src/gdcmFile.cxx

   1   /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: gdcmFile.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2004/11/24 10:23:47 $
   7   Version:   $Revision: 1.160 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #include "gdcmFile.h"
  20 #include "gdcmDebug.h"
  21 #include "gdcmUtil.h"
  22 #include "gdcmBinEntry.h"
  23 #include <fstream>
  24
  25 namespace gdcm
  26 {
  27 typedef std::pair<TagDocEntryHT::iterator,TagDocEntryHT::iterator> IterHT;
  28
  29 //-------------------------------------------------------------------------
  30 // Constructor / Destructor
  31 /**
  32  * \brief Constructor dedicated to deal with the *pixels* area of a ACR/DICOMV3
  33  *        file (Header only deals with the ... header)
  34  *        Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
  35  *        for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
  36  *        It will be up to the user to load the pixels into memory
  37  *        (see GetImageData, GetImageDataRaw)
  38  * \note  the in-memory representation of all available tags found in
  39  *        the DICOM header is post-poned to first header information access.
  40  *        This avoid a double parsing of public part of the header when
  41  *        user sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
  42  *        seen as a side effect).
  43  * @param header already built Header
  44  */
  45 File::File(Header *header)
  46 {
  47    HeaderInternal = header;
  48    SelfHeader = false;
  49    Initialise();
  50 }
  51
  52 /**
  53  * \brief Constructor dedicated to deal with the *pixels* area of a ACR/DICOMV3
  54  *        file (Header only deals with the ... header)
  55  *        Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
  56  *        for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
  57  *        It will be up to the user to load the pixels into memory
  58  *        (see GetImageData, GetImageDataRaw)
  59  * \note  the in-memory representation of all available tags found in
  60  *        the DICOM header is post-poned to first header information access.
  61  *        This avoid a double parsing of public part of the header when
  62  *        one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
  63  *        seen as a side effect).
  64  * @param filename file to be opened for parsing
  65  */
  66 File::File(std::string const & filename )
  67 {
  68    HeaderInternal = new Header( filename );
  69    SelfHeader = true;
  70    Initialise();
  71 }
  72
  73 /**
  74  * \brief Factorization for various forms of constructors.
  75  */
  76 void File::Initialise()
  77 {
  78    WriteMode = WMODE_RGB;
  79    WriteType = WTYPE_IMPL_VR;
  80
  81    PixelConverter = new PixelConvert;
  82    Archive = new DocEntryArchive( HeaderInternal );
  83
  84    if ( HeaderInternal->IsReadable() )
  85    {
  86       ImageDataSizeRaw = ComputeDecompressedPixelDataSizeFromHeader();
  87       if ( HeaderInternal->HasLUT() )
  88       {
  89          ImageDataSize = 3 * ImageDataSizeRaw;
  90       }
  91       else
  92       {
  93          ImageDataSize = ImageDataSizeRaw;
  94       }
  95
  96       PixelConverter->GrabInformationsFromHeader( HeaderInternal );
  97    }
  98
  99    SaveInitialValues();
 100 }
 101
 102 /**
 103  * \brief canonical destructor
 104  * \note  If the Header was created by the File constructor,
 105  *        it is destroyed by the File
 106  */
 107 File::~File()
 108 {
 109    if( PixelConverter )
 110    {
 111       delete PixelConverter;
 112    }
 113    if( Archive )
 114    {
 115       delete Archive;
 116    }
 117
 118    if( SelfHeader )
 119    {
 120       delete HeaderInternal;
 121    }
 122    HeaderInternal = 0;
 123 }
 124
 125 /**
 126  * \brief Sets some initial values for the Constructor
 127  * \warning not end user intended
 128  */
 129 void File::SaveInitialValues()
 130 {
 131    PixelRead  = -1; // no ImageData read yet.
 132    Pixel_Data = 0;
 133 }
 134
 135 //-----------------------------------------------------------------------------
 136 // Print
 137
 138 //-----------------------------------------------------------------------------
 139 // Public
 140
 141 /**
 142  * \brief     computes the length (in bytes) we must ALLOCATE to receive the
 143  *            image(s) pixels (multiframes taken into account)
 144  * \warning : it is NOT the group 7FE0 length
 145  *          (no interest for compressed images).
 146  */
 147 int File::ComputeDecompressedPixelDataSizeFromHeader()
 148 {
 149    // see PS 3.3-2003 : C.7.6.3.2.1
 150    //
 151    //   MONOCHROME1
 152    //   MONOCHROME2
 153    //   PALETTE COLOR
 154    //   RGB
 155    //   HSV  (Retired)
 156    //   ARGB (Retired)
 157    //   CMYK (Retired)
 158    //   YBR_FULL
 159    //   YBR_FULL_422 (no LUT, no Palette)
 160    //   YBR_PARTIAL_422
 161    //   YBR_ICT
 162    //   YBR_RCT
 163
 164    // LUT's
 165    // ex : gdcm-US-ALOKA-16.dcm
 166    // 0028|1221 [OW]   [Segmented Red Palette Color Lookup Table Data]
 167    // 0028|1222 [OW]   [Segmented Green Palette Color Lookup Table Data]
 168    // 0028|1223 [OW]   [Segmented Blue Palette Color Lookup Table Data]
 169
 170    // ex  : OT-PAL-8-face.dcm
 171    // 0028|1201 [US]   [Red Palette Color Lookup Table Data]
 172    // 0028|1202 [US]   [Green Palette Color Lookup Table Data]
 173    // 0028|1203 [US]   [Blue Palette Color Lookup Table Data]
 174
 175    int numberBitsAllocated = HeaderInternal->GetBitsAllocated();
 176    // Number of "Bits Allocated" is fixed to 16 when:
 177    //  - it is not defined (i.e. it's value is 0)
 178    //  - it's 12, since we will expand the image to 16 bits (see
 179    //    PixelConvert::ConvertDecompress12BitsTo16Bits() )
 180    if ( numberBitsAllocated == 0 || numberBitsAllocated == 12 )
 181    {
 182       numberBitsAllocated = 16;
 183    }
 184
 185    int DecompressedSize = HeaderInternal->GetXSize()
 186                         * HeaderInternal->GetYSize()
 187                         * HeaderInternal->GetZSize()
 188                         * ( numberBitsAllocated / 8 )
 189                         * HeaderInternal->GetSamplesPerPixel();
 190
 191    return DecompressedSize;
 192 }
 193
 194 /**
 195  * \brief   - Allocates necessary memory,
 196  *          - Reads the pixels from disk (uncompress if necessary),
 197  *          - Transforms YBR pixels, if any, into RGB pixels
 198  *          - Transforms 3 planes R, G, B, if any, into a single RGB Plane
 199  *          - Transforms single Grey plane + 3 Palettes into a RGB Plane
 200  *          - Copies the pixel data (image[s]/volume[s]) to newly allocated zone.
 201  * @return  Pointer to newly allocated pixel data.
 202  *          NULL if alloc fails
 203  */
 204 uint8_t* File::GetImageData()
 205 {
 206    if ( ! GetDecompressed() )
 207    {
 208       // If the decompression failed nothing can be done.
 209       return 0;
 210    }
 211
 212    uint8_t* pixelData;
 213    if ( HeaderInternal->HasLUT() && PixelConverter->BuildRGBImage() )
 214    {
 215       pixelData = PixelConverter->GetRGB();
 216    }
 217    else
 218    {
 219       // When no LUT or LUT conversion fails, return the decompressed
 220       pixelData = PixelConverter->GetDecompressed();
 221    }
 222
 223 /*// PIXELCONVERT CLEANME
 224    // Restore the header in a disk-consistent state
 225    // (if user asks twice to get the pixels from disk)
 226    if ( PixelRead != -1 ) // File was "read" before
 227    {
 228       RestoreInitialValues();
 229    }
 230    if ( PixelConverter->GetRGB() )
 231    {
 232       // now, it's an RGB image
 233       // Lets's write it in the Header
 234       std::string spp = "3";        // Samples Per Pixel
 235       HeaderInternal->SetEntryByNumber(spp,0x0028,0x0002);
 236       std::string rgb = "RGB ";     // Photometric Interpretation
 237       HeaderInternal->SetEntryByNumber(rgb,0x0028,0x0004);
 238       std::string planConfig = "0"; // Planar Configuration
 239       HeaderInternal->SetEntryByNumber(planConfig,0x0028,0x0006);
 240       PixelRead = 0; // no PixelRaw
 241    }
 242    else
 243    {
 244       if ( HeaderInternal->HasLUT() )
 245       {
 246          // The LUT interpretation failed
 247          std::string photometricInterpretation = Util::DicomString("MONOCHROME1");
 248          HeaderInternal->SetEntryByNumber( photometricInterpretation,
 249                                            0x0028, 0x0004 );
 250          PixelRead = 0; // no PixelRaw
 251       }
 252       else
 253       {
 254          if ( PixelConverter->IsDecompressedRGB() )
 255          {
 256             ///////////////////////////////////////////////////
 257             // now, it's an RGB image
 258             // Lets's write it in the Header
 259             // Droping Palette Color out of the Header
 260             // has been moved to the Write process.
 261             // TODO : move 'values' modification to the write process
 262             //      : save also (in order to be able to restore)
 263             //      : 'high bit' -when not equal to 'bits stored' + 1
 264             //      : 'bits allocated', when it's equal to 12 ?!
 265             std::string spp = "3";            // Samples Per Pixel
 266             std::string photInt = "RGB ";     // Photometric Interpretation
 267             std::string planConfig = "0";     // Planar Configuration
 268             HeaderInternal->SetEntryByNumber(spp,0x0028,0x0002);
 269             HeaderInternal->SetEntryByNumber(photInt,0x0028,0x0004);
 270             HeaderInternal->SetEntryByNumber(planConfig,0x0028,0x0006);
 271          }
 272          PixelRead = 1; // PixelRaw
 273       }
 274    }
 275
 276    // We say the value *is* loaded.
 277    SetPixelData(pixelData);
 278 // END PIXELCONVERT CLEANME*/
 279
 280    return pixelData;
 281 }
 282
 283 /**
 284  * \brief
 285  *          Read the pixels from disk (uncompress if necessary),
 286  *          Transforms YBR pixels, if any, into RGB pixels
 287  *          Transforms 3 planes R, G, B, if any, into a single RGB Plane
 288  *          Transforms single Grey plane + 3 Palettes into a RGB Plane
 289  *          Copies at most MaxSize bytes of pixel data to caller allocated
 290  *          memory space.
 291  * \warning This function allows people that want to build a volume
 292  *          from an image stack *not to* have, first to get the image pixels,
 293  *          and then move them to the volume area.
 294  *          It's absolutely useless for any VTK user since vtk chooses
 295  *          to invert the lines of an image, that is the last line comes first
 296  *          (for some axis related reasons?). Hence he will have
 297  *          to load the image line by line, starting from the end.
 298  *          VTK users have to call GetImageData
 299  *
 300  * @param   destination Address (in caller's memory space) at which the
 301  *          pixel data should be copied
 302  * @param   maxSize Maximum number of bytes to be copied. When MaxSize
 303  *          is not sufficient to hold the pixel data the copy is not
 304  *          executed (i.e. no partial copy).
 305  * @return  On success, the number of bytes actually copied. Zero on
 306  *          failure e.g. MaxSize is lower than necessary.
 307  */
 308 size_t File::GetImageDataIntoVector (void* destination, size_t maxSize)
 309 {
 310    if ( ! GetDecompressed() )
 311    {
 312       // If the decompression failed nothing can be done.
 313       return 0;
 314    }
 315
 316    if ( HeaderInternal->HasLUT() && PixelConverter->BuildRGBImage() )
 317    {
 318       if ( PixelConverter->GetRGBSize() > maxSize )
 319       {
 320          dbg.Verbose(0, "File::GetImageDataIntoVector: pixel data bigger"
 321                         "than caller's expected MaxSize");
 322          return 0;
 323       }
 324       memcpy( destination,
 325               (void*)PixelConverter->GetRGB(),
 326               PixelConverter->GetRGBSize() );
 327       return PixelConverter->GetRGBSize();
 328    }
 329
 330    // Either no LUT conversion necessary or LUT conversion failed
 331    if ( PixelConverter->GetDecompressedSize() > maxSize )
 332    {
 333       dbg.Verbose(0, "File::GetImageDataIntoVector: pixel data bigger"
 334                      "than caller's expected MaxSize");
 335       return 0;
 336    }
 337    memcpy( destination,
 338            (void*)PixelConverter->GetDecompressed(),
 339            PixelConverter->GetDecompressedSize() );
 340    return PixelConverter->GetDecompressedSize();
 341 }
 342
 343 /**
 344  * \brief   Allocates necessary memory,
 345  *          Transforms YBR pixels (if any) into RGB pixels
 346  *          Transforms 3 planes R, G, B  (if any) into a single RGB Plane
 347  *          Copies the pixel data (image[s]/volume[s]) to newly allocated zone.
 348  *          DOES NOT transform Grey plane + 3 Palettes into a RGB Plane
 349  * @return  Pointer to newly allocated pixel data.
 350  * \        NULL if alloc fails
 351  */
 352 uint8_t* File::GetImageDataRaw ()
 353 {
 354    uint8_t* decompressed = GetDecompressed();
 355    if ( ! decompressed )
 356    {
 357       return 0;
 358    }
 359
 360 /*// PIXELCONVERT CLEANME
 361    // Restore the header in a disk-consistent state
 362    // (if user asks twice to get the pixels from disk)
 363    if ( PixelRead != -1 ) // File was "read" before
 364    {
 365       RestoreInitialValues();
 366    }
 367    if ( PixelConverter->IsDecompressedRGB() )
 368    {
 369       ///////////////////////////////////////////////////
 370       // now, it's an RGB image
 371       // Lets's write it in the Header
 372       // Droping Palette Color out of the Header
 373       // has been moved to the Write process.
 374       // TODO : move 'values' modification to the write process
 375       //      : save also (in order to be able to restore)
 376       //      : 'high bit' -when not equal to 'bits stored' + 1
 377       //      : 'bits allocated', when it's equal to 12 ?!
 378       std::string spp = "3";            // Samples Per Pixel
 379       std::string photInt = "RGB ";     // Photometric Interpretation
 380       std::string planConfig = "0";     // Planar Configuration
 381       HeaderInternal->SetEntryByNumber(spp,0x0028,0x0002);
 382       HeaderInternal->SetEntryByNumber(photInt,0x0028,0x0004);
 383       HeaderInternal->SetEntryByNumber(planConfig,0x0028,0x0006);
 384    }
 385
 386    // We say the value *is* loaded.
 387    SetPixelData(decompressed);
 388
 389    PixelRead = 1; // PixelRaw
 390 // END PIXELCONVERT CLEANME*/
 391
 392    return decompressed;
 393 }
 394
 395 uint8_t* File::GetDecompressed()
 396 {
 397    uint8_t* decompressed = PixelConverter->GetDecompressed();
 398    if ( ! decompressed )
 399    {
 400       // The decompressed image migth not be loaded yet:
 401       std::ifstream* fp = HeaderInternal->OpenFile();
 402       PixelConverter->ReadAndDecompressPixelData( fp );
 403       if(fp) HeaderInternal->CloseFile();
 404       decompressed = PixelConverter->GetDecompressed();
 405       if ( ! decompressed )
 406       {
 407         dbg.Verbose(0, "File::GetDecompressed: read/decompress of "
 408                        "pixel data apparently went wrong.");
 409          return 0;
 410       }
 411    }
 412
 413    return decompressed;
 414 }
 415
 416 /**
 417  * \brief   Points the internal Pixel_Data pointer to the callers inData
 418  *          image representation, BUT WITHOUT COPYING THE DATA.
 419  *          'image' Pixels are presented as C-like 2D arrays : line per line.
 420  *          'volume'Pixels are presented as C-like 3D arrays : plane per plane
 421  * \warning Since the pixels are not copied, it is the caller's responsability
 422  *          not to deallocate it's data before gdcm uses them (e.g. with
 423  *          the Write() method.
 424  * @param inData user supplied pixel area
 425  * @param expectedSize total image size, in Bytes
 426  *
 427  * @return boolean
 428  */
 429 bool File::SetImageData(uint8_t* inData, size_t expectedSize)
 430 {
 431    HeaderInternal->SetImageDataSize( expectedSize );
 432 // FIXME : if already allocated, memory leak !
 433    Pixel_Data     = inData;
 434    ImageDataSize = ImageDataSizeRaw = expectedSize;
 435    PixelRead     = 1;
 436 // FIXME : 7fe0, 0010 IS NOT set ...
 437    return true;
 438 }
 439
 440 /**
 441  * \brief Writes on disk A SINGLE Dicom file
 442  *        NO test is performed on  processor "Endiannity".
 443  *        It's up to the user to call his Reader properly
 444  * @param fileName name of the file to be created
 445  *                 (any already existing file is over written)
 446  * @return false if write fails
 447  */
 448
 449 bool File::WriteRawData(std::string const & fileName)
 450 {
 451   std::ofstream fp1(fileName.c_str(), std::ios::out | std::ios::binary );
 452    if (!fp1)
 453    {
 454       dbg.Verbose(2, "Fail to open (write) file:", fileName.c_str());
 455       return false;
 456    }
 457    fp1.write((char*)Pixel_Data, ImageDataSize);
 458    fp1.close();
 459
 460    return true;
 461 }
 462
 463 /**
 464  * \brief Writes on disk A SINGLE Dicom file,
 465  *        using the Implicit Value Representation convention
 466  *        NO test is performed on  processor "Endiannity".
 467  * @param fileName name of the file to be created
 468  *                 (any already existing file is overwritten)
 469  * @return false if write fails
 470  */
 471
 472 bool File::WriteDcmImplVR (std::string const & fileName)
 473 {
 474    SetWriteTypeToDcmImplVR();
 475    return Write(fileName);
 476 }
 477
 478 /**
 479 * \brief Writes on disk A SINGLE Dicom file,
 480  *        using the Explicit Value Representation convention
 481  *        NO test is performed on  processor "Endiannity". * @param fileName name of the file to be created
 482  *                 (any already existing file is overwritten)
 483  * @return false if write fails
 484  */
 485
 486 bool File::WriteDcmExplVR (std::string const & fileName)
 487 {
 488    SetWriteTypeToDcmExplVR();
 489    return Write(fileName);
 490 }
 491
 492 /**
 493  * \brief Writes on disk A SINGLE Dicom file,
 494  *        using the ACR-NEMA convention
 495  *        NO test is performed on  processor "Endiannity".
 496  *        (a l'attention des logiciels cliniques
 497  *        qui ne prennent en entrée QUE des images ACR ...
 498  * \warning if a DICOM_V3 header is supplied,
 499  *         groups < 0x0008 and shadow groups are ignored
 500  * \warning NO TEST is performed on processor "Endiannity".
 501  * @param fileName name of the file to be created
 502  *                 (any already existing file is overwritten)
 503  * @return false if write fails
 504  */
 505
 506 bool File::WriteAcr (std::string const & fileName)
 507 {
 508    SetWriteTypeToAcr();
 509    return Write(fileName);
 510 }
 511
 512 bool File::Write(std::string const& fileName)
 513 {
 514    switch(WriteType)
 515    {
 516       case WTYPE_IMPL_VR:
 517          return WriteBase(fileName,ImplicitVR);
 518       case WTYPE_EXPL_VR:
 519          return WriteBase(fileName,ExplicitVR);
 520       case WTYPE_ACR:
 521          return WriteBase(fileName,ACR);
 522    }
 523    return(false);
 524 }
 525
 526 //-----------------------------------------------------------------------------
 527 // Protected
 528 /**
 529  * \brief NOT a end user inteded function
 530  *        (used by WriteDcmExplVR, WriteDcmImplVR, WriteAcr, etc)
 531  * @param fileName name of the file to be created
 532  *                 (any already existing file is overwritten)
 533  * @param  type file type (ExplicitVR, ImplicitVR, ...)
 534  * @return false if write fails
 535  */
 536 bool File::WriteBase (std::string const & fileName, FileType type)
 537 {
 538 /*   if ( PixelRead == -1 && type != ExplicitVR)
 539    {
 540       return false;
 541    }*/
 542
 543    std::ofstream* fp1 = new std::ofstream(fileName.c_str(),
 544                               std::ios::out | std::ios::binary);
 545    if (fp1 == NULL)
 546    {
 547       dbg.Verbose(2, "Failed to open (write) File: " , fileName.c_str());
 548       return false;
 549    }
 550
 551    if ( type == ImplicitVR || type == ExplicitVR )
 552    {
 553       // writing Dicom File Preamble
 554       char filePreamble[128];
 555       memset(filePreamble, 0, 128);
 556       fp1->write(filePreamble, 128);
 557       fp1->write("DICM", 4);
 558    }
 559
 560    switch(WriteMode)
 561    {
 562       case WMODE_NATIVE :
 563          SetWriteToNative();
 564          break;
 565       case WMODE_DECOMPRESSED :
 566          SetWriteToDecompressed();
 567          break;
 568       case WMODE_RGB :
 569          SetWriteToRGB();
 570          break;
 571    }
 572
 573    // --------------------------------------------------------------
 574    // Special Patch to allow gdcm to re-write ACR-LibIDO formated images
 575    //
 576    // if recognition code tells us we dealt with a LibIDO image
 577    // we reproduce on disk the switch between lineNumber and columnNumber
 578    // just before writting ...
 579
 580    /// \todo the best trick would be *change* the recognition code
 581    ///       but pb expected if user deals with, e.g. COMPLEX images
 582
 583    std::string rows, columns;
 584    if ( HeaderInternal->GetFileType() == ACR_LIBIDO)
 585    {
 586       SetWriteToLibido();
 587    }
 588    // ----------------- End of Special Patch ----------------
 589
 590 /*   uint16_t grPixel  = HeaderInternal->GetGrPixel();
 591    uint16_t numPixel = HeaderInternal->GetNumPixel();;
 592
 593    DocEntry* PixelElement =
 594       GetHeader()->GetDocEntryByNumber(grPixel, numPixel);
 595
 596    if ( PixelRead == 1 )
 597    {
 598       // we read pixel 'as is' (no tranformation LUT -> RGB)
 599       PixelElement->SetLength( ImageDataSizeRaw );
 600    }
 601    else if ( PixelRead == 0 )
 602    {
 603       // we tranformed GrayLevel pixels + LUT into RGB Pixel
 604       PixelElement->SetLength( ImageDataSize );
 605    }*/
 606
 607    HeaderInternal->Write(fp1, type);
 608
 609    // --------------------------------------------------------------
 610    // Special Patch to allow gdcm to re-write ACR-LibIDO formated images
 611    //
 612    // ...and we restore the Header to be Dicom Compliant again
 613    // just after writting
 614
 615    if ( HeaderInternal->GetFileType() == ACR_LIBIDO )
 616    {
 617       RestoreWriteFromLibido();
 618    }
 619    // ----------------- End of Special Patch ----------------
 620
 621    RestoreWrite();
 622
 623
 624    fp1->close ();
 625    delete fp1;
 626
 627    return true;
 628 }
 629
 630 /**
 631  * \brief Access to the underlying \ref PixelConverter RGBA LUT
 632  */
 633 uint8_t* File::GetLutRGBA()
 634 {
 635    return PixelConverter->GetLutRGBA();
 636 }
 637
 638 //-----------------------------------------------------------------------------
 639 // Private
 640 /**
 641  * \brief Set the pixel datas in the good entry of the Header
 642  */
 643 void File::SetPixelData(uint8_t* data)
 644 {
 645    GetHeader()->SetEntryByNumber( GDCM_BINLOADED,
 646       GetHeader()->GetGrPixel(), GetHeader()->GetNumPixel());
 647
 648    // Will be 7fe0, 0010 in standard case
 649    DocEntry* currentEntry = GetHeader()->GetDocEntryByNumber(GetHeader()->GetGrPixel(), GetHeader()->GetNumPixel());
 650    if ( currentEntry )
 651    {
 652       if ( BinEntry* binEntry = dynamic_cast<BinEntry *>(currentEntry) )
 653          // Flag is to false because datas are kept in the gdcmPixelConvert
 654          binEntry->SetBinArea( data, false );
 655    }
 656 }
 657
 658 void File::SetWriteToNative()
 659 {
 660 // Nothing to do
 661 }
 662
 663 void File::SetWriteToDecompressed()
 664 {
 665 //   if (( !HeaderInternal->HasLUT() ) || (!PixelConverter->BuildRGBImage()))
 666    if(HeaderInternal->HasLUT() && PixelConverter->BuildRGBImage())
 667    {
 668       SetWriteToRGB();
 669    }
 670    else
 671    {
 672       ValEntry* photInt = CopyValEntry(0x0028,0x0004);
 673       photInt->SetValue("MONOCHROME1 ");
 674       photInt->SetLength(12);
 675
 676       BinEntry* pixel = CopyBinEntry(GetHeader()->GetGrPixel(),GetHeader()->GetNumPixel());
 677       pixel->SetValue(GDCM_BINLOADED);
 678       pixel->SetBinArea(PixelConverter->GetDecompressed(),false);
 679       pixel->SetLength(PixelConverter->GetDecompressedSize());
 680
 681       Archive->Push(photInt);
 682       Archive->Push(pixel);
 683    }
 684 /*   else
 685    {
 686       SetWriteToRGB();
 687    } */
 688 }
 689
 690 void File::SetWriteToRGB()
 691 {
 692    if(PixelConverter->BuildRGBImage())
 693    {
 694       ValEntry* spp = CopyValEntry(0x0028,0x0002);
 695       spp->SetValue("3 ");
 696       spp->SetLength(2);
 697
 698       ValEntry* photInt = CopyValEntry(0x0028,0x0004);
 699       photInt->SetValue("RGB ");
 700       photInt->SetLength(4);
 701
 702       ValEntry* planConfig = CopyValEntry(0x0028,0x0006);
 703       planConfig->SetValue("0 ");
 704       planConfig->SetLength(2);
 705
 706       BinEntry* pixel = CopyBinEntry(GetHeader()->GetGrPixel(),GetHeader()->GetNumPixel());
 707       pixel->SetValue(GDCM_BINLOADED);
 708       pixel->SetBinArea(PixelConverter->GetRGB(),false);
 709       pixel->SetLength(PixelConverter->GetRGBSize());
 710
 711       Archive->Push(spp);
 712       Archive->Push(photInt);
 713       Archive->Push(planConfig);
 714       Archive->Push(pixel);
 715    }
 716    else
 717    {
 718       SetWriteToDecompressed();
 719    }
 720 }
 721
 722 void File::RestoreWrite()
 723 {
 724    Archive->Restore(0x0028,0x0002);
 725    Archive->Restore(0x0028,0x0004);
 726    Archive->Restore(0x0028,0x0006);
 727    Archive->Restore(GetHeader()->GetGrPixel(),GetHeader()->GetNumPixel());
 728 }
 729
 730 void File::SetWriteToLibido()
 731 {
 732    ValEntry *oldRow = dynamic_cast<ValEntry *>(HeaderInternal->GetDocEntryByNumber(0x0028, 0x0010));
 733    ValEntry *oldCol = dynamic_cast<ValEntry *>(HeaderInternal->GetDocEntryByNumber(0x0028, 0x0011));
 734
 735    if( oldRow && oldCol )
 736    {
 737       std::string rows, columns;
 738
 739       ValEntry *newRow=new ValEntry(oldRow->GetDictEntry());
 740       ValEntry *newCol=new ValEntry(oldCol->GetDictEntry());
 741
 742       newRow->Copy(oldCol);
 743       newCol->Copy(oldRow);
 744
 745       newRow->SetValue(oldCol->GetValue());
 746       newCol->SetValue(oldRow->GetValue());
 747
 748       Archive->Push(newRow);
 749       Archive->Push(newCol);
 750    }
 751 }
 752
 753 void File::RestoreWriteFromLibido()
 754 {
 755    Archive->Restore(0x0028,0x0010);
 756    Archive->Restore(0x0028,0x0011);
 757 }
 758
 759 ValEntry* File::CopyValEntry(uint16_t group,uint16_t element)
 760 {
 761    DocEntry* oldE = HeaderInternal->GetDocEntryByNumber(group, element);
 762    ValEntry* newE;
 763
 764    if(oldE)
 765    {
 766       newE = new ValEntry(oldE->GetDictEntry());
 767       newE->Copy(oldE);
 768    }
 769    else
 770    {
 771       newE = GetHeader()->NewValEntryByNumber(group,element);
 772    }
 773
 774    return(newE);
 775 }
 776
 777 BinEntry* File::CopyBinEntry(uint16_t group,uint16_t element)
 778 {
 779    DocEntry* oldE = HeaderInternal->GetDocEntryByNumber(group, element);
 780    BinEntry* newE;
 781
 782    if(oldE)
 783    {
 784       newE = new BinEntry(oldE->GetDictEntry());
 785       newE->Copy(oldE);
 786    }
 787    else
 788    {
 789       newE = GetHeader()->NewBinEntryByNumber(group,element);
 790    }
 791
 792
 793    return(newE);
 794 }
 795
 796 //-----------------------------------------------------------------------------
 797 } // end namespace gdcm
 798