 0x0010 (when the norm is respected).
  48    // When the "Image Location" is missing we default to group 0x7fe0.
  49    // Note: this IS the right place for the code
  50
  51    // Image Location
  52    const std::string &imgLocation = GetEntryValue(0x0028, 0x0200);
  53    if ( imgLocation == GDCM_UNFOUND )
  54    {
  55       // default value
  56       GrPixel = 0x7fe0;
  57    }
  58    else
  59    {
  60       GrPixel = (uint16_t) atoi( imgLocation.c_str() );
  61    }
  62
  63    // sometimes Image Location value doesn't follow
  64    // the supposed processor endianness.
  65    // see gdcmData/cr172241.dcm
  66    if ( GrPixel == 0xe07f )
  67    {
  68       GrPixel = 0x7fe0;
  69    }
  70
  71    if ( GrPixel != 0x7fe0 )
  72    {
  73       // This is a kludge for old dirty Philips imager.
  74       NumPixel = 0x1010;
  75    }
  76    else
  77    {
  78       NumPixel = 0x0010;
  79    }
  80
  81    // Now, we know GrPixel and NumPixel.
  82    // Let's create a VirtualDictEntry to allow a further VR modification
  83    // and force VR to match with BitsAllocated.
  84    DocEntry *entry = GetDocEntry(GrPixel, NumPixel);
  85    if ( entry != 0 )
  86    {
  87
  88       std::string PixelVR;
  89       // 8 bits allocated is a 'O Bytes' , as well as 24 (old ACR-NEMA RGB)
  90       // more than 8 (i.e 12, 16) is a 'O Words'
  91       if ( GetBitsAllocated() == 8 || GetBitsAllocated() == 24 )
  92          PixelVR = "OB";
  93       else
  94          PixelVR = "OW";
  95
  96       DictEntry* newEntry = NewVirtualDictEntry(
  97                              GrPixel, NumPixel,
  98                              PixelVR, "PXL", "Pixel Data");
  99
 100       // friend class hunting : should we *create* a new entry,
 101       // instead of modifying its DictEntry,in order not to use 'friend' ?
 102       entry->SetDictEntry( newEntry );
 103    }
 104 }
 105
 106 /**
 107  * \brief Constructor used when we want to generate dicom files from scratch
 108  */
 109 File::File()
 110            :Document()
 111 {
 112    InitializeDefaultFile();
 113 }
 114
 115 /**
 116  * \brief   Canonical destructor.
 117  */
 118 File::~File ()
 119 {
 120 }
 121
 122 /**
 123  * \brief Performs some consistency checking on various 'File related'
 124  *       (as opposed to 'DicomDir related') entries
 125  *       then writes in a file all the (Dicom Elements) included the Pixels
 126  * @param fileName file name to write to
 127  * @param filetype Type of the File to be written
 128  *          (ACR, ExplicitVR, ImplicitVR)
 129  */
 130 bool File::Write(std::string fileName, FileType filetype)
 131 {
 132    std::ofstream *fp = new std::ofstream(fileName.c_str(),
 133                                          std::ios::out | std::ios::binary);
 134    if (*fp == NULL)
 135    {
 136       gdcmVerboseMacro("Failed to open (write) File: " << fileName.c_str());
 137       return false;
 138    }
 139
 140    // Bits Allocated
 141    if ( GetEntryValue(0x0028,0x0100) ==  "12")
 142    {
 143       SetEntryValue("16", 0x0028,0x0100);
 144    }
 145
 146   /// \todo correct 'Pixel group' Length if necessary
 147
 148    int i_lgPix = GetEntryLength(GrPixel, NumPixel);
 149    if (i_lgPix != -2)
 150    {
 151       // no (GrPixel, NumPixel) element
 152       std::string s_lgPix = Util::Format("%d", i_lgPix+12);
 153       s_lgPix = Util::DicomString( s_lgPix.c_str() );
 154       Insert(s_lgPix,GrPixel, 0x0000);
 155    }
 156
 157    // FIXME : should be nice if we could move it to File
 158    //         (or in future gdcmPixelData class)
 159
 160    // Drop Palette Color, if necessary
 161
 162    if ( GetEntryValue(0x0028,0x0002).c_str()[0] == '3' )
 163    {
 164       // if SamplesPerPixel = 3, sure we don't need any LUT !
 165       // Drop 0028|1101, 0028|1102, 0028|1103
 166       // Drop 0028|1201, 0028|1202, 0028|1203
 167
 168       DocEntry *e = GetDocEntry(0x0028,0x01101);
 169       if (e)
 170       {
 171          RemoveEntryNoDestroy(e);
 172       }
 173       e = GetDocEntry(0x0028,0x1102);
 174       if (e)
 175       {
 176          RemoveEntryNoDestroy(e);
 177       }
 178       e = GetDocEntry(0x0028,0x1103);
 179       if (e)
 180       {
 181          RemoveEntryNoDestroy(e);
 182       }
 183       e = GetDocEntry(0x0028,0x01201);
 184       if (e)
 185       {
 186          RemoveEntryNoDestroy(e);
 187       }
 188       e = GetDocEntry(0x0028,0x1202);
 189       if (e)
 190       {
 191          RemoveEntryNoDestroy(e);
 192       }
 193       e = GetDocEntry(0x0028,0x1203);
 194       if (e)
 195       {
 196           RemoveEntryNoDestroy(e);
 197       }
 198    }
 199
 200 /*
 201 #ifdef GDCM_WORDS_BIGENDIAN
 202    // Super Super hack that will make gdcm a BOMB ! but should
 203    // Fix temporarily the dashboard
 204    BinEntry *b = GetBinEntry(GrPixel,NumPixel);
 205    if ( GetPixelSize() ==  16 )
 206    {
 207       uint16_t *im16 = (uint16_t*)b->GetBinArea();
 208       int lgr = b->GetLength();
 209       for( int i = 0; i < lgr / 2; i++ )
 210       {
 211          im16[i]= (im16[i] >> 8) | (im16[i] << 8 );
 212       }
 213    }
 214 #endif //GDCM_WORDS_BIGENDIAN
 215 */
 216
 217    Document::WriteContent(fp,filetype);
 218
 219 /*
 220 #ifdef GDCM_WORDS_BIGENDIAN
 221    // Flip back the pixel ... I told you this is a hack
 222    if ( GetPixelSize() ==  16 )
 223    {
 224       uint16_t *im16 = (uint16_t*)b->GetBinArea();
 225       int lgr = b->GetLength();
 226       for( int i = 0; i < lgr / 2; i++ )
 227       {
 228          im16[i]= (im16[i] >> 8) | (im16[i] << 8 );
 229       }
 230    }
 231 #endif //GDCM_WORDS_BIGENDIAN
 232 */
 233
 234    fp->close();
 235    delete fp;
 236
 237    return true;
 238 }
 239
 240 //-----------------------------------------------------------------------------
 241 // Print
 242
 243
 244 //-----------------------------------------------------------------------------
 245 // Public
 246
 247 /**
 248  * \brief  This predicate, based on hopefully reasonable heuristics,
 249  *         decides whether or not the current File was properly parsed
 250  *         and contains the mandatory information for being considered as
 251  *         a well formed and usable Dicom/Acr File.
 252  * @return true when File is the one of a reasonable Dicom/Acr file,
 253  *         false otherwise.
 254  */
 255 bool File::IsReadable()
 256 {
 257    if( !Document::IsReadable() )
 258    {
 259       return false;
 260    }
 261
 262    const std::string &res = GetEntryValue(0x0028, 0x0005);
 263    if ( res != GDCM_UNFOUND && atoi(res.c_str()) > 4 )
 264    {
 265       return false; // Image Dimensions
 266    }
 267    if ( !GetDocEntry(0x0028, 0x0100) )
 268    {
 269       return false; // "Bits Allocated"
 270    }
 271    if ( !GetDocEntry(0x0028, 0x0101) )
 272    {
 273       return false; // "Bits Stored"
 274    }
 275    if ( !GetDocEntry(0x0028, 0x0102) )
 276    {
 277       return false; // "High Bit"
 278    }
 279    if ( !GetDocEntry(0x0028, 0x0103) )
 280    {
 281       return false; // "Pixel Representation" i.e. 'Sign'
 282    }
 283
 284    return true;
 285 }
 286
 287 /**
 288  * \brief   Retrieve the number of columns of image.
 289  * @return  The encountered size when found, 0 by default.
 290  *          0 means the file is NOT USABLE. The caller will have to check
 291  */
 292 int File::GetXSize()
 293 {
 294    const std::string &strSize = GetEntryValue(0x0028,0x0011);
 295    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 296    {
 297       return 0;
 298    }
 299
 300    return atoi( strSize.c_str() );
 301 }
 302
 303 /**
 304  * \brief   Retrieve the number of lines of image.
 305  * \warning The defaulted value is 1 as opposed to File::GetXSize()
 306  * @return  The encountered size when found, 1 by default
 307  *          (The ACR-NEMA file contains a Signal, not an Image).
 308  */
 309 int File::GetYSize()
 310 {
 311    const std::string &strSize = GetEntryValue(0x0028,0x0010);
 312    if ( strSize != GDCM_UNFOUND )
 313    {
 314       return atoi( strSize.c_str() );
 315    }
 316    if ( IsDicomV3() )
 317    {
 318       return 0;
 319    }
 320
 321    // The Rows (0028,0010) entry was optional for ACR/NEMA. It might
 322    // hence be a signal (1D image). So we default to 1:
 323    return 1;
 324 }
 325
 326 /**
 327  * \brief   Retrieve the number of planes of volume or the number
 328  *          of frames of a multiframe.
 329  * \warning When present we consider the "Number of Frames" as the third
 330  *          dimension. When Missing we consider the third dimension as
 331  *          being the ACR-NEMA "Planes" tag content.
 332  * @return  The encountered size when found, 1 by default (single image).
 333  */
 334 int File::GetZSize()
 335 {
 336    // Both  DicomV3 and ACR/Nema consider the "Number of Frames"
 337    // as the third dimension.
 338    const std::string &strSize = GetEntryValue(0x0028,0x0008);
 339    if ( strSize != GDCM_UNFOUND )
 340    {
 341       return atoi( strSize.c_str() );
 342    }
 343
 344    // We then consider the "Planes" entry as the third dimension
 345    const std::string &strSize2 = GetEntryValue(0x0028,0x0012);
 346    if ( strSize2 != GDCM_UNFOUND )
 347    {
 348       return atoi( strSize2.c_str() );
 349    }
 350
 351    return 1;
 352 }
 353
 354 /**
 355   * \brief gets the info from 0028,0030 : Pixel Spacing
 356   *             else 1.0
 357   * @return X dimension of a pixel
 358   */
 359 float File::GetXSpacing()
 360 {
 361    float xspacing, yspacing;
 362    const std::string &strSpacing = GetEntryValue(0x0028,0x0030);
 363
 364    if ( strSpacing == GDCM_UNFOUND )
 365    {
 366       gdcmVerboseMacro( "Unfound Pixel Spacing (0028,0030)" );
 367       return 1.;
 368    }
 369
 370    int nbValues;
 371    if( ( nbValues = sscanf( strSpacing.c_str(),
 372          "%f\\%f", &yspacing, &xspacing)) != 2 )
 373    {
 374       // if single value is found, xspacing is defaulted to yspacing
 375       if ( nbValues == 1 )
 376       {
 377          xspacing = yspacing;
 378       }
 379
 380       if ( xspacing == 0.0 )
 381          xspacing = 1.0;
 382
 383       return xspacing;
 384
 385    }
 386
 387    // to avoid troubles with David Clunie's-like images
 388    if ( xspacing == 0. && yspacing == 0.)
 389       return 1.;
 390
 391    if ( xspacing == 0.)
 392    {
 393       gdcmVerboseMacro("gdcmData/CT-MONO2-8-abdo.dcm problem");
 394       // seems to be a bug in the header ...
 395       nbValues = sscanf( strSpacing.c_str(), "%f\\0\\%f", &yspacing, &xspacing);
 396       gdcmAssertMacro( nbValues == 2 );
 397    }
 398
 399    return xspacing;
 400 }
 401
 402 /**
 403   * \brief gets the info from 0028,0030 : Pixel Spacing
 404   *             else 1.0
 405   * @return Y dimension of a pixel
 406   */
 407 float File::GetYSpacing()
 408 {
 409    float yspacing = 1.;
 410    std::string strSpacing = GetEntryValue(0x0028,0x0030);
 411
 412    if ( strSpacing == GDCM_UNFOUND )
 413    {
 414       gdcmVerboseMacro("Unfound Pixel Spacing (0028,0030)");
 415       return 1.;
 416     }
 417
 418    // if sscanf cannot read any float value, it won't affect yspacing
 419    sscanf( strSpacing.c_str(), "%f", &yspacing);
 420
 421    if ( yspacing == 0.0 )
 422       yspacing = 1.0;
 423
 424    return yspacing;
 425 }
 426
 427 /**
 428  * \brief gets the info from 0018,0088 : Space Between Slices
 429  *                 else from 0018,0050 : Slice Thickness
 430  *                 else 1.0
 431  * @return Z dimension of a voxel-to be
 432  */
 433 float File::GetZSpacing()
 434 {
 435    // Spacing Between Slices : distance entre le milieu de chaque coupe
 436    // Les coupes peuvent etre :
 437    //   jointives     (Spacing between Slices = Slice Thickness)
 438    //   chevauchantes (Spacing between Slices < Slice Thickness)
 439    //   disjointes    (Spacing between Slices > Slice Thickness)
 440    // Slice Thickness : epaisseur de tissus sur laquelle est acquis le signal
 441    //   ca interesse le physicien de l'IRM, pas le visualisateur de volumes ...
 442    //   Si le Spacing Between Slices est Missing,
 443    //   on suppose que les coupes sont jointives
 444
 445    const std::string &strSpacingBSlices = GetEntryValue(0x0018,0x0088);
 446
 447    if ( strSpacingBSlices == GDCM_UNFOUND )
 448    {
 449       gdcmVerboseMacro("Unfound Spacing Between Slices (0018,0088)");
 450       const std::string &strSliceThickness = GetEntryValue(0x0018,0x0050);
 451       if ( strSliceThickness == GDCM_UNFOUND )
 452       {
 453          gdcmVerboseMacro("Unfound Slice Thickness (0018,0050)");
 454          return 1.;
 455       }
 456       else
 457       {
 458          // if no 'Spacing Between Slices' is found,
 459          // we assume slices join together
 460          // (no overlapping, no interslice gap)
 461          // if they don't, we're fucked up
 462          return (float)atof( strSliceThickness.c_str() );
 463       }
 464    }
 465    //else
 466    return (float)atof( strSpacingBSlices.c_str() );
 467 }
 468
 469 /**
 470  *\brief gets the info from 0028,1052 : Rescale Intercept
 471  * @return Rescale Intercept
 472  */
 473 float File::GetRescaleIntercept()
 474 {
 475    float resInter = 0.;
 476    /// 0028 1052 DS IMG Rescale Intercept
 477    const std::string &strRescInter = GetEntryValue(0x0028,0x1052);
 478    if ( strRescInter != GDCM_UNFOUND )
 479    {
 480       if( sscanf( strRescInter.c_str(), "%f", &resInter) != 1 )
 481       {
 482          // bug in the element 0x0028,0x1052
 483          gdcmVerboseMacro( "Rescale Intercept (0028,1052) is empty." );
 484       }
 485    }
 486
 487    return resInter;
 488 }
 489
 490 /**
 491  *\brief   gets the info from 0028,1053 : Rescale Slope
 492  * @return Rescale Slope
 493  */
 494 float File::GetRescaleSlope()
 495 {
 496    float resSlope = 1.;
 497    //0028 1053 DS IMG Rescale Slope
 498    std::string strRescSlope = GetEntryValue(0x0028,0x1053);
 499    if ( strRescSlope != GDCM_UNFOUND )
 500    {
 501       if( sscanf( strRescSlope.c_str(), "%f", &resSlope) != 1)
 502       {
 503          // bug in the element 0x0028,0x1053
 504          gdcmVerboseMacro( "Rescale Slope (0028,1053) is empty.");
 505       }
 506    }
 507
 508    return resSlope;
 509 }
 510
 511 /**
 512  * \brief This function is intended to user who doesn't want
 513  *   to have to manage a LUT and expects to get an RBG Pixel image
 514  *   (or a monochrome one ...)
 515  * \warning to be used with GetImagePixels()
 516  * @return 1 if Gray level, 3 if Color (RGB, YBR or PALETTE COLOR)
 517  */
 518 int File::GetNumberOfScalarComponents()
 519 {
 520    if ( GetSamplesPerPixel() == 3 )
 521    {
 522       return 3;
 523    }
 524
 525    // 0028 0100 US IMG Bits Allocated
 526    // (in order no to be messed up by old RGB images)
 527    if ( GetEntryValue(0x0028,0x0100) == "24" )
 528    {
 529       return 3;
 530    }
 531
 532    std::string strPhotometricInterpretation = GetEntryValue(0x0028,0x0004);
 533
 534    if ( ( strPhotometricInterpretation == "PALETTE COLOR ") )
 535    {
 536       if ( HasLUT() )// PALETTE COLOR is NOT enough
 537       {
 538          return 3;
 539       }
 540       else
 541       {
 542          return 1;
 543       }
 544    }
 545
 546    // beware of trailing space at end of string
 547    // DICOM tags are never of odd length
 548    if ( strPhotometricInterpretation == GDCM_UNFOUND   ||
 549         Util::DicomStringEqual(strPhotometricInterpretation, "MONOCHROME1") ||
 550         Util::DicomStringEqual(strPhotometricInterpretation, "MONOCHROME2") )
 551    {
 552       return 1;
 553    }
 554    else
 555    {
 556       // we assume that *all* kinds of YBR are dealt with
 557       return 3;
 558    }
 559 }
 560
 561 /**
 562  * \brief This function is intended to user that DOESN'T want
 563  *  to get RGB pixels image when it's stored as a PALETTE COLOR image
 564  *   - the (vtk) user is supposed to know how deal with LUTs -
 565  * \warning to be used with GetImagePixelsRaw()
 566  * @return 1 if Gray level, 3 if Color (RGB or YBR - NOT 'PALETTE COLOR' -)
 567  */
 568 int File::GetNumberOfScalarComponentsRaw()
 569 {
 570    // 0028 0100 US IMG Bits Allocated
 571    // (in order no to be messed up by old RGB images)
 572    if ( File::GetEntryValue(0x0028,0x0100) == "24" )
 573    {
 574       return 3;
 575    }
 576
 577    // we assume that *all* kinds of YBR are dealt with
 578    return GetSamplesPerPixel();
 579 }
 580
 581 //
 582 // --------------  Remember ! ----------------------------------
 583 //
 584 // Image Position Patient                              (0020,0032):
 585 // If not found (ACR_NEMA) we try Image Position       (0020,0030)
 586 // If not found (ACR-NEMA), we consider Slice Location (0020,1041)
 587 //                                   or Location       (0020,0050)
 588 // as the Z coordinate,
 589 // 0. for all the coordinates if nothing is found
 590
 591 // \todo find a way to inform the caller nothing was found
 592 // \todo How to tell the caller a wrong number of values was found?
 593 //
 594 // ---------------------------------------------------------------
 595 //
 596
 597 /**
 598  * \brief gets the info from 0020,0032 : Image Position Patient
 599  *                 else from 0020,0030 : Image Position (RET)
 600  *                 else 0.
 601  * @return up-left image corner X position
 602  */
 603 float File::GetXOrigin()
 604 {
 605    float xImPos, yImPos, zImPos;
 606    std::string strImPos = GetEntryValue(0x0020,0x0032);
 607
 608    if ( strImPos == GDCM_UNFOUND )
 609    {
 610       gdcmVerboseMacro( "Unfound Image Position Patient (0020,0032)");
 611       strImPos = GetEntryValue(0x0020,0x0030); // For ACR-NEMA images
 612       if ( strImPos == GDCM_UNFOUND )
 613       {
 614          gdcmVerboseMacro( "Unfound Image Position (RET) (0020,0030)");
 615          /// \todo How to tell the caller nothing was found ?
 616          return 0.;
 617       }
 618    }
 619
 620    if( sscanf( strImPos.c_str(), "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos) != 3 )
 621    {
 622       return 0.;
 623    }
 624
 625    return xImPos;
 626 }
 627
 628 /**
 629  * \brief gets the info from 0020,0032 : Image Position Patient
 630  *                 else from 0020,0030 : Image Position (RET)
 631  *                 else 0.
 632  * @return up-left image corner Y position
 633  */
 634 float File::GetYOrigin()
 635 {
 636    float xImPos, yImPos, zImPos;
 637    std::string strImPos = GetEntryValue(0x0020,0x0032);
 638
 639    if ( strImPos == GDCM_UNFOUND)
 640    {
 641       gdcmVerboseMacro( "Unfound Image Position Patient (0020,0032)");
 642       strImPos = GetEntryValue(0x0020,0x0030); // For ACR-NEMA images
 643       if ( strImPos == GDCM_UNFOUND )
 644       {
 645          gdcmVerboseMacro( "Unfound Image Position (RET) (0020,0030)");
 646          /// \todo How to tell the caller nothing was found ?
 647          return 0.;
 648       }
 649    }
 650
 651    if( sscanf( strImPos.c_str(), "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos) != 3 )
 652    {
 653       return 0.;
 654    }
 655
 656    return yImPos;
 657 }
 658
 659 /**
 660  * \brief gets the info from 0020,0032 : Image Position Patient
 661  *                 else from 0020,0030 : Image Position (RET)
 662  *                 else from 0020,1041 : Slice Location
 663  *                 else from 0020,0050 : Location
 664  *                 else 0.
 665  * @return up-left image corner Z position
 666  */
 667 float File::GetZOrigin()
 668 {
 669    float xImPos, yImPos, zImPos;
 670    std::string strImPos = GetEntryValue(0x0020,0x0032);
 671
 672    if ( strImPos != GDCM_UNFOUND )
 673    {
 674       if( sscanf( strImPos.c_str(), "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos) != 3)
 675       {
 676          gdcmVerboseMacro( "Wrong Image Position Patient (0020,0032)");
 677          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x0032
 678       }
 679       else
 680       {
 681          return zImPos;
 682       }
 683    }
 684
 685    strImPos = GetEntryValue(0x0020,0x0030); // For ACR-NEMA images
 686    if ( strImPos != GDCM_UNFOUND )
 687    {
 688       if( sscanf( strImPos.c_str(),
 689           "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos ) != 3 )
 690       {
 691          gdcmVerboseMacro( "Wrong Image Position (RET) (0020,0030)");
 692          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x0032
 693       }
 694       else
 695       {
 696          return zImPos;
 697       }
 698    }
 699
 700    std::string strSliceLocation = GetEntryValue(0x0020,0x1041); // for *very* old ACR-NEMA images
 701    if ( strSliceLocation != GDCM_UNFOUND )
 702    {
 703       if( sscanf( strSliceLocation.c_str(), "%f", &zImPos) != 1)
 704       {
 705          gdcmVerboseMacro( "Wrong Slice Location (0020,1041)");
 706          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x1041
 707       }
 708       else
 709       {
 710          return zImPos;
 711       }
 712    }
 713    gdcmVerboseMacro( "Unfound Slice Location (0020,1041)");
 714
 715    std::string strLocation = GetEntryValue(0x0020,0x0050);
 716    if ( strLocation != GDCM_UNFOUND )
 717    {
 718       if( sscanf( strLocation.c_str(), "%f", &zImPos) != 1)
 719       {
 720          gdcmVerboseMacro( "Wrong Location (0020,0050)");
 721          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x0050
 722       }
 723       else
 724       {
 725          return zImPos;
 726       }
 727    }
 728    gdcmVerboseMacro( "Unfound Location (0020,0050)");
 729
 730    return 0.; // Hopeless
 731 }
 732
 733 /**
 734  * \brief gets the info from 0020,0013 : Image Number else 0.
 735  * @return image number
 736  */
 737 int File::GetImageNumber()
 738 {
 739    // The function i atoi() takes the address of an area of memory as
 740    // parameter and converts the string stored at that location to an integer
 741    // using the external decimal to internal binary conversion rules. This may
 742    // be preferable to sscanf() since atoi() is a much smaller, simpler and
 743    // faster function. sscanf() can do all possible conversions whereas
 744    // atoi() can only do single decimal integer conversions.
 745    //0020 0013 IS REL Image Number
 746    std::string strImNumber = GetEntryValue(0x0020,0x0013);
 747    if ( strImNumber != GDCM_UNFOUND )
 748    {
 749       return atoi( strImNumber.c_str() );
 750    }
 751    return 0;   //Hopeless
 752 }
 753
 754 /**
 755  * \brief gets the info from 0008,0060 : Modality
 756  * @return Modality Type
 757  */
 758 ModalityType File::GetModality()
 759 {
 760    // 0008 0060 CS ID Modality
 761    std::string strModality = GetEntryValue(0x0008,0x0060);
 762    if ( strModality != GDCM_UNFOUND )
 763    {
 764            if ( strModality.find("AU") < strModality.length()) return AU;
 765       else if ( strModality.find("AS") < strModality.length()) return AS;
 766       else if ( strModality.find("BI") < strModality.length()) return BI;
 767       else if ( strModality.find("CF") < strModality.length()) return CF;
 768       else if ( strModality.find("CP") < strModality.length()) return CP;
 769       else if ( strModality.find("CR") < strModality.length()) return CR;
 770       else if ( strModality.find("CT") < strModality.length()) return CT;
 771       else if ( strModality.find("CS") < strModality.length()) return CS;
 772       else if ( strModality.find("DD") < strModality.length()) return DD;
 773       else if ( strModality.find("DF") < strModality.length()) return DF;
 774       else if ( strModality.find("DG") < strModality.length()) return DG;
 775       else if ( strModality.find("DM") < strModality.length()) return DM;
 776       else if ( strModality.find("DS") < strModality.length()) return DS;
 777       else if ( strModality.find("DX") < strModality.length()) return DX;
 778       else if ( strModality.find("ECG") < strModality.length()) return ECG;
 779       else if ( strModality.find("EPS") < strModality.length()) return EPS;
 780       else if ( strModality.find("FA") < strModality.length()) return FA;
 781       else if ( strModality.find("FS") < strModality.length()) return FS;
 782       else if ( strModality.find("HC") < strModality.length()) return HC;
 783       else if ( strModality.find("HD") < strModality.length()) return HD;
 784       else if ( strModality.find("LP") < strModality.length()) return LP;
 785       else if ( strModality.find("LS") < strModality.length()) return LS;
 786       else if ( strModality.find("MA") < strModality.length()) return MA;
 787       else if ( strModality.find("MR") < strModality.length()) return MR;
 788       else if ( strModality.find("NM") < strModality.length()) return NM;
 789       else if ( strModality.find("OT") < strModality.length()) return OT;
 790       else if ( strModality.find("PT") < strModality.length()) return PT;
 791       else if ( strModality.find("RF") < strModality.length()) return RF;
 792       else if ( strModality.find("RG") < strModality.length()) return RG;
 793       else if ( strModality.find("RTDOSE")   < strModality.length()) return RTDOSE;
 794       else if ( strModality.find("RTIMAGE")  < strModality.length()) return RTIMAGE;
 795       else if ( strModality.find("RTPLAN")   < strModality.length()) return RTPLAN;
 796       else if ( strModality.find("RTSTRUCT") < strModality.length()) return RTSTRUCT;
 797       else if ( strModality.find("SM") < strModality.length()) return SM;
 798       else if ( strModality.find("ST") < strModality.length()) return ST;
 799       else if ( strModality.find("TG") < strModality.length()) return TG;
 800       else if ( strModality.find("US") < strModality.length()) return US;
 801       else if ( strModality.find("VF") < strModality.length()) return VF;
 802       else if ( strModality.find("XA") < strModality.length()) return XA;
 803       else if ( strModality.find("XC") < strModality.length()) return XC;
 804
 805       else
 806       {
 807          /// \todo throw error return value ???
 808          /// specified <> unknown in our database
 809          return Unknow;
 810       }
 811    }
 812
 813    return Unknow;
 814 }
 815
 816 /**
 817  * \brief   Retrieve the number of Bits Stored (actually used)
 818  *          (as opposite to number of Bits Allocated)
 819  * @return  The encountered number of Bits Stored, 0 by default.
 820  *          0 means the file is NOT USABLE. The caller has to check it !
 821  */
 822 int File::GetBitsStored()
 823 {
 824    std::string strSize = GetEntryValue( 0x0028, 0x0101 );
 825    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 826    {
 827       gdcmVerboseMacro("(0028,0101) is supposed to be mandatory");
 828       return 0;  // It's supposed to be mandatory
 829                  // the caller will have to check
 830    }
 831    return atoi( strSize.c_str() );
 832 }
 833
 834 /**
 835  * \brief   Retrieve the high bit position.
 836  * \warning The method defaults to 0 when information is Missing.
 837  *          The responsability of checking this value is left to the caller.
 838  * @return  The high bit positin when present. 0 when Missing.
 839  */
 840 int File::GetHighBitPosition()
 841 {
 842    std::string strSize = GetEntryValue( 0x0028, 0x0102 );
 843    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 844    {
 845       gdcmVerboseMacro( "(0028,0102) is supposed to be mandatory");
 846       return 0;
 847    }
 848    return atoi( strSize.c_str() );
 849 }
 850
 851 /**
 852  * \brief   Check whether the pixels are signed or UNsigned data.
 853  * \warning The method defaults to false (UNsigned) when information is Missing.
 854  *          The responsability of checking this value is left to the caller.
 855  * @return  True when signed, false when UNsigned
 856  */
 857 bool File::IsSignedPixelData()
 858 {
 859    std::string strSize = GetEntryValue( 0x0028, 0x0103 );
 860    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 861    {
 862       gdcmVerboseMacro( "(0028,0103) is supposed to be mandatory");
 863       return false;
 864    }
 865    int sign = atoi( strSize.c_str() );
 866    if ( sign == 0 )
 867    {
 868       return false;
 869    }
 870    return true;
 871 }
 872
 873 /**
 874  * \brief   Retrieve the number of Bits Allocated
 875  *          (8, 12 -compacted ACR-NEMA files, 16, ...)
 876  * @return  The encountered number of Bits Allocated, 0 by default.
 877  *          0 means the file is NOT USABLE. The caller has to check it !
 878  */
 879 int File::GetBitsAllocated()
 880 {
 881    std::string strSize = GetEntryValue(0x0028,0x0100);
 882    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 883    {
 884       gdcmVerboseMacro( "(0028,0100) is supposed to be mandatory");
 885       return 0; // It's supposed to be mandatory
 886                 // the caller will have to check
 887    }
 888    return atoi( strSize.c_str() );
 889 }
 890
 891 /**
 892  * \brief   Retrieve the number of Samples Per Pixel
 893  *          (1 : gray level, 3 : RGB -1 or 3 Planes-)
 894  * @return  The encountered number of Samples Per Pixel, 1 by default.
 895  *          (Gray level Pixels)
 896  */
 897 int File::GetSamplesPerPixel()
 898 {
 899    const std::string& strSize = GetEntryValue(0x0028,0x0002);
 900    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 901    {
 902       gdcmVerboseMacro( "(0028,0002) is supposed to be mandatory");
 903       return 1; // Well, it's supposed to be mandatory ...
 904                 // but sometimes it's missing : *we* assume Gray pixels
 905    }
 906    return atoi( strSize.c_str() );
 907 }
 908
 909 /**
 910  * \brief   Check whether this a monochrome picture or not by accessing
 911  *          the "Photometric Interpretation" tag ( 0x0028, 0x0004 ).
 912  * @return  true when "MONOCHROME1" or "MONOCHROME2". False otherwise.
 913  */
 914 bool File::IsMonochrome()
 915 {
 916    const std::string& PhotometricInterp = GetEntryValue( 0x0028, 0x0004 );
 917    if (  Util::DicomStringEqual(PhotometricInterp, "MONOCHROME1")
 918       || Util::DicomStringEqual(PhotometricInterp, "MONOCHROME2") )
 919    {
 920       return true;
 921    }
 922    if ( PhotometricInterp == GDCM_UNFOUND )
 923    {
 924       gdcmVerboseMacro( "Not found : Photometric Interpretation (0028,0004)");
 925    }
 926    return false;
 927 }
 928
 929 /**
 930  * \brief   Check whether this a "PALETTE COLOR" picture or not by accessing
 931  *          the "Photometric Interpretation" tag ( 0x0028, 0x0004 ).
 932  * @return  true when "PALETTE COLOR". False otherwise.
 933  */
 934 bool File::IsPaletteColor()
 935 {
 936    std::string PhotometricInterp = GetEntryValue( 0x0028, 0x0004 );
 937    if (   PhotometricInterp == "PALETTE COLOR " )
 938    {
 939       return true;
 940    }
 941    if ( PhotometricInterp == GDCM_UNFOUND )
 942    {
 943       gdcmVerboseMacro( "Not found : Palette color (0028,0004)");
 944    }
 945    return false;
 946 }
 947
 948 /**
 949  * \brief   Check whether this a "YBR_FULL" color picture or not by accessing
 950  *          the "Photometric Interpretation" tag ( 0x0028, 0x0004 ).
 951  * @return  true when "YBR_FULL". False otherwise.
 952  */
 953 bool File::IsYBRFull()
 954 {
 955    std::string PhotometricInterp = GetEntryValue( 0x0028, 0x0004 );
 956    if (   PhotometricInterp == "YBR_FULL" )
 957    {
 958       return true;
 959    }
 960    if ( PhotometricInterp == GDCM_UNFOUND )
 961    {
 962       gdcmVerboseMacro( "Not found : YBR Full (0028,0004)");
 963    }
 964    return false;
 965 }
 966
 967 /**
 968  * \brief   Retrieve the Planar Configuration for RGB images
 969  *          (0 : RGB Pixels , 1 : R Plane + G Plane + B Plane)
 970  * @return  The encountered Planar Configuration, 0 by default.
 971  */
 972 int File::GetPlanarConfiguration()
 973 {
 974    std::string strSize = GetEntryValue(0x0028,0x0006);
 975    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 976    {
 977       gdcmVerboseMacro( "Not found : Planar Configuration (0028,0006)");
 978       return 0;
 979    }
 980    return atoi( strSize.c_str() );
 981 }
 982
 983 /**
 984  * \brief   Return the size (in bytes) of a single pixel of data.
 985  * @return  The size in bytes of a single pixel of data; 0 by default
 986  *          0 means the file is NOT USABLE; the caller will have to check
 987  */
 988 int File::GetPixelSize()
 989 {
 990    // 0028 0100 US IMG Bits Allocated
 991    // (in order no to be messed up by old RGB images)
 992    //   if (File::GetEntryValue(0x0028,0x0100) == "24")
 993    //      return 3;
 994
 995    std::string pixelType = GetPixelType();
 996    if ( pixelType ==  "8U" || pixelType == "8S" )
 997    {
 998       return 1;
 999    }
1000    if ( pixelType == "16U" || pixelType == "16S")
1001    {
1002       return 2;
1003    }
1004    if ( pixelType == "32U" || pixelType == "32S")
1005    {
1006       return 4;
1007    }
1008    if ( pixelType == "FD" )
1009    {
1010       return 8;
1011    }
1012    gdcmVerboseMacro( "Unknown pixel type");
1013    return 0;
1014 }
1015
1016 /**
1017  * \brief   Build the Pixel Type of the image.
1018  *          Possible values are:
1019  *          - 8U  unsigned  8 bit,
1020  *          - 8S    signed  8 bit,
1021  *          - 16U unsigned 16 bit,
1022  *          - 16S   signed 16 bit,
1023  *          - 32U unsigned 32 bit,
1024  *          - 32S   signed 32 bit,
1025  *          - FD floating double 64 bits (Not kosher DICOM, but so usefull!)
1026  * \warning 12 bit images appear as 16 bit.
1027  *          24 bit images appear as 8 bit
1028  * @return  0S if nothing found. NOT USABLE file. The caller has to check
1029  */
1030 std::string File::GetPixelType()
1031 {
1032    std::string bitsAlloc = GetEntryValue(0x0028, 0x0100); // Bits Allocated
1033    if ( bitsAlloc == GDCM_UNFOUND )
1034    {
1035       gdcmVerboseMacro( "Missing  Bits Allocated (0028,0100)");
1036       bitsAlloc = "16"; // default and arbitrary value, not to polute the output
1037    }
1038
1039    if ( bitsAlloc == "64" )
1040    {
1041       return "FD";
1042    }
1043    else if ( bitsAlloc == "12" )
1044    {
1045       // It will be unpacked
1046       bitsAlloc = "16";
1047    }
1048    else if ( bitsAlloc == "24" )
1049    {
1050       // (in order no to be messed up
1051       bitsAlloc = "8";  // by old RGB images)
1052    }
1053
1054    std::string sign = GetEntryValue(0x0028, 0x0103);//"Pixel Representation"
1055
1056    if (sign == GDCM_UNFOUND )
1057    {
1058       gdcmVerboseMacro( "Missing Pixel Representation (0028,0103)");
1059       sign = "U"; // default and arbitrary value, not to polute the output
1060    }
1061    else if ( sign == "0" )
1062    {
1063       sign = "U";
1064    }
1065    else
1066    {
1067       sign = "S";
1068    }
1069    return bitsAlloc + sign;
1070 }
1071
1072
1073 /**
1074  * \brief   Recover the offset (from the beginning of the file)
1075  *          of *image* pixels (not *icone image* pixels, if any !)
1076  * @return Pixel Offset
1077  */
1078 size_t File::GetPixelOffset()
1079 {
1080    DocEntry* pxlElement = GetDocEntry(GrPixel,NumPixel);
1081    if ( pxlElement )
1082    {
1083       return pxlElement->GetOffset();
1084    }
1085    else
1086    {
1087 #ifdef GDCM_DEBUG
1088       std::cout << "Big trouble : Pixel Element ("
1089                 << std::hex << GrPixel<<","<< NumPixel<< ") NOT found"
1090                 << std::endl;
1091 #endif //GDCM_DEBUG
1092       return 0;
1093    }
1094 }
1095
1096 /// \todo TODO : unify those two (previous one and next one)
1097 /**
1098  * \brief   Recover the pixel area length (in Bytes)
1099  * @return Pixel Element Length, as stored in the header
1100  *         (NOT the memory space necessary to hold the Pixels
1101  *          -in case of embeded compressed image-)
1102  *         0 : NOT USABLE file. The caller has to check.
1103  */
1104 size_t File::GetPixelAreaLength()
1105 {
1106    DocEntry* pxlElement = GetDocEntry(GrPixel,NumPixel);
1107    if ( pxlElement )
1108    {
1109       return pxlElement->GetLength();
1110    }
1111    else
1112    {
1113 #ifdef GDCM_DEBUG
1114       std::cout << "Big trouble : Pixel Element ("
1115                 << std::hex << GrPixel<<","<< NumPixel<< ") NOT found"
1116                 << std::endl;
1117 #endif //GDCM_DEBUG
1118       return 0;
1119    }
1120 }
1121
1122 /**
1123   * \brief tells us if LUT are used
1124   * \warning Right now, 'Segmented xxx Palette Color Lookup Table Data'
1125   *          are NOT considered as LUT, since nobody knows
1126   *          how to deal with them
1127   *          Please warn me if you know sbdy that *does* know ... jprx
1128   * @return true if LUT Descriptors and LUT Tables were found
1129   */
1130 bool File::HasLUT()
1131 {
1132    // Check the presence of the LUT Descriptors, and LUT Tables
1133    // LutDescriptorRed
1134    if ( !GetDocEntry(0x0028,0x1101) )
1135    {
1136       return false;
1137    }
1138    // LutDescriptorGreen
1139    if ( !GetDocEntry(0x0028,0x1102) )
1140    {
1141       return false;
1142    }
1143    // LutDescriptorBlue
1144    if ( !GetDocEntry(0x0028,0x1103) )
1145    {
1146       return false;
1147    }
1148    // Red Palette Color Lookup Table Data
1149    if ( !GetDocEntry(0x0028,0x1201) )
1150    {
1151       return false;
1152    }
1153    // Green Palette Color Lookup Table Data
1154    if ( !GetDocEntry(0x0028,0x1202) )
1155    {
1156       return false;
1157    }
1158    // Blue Palette Color Lookup Table Data
1159    if ( !GetDocEntry(0x0028,0x1203) )
1160    {
1161       return false;
1162    }
1163
1164    // FIXME : (0x0028,0x3006) : LUT Data (CTX dependent)
1165    //         NOT taken into account, but we don't know how to use it ...
1166    return true;
1167 }
1168
1169 /**
1170   * \brief gets the info from 0028,1101 : Lookup Table Desc-Red
1171   *             else 0
1172   * @return Lookup Table number of Bits , 0 by default
1173   *          when (0028,0004),Photometric Interpretation = [PALETTE COLOR ]
1174   * @ return bit number of each LUT item
1175   */
1176 int File::GetLUTNbits()
1177 {
1178    std::vector<std::string> tokens;
1179    int lutNbits;
1180
1181    //Just hope Lookup Table Desc-Red = Lookup Table Desc-Red
1182    //                                = Lookup Table Desc-Blue
1183    // Consistency already checked in GetLUTLength
1184    std::string lutDescription = GetEntryValue(0x0028,0x1101);
1185    if ( lutDescription == GDCM_UNFOUND )
1186    {
1187       return 0;
1188    }
1189
1190    tokens.clear(); // clean any previous value
1191    Util::Tokenize ( lutDescription, tokens, "\\" );
1192    //LutLength=atoi(tokens[0].c_str());
1193    //LutDepth=atoi(tokens[1].c_str());
1194
1195    lutNbits = atoi( tokens[2].c_str() );
1196    tokens.clear();
1197
1198    return lutNbits;
1199 }
1200
1201
1202 //-----------------------------------------------------------------------------
1203 // Protected
1204
1205 /**
1206  * \brief anonymize a File (removes Patient's personal info)
1207  *        (read the code to see which ones ...)
1208  */
1209 bool File::AnonymizeFile()
1210 {
1211    // If exist, replace by spaces
1212    SetEntryValue ("  ",0x0010, 0x2154); // Telephone
1213    SetEntryValue ("  ",0x0010, 0x1040); // Adress
1214    SetEntryValue ("  ",0x0010, 0x0020); // Patient ID
1215
1216    DocEntry* patientNameHE = GetDocEntry (0x0010, 0x0010);
1217
1218    if ( patientNameHE ) // we replace it by Study Instance UID (why not)
1219    {
1220       std::string studyInstanceUID =  GetEntryValue (0x0020, 0x000d);
1221       if ( studyInstanceUID != GDCM_UNFOUND )
1222       {
1223          Insert(studyInstanceUID, 0x0010, 0x0010);
1224       }
1225       else
1226       {
1227          Insert("anonymised", 0x0010, 0x0010);
1228       }
1229    }
1230
1231   // Just for fun :-(
1232   // (if any) remove or replace all the stuff that contains a Date
1233
1234 //0008 0012 DA ID Instance Creation Date
1235 //0008 0020 DA ID Study Date
1236 //0008 0021 DA ID Series Date
1237 //0008 0022 DA ID Acquisition Date
1238 //0008 0023 DA ID Content Date
1239 //0008 0024 DA ID Overlay Date
1240 //0008 0025 DA ID Curve Date
1241 //0008 002a DT ID Acquisition Datetime
1242 //0018 9074 DT ACQ Frame Acquisition Datetime
1243 //0018 9151 DT ACQ Frame Reference Datetime
1244 //0018 a002 DT ACQ Contribution Date Time
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1246 //0032 0032 DA SDY Study Verified Date
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1248 //0032 1000 DA SDY Scheduled Study Start Date
1249 //0032 1010 DA SDY Scheduled Study Stop Date
1250 //0032 1040 DA SDY Study Arrival Date
1251 //0032 1050 DA SDY Study Completion Date
1252 //0038 001a DA VIS Scheduled Admission Date
1253 //0038 001c DA VIS Scheduled Discharge Date
1254 //0038 0020 DA VIS Admitting Date
1255 //0038 0030 DA VIS Discharge Date
1256 //0040 0002 DA PRC Scheduled Procedure Step Start Date
1257 //0040 0004 DA PRC Scheduled Procedure Step End Date
1258 //0040 0244 DA PRC Performed Procedure Step Start Date
1259 //0040 0250 DA PRC Performed Procedure Step End Date
1260 //0040 2004 DA PRC Issue Date of Imaging Service Request
1261 //0040 4005 DT PRC Scheduled Procedure Step Start Date and Time
1262 //0040 4011 DT PRC Expected Completion Date and Time
1263 //0040 a030 DT PRC Verification Date Time
1264 //0040 a032 DT PRC Observation Date Time
1265 //0040 a120 DT PRC DateTime
1266 //0040 a121 DA PRC Date
1267 //0040 a13a DT PRC Referenced Datetime
1268 //0070 0082 DA ??? Presentation Creation Date
1269 //0100 0420 DT ??? SOP Autorization Date and Time
1270 //0400 0105 DT ??? Digital Signature DateTime
1271 //2100 0040 DA PJ Creation Date
1272 //3006 0008 DA SSET Structure Set Date
1273 //3008 0024 DA ??? Treatment Control Point Date
1274 //3008 0054 DA ??? First Treatment Date
1275 //3008 0056 DA ??? Most Recent Treatment Date
1276 //3008 0162 DA ??? Safe Position Exit Date
1277 //3008 0166 DA ??? Safe Position Return Date
1278 //3008 0250 DA ??? Treatment Date
1279 //300a 0006 DA RT RT Plan Date
1280 //300a 022c DA RT Air Kerma Rate Reference Date
1281 //300e 0004 DA RT Review Date
1282
1283    return true;
1284 }
1285
1286 /**
1287   * \brief gets the info from 0020,0037 : Image Orientation Patient
1288   * (needed to organize DICOM files based on their x,y,z position)
1289   * @param iop adress of the (6)float aray to receive values
1290   * @return cosines of image orientation patient
1291   */
1292 void File::GetImageOrientationPatient( float iop[6] )
1293 {
1294    std::string strImOriPat;
1295    //iop is supposed to be float[6]
1296    iop[0] = iop[1] = iop[2] = iop[3] = iop[4] = iop[5] = 0.;
1297
1298    // 0020 0037 DS REL Image Orientation (Patient)
1299    if ( (strImOriPat = GetEntryValue(0x0020,0x0037)) != GDCM_UNFOUND )
1300    {
1301       if( sscanf( strImOriPat.c_str(), "%f\\%f\\%f\\%f\\%f\\%f",
1302           &iop[0], &iop[1], &iop[2], &iop[3], &iop[4], &iop[5]) != 6 )
1303       {
1304          gdcmVerboseMacro( "Wrong Image Orientation Patient (0020,0037). Less than 6 values were found." );
1305       }
1306    }
1307    //For ACR-NEMA
1308    // 0020 0035 DS REL Image Orientation (RET)
1309    else if ( (strImOriPat = GetEntryValue(0x0020,0x0035)) != GDCM_UNFOUND )
1310    {
1311       if( sscanf( strImOriPat.c_str(), "%f\\%f\\%f\\%f\\%f\\%f",
1312           &iop[0], &iop[1], &iop[2], &iop[3], &iop[4], &iop[5]) != 6 )
1313       {
1314          gdcmVerboseMacro( "wrong Image Orientation Patient (0020,0035). Less than 6 values were found." );
1315       }
1316    }
1317 }
1318
1319 /**
1320  * \brief Initialize a default DICOM File that should contain all the
1321  *        field require by other reader. DICOM standard does not
1322  *        explicitely defines those fields, heuristic has been choosen.
1323  *        This is not perfect as we are writting a CT image...
1324  */
1325 void File::InitializeDefaultFile()
1326 {
1327    typedef struct
1328    {
1329       const char *value;
1330       uint16_t group;
1331       uint16_t elem;
1332    } DICOM_DEFAULT_VALUE;
1333
1334    std::string date = Util::GetCurrentDate();
1335    std::string time = Util::GetCurrentTime();
1336    std::string uid  = Util::CreateUniqueUID();
1337    std::string uidMedia = uid;
1338    std::string uidClass = uid + ".1";
1339    std::string uidInst  = uid + ".10";
1340    std::string uidStudy = uid + ".100";
1341    std::string uidSerie = uid + ".1000";
1342
1343    static DICOM_DEFAULT_VALUE defaultvalue[] = {
1344     { "146 ",                      0x0002, 0x0000}, // Meta Element Group Length // FIXME: how to recompute ?
1345     { "1.2.840.10008.5.1.4.1.1.2", 0x0002, 0x0002}, // Media Storage SOP Class UID (CT Image Storage)
1346     { uidClass.c_str(),            0x0002, 0x0003}, // Media Storage SOP Instance UID
1347     { "1.2.840.10008.1.2.1 ",      0x0002, 0x0010}, // Transfer Syntax UID (Explicit VR Little Endian)
1348     { uidClass.c_str(),            0x0002, 0x0012}, // META Implementation Class UID
1349     { "GDCM",                      0x0002, 0x0016}, // Source Application Entity Title
1350
1351     { date.c_str(),                0x0008, 0x0012}, // Instance Creation Date
1352     { time.c_str(),                0x0008, 0x0013}, // Instance Creation Time
1353     { "1.2.840.10008.5.1.4.1.1.2", 0x0008, 0x0016}, // SOP Class UID
1354     { uidInst.c_str(),             0x0008, 0x0018}, // SOP Instance UID
1355     { "CT",                        0x0008, 0x0060}, // Modality
1356     { "GDCM",                      0x0008, 0x0070}, // Manufacturer
1357     { "GDCM",                      0x0008, 0x0080}, // Institution Name
1358     { "http://www-creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm", 0x0008, 0x0081},  // Institution Address
1359
1360     { "GDCM",                      0x0010, 0x0010}, // Patient's Name
1361     { "GDCMID",                    0x0010, 0x0020}, // Patient ID
1362
1363     { uidStudy.c_str(),            0x0020, 0x000d}, // Study Instance UID
1364     { uidSerie.c_str(),            0x0020, 0x000e}, // Series Instance UID
1365     { "1",                         0x0020, 0x0010}, // StudyID
1366     { "1",                         0x0020, 0x0011}, // SeriesNumber
1367
1368     { "1",                         0x0028, 0x0002}, // Samples per pixel 1 or 3
1369     { "MONOCHROME1",               0x0028, 0x0004}, // photochromatic interpretation
1370     { "0",                         0x0028, 0x0010}, // nbRows
1371     { "0",                         0x0028, 0x0011}, // nbCols
1372     { "8",                         0x0028, 0x0100}, // BitsAllocated 8 or 12 or 16
1373     { "8",                         0x0028, 0x0101}, // BitsStored    <= BitsAllocated
1374     { "7",                         0x0028, 0x0102}, // HighBit       <= BitsAllocated - 1
1375     { "0",                         0x0028, 0x0103}, // Pixel Representation 0(unsigned) or 1(signed)
1376     { 0, 0, 0 }
1377    };
1378
1379    // default value
1380    // Special case this is the image (not a string)
1381    GrPixel = 0x7fe0;
1382    NumPixel = 0x0010;
1383    Insert(0, 0, GrPixel, NumPixel);
1384
1385    // All remaining strings:
1386    unsigned int i = 0;
1387    DICOM_DEFAULT_VALUE current = defaultvalue[i];
1388    while( current.value )
1389    {
1390       Insert(current.value, current.group, current.elem);
1391       current = defaultvalue[++i];
1392    }
1393 }
1394
1395
1396 //-----------------------------------------------------------------------------
1397 // Private
1398
1399 //-----------------------------------------------------------------------------
1400
1401 } // end namespace gdcm