src/gdcmFile.cxx

   1   /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: gdcmFile.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/01/11 00:21:48 $
   7   Version:   $Revision: 1.188 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #include "gdcmFile.h"
  20 #include "gdcmDocument.h"
  21 #include "gdcmDebug.h"
  22 #include "gdcmUtil.h"
  23 #include "gdcmBinEntry.h"
  24 #include "gdcmHeader.h"
  25 #include "gdcmPixelReadConvert.h"
  26 #include "gdcmPixelWriteConvert.h"
  27 #include "gdcmDocEntryArchive.h"
  28
  29 #include <fstream>
  30
  31 namespace gdcm
  32 {
  33 typedef std::pair<TagDocEntryHT::iterator,TagDocEntryHT::iterator> IterHT;
  34
  35 //-------------------------------------------------------------------------
  36 // Constructor / Destructor
  37 /**
  38  * \brief Constructor dedicated to deal with the *pixels* area of a ACR/DICOMV3
  39  *        file (Header only deals with the ... header)
  40  *        Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
  41  *        for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
  42  *        It will be up to the user to load the pixels into memory
  43  *        (see GetImageData, GetImageDataRaw)
  44  * \note  the in-memory representation of all available tags found in
  45  *        the DICOM header is post-poned to first header information access.
  46  *        This avoid a double parsing of public part of the header when
  47  *        one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
  48  *        seen as a side effect).
  49  */
  50 File::File( )
  51 {
  52    HeaderInternal = new Header( );
  53    SelfHeader = true;
  54    Initialise();
  55 }
  56
  57 /**
  58  * \brief Constructor dedicated to deal with the *pixels* area of a ACR/DICOMV3
  59  *        file (Header only deals with the ... header)
  60  *        Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
  61  *        for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
  62  *        It will be up to the user to load the pixels into memory
  63  *        (see GetImageData, GetImageDataRaw)
  64  * \note  the in-memory representation of all available tags found in
  65  *        the DICOM header is post-poned to first header information access.
  66  *        This avoid a double parsing of public part of the header when
  67  *        user sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
  68  *        seen as a side effect).
  69  * @param header already built Header
  70  */
  71 File::File(Header *header)
  72 {
  73    HeaderInternal = header;
  74    SelfHeader = false;
  75    Initialise();
  76 }
  77
  78 /**
  79  * \brief Constructor dedicated to deal with the *pixels* area of a ACR/DICOMV3
  80  *        file (Header only deals with the ... header)
  81  *        Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
  82  *        for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
  83  *        It will be up to the user to load the pixels into memory
  84  *        (see GetImageData, GetImageDataRaw)
  85  * \note  the in-memory representation of all available tags found in
  86  *        the DICOM header is post-poned to first header information access.
  87  *        This avoid a double parsing of public part of the header when
  88  *        one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
  89  *        seen as a side effect).
  90  * @param filename file to be opened for parsing
  91  */
  92 File::File(std::string const & filename )
  93 {
  94    HeaderInternal = new Header( filename );
  95    SelfHeader = true;
  96    Initialise();
  97 }
  98
  99 /**
 100  * \brief canonical destructor
 101  * \note  If the Header was created by the File constructor,
 102  *        it is destroyed by the File
 103  */
 104 File::~File()
 105 {
 106    if( PixelReadConverter )
 107    {
 108       delete PixelReadConverter;
 109    }
 110    if( PixelWriteConverter )
 111    {
 112       delete PixelWriteConverter;
 113    }
 114    if( Archive )
 115    {
 116       delete Archive;
 117    }
 118
 119    if( SelfHeader )
 120    {
 121       delete HeaderInternal;
 122    }
 123    HeaderInternal = 0;
 124 }
 125
 126 //-----------------------------------------------------------------------------
 127 // Print
 128 void File::Print(std::ostream &os)
 129 {
 130    HeaderInternal->SetPrintLevel(PrintLevel);
 131    HeaderInternal->Print(os);
 132
 133    PixelReadConverter->SetPrintLevel(PrintLevel);
 134    PixelReadConverter->Print(os);
 135 }
 136
 137 //-----------------------------------------------------------------------------
 138 // Public
 139 /**
 140  * \brief   Get the size of the image data
 141  *
 142  *          If the image can be RGB (with a lut or by default), the size
 143  *          corresponds to the RGB image
 144  * @return  The image size
 145  */
 146 size_t File::GetImageDataSize()
 147 {
 148    if ( PixelWriteConverter->GetUserData() )
 149    {
 150       return PixelWriteConverter->GetUserDataSize();
 151    }
 152
 153    return PixelReadConverter->GetRGBSize();
 154 }
 155
 156 /**
 157  * \brief   Get the size of the image data
 158  *
 159  *          If the image can be RGB by transformation in a LUT, this
 160  *          transformation isn't considered
 161  * @return  The raw image size
 162  */
 163 size_t File::GetImageDataRawSize()
 164 {
 165    if ( PixelWriteConverter->GetUserData() )
 166    {
 167       return PixelWriteConverter->GetUserDataSize();
 168    }
 169
 170    return PixelReadConverter->GetRawSize();
 171 }
 172
 173 /**
 174  * \brief   - Allocates necessary memory,
 175  *          - Reads the pixels from disk (uncompress if necessary),
 176  *          - Transforms YBR pixels, if any, into RGB pixels
 177  *          - Transforms 3 planes R, G, B, if any, into a single RGB Plane
 178  *          - Transforms single Grey plane + 3 Palettes into a RGB Plane
 179  *          - Copies the pixel data (image[s]/volume[s]) to newly allocated zone.
 180  * @return  Pointer to newly allocated pixel data.
 181  *          NULL if alloc fails
 182  */
 183 uint8_t *File::GetImageData()
 184 {
 185    if ( PixelWriteConverter->GetUserData() )
 186    {
 187       return PixelWriteConverter->GetUserData();
 188    }
 189
 190    if ( ! GetRaw() )
 191    {
 192       // If the decompression failed nothing can be done.
 193       return 0;
 194    }
 195
 196    if ( HeaderInternal->HasLUT() && PixelReadConverter->BuildRGBImage() )
 197    {
 198       return PixelReadConverter->GetRGB();
 199    }
 200    else
 201    {
 202       // When no LUT or LUT conversion fails, return the Raw
 203       return PixelReadConverter->GetRaw();
 204    }
 205 }
 206
 207 /**
 208  * \brief   Allocates necessary memory,
 209  *          Transforms YBR pixels (if any) into RGB pixels
 210  *          Transforms 3 planes R, G, B  (if any) into a single RGB Plane
 211  *          Copies the pixel data (image[s]/volume[s]) to newly allocated zone.
 212  *          DOES NOT transform Grey plane + 3 Palettes into a RGB Plane
 213  * @return  Pointer to newly allocated pixel data.
 214  * \        NULL if alloc fails
 215  */
 216 uint8_t *File::GetImageDataRaw ()
 217 {
 218    return GetRaw();
 219 }
 220
 221 /**
 222  * \brief
 223  *          Read the pixels from disk (uncompress if necessary),
 224  *          Transforms YBR pixels, if any, into RGB pixels
 225  *          Transforms 3 planes R, G, B, if any, into a single RGB Plane
 226  *          Transforms single Grey plane + 3 Palettes into a RGB Plane
 227  *          Copies at most MaxSize bytes of pixel data to caller allocated
 228  *          memory space.
 229  * \warning This function allows people that want to build a volume
 230  *          from an image stack *not to* have, first to get the image pixels,
 231  *          and then move them to the volume area.
 232  *          It's absolutely useless for any VTK user since vtk chooses
 233  *          to invert the lines of an image, that is the last line comes first
 234  *          (for some axis related reasons?). Hence he will have
 235  *          to load the image line by line, starting from the end.
 236  *          VTK users have to call GetImageData
 237  *
 238  * @param   destination Address (in caller's memory space) at which the
 239  *          pixel data should be copied
 240  * @param   maxSize Maximum number of bytes to be copied. When MaxSize
 241  *          is not sufficient to hold the pixel data the copy is not
 242  *          executed (i.e. no partial copy).
 243  * @return  On success, the number of bytes actually copied. Zero on
 244  *          failure e.g. MaxSize is lower than necessary.
 245  */
 246 size_t File::GetImageDataIntoVector (void *destination, size_t maxSize)
 247 {
 248    if ( ! GetRaw() )
 249    {
 250       // If the decompression failed nothing can be done.
 251       return 0;
 252    }
 253
 254    if ( HeaderInternal->HasLUT() && PixelReadConverter->BuildRGBImage() )
 255    {
 256       if ( PixelReadConverter->GetRGBSize() > maxSize )
 257       {
 258          gdcmVerboseMacro( "Pixel data bigger than caller's expected MaxSize");
 259          return 0;
 260       }
 261       memcpy( destination,
 262               (void*)PixelReadConverter->GetRGB(),
 263               PixelReadConverter->GetRGBSize() );
 264       return PixelReadConverter->GetRGBSize();
 265    }
 266
 267    // Either no LUT conversion necessary or LUT conversion failed
 268    if ( PixelReadConverter->GetRawSize() > maxSize )
 269    {
 270       gdcmVerboseMacro( "Pixel data bigger than caller's expected MaxSize");
 271       return 0;
 272    }
 273    memcpy( destination,
 274            (void*)PixelReadConverter->GetRaw(),
 275            PixelReadConverter->GetRawSize() );
 276    return PixelReadConverter->GetRawSize();
 277 }
 278
 279 /**
 280  * \brief   Points the internal pointer to the callers inData
 281  *          image representation, BUT WITHOUT COPYING THE DATA.
 282  *          'image' Pixels are presented as C-like 2D arrays : line per line.
 283  *          'volume'Pixels are presented as C-like 3D arrays : plane per plane
 284  * \warning Since the pixels are not copied, it is the caller's responsability
 285  *          not to deallocate it's data before gdcm uses them (e.g. with
 286  *          the Write() method.
 287  * @param inData user supplied pixel area
 288  * @param expectedSize total image size, in Bytes
 289  *
 290  * @return boolean
 291  */
 292 void File::SetImageData(uint8_t *inData, size_t expectedSize)
 293 {
 294    SetUserData(inData,expectedSize);
 295 }
 296
 297 /**
 298  * \brief   Set the image datas defined by the user
 299  * \warning When writting the file, this datas are get as default datas to write
 300  */
 301 void File::SetUserData(uint8_t *data, size_t expectedSize)
 302 {
 303    PixelWriteConverter->SetUserData(data,expectedSize);
 304 }
 305
 306 /**
 307  * \brief   Get the image datas defined by the user
 308  * \warning When writting the file, this datas are get as default data to write
 309  */
 310 uint8_t *File::GetUserData()
 311 {
 312    return PixelWriteConverter->GetUserData();
 313 }
 314
 315 /**
 316  * \brief   Get the image data size defined by the user
 317  * \warning When writting the file, this datas are get as default data to write
 318  */
 319 size_t File::GetUserDataSize()
 320 {
 321    return PixelWriteConverter->GetUserDataSize();
 322 }
 323
 324 /**
 325  * \brief   Get the image datas from the file.
 326  *          If a LUT is found, the data are expanded to be RGB
 327  */
 328 uint8_t *File::GetRGBData()
 329 {
 330    return PixelReadConverter->GetRGB();
 331 }
 332
 333 /**
 334  * \brief   Get the image data size from the file.
 335  *          If a LUT is found, the data are expanded to be RGB
 336  */
 337 size_t File::GetRGBDataSize()
 338 {
 339    return PixelReadConverter->GetRGBSize();
 340 }
 341
 342 /**
 343  * \brief   Get the image datas from the file.
 344  *          If a LUT is found, the datas are not expanded !
 345  */
 346 uint8_t *File::GetRawData()
 347 {
 348    return PixelReadConverter->GetRaw();
 349 }
 350
 351 /**
 352  * \brief   Get the image data size from the file.
 353  *          If a LUT is found, the data are not expanded !
 354  */
 355 size_t File::GetRawDataSize()
 356 {
 357    return PixelReadConverter->GetRawSize();
 358 }
 359
 360 /**
 361  * \brief Writes on disk A SINGLE Dicom file
 362  *        NO test is performed on  processor "Endiannity".
 363  *        It's up to the user to call his Reader properly
 364  * @param fileName name of the file to be created
 365  *                 (any already existing file is over written)
 366  * @return false if write fails
 367  */
 368
 369 bool File::WriteRawData(std::string const &fileName)
 370 {
 371   std::ofstream fp1(fileName.c_str(), std::ios::out | std::ios::binary );
 372    if (!fp1)
 373    {
 374       gdcmVerboseMacro( "Fail to open (write) file:" << fileName.c_str());
 375       return false;
 376    }
 377
 378    if( PixelWriteConverter->GetUserData() )
 379    {
 380       fp1.write( (char*)PixelWriteConverter->GetUserData(),
 381                  PixelWriteConverter->GetUserDataSize() );
 382    }
 383    else if ( PixelReadConverter->GetRGB() )
 384    {
 385       fp1.write( (char*)PixelReadConverter->GetRGB(),
 386                  PixelReadConverter->GetRGBSize());
 387    }
 388    else if ( PixelReadConverter->GetRaw() )
 389    {
 390       fp1.write( (char*)PixelReadConverter->GetRaw(),
 391                  PixelReadConverter->GetRawSize());
 392    }
 393    else
 394    {
 395       gdcmErrorMacro( "Nothing written." );
 396    }
 397
 398    fp1.close();
 399
 400    return true;
 401 }
 402
 403 /**
 404  * \brief Writes on disk A SINGLE Dicom file,
 405  *        using the Implicit Value Representation convention
 406  *        NO test is performed on  processor "Endiannity".
 407  * @param fileName name of the file to be created
 408  *                 (any already existing file is overwritten)
 409  * @return false if write fails
 410  */
 411
 412 bool File::WriteDcmImplVR (std::string const &fileName)
 413 {
 414    SetWriteTypeToDcmImplVR();
 415    return Write(fileName);
 416 }
 417
 418 /**
 419 * \brief Writes on disk A SINGLE Dicom file,
 420  *        using the Explicit Value Representation convention
 421  *        NO test is performed on  processor "Endiannity".
 422  * @param fileName name of the file to be created
 423  *                 (any already existing file is overwritten)
 424  * @return false if write fails
 425  */
 426
 427 bool File::WriteDcmExplVR (std::string const &fileName)
 428 {
 429    SetWriteTypeToDcmExplVR();
 430    return Write(fileName);
 431 }
 432
 433 /**
 434  * \brief Writes on disk A SINGLE Dicom file,
 435  *        using the ACR-NEMA convention
 436  *        NO test is performed on  processor "Endiannity".
 437  *        (a l'attention des logiciels cliniques
 438  *        qui ne prennent en entrée QUE des images ACR ...
 439  * \warning if a DICOM_V3 header is supplied,
 440  *         groups < 0x0008 and shadow groups are ignored
 441  * \warning NO TEST is performed on processor "Endiannity".
 442  * @param fileName name of the file to be created
 443  *                 (any already existing file is overwritten)
 444  * @return false if write fails
 445  */
 446
 447 bool File::WriteAcr (std::string const &fileName)
 448 {
 449    SetWriteTypeToAcr();
 450    return Write(fileName);
 451 }
 452
 453 /**
 454  * \brief Writes on disk A SINGLE Dicom file,
 455  * @param fileName name of the file to be created
 456  *                 (any already existing file is overwritten)
 457  * @return false if write fails
 458  */
 459 bool File::Write(std::string const &fileName)
 460 {
 461    switch(WriteType)
 462    {
 463       case ImplicitVR:
 464          SetWriteFileTypeToImplicitVR();
 465          break;
 466       case ExplicitVR:
 467          SetWriteFileTypeToExplicitVR();
 468          break;
 469       case ACR:
 470       case ACR_LIBIDO:
 471          SetWriteFileTypeToACR();
 472          break;
 473       default:
 474          SetWriteFileTypeToExplicitVR();
 475    }
 476
 477    // --------------------------------------------------------------
 478    // Special Patch to allow gdcm to re-write ACR-LibIDO formated images
 479    //
 480    // if recognition code tells us we dealt with a LibIDO image
 481    // we reproduce on disk the switch between lineNumber and columnNumber
 482    // just before writting ...
 483    /// \todo the best trick would be *change* the recognition code
 484    ///       but pb expected if user deals with, e.g. COMPLEX images
 485    if( WriteType == ACR_LIBIDO )
 486    {
 487       SetWriteToLibido();
 488    }
 489    else
 490    {
 491       SetWriteToNoLibido();
 492    }
 493    // ----------------- End of Special Patch ----------------
 494
 495    switch(WriteMode)
 496    {
 497       case WMODE_RAW :
 498          SetWriteToRaw();
 499          break;
 500       case WMODE_RGB :
 501          SetWriteToRGB();
 502          break;
 503    }
 504
 505    bool check = CheckWriteIntegrity();
 506    if(check)
 507    {
 508       check = HeaderInternal->Write(fileName,WriteType);
 509    }
 510
 511    RestoreWrite();
 512    RestoreWriteFileType();
 513
 514    // --------------------------------------------------------------
 515    // Special Patch to allow gdcm to re-write ACR-LibIDO formated images
 516    //
 517    // ...and we restore the Header to be Dicom Compliant again
 518    // just after writting
 519    RestoreWriteOfLibido();
 520    // ----------------- End of Special Patch ----------------
 521
 522    return check;
 523 }
 524
 525 /**
 526  * \brief   Accesses an existing DocEntry (i.e. a Dicom Element)
 527  *          through it's (group, element) and modifies it's content with
 528  *          the given value.
 529  * @param   content new value (string) to substitute with
 530  * @param   group     group number of the Dicom Element to modify
 531  * @param   element element number of the Dicom Element to modify
 532  */
 533 bool File::SetEntry(std::string const &content,
 534                     uint16_t group, uint16_t element)
 535 {
 536    return HeaderInternal->SetEntry(content,group,element);
 537 }
 538
 539
 540 /**
 541  * \brief   Accesses an existing DocEntry (i.e. a Dicom Element)
 542  *          through it's (group, element) and modifies it's content with
 543  *          the given value.
 544  * @param   content new value (void*  -> uint8_t*) to substitute with
 545  * @param   lgth new value length
 546  * @param   group     group number of the Dicom Element to modify
 547  * @param   element element number of the Dicom Element to modify
 548  */
 549 bool File::SetEntry(uint8_t *content, int lgth,
 550                     uint16_t group, uint16_t element)
 551 {
 552    return HeaderInternal->SetEntry(content,lgth,group,element);
 553 }
 554
 555 /**
 556  * \brief   Modifies the value of a given Doc Entry (Dicom Element)
 557  *          when it exists. Create it with the given value when unexistant.
 558  * @param   content (string) Value to be set
 559  * @param   group   Group number of the Entry
 560  * @param   element  Element number of the Entry
 561  * \return  pointer to the modified/created Header Entry (NULL when creation
 562  *          failed).
 563  */
 564 bool File::ReplaceOrCreate(std::string const &content,
 565                            uint16_t group, uint16_t element)
 566 {
 567    return HeaderInternal->ReplaceOrCreate(content,group,element) != NULL;
 568 }
 569
 570 /*
 571  * \brief   Modifies the value of a given Header Entry (Dicom Element)
 572  *          when it exists. Create it with the given value when unexistant.
 573  *          A copy of the binArea is made to be kept in the Document.
 574  * @param   binArea (binary) value to be set
 575  * @param   group   Group number of the Entry
 576  * @param   element  Element number of the Entry
 577  * \return  pointer to the modified/created Header Entry (NULL when creation
 578  *          failed).
 579  */
 580 bool File::ReplaceOrCreate(uint8_t *binArea, int lgth,
 581                            uint16_t group, uint16_t element)
 582 {
 583    return HeaderInternal->ReplaceOrCreate(binArea,lgth,group,element) != NULL;
 584 }
 585
 586 /**
 587  * \brief Access to the underlying \ref PixelReadConverter RGBA LUT
 588  */
 589 uint8_t* File::GetLutRGBA()
 590 {
 591    return PixelReadConverter->GetLutRGBA();
 592 }
 593
 594 //-----------------------------------------------------------------------------
 595 // Protected
 596
 597 /**
 598  * \brief Check the write integrity
 599  *
 600  * The tests made are :
 601  *  - verify the size of the image to write with the possible write
 602  *    when the user set an image data
 603  * @return true if the check successfulls
 604  */
 605 bool File::CheckWriteIntegrity()
 606 {
 607    if(PixelWriteConverter->GetUserData())
 608    {
 609       int numberBitsAllocated = HeaderInternal->GetBitsAllocated();
 610       if ( numberBitsAllocated == 0 || numberBitsAllocated == 12 )
 611       {
 612          numberBitsAllocated = 16;
 613       }
 614
 615       size_t decSize = HeaderInternal->GetXSize()
 616                     * HeaderInternal->GetYSize()
 617                     * HeaderInternal->GetZSize()
 618                     * ( numberBitsAllocated / 8 )
 619                     * HeaderInternal->GetSamplesPerPixel();
 620       size_t rgbSize = decSize;
 621       if( HeaderInternal->HasLUT() )
 622          rgbSize = decSize * 3;
 623
 624       switch(WriteMode)
 625       {
 626          case WMODE_RAW :
 627             if( decSize!=PixelWriteConverter->GetUserDataSize() )
 628             {
 629                gdcmVerboseMacro( "Data size is incorrect (Raw)" << decSize
 630                     << " / " << PixelWriteConverter->GetUserDataSize() );
 631                return false;
 632             }
 633             break;
 634          case WMODE_RGB :
 635             if( rgbSize!=PixelWriteConverter->GetUserDataSize() )
 636             {
 637                gdcmVerboseMacro( "Data size is incorrect (RGB)" << decSize
 638                    << " / " << PixelWriteConverter->GetUserDataSize() );
 639                return false;
 640             }
 641             break;
 642       }
 643    }
 644
 645    return true;
 646 }
 647
 648 void File::SetWriteToRaw()
 649 {
 650    if( HeaderInternal->GetNumberOfScalarComponents() == 3
 651     && !HeaderInternal->HasLUT())
 652    {
 653       SetWriteToRGB();
 654    }
 655    else
 656    {
 657       ValEntry *photInt = CopyValEntry(0x0028,0x0004);
 658       if(HeaderInternal->HasLUT())
 659       {
 660          photInt->SetValue("PALETTE COLOR ");
 661       }
 662       else
 663       {
 664          photInt->SetValue("MONOCHROME1 ");
 665       }
 666
 667       PixelWriteConverter->SetReadData(PixelReadConverter->GetRaw(),
 668                                        PixelReadConverter->GetRawSize());
 669
 670       BinEntry *pixel =
 671          CopyBinEntry(GetHeader()->GetGrPixel(),GetHeader()->GetNumPixel());
 672       pixel->SetValue(GDCM_BINLOADED);
 673       pixel->SetBinArea(PixelWriteConverter->GetData(),false);
 674       pixel->SetLength(PixelWriteConverter->GetDataSize());
 675
 676       Archive->Push(photInt);
 677       Archive->Push(pixel);
 678    }
 679 }
 680
 681 void File::SetWriteToRGB()
 682 {
 683    if(HeaderInternal->GetNumberOfScalarComponents()==3)
 684    {
 685       PixelReadConverter->BuildRGBImage();
 686
 687       ValEntry *spp = CopyValEntry(0x0028,0x0002);
 688       spp->SetValue("3 ");
 689
 690       ValEntry *planConfig = CopyValEntry(0x0028,0x0006);
 691       planConfig->SetValue("0 ");
 692
 693       ValEntry *photInt = CopyValEntry(0x0028,0x0004);
 694       photInt->SetValue("RGB ");
 695
 696       if(PixelReadConverter->GetRGB())
 697       {
 698          PixelWriteConverter->SetReadData(PixelReadConverter->GetRGB(),
 699                                           PixelReadConverter->GetRGBSize());
 700       }
 701       else // Raw data
 702       {
 703          PixelWriteConverter->SetReadData(PixelReadConverter->GetRaw(),
 704                                           PixelReadConverter->GetRawSize());
 705       }
 706
 707       BinEntry *pixel =
 708          CopyBinEntry(GetHeader()->GetGrPixel(),GetHeader()->GetNumPixel());
 709       pixel->SetValue(GDCM_BINLOADED);
 710       pixel->SetBinArea(PixelWriteConverter->GetData(),false);
 711       pixel->SetLength(PixelWriteConverter->GetDataSize());
 712
 713       Archive->Push(spp);
 714       Archive->Push(planConfig);
 715       Archive->Push(photInt);
 716       Archive->Push(pixel);
 717
 718       // Remove any LUT
 719       Archive->Push(0x0028,0x1101);
 720       Archive->Push(0x0028,0x1102);
 721       Archive->Push(0x0028,0x1103);
 722       Archive->Push(0x0028,0x1201);
 723       Archive->Push(0x0028,0x1202);
 724       Archive->Push(0x0028,0x1203);
 725
 726       // For old ACR-NEMA
 727       // Thus, we have a RGB image and the bits allocated = 24 and
 728       // samples per pixels = 1 (in the read file)
 729       if(HeaderInternal->GetBitsAllocated()==24)
 730       {
 731          ValEntry *bitsAlloc = CopyValEntry(0x0028,0x0100);
 732          bitsAlloc->SetValue("8 ");
 733
 734          ValEntry *bitsStored = CopyValEntry(0x0028,0x0101);
 735          bitsStored->SetValue("8 ");
 736
 737          ValEntry *highBit = CopyValEntry(0x0028,0x0102);
 738          highBit->SetValue("7 ");
 739
 740          Archive->Push(bitsAlloc);
 741          Archive->Push(bitsStored);
 742          Archive->Push(highBit);
 743       }
 744    }
 745    else
 746    {
 747       SetWriteToRaw();
 748    }
 749 }
 750
 751 void File::RestoreWrite()
 752 {
 753    Archive->Restore(0x0028,0x0002);
 754    Archive->Restore(0x0028,0x0004);
 755    Archive->Restore(0x0028,0x0006);
 756    Archive->Restore(GetHeader()->GetGrPixel(),GetHeader()->GetNumPixel());
 757
 758    // For old ACR-NEMA (24 bits problem)
 759    Archive->Restore(0x0028,0x0100);
 760    Archive->Restore(0x0028,0x0101);
 761    Archive->Restore(0x0028,0x0102);
 762
 763    // For the LUT
 764    Archive->Restore(0x0028,0x1101);
 765    Archive->Restore(0x0028,0x1102);
 766    Archive->Restore(0x0028,0x1103);
 767    Archive->Restore(0x0028,0x1201);
 768    Archive->Restore(0x0028,0x1202);
 769    Archive->Restore(0x0028,0x1203);
 770 }
 771
 772 void File::SetWriteFileTypeToACR()
 773 {
 774    Archive->Push(0x0002,0x0010);
 775 }
 776
 777 void File::SetWriteFileTypeToExplicitVR()
 778 {
 779    std::string ts = Util::DicomString(
 780       Document::GetTransferSyntaxValue(ExplicitVRLittleEndian).c_str() );
 781
 782    ValEntry *tss = CopyValEntry(0x0002,0x0010);
 783    tss->SetValue(ts);
 784
 785    Archive->Push(tss);
 786 }
 787
 788 void File::SetWriteFileTypeToImplicitVR()
 789 {
 790    std::string ts = Util::DicomString(
 791       Document::GetTransferSyntaxValue(ImplicitVRLittleEndian).c_str() );
 792
 793    ValEntry *tss = CopyValEntry(0x0002,0x0010);
 794    tss->SetValue(ts);
 795
 796    Archive->Push(tss);
 797 }
 798
 799 void File::RestoreWriteFileType()
 800 {
 801    Archive->Restore(0x0002,0x0010);
 802 }
 803
 804 void File::SetWriteToLibido()
 805 {
 806    ValEntry *oldRow = dynamic_cast<ValEntry *>
 807                 (HeaderInternal->GetDocEntry(0x0028, 0x0010));
 808    ValEntry *oldCol = dynamic_cast<ValEntry *>
 809                 (HeaderInternal->GetDocEntry(0x0028, 0x0011));
 810
 811    if( oldRow && oldCol )
 812    {
 813       std::string rows, columns;
 814
 815       ValEntry *newRow=new ValEntry(oldRow->GetDictEntry());
 816       ValEntry *newCol=new ValEntry(oldCol->GetDictEntry());
 817
 818       newRow->Copy(oldCol);
 819       newCol->Copy(oldRow);
 820
 821       newRow->SetValue(oldCol->GetValue());
 822       newCol->SetValue(oldRow->GetValue());
 823
 824       Archive->Push(newRow);
 825       Archive->Push(newCol);
 826    }
 827
 828    ValEntry *libidoCode = CopyValEntry(0x0008,0x0010);
 829    libidoCode->SetValue("ACRNEMA_LIBIDO_1.1");
 830    Archive->Push(libidoCode);
 831 }
 832
 833 void File::SetWriteToNoLibido()
 834 {
 835    ValEntry *recCode = dynamic_cast<ValEntry *>
 836                 (HeaderInternal->GetDocEntry(0x0008,0x0010));
 837    if( recCode )
 838    {
 839       if( recCode->GetValue() == "ACRNEMA_LIBIDO_1.1" )
 840       {
 841          ValEntry *libidoCode = CopyValEntry(0x0008,0x0010);
 842          libidoCode->SetValue("");
 843          Archive->Push(libidoCode);
 844       }
 845    }
 846 }
 847
 848 void File::RestoreWriteOfLibido()
 849 {
 850    Archive->Restore(0x0028,0x0010);
 851    Archive->Restore(0x0028,0x0011);
 852    Archive->Restore(0x0008,0x0010);
 853 }
 854
 855 ValEntry *File::CopyValEntry(uint16_t group,uint16_t element)
 856 {
 857    DocEntry *oldE = HeaderInternal->GetDocEntry(group, element);
 858    ValEntry *newE;
 859
 860    if(oldE)
 861    {
 862       newE = new ValEntry(oldE->GetDictEntry());
 863       newE->Copy(oldE);
 864    }
 865    else
 866    {
 867       newE = GetHeader()->NewValEntry(group,element);
 868    }
 869
 870    return newE;
 871 }
 872
 873 BinEntry *File::CopyBinEntry(uint16_t group,uint16_t element)
 874 {
 875    DocEntry *oldE = HeaderInternal->GetDocEntry(group, element);
 876    BinEntry *newE;
 877
 878    if(oldE)
 879    {
 880       newE = new BinEntry(oldE->GetDictEntry());
 881       newE->Copy(oldE);
 882    }
 883    else
 884    {
 885       newE = GetHeader()->NewBinEntry(group,element);
 886    }
 887
 888    return newE;
 889 }
 890
 891 //-----------------------------------------------------------------------------
 892 // Protected
 893 /**
 894  * \brief Factorization for various forms of constructors.
 895  */
 896 void File::Initialise()
 897 {
 898    WriteMode = WMODE_RAW;
 899    WriteType = ExplicitVR;
 900
 901    PixelReadConverter = new PixelReadConvert;
 902    PixelWriteConverter = new PixelWriteConvert;
 903    Archive = new DocEntryArchive( HeaderInternal );
 904
 905    if ( HeaderInternal->IsReadable() )
 906    {
 907       PixelReadConverter->GrabInformationsFromHeader( HeaderInternal );
 908    }
 909 }
 910
 911 uint8_t *File::GetRaw()
 912 {
 913    uint8_t *raw = PixelReadConverter->GetRaw();
 914    if ( ! raw )
 915    {
 916       // The Raw image migth not be loaded yet:
 917       std::ifstream *fp = HeaderInternal->OpenFile();
 918       PixelReadConverter->ReadAndDecompressPixelData( fp );
 919       if(fp)
 920          HeaderInternal->CloseFile();
 921
 922       raw = PixelReadConverter->GetRaw();
 923       if ( ! raw )
 924       {
 925          gdcmVerboseMacro( "Read/decompress of pixel data apparently went wrong.");
 926          return 0;
 927       }
 928    }
 929
 930    return raw;
 931 }
 932
 933 //-----------------------------------------------------------------------------
 934 // Private
 935
 936 //-----------------------------------------------------------------------------
 937 } // end namespace gdcm
 938