src/gdcmFile.cxx

   1   /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: gdcmFile.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2004/12/10 13:49:07 $
   7   Version:   $Revision: 1.175 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #include "gdcmFile.h"
  20 #include "gdcmDocument.h"
  21 #include "gdcmDebug.h"
  22 #include "gdcmUtil.h"
  23 #include "gdcmBinEntry.h"
  24 #include "gdcmHeader.h"
  25 #include "gdcmPixelReadConvert.h"
  26 #include "gdcmPixelWriteConvert.h"
  27 #include "gdcmDocEntryArchive.h"
  28
  29 #include <fstream>
  30
  31 namespace gdcm
  32 {
  33 typedef std::pair<TagDocEntryHT::iterator,TagDocEntryHT::iterator> IterHT;
  34
  35 //-------------------------------------------------------------------------
  36 // Constructor / Destructor
  37 /**
  38  * \brief Constructor dedicated to deal with the *pixels* area of a ACR/DICOMV3
  39  *        file (Header only deals with the ... header)
  40  *        Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
  41  *        for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
  42  *        It will be up to the user to load the pixels into memory
  43  *        (see GetImageData, GetImageDataRaw)
  44  * \note  the in-memory representation of all available tags found in
  45  *        the DICOM header is post-poned to first header information access.
  46  *        This avoid a double parsing of public part of the header when
  47  *        one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
  48  *        seen as a side effect).
  49  */
  50 File::File( )
  51 {
  52    HeaderInternal = new Header( );
  53    SelfHeader = true;
  54    Initialise();
  55 }
  56
  57 /**
  58  * \brief Constructor dedicated to deal with the *pixels* area of a ACR/DICOMV3
  59  *        file (Header only deals with the ... header)
  60  *        Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
  61  *        for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
  62  *        It will be up to the user to load the pixels into memory
  63  *        (see GetImageData, GetImageDataRaw)
  64  * \note  the in-memory representation of all available tags found in
  65  *        the DICOM header is post-poned to first header information access.
  66  *        This avoid a double parsing of public part of the header when
  67  *        user sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
  68  *        seen as a side effect).
  69  * @param header already built Header
  70  */
  71 File::File(Header *header)
  72 {
  73    HeaderInternal = header;
  74    SelfHeader = false;
  75    Initialise();
  76 }
  77
  78 /**
  79  * \brief Constructor dedicated to deal with the *pixels* area of a ACR/DICOMV3
  80  *        file (Header only deals with the ... header)
  81  *        Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
  82  *        for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
  83  *        It will be up to the user to load the pixels into memory
  84  *        (see GetImageData, GetImageDataRaw)
  85  * \note  the in-memory representation of all available tags found in
  86  *        the DICOM header is post-poned to first header information access.
  87  *        This avoid a double parsing of public part of the header when
  88  *        one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
  89  *        seen as a side effect).
  90  * @param filename file to be opened for parsing
  91  */
  92 File::File(std::string const & filename )
  93 {
  94    HeaderInternal = new Header( filename );
  95    SelfHeader = true;
  96    Initialise();
  97 }
  98
  99 /**
 100  * \brief canonical destructor
 101  * \note  If the Header was created by the File constructor,
 102  *        it is destroyed by the File
 103  */
 104 File::~File()
 105 {
 106    if( PixelReadConverter )
 107    {
 108       delete PixelReadConverter;
 109    }
 110    if( PixelWriteConverter )
 111    {
 112       delete PixelWriteConverter;
 113    }
 114    if( Archive )
 115    {
 116       delete Archive;
 117    }
 118
 119    if( SelfHeader )
 120    {
 121       delete HeaderInternal;
 122    }
 123    HeaderInternal = 0;
 124 }
 125
 126 //-----------------------------------------------------------------------------
 127 // Print
 128
 129 //-----------------------------------------------------------------------------
 130 // Public
 131 /**
 132  * \brief   Get the size of the image data
 133  *
 134  *          If the image can be RGB (with a lut or by default), the size
 135  *          corresponds to the RGB image
 136  * @return  The image size
 137  */
 138 size_t File::GetImageDataSize()
 139 {
 140    if ( PixelWriteConverter->GetUserData() )
 141    {
 142       return PixelWriteConverter->GetUserDataSize();
 143    }
 144
 145    return PixelReadConverter->GetRGBSize();
 146 }
 147
 148 /**
 149  * \brief   Get the size of the image data
 150  *
 151  *          If the image can be RGB by transformation in a LUT, this
 152  *          transformation isn't considered
 153  * @return  The raw image size
 154  */
 155 size_t File::GetImageDataRawSize()
 156 {
 157    if ( PixelWriteConverter->GetUserData() )
 158    {
 159       return PixelWriteConverter->GetUserDataSize();
 160    }
 161
 162    return PixelReadConverter->GetRawSize();
 163 }
 164
 165 /**
 166  * \brief   - Allocates necessary memory,
 167  *          - Reads the pixels from disk (uncompress if necessary),
 168  *          - Transforms YBR pixels, if any, into RGB pixels
 169  *          - Transforms 3 planes R, G, B, if any, into a single RGB Plane
 170  *          - Transforms single Grey plane + 3 Palettes into a RGB Plane
 171  *          - Copies the pixel data (image[s]/volume[s]) to newly allocated zone.
 172  * @return  Pointer to newly allocated pixel data.
 173  *          NULL if alloc fails
 174  */
 175 uint8_t* File::GetImageData()
 176 {
 177    if ( PixelWriteConverter->GetUserData() )
 178    {
 179       return PixelWriteConverter->GetUserData();
 180    }
 181
 182    if ( ! GetRaw() )
 183    {
 184       // If the decompression failed nothing can be done.
 185       return 0;
 186    }
 187
 188    if ( HeaderInternal->HasLUT() && PixelReadConverter->BuildRGBImage() )
 189    {
 190       return PixelReadConverter->GetRGB();
 191    }
 192    else
 193    {
 194       // When no LUT or LUT conversion fails, return the Raw
 195       return PixelReadConverter->GetRaw();
 196    }
 197 }
 198
 199 /**
 200  * \brief   Allocates necessary memory,
 201  *          Transforms YBR pixels (if any) into RGB pixels
 202  *          Transforms 3 planes R, G, B  (if any) into a single RGB Plane
 203  *          Copies the pixel data (image[s]/volume[s]) to newly allocated zone.
 204  *          DOES NOT transform Grey plane + 3 Palettes into a RGB Plane
 205  * @return  Pointer to newly allocated pixel data.
 206  * \        NULL if alloc fails
 207  */
 208 uint8_t* File::GetImageDataRaw ()
 209 {
 210    return GetRaw();
 211 }
 212
 213 /**
 214  * \brief
 215  *          Read the pixels from disk (uncompress if necessary),
 216  *          Transforms YBR pixels, if any, into RGB pixels
 217  *          Transforms 3 planes R, G, B, if any, into a single RGB Plane
 218  *          Transforms single Grey plane + 3 Palettes into a RGB Plane
 219  *          Copies at most MaxSize bytes of pixel data to caller allocated
 220  *          memory space.
 221  * \warning This function allows people that want to build a volume
 222  *          from an image stack *not to* have, first to get the image pixels,
 223  *          and then move them to the volume area.
 224  *          It's absolutely useless for any VTK user since vtk chooses
 225  *          to invert the lines of an image, that is the last line comes first
 226  *          (for some axis related reasons?). Hence he will have
 227  *          to load the image line by line, starting from the end.
 228  *          VTK users have to call GetImageData
 229  *
 230  * @param   destination Address (in caller's memory space) at which the
 231  *          pixel data should be copied
 232  * @param   maxSize Maximum number of bytes to be copied. When MaxSize
 233  *          is not sufficient to hold the pixel data the copy is not
 234  *          executed (i.e. no partial copy).
 235  * @return  On success, the number of bytes actually copied. Zero on
 236  *          failure e.g. MaxSize is lower than necessary.
 237  */
 238 size_t File::GetImageDataIntoVector (void* destination, size_t maxSize)
 239 {
 240    if ( ! GetRaw() )
 241    {
 242       // If the decompression failed nothing can be done.
 243       return 0;
 244    }
 245
 246    if ( HeaderInternal->HasLUT() && PixelReadConverter->BuildRGBImage() )
 247    {
 248       if ( PixelReadConverter->GetRGBSize() > maxSize )
 249       {
 250          dbg.Verbose(0, "File::GetImageDataIntoVector: pixel data bigger"
 251                         "than caller's expected MaxSize");
 252          return 0;
 253       }
 254       memcpy( destination,
 255               (void*)PixelReadConverter->GetRGB(),
 256               PixelReadConverter->GetRGBSize() );
 257       return PixelReadConverter->GetRGBSize();
 258    }
 259
 260    // Either no LUT conversion necessary or LUT conversion failed
 261    if ( PixelReadConverter->GetRawSize() > maxSize )
 262    {
 263       dbg.Verbose(0, "File::GetImageDataIntoVector: pixel data bigger"
 264                      "than caller's expected MaxSize");
 265       return 0;
 266    }
 267    memcpy( destination,
 268            (void*)PixelReadConverter->GetRaw(),
 269            PixelReadConverter->GetRawSize() );
 270    return PixelReadConverter->GetRawSize();
 271 }
 272
 273 /**
 274  * \brief   Points the internal pointer to the callers inData
 275  *          image representation, BUT WITHOUT COPYING THE DATA.
 276  *          'image' Pixels are presented as C-like 2D arrays : line per line.
 277  *          'volume'Pixels are presented as C-like 3D arrays : plane per plane
 278  * \warning Since the pixels are not copied, it is the caller's responsability
 279  *          not to deallocate it's data before gdcm uses them (e.g. with
 280  *          the Write() method.
 281  * @param inData user supplied pixel area
 282  * @param expectedSize total image size, in Bytes
 283  *
 284  * @return boolean
 285  */
 286 void File::SetImageData(uint8_t* inData, size_t expectedSize)
 287 {
 288    SetUserData(inData,expectedSize);
 289 }
 290
 291 /**
 292  * \brief   Set the image datas defined by the user
 293  * \warning When writting the file, this datas are get as default datas to write
 294  */
 295 void File::SetUserData(uint8_t* data, size_t expectedSize)
 296 {
 297    PixelWriteConverter->SetUserData(data,expectedSize);
 298 }
 299
 300 /**
 301  * \brief   Get the image datas defined by the user
 302  * \warning When writting the file, this datas are get as default datas to write
 303  */
 304 uint8_t* File::GetUserData()
 305 {
 306    return PixelWriteConverter->GetUserData();
 307 }
 308
 309 /**
 310  * \brief   Get the image data size defined by the user
 311  * \warning When writting the file, this datas are get as default datas to write
 312  */
 313 size_t File::GetUserDataSize()
 314 {
 315    return PixelWriteConverter->GetUserDataSize();
 316 }
 317
 318 /**
 319  * \brief   Get the image datas from the file.
 320  *          If a LUT is found, the datas are expanded to be RGB
 321  */
 322 uint8_t* File::GetRGBData()
 323 {
 324    return PixelReadConverter->GetRGB();
 325 }
 326
 327 /**
 328  * \brief   Get the image data size from the file.
 329  *          If a LUT is found, the datas are expanded to be RGB
 330  */
 331 size_t File::GetRGBDataSize()
 332 {
 333    return PixelReadConverter->GetRGBSize();
 334 }
 335
 336 /**
 337  * \brief   Get the image datas from the file.
 338  *          If a LUT is found, the datas are not expanded !
 339  */
 340 uint8_t* File::GetRawData()
 341 {
 342    return PixelReadConverter->GetRaw();
 343 }
 344
 345 /**
 346  * \brief   Get the image data size from the file.
 347  *          If a LUT is found, the datas are not expanded !
 348  */
 349 size_t File::GetRawDataSize()
 350 {
 351    return PixelReadConverter->GetRawSize();
 352 }
 353
 354 /**
 355  * \brief Writes on disk A SINGLE Dicom file
 356  *        NO test is performed on  processor "Endiannity".
 357  *        It's up to the user to call his Reader properly
 358  * @param fileName name of the file to be created
 359  *                 (any already existing file is over written)
 360  * @return false if write fails
 361  */
 362
 363 bool File::WriteRawData(std::string const & fileName)
 364 {
 365   std::ofstream fp1(fileName.c_str(), std::ios::out | std::ios::binary );
 366    if (!fp1)
 367    {
 368       dbg.Verbose(2, "Fail to open (write) file:", fileName.c_str());
 369       return false;
 370    }
 371
 372    if(PixelWriteConverter->GetUserData())
 373       fp1.write((char*)PixelWriteConverter->GetUserData(), PixelWriteConverter->GetUserDataSize());
 374    else if(PixelReadConverter->GetRGB())
 375       fp1.write((char*)PixelReadConverter->GetRGB(), PixelReadConverter->GetRGBSize());
 376    else if(PixelReadConverter->GetRaw())
 377       fp1.write((char*)PixelReadConverter->GetRaw(), PixelReadConverter->GetRawSize());
 378
 379    fp1.close();
 380
 381    return true;
 382 }
 383
 384 /**
 385  * \brief Writes on disk A SINGLE Dicom file,
 386  *        using the Implicit Value Representation convention
 387  *        NO test is performed on  processor "Endiannity".
 388  * @param fileName name of the file to be created
 389  *                 (any already existing file is overwritten)
 390  * @return false if write fails
 391  */
 392
 393 bool File::WriteDcmImplVR (std::string const & fileName)
 394 {
 395    SetWriteTypeToDcmImplVR();
 396    return Write(fileName);
 397 }
 398
 399 /**
 400 * \brief Writes on disk A SINGLE Dicom file,
 401  *        using the Explicit Value Representation convention
 402  *        NO test is performed on  processor "Endiannity". * @param fileName name of the file to be created
 403  *                 (any already existing file is overwritten)
 404  * @return false if write fails
 405  */
 406
 407 bool File::WriteDcmExplVR (std::string const & fileName)
 408 {
 409    SetWriteTypeToDcmExplVR();
 410    return Write(fileName);
 411 }
 412
 413 /**
 414  * \brief Writes on disk A SINGLE Dicom file,
 415  *        using the ACR-NEMA convention
 416  *        NO test is performed on  processor "Endiannity".
 417  *        (a l'attention des logiciels cliniques
 418  *        qui ne prennent en entrée QUE des images ACR ...
 419  * \warning if a DICOM_V3 header is supplied,
 420  *         groups < 0x0008 and shadow groups are ignored
 421  * \warning NO TEST is performed on processor "Endiannity".
 422  * @param fileName name of the file to be created
 423  *                 (any already existing file is overwritten)
 424  * @return false if write fails
 425  */
 426
 427 bool File::WriteAcr (std::string const & fileName)
 428 {
 429    SetWriteTypeToAcr();
 430    return Write(fileName);
 431 }
 432
 433 bool File::Write(std::string const& fileName)
 434 {
 435    return WriteBase(fileName);
 436 }
 437
 438 bool File::SetEntryByNumber(std::string const& content,
 439                             uint16_t group, uint16_t element)
 440 {
 441    return HeaderInternal->SetEntryByNumber(content,group,element);
 442 }
 443
 444 bool File::SetEntryByNumber(uint8_t* content, int lgth,
 445                             uint16_t group, uint16_t element)
 446 {
 447    return HeaderInternal->SetEntryByNumber(content,lgth,group,element);
 448 }
 449
 450 bool File::ReplaceOrCreateByNumber(std::string const& content,
 451                                    uint16_t group, uint16_t element)
 452 {
 453    return HeaderInternal->ReplaceOrCreateByNumber(content,group,element) != NULL;
 454 }
 455
 456 /**
 457  * \brief Access to the underlying \ref PixelReadConverter RGBA LUT
 458  */
 459 uint8_t* File::GetLutRGBA()
 460 {
 461    return PixelReadConverter->GetLutRGBA();
 462 }
 463
 464 //-----------------------------------------------------------------------------
 465 // Protected
 466 /**
 467  * \brief NOT a end user inteded function
 468  *        (used by WriteDcmExplVR, WriteDcmImplVR, WriteAcr, etc)
 469  * @param fileName name of the file to be created
 470  *                 (any already existing file is overwritten)
 471  * @param  type file type (ExplicitVR, ImplicitVR, ...)
 472  * @return false if write fails
 473  */
 474 bool File::WriteBase (std::string const & fileName)
 475 {
 476    switch(WriteType)
 477    {
 478       case ImplicitVR:
 479          SetWriteFileTypeToImplicitVR();
 480          break;
 481       case ExplicitVR:
 482          SetWriteFileTypeToExplicitVR();
 483          break;
 484       case ACR:
 485       case ACR_LIBIDO:
 486          SetWriteFileTypeToACR();
 487          break;
 488       default:
 489          SetWriteFileTypeToExplicitVR();
 490    }
 491
 492    // --------------------------------------------------------------
 493    // Special Patch to allow gdcm to re-write ACR-LibIDO formated images
 494    //
 495    // if recognition code tells us we dealt with a LibIDO image
 496    // we reproduce on disk the switch between lineNumber and columnNumber
 497    // just before writting ...
 498    /// \todo the best trick would be *change* the recognition code
 499    ///       but pb expected if user deals with, e.g. COMPLEX images
 500    if( WriteType == ACR_LIBIDO )
 501    {
 502       SetWriteToLibido();
 503    }
 504    else
 505    {
 506       SetWriteToNoLibido();
 507    }
 508    // ----------------- End of Special Patch ----------------
 509
 510    switch(WriteMode)
 511    {
 512       case WMODE_RAW :
 513          SetWriteToRaw();
 514          break;
 515       case WMODE_RGB :
 516          SetWriteToRGB();
 517          break;
 518    }
 519
 520    bool check = CheckWriteIntegrity();
 521    if(check)
 522    {
 523       check = HeaderInternal->Write(fileName,WriteType);
 524    }
 525
 526    RestoreWrite();
 527    RestoreWriteFileType();
 528
 529    // --------------------------------------------------------------
 530    // Special Patch to allow gdcm to re-write ACR-LibIDO formated images
 531    //
 532    // ...and we restore the Header to be Dicom Compliant again
 533    // just after writting
 534    RestoreWriteOfLibido();
 535    // ----------------- End of Special Patch ----------------
 536
 537    return check;
 538 }
 539
 540 /**
 541  * \brief Check the write integrity
 542  *
 543  * The tests made are :
 544  *  - verify the size of the image to write with the possible write
 545  *    when the user set an image data
 546  * @return true if the check successfulls
 547  */
 548 bool File::CheckWriteIntegrity()
 549 {
 550    if(PixelWriteConverter->GetUserData())
 551    {
 552       int numberBitsAllocated = HeaderInternal->GetBitsAllocated();
 553       if ( numberBitsAllocated == 0 || numberBitsAllocated == 12 )
 554       {
 555          numberBitsAllocated = 16;
 556       }
 557
 558       size_t decSize = HeaderInternal->GetXSize()
 559                     * HeaderInternal->GetYSize()
 560                     * HeaderInternal->GetZSize()
 561                     * ( numberBitsAllocated / 8 )
 562                     * HeaderInternal->GetSamplesPerPixel();
 563       size_t rgbSize = decSize;
 564       if( HeaderInternal->HasLUT() )
 565          rgbSize = decSize * 3;
 566
 567       switch(WriteMode)
 568       {
 569          case WMODE_RAW :
 570             if( decSize!=PixelWriteConverter->GetUserDataSize() )
 571             {
 572                dbg.Verbose(0, "File::CheckWriteIntegrity: Data size is incorrect (Raw)");
 573                //std::cerr << "File::CheckWriteIntegrity: Data size is incorrect (Raw)\n"
 574                //          << decSize << " / " << PixelWriteConverter->GetUserDataSize() << "\n";
 575                return false;
 576             }
 577             break;
 578          case WMODE_RGB :
 579             if( rgbSize!=PixelWriteConverter->GetUserDataSize() )
 580             {
 581                dbg.Verbose(0, "File::CheckWriteIntegrity: Data size is incorrect (RGB)");
 582                //std::cerr << "File::CheckWriteIntegrity: Data size is incorrect (RGB)\n"
 583                //          << decSize << " / " << PixelWriteConverter->GetUserDataSize() << "\n";
 584                return false;
 585             }
 586             break;
 587       }
 588    }
 589
 590    return true;
 591 }
 592
 593 void File::SetWriteToRaw()
 594 {
 595    if(HeaderInternal->GetNumberOfScalarComponents()==3 && !HeaderInternal->HasLUT())
 596    {
 597       SetWriteToRGB();
 598    }
 599    else
 600    {
 601       ValEntry* photInt = CopyValEntry(0x0028,0x0004);
 602       if(HeaderInternal->HasLUT())
 603       {
 604          photInt->SetValue("PALETTE COLOR ");
 605       }
 606       else
 607       {
 608          photInt->SetValue("MONOCHROME1 ");
 609       }
 610
 611       PixelWriteConverter->SetReadData(PixelReadConverter->GetRaw(),
 612                                        PixelReadConverter->GetRawSize());
 613
 614       BinEntry* pixel = CopyBinEntry(GetHeader()->GetGrPixel(),GetHeader()->GetNumPixel());
 615       pixel->SetValue(GDCM_BINLOADED);
 616       pixel->SetBinArea(PixelWriteConverter->GetData(),false);
 617       pixel->SetLength(PixelWriteConverter->GetDataSize());
 618
 619       Archive->Push(photInt);
 620       Archive->Push(pixel);
 621    }
 622 }
 623
 624 void File::SetWriteToRGB()
 625 {
 626    if(HeaderInternal->GetNumberOfScalarComponents()==3)
 627    {
 628       PixelReadConverter->BuildRGBImage();
 629
 630       ValEntry* spp = CopyValEntry(0x0028,0x0002);
 631       spp->SetValue("3 ");
 632
 633       ValEntry* planConfig = CopyValEntry(0x0028,0x0006);
 634       planConfig->SetValue("0 ");
 635
 636       ValEntry* photInt = CopyValEntry(0x0028,0x0004);
 637       photInt->SetValue("RGB ");
 638
 639       if(PixelReadConverter->GetRGB())
 640       {
 641          PixelWriteConverter->SetReadData(PixelReadConverter->GetRGB(),
 642                                           PixelReadConverter->GetRGBSize());
 643       }
 644       else // Raw data
 645       {
 646          PixelWriteConverter->SetReadData(PixelReadConverter->GetRaw(),
 647                                           PixelReadConverter->GetRawSize());
 648       }
 649
 650       BinEntry* pixel = CopyBinEntry(GetHeader()->GetGrPixel(),GetHeader()->GetNumPixel());
 651       pixel->SetValue(GDCM_BINLOADED);
 652       pixel->SetBinArea(PixelWriteConverter->GetData(),false);
 653       pixel->SetLength(PixelWriteConverter->GetDataSize());
 654
 655       Archive->Push(spp);
 656       Archive->Push(planConfig);
 657       Archive->Push(photInt);
 658       Archive->Push(pixel);
 659
 660       // Remove any LUT
 661       Archive->Push(0x0028,0x1101);
 662       Archive->Push(0x0028,0x1102);
 663       Archive->Push(0x0028,0x1103);
 664       Archive->Push(0x0028,0x1201);
 665       Archive->Push(0x0028,0x1202);
 666       Archive->Push(0x0028,0x1203);
 667
 668       // For old ACR-NEMA
 669       // Thus, we have a RGB image and the bits allocated = 24 and
 670       // samples per pixels = 1 (in the read file)
 671       if(HeaderInternal->GetBitsAllocated()==24)
 672       {
 673          ValEntry* bitsAlloc = CopyValEntry(0x0028,0x0100);
 674          bitsAlloc->SetValue("8 ");
 675
 676          ValEntry* bitsStored = CopyValEntry(0x0028,0x0101);
 677          bitsStored->SetValue("8 ");
 678
 679          ValEntry* highBit = CopyValEntry(0x0028,0x0102);
 680          highBit->SetValue("7 ");
 681
 682          Archive->Push(bitsAlloc);
 683          Archive->Push(bitsStored);
 684          Archive->Push(highBit);
 685       }
 686    }
 687    else
 688    {
 689       SetWriteToRaw();
 690    }
 691 }
 692
 693 void File::RestoreWrite()
 694 {
 695    Archive->Restore(0x0028,0x0002);
 696    Archive->Restore(0x0028,0x0004);
 697    Archive->Restore(0x0028,0x0006);
 698    Archive->Restore(GetHeader()->GetGrPixel(),GetHeader()->GetNumPixel());
 699
 700    // For old ACR-NEMA (24 bits problem)
 701    Archive->Restore(0x0028,0x0100);
 702    Archive->Restore(0x0028,0x0101);
 703    Archive->Restore(0x0028,0x0102);
 704
 705    // For the LUT
 706    Archive->Restore(0x0028,0x1101);
 707    Archive->Restore(0x0028,0x1102);
 708    Archive->Restore(0x0028,0x1103);
 709    Archive->Restore(0x0028,0x1201);
 710    Archive->Restore(0x0028,0x1202);
 711    Archive->Restore(0x0028,0x1203);
 712 }
 713
 714 void File::SetWriteFileTypeToACR()
 715 {
 716    Archive->Push(0x0002,0x0010);
 717 }
 718
 719 void File::SetWriteFileTypeToExplicitVR()
 720 {
 721    std::string ts = Util::DicomString(
 722       Document::GetTransferSyntaxValue(ExplicitVRLittleEndian).c_str() );
 723
 724    ValEntry* tss = CopyValEntry(0x0002,0x0010);
 725    tss->SetValue(ts);
 726
 727    Archive->Push(tss);
 728 }
 729
 730 void File::SetWriteFileTypeToImplicitVR()
 731 {
 732    std::string ts = Util::DicomString(
 733       Document::GetTransferSyntaxValue(ImplicitVRLittleEndian).c_str() );
 734
 735    ValEntry* tss = CopyValEntry(0x0002,0x0010);
 736    tss->SetValue(ts);
 737 }
 738
 739 void File::RestoreWriteFileType()
 740 {
 741    Archive->Restore(0x0002,0x0010);
 742 }
 743
 744 void File::SetWriteToLibido()
 745 {
 746    ValEntry *oldRow = dynamic_cast<ValEntry *>(HeaderInternal->GetDocEntryByNumber(0x0028, 0x0010));
 747    ValEntry *oldCol = dynamic_cast<ValEntry *>(HeaderInternal->GetDocEntryByNumber(0x0028, 0x0011));
 748
 749    if( oldRow && oldCol )
 750    {
 751       std::string rows, columns;
 752
 753       ValEntry *newRow=new ValEntry(oldRow->GetDictEntry());
 754       ValEntry *newCol=new ValEntry(oldCol->GetDictEntry());
 755
 756       newRow->Copy(oldCol);
 757       newCol->Copy(oldRow);
 758
 759       newRow->SetValue(oldCol->GetValue());
 760       newCol->SetValue(oldRow->GetValue());
 761
 762       Archive->Push(newRow);
 763       Archive->Push(newCol);
 764    }
 765
 766    ValEntry *libidoCode = CopyValEntry(0x0008,0x0010);
 767    libidoCode->SetValue("ACRNEMA_LIBIDO_1.1");
 768    Archive->Push(libidoCode);
 769 }
 770
 771 void File::SetWriteToNoLibido()
 772 {
 773    ValEntry *recCode = dynamic_cast<ValEntry *>(HeaderInternal->GetDocEntryByNumber(0x0008,0x0010));
 774    if( recCode )
 775    {
 776       if( recCode->GetValue() == "ACRNEMA_LIBIDO_1.1" )
 777       {
 778          ValEntry *libidoCode = CopyValEntry(0x0008,0x0010);
 779          libidoCode->SetValue("");
 780          Archive->Push(libidoCode);
 781       }
 782    }
 783 }
 784
 785 void File::RestoreWriteOfLibido()
 786 {
 787    Archive->Restore(0x0028,0x0010);
 788    Archive->Restore(0x0028,0x0011);
 789    Archive->Restore(0x0008,0x0010);
 790 }
 791
 792 ValEntry* File::CopyValEntry(uint16_t group,uint16_t element)
 793 {
 794    DocEntry* oldE = HeaderInternal->GetDocEntryByNumber(group, element);
 795    ValEntry* newE;
 796
 797    if(oldE)
 798    {
 799       newE = new ValEntry(oldE->GetDictEntry());
 800       newE->Copy(oldE);
 801    }
 802    else
 803    {
 804       newE = GetHeader()->NewValEntryByNumber(group,element);
 805    }
 806
 807    return(newE);
 808 }
 809
 810 BinEntry* File::CopyBinEntry(uint16_t group,uint16_t element)
 811 {
 812    DocEntry* oldE = HeaderInternal->GetDocEntryByNumber(group, element);
 813    BinEntry* newE;
 814
 815    if(oldE)
 816    {
 817       newE = new BinEntry(oldE->GetDictEntry());
 818       newE->Copy(oldE);
 819    }
 820    else
 821    {
 822       newE = GetHeader()->NewBinEntryByNumber(group,element);
 823    }
 824
 825    return(newE);
 826 }
 827
 828 //-----------------------------------------------------------------------------
 829 // Protected
 830 /**
 831  * \brief Factorization for various forms of constructors.
 832  */
 833 void File::Initialise()
 834 {
 835    WriteMode = WMODE_RAW;
 836    WriteType = ExplicitVR;
 837
 838    PixelReadConverter = new PixelReadConvert;
 839    PixelWriteConverter = new PixelWriteConvert;
 840    Archive = new DocEntryArchive( HeaderInternal );
 841
 842    if ( HeaderInternal->IsReadable() )
 843    {
 844       PixelReadConverter->GrabInformationsFromHeader( HeaderInternal );
 845    }
 846 }
 847
 848 uint8_t* File::GetRaw()
 849 {
 850    uint8_t* raw = PixelReadConverter->GetRaw();
 851    if ( ! raw )
 852    {
 853       // The Raw image migth not be loaded yet:
 854       std::ifstream* fp = HeaderInternal->OpenFile();
 855       PixelReadConverter->ReadAndDecompressPixelData( fp );
 856       if(fp)
 857          HeaderInternal->CloseFile();
 858
 859       raw = PixelReadConverter->GetRaw();
 860       if ( ! raw )
 861       {
 862          dbg.Verbose(0, "File::GetRaw: read/decompress of "
 863                         "pixel data apparently went wrong.");
 864          return 0;
 865       }
 866    }
 867
 868    return raw;
 869 }
 870
 871 //-----------------------------------------------------------------------------
 872 // Private
 873
 874 //-----------------------------------------------------------------------------
 875 } // end namespace gdcm
 876