src/gdcmFile.cxx

   1 // gdcmFile.cxx
   2
   3 #include "gdcmFile.h"
   4 #include "gdcmUtil.h"
   5 #include "jpeg/ljpg/jpegless.h"
   6
   7 /////////////////////////////////////////////////////////////////
   8 /**
   9  * \ingroup   gdcmFile
  10  * \brief Constructor dedicated to writing a new DICOMV3 part10 compliant
  11  *        file (see SetFileName, SetDcmTag and Write)
  12  *        Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
  13  *        for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
  14  * \Note  the in-memory representation of all available tags found in
  15  *        the DICOM header is post-poned to first header information access.
  16  *        This avoid a double parsing of public part of the header when
  17  *        one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
  18  *        seen as a side effect).
  19  *
  20  * @param filename file to be opened for parsing
  21  *
  22  * @return
  23  */
  24
  25 gdcmFile::gdcmFile(std::string & filename)
  26         :gdcmHeader(filename.c_str())
  27 {
  28       if (IsReadable())
  29          SetPixelDataSizeFromHeader();
  30 }
  31
  32 gdcmFile::gdcmFile(const char * filename)
  33         :gdcmHeader(filename)
  34 {
  35    if (IsReadable())
  36       SetPixelDataSizeFromHeader();
  37 }
  38
  39 /**
  40  * \ingroup   gdcmFile
  41  * \brief     calcule la longueur (in bytes) A ALLOUER pour recevoir les
  42  *            pixels de l'image ou DES images dans le cas d'un multiframe
  43  *
  44  *          ATTENTION : il ne s'agit PAS de la longueur du groupe des Pixels
  45  *          (dans le cas d'images compressees, elle n'a pas de sens).
  46  *
  47  * @return      longueur a allouer
  48  */
  49 void gdcmFile::SetPixelDataSizeFromHeader(void) {
  50    int nb;
  51    std::string str_nb;
  52    str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
  53    if (str_nb == GDCM_UNFOUND ) {
  54       nb = 16;
  55    } else {
  56       nb = atoi(str_nb.c_str() );
  57       if (nb == 12) nb =16;
  58    }
  59    lgrTotale =  GetXSize() *  GetYSize() *  GetZSize()
  60               * (nb/8)* GetSamplesPerPixel();
  61    std::string str_PhotometricInterpretation =
  62                              gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0004);
  63    if ( str_PhotometricInterpretation == "PALETTE COLOR " ) {
  64       lgrTotale*=3;
  65    }
  66 }
  67
  68    // see PS 3.3-2003 : C.7.6.3.2.1
  69    //
  70    //   MONOCHROME1
  71    //   MONOCHROME2
  72    //   PALETTE COLOR
  73    //   RGB
  74    //   HSV  (Retired)
  75    //   ARGB (Retired)
  76    //   CMYK (Retired)
  77    //   YBR_FULL
  78    //   YBR_FULL_422 (no LUT, no Palette)
  79    //   YBR_PARTIAL_422
  80    //   YBR_ICT
  81    //   YBR_RCT
  82
  83   // LUT's
  84   // ex : gdcm-US-ALOKA-16.dcm
  85   // 0028|1221 [OW]   [Segmented Red Palette Color Lookup Table Data]
  86   // 0028|1222 [OW]   [Segmented Green Palette Color Lookup Table Data]
  87   // 0028|1223 [OW]   [Segmented Blue Palette Color Lookup Table Data]
  88
  89   // ex  : OT-PAL-8-face.dcm
  90   // 0028|1201 [US]   [Red Palette Color Lookup Table Data]
  91   // 0028|1202 [US]   [Green Palette Color Lookup Table Data]
  92   // 0028|1203 [US]   [Blue Palette Color Lookup Table Data]
  93
  94
  95 /////////////////////////////////////////////////////////////////
  96 /**
  97  * \ingroup   gdcmFile
  98  * \brief     Returns the size (in bytes) of required memory to hold
  99  *            the pixel data represented in this file.
 100  * @return    The size of pixel data in bytes.
 101  */
 102
 103 size_t gdcmFile::GetImageDataSize(void) {
 104    return (lgrTotale);
 105 }
 106
 107
 108 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 109 /**
 110  * \ingroup gdcmFile
 111  * \brief   Read pixel data from disk (optionaly decompressing) into the
 112  *          caller specified memory location.
 113  * @param   destination where the pixel data should be stored.
 114  *
 115  */
 116 bool gdcmFile::ReadPixelData(void* destination) {
 117
 118    if ( !OpenFile())
 119       return false;
 120
 121     if ( fseek(fp, GetPixelOffset(), SEEK_SET) == -1 ) {
 122       CloseFile();
 123       return false;
 124    }
 125
 126
 127    // ----------------------  Compacted File (12 Bits Per Pixel)
 128
 129    /* unpack 12 Bits pixels into 16 Bits pixels */
 130    /* 2 pixels 12bit =     [0xABCDEF]           */
 131    /* 2 pixels 16bit = [0x0ABD] + [0x0FCE]      */
 132
 133    if (GetBitsAllocated()==12) {
 134       int nbPixels = GetXSize()*GetYSize();
 135       unsigned char b0, b1, b2;
 136
 137       unsigned short int* pdestination = (unsigned short int*)destination;
 138       for(int p=0;p<nbPixels;p+=2) {
 139          fread(&b0,1,1,fp);
 140          fread(&b1,1,1,fp);
 141          fread(&b2,1,1,fp);
 142          //Two steps is necessary to please VC++
 143          *pdestination++ =  ((b0 >> 4) << 8) + ((b0 & 0x0f) << 4) + (b1 & 0x0f);
 144                        /* A */          /* B */            /* D */
 145          *pdestination++ =  ((b2 & 0x0f) << 8) + ((b1 >> 4) << 4) + (b2 >> 4);
 146                        /* F */          /* C */            /* E */
 147
 148         // Troubles expected on Big-Endian processors ?
 149       }
 150       return(true);
 151    }
 152
 153    // ----------------------  Uncompressed File
 154
 155    if ( !IsDicomV3()                             ||
 156         IsImplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ||
 157         IsExplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ||
 158         IsExplicitVRBigEndianTransferSyntax()    ||
 159         IsDeflatedExplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ) {
 160
 161       size_t ItemRead = fread(destination, GetPixelAreaLength(), 1, fp);
 162
 163       if ( ItemRead != 1 ) {
 164          CloseFile();
 165          return false;
 166       } else {
 167          CloseFile();
 168          return true;
 169       }
 170    }
 171
 172    // ---------------------- Run Length Encoding
 173
 174       if (gdcmHeader::IsRLELossLessTransferSyntax()) {
 175             int res = (bool)gdcm_read_RLE_file (destination);
 176             return res;
 177       }
 178
 179    // --------------- SingleFrame/Multiframe JPEG Lossless/Lossy/2000
 180
 181       int nb;
 182       std::string str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
 183       if (str_nb == GDCM_UNFOUND ) {
 184          nb = 16;
 185       } else {
 186          nb = atoi(str_nb.c_str() );
 187          if (nb == 12) nb =16;  // ?? 12 should be ACR-NEMA only ?
 188       }
 189       int nBytes= nb/8;
 190
 191       int taille = GetXSize() *  GetYSize()  * GetSamplesPerPixel();
 192       long fragmentBegining; // for ftell, fseek
 193
 194       bool jpg2000 =     IsJPEG2000();
 195       bool jpgLossless = IsJPEGLossless();
 196
 197       bool res = true;
 198       guint16 ItemTagGr,ItemTagEl;
 199       int ln;
 200
 201          //  Position on begining of Jpeg Pixels
 202
 203       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 204       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 205       if(GetSwapCode()) {
 206          ItemTagGr=SwapShort(ItemTagGr);
 207          ItemTagEl=SwapShort(ItemTagEl);
 208       }
 209       fread(&ln,4,1,fp);
 210       if(GetSwapCode())
 211          ln=SwapLong(ln);    // Basic Offset Table Item length
 212
 213       if (ln != 0) {
 214          // What is it used for ?!?
 215          char *BasicOffsetTableItemValue = (char *)malloc(ln+1);
 216          fread(BasicOffsetTableItemValue,ln,1,fp);
 217       }
 218
 219       // first Fragment initialisation
 220       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 221       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 222       if(GetSwapCode()) {
 223          ItemTagGr=SwapShort(ItemTagGr);
 224          ItemTagEl=SwapShort(ItemTagEl);
 225       }
 226
 227       // parsing fragments until Sequence Delim. Tag found
 228
 229       while (  ( ItemTagGr == 0xfffe) && (ItemTagEl != 0xe0dd) ) {
 230
 231                         // --- for each Fragment
 232
 233          fread(&ln,4,1,fp);
 234          if(GetSwapCode())
 235             ln=SwapLong(ln);    // Fragment Item length
 236
 237          fragmentBegining=ftell(fp);
 238
 239          if (jpg2000) {          // JPEG 2000 :    call to ???
 240
 241             res = (bool)gdcm_read_JPEG2000_file (destination);  // Not Yet written
 242
 243          } // ------------------------------------- endif (JPEG2000)
 244
 245          else if (jpgLossless) { // JPEG LossLess : call to xmedcom JPEG
 246
 247             JPEGLosslessDecodeImage (fp,                         // Reading Fragment pixels
 248                                      (unsigned short *)destination,
 249                                      GetPixelSize()*8* GetSamplesPerPixel(),
 250                                      ln);
 251             res=1; // in order not to break the loop
 252
 253          } // ------------------------------------- endif (JPEGLossless)
 254
 255          else {                   // JPEG Lossy : call to IJG 6b
 256
 257             if  (GetBitsStored() == 8) {
 258                 res = (bool)gdcm_read_JPEG_file (destination);  // Reading Fragment pixels
 259             } else {
 260                 res = (bool)gdcm_read_JPEG_file12 (destination);// Reading Fragment pixels
 261             }
 262          }  // ------------------------------------- endif (JPEGLossy)
 263
 264          if (!res) break;
 265
 266          destination = (char *)destination + taille * nBytes; // location in user's memory
 267                                                               // for next fragment (if any)
 268
 269          fseek(fp,fragmentBegining,SEEK_SET); // To be sure we start
 270          fseek(fp,ln,SEEK_CUR);               // at the begining of next fragment
 271
 272          ItemTagGr = ItemTagEl =0;
 273          fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 274          fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 275          if(GetSwapCode()) {
 276             ItemTagGr=SwapShort(ItemTagGr);
 277             ItemTagEl=SwapShort(ItemTagEl);
 278          }
 279
 280       }     // endWhile parsing fragments until Sequence Delim. Tag found
 281
 282       return res;
 283 }
 284
 285 /**
 286  * \ingroup gdcmFile
 287  * \brief   Allocates necessary memory, copies the pixel data
 288  *          (image[s]/volume[s]) to newly allocated zone.
 289  * @return  Pointer to newly allocated pixel data.
 290  * \        NULL if alloc fails
 291  */
 292 void * gdcmFile::GetImageData (void) {
 293    PixelData = (void *) malloc(lgrTotale);
 294    if (PixelData)
 295       GetImageDataIntoVector(PixelData, lgrTotale);
 296    return(PixelData);
 297 }
 298
 299 /**
 300  * \ingroup gdcmFile
 301  * \brief   Copies at most MaxSize bytes of pixel data to caller's
 302  *          memory space.
 303  * \warning This function was designed to avoid people that want to build
 304  *          a volume from an image stack to need first to get the image pixels
 305  *          and then move them to the volume area.
 306  *          It's absolutely useless for VTK users since vtk chooses
 307  *          to invert the lines of an image, that is the last line comes first
 308  *          (for some axis related reasons?). Hence he will have
 309  *          to load the image line by line, starting from the end.
 310  *          VTK users hace to call GetImageData
 311  *
 312  * @param   destination Address (in caller's memory space) at which the
 313  *          pixel data should be copied
 314  * @param   MaxSize Maximum number of bytes to be copied. When MaxSize
 315  *          is not sufficient to hold the pixel data the copy is not
 316  *          executed (i.e. no partial copy).
 317  * @return  On success, the number of bytes actually copied. Zero on
 318  *          failure e.g. MaxSize is lower than necessary.
 319  */
 320
 321 size_t gdcmFile::GetImageDataIntoVector (void* destination, size_t MaxSize) {
 322
 323    int nb, nbu, highBit, signe;
 324    std::string str_nbFrames, str_nb, str_nbu, str_highBit, str_signe;
 325
 326    if ( lgrTotale > MaxSize ) {
 327       dbg.Verbose(0, "gdcmFile::GetImageDataIntoVector: pixel data bigger"
 328                      "than caller's expected MaxSize");
 329       return (size_t)0;
 330    }
 331
 332    (void)ReadPixelData(destination);
 333
 334         // Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel
 335    str_nb = GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
 336    if (str_nb == GDCM_UNFOUND ) {
 337       nb = 16;
 338    } else {
 339       nb = atoi(str_nb.c_str() );
 340    }
 341
 342         // Nombre de Bits Utilises
 343    str_nbu=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0101);
 344    if (str_nbu == GDCM_UNFOUND ) {
 345       nbu = nb;
 346    } else {
 347       nbu = atoi(str_nbu.c_str() );
 348    }
 349
 350         // Position du Bit de Poids Fort
 351    str_highBit=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0102);
 352    if (str_highBit == GDCM_UNFOUND ) {
 353       highBit = nb - 1;
 354    } else {
 355       highBit = atoi(str_highBit.c_str() );
 356    }
 357         // Pixel sign
 358         // 0 = Unsigned
 359         // 1 = Signed
 360    str_signe=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0103);
 361    if (str_signe == GDCM_UNFOUND ) {
 362       signe = 0;  // default is unsigned
 363    } else {
 364       signe = atoi(str_signe.c_str() );
 365    }
 366
 367    // re arange bytes inside the integer
 368    if (nb != 8)
 369      SwapZone(destination, GetSwapCode(), lgrTotale, nb);
 370
 371    // to avoid pb with some xmedcon breakers images
 372    if (nb==16 && nbu<nb && signe==0) {
 373      int l = (int)lgrTotale / (nb/8);
 374      guint16 *deb = (guint16 *)destination;
 375      for(int i = 0; i<l; i++) {
 376         if(*deb == 0xffff)
 377            *deb=0;
 378            deb++;
 379          }
 380     }
 381
 382    // re arange bits inside the bytes
 383    if (nbu != nb){
 384       int l = (int)lgrTotale / (nb/8);
 385       if (nb == 16) {
 386          guint16 mask = 0xffff;
 387          mask = mask >> (nb-nbu);
 388          guint16 *deb = (guint16 *)destination;
 389          for(int i = 0; i<l; i++) {
 390             *deb = (*deb >> (nbu-highBit-1)) & mask;
 391             deb ++;
 392          }
 393       } else if (nb == 32 ) {
 394          guint32 mask = 0xffffffff;
 395          mask = mask >> (nb-nbu);
 396          guint32 *deb = (guint32 *)destination;
 397          for(int i = 0; i<l; i++) {
 398             *deb = (*deb >> (nbu-highBit-1)) & mask;
 399             deb ++;
 400          }
 401       } else {
 402          dbg.Verbose(0, "gdcmFile::GetImageDataIntoVector: wierd image");
 403          return (size_t)0;
 404       }
 405    }
 406
 407 // Just to 'see' what was actually read on disk :-(
 408 // Some troubles expected
 409 //   FILE * f2;
 410 //   f2 = fopen("SpuriousFile.raw","wb");
 411 //   fwrite(destination,lgrTotale,1,f2);
 412 //   fclose(f2);
 413
 414    // Deal with the color
 415    // -------------------
 416
 417        std::string str_PhotometricInterpretation =
 418                  gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0004);
 419
 420       if ( (str_PhotometricInterpretation == "MONOCHROME1 ")
 421         || (str_PhotometricInterpretation == "MONOCHROME2 ") ) {
 422          return lgrTotale;
 423       }
 424
 425    // Planar configuration = 0 : Pixels are already RGB
 426    // Planar configuration = 1 : 3 planes : R, G, B
 427    // Planar configuration = 2 : 1 gray Plane + 3 LUT
 428
 429    // Well ... supposed to be !
 430    // See US-PAL-8-10x-echo.dcm: PlanarConfiguration=0,
 431    //                            PhotometricInterpretation=PALETTE COLOR
 432    // and heuristic has to be found :-(
 433
 434       int planConf=GetPlanarConfiguration();  // 0028,0006
 435
 436       // Whatever Planar Configuration is,
 437       // "PALETTE COLOR " implies that we deal with the palette.
 438       if (str_PhotometricInterpretation == "PALETTE COLOR ")
 439          planConf=2;
 440
 441       switch (planConf) {
 442       case 0:
 443          //       Pixels are already RGB
 444          break;
 445
 446       case 1:
 447
 448          {
 449          if (str_PhotometricInterpretation == "YBR_FULL") {
 450
 451          // Warning : YBR_FULL_422 acts as RGB
 452          //       need to make RGB Pixels from Planes Y,cB,cR
 453          // see http://lestourtereaux.free.fr/papers/data/yuvrgb.pdf
 454          // for code optimisation
 455
 456             int l = GetXSize()*GetYSize();
 457             int nbFrames = GetZSize();
 458
 459             unsigned char * newDest = (unsigned char*) malloc(lgrTotale);
 460             unsigned char *x  = newDest;
 461             unsigned char * a = (unsigned char *)destination;
 462             unsigned char * b = a + l;
 463             unsigned char * c = b + l;
 464
 465             double R,G,B;
 466
 467             // TODO : Replace by the 'well known'
 468             //        integer computation counterpart
 469             for (int i=0;i<nbFrames;i++) {
 470                for (int j=0;j<l; j++) {
 471                   R= 1.164 *(*a-16) + 1.596 *(*c -128) + 0.5;
 472                   G= 1.164 *(*a-16) - 0.813 *(*c -128) - 0.392 *(*b -128) + 0.5;
 473                   B= 1.164 *(*a-16) + 2.017 *(*b -128) + 0.5;
 474
 475                   if (R<0.0)   R=0.0;
 476                   if (G<0.0)   G=0.0;
 477                   if (B<0.0)   B=0.0;
 478                   if (R>255.0) R=255.0;
 479                   if (G>255.0) G=255.0;
 480                   if (B>255.0) B=255.0;
 481
 482                   *(x++) = (unsigned char)R;
 483                   *(x++) = (unsigned char)G;
 484                   *(x++) = (unsigned char)B;
 485                   a++; b++; c++;
 486                }
 487            }
 488             memmove(destination,newDest,lgrTotale);
 489             free(newDest);
 490
 491         } else {
 492
 493          //       need to make RGB Pixels from Planes R,G,B
 494          //       (all the Frames at a time)
 495
 496             int l = GetXSize()*GetYSize()*GetZSize();
 497
 498             char * newDest = (char*) malloc(lgrTotale);
 499             char * x = newDest;
 500             char * a = (char *)destination;
 501             char * b = a + l;
 502             char * c = b + l;
 503
 504             for (int j=0;j<l; j++) {
 505                *(x++) = *(a++);
 506                *(x++) = *(b++);
 507                *(x++) = *(c++);
 508             }
 509
 510             memmove(destination,newDest,lgrTotale);
 511             free(newDest);
 512         }
 513
 514          break;
 515        }
 516
 517        case 2:
 518          //       from Lut R + Lut G + Lut B
 519
 520          {
 521          unsigned char * newDest = (unsigned char *)malloc(lgrTotale);
 522          unsigned char * a       = (unsigned char *)destination;
 523
 524          unsigned char * lutRGBA = (unsigned char *) GetLUTRGBA();
 525          if (lutRGBA) {
 526
 527          int l = lgrTotale/3;
 528          memmove(newDest, destination, l);// move Gray pixels to temp area
 529          int j;
 530          for (int i=0;i<l; i++) {         // Build RGB Pixels
 531             j=newDest[i]*4;
 532             *a++ = lutRGBA[j];
 533             *a++ = lutRGBA[j+1];
 534             *a++ = lutRGBA[j+2];
 535          }
 536             free(newDest);
 537
 538          } else {
 539              // need to make RGB Pixels (?)
 540              //    from grey Pixels (?!)
 541              //     and Gray Lut  (!?!)
 542              //    or Segmented Green Palette Color Lookup Table Data and so on
 543
 544              // Well . I'll wait till I find such an image
 545
 546                    // Oops! I get one (gdcm-US-ALOKA-16.dcm)
 547                    // No idea how to manage it
 548                    // It seems that *no Dicom Viewer* has any idea :-(
 549                    // Segmented xxx Palette Color are *more* than 65535 long ?!?
 550
 551             // WARNING : quick and dirty trick to produce
 552             //           a single plane Grey image
 553             // See also  gdcmHeaderHelper::GetNumberOfScalarComponents()
 554                     lgrTotale /=3;
 555                     return lgrTotale;
 556             // end of dirty trick
 557          }
 558          break;
 559       }
 560    }
 561             // now, it's an RGB image
 562             // Lets's write it in the Header
 563
 564          // CreateOrReplaceIfExist ?
 565
 566    std::string spp = "3";        // Samples Per Pixel
 567    gdcmHeader::SetPubElValByNumber(spp,0x0028,0x0002);
 568    std::string rgb="RGB ";       // Photometric Interpretation
 569    gdcmHeader::SetPubElValByNumber(rgb,0x0028,0x0004);
 570    std::string planConfig = "0"; // Planar Configuration
 571    gdcmHeader::SetPubElValByNumber(planConfig,0x0028,0x0006);
 572
 573          // TODO : Drop Palette Color out of the Header?
 574
 575    return lgrTotale;
 576 }
 577
 578
 579 /**
 580  * \ingroup gdcmFile
 581  * \brief   Swap the bytes, according to swap code.
 582  * \warning not end user intended
 583  * @param   im area to deal with
 584  * @param   swap swap code
 585  * @param   lgr Area Length
 586  * @param   nb Pixels Bit number
 587  */
 588
 589 void gdcmFile::SwapZone(void* im, int swap, int lgr, int nb) {
 590 guint32 s32;
 591 guint16 fort,faible;
 592 int i;
 593
 594 if(nb == 16)
 595    switch(swap) {
 596       case 0:
 597       case 12:
 598       case 1234:
 599          break;
 600
 601       case 21:
 602       case 3412:
 603       case 2143:
 604       case 4321:
 605
 606          for(i=0;i<lgr;i++)
 607             ((unsigned short int*)im)[i]= ((((unsigned short int*)im)[i])>>8)
 608                                         | ((((unsigned short int*)im)[i])<<8);
 609          break;
 610
 611       default:
 612          printf("valeur de SWAP (16 bits) not allowed : %d\n", swap);
 613    }
 614
 615 if( nb == 32 )
 616    switch (swap) {
 617       case 0:
 618       case 1234:
 619          break;
 620
 621       case 4321:
 622          for(i=0;i<lgr;i++) {
 623             faible=  ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff;    /* 4321 */
 624             fort  =((unsigned long int*)im)[i]>>16;
 625             fort=  (fort>>8)   | (fort<<8);
 626             faible=(faible>>8) | (faible<<8);
 627             s32=faible;
 628             ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|fort;
 629          }
 630          break;
 631
 632       case 2143:
 633          for(i=0;i<lgr;i++) {
 634             faible=  ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff;    /* 2143 */
 635             fort=((unsigned long int*)im)[i]>>16;
 636             fort=  (fort>>8)   | (fort<<8);
 637             faible=(faible>>8) | (faible<<8);
 638             s32=fort;
 639             ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|faible;
 640          }
 641          break;
 642
 643       case 3412:
 644          for(i=0;i<lgr;i++) {
 645             faible=  ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff;    /* 3412 */
 646             fort=((unsigned long int*)im)[i]>>16;
 647             s32=faible;
 648             ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|fort;
 649          }
 650          break;
 651
 652       default:
 653          printf(" SWAP value (32 bits) not allowed : %d\n", swap);
 654    }
 655 return;
 656 }
 657
 658 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 659 /**
 660  * \ingroup   gdcmFile
 661  * \brief TODO JPR
 662  * \warning doit-etre etre publique ?
 663  * TODO : y a-t-il un inconvenient à fusioner ces 2 fonctions
 664  *
 665  * @param inData
 666  * @param ExpectedSize
 667  *
 668  * @return integer acts as a boolean
 669  */
 670 int gdcmFile::SetImageData(void * inData, size_t ExpectedSize) {
 671    SetImageDataSize(ExpectedSize);
 672    PixelData = inData;
 673    lgrTotale = ExpectedSize;
 674    return(1);
 675 }
 676
 677
 678 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 679 /**
 680  * \ingroup   gdcmFile
 681  * \brief Sets the Pixel Area size in the Header
 682  *        --> not-for-rats function
 683  *
 684  * \warning WARNING doit-etre etre publique ?
 685  * TODO : y aurait il un inconvenient à fusionner ces 2 fonctions
 686  *
 687  * @param ImageDataSize new Pixel Area Size
 688  *        warning : nothing else is checked
 689  */
 690
 691 void gdcmFile::SetImageDataSize(size_t ImageDataSize) {
 692    std::string content1;
 693    char car[20];
 694    // Assumes ElValue (0x7fe0, 0x0010) exists ...
 695    sprintf(car,"%d",ImageDataSize);
 696
 697    gdcmElValue*a = GetElValueByNumber(0x7fe0, 0x0010);
 698    a->SetLength(ImageDataSize);
 699
 700    ImageDataSize+=8;
 701    sprintf(car,"%d",ImageDataSize);
 702    content1=car;
 703    SetPubElValByNumber(content1, 0x7fe0, 0x0000);
 704 }
 705
 706
 707 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 708 /**
 709  * \ingroup   gdcmFile
 710  * \brief Ecrit sur disque les pixels d'UNE image
 711  *        Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
 712  *        Ca sera à l'utilisateur d'appeler son Reader correctement
 713  *        (Equivalent a IdImaWriteRawFile)
 714  *
 715  * @param fileName
 716  * @return
 717  */
 718
 719 int gdcmFile::WriteRawData (std::string fileName) {
 720    FILE * fp1;
 721    fp1 = fopen(fileName.c_str(),"wb");
 722    if (fp1 == NULL) {
 723       printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",fileName.c_str());
 724       return (0);
 725    }
 726    fwrite (PixelData,lgrTotale, 1, fp1);
 727    fclose (fp1);
 728    return(1);
 729 }
 730
 731 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 732 /**
 733  * \ingroup   gdcmFile
 734  * \brief Ecrit sur disque UNE image Dicom
 735  *        Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
 736  *         Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel
 737  *         (Equivalent a IdDcmWrite)
 738  *
 739  * @param fileName
 740  * @return int acts as a boolean
 741  */
 742
 743 int gdcmFile::WriteDcmImplVR (std::string fileName) {
 744    return WriteBase(fileName, ImplicitVR);
 745 }
 746
 747 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 748 /**
 749  * \ingroup   gdcmFile
 750  * \brief
 751  * @param  fileName
 752  * @return int acts as a boolean
 753  */
 754
 755 int gdcmFile::WriteDcmImplVR (const char* fileName) {
 756    return WriteDcmImplVR (std::string (fileName));
 757 }
 758
 759 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 760 /**
 761  * \ingroup   gdcmFile
 762  * \brief
 763  * @param  fileName
 764  * @return int acts as a boolean
 765  */
 766
 767 int gdcmFile::WriteDcmExplVR (std::string fileName) {
 768    return WriteBase(fileName, ExplicitVR);
 769 }
 770
 771 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 772 /**
 773  * \ingroup   gdcmFile
 774  * \brief  Ecrit au format ACR-NEMA sur disque l'entete et les pixels
 775  *        (a l'attention des logiciels cliniques
 776  *        qui ne prennent en entrée QUE des images ACR ...
 777  * \warning si un header DICOM est fourni en entree,
 778  *        les groupes < 0x0008 et les groupes impairs sont ignores)
 779  * \warning Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
 780  *        Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel
 781  *        (Equivalent a IdDcmWrite)
 782  *
 783  * @param fileName
 784  * @return int acts as a boolean
 785  */
 786
 787 int gdcmFile::WriteAcr (std::string fileName) {
 788    return WriteBase(fileName, ACR);
 789 }
 790
 791 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 792 /**
 793  * \ingroup   gdcmFile
 794  *
 795  * @param  FileName
 796  * @param  type
 797  *
 798  * @return int acts as a boolean
 799  */
 800 int gdcmFile::WriteBase (std::string FileName, FileType type) {
 801
 802    FILE * fp1;
 803    fp1 = fopen(FileName.c_str(),"wb");
 804    if (fp1 == NULL) {
 805       printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",FileName.c_str());
 806       return (0);
 807    }
 808
 809    if ( (type == ImplicitVR) || (type == ExplicitVR) ) {
 810       char * filePreamble;
 811       // writing Dicom File Preamble
 812       filePreamble=(char*)calloc(128,1);
 813       fwrite(filePreamble,128,1,fp1);
 814       fwrite("DICM",4,1,fp1);
 815    }
 816
 817    // --------------------------------------------------------------
 818    // Special Patch to allow gdcm to re-write ACR-LibIDO formated images
 819    //
 820    // if recognition code tells us we dealt with a LibIDO image
 821    // we reproduce on disk the switch between lineNumber and columnNumber
 822    // just before writting ...
 823
 824    std::string rows, columns;
 825    if ( filetype == ACR_LIBIDO){
 826          rows    = GetPubElValByNumber(0x0028, 0x0010);
 827          columns = GetPubElValByNumber(0x0028, 0x0011);
 828          SetPubElValByNumber(columns,  0x0028, 0x0010);
 829          SetPubElValByNumber(rows   ,  0x0028, 0x0011);
 830    }
 831    // ----------------- End of Special Patch ----------------
 832
 833    gdcmHeader::Write(fp1, type);
 834
 835    // --------------------------------------------------------------
 836    // Special Patch to allow gdcm to re-write ACR-LibIDO formated images
 837    //
 838    // ...and we restore the Header to be Dicom Compliant again
 839    // just after writting
 840
 841    if (filetype == ACR_LIBIDO){
 842          SetPubElValByNumber(rows   , 0x0028, 0x0010);
 843          SetPubElValByNumber(columns, 0x0028, 0x0011);
 844    }
 845    // ----------------- End of Special Patch ----------------
 846
 847    fwrite(PixelData, lgrTotale, 1, fp1);
 848    fclose (fp1);
 849    return(1);
 850 }