src/gdcmFile.cxx

   1 // gdcmFile.cxx
   2
   3 #include "gdcmFile.h"
   4 #include "gdcmUtil.h"
   5 #include "iddcmjpeg.h" // for the 'LibIDO' Jpeg LossLess
   6
   7 /////////////////////////////////////////////////////////////////
   8 /**
   9  * \ingroup   gdcmFile
  10  * \brief Constructor dedicated to writing a new DICOMV3 part10 compliant
  11  *        file (see SetFileName, SetDcmTag and Write)
  12  *        Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
  13  *        for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
  14  * \Note  the in-memory representation of all available tags found in
  15  *        the DICOM header is post-poned to first header information access.
  16  *        This avoid a double parsing of public part of the header when
  17  *        one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
  18  *        seen as a side effect).
  19  *
  20  * @param filename file to be opened for parsing
  21  *
  22  * @return
  23  */
  24
  25 gdcmFile::gdcmFile(std::string & filename)
  26         :gdcmHeader(filename.c_str())
  27 {
  28    SetPixelDataSizeFromHeader();
  29 }
  30
  31 gdcmFile::gdcmFile(const char * filename)
  32         :gdcmHeader(filename)
  33 {
  34    SetPixelDataSizeFromHeader();
  35 }
  36
  37 /**
  38  * \ingroup   gdcmFile
  39  * \brief     calcule la longueur (in bytes) A ALLOUER pour recevoir les
  40  *              pixels de l'image
  41  *              ou DES images dans le cas d'un multiframe
  42  *              ATTENTION : il ne s'agit PAS de la longueur du groupe des Pixels
  43  *              (dans le cas d'images compressees, elle n'a pas de sens).
  44  *
  45  * @return      longueur a allouer
  46  */
  47 void gdcmFile::SetPixelDataSizeFromHeader(void) {
  48    int nb;
  49    std::string str_nb;
  50
  51    str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
  52    if (str_nb == GDCM_UNFOUND ) {
  53       nb = 16;
  54    } else {
  55       nb = atoi(str_nb.c_str() );
  56       if (nb == 12) nb =16;
  57    }
  58    lgrTotale =  GetXSize() *  GetYSize() *  GetZSize() * (nb/8)* GetSamplesPerPixel();
  59    std::string str_PhotometricInterpretation = gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0004);
  60    if ( str_PhotometricInterpretation == "PALETTE COLOR " ) {
  61       lgrTotale*=3;
  62    }
  63 }
  64    // see PS 3.3-2003 : C.7.6.3.2.1
  65    //
  66    //   MONOCHROME1
  67    //   MONOCHROME2
  68    //   PALETTE COLOR
  69    //   RGB
  70    //   HSV  (Retired)
  71    //   ARGB (Retired)
  72    //   CMYK (Retired)
  73    //   YBR_FULL
  74    //   YBR_FULL_422 (no LUT, no Palette)
  75    //   YBR_PARTIAL_422
  76    //   YBR_ICT
  77    //   YBR_RCT
  78
  79   // LUT's
  80   // ex : gdcm-US-ALOKA-16.dcm
  81   // 0028|1221 [OW]   [Segmented Red Palette Color Lookup Table Data]
  82   // 0028|1222 [OW]   [Segmented Green Palette Color Lookup Table Data]
  83   // 0028|1223 [OW]   [Segmented Blue Palette Color Lookup Table Data]
  84
  85   // ex : US-PAL-8-10x-echo.dcm, 8BitsRunLengthColor.dcm
  86   // 0028|1201 [OW]   [Red Palette Color Lookup Table Data]
  87   // 0028|1202 [OW]   [Green Palette Color Lookup Table Data]
  88   // 0028|1203 [OW]   [Blue Palette Color Lookup Table Data]
  89
  90   // ex  : OT-PAL-8-face.dcm
  91   // 0028|1201 [US]   [Red Palette Color Lookup Table Data]
  92   // 0028|1202 [US]   [Green Palette Color Lookup Table Data]
  93   // 0028|1203 [US]   [Blue Palette Color Lookup Table Data]
  94
  95
  96
  97 /////////////////////////////////////////////////////////////////
  98 /**
  99  * \ingroup   gdcmFile
 100  * \brief     Returns the size (in bytes) of required memory to hold
 101  *            the pixel data represented in this file.
 102  * @return    The size of pixel data in bytes.
 103  */
 104
 105 size_t gdcmFile::GetImageDataSize(void) {
 106    return (lgrTotale);
 107 }
 108
 109
 110 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 111 /**
 112  * \ingroup gdcmFile
 113  * \brief   Read pixel data from disk (optionaly decompressing) into the
 114  *          caller specified memory location.
 115  * @param   destination where the pixel data should be stored.
 116  *
 117  */
 118 bool gdcmFile::ReadPixelData(void* destination) {
 119
 120    if ( !OpenFile())
 121       return false;
 122
 123     if ( fseek(fp, GetPixelOffset(), SEEK_SET) == -1 ) {
 124       CloseFile();
 125       return false;
 126    }
 127
 128 // -------------------------  Uncompressed File
 129
 130    if ( !IsDicomV3()                             ||
 131         IsImplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ||
 132         IsExplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ||
 133         IsExplicitVRBigEndianTransferSyntax()    ||
 134         IsDeflatedExplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ) {
 135
 136       size_t ItemRead = fread(destination, lgrTotale, 1, fp);
 137       if ( ItemRead != 1 ) {
 138          CloseFile();
 139          return false;
 140       } else {
 141          CloseFile();
 142          return true;
 143       }
 144    }
 145
 146  // ------------------------  Compressed File .
 147
 148       int nb;
 149       std::string str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
 150       if (str_nb == GDCM_UNFOUND ) {
 151          nb = 16;
 152       } else {
 153          nb = atoi(str_nb.c_str() );
 154          if (nb == 12) nb =16;
 155       }
 156       int nBytes= nb/8;
 157
 158       int taille = GetXSize() *  GetYSize()  * GetSamplesPerPixel();
 159
 160
 161   // ------------------------------- JPEG LossLess : call to Jpeg Libido
 162
 163    if (IsJPEGLossless() /*&& GetZSize() == 1*/) {
 164
 165       int ln; //  Position on begining of Jpeg Pixels
 166       fseek(fp,4,SEEK_CUR);  // skipping (fffe,e000) : Basic Offset Table Item
 167       fread(&ln,4,1,fp);
 168       if(GetSwapCode())
 169          ln=SwapLong(ln);    // Item length
 170       fseek(fp,ln,SEEK_CUR); // skipping Basic Offset Table ('ln' bytes)
 171       fseek(fp,4,SEEK_CUR);  // skipping (fffe,e000) : First fragment Item Tag
 172       fread(&ln,4,1,fp);     // First fragment length (just to know)
 173       if(GetSwapCode())
 174          ln=SwapLong(ln);
 175
 176       ClbJpeg* jpg = _IdDcmJpegRead(fp); // TODO : find a 'full' one.
 177                                          // (We use the LibIDO one :-(
 178       if(jpg == NULL) {
 179          CloseFile();
 180          return false;
 181       }
 182       int * dataJpg = jpg->DataImg;
 183
 184       switch (nBytes) {
 185          case 1:
 186          {
 187             unsigned short *dest = (unsigned short *)destination;
 188             for (int i=0; i<taille; i++) {
 189                *((unsigned char *)dest+i) = *(dataJpg +i);
 190             }
 191          }
 192          break;
 193
 194          case 2:
 195          {
 196             unsigned short *dest = (unsigned short *)destination;
 197             for (int i=0; i<taille; i++) {
 198                *((unsigned short *)dest+i) = *(dataJpg +i);
 199             }
 200          }
 201          break;
 202      }
 203       _IdDcmJpegFree (jpg);
 204       return true;
 205    }
 206
 207   // ------------------------------- RLE
 208
 209       if (gdcmHeader::IsRLELossLessTransferSyntax()) {
 210             int res = (bool)gdcm_read_RLE_file (destination);
 211             return res;
 212       }
 213
 214   // ------------------------------- JPEG Lossy : call to IJG 6b
 215
 216       long fragmentBegining; // for ftell, fseek
 217       bool b = gdcmHeader::IsJPEG2000();
 218
 219       bool res;
 220       guint16 ItemTagGr,ItemTagEl;
 221       int ln;  //  Position on begining of Jpeg Pixels
 222
 223       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 224       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 225       if(GetSwapCode()) {
 226          ItemTagGr=SwapShort(ItemTagGr);
 227          ItemTagEl=SwapShort(ItemTagEl);
 228       }
 229       fread(&ln,4,1,fp);
 230       if(GetSwapCode())
 231          ln=SwapLong(ln);    // Basic Offset Table Item length
 232
 233       if (ln != 0) {
 234          // What is it used for ?!?
 235          char *BasicOffsetTableItemValue = (char *)malloc(ln+1);
 236          fread(BasicOffsetTableItemValue,ln,1,fp);
 237       }
 238
 239       // first Fragment initialisation
 240       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 241       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 242       if(GetSwapCode()) {
 243          ItemTagGr=SwapShort(ItemTagGr);
 244          ItemTagEl=SwapShort(ItemTagEl);
 245       }
 246
 247       // parsing fragments until Sequence Delim. Tag found
 248        //unsigned short *dest = (unsigned short *)destination;
 249
 250       while (  ( ItemTagGr == 0xfffe) && (ItemTagEl != 0xe0dd) ) {
 251          fread(&ln,4,1,fp);
 252          if(GetSwapCode())
 253             ln=SwapLong(ln);    // Fragment Item length
 254
 255          // FIXME : multi fragments
 256          fragmentBegining=ftell(fp);
 257
 258
 259          if (b)
 260             res = (bool)gdcm_read_JPEG2000_file (destination);  // Reading Fragment pixels
 261
 262          else if (IsJPEGLossless()) {
 263                   // ------------- call to LibIDO Jpeg for each Frame/fragment
 264
 265                   // Warning : Works only if there is one fragment per frame
 266                   //           (Or a single fragment for the multiframe file)
 267             ClbJpeg* jpg = _IdDcmJpegRead(fp); // TODO : find a 'full' one.
 268                                                // (We use the LibIDO one :-(
 269             if(jpg == NULL) {
 270                CloseFile();
 271                return false;
 272             }
 273             int * dataJpg = jpg->DataImg;
 274             unsigned short *dest = (unsigned short *)destination;
 275             switch (nBytes) {
 276                case 1:
 277                {
 278                   for (int i=0; i<taille; i++) {
 279                      *((unsigned char *)dest+i) = *(dataJpg +i);
 280                   }
 281                break;
 282                }
 283
 284                case 2:
 285                {
 286                   for (int i=0; i<taille; i++) {
 287                      *((unsigned short *)dest+i) = *(dataJpg +i);
 288                   }
 289                break;
 290                }
 291            }
 292            _IdDcmJpegFree (jpg);
 293
 294          } // ------------------------------------- endif (IsJPEGLossless())
 295
 296          else
 297             if  (GetBitsStored() == 8) {
 298                 res = (bool)gdcm_read_JPEG_file (destination);  // Reading Fragment pixels
 299             } else {
 300                 res = (bool)gdcm_read_JPEG_file12 (destination);// Reading Fragment pixels
 301             }
 302
 303          if (!res) break;
 304
 305          // FIXME : will work only when each fragment corresponds to a Frame :-(
 306
 307          destination = (char *)destination + taille * nBytes; // location in user's memory
 308                                                   // for next fragment (if any)
 309          // TODO : find a suitable file (multifragment/single Frame Jpeg file) to check
 310
 311          fseek(fp,fragmentBegining,SEEK_SET); // To be sure we start
 312          fseek(fp,ln,SEEK_CUR);               // at the begining of next fragment
 313
 314          ItemTagGr = ItemTagEl =0;
 315          fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 316          fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 317          if(GetSwapCode()) {
 318             ItemTagGr=SwapShort(ItemTagGr);
 319             ItemTagEl=SwapShort(ItemTagEl);
 320          }
 321
 322       //(char *) destination += taille * nBytes;
 323       //std::cout << "destination" << destination << std::endl;
 324       }
 325
 326       return res;
 327 }
 328
 329 /**
 330  * \ingroup gdcmFile
 331  * \brief   Allocates necessary memory, copies the pixel data
 332  *          (image[s]/volume[s]) to newly allocated zone.
 333  * @return  Pointer to newly allocated pixel data.
 334  * \        NULL if alloc fails
 335  */
 336 void * gdcmFile::GetImageData (void) {
 337    PixelData = (void *) malloc(lgrTotale);
 338    if (PixelData)
 339       GetImageDataIntoVector(PixelData, lgrTotale);
 340    return(PixelData);
 341 }
 342
 343 /**
 344  * \ingroup gdcmFile
 345  * \brief   Copies at most MaxSize bytes of pixel data to caller's
 346  *          memory space.
 347  * @param   destination Address (in caller's memory space) at which the
 348  *          pixel data should be copied
 349  * @param   MaxSize Maximum number of bytes to be copied. When MaxSize
 350  *          is not sufficient to hold the pixel data the copy is not
 351  *          executed (i.e. no partial copy).
 352  * @return  On success, the number of bytes actually copied. Zero on
 353  *          failure e.g. MaxSize is lower than necessary.
 354  */
 355
 356 size_t gdcmFile::GetImageDataIntoVector (void* destination, size_t MaxSize) {
 357
 358    int nb, nbu, highBit, signe;
 359    std::string str_nbFrames, str_nb, str_nbu, str_highBit, str_signe;
 360
 361    if ( lgrTotale > MaxSize ) {
 362       dbg.Verbose(0, "gdcmFile::GetImageDataIntoVector: pixel data bigger"
 363                      "than caller's expected MaxSize");
 364       return (size_t)0;
 365    }
 366
 367    (void)ReadPixelData(destination);
 368
 369         // Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel
 370    str_nb = GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
 371    if (str_nb == GDCM_UNFOUND ) {
 372       nb = 16;
 373    } else {
 374       nb = atoi(str_nb.c_str() );
 375    }
 376
 377         // Nombre de Bits Utilises
 378    str_nbu=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0101);
 379    if (str_nbu == GDCM_UNFOUND ) {
 380       nbu = nb;
 381    } else {
 382       nbu = atoi(str_nbu.c_str() );
 383    }
 384
 385         // Position du Bit de Poids Fort
 386    str_highBit=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0102);
 387    if (str_highBit == GDCM_UNFOUND ) {
 388       highBit = nb - 1;
 389    } else {
 390       highBit = atoi(str_highBit.c_str() );
 391    }
 392
 393         // Signe des Pixels
 394    str_signe=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0103);
 395    if (str_signe == GDCM_UNFOUND ) {
 396       signe = 1;
 397    } else {
 398       signe = atoi(str_signe.c_str() );
 399    }
 400
 401    // re arange bytes inside the integer
 402    if (nb != 8)
 403      SwapZone(destination, GetSwapCode(), lgrTotale, nb);
 404
 405    // re arange bits inside the bytes
 406    if (nbu != nb){
 407       int l = (int)lgrTotale / (nb/8);
 408       if (nb == 16) {
 409          guint16 mask = 0xffff;
 410          mask = mask >> (nb-nbu);
 411          guint16 *deb = (guint16 *)destination;
 412          for(int i = 0; i<l; i++) {
 413             *deb = (*deb >> (nbu-highBit-1)) & mask;
 414             deb ++;
 415          }
 416       } else if (nb == 32 ) {
 417          guint32 mask = 0xffffffff;
 418          mask = mask >> (nb-nbu);
 419          guint32 *deb = (guint32 *)destination;
 420          for(int i = 0; i<l; i++) {
 421             *deb = (*deb >> (nbu-highBit-1)) & mask;
 422             deb ++;
 423          }
 424       } else {
 425          dbg.Verbose(0, "gdcmFile::GetImageDataIntoVector: wierd image");
 426          return (size_t)0;
 427       }
 428    }
 429
 430 // Just to 'see' was was actually read on disk :-(
 431 // Some troubles expected
 432
 433    // *Try* to deal with the color
 434    // ----------------------------
 435
 436    // Planar configuration = 0 : Pixels are already RGB
 437    // Planar configuration = 1 : 3 planes : R, G, B
 438    // Planar configuration = 2 : 1 gray Plane + 3 LUT
 439
 440    // Well ... supposed to be !
 441    // See US-PAL-8-10x-echo.dcm: PlanarConfiguration=0,PhotometricInterpretation=PALETTE COLOR
 442    // and heuristic has to be found :-(
 443
 444       std::string str_PhotometricInterpretation = gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0004);
 445
 446       if ( (str_PhotometricInterpretation == "MONOCHROME1 ")
 447         || (str_PhotometricInterpretation == "MONOCHROME2 ")
 448         || (str_PhotometricInterpretation == "RGB")) {
 449          return lgrTotale;
 450       }
 451       int planConf=GetPlanarConfiguration();
 452
 453       switch (planConf) {
 454       case 0:
 455          //       Pixels are already RGB
 456          break;
 457
 458       case 1:
 459
 460          {
 461          if (str_PhotometricInterpretation == "YBR_FULL") { // Warning : YBR_FULL_422 acts as RGB (?!)
 462
 463          //       need to make RGB Pixels from Planes Y,cB,cR
 464          // see http://lestourtereaux.free.fr/papers/data/yuvrgb.pdf
 465          // for code optimisation
 466
 467             int l = GetXSize()*GetYSize();
 468             int nbFrames = GetZSize();
 469
 470             unsigned char * newDest = (unsigned char*) malloc(lgrTotale);
 471             unsigned char *x  = newDest;
 472             unsigned char * a = (unsigned char *)destination;
 473             unsigned char * b = a + l;
 474             unsigned char * c = b + l;
 475
 476             double R,G,B;
 477
 478             // TODO : Replace by the 'well known'
 479             //        integer computation counterpart
 480             for (int i=0;i<nbFrames;i++) {
 481                for (int j=0;j<l; j++) {
 482                   R= 1.164 *( *a-16) + 1.596 *( *c -128) + 0.5;
 483                   G= 1.164 *( *a-16) - 0.813 *( *c -128) - 0.392 *(*b -128) + 0.5;
 484                   B= 1.164 *( *a-16) + 2.017 *( *b -128) + 0.5;
 485
 486                   if (R<0.0)   R=0.0;
 487                   if (G<0.0)   G=0.0;
 488                   if (B<0.0)   B=0.0;
 489                   if (R>255.0) R=255.0;
 490                   if (G>255.0) G=255.0;
 491                   if (B>255.0) B=255.0;
 492
 493                   *(x++) = (unsigned char)R;
 494                   *(x++) = (unsigned char)G;
 495                   *(x++) = (unsigned char)B;
 496                   a++; b++; c++;
 497                }
 498            }
 499             memmove(destination,newDest,lgrTotale);
 500             free(newDest);
 501
 502         } else {
 503
 504          //       need to make RGB Pixels from Planes R,G,B
 505
 506             int l = GetXSize()*GetYSize();
 507             int nbFrames = GetZSize();
 508
 509             char * newDest = (char*) malloc(lgrTotale);
 510             char *x  = newDest;
 511             char * a = (char *)destination;
 512             char * b = a + l;
 513             char * c = b + l;
 514
 515                // TODO :
 516                // any trick not to have to allocate temporary buffer is welcome ...
 517
 518             for (int i=0;i<nbFrames;i++) {
 519                for (int j=0;j<l; j++) {
 520                   *(x++) = *(a++);
 521                   *(x++) = *(b++);
 522                   *(x++) = *(c++);
 523                }
 524             }
 525             memmove(destination,newDest,lgrTotale);
 526             free(newDest);
 527         }
 528
 529             // now, it's an RGB image
 530             // Lets's write it in the Header
 531          std::string spp = "3";
 532          gdcmHeader::SetPubElValByNumber(spp,0x0028,0x0002);
 533          std::string rgb="RGB";
 534          gdcmHeader::SetPubElValByNumber(rgb,0x0028,0x0004);
 535          break;
 536        }
 537
 538        case 2:
 539          //       from Lut R + Lut G + Lut B
 540
 541          // we no longer use gdcmHeader::GetLUTRGB
 542          // since a lot of images have strange info
 543          // in the Lookup Table Descriptors (0028,1101),...
 544          {
 545          unsigned char * newDest = (unsigned char*) malloc(lgrTotale);
 546          unsigned char * a = (unsigned char *)destination;
 547
 548          unsigned char *lutR =(unsigned char *)GetPubElValVoidAreaByNumber(0x0028,0x1201);
 549          unsigned char *lutG =(unsigned char *)GetPubElValVoidAreaByNumber(0x0028,0x1202);
 550          unsigned char *lutB =(unsigned char *)GetPubElValVoidAreaByNumber(0x0028,0x1203);
 551
 552          if (lutR && lutG && lutB ) { // need to make RGB Pixels
 553                                       // from grey Pixels
 554                                       // and Lut R,Lut G,Lut B
 555
 556             unsigned char * newDest = (unsigned char*) malloc(lgrTotale);
 557             int l = lgrTotale/3;
 558             memmove(newDest, destination, l);// move Gray pixels to temp area
 559
 560             unsigned char * x = newDest;
 561
 562                int j;
 563                // See PS 3.3-2003 C.11.1.1.2 p 619
 564                //
 565                int mult;
 566                if ( GetLUTNbits()==16 && nb==8) mult=2; // See PS 3.3
 567                else mult=1;
 568
 569                for (int i=0;i<l; i++) {
 570                   j=newDest[i]*mult;
 571                   *a++ = lutR[j];
 572                   *a++ = lutG[j];
 573                   *a++ = lutB[j];
 574                }
 575
 576                free(newDest);
 577
 578                // now, it's an RGB image
 579            std::string spp = "3";
 580            gdcmHeader::SetPubElValByNumber(spp,0x0028,0x0002);
 581            std::string rgb="RGB";
 582            gdcmHeader::SetPubElValByNumber(rgb,0x0028,0x0004);
 583
 584          } else { // need to make RGB Pixels (?)
 585                   // from grey Pixels (?!)
 586                   // and Gray Lut  (!?!)
 587                unsigned char *lutGray =(unsigned char *)GetPubElValVoidAreaByNumber(0x0028,0x1200);
 588                     // Well . I'll wait till I find such an image
 589          }
 590          break;
 591          }
 592    }
 593
 594    return lgrTotale;
 595 }
 596
 597 //
 598 // Je laisse le code integral, au cas ça puisse etre reutilise ailleurs
 599 //
 600
 601 /**
 602  * \ingroup gdcmFile
 603  * \brief   Swap the bytes, according to swap code.
 604  * \warning not end user intended
 605  * @param   im area to deal with
 606  * @param   swap swap code
 607  * @param   lgr Area Length
 608  * @param   nb Pixels Bit number
 609  */
 610
 611 void gdcmFile::SwapZone(void* im, int swap, int lgr, int nb) {
 612 guint32 s32;
 613 guint16 fort,faible;
 614 int i;
 615
 616 if(nb == 16)
 617    switch(swap) {
 618       case 0:
 619       case 12:
 620       case 1234:
 621          break;
 622
 623       case 21:
 624       case 3412:
 625       case 2143:
 626       case 4321:
 627
 628          for(i=0;i<lgr;i++)
 629             ((unsigned short int*)im)[i]= ((((unsigned short int*)im)[i])>>8)
 630                                         | ((((unsigned short int*)im)[i])<<8);
 631          break;
 632
 633       default:
 634          printf("valeur de SWAP (16 bits) not allowed : %d\n", swap);
 635    }
 636
 637 if( nb == 32 )
 638    switch (swap) {
 639       case 0:
 640       case 1234:
 641          break;
 642
 643       case 4321:
 644          for(i=0;i<lgr;i++) {
 645             faible=  ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff;    /* 4321 */
 646             fort  =((unsigned long int*)im)[i]>>16;
 647             fort=  (fort>>8)   | (fort<<8);
 648             faible=(faible>>8) | (faible<<8);
 649             s32=faible;
 650             ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|fort;
 651          }
 652          break;
 653
 654       case 2143:
 655          for(i=0;i<lgr;i++) {
 656             faible=  ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff;    /* 2143 */
 657             fort=((unsigned long int*)im)[i]>>16;
 658             fort=  (fort>>8)   | (fort<<8);
 659             faible=(faible>>8) | (faible<<8);
 660             s32=fort;
 661             ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|faible;
 662          }
 663          break;
 664
 665       case 3412:
 666          for(i=0;i<lgr;i++) {
 667             faible=  ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff;    /* 3412 */
 668             fort=((unsigned long int*)im)[i]>>16;
 669             s32=faible;
 670             ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|fort;
 671          }
 672          break;
 673
 674       default:
 675          printf(" SWAP value (32 bits) not allowed : %d\n", swap);
 676    }
 677 return;
 678 }
 679
 680 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 681 /**
 682  * \ingroup   gdcmFile
 683  * \brief TODO JPR
 684  * \warning doit-etre etre publique ?
 685  * TODO : y a-t-il un inconvenient à fusioner ces 2 fonctions
 686  *
 687  * @param inData
 688  * @param ExpectedSize
 689  *
 690  * @return integer acts as a boolean
 691  */
 692 int gdcmFile::SetImageData(void * inData, size_t ExpectedSize) {
 693    SetImageDataSize(ExpectedSize);
 694    PixelData = inData;
 695    lgrTotale = ExpectedSize;
 696    return(1);
 697 }
 698
 699
 700 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 701 /**
 702  * \ingroup   gdcmFile
 703  * \brief Sets the Pixel Area size in the Header
 704  *        --> not-for-rats function
 705  *
 706  * \warning WARNING doit-etre etre publique ?
 707  * TODO : y aurait il un inconvenient à fusionner ces 2 fonctions
 708  *
 709  * @param ImageDataSize new Pixel Area Size
 710  *        warning : nothing else is checked
 711  */
 712
 713 void gdcmFile::SetImageDataSize(size_t ImageDataSize) {
 714    std::string content1;
 715    char car[20];
 716    // Assumes ElValue (0x7fe0, 0x0010) exists ...
 717    sprintf(car,"%d",ImageDataSize);
 718
 719    gdcmElValue*a = GetElValueByNumber(0x7fe0, 0x0010);
 720    a->SetLength(ImageDataSize);
 721
 722    ImageDataSize+=8;
 723    sprintf(car,"%d",ImageDataSize);
 724    content1=car;
 725    SetPubElValByNumber(content1, 0x7fe0, 0x0000);
 726 }
 727
 728
 729 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 730 /**
 731  * \ingroup   gdcmFile
 732  * \brief Ecrit sur disque les pixels d'UNE image
 733  *        Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
 734  *        Ca sera à l'utilisateur d'appeler son Reader correctement
 735  *        (Equivalent a IdImaWriteRawFile)
 736  *
 737  * @param fileName
 738  * @return
 739  */
 740
 741 int gdcmFile::WriteRawData (std::string fileName) {
 742    FILE * fp1;
 743    fp1 = fopen(fileName.c_str(),"wb");
 744    if (fp1 == NULL) {
 745       printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",fileName.c_str());
 746       return (0);
 747    }
 748    fwrite (PixelData,lgrTotale, 1, fp1);
 749    fclose (fp1);
 750    return(1);
 751 }
 752
 753 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 754 /**
 755  * \ingroup   gdcmFile
 756  * \brief Ecrit sur disque UNE image Dicom
 757  *        Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
 758  *         Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel
 759  *         (Equivalent a IdDcmWrite)
 760  *
 761  * @param fileName
 762  * @return int acts as a boolean
 763  */
 764
 765 int gdcmFile::WriteDcmImplVR (std::string fileName) {
 766    return WriteBase(fileName, ImplicitVR);
 767 }
 768
 769 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 770 /**
 771  * \ingroup   gdcmFile
 772  * \brief
 773  * @param  fileName
 774  * @return int acts as a boolean
 775  */
 776
 777 int gdcmFile::WriteDcmImplVR (const char* fileName) {
 778    return WriteDcmImplVR (std::string (fileName));
 779 }
 780
 781 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 782 /**
 783  * \ingroup   gdcmFile
 784  * \brief
 785  * @param  fileName
 786  * @return int acts as a boolean
 787  */
 788
 789 int gdcmFile::WriteDcmExplVR (std::string fileName) {
 790    return WriteBase(fileName, ExplicitVR);
 791 }
 792
 793 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 794 /**
 795  * \ingroup   gdcmFile
 796  * \brief  Ecrit au format ACR-NEMA sur disque l'entete et les pixels
 797  *        (a l'attention des logiciels cliniques
 798  *        qui ne prennent en entrée QUE des images ACR ...
 799  * \warning si un header DICOM est fourni en entree,
 800  *        les groupes < 0x0008 et les groupes impairs sont ignores)
 801  * \warning Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
 802  *        Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel
 803  *        (Equivalent a IdDcmWrite)
 804  *
 805  * @param fileName
 806  * @return int acts as a boolean
 807  */
 808
 809 int gdcmFile::WriteAcr (std::string fileName) {
 810    return WriteBase(fileName, ACR);
 811 }
 812
 813 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 814 /**
 815  * \ingroup   gdcmFile
 816  *
 817  * @param  FileName
 818  * @param  type
 819  *
 820  * @return int acts as a boolean
 821  */
 822 int gdcmFile::WriteBase (std::string FileName, FileType type) {
 823
 824    FILE * fp1;
 825    fp1 = fopen(FileName.c_str(),"wb");
 826    if (fp1 == NULL) {
 827       printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",FileName.c_str());
 828       return (0);
 829    }
 830
 831    if ( (type == ImplicitVR) || (type == ExplicitVR) ) {
 832       char * filePreamble;
 833       // writing Dicom File Preamble
 834       filePreamble=(char*)calloc(128,1);
 835       fwrite(filePreamble,128,1,fp1);
 836       fwrite("DICM",4,1,fp1);
 837    }
 838
 839    // --------------------------------------------------------------
 840    // Special Patch to allow gdcm to re-write ACR-LibIDO formated images
 841    //
 842    // if recognition code tells us we dealt with a LibIDO image
 843    // we reproduce on disk the switch between lineNumber and columnNumber
 844    // just before writting ...
 845
 846    std::string rows, columns;
 847    if ( filetype == ACR_LIBIDO){
 848          rows    = GetPubElValByNumber(0x0028, 0x0010);
 849          columns = GetPubElValByNumber(0x0028, 0x0011);
 850          SetPubElValByNumber(columns,  0x0028, 0x0010);
 851          SetPubElValByNumber(rows   ,  0x0028, 0x0011);
 852    }
 853    // ----------------- End of Special Patch ----------------
 854
 855    gdcmHeader::Write(fp1, type);
 856
 857    // --------------------------------------------------------------
 858    // Special Patch to allow gdcm to re-write ACR-LibIDO formated images
 859    //
 860    // ...and we restore the Header to be Dicom Compliant again
 861    // just after writting
 862
 863    if (filetype == ACR_LIBIDO){
 864          SetPubElValByNumber(rows   , 0x0028, 0x0010);
 865          SetPubElValByNumber(columns, 0x0028, 0x0011);
 866    }
 867    // ----------------- End of Special Patch ----------------
 868
 869    fwrite(PixelData, lgrTotale, 1, fp1);
 870    fclose (fp1);
 871    return(1);
 872 }