src/gdcmFile.cxx

   1 // gdcmFile.cxx
   2
   3 #include "gdcmFile.h"
   4 #include "gdcmUtil.h"
   5 #include "iddcmjpeg.h" // for the 'LibIDO' Jpeg LossLess
   6
   7 /////////////////////////////////////////////////////////////////
   8 /**
   9  * \ingroup   gdcmFile
  10  * \brief Constructor dedicated to writing a new DICOMV3 part10 compliant
  11  *        file (see SetFileName, SetDcmTag and Write)
  12  *        Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
  13  *        for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
  14  * \Note  the in-memory representation of all available tags found in
  15  *        the DICOM header is post-poned to first header information access.
  16  *        This avoid a double parsing of public part of the header when
  17  *        one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
  18  *        seen as a side effect).
  19  *
  20  * @param filename file to be opened for parsing
  21  *
  22  * @return
  23  */
  24
  25 gdcmFile::gdcmFile(std::string & filename)
  26         :gdcmHeader(filename.c_str())
  27 {
  28    SetPixelDataSizeFromHeader();
  29 }
  30
  31 gdcmFile::gdcmFile(const char * filename)
  32         :gdcmHeader(filename)
  33 {
  34    SetPixelDataSizeFromHeader();
  35 }
  36
  37 /**
  38  * \ingroup   gdcmFile
  39  * \brief     calcule la longueur (in bytes) A ALLOUER pour recevoir les
  40  *              pixels de l'image
  41  *              ou DES images dans le cas d'un multiframe
  42  *              ATTENTION : il ne s'agit PAS de la longueur du groupe des Pixels
  43  *              (dans le cas d'images compressees, elle n'a pas de sens).
  44  *
  45  * @return      longueur a allouer
  46  */
  47 void gdcmFile::SetPixelDataSizeFromHeader(void) {
  48    int nb;
  49    std::string str_nb;
  50
  51    str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
  52    if (str_nb == GDCM_UNFOUND ) {
  53       nb = 16;
  54    } else {
  55       nb = atoi(str_nb.c_str() );
  56       if (nb == 12) nb =16;
  57    }
  58    lgrTotale =  GetXSize() *  GetYSize() *  GetZSize() * (nb/8)* GetSamplesPerPixel();
  59
  60    std::string str_PhotometricInterpretation = gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0004);
  61    if (   str_PhotometricInterpretation == "PALETTE COLOR "
  62        || str_PhotometricInterpretation == "YBR_FULL") {   // --> some more to be added !!
  63       lgrTotale*=3;
  64    }
  65 }
  66    // see PS 3.3-2003 : C.7.6.3.2.1
  67    //
  68    //   MONOCHROME1
  69    //   MONOCHROME2
  70    //   PALETTE COLOR
  71    //   RGB
  72    //   HSV  (Retired)
  73    //   ARGB (Retired)
  74    //   CMYK (Retired)
  75    //   YBR_FULL
  76    //   YBR_FULL_422 (no LUT, no Palette)
  77    //   YBR_PARTIAL_422
  78    //   YBR_ICT
  79    //   YBR_RCT
  80
  81   // LUT's
  82   // ex : gdcm-US-ALOKA-16.dcm
  83   // 0028|1221 [OW]   [Segmented Red Palette Color Lookup Table Data]
  84   // 0028|1222 [OW]   [Segmented Green Palette Color Lookup Table Data]
  85   // 0028|1223 [OW]   [Segmented Blue Palette Color Lookup Table Data]
  86
  87   // ex : US-PAL-8-10x-echo.dcm, 8BitsRunLengthColor.dcm
  88   // 0028|1201 [OW]   [Red Palette Color Lookup Table Data]
  89   // 0028|1202 [OW]   [Green Palette Color Lookup Table Data]
  90   // 0028|1203 [OW]   [Blue Palette Color Lookup Table Data]
  91
  92   // ex  : OT-PAL-8-face.dcm
  93   // 0028|1201 [US]   [Red Palette Color Lookup Table Data]
  94   // 0028|1202 [US]   [Green Palette Color Lookup Table Data]
  95   // 0028|1203 [US]   [Blue Palette Color Lookup Table Data]
  96
  97
  98
  99 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 100 /**
 101  * \ingroup   gdcmFile
 102  * \brief     Returns the size (in bytes) of required memory to hold
 103  *            the pixel data represented in this file.
 104  * @return    The size of pixel data in bytes.
 105  */
 106
 107 size_t gdcmFile::GetImageDataSize(void) {
 108    return (lgrTotale);
 109 }
 110
 111
 112 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 113 /**
 114  * \ingroup gdcmFile
 115  * \brief   Read pixel data from disk (optionaly decompressing) into the
 116  *          caller specified memory location.
 117  * @param   destination where the pixel data should be stored.
 118  *
 119  */
 120 bool gdcmFile::ReadPixelData(void* destination) {
 121
 122    if ( !OpenFile())
 123       return false;
 124
 125     if ( fseek(fp, GetPixelOffset(), SEEK_SET) == -1 ) {
 126       CloseFile();
 127       return false;
 128    }
 129
 130 // -------------------------  Uncompressed File
 131
 132    if ( !IsDicomV3()                             ||
 133         IsImplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ||
 134         IsExplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ||
 135         IsExplicitVRBigEndianTransferSyntax()    ||
 136         IsDeflatedExplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ) {
 137
 138       size_t ItemRead = fread(destination, lgrTotale, 1, fp);
 139       if ( ItemRead != 1 ) {
 140          CloseFile();
 141          return false;
 142       } else {
 143          CloseFile();
 144          return true;
 145       }
 146    }
 147
 148  // ------------------------  Compressed File .
 149
 150       int nb;
 151       std::string str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
 152       if (str_nb == GDCM_UNFOUND ) {
 153          nb = 16;
 154       } else {
 155          nb = atoi(str_nb.c_str() );
 156          if (nb == 12) nb =16;
 157       }
 158       int nBytes= nb/8;
 159
 160       int taille = GetXSize() *  GetYSize()  * GetSamplesPerPixel();
 161
 162
 163   // ------------------------------- JPEG LossLess : call to Jpeg Libido
 164
 165    if (IsJPEGLossless() && GetZSize() == 1) {
 166
 167       int ln; //  Position on begining of Jpeg Pixels
 168       fseek(fp,4,SEEK_CUR);  // skipping (fffe,e000) : Basic Offset Table Item
 169       fread(&ln,4,1,fp);
 170       if(GetSwapCode())
 171          ln=SwapLong(ln);    // Item length
 172       fseek(fp,ln,SEEK_CUR); // skipping Basic Offset Table ('ln' bytes)
 173       fseek(fp,4,SEEK_CUR);  // skipping (fffe,e000) : First fragment Item Tag
 174       fread(&ln,4,1,fp);     // First fragment length (just to know)
 175       if(GetSwapCode())
 176          ln=SwapLong(ln);
 177
 178       ClbJpeg* jpg = _IdDcmJpegRead(fp); // TODO : find a 'full' one.
 179                                          // (We use the LibIDO one :-(
 180       if(jpg == NULL) {
 181          CloseFile();
 182          return false;
 183       }
 184       int * dataJpg = jpg->DataImg;
 185
 186       switch (nBytes) {
 187          case 1:
 188          {
 189             unsigned short *dest = (unsigned short *)destination;
 190             for (int i=0; i<taille; i++) {
 191                *((unsigned char *)dest+i) = *(dataJpg +i);
 192             }
 193          }
 194          break;
 195
 196          case 2:
 197          {
 198             unsigned short *dest = (unsigned short *)destination;
 199             for (int i=0; i<taille; i++) {
 200                *((unsigned short *)dest+i) = *(dataJpg +i);
 201             }
 202          }
 203          break;
 204      }
 205       _IdDcmJpegFree (jpg);
 206       return true;
 207    }
 208
 209   // ------------------------------- RLE
 210
 211       if (gdcmHeader::IsRLELossLessTransferSyntax()) {
 212             int res = (bool)gdcm_read_RLE_file (destination);
 213             return res;
 214       }
 215
 216   // ------------------------------- JPEG Lossy : call to IJG 6b
 217
 218       long fragmentBegining; // for ftell, fseek
 219       bool b = gdcmHeader::IsJPEG2000();
 220
 221       bool res;
 222       guint16 ItemTagGr,ItemTagEl;
 223       int ln;  //  Position on begining of Jpeg Pixels
 224
 225       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 226       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 227       if(GetSwapCode()) {
 228          ItemTagGr=SwapShort(ItemTagGr);
 229          ItemTagEl=SwapShort(ItemTagEl);
 230       }
 231       fread(&ln,4,1,fp);
 232       if(GetSwapCode())
 233          ln=SwapLong(ln);    // Basic Offset Table Item length
 234
 235       if (ln != 0) {
 236          // What is it used for ?!?
 237          char *BasicOffsetTableItemValue = (char *)malloc(ln+1);
 238          fread(BasicOffsetTableItemValue,ln,1,fp);
 239       }
 240
 241       // first Fragment initialisation
 242       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 243       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 244       if(GetSwapCode()) {
 245          ItemTagGr=SwapShort(ItemTagGr);
 246          ItemTagEl=SwapShort(ItemTagEl);
 247       }
 248
 249       // parsing fragments until Sequence Delim. Tag found
 250        //unsigned short *dest = (unsigned short *)destination;
 251
 252       while (  ( ItemTagGr == 0xfffe) && (ItemTagEl != 0xe0dd) ) {
 253          fread(&ln,4,1,fp);
 254          if(GetSwapCode())
 255             ln=SwapLong(ln);    // Fragment Item length
 256
 257          // FIXME : multi fragments
 258          fragmentBegining=ftell(fp);
 259
 260
 261          if (b)
 262             res = (bool)gdcm_read_JPEG2000_file (destination);  // Reading Fragment pixels
 263
 264          else if (IsJPEGLossless()) {
 265                   // ------------- call to LibIDO Jpeg for each Frame/fragment
 266
 267                   // Warning : Works only if there is one fragment per frame
 268                   //           (Or a single fragment for the multiframe file)
 269             ClbJpeg* jpg = _IdDcmJpegRead(fp); // TODO : find a 'full' one.
 270                                                // (We use the LibIDO one :-(
 271             if(jpg == NULL) {
 272                CloseFile();
 273                return false;
 274             }
 275             int * dataJpg = jpg->DataImg;
 276             unsigned short *dest = (unsigned short *)destination;
 277             switch (nBytes) {
 278                case 1:
 279                {
 280                   for (int i=0; i<taille; i++) {
 281                      *((unsigned char *)dest+i) = *(dataJpg +i);
 282                   }
 283                break;
 284                }
 285
 286                case 2:
 287                {
 288                   for (int i=0; i<taille; i++) {
 289                      *((unsigned short *)dest+i) = *(dataJpg +i);
 290                   }
 291                break;
 292                }
 293            }
 294            _IdDcmJpegFree (jpg);
 295
 296          } // ------------------------------------- endif (IsJPEGLossless())
 297
 298          else
 299             if  (GetBitsStored() == 8) {
 300                 res = (bool)gdcm_read_JPEG_file (destination);  // Reading Fragment pixels
 301             } else {
 302                 res = (bool)gdcm_read_JPEG_file12 (destination);// Reading Fragment pixels
 303             }
 304
 305          if (!res) break;
 306
 307          // FIXME : will work only when each fragment corresponds to a Frame :-(
 308
 309          destination = (char *)destination + taille * nBytes; // location in user's memory
 310                                                   // for next fragment (if any)
 311          // TODO : find a suitable file (multifragment/single Frame Jpeg file) to check
 312
 313          fseek(fp,fragmentBegining,SEEK_SET); // To be sure we start
 314          fseek(fp,ln,SEEK_CUR);               // at the begining of next fragment
 315
 316          ItemTagGr = ItemTagEl =0;
 317          fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 318          fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 319          if(GetSwapCode()) {
 320             ItemTagGr=SwapShort(ItemTagGr);
 321             ItemTagEl=SwapShort(ItemTagEl);
 322          }
 323
 324       //(char *) destination += taille * nBytes;
 325       //std::cout << "destination" << destination << std::endl;
 326       }
 327
 328       return res;
 329 }
 330
 331 /**
 332  * \ingroup gdcmFile
 333  * \brief   Allocates necessary memory, copies the pixel data
 334  *          (image[s]/volume[s]) to newly allocated zone.
 335  * @return  Pointer to newly allocated pixel data.
 336  * \        NULL if alloc fails
 337  */
 338 void * gdcmFile::GetImageData (void) {
 339    PixelData = (void *) malloc(lgrTotale);
 340    if (PixelData)
 341       GetImageDataIntoVector(PixelData, lgrTotale);
 342    return(PixelData);
 343 }
 344
 345 /**
 346  * \ingroup gdcmFile
 347  * \brief   Copies at most MaxSize bytes of pixel data to caller's
 348  *          memory space.
 349  * @param   destination Address (in caller's memory space) at which the
 350  *          pixel data should be copied
 351  * @param   MaxSize Maximum number of bytes to be copied. When MaxSize
 352  *          is not sufficient to hold the pixel data the copy is not
 353  *          executed (i.e. no partial copy).
 354  * @return  On success, the number of bytes actually copied. Zero on
 355  *          failure e.g. MaxSize is lower than necessary.
 356  */
 357
 358 size_t gdcmFile::GetImageDataIntoVector (void* destination, size_t MaxSize) {
 359
 360    int nb, nbu, highBit, signe;
 361    std::string str_nbFrames, str_nb, str_nbu, str_highBit, str_signe;
 362
 363    if ( lgrTotale > MaxSize ) {
 364       dbg.Verbose(0, "gdcmFile::GetImageDataIntoVector: pixel data bigger"
 365                      "than caller's expected MaxSize");
 366       return (size_t)0;
 367    }
 368
 369    (void)ReadPixelData(destination);
 370
 371         // Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel
 372    str_nb = GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
 373    if (str_nb == GDCM_UNFOUND ) {
 374       nb = 16;
 375    } else {
 376       nb = atoi(str_nb.c_str() );
 377    }
 378
 379         // Nombre de Bits Utilises
 380    str_nbu=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0101);
 381    if (str_nbu == GDCM_UNFOUND ) {
 382       nbu = nb;
 383    } else {
 384       nbu = atoi(str_nbu.c_str() );
 385    }
 386
 387         // Position du Bit de Poids Fort
 388    str_highBit=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0102);
 389    if (str_highBit == GDCM_UNFOUND ) {
 390       highBit = nb - 1;
 391    } else {
 392       highBit = atoi(str_highBit.c_str() );
 393    }
 394
 395         // Signe des Pixels
 396    str_signe=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0103);
 397    if (str_signe == GDCM_UNFOUND ) {
 398       signe = 1;
 399    } else {
 400       signe = atoi(str_signe.c_str() );
 401    }
 402
 403    // re arange bytes inside the integer
 404    if (nb != 8)
 405      SwapZone(destination, GetSwapCode(), lgrTotale, nb);
 406
 407    // re arange bits inside the bytes
 408    if (nbu != nb){
 409       int l = (int)lgrTotale / (nb/8);
 410       if (nb == 16) {
 411          guint16 mask = 0xffff;
 412          mask = mask >> (nb-nbu);
 413          guint16 *deb = (guint16 *)destination;
 414          for(int i = 0; i<l; i++) {
 415             *deb = (*deb >> (nbu-highBit-1)) & mask;
 416             deb ++;
 417          }
 418       } else if (nb == 32 ) {
 419          guint32 mask = 0xffffffff;
 420          mask = mask >> (nb-nbu);
 421          guint32 *deb = (guint32 *)destination;
 422          for(int i = 0; i<l; i++) {
 423             *deb = (*deb >> (nbu-highBit-1)) & mask;
 424             deb ++;
 425          }
 426       } else {
 427          dbg.Verbose(0, "gdcmFile::GetImageDataIntoVector: wierd image");
 428          return (size_t)0;
 429       }
 430    }
 431
 432    // *Try* to deal with the color
 433    // --------------------------
 434
 435    std::string str_PhotometricInterpretation = gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0004);
 436
 437    if ( (str_PhotometricInterpretation == "MONOCHROME1 ")
 438      || (str_PhotometricInterpretation == "MONOCHROME2 ")
 439      || (str_PhotometricInterpretation == "RGB")) {
 440       return lgrTotale;
 441    }
 442    int planConf=GetPlanarConfiguration();
 443
 444    if( str_PhotometricInterpretation!="PALETTE COLOR" && planConf == 0)
 445       planConf=2;  // Sorry, this is an heuristic
 446
 447    switch ( planConf) {
 448    case 0:
 449       //       Pixels are already RGB
 450       break;
 451
 452    case 1:
 453       //       need to make RGB Pixels from Planes R,G,B
 454       {
 455          int l = lgrTotale/3 ;
 456
 457          char * a = (char *)destination;
 458          char * b = a + l;
 459          char * c = b + l;
 460          char * newDest = (char*) malloc(lgrTotale);
 461          // TODO :
 462          // any trick not to have to allocate temporary buffer is welcome ...
 463          char *x = newDest;
 464          for (int j=0;j<l; j++) {
 465             *(x++) = *(a++);
 466             *(x++) = *(b++);
 467             *(x++) = *(c++);
 468          }
 469          memmove(destination,newDest,lgrTotale);
 470          free(newDest);
 471          // now, it's an RGB image
 472          std::string spp = "3";
 473          gdcmHeader::SetPubElValByNumber(spp,0x0028,0x0002);
 474          std::string rgb="RGB";
 475          gdcmHeader::SetPubElValByNumber(rgb,0x0028,0x0004);
 476          break;
 477       }
 478
 479     case 2:
 480       //       from Lut R + Lut G + Lut B
 481
 482       // we no longer use gdcmHeader::GetLUTRGB
 483       // since a lot of images have wrong info
 484       // in the Lookup Table Descriptors (0028,1101),...
 485       {
 486          unsigned char *lutR =(unsigned char *)GetPubElValVoidAreaByNumber(0x0028,0x1201);
 487          unsigned char *lutG =(unsigned char *)GetPubElValVoidAreaByNumber(0x0028,0x1202);
 488          unsigned char *lutB =(unsigned char *)GetPubElValVoidAreaByNumber(0x0028,0x1203);
 489
 490          if (lutR && lutG && lutB ) { // need to make RGB Pixels
 491                                       // from grey Pixels
 492                                       // and Lut R,Lut G,Lut B
 493             unsigned char * newDest = (unsigned char*) malloc(lgrTotale);
 494             int l = lgrTotale/3;
 495             memmove(newDest, destination, l);// move Gray pixels to temp area
 496
 497             unsigned char * x = newDest;
 498             unsigned char * a = (unsigned char *)destination;
 499             int j;
 500             for (int i=0;i<l; i++) {
 501                j=newDest[i]*2;  // Who can explain *why* we have to skip bytes
 502                *a++ = lutR[j];
 503                *a++ = lutG[j];
 504                *a++ = lutB[j];
 505             }
 506             free(newDest);
 507
 508             // now, it's an RGB image
 509            std::string spp = "3";
 510             gdcmHeader::SetPubElValByNumber(spp,0x0028,0x0002);
 511            std::string rgb="RGB";
 512            gdcmHeader::SetPubElValByNumber(rgb,0x0028,0x0004);
 513
 514          } else { // need to make RGB Pixels (?)
 515                // from grey Pixels (?!)
 516                // and Gray Lut  (!?!)
 517             unsigned char *lutGray =(unsigned char *)GetPubElValVoidAreaByNumber(0x0028,0x1200);
 518                  // Well . I'll wait till I find such an image
 519          }
 520          break;
 521       }
 522    }
 523
 524    return lgrTotale;
 525 }
 526
 527 //
 528 // Je laisse le code integral, au cas ça puisse etre reutilise ailleurs
 529 //
 530
 531 /**
 532  * \ingroup gdcmFile
 533  * \brief   Swap the bytes, according to swap code.
 534  * \warning not end user intended
 535  * @param   im area to deal with
 536  * @param   swap swap code
 537  * @param   lgr Area Length
 538  * @param   nb Pixels Bit number
 539  */
 540
 541 void gdcmFile::SwapZone(void* im, int swap, int lgr, int nb) {
 542 guint32 s32;
 543 guint16 fort,faible;
 544 int i;
 545
 546 if(nb == 16)
 547    switch(swap) {
 548       case 0:
 549       case 12:
 550       case 1234:
 551          break;
 552
 553       case 21:
 554       case 3412:
 555       case 2143:
 556       case 4321:
 557
 558          for(i=0;i<lgr;i++)
 559             ((unsigned short int*)im)[i]= ((((unsigned short int*)im)[i])>>8)
 560                                         | ((((unsigned short int*)im)[i])<<8);
 561          break;
 562
 563       default:
 564          printf("valeur de SWAP (16 bits) not allowed : %d\n", swap);
 565    }
 566
 567 if( nb == 32 )
 568    switch (swap) {
 569       case 0:
 570       case 1234:
 571          break;
 572
 573       case 4321:
 574          for(i=0;i<lgr;i++) {
 575             faible=  ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff;    /* 4321 */
 576             fort  =((unsigned long int*)im)[i]>>16;
 577             fort=  (fort>>8)   | (fort<<8);
 578             faible=(faible>>8) | (faible<<8);
 579             s32=faible;
 580             ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|fort;
 581          }
 582          break;
 583
 584       case 2143:
 585          for(i=0;i<lgr;i++) {
 586             faible=  ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff;    /* 2143 */
 587             fort=((unsigned long int*)im)[i]>>16;
 588             fort=  (fort>>8)   | (fort<<8);
 589             faible=(faible>>8) | (faible<<8);
 590             s32=fort;
 591             ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|faible;
 592          }
 593          break;
 594
 595       case 3412:
 596          for(i=0;i<lgr;i++) {
 597             faible=  ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff;    /* 3412 */
 598             fort=((unsigned long int*)im)[i]>>16;
 599             s32=faible;
 600             ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|fort;
 601          }
 602          break;
 603
 604       default:
 605          printf(" SWAP value (32 bits) not allowed : %d\n", swap);
 606    }
 607 return;
 608 }
 609
 610 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 611 /**
 612  * \ingroup   gdcmFile
 613  * \brief TODO JPR
 614  * \warning doit-etre etre publique ?
 615  * TODO : y a-t-il un inconvenient à fusioner ces 2 fonctions
 616  *
 617  * @param inData
 618  * @param ExpectedSize
 619  *
 620  * @return integer acts as a boolean
 621  */
 622 int gdcmFile::SetImageData(void * inData, size_t ExpectedSize) {
 623    SetImageDataSize(ExpectedSize);
 624    PixelData = inData;
 625    lgrTotale = ExpectedSize;
 626    return(1);
 627 }
 628
 629
 630 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 631 /**
 632  * \ingroup   gdcmFile
 633  * \brief Sets the Pixel Area size in the Header
 634  *        --> not-for-rats function
 635  *
 636  * \warning WARNING doit-etre etre publique ?
 637  * TODO : y aurait il un inconvenient à fusionner ces 2 fonctions
 638  *
 639  * @param ImageDataSize new Pixel Area Size
 640  *        warning : nothing else is checked
 641  */
 642
 643 void gdcmFile::SetImageDataSize(size_t ImageDataSize) {
 644    std::string content1;
 645    char car[20];
 646    // Assumes ElValue (0x7fe0, 0x0010) exists ...
 647    sprintf(car,"%d",ImageDataSize);
 648
 649    gdcmElValue*a = GetElValueByNumber(0x7fe0, 0x0010);
 650    a->SetLength(ImageDataSize);
 651
 652    ImageDataSize+=8;
 653    sprintf(car,"%d",ImageDataSize);
 654    content1=car;
 655    SetPubElValByNumber(content1, 0x7fe0, 0x0000);
 656 }
 657
 658
 659 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 660 /**
 661  * \ingroup   gdcmFile
 662  * \brief Ecrit sur disque les pixels d'UNE image
 663  *        Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
 664  *        Ca sera à l'utilisateur d'appeler son Reader correctement
 665  *        (Equivalent a IdImaWriteRawFile)
 666  *
 667  * @param fileName
 668  * @return
 669  */
 670
 671 int gdcmFile::WriteRawData (std::string fileName) {
 672    FILE * fp1;
 673    fp1 = fopen(fileName.c_str(),"wb");
 674    if (fp1 == NULL) {
 675       printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",fileName.c_str());
 676       return (0);
 677    }
 678    fwrite (PixelData,lgrTotale, 1, fp1);
 679    fclose (fp1);
 680    return(1);
 681 }
 682
 683 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 684 /**
 685  * \ingroup   gdcmFile
 686  * \brief Ecrit sur disque UNE image Dicom
 687  *        Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
 688  *         Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel
 689  *         (Equivalent a IdDcmWrite)
 690  *
 691  * @param fileName
 692  * @return int acts as a boolean
 693  */
 694
 695 int gdcmFile::WriteDcmImplVR (std::string fileName) {
 696    return WriteBase(fileName, ImplicitVR);
 697 }
 698
 699 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 700 /**
 701  * \ingroup   gdcmFile
 702  * \brief
 703  * @param  fileName
 704  * @return int acts as a boolean
 705  */
 706
 707 int gdcmFile::WriteDcmImplVR (const char* fileName) {
 708    return WriteDcmImplVR (std::string (fileName));
 709 }
 710
 711 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 712 /**
 713  * \ingroup   gdcmFile
 714  * \brief
 715  * @param  fileName
 716  * @return int acts as a boolean
 717  */
 718
 719 int gdcmFile::WriteDcmExplVR (std::string fileName) {
 720    return WriteBase(fileName, ExplicitVR);
 721 }
 722
 723 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 724 /**
 725  * \ingroup   gdcmFile
 726  * \brief  Ecrit au format ACR-NEMA sur disque l'entete et les pixels
 727  *        (a l'attention des logiciels cliniques
 728  *        qui ne prennent en entrée QUE des images ACR ...
 729  * \warning si un header DICOM est fourni en entree,
 730  *        les groupes < 0x0008 et les groupes impairs sont ignores)
 731  * \warning Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
 732  *        Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel
 733  *        (Equivalent a IdDcmWrite)
 734  *
 735  * @param fileName
 736  * @return int acts as a boolean
 737  */
 738
 739 int gdcmFile::WriteAcr (std::string fileName) {
 740    return WriteBase(fileName, ACR);
 741 }
 742
 743 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 744 /**
 745  * \ingroup   gdcmFile
 746  *
 747  * @param  FileName
 748  * @param  type
 749  *
 750  * @return int acts as a boolean
 751  */
 752 int gdcmFile::WriteBase (std::string FileName, FileType type) {
 753
 754    FILE * fp1;
 755    fp1 = fopen(FileName.c_str(),"wb");
 756    if (fp1 == NULL) {
 757       printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",FileName.c_str());
 758       return (0);
 759    }
 760
 761    if ( (type == ImplicitVR) || (type == ExplicitVR) ) {
 762       char * filePreamble;
 763       // writing Dicom File Preamble
 764       filePreamble=(char*)calloc(128,1);
 765       fwrite(filePreamble,128,1,fp1);
 766       fwrite("DICM",4,1,fp1);
 767    }
 768
 769    // --------------------------------------------------------------
 770    // Special Patch to allow gdcm to re-write ACR-LibIDO formated images
 771    //
 772    // if recognition code tells us we dealt with a LibIDO image
 773    // we reproduce on disk the switch between lineNumber and columnNumber
 774    // just before writting ...
 775
 776    std::string rows, columns;
 777    if ( filetype == ACR_LIBIDO){
 778          rows    = GetPubElValByNumber(0x0028, 0x0010);
 779          columns = GetPubElValByNumber(0x0028, 0x0011);
 780          SetPubElValByNumber(columns,  0x0028, 0x0010);
 781          SetPubElValByNumber(rows   ,  0x0028, 0x0011);
 782    }
 783    // ----------------- End of Special Patch ----------------
 784
 785    gdcmHeader::Write(fp1, type);
 786
 787    // --------------------------------------------------------------
 788    // Special Patch to allow gdcm to re-write ACR-LibIDO formated images
 789    //
 790    // ...and we restore the Header to be Dicom Compliant again
 791    // just after writting
 792
 793    if (filetype == ACR_LIBIDO){
 794          SetPubElValByNumber(rows   , 0x0028, 0x0010);
 795          SetPubElValByNumber(columns, 0x0028, 0x0011);
 796    }
 797    // ----------------- End of Special Patch ----------------
 798
 799    fwrite(PixelData, lgrTotale, 1, fp1);
 800    fclose (fp1);
 801    return(1);
 802 }