src/gdcmFile.cxx

   1 // gdcmFile.cxx
   2
   3 //This is needed when compiling in debug mode
   4 #ifdef _MSC_VER
   5 // 'type' : forcing value to bool 'true' or 'false' (performance warning)
   6 //#pragma warning ( disable : 4800 )
   7 // 'identifier' : class 'type' needs to have dll-interface to be used by
   8 // clients of class 'type2'
   9 #pragma warning ( disable : 4251 )
  10 // 'identifier' : identifier was truncated to 'number' characters in the
  11 // debug information
  12 #pragma warning ( disable : 4786 )
  13 #endif //_MSC_VER
  14
  15 #include "gdcmFile.h"
  16 #include "gdcmUtil.h"
  17 #include "iddcmjpeg.h" // for the 'LibIDO' Jpeg LossLess
  18
  19 /////////////////////////////////////////////////////////////////
  20 /**
  21  * \ingroup   gdcmFile
  22  * \brief Constructor dedicated to writing a new DICOMV3 part10 compliant
  23  *        file (see SetFileName, SetDcmTag and Write)
  24  *        Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
  25  *        for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
  26  * \Note  the in-memory representation of all available tags found in
  27  *        the DICOM header is post-poned to first header information access.
  28  *        This avoid a double parsing of public part of the header when
  29  *        one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
  30  *        seen as a side effect).
  31  *
  32  * @param filename file to be opened for parsing
  33  *
  34  * @return
  35  */
  36
  37 gdcmFile::gdcmFile(std::string & filename)
  38         :gdcmHeader(filename.c_str())
  39 {
  40    SetPixelDataSizeFromHeader();
  41 }
  42
  43 gdcmFile::gdcmFile(const char * filename)
  44         :gdcmHeader(filename)
  45 {
  46    SetPixelDataSizeFromHeader();
  47 }
  48
  49 /**
  50  * \ingroup   gdcmFile
  51  * \brief     calcule la longueur (in bytes) A ALLOUER pour recevoir les
  52  *              pixels de l'image
  53  *              ou DES images dans le cas d'un multiframe
  54  *              ATTENTION : il ne s'agit PAS de la longueur du groupe des Pixels
  55  *              (dans le cas d'images compressees, elle n'a pas de sens).
  56  *
  57  * @return      longueur a allouer
  58  */
  59 void gdcmFile::SetPixelDataSizeFromHeader(void) {
  60    int nb;
  61    std::string str_nb;
  62
  63    str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
  64    if (str_nb == GDCM_UNFOUND ) {
  65       nb = 16;
  66    } else {
  67       nb = atoi(str_nb.c_str() );
  68       if (nb == 12) nb =16;
  69    }
  70    lgrTotale =  GetXSize() *  GetYSize() *  GetZSize() * (nb/8)* GetSamplesPerPixel();
  71
  72    std::string str_PhotometricInterpretation = gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0004);
  73    if (   str_PhotometricInterpretation == "PALETTE COLOR "
  74        || str_PhotometricInterpretation == "YBR_FULL") {   // --> some more to be added !!
  75       lgrTotale*=3;
  76    }
  77 }
  78    // see PS 3.3-2003 : C.7.6.3.2.1
  79    //
  80    //   MONOCHROME1
  81    //   MONOCHROME2
  82    //   PALETTE COLOR
  83    //   RGB
  84    //   HSV  (Retired)
  85    //   ARGB (Retired)
  86    //   CMYK (Retired)
  87    //   YBR_FULL
  88    //   YBR_FULL_422 (no LUT, no Palette)
  89    //   YBR_PARTIAL_422
  90    //   YBR_ICT
  91    //   YBR_RCT
  92
  93   // LUT's
  94   // ex : gdcm-US-ALOKA-16.dcm
  95   // 0028|1221 [OW]   [Segmented Red Palette Color Lookup Table Data]
  96   // 0028|1222 [OW]   [Segmented Green Palette Color Lookup Table Data]
  97   // 0028|1223 [OW]   [Segmented Blue Palette Color Lookup Table Data]
  98
  99   // ex : US-PAL-8-10x-echo.dcm, 8BitsRunLengthColor.dcm
 100   // 0028|1201 [OW]   [Red Palette Color Lookup Table Data]
 101   // 0028|1202 [OW]   [Green Palette Color Lookup Table Data]
 102   // 0028|1203 [OW]   [Blue Palette Color Lookup Table Data]
 103
 104   // ex  : OT-PAL-8-face.dcm
 105   // 0028|1201 [US]   [Red Palette Color Lookup Table Data]
 106   // 0028|1202 [US]   [Green Palette Color Lookup Table Data]
 107   // 0028|1203 [US]   [Blue Palette Color Lookup Table Data]
 108
 109
 110
 111 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 112 /**
 113  * \ingroup   gdcmFile
 114  * \brief     Returns the size (in bytes) of required memory to hold
 115  *            the pixel data represented in this file.
 116  * @return    The size of pixel data in bytes.
 117  */
 118
 119 size_t gdcmFile::GetImageDataSize(void) {
 120    return (lgrTotale);
 121 }
 122
 123
 124 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 125 /**
 126  * \ingroup gdcmFile
 127  * \brief   Read pixel data from disk (optionaly decompressing) into the
 128  *          caller specified memory location.
 129  * @param   destination where the pixel data should be stored.
 130  *
 131  */
 132 bool gdcmFile::ReadPixelData(void* destination) {
 133
 134    if ( !OpenFile())
 135       return false;
 136
 137     if ( fseek(fp, GetPixelOffset(), SEEK_SET) == -1 ) {
 138       CloseFile();
 139       return false;
 140    }
 141
 142 // -------------------------  Uncompressed File
 143
 144    if ( !IsDicomV3()                             ||
 145         IsImplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ||
 146         IsExplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ||
 147         IsExplicitVRBigEndianTransferSyntax()    ||
 148         IsDeflatedExplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ) {
 149
 150       size_t ItemRead = fread(destination, lgrTotale, 1, fp);
 151       if ( ItemRead != 1 ) {
 152          CloseFile();
 153          return false;
 154       } else {
 155          CloseFile();
 156          return true;
 157       }
 158    }
 159
 160  // ------------------------  Compressed File .
 161
 162       int nb;
 163       std::string str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
 164       if (str_nb == GDCM_UNFOUND ) {
 165          nb = 16;
 166       } else {
 167          nb = atoi(str_nb.c_str() );
 168          if (nb == 12) nb =16;
 169       }
 170       int nBytes= nb/8;
 171
 172       int taille = GetXSize() *  GetYSize()  * GetSamplesPerPixel();
 173
 174
 175   // ------------------------------- JPEG LossLess : call to Jpeg Libido
 176
 177    if (IsJPEGLossless() && GetZSize() == 1) {
 178
 179       int ln; //  Position on begining of Jpeg Pixels
 180       fseek(fp,4,SEEK_CUR);  // skipping (fffe,e000) : Basic Offset Table Item
 181       fread(&ln,4,1,fp);
 182       if(GetSwapCode())
 183          ln=SwapLong(ln);    // Item length
 184       fseek(fp,ln,SEEK_CUR); // skipping Basic Offset Table ('ln' bytes)
 185       fseek(fp,4,SEEK_CUR);  // skipping (fffe,e000) : First fragment Item Tag
 186       fread(&ln,4,1,fp);     // First fragment length (just to know)
 187       if(GetSwapCode())
 188          ln=SwapLong(ln);
 189
 190       ClbJpeg* jpg = _IdDcmJpegRead(fp); // TODO : find a 'full' one.
 191                                          // (We use the LibIDO one :-(
 192       if(jpg == NULL) {
 193          CloseFile();
 194          return false;
 195       }
 196       int * dataJpg = jpg->DataImg;
 197
 198       switch (nBytes) {
 199          case 1:
 200          {
 201             unsigned short *dest = (unsigned short *)destination;
 202             for (int i=0; i<taille; i++) {
 203                *((unsigned char *)dest+i) = *(dataJpg +i);
 204             }
 205          }
 206          break;
 207
 208          case 2:
 209          {
 210             unsigned short *dest = (unsigned short *)destination;
 211             for (int i=0; i<taille; i++) {
 212                *((unsigned short *)dest+i) = *(dataJpg +i);
 213             }
 214          }
 215          break;
 216      }
 217       _IdDcmJpegFree (jpg);
 218       return true;
 219    }
 220
 221   // ------------------------------- RLE
 222
 223       if (gdcmHeader::IsRLELossLessTransferSyntax()) {
 224             int res = (bool)gdcm_read_RLE_file (destination);
 225             return res;
 226       }
 227
 228   // ------------------------------- JPEG Lossy : call to IJG 6b
 229
 230       long fragmentBegining; // for ftell, fseek
 231       bool b = gdcmHeader::IsJPEG2000();
 232
 233       bool res;
 234       guint16 ItemTagGr,ItemTagEl;
 235       int ln;  //  Position on begining of Jpeg Pixels
 236
 237       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 238       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 239       if(GetSwapCode()) {
 240          ItemTagGr=SwapShort(ItemTagGr);
 241          ItemTagEl=SwapShort(ItemTagEl);
 242       }
 243       fread(&ln,4,1,fp);
 244       if(GetSwapCode())
 245          ln=SwapLong(ln);    // Basic Offset Table Item length
 246
 247       if (ln != 0) {
 248          // What is it used for ?!?
 249          char *BasicOffsetTableItemValue = (char *)malloc(ln+1);
 250          fread(BasicOffsetTableItemValue,ln,1,fp);
 251       }
 252
 253       // first Fragment initialisation
 254       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 255       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 256       if(GetSwapCode()) {
 257          ItemTagGr=SwapShort(ItemTagGr);
 258          ItemTagEl=SwapShort(ItemTagEl);
 259       }
 260
 261       // parsing fragments until Sequence Delim. Tag found
 262        //unsigned short *dest = (unsigned short *)destination;
 263
 264       while (  ( ItemTagGr == 0xfffe) && (ItemTagEl != 0xe0dd) ) {
 265          fread(&ln,4,1,fp);
 266          if(GetSwapCode())
 267             ln=SwapLong(ln);    // Fragment Item length
 268
 269          // FIXME : multi fragments
 270          fragmentBegining=ftell(fp);
 271
 272
 273          if (b)
 274             res = (bool)gdcm_read_JPEG2000_file (destination);  // Reading Fragment pixels
 275
 276          else if (IsJPEGLossless()) {
 277                   // ------------- call to LibIDO Jpeg for each Frame/fragment
 278
 279                   // Warning : Works only if there is one fragment per frame
 280                   //           (Or a single fragment for the multiframe file)
 281             ClbJpeg* jpg = _IdDcmJpegRead(fp); // TODO : find a 'full' one.
 282                                                // (We use the LibIDO one :-(
 283             if(jpg == NULL) {
 284                CloseFile();
 285                return false;
 286             }
 287             int * dataJpg = jpg->DataImg;
 288             unsigned short *dest = (unsigned short *)destination;
 289             switch (nBytes) {
 290                case 1:
 291                {
 292                   for (int i=0; i<taille; i++) {
 293                      *((unsigned char *)dest+i) = *(dataJpg +i);
 294                   }
 295                break;
 296                }
 297
 298                case 2:
 299                {
 300                   for (int i=0; i<taille; i++) {
 301                      *((unsigned short *)dest+i) = *(dataJpg +i);
 302                   }
 303                break;
 304                }
 305            }
 306            _IdDcmJpegFree (jpg);
 307
 308          } // ------------------------------------- endif (IsJPEGLossless())
 309
 310          else
 311             if  (GetBitsStored() == 8) {
 312                 res = (bool)gdcm_read_JPEG_file (destination);  // Reading Fragment pixels
 313             } else {
 314                 res = (bool)gdcm_read_JPEG_file12 (destination);// Reading Fragment pixels
 315             }
 316
 317          if (!res) break;
 318
 319          // FIXME : will work only when each fragment corresponds to a Frame :-(
 320
 321          destination = (char *)destination + taille * nBytes; // location in user's memory
 322                                                   // for next fragment (if any)
 323          // TODO : find a suitable file (multifragment/single Frame Jpeg file) to check
 324
 325          fseek(fp,fragmentBegining,SEEK_SET); // To be sure we start
 326          fseek(fp,ln,SEEK_CUR);               // at the begining of next fragment
 327
 328          ItemTagGr = ItemTagEl =0;
 329          fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 330          fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 331          if(GetSwapCode()) {
 332             ItemTagGr=SwapShort(ItemTagGr);
 333             ItemTagEl=SwapShort(ItemTagEl);
 334          }
 335
 336       //(char *) destination += taille * nBytes;
 337       //std::cout << "destination" << destination << std::endl;
 338       }
 339
 340       return res;
 341 }
 342
 343 /**
 344  * \ingroup gdcmFile
 345  * \brief   Allocates necessary memory, copies the pixel data
 346  *          (image[s]/volume[s]) to newly allocated zone.
 347  * @return  Pointer to newly allocated pixel data.
 348  * \        NULL if alloc fails
 349  */
 350 void * gdcmFile::GetImageData (void) {
 351    PixelData = (void *) malloc(lgrTotale);
 352    if (PixelData)
 353       GetImageDataIntoVector(PixelData, lgrTotale);
 354    return(PixelData);
 355 }
 356
 357 /**
 358  * \ingroup gdcmFile
 359  * \brief   Copies at most MaxSize bytes of pixel data to caller's
 360  *          memory space.
 361  * @param   destination Address (in caller's memory space) at which the
 362  *          pixel data should be copied
 363  * @param   MaxSize Maximum number of bytes to be copied. When MaxSize
 364  *          is not sufficient to hold the pixel data the copy is not
 365  *          executed (i.e. no partial copy).
 366  * @return  On success, the number of bytes actually copied. Zero on
 367  *          failure e.g. MaxSize is lower than necessary.
 368  */
 369
 370 size_t gdcmFile::GetImageDataIntoVector (void* destination, size_t MaxSize) {
 371
 372    int nb, nbu, highBit, signe;
 373    std::string str_nbFrames, str_nb, str_nbu, str_highBit, str_signe;
 374
 375    if ( lgrTotale > MaxSize ) {
 376       dbg.Verbose(0, "gdcmFile::GetImageDataIntoVector: pixel data bigger"
 377                      "than caller's expected MaxSize");
 378       return (size_t)0;
 379    }
 380
 381    (void)ReadPixelData(destination);
 382
 383         // Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel
 384    str_nb = GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
 385    if (str_nb == GDCM_UNFOUND ) {
 386       nb = 16;
 387    } else {
 388       nb = atoi(str_nb.c_str() );
 389    }
 390
 391         // Nombre de Bits Utilises
 392    str_nbu=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0101);
 393    if (str_nbu == GDCM_UNFOUND ) {
 394       nbu = nb;
 395    } else {
 396       nbu = atoi(str_nbu.c_str() );
 397    }
 398
 399         // Position du Bit de Poids Fort
 400    str_highBit=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0102);
 401    if (str_highBit == GDCM_UNFOUND ) {
 402       highBit = nb - 1;
 403    } else {
 404       highBit = atoi(str_highBit.c_str() );
 405    }
 406
 407         // Signe des Pixels
 408    str_signe=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0103);
 409    if (str_signe == GDCM_UNFOUND ) {
 410       signe = 1;
 411    } else {
 412       signe = atoi(str_signe.c_str() );
 413    }
 414
 415    // re arange bytes inside the integer
 416    if (nb != 8)
 417      SwapZone(destination, GetSwapCode(), lgrTotale, nb);
 418
 419    // re arange bits inside the bytes
 420    if (nbu != nb){
 421       int l = (int)lgrTotale / (nb/8);
 422       if (nb == 16) {
 423          guint16 mask = 0xffff;
 424          mask = mask >> (nb-nbu);
 425          guint16 *deb = (guint16 *)destination;
 426          for(int i = 0; i<l; i++) {
 427             *deb = (*deb >> (nbu-highBit-1)) & mask;
 428             deb ++;
 429          }
 430       } else if (nb == 32 ) {
 431          guint32 mask = 0xffffffff;
 432          mask = mask >> (nb-nbu);
 433          guint32 *deb = (guint32 *)destination;
 434          for(int i = 0; i<l; i++) {
 435             *deb = (*deb >> (nbu-highBit-1)) & mask;
 436             deb ++;
 437          }
 438       } else {
 439          dbg.Verbose(0, "gdcmFile::GetImageDataIntoVector: wierd image");
 440          return (size_t)0;
 441       }
 442    }
 443
 444    // *Try* to deal with the color
 445    // --------------------------
 446
 447    std::string str_PhotometricInterpretation = gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0004);
 448
 449    if ( (str_PhotometricInterpretation == "MONOCHROME1 ")
 450      || (str_PhotometricInterpretation == "MONOCHROME2 ")
 451      || (str_PhotometricInterpretation == "RGB")) {
 452       return lgrTotale;
 453    }
 454    int planConf=GetPlanarConfiguration();
 455
 456    if( str_PhotometricInterpretation!="PALETTE COLOR" && planConf == 0)
 457       planConf=2;  // Sorry, this is an heuristic
 458
 459    switch ( planConf) {
 460    case 0:
 461       //       Pixels are already RGB
 462       break;
 463
 464    case 1:
 465       //       need to make RGB Pixels from Planes R,G,B
 466       {
 467          int l = lgrTotale/3 ;
 468
 469          char * a = (char *)destination;
 470          char * b = a + l;
 471          char * c = b + l;
 472          char * newDest = (char*) malloc(lgrTotale);
 473          // TODO :
 474          // any trick not to have to allocate temporary buffer is welcome ...
 475          char *x = newDest;
 476          for (int j=0;j<l; j++) {
 477             *(x++) = *(a++);
 478             *(x++) = *(b++);
 479             *(x++) = *(c++);
 480          }
 481          memmove(destination,newDest,lgrTotale);
 482          free(newDest);
 483          // now, it's an RGB image
 484          std::string spp = "3";
 485          gdcmHeader::SetPubElValByNumber(spp,0x0028,0x0002);
 486          std::string rgb="RGB";
 487          gdcmHeader::SetPubElValByNumber(rgb,0x0028,0x0004);
 488          break;
 489       }
 490
 491     case 2:
 492       //       from Lut R + Lut G + Lut B
 493
 494       // we no longer use gdcmHeader::GetLUTRGB
 495       // since a lot of images have wrong info
 496       // in the Lookup Table Descriptors (0028,1101),...
 497       {
 498          unsigned char *lutR =(unsigned char *)GetPubElValVoidAreaByNumber(0x0028,0x1201);
 499          unsigned char *lutG =(unsigned char *)GetPubElValVoidAreaByNumber(0x0028,0x1202);
 500          unsigned char *lutB =(unsigned char *)GetPubElValVoidAreaByNumber(0x0028,0x1203);
 501
 502          if (lutR && lutG && lutB ) { // need to make RGB Pixels
 503                                       // from grey Pixels
 504                                       // and Lut R,Lut G,Lut B
 505             unsigned char * newDest = (unsigned char*) malloc(lgrTotale);
 506             int l = lgrTotale/3;
 507             memmove(newDest, destination, l);// move Gray pixels to temp area
 508
 509             unsigned char * x = newDest;
 510             unsigned char * a = (unsigned char *)destination;
 511             int j;
 512             for (int i=0;i<l; i++) {
 513                j=newDest[i]*2;  // Who can explain *why* we have to skip bytes
 514                *a++ = lutR[j];
 515                *a++ = lutG[j];
 516                *a++ = lutB[j];
 517             }
 518             free(newDest);
 519
 520             // now, it's an RGB image
 521            std::string spp = "3";
 522             gdcmHeader::SetPubElValByNumber(spp,0x0028,0x0002);
 523            std::string rgb="RGB";
 524            gdcmHeader::SetPubElValByNumber(rgb,0x0028,0x0004);
 525
 526          } else { // need to make RGB Pixels (?)
 527                // from grey Pixels (?!)
 528                // and Gray Lut  (!?!)
 529             unsigned char *lutGray =(unsigned char *)GetPubElValVoidAreaByNumber(0x0028,0x1200);
 530                  // Well . I'll wait till I find such an image
 531          }
 532          break;
 533       }
 534    }
 535
 536    return lgrTotale;
 537 }
 538
 539 //
 540 // Je laisse le code integral, au cas ça puisse etre reutilise ailleurs
 541 //
 542
 543 /**
 544  * \ingroup gdcmFile
 545  * \brief   Swap the bytes, according to swap code.
 546  * \warning not end user intended
 547  * @param   im area to deal with
 548  * @param   swap swap code
 549  * @param   lgr Area Length
 550  * @param   nb Pixels Bit number
 551  */
 552
 553 void gdcmFile::SwapZone(void* im, int swap, int lgr, int nb) {
 554 guint32 s32;
 555 guint16 fort,faible;
 556 int i;
 557
 558 if(nb == 16)
 559    switch(swap) {
 560       case 0:
 561       case 12:
 562       case 1234:
 563          break;
 564
 565       case 21:
 566       case 3412:
 567       case 2143:
 568       case 4321:
 569
 570          for(i=0;i<lgr;i++)
 571             ((unsigned short int*)im)[i]= ((((unsigned short int*)im)[i])>>8)
 572                                         | ((((unsigned short int*)im)[i])<<8);
 573          break;
 574
 575       default:
 576          printf("valeur de SWAP (16 bits) not allowed : %d\n", swap);
 577    }
 578
 579 if( nb == 32 )
 580    switch (swap) {
 581       case 0:
 582       case 1234:
 583          break;
 584
 585       case 4321:
 586          for(i=0;i<lgr;i++) {
 587             faible=  ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff;    /* 4321 */
 588             fort  =((unsigned long int*)im)[i]>>16;
 589             fort=  (fort>>8)   | (fort<<8);
 590             faible=(faible>>8) | (faible<<8);
 591             s32=faible;
 592             ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|fort;
 593          }
 594          break;
 595
 596       case 2143:
 597          for(i=0;i<lgr;i++) {
 598             faible=  ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff;    /* 2143 */
 599             fort=((unsigned long int*)im)[i]>>16;
 600             fort=  (fort>>8)   | (fort<<8);
 601             faible=(faible>>8) | (faible<<8);
 602             s32=fort;
 603             ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|faible;
 604          }
 605          break;
 606
 607       case 3412:
 608          for(i=0;i<lgr;i++) {
 609             faible=  ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff;    /* 3412 */
 610             fort=((unsigned long int*)im)[i]>>16;
 611             s32=faible;
 612             ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|fort;
 613          }
 614          break;
 615
 616       default:
 617          printf(" SWAP value (32 bits) not allowed : %d\n", swap);
 618    }
 619 return;
 620 }
 621
 622 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 623 /**
 624  * \ingroup   gdcmFile
 625  * \brief TODO JPR
 626  * \warning doit-etre etre publique ?
 627  * TODO : y a-t-il un inconvenient à fusioner ces 2 fonctions
 628  *
 629  * @param inData
 630  * @param ExpectedSize
 631  *
 632  * @return integer acts as a boolean
 633  */
 634 int gdcmFile::SetImageData(void * inData, size_t ExpectedSize) {
 635    SetImageDataSize(ExpectedSize);
 636    PixelData = inData;
 637    lgrTotale = ExpectedSize;
 638    return(1);
 639 }
 640
 641
 642 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 643 /**
 644  * \ingroup   gdcmFile
 645  * \brief Sets the Pixel Area size in the Header
 646  *        --> not-for-rats function
 647  *
 648  * \warning WARNING doit-etre etre publique ?
 649  * TODO : y aurait il un inconvenient à fusionner ces 2 fonctions
 650  *
 651  * @param ImageDataSize new Pixel Area Size
 652  *        warning : nothing else is checked
 653  */
 654
 655 void gdcmFile::SetImageDataSize(size_t ImageDataSize) {
 656    std::string content1;
 657    char car[20];
 658    // Assumes ElValue (0x7fe0, 0x0010) exists ...
 659    sprintf(car,"%d",ImageDataSize);
 660
 661    gdcmElValue*a = GetElValueByNumber(0x7fe0, 0x0010);
 662    a->SetLength(ImageDataSize);
 663
 664    ImageDataSize+=8;
 665    sprintf(car,"%d",ImageDataSize);
 666    content1=car;
 667    SetPubElValByNumber(content1, 0x7fe0, 0x0000);
 668 }
 669
 670
 671 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 672 /**
 673  * \ingroup   gdcmFile
 674  * \brief Ecrit sur disque les pixels d'UNE image
 675  *        Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
 676  *        Ca sera à l'utilisateur d'appeler son Reader correctement
 677  *        (Equivalent a IdImaWriteRawFile)
 678  *
 679  * @param fileName
 680  * @return
 681  */
 682
 683 int gdcmFile::WriteRawData (std::string fileName) {
 684    FILE * fp1;
 685    fp1 = fopen(fileName.c_str(),"wb");
 686    if (fp1 == NULL) {
 687       printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",fileName.c_str());
 688       return (0);
 689    }
 690    fwrite (PixelData,lgrTotale, 1, fp1);
 691    fclose (fp1);
 692    return(1);
 693 }
 694
 695 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 696 /**
 697  * \ingroup   gdcmFile
 698  * \brief Ecrit sur disque UNE image Dicom
 699  *        Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
 700  *         Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel
 701  *         (Equivalent a IdDcmWrite)
 702  *
 703  * @param fileName
 704  * @return int acts as a boolean
 705  */
 706
 707 int gdcmFile::WriteDcmImplVR (std::string fileName) {
 708    return WriteBase(fileName, ImplicitVR);
 709 }
 710
 711 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 712 /**
 713  * \ingroup   gdcmFile
 714  * \brief
 715  * @param  fileName
 716  * @return int acts as a boolean
 717  */
 718
 719 int gdcmFile::WriteDcmImplVR (const char* fileName) {
 720    return WriteDcmImplVR (std::string (fileName));
 721 }
 722
 723 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 724 /**
 725  * \ingroup   gdcmFile
 726  * \brief
 727  * @param  fileName
 728  * @return int acts as a boolean
 729  */
 730
 731 int gdcmFile::WriteDcmExplVR (std::string fileName) {
 732    return WriteBase(fileName, ExplicitVR);
 733 }
 734
 735 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 736 /**
 737  * \ingroup   gdcmFile
 738  * \brief  Ecrit au format ACR-NEMA sur disque l'entete et les pixels
 739  *        (a l'attention des logiciels cliniques
 740  *        qui ne prennent en entrée QUE des images ACR ...
 741  * \warning si un header DICOM est fourni en entree,
 742  *        les groupes < 0x0008 et les groupes impairs sont ignores)
 743  * \warning Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
 744  *        Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel
 745  *        (Equivalent a IdDcmWrite)
 746  *
 747  * @param fileName
 748  * @return int acts as a boolean
 749  */
 750
 751 int gdcmFile::WriteAcr (std::string fileName) {
 752    return WriteBase(fileName, ACR);
 753 }
 754
 755 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 756 /**
 757  * \ingroup   gdcmFile
 758  *
 759  * @param  FileName
 760  * @param  type
 761  *
 762  * @return int acts as a boolean
 763  */
 764 int gdcmFile::WriteBase (std::string FileName, FileType type) {
 765
 766    FILE * fp1;
 767    fp1 = fopen(FileName.c_str(),"wb");
 768    if (fp1 == NULL) {
 769       printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",FileName.c_str());
 770       return (0);
 771    }
 772
 773    if ( (type == ImplicitVR) || (type == ExplicitVR) ) {
 774       char * filePreamble;
 775       // writing Dicom File Preamble
 776       filePreamble=(char*)calloc(128,1);
 777       fwrite(filePreamble,128,1,fp1);
 778       fwrite("DICM",4,1,fp1);
 779    }
 780
 781    // --------------------------------------------------------------
 782    // Special Patch to allow gdcm to re-write ACR-LibIDO formated images
 783    //
 784    // if recognition code tells us we dealt with a LibIDO image
 785    // we reproduce on disk the switch between lineNumber and columnNumber
 786    // just before writting ...
 787
 788    std::string rows, columns;
 789    if ( filetype == ACR_LIBIDO){
 790          rows    = GetPubElValByNumber(0x0028, 0x0010);
 791          columns = GetPubElValByNumber(0x0028, 0x0011);
 792          SetPubElValByNumber(columns,  0x0028, 0x0010);
 793          SetPubElValByNumber(rows   ,  0x0028, 0x0011);
 794    }
 795    // ----------------- End of Special Patch ----------------
 796
 797    gdcmHeader::Write(fp1, type);
 798
 799    // --------------------------------------------------------------
 800    // Special Patch to allow gdcm to re-write ACR-LibIDO formated images
 801    //
 802    // ...and we restore the Header to be Dicom Compliant again
 803    // just after writting
 804
 805    if (filetype == ACR_LIBIDO){
 806          SetPubElValByNumber(rows   , 0x0028, 0x0010);
 807          SetPubElValByNumber(columns, 0x0028, 0x0011);
 808    }
 809    // ----------------- End of Special Patch ----------------
 810
 811    fwrite(PixelData, lgrTotale, 1, fp1);
 812    fclose (fp1);
 813    return(1);
 814 }