5 static void _Swap(void* im, int swap, int lgr, int nb);
7 /////////////////////////////////////////////////////////////////
10 * \brief Constructor dedicated to writing a new DICOMV3 part10 compliant
11 * file (see SetFileName, SetDcmTag and Write)
12 * Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
13 * for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
14 * \Note the in-memory representation of all available tags found in
15 * the DICOM header is post-poned to first header information access.
16 * This avoid a double parsing of public part of the header when
17 * one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
18 * seen as a side effect).
20 * @param filename file to be opened for parsing
25 gdcmFile::gdcmFile(string & filename)
26 :gdcmHeader(filename.c_str())
31 /////////////////////////////////////////////////////////////////
32 // FIXME JPR: comments in English please !
35 * \brief Renvoie la longueur A ALLOUER pour recevoir les pixels de l'image
36 * \ ou DES images dans le cas d'un multiframe
37 * \ ATTENTION : il ne s'agit PAS de la longueur du groupe des Pixels
38 * \ (dans le cas d'images compressees, elle n'a pas de sens).
40 * @param void Rien en entree
42 * @return longueur a allouer
45 size_t gdcmFile::GetImageDataSize(void) {
46 int nbLignes, nbCol, nbFrames, nb;
47 string str_nbFrames, str_nb;
49 nbLignes=atoi(gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0010).c_str());
51 nbCol =atoi(gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0011).c_str());
54 str_nbFrames=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0008);
56 if (str_nbFrames == "gdcm::Unfound" ) {
59 nbFrames = atoi(str_nbFrames.c_str() );
62 // Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel
63 str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
65 if (str_nb == "gdcm::Unfound" ) {
68 nb = atoi(str_nb.c_str() );
71 size_t lgrTotale = nbFrames*nbLignes*nbCol*(nb/8);
77 /////////////////////////////////////////////////////////////////
88 void * gdcmFile::GetImageData (void) {
90 // Longueur en Octets des Pixels a lire
91 size_t taille = GetImageDataSize();// ne faudrait-il pas la stocker?
92 _Pixels = (char *) malloc(taille);
93 GetImageDataIntoVector(_Pixels, taille);
95 // On l'affecte à un champ du dcmFile
99 // ca fait double emploi, il faudra nettoyer ça
106 /////////////////////////////////////////////////////////////////
109 * \brief amene en mémoire dans une zone précisee par l'utilisateur
110 * \les Pixels d'une image NON COMPRESSEE
111 * \Aucun test n'est fait pour le moment sur le caractere compresse ou non de l'image
118 int gdcmFile::GetImageDataIntoVector (void* destination, size_t MaxSize) {
121 // dans quel cas la MaxSize sert-elle a quelque chose?
122 // que fait-on si la taille de l'image est + gde que Maxize?
123 // que fait-on si la taille de l'image est + petite que Maxize?
126 void * Pixels = destination; // pour garder le code identique avec GetImageData
128 int nb, nbu, highBit, signe;
129 string str_nbFrames, str_nb, str_nbu, str_highBit, str_signe;
131 unsigned short int mask = 0xffff;
133 // Longueur en Octets des Pixels a lire
134 size_t _lgrTotale = GetImageDataSize(); // ne faudrait-il pas la stocker?
136 // si lgrTotale < MaxSize ==> Gros pb
137 // -> on résoud à la goret
139 if ( _lgrTotale < MaxSize ) MaxSize = _lgrTotale;
141 GetPixels(MaxSize, destination);
143 // Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel
144 str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
146 if (str_nb == "gdcm::Unfound" ) {
149 nb = atoi(str_nb.c_str() );
152 // Nombre de Bits Utilises
153 str_nbu=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0101);
155 if (str_nbu == "gdcm::Unfound" ) {
158 nbu = atoi(str_nbu.c_str() );
161 // Position du Bit de Poids Fort
162 str_highBit=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0102);
164 if (str_highBit == "gdcm::Unfound" ) {
167 highBit = atoi(str_highBit.c_str() );
171 str_signe=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0103);
173 if (str_signe == "gdcm::Unfound" ) {
176 signe = atoi(str_signe.c_str() );
179 // On remet les Octets dans le bon ordre si besoin est
181 int _sw = GetSwapCode();
183 _Swap (destination, _sw, _lgrTotale, nb);
186 // On remet les Bits des Octets dans le bon ordre si besoin est
188 // ATTENTION : Jamais confronté a des pixels stockes sur 32 bits
189 // avec moins de 32 bits utilises
190 // et dont le bit de poids fort ne serait pas la ou on l'attend ...
191 // --> ne marchera pas dans ce cas
193 mask = mask >> (nb-nbu);
194 int l=(int)MaxSize/(nb/8);
195 unsigned short *deb = (unsigned short *)Pixels;
196 for(int i=0;i<l;i++) {
197 *deb = (*deb >> (nbu-highBit-1)) & mask;
202 // VOIR s'il ne faudrait pas l'affecter à un champ du dcmHeader
209 // Je laisse le code integral, au cas ça puisse etre reutilise ailleurs
212 static void _Swap(void* im, int swap, int lgr, int nb) {
231 ((unsigned short int*)im)[i]= ((((unsigned short int*)im)[i])>>8)
232 | ((((unsigned short int*)im)[i])<<8);
236 printf("valeur de SWAP (16 bits) non autorisee : %d\n", swap);
248 faible= ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff; /* 4321 */
249 fort =((unsigned long int*)im)[i]>>16;
250 fort= (fort>>8) | (fort<<8);
251 faible=(faible>>8) | (faible<<8);
253 ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|fort;
259 faible= ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff; /* 2143 */
260 fort=((unsigned long int*)im)[i]>>16;
261 fort= (fort>>8) | (fort<<8);
262 faible=(faible>>8) | (faible<<8);
264 ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|faible;
270 faible= ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff; /* 3412 */
271 fort=((unsigned long int*)im)[i]>>16;
273 ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|fort;
278 printf("valeur de SWAP (32 bits) non autorisee : %d\n", swap);
283 /////////////////////////////////////////////////////////////////
287 * \warning WARNING doit-etre etre publique ?
294 int gdcmFile::SetImageData(void * Data, size_t ExpectedSize) {
296 SetImageDataSize(ExpectedSize);
299 lgrTotale = ExpectedSize;
305 /////////////////////////////////////////////////////////////////
310 * \warning WARNING doit-etre etre publique ?
317 void gdcmFile::SetImageDataSize(size_t ImageDataSize) {
323 sprintf(car,"%d",ImageDataSize);
325 SetPubElValByNumber(content2, 0x7fe0, 0x0010);
328 sprintf(car,"%d",ImageDataSize);
330 SetPubElValByNumber(content1, 0x7fe0, 0x0000);
334 /////////////////////////////////////////////////////////////////
337 * \brief Ecrit sur disque les pixels d'UNE image
338 * \Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
339 * \Ca sera à l'utilisateur d'appeler son Reader correctement
340 * \ (Equivalent a IdImaWriteRawFile)
347 int gdcmFile::WriteRawData (string nomFichier) {
350 fp1 = fopen(nomFichier.c_str(),"wb");
352 printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",nomFichier.c_str());
356 fwrite (Pixels,lgrTotale, 1, fp1);
363 /////////////////////////////////////////////////////////////////
366 * \brief Ecrit sur disque UNE image Dicom
367 * \Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
368 * \Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel
369 * \ (Equivalent a IdDcmWrite)
376 int gdcmFile::WriteDcm (string nomFichier) {
378 // ATTENTION : fonction non terminée (commitée a titre de precaution)
382 fp1 = fopen(nomFichier.c_str(),"wb");
384 printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",nomFichier.c_str());
388 // Ecriture Dicom File Preamble
389 filePreamble=(char*)calloc(128,1);
390 fwrite(filePreamble,128,1,fp1);
391 fwrite("DICM",4,1,fp1);
393 // un accesseur de + est obligatoire ???
394 // pourtant le gdcmElValSet contenu dans le gdcmHeader
395 // ne devrait pas être visible par l'utilisateur final (?)
397 GetPubElVals().Write(fp1);
399 fwrite(Pixels, lgrTotale, 1, fp1);
405 /////////////////////////////////////////////////////////////////
408 * \brief Ecrit sur disque UNE image ACR-NEMA
409 * \ (a l'attention des logiciels cliniques
410 * \ qui ne prennent en entrée QUE des images ACR ...
411 * \ si un header DICOM est fourni en entree,
412 * \ les groupes < 0x0008 et les groupes impairs sont ignores)
413 * \ Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
414 * \ Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel
415 * \ (Equivalent a IdDcmWrite)
422 int gdcmFile::WriteAcr (string nomFichier) {
424 // ATTENTION : fonction non terminée (commitée a titre de precaution)
427 fp1 = fopen(nomFichier.c_str(),"wb");
429 printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",nomFichier.c_str());
433 // un accesseur de + est obligatoire ???
434 // pourtant le gdcmElValSet contenu dans le gdcmHeader
435 // ne devrait pas être visible par l'utilisateur final (?)
437 GetPubElVals().WriteAcr(fp1);
439 fwrite(Pixels, lgrTotale, 1, fp1);