src/gdcmFile.cxx

   1   /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: gdcmFile.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2004/10/28 03:10:58 $
   7   Version:   $Revision: 1.150 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #include "gdcmFile.h"
  20 #include "gdcmDebug.h"
  21 #include <fstream>
  22
  23 namespace gdcm
  24 {
  25 typedef std::pair<TagDocEntryHT::iterator,TagDocEntryHT::iterator> IterHT;
  26
  27 //-------------------------------------------------------------------------
  28 // Constructor / Destructor
  29 /**
  30  * \brief Constructor dedicated to deal with the *pixels* area of a ACR/DICOMV3
  31  *        file (Header only deals with the ... header)
  32  *        Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
  33  *        for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
  34  *        It will be up to the user to load the pixels into memory
  35  *        (see GetImageData, GetImageDataRaw)
  36  * \note  the in-memory representation of all available tags found in
  37  *        the DICOM header is post-poned to first header information access.
  38  *        This avoid a double parsing of public part of the header when
  39  *        user sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
  40  *        seen as a side effect).
  41  * @param header already built Header
  42  */
  43 File::File(Header *header)
  44 {
  45    HeaderInternal = header;
  46    SelfHeader = false;
  47    Initialise();
  48 }
  49
  50 /**
  51  * \brief Constructor dedicated to deal with the *pixels* area of a ACR/DICOMV3
  52  *        file (Header only deals with the ... header)
  53  *        Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
  54  *        for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
  55  *        It will be up to the user to load the pixels into memory
  56  *        (see GetImageData, GetImageDataRaw)
  57  * \note  the in-memory representation of all available tags found in
  58  *        the DICOM header is post-poned to first header information access.
  59  *        This avoid a double parsing of public part of the header when
  60  *        one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
  61  *        seen as a side effect).
  62  * @param filename file to be opened for parsing
  63  */
  64 File::File(std::string const & filename )
  65 {
  66    HeaderInternal = new Header( filename );
  67    SelfHeader = true;
  68    Initialise();
  69 }
  70
  71 /**
  72  * \brief Factorization for various forms of constructors.
  73  */
  74 void File::Initialise()
  75 {
  76    if ( HeaderInternal->IsReadable() )
  77    {
  78       ImageDataSizeRaw = ComputeDecompressedPixelDataSizeFromHeader();
  79       if ( HeaderInternal->HasLUT() )
  80       {
  81          ImageDataSize = 3 * ImageDataSizeRaw;
  82       }
  83       else
  84       {
  85          ImageDataSize = ImageDataSizeRaw;
  86       }
  87
  88       PixelConverter = new PixelConvert;
  89       PixelConverter->GrabInformationsFromHeader( HeaderInternal );
  90    }
  91    SaveInitialValues();
  92 }
  93
  94 /**
  95  * \brief canonical destructor
  96  * \note  If the Header was created by the File constructor,
  97  *        it is destroyed by the File
  98  */
  99 File::~File()
 100 {
 101    if( SelfHeader )
 102    {
 103       delete HeaderInternal;
 104    }
 105    HeaderInternal = 0;
 106
 107    DeleteInitialValues();
 108 }
 109
 110 /**
 111  * \brief Sets some initial values for the Constructor
 112  * \warning not end user intended
 113  */
 114 void File::SaveInitialValues()
 115 {
 116
 117    PixelRead  = -1; // no ImageData read yet.
 118    LastAllocatedPixelDataLength = 0;
 119    Pixel_Data = 0;
 120
 121    InitialSpp = "";
 122    InitialPhotInt = "";
 123    InitialPlanConfig = "";
 124    InitialBitsAllocated = "";
 125    InitialHighBit = "";
 126
 127    InitialRedLUTDescr   = 0;
 128    InitialGreenLUTDescr = 0;
 129    InitialBlueLUTDescr  = 0;
 130    InitialRedLUTData    = 0;
 131    InitialGreenLUTData  = 0;
 132    InitialBlueLUTData   = 0;
 133
 134    if ( HeaderInternal->IsReadable() )
 135    {
 136       // the following values *may* be modified
 137       // by File::GetImageDataIntoVectorRaw
 138       // we save their initial value.
 139       InitialSpp           = HeaderInternal->GetEntryByNumber(0x0028,0x0002);
 140       InitialPhotInt       = HeaderInternal->GetEntryByNumber(0x0028,0x0004);
 141       InitialPlanConfig    = HeaderInternal->GetEntryByNumber(0x0028,0x0006);
 142
 143       InitialBitsAllocated = HeaderInternal->GetEntryByNumber(0x0028,0x0100);
 144       InitialHighBit       = HeaderInternal->GetEntryByNumber(0x0028,0x0102);
 145
 146       // the following entries *may* be removed from the H table
 147       // (NOT deleted ...) by File::GetImageDataIntoVectorRaw
 148       // we keep a pointer on them.
 149       InitialRedLUTDescr   = HeaderInternal->GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1101);
 150       InitialGreenLUTDescr = HeaderInternal->GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1102);
 151       InitialBlueLUTDescr  = HeaderInternal->GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1103);
 152
 153       InitialRedLUTData    = HeaderInternal->GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1201);
 154       InitialGreenLUTData  = HeaderInternal->GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1202);
 155       InitialBlueLUTData   = HeaderInternal->GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1203);
 156    }
 157 }
 158
 159 /**
 160  * \brief restores some initial values
 161  * \warning not end user intended
 162  */
 163 void File::RestoreInitialValues()
 164 {
 165    if ( HeaderInternal->IsReadable() )
 166    {
 167       // the following values *may* have been modified
 168       // by File::GetImageDataIntoVectorRaw
 169       // we restore their initial value.
 170       if ( InitialSpp != "")
 171          HeaderInternal->SetEntryByNumber(InitialSpp,0x0028,0x0002);
 172       if ( InitialPhotInt != "")
 173          HeaderInternal->SetEntryByNumber(InitialPhotInt,0x0028,0x0004);
 174       if ( InitialPlanConfig != "")
 175
 176          HeaderInternal->SetEntryByNumber(InitialPlanConfig,0x0028,0x0006);
 177       if ( InitialBitsAllocated != "")
 178           HeaderInternal->SetEntryByNumber(InitialBitsAllocated,0x0028,0x0100);
 179       if ( InitialHighBit != "")
 180           HeaderInternal->SetEntryByNumber(InitialHighBit,0x0028,0x0102);
 181
 182       // the following entries *may* be have been removed from the H table
 183       // (NOT deleted ...) by File::GetImageDataIntoVectorRaw
 184       // we restore them.
 185
 186       if (InitialRedLUTDescr)
 187          HeaderInternal->AddEntry(InitialRedLUTDescr);
 188       if (InitialGreenLUTDescr)
 189          HeaderInternal->AddEntry(InitialGreenLUTDescr);
 190       if (InitialBlueLUTDescr)
 191          HeaderInternal->AddEntry(InitialBlueLUTDescr);
 192
 193       if (InitialRedLUTData)
 194          HeaderInternal->AddEntry(InitialBlueLUTDescr);
 195       if (InitialGreenLUTData)
 196          HeaderInternal->AddEntry(InitialGreenLUTData);
 197       if (InitialBlueLUTData)
 198          HeaderInternal->AddEntry(InitialBlueLUTData);
 199    }
 200 }
 201
 202 /**
 203  * \brief delete initial values (il they were saved)
 204  *        of InitialLutDescriptors and InitialLutData
 205  */
 206 void File::DeleteInitialValues()
 207 {
 208
 209 // InitialLutDescriptors and InitialLutData
 210 // will have to be deleted if the don't belong any longer
 211 // to the Header H table when the header is deleted...
 212
 213    if ( InitialRedLUTDescr )
 214       delete InitialRedLUTDescr;
 215
 216    if ( InitialGreenLUTDescr )
 217       delete InitialGreenLUTDescr;
 218
 219    if ( InitialBlueLUTDescr )
 220       delete InitialBlueLUTDescr;
 221
 222    if ( InitialRedLUTData )
 223       delete InitialRedLUTData;
 224
 225    if ( InitialGreenLUTData != NULL)
 226       delete InitialGreenLUTData;
 227
 228    if ( InitialBlueLUTData != NULL)
 229       delete InitialBlueLUTData;
 230 }
 231
 232 //-----------------------------------------------------------------------------
 233 // Print
 234
 235 //-----------------------------------------------------------------------------
 236 // Public
 237
 238 /**
 239  * \brief     computes the length (in bytes) we must ALLOCATE to receive the
 240  *            image(s) pixels (multiframes taken into account)
 241  * \warning : it is NOT the group 7FE0 length
 242  *          (no interest for compressed images).
 243  */
 244 int File::ComputeDecompressedPixelDataSizeFromHeader()
 245 {
 246    // see PS 3.3-2003 : C.7.6.3.2.1
 247    //
 248    //   MONOCHROME1
 249    //   MONOCHROME2
 250    //   PALETTE COLOR
 251    //   RGB
 252    //   HSV  (Retired)
 253    //   ARGB (Retired)
 254    //   CMYK (Retired)
 255    //   YBR_FULL
 256    //   YBR_FULL_422 (no LUT, no Palette)
 257    //   YBR_PARTIAL_422
 258    //   YBR_ICT
 259    //   YBR_RCT
 260
 261    // LUT's
 262    // ex : gdcm-US-ALOKA-16.dcm
 263    // 0028|1221 [OW]   [Segmented Red Palette Color Lookup Table Data]
 264    // 0028|1222 [OW]   [Segmented Green Palette Color Lookup Table Data]
 265    // 0028|1223 [OW]   [Segmented Blue Palette Color Lookup Table Data]
 266
 267    // ex  : OT-PAL-8-face.dcm
 268    // 0028|1201 [US]   [Red Palette Color Lookup Table Data]
 269    // 0028|1202 [US]   [Green Palette Color Lookup Table Data]
 270    // 0028|1203 [US]   [Blue Palette Color Lookup Table Data]
 271
 272    int numberBitsAllocated = HeaderInternal->GetBitsAllocated();
 273    // Number of "Bits Allocated" is fixed to 16 when:
 274    //  - it is not defined (i.e. it's value is 0)
 275    //  - it's 12, since we will expand the image to 16 bits (see
 276    //    PixelConvert::ConvertDecompress12BitsTo16Bits() )
 277    if ( numberBitsAllocated == 0 || numberBitsAllocated == 12 )
 278    {
 279       numberBitsAllocated = 16;
 280    }
 281
 282    int DecompressedSize = HeaderInternal->GetXSize()
 283                         * HeaderInternal->GetYSize()
 284                         * HeaderInternal->GetZSize()
 285                         * ( numberBitsAllocated / 8 )
 286                         * HeaderInternal->GetSamplesPerPixel();
 287
 288    return DecompressedSize;
 289 }
 290
 291 /**
 292  * \brief   - Allocates necessary memory,
 293  *          - Reads the pixels from disk (uncompress if necessary),
 294  *          - Transforms YBR pixels, if any, into RGB pixels
 295  *          - Transforms 3 planes R, G, B, if any, into a single RGB Plane
 296  *          - Transforms single Grey plane + 3 Palettes into a RGB Plane
 297  *          - Copies the pixel data (image[s]/volume[s]) to newly allocated zone.
 298  * @return  Pointer to newly allocated pixel data.
 299  *          NULL if alloc fails
 300  */
 301 uint8_t* File::GetImageData()
 302 {
 303    if ( ! GetDecompressed() )
 304    {
 305       // If the decompression failed nothing can be done.
 306       return 0;
 307    }
 308
 309    uint8_t* pixelData;
 310    if ( HeaderInternal->HasLUT() && PixelConverter->BuildRGBImage() )
 311    {
 312       pixelData = PixelConverter->GetRGB();
 313    }
 314    else
 315    {
 316       // When no LUT or LUT conversion fails, return the decompressed
 317       pixelData = PixelConverter->GetDecompressed();
 318    }
 319
 320 // PIXELCONVERT CLEANME
 321    // Restore the header in a disk-consistent state
 322    // (if user asks twice to get the pixels from disk)
 323    if ( PixelRead != -1 ) // File was "read" before
 324    {
 325       RestoreInitialValues();
 326    }
 327    if ( PixelConverter->GetRGB() )
 328    {
 329       // now, it's an RGB image
 330       // Lets's write it in the Header
 331       std::string spp = "3";        // Samples Per Pixel
 332       HeaderInternal->SetEntryByNumber(spp,0x0028,0x0002);
 333       std::string rgb = "RGB ";     // Photometric Interpretation
 334       HeaderInternal->SetEntryByNumber(rgb,0x0028,0x0004);
 335       std::string planConfig = "0"; // Planar Configuration
 336       HeaderInternal->SetEntryByNumber(planConfig,0x0028,0x0006);
 337       PixelRead = 0; // no PixelRaw
 338    }
 339    else
 340    {
 341       if ( HeaderInternal->HasLUT() )
 342       {
 343          // The LUT interpretation failed
 344          std::string photometricInterpretation = "MONOCHROME1 ";
 345          HeaderInternal->SetEntryByNumber( photometricInterpretation,
 346                                            0x0028, 0x0004 );
 347          PixelRead = 0; // no PixelRaw
 348       }
 349       else
 350       {
 351          if ( PixelConverter->IsDecompressedRGB() )
 352          {
 353             ///////////////////////////////////////////////////
 354             // now, it's an RGB image
 355             // Lets's write it in the Header
 356             // Droping Palette Color out of the Header
 357             // has been moved to the Write process.
 358             // TODO : move 'values' modification to the write process
 359             //      : save also (in order to be able to restore)
 360             //      : 'high bit' -when not equal to 'bits stored' + 1
 361             //      : 'bits allocated', when it's equal to 12 ?!
 362             std::string spp = "3";            // Samples Per Pixel
 363             std::string photInt = "RGB ";     // Photometric Interpretation
 364             std::string planConfig = "0";     // Planar Configuration
 365             HeaderInternal->SetEntryByNumber(spp,0x0028,0x0002);
 366             HeaderInternal->SetEntryByNumber(photInt,0x0028,0x0004);
 367             HeaderInternal->SetEntryByNumber(planConfig,0x0028,0x0006);
 368          }
 369          PixelRead = 1; // PixelRaw
 370       }
 371    }
 372
 373    // We say the value *is* loaded.
 374    GetHeader()->SetEntryByNumber( GDCM_BINLOADED,
 375       GetHeader()->GetGrPixel(), GetHeader()->GetNumPixel());
 376
 377    // Will be 7fe0, 0010 in standard case
 378    GetHeader()->SetEntryBinAreaByNumber( pixelData,
 379       GetHeader()->GetGrPixel(), GetHeader()->GetNumPixel());
 380 // END PIXELCONVERT CLEANME
 381
 382    return pixelData;
 383 }
 384
 385 /**
 386  * \brief
 387  *          Read the pixels from disk (uncompress if necessary),
 388  *          Transforms YBR pixels, if any, into RGB pixels
 389  *          Transforms 3 planes R, G, B, if any, into a single RGB Plane
 390  *          Transforms single Grey plane + 3 Palettes into a RGB Plane
 391  *          Copies at most MaxSize bytes of pixel data to caller allocated
 392  *          memory space.
 393  * \warning This function allows people that want to build a volume
 394  *          from an image stack *not to* have, first to get the image pixels,
 395  *          and then move them to the volume area.
 396  *          It's absolutely useless for any VTK user since vtk chooses
 397  *          to invert the lines of an image, that is the last line comes first
 398  *          (for some axis related reasons?). Hence he will have
 399  *          to load the image line by line, starting from the end.
 400  *          VTK users have to call GetImageData
 401  *
 402  * @param   destination Address (in caller's memory space) at which the
 403  *          pixel data should be copied
 404  * @param   maxSize Maximum number of bytes to be copied. When MaxSize
 405  *          is not sufficient to hold the pixel data the copy is not
 406  *          executed (i.e. no partial copy).
 407  * @return  On success, the number of bytes actually copied. Zero on
 408  *          failure e.g. MaxSize is lower than necessary.
 409  */
 410 size_t File::GetImageDataIntoVector (void* destination, size_t maxSize)
 411 {
 412    if ( ! GetDecompressed() )
 413    {
 414       // If the decompression failed nothing can be done.
 415       return 0;
 416    }
 417
 418    if ( HeaderInternal->HasLUT() && PixelConverter->BuildRGBImage() )
 419    {
 420       if ( PixelConverter->GetRGBSize() > maxSize )
 421       {
 422          dbg.Verbose(0, "File::GetImageDataIntoVector: pixel data bigger"
 423                         "than caller's expected MaxSize");
 424          return 0;
 425       }
 426       memmove( destination,
 427                (void*)PixelConverter->GetRGB(),
 428                PixelConverter->GetRGBSize() );
 429       return PixelConverter->GetRGBSize();
 430    }
 431
 432    // Either no LUT conversion necessary or LUT conversion failed
 433    if ( PixelConverter->GetDecompressedSize() > maxSize )
 434    {
 435       dbg.Verbose(0, "File::GetImageDataIntoVector: pixel data bigger"
 436                      "than caller's expected MaxSize");
 437       return 0;
 438    }
 439    memmove( destination,
 440             (void*)PixelConverter->GetDecompressed(),
 441             PixelConverter->GetDecompressedSize() );
 442    return PixelConverter->GetDecompressedSize();
 443 }
 444
 445 /**
 446  * \brief   Allocates necessary memory,
 447  *          Transforms YBR pixels (if any) into RGB pixels
 448  *          Transforms 3 planes R, G, B  (if any) into a single RGB Plane
 449  *          Copies the pixel data (image[s]/volume[s]) to newly allocated zone.
 450  *          DOES NOT transform Grey plane + 3 Palettes into a RGB Plane
 451  * @return  Pointer to newly allocated pixel data.
 452  * \        NULL if alloc fails
 453  */
 454 uint8_t* File::GetImageDataRaw ()
 455 {
 456    uint8_t* decompressed = GetDecompressed();
 457    if ( ! decompressed )
 458    {
 459       return 0;
 460    }
 461
 462 // PIXELCONVERT CLEANME
 463    // Restore the header in a disk-consistent state
 464    // (if user asks twice to get the pixels from disk)
 465    if ( PixelRead != -1 ) // File was "read" before
 466    {
 467       RestoreInitialValues();
 468    }
 469    if ( PixelConverter->IsDecompressedRGB() )
 470    {
 471       ///////////////////////////////////////////////////
 472       // now, it's an RGB image
 473       // Lets's write it in the Header
 474       // Droping Palette Color out of the Header
 475       // has been moved to the Write process.
 476       // TODO : move 'values' modification to the write process
 477       //      : save also (in order to be able to restore)
 478       //      : 'high bit' -when not equal to 'bits stored' + 1
 479       //      : 'bits allocated', when it's equal to 12 ?!
 480       std::string spp = "3";            // Samples Per Pixel
 481       std::string photInt = "RGB ";     // Photometric Interpretation
 482       std::string planConfig = "0";     // Planar Configuration
 483       HeaderInternal->SetEntryByNumber(spp,0x0028,0x0002);
 484       HeaderInternal->SetEntryByNumber(photInt,0x0028,0x0004);
 485       HeaderInternal->SetEntryByNumber(planConfig,0x0028,0x0006);
 486    }
 487
 488    // We say the value *is* loaded.
 489    GetHeader()->SetEntryByNumber( GDCM_BINLOADED,
 490    GetHeader()->GetGrPixel(), GetHeader()->GetNumPixel());
 491
 492    // will be 7fe0, 0010 in standard cases
 493    GetHeader()->SetEntryBinAreaByNumber( decompressed,
 494    GetHeader()->GetGrPixel(), GetHeader()->GetNumPixel());
 495
 496    PixelRead = 1; // PixelRaw
 497 // END PIXELCONVERT CLEANME
 498
 499    return decompressed;
 500 }
 501
 502 uint8_t* File::GetDecompressed()
 503 {
 504    uint8_t* decompressed = PixelConverter->GetDecompressed();
 505    if ( ! decompressed )
 506    {
 507       // The decompressed image migth not be loaded yet:
 508       std::ifstream* fp = HeaderInternal->OpenFile();
 509       PixelConverter->ReadAndDecompressPixelData( fp );
 510       HeaderInternal->CloseFile();
 511       decompressed = PixelConverter->GetDecompressed();
 512       if ( ! decompressed )
 513       {
 514         dbg.Verbose(0, "File::GetDecompressed: read/decompress of "
 515                        "pixel data apparently went wrong.");
 516          return 0;
 517       }
 518    }
 519
 520    return decompressed;
 521 }
 522
 523 /**
 524  * \brief   Points the internal Pixel_Data pointer to the callers inData
 525  *          image representation, BUT WITHOUT COPYING THE DATA.
 526  *          'image' Pixels are presented as C-like 2D arrays : line per line.
 527  *          'volume'Pixels are presented as C-like 3D arrays : plane per plane
 528  * \warning Since the pixels are not copied, it is the caller's responsability
 529  *          not to deallocate it's data before gdcm uses them (e.g. with
 530  *          the Write() method.
 531  * @param inData user supplied pixel area
 532  * @param expectedSize total image size, in Bytes
 533  *
 534  * @return boolean
 535  */
 536 bool File::SetImageData(uint8_t* inData, size_t expectedSize)
 537 {
 538    HeaderInternal->SetImageDataSize( expectedSize );
 539 // FIXME : if already allocated, memory leak !
 540    Pixel_Data     = inData;
 541    ImageDataSize = ImageDataSizeRaw = expectedSize;
 542    PixelRead     = 1;
 543 // FIXME : 7fe0, 0010 IS NOT set ...
 544    return true;
 545 }
 546
 547 /**
 548  * \brief Writes on disk A SINGLE Dicom file
 549  *        NO test is performed on  processor "Endiannity".
 550  *        It's up to the user to call his Reader properly
 551  * @param fileName name of the file to be created
 552  *                 (any already existing file is over written)
 553  * @return false if write fails
 554  */
 555
 556 bool File::WriteRawData(std::string const & fileName)
 557 {
 558   std::ofstream fp1(fileName.c_str(), std::ios::out | std::ios::binary );
 559    if (!fp1)
 560    {
 561       printf("Fail to open (write) file [%s] \n", fileName.c_str());
 562       return false;
 563    }
 564    fp1.write((char*)Pixel_Data, ImageDataSize);
 565    fp1.close();
 566
 567    return true;
 568 }
 569
 570 /**
 571  * \brief Writes on disk A SINGLE Dicom file,
 572  *        using the Implicit Value Representation convention
 573  *        NO test is performed on  processor "Endiannity".
 574  * @param fileName name of the file to be created
 575  *                 (any already existing file is overwritten)
 576  * @return false if write fails
 577  */
 578
 579 bool File::WriteDcmImplVR (std::string const & fileName)
 580 {
 581    return WriteBase(fileName, ImplicitVR);
 582 }
 583
 584 /**
 585 * \brief Writes on disk A SINGLE Dicom file,
 586  *        using the Explicit Value Representation convention
 587  *        NO test is performed on  processor "Endiannity". * @param fileName name of the file to be created
 588  *                 (any already existing file is overwritten)
 589  * @return false if write fails
 590  */
 591
 592 bool File::WriteDcmExplVR (std::string const & fileName)
 593 {
 594    return WriteBase(fileName, ExplicitVR);
 595 }
 596
 597 /**
 598  * \brief Writes on disk A SINGLE Dicom file,
 599  *        using the ACR-NEMA convention
 600  *        NO test is performed on  processor "Endiannity".
 601  *        (a l'attention des logiciels cliniques
 602  *        qui ne prennent en entrée QUE des images ACR ...
 603  * \warning if a DICOM_V3 header is supplied,
 604  *         groups < 0x0008 and shadow groups are ignored
 605  * \warning NO TEST is performed on processor "Endiannity".
 606  * @param fileName name of the file to be created
 607  *                 (any already existing file is overwritten)
 608  * @return false if write fails
 609  */
 610
 611 bool File::WriteAcr (std::string const & fileName)
 612 {
 613    return WriteBase(fileName, ACR);
 614 }
 615
 616 //-----------------------------------------------------------------------------
 617 // Protected
 618 /**
 619  * \brief NOT a end user inteded function
 620  *        (used by WriteDcmExplVR, WriteDcmImplVR, WriteAcr, etc)
 621  * @param fileName name of the file to be created
 622  *                 (any already existing file is overwritten)
 623  * @param  type file type (ExplicitVR, ImplicitVR, ...)
 624  * @return false if write fails
 625  */
 626 bool File::WriteBase (std::string const & fileName, FileType type)
 627 {
 628    if ( PixelRead == -1 && type != ExplicitVR)
 629    {
 630       return false;
 631    }
 632
 633    std::ofstream* fp1 = new std::ofstream(fileName.c_str(),
 634                               std::ios::out | std::ios::binary);
 635    if (fp1 == NULL)
 636    {
 637       printf("Failed to open (write) File [%s] \n", fileName.c_str());
 638       return false;
 639    }
 640
 641    if ( type == ImplicitVR || type == ExplicitVR )
 642    {
 643       // writing Dicom File Preamble
 644       uint8_t filePreamble[128];
 645       memset(filePreamble, 0, 128);
 646       fp1->write((char*)filePreamble, 128);
 647       fp1->write("DICM", 4);
 648    }
 649
 650    // --------------------------------------------------------------
 651    // Special Patch to allow gdcm to re-write ACR-LibIDO formated images
 652    //
 653    // if recognition code tells us we dealt with a LibIDO image
 654    // we reproduce on disk the switch between lineNumber and columnNumber
 655    // just before writting ...
 656
 657    /// \todo the best trick would be *change* the recognition code
 658    ///       but pb expected if user deals with, e.g. COMPLEX images
 659
 660    std::string rows, columns;
 661    if ( HeaderInternal->GetFileType() == ACR_LIBIDO)
 662    {
 663       rows    = HeaderInternal->GetEntryByNumber(0x0028, 0x0010);
 664       columns = HeaderInternal->GetEntryByNumber(0x0028, 0x0011);
 665
 666       HeaderInternal->SetEntryByNumber(columns,  0x0028, 0x0010);
 667       HeaderInternal->SetEntryByNumber(rows   ,  0x0028, 0x0011);
 668    }
 669    // ----------------- End of Special Patch ----------------
 670
 671    uint16_t grPixel  = HeaderInternal->GetGrPixel();
 672    uint16_t numPixel = HeaderInternal->GetNumPixel();;
 673
 674    DocEntry* PixelElement =
 675       GetHeader()->GetDocEntryByNumber(grPixel, numPixel);
 676
 677    if ( PixelRead == 1 )
 678    {
 679       // we read pixel 'as is' (no tranformation LUT -> RGB)
 680       PixelElement->SetLength( ImageDataSizeRaw );
 681    }
 682    else if ( PixelRead == 0 )
 683    {
 684       // we tranformed GrayLevel pixels + LUT into RGB Pixel
 685       PixelElement->SetLength( ImageDataSize );
 686    }
 687
 688    HeaderInternal->Write(fp1, type);
 689
 690    // --------------------------------------------------------------
 691    // Special Patch to allow gdcm to re-write ACR-LibIDO formated images
 692    //
 693    // ...and we restore the Header to be Dicom Compliant again
 694    // just after writting
 695
 696    if ( HeaderInternal->GetFileType() == ACR_LIBIDO )
 697    {
 698       HeaderInternal->SetEntryByNumber(rows   , 0x0028, 0x0010);
 699       HeaderInternal->SetEntryByNumber(columns, 0x0028, 0x0011);
 700    }
 701    // ----------------- End of Special Patch ----------------
 702    fp1->close ();
 703
 704    return true;
 705 }
 706
 707 /**
 708  * \brief Access to the underlying \ref PixelConverter RGBA LUT
 709  */
 710 uint8_t* File::GetLutRGBA()
 711 {
 712    return PixelConverter->GetLutRGBA();
 713 }
 714
 715 } // end namespace gdcm
 716