src/gdcmFile.cxx

   1   /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: gdcmFile.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/01/06 08:46:21 $
   7   Version:   $Revision: 1.180 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #include "gdcmFile.h"
  20 #include "gdcmDocument.h"
  21 #include "gdcmDebug.h"
  22 #include "gdcmUtil.h"
  23 #include "gdcmBinEntry.h"
  24 #include "gdcmHeader.h"
  25 #include "gdcmPixelReadConvert.h"
  26 #include "gdcmPixelWriteConvert.h"
  27 #include "gdcmDocEntryArchive.h"
  28
  29 #include <fstream>
  30
  31 namespace gdcm
  32 {
  33 typedef std::pair<TagDocEntryHT::iterator,TagDocEntryHT::iterator> IterHT;
  34
  35 //-------------------------------------------------------------------------
  36 // Constructor / Destructor
  37 /**
  38  * \brief Constructor dedicated to deal with the *pixels* area of a ACR/DICOMV3
  39  *        file (Header only deals with the ... header)
  40  *        Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
  41  *        for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
  42  *        It will be up to the user to load the pixels into memory
  43  *        (see GetImageData, GetImageDataRaw)
  44  * \note  the in-memory representation of all available tags found in
  45  *        the DICOM header is post-poned to first header information access.
  46  *        This avoid a double parsing of public part of the header when
  47  *        one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
  48  *        seen as a side effect).
  49  */
  50 File::File( )
  51 {
  52    HeaderInternal = new Header( );
  53    SelfHeader = true;
  54    Initialise();
  55 }
  56
  57 /**
  58  * \brief Constructor dedicated to deal with the *pixels* area of a ACR/DICOMV3
  59  *        file (Header only deals with the ... header)
  60  *        Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
  61  *        for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
  62  *        It will be up to the user to load the pixels into memory
  63  *        (see GetImageData, GetImageDataRaw)
  64  * \note  the in-memory representation of all available tags found in
  65  *        the DICOM header is post-poned to first header information access.
  66  *        This avoid a double parsing of public part of the header when
  67  *        user sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
  68  *        seen as a side effect).
  69  * @param header already built Header
  70  */
  71 File::File(Header *header)
  72 {
  73    HeaderInternal = header;
  74    SelfHeader = false;
  75    Initialise();
  76 }
  77
  78 /**
  79  * \brief Constructor dedicated to deal with the *pixels* area of a ACR/DICOMV3
  80  *        file (Header only deals with the ... header)
  81  *        Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
  82  *        for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
  83  *        It will be up to the user to load the pixels into memory
  84  *        (see GetImageData, GetImageDataRaw)
  85  * \note  the in-memory representation of all available tags found in
  86  *        the DICOM header is post-poned to first header information access.
  87  *        This avoid a double parsing of public part of the header when
  88  *        one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
  89  *        seen as a side effect).
  90  * @param filename file to be opened for parsing
  91  */
  92 File::File(std::string const & filename )
  93 {
  94    HeaderInternal = new Header( filename );
  95    SelfHeader = true;
  96    Initialise();
  97 }
  98
  99 /**
 100  * \brief canonical destructor
 101  * \note  If the Header was created by the File constructor,
 102  *        it is destroyed by the File
 103  */
 104 File::~File()
 105 {
 106    if( PixelReadConverter )
 107    {
 108       delete PixelReadConverter;
 109    }
 110    if( PixelWriteConverter )
 111    {
 112       delete PixelWriteConverter;
 113    }
 114    if( Archive )
 115    {
 116       delete Archive;
 117    }
 118
 119    if( SelfHeader )
 120    {
 121       delete HeaderInternal;
 122    }
 123    HeaderInternal = 0;
 124 }
 125
 126 //-----------------------------------------------------------------------------
 127 // Print
 128 void File::Print(std::ostream &os)
 129 {
 130    HeaderInternal->SetPrintLevel(PrintLevel);
 131    HeaderInternal->Print(os);
 132
 133    PixelReadConverter->SetPrintLevel(PrintLevel);
 134    PixelReadConverter->Print(os);
 135 }
 136
 137 //-----------------------------------------------------------------------------
 138 // Public
 139 /**
 140  * \brief   Get the size of the image data
 141  *
 142  *          If the image can be RGB (with a lut or by default), the size
 143  *          corresponds to the RGB image
 144  * @return  The image size
 145  */
 146 size_t File::GetImageDataSize()
 147 {
 148    if ( PixelWriteConverter->GetUserData() )
 149    {
 150       return PixelWriteConverter->GetUserDataSize();
 151    }
 152
 153    return PixelReadConverter->GetRGBSize();
 154 }
 155
 156 /**
 157  * \brief   Get the size of the image data
 158  *
 159  *          If the image can be RGB by transformation in a LUT, this
 160  *          transformation isn't considered
 161  * @return  The raw image size
 162  */
 163 size_t File::GetImageDataRawSize()
 164 {
 165    if ( PixelWriteConverter->GetUserData() )
 166    {
 167       return PixelWriteConverter->GetUserDataSize();
 168    }
 169
 170    return PixelReadConverter->GetRawSize();
 171 }
 172
 173 /**
 174  * \brief   - Allocates necessary memory,
 175  *          - Reads the pixels from disk (uncompress if necessary),
 176  *          - Transforms YBR pixels, if any, into RGB pixels
 177  *          - Transforms 3 planes R, G, B, if any, into a single RGB Plane
 178  *          - Transforms single Grey plane + 3 Palettes into a RGB Plane
 179  *          - Copies the pixel data (image[s]/volume[s]) to newly allocated zone.
 180  * @return  Pointer to newly allocated pixel data.
 181  *          NULL if alloc fails
 182  */
 183 uint8_t* File::GetImageData()
 184 {
 185    if ( PixelWriteConverter->GetUserData() )
 186    {
 187       return PixelWriteConverter->GetUserData();
 188    }
 189
 190    if ( ! GetRaw() )
 191    {
 192       // If the decompression failed nothing can be done.
 193       return 0;
 194    }
 195
 196    if ( HeaderInternal->HasLUT() && PixelReadConverter->BuildRGBImage() )
 197    {
 198       return PixelReadConverter->GetRGB();
 199    }
 200    else
 201    {
 202       // When no LUT or LUT conversion fails, return the Raw
 203       return PixelReadConverter->GetRaw();
 204    }
 205 }
 206
 207 /**
 208  * \brief   Allocates necessary memory,
 209  *          Transforms YBR pixels (if any) into RGB pixels
 210  *          Transforms 3 planes R, G, B  (if any) into a single RGB Plane
 211  *          Copies the pixel data (image[s]/volume[s]) to newly allocated zone.
 212  *          DOES NOT transform Grey plane + 3 Palettes into a RGB Plane
 213  * @return  Pointer to newly allocated pixel data.
 214  * \        NULL if alloc fails
 215  */
 216 uint8_t* File::GetImageDataRaw ()
 217 {
 218    return GetRaw();
 219 }
 220
 221 /**
 222  * \brief
 223  *          Read the pixels from disk (uncompress if necessary),
 224  *          Transforms YBR pixels, if any, into RGB pixels
 225  *          Transforms 3 planes R, G, B, if any, into a single RGB Plane
 226  *          Transforms single Grey plane + 3 Palettes into a RGB Plane
 227  *          Copies at most MaxSize bytes of pixel data to caller allocated
 228  *          memory space.
 229  * \warning This function allows people that want to build a volume
 230  *          from an image stack *not to* have, first to get the image pixels,
 231  *          and then move them to the volume area.
 232  *          It's absolutely useless for any VTK user since vtk chooses
 233  *          to invert the lines of an image, that is the last line comes first
 234  *          (for some axis related reasons?). Hence he will have
 235  *          to load the image line by line, starting from the end.
 236  *          VTK users have to call GetImageData
 237  *
 238  * @param   destination Address (in caller's memory space) at which the
 239  *          pixel data should be copied
 240  * @param   maxSize Maximum number of bytes to be copied. When MaxSize
 241  *          is not sufficient to hold the pixel data the copy is not
 242  *          executed (i.e. no partial copy).
 243  * @return  On success, the number of bytes actually copied. Zero on
 244  *          failure e.g. MaxSize is lower than necessary.
 245  */
 246 size_t File::GetImageDataIntoVector (void* destination, size_t maxSize)
 247 {
 248    if ( ! GetRaw() )
 249    {
 250       // If the decompression failed nothing can be done.
 251       return 0;
 252    }
 253
 254    if ( HeaderInternal->HasLUT() && PixelReadConverter->BuildRGBImage() )
 255    {
 256       if ( PixelReadConverter->GetRGBSize() > maxSize )
 257       {
 258          dbg.Verbose(0, "File::GetImageDataIntoVector: pixel data bigger"
 259                         "than caller's expected MaxSize");
 260          return 0;
 261       }
 262       memcpy( destination,
 263               (void*)PixelReadConverter->GetRGB(),
 264               PixelReadConverter->GetRGBSize() );
 265       return PixelReadConverter->GetRGBSize();
 266    }
 267
 268    // Either no LUT conversion necessary or LUT conversion failed
 269    if ( PixelReadConverter->GetRawSize() > maxSize )
 270    {
 271       dbg.Verbose(0, "File::GetImageDataIntoVector: pixel data bigger"
 272                      "than caller's expected MaxSize");
 273       return 0;
 274    }
 275    memcpy( destination,
 276            (void*)PixelReadConverter->GetRaw(),
 277            PixelReadConverter->GetRawSize() );
 278    return PixelReadConverter->GetRawSize();
 279 }
 280
 281 /**
 282  * \brief   Points the internal pointer to the callers inData
 283  *          image representation, BUT WITHOUT COPYING THE DATA.
 284  *          'image' Pixels are presented as C-like 2D arrays : line per line.
 285  *          'volume'Pixels are presented as C-like 3D arrays : plane per plane
 286  * \warning Since the pixels are not copied, it is the caller's responsability
 287  *          not to deallocate it's data before gdcm uses them (e.g. with
 288  *          the Write() method.
 289  * @param inData user supplied pixel area
 290  * @param expectedSize total image size, in Bytes
 291  *
 292  * @return boolean
 293  */
 294 void File::SetImageData(uint8_t* inData, size_t expectedSize)
 295 {
 296    SetUserData(inData,expectedSize);
 297 }
 298
 299 /**
 300  * \brief   Set the image datas defined by the user
 301  * \warning When writting the file, this datas are get as default datas to write
 302  */
 303 void File::SetUserData(uint8_t* data, size_t expectedSize)
 304 {
 305    PixelWriteConverter->SetUserData(data,expectedSize);
 306 }
 307
 308 /**
 309  * \brief   Get the image datas defined by the user
 310  * \warning When writting the file, this datas are get as default datas to write
 311  */
 312 uint8_t* File::GetUserData()
 313 {
 314    return PixelWriteConverter->GetUserData();
 315 }
 316
 317 /**
 318  * \brief   Get the image data size defined by the user
 319  * \warning When writting the file, this datas are get as default datas to write
 320  */
 321 size_t File::GetUserDataSize()
 322 {
 323    return PixelWriteConverter->GetUserDataSize();
 324 }
 325
 326 /**
 327  * \brief   Get the image datas from the file.
 328  *          If a LUT is found, the datas are expanded to be RGB
 329  */
 330 uint8_t* File::GetRGBData()
 331 {
 332    return PixelReadConverter->GetRGB();
 333 }
 334
 335 /**
 336  * \brief   Get the image data size from the file.
 337  *          If a LUT is found, the datas are expanded to be RGB
 338  */
 339 size_t File::GetRGBDataSize()
 340 {
 341    return PixelReadConverter->GetRGBSize();
 342 }
 343
 344 /**
 345  * \brief   Get the image datas from the file.
 346  *          If a LUT is found, the datas are not expanded !
 347  */
 348 uint8_t* File::GetRawData()
 349 {
 350    return PixelReadConverter->GetRaw();
 351 }
 352
 353 /**
 354  * \brief   Get the image data size from the file.
 355  *          If a LUT is found, the datas are not expanded !
 356  */
 357 size_t File::GetRawDataSize()
 358 {
 359    return PixelReadConverter->GetRawSize();
 360 }
 361
 362 /**
 363  * \brief Writes on disk A SINGLE Dicom file
 364  *        NO test is performed on  processor "Endiannity".
 365  *        It's up to the user to call his Reader properly
 366  * @param fileName name of the file to be created
 367  *                 (any already existing file is over written)
 368  * @return false if write fails
 369  */
 370
 371 bool File::WriteRawData(std::string const & fileName)
 372 {
 373   std::ofstream fp1(fileName.c_str(), std::ios::out | std::ios::binary );
 374    if (!fp1)
 375    {
 376       dbg.Verbose(2, "Fail to open (write) file:", fileName.c_str());
 377       return false;
 378    }
 379
 380    if(PixelWriteConverter->GetUserData())
 381       fp1.write((char*)PixelWriteConverter->GetUserData(), PixelWriteConverter->GetUserDataSize());
 382    else if(PixelReadConverter->GetRGB())
 383       fp1.write((char*)PixelReadConverter->GetRGB(), PixelReadConverter->GetRGBSize());
 384    else if(PixelReadConverter->GetRaw())
 385       fp1.write((char*)PixelReadConverter->GetRaw(), PixelReadConverter->GetRawSize());
 386
 387    fp1.close();
 388
 389    return true;
 390 }
 391
 392 /**
 393  * \brief Writes on disk A SINGLE Dicom file,
 394  *        using the Implicit Value Representation convention
 395  *        NO test is performed on  processor "Endiannity".
 396  * @param fileName name of the file to be created
 397  *                 (any already existing file is overwritten)
 398  * @return false if write fails
 399  */
 400
 401 bool File::WriteDcmImplVR (std::string const & fileName)
 402 {
 403    SetWriteTypeToDcmImplVR();
 404    return Write(fileName);
 405 }
 406
 407 /**
 408 * \brief Writes on disk A SINGLE Dicom file,
 409  *        using the Explicit Value Representation convention
 410  *        NO test is performed on  processor "Endiannity". * @param fileName name of the file to be created
 411  *                 (any already existing file is overwritten)
 412  * @return false if write fails
 413  */
 414
 415 bool File::WriteDcmExplVR (std::string const & fileName)
 416 {
 417    SetWriteTypeToDcmExplVR();
 418    return Write(fileName);
 419 }
 420
 421 /**
 422  * \brief Writes on disk A SINGLE Dicom file,
 423  *        using the ACR-NEMA convention
 424  *        NO test is performed on  processor "Endiannity".
 425  *        (a l'attention des logiciels cliniques
 426  *        qui ne prennent en entrée QUE des images ACR ...
 427  * \warning if a DICOM_V3 header is supplied,
 428  *         groups < 0x0008 and shadow groups are ignored
 429  * \warning NO TEST is performed on processor "Endiannity".
 430  * @param fileName name of the file to be created
 431  *                 (any already existing file is overwritten)
 432  * @return false if write fails
 433  */
 434
 435 bool File::WriteAcr (std::string const & fileName)
 436 {
 437    SetWriteTypeToAcr();
 438    return Write(fileName);
 439 }
 440
 441 /**
 442  * \brief Writes on disk A SINGLE Dicom file,
 443  * @param fileName name of the file to be created
 444  *                 (any already existing file is overwritten)
 445  * @return false if write fails
 446  */
 447 bool File::Write(std::string const& fileName)
 448 {
 449    switch(WriteType)
 450    {
 451       case ImplicitVR:
 452          SetWriteFileTypeToImplicitVR();
 453          break;
 454       case ExplicitVR:
 455          SetWriteFileTypeToExplicitVR();
 456          break;
 457       case ACR:
 458       case ACR_LIBIDO:
 459          SetWriteFileTypeToACR();
 460          break;
 461       default:
 462          SetWriteFileTypeToExplicitVR();
 463    }
 464
 465    // --------------------------------------------------------------
 466    // Special Patch to allow gdcm to re-write ACR-LibIDO formated images
 467    //
 468    // if recognition code tells us we dealt with a LibIDO image
 469    // we reproduce on disk the switch between lineNumber and columnNumber
 470    // just before writting ...
 471    /// \todo the best trick would be *change* the recognition code
 472    ///       but pb expected if user deals with, e.g. COMPLEX images
 473    if( WriteType == ACR_LIBIDO )
 474    {
 475       SetWriteToLibido();
 476    }
 477    else
 478    {
 479       SetWriteToNoLibido();
 480    }
 481    // ----------------- End of Special Patch ----------------
 482
 483    switch(WriteMode)
 484    {
 485       case WMODE_RAW :
 486          SetWriteToRaw();
 487          break;
 488       case WMODE_RGB :
 489          SetWriteToRGB();
 490          break;
 491    }
 492
 493    bool check = CheckWriteIntegrity();
 494    if(check)
 495    {
 496       check = HeaderInternal->Write(fileName,WriteType);
 497    }
 498
 499    RestoreWrite();
 500    RestoreWriteFileType();
 501
 502    // --------------------------------------------------------------
 503    // Special Patch to allow gdcm to re-write ACR-LibIDO formated images
 504    //
 505    // ...and we restore the Header to be Dicom Compliant again
 506    // just after writting
 507    RestoreWriteOfLibido();
 508    // ----------------- End of Special Patch ----------------
 509
 510    return check;
 511 }
 512
 513 bool File::SetEntryByNumber(std::string const& content,
 514                             uint16_t group, uint16_t element)
 515 {
 516    return HeaderInternal->SetEntryByNumber(content,group,element);
 517 }
 518
 519 bool File::SetEntryByNumber(uint8_t* content, int lgth,
 520                             uint16_t group, uint16_t element)
 521 {
 522    return HeaderInternal->SetEntryByNumber(content,lgth,group,element);
 523 }
 524
 525 bool File::ReplaceOrCreateByNumber(std::string const& content,
 526                                    uint16_t group, uint16_t element)
 527 {
 528    return HeaderInternal->ReplaceOrCreateByNumber(content,group,element) != NULL;
 529 }
 530
 531 bool File::ReplaceOrCreateByNumber(uint8_t* binArea, int lgth,
 532                                    uint16_t group, uint16_t element)
 533 {
 534    return HeaderInternal->ReplaceOrCreateByNumber(binArea,lgth,group,element) != NULL;
 535 }
 536
 537 /**
 538  * \brief Access to the underlying \ref PixelReadConverter RGBA LUT
 539  */
 540 uint8_t* File::GetLutRGBA()
 541 {
 542    return PixelReadConverter->GetLutRGBA();
 543 }
 544
 545 //-----------------------------------------------------------------------------
 546 // Protected
 547
 548 /**
 549  * \brief Check the write integrity
 550  *
 551  * The tests made are :
 552  *  - verify the size of the image to write with the possible write
 553  *    when the user set an image data
 554  * @return true if the check successfulls
 555  */
 556 bool File::CheckWriteIntegrity()
 557 {
 558    if(PixelWriteConverter->GetUserData())
 559    {
 560       int numberBitsAllocated = HeaderInternal->GetBitsAllocated();
 561       if ( numberBitsAllocated == 0 || numberBitsAllocated == 12 )
 562       {
 563          numberBitsAllocated = 16;
 564       }
 565
 566       size_t decSize = HeaderInternal->GetXSize()
 567                     * HeaderInternal->GetYSize()
 568                     * HeaderInternal->GetZSize()
 569                     * ( numberBitsAllocated / 8 )
 570                     * HeaderInternal->GetSamplesPerPixel();
 571       size_t rgbSize = decSize;
 572       if( HeaderInternal->HasLUT() )
 573          rgbSize = decSize * 3;
 574
 575       switch(WriteMode)
 576       {
 577          case WMODE_RAW :
 578             if( decSize!=PixelWriteConverter->GetUserDataSize() )
 579             {
 580                dbg.Verbose(0, "File::CheckWriteIntegrity: Data size is incorrect (Raw)");
 581                //std::cerr << "File::CheckWriteIntegrity: Data size is incorrect (Raw)\n"
 582                //          << decSize << " / " << PixelWriteConverter->GetUserDataSize() << "\n";
 583                return false;
 584             }
 585             break;
 586          case WMODE_RGB :
 587             if( rgbSize!=PixelWriteConverter->GetUserDataSize() )
 588             {
 589                dbg.Verbose(0, "File::CheckWriteIntegrity: Data size is incorrect (RGB)");
 590                //std::cerr << "File::CheckWriteIntegrity: Data size is incorrect (RGB)\n"
 591                //          << decSize << " / " << PixelWriteConverter->GetUserDataSize() << "\n";
 592                return false;
 593             }
 594             break;
 595       }
 596    }
 597
 598    return true;
 599 }
 600
 601 void File::SetWriteToRaw()
 602 {
 603    if(HeaderInternal->GetNumberOfScalarComponents()==3 && !HeaderInternal->HasLUT())
 604    {
 605       SetWriteToRGB();
 606    }
 607    else
 608    {
 609       ValEntry* photInt = CopyValEntry(0x0028,0x0004);
 610       if(HeaderInternal->HasLUT())
 611       {
 612          photInt->SetValue("PALETTE COLOR ");
 613       }
 614       else
 615       {
 616          photInt->SetValue("MONOCHROME1 ");
 617       }
 618
 619       PixelWriteConverter->SetReadData(PixelReadConverter->GetRaw(),
 620                                        PixelReadConverter->GetRawSize());
 621
 622       BinEntry* pixel = CopyBinEntry(GetHeader()->GetGrPixel(),GetHeader()->GetNumPixel());
 623       pixel->SetValue(GDCM_BINLOADED);
 624       pixel->SetBinArea(PixelWriteConverter->GetData(),false);
 625       pixel->SetLength(PixelWriteConverter->GetDataSize());
 626
 627       Archive->Push(photInt);
 628       Archive->Push(pixel);
 629    }
 630 }
 631
 632 void File::SetWriteToRGB()
 633 {
 634    if(HeaderInternal->GetNumberOfScalarComponents()==3)
 635    {
 636       PixelReadConverter->BuildRGBImage();
 637
 638       ValEntry* spp = CopyValEntry(0x0028,0x0002);
 639       spp->SetValue("3 ");
 640
 641       ValEntry* planConfig = CopyValEntry(0x0028,0x0006);
 642       planConfig->SetValue("0 ");
 643
 644       ValEntry* photInt = CopyValEntry(0x0028,0x0004);
 645       photInt->SetValue("RGB ");
 646
 647       if(PixelReadConverter->GetRGB())
 648       {
 649          PixelWriteConverter->SetReadData(PixelReadConverter->GetRGB(),
 650                                           PixelReadConverter->GetRGBSize());
 651       }
 652       else // Raw data
 653       {
 654          PixelWriteConverter->SetReadData(PixelReadConverter->GetRaw(),
 655                                           PixelReadConverter->GetRawSize());
 656       }
 657
 658       BinEntry* pixel = CopyBinEntry(GetHeader()->GetGrPixel(),GetHeader()->GetNumPixel());
 659       pixel->SetValue(GDCM_BINLOADED);
 660       pixel->SetBinArea(PixelWriteConverter->GetData(),false);
 661       pixel->SetLength(PixelWriteConverter->GetDataSize());
 662
 663       Archive->Push(spp);
 664       Archive->Push(planConfig);
 665       Archive->Push(photInt);
 666       Archive->Push(pixel);
 667
 668       // Remove any LUT
 669       Archive->Push(0x0028,0x1101);
 670       Archive->Push(0x0028,0x1102);
 671       Archive->Push(0x0028,0x1103);
 672       Archive->Push(0x0028,0x1201);
 673       Archive->Push(0x0028,0x1202);
 674       Archive->Push(0x0028,0x1203);
 675
 676       // For old ACR-NEMA
 677       // Thus, we have a RGB image and the bits allocated = 24 and
 678       // samples per pixels = 1 (in the read file)
 679       if(HeaderInternal->GetBitsAllocated()==24)
 680       {
 681          ValEntry* bitsAlloc = CopyValEntry(0x0028,0x0100);
 682          bitsAlloc->SetValue("8 ");
 683
 684          ValEntry* bitsStored = CopyValEntry(0x0028,0x0101);
 685          bitsStored->SetValue("8 ");
 686
 687          ValEntry* highBit = CopyValEntry(0x0028,0x0102);
 688          highBit->SetValue("7 ");
 689
 690          Archive->Push(bitsAlloc);
 691          Archive->Push(bitsStored);
 692          Archive->Push(highBit);
 693       }
 694    }
 695    else
 696    {
 697       SetWriteToRaw();
 698    }
 699 }
 700
 701 void File::RestoreWrite()
 702 {
 703    Archive->Restore(0x0028,0x0002);
 704    Archive->Restore(0x0028,0x0004);
 705    Archive->Restore(0x0028,0x0006);
 706    Archive->Restore(GetHeader()->GetGrPixel(),GetHeader()->GetNumPixel());
 707
 708    // For old ACR-NEMA (24 bits problem)
 709    Archive->Restore(0x0028,0x0100);
 710    Archive->Restore(0x0028,0x0101);
 711    Archive->Restore(0x0028,0x0102);
 712
 713    // For the LUT
 714    Archive->Restore(0x0028,0x1101);
 715    Archive->Restore(0x0028,0x1102);
 716    Archive->Restore(0x0028,0x1103);
 717    Archive->Restore(0x0028,0x1201);
 718    Archive->Restore(0x0028,0x1202);
 719    Archive->Restore(0x0028,0x1203);
 720 }
 721
 722 void File::SetWriteFileTypeToACR()
 723 {
 724    Archive->Push(0x0002,0x0010);
 725 }
 726
 727 void File::SetWriteFileTypeToExplicitVR()
 728 {
 729    std::string ts = Util::DicomString(
 730       Document::GetTransferSyntaxValue(ExplicitVRLittleEndian).c_str() );
 731
 732    ValEntry* tss = CopyValEntry(0x0002,0x0010);
 733    tss->SetValue(ts);
 734
 735    Archive->Push(tss);
 736 }
 737
 738 void File::SetWriteFileTypeToImplicitVR()
 739 {
 740    std::string ts = Util::DicomString(
 741       Document::GetTransferSyntaxValue(ImplicitVRLittleEndian).c_str() );
 742
 743    ValEntry* tss = CopyValEntry(0x0002,0x0010);
 744    tss->SetValue(ts);
 745
 746    Archive->Push(tss);
 747 }
 748
 749 void File::RestoreWriteFileType()
 750 {
 751    Archive->Restore(0x0002,0x0010);
 752 }
 753
 754 void File::SetWriteToLibido()
 755 {
 756    ValEntry *oldRow = dynamic_cast<ValEntry *>
 757                 (HeaderInternal->GetDocEntryByNumber(0x0028, 0x0010));
 758    ValEntry *oldCol = dynamic_cast<ValEntry *>
 759                 (HeaderInternal->GetDocEntryByNumber(0x0028, 0x0011));
 760
 761    if( oldRow && oldCol )
 762    {
 763       std::string rows, columns;
 764
 765       ValEntry *newRow=new ValEntry(oldRow->GetDictEntry());
 766       ValEntry *newCol=new ValEntry(oldCol->GetDictEntry());
 767
 768       newRow->Copy(oldCol);
 769       newCol->Copy(oldRow);
 770
 771       newRow->SetValue(oldCol->GetValue());
 772       newCol->SetValue(oldRow->GetValue());
 773
 774       Archive->Push(newRow);
 775       Archive->Push(newCol);
 776    }
 777
 778    ValEntry *libidoCode = CopyValEntry(0x0008,0x0010);
 779    libidoCode->SetValue("ACRNEMA_LIBIDO_1.1");
 780    Archive->Push(libidoCode);
 781 }
 782
 783 void File::SetWriteToNoLibido()
 784 {
 785    ValEntry *recCode = dynamic_cast<ValEntry *>
 786                 (HeaderInternal->GetDocEntryByNumber(0x0008,0x0010));
 787    if( recCode )
 788    {
 789       if( recCode->GetValue() == "ACRNEMA_LIBIDO_1.1" )
 790       {
 791          ValEntry *libidoCode = CopyValEntry(0x0008,0x0010);
 792          libidoCode->SetValue("");
 793          Archive->Push(libidoCode);
 794       }
 795    }
 796 }
 797
 798 void File::RestoreWriteOfLibido()
 799 {
 800    Archive->Restore(0x0028,0x0010);
 801    Archive->Restore(0x0028,0x0011);
 802    Archive->Restore(0x0008,0x0010);
 803 }
 804
 805 ValEntry* File::CopyValEntry(uint16_t group,uint16_t element)
 806 {
 807    DocEntry* oldE = HeaderInternal->GetDocEntryByNumber(group, element);
 808    ValEntry* newE;
 809
 810    if(oldE)
 811    {
 812       newE = new ValEntry(oldE->GetDictEntry());
 813       newE->Copy(oldE);
 814    }
 815    else
 816    {
 817       newE = GetHeader()->NewValEntryByNumber(group,element);
 818    }
 819
 820    return(newE);
 821 }
 822
 823 BinEntry* File::CopyBinEntry(uint16_t group,uint16_t element)
 824 {
 825    DocEntry* oldE = HeaderInternal->GetDocEntryByNumber(group, element);
 826    BinEntry* newE;
 827
 828    if(oldE)
 829    {
 830       newE = new BinEntry(oldE->GetDictEntry());
 831       newE->Copy(oldE);
 832    }
 833    else
 834    {
 835       newE = GetHeader()->NewBinEntryByNumber(group,element);
 836    }
 837
 838    return(newE);
 839 }
 840
 841 //-----------------------------------------------------------------------------
 842 // Protected
 843 /**
 844  * \brief Factorization for various forms of constructors.
 845  */
 846 void File::Initialise()
 847 {
 848    WriteMode = WMODE_RAW;
 849    WriteType = ExplicitVR;
 850
 851    PixelReadConverter = new PixelReadConvert;
 852    PixelWriteConverter = new PixelWriteConvert;
 853    Archive = new DocEntryArchive( HeaderInternal );
 854
 855    if ( HeaderInternal->IsReadable() )
 856    {
 857       PixelReadConverter->GrabInformationsFromHeader( HeaderInternal );
 858    }
 859 }
 860
 861 uint8_t* File::GetRaw()
 862 {
 863    uint8_t* raw = PixelReadConverter->GetRaw();
 864    if ( ! raw )
 865    {
 866       // The Raw image migth not be loaded yet:
 867       std::ifstream* fp = HeaderInternal->OpenFile();
 868       PixelReadConverter->ReadAndDecompressPixelData( fp );
 869       if(fp)
 870          HeaderInternal->CloseFile();
 871
 872       raw = PixelReadConverter->GetRaw();
 873       if ( ! raw )
 874       {
 875          dbg.Verbose(0, "File::GetRaw: read/decompress of "
 876                         "pixel data apparently went wrong.");
 877          return 0;
 878       }
 879    }
 880
 881    return raw;
 882 }
 883
 884 //-----------------------------------------------------------------------------
 885 // Private
 886
 887 //-----------------------------------------------------------------------------
 888 } // end namespace gdcm
 889