src/gdcmFile.cxx

   1 // gdcmFile.cxx
   2
   3 #include "gdcmFile.h"
   4 #include "gdcmUtil.h"
   5 #include "jpeg/ljpg/jpegless.h"
   6
   7 /////////////////////////////////////////////////////////////////
   8 /**
   9  * \ingroup   gdcmFile
  10  * \brief Constructor dedicated to writing a new DICOMV3 part10 compliant
  11  *        file (see SetFileName, SetDcmTag and Write)
  12  *        Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
  13  *        for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
  14  * \Note  the in-memory representation of all available tags found in
  15  *        the DICOM header is post-poned to first header information access.
  16  *        This avoid a double parsing of public part of the header when
  17  *        one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
  18  *        seen as a side effect).
  19  *
  20  * @param filename file to be opened for parsing
  21  *
  22  * @return
  23  */
  24
  25 gdcmFile::gdcmFile(std::string & filename)
  26         :gdcmHeader(filename.c_str())
  27 {
  28       if (IsReadable())
  29          SetPixelDataSizeFromHeader();
  30 }
  31
  32 gdcmFile::gdcmFile(const char * filename)
  33         :gdcmHeader(filename)
  34 {
  35    if (IsReadable())
  36       SetPixelDataSizeFromHeader();
  37 }
  38
  39 /**
  40  * \ingroup   gdcmFile
  41  * \brief     calcule la longueur (in bytes) A ALLOUER pour recevoir les
  42  *            pixels de l'image ou DES images dans le cas d'un multiframe
  43  *
  44  *          ATTENTION : il ne s'agit PAS de la longueur du groupe des Pixels
  45  *          (dans le cas d'images compressees, elle n'a pas de sens).
  46  *
  47  * @return      longueur a allouer
  48  */
  49 void gdcmFile::SetPixelDataSizeFromHeader(void) {
  50    int nb;
  51    std::string str_nb;
  52    str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
  53    if (str_nb == GDCM_UNFOUND ) {
  54       nb = 16;
  55    } else {
  56       nb = atoi(str_nb.c_str() );
  57       if (nb == 12) nb =16;
  58    }
  59    lgrTotale =  lgrTotaleRaw = GetXSize() *  GetYSize() *  GetZSize()
  60               * (nb/8)* GetSamplesPerPixel();
  61    std::string str_PhotometricInterpretation =
  62                              gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0004);
  63
  64    /*if ( str_PhotometricInterpretation == "PALETTE COLOR " )*/
  65    // pb when undealt Segmented Palette Color
  66
  67     if (HasLUT()) {
  68       lgrTotale*=3;
  69    }
  70 }
  71
  72    // see PS 3.3-2003 : C.7.6.3.2.1
  73    //
  74    //   MONOCHROME1
  75    //   MONOCHROME2
  76    //   PALETTE COLOR
  77    //   RGB
  78    //   HSV  (Retired)
  79    //   ARGB (Retired)
  80    //   CMYK (Retired)
  81    //   YBR_FULL
  82    //   YBR_FULL_422 (no LUT, no Palette)
  83    //   YBR_PARTIAL_422
  84    //   YBR_ICT
  85    //   YBR_RCT
  86
  87   // LUT's
  88   // ex : gdcm-US-ALOKA-16.dcm
  89   // 0028|1221 [OW]   [Segmented Red Palette Color Lookup Table Data]
  90   // 0028|1222 [OW]   [Segmented Green Palette Color Lookup Table Data]
  91   // 0028|1223 [OW]   [Segmented Blue Palette Color Lookup Table Data]
  92
  93   // ex  : OT-PAL-8-face.dcm
  94   // 0028|1201 [US]   [Red Palette Color Lookup Table Data]
  95   // 0028|1202 [US]   [Green Palette Color Lookup Table Data]
  96   // 0028|1203 [US]   [Blue Palette Color Lookup Table Data]
  97
  98
  99 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 100 /**
 101  * \ingroup   gdcmFile
 102  * \brief     Returns the size (in bytes) of required memory to hold
 103  *            the pixel data represented in this file.
 104  * @return    The size of pixel data in bytes.
 105  */
 106
 107 size_t gdcmFile::GetImageDataSize(void) {
 108    return (lgrTotale);
 109 }
 110
 111
 112 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 113 /**
 114  * \ingroup gdcmFile
 115  * \brief   Read pixel data from disk (optionaly decompressing) into the
 116  *          caller specified memory location.
 117  * @param   destination where the pixel data should be stored.
 118  *
 119  */
 120 bool gdcmFile::ReadPixelData(void* destination) {
 121
 122    if ( !OpenFile())
 123       return false;
 124
 125     if ( fseek(fp, GetPixelOffset(), SEEK_SET) == -1 ) {
 126       CloseFile();
 127       return false;
 128    }
 129
 130
 131    // ----------------------  Compacted File (12 Bits Per Pixel)
 132
 133    /* unpack 12 Bits pixels into 16 Bits pixels */
 134    /* 2 pixels 12bit =     [0xABCDEF]           */
 135    /* 2 pixels 16bit = [0x0ABD] + [0x0FCE]      */
 136
 137    if (GetBitsAllocated()==12) {
 138       int nbPixels = GetXSize()*GetYSize();
 139       unsigned char b0, b1, b2;
 140
 141       unsigned short int* pdestination = (unsigned short int*)destination;
 142       for(int p=0;p<nbPixels;p+=2) {
 143          fread(&b0,1,1,fp);
 144          fread(&b1,1,1,fp);
 145          fread(&b2,1,1,fp);
 146          //Two steps is necessary to please VC++
 147          *pdestination++ =  ((b0 >> 4) << 8) + ((b0 & 0x0f) << 4) + (b1 & 0x0f);
 148                        /* A */          /* B */            /* D */
 149          *pdestination++ =  ((b2 & 0x0f) << 8) + ((b1 >> 4) << 4) + (b2 >> 4);
 150                        /* F */          /* C */            /* E */
 151
 152         // Troubles expected on Big-Endian processors ?
 153       }
 154       return(true);
 155    }
 156
 157    // ----------------------  Uncompressed File
 158
 159    if ( !IsDicomV3()                             ||
 160         IsImplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ||
 161         IsExplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ||
 162         IsExplicitVRBigEndianTransferSyntax()    ||
 163         IsDeflatedExplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ) {
 164
 165       size_t ItemRead = fread(destination, GetPixelAreaLength(), 1, fp);
 166
 167       if ( ItemRead != 1 ) {
 168          CloseFile();
 169          return false;
 170       } else {
 171          CloseFile();
 172          return true;
 173       }
 174    }
 175
 176    // ---------------------- Run Length Encoding
 177
 178       if (gdcmHeader::IsRLELossLessTransferSyntax()) {
 179             int res = (bool)gdcm_read_RLE_file (destination);
 180             return res;
 181       }
 182
 183    // --------------- SingleFrame/Multiframe JPEG Lossless/Lossy/2000
 184
 185       int nb;
 186       std::string str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
 187       if (str_nb == GDCM_UNFOUND ) {
 188          nb = 16;
 189       } else {
 190          nb = atoi(str_nb.c_str() );
 191          if (nb == 12) nb =16;  // ?? 12 should be ACR-NEMA only ?
 192       }
 193       int nBytes= nb/8;
 194
 195       int taille = GetXSize() *  GetYSize()  * GetSamplesPerPixel();
 196       long fragmentBegining; // for ftell, fseek
 197
 198       bool jpg2000 =     IsJPEG2000();
 199       bool jpgLossless = IsJPEGLossless();
 200
 201       bool res = true;
 202       guint16 ItemTagGr,ItemTagEl;
 203       int ln;
 204
 205          //  Position on begining of Jpeg Pixels
 206
 207       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 208       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 209       if(GetSwapCode()) {
 210          ItemTagGr=SwapShort(ItemTagGr);
 211          ItemTagEl=SwapShort(ItemTagEl);
 212       }
 213       fread(&ln,4,1,fp);
 214       if(GetSwapCode())
 215          ln=SwapLong(ln);    // Basic Offset Table Item length
 216
 217       if (ln != 0) {
 218          // What is it used for ?!?
 219          char *BasicOffsetTableItemValue = (char *)malloc(ln+1);
 220          fread(BasicOffsetTableItemValue,ln,1,fp);
 221       }
 222
 223       // first Fragment initialisation
 224       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 225       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 226       if(GetSwapCode()) {
 227          ItemTagGr=SwapShort(ItemTagGr);
 228          ItemTagEl=SwapShort(ItemTagEl);
 229       }
 230
 231       // parsing fragments until Sequence Delim. Tag found
 232
 233       while (  ( ItemTagGr == 0xfffe) && (ItemTagEl != 0xe0dd) ) {
 234
 235                         // --- for each Fragment
 236
 237          fread(&ln,4,1,fp);
 238          if(GetSwapCode())
 239             ln=SwapLong(ln);    // Fragment Item length
 240
 241          fragmentBegining=ftell(fp);
 242
 243          if (jpg2000) {          // JPEG 2000 :    call to ???
 244
 245             res = (bool)gdcm_read_JPEG2000_file (destination);  // Not Yet written
 246
 247          } // ------------------------------------- endif (JPEG2000)
 248
 249          else if (jpgLossless) { // JPEG LossLess : call to xmedcom JPEG
 250
 251             JPEGLosslessDecodeImage (fp,                         // Reading Fragment pixels
 252                                      (unsigned short *)destination,
 253                                      GetPixelSize()*8* GetSamplesPerPixel(),
 254                                      ln);
 255             res=1; // in order not to break the loop
 256
 257          } // ------------------------------------- endif (JPEGLossless)
 258
 259          else {                   // JPEG Lossy : call to IJG 6b
 260
 261             if  (GetBitsStored() == 8) {
 262                 res = (bool)gdcm_read_JPEG_file (destination);  // Reading Fragment pixels
 263             } else {
 264                 res = (bool)gdcm_read_JPEG_file12 (destination);// Reading Fragment pixels
 265             }
 266          }  // ------------------------------------- endif (JPEGLossy)
 267
 268          if (!res) break;
 269
 270          destination = (char *)destination + taille * nBytes; // location in user's memory
 271                                                               // for next fragment (if any)
 272
 273          fseek(fp,fragmentBegining,SEEK_SET); // To be sure we start
 274          fseek(fp,ln,SEEK_CUR);               // at the begining of next fragment
 275
 276          ItemTagGr = ItemTagEl =0;
 277          fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 278          fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 279          if(GetSwapCode()) {
 280             ItemTagGr=SwapShort(ItemTagGr);
 281             ItemTagEl=SwapShort(ItemTagEl);
 282          }
 283
 284       }     // endWhile parsing fragments until Sequence Delim. Tag found
 285
 286       return res;
 287 }
 288
 289 /**
 290  * \ingroup gdcmFile
 291  * \brief   Allocates necessary memory, copies the pixel data
 292  *          (image[s]/volume[s]) to newly allocated zone.
 293  *          Transforms YBR pixels into RGB pixels if any
 294             Transforms 3 planes R, G, B into a single RGB Plane
 295             Transforms single Grey plane + 3 Palettes into a RGB Plane
 296  * @return  Pointer to newly allocated pixel data.
 297  * \        NULL if alloc fails
 298  */
 299 void * gdcmFile::GetImageData (void) {
 300    PixelData = (void *) malloc(lgrTotale);
 301    if (PixelData)
 302       GetImageDataIntoVector(PixelData, lgrTotale);
 303    return(PixelData);
 304 }
 305
 306 /**
 307  * \ingroup gdcmFile
 308  * \brief   Allocates necessary memory, copies the pixel data
 309  *          (image[s]/volume[s]) to newly allocated zone.
 310  *          Transforms YBR pixels into RGB pixels if any
 311             Transforms 3 planes R, G, B into a single RGB Plane
 312             DOES NOT transform Grey plane + 3 Palettes into a RGB Plane
 313  * @return  Pointer to newly allocated pixel data.
 314  * \        NULL if alloc fails
 315  */
 316 void * gdcmFile::GetImageDataRaw (void) {
 317    if (HasLUT())
 318       lgrTotale /= 3;  // TODO Let gdcmHeadar user a chance
 319                        // to get the right value
 320                        // Create a member lgrTotaleRaw ???
 321    PixelData = (void *) malloc(lgrTotale);
 322    if (PixelData)
 323       GetImageDataIntoVectorRaw(PixelData, lgrTotale);
 324    return(PixelData);
 325 }
 326
 327 /**
 328  * \ingroup gdcmFile
 329  * \brief   Copies at most MaxSize bytes of pixel data to caller's
 330  *          memory space.
 331  * \warning This function was designed to avoid people that want to build
 332  *          a volume from an image stack to need first to get the image pixels
 333  *          and then move them to the volume area.
 334  *          It's absolutely useless for any VTK user since vtk chooses
 335  *          to invert the lines of an image, that is the last line comes first
 336  *          (for some axis related reasons?). Hence he will have
 337  *          to load the image line by line, starting from the end.
 338  *          VTK users have to call GetImageData
 339  *
 340  * @param   destination Address (in caller's memory space) at which the
 341  *          pixel data should be copied
 342  * @param   MaxSize Maximum number of bytes to be copied. When MaxSize
 343  *          is not sufficient to hold the pixel data the copy is not
 344  *          executed (i.e. no partial copy).
 345  * @return  On success, the number of bytes actually copied. Zero on
 346  *          failure e.g. MaxSize is lower than necessary.
 347  */
 348
 349 size_t gdcmFile::GetImageDataIntoVector (void* destination, size_t MaxSize) {
 350
 351    size_t l = GetImageDataIntoVectorRaw (destination, MaxSize);
 352
 353    if (!HasLUT())
 354       return lgrTotale;
 355
 356          //       from Lut R + Lut G + Lut B
 357
 358    unsigned char * newDest = (unsigned char *)malloc(lgrTotale);
 359    unsigned char * a       = (unsigned char *)destination;
 360
 361    unsigned char * lutRGBA = (unsigned char *)GetLUTRGBA();
 362
 363    if (lutRGBA) {
 364       int l = lgrTotale/3;
 365       memmove(newDest, destination, l);// move Gray pixels to temp area
 366       int j;
 367       for (int i=0;i<l; i++) {         // Build RGB Pixels
 368          j=newDest[i]*4;
 369          *a++ = lutRGBA[j];
 370          *a++ = lutRGBA[j+1];
 371          *a++ = lutRGBA[j+2];
 372       }
 373       free(newDest);
 374
 375    } else {
 376              // need to make RGB Pixels (?)
 377              //    from grey Pixels (?!)
 378              //     and Gray Lut  (!?!)
 379              //    or Segmented xxx Palette Color Lookup Table Data and so on
 380
 381              // Well . I'll wait till I find such an image
 382
 383                    // Oops! I get one (gdcm-US-ALOKA-16.dcm)
 384                    // No idea how to manage it
 385                    // It seems that *no Dicom Viewer* has any idea :-(
 386                    // Segmented xxx Palette Color are *more* than 65535 long ?!?
 387    }
 388
 389    // now, it's an RGB image
 390    // Lets's write it in the Header
 391
 392          // CreateOrReplaceIfExist ?
 393
 394    std::string spp = "3";        // Samples Per Pixel
 395    gdcmHeader::SetPubElValByNumber(spp,0x0028,0x0002);
 396    std::string rgb="RGB ";       // Photometric Interpretation
 397    gdcmHeader::SetPubElValByNumber(rgb,0x0028,0x0004);
 398    std::string planConfig = "0"; // Planar Configuration
 399    gdcmHeader::SetPubElValByNumber(planConfig,0x0028,0x0006);
 400
 401          // TODO : Drop Palette Color out of the Header?
 402
 403    return lgrTotale;
 404 }
 405
 406
 407
 408 /**
 409  * \ingroup gdcmFile
 410  * \brief   Copies at most MaxSize bytes of pixel data to caller's
 411  *          memory space.
 412  * \warning This function was designed to avoid people that want to build
 413  *          a volume from an image stack to need first to get the image pixels
 414  *          and then move them to the volume area.
 415  *          It's absolutely useless for any VTK user since vtk chooses
 416  *          to invert the lines of an image, that is the last line comes first
 417  *          (for some axis related reasons?). Hence he will have
 418  *          to load the image line by line, starting from the end.
 419  *          VTK users hace to call GetImageData
 420   * \warning DOES NOT transform the Grey Plane + Palette Color (if any)
 421  *                   into a single RGB Pixels Plane
 422  *          the (VTK) user will manage the palettes
 423  *
 424  * @param   destination Address (in caller's memory space) at which the
 425  *          pixel data should be copied
 426  * @param   MaxSize Maximum number of bytes to be copied. When MaxSize
 427  *          is not sufficient to hold the pixel data the copy is not
 428  *          executed (i.e. no partial copy).
 429  * @return  On success, the number of bytes actually copied. Zero on
 430  *          failure e.g. MaxSize is lower than necessary.
 431  */
 432
 433 size_t gdcmFile::GetImageDataIntoVectorRaw (void* destination, size_t MaxSize) {
 434
 435    int nb, nbu, highBit, signe;
 436    std::string str_nbFrames, str_nb, str_nbu, str_highBit, str_signe;
 437
 438    if ( lgrTotale > MaxSize ) {
 439       dbg.Verbose(0, "gdcmFile::GetImageDataIntoVector: pixel data bigger"
 440                      "than caller's expected MaxSize");
 441       return (size_t)0;
 442    }
 443
 444    (void)ReadPixelData(destination);
 445
 446         // Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel
 447    str_nb = GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
 448    if (str_nb == GDCM_UNFOUND ) {
 449       nb = 16;
 450    } else {
 451       nb = atoi(str_nb.c_str() );
 452    }
 453
 454         // Nombre de Bits Utilises
 455    str_nbu=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0101);
 456    if (str_nbu == GDCM_UNFOUND ) {
 457       nbu = nb;
 458    } else {
 459       nbu = atoi(str_nbu.c_str() );
 460    }
 461
 462         // Position du Bit de Poids Fort
 463    str_highBit=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0102);
 464    if (str_highBit == GDCM_UNFOUND ) {
 465       highBit = nb - 1;
 466    } else {
 467       highBit = atoi(str_highBit.c_str() );
 468    }
 469         // Pixel sign
 470         // 0 = Unsigned
 471         // 1 = Signed
 472    str_signe=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0103);
 473    if (str_signe == GDCM_UNFOUND ) {
 474       signe = 0;  // default is unsigned
 475    } else {
 476       signe = atoi(str_signe.c_str() );
 477    }
 478
 479    // re arange bytes inside the integer
 480    if (nb != 8)
 481      SwapZone(destination, GetSwapCode(), lgrTotale, nb);
 482
 483    // to avoid pb with some xmedcon breakers images
 484    if (nb==16 && nbu<nb && signe==0) {
 485      int l = (int)lgrTotale / (nb/8);
 486      guint16 *deb = (guint16 *)destination;
 487      for(int i = 0; i<l; i++) {
 488         if(*deb == 0xffff)
 489            *deb=0;
 490            deb++;
 491          }
 492     }
 493
 494    // re arange bits inside the bytes
 495    if (nbu != nb){
 496       int l = (int)lgrTotale / (nb/8);
 497       if (nb == 16) {
 498          guint16 mask = 0xffff;
 499          mask = mask >> (nb-nbu);
 500          guint16 *deb = (guint16 *)destination;
 501          for(int i = 0; i<l; i++) {
 502             *deb = (*deb >> (nbu-highBit-1)) & mask;
 503             deb ++;
 504          }
 505       } else if (nb == 32 ) {
 506          guint32 mask = 0xffffffff;
 507          mask = mask >> (nb-nbu);
 508          guint32 *deb = (guint32 *)destination;
 509          for(int i = 0; i<l; i++) {
 510             *deb = (*deb >> (nbu-highBit-1)) & mask;
 511             deb ++;
 512          }
 513       } else {
 514          dbg.Verbose(0, "gdcmFile::GetImageDataIntoVector: wierd image");
 515          return (size_t)0;
 516       }
 517    }
 518
 519 // Just to 'see' what was actually read on disk :-(
 520 // Some troubles expected
 521 //   FILE * f2;
 522 //   f2 = fopen("SpuriousFile.raw","wb");
 523 //   fwrite(destination,lgrTotale,1,f2);
 524 //   fclose(f2);
 525
 526    // Deal with the color
 527    // -------------------
 528
 529        std::string str_PhotometricInterpretation =
 530                  gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0004);
 531
 532       if ( (str_PhotometricInterpretation == "MONOCHROME1 ")
 533         || (str_PhotometricInterpretation == "MONOCHROME2 ") ) {
 534          return lgrTotale;
 535       }
 536
 537    // Planar configuration = 0 : Pixels are already RGB
 538    // Planar configuration = 1 : 3 planes : R, G, B
 539    // Planar configuration = 2 : 1 gray Plane + 3 LUT
 540
 541    // Well ... supposed to be !
 542    // See US-PAL-8-10x-echo.dcm: PlanarConfiguration=0,
 543    //                            PhotometricInterpretation=PALETTE COLOR
 544    // and heuristic has to be found :-(
 545
 546       int planConf=GetPlanarConfiguration();  // 0028,0006
 547
 548       // Whatever Planar Configuration is,
 549       // "PALETTE COLOR " implies that we deal with the palette.
 550       if (str_PhotometricInterpretation == "PALETTE COLOR ")
 551          planConf=2;
 552
 553       switch (planConf) {
 554       case 0:
 555          //       Pixels are already RGB
 556          break;
 557
 558       case 1:
 559
 560          {
 561          if (str_PhotometricInterpretation == "YBR_FULL") {
 562
 563          // Warning : YBR_FULL_422 acts as RGB
 564          //       need to make RGB Pixels from Planes Y,cB,cR
 565          // see http://lestourtereaux.free.fr/papers/data/yuvrgb.pdf
 566          // for code optimisation
 567
 568             int l = GetXSize()*GetYSize();
 569             int nbFrames = GetZSize();
 570
 571             unsigned char * newDest = (unsigned char*) malloc(lgrTotale);
 572             unsigned char *x  = newDest;
 573             unsigned char * a = (unsigned char *)destination;
 574             unsigned char * b = a + l;
 575             unsigned char * c = b + l;
 576
 577             double R,G,B;
 578
 579             // TODO : Replace by the 'well known'
 580             //        integer computation counterpart
 581             for (int i=0;i<nbFrames;i++) {
 582                for (int j=0;j<l; j++) {
 583                   R= 1.164 *(*a-16) + 1.596 *(*c -128) + 0.5;
 584                   G= 1.164 *(*a-16) - 0.813 *(*c -128) - 0.392 *(*b -128) + 0.5;
 585                   B= 1.164 *(*a-16) + 2.017 *(*b -128) + 0.5;
 586
 587                   if (R<0.0)   R=0.0;
 588                   if (G<0.0)   G=0.0;
 589                   if (B<0.0)   B=0.0;
 590                   if (R>255.0) R=255.0;
 591                   if (G>255.0) G=255.0;
 592                   if (B>255.0) B=255.0;
 593
 594                   *(x++) = (unsigned char)R;
 595                   *(x++) = (unsigned char)G;
 596                   *(x++) = (unsigned char)B;
 597                   a++; b++; c++;
 598                }
 599            }
 600             memmove(destination,newDest,lgrTotale);
 601             free(newDest);
 602
 603         } else {
 604
 605          //       need to make RGB Pixels from R,G,B Planes
 606          //       (all the Frames at a time)
 607
 608             int l = GetXSize()*GetYSize()*GetZSize();
 609
 610             char * newDest = (char*) malloc(lgrTotale);
 611             char * x = newDest;
 612             char * a = (char *)destination;
 613             char * b = a + l;
 614             char * c = b + l;
 615
 616             for (int j=0;j<l; j++) {
 617                *(x++) = *(a++);
 618                *(x++) = *(b++);
 619                *(x++) = *(c++);
 620             }
 621
 622             memmove(destination,newDest,lgrTotale);
 623             free(newDest);
 624         }
 625
 626          break;
 627        }
 628
 629        case 2:
 630          //       Palettes were found
 631          //       Let the user deal with them !
 632           return lgrTotale;
 633    }
 634             // now, it's an RGB image
 635             // Lets's write it in the Header
 636
 637          // CreateOrReplaceIfExist ?
 638
 639
 640
 641    std::string spp = "3";        // Samples Per Pixel
 642    gdcmHeader::SetPubElValByNumber(spp,0x0028,0x0002);
 643    std::string rgb="RGB ";   // Photometric Interpretation
 644    gdcmHeader::SetPubElValByNumber(rgb,0x0028,0x0004);
 645
 646    std::string planConfig = "0"; // Planar Configuration
 647    gdcmHeader::SetPubElValByNumber(planConfig,0x0028,0x0006);
 648
 649          // TODO : Drop Palette Color out of the Header?
 650
 651    return lgrTotale;
 652 }
 653
 654
 655
 656 /**
 657  * \ingroup gdcmFile
 658  * \brief   Swap the bytes, according to swap code.
 659  * \warning not end user intended
 660  * @param   im area to deal with
 661  * @param   swap swap code
 662  * @param   lgr Area Length
 663  * @param   nb Pixels Bit number
 664  */
 665
 666 void gdcmFile::SwapZone(void* im, int swap, int lgr, int nb) {
 667 guint32 s32;
 668 guint16 fort,faible;
 669 int i;
 670
 671 if(nb == 16)
 672    switch(swap) {
 673       case 0:
 674       case 12:
 675       case 1234:
 676          break;
 677
 678       case 21:
 679       case 3412:
 680       case 2143:
 681       case 4321:
 682
 683          for(i=0;i<lgr;i++)
 684             ((unsigned short int*)im)[i]= ((((unsigned short int*)im)[i])>>8)
 685                                         | ((((unsigned short int*)im)[i])<<8);
 686          break;
 687
 688       default:
 689          printf("valeur de SWAP (16 bits) not allowed : %d\n", swap);
 690    }
 691
 692 if( nb == 32 )
 693    switch (swap) {
 694       case 0:
 695       case 1234:
 696          break;
 697
 698       case 4321:
 699          for(i=0;i<lgr;i++) {
 700             faible=  ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff;    /* 4321 */
 701             fort  =((unsigned long int*)im)[i]>>16;
 702             fort=  (fort>>8)   | (fort<<8);
 703             faible=(faible>>8) | (faible<<8);
 704             s32=faible;
 705             ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|fort;
 706          }
 707          break;
 708
 709       case 2143:
 710          for(i=0;i<lgr;i++) {
 711             faible=  ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff;    /* 2143 */
 712             fort=((unsigned long int*)im)[i]>>16;
 713             fort=  (fort>>8)   | (fort<<8);
 714             faible=(faible>>8) | (faible<<8);
 715             s32=fort;
 716             ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|faible;
 717          }
 718          break;
 719
 720       case 3412:
 721          for(i=0;i<lgr;i++) {
 722             faible=  ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff;    /* 3412 */
 723             fort=((unsigned long int*)im)[i]>>16;
 724             s32=faible;
 725             ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|fort;
 726          }
 727          break;
 728
 729       default:
 730          printf(" SWAP value (32 bits) not allowed : %d\n", swap);
 731    }
 732 return;
 733 }
 734
 735 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 736 /**
 737  * \ingroup   gdcmFile
 738  * \brief TODO JPR
 739  * \warning doit-etre etre publique ?
 740  * TODO : y a-t-il un inconvenient à fusioner ces 2 fonctions
 741  *
 742  * @param inData
 743  * @param ExpectedSize
 744  *
 745  * @return integer acts as a boolean
 746  */
 747 int gdcmFile::SetImageData(void * inData, size_t ExpectedSize) {
 748    SetImageDataSize(ExpectedSize);
 749    PixelData = inData;
 750    lgrTotale = ExpectedSize;
 751    return(1);
 752 }
 753
 754
 755 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 756 /**
 757  * \ingroup   gdcmFile
 758  * \brief Sets the Pixel Area size in the Header
 759  *        --> not-for-rats function
 760  *
 761  * \warning WARNING doit-etre etre publique ?
 762  * TODO : y aurait il un inconvenient à fusionner ces 2 fonctions
 763  *
 764  * @param ImageDataSize new Pixel Area Size
 765  *        warning : nothing else is checked
 766  */
 767
 768 void gdcmFile::SetImageDataSize(size_t ImageDataSize) {
 769    std::string content1;
 770    char car[20];
 771    // Assumes ElValue (0x7fe0, 0x0010) exists ...
 772    sprintf(car,"%d",ImageDataSize);
 773
 774    gdcmElValue*a = GetElValueByNumber(0x7fe0, 0x0010);
 775    a->SetLength(ImageDataSize);
 776
 777    ImageDataSize+=8;
 778    sprintf(car,"%d",ImageDataSize);
 779    content1=car;
 780    SetPubElValByNumber(content1, 0x7fe0, 0x0000);
 781 }
 782
 783
 784 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 785 /**
 786  * \ingroup   gdcmFile
 787  * \brief Ecrit sur disque les pixels d'UNE image
 788  *        Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
 789  *        Ca sera à l'utilisateur d'appeler son Reader correctement
 790  *        (Equivalent a IdImaWriteRawFile)
 791  *
 792  * @param fileName
 793  * @return
 794  */
 795
 796 int gdcmFile::WriteRawData (std::string fileName) {
 797    FILE * fp1;
 798    fp1 = fopen(fileName.c_str(),"wb");
 799    if (fp1 == NULL) {
 800       printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",fileName.c_str());
 801       return (0);
 802    }
 803    fwrite (PixelData,lgrTotale, 1, fp1);
 804    fclose (fp1);
 805    return(1);
 806 }
 807
 808 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 809 /**
 810  * \ingroup   gdcmFile
 811  * \brief Ecrit sur disque UNE image Dicom
 812  *        Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
 813  *         Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel
 814  *         (Equivalent a IdDcmWrite)
 815  *
 816  * @param fileName
 817  * @return int acts as a boolean
 818  */
 819
 820 int gdcmFile::WriteDcmImplVR (std::string fileName) {
 821    return WriteBase(fileName, ImplicitVR);
 822 }
 823
 824 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 825 /**
 826  * \ingroup   gdcmFile
 827  * \brief
 828  * @param  fileName
 829  * @return int acts as a boolean
 830  */
 831
 832 int gdcmFile::WriteDcmImplVR (const char* fileName) {
 833    return WriteDcmImplVR (std::string (fileName));
 834 }
 835
 836 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 837 /**
 838  * \ingroup   gdcmFile
 839  * \brief
 840  * @param  fileName
 841  * @return int acts as a boolean
 842  */
 843
 844 int gdcmFile::WriteDcmExplVR (std::string fileName) {
 845    return WriteBase(fileName, ExplicitVR);
 846 }
 847
 848 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 849 /**
 850  * \ingroup   gdcmFile
 851  * \brief  Ecrit au format ACR-NEMA sur disque l'entete et les pixels
 852  *        (a l'attention des logiciels cliniques
 853  *        qui ne prennent en entrée QUE des images ACR ...
 854  * \warning si un header DICOM est fourni en entree,
 855  *        les groupes < 0x0008 et les groupes impairs sont ignores)
 856  * \warning Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
 857  *        Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel
 858  *        (Equivalent a IdDcmWrite)
 859  *
 860  * @param fileName
 861  * @return int acts as a boolean
 862  */
 863
 864 int gdcmFile::WriteAcr (std::string fileName) {
 865    return WriteBase(fileName, ACR);
 866 }
 867
 868 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 869 /**
 870  * \ingroup   gdcmFile
 871  *
 872  * @param  FileName
 873  * @param  type
 874  *
 875  * @return int acts as a boolean
 876  */
 877 int gdcmFile::WriteBase (std::string FileName, FileType type) {
 878
 879    FILE * fp1;
 880    fp1 = fopen(FileName.c_str(),"wb");
 881    if (fp1 == NULL) {
 882       printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",FileName.c_str());
 883       return (0);
 884    }
 885
 886    if ( (type == ImplicitVR) || (type == ExplicitVR) ) {
 887       char * filePreamble;
 888       // writing Dicom File Preamble
 889       filePreamble=(char*)calloc(128,1);
 890       fwrite(filePreamble,128,1,fp1);
 891       fwrite("DICM",4,1,fp1);
 892    }
 893
 894    // --------------------------------------------------------------
 895    // Special Patch to allow gdcm to re-write ACR-LibIDO formated images
 896    //
 897    // if recognition code tells us we dealt with a LibIDO image
 898    // we reproduce on disk the switch between lineNumber and columnNumber
 899    // just before writting ...
 900
 901    std::string rows, columns;
 902    if ( filetype == ACR_LIBIDO){
 903          rows    = GetPubElValByNumber(0x0028, 0x0010);
 904          columns = GetPubElValByNumber(0x0028, 0x0011);
 905          SetPubElValByNumber(columns,  0x0028, 0x0010);
 906          SetPubElValByNumber(rows   ,  0x0028, 0x0011);
 907    }
 908    // ----------------- End of Special Patch ----------------
 909
 910    gdcmHeader::Write(fp1, type);
 911
 912    // --------------------------------------------------------------
 913    // Special Patch to allow gdcm to re-write ACR-LibIDO formated images
 914    //
 915    // ...and we restore the Header to be Dicom Compliant again
 916    // just after writting
 917
 918    if (filetype == ACR_LIBIDO){
 919          SetPubElValByNumber(rows   , 0x0028, 0x0010);
 920          SetPubElValByNumber(columns, 0x0028, 0x0011);
 921    }
 922    // ----------------- End of Special Patch ----------------
 923
 924    fwrite(PixelData, lgrTotale, 1, fp1);
 925    fclose (fp1);
 926    return(1);
 927 }