5 static void _Swap(void* im, int swap, int lgr, int nb);
7 /////////////////////////////////////////////////////////////////
10 * \brief Constructor dedicated to writing a new DICOMV3 part10 compliant
11 * file (see SetFileName, SetDcmTag and Write)
12 * Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
13 * for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
14 * \Note the in-memory representation of all available tags found in
15 * the DICOM header is post-poned to first header information access.
16 * This avoid a double parsing of public part of the header when
17 * one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
18 * seen as a side effect).
20 * @param filename file to be opened for parsing
25 gdcmFile::gdcmFile(string & filename)
26 :gdcmHeader(filename.c_str())
31 /////////////////////////////////////////////////////////////////
32 // FIXME JPR: comments in English please !
35 * \brief Renvoie la longueur A ALLOUER pour recevoir les pixels de l'image
36 * \ ou DES images dans le cas d'un multiframe
37 * \ ATTENTION : il ne s'agit PAS de la longueur du groupe des Pixels
38 * \ (dans le cas d'images compressees, elle n'a pas de sens).
40 * @param void Rien en entree
42 * @return longueur a allouer
45 size_t gdcmFile::GetImageDataSize(void) {
46 int nbLignes, nbCol, nbFrames, nb;
47 string str_nbFrames, str_nb;
49 nbLignes=atoi(gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0010).c_str());
51 nbCol =atoi(gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0011).c_str());
54 str_nbFrames=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0008);
56 if (str_nbFrames == "gdcm::Unfound" ) {
59 nbFrames = atoi(str_nbFrames.c_str() );
62 // Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel
63 str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
65 if (str_nb == "gdcm::Unfound" ) {
68 nb = atoi(str_nb.c_str() );
71 size_t lgrTotale = nbFrames*nbLignes*nbCol*(nb/8);
76 /////////////////////////////////////////////////////////////////
79 * \brief amene en mémoire les Pixels d'une image NON COMPRESSEE
80 * \Aucun test n'est fait pour le moment sur le caractere compresse ou non de l'image
84 * @return Pointeur sur la zone mémoire contenant les Pixels lus
88 void * gdcmFile::GetImageData (void) {
92 int nb, nbu, highBit, signe;
93 string str_nbFrames, str_nb, str_nbu, str_highBit, str_signe;
95 unsigned short int mask = 0xffff;
97 // Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel
98 str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
100 if (str_nb == "gdcm::Unfound" ) {
103 nb = atoi(str_nb.c_str() );
106 // Nombre de Bits Utilises
107 str_nbu=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0101);
109 if (str_nbu == "gdcm::Unfound" ) {
112 nbu = atoi(str_nbu.c_str() );
115 // Position du Bit de Poids Fort
116 str_highBit=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0102);
118 if (str_highBit == "gdcm::Unfound" ) {
121 highBit = atoi(str_highBit.c_str() );
124 // Signe des Pixels 0 : Unsigned
125 str_signe=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0103);
127 if (str_signe == "gdcm::Unfound" ) {
130 signe = atoi(str_signe.c_str() );
133 // Longueur en Octets des Pixels a lire
134 size_t _lgrTotale = GetImageDataSize();
136 //Pixels = (char *) g_malloc(_lgrTotale);
137 _Pixels = (char *) malloc(_lgrTotale);
139 GetPixels(lgrTotale, _Pixels);
141 // On remet les Octets dans le bon ordre si besoin est
143 int _sw = GetSwapCode();
145 _Swap (_Pixels, _sw, _lgrTotale, nb);
148 // On remet les Bits des Octets dans le bon ordre si besoin est
150 // ATTENTION : Jamais confronté a des pixels stockes sur 32 bits
151 // avec moins de 32 bits utilises
152 // et dont le bit de poids fort ne serait pas la ou on l'attend ...
153 // --> ne marchera pas dans ce cas
155 mask = mask >> (nb-nbu);
156 int l=(int)_lgrTotale/(nb/8);
157 unsigned short *deb = (unsigned short *)_Pixels;
158 for(int i=0;i<l;i++) {
159 *deb = (*deb >> (nbu-highBit-1)) & mask;
163 // On l'affecte à un champ du dcmFile
166 lgrTotale = _lgrTotale;
169 // ca fait double emploi, il faudra nettoyer ça
176 /////////////////////////////////////////////////////////////////
179 * \brief amene en mémoire les Pixels d'une image NON COMPRESSEE
180 * \Aucun test n'est fait pour le moment sur le caractere compresse ou non de l'image
184 * @return Pointeur sur la zone mémoire contenant les Pixels lus
187 void * gdcmFile::GetImageData (void) {
189 // Longueur en Octets des Pixels a lire
190 size_t taille = GetImageDataSize();// ne faudrait-il pas la stocker?
191 _Pixels = (char *) malloc(taille);
192 GetImageDataIntoVector(_Pixels, taille);
194 // On l'affecte à un champ du dcmFile
199 // ca fait double emploi, il faudra nettoyer ça
206 /////////////////////////////////////////////////////////////////
209 * \brief amene en mémoire dans une zone précisee par l'utilisateur
210 * \les Pixels d'une image NON COMPRESSEE
211 * \Aucun test n'est fait pour le moment sur le caractere compresse ou non de l'image
218 int gdcmFile::GetImageDataIntoVector (void* destination, size_t MaxSize) {
221 // dans quel cas la Maxize sert-elle a quelque chose?
222 // que fait-on si la taille de l'image est + gde que Maxize?
223 // que fait-on si la taille de l'image est + petite que Maxize?
226 void * Pixels = destination; // pour garder le code identique avec GetImageData
228 int nb, nbu, highBit, signe;
229 string str_nbFrames, str_nb, str_nbu, str_highBit, str_signe;
231 unsigned short int mask = 0xffff;
233 // Longueur en Octets des Pixels a lire
234 size_t _lgrTotale = GetImageDataSize(); // ne faudrait-il pas la stocker?
236 // si lgrTotale < MaxSize ==> Gros pb
237 // -> on résoud à la goret
239 if ( _lgrTotale < MaxSize ) MaxSize = _lgrTotale;
241 GetPixels(MaxSize, destination);
243 // Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel
244 str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
246 if (str_nb == "gdcm::Unfound" ) {
249 nb = atoi(str_nb.c_str() );
252 // Nombre de Bits Utilises
253 str_nbu=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0101);
255 if (str_nbu == "gdcm::Unfound" ) {
258 nbu = atoi(str_nbu.c_str() );
261 // Position du Bit de Poids Fort
262 str_highBit=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0102);
264 if (str_highBit == "gdcm::Unfound" ) {
267 highBit = atoi(str_highBit.c_str() );
271 str_signe=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0103);
273 if (str_signe == "gdcm::Unfound" ) {
276 signe = atoi(str_signe.c_str() );
279 // On remet les Octets dans le bon ordre si besoin est
281 int _sw = GetSwapCode();
283 _Swap (destination, _sw, _lgrTotale, nb);
286 // On remet les Bits des Octets dans le bon ordre si besoin est
288 // ATTENTION : Jamais confronté a des pixels stockes sur 32 bits
289 // avec moins de 32 bits utilises
290 // et dont le bit de poids fort ne serait pas la ou on l'attend ...
291 // --> ne marchera pas dans ce cas
293 mask = mask >> (nb-nbu);
294 int l=(int)MaxSize/(nb/8);
295 unsigned short *deb = (unsigned short *)Pixels;
296 for(int i=0;i<l;i++) {
297 *deb = (*deb >> (nbu-highBit-1)) & mask;
302 // VOIR s'il ne faudrait pas l'affecter à un champ du dcmHeader
309 // Je laisse le code integral, au cas ça puisse etre reutilise ailleurs
312 static void _Swap(void* im, int swap, int lgr, int nb) {
331 ((unsigned short int*)im)[i]= ((((unsigned short int*)im)[i])>>8)
332 | ((((unsigned short int*)im)[i])<<8);
336 printf("valeur de SWAP (16 bits) non autorisee : %d\n", swap);
348 faible= ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff; /* 4321 */
349 fort =((unsigned long int*)im)[i]>>16;
350 fort= (fort>>8) | (fort<<8);
351 faible=(faible>>8) | (faible<<8);
353 ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|fort;
359 faible= ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff; /* 2143 */
360 fort=((unsigned long int*)im)[i]>>16;
361 fort= (fort>>8) | (fort<<8);
362 faible=(faible>>8) | (faible<<8);
364 ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|faible;
370 faible= ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff; /* 3412 */
371 fort=((unsigned long int*)im)[i]>>16;
373 ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|fort;
378 printf("valeur de SWAP (32 bits) non autorisee : %d\n", swap);
383 /////////////////////////////////////////////////////////////////
386 * \brief Ecrit sur disque les pixels d'UNE image
387 * \Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
388 * \Ca sera à l'utilisateur d'appeler son Reader correctement
389 * \ (Equivalent a IdImaWriteRawFile)
396 int gdcmFile::WriteRawData (string nomFichier) {
399 fp1 = fopen(nomFichier.c_str(),"wb");
401 printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",nomFichier.c_str());
405 fwrite (Pixels,lgrTotale, 1, fp1);
412 /////////////////////////////////////////////////////////////////
415 * \brief Ecrit sur disque UNE image Dicom
416 * \Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
417 * \Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel
418 * \ (Equivalent a IdDcmWrite)
425 int gdcmFile::WriteDcm (string nomFichier) {
427 // ATTENTION : fonction non terminée (commitée a titre de precaution)
431 fp1 = fopen(nomFichier.c_str(),"wb");
433 printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",nomFichier.c_str());
437 // Ecriture Dicom File Preamble
438 filePreamble=(char*)calloc(128,1);
439 fwrite(filePreamble,128,1,fp1);
440 fwrite("DICM",4,1,fp1);
442 // un accesseur de + est obligatoire ???
443 // pourtant le gdcmElValSet contenu dans le gdcmHeader
444 // ne devrait pas être visible par l'utilisateur final (?)
446 GetPubElVals().Write(fp1);
448 fwrite(Pixels, lgrTotale, 1, fp1);
454 /////////////////////////////////////////////////////////////////
457 * \brief Ecrit sur disque UNE image ACR-NEMA
458 * \ (a l'attention des logiciels cliniques
459 * \ qui ne prennent en entrée QUE des images ACR ...
460 * \ si un header DICOM est fourni en entree,
461 * \ les groupes < 0x0008 et les groupes impairs sont ignores)
462 * \ Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
463 * \ Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel
464 * \ (Equivalent a IdDcmWrite)
471 int gdcmFile::WriteAcr (string nomFichier) {
473 // ATTENTION : fonction non terminée (commitée a titre de precaution)
476 fp1 = fopen(nomFichier.c_str(),"wb");
478 printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",nomFichier.c_str());
482 // un accesseur de + est obligatoire ???
483 // pourtant le gdcmElValSet contenu dans le gdcmHeader
484 // ne devrait pas être visible par l'utilisateur final (?)
486 GetPubElVals().WriteAcr(fp1);
488 fwrite(Pixels, lgrTotale, 1, fp1);