src/gdcmFile.cxx

   1 // gdcmFile.cxx
   2
   3 #include "gdcmFile.h"
   4 #include "gdcmUtil.h"
   5 #include "iddcmjpeg.h" // for the 'LibIDO' Jpeg LossLess
   6 #include "jpeg/ljpg/jpegless.h"
   7
   8 /////////////////////////////////////////////////////////////////
   9 /**
  10  * \ingroup   gdcmFile
  11  * \brief Constructor dedicated to writing a new DICOMV3 part10 compliant
  12  *        file (see SetFileName, SetDcmTag and Write)
  13  *        Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
  14  *        for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
  15  * \Note  the in-memory representation of all available tags found in
  16  *        the DICOM header is post-poned to first header information access.
  17  *        This avoid a double parsing of public part of the header when
  18  *        one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
  19  *        seen as a side effect).
  20  *
  21  * @param filename file to be opened for parsing
  22  *
  23  * @return
  24  */
  25
  26 gdcmFile::gdcmFile(std::string & filename)
  27         :gdcmHeader(filename.c_str())
  28 {
  29       if (IsReadable())
  30          SetPixelDataSizeFromHeader();
  31 }
  32
  33 gdcmFile::gdcmFile(const char * filename)
  34         :gdcmHeader(filename)
  35 {
  36    if (IsReadable())
  37       SetPixelDataSizeFromHeader();
  38 }
  39
  40 /**
  41  * \ingroup   gdcmFile
  42  * \brief     calcule la longueur (in bytes) A ALLOUER pour recevoir les
  43  *              pixels de l'image
  44  *              ou DES images dans le cas d'un multiframe
  45  *              ATTENTION : il ne s'agit PAS de la longueur du groupe des Pixels
  46  *              (dans le cas d'images compressees, elle n'a pas de sens).
  47  *
  48  * @return      longueur a allouer
  49  */
  50 void gdcmFile::SetPixelDataSizeFromHeader(void) {
  51    int nb;
  52    std::string str_nb;
  53
  54    str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
  55    if (str_nb == GDCM_UNFOUND ) {
  56       nb = 16;
  57    } else {
  58       nb = atoi(str_nb.c_str() );
  59       if (nb == 12) nb =16;
  60    }
  61    lgrTotale =  GetXSize() *  GetYSize() *  GetZSize() * (nb/8)* GetSamplesPerPixel();
  62    std::string str_PhotometricInterpretation = gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0004);
  63    if ( str_PhotometricInterpretation == "PALETTE COLOR " ) {
  64       lgrTotale*=3;
  65    }
  66 }
  67    // see PS 3.3-2003 : C.7.6.3.2.1
  68    //
  69    //   MONOCHROME1
  70    //   MONOCHROME2
  71    //   PALETTE COLOR
  72    //   RGB
  73    //   HSV  (Retired)
  74    //   ARGB (Retired)
  75    //   CMYK (Retired)
  76    //   YBR_FULL
  77    //   YBR_FULL_422 (no LUT, no Palette)
  78    //   YBR_PARTIAL_422
  79    //   YBR_ICT
  80    //   YBR_RCT
  81
  82   // LUT's
  83   // ex : gdcm-US-ALOKA-16.dcm
  84   // 0028|1221 [OW]   [Segmented Red Palette Color Lookup Table Data]
  85   // 0028|1222 [OW]   [Segmented Green Palette Color Lookup Table Data]
  86   // 0028|1223 [OW]   [Segmented Blue Palette Color Lookup Table Data]
  87
  88   // ex : US-PAL-8-10x-echo.dcm, 8BitsRunLengthColor.dcm
  89   // 0028|1201 [OW]   [Red Palette Color Lookup Table Data]
  90   // 0028|1202 [OW]   [Green Palette Color Lookup Table Data]
  91   // 0028|1203 [OW]   [Blue Palette Color Lookup Table Data]
  92
  93   // ex  : OT-PAL-8-face.dcm
  94   // 0028|1201 [US]   [Red Palette Color Lookup Table Data]
  95   // 0028|1202 [US]   [Green Palette Color Lookup Table Data]
  96   // 0028|1203 [US]   [Blue Palette Color Lookup Table Data]
  97
  98
  99 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 100 /**
 101  * \ingroup   gdcmFile
 102  * \brief     Returns the size (in bytes) of required memory to hold
 103  *            the pixel data represented in this file.
 104  * @return    The size of pixel data in bytes.
 105  */
 106
 107 size_t gdcmFile::GetImageDataSize(void) {
 108    return (lgrTotale);
 109 }
 110
 111
 112 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 113 /**
 114  * \ingroup gdcmFile
 115  * \brief   Read pixel data from disk (optionaly decompressing) into the
 116  *          caller specified memory location.
 117  * @param   destination where the pixel data should be stored.
 118  *
 119  */
 120 bool gdcmFile::ReadPixelData(void* destination) {
 121
 122    if ( !OpenFile())
 123       return false;
 124
 125     if ( fseek(fp, GetPixelOffset(), SEEK_SET) == -1 ) {
 126       CloseFile();
 127       return false;
 128    }
 129
 130 // -------------------------  Compacted File (12 Bits Per Pixel)
 131
 132    /* unpack 12 Bits pixels into 16 Bits pixels */
 133    /* 2 pixels 12bit =     [0xABCDEF]           */
 134    /* 2 pixels 16bit = [0x0ABD] + [0x0FCE]      */
 135
 136    if (GetBitsAllocated()==12) {
 137       int nbPixels = GetXSize()*GetYSize();
 138       unsigned char b0, b1, b2;
 139
 140       for(int p=0;p<nbPixels;p+=2) {
 141          fread(&b0,1,1,fp);
 142          fread(&b1,1,1,fp);
 143          fread(&b2,1,1,fp);
 144          *((unsigned short int*)destination)++ =
 145                     ((b0 >> 4) << 8) + ((b0 & 0x0f) << 4) + (b1 & 0x0f);
 146                        /* A */          /* B */            /* D */
 147          *((unsigned short int*)destination)++ =
 148                     ((b2 & 0x0f) << 8) + ((b1 >> 4) << 4) + (b2 >> 4);
 149                        /* F */          /* C */            /* E */
 150
 151         // Troubles expected on Big-Endian processors ?
 152       }
 153       return(true);
 154    }
 155
 156
 157 // -------------------------  Uncompressed File
 158
 159    if ( !IsDicomV3()                             ||
 160         IsImplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ||
 161         IsExplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ||
 162         IsExplicitVRBigEndianTransferSyntax()    ||
 163         IsDeflatedExplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ) {
 164
 165       size_t ItemRead = fread(destination, lgrTotale, 1, fp);
 166       if ( ItemRead != 1 ) {
 167          CloseFile();
 168          return false;
 169       } else {
 170          CloseFile();
 171          return true;
 172       }
 173    }
 174
 175
 176 // ------------------------- Run Length Encoding
 177
 178       if (gdcmHeader::IsRLELossLessTransferSyntax()) {
 179             int res = (bool)gdcm_read_RLE_file (destination);
 180             return res;
 181       }
 182
 183
 184
 185 // ----------------- SingleFrame/Multiframe JPEG Lossless/Lossy/2000
 186
 187       int nb;
 188       std::string str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
 189       if (str_nb == GDCM_UNFOUND ) {
 190          nb = 16;
 191       } else {
 192          nb = atoi(str_nb.c_str() );
 193          if (nb == 12) nb =16;  // ?? 12 should be ACR-NEMA only ?
 194       }
 195       int nBytes= nb/8;
 196
 197       int taille = GetXSize() *  GetYSize()  * GetSamplesPerPixel();
 198       long fragmentBegining; // for ftell, fseek
 199
 200       bool jpg2000 =     IsJPEG2000();
 201       bool jpgLossless = IsJPEGLossless();
 202
 203       bool res = true;
 204       guint16 ItemTagGr,ItemTagEl;
 205       int ln;
 206
 207          //  Position on begining of Jpeg Pixels
 208
 209       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 210       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 211       if(GetSwapCode()) {
 212          ItemTagGr=SwapShort(ItemTagGr);
 213          ItemTagEl=SwapShort(ItemTagEl);
 214       }
 215       fread(&ln,4,1,fp);
 216       if(GetSwapCode())
 217          ln=SwapLong(ln);    // Basic Offset Table Item length
 218
 219       if (ln != 0) {
 220          // What is it used for ?!?
 221          char *BasicOffsetTableItemValue = (char *)malloc(ln+1);
 222          fread(BasicOffsetTableItemValue,ln,1,fp);
 223       }
 224
 225       // first Fragment initialisation
 226       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 227       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 228       if(GetSwapCode()) {
 229          ItemTagGr=SwapShort(ItemTagGr);
 230          ItemTagEl=SwapShort(ItemTagEl);
 231       }
 232
 233       // parsing fragments until Sequence Delim. Tag found
 234
 235       while (  ( ItemTagGr == 0xfffe) && (ItemTagEl != 0xe0dd) ) {
 236
 237                         // --- for each Fragment
 238
 239          fread(&ln,4,1,fp);
 240          if(GetSwapCode())
 241             ln=SwapLong(ln);    // Fragment Item length
 242
 243          fragmentBegining=ftell(fp);
 244
 245          if (jpg2000) {          // JPEG 2000 :    call to ???
 246
 247             res = (bool)gdcm_read_JPEG2000_file (destination);  // Not Yet written
 248
 249          } // ------------------------------------- endif (JPEG2000)
 250
 251          else if (jpgLossless) { // JPEG LossLess : call to xmedcom JPEG
 252
 253             JPEGLosslessDecodeImage (fp,                         // Reading Fragment pixels
 254                                      (unsigned short *)destination,
 255                                      GetPixelSize()*8* GetSamplesPerPixel(),
 256                                      ln);
 257             res=1; // in order not to break the loop
 258
 259          } // ------------------------------------- endif (JPEGLossless)
 260
 261          else {                   // JPEG Lossy : call to IJG 6b
 262
 263             if  (GetBitsStored() == 8) {
 264                 res = (bool)gdcm_read_JPEG_file (destination);  // Reading Fragment pixels
 265             } else {
 266                 res = (bool)gdcm_read_JPEG_file12 (destination);// Reading Fragment pixels
 267             }
 268          }  // ------------------------------------- endif (JPEGLossy)
 269
 270          if (!res) break;
 271
 272          destination = (char *)destination + taille * nBytes; // location in user's memory
 273                                                               // for next fragment (if any)
 274
 275          fseek(fp,fragmentBegining,SEEK_SET); // To be sure we start
 276          fseek(fp,ln,SEEK_CUR);               // at the begining of next fragment
 277
 278          ItemTagGr = ItemTagEl =0;
 279          fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 280          fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 281          if(GetSwapCode()) {
 282             ItemTagGr=SwapShort(ItemTagGr);
 283             ItemTagEl=SwapShort(ItemTagEl);
 284          }
 285
 286       }     // endWhile parsing fragments until Sequence Delim. Tag found
 287
 288       return res;
 289 }
 290
 291 /**
 292  * \ingroup gdcmFile
 293  * \brief   Allocates necessary memory, copies the pixel data
 294  *          (image[s]/volume[s]) to newly allocated zone.
 295  * @return  Pointer to newly allocated pixel data.
 296  * \        NULL if alloc fails
 297  */
 298 void * gdcmFile::GetImageData (void) {
 299    PixelData = (void *) malloc(lgrTotale);
 300    if (PixelData)
 301       GetImageDataIntoVector(PixelData, lgrTotale);
 302    return(PixelData);
 303 }
 304
 305 /**
 306  * \ingroup gdcmFile
 307  * \brief   Copies at most MaxSize bytes of pixel data to caller's
 308  *          memory space.
 309  * @param   destination Address (in caller's memory space) at which the
 310  *          pixel data should be copied
 311  * @param   MaxSize Maximum number of bytes to be copied. When MaxSize
 312  *          is not sufficient to hold the pixel data the copy is not
 313  *          executed (i.e. no partial copy).
 314  * @return  On success, the number of bytes actually copied. Zero on
 315  *          failure e.g. MaxSize is lower than necessary.
 316  */
 317
 318 size_t gdcmFile::GetImageDataIntoVector (void* destination, size_t MaxSize) {
 319
 320    int nb, nbu, highBit, signe;
 321    std::string str_nbFrames, str_nb, str_nbu, str_highBit, str_signe;
 322
 323    if ( lgrTotale > MaxSize ) {
 324       dbg.Verbose(0, "gdcmFile::GetImageDataIntoVector: pixel data bigger"
 325                      "than caller's expected MaxSize");
 326       return (size_t)0;
 327    }
 328
 329    (void)ReadPixelData(destination);
 330
 331         // Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel
 332    str_nb = GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
 333    if (str_nb == GDCM_UNFOUND ) {
 334       nb = 16;
 335    } else {
 336       nb = atoi(str_nb.c_str() );
 337    }
 338
 339         // Nombre de Bits Utilises
 340    str_nbu=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0101);
 341    if (str_nbu == GDCM_UNFOUND ) {
 342       nbu = nb;
 343    } else {
 344       nbu = atoi(str_nbu.c_str() );
 345    }
 346
 347         // Position du Bit de Poids Fort
 348    str_highBit=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0102);
 349    if (str_highBit == GDCM_UNFOUND ) {
 350       highBit = nb - 1;
 351    } else {
 352       highBit = atoi(str_highBit.c_str() );
 353    }
 354
 355         // Signe des Pixels
 356    str_signe=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0103);
 357    if (str_signe == GDCM_UNFOUND ) {
 358       signe = 1;
 359    } else {
 360       signe = atoi(str_signe.c_str() );
 361    }
 362
 363    // re arange bytes inside the integer
 364    if (nb != 8)
 365      SwapZone(destination, GetSwapCode(), lgrTotale, nb);
 366
 367    // re arange bits inside the bytes
 368    if (nbu != nb){
 369       int l = (int)lgrTotale / (nb/8);
 370       if (nb == 16) {
 371          guint16 mask = 0xffff;
 372          mask = mask >> (nb-nbu);
 373          guint16 *deb = (guint16 *)destination;
 374          for(int i = 0; i<l; i++) {
 375             *deb = (*deb >> (nbu-highBit-1)) & mask;
 376             deb ++;
 377          }
 378       } else if (nb == 32 ) {
 379          guint32 mask = 0xffffffff;
 380          mask = mask >> (nb-nbu);
 381          guint32 *deb = (guint32 *)destination;
 382          for(int i = 0; i<l; i++) {
 383             *deb = (*deb >> (nbu-highBit-1)) & mask;
 384             deb ++;
 385          }
 386       } else {
 387          dbg.Verbose(0, "gdcmFile::GetImageDataIntoVector: wierd image");
 388          return (size_t)0;
 389       }
 390    }
 391
 392 // Just to 'see' was was actually read on disk :-(
 393 // Some troubles expected
 394
 395    // *Try* to deal with the color
 396    // ----------------------------
 397
 398        std::string str_PhotometricInterpretation =
 399                  gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0004);
 400
 401       if ( (str_PhotometricInterpretation == "MONOCHROME1 ")
 402         || (str_PhotometricInterpretation == "MONOCHROME2 ") ) {
 403          return lgrTotale;
 404       }
 405
 406    // Planar configuration = 0 : Pixels are already RGB
 407    // Planar configuration = 1 : 3 planes : R, G, B
 408    // Planar configuration = 2 : 1 gray Plane + 3 LUT
 409
 410    // Well ... supposed to be !
 411    // See US-PAL-8-10x-echo.dcm: PlanarConfiguration=0,
 412    //                            PhotometricInterpretation=PALETTE COLOR
 413    // and heuristic has to be found :-(
 414
 415       int planConf=GetPlanarConfiguration();
 416
 417       // Whatever Planar Configuration is,
 418       // "PALETTE COLOR " implies that we deal with the palette.
 419       if (str_PhotometricInterpretation == "PALETTE COLOR ")
 420          planConf=2;
 421
 422       switch (planConf) {
 423       case 0:
 424          //       Pixels are already RGB
 425          break;
 426
 427       case 1:
 428
 429          {
 430          if (str_PhotometricInterpretation == "YBR_FULL") { // Warning : YBR_FULL_422 acts as RGB (?!)
 431
 432          //       need to make RGB Pixels from Planes Y,cB,cR
 433          // see http://lestourtereaux.free.fr/papers/data/yuvrgb.pdf
 434          // for code optimisation
 435
 436             int l = GetXSize()*GetYSize();
 437             int nbFrames = GetZSize();
 438
 439             unsigned char * newDest = (unsigned char*) malloc(lgrTotale);
 440             unsigned char *x  = newDest;
 441             unsigned char * a = (unsigned char *)destination;
 442             unsigned char * b = a + l;
 443             unsigned char * c = b + l;
 444
 445             double R,G,B;
 446
 447             // TODO : Replace by the 'well known'
 448             //        integer computation counterpart
 449             for (int i=0;i<nbFrames;i++) {
 450                for (int j=0;j<l; j++) {
 451                   R= 1.164 *(*a-16) + 1.596 *(*c -128) + 0.5;
 452                   G= 1.164 *(*a-16) - 0.813 *(*c -128) - 0.392 *(*b -128) + 0.5;
 453                   B= 1.164 *(*a-16) + 2.017 *(*b -128) + 0.5;
 454
 455                   if (R<0.0)   R=0.0;
 456                   if (G<0.0)   G=0.0;
 457                   if (B<0.0)   B=0.0;
 458                   if (R>255.0) R=255.0;
 459                   if (G>255.0) G=255.0;
 460                   if (B>255.0) B=255.0;
 461
 462                   *(x++) = (unsigned char)R;
 463                   *(x++) = (unsigned char)G;
 464                   *(x++) = (unsigned char)B;
 465                   a++; b++; c++;
 466                }
 467            }
 468             memmove(destination,newDest,lgrTotale);
 469             free(newDest);
 470
 471         } else {
 472
 473          //       need to make RGB Pixels from Planes R,G,B
 474
 475             int l = GetXSize()*GetYSize();
 476             int nbFrames = GetZSize();
 477
 478             char * newDest = (char*) malloc(lgrTotale);
 479             char *x  = newDest;
 480             char * a = (char *)destination;
 481             char * b = a + l;
 482             char * c = b + l;
 483
 484                // TODO :
 485                // any trick not to have to allocate temporary buffer is welcome ...
 486
 487             for (int i=0;i<nbFrames;i++) {
 488                for (int j=0;j<l; j++) {
 489                   *(x++) = *(a++);
 490                   *(x++) = *(b++);
 491                   *(x++) = *(c++);
 492                }
 493             }
 494             memmove(destination,newDest,lgrTotale);
 495             free(newDest);
 496         }
 497
 498          break;
 499        }
 500
 501        case 2:
 502          //       from Lut R + Lut G + Lut B
 503
 504          // we no longer use gdcmHeader::GetLUTRGB
 505          // since a lot of images have strange info
 506          // in the Lookup Table Descriptors (0028,1101),...
 507          {
 508          unsigned char * newDest = (unsigned char*) malloc(lgrTotale);
 509          unsigned char * a = (unsigned char *)destination;
 510
 511          unsigned char *lutR =(unsigned char *)GetPubElValVoidAreaByNumber(0x0028,0x1201);
 512          unsigned char *lutG =(unsigned char *)GetPubElValVoidAreaByNumber(0x0028,0x1202);
 513          unsigned char *lutB =(unsigned char *)GetPubElValVoidAreaByNumber(0x0028,0x1203);
 514
 515          if (lutR && lutG && lutB ) { // need to make RGB Pixels
 516                                       // from grey Pixels
 517                                       // and Lut R,Lut G,Lut B
 518
 519             unsigned char * newDest = (unsigned char*) malloc(lgrTotale);
 520             int l = lgrTotale/3;
 521             memmove(newDest, destination, l);// move Gray pixels to temp area
 522
 523             int j;
 524                // See PS 3.3-2003 C.11.1.1.2 p 619
 525                //
 526             int mult;
 527             if ( GetLUTNbits()==16 && nb==8) mult=2; // See PS 3.3
 528             else mult=1;
 529
 530             // if we get a black image, let's just remove the '+1'
 531             // and check again
 532             // if it works, we shall have to check the 3 Palettes
 533             // to see which byte is ==0 (first one, or second one)
 534
 535             for (int i=0;i<l; i++) {
 536                j=newDest[i]*mult +1;
 537                *a++ = lutR[j];
 538                *a++ = lutG[j];
 539                *a++ = lutB[j];
 540             }
 541
 542             free(newDest);
 543
 544          } else { // need to make RGB Pixels (?)
 545                   // from grey Pixels (?!)
 546                   // and Gray Lut  (!?!)
 547                unsigned char *lutGray =(unsigned char *)GetPubElValVoidAreaByNumber(0x0028,0x1200);
 548                     // Well . I'll wait till I find such an image
 549          }
 550          break;
 551       }
 552    }
 553
 554             // now, it's an RGB image
 555             // Lets's write it in the Header
 556
 557          // CreateOrReplaceIfExist ?
 558
 559    std::string spp = "3";        // Samples Per Pixel
 560    gdcmHeader::SetPubElValByNumber(spp,0x0028,0x0002);
 561    std::string rgb="RGB ";       // Photometric Interpretation
 562    gdcmHeader::SetPubElValByNumber(rgb,0x0028,0x0004);
 563    std::string planConfig = "0"; // Planar Configuration
 564    gdcmHeader::SetPubElValByNumber(planConfig,0x0028,0x0006);
 565
 566          // + Drop Palette Color ?
 567
 568    return lgrTotale;
 569 }
 570
 571 //
 572 // Je laisse le code integral, au cas ça puisse etre reutilise ailleurs
 573 //
 574
 575 /**
 576  * \ingroup gdcmFile
 577  * \brief   Swap the bytes, according to swap code.
 578  * \warning not end user intended
 579  * @param   im area to deal with
 580  * @param   swap swap code
 581  * @param   lgr Area Length
 582  * @param   nb Pixels Bit number
 583  */
 584
 585 void gdcmFile::SwapZone(void* im, int swap, int lgr, int nb) {
 586 guint32 s32;
 587 guint16 fort,faible;
 588 int i;
 589
 590 if(nb == 16)
 591    switch(swap) {
 592       case 0:
 593       case 12:
 594       case 1234:
 595          break;
 596
 597       case 21:
 598       case 3412:
 599       case 2143:
 600       case 4321:
 601
 602          for(i=0;i<lgr;i++)
 603             ((unsigned short int*)im)[i]= ((((unsigned short int*)im)[i])>>8)
 604                                         | ((((unsigned short int*)im)[i])<<8);
 605          break;
 606
 607       default:
 608          printf("valeur de SWAP (16 bits) not allowed : %d\n", swap);
 609    }
 610
 611 if( nb == 32 )
 612    switch (swap) {
 613       case 0:
 614       case 1234:
 615          break;
 616
 617       case 4321:
 618          for(i=0;i<lgr;i++) {
 619             faible=  ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff;    /* 4321 */
 620             fort  =((unsigned long int*)im)[i]>>16;
 621             fort=  (fort>>8)   | (fort<<8);
 622             faible=(faible>>8) | (faible<<8);
 623             s32=faible;
 624             ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|fort;
 625          }
 626          break;
 627
 628       case 2143:
 629          for(i=0;i<lgr;i++) {
 630             faible=  ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff;    /* 2143 */
 631             fort=((unsigned long int*)im)[i]>>16;
 632             fort=  (fort>>8)   | (fort<<8);
 633             faible=(faible>>8) | (faible<<8);
 634             s32=fort;
 635             ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|faible;
 636          }
 637          break;
 638
 639       case 3412:
 640          for(i=0;i<lgr;i++) {
 641             faible=  ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff;    /* 3412 */
 642             fort=((unsigned long int*)im)[i]>>16;
 643             s32=faible;
 644             ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|fort;
 645          }
 646          break;
 647
 648       default:
 649          printf(" SWAP value (32 bits) not allowed : %d\n", swap);
 650    }
 651 return;
 652 }
 653
 654 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 655 /**
 656  * \ingroup   gdcmFile
 657  * \brief TODO JPR
 658  * \warning doit-etre etre publique ?
 659  * TODO : y a-t-il un inconvenient à fusioner ces 2 fonctions
 660  *
 661  * @param inData
 662  * @param ExpectedSize
 663  *
 664  * @return integer acts as a boolean
 665  */
 666 int gdcmFile::SetImageData(void * inData, size_t ExpectedSize) {
 667    SetImageDataSize(ExpectedSize);
 668    PixelData = inData;
 669    lgrTotale = ExpectedSize;
 670    return(1);
 671 }
 672
 673
 674 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 675 /**
 676  * \ingroup   gdcmFile
 677  * \brief Sets the Pixel Area size in the Header
 678  *        --> not-for-rats function
 679  *
 680  * \warning WARNING doit-etre etre publique ?
 681  * TODO : y aurait il un inconvenient à fusionner ces 2 fonctions
 682  *
 683  * @param ImageDataSize new Pixel Area Size
 684  *        warning : nothing else is checked
 685  */
 686
 687 void gdcmFile::SetImageDataSize(size_t ImageDataSize) {
 688    std::string content1;
 689    char car[20];
 690    // Assumes ElValue (0x7fe0, 0x0010) exists ...
 691    sprintf(car,"%d",ImageDataSize);
 692
 693    gdcmElValue*a = GetElValueByNumber(0x7fe0, 0x0010);
 694    a->SetLength(ImageDataSize);
 695
 696    ImageDataSize+=8;
 697    sprintf(car,"%d",ImageDataSize);
 698    content1=car;
 699    SetPubElValByNumber(content1, 0x7fe0, 0x0000);
 700 }
 701
 702
 703 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 704 /**
 705  * \ingroup   gdcmFile
 706  * \brief Ecrit sur disque les pixels d'UNE image
 707  *        Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
 708  *        Ca sera à l'utilisateur d'appeler son Reader correctement
 709  *        (Equivalent a IdImaWriteRawFile)
 710  *
 711  * @param fileName
 712  * @return
 713  */
 714
 715 int gdcmFile::WriteRawData (std::string fileName) {
 716    FILE * fp1;
 717    fp1 = fopen(fileName.c_str(),"wb");
 718    if (fp1 == NULL) {
 719       printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",fileName.c_str());
 720       return (0);
 721    }
 722    fwrite (PixelData,lgrTotale, 1, fp1);
 723    fclose (fp1);
 724    return(1);
 725 }
 726
 727 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 728 /**
 729  * \ingroup   gdcmFile
 730  * \brief Ecrit sur disque UNE image Dicom
 731  *        Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
 732  *         Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel
 733  *         (Equivalent a IdDcmWrite)
 734  *
 735  * @param fileName
 736  * @return int acts as a boolean
 737  */
 738
 739 int gdcmFile::WriteDcmImplVR (std::string fileName) {
 740    return WriteBase(fileName, ImplicitVR);
 741 }
 742
 743 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 744 /**
 745  * \ingroup   gdcmFile
 746  * \brief
 747  * @param  fileName
 748  * @return int acts as a boolean
 749  */
 750
 751 int gdcmFile::WriteDcmImplVR (const char* fileName) {
 752    return WriteDcmImplVR (std::string (fileName));
 753 }
 754
 755 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 756 /**
 757  * \ingroup   gdcmFile
 758  * \brief
 759  * @param  fileName
 760  * @return int acts as a boolean
 761  */
 762
 763 int gdcmFile::WriteDcmExplVR (std::string fileName) {
 764    return WriteBase(fileName, ExplicitVR);
 765 }
 766
 767 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 768 /**
 769  * \ingroup   gdcmFile
 770  * \brief  Ecrit au format ACR-NEMA sur disque l'entete et les pixels
 771  *        (a l'attention des logiciels cliniques
 772  *        qui ne prennent en entrée QUE des images ACR ...
 773  * \warning si un header DICOM est fourni en entree,
 774  *        les groupes < 0x0008 et les groupes impairs sont ignores)
 775  * \warning Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
 776  *        Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel
 777  *        (Equivalent a IdDcmWrite)
 778  *
 779  * @param fileName
 780  * @return int acts as a boolean
 781  */
 782
 783 int gdcmFile::WriteAcr (std::string fileName) {
 784    return WriteBase(fileName, ACR);
 785 }
 786
 787 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 788 /**
 789  * \ingroup   gdcmFile
 790  *
 791  * @param  FileName
 792  * @param  type
 793  *
 794  * @return int acts as a boolean
 795  */
 796 int gdcmFile::WriteBase (std::string FileName, FileType type) {
 797
 798    FILE * fp1;
 799    fp1 = fopen(FileName.c_str(),"wb");
 800    if (fp1 == NULL) {
 801       printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",FileName.c_str());
 802       return (0);
 803    }
 804
 805    if ( (type == ImplicitVR) || (type == ExplicitVR) ) {
 806       char * filePreamble;
 807       // writing Dicom File Preamble
 808       filePreamble=(char*)calloc(128,1);
 809       fwrite(filePreamble,128,1,fp1);
 810       fwrite("DICM",4,1,fp1);
 811    }
 812
 813    // --------------------------------------------------------------
 814    // Special Patch to allow gdcm to re-write ACR-LibIDO formated images
 815    //
 816    // if recognition code tells us we dealt with a LibIDO image
 817    // we reproduce on disk the switch between lineNumber and columnNumber
 818    // just before writting ...
 819
 820    std::string rows, columns;
 821    if ( filetype == ACR_LIBIDO){
 822          rows    = GetPubElValByNumber(0x0028, 0x0010);
 823          columns = GetPubElValByNumber(0x0028, 0x0011);
 824          SetPubElValByNumber(columns,  0x0028, 0x0010);
 825          SetPubElValByNumber(rows   ,  0x0028, 0x0011);
 826    }
 827    // ----------------- End of Special Patch ----------------
 828
 829    gdcmHeader::Write(fp1, type);
 830
 831    // --------------------------------------------------------------
 832    // Special Patch to allow gdcm to re-write ACR-LibIDO formated images
 833    //
 834    // ...and we restore the Header to be Dicom Compliant again
 835    // just after writting
 836
 837    if (filetype == ACR_LIBIDO){
 838          SetPubElValByNumber(rows   , 0x0028, 0x0010);
 839          SetPubElValByNumber(columns, 0x0028, 0x0011);
 840    }
 841    // ----------------- End of Special Patch ----------------
 842
 843    fwrite(PixelData, lgrTotale, 1, fp1);
 844    fclose (fp1);
 845    return(1);
 846 }