src/gdcmFile.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: gdcmFile.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/02/15 18:12:34 $
   7   Version:   $Revision: 1.224 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 //
  20 // --------------  Remember ! ----------------------------------
  21 //
  22 // Image Position Patient                              (0020,0032):
  23 // If not found (ACR_NEMA) we try Image Position       (0020,0030)
  24 // If not found (ACR-NEMA), we consider Slice Location (0020,1041)
  25 //                                   or Location       (0020,0050)
  26 //                                   as the Z coordinate,
  27 // 0. for all the coordinates if nothing is found
  28 //
  29 // ---------------------------------------------------------------
  30 //
  31 #include "gdcmFile.h"
  32 #include "gdcmGlobal.h"
  33 #include "gdcmUtil.h"
  34 #include "gdcmDebug.h"
  35 #include "gdcmTS.h"
  36 #include "gdcmValEntry.h"
  37 #include "gdcmBinEntry.h"
  38 #include "gdcmSeqEntry.h"
  39 #include "gdcmRLEFramesInfo.h"
  40 #include "gdcmJPEGFragmentsInfo.h"
  41
  42 #include <stdio.h> //sscanf
  43 #include <vector>
  44
  45 namespace gdcm
  46 {
  47 //-----------------------------------------------------------------------------
  48 // Constructor / Destructor
  49 /**
  50  * \brief  Constructor
  51  * @param  filename name of the file whose header we want to analyze
  52  */
  53 File::File( std::string const &filename )
  54      :Document( filename )
  55 {
  56    RLEInfo  = new RLEFramesInfo;
  57    JPEGInfo = new JPEGFragmentsInfo;
  58
  59    // for some ACR-NEMA images GrPixel, NumPixel is *not* 7fe0,0010
  60    // We may encounter the 'RETired' (0x0028, 0x0200) tag
  61    // (Image Location") . This entry contains the number of
  62    // the group that contains the pixel data (hence the "Pixel Data"
  63    // is found by indirection through the "Image Location").
  64    // Inside the group pointed by "Image Location" the searched element
  65    // is conventionally the element 0x0010 (when the norm is respected).
  66    // When the "Image Location" is missing we default to group 0x7fe0.
  67    // Note: this IS the right place for the code
  68
  69    // Image Location
  70    const std::string &imgLocation = GetEntryValue(0x0028, 0x0200);
  71    if ( imgLocation == GDCM_UNFOUND )
  72    {
  73       // default value
  74       GrPixel = 0x7fe0;
  75    }
  76    else
  77    {
  78       GrPixel = (uint16_t) atoi( imgLocation.c_str() );
  79    }
  80
  81    // sometimes Image Location value doesn't follow
  82    // the supposed processor endianness.
  83    // see gdcmData/cr172241.dcm
  84    if ( GrPixel == 0xe07f )
  85    {
  86       GrPixel = 0x7fe0;
  87    }
  88
  89    if ( GrPixel != 0x7fe0 )
  90    {
  91       // This is a kludge for old dirty Philips imager.
  92       NumPixel = 0x1010;
  93    }
  94    else
  95    {
  96       NumPixel = 0x0010;
  97    }
  98
  99    // Now, we know GrPixel and NumPixel.
 100    // Let's create a VirtualDictEntry to allow a further VR modification
 101    // and force VR to match with BitsAllocated.
 102    DocEntry *entry = GetDocEntry(GrPixel, NumPixel);
 103    if ( entry != 0 )
 104    {
 105       // Compute the RLE or JPEG info
 106       OpenFile();
 107       std::string ts = GetTransferSyntax();
 108       Fp->seekg( entry->GetOffset(), std::ios::beg );
 109       if ( Global::GetTS()->IsRLELossless(ts) )
 110          ComputeRLEInfo();
 111       else if ( Global::GetTS()->IsJPEG(ts) )
 112          ComputeJPEGFragmentInfo();
 113       CloseFile();
 114
 115       // Create a new BinEntry to change the the DictEntry
 116       // The changed DictEntry will have
 117       // - a correct PixelVR OB or OW)
 118       // - a VM to "PXL"
 119       // - the name to "Pixel Data"
 120       BinEntry *oldEntry = dynamic_cast<BinEntry *>(entry);
 121       if(oldEntry)
 122       {
 123          std::string PixelVR;
 124          // 8 bits allocated is a 'O Bytes' , as well as 24 (old ACR-NEMA RGB)
 125          // more than 8 (i.e 12, 16) is a 'O Words'
 126          if ( GetBitsAllocated() == 8 || GetBitsAllocated() == 24 )
 127             PixelVR = "OB";
 128          else
 129             PixelVR = "OW";
 130
 131          // Change only made if usefull
 132          if( PixelVR != oldEntry->GetVR() )
 133          {
 134             DictEntry* newDict = NewVirtualDictEntry(GrPixel,NumPixel,
 135                                                      PixelVR,"1","Pixel Data");
 136
 137             BinEntry *newEntry = new BinEntry(newDict);
 138             newEntry->Copy(entry);
 139             newEntry->SetBinArea(oldEntry->GetBinArea(),oldEntry->IsSelfArea());
 140             oldEntry->SetSelfArea(false);
 141
 142             RemoveEntry(oldEntry);
 143             AddEntry(newEntry);
 144          }
 145       }
 146    }
 147 }
 148
 149 /**
 150  * \brief Constructor used when we want to generate dicom files from scratch
 151  */
 152 File::File():
 153    Document()
 154 {
 155    RLEInfo  = new RLEFramesInfo;
 156    JPEGInfo = new JPEGFragmentsInfo;
 157    InitializeDefaultFile();
 158 }
 159
 160 /**
 161  * \brief   Canonical destructor.
 162  */
 163 File::~File ()
 164 {
 165    if( RLEInfo )
 166       delete RLEInfo;
 167    if( JPEGInfo )
 168       delete JPEGInfo;
 169 }
 170
 171 //-----------------------------------------------------------------------------
 172 // Public
 173 /**
 174  * \brief  This predicate, based on hopefully reasonable heuristics,
 175  *         decides whether or not the current File was properly parsed
 176  *         and contains the mandatory information for being considered as
 177  *         a well formed and usable Dicom/Acr File.
 178  * @return true when File is the one of a reasonable Dicom/Acr file,
 179  *         false otherwise.
 180  */
 181 bool File::IsReadable()
 182 {
 183    if( !Document::IsReadable() )
 184    {
 185       return false;
 186    }
 187
 188    const std::string &res = GetEntryValue(0x0028, 0x0005);
 189    if ( res != GDCM_UNFOUND && atoi(res.c_str()) > 4 )
 190    {
 191       return false; // Image Dimensions
 192    }
 193    if ( !GetDocEntry(0x0028, 0x0100) )
 194    {
 195       return false; // "Bits Allocated"
 196    }
 197    if ( !GetDocEntry(0x0028, 0x0101) )
 198    {
 199       return false; // "Bits Stored"
 200    }
 201    if ( !GetDocEntry(0x0028, 0x0102) )
 202    {
 203       return false; // "High Bit"
 204    }
 205    if ( !GetDocEntry(0x0028, 0x0103) )
 206    {
 207       return false; // "Pixel Representation" i.e. 'Sign'
 208    }
 209
 210    return true;
 211 }
 212
 213 /**
 214  * \brief gets the info from 0020,0013 : Image Number else 0.
 215  * @return image number
 216  */
 217 int File::GetImageNumber()
 218 {
 219    // The function i atoi() takes the address of an area of memory as
 220    // parameter and converts the string stored at that location to an integer
 221    // using the external decimal to internal binary conversion rules. This may
 222    // be preferable to sscanf() since atoi() is a much smaller, simpler and
 223    // faster function. sscanf() can do all possible conversions whereas
 224    // atoi() can only do single decimal integer conversions.
 225    //0020 0013 IS REL Image Number
 226    std::string strImNumber = GetEntryValue(0x0020,0x0013);
 227    if ( strImNumber != GDCM_UNFOUND )
 228    {
 229       return atoi( strImNumber.c_str() );
 230    }
 231    return 0;   //Hopeless
 232 }
 233
 234 /**
 235  * \brief gets the info from 0008,0060 : Modality
 236  * @return Modality Type
 237  */
 238 ModalityType File::GetModality()
 239 {
 240    // 0008 0060 CS ID Modality
 241    std::string strModality = GetEntryValue(0x0008,0x0060);
 242    if ( strModality != GDCM_UNFOUND )
 243    {
 244            if ( strModality.find("AU") < strModality.length()) return AU;
 245       else if ( strModality.find("AS") < strModality.length()) return AS;
 246       else if ( strModality.find("BI") < strModality.length()) return BI;
 247       else if ( strModality.find("CF") < strModality.length()) return CF;
 248       else if ( strModality.find("CP") < strModality.length()) return CP;
 249       else if ( strModality.find("CR") < strModality.length()) return CR;
 250       else if ( strModality.find("CT") < strModality.length()) return CT;
 251       else if ( strModality.find("CS") < strModality.length()) return CS;
 252       else if ( strModality.find("DD") < strModality.length()) return DD;
 253       else if ( strModality.find("DF") < strModality.length()) return DF;
 254       else if ( strModality.find("DG") < strModality.length()) return DG;
 255       else if ( strModality.find("DM") < strModality.length()) return DM;
 256       else if ( strModality.find("DS") < strModality.length()) return DS;
 257       else if ( strModality.find("DX") < strModality.length()) return DX;
 258       else if ( strModality.find("ECG") < strModality.length()) return ECG;
 259       else if ( strModality.find("EPS") < strModality.length()) return EPS;
 260       else if ( strModality.find("FA") < strModality.length()) return FA;
 261       else if ( strModality.find("FS") < strModality.length()) return FS;
 262       else if ( strModality.find("HC") < strModality.length()) return HC;
 263       else if ( strModality.find("HD") < strModality.length()) return HD;
 264       else if ( strModality.find("LP") < strModality.length()) return LP;
 265       else if ( strModality.find("LS") < strModality.length()) return LS;
 266       else if ( strModality.find("MA") < strModality.length()) return MA;
 267       else if ( strModality.find("MR") < strModality.length()) return MR;
 268       else if ( strModality.find("NM") < strModality.length()) return NM;
 269       else if ( strModality.find("OT") < strModality.length()) return OT;
 270       else if ( strModality.find("PT") < strModality.length()) return PT;
 271       else if ( strModality.find("RF") < strModality.length()) return RF;
 272       else if ( strModality.find("RG") < strModality.length()) return RG;
 273       else if ( strModality.find("RTDOSE")   < strModality.length()) return RTDOSE;
 274       else if ( strModality.find("RTIMAGE")  < strModality.length()) return RTIMAGE;
 275       else if ( strModality.find("RTPLAN")   < strModality.length()) return RTPLAN;
 276       else if ( strModality.find("RTSTRUCT") < strModality.length()) return RTSTRUCT;
 277       else if ( strModality.find("SM") < strModality.length()) return SM;
 278       else if ( strModality.find("ST") < strModality.length()) return ST;
 279       else if ( strModality.find("TG") < strModality.length()) return TG;
 280       else if ( strModality.find("US") < strModality.length()) return US;
 281       else if ( strModality.find("VF") < strModality.length()) return VF;
 282       else if ( strModality.find("XA") < strModality.length()) return XA;
 283       else if ( strModality.find("XC") < strModality.length()) return XC;
 284
 285       else
 286       {
 287          /// \todo throw error return value ???
 288          /// specified <> unknown in our database
 289          return Unknow;
 290       }
 291    }
 292
 293    return Unknow;
 294 }
 295
 296 /**
 297  * \brief   Retrieve the number of columns of image.
 298  * @return  The encountered size when found, 0 by default.
 299  *          0 means the file is NOT USABLE. The caller will have to check
 300  */
 301 int File::GetXSize()
 302 {
 303    const std::string &strSize = GetEntryValue(0x0028,0x0011);
 304    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 305    {
 306       return 0;
 307    }
 308
 309    return atoi( strSize.c_str() );
 310 }
 311
 312 /**
 313  * \brief   Retrieve the number of lines of image.
 314  * \warning The defaulted value is 1 as opposed to File::GetXSize()
 315  * @return  The encountered size when found, 1 by default
 316  *          (The ACR-NEMA file contains a Signal, not an Image).
 317  */
 318 int File::GetYSize()
 319 {
 320    const std::string &strSize = GetEntryValue(0x0028,0x0010);
 321    if ( strSize != GDCM_UNFOUND )
 322    {
 323       return atoi( strSize.c_str() );
 324    }
 325    if ( IsDicomV3() )
 326    {
 327       return 0;
 328    }
 329
 330    // The Rows (0028,0010) entry was optional for ACR/NEMA. It might
 331    // hence be a signal (1D image). So we default to 1:
 332    return 1;
 333 }
 334
 335 /**
 336  * \brief   Retrieve the number of planes of volume or the number
 337  *          of frames of a multiframe.
 338  * \warning When present we consider the "Number of Frames" as the third
 339  *          dimension. When Missing we consider the third dimension as
 340  *          being the ACR-NEMA "Planes" tag content.
 341  * @return  The encountered size when found, 1 by default (single image).
 342  */
 343 int File::GetZSize()
 344 {
 345    // Both  DicomV3 and ACR/Nema consider the "Number of Frames"
 346    // as the third dimension.
 347    const std::string &strSize = GetEntryValue(0x0028,0x0008);
 348    if ( strSize != GDCM_UNFOUND )
 349    {
 350       return atoi( strSize.c_str() );
 351    }
 352
 353    // We then consider the "Planes" entry as the third dimension
 354    const std::string &strSize2 = GetEntryValue(0x0028,0x0012);
 355    if ( strSize2 != GDCM_UNFOUND )
 356    {
 357       return atoi( strSize2.c_str() );
 358    }
 359
 360    return 1;
 361 }
 362
 363 /**
 364   * \brief gets the info from 0028,0030 : Pixel Spacing
 365   *             else 1.0
 366   * @return X dimension of a pixel
 367   */
 368 float File::GetXSpacing()
 369 {
 370    float xspacing = 1.0;
 371    float yspacing = 1.0;
 372    const std::string &strSpacing = GetEntryValue(0x0028,0x0030);
 373
 374    if( strSpacing == GDCM_UNFOUND )
 375    {
 376       gdcmWarningMacro( "Unfound Pixel Spacing (0028,0030)" );
 377       return 1.;
 378    }
 379
 380    int nbValues;
 381    if( ( nbValues = sscanf( strSpacing.c_str(),
 382          "%f\\%f", &yspacing, &xspacing)) != 2 )
 383    {
 384       // if no values, xspacing is set to 1.0
 385       if( nbValues == 0 )
 386          xspacing = 1.0;
 387       // if single value is found, xspacing is defaulted to yspacing
 388       if( nbValues == 1 )
 389          xspacing = yspacing;
 390
 391       if ( xspacing == 0.0 )
 392          xspacing = 1.0;
 393
 394       return xspacing;
 395
 396    }
 397
 398    // to avoid troubles with David Clunie's-like images
 399    if ( xspacing == 0. && yspacing == 0.)
 400       return 1.;
 401
 402    if ( xspacing == 0.)
 403    {
 404       gdcmWarningMacro("gdcmData/CT-MONO2-8-abdo.dcm problem");
 405       // seems to be a bug in the header ...
 406       nbValues = sscanf( strSpacing.c_str(), "%f\\0\\%f", &yspacing, &xspacing);
 407       gdcmAssertMacro( nbValues == 2 );
 408    }
 409
 410    return xspacing;
 411 }
 412
 413 /**
 414   * \brief gets the info from 0028,0030 : Pixel Spacing
 415   *             else 1.0
 416   * @return Y dimension of a pixel
 417   */
 418 float File::GetYSpacing()
 419 {
 420    float yspacing = 1.;
 421    std::string strSpacing = GetEntryValue(0x0028,0x0030);
 422
 423    if ( strSpacing == GDCM_UNFOUND )
 424    {
 425       gdcmWarningMacro("Unfound Pixel Spacing (0028,0030)");
 426       return 1.;
 427     }
 428
 429    // if sscanf cannot read any float value, it won't affect yspacing
 430    int nbValues = sscanf( strSpacing.c_str(), "%f", &yspacing);
 431
 432    // if no values, xspacing is set to 1.0
 433    if( nbValues == 0 )
 434       yspacing = 1.0;
 435
 436    if ( yspacing == 0.0 )
 437       yspacing = 1.0;
 438
 439    return yspacing;
 440 }
 441
 442 /**
 443  * \brief gets the info from 0018,0088 : Space Between Slices
 444  *                 else from 0018,0050 : Slice Thickness
 445  *                 else 1.0
 446  * @return Z dimension of a voxel-to be
 447  */
 448 float File::GetZSpacing()
 449 {
 450    // Spacing Between Slices : distance entre le milieu de chaque coupe
 451    // Les coupes peuvent etre :
 452    //   jointives     (Spacing between Slices = Slice Thickness)
 453    //   chevauchantes (Spacing between Slices < Slice Thickness)
 454    //   disjointes    (Spacing between Slices > Slice Thickness)
 455    // Slice Thickness : epaisseur de tissus sur laquelle est acquis le signal
 456    //   ca interesse le physicien de l'IRM, pas le visualisateur de volumes ...
 457    //   Si le Spacing Between Slices est Missing,
 458    //   on suppose que les coupes sont jointives
 459
 460    const std::string &strSpacingBSlices = GetEntryValue(0x0018,0x0088);
 461
 462    if ( strSpacingBSlices == GDCM_UNFOUND )
 463    {
 464       gdcmWarningMacro("Unfound Spacing Between Slices (0018,0088)");
 465       const std::string &strSliceThickness = GetEntryValue(0x0018,0x0050);
 466       if ( strSliceThickness == GDCM_UNFOUND )
 467       {
 468          gdcmWarningMacro("Unfound Slice Thickness (0018,0050)");
 469          return 1.;
 470       }
 471       else
 472       {
 473          // if no 'Spacing Between Slices' is found,
 474          // we assume slices join together
 475          // (no overlapping, no interslice gap)
 476          // if they don't, we're fucked up
 477          return (float)atof( strSliceThickness.c_str() );
 478       }
 479    }
 480    //else
 481    return (float)atof( strSpacingBSlices.c_str() );
 482 }
 483
 484 /**
 485  * \brief gets the info from 0020,0032 : Image Position Patient
 486  *                 else from 0020,0030 : Image Position (RET)
 487  *                 else 0.
 488  * @return up-left image corner X position
 489  */
 490 float File::GetXOrigin()
 491 {
 492    float xImPos, yImPos, zImPos;
 493    std::string strImPos = GetEntryValue(0x0020,0x0032);
 494
 495    if ( strImPos == GDCM_UNFOUND )
 496    {
 497       gdcmWarningMacro( "Unfound Image Position Patient (0020,0032)");
 498       strImPos = GetEntryValue(0x0020,0x0030); // For ACR-NEMA images
 499       if ( strImPos == GDCM_UNFOUND )
 500       {
 501          gdcmWarningMacro( "Unfound Image Position (RET) (0020,0030)");
 502          return 0.;
 503       }
 504    }
 505
 506    if( sscanf( strImPos.c_str(), "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos) != 3 )
 507    {
 508       return 0.;
 509    }
 510
 511    return xImPos;
 512 }
 513
 514 /**
 515  * \brief gets the info from 0020,0032 : Image Position Patient
 516  *                 else from 0020,0030 : Image Position (RET)
 517  *                 else 0.
 518  * @return up-left image corner Y position
 519  */
 520 float File::GetYOrigin()
 521 {
 522    float xImPos, yImPos, zImPos;
 523    std::string strImPos = GetEntryValue(0x0020,0x0032);
 524
 525    if ( strImPos == GDCM_UNFOUND)
 526    {
 527       gdcmWarningMacro( "Unfound Image Position Patient (0020,0032)");
 528       strImPos = GetEntryValue(0x0020,0x0030); // For ACR-NEMA images
 529       if ( strImPos == GDCM_UNFOUND )
 530       {
 531          gdcmWarningMacro( "Unfound Image Position (RET) (0020,0030)");
 532          return 0.;
 533       }
 534    }
 535
 536    if( sscanf( strImPos.c_str(), "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos) != 3 )
 537    {
 538       return 0.;
 539    }
 540
 541    return yImPos;
 542 }
 543
 544 /**
 545  * \brief gets the info from 0020,0032 : Image Position Patient
 546  *                 else from 0020,0030 : Image Position (RET)
 547  *                 else from 0020,1041 : Slice Location
 548  *                 else from 0020,0050 : Location
 549  *                 else 0.
 550  * @return up-left image corner Z position
 551  */
 552 float File::GetZOrigin()
 553 {
 554    float xImPos, yImPos, zImPos;
 555    std::string strImPos = GetEntryValue(0x0020,0x0032);
 556
 557    if ( strImPos != GDCM_UNFOUND )
 558    {
 559       if( sscanf( strImPos.c_str(), "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos) != 3)
 560       {
 561          gdcmWarningMacro( "Wrong Image Position Patient (0020,0032)");
 562          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x0032
 563       }
 564       else
 565       {
 566          return zImPos;
 567       }
 568    }
 569
 570    strImPos = GetEntryValue(0x0020,0x0030); // For ACR-NEMA images
 571    if ( strImPos != GDCM_UNFOUND )
 572    {
 573       if( sscanf( strImPos.c_str(),
 574           "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos ) != 3 )
 575       {
 576          gdcmWarningMacro( "Wrong Image Position (RET) (0020,0030)");
 577          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x0032
 578       }
 579       else
 580       {
 581          return zImPos;
 582       }
 583    }
 584
 585    std::string strSliceLocation = GetEntryValue(0x0020,0x1041); // for *very* old ACR-NEMA images
 586    if ( strSliceLocation != GDCM_UNFOUND )
 587    {
 588       if( sscanf( strSliceLocation.c_str(), "%f", &zImPos) != 1)
 589       {
 590          gdcmWarningMacro( "Wrong Slice Location (0020,1041)");
 591          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x1041
 592       }
 593       else
 594       {
 595          return zImPos;
 596       }
 597    }
 598    gdcmWarningMacro( "Unfound Slice Location (0020,1041)");
 599
 600    std::string strLocation = GetEntryValue(0x0020,0x0050);
 601    if ( strLocation != GDCM_UNFOUND )
 602    {
 603       if( sscanf( strLocation.c_str(), "%f", &zImPos) != 1)
 604       {
 605          gdcmWarningMacro( "Wrong Location (0020,0050)");
 606          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x0050
 607       }
 608       else
 609       {
 610          return zImPos;
 611       }
 612    }
 613    gdcmWarningMacro( "Unfound Location (0020,0050)");
 614
 615    return 0.; // Hopeless
 616 }
 617
 618 /**
 619   * \brief gets the info from 0020,0037 : Image Orientation Patient
 620   * (needed to organize DICOM files based on their x,y,z position)
 621   * @param iop adress of the (6)float aray to receive values
 622   * @return cosines of image orientation patient
 623   */
 624 void File::GetImageOrientationPatient( float iop[6] )
 625 {
 626    std::string strImOriPat;
 627    //iop is supposed to be float[6]
 628    iop[0] = iop[1] = iop[2] = iop[3] = iop[4] = iop[5] = 0.;
 629
 630    // 0020 0037 DS REL Image Orientation (Patient)
 631    if ( (strImOriPat = GetEntryValue(0x0020,0x0037)) != GDCM_UNFOUND )
 632    {
 633       if( sscanf( strImOriPat.c_str(), "%f\\%f\\%f\\%f\\%f\\%f",
 634           &iop[0], &iop[1], &iop[2], &iop[3], &iop[4], &iop[5]) != 6 )
 635       {
 636          gdcmWarningMacro( "Wrong Image Orientation Patient (0020,0037). Less than 6 values were found." );
 637       }
 638    }
 639    //For ACR-NEMA
 640    // 0020 0035 DS REL Image Orientation (RET)
 641    else if ( (strImOriPat = GetEntryValue(0x0020,0x0035)) != GDCM_UNFOUND )
 642    {
 643       if( sscanf( strImOriPat.c_str(), "%f\\%f\\%f\\%f\\%f\\%f",
 644           &iop[0], &iop[1], &iop[2], &iop[3], &iop[4], &iop[5]) != 6 )
 645       {
 646          gdcmWarningMacro( "wrong Image Orientation Patient (0020,0035). Less than 6 values were found." );
 647       }
 648    }
 649 }
 650
 651 /**
 652  * \brief   Retrieve the number of Bits Stored (actually used)
 653  *          (as opposed to number of Bits Allocated)
 654  * @return  The encountered number of Bits Stored, 0 by default.
 655  *          0 means the file is NOT USABLE. The caller has to check it !
 656  */
 657 int File::GetBitsStored()
 658 {
 659    std::string strSize = GetEntryValue( 0x0028, 0x0101 );
 660    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 661    {
 662       gdcmWarningMacro("(0028,0101) is supposed to be mandatory");
 663       return 0;  // It's supposed to be mandatory
 664                  // the caller will have to check
 665    }
 666    return atoi( strSize.c_str() );
 667 }
 668
 669 /**
 670  * \brief   Retrieve the number of Bits Allocated
 671  *          (8, 12 -compacted ACR-NEMA files, 16, ...)
 672  * @return  The encountered number of Bits Allocated, 0 by default.
 673  *          0 means the file is NOT USABLE. The caller has to check it !
 674  */
 675 int File::GetBitsAllocated()
 676 {
 677    std::string strSize = GetEntryValue(0x0028,0x0100);
 678    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 679    {
 680       gdcmWarningMacro( "(0028,0100) is supposed to be mandatory");
 681       return 0; // It's supposed to be mandatory
 682                 // the caller will have to check
 683    }
 684    return atoi( strSize.c_str() );
 685 }
 686
 687 /**
 688  * \brief   Retrieve the high bit position.
 689  * \warning The method defaults to 0 when information is Missing.
 690  *          The responsability of checking this value is left to the caller.
 691  * @return  The high bit positin when present. 0 when Missing.
 692  */
 693 int File::GetHighBitPosition()
 694 {
 695    std::string strSize = GetEntryValue( 0x0028, 0x0102 );
 696    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 697    {
 698       gdcmWarningMacro( "(0028,0102) is supposed to be mandatory");
 699       return 0;
 700    }
 701    return atoi( strSize.c_str() );
 702 }
 703
 704 /**
 705  * \brief   Retrieve the number of Samples Per Pixel
 706  *          (1 : gray level, 3 : RGB -1 or 3 Planes-)
 707  * @return  The encountered number of Samples Per Pixel, 1 by default.
 708  *          (Gray level Pixels)
 709  */
 710 int File::GetSamplesPerPixel()
 711 {
 712    const std::string &strSize = GetEntryValue(0x0028,0x0002);
 713    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 714    {
 715       gdcmWarningMacro( "(0028,0002) is supposed to be mandatory");
 716       return 1; // Well, it's supposed to be mandatory ...
 717                 // but sometimes it's missing : *we* assume Gray pixels
 718    }
 719    return atoi( strSize.c_str() );
 720 }
 721
 722 /**
 723  * \brief   Retrieve the Planar Configuration for RGB images
 724  *          (0 : RGB Pixels , 1 : R Plane + G Plane + B Plane)
 725  * @return  The encountered Planar Configuration, 0 by default.
 726  */
 727 int File::GetPlanarConfiguration()
 728 {
 729    std::string strSize = GetEntryValue(0x0028,0x0006);
 730    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 731    {
 732       gdcmWarningMacro( "Not found : Planar Configuration (0028,0006)");
 733       return 0;
 734    }
 735    return atoi( strSize.c_str() );
 736 }
 737
 738 /**
 739  * \brief   Return the size (in bytes) of a single pixel of data.
 740  * @return  The size in bytes of a single pixel of data; 0 by default
 741  *          0 means the file is NOT USABLE; the caller will have to check
 742  */
 743 int File::GetPixelSize()
 744 {
 745    // 0028 0100 US IMG Bits Allocated
 746    // (in order no to be messed up by old RGB images)
 747    //   if (File::GetEntryValue(0x0028,0x0100) == "24")
 748    //      return 3;
 749
 750    std::string pixelType = GetPixelType();
 751    if ( pixelType ==  "8U" || pixelType == "8S" )
 752    {
 753       return 1;
 754    }
 755    if ( pixelType == "16U" || pixelType == "16S")
 756    {
 757       return 2;
 758    }
 759    if ( pixelType == "32U" || pixelType == "32S")
 760    {
 761       return 4;
 762    }
 763    if ( pixelType == "FD" )
 764    {
 765       return 8;
 766    }
 767    gdcmWarningMacro( "Unknown pixel type");
 768    return 0;
 769 }
 770
 771 /**
 772  * \brief   Build the Pixel Type of the image.
 773  *          Possible values are:
 774  *          - 8U  unsigned  8 bit,
 775  *          - 8S    signed  8 bit,
 776  *          - 16U unsigned 16 bit,
 777  *          - 16S   signed 16 bit,
 778  *          - 32U unsigned 32 bit,
 779  *          - 32S   signed 32 bit,
 780  *          - FD floating double 64 bits (Not kosher DICOM, but so usefull!)
 781  * \warning 12 bit images appear as 16 bit.
 782  *          24 bit images appear as 8 bit
 783  * @return  0S if nothing found. NOT USABLE file. The caller has to check
 784  */
 785 std::string File::GetPixelType()
 786 {
 787    std::string bitsAlloc = GetEntryValue(0x0028, 0x0100); // Bits Allocated
 788    if ( bitsAlloc == GDCM_UNFOUND )
 789    {
 790       gdcmWarningMacro( "Missing  Bits Allocated (0028,0100)");
 791       bitsAlloc = "16"; // default and arbitrary value, not to polute the output
 792    }
 793
 794    if ( bitsAlloc == "64" )
 795    {
 796       return "FD";
 797    }
 798    else if ( bitsAlloc == "12" )
 799    {
 800       // It will be unpacked
 801       bitsAlloc = "16";
 802    }
 803    else if ( bitsAlloc == "24" )
 804    {
 805       // (in order no to be messed up
 806       bitsAlloc = "8";  // by old RGB images)
 807    }
 808
 809    std::string sign = GetEntryValue(0x0028, 0x0103);//"Pixel Representation"
 810
 811    if (sign == GDCM_UNFOUND )
 812    {
 813       gdcmWarningMacro( "Missing Pixel Representation (0028,0103)");
 814       sign = "U"; // default and arbitrary value, not to polute the output
 815    }
 816    else if ( sign == "0" )
 817    {
 818       sign = "U";
 819    }
 820    else
 821    {
 822       sign = "S";
 823    }
 824    return bitsAlloc + sign;
 825 }
 826
 827 /**
 828  * \brief   Check whether the pixels are signed or UNsigned data.
 829  * \warning The method defaults to false (UNsigned) when information is Missing.
 830  *          The responsability of checking this value is left to the caller.
 831  * @return  True when signed, false when UNsigned
 832  */
 833 bool File::IsSignedPixelData()
 834 {
 835    std::string strSize = GetEntryValue( 0x0028, 0x0103 );
 836    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 837    {
 838       gdcmWarningMacro( "(0028,0103) is supposed to be mandatory");
 839       return false;
 840    }
 841    int sign = atoi( strSize.c_str() );
 842    if ( sign == 0 )
 843    {
 844       return false;
 845    }
 846    return true;
 847 }
 848
 849 /**
 850  * \brief   Check whether this a monochrome picture (gray levels) or not,
 851  *          using "Photometric Interpretation" tag (0x0028,0x0004).
 852  * @return  true when "MONOCHROME1" or "MONOCHROME2". False otherwise.
 853  */
 854 bool File::IsMonochrome()
 855 {
 856    const std::string &PhotometricInterp = GetEntryValue( 0x0028, 0x0004 );
 857    if (  Util::DicomStringEqual(PhotometricInterp, "MONOCHROME1")
 858       || Util::DicomStringEqual(PhotometricInterp, "MONOCHROME2") )
 859    {
 860       return true;
 861    }
 862    if ( PhotometricInterp == GDCM_UNFOUND )
 863    {
 864       gdcmWarningMacro( "Not found : Photometric Interpretation (0028,0004)");
 865    }
 866    return false;
 867 }
 868
 869 /**
 870  * \brief   Check whether this a MONOCHROME1 picture (high values = dark)
 871  *            or not using "Photometric Interpretation" tag (0x0028,0x0004).
 872  * @return  true when "MONOCHROME1" . False otherwise.
 873  */
 874 bool File::IsMonochrome1()
 875 {
 876    const std::string &PhotometricInterp = GetEntryValue( 0x0028, 0x0004 );
 877    if (  Util::DicomStringEqual(PhotometricInterp, "MONOCHROME1") )
 878    {
 879       return true;
 880    }
 881    if ( PhotometricInterp == GDCM_UNFOUND )
 882    {
 883       gdcmWarningMacro( "Not found : Photometric Interpretation (0028,0004)");
 884    }
 885    return false;
 886 }
 887
 888 /**
 889  * \brief   Check whether this a "PALETTE COLOR" picture or not by accessing
 890  *          the "Photometric Interpretation" tag ( 0x0028, 0x0004 ).
 891  * @return  true when "PALETTE COLOR". False otherwise.
 892  */
 893 bool File::IsPaletteColor()
 894 {
 895    std::string PhotometricInterp = GetEntryValue( 0x0028, 0x0004 );
 896    if (   PhotometricInterp == "PALETTE COLOR " )
 897    {
 898       return true;
 899    }
 900    if ( PhotometricInterp == GDCM_UNFOUND )
 901    {
 902       gdcmWarningMacro( "Not found : Palette color (0028,0004)");
 903    }
 904    return false;
 905 }
 906
 907 /**
 908  * \brief   Check whether this a "YBR_FULL" color picture or not by accessing
 909  *          the "Photometric Interpretation" tag ( 0x0028, 0x0004 ).
 910  * @return  true when "YBR_FULL". False otherwise.
 911  */
 912 bool File::IsYBRFull()
 913 {
 914    std::string PhotometricInterp = GetEntryValue( 0x0028, 0x0004 );
 915    if (   PhotometricInterp == "YBR_FULL" )
 916    {
 917       return true;
 918    }
 919    if ( PhotometricInterp == GDCM_UNFOUND )
 920    {
 921       gdcmWarningMacro( "Not found : YBR Full (0028,0004)");
 922    }
 923    return false;
 924 }
 925
 926 /**
 927   * \brief tells us if LUT are used
 928   * \warning Right now, 'Segmented xxx Palette Color Lookup Table Data'
 929   *          are NOT considered as LUT, since nobody knows
 930   *          how to deal with them
 931   *          Please warn me if you know sbdy that *does* know ... jprx
 932   * @return true if LUT Descriptors and LUT Tables were found
 933   */
 934 bool File::HasLUT()
 935 {
 936    // Check the presence of the LUT Descriptors, and LUT Tables
 937    // LutDescriptorRed
 938    if ( !GetDocEntry(0x0028,0x1101) )
 939    {
 940       return false;
 941    }
 942    // LutDescriptorGreen
 943    if ( !GetDocEntry(0x0028,0x1102) )
 944    {
 945       return false;
 946    }
 947    // LutDescriptorBlue
 948    if ( !GetDocEntry(0x0028,0x1103) )
 949    {
 950       return false;
 951    }
 952    // Red Palette Color Lookup Table Data
 953    if ( !GetDocEntry(0x0028,0x1201) )
 954    {
 955       return false;
 956    }
 957    // Green Palette Color Lookup Table Data
 958    if ( !GetDocEntry(0x0028,0x1202) )
 959    {
 960       return false;
 961    }
 962    // Blue Palette Color Lookup Table Data
 963    if ( !GetDocEntry(0x0028,0x1203) )
 964    {
 965       return false;
 966    }
 967
 968    // FIXME : (0x0028,0x3006) : LUT Data (CTX dependent)
 969    //         NOT taken into account, but we don't know how to use it ...
 970    return true;
 971 }
 972
 973 /**
 974   * \brief gets the info from 0028,1101 : Lookup Table Desc-Red
 975   *             else 0
 976   * @return Lookup Table number of Bits , 0 by default
 977   *          when (0028,0004),Photometric Interpretation = [PALETTE COLOR ]
 978   * @ return bit number of each LUT item
 979   */
 980 int File::GetLUTNbits()
 981 {
 982    std::vector<std::string> tokens;
 983    int lutNbits;
 984
 985    //Just hope Lookup Table Desc-Red = Lookup Table Desc-Red
 986    //                                = Lookup Table Desc-Blue
 987    // Consistency already checked in GetLUTLength
 988    std::string lutDescription = GetEntryValue(0x0028,0x1101);
 989    if ( lutDescription == GDCM_UNFOUND )
 990    {
 991       return 0;
 992    }
 993
 994    tokens.clear(); // clean any previous value
 995    Util::Tokenize ( lutDescription, tokens, "\\" );
 996    //LutLength=atoi(tokens[0].c_str());
 997    //LutDepth=atoi(tokens[1].c_str());
 998
 999    lutNbits = atoi( tokens[2].c_str() );
1000    tokens.clear();
1001
1002    return lutNbits;
1003 }
1004
1005 /**
1006  *\brief gets the info from 0028,1052 : Rescale Intercept
1007  * @return Rescale Intercept
1008  */
1009 float File::GetRescaleIntercept()
1010 {
1011    float resInter = 0.;
1012    /// 0028 1052 DS IMG Rescale Intercept
1013    const std::string &strRescInter = GetEntryValue(0x0028,0x1052);
1014    if ( strRescInter != GDCM_UNFOUND )
1015    {
1016       if( sscanf( strRescInter.c_str(), "%f", &resInter) != 1 )
1017       {
1018          // bug in the element 0x0028,0x1052
1019          gdcmWarningMacro( "Rescale Intercept (0028,1052) is empty." );
1020       }
1021    }
1022
1023    return resInter;
1024 }
1025
1026 /**
1027  *\brief   gets the info from 0028,1053 : Rescale Slope
1028  * @return Rescale Slope
1029  */
1030 float File::GetRescaleSlope()
1031 {
1032    float resSlope = 1.;
1033    //0028 1053 DS IMG Rescale Slope
1034    std::string strRescSlope = GetEntryValue(0x0028,0x1053);
1035    if ( strRescSlope != GDCM_UNFOUND )
1036    {
1037       if( sscanf( strRescSlope.c_str(), "%f", &resSlope) != 1)
1038       {
1039          // bug in the element 0x0028,0x1053
1040          gdcmWarningMacro( "Rescale Slope (0028,1053) is empty.");
1041       }
1042    }
1043
1044    return resSlope;
1045 }
1046
1047 /**
1048  * \brief This function is intended to user who doesn't want
1049  *   to have to manage a LUT and expects to get an RBG Pixel image
1050  *   (or a monochrome one ...)
1051  * \warning to be used with GetImagePixels()
1052  * @return 1 if Gray level, 3 if Color (RGB, YBR or PALETTE COLOR)
1053  */
1054 int File::GetNumberOfScalarComponents()
1055 {
1056    if ( GetSamplesPerPixel() == 3 )
1057    {
1058       return 3;
1059    }
1060
1061    // 0028 0100 US IMG Bits Allocated
1062    // (in order no to be messed up by old RGB images)
1063    if ( GetEntryValue(0x0028,0x0100) == "24" )
1064    {
1065       return 3;
1066    }
1067
1068    std::string strPhotometricInterpretation = GetEntryValue(0x0028,0x0004);
1069
1070    if ( ( strPhotometricInterpretation == "PALETTE COLOR ") )
1071    {
1072       if ( HasLUT() )// PALETTE COLOR is NOT enough
1073       {
1074          return 3;
1075       }
1076       else
1077       {
1078          return 1;
1079       }
1080    }
1081
1082    // beware of trailing space at end of string
1083    // DICOM tags are never of odd length
1084    if ( strPhotometricInterpretation == GDCM_UNFOUND   ||
1085         Util::DicomStringEqual(strPhotometricInterpretation, "MONOCHROME1") ||
1086         Util::DicomStringEqual(strPhotometricInterpretation, "MONOCHROME2") )
1087    {
1088       return 1;
1089    }
1090    else
1091    {
1092       // we assume that *all* kinds of YBR are dealt with
1093       return 3;
1094    }
1095 }
1096
1097 /**
1098  * \brief This function is intended to user that DOESN'T want
1099  *  to get RGB pixels image when it's stored as a PALETTE COLOR image
1100  *   - the (vtk) user is supposed to know how deal with LUTs -
1101  * \warning to be used with GetImagePixelsRaw()
1102  * @return 1 if Gray level, 3 if Color (RGB or YBR - NOT 'PALETTE COLOR' -)
1103  */
1104 int File::GetNumberOfScalarComponentsRaw()
1105 {
1106    // 0028 0100 US IMG Bits Allocated
1107    // (in order no to be messed up by old RGB images)
1108    if ( File::GetEntryValue(0x0028,0x0100) == "24" )
1109    {
1110       return 3;
1111    }
1112
1113    // we assume that *all* kinds of YBR are dealt with
1114    return GetSamplesPerPixel();
1115 }
1116
1117 /**
1118  * \brief   Recover the offset (from the beginning of the file)
1119  *          of *image* pixels (not *icone image* pixels, if any !)
1120  * @return Pixel Offset
1121  */
1122 size_t File::GetPixelOffset()
1123 {
1124    DocEntry *pxlElement = GetDocEntry(GrPixel, NumPixel);
1125    if ( pxlElement )
1126    {
1127       return pxlElement->GetOffset();
1128    }
1129    else
1130    {
1131       gdcmDebugMacro( "Big trouble : Pixel Element ("
1132                       << std::hex << GrPixel<<","<< NumPixel<< ") NOT found" );
1133       return 0;
1134    }
1135 }
1136
1137 /**
1138  * \brief   Recover the pixel area length (in Bytes)
1139  * @return Pixel Element Length, as stored in the header
1140  *         (NOT the memory space necessary to hold the Pixels
1141  *          -in case of embeded compressed image-)
1142  *         0 : NOT USABLE file. The caller has to check.
1143  */
1144 size_t File::GetPixelAreaLength()
1145 {
1146    DocEntry *pxlElement = GetDocEntry(GrPixel, NumPixel);
1147    if ( pxlElement )
1148    {
1149       return pxlElement->GetLength();
1150    }
1151    else
1152    {
1153       gdcmDebugMacro( "Big trouble : Pixel Element ("
1154                       << std::hex << GrPixel<<","<< NumPixel<< ") NOT found" );
1155       return 0;
1156    }
1157 }
1158
1159 /**
1160  * \brief Adds the characteristics of a new element we want to anonymize
1161  *
1162  */
1163 void File::AddAnonymizeElement (uint16_t group, uint16_t elem,
1164                                 std::string const &value)
1165
1166 {
1167    Element el;
1168    el.Group = group;
1169    el.Elem  = elem;
1170    el.Value = value;
1171    AnonymizeList.push_back(el);
1172 }
1173
1174 /**
1175  * \brief Overwrites in the file the values of the DicomElements
1176  *       held in the list
1177  */
1178 void File::AnonymizeNoLoad()
1179 {
1180    std::fstream *fp = new std::fstream(Filename.c_str(),
1181                               std::ios::in | std::ios::out | std::ios::binary);
1182
1183    // TODO : FIXME
1184    // how to white out disk space if longer than 50 ?
1185
1186
1187    gdcm::DocEntry *d;
1188    uint32_t offset;
1189    uint32_t lgth;
1190    uint32_t valLgth = 0;
1191    std::string *spaces;
1192    for (ListElements::iterator it = AnonymizeList.begin();
1193                                it != AnonymizeList.end();
1194                              ++it)
1195    {
1196       d = GetDocEntry( (*it).Group, (*it).Elem);
1197
1198       if ( d == NULL)
1199          continue;
1200
1201       if ( dynamic_cast<BinEntry *>(d)
1202         || dynamic_cast<SeqEntry *>(d) )
1203          continue;
1204
1205       offset = d->GetOffset();
1206       lgth =   d->GetLength();
1207       if (valLgth < lgth)
1208       {
1209          spaces = new std::string( lgth-valLgth, ' ');
1210          (*it).Value = (*it).Value + *spaces;
1211          delete spaces;
1212       }
1213       fp->seekp( offset, std::ios::beg );
1214       fp->write( (*it).Value.c_str(), lgth );
1215
1216    }
1217    fp->close();
1218    delete fp;
1219 }
1220
1221 /**
1222  * \brief anonymize a File (removes Patient's personal info passed with
1223  *        AddAnonymizeElement()
1224  */
1225 bool File::AnonymizeFile()
1226 {
1227    // If Anonymisation list is empty, let's perform some basic anonymization
1228    if ( AnonymizeList.begin() == AnonymizeList.end() )
1229    {
1230       // If exist, replace by spaces
1231       SetValEntry ("  ",0x0010, 0x2154); // Telephone
1232       SetValEntry ("  ",0x0010, 0x1040); // Adress
1233       SetValEntry ("  ",0x0010, 0x0020); // Patient ID
1234
1235       DocEntry* patientNameHE = GetDocEntry (0x0010, 0x0010);
1236
1237       if ( patientNameHE ) // we replace it by Study Instance UID (why not ?)
1238       {
1239          std::string studyInstanceUID =  GetEntryValue (0x0020, 0x000d);
1240          if ( studyInstanceUID != GDCM_UNFOUND )
1241          {
1242             SetValEntry(studyInstanceUID, 0x0010, 0x0010);
1243          }
1244          else
1245          {
1246             SetValEntry("anonymised", 0x0010, 0x0010);
1247          }
1248       }
1249    }
1250    else
1251    {
1252       gdcm::DocEntry *d;
1253       for (ListElements::iterator it = AnonymizeList.begin();
1254                                   it != AnonymizeList.end();
1255                                 ++it)
1256       {
1257          d = GetDocEntry( (*it).Group, (*it).Elem);
1258
1259          if ( d == NULL)
1260             continue;
1261
1262          if ( dynamic_cast<BinEntry *>(d)
1263            || dynamic_cast<SeqEntry *>(d) )
1264             continue;
1265
1266          SetValEntry ((*it).Value, (*it).Group, (*it).Elem);
1267       }
1268 }
1269
1270   // In order to make definitively impossible any further identification
1271   // remove or replace all the stuff that contains a Date
1272
1273 //0008 0012 DA ID Instance Creation Date
1274 //0008 0020 DA ID Study Date
1275 //0008 0021 DA ID Series Date
1276 //0008 0022 DA ID Acquisition Date
1277 //0008 0023 DA ID Content Date
1278 //0008 0024 DA ID Overlay Date
1279 //0008 0025 DA ID Curve Date
1280 //0008 002a DT ID Acquisition Datetime
1281 //0018 9074 DT ACQ Frame Acquisition Datetime
1282 //0018 9151 DT ACQ Frame Reference Datetime
1283 //0018 a002 DT ACQ Contribution Date Time
1284 //0020 3403 SH REL Modified Image Date (RET)
1285 //0032 0032 DA SDY Study Verified Date
1286 //0032 0034 DA SDY Study Read Date
1287 //0032 1000 DA SDY Scheduled Study Start Date
1288 //0032 1010 DA SDY Scheduled Study Stop Date
1289 //0032 1040 DA SDY Study Arrival Date
1290 //0032 1050 DA SDY Study Completion Date
1291 //0038 001a DA VIS Scheduled Admission Date
1292 //0038 001c DA VIS Scheduled Discharge Date
1293 //0038 0020 DA VIS Admitting Date
1294 //0038 0030 DA VIS Discharge Date
1295 //0040 0002 DA PRC Scheduled Procedure Step Start Date
1296 //0040 0004 DA PRC Scheduled Procedure Step End Date
1297 //0040 0244 DA PRC Performed Procedure Step Start Date
1298 //0040 0250 DA PRC Performed Procedure Step End Date
1299 //0040 2004 DA PRC Issue Date of Imaging Service Request
1300 //0040 4005 DT PRC Scheduled Procedure Step Start Date and Time
1301 //0040 4011 DT PRC Expected Completion Date and Time
1302 //0040 a030 DT PRC Verification Date Time
1303 //0040 a032 DT PRC Observation Date Time
1304 //0040 a120 DT PRC DateTime
1305 //0040 a121 DA PRC Date
1306 //0040 a13a DT PRC Referenced Datetime
1307 //0070 0082 DA ??? Presentation Creation Date
1308 //0100 0420 DT ??? SOP Autorization Date and Time
1309 //0400 0105 DT ??? Digital Signature DateTime
1310 //2100 0040 DA PJ Creation Date
1311 //3006 0008 DA SSET Structure Set Date
1312 //3008 0024 DA ??? Treatment Control Point Date
1313 //3008 0054 DA ??? First Treatment Date
1314 //3008 0056 DA ??? Most Recent Treatment Date
1315 //3008 0162 DA ??? Safe Position Exit Date
1316 //3008 0166 DA ??? Safe Position Return Date
1317 //3008 0250 DA ??? Treatment Date
1318 //300a 0006 DA RT RT Plan Date
1319 //300a 022c DA RT Air Kerma Rate Reference Date
1320 //300e 0004 DA RT Review Date
1321
1322    return true;
1323 }
1324
1325 /**
1326  * \brief Performs some consistency checking on various 'File related'
1327  *       (as opposed to 'DicomDir related') entries
1328  *       then writes in a file all the (Dicom Elements) included the Pixels
1329  * @param fileName file name to write to
1330  * @param filetype Type of the File to be written
1331  *          (ACR, ExplicitVR, ImplicitVR)
1332  */
1333 bool File::Write(std::string fileName, FileType filetype)
1334 {
1335    std::ofstream *fp = new std::ofstream(fileName.c_str(),
1336                                          std::ios::out | std::ios::binary);
1337    if (*fp == NULL)
1338    {
1339       gdcmWarningMacro("Failed to open (write) File: " << fileName.c_str());
1340       return false;
1341    }
1342
1343    // Entry : 0002|0000 = group length -> recalculated
1344    ValEntry *e0002 = GetValEntry(0x0002,0x0000);
1345    if( e0002 )
1346    {
1347       std::ostringstream sLen;
1348       sLen << ComputeGroup0002Length(filetype);
1349       e0002->SetValue(sLen.str());
1350    }
1351
1352    // Bits Allocated
1353    if ( GetEntryValue(0x0028,0x0100) ==  "12")
1354    {
1355       SetValEntry("16", 0x0028,0x0100);
1356    }
1357
1358    int i_lgPix = GetEntryLength(GrPixel, NumPixel);
1359    if (i_lgPix != -2)
1360    {
1361       // no (GrPixel, NumPixel) element
1362       std::string s_lgPix = Util::Format("%d", i_lgPix+12);
1363       s_lgPix = Util::DicomString( s_lgPix.c_str() );
1364       InsertValEntry(s_lgPix,GrPixel, 0x0000);
1365    }
1366
1367    // FIXME : should be nice if we could move it to File
1368    //         (or in future gdcmPixelData class)
1369
1370    // Drop Palette Color, if necessary
1371    if ( GetEntryValue(0x0028,0x0002).c_str()[0] == '3' )
1372    {
1373       // if SamplesPerPixel = 3, sure we don't need any LUT !
1374       // Drop 0028|1101, 0028|1102, 0028|1103
1375       // Drop 0028|1201, 0028|1202, 0028|1203
1376
1377       DocEntry *e = GetDocEntry(0x0028,0x01101);
1378       if (e)
1379       {
1380          RemoveEntryNoDestroy(e);
1381       }
1382       e = GetDocEntry(0x0028,0x1102);
1383       if (e)
1384       {
1385          RemoveEntryNoDestroy(e);
1386       }
1387       e = GetDocEntry(0x0028,0x1103);
1388       if (e)
1389       {
1390          RemoveEntryNoDestroy(e);
1391       }
1392       e = GetDocEntry(0x0028,0x01201);
1393       if (e)
1394       {
1395          RemoveEntryNoDestroy(e);
1396       }
1397       e = GetDocEntry(0x0028,0x1202);
1398       if (e)
1399       {
1400          RemoveEntryNoDestroy(e);
1401       }
1402       e = GetDocEntry(0x0028,0x1203);
1403       if (e)
1404       {
1405           RemoveEntryNoDestroy(e);
1406       }
1407    }
1408
1409    Document::WriteContent(fp, filetype);
1410
1411    fp->close();
1412    delete fp;
1413
1414    return true;
1415 }
1416
1417 //-----------------------------------------------------------------------------
1418 // Protected
1419 /**
1420  * \brief Initialize a default DICOM File that should contain all the
1421  *        field require by other reader. DICOM standard does not
1422  *        explicitely defines those fields, heuristic has been choosen.
1423  *        This is not perfect as we are writting a CT image...
1424  */
1425 void File::InitializeDefaultFile()
1426 {
1427    std::string date = Util::GetCurrentDate();
1428    std::string time = Util::GetCurrentTime();
1429    std::string uid  = Util::CreateUniqueUID();
1430    std::string uidMedia = uid;
1431    std::string uidInst  = uid;
1432    std::string uidClass = Util::CreateUniqueUID();
1433    std::string uidStudy = Util::CreateUniqueUID();
1434    std::string uidSerie = Util::CreateUniqueUID();
1435
1436    // Meta Element Group Length
1437    InsertValEntry("146 ",                      0x0002, 0x0000);
1438    // Media Storage SOP Class UID (CT Image Storage)
1439    InsertValEntry("1.2.840.10008.5.1.4.1.1.2", 0x0002, 0x0002);
1440    // Media Storage SOP Instance UID
1441    InsertValEntry(uidMedia.c_str(),            0x0002, 0x0003);
1442    // Transfer Syntax UID (Explicit VR Little Endian)
1443    InsertValEntry("1.2.840.10008.1.2.1 ",      0x0002, 0x0010);
1444    // META Implementation Class UID
1445    InsertValEntry(uidClass.c_str(),            0x0002, 0x0012);
1446    // Source Application Entity Title
1447    InsertValEntry("GDCM",                      0x0002, 0x0016);
1448
1449    // Instance Creation Date
1450    InsertValEntry(date.c_str(),                0x0008, 0x0012);
1451    // Instance Creation Time
1452    InsertValEntry(time.c_str(),                0x0008, 0x0013);
1453    // SOP Class UID
1454    InsertValEntry("1.2.840.10008.5.1.4.1.1.2", 0x0008, 0x0016);
1455    // SOP Instance UID
1456    InsertValEntry(uidInst.c_str(),             0x0008, 0x0018);
1457    // Modality
1458    InsertValEntry("CT",                        0x0008, 0x0060);
1459    // Manufacturer
1460    InsertValEntry("GDCM",                      0x0008, 0x0070);
1461    // Institution Name
1462    InsertValEntry("GDCM",                      0x0008, 0x0080);
1463    // Institution Address
1464    InsertValEntry("http://www-creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm", 0x0008, 0x0081);
1465
1466    // Patient's Name
1467    InsertValEntry("GDCM",                      0x0010, 0x0010);
1468    // Patient ID
1469    InsertValEntry("GDCMID",                    0x0010, 0x0020);
1470
1471    // Study Instance UID
1472    InsertValEntry(uidStudy.c_str(),            0x0020, 0x000d);
1473    // Series Instance UID
1474    InsertValEntry(uidSerie.c_str(),            0x0020, 0x000e);
1475    // StudyID
1476    InsertValEntry("1",                         0x0020, 0x0010);
1477    // SeriesNumber
1478    InsertValEntry("1",                         0x0020, 0x0011);
1479
1480    // Samples per pixel 1 or 3
1481    InsertValEntry("1",                         0x0028, 0x0002);
1482    // photochromatic interpretation
1483    InsertValEntry("MONOCHROME1",               0x0028, 0x0004);
1484    // nbRows
1485    InsertValEntry("0",                         0x0028, 0x0010);
1486    // nbCols
1487    InsertValEntry("0",                         0x0028, 0x0011);
1488    // BitsAllocated 8 or 12 or 16
1489    InsertValEntry("8",                         0x0028, 0x0100);
1490    // BitsStored    <= BitsAllocated
1491    InsertValEntry("8",                         0x0028, 0x0101);
1492    // HighBit       <= BitsAllocated - 1
1493    InsertValEntry("7",                         0x0028, 0x0102);
1494    // Pixel Representation 0(unsigned) or 1(signed)
1495    InsertValEntry("0",                         0x0028, 0x0103);
1496
1497    // default value
1498    // Special case this is the image (not a string)
1499    GrPixel = 0x7fe0;
1500    NumPixel = 0x0010;
1501    InsertBinEntry(0, 0, GrPixel, NumPixel);
1502 }
1503
1504 //-----------------------------------------------------------------------------
1505 // Private
1506 /**
1507  * \brief Parse pixel data from disk of [multi-]fragment RLE encoding.
1508  *        Compute the RLE extra information and store it in \ref RLEInfo
1509  *        for later pixel retrieval usage.
1510  */
1511 void File::ComputeRLEInfo()
1512 {
1513    std::string ts = GetTransferSyntax();
1514    if ( !Global::GetTS()->IsRLELossless(ts) )
1515    {
1516       return;
1517    }
1518
1519    // Encoded pixel data: for the time being we are only concerned with
1520    // Jpeg or RLE Pixel data encodings.
1521    // As stated in PS 3.5-2003, section 8.2 p44:
1522    // "If sent in Encapsulated Format (i.e. other than the Native Format) the
1523    //  value representation OB is used".
1524    // Hence we expect an OB value representation. Concerning OB VR,
1525    // the section PS 3.5-2003, section A.4.c p 58-59, states:
1526    // "For the Value Representations OB and OW, the encoding shall meet the
1527    //   following specifications depending on the Data element tag:"
1528    //   [...snip...]
1529    //    - the first item in the sequence of items before the encoded pixel
1530    //      data stream shall be basic offset table item. The basic offset table
1531    //      item value, however, is not required to be present"
1532    ReadAndSkipEncapsulatedBasicOffsetTable();
1533
1534    // Encapsulated RLE Compressed Images (see PS 3.5-2003, Annex G)
1535    // Loop on the individual frame[s] and store the information
1536    // on the RLE fragments in a RLEFramesInfo.
1537    // Note: - when only a single frame is present, this is a
1538    //         classical image.
1539    //       - when more than one frame are present, then we are in
1540    //         the case of a multi-frame image.
1541    long frameLength;
1542    while ( (frameLength = ReadTagLength(0xfffe, 0xe000)) )
1543    {
1544       // Parse the RLE Header and store the corresponding RLE Segment
1545       // Offset Table information on fragments of this current Frame.
1546       // Note that the fragment pixels themselves are not loaded
1547       // (but just skipped).
1548       long frameOffset = Fp->tellg();
1549
1550       uint32_t nbRleSegments = ReadInt32();
1551       if ( nbRleSegments > 16 )
1552       {
1553          // There should be at most 15 segments (refer to RLEFrame class)
1554          gdcmWarningMacro( "Too many segments.");
1555       }
1556
1557       uint32_t rleSegmentOffsetTable[16];
1558       for( int k = 1; k <= 15; k++ )
1559       {
1560          rleSegmentOffsetTable[k] = ReadInt32();
1561       }
1562
1563       // Deduce from both the RLE Header and the frameLength the
1564       // fragment length, and again store this info in a
1565       // RLEFramesInfo.
1566       long rleSegmentLength[15];
1567       // skipping (not reading) RLE Segments
1568       if ( nbRleSegments > 1)
1569       {
1570          for(unsigned int k = 1; k <= nbRleSegments-1; k++)
1571          {
1572              rleSegmentLength[k] =  rleSegmentOffsetTable[k+1]
1573                                   - rleSegmentOffsetTable[k];
1574              SkipBytes(rleSegmentLength[k]);
1575           }
1576        }
1577
1578        rleSegmentLength[nbRleSegments] = frameLength
1579                                       - rleSegmentOffsetTable[nbRleSegments];
1580        SkipBytes(rleSegmentLength[nbRleSegments]);
1581
1582        // Store the collected info
1583        RLEFrame *newFrame = new RLEFrame;
1584        newFrame->SetNumberOfFragments(nbRleSegments);
1585        for( unsigned int uk = 1; uk <= nbRleSegments; uk++ )
1586        {
1587           newFrame->SetOffset(uk,frameOffset + rleSegmentOffsetTable[uk]);
1588           newFrame->SetLength(uk,rleSegmentLength[uk]);
1589        }
1590        RLEInfo->AddFrame(newFrame);
1591    }
1592
1593    // Make sure that at the end of the item we encounter a 'Sequence
1594    // Delimiter Item':
1595    if ( !ReadTag(0xfffe, 0xe0dd) )
1596    {
1597       gdcmWarningMacro( "No sequence delimiter item at end of RLE item sequence");
1598    }
1599 }
1600
1601 /**
1602  * \brief Parse pixel data from disk of [multi-]fragment Jpeg encoding.
1603  *        Compute the jpeg extra information (fragment[s] offset[s] and
1604  *        length) and store it[them] in \ref JPEGInfo for later pixel
1605  *        retrieval usage.
1606  */
1607 void File::ComputeJPEGFragmentInfo()
1608 {
1609    // If you need to, look for comments of ComputeRLEInfo().
1610    std::string ts = GetTransferSyntax();
1611    if ( ! Global::GetTS()->IsJPEG(ts) )
1612    {
1613       return;
1614    }
1615
1616    ReadAndSkipEncapsulatedBasicOffsetTable();
1617
1618    // Loop on the fragments[s] and store the parsed information in a
1619    // JPEGInfo.
1620    long fragmentLength;
1621    while ( (fragmentLength = ReadTagLength(0xfffe, 0xe000)) )
1622    {
1623       long fragmentOffset = Fp->tellg();
1624
1625        // Store the collected info
1626        JPEGFragment *newFragment = new JPEGFragment;
1627        newFragment->SetOffset(fragmentOffset);
1628        newFragment->SetLength(fragmentLength);
1629        JPEGInfo->AddFragment(newFragment);
1630
1631        SkipBytes(fragmentLength);
1632    }
1633
1634    // Make sure that at the end of the item we encounter a 'Sequence
1635    // Delimiter Item':
1636    if ( !ReadTag(0xfffe, 0xe0dd) )
1637    {
1638       gdcmWarningMacro( "No sequence delimiter item at end of JPEG item sequence");
1639    }
1640 }
1641
1642 /**
1643  * \brief   Assuming the internal file pointer \ref Document::Fp
1644  *          is placed at the beginning of a tag check whether this
1645  *          tag is (TestGroup, TestElement).
1646  * \warning On success the internal file pointer \ref Document::Fp
1647  *          is modified to point after the tag.
1648  *          On failure (i.e. when the tag wasn't the expected tag
1649  *          (TestGroup, TestElement) the internal file pointer
1650  *          \ref Document::Fp is restored to it's original position.
1651  * @param   testGroup   The expected group of the tag.
1652  * @param   testElement The expected Element of the tag.
1653  * @return  True on success, false otherwise.
1654  */
1655 bool File::ReadTag(uint16_t testGroup, uint16_t testElement)
1656 {
1657    long positionOnEntry = Fp->tellg();
1658    long currentPosition = Fp->tellg();          // On debugging purposes
1659
1660    // Read the Item Tag group and element, and make
1661    // sure they are what we expected:
1662    uint16_t itemTagGroup;
1663    uint16_t itemTagElement;
1664    try
1665    {
1666       itemTagGroup   = ReadInt16();
1667       itemTagElement = ReadInt16();
1668    }
1669    catch ( FormatError e )
1670    {
1671       //std::cerr << e << std::endl;
1672       return false;
1673    }
1674    if ( itemTagGroup != testGroup || itemTagElement != testElement )
1675    {
1676       gdcmWarningMacro( "Wrong Item Tag found:"
1677        << "   We should have found tag ("
1678        << std::hex << testGroup << "," << testElement << ")" << std::endl
1679        << "   but instead we encountered tag ("
1680        << std::hex << itemTagGroup << "," << itemTagElement << ")"
1681        << "  at address: " << "  0x(" << (unsigned int)currentPosition  << ")"
1682        ) ;
1683       Fp->seekg(positionOnEntry, std::ios::beg);
1684
1685       return false;
1686    }
1687    return true;
1688 }
1689
1690 /**
1691  * \brief   Assuming the internal file pointer \ref Document::Fp
1692  *          is placed at the beginning of a tag (TestGroup, TestElement),
1693  *          read the length associated to the Tag.
1694  * \warning On success the internal file pointer \ref Document::Fp
1695  *          is modified to point after the tag and it's length.
1696  *          On failure (i.e. when the tag wasn't the expected tag
1697  *          (TestGroup, TestElement) the internal file pointer
1698  *          \ref Document::Fp is restored to it's original position.
1699  * @param   testGroup   The expected group of the tag.
1700  * @param   testElement The expected Element of the tag.
1701  * @return  On success returns the length associated to the tag. On failure
1702  *          returns 0.
1703  */
1704 uint32_t File::ReadTagLength(uint16_t testGroup, uint16_t testElement)
1705 {
1706
1707    if ( !ReadTag(testGroup, testElement) )
1708    {
1709       return 0;
1710    }
1711
1712    //// Then read the associated Item Length
1713    long currentPosition = Fp->tellg();
1714    uint32_t itemLength  = ReadInt32();
1715    {
1716       gdcmWarningMacro( "Basic Item Length is: "
1717         << itemLength << std::endl
1718         << "  at address: " << std::hex << (unsigned int)currentPosition);
1719    }
1720    return itemLength;
1721 }
1722
1723 /**
1724  * \brief When parsing the Pixel Data of an encapsulated file, read
1725  *        the basic offset table (when present, and BTW dump it).
1726  */
1727 void File::ReadAndSkipEncapsulatedBasicOffsetTable()
1728 {
1729    //// Read the Basic Offset Table Item Tag length...
1730    uint32_t itemLength = ReadTagLength(0xfffe, 0xe000);
1731
1732    // When present, read the basic offset table itself.
1733    // Notes: - since the presence of this basic offset table is optional
1734    //          we can't rely on it for the implementation, and we will simply
1735    //          trash it's content (when present).
1736    //        - still, when present, we could add some further checks on the
1737    //          lengths, but we won't bother with such fuses for the time being.
1738    if ( itemLength != 0 )
1739    {
1740       char *basicOffsetTableItemValue = new char[itemLength + 1];
1741       Fp->read(basicOffsetTableItemValue, itemLength);
1742
1743 #ifdef GDCM_DEBUG
1744       for (unsigned int i=0; i < itemLength; i += 4 )
1745       {
1746          uint32_t individualLength = str2num( &basicOffsetTableItemValue[i],
1747                                               uint32_t);
1748          gdcmWarningMacro( "Read one length: " <<
1749                           std::hex << individualLength );
1750       }
1751 #endif //GDCM_DEBUG
1752
1753       delete[] basicOffsetTableItemValue;
1754    }
1755 }
1756
1757 //-----------------------------------------------------------------------------
1758 // Print
1759
1760 //-----------------------------------------------------------------------------
1761 } // end namespace gdcm