src/gdcmFile.cxx

   1 // gdcmFile.cxx
   2 //-----------------------------------------------------------------------------
   3 #include "gdcmFile.h"
   4 #include "gdcmUtil.h"
   5 #include "jpeg/ljpg/jpegless.h"
   6
   7 //-----------------------------------------------------------------------------
   8 // Constructor / Destructor
   9 /**
  10  * \ingroup   gdcmFile
  11  * \brief Constructor dedicated to writing a new DICOMV3 part10 compliant
  12  *        file (see SetFileName, SetDcmTag and Write)
  13  *        Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
  14  *        for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
  15  * \Note  the in-memory representation of all available tags found in
  16  *        the DICOM header is post-poned to first header information access.
  17  *        This avoid a double parsing of public part of the header when
  18  *        one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
  19  *        seen as a side effect).
  20  *
  21  * @param header file to be opened for reading datas
  22  *
  23  * @return
  24  */
  25
  26 gdcmFile::gdcmFile(gdcmHeader *header)
  27 {
  28    Header=header;
  29    SelfHeader=false;
  30
  31    if (Header->IsReadable())
  32       SetPixelDataSizeFromHeader();
  33 }
  34
  35 /**
  36  * \ingroup   gdcmFile
  37  * \brief Constructor dedicated to writing a new DICOMV3 part10 compliant
  38  *        file (see SetFileName, SetDcmTag and Write)
  39  *        Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
  40  *        for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
  41  * \Note  the in-memory representation of all available tags found in
  42  *        the DICOM header is post-poned to first header information access.
  43  *        This avoid a double parsing of public part of the header when
  44  *        one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
  45  *        seen as a side effect).
  46  *
  47  * @param filename file to be opened for parsing
  48  *
  49  * @return
  50  */
  51 gdcmFile::gdcmFile(std::string & filename)
  52 {
  53    Header=new gdcmHeader(filename.c_str());
  54    SelfHeader=true;
  55
  56    if (Header->IsReadable())
  57       SetPixelDataSizeFromHeader();
  58 }
  59
  60 gdcmFile::gdcmFile(const char * filename)
  61 {
  62    Header=new gdcmHeader(filename);
  63    SelfHeader=true;
  64
  65    if (Header->IsReadable())
  66       SetPixelDataSizeFromHeader();
  67 }
  68
  69 /**
  70  * \ingroup   gdcmFile
  71  * \brief Destructor dedicated to writing a new DICOMV3 part10 compliant
  72  *        file (see SetFileName, SetDcmTag and Write)
  73  *        Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
  74  *        for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
  75  * \Note  If the gdcmHeader is created by the gdcmFile, it is destroyed
  76  *        by the gdcmFile
  77  * *
  78  */
  79 gdcmFile::~gdcmFile(void)
  80 {
  81    if(SelfHeader)
  82       delete Header;
  83    Header=NULL;
  84 }
  85
  86 //-----------------------------------------------------------------------------
  87 // Print
  88
  89 //-----------------------------------------------------------------------------
  90 // Public
  91 /**
  92  * \ingroup   gdcmFile
  93  * \brief
  94  * @return
  95  */
  96 gdcmHeader *gdcmFile::GetHeader(void)
  97 {
  98    return(Header);
  99 }
 100
 101 /**
 102  * \ingroup   gdcmFile
 103  * \brief     calcule la longueur (in bytes) A ALLOUER pour recevoir les
 104  *            pixels de l'image ou DES images dans le cas d'un multiframe
 105  *
 106  *          ATTENTION : il ne s'agit PAS de la longueur du groupe des Pixels
 107  *          (dans le cas d'images compressees, elle n'a pas de sens).
 108  *
 109  * @return      longueur a allouer
 110  */
 111 void gdcmFile::SetPixelDataSizeFromHeader(void) {
 112    // see PS 3.3-2003 : C.7.6.3.2.1
 113    //
 114    //   MONOCHROME1
 115    //   MONOCHROME2
 116    //   PALETTE COLOR
 117    //   RGB
 118    //   HSV  (Retired)
 119    //   ARGB (Retired)
 120    //   CMYK (Retired)
 121    //   YBR_FULL
 122    //   YBR_FULL_422 (no LUT, no Palette)
 123    //   YBR_PARTIAL_422
 124    //   YBR_ICT
 125    //   YBR_RCT
 126
 127    // LUT's
 128    // ex : gdcm-US-ALOKA-16.dcm
 129    // 0028|1221 [OW]   [Segmented Red Palette Color Lookup Table Data]
 130    // 0028|1222 [OW]   [Segmented Green Palette Color Lookup Table Data]
 131    // 0028|1223 [OW]   [Segmented Blue Palette Color Lookup Table Data]
 132
 133    // ex  : OT-PAL-8-face.dcm
 134    // 0028|1201 [US]   [Red Palette Color Lookup Table Data]
 135    // 0028|1202 [US]   [Green Palette Color Lookup Table Data]
 136    // 0028|1203 [US]   [Blue Palette Color Lookup Table Data]
 137
 138    int nb;
 139    std::string str_nb;
 140    str_nb=Header->GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
 141    if (str_nb == GDCM_UNFOUND ) {
 142       nb = 16;
 143    } else {
 144       nb = atoi(str_nb.c_str() );
 145       if (nb == 12) nb =16;
 146    }
 147    lgrTotale =  lgrTotaleRaw = Header->GetXSize() * Header->GetYSize()
 148               * Header->GetZSize() * (nb/8)* Header->GetSamplesPerPixel();
 149    std::string str_PhotometricInterpretation =
 150                              Header->GetPubElValByNumber(0x0028,0x0004);
 151
 152    /*if ( str_PhotometricInterpretation == "PALETTE COLOR " )*/
 153    // pb when undealt Segmented Palette Color
 154
 155     if (Header->HasLUT()) {
 156       lgrTotale*=3;
 157    }
 158 }
 159
 160 /**
 161  * \ingroup   gdcmFile
 162  * \brief     Returns the size (in bytes) of required memory to hold
 163  *            the pixel data represented in this file.
 164  * @return    The size of pixel data in bytes.
 165  */
 166 size_t gdcmFile::GetImageDataSize(void) {
 167    return (lgrTotale);
 168 }
 169
 170 /**
 171  * \ingroup   gdcmFile
 172  * \brief     Returns the size (in bytes) of required memory to hold
 173  * \          the pixel data represented in this file, when user DOESN'T want
 174  * \          to get RGB pixels image when it's stored as a PALETTE COLOR image
 175  * \          - the (vtk) user is supposed to know how deal with LUTs -
 176  * \          warning to be used with GetImagePixelsRaw()
 177  * @return    The size of pixel data in bytes.
 178  */
 179 size_t gdcmFile::GetImageDataSizeRaw(void) {
 180    return (lgrTotaleRaw);
 181 }
 182
 183 /**
 184  * \ingroup gdcmFile
 185  * \brief   Allocates necessary memory, copies the pixel data
 186  *          (image[s]/volume[s]) to newly allocated zone.
 187  *          Transforms YBR pixels into RGB pixels if any
 188             Transforms 3 planes R, G, B into a single RGB Plane
 189             Transforms single Grey plane + 3 Palettes into a RGB Plane
 190  * @return  Pointer to newly allocated pixel data.
 191  * \        NULL if alloc fails
 192  */
 193 void * gdcmFile::GetImageData (void) {
 194    PixelData = (void *) malloc(lgrTotale);
 195    if (PixelData)
 196       GetImageDataIntoVector(PixelData, lgrTotale);
 197    return(PixelData);
 198 }
 199
 200 /**
 201  * \ingroup gdcmFile
 202  * \brief   Copies at most MaxSize bytes of pixel data to caller's
 203  *          memory space.
 204  * \warning This function was designed to avoid people that want to build
 205  *          a volume from an image stack to need first to get the image pixels
 206  *          and then move them to the volume area.
 207  *          It's absolutely useless for any VTK user since vtk chooses
 208  *          to invert the lines of an image, that is the last line comes first
 209  *          (for some axis related reasons?). Hence he will have
 210  *          to load the image line by line, starting from the end.
 211  *          VTK users have to call GetImageData
 212  *
 213  * @param   destination Address (in caller's memory space) at which the
 214  *          pixel data should be copied
 215  * @param   MaxSize Maximum number of bytes to be copied. When MaxSize
 216  *          is not sufficient to hold the pixel data the copy is not
 217  *          executed (i.e. no partial copy).
 218  * @return  On success, the number of bytes actually copied. Zero on
 219  *          failure e.g. MaxSize is lower than necessary.
 220  */
 221 size_t gdcmFile::GetImageDataIntoVector (void* destination, size_t MaxSize) {
 222    size_t l = GetImageDataIntoVectorRaw (destination, MaxSize);
 223
 224    if (!Header->HasLUT())
 225       return lgrTotale;
 226
 227    // from Lut R + Lut G + Lut B
 228    unsigned char * newDest = (unsigned char *)malloc(lgrTotale);
 229    unsigned char * a       = (unsigned char *)destination;
 230    unsigned char * lutRGBA =                  Header->GetLUTRGBA();
 231    if (lutRGBA) {
 232       int l = lgrTotaleRaw;
 233       memmove(newDest, destination, l);// move Gray pixels to temp area
 234       int j;
 235       for (int i=0;i<l; i++) {         // Build RGB Pixels
 236          j=newDest[i]*4;
 237          *a++ = lutRGBA[j];
 238          *a++ = lutRGBA[j+1];
 239          *a++ = lutRGBA[j+2];
 240       }
 241       free(newDest);
 242
 243    // now, it's an RGB image
 244    // Lets's write it in the Header
 245
 246          // CreateOrReplaceIfExist ?
 247
 248    std::string spp = "3";        // Samples Per Pixel
 249    Header->SetPubElValByNumber(spp,0x0028,0x0002);
 250    std::string rgb= "RGB ";      // Photometric Interpretation
 251    Header->SetPubElValByNumber(rgb,0x0028,0x0004);
 252    std::string planConfig = "0"; // Planar Configuration
 253    Header->SetPubElValByNumber(planConfig,0x0028,0x0006);
 254
 255    } else {
 256              // need to make RGB Pixels (?)
 257              //    from grey Pixels (?!)
 258              //     and Gray Lut  (!?!)
 259              //    or Segmented xxx Palette Color Lookup Table Data and so on
 260
 261              // Well . I'll wait till I find such an image
 262
 263                    // Oops! I get one (gdcm-US-ALOKA-16.dcm)
 264                    // No idea how to manage it
 265                    // It seems that *no Dicom Viewer* has any idea :-(
 266                    // Segmented xxx Palette Color are *more* than 65535 long ?!?
 267
 268       std::string rgb= "MONOCHROME1 ";      // Photometric Interpretation
 269       Header->SetPubElValByNumber(rgb,0x0028,0x0004);
 270
 271    }
 272
 273    // TODO : Drop Palette Color out of the Header?
 274    return lgrTotale;
 275 }
 276
 277 /**
 278  * \ingroup gdcmFile
 279  * \brief   Allocates necessary memory, copies the pixel data
 280  *          (image[s]/volume[s]) to newly allocated zone.
 281  *          Transforms YBR pixels into RGB pixels if any
 282             Transforms 3 planes R, G, B into a single RGB Plane
 283             DOES NOT transform Grey plane + 3 Palettes into a RGB Plane
 284  * @return  Pointer to newly allocated pixel data.
 285  * \        NULL if alloc fails
 286  */
 287 void * gdcmFile::GetImageDataRaw (void) {
 288    if (Header->HasLUT())
 289       lgrTotale /= 3;  // TODO Let gdcmHeadar user a chance
 290                        // to get the right value
 291                        // Create a member lgrTotaleRaw ???
 292    PixelData = (void *) malloc(lgrTotale);
 293    if (PixelData)
 294       GetImageDataIntoVectorRaw(PixelData, lgrTotale);
 295    return(PixelData);
 296 }
 297
 298 /**
 299  * \ingroup gdcmFile
 300  * \brief   Copies at most MaxSize bytes of pixel data to caller's
 301  *          memory space.
 302  * \warning This function was designed to avoid people that want to build
 303  *          a volume from an image stack to need first to get the image pixels
 304  *          and then move them to the volume area.
 305  *          It's absolutely useless for any VTK user since vtk chooses
 306  *          to invert the lines of an image, that is the last line comes first
 307  *          (for some axis related reasons?). Hence he will have
 308  *          to load the image line by line, starting from the end.
 309  *          VTK users hace to call GetImageData
 310  * \warning DOES NOT transform the Grey Plane + Palette Color (if any)
 311  *                   into a single RGB Pixels Plane
 312  *          the (VTK) user will manage the palettes
 313  *
 314  * @param   destination Address (in caller's memory space) at which the
 315  *          pixel data should be copied
 316  * @param   MaxSize Maximum number of bytes to be copied. When MaxSize
 317  *          is not sufficient to hold the pixel data the copy is not
 318  *          executed (i.e. no partial copy).
 319  * @return  On success, the number of bytes actually copied. Zero on
 320  *          failure e.g. MaxSize is lower than necessary.
 321  */
 322 size_t gdcmFile::GetImageDataIntoVectorRaw (void* destination, size_t MaxSize) {
 323
 324    int nb, nbu, highBit, signe;
 325    std::string str_nbFrames, str_nb, str_nbu, str_highBit, str_signe;
 326
 327    if ( lgrTotale > MaxSize ) {
 328       dbg.Verbose(0, "gdcmFile::GetImageDataIntoVector: pixel data bigger"
 329                      "than caller's expected MaxSize");
 330       return (size_t)0;
 331    }
 332
 333    (void)ReadPixelData(destination);
 334
 335         // Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel
 336    str_nb = Header->GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
 337    if (str_nb == GDCM_UNFOUND ) {
 338       nb = 16;
 339    } else {
 340       nb = atoi(str_nb.c_str() );
 341    }
 342
 343         // Nombre de Bits Utilises
 344    str_nbu=Header->GetPubElValByNumber(0x0028,0x0101);
 345    if (str_nbu == GDCM_UNFOUND ) {
 346       nbu = nb;
 347    } else {
 348       nbu = atoi(str_nbu.c_str() );
 349    }
 350
 351         // Position du Bit de Poids Fort
 352    str_highBit=Header->GetPubElValByNumber(0x0028,0x0102);
 353    if (str_highBit == GDCM_UNFOUND ) {
 354       highBit = nb - 1;
 355    } else {
 356       highBit = atoi(str_highBit.c_str() );
 357    }
 358         // Pixel sign
 359         // 0 = Unsigned
 360         // 1 = Signed
 361    str_signe=Header->GetPubElValByNumber(0x0028,0x0103);
 362    if (str_signe == GDCM_UNFOUND ) {
 363       signe = 0;  // default is unsigned
 364    } else {
 365       signe = atoi(str_signe.c_str() );
 366    }
 367
 368    // re arange bytes inside the integer
 369    if (nb != 8)
 370      SwapZone(destination, Header->GetSwapCode(), lgrTotale, nb);
 371
 372    // to avoid pb with some xmedcon breakers images
 373    if (nb==16 && nbu<nb && signe==0) {
 374      int l = (int)lgrTotale / (nb/8);
 375      guint16 *deb = (guint16 *)destination;
 376      for(int i = 0; i<l; i++) {
 377         if(*deb == 0xffff)
 378            *deb=0;
 379            deb++;
 380          }
 381     }
 382
 383    // re arange bits inside the bytes
 384    if (nbu != nb){
 385       int l = (int)lgrTotale / (nb/8);
 386       if (nb == 16) {
 387          guint16 mask = 0xffff;
 388          mask = mask >> (nb-nbu);
 389          guint16 *deb = (guint16 *)destination;
 390          for(int i = 0; i<l; i++) {
 391             *deb = (*deb >> (nbu-highBit-1)) & mask;
 392             deb ++;
 393          }
 394       } else if (nb == 32 ) {
 395          guint32 mask = 0xffffffff;
 396          mask = mask >> (nb-nbu);
 397          guint32 *deb = (guint32 *)destination;
 398          for(int i = 0; i<l; i++) {
 399             *deb = (*deb >> (nbu-highBit-1)) & mask;
 400             deb ++;
 401          }
 402       } else {
 403          dbg.Verbose(0, "gdcmFile::GetImageDataIntoVector: wierd image");
 404          return (size_t)0;
 405       }
 406    }
 407
 408 // Just to 'see' what was actually read on disk :-(
 409 // Some troubles expected
 410 //   FILE * f2;
 411 //   f2 = fopen("SpuriousFile.raw","wb");
 412 //   fwrite(destination,lgrTotale,1,f2);
 413 //   fclose(f2);
 414
 415    // Deal with the color
 416    // -------------------
 417
 418        std::string str_PhotometricInterpretation =
 419                  Header->GetPubElValByNumber(0x0028,0x0004);
 420
 421       if ( (str_PhotometricInterpretation == "MONOCHROME1 ")
 422         || (str_PhotometricInterpretation == "MONOCHROME2 ") ) {
 423          return lgrTotale;
 424       }
 425
 426    // Planar configuration = 0 : Pixels are already RGB
 427    // Planar configuration = 1 : 3 planes : R, G, B
 428    // Planar configuration = 2 : 1 gray Plane + 3 LUT
 429
 430    // Well ... supposed to be !
 431    // See US-PAL-8-10x-echo.dcm: PlanarConfiguration=0,
 432    //                            PhotometricInterpretation=PALETTE COLOR
 433    // and heuristic has to be found :-(
 434
 435       int planConf=Header->GetPlanarConfiguration();  // 0028,0006
 436
 437       // Whatever Planar Configuration is,
 438       // "PALETTE COLOR " implies that we deal with the palette.
 439       if (str_PhotometricInterpretation == "PALETTE COLOR ")
 440          planConf=2;
 441
 442       switch (planConf) {
 443       case 0:
 444          //       Pixels are already RGB
 445          break;
 446
 447       case 1:
 448
 449          {
 450          if (str_PhotometricInterpretation == "YBR_FULL") {
 451
 452    // Warning : YBR_FULL_422 acts as RGB
 453    //         : we need to make RGB Pixels from Planes Y,cB,cR
 454    // see http://lestourtereaux.free.fr/papers/data/yuvrgb.pdf
 455    // for code optimisation
 456
 457          // to see the tricks about YBR_FULL, YBR_FULL_422,
 458     // YBR_PARTIAL_422, YBR_ICT, YBR_RCT have a look at :
 459          //   ftp://medical.nema.org/medical/dicom/final/sup61_ft.pdf
 460          // and be *very* affraid
 461          //
 462             int l = Header->GetXSize()*Header->GetYSize();
 463             int nbFrames = Header->GetZSize();
 464
 465             unsigned char * newDest = (unsigned char*) malloc(lgrTotale);
 466             unsigned char *x  = newDest;
 467             unsigned char * a = (unsigned char *)destination;
 468             unsigned char * b = a + l;
 469             unsigned char * c = b + l;
 470
 471             double R,G,B;
 472
 473             // TODO : Replace by the 'well known'
 474             //        integer computation counterpart
 475             for (int i=0;i<nbFrames;i++) {
 476                for (int j=0;j<l; j++) {
 477                   R= 1.164 *(*a-16) + 1.596 *(*c -128) + 0.5;
 478                   G= 1.164 *(*a-16) - 0.813 *(*c -128) - 0.392 *(*b -128) + 0.5;
 479                   B= 1.164 *(*a-16) + 2.017 *(*b -128) + 0.5;
 480
 481                   if (R<0.0)   R=0.0;
 482                   if (G<0.0)   G=0.0;
 483                   if (B<0.0)   B=0.0;
 484                   if (R>255.0) R=255.0;
 485                   if (G>255.0) G=255.0;
 486                   if (B>255.0) B=255.0;
 487
 488                   *(x++) = (unsigned char)R;
 489                   *(x++) = (unsigned char)G;
 490                   *(x++) = (unsigned char)B;
 491                   a++; b++; c++;
 492                }
 493            }
 494             memmove(destination,newDest,lgrTotale);
 495             free(newDest);
 496
 497         } else {
 498
 499          //       need to make RGB Pixels from R,G,B Planes
 500          //       (all the Frames at a time)
 501
 502             int l = Header->GetXSize()*Header->GetYSize()*Header->GetZSize();
 503
 504             char * newDest = (char*) malloc(lgrTotale);
 505             char * x = newDest;
 506             char * a = (char *)destination;
 507             char * b = a + l;
 508             char * c = b + l;
 509
 510             for (int j=0;j<l; j++) {
 511                *(x++) = *(a++);
 512                *(x++) = *(b++);
 513                *(x++) = *(c++);
 514             }
 515
 516             memmove(destination,newDest,lgrTotale);
 517             free(newDest);
 518         }
 519
 520          break;
 521        }
 522
 523        case 2:
 524          //       Palettes were found
 525          //       Let the user deal with them !
 526          return lgrTotale;
 527    }
 528    // now, it's an RGB image
 529    // Lets's write it in the Header
 530
 531    // CreateOrReplaceIfExist ?
 532
 533    std::string spp = "3";        // Samples Per Pixel
 534    Header->SetPubElValByNumber(spp,0x0028,0x0002);
 535    std::string rgb="RGB ";   // Photometric Interpretation
 536    Header->SetPubElValByNumber(rgb,0x0028,0x0004);
 537
 538    std::string planConfig = "0"; // Planar Configuration
 539    Header->SetPubElValByNumber(planConfig,0x0028,0x0006);
 540
 541          // TODO : Drop Palette Color out of the Header?
 542    return lgrTotale;
 543 }
 544
 545 /**
 546  * \ingroup   gdcmFile
 547  * \brief TODO JPR
 548  * \warning doit-etre etre publique ?
 549  * TODO : y a-t-il un inconvenient à fusioner ces 2 fonctions
 550  *
 551  * @param inData
 552  * @param ExpectedSize
 553  *
 554  * @return integer acts as a boolean
 555  */
 556 bool gdcmFile::SetImageData(void * inData, size_t ExpectedSize) {
 557    Header->SetImageDataSize(ExpectedSize);
 558    PixelData = inData;
 559    lgrTotale = ExpectedSize;
 560    return(true);
 561 }
 562
 563 /**
 564  * \ingroup   gdcmFile
 565  * \brief Ecrit sur disque les pixels d'UNE image
 566  *        Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
 567  *        Ca sera à l'utilisateur d'appeler son Reader correctement
 568  *        (Equivalent a IdImaWriteRawFile)
 569  *
 570  * @param fileName
 571  * @return
 572  */
 573
 574 bool gdcmFile::WriteRawData (std::string fileName) {
 575    FILE * fp1;
 576    fp1 = fopen(fileName.c_str(),"wb");
 577    if (fp1 == NULL) {
 578       printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",fileName.c_str());
 579       return (false);
 580    }
 581    fwrite (PixelData,lgrTotale, 1, fp1);
 582    fclose (fp1);
 583    return(true);
 584 }
 585
 586 /**
 587  * \ingroup   gdcmFile
 588  * \brief Ecrit sur disque UNE image Dicom
 589  *        Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
 590  *         Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel
 591  *         (Equivalent a IdDcmWrite)
 592  *
 593  * @param fileName
 594  * @return int acts as a boolean
 595  */
 596
 597 bool gdcmFile::WriteDcmImplVR (std::string fileName) {
 598    return WriteBase(fileName, ImplicitVR);
 599 }
 600
 601 /**
 602  * \ingroup   gdcmFile
 603  * \brief
 604  * @param  fileName
 605  * @return int acts as a boolean
 606  */
 607
 608 bool gdcmFile::WriteDcmImplVR (const char* fileName) {
 609    return WriteDcmImplVR (std::string (fileName));
 610 }
 611
 612 /**
 613  * \ingroup   gdcmFile
 614  * \brief
 615  * @param  fileName
 616  * @return int acts as a boolean
 617  */
 618
 619 bool gdcmFile::WriteDcmExplVR (std::string fileName) {
 620    return WriteBase(fileName, ExplicitVR);
 621 }
 622
 623 /**
 624  * \ingroup   gdcmFile
 625  * \brief  Ecrit au format ACR-NEMA sur disque l'entete et les pixels
 626  *        (a l'attention des logiciels cliniques
 627  *        qui ne prennent en entrée QUE des images ACR ...
 628  * \warning si un header DICOM est fourni en entree,
 629  *        les groupes < 0x0008 et les groupes impairs sont ignores)
 630  * \warning Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
 631  *        Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel
 632  *        (Equivalent a IdDcmWrite)
 633  *
 634  * @param fileName
 635  * @return int acts as a boolean
 636  */
 637
 638 bool gdcmFile::WriteAcr (std::string fileName) {
 639    return WriteBase(fileName, ACR);
 640 }
 641
 642 //-----------------------------------------------------------------------------
 643 // Protected
 644 /**
 645  * \ingroup   gdcmFile
 646  *
 647  * @param  FileName
 648  * @param  type
 649  *
 650  * @return int acts as a boolean
 651  */
 652 bool gdcmFile::WriteBase (std::string FileName, FileType type) {
 653
 654    FILE * fp1;
 655    fp1 = fopen(FileName.c_str(),"wb");
 656    if (fp1 == NULL) {
 657       printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",FileName.c_str());
 658       return (false);
 659    }
 660
 661    if ( (type == ImplicitVR) || (type == ExplicitVR) ) {
 662       char * filePreamble;
 663       // writing Dicom File Preamble
 664       filePreamble=(char*)calloc(128,1);
 665       fwrite(filePreamble,128,1,fp1);
 666       fwrite("DICM",4,1,fp1);
 667    }
 668
 669    // --------------------------------------------------------------
 670    // Special Patch to allow gdcm to re-write ACR-LibIDO formated images
 671    //
 672    // if recognition code tells us we dealt with a LibIDO image
 673    // we reproduce on disk the switch between lineNumber and columnNumber
 674    // just before writting ...
 675
 676    std::string rows, columns;
 677    if ( Header->GetFileType() == ACR_LIBIDO){
 678          rows    = Header->GetPubElValByNumber(0x0028, 0x0010);
 679          columns = Header->GetPubElValByNumber(0x0028, 0x0011);
 680          Header->SetPubElValByNumber(columns,  0x0028, 0x0010);
 681          Header->SetPubElValByNumber(rows   ,  0x0028, 0x0011);
 682    }
 683    // ----------------- End of Special Patch ----------------
 684
 685    Header->Write(fp1, type);
 686
 687    // --------------------------------------------------------------
 688    // Special Patch to allow gdcm to re-write ACR-LibIDO formated images
 689    //
 690    // ...and we restore the Header to be Dicom Compliant again
 691    // just after writting
 692
 693    if (Header->GetFileType() == ACR_LIBIDO){
 694          Header->SetPubElValByNumber(rows   , 0x0028, 0x0010);
 695          Header->SetPubElValByNumber(columns, 0x0028, 0x0011);
 696    }
 697    // ----------------- End of Special Patch ----------------
 698
 699    fwrite(PixelData, lgrTotale, 1, fp1);
 700    fclose (fp1);
 701    return(true);
 702 }
 703
 704 //-----------------------------------------------------------------------------
 705 // Private
 706 /**
 707  * \ingroup gdcmFile
 708  * \brief   Swap the bytes, according to swap code.
 709  * \warning not end user intended
 710  * @param   im area to deal with
 711  * @param   swap swap code
 712  * @param   lgr Area Length
 713  * @param   nb Pixels Bit number
 714  */
 715 void gdcmFile::SwapZone(void* im, int swap, int lgr, int nb) {
 716 guint32 s32;
 717 guint16 fort,faible;
 718 int i;
 719
 720 if(nb == 16)
 721    switch(swap) {
 722       case 0:
 723       case 12:
 724       case 1234:
 725          break;
 726
 727       case 21:
 728       case 3412:
 729       case 2143:
 730       case 4321:
 731
 732          for(i=0;i<lgr;i++)
 733             ((unsigned short int*)im)[i]= ((((unsigned short int*)im)[i])>>8)
 734                                         | ((((unsigned short int*)im)[i])<<8);
 735          break;
 736
 737       default:
 738          printf("valeur de SWAP (16 bits) not allowed : %d\n", swap);
 739    }
 740
 741 if( nb == 32 )
 742    switch (swap) {
 743       case 0:
 744       case 1234:
 745          break;
 746
 747       case 4321:
 748          for(i=0;i<lgr;i++) {
 749             faible=  ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff;    /* 4321 */
 750             fort  =((unsigned long int*)im)[i]>>16;
 751             fort=  (fort>>8)   | (fort<<8);
 752             faible=(faible>>8) | (faible<<8);
 753             s32=faible;
 754             ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|fort;
 755          }
 756          break;
 757
 758       case 2143:
 759          for(i=0;i<lgr;i++) {
 760             faible=  ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff;    /* 2143 */
 761             fort=((unsigned long int*)im)[i]>>16;
 762             fort=  (fort>>8)   | (fort<<8);
 763             faible=(faible>>8) | (faible<<8);
 764             s32=fort;
 765             ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|faible;
 766          }
 767          break;
 768
 769       case 3412:
 770          for(i=0;i<lgr;i++) {
 771             faible=  ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff;    /* 3412 */
 772             fort=((unsigned long int*)im)[i]>>16;
 773             s32=faible;
 774             ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|fort;
 775          }
 776          break;
 777
 778       default:
 779          printf(" SWAP value (32 bits) not allowed : %d\n", swap);
 780    }
 781 return;
 782 }
 783
 784 /**
 785  * \ingroup gdcmFile
 786  * \brief   Read pixel data from disk (optionaly decompressing) into the
 787  *          caller specified memory location.
 788  * @param   destination where the pixel data should be stored.
 789  *
 790  */
 791 bool gdcmFile::ReadPixelData(void* destination) {
 792
 793    FILE *fp;
 794
 795    if ( !(fp=Header->OpenFile()))
 796       return false;
 797
 798    if ( fseek(fp, Header->GetPixelOffset(), SEEK_SET) == -1 ) {
 799       Header->CloseFile();
 800       return false;
 801    }
 802
 803
 804    // ----------------------  Compacted File (12 Bits Per Pixel)
 805    /* unpack 12 Bits pixels into 16 Bits pixels */
 806    /* 2 pixels 12bit =     [0xABCDEF]           */
 807    /* 2 pixels 16bit = [0x0ABD] + [0x0FCE]      */
 808    if (Header->GetBitsAllocated()==12) {
 809       int nbPixels = Header->GetXSize() * Header->GetYSize();
 810       unsigned char b0, b1, b2;
 811
 812       unsigned short int* pdestination = (unsigned short int*)destination;
 813       for(int p=0;p<nbPixels;p+=2) {
 814          fread(&b0,1,1,fp);
 815          fread(&b1,1,1,fp);
 816          fread(&b2,1,1,fp);
 817          //Two steps is necessary to please VC++
 818          *pdestination++ =  ((b0 >> 4) << 8) + ((b0 & 0x0f) << 4) + (b1 & 0x0f);
 819                        /* A */          /* B */            /* D */
 820          *pdestination++ =  ((b2 & 0x0f) << 8) + ((b1 >> 4) << 4) + (b2 >> 4);
 821                        /* F */          /* C */            /* E */
 822
 823         // Troubles expected on Big-Endian processors ?
 824       }
 825       return(true);
 826    }
 827
 828    // ----------------------  Uncompressed File
 829    if ( !Header->IsDicomV3()                             ||
 830         Header->IsImplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ||
 831         Header->IsExplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ||
 832         Header->IsExplicitVRBigEndianTransferSyntax()    ||
 833         Header->IsDeflatedExplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ) {
 834
 835       size_t ItemRead = fread(destination, Header->GetPixelAreaLength(), 1, fp);
 836
 837       if ( ItemRead != 1 ) {
 838          Header->CloseFile();
 839          return false;
 840       } else {
 841          Header->CloseFile();
 842          return true;
 843       }
 844    }
 845
 846    // ---------------------- Run Length Encoding
 847    if (Header->IsRLELossLessTransferSyntax()) {
 848          bool res = (bool)gdcm_read_RLE_file (fp,destination);
 849          return res;
 850    }
 851
 852    // --------------- SingleFrame/Multiframe JPEG Lossless/Lossy/2000
 853    int nb;
 854    std::string str_nb=Header->GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
 855    if (str_nb == GDCM_UNFOUND ) {
 856       nb = 16;
 857    } else {
 858       nb = atoi(str_nb.c_str() );
 859       if (nb == 12) nb =16;  // ?? 12 should be ACR-NEMA only ?
 860    }
 861
 862    int nBytes= nb/8;
 863
 864    int taille = Header->GetXSize() * Header->GetYSize()
 865                * Header->GetSamplesPerPixel();
 866    long fragmentBegining; // for ftell, fseek
 867
 868    bool jpg2000 =     Header->IsJPEG2000();
 869    bool jpgLossless = Header->IsJPEGLossless();
 870
 871    bool res = true;
 872    guint16 ItemTagGr,ItemTagEl;
 873    int ln;
 874
 875       //  Position on begining of Jpeg Pixels
 876
 877    fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 878    fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 879    if(Header->GetSwapCode()) {
 880       ItemTagGr=Header->SwapShort(ItemTagGr);
 881       ItemTagEl=Header->SwapShort(ItemTagEl);
 882    }
 883    fread(&ln,4,1,fp);
 884    if(Header->GetSwapCode())
 885       ln=Header->SwapLong(ln);    // Basic Offset Table Item length
 886
 887    if (ln != 0) {
 888       // What is it used for ?!?
 889       char *BasicOffsetTableItemValue = (char *)malloc(ln+1);
 890       fread(BasicOffsetTableItemValue,ln,1,fp);
 891    }
 892
 893    // first Fragment initialisation
 894    fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 895    fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 896    if(Header->GetSwapCode()) {
 897       ItemTagGr=Header->SwapShort(ItemTagGr);
 898       ItemTagEl=Header->SwapShort(ItemTagEl);
 899    }
 900
 901    // parsing fragments until Sequence Delim. Tag found
 902    while (  ( ItemTagGr == 0xfffe) && (ItemTagEl != 0xe0dd) ) {
 903       // --- for each Fragment
 904
 905       fread(&ln,4,1,fp);
 906       if(Header->GetSwapCode())
 907          ln=Header->SwapLong(ln);    // Fragment Item length
 908
 909       fragmentBegining=ftell(fp);
 910
 911       if (jpg2000) {          // JPEG 2000 :    call to ???
 912
 913          res = (bool)gdcm_read_JPEG2000_file (fp,destination);  // Not Yet written
 914
 915       } // ------------------------------------- endif (JPEG2000)
 916
 917       else if (jpgLossless) { // JPEG LossLess : call to xmedcom JPEG
 918
 919          JPEGLosslessDecodeImage (fp,  // Reading Fragment pixels
 920                                      (unsigned short *)destination,
 921                                      Header->GetPixelSize()*8* Header->GetSamplesPerPixel(),
 922                                      ln);
 923          res=1; // in order not to break the loop
 924
 925       } // ------------------------------------- endif (JPEGLossless)
 926
 927       else {                   // JPEG Lossy : call to IJG 6b
 928
 929          if  (Header->GetBitsStored() == 8) {
 930             res = (bool)gdcm_read_JPEG_file (fp,destination);  // Reading Fragment pixels
 931          } else {
 932             res = (bool)gdcm_read_JPEG_file12 (fp,destination);// Reading Fragment pixels
 933          }
 934       }  // ------------------------------------- endif (JPEGLossy)
 935
 936       if (!res) break;
 937
 938       destination = (char *)destination + taille * nBytes; // location in user's memory
 939                                                            // for next fragment (if any)
 940
 941       fseek(fp,fragmentBegining,SEEK_SET); // To be sure we start
 942       fseek(fp,ln,SEEK_CUR);               // at the begining of next fragment
 943
 944       ItemTagGr = ItemTagEl =0;
 945       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 946       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 947       if(Header->GetSwapCode()) {
 948          ItemTagGr=Header->SwapShort(ItemTagGr);
 949          ItemTagEl=Header->SwapShort(ItemTagEl);
 950       }
 951
 952    }     // endWhile parsing fragments until Sequence Delim. Tag found
 953
 954    Header->CloseFile();
 955    return res;
 956 }
 957 //-----------------------------------------------------------------------------