src/gdcmFile.cxx

   1 // gdcmFile.cxx
   2
   3 #include "gdcmFile.h"
   4 #include "gdcmUtil.h"
   5 #include "jpeg/ljpg/jpegless.h"
   6
   7 /////////////////////////////////////////////////////////////////
   8 /**
   9  * \ingroup   gdcmFile
  10  * \brief Constructor dedicated to writing a new DICOMV3 part10 compliant
  11  *        file (see SetFileName, SetDcmTag and Write)
  12  *        Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
  13  *        for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
  14  * \Note  the in-memory representation of all available tags found in
  15  *        the DICOM header is post-poned to first header information access.
  16  *        This avoid a double parsing of public part of the header when
  17  *        one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
  18  *        seen as a side effect).
  19  *
  20  * @param filename file to be opened for parsing
  21  *
  22  * @return
  23  */
  24
  25 gdcmFile::gdcmFile(std::string & filename)
  26         :gdcmHeader(filename.c_str())
  27 {
  28       if (IsReadable())
  29          SetPixelDataSizeFromHeader();
  30 }
  31
  32 gdcmFile::gdcmFile(const char * filename)
  33         :gdcmHeader(filename)
  34 {
  35    if (IsReadable())
  36       SetPixelDataSizeFromHeader();
  37 }
  38
  39 /**
  40  * \ingroup   gdcmFile
  41  * \brief     calcule la longueur (in bytes) A ALLOUER pour recevoir les
  42  *            pixels de l'image ou DES images dans le cas d'un multiframe
  43  *
  44  *          ATTENTION : il ne s'agit PAS de la longueur du groupe des Pixels
  45  *          (dans le cas d'images compressees, elle n'a pas de sens).
  46  *
  47  * @return      longueur a allouer
  48  */
  49 void gdcmFile::SetPixelDataSizeFromHeader(void) {
  50    int nb;
  51    std::string str_nb;
  52    str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
  53    if (str_nb == GDCM_UNFOUND ) {
  54       nb = 16;
  55    } else {
  56       nb = atoi(str_nb.c_str() );
  57       if (nb == 12) nb =16;
  58    }
  59    lgrTotale =  lgrTotaleRaw = GetXSize() *  GetYSize() *  GetZSize()
  60               * (nb/8)* GetSamplesPerPixel();
  61    std::string str_PhotometricInterpretation =
  62                              gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0004);
  63
  64    /*if ( str_PhotometricInterpretation == "PALETTE COLOR " )*/
  65    // pb when undealt Segmented Palette Color
  66
  67     if (HasLUT()) {
  68       lgrTotale*=3;
  69    }
  70 }
  71
  72    // see PS 3.3-2003 : C.7.6.3.2.1
  73    //
  74    //   MONOCHROME1
  75    //   MONOCHROME2
  76    //   PALETTE COLOR
  77    //   RGB
  78    //   HSV  (Retired)
  79    //   ARGB (Retired)
  80    //   CMYK (Retired)
  81    //   YBR_FULL
  82    //   YBR_FULL_422 (no LUT, no Palette)
  83    //   YBR_PARTIAL_422
  84    //   YBR_ICT
  85    //   YBR_RCT
  86
  87   // LUT's
  88   // ex : gdcm-US-ALOKA-16.dcm
  89   // 0028|1221 [OW]   [Segmented Red Palette Color Lookup Table Data]
  90   // 0028|1222 [OW]   [Segmented Green Palette Color Lookup Table Data]
  91   // 0028|1223 [OW]   [Segmented Blue Palette Color Lookup Table Data]
  92
  93   // ex  : OT-PAL-8-face.dcm
  94   // 0028|1201 [US]   [Red Palette Color Lookup Table Data]
  95   // 0028|1202 [US]   [Green Palette Color Lookup Table Data]
  96   // 0028|1203 [US]   [Blue Palette Color Lookup Table Data]
  97
  98
  99 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 100 /**
 101  * \ingroup   gdcmFile
 102  * \brief     Returns the size (in bytes) of required memory to hold
 103  *            the pixel data represented in this file.
 104  * @return    The size of pixel data in bytes.
 105  */
 106
 107 size_t gdcmFile::GetImageDataSize(void) {
 108    return (lgrTotale);
 109 }
 110
 111
 112 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 113 /**
 114  * \ingroup gdcmFile
 115  * \brief   Read pixel data from disk (optionaly decompressing) into the
 116  *          caller specified memory location.
 117  * @param   destination where the pixel data should be stored.
 118  *
 119  */
 120 bool gdcmFile::ReadPixelData(void* destination) {
 121
 122    if ( !OpenFile())
 123       return false;
 124
 125     if ( fseek(fp, GetPixelOffset(), SEEK_SET) == -1 ) {
 126       CloseFile();
 127       return false;
 128    }
 129
 130
 131    // ----------------------  Compacted File (12 Bits Per Pixel)
 132
 133    /* unpack 12 Bits pixels into 16 Bits pixels */
 134    /* 2 pixels 12bit =     [0xABCDEF]           */
 135    /* 2 pixels 16bit = [0x0ABD] + [0x0FCE]      */
 136
 137    if (GetBitsAllocated()==12) {
 138       int nbPixels = GetXSize()*GetYSize();
 139       unsigned char b0, b1, b2;
 140
 141       unsigned short int* pdestination = (unsigned short int*)destination;
 142       for(int p=0;p<nbPixels;p+=2) {
 143          fread(&b0,1,1,fp);
 144          fread(&b1,1,1,fp);
 145          fread(&b2,1,1,fp);
 146          //Two steps is necessary to please VC++
 147          *pdestination++ =  ((b0 >> 4) << 8) + ((b0 & 0x0f) << 4) + (b1 & 0x0f);
 148                        /* A */          /* B */            /* D */
 149          *pdestination++ =  ((b2 & 0x0f) << 8) + ((b1 >> 4) << 4) + (b2 >> 4);
 150                        /* F */          /* C */            /* E */
 151
 152         // Troubles expected on Big-Endian processors ?
 153       }
 154       return(true);
 155    }
 156
 157    // ----------------------  Uncompressed File
 158
 159    if ( !IsDicomV3()                             ||
 160         IsImplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ||
 161         IsExplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ||
 162         IsExplicitVRBigEndianTransferSyntax()    ||
 163         IsDeflatedExplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ) {
 164
 165       size_t ItemRead = fread(destination, GetPixelAreaLength(), 1, fp);
 166
 167       if ( ItemRead != 1 ) {
 168          CloseFile();
 169          return false;
 170       } else {
 171          CloseFile();
 172          return true;
 173       }
 174    }
 175
 176    // ---------------------- Run Length Encoding
 177
 178       if (gdcmHeader::IsRLELossLessTransferSyntax()) {
 179             int res = (bool)gdcm_read_RLE_file (destination);
 180             return res;
 181       }
 182
 183    // --------------- SingleFrame/Multiframe JPEG Lossless/Lossy/2000
 184
 185       int nb;
 186       std::string str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
 187       if (str_nb == GDCM_UNFOUND ) {
 188          nb = 16;
 189       } else {
 190          nb = atoi(str_nb.c_str() );
 191          if (nb == 12) nb =16;  // ?? 12 should be ACR-NEMA only ?
 192       }
 193       int nBytes= nb/8;
 194
 195       int taille = GetXSize() *  GetYSize()  * GetSamplesPerPixel();
 196       long fragmentBegining; // for ftell, fseek
 197
 198       bool jpg2000 =     IsJPEG2000();
 199       bool jpgLossless = IsJPEGLossless();
 200
 201       bool res = true;
 202       guint16 ItemTagGr,ItemTagEl;
 203       int ln;
 204
 205          //  Position on begining of Jpeg Pixels
 206
 207       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 208       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 209       if(GetSwapCode()) {
 210          ItemTagGr=SwapShort(ItemTagGr);
 211          ItemTagEl=SwapShort(ItemTagEl);
 212       }
 213       fread(&ln,4,1,fp);
 214       if(GetSwapCode())
 215          ln=SwapLong(ln);    // Basic Offset Table Item length
 216
 217       if (ln != 0) {
 218          // What is it used for ?!?
 219          char *BasicOffsetTableItemValue = (char *)malloc(ln+1);
 220          fread(BasicOffsetTableItemValue,ln,1,fp);
 221       }
 222
 223       // first Fragment initialisation
 224       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 225       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 226       if(GetSwapCode()) {
 227          ItemTagGr=SwapShort(ItemTagGr);
 228          ItemTagEl=SwapShort(ItemTagEl);
 229       }
 230
 231       // parsing fragments until Sequence Delim. Tag found
 232
 233       while (  ( ItemTagGr == 0xfffe) && (ItemTagEl != 0xe0dd) ) {
 234
 235                         // --- for each Fragment
 236
 237          fread(&ln,4,1,fp);
 238          if(GetSwapCode())
 239             ln=SwapLong(ln);    // Fragment Item length
 240
 241          fragmentBegining=ftell(fp);
 242
 243          if (jpg2000) {          // JPEG 2000 :    call to ???
 244
 245             res = (bool)gdcm_read_JPEG2000_file (destination);  // Not Yet written
 246
 247          } // ------------------------------------- endif (JPEG2000)
 248
 249          else if (jpgLossless) { // JPEG LossLess : call to xmedcom JPEG
 250
 251             JPEGLosslessDecodeImage (fp,                         // Reading Fragment pixels
 252                                      (unsigned short *)destination,
 253                                      GetPixelSize()*8* GetSamplesPerPixel(),
 254                                      ln);
 255             res=1; // in order not to break the loop
 256
 257          } // ------------------------------------- endif (JPEGLossless)
 258
 259          else {                   // JPEG Lossy : call to IJG 6b
 260
 261             if  (GetBitsStored() == 8) {
 262                 res = (bool)gdcm_read_JPEG_file (destination);  // Reading Fragment pixels
 263             } else {
 264                 res = (bool)gdcm_read_JPEG_file12 (destination);// Reading Fragment pixels
 265             }
 266          }  // ------------------------------------- endif (JPEGLossy)
 267
 268          if (!res) break;
 269
 270          destination = (char *)destination + taille * nBytes; // location in user's memory
 271                                                               // for next fragment (if any)
 272
 273          fseek(fp,fragmentBegining,SEEK_SET); // To be sure we start
 274          fseek(fp,ln,SEEK_CUR);               // at the begining of next fragment
 275
 276          ItemTagGr = ItemTagEl =0;
 277          fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 278          fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 279          if(GetSwapCode()) {
 280             ItemTagGr=SwapShort(ItemTagGr);
 281             ItemTagEl=SwapShort(ItemTagEl);
 282          }
 283
 284       }     // endWhile parsing fragments until Sequence Delim. Tag found
 285
 286       return res;
 287 }
 288
 289 /**
 290  * \ingroup gdcmFile
 291  * \brief   Allocates necessary memory, copies the pixel data
 292  *          (image[s]/volume[s]) to newly allocated zone.
 293  *          Transforms YBR pixels into RGB pixels if any
 294             Transforms 3 planes R, G, B into a single RGB Plane
 295             Transforms single Grey plane + 3 Palettes into a RGB Plane
 296  * @return  Pointer to newly allocated pixel data.
 297  * \        NULL if alloc fails
 298  */
 299 void * gdcmFile::GetImageData (void) {
 300    PixelData = (void *) malloc(lgrTotale);
 301    if (PixelData)
 302       GetImageDataIntoVector(PixelData, lgrTotale);
 303    return(PixelData);
 304 }
 305
 306 /**
 307  * \ingroup gdcmFile
 308  * \brief   Allocates necessary memory, copies the pixel data
 309  *          (image[s]/volume[s]) to newly allocated zone.
 310  *          Transforms YBR pixels into RGB pixels if any
 311             Transforms 3 planes R, G, B into a single RGB Plane
 312             DOES NOT transform Grey plane + 3 Palettes into a RGB Plane
 313  * @return  Pointer to newly allocated pixel data.
 314  * \        NULL if alloc fails
 315  */
 316 void * gdcmFile::GetImageDataRaw (void) {
 317    if (HasLUT())
 318       lgrTotale /= 3;  // TODO Let gdcmHeadar user a chance
 319                        // to get the right value
 320                        // Create a member lgrTotaleRaw ???
 321    PixelData = (void *) malloc(lgrTotale);
 322    if (PixelData)
 323       GetImageDataIntoVectorRaw(PixelData, lgrTotale);
 324    return(PixelData);
 325 }
 326
 327 /**
 328  * \ingroup gdcmFile
 329  * \brief   Copies at most MaxSize bytes of pixel data to caller's
 330  *          memory space.
 331  * \warning This function was designed to avoid people that want to build
 332  *          a volume from an image stack to need first to get the image pixels
 333  *          and then move them to the volume area.
 334  *          It's absolutely useless for any VTK user since vtk chooses
 335  *          to invert the lines of an image, that is the last line comes first
 336  *          (for some axis related reasons?). Hence he will have
 337  *          to load the image line by line, starting from the end.
 338  *          VTK users have to call GetImageData
 339  *
 340  * @param   destination Address (in caller's memory space) at which the
 341  *          pixel data should be copied
 342  * @param   MaxSize Maximum number of bytes to be copied. When MaxSize
 343  *          is not sufficient to hold the pixel data the copy is not
 344  *          executed (i.e. no partial copy).
 345  * @return  On success, the number of bytes actually copied. Zero on
 346  *          failure e.g. MaxSize is lower than necessary.
 347  */
 348
 349 size_t gdcmFile::GetImageDataIntoVector (void* destination, size_t MaxSize) {
 350
 351    size_t l = GetImageDataIntoVectorRaw (destination, MaxSize);
 352
 353    if (!HasLUT())
 354       return lgrTotale;
 355
 356          //       from Lut R + Lut G + Lut B
 357
 358    unsigned char * newDest = (unsigned char *)malloc(lgrTotale);
 359    unsigned char * a       = (unsigned char *)destination;
 360    unsigned char * lutRGBA = (unsigned char *)GetLUTRGBA();
 361    if (lutRGBA) {
 362       int l = lgrTotale/3;
 363       memmove(newDest, destination, l);// move Gray pixels to temp area
 364       int j;
 365       for (int i=0;i<l; i++) {         // Build RGB Pixels
 366          j=newDest[i]*4;
 367          *a++ = lutRGBA[j];
 368          *a++ = lutRGBA[j+1];
 369          *a++ = lutRGBA[j+2];
 370       }
 371       free(newDest);
 372
 373    // now, it's an RGB image
 374    // Lets's write it in the Header
 375
 376          // CreateOrReplaceIfExist ?
 377
 378    std::string spp = "3";        // Samples Per Pixel
 379    gdcmHeader::SetPubElValByNumber(spp,0x0028,0x0002);
 380    std::string rgb= "RGB ";      // Photometric Interpretation
 381    gdcmHeader::SetPubElValByNumber(rgb,0x0028,0x0004);
 382    std::string planConfig = "0"; // Planar Configuration
 383    gdcmHeader::SetPubElValByNumber(planConfig,0x0028,0x0006);
 384
 385
 386    } else {
 387              // need to make RGB Pixels (?)
 388              //    from grey Pixels (?!)
 389              //     and Gray Lut  (!?!)
 390              //    or Segmented xxx Palette Color Lookup Table Data and so on
 391
 392              // Well . I'll wait till I find such an image
 393
 394                    // Oops! I get one (gdcm-US-ALOKA-16.dcm)
 395                    // No idea how to manage it
 396                    // It seems that *no Dicom Viewer* has any idea :-(
 397                    // Segmented xxx Palette Color are *more* than 65535 long ?!?
 398
 399       std::string rgb= "MONOCHROME1 ";      // Photometric Interpretation
 400       gdcmHeader::SetPubElValByNumber(rgb,0x0028,0x0004);
 401
 402    }
 403
 404          // TODO : Drop Palette Color out of the Header?
 405
 406    return lgrTotale;
 407 }
 408
 409
 410
 411 /**
 412  * \ingroup gdcmFile
 413  * \brief   Copies at most MaxSize bytes of pixel data to caller's
 414  *          memory space.
 415  * \warning This function was designed to avoid people that want to build
 416  *          a volume from an image stack to need first to get the image pixels
 417  *          and then move them to the volume area.
 418  *          It's absolutely useless for any VTK user since vtk chooses
 419  *          to invert the lines of an image, that is the last line comes first
 420  *          (for some axis related reasons?). Hence he will have
 421  *          to load the image line by line, starting from the end.
 422  *          VTK users hace to call GetImageData
 423   * \warning DOES NOT transform the Grey Plane + Palette Color (if any)
 424  *                   into a single RGB Pixels Plane
 425  *          the (VTK) user will manage the palettes
 426  *
 427  * @param   destination Address (in caller's memory space) at which the
 428  *          pixel data should be copied
 429  * @param   MaxSize Maximum number of bytes to be copied. When MaxSize
 430  *          is not sufficient to hold the pixel data the copy is not
 431  *          executed (i.e. no partial copy).
 432  * @return  On success, the number of bytes actually copied. Zero on
 433  *          failure e.g. MaxSize is lower than necessary.
 434  */
 435
 436 size_t gdcmFile::GetImageDataIntoVectorRaw (void* destination, size_t MaxSize) {
 437
 438    int nb, nbu, highBit, signe;
 439    std::string str_nbFrames, str_nb, str_nbu, str_highBit, str_signe;
 440
 441    if ( lgrTotale > MaxSize ) {
 442       dbg.Verbose(0, "gdcmFile::GetImageDataIntoVector: pixel data bigger"
 443                      "than caller's expected MaxSize");
 444       return (size_t)0;
 445    }
 446
 447    (void)ReadPixelData(destination);
 448
 449         // Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel
 450    str_nb = GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
 451    if (str_nb == GDCM_UNFOUND ) {
 452       nb = 16;
 453    } else {
 454       nb = atoi(str_nb.c_str() );
 455    }
 456
 457         // Nombre de Bits Utilises
 458    str_nbu=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0101);
 459    if (str_nbu == GDCM_UNFOUND ) {
 460       nbu = nb;
 461    } else {
 462       nbu = atoi(str_nbu.c_str() );
 463    }
 464
 465         // Position du Bit de Poids Fort
 466    str_highBit=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0102);
 467    if (str_highBit == GDCM_UNFOUND ) {
 468       highBit = nb - 1;
 469    } else {
 470       highBit = atoi(str_highBit.c_str() );
 471    }
 472         // Pixel sign
 473         // 0 = Unsigned
 474         // 1 = Signed
 475    str_signe=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0103);
 476    if (str_signe == GDCM_UNFOUND ) {
 477       signe = 0;  // default is unsigned
 478    } else {
 479       signe = atoi(str_signe.c_str() );
 480    }
 481
 482    // re arange bytes inside the integer
 483    if (nb != 8)
 484      SwapZone(destination, GetSwapCode(), lgrTotale, nb);
 485
 486    // to avoid pb with some xmedcon breakers images
 487    if (nb==16 && nbu<nb && signe==0) {
 488      int l = (int)lgrTotale / (nb/8);
 489      guint16 *deb = (guint16 *)destination;
 490      for(int i = 0; i<l; i++) {
 491         if(*deb == 0xffff)
 492            *deb=0;
 493            deb++;
 494          }
 495     }
 496
 497    // re arange bits inside the bytes
 498    if (nbu != nb){
 499       int l = (int)lgrTotale / (nb/8);
 500       if (nb == 16) {
 501          guint16 mask = 0xffff;
 502          mask = mask >> (nb-nbu);
 503          guint16 *deb = (guint16 *)destination;
 504          for(int i = 0; i<l; i++) {
 505             *deb = (*deb >> (nbu-highBit-1)) & mask;
 506             deb ++;
 507          }
 508       } else if (nb == 32 ) {
 509          guint32 mask = 0xffffffff;
 510          mask = mask >> (nb-nbu);
 511          guint32 *deb = (guint32 *)destination;
 512          for(int i = 0; i<l; i++) {
 513             *deb = (*deb >> (nbu-highBit-1)) & mask;
 514             deb ++;
 515          }
 516       } else {
 517          dbg.Verbose(0, "gdcmFile::GetImageDataIntoVector: wierd image");
 518          return (size_t)0;
 519       }
 520    }
 521
 522 // Just to 'see' what was actually read on disk :-(
 523 // Some troubles expected
 524 //   FILE * f2;
 525 //   f2 = fopen("SpuriousFile.raw","wb");
 526 //   fwrite(destination,lgrTotale,1,f2);
 527 //   fclose(f2);
 528
 529    // Deal with the color
 530    // -------------------
 531
 532        std::string str_PhotometricInterpretation =
 533                  gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0004);
 534
 535       if ( (str_PhotometricInterpretation == "MONOCHROME1 ")
 536         || (str_PhotometricInterpretation == "MONOCHROME2 ") ) {
 537          return lgrTotale;
 538       }
 539
 540    // Planar configuration = 0 : Pixels are already RGB
 541    // Planar configuration = 1 : 3 planes : R, G, B
 542    // Planar configuration = 2 : 1 gray Plane + 3 LUT
 543
 544    // Well ... supposed to be !
 545    // See US-PAL-8-10x-echo.dcm: PlanarConfiguration=0,
 546    //                            PhotometricInterpretation=PALETTE COLOR
 547    // and heuristic has to be found :-(
 548
 549       int planConf=GetPlanarConfiguration();  // 0028,0006
 550
 551       // Whatever Planar Configuration is,
 552       // "PALETTE COLOR " implies that we deal with the palette.
 553       if (str_PhotometricInterpretation == "PALETTE COLOR ")
 554          planConf=2;
 555
 556       switch (planConf) {
 557       case 0:
 558          //       Pixels are already RGB
 559          break;
 560
 561       case 1:
 562
 563          {
 564          if (str_PhotometricInterpretation == "YBR_FULL") {
 565
 566          // Warning : YBR_FULL_422 acts as RGB
 567          //       need to make RGB Pixels from Planes Y,cB,cR
 568          // see http://lestourtereaux.free.fr/papers/data/yuvrgb.pdf
 569          // for code optimisation
 570
 571             int l = GetXSize()*GetYSize();
 572             int nbFrames = GetZSize();
 573
 574             unsigned char * newDest = (unsigned char*) malloc(lgrTotale);
 575             unsigned char *x  = newDest;
 576             unsigned char * a = (unsigned char *)destination;
 577             unsigned char * b = a + l;
 578             unsigned char * c = b + l;
 579
 580             double R,G,B;
 581
 582             // TODO : Replace by the 'well known'
 583             //        integer computation counterpart
 584             for (int i=0;i<nbFrames;i++) {
 585                for (int j=0;j<l; j++) {
 586                   R= 1.164 *(*a-16) + 1.596 *(*c -128) + 0.5;
 587                   G= 1.164 *(*a-16) - 0.813 *(*c -128) - 0.392 *(*b -128) + 0.5;
 588                   B= 1.164 *(*a-16) + 2.017 *(*b -128) + 0.5;
 589
 590                   if (R<0.0)   R=0.0;
 591                   if (G<0.0)   G=0.0;
 592                   if (B<0.0)   B=0.0;
 593                   if (R>255.0) R=255.0;
 594                   if (G>255.0) G=255.0;
 595                   if (B>255.0) B=255.0;
 596
 597                   *(x++) = (unsigned char)R;
 598                   *(x++) = (unsigned char)G;
 599                   *(x++) = (unsigned char)B;
 600                   a++; b++; c++;
 601                }
 602            }
 603             memmove(destination,newDest,lgrTotale);
 604             free(newDest);
 605
 606         } else {
 607
 608          //       need to make RGB Pixels from R,G,B Planes
 609          //       (all the Frames at a time)
 610
 611             int l = GetXSize()*GetYSize()*GetZSize();
 612
 613             char * newDest = (char*) malloc(lgrTotale);
 614             char * x = newDest;
 615             char * a = (char *)destination;
 616             char * b = a + l;
 617             char * c = b + l;
 618
 619             for (int j=0;j<l; j++) {
 620                *(x++) = *(a++);
 621                *(x++) = *(b++);
 622                *(x++) = *(c++);
 623             }
 624
 625             memmove(destination,newDest,lgrTotale);
 626             free(newDest);
 627         }
 628
 629          break;
 630        }
 631
 632        case 2:
 633          //       Palettes were found
 634          //       Let the user deal with them !
 635           return lgrTotale;
 636    }
 637             // now, it's an RGB image
 638             // Lets's write it in the Header
 639
 640          // CreateOrReplaceIfExist ?
 641
 642
 643
 644    std::string spp = "3";        // Samples Per Pixel
 645    gdcmHeader::SetPubElValByNumber(spp,0x0028,0x0002);
 646    std::string rgb="RGB ";   // Photometric Interpretation
 647    gdcmHeader::SetPubElValByNumber(rgb,0x0028,0x0004);
 648
 649    std::string planConfig = "0"; // Planar Configuration
 650    gdcmHeader::SetPubElValByNumber(planConfig,0x0028,0x0006);
 651
 652          // TODO : Drop Palette Color out of the Header?
 653
 654    return lgrTotale;
 655 }
 656
 657
 658
 659 /**
 660  * \ingroup gdcmFile
 661  * \brief   Swap the bytes, according to swap code.
 662  * \warning not end user intended
 663  * @param   im area to deal with
 664  * @param   swap swap code
 665  * @param   lgr Area Length
 666  * @param   nb Pixels Bit number
 667  */
 668
 669 void gdcmFile::SwapZone(void* im, int swap, int lgr, int nb) {
 670 guint32 s32;
 671 guint16 fort,faible;
 672 int i;
 673
 674 if(nb == 16)
 675    switch(swap) {
 676       case 0:
 677       case 12:
 678       case 1234:
 679          break;
 680
 681       case 21:
 682       case 3412:
 683       case 2143:
 684       case 4321:
 685
 686          for(i=0;i<lgr;i++)
 687             ((unsigned short int*)im)[i]= ((((unsigned short int*)im)[i])>>8)
 688                                         | ((((unsigned short int*)im)[i])<<8);
 689          break;
 690
 691       default:
 692          printf("valeur de SWAP (16 bits) not allowed : %d\n", swap);
 693    }
 694
 695 if( nb == 32 )
 696    switch (swap) {
 697       case 0:
 698       case 1234:
 699          break;
 700
 701       case 4321:
 702          for(i=0;i<lgr;i++) {
 703             faible=  ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff;    /* 4321 */
 704             fort  =((unsigned long int*)im)[i]>>16;
 705             fort=  (fort>>8)   | (fort<<8);
 706             faible=(faible>>8) | (faible<<8);
 707             s32=faible;
 708             ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|fort;
 709          }
 710          break;
 711
 712       case 2143:
 713          for(i=0;i<lgr;i++) {
 714             faible=  ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff;    /* 2143 */
 715             fort=((unsigned long int*)im)[i]>>16;
 716             fort=  (fort>>8)   | (fort<<8);
 717             faible=(faible>>8) | (faible<<8);
 718             s32=fort;
 719             ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|faible;
 720          }
 721          break;
 722
 723       case 3412:
 724          for(i=0;i<lgr;i++) {
 725             faible=  ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff;    /* 3412 */
 726             fort=((unsigned long int*)im)[i]>>16;
 727             s32=faible;
 728             ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|fort;
 729          }
 730          break;
 731
 732       default:
 733          printf(" SWAP value (32 bits) not allowed : %d\n", swap);
 734    }
 735 return;
 736 }
 737
 738 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 739 /**
 740  * \ingroup   gdcmFile
 741  * \brief TODO JPR
 742  * \warning doit-etre etre publique ?
 743  * TODO : y a-t-il un inconvenient à fusioner ces 2 fonctions
 744  *
 745  * @param inData
 746  * @param ExpectedSize
 747  *
 748  * @return integer acts as a boolean
 749  */
 750 int gdcmFile::SetImageData(void * inData, size_t ExpectedSize) {
 751    SetImageDataSize(ExpectedSize);
 752    PixelData = inData;
 753    lgrTotale = ExpectedSize;
 754    return(1);
 755 }
 756
 757
 758 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 759 /**
 760  * \ingroup   gdcmFile
 761  * \brief Sets the Pixel Area size in the Header
 762  *        --> not-for-rats function
 763  *
 764  * \warning WARNING doit-etre etre publique ?
 765  * TODO : y aurait il un inconvenient à fusionner ces 2 fonctions
 766  *
 767  * @param ImageDataSize new Pixel Area Size
 768  *        warning : nothing else is checked
 769  */
 770
 771 void gdcmFile::SetImageDataSize(size_t ImageDataSize) {
 772    std::string content1;
 773    char car[20];
 774    // Assumes ElValue (0x7fe0, 0x0010) exists ...
 775    sprintf(car,"%d",ImageDataSize);
 776
 777    gdcmElValue*a = GetElValueByNumber(0x7fe0, 0x0010);
 778    a->SetLength(ImageDataSize);
 779
 780    ImageDataSize+=8;
 781    sprintf(car,"%d",ImageDataSize);
 782    content1=car;
 783    SetPubElValByNumber(content1, 0x7fe0, 0x0000);
 784 }
 785
 786
 787 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 788 /**
 789  * \ingroup   gdcmFile
 790  * \brief Ecrit sur disque les pixels d'UNE image
 791  *        Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
 792  *        Ca sera à l'utilisateur d'appeler son Reader correctement
 793  *        (Equivalent a IdImaWriteRawFile)
 794  *
 795  * @param fileName
 796  * @return
 797  */
 798
 799 int gdcmFile::WriteRawData (std::string fileName) {
 800    FILE * fp1;
 801    fp1 = fopen(fileName.c_str(),"wb");
 802    if (fp1 == NULL) {
 803       printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",fileName.c_str());
 804       return (0);
 805    }
 806    fwrite (PixelData,lgrTotale, 1, fp1);
 807    fclose (fp1);
 808    return(1);
 809 }
 810
 811 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 812 /**
 813  * \ingroup   gdcmFile
 814  * \brief Ecrit sur disque UNE image Dicom
 815  *        Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
 816  *         Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel
 817  *         (Equivalent a IdDcmWrite)
 818  *
 819  * @param fileName
 820  * @return int acts as a boolean
 821  */
 822
 823 int gdcmFile::WriteDcmImplVR (std::string fileName) {
 824    return WriteBase(fileName, ImplicitVR);
 825 }
 826
 827 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 828 /**
 829  * \ingroup   gdcmFile
 830  * \brief
 831  * @param  fileName
 832  * @return int acts as a boolean
 833  */
 834
 835 int gdcmFile::WriteDcmImplVR (const char* fileName) {
 836    return WriteDcmImplVR (std::string (fileName));
 837 }
 838
 839 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 840 /**
 841  * \ingroup   gdcmFile
 842  * \brief
 843  * @param  fileName
 844  * @return int acts as a boolean
 845  */
 846
 847 int gdcmFile::WriteDcmExplVR (std::string fileName) {
 848    return WriteBase(fileName, ExplicitVR);
 849 }
 850
 851 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 852 /**
 853  * \ingroup   gdcmFile
 854  * \brief  Ecrit au format ACR-NEMA sur disque l'entete et les pixels
 855  *        (a l'attention des logiciels cliniques
 856  *        qui ne prennent en entrée QUE des images ACR ...
 857  * \warning si un header DICOM est fourni en entree,
 858  *        les groupes < 0x0008 et les groupes impairs sont ignores)
 859  * \warning Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
 860  *        Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel
 861  *        (Equivalent a IdDcmWrite)
 862  *
 863  * @param fileName
 864  * @return int acts as a boolean
 865  */
 866
 867 int gdcmFile::WriteAcr (std::string fileName) {
 868    return WriteBase(fileName, ACR);
 869 }
 870
 871 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 872 /**
 873  * \ingroup   gdcmFile
 874  *
 875  * @param  FileName
 876  * @param  type
 877  *
 878  * @return int acts as a boolean
 879  */
 880 int gdcmFile::WriteBase (std::string FileName, FileType type) {
 881
 882    FILE * fp1;
 883    fp1 = fopen(FileName.c_str(),"wb");
 884    if (fp1 == NULL) {
 885       printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",FileName.c_str());
 886       return (0);
 887    }
 888
 889    if ( (type == ImplicitVR) || (type == ExplicitVR) ) {
 890       char * filePreamble;
 891       // writing Dicom File Preamble
 892       filePreamble=(char*)calloc(128,1);
 893       fwrite(filePreamble,128,1,fp1);
 894       fwrite("DICM",4,1,fp1);
 895    }
 896
 897    // --------------------------------------------------------------
 898    // Special Patch to allow gdcm to re-write ACR-LibIDO formated images
 899    //
 900    // if recognition code tells us we dealt with a LibIDO image
 901    // we reproduce on disk the switch between lineNumber and columnNumber
 902    // just before writting ...
 903
 904    std::string rows, columns;
 905    if ( filetype == ACR_LIBIDO){
 906          rows    = GetPubElValByNumber(0x0028, 0x0010);
 907          columns = GetPubElValByNumber(0x0028, 0x0011);
 908          SetPubElValByNumber(columns,  0x0028, 0x0010);
 909          SetPubElValByNumber(rows   ,  0x0028, 0x0011);
 910    }
 911    // ----------------- End of Special Patch ----------------
 912
 913    gdcmHeader::Write(fp1, type);
 914
 915    // --------------------------------------------------------------
 916    // Special Patch to allow gdcm to re-write ACR-LibIDO formated images
 917    //
 918    // ...and we restore the Header to be Dicom Compliant again
 919    // just after writting
 920
 921    if (filetype == ACR_LIBIDO){
 922          SetPubElValByNumber(rows   , 0x0028, 0x0010);
 923          SetPubElValByNumber(columns, 0x0028, 0x0011);
 924    }
 925    // ----------------- End of Special Patch ----------------
 926
 927    fwrite(PixelData, lgrTotale, 1, fp1);
 928    fclose (fp1);
 929    return(1);
 930 }