src/gdcmFile.cxx

   1 // gdcmFile.cxx
   2
   3 #include "gdcmFile.h"
   4 #include "gdcmUtil.h"
   5 #include "jpeg/ljpg/jpegless.h"
   6
   7 /////////////////////////////////////////////////////////////////
   8 /**
   9  * \ingroup   gdcmFile
  10  * \brief Constructor dedicated to writing a new DICOMV3 part10 compliant
  11  *        file (see SetFileName, SetDcmTag and Write)
  12  *        Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
  13  *        for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
  14  * \Note  the in-memory representation of all available tags found in
  15  *        the DICOM header is post-poned to first header information access.
  16  *        This avoid a double parsing of public part of the header when
  17  *        one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
  18  *        seen as a side effect).
  19  *
  20  * @param header file to be opened for reading datas
  21  *
  22  * @return
  23  */
  24
  25 gdcmFile::gdcmFile(gdcmHeader *header)
  26 {
  27    Header=header;
  28    SelfHeader=false;
  29
  30    if (Header->IsReadable())
  31       SetPixelDataSizeFromHeader();
  32 }
  33
  34 /////////////////////////////////////////////////////////////////
  35 /**
  36  * \ingroup   gdcmFile
  37  * \brief Constructor dedicated to writing a new DICOMV3 part10 compliant
  38  *        file (see SetFileName, SetDcmTag and Write)
  39  *        Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
  40  *        for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
  41  * \Note  the in-memory representation of all available tags found in
  42  *        the DICOM header is post-poned to first header information access.
  43  *        This avoid a double parsing of public part of the header when
  44  *        one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
  45  *        seen as a side effect).
  46  *
  47  * @param filename file to be opened for parsing
  48  *
  49  * @return
  50  */
  51 gdcmFile::gdcmFile(std::string & filename)
  52 {
  53    Header=new gdcmHeader(filename.c_str());
  54    SelfHeader=true;
  55
  56    if (Header->IsReadable())
  57       SetPixelDataSizeFromHeader();
  58 }
  59
  60 gdcmFile::gdcmFile(const char * filename)
  61 {
  62    Header=new gdcmHeader(filename);
  63    SelfHeader=true;
  64
  65    if (Header->IsReadable())
  66       SetPixelDataSizeFromHeader();
  67 }
  68
  69 /////////////////////////////////////////////////////////////////
  70 /**
  71  * \ingroup   gdcmFile
  72  * \brief Destructor dedicated to writing a new DICOMV3 part10 compliant
  73  *        file (see SetFileName, SetDcmTag and Write)
  74  *        Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
  75  *        for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
  76  * \Note  If the gdcmHeader is created by the gdcmFile, it is destroyed
  77  *        by the gdcmFile
  78  *
  79  * @param filename file to be opened for parsing
  80  *
  81  * @return
  82  */
  83 gdcmFile::~gdcmFile(void)
  84 {
  85    if(SelfHeader)
  86       delete Header;
  87    Header=NULL;
  88 }
  89
  90
  91 /**
  92  * \ingroup   gdcmFile
  93  * \brief
  94  * @return
  95  */
  96 gdcmHeader *gdcmFile::GetHeader(void)
  97 {
  98    return(Header);
  99 }
 100
 101 /**
 102  * \ingroup   gdcmFile
 103  * \brief     calcule la longueur (in bytes) A ALLOUER pour recevoir les
 104  *            pixels de l'image ou DES images dans le cas d'un multiframe
 105  *
 106  *          ATTENTION : il ne s'agit PAS de la longueur du groupe des Pixels
 107  *          (dans le cas d'images compressees, elle n'a pas de sens).
 108  *
 109  * @return      longueur a allouer
 110  */
 111 void gdcmFile::SetPixelDataSizeFromHeader(void) {
 112    int nb;
 113    std::string str_nb;
 114    str_nb=Header->GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
 115    if (str_nb == GDCM_UNFOUND ) {
 116       nb = 16;
 117    } else {
 118       nb = atoi(str_nb.c_str() );
 119       if (nb == 12) nb =16;
 120    }
 121    lgrTotale =  lgrTotaleRaw = Header->GetXSize() * Header->GetYSize()
 122               * Header->GetZSize() * (nb/8)* Header->GetSamplesPerPixel();
 123    std::string str_PhotometricInterpretation =
 124                              Header->GetPubElValByNumber(0x0028,0x0004);
 125
 126    /*if ( str_PhotometricInterpretation == "PALETTE COLOR " )*/
 127    // pb when undealt Segmented Palette Color
 128
 129     if (Header->HasLUT()) {
 130       lgrTotale*=3;
 131    }
 132 }
 133
 134    // see PS 3.3-2003 : C.7.6.3.2.1
 135    //
 136    //   MONOCHROME1
 137    //   MONOCHROME2
 138    //   PALETTE COLOR
 139    //   RGB
 140    //   HSV  (Retired)
 141    //   ARGB (Retired)
 142    //   CMYK (Retired)
 143    //   YBR_FULL
 144    //   YBR_FULL_422 (no LUT, no Palette)
 145    //   YBR_PARTIAL_422
 146    //   YBR_ICT
 147    //   YBR_RCT
 148
 149   // LUT's
 150   // ex : gdcm-US-ALOKA-16.dcm
 151   // 0028|1221 [OW]   [Segmented Red Palette Color Lookup Table Data]
 152   // 0028|1222 [OW]   [Segmented Green Palette Color Lookup Table Data]
 153   // 0028|1223 [OW]   [Segmented Blue Palette Color Lookup Table Data]
 154
 155   // ex  : OT-PAL-8-face.dcm
 156   // 0028|1201 [US]   [Red Palette Color Lookup Table Data]
 157   // 0028|1202 [US]   [Green Palette Color Lookup Table Data]
 158   // 0028|1203 [US]   [Blue Palette Color Lookup Table Data]
 159
 160
 161 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 162 /**
 163  * \ingroup   gdcmFile
 164  * \brief     Returns the size (in bytes) of required memory to hold
 165  * \          the pixel data represented in this file, when user DOESN'T want
 166  * \          to get RGB pixels image when it's stored as a PALETTE COLOR image
 167  * \          - the (vtk) user is supposed to know how deal with LUTs -
 168  * \          warning to be used with GetImagePixelsRaw()
 169  * @return    The size of pixel data in bytes.
 170  */
 171
 172 size_t gdcmFile::GetImageDataSizeRaw(void) {
 173    return (lgrTotaleRaw);
 174 }
 175
 176 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 177 /**
 178  * \ingroup   gdcmFile
 179  * \brief     Returns the size (in bytes) of required memory to hold
 180  *            the pixel data represented in this file.
 181  * @return    The size of pixel data in bytes.
 182  */
 183
 184 size_t gdcmFile::GetImageDataSize(void) {
 185    return (lgrTotale);
 186 }
 187
 188
 189 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 190 /**
 191  * \ingroup gdcmFile
 192  * \brief   Read pixel data from disk (optionaly decompressing) into the
 193  *          caller specified memory location.
 194  * @param   destination where the pixel data should be stored.
 195  *
 196  */
 197 bool gdcmFile::ReadPixelData(void* destination) {
 198
 199    FILE *fp;
 200
 201    if ( !(fp=Header->OpenFile()))
 202       return false;
 203
 204    if ( fseek(fp, Header->GetPixelOffset(), SEEK_SET) == -1 ) {
 205       Header->CloseFile();
 206       return false;
 207    }
 208
 209
 210    // ----------------------  Compacted File (12 Bits Per Pixel)
 211
 212    /* unpack 12 Bits pixels into 16 Bits pixels */
 213    /* 2 pixels 12bit =     [0xABCDEF]           */
 214    /* 2 pixels 16bit = [0x0ABD] + [0x0FCE]      */
 215
 216    if (Header->GetBitsAllocated()==12) {
 217       int nbPixels = Header->GetXSize() * Header->GetYSize();
 218       unsigned char b0, b1, b2;
 219
 220       unsigned short int* pdestination = (unsigned short int*)destination;
 221       for(int p=0;p<nbPixels;p+=2) {
 222          fread(&b0,1,1,fp);
 223          fread(&b1,1,1,fp);
 224          fread(&b2,1,1,fp);
 225          //Two steps is necessary to please VC++
 226          *pdestination++ =  ((b0 >> 4) << 8) + ((b0 & 0x0f) << 4) + (b1 & 0x0f);
 227                        /* A */          /* B */            /* D */
 228          *pdestination++ =  ((b2 & 0x0f) << 8) + ((b1 >> 4) << 4) + (b2 >> 4);
 229                        /* F */          /* C */            /* E */
 230
 231         // Troubles expected on Big-Endian processors ?
 232       }
 233       return(true);
 234    }
 235
 236    // ----------------------  Uncompressed File
 237
 238    if ( !Header->IsDicomV3()                             ||
 239         Header->IsImplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ||
 240         Header->IsExplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ||
 241         Header->IsExplicitVRBigEndianTransferSyntax()    ||
 242         Header->IsDeflatedExplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ) {
 243
 244       size_t ItemRead = fread(destination, Header->GetPixelAreaLength(), 1, fp);
 245
 246       if ( ItemRead != 1 ) {
 247          Header->CloseFile();
 248          return false;
 249       } else {
 250          Header->CloseFile();
 251          return true;
 252       }
 253    }
 254
 255    // ---------------------- Run Length Encoding
 256
 257    if (Header->IsRLELossLessTransferSyntax()) {
 258          bool res = (bool)gdcm_read_RLE_file (fp,destination);
 259          return res;
 260    }
 261
 262    // --------------- SingleFrame/Multiframe JPEG Lossless/Lossy/2000
 263
 264    int nb;
 265    std::string str_nb=Header->GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
 266    if (str_nb == GDCM_UNFOUND ) {
 267       nb = 16;
 268    } else {
 269       nb = atoi(str_nb.c_str() );
 270       if (nb == 12) nb =16;  // ?? 12 should be ACR-NEMA only ?
 271    }
 272
 273    int nBytes= nb/8;
 274
 275    int taille = Header->GetXSize() * Header->GetYSize()
 276                * Header->GetSamplesPerPixel();
 277    long fragmentBegining; // for ftell, fseek
 278
 279    bool jpg2000 =     Header->IsJPEG2000();
 280    bool jpgLossless = Header->IsJPEGLossless();
 281
 282    bool res = true;
 283    guint16 ItemTagGr,ItemTagEl;
 284    int ln;
 285
 286       //  Position on begining of Jpeg Pixels
 287
 288    fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 289    fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 290    if(Header->GetSwapCode()) {
 291       ItemTagGr=Header->SwapShort(ItemTagGr);
 292       ItemTagEl=Header->SwapShort(ItemTagEl);
 293    }
 294    fread(&ln,4,1,fp);
 295    if(Header->GetSwapCode())
 296       ln=Header->SwapLong(ln);    // Basic Offset Table Item length
 297
 298    if (ln != 0) {
 299       // What is it used for ?!?
 300       char *BasicOffsetTableItemValue = (char *)malloc(ln+1);
 301       fread(BasicOffsetTableItemValue,ln,1,fp);
 302    }
 303
 304    // first Fragment initialisation
 305    fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 306    fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 307    if(Header->GetSwapCode()) {
 308       ItemTagGr=Header->SwapShort(ItemTagGr);
 309       ItemTagEl=Header->SwapShort(ItemTagEl);
 310    }
 311
 312    // parsing fragments until Sequence Delim. Tag found
 313
 314    while (  ( ItemTagGr == 0xfffe) && (ItemTagEl != 0xe0dd) ) {
 315       // --- for each Fragment
 316
 317       fread(&ln,4,1,fp);
 318       if(Header->GetSwapCode())
 319          ln=Header->SwapLong(ln);    // Fragment Item length
 320
 321       fragmentBegining=ftell(fp);
 322
 323       if (jpg2000) {          // JPEG 2000 :    call to ???
 324
 325          res = (bool)gdcm_read_JPEG2000_file (fp,destination);  // Not Yet written
 326
 327       } // ------------------------------------- endif (JPEG2000)
 328
 329       else if (jpgLossless) { // JPEG LossLess : call to xmedcom JPEG
 330
 331          JPEGLosslessDecodeImage (fp,  // Reading Fragment pixels
 332                                      (unsigned short *)destination,
 333                                      Header->GetPixelSize()*8* Header->GetSamplesPerPixel(),
 334                                      ln);
 335          res=1; // in order not to break the loop
 336
 337       } // ------------------------------------- endif (JPEGLossless)
 338
 339       else {                   // JPEG Lossy : call to IJG 6b
 340
 341          if  (Header->GetBitsStored() == 8) {
 342             res = (bool)gdcm_read_JPEG_file (fp,destination);  // Reading Fragment pixels
 343          } else {
 344             res = (bool)gdcm_read_JPEG_file12 (fp,destination);// Reading Fragment pixels
 345          }
 346       }  // ------------------------------------- endif (JPEGLossy)
 347
 348       if (!res) break;
 349
 350       destination = (char *)destination + taille * nBytes; // location in user's memory
 351                                                            // for next fragment (if any)
 352
 353       fseek(fp,fragmentBegining,SEEK_SET); // To be sure we start
 354       fseek(fp,ln,SEEK_CUR);               // at the begining of next fragment
 355
 356       ItemTagGr = ItemTagEl =0;
 357       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 358       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 359       if(Header->GetSwapCode()) {
 360          ItemTagGr=Header->SwapShort(ItemTagGr);
 361          ItemTagEl=Header->SwapShort(ItemTagEl);
 362       }
 363
 364    }     // endWhile parsing fragments until Sequence Delim. Tag found
 365
 366    Header->CloseFile();
 367    return res;
 368 }
 369
 370 /**
 371  * \ingroup gdcmFile
 372  * \brief   Allocates necessary memory, copies the pixel data
 373  *          (image[s]/volume[s]) to newly allocated zone.
 374  *          Transforms YBR pixels into RGB pixels if any
 375             Transforms 3 planes R, G, B into a single RGB Plane
 376             Transforms single Grey plane + 3 Palettes into a RGB Plane
 377  * @return  Pointer to newly allocated pixel data.
 378  * \        NULL if alloc fails
 379  */
 380 void * gdcmFile::GetImageData (void) {
 381    PixelData = (void *) malloc(lgrTotale);
 382    if (PixelData)
 383       GetImageDataIntoVector(PixelData, lgrTotale);
 384    return(PixelData);
 385 }
 386
 387 /**
 388  * \ingroup gdcmFile
 389  * \brief   Allocates necessary memory, copies the pixel data
 390  *          (image[s]/volume[s]) to newly allocated zone.
 391  *          Transforms YBR pixels into RGB pixels if any
 392             Transforms 3 planes R, G, B into a single RGB Plane
 393             DOES NOT transform Grey plane + 3 Palettes into a RGB Plane
 394  * @return  Pointer to newly allocated pixel data.
 395  * \        NULL if alloc fails
 396  */
 397 void * gdcmFile::GetImageDataRaw (void) {
 398    if (Header->HasLUT())
 399       lgrTotale /= 3;  // TODO Let gdcmHeadar user a chance
 400                        // to get the right value
 401                        // Create a member lgrTotaleRaw ???
 402    PixelData = (void *) malloc(lgrTotale);
 403    if (PixelData)
 404       GetImageDataIntoVectorRaw(PixelData, lgrTotale);
 405    return(PixelData);
 406 }
 407
 408 /**
 409  * \ingroup gdcmFile
 410  * \brief   Copies at most MaxSize bytes of pixel data to caller's
 411  *          memory space.
 412  * \warning This function was designed to avoid people that want to build
 413  *          a volume from an image stack to need first to get the image pixels
 414  *          and then move them to the volume area.
 415  *          It's absolutely useless for any VTK user since vtk chooses
 416  *          to invert the lines of an image, that is the last line comes first
 417  *          (for some axis related reasons?). Hence he will have
 418  *          to load the image line by line, starting from the end.
 419  *          VTK users have to call GetImageData
 420  *
 421  * @param   destination Address (in caller's memory space) at which the
 422  *          pixel data should be copied
 423  * @param   MaxSize Maximum number of bytes to be copied. When MaxSize
 424  *          is not sufficient to hold the pixel data the copy is not
 425  *          executed (i.e. no partial copy).
 426  * @return  On success, the number of bytes actually copied. Zero on
 427  *          failure e.g. MaxSize is lower than necessary.
 428  */
 429
 430 size_t gdcmFile::GetImageDataIntoVector (void* destination, size_t MaxSize) {
 431
 432    size_t l = GetImageDataIntoVectorRaw (destination, MaxSize);
 433
 434    if (!Header->HasLUT())
 435       return lgrTotale;
 436
 437          //       from Lut R + Lut G + Lut B
 438
 439    unsigned char * newDest = (unsigned char *)malloc(lgrTotale);
 440    unsigned char * a       = (unsigned char *)destination;
 441    unsigned char * lutRGBA =                  Header->GetLUTRGBA();
 442    if (lutRGBA) {
 443       int l = lgrTotaleRaw;
 444       memmove(newDest, destination, l);// move Gray pixels to temp area
 445       int j;
 446       for (int i=0;i<l; i++) {         // Build RGB Pixels
 447          j=newDest[i]*4;
 448          *a++ = lutRGBA[j];
 449          *a++ = lutRGBA[j+1];
 450          *a++ = lutRGBA[j+2];
 451       }
 452       free(newDest);
 453
 454    // now, it's an RGB image
 455    // Lets's write it in the Header
 456
 457          // CreateOrReplaceIfExist ?
 458
 459    std::string spp = "3";        // Samples Per Pixel
 460    Header->SetPubElValByNumber(spp,0x0028,0x0002);
 461    std::string rgb= "RGB ";      // Photometric Interpretation
 462    Header->SetPubElValByNumber(rgb,0x0028,0x0004);
 463    std::string planConfig = "0"; // Planar Configuration
 464    Header->SetPubElValByNumber(planConfig,0x0028,0x0006);
 465
 466
 467    } else {
 468              // need to make RGB Pixels (?)
 469              //    from grey Pixels (?!)
 470              //     and Gray Lut  (!?!)
 471              //    or Segmented xxx Palette Color Lookup Table Data and so on
 472
 473              // Well . I'll wait till I find such an image
 474
 475                    // Oops! I get one (gdcm-US-ALOKA-16.dcm)
 476                    // No idea how to manage it
 477                    // It seems that *no Dicom Viewer* has any idea :-(
 478                    // Segmented xxx Palette Color are *more* than 65535 long ?!?
 479
 480       std::string rgb= "MONOCHROME1 ";      // Photometric Interpretation
 481       Header->SetPubElValByNumber(rgb,0x0028,0x0004);
 482
 483    }
 484
 485    // TODO : Drop Palette Color out of the Header?
 486    return lgrTotale;
 487 }
 488
 489
 490
 491 /**
 492  * \ingroup gdcmFile
 493  * \brief   Copies at most MaxSize bytes of pixel data to caller's
 494  *          memory space.
 495  * \warning This function was designed to avoid people that want to build
 496  *          a volume from an image stack to need first to get the image pixels
 497  *          and then move them to the volume area.
 498  *          It's absolutely useless for any VTK user since vtk chooses
 499  *          to invert the lines of an image, that is the last line comes first
 500  *          (for some axis related reasons?). Hence he will have
 501  *          to load the image line by line, starting from the end.
 502  *          VTK users hace to call GetImageData
 503   * \warning DOES NOT transform the Grey Plane + Palette Color (if any)
 504  *                   into a single RGB Pixels Plane
 505  *          the (VTK) user will manage the palettes
 506  *
 507  * @param   destination Address (in caller's memory space) at which the
 508  *          pixel data should be copied
 509  * @param   MaxSize Maximum number of bytes to be copied. When MaxSize
 510  *          is not sufficient to hold the pixel data the copy is not
 511  *          executed (i.e. no partial copy).
 512  * @return  On success, the number of bytes actually copied. Zero on
 513  *          failure e.g. MaxSize is lower than necessary.
 514  */
 515
 516 size_t gdcmFile::GetImageDataIntoVectorRaw (void* destination, size_t MaxSize) {
 517
 518    int nb, nbu, highBit, signe;
 519    std::string str_nbFrames, str_nb, str_nbu, str_highBit, str_signe;
 520
 521    if ( lgrTotale > MaxSize ) {
 522       dbg.Verbose(0, "gdcmFile::GetImageDataIntoVector: pixel data bigger"
 523                      "than caller's expected MaxSize");
 524       return (size_t)0;
 525    }
 526
 527    (void)ReadPixelData(destination);
 528
 529         // Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel
 530    str_nb = Header->GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
 531    if (str_nb == GDCM_UNFOUND ) {
 532       nb = 16;
 533    } else {
 534       nb = atoi(str_nb.c_str() );
 535    }
 536
 537         // Nombre de Bits Utilises
 538    str_nbu=Header->GetPubElValByNumber(0x0028,0x0101);
 539    if (str_nbu == GDCM_UNFOUND ) {
 540       nbu = nb;
 541    } else {
 542       nbu = atoi(str_nbu.c_str() );
 543    }
 544
 545         // Position du Bit de Poids Fort
 546    str_highBit=Header->GetPubElValByNumber(0x0028,0x0102);
 547    if (str_highBit == GDCM_UNFOUND ) {
 548       highBit = nb - 1;
 549    } else {
 550       highBit = atoi(str_highBit.c_str() );
 551    }
 552         // Pixel sign
 553         // 0 = Unsigned
 554         // 1 = Signed
 555    str_signe=Header->GetPubElValByNumber(0x0028,0x0103);
 556    if (str_signe == GDCM_UNFOUND ) {
 557       signe = 0;  // default is unsigned
 558    } else {
 559       signe = atoi(str_signe.c_str() );
 560    }
 561
 562    // re arange bytes inside the integer
 563    if (nb != 8)
 564      SwapZone(destination, Header->GetSwapCode(), lgrTotale, nb);
 565
 566    // to avoid pb with some xmedcon breakers images
 567    if (nb==16 && nbu<nb && signe==0) {
 568      int l = (int)lgrTotale / (nb/8);
 569      guint16 *deb = (guint16 *)destination;
 570      for(int i = 0; i<l; i++) {
 571         if(*deb == 0xffff)
 572            *deb=0;
 573            deb++;
 574          }
 575     }
 576
 577    // re arange bits inside the bytes
 578    if (nbu != nb){
 579       int l = (int)lgrTotale / (nb/8);
 580       if (nb == 16) {
 581          guint16 mask = 0xffff;
 582          mask = mask >> (nb-nbu);
 583          guint16 *deb = (guint16 *)destination;
 584          for(int i = 0; i<l; i++) {
 585             *deb = (*deb >> (nbu-highBit-1)) & mask;
 586             deb ++;
 587          }
 588       } else if (nb == 32 ) {
 589          guint32 mask = 0xffffffff;
 590          mask = mask >> (nb-nbu);
 591          guint32 *deb = (guint32 *)destination;
 592          for(int i = 0; i<l; i++) {
 593             *deb = (*deb >> (nbu-highBit-1)) & mask;
 594             deb ++;
 595          }
 596       } else {
 597          dbg.Verbose(0, "gdcmFile::GetImageDataIntoVector: wierd image");
 598          return (size_t)0;
 599       }
 600    }
 601
 602 // Just to 'see' what was actually read on disk :-(
 603 // Some troubles expected
 604 //   FILE * f2;
 605 //   f2 = fopen("SpuriousFile.raw","wb");
 606 //   fwrite(destination,lgrTotale,1,f2);
 607 //   fclose(f2);
 608
 609    // Deal with the color
 610    // -------------------
 611
 612        std::string str_PhotometricInterpretation =
 613                  Header->GetPubElValByNumber(0x0028,0x0004);
 614
 615       if ( (str_PhotometricInterpretation == "MONOCHROME1 ")
 616         || (str_PhotometricInterpretation == "MONOCHROME2 ") ) {
 617          return lgrTotale;
 618       }
 619
 620    // Planar configuration = 0 : Pixels are already RGB
 621    // Planar configuration = 1 : 3 planes : R, G, B
 622    // Planar configuration = 2 : 1 gray Plane + 3 LUT
 623
 624    // Well ... supposed to be !
 625    // See US-PAL-8-10x-echo.dcm: PlanarConfiguration=0,
 626    //                            PhotometricInterpretation=PALETTE COLOR
 627    // and heuristic has to be found :-(
 628
 629       int planConf=Header->GetPlanarConfiguration();  // 0028,0006
 630
 631       // Whatever Planar Configuration is,
 632       // "PALETTE COLOR " implies that we deal with the palette.
 633       if (str_PhotometricInterpretation == "PALETTE COLOR ")
 634          planConf=2;
 635
 636       switch (planConf) {
 637       case 0:
 638          //       Pixels are already RGB
 639          break;
 640
 641       case 1:
 642
 643          {
 644          if (str_PhotometricInterpretation == "YBR_FULL") {
 645
 646          // Warning : YBR_FULL_422 acts as RGB
 647          //         : we need to make RGB Pixels from Planes Y,cB,cR
 648          // see http://lestourtereaux.free.fr/papers/data/yuvrgb.pdf
 649          // for code optimisation
 650
 651          // to see the tricks about YBR_FULL, YBR_FULL_422,
 652          // YBR_PARTIAL_422, YBR_ICT, YBR_RCT have a look at :
 653          //   ftp://medical.nema.org/medical/dicom/final/sup61_ft.pdf
 654          // and be *very* affraid
 655          //
 656             int l = Header->GetXSize()*Header->GetYSize();
 657             int nbFrames = Header->GetZSize();
 658
 659             unsigned char * newDest = (unsigned char*) malloc(lgrTotale);
 660             unsigned char *x  = newDest;
 661             unsigned char * a = (unsigned char *)destination;
 662             unsigned char * b = a + l;
 663             unsigned char * c = b + l;
 664
 665             double R,G,B;
 666
 667             // TODO : Replace by the 'well known'
 668             //        integer computation counterpart
 669             for (int i=0;i<nbFrames;i++) {
 670                for (int j=0;j<l; j++) {
 671                   R= 1.164 *(*a-16) + 1.596 *(*c -128) + 0.5;
 672                   G= 1.164 *(*a-16) - 0.813 *(*c -128) - 0.392 *(*b -128) + 0.5;
 673                   B= 1.164 *(*a-16) + 2.017 *(*b -128) + 0.5;
 674
 675                   if (R<0.0)   R=0.0;
 676                   if (G<0.0)   G=0.0;
 677                   if (B<0.0)   B=0.0;
 678                   if (R>255.0) R=255.0;
 679                   if (G>255.0) G=255.0;
 680                   if (B>255.0) B=255.0;
 681
 682                   *(x++) = (unsigned char)R;
 683                   *(x++) = (unsigned char)G;
 684                   *(x++) = (unsigned char)B;
 685                   a++; b++; c++;
 686                }
 687            }
 688             memmove(destination,newDest,lgrTotale);
 689             free(newDest);
 690
 691         } else {
 692
 693          //       need to make RGB Pixels from R,G,B Planes
 694          //       (all the Frames at a time)
 695
 696             int l = Header->GetXSize()*Header->GetYSize()*Header->GetZSize();
 697
 698             char * newDest = (char*) malloc(lgrTotale);
 699             char * x = newDest;
 700             char * a = (char *)destination;
 701             char * b = a + l;
 702             char * c = b + l;
 703
 704             for (int j=0;j<l; j++) {
 705                *(x++) = *(a++);
 706                *(x++) = *(b++);
 707                *(x++) = *(c++);
 708             }
 709
 710             memmove(destination,newDest,lgrTotale);
 711             free(newDest);
 712         }
 713
 714          break;
 715        }
 716
 717        case 2:
 718          //       Palettes were found
 719          //       Let the user deal with them !
 720           return lgrTotale;
 721    }
 722             // now, it's an RGB image
 723             // Lets's write it in the Header
 724
 725          // CreateOrReplaceIfExist ?
 726
 727
 728
 729    std::string spp = "3";        // Samples Per Pixel
 730    Header->SetPubElValByNumber(spp,0x0028,0x0002);
 731    std::string rgb="RGB ";   // Photometric Interpretation
 732    Header->SetPubElValByNumber(rgb,0x0028,0x0004);
 733
 734    std::string planConfig = "0"; // Planar Configuration
 735    Header->SetPubElValByNumber(planConfig,0x0028,0x0006);
 736
 737          // TODO : Drop Palette Color out of the Header?
 738
 739    return lgrTotale;
 740 }
 741
 742
 743
 744 /**
 745  * \ingroup gdcmFile
 746  * \brief   Swap the bytes, according to swap code.
 747  * \warning not end user intended
 748  * @param   im area to deal with
 749  * @param   swap swap code
 750  * @param   lgr Area Length
 751  * @param   nb Pixels Bit number
 752  */
 753
 754 void gdcmFile::SwapZone(void* im, int swap, int lgr, int nb) {
 755 guint32 s32;
 756 guint16 fort,faible;
 757 int i;
 758
 759 if(nb == 16)
 760    switch(swap) {
 761       case 0:
 762       case 12:
 763       case 1234:
 764          break;
 765
 766       case 21:
 767       case 3412:
 768       case 2143:
 769       case 4321:
 770
 771          for(i=0;i<lgr;i++)
 772             ((unsigned short int*)im)[i]= ((((unsigned short int*)im)[i])>>8)
 773                                         | ((((unsigned short int*)im)[i])<<8);
 774          break;
 775
 776       default:
 777          printf("valeur de SWAP (16 bits) not allowed : %d\n", swap);
 778    }
 779
 780 if( nb == 32 )
 781    switch (swap) {
 782       case 0:
 783       case 1234:
 784          break;
 785
 786       case 4321:
 787          for(i=0;i<lgr;i++) {
 788             faible=  ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff;    /* 4321 */
 789             fort  =((unsigned long int*)im)[i]>>16;
 790             fort=  (fort>>8)   | (fort<<8);
 791             faible=(faible>>8) | (faible<<8);
 792             s32=faible;
 793             ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|fort;
 794          }
 795          break;
 796
 797       case 2143:
 798          for(i=0;i<lgr;i++) {
 799             faible=  ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff;    /* 2143 */
 800             fort=((unsigned long int*)im)[i]>>16;
 801             fort=  (fort>>8)   | (fort<<8);
 802             faible=(faible>>8) | (faible<<8);
 803             s32=fort;
 804             ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|faible;
 805          }
 806          break;
 807
 808       case 3412:
 809          for(i=0;i<lgr;i++) {
 810             faible=  ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff;    /* 3412 */
 811             fort=((unsigned long int*)im)[i]>>16;
 812             s32=faible;
 813             ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|fort;
 814          }
 815          break;
 816
 817       default:
 818          printf(" SWAP value (32 bits) not allowed : %d\n", swap);
 819    }
 820 return;
 821 }
 822
 823 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 824 /**
 825  * \ingroup   gdcmFile
 826  * \brief TODO JPR
 827  * \warning doit-etre etre publique ?
 828  * TODO : y a-t-il un inconvenient à fusioner ces 2 fonctions
 829  *
 830  * @param inData
 831  * @param ExpectedSize
 832  *
 833  * @return integer acts as a boolean
 834  */
 835 int gdcmFile::SetImageData(void * inData, size_t ExpectedSize) {
 836    Header->SetImageDataSize(ExpectedSize);
 837    PixelData = inData;
 838    lgrTotale = ExpectedSize;
 839    return(1);
 840 }
 841
 842
 843 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 844 /**
 845  * \ingroup   gdcmFile
 846  * \brief Ecrit sur disque les pixels d'UNE image
 847  *        Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
 848  *        Ca sera à l'utilisateur d'appeler son Reader correctement
 849  *        (Equivalent a IdImaWriteRawFile)
 850  *
 851  * @param fileName
 852  * @return
 853  */
 854
 855 int gdcmFile::WriteRawData (std::string fileName) {
 856    FILE * fp1;
 857    fp1 = fopen(fileName.c_str(),"wb");
 858    if (fp1 == NULL) {
 859       printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",fileName.c_str());
 860       return (0);
 861    }
 862    fwrite (PixelData,lgrTotale, 1, fp1);
 863    fclose (fp1);
 864    return(1);
 865 }
 866
 867 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 868 /**
 869  * \ingroup   gdcmFile
 870  * \brief Ecrit sur disque UNE image Dicom
 871  *        Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
 872  *         Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel
 873  *         (Equivalent a IdDcmWrite)
 874  *
 875  * @param fileName
 876  * @return int acts as a boolean
 877  */
 878
 879 int gdcmFile::WriteDcmImplVR (std::string fileName) {
 880    return WriteBase(fileName, ImplicitVR);
 881 }
 882
 883 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 884 /**
 885  * \ingroup   gdcmFile
 886  * \brief
 887  * @param  fileName
 888  * @return int acts as a boolean
 889  */
 890
 891 int gdcmFile::WriteDcmImplVR (const char* fileName) {
 892    return WriteDcmImplVR (std::string (fileName));
 893 }
 894
 895 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 896 /**
 897  * \ingroup   gdcmFile
 898  * \brief
 899  * @param  fileName
 900  * @return int acts as a boolean
 901  */
 902
 903 int gdcmFile::WriteDcmExplVR (std::string fileName) {
 904    return WriteBase(fileName, ExplicitVR);
 905 }
 906
 907 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 908 /**
 909  * \ingroup   gdcmFile
 910  * \brief  Ecrit au format ACR-NEMA sur disque l'entete et les pixels
 911  *        (a l'attention des logiciels cliniques
 912  *        qui ne prennent en entrée QUE des images ACR ...
 913  * \warning si un header DICOM est fourni en entree,
 914  *        les groupes < 0x0008 et les groupes impairs sont ignores)
 915  * \warning Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
 916  *        Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel
 917  *        (Equivalent a IdDcmWrite)
 918  *
 919  * @param fileName
 920  * @return int acts as a boolean
 921  */
 922
 923 int gdcmFile::WriteAcr (std::string fileName) {
 924    return WriteBase(fileName, ACR);
 925 }
 926
 927 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 928 /**
 929  * \ingroup   gdcmFile
 930  *
 931  * @param  FileName
 932  * @param  type
 933  *
 934  * @return int acts as a boolean
 935  */
 936 int gdcmFile::WriteBase (std::string FileName, FileType type) {
 937
 938    FILE * fp1;
 939    fp1 = fopen(FileName.c_str(),"wb");
 940    if (fp1 == NULL) {
 941       printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",FileName.c_str());
 942       return (0);
 943    }
 944
 945    if ( (type == ImplicitVR) || (type == ExplicitVR) ) {
 946       char * filePreamble;
 947       // writing Dicom File Preamble
 948       filePreamble=(char*)calloc(128,1);
 949       fwrite(filePreamble,128,1,fp1);
 950       fwrite("DICM",4,1,fp1);
 951    }
 952
 953    // --------------------------------------------------------------
 954    // Special Patch to allow gdcm to re-write ACR-LibIDO formated images
 955    //
 956    // if recognition code tells us we dealt with a LibIDO image
 957    // we reproduce on disk the switch between lineNumber and columnNumber
 958    // just before writting ...
 959
 960    std::string rows, columns;
 961    if ( Header->GetFileType() == ACR_LIBIDO){
 962          rows    = Header->GetPubElValByNumber(0x0028, 0x0010);
 963          columns = Header->GetPubElValByNumber(0x0028, 0x0011);
 964          Header->SetPubElValByNumber(columns,  0x0028, 0x0010);
 965          Header->SetPubElValByNumber(rows   ,  0x0028, 0x0011);
 966    }
 967    // ----------------- End of Special Patch ----------------
 968
 969    Header->Write(fp1, type);
 970
 971    // --------------------------------------------------------------
 972    // Special Patch to allow gdcm to re-write ACR-LibIDO formated images
 973    //
 974    // ...and we restore the Header to be Dicom Compliant again
 975    // just after writting
 976
 977    if (Header->GetFileType() == ACR_LIBIDO){
 978          Header->SetPubElValByNumber(rows   , 0x0028, 0x0010);
 979          Header->SetPubElValByNumber(columns, 0x0028, 0x0011);
 980    }
 981    // ----------------- End of Special Patch ----------------
 982
 983    fwrite(PixelData, lgrTotale, 1, fp1);
 984    fclose (fp1);
 985    return(1);
 986 }