src/gdcmFile.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: gdcmFile.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2007/05/23 16:48:59 $
   7   Version:   $Revision: 1.331 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 //
  20 // --------------  Remember ! ----------------------------------
  21 //
  22 // Image Position (Patient)                            (0020,0032):
  23 // If not found (ACR_NEMA) we try Image Position       (0020,0030)
  24 // If not found (ACR-NEMA), we consider Slice Location (0020,1041)
  25 //                                   or Location       (0020,0050)
  26 //                                   as the Z coordinate,
  27 // 0. for all the coordinates if nothing is found
  28 //
  29 // Image Position (Patient) (0020,0032) VM=3
  30 // -->
  31 //  The attribute Patient Orientation (0020,0020) from the General Image Module
  32 // is of type 2C and has the condition Required if image does not require
  33 // Image Orientation (0020,0037) and Image Position (0020,0032).
  34 // However, if the image does require the attributes
  35 // - Image Orientation (Patient) (0020,0037), VM=6
  36 // - Image Position (Patient)    (0020,0032), VM=3
  37 // then attribute Patient Orientation (0020,0020) should not be present
  38 //  in the images.
  39 //
  40 // Remember also :
  41 // Patient Position (0018,5100) values :
  42
  43 //  HFS   = Head First-Supine, where increasing (positive axis direction) :
  44 //     X -> to the direction pointed to by the patient's oustretched left arm
  45 //     Y -> to the anterior-to-posterior direction in the patient's body
  46 //     Z -> to the feet-to-head direction in the patient's body
  47
  48 //  HFP   = Head First-Prone, where increasing (positive axis direction) :
  49 //     X -> to the direction pointed to by the patient's oustretched left arm
  50 //     Y -> to the anterior-to-posterior direction in the patient's body
  51 //     Z -> to the feet-to-head direction in the patient's body
  52
  53 //  FFS  = Feet First-Supine, where increasing (positive axis direction) :
  54 //     X -> to the direction pointed to by the patient's oustretched left arm
  55 //     Y -> to the anterior-to-posterion direction in the patient's body
  56 //     Z -> to the feet-to-head direction in the patient's body
  57
  58 //  FFP  = Feet First-Prone, where increasing (positive axis direction) :
  59 //     X -> to the direction pointed to by the patient's oustretched left arm
  60 //     Y -> to the posterior-to-anterior direction in the patient's body
  61 //     Z -> to the feet-to-head direction in the patient's body
  62
  63 // HFDR = Head First-Decubitus Right
  64 // HFDL = Head First-Decubitus Left
  65 // FFDR = Feet First-Decubitus Right
  66 // FFDL = Feet First-Decubitus Left
  67
  68 //  we can also find (non standard!)
  69
  70 // SEMIERECT
  71 // SUPINE
  72
  73 // CS 2 Patient Orientation (0020 0020)
  74 //    When the coordinates of the image
  75 //    are always present, this field is almost never used.
  76 //    Better we don't trust it too much ...
  77 //    Found Values are :
  78 //     L\P
  79 //     L\FP
  80 //     P\F
  81 //     L\F
  82 //     P\FR
  83 //     R\F
  84 //
  85 // (0020|0037) [Image Orientation (Patient)] [1\0\0\0\1\0 ]
  86
  87
  88 // ---------------------------------------------------------------
  89 //
  90 #include "gdcmFile.h"
  91 #include "gdcmGlobal.h"
  92 #include "gdcmUtil.h"
  93 #include "gdcmDebug.h"
  94 #include "gdcmTS.h"
  95 #include "gdcmSeqEntry.h"
  96 #include "gdcmRLEFramesInfo.h"
  97 #include "gdcmJPEGFragmentsInfo.h"
  98 #include "gdcmDataEntry.h"
  99 #include "gdcmSQItem.h"
 100
 101 #include <vector>
 102 #include <stdio.h>  //sscanf
 103 #include <stdlib.h> // for atoi
 104
 105 namespace GDCM_NAME_SPACE
 106 {
 107
 108 //-----------------------------------------------------------------------------
 109 // Constructor / Destructor
 110
 111 /**
 112  * \brief Constructor used when we want to generate dicom files from scratch
 113  */
 114 File::File():
 115    Document()
 116 {
 117    RLEInfo  = new RLEFramesInfo;
 118    JPEGInfo = new JPEGFragmentsInfo;
 119    GrPixel  = 0x7fe0;  // to avoid further troubles
 120    NumPixel = 0x0010;
 121    BasicOffsetTableItemValue = 0;
 122    FourthDimensionLocation = TagKey(0,0);
 123 }
 124
 125
 126 /**
 127  * \brief   Canonical destructor.
 128  */
 129 File::~File()
 130 {
 131    if ( RLEInfo )
 132       delete RLEInfo;
 133    if ( JPEGInfo )
 134       delete JPEGInfo;
 135    delete[] BasicOffsetTableItemValue;
 136 }
 137
 138 //-----------------------------------------------------------------------------
 139 // Public
 140 /**
 141  * \brief   Loader
 142  * @return false if file cannot be open or no swap info was found,
 143  *         or no tag was found.
 144  */
 145
 146 bool File::Load( )
 147 {
 148    if ( ! this->Document::Load( ) )
 149       return false;
 150
 151     return DoTheLoadingJob( );
 152 }
 153
 154 /**
 155  * \brief   Does the Loading Job (internal use only)
 156  * @return false if file cannot be open or no swap info was found,
 157  *         or no tag was found.
 158  */
 159 bool File::DoTheLoadingJob( )
 160 {
 161    // for some ACR-NEMA images GrPixel, NumPixel is *not* 7fe0,0010
 162    // We may encounter the 'RETired' (0x0028, 0x0200) tag
 163    // (Image Location") . This entry contains the number of
 164    // the group that contains the pixel data (hence the "Pixel Data"
 165    // is found by indirection through the "Image Location").
 166    // Inside the group pointed by "Image Location" the searched element
 167    // is conventionally the element 0x0010 (when the norm is respected).
 168    // When the "Image Location" is missing we default to group 0x7fe0.
 169    // Note: this IS the right place for the code
 170
 171    // Image Location
 172    const std::string &imgLocation = GetEntryString(0x0028, 0x0200);
 173    if ( imgLocation == GDCM_UNFOUND )
 174    {
 175       // default value
 176       GrPixel = 0x7fe0;
 177    }
 178    else
 179    {
 180
 181       GrPixel = (uint16_t) atoi( imgLocation.c_str() );
 182    }
 183
 184    // sometimes Image Location value doesn't follow
 185    // the supposed processor endianness.
 186    // see gdcmData/cr172241.dcm
 187    if ( GrPixel == 0xe07f )
 188    {
 189       GrPixel = 0x7fe0;
 190    }
 191
 192    if ( GrPixel != 0x7fe0 )
 193    {
 194       // This is a kludge for old dirty Philips imager.
 195       NumPixel = 0x1010;
 196    }
 197    else
 198    {
 199       NumPixel = 0x0010;
 200    }
 201
 202    // Now, we know GrPixel and NumPixel.
 203    // Let's create a VirtualDictEntry to allow a further VR modification
 204    // and force VR to match with BitsAllocated.
 205    DocEntry *entry = GetDocEntry(GrPixel, NumPixel);
 206    if ( entry != 0 )
 207    {
 208       // Compute the RLE or JPEG info
 209       OpenFile();
 210       const std::string &ts = GetTransferSyntax();
 211       Fp->seekg( entry->GetOffset(), std::ios::beg );
 212       if ( Global::GetTS()->IsRLELossless(ts) )
 213          ComputeRLEInfo();
 214       else if ( Global::GetTS()->IsJPEG(ts) )
 215          ComputeJPEGFragmentInfo();
 216       CloseFile();
 217
 218       // Create a new DataEntry to change the DictEntry
 219       // The changed DictEntry will have
 220       // - a correct PixelVR OB or OW)
 221       // - the name to "Pixel Data"
 222
 223        //==>Take it easy!
 224        //==> Just change the VR !
 225
 226 /*
 227       DataEntry *oldEntry = dynamic_cast<DataEntry *>(entry);
 228       if (oldEntry)
 229       {
 230          VRKey PixelVR;
 231          // 8 bits allocated is a 'O Bytes' , as well as 24 (old ACR-NEMA RGB)
 232          // more than 8 (i.e 12, 16) is a 'O Words'
 233          if ( GetBitsAllocated() == 8 || GetBitsAllocated() == 24 )
 234             PixelVR = "OB";
 235          else
 236             PixelVR = "OW";
 237
 238          // Change only made if usefull
 239          if ( PixelVR != oldEntry->GetVR() )
 240          {
 241             //DictEntry* newDict = DictEntry::New(GrPixel,NumPixel,
 242             //                                    PixelVR,"1","Pixel Data");
 243             //DataEntry *newEntry = DataEntry::New(newDict);
 244             //newDict->Delete();
 245             //newEntry->Copy(entry);
 246             //newEntry->SetBinArea(oldEntry->GetBinArea(),oldEntry->IsSelfArea());
 247             //oldEntry->SetSelfArea(false);
 248
 249             //RemoveEntry(oldEntry);
 250             //AddEntry(newEntry);
 251             //newEntry->Delete();
 252
 253          }
 254       }
 255 */
 256          VRKey PixelVR;
 257          // 8 bits allocated is a 'OB(ytes)' , as well as 24 (old ACR-NEMA RGB)
 258          // more than 8 (i.e 12, 16) is a 'OW(ords)'
 259          if ( GetBitsAllocated() == 8 || GetBitsAllocated() == 24 )
 260             PixelVR = "OB";
 261          else
 262             PixelVR = "OW";
 263          // Change only made if usefull
 264          if ( PixelVR != entry->GetVR() )
 265          {
 266             entry->SetVR(PixelVR);
 267          }
 268    }
 269    return true;
 270 }
 271
 272 /**
 273  * \brief  This predicate, based on hopefully reasonable heuristics,
 274  *         decides whether or not the current File was properly parsed
 275  *         and contains the mandatory information for being considered as
 276  *         a well formed and usable Dicom/Acr File.
 277  * @return true when File is the one of a reasonable Dicom/Acr file,
 278  *         false otherwise.
 279  */
 280 bool File::IsReadable()
 281 {
 282    if ( !Document::IsReadable() )
 283    {
 284       return false;
 285    }
 286
 287    const std::string &res = GetEntryString(0x0028, 0x0005);
 288    if ( res != GDCM_UNFOUND && atoi(res.c_str()) > 4 )
 289    {
 290       gdcmWarningMacro("Wrong Image Dimensions" << res);
 291       return false; // Image Dimensions
 292    }
 293    bool b0028_0100 = true;
 294    if ( !GetDocEntry(0x0028, 0x0100) )
 295    {
 296       gdcmWarningMacro("Bits Allocated (0028|0100) not found");
 297       //return false; // "Bits Allocated"
 298       b0028_0100 = false;
 299    }
 300    bool b0028_0101 = true;
 301    if ( !GetDocEntry(0x0028, 0x0101) )
 302    {
 303       gdcmWarningMacro("Bits Stored (0028|0101) not found");
 304       //return false; // "Bits Stored"
 305       b0028_0101 = false;
 306    }
 307    bool b0028_0102 = true;
 308    if ( !GetDocEntry(0x0028, 0x0102) )
 309    {
 310       gdcmWarningMacro("Hight Bit (0028|0102) not found");
 311       //return false; // "High Bit"
 312       b0028_0102 = false;
 313    }
 314    bool b0028_0103 = true;
 315    if ( !GetDocEntry(0x0028, 0x0103) )
 316    {
 317       gdcmWarningMacro("Pixel Representation (0028|0103) not found");
 318       //return false; // "Pixel Representation" i.e. 'Sign' ( 0 : unsigned, 1 : signed)
 319       b0028_0103 = false;
 320    }
 321
 322    if ( !b0028_0100 && !b0028_0101 && !b0028_0102 && !b0028_0103)
 323    {
 324       gdcmWarningMacro("Too much mandatory Tags missing !");
 325       return false;
 326    }
 327
 328    if ( !GetDocEntry(GrPixel, NumPixel) )
 329    {
 330       gdcmWarningMacro("Pixel Dicom Element " << std::hex <<
 331                         GrPixel << "|" << NumPixel << "not found");
 332       return false; // Pixel Dicom Element not found :-(
 333    }
 334    return true;
 335 }
 336
 337 /**
 338  * \brief gets the info from 0020,0013 : Image Number else 0.
 339  * @return image number
 340  */
 341 int File::GetImageNumber()
 342 {
 343    //0020 0013 : Image Number
 344    std::string strImNumber = GetEntryString(0x0020,0x0013);
 345    if ( strImNumber != GDCM_UNFOUND )
 346    {
 347       return atoi( strImNumber.c_str() );
 348    }
 349    return 0;   //Hopeless
 350 }
 351
 352 /**
 353  * \brief gets the info from 0008,0060 : Modality
 354  * @return Modality Type
 355  */
 356 ModalityType File::GetModality()
 357 {
 358    // 0008 0060 : Modality
 359    std::string strModality = GetEntryString(0x0008,0x0060);
 360    if ( strModality != GDCM_UNFOUND )
 361    {
 362            if ( strModality.find("AU")  < strModality.length()) return AU;
 363       else if ( strModality.find("AS")  < strModality.length()) return AS;
 364       else if ( strModality.find("BI")  < strModality.length()) return BI;
 365       else if ( strModality.find("CF")  < strModality.length()) return CF;
 366       else if ( strModality.find("CP")  < strModality.length()) return CP;
 367       else if ( strModality.find("CR")  < strModality.length()) return CR;
 368       else if ( strModality.find("CT")  < strModality.length()) return CT;
 369       else if ( strModality.find("CS")  < strModality.length()) return CS;
 370       else if ( strModality.find("DD")  < strModality.length()) return DD;
 371       else if ( strModality.find("DF")  < strModality.length()) return DF;
 372       else if ( strModality.find("DG")  < strModality.length()) return DG;
 373       else if ( strModality.find("DM")  < strModality.length()) return DM;
 374       else if ( strModality.find("DS")  < strModality.length()) return DS;
 375       else if ( strModality.find("DX")  < strModality.length()) return DX;
 376       else if ( strModality.find("ECG") < strModality.length()) return ECG;
 377       else if ( strModality.find("EPS") < strModality.length()) return EPS;
 378       else if ( strModality.find("FA")  < strModality.length()) return FA;
 379       else if ( strModality.find("FS")  < strModality.length()) return FS;
 380       else if ( strModality.find("HC")  < strModality.length()) return HC;
 381       else if ( strModality.find("HD")  < strModality.length()) return HD;
 382       else if ( strModality.find("LP")  < strModality.length()) return LP;
 383       else if ( strModality.find("LS")  < strModality.length()) return LS;
 384       else if ( strModality.find("MA")  < strModality.length()) return MA;
 385       else if ( strModality.find("MR")  < strModality.length()) return MR;
 386       else if ( strModality.find("NM")  < strModality.length()) return NM;
 387       else if ( strModality.find("OT")  < strModality.length()) return OT;
 388       else if ( strModality.find("PT")  < strModality.length()) return PT;
 389       else if ( strModality.find("RF")  < strModality.length()) return RF;
 390       else if ( strModality.find("RG")  < strModality.length()) return RG;
 391       else if ( strModality.find("RTDOSE")
 392                                         < strModality.length()) return RTDOSE;
 393       else if ( strModality.find("RTIMAGE")
 394                                         < strModality.length()) return RTIMAGE;
 395       else if ( strModality.find("RTPLAN")
 396                                         < strModality.length()) return RTPLAN;
 397       else if ( strModality.find("RTSTRUCT")
 398                                         < strModality.length()) return RTSTRUCT;
 399       else if ( strModality.find("SM")  < strModality.length()) return SM;
 400       else if ( strModality.find("ST")  < strModality.length()) return ST;
 401       else if ( strModality.find("TG")  < strModality.length()) return TG;
 402       else if ( strModality.find("US")  < strModality.length()) return US;
 403       else if ( strModality.find("VF")  < strModality.length()) return VF;
 404       else if ( strModality.find("XA")  < strModality.length()) return XA;
 405       else if ( strModality.find("XC")  < strModality.length()) return XC;
 406
 407       else
 408       {
 409          /// \todo throw error return value ???
 410          /// specified <> unknown in our database
 411          return Unknow;
 412       }
 413    }
 414    return Unknow;
 415 }
 416
 417 /**
 418  * \brief   Retrieve the number of columns of image.
 419  * @return  The encountered size when found, 0 by default.
 420  *          0 means the file is NOT USABLE. The caller will have to check
 421  */
 422 int File::GetXSize()
 423 {
 424    DataEntry *entry = GetDataEntry(0x0028,0x0011);
 425    if( entry )
 426       return (int)entry->GetValue(0);
 427    return 0;
 428 }
 429
 430 /**
 431  * \brief   Retrieve the number of lines of image.
 432  * \warning The defaulted value is 1 as opposed to File::GetXSize()
 433  * @return  The encountered size when found, 1 by default
 434  *          (The ACR-NEMA file contains a Signal, not an Image).
 435  */
 436 int File::GetYSize()
 437 {
 438    DataEntry *entry = GetDataEntry(0x0028,0x0010);
 439    if( entry )
 440       return (int)entry->GetValue(0);
 441
 442    if ( IsDicomV3() )
 443    {
 444       return 0;
 445    }
 446
 447    // The Rows (0028,0010) entry was optional for ACR/NEMA.
 448    // (at least some images didn't have it.)
 449    // It might hence be a signal (1D image). So we default to 1:
 450    return 1;
 451 }
 452
 453 /**
 454  * \brief   Retrieve the number of planes of volume or the number
 455  *          of frames of a multiframe.
 456  * \warning When present we consider the "Number of Frames" as the third
 457  *          dimension. When missing we consider the third dimension as
 458  *          being the ACR-NEMA "Planes" tag content.
 459  * @return  The encountered size when found, 1 by default (single image).
 460  */
 461 int File::GetZSize()
 462 {
 463    // Both  DicomV3 and ACR/Nema consider the "Number of Frames"
 464    // as the third dimension.
 465    DataEntry *entry = GetDataEntry(0x0028,0x0008);
 466    if( entry )
 467       return (int)entry->GetValue(0);
 468
 469    // We then consider the "Planes" entry as the third dimension
 470    entry = GetDataEntry(0x0028,0x0012);
 471    if( entry )
 472       return (int)entry->GetValue(0);
 473    return 1;
 474 }
 475
 476 // Special case:
 477 //  ts["1.2.840.10008.5.1.4.1.1.4.1"] = "Enhanced MR Image Storage";
 478 bool File::GetSpacing(float &xspacing, float &yspacing, float &zspacing)
 479 {
 480       xspacing = yspacing = zspacing = 2.0;
 481       TS *ts = Global::GetTS();
 482       std::string sopclassuid_used;
 483       // D 0002|0002 [UI] [Media Storage SOP Class UID]
 484
 485       //const std::string &mediastoragesopclassuid_str = GetEntryValue(0x0002,0x0002);
 486       const std::string &mediastoragesopclassuid_str = GetEntryString(0x0002,0x0002);
 487       const std::string &mediastoragesopclassuid = ts->GetValue(mediastoragesopclassuid_str);
 488       //D 0008|0016 [UI] [SOP Class UID]
 489       const std::string &sopclassuid_str = GetEntryString(0x0008,0x0016);
 490       const std::string &sopclassuid = ts->GetValue(sopclassuid_str);
 491       if ( mediastoragesopclassuid == GDCM_UNFOUND && sopclassuid == GDCM_UNFOUND )
 492         {
 493         return false;
 494         }
 495       else
 496         {
 497         if( mediastoragesopclassuid == sopclassuid )
 498           {
 499           sopclassuid_used = mediastoragesopclassuid;
 500           }
 501         else
 502           {
 503           gdcmWarningMacro( "Inconsistant SOP Class UID: "
 504             << mediastoragesopclassuid << " and " << sopclassuid );
 505           return false;
 506           }
 507         }
 508       // ok we have now the correc SOP Class UID
 509       if( sopclassuid_used == "Enhanced MR Image Storage" )
 510         {
 511         SeqEntry *PerframeFunctionalGroupsSequence = GetSeqEntry(0x5200,0x9230);
 512         unsigned int n = PerframeFunctionalGroupsSequence->GetNumberOfSQItems();
 513         if( !n ) return false;
 514         SQItem *item1 = PerframeFunctionalGroupsSequence->GetFirstSQItem();
 515         DocEntry *p = item1->GetDocEntry(0x0028,0x9110);
 516         if( !p ) return false;
 517         SeqEntry *seq = dynamic_cast<SeqEntry*>(p);
 518         unsigned int n1 = seq->GetNumberOfSQItems();
 519         if( !n1 ) return false;
 520         SQItem *item2 = seq->GetFirstSQItem();
 521         // D 0028|0030 [DS] [Pixel Spacing] [0.83333331346511\0.83333331346511 ]
 522         DocEntry *p2 = item2->GetDocEntry(0x0028,0x0030);
 523         if( !p2 ) return false;
 524         DataEntry *entry = dynamic_cast<DataEntry *>(p2);
 525         std::string spacing = entry->GetString();
 526         if ( sscanf( spacing.c_str(), "%f\\%f", &yspacing, &xspacing) != 2 )
 527           {
 528           xspacing = yspacing = 1.;
 529           return false;
 530           }
 531         // D 0018|0050 [DS] [Slice Thickness] [1 ]
 532         DocEntry *p3 = item2->GetDocEntry(0x0018,0x0050);
 533         if( !p3 ) return false;
 534         DataEntry *entry2 = dynamic_cast<DataEntry *>(p3);
 535         std::string thickness = entry2->GetString();
 536         if ( sscanf( thickness.c_str(), "%f", &zspacing) != 1 )
 537           {
 538           zspacing = 1.;
 539           return false;
 540           }
 541         return true;
 542         }
 543
 544      return false;
 545    }
 546
 547 /**
 548  * \brief   Retrieve the -unnormalized- number of 'times' of '4D image'.
 549  *          User has to tell gdcm the location of this '4th Dimension component'
 550  *          using SetFourthDimensionLocation() method before.
 551  * \warning The defaulted value is 1.
 552  * @return  The encountered size when found, 1 by default
 553  *          (The file doesn't contain a '4D image'.).
 554  */
 555 int File::GetTSize()
 556 {
 557    if (FourthDimensionLocation == TagKey(0,0) )// 4D location is not set : not a 4D object
 558       return 1;
 559
 560    DataEntry *entry = GetDataEntry(FourthDimensionLocation.GetGroup(),
 561                                    FourthDimensionLocation.GetElement() );
 562    if( !entry )
 563    {
 564       gdcmWarningMacro( " FourthDimensionLocation not found at : " <<
 565                     std::hex << FourthDimensionLocation.GetGroup()
 566                   << "|" << FourthDimensionLocation.GetElement());
 567       return 1;
 568    }
 569    else
 570    {
 571       return (int)entry->GetValue(0);
 572    }
 573 }
 574
 575
 576
 577 /**
 578   * \brief gets the info from 0018,1164 : ImagerPixelSpacing
 579   *                      then 0028,0030 : Pixel Spacing
 580   *             else 1.0
 581   * @return X dimension of a pixel
 582   */
 583 float File::GetXSpacing()
 584 {
 585    float xspacing = 1.0;
 586    float yspacing = 1.0;
 587    float zspacing = 1.0;
 588
 589    uint32_t nbValue;
 590    DataEntry *entry;
 591    bool ok = false;
 592
 593   if ( GetSpacing(xspacing,yspacing,zspacing) )
 594   {
 595     return xspacing;
 596   }
 597  // else fallback
 598
 599 /*
 600 From:David Clunie - view profile
 601 Date:Wed, May 24 2006 1:12 pm
 602 Email:David Clunie <dclu...@dclunie.com>
 603 Groups:comp.protocols.dicom
 604
 605 The short answer is that:
 606
 607 - (0018,1164) describes a spacing equivalent to that which
 608   would be measured off a film in projection radiography
 609
 610 - (0018,7022) does not describe the image pixels themselves,
 611   since detector elements may have been binned to produce
 612   pixels
 613
 614 - (0018,7020) may be different from (0018,7022) since there
 615   may be non-sensitive material separating individual
 616   detectors (i.e. the size is smaller than the spacing
 617   between centers)
 618
 619 Only (0018,1164) is relevant when measuring things; the
 620 detector-specific attributes are there to describe the
 621 acquisition.
 622
 623 David
 624
 625 PS. For ultrasound you need to use Region Calibration.
 626 */
 627
 628 /*
 629 It *SHOULD* first find the IOD and then deduce which tags to read
 630 Eg: Cross section this is in Pixel Spacing (0028,0030)
 631 CR is in Imager Pixel Spacing (0018,1164)
 632 US is in Pixel Aspect Ratio (0028,0034)
 633 RT is in :
 634 (3002,0011) Image Plane Pixel Spacing
 635 (3002,0012) RT Image Position
 636 and
 637 (3004,000c) for deducing Z spacing
 638 */
 639
 640    std::string SOPClassUID = GetEntryString(0x0008,0x0016);
 641
 642    /// \todo check the various SOP Class
 643    ///       to get the Pixel Spacing at the proper location
 644
 645    ///\todo find images to check if it *actually* works
 646
 647    if (Util::DicomStringEqual( SOPClassUID,"1.2.840.10008.5.1.4.1.1.6")
 648    // Ultrasound Image Storage (Retired)
 649     || Util::DicomStringEqual( SOPClassUID,"1.2.840.10008.5.1.4.1.1.6.1")
 650    // Ultrasound Image Storage
 651     || Util::DicomStringEqual( SOPClassUID,"1.2.840.10008.5.1.4.1.1.3")
 652    // Ultrasound Multi-Frame Storage (Retired)
 653     || Util::DicomStringEqual( SOPClassUID,"1.2.840.10008.5.1.4.1.1.3.1") )
 654    // Ultrasound Multi-FrameImage Storage
 655    {
 656       // - check if  SOPClassUID contains 2 parts (e.g. "4\3")
 657       // - guess how to deduce the spacing (FOV ?, ??)
 658
 659       entry = GetDataEntry(0x0028,0x0034);
 660       if ( entry )
 661       {
 662          nbValue = entry->GetValueCount();
 663          if( nbValue !=2 ) {
 664             gdcmWarningMacro("PixelAspectRatio (0x0028,0x0034) "
 665             << "has a wrong number of values :" << nbValue);
 666          }
 667          xspacing = 1.0; // We get Pixel Aspect Ratio, not Spacing ...
 668          ok = true;
 669       }
 670
 671       if (ok)
 672          return xspacing;
 673    }
 674 /*
 675    if (Util::DicomStringEqual( SOPClassUID,"1.2.840.10008.5.1.4.1.1.1") )
 676    // Computed Radiography Image Storage
 677
 678    // CR is in Imager Pixel Spacing (0018,1164)//
 679
 680 */
 681    // go on with old method ...
 682    // ---------------------
 683    // To follow David Clunie's advice, we first check ImagerPixelSpacing
 684
 685    entry = GetDataEntry(0x0018,0x1164);
 686    if( entry )
 687    {
 688       nbValue = entry->GetValueCount();
 689       // Can't use IsValueCountValid because of the complex heuristic.
 690       if( nbValue !=2 )
 691          gdcmWarningMacro("ImagerPixelSpacing (0x0018,0x1164) "
 692          << "has a wrong number of values :" << nbValue);
 693
 694       if( nbValue >= 3 )
 695          xspacing = (float)entry->GetValue(2);
 696       else if( nbValue >= 2 )
 697          xspacing = (float)entry->GetValue(1);
 698       else
 699          xspacing = (float)entry->GetValue(0);
 700
 701       if ( xspacing == 0.0 )
 702          xspacing = 1.0;
 703       return xspacing;
 704    }
 705    else
 706    {
 707       gdcmWarningMacro( "Unfound Imager Pixel Spacing (0018,1164)" );
 708    }
 709
 710    entry = GetDataEntry(0x0028,0x0030);
 711    if( entry )
 712    {
 713       nbValue = entry->GetValueCount();
 714       if( nbValue !=2 )
 715          gdcmWarningMacro("PixelSpacing (0x0018,0x0030) "
 716           << "has a wrong number of values :" << nbValue);
 717
 718       if( nbValue >= 3 )
 719          xspacing = (float)entry->GetValue(2);
 720       else if( nbValue >= 2 )
 721          xspacing = (float)entry->GetValue(1);
 722       else
 723          xspacing = (float)entry->GetValue(0);
 724
 725       if ( xspacing == 0.0 )
 726          xspacing = 1.0;
 727       return xspacing;
 728    }
 729    else
 730    {
 731       gdcmWarningMacro( "Unfound Pixel Spacing (0028,0030)" );
 732    }
 733    return xspacing;
 734 }
 735
 736 /**
 737   * \brief gets the info from 0018,1164 : ImagerPixelSpacing
 738   *               then from   0028,0030 : Pixel Spacing
 739   *             else 1.0
 740   * @return Y dimension of a pixel
 741   */
 742 float File::GetYSpacing()
 743 {
 744    float xspacing = 1., yspacing = 1.0, zspacing = 1.;
 745    uint32_t nbValue;
 746    DataEntry *entry;
 747    bool ok = false;
 748
 749   if ( GetSpacing(xspacing,yspacing,zspacing) )
 750   {
 751     return yspacing;
 752   }
 753  // else fallback
 754
 755
 756    std::string SOPClassUID = GetEntryString(0x0008,0x0016);
 757
 758    /// \todo check the various SOP Class
 759    ///       to get the Pixel Spacing at the proper location
 760
 761    ///\todo find images to check if it *actually* works
 762
 763    if (Util::DicomStringEqual( SOPClassUID,"1.2.840.10008.5.1.4.1.1.6")
 764    // Ultrasound Image Storage (Retired)
 765     || Util::DicomStringEqual( SOPClassUID,"1.2.840.10008.5.1.4.1.1.6.1")
 766    // Ultrasound Image Storage
 767     || Util::DicomStringEqual( SOPClassUID,"1.2.840.10008.5.1.4.1.1.3")
 768    // Ultrasound Multi-Frame Storage (Retired)
 769     || Util::DicomStringEqual( SOPClassUID,"1.2.840.10008.5.1.4.1.1.3.1") )
 770    // Ultrasound Multi-FrameImage Storage
 771    {
 772       // - check if  SOPClassUID contains 2 parts (e.g. "4\3")
 773       // - no way to deduce the spacing/
 774
 775       entry = GetDataEntry(0x0028,0x0034);
 776       if ( entry )
 777       {
 778          nbValue = entry->GetValueCount();
 779          if( nbValue ==2 ) {
 780             yspacing = (float)entry->GetValue(0)/(float)entry->GetValue(1);
 781             //std::cout << "ys " << yspacing << std::endl;
 782             ok = true;
 783       }
 784       else
 785       {
 786          gdcmWarningMacro("PixelAspectRatio (0x0028,0x0034) "
 787                << "has a wrong number of values :" << nbValue);
 788          if (nbValue == 0 ) {
 789             ok = false;
 790          }
 791          else if (nbValue == 1 ) {
 792             yspacing = 1.0; // We get Pixel Aspect Ratio, not Spacing ...
 793             ok = true;
 794          }
 795       }
 796    }
 797
 798       if (ok)
 799          return yspacing;
 800    }
 801
 802    // go on with old method ...
 803    // ---------------------
 804    // To follow David Clunie's advice, we first check ImagerPixelSpacing
 805    yspacing = 1.0;
 806    // To follow David Clunie's advice, we first check ImagerPixelSpacing
 807
 808    entry = GetDataEntry(0x0018,0x1164);
 809    if( entry )
 810    {
 811       yspacing = (float)entry->GetValue(0);
 812
 813       if ( yspacing == 0.0 )
 814          yspacing = 1.0;
 815       return yspacing;
 816    }
 817    else
 818    {
 819       gdcmWarningMacro( "Unfound Imager Pixel Spacing (0018,1164)" );
 820    }
 821
 822    entry = GetDataEntry(0x0028,0x0030);
 823    if( entry )
 824    {
 825       yspacing = (float)entry->GetValue(0);
 826
 827       if ( yspacing == 0.0 )
 828          yspacing = 1.0;
 829       return yspacing;
 830    }
 831    else
 832    {
 833       gdcmWarningMacro( "Unfound Pixel Spacing (0028,0030)" );
 834    }
 835
 836    return yspacing;
 837 }
 838
 839 /**
 840  * \brief gets the info from 0018,0088 : Space Between Slices
 841  *                 else from 0018,0050 : Slice Thickness
 842  *                 else 1.0
 843  *
 844  * When an element is missing, we suppose slices join together
 845  * (no overlapping, no interslice gap) but we have no way to check it !
 846  * For *Dicom* images, ZSpacing *should be* calculated using
 847  * XOrigin, YOrigin, ZOrigin (of the top left image corner)
 848  * of 2 consecutive images, and the Orientation
 849  * Computing ZSpacing on a single image is not really meaningfull !
 850  * @return Z dimension of a voxel-to be
 851  */
 852 float File::GetZSpacing()
 853 {
 854
 855    float xspacing = 1.0;
 856    float yspacing = 1.0;
 857    float zspacing = 1.0;
 858    if ( GetSpacing(xspacing,yspacing,zspacing) )
 859    {
 860       return zspacing;
 861    }
 862
 863    // Spacing Between Slices : distance between the middle of 2 slices
 864    // Slices may be :
 865    //   jointives     (Spacing between Slices = Slice Thickness)
 866    //   overlapping   (Spacing between Slices < Slice Thickness)
 867    //   disjointes    (Spacing between Slices > Slice Thickness)
 868    // Slice Thickness : epaisseur de tissus sur laquelle est acquis le signal
 869    //   It only concerns the MRI guys, not people wanting to visualize volumes
 870    //   If Spacing Between Slices is missing,
 871    //   we suppose slices joint together
 872    DataEntry *entry = GetDataEntry(0x0018,0x0088);
 873    if( entry )
 874    {      zspacing = (float)entry->GetValue(0);
 875
 876       if ( zspacing == 0.0 )
 877          zspacing = 1.0;
 878       return zspacing;
 879    }
 880    else
 881       gdcmWarningMacro("Unfound Spacing Between Slices (0018,0088)");
 882
 883    // if no 'Spacing Between Slices' is found,
 884    // we assume slices join together
 885    // (no overlapping, no interslice gap)
 886    entry = GetDataEntry(0x0018,0x0050);
 887    if( entry )
 888    {
 889       zspacing = (float)entry->GetValue(0);
 890
 891       if ( zspacing == 0.0 )
 892          zspacing = 1.0;
 893       return zspacing;
 894    }
 895    else
 896       gdcmWarningMacro("Unfound Slice Thickness (0018,0050)");
 897
 898    // if no 'Spacing Between Slices' is found,
 899    // we assume slices join together
 900    // (no overlapping, no interslice gap)
 901    entry = GetDataEntry(0x3004,0x000c);
 902    if( entry )
 903    {
 904       float z1 = (float)entry->GetValue(0);
 905       float z2 = (float)entry->GetValue(1);
 906       zspacing = z2 - z1; // can be negative...
 907
 908       if ( zspacing == 0.0 )
 909          zspacing = 1.0;
 910       return zspacing;
 911    }
 912
 913    return zspacing;
 914 }
 915
 916 /**
 917  * \brief gets the info from 0020,0032 : Image Position Patient
 918  *                 else from 0020,0030 : Image Position (RET)
 919  *                 else 0.
 920  * @return up-left image corner X position
 921  */
 922 float File::GetXOrigin()
 923 {
 924    DataEntry *entry = GetDataEntry(0x0020,0x0032);
 925    if( !entry )
 926    {
 927       gdcmWarningMacro( "Unfound Image Position Patient (0020,0032)");
 928       entry = GetDataEntry(0x0020,0x0030);
 929       if( !entry )
 930       {
 931          gdcmWarningMacro( "Unfound Image Position (RET) (0020,0030)");
 932          return 0.0f;
 933       }
 934    }
 935
 936    if( entry->GetValueCount() == 3 )
 937    {
 938       if (!entry->IsValueCountValid() )
 939       {
 940          gdcmErrorMacro( "Invalid Value Count" );
 941       }
 942       return (float)entry->GetValue(0);
 943    }
 944    return 0.0f;
 945 }
 946
 947 /**
 948  * \brief gets the info from 0020,0032 : Image Position Patient
 949  *                 else from 0020,0030 : Image Position (RET)
 950  *                 else 0.
 951  * @return up-left image corner Y position
 952  */
 953 float File::GetYOrigin()
 954 {
 955    DataEntry *entry = GetDataEntry(0x0020,0x0032);
 956    if( !entry )
 957    {
 958       gdcmWarningMacro( "Unfound Image Position Patient (0020,0032)");
 959       entry = GetDataEntry(0x0020,0x0030);
 960       if( !entry )
 961       {
 962          gdcmWarningMacro( "Unfound Image Position (RET) (0020,0030)");
 963          return 0.0f;
 964       }
 965    }
 966
 967    if( entry->GetValueCount() == 3 )
 968    {
 969       if (!entry->IsValueCountValid() )
 970       {
 971          gdcmErrorMacro( "Invalid Value Count" );
 972       }
 973       return (float)entry->GetValue(1);
 974    }
 975    return 0.0f;
 976 }
 977
 978 /**
 979  * \brief gets the info from 0020,0032 : Image Position Patient
 980  *                 else from 0020,0030 : Image Position (RET)
 981  *                 else from 0020,1041 : Slice Location
 982  *                 else from 0020,0050 : Location
 983  *                 else 0.
 984  * @return up-left image corner Z position
 985  */
 986 float File::GetZOrigin()
 987 {
 988    DataEntry *entry = GetDataEntry(0x0020,0x0032);
 989    if( entry )
 990    {
 991       if( entry->GetValueCount() == 3 )
 992       {
 993          if (!entry->IsValueCountValid() )
 994          {
 995             gdcmErrorMacro( "Invalid Value Count" );
 996          }
 997          return (float)entry->GetValue(2);
 998       }
 999       gdcmWarningMacro( "Wrong Image Position Patient (0020,0032)");
1000       return 0.0f;
1001    }
1002
1003    entry = GetDataEntry(0x0020,0x0030);
1004    if( entry )
1005    {
1006       if( entry->GetValueCount() == 3 )
1007       {
1008          if (!entry->IsValueCountValid() )
1009          {
1010             gdcmErrorMacro( "Invalid Value Count" );
1011          }
1012          return (float)entry->GetValue(2);
1013       }
1014       gdcmWarningMacro( "Wrong Image Position (RET) (0020,0030)");
1015       return 0.0f;
1016    }
1017
1018    // for *very* old ACR-NEMA images
1019    entry = GetDataEntry(0x0020,0x1041);
1020    if( entry )
1021    {
1022       if( entry->GetValueCount() == 1 )
1023       {
1024          if (!entry->IsValueCountValid() )
1025          {
1026             gdcmErrorMacro( "Invalid Value Count" );
1027          }
1028          return (float)entry->GetValue(0); // VM=1 !
1029       }
1030       gdcmWarningMacro( "Wrong Slice Location (0020,1041)");
1031       return 0.0f;
1032    }
1033
1034    entry = GetDataEntry(0x0020,0x0050);
1035    if( entry )
1036    {
1037       if( entry->GetValueCount() == 1 )
1038       {
1039          if (!entry->IsValueCountValid() )
1040          {
1041             gdcmErrorMacro( "Invalid Value Count" );
1042          }
1043          return (float)entry->GetValue(0);
1044       }
1045       gdcmWarningMacro( "Wrong Location (0020,0050)");
1046       return 0.0f;
1047    }
1048    return 0.; // Hopeless
1049 }
1050
1051 /**
1052   * \brief gets the info from 0020,0037 : Image Orientation Patient
1053   *                   or from 0020 0035 : Image Orientation (RET)
1054   *
1055   * (needed to organize DICOM files based on their x,y,z position)
1056   *
1057   * @param iop adress of the (6)float array to receive values.
1058   *        (defaulted as 1.,0.,0.,0.,1.,0. if nothing -or inconsistent stuff-
1059   *        is found.
1060   * @return true when one of the tag -with consistent values- is found
1061   *         false when nothing or inconsistent stuff - is found
1062   */
1063 bool File::GetImageOrientationPatient( float iop[6] )
1064 {
1065    std::string strImOriPat;
1066    //iop is supposed to be float[6]
1067    iop[0] = iop[4] = 1.;
1068    iop[1] = iop[2] = iop[3] = iop[5] = 0.;
1069
1070    // 0020 0037 DS REL Image Orientation (Patient)
1071    if ( (strImOriPat = GetEntryString(0x0020,0x0037)) != GDCM_UNFOUND )
1072    {
1073       if ( sscanf( strImOriPat.c_str(), "%f \\ %f \\%f \\%f \\%f \\%f ",
1074           &iop[0], &iop[1], &iop[2], &iop[3], &iop[4], &iop[5]) != 6 )
1075       {
1076          gdcmWarningMacro( "Wrong Image Orientation Patient (0020,0037)."
1077                         << " Less than 6 values were found." );
1078          return false;
1079       }
1080       return true;
1081    }
1082    //For ACR-NEMA
1083    // 0020 0035 DS REL Image Orientation (RET)
1084    else if ( (strImOriPat = GetEntryString(0x0020,0x0035)) != GDCM_UNFOUND )
1085    {
1086       if ( sscanf( strImOriPat.c_str(), "%f \\ %f \\%f \\%f \\%f \\%f ",
1087           &iop[0], &iop[1], &iop[2], &iop[3], &iop[4], &iop[5]) != 6 )
1088       {
1089          gdcmWarningMacro( "wrong Image Orientation Patient (0020,0035). "
1090                         << "Less than 6 values were found." );
1091          return false;
1092       }
1093       return true;
1094    }
1095    return false;
1096 }
1097
1098 /**
1099   * \brief gets the cosine of image X axis, against patient X axis
1100   *        (Sorry, but Python needs it :-( )
1101   * @return cosine of image X axis, against patient X axis
1102   */
1103 float File::GetXCosineOnX()
1104 {
1105    float iop[6];
1106    GetImageOrientationPatient( iop );
1107    return(iop[0]);
1108 }
1109
1110 /**
1111   * \brief gets the cosine of image X axis, against patient Y axis
1112   *        (Sorry, but Python needs it :-( )
1113   * @return cosine of image X axis, against patient Y axis
1114   */
1115 float File::GetXCosineOnY()
1116 {
1117    float iop[6];
1118    GetImageOrientationPatient( iop );
1119    return(iop[1]);
1120 }
1121
1122 /**
1123   * \brief gets the cosine of image X axis, against patient Z axis
1124   *        (Sorry, but Python needs it :-( )
1125   * @return cosine of image X axis, against patient Z axis
1126   */
1127 float File::GetXCosineOnZ()
1128 {
1129    float iop[6];
1130    GetImageOrientationPatient( iop );
1131    return(iop[2]);
1132 }
1133
1134 /**
1135   * \brief gets the cosine of image Y axis, against patient X axis
1136   *        (Sorry, but Python needs it :-( )
1137   * @return cosine of image Y axis, against patient X axis
1138   */
1139 float File::GetYCosineOnX()
1140 {
1141    float iop[6];
1142    GetImageOrientationPatient( iop );
1143    return(iop[3]);
1144 }
1145
1146 /**
1147   * \brief gets the cosine of image Y axis, against patient Y axis
1148   *        (Sorry, but Python needs it :-( )
1149   * @return cosine of image Y axis, against patient Y axis
1150   */
1151 float File::GetYCosineOnY()
1152 {
1153    float iop[6];
1154    GetImageOrientationPatient( iop );
1155    return(iop[4]);
1156 }
1157
1158 /**
1159   * \brief gets the cosine of image Y axis, against patient Z axis
1160   *        (Sorry, but Python needs it :-( )
1161   * @return cosine of image Y axis, against patient Z axis
1162   */
1163 float File::GetYCosineOnZ()
1164 {
1165    float iop[6];
1166    GetImageOrientationPatient( iop );
1167    return(iop[5]);
1168 }
1169 /**
1170   * \brief gets the info from 0020,0032 : Image Position Patient
1171   *                   or from 0020 0030 : Image Position (RET)
1172   *
1173   * @param ipp adress of the (3)float array to receive values.
1174   *        (defaulted as 0.,0.,0. if nothing -or inconsistent stuff-
1175   *        is found.
1176   * @return true when one of the tag -with consistent values- is found
1177   *         false when nothing or inconsistent stuff - is found
1178   */
1179 bool File::GetImagePositionPatient( float ipp[3] )
1180 {
1181    std::string strImPosiPat;
1182    //ipp is supposed to be float[3]
1183    ipp[0] = ipp[1] = ipp[2] = 0.;
1184
1185    // 0020 0032 DS REL Image Position (Patient)
1186    strImPosiPat = GetEntryString(0x0020,0x0032);
1187    if ( strImPosiPat != GDCM_UNFOUND )
1188    {
1189       if ( sscanf( strImPosiPat.c_str(), "%f \\ %f \\%f ",
1190           &ipp[0], &ipp[1], &ipp[2]) != 3 )
1191       {
1192          gdcmWarningMacro( "Wrong Image Position Patient (0020,0032)."
1193                         << " Less than 3 values were found." );
1194          return false;
1195       }
1196       return true;
1197    }
1198    //For ACR-NEMA
1199    // 0020 0030 DS REL Image Position (RET)
1200    else if ( (strImPosiPat = GetEntryString(0x0020,0x0030)) != GDCM_UNFOUND )
1201    {
1202       if ( sscanf( strImPosiPat.c_str(), "%f \\ %f \\%f ",
1203           &ipp[0], &ipp[1], &ipp[2]) != 3 )
1204       {
1205          gdcmWarningMacro( "wrong Image Position Patient (0020,0030). "
1206                         << "Less than 3 values were found." );
1207          return false;
1208       }
1209       return true;
1210    }
1211    return false;
1212 }
1213
1214 /**
1215  * \brief   Retrieve the number of Bits Stored (actually used)
1216  *          (as opposed to number of Bits Allocated)
1217  * @return  The encountered number of Bits Stored, 0 by default.
1218  *          0 means the file is NOT USABLE. The caller has to check it !
1219  */
1220 int File::GetBitsStored()
1221 {
1222    DataEntry *entry = GetDataEntry(0x0028,0x0101);
1223    if( !entry )
1224    {
1225       gdcmWarningMacro("BitsStored (0028,0101) is supposed to be mandatory");
1226       return 0;
1227    }
1228    return (int)entry->GetValue(0);
1229 }
1230
1231 /**
1232  * \brief   Retrieve the number of Bits Allocated
1233  *          (8, 12 -compacted ACR-NEMA files-, 16, 24 -old RGB ACR-NEMA files-,)
1234  * @return  The encountered Number of Bits Allocated, 0 by default.
1235  *          0 means the file is NOT USABLE. The caller has to check it !
1236  */
1237 int File::GetBitsAllocated()
1238 {
1239    DataEntry *entry = GetDataEntry(0x0028,0x0100);
1240    if( !entry )
1241    {
1242       gdcmWarningMacro("BitsAllocated (0028,0100) is supposed to be mandatory");
1243       return 0;
1244    }
1245    return (int)entry->GetValue(0);
1246 }
1247
1248 /**
1249  * \brief   Retrieve the high bit position.
1250  * \warning The method defaults to 0 when information is missing.
1251  *          The responsability of checking this value is left to the caller.
1252  * @return  The high bit position when present. 0 when missing.
1253  */
1254 int File::GetHighBitPosition()
1255 {
1256    DataEntry *entry = GetDataEntry(0x0028,0x0102);
1257    if( !entry )
1258    {
1259       gdcmWarningMacro("HighBitPosition (0028,0102) is supposed to be mandatory");
1260       return 0;
1261    }
1262    return (int)entry->GetValue(0);
1263 }
1264
1265 /**
1266  * \brief   Retrieve the number of Samples Per Pixel
1267  *          (1 : gray level, 3 : RGB/YBR -1 or 3 Planes-)
1268  * @return  The encountered number of Samples Per Pixel, 1 by default.
1269  *          (we assume Gray level Pixels)
1270  */
1271 int File::GetSamplesPerPixel()
1272 {
1273    DataEntry *entry = GetDataEntry(0x0028,0x0002);
1274    if( !entry )
1275    {
1276       gdcmWarningMacro("SamplesPerPixel (0028,0002) is supposed to be mandatory");
1277       return 1; // Well, it's supposed to be mandatory ...
1278                 // but sometimes it's missing : *we* assume Gray pixels
1279    }
1280    return (int)entry->GetValue(0);
1281 }
1282
1283 /**
1284  * \brief   Retrieve the Planar Configuration for RGB images
1285  *          (0 : RGB Pixels , 1 : R Plane + G Plane + B Plane)
1286  * @return  The encountered Planar Configuration, 0 by default.
1287  */
1288 int File::GetPlanarConfiguration()
1289 {
1290    DataEntry *entry = GetDataEntry(0x0028,0x0006);
1291    if( !entry )
1292    {
1293       return 0;
1294    }
1295    return (int)entry->GetValue(0);
1296 }
1297
1298 /**
1299  * \brief   Return the size (in bytes) of a single pixel of data.
1300  * @return  The size in bytes of a single pixel of data; 0 by default
1301  *          0 means the file is NOT USABLE; the caller will have to check
1302  */
1303 int File::GetPixelSize()
1304 {
1305    // 0028 0100 US IMG Bits Allocated
1306    // (in order no to be messed up by old ACR-NEMA RGB images)
1307    assert( !(GetEntryString(0x0028,0x0100) == "24") );
1308
1309    std::string pixelType = GetPixelType();
1310    if ( pixelType ==  "8U" || pixelType == "8S" )
1311    {
1312       return 1;
1313    }
1314    if ( pixelType == "16U" || pixelType == "16S")
1315    {
1316       return 2;
1317    }
1318    if ( pixelType == "32U" || pixelType == "32S")
1319    {
1320       return 4;
1321    }
1322    if ( pixelType == "FD" )
1323    {
1324       return 8;
1325    }
1326    gdcmWarningMacro( "Unknown pixel type: " << pixelType);
1327    return 0;
1328 }
1329
1330 /**
1331  * \brief   Build the Pixel Type of the image.
1332  *          Possible values are:
1333  *          - 8U  unsigned  8 bit,
1334  *          - 8S    signed  8 bit,
1335  *          - 16U unsigned 16 bit,
1336  *          - 16S   signed 16 bit,
1337  *          - 32U unsigned 32 bit,
1338  *          - 32S   signed 32 bit,
1339  *          - FD floating double 64 bits (Not kosher DICOM, but so usefull!)
1340  * \warning 12 bit images appear as 16 bit.
1341  *          24 bit images appear as 8 bit + photochromatic interp ="RGB "
1342  *                                        + Planar Configuration = 0
1343  * @return  0S if nothing found. NOT USABLE file. The caller has to check
1344  */
1345 std::string File::GetPixelType()
1346 {
1347    std::string bitsAlloc = GetEntryString(0x0028, 0x0100); // Bits Allocated
1348    if ( bitsAlloc == GDCM_UNFOUND )
1349    {
1350       gdcmWarningMacro( "Bits Allocated (0028,0100) supposed to be mandatory");
1351       bitsAlloc = "16"; // default and arbitrary value, not to polute the output
1352    }
1353
1354    else if ( bitsAlloc == "64" )
1355    {
1356       return "FD";
1357    }
1358      // useless since we have to bypass a bug ( >8 && < 16)
1359    else if ( bitsAlloc == "12" )
1360    {
1361       // It will be unpacked
1362       bitsAlloc = "16";
1363    }
1364
1365    else if ( bitsAlloc == "24" )
1366    {
1367       // (in order no to be messed up by old RGB images)
1368       bitsAlloc = "8";
1369    }
1370
1371    int i= atoi(bitsAlloc.c_str());  // fix a bug in some headers
1372    if ( i > 8 &&  i < 16 )
1373    {
1374       bitsAlloc = "16";
1375    }
1376
1377    std::string sign;
1378    if( IsSignedPixelData() )
1379    {
1380       sign = "S";
1381    }
1382    else
1383    {
1384       sign = "U";
1385    }
1386    return bitsAlloc + sign;
1387 }
1388
1389 /**
1390  * \brief   Check whether the pixels are signed (1) or UNsigned (0) data.
1391  * \warning The method defaults to false (UNsigned) when tag 0028|0103
1392  *          is missing.
1393  *          The responsability of checking this value is left to the caller
1394  *          (NO transformation is performed on the pixels to make then >0)
1395  * @return  True when signed, false when UNsigned
1396  */
1397 bool File::IsSignedPixelData()
1398 {
1399    DataEntry *entry = GetDataEntry(0x0028, 0x0103);//"Pixel Representation"
1400    if( !entry )
1401    {
1402       gdcmWarningMacro( "Pixel Representation (0028,0103) supposed to be "
1403                       << "mandatory");
1404       return false;
1405    }
1406    return entry->GetValue(0) != 0;
1407 }
1408
1409 /**
1410  * \brief   Check whether this a monochrome picture (gray levels) or not,
1411  *          using "Photometric Interpretation" tag (0x0028,0x0004).
1412  * @return  true when "MONOCHROME1" or "MONOCHROME2". False otherwise.
1413  */
1414 bool File::IsMonochrome()
1415 {
1416    const std::string &PhotometricInterp = GetEntryString( 0x0028, 0x0004 );
1417    if (  Util::DicomStringEqual(PhotometricInterp, "MONOCHROME1")
1418       || Util::DicomStringEqual(PhotometricInterp, "MONOCHROME2") )
1419    {
1420       return true;
1421    }
1422    if ( PhotometricInterp == GDCM_UNFOUND )
1423    {
1424       gdcmWarningMacro( "Photometric Interpretation (0028,0004) supposed to be "
1425                          << "mandatory");
1426    }
1427    return false;
1428 }
1429
1430 /**
1431  * \brief   Check whether this a MONOCHROME1 picture (high values = dark)
1432  *            or not using "Photometric Interpretation" tag (0x0028,0x0004).
1433  * @return  true when "MONOCHROME1" . False otherwise.
1434  */
1435 bool File::IsMonochrome1()
1436 {
1437    const std::string &PhotometricInterp = GetEntryString( 0x0028, 0x0004 );
1438    if (  Util::DicomStringEqual(PhotometricInterp, "MONOCHROME1") )
1439    {
1440       return true;
1441    }
1442    if ( PhotometricInterp == GDCM_UNFOUND )
1443    {
1444       gdcmWarningMacro( "Photometric Interpretation (0028,0004) : supposed to"
1445       << " be mandatory! ");
1446    }
1447    return false;
1448 }
1449
1450 /**
1451  * \brief   Check whether this a "PALETTE COLOR" picture or not by accessing
1452  *          the "Photometric Interpretation" tag ( 0x0028, 0x0004 ).
1453  * @return  true when "PALETTE COLOR". False otherwise.
1454  */
1455 bool File::IsPaletteColor()
1456 {
1457    std::string PhotometricInterp = GetEntryString( 0x0028, 0x0004 );
1458    if (   PhotometricInterp == "PALETTE COLOR " )
1459    {
1460       return true;
1461    }
1462    if ( PhotometricInterp == GDCM_UNFOUND )
1463    {
1464       gdcmDebugMacro( "Not found : Palette color (0028,0004)");
1465    }
1466    return false;
1467 }
1468
1469 /**
1470  * \brief   Check whether this a "YBR_FULL" color picture or not by accessing
1471  *          the "Photometric Interpretation" tag ( 0x0028, 0x0004 ).
1472  * @return  true when "YBR_FULL". False otherwise.
1473  */
1474 bool File::IsYBRFull()
1475 {
1476    std::string PhotometricInterp = GetEntryString( 0x0028, 0x0004 );
1477    if (   PhotometricInterp == "YBR_FULL" )
1478    {
1479       return true;
1480    }
1481    if ( PhotometricInterp == GDCM_UNFOUND )
1482    {
1483       gdcmDebugMacro( "Not found : YBR Full (0028,0004)");
1484    }
1485    return false;
1486 }
1487
1488 /**
1489   * \brief tells us if LUT are used
1490   * \warning Right now, 'Segmented xxx Palette Color Lookup Table Data'
1491   *          are NOT considered as LUT, since nobody knows
1492   *          how to deal with them
1493   *          Please warn me if you know sbdy that *does* know ... jprx
1494   * @return true if LUT Descriptors and LUT Tables were found
1495   */
1496 bool File::HasLUT()
1497 {
1498    // Check the presence of the LUT Descriptors, and LUT Tables
1499    // LutDescriptorRed
1500    if ( !GetDocEntry(0x0028,0x1101) )
1501    {
1502       return false;
1503    }
1504    // LutDescriptorGreen
1505    if ( !GetDocEntry(0x0028,0x1102) )
1506    {
1507       return false;
1508    }
1509    // LutDescriptorBlue
1510    if ( !GetDocEntry(0x0028,0x1103) )
1511    {
1512       return false;
1513    }
1514    // Red Palette Color Lookup Table Data
1515    if ( !GetDocEntry(0x0028,0x1201) )
1516    {
1517       return false;
1518    }
1519    // Green Palette Color Lookup Table Data
1520    if ( !GetDocEntry(0x0028,0x1202) )
1521    {
1522       return false;
1523    }
1524    // Blue Palette Color Lookup Table Data
1525    if ( !GetDocEntry(0x0028,0x1203) )
1526    {
1527       return false;
1528    }
1529
1530    // FIXME : (0x0028,0x3006) : LUT Data (CTX dependent)
1531    //         NOT taken into account, but we don't know how to use it ...
1532    return true;
1533 }
1534
1535 /**
1536   * \brief gets the info from 0028,1101 : Lookup Table Desc-Red
1537   *             else 0
1538   * @return Lookup Table number of Bits , 0 by default
1539   *          when (0028,0004),Photometric Interpretation = [PALETTE COLOR ]
1540   * @ return bit number of each LUT item
1541   */
1542 int File::GetLUTNbits()
1543 {
1544    std::vector<std::string> tokens;
1545    int lutNbits;
1546
1547    //Just hope Lookup Table Desc-Red = Lookup Table Desc-Red
1548    //                                = Lookup Table Desc-Blue
1549    // Consistency already checked in GetLUTLength
1550    std::string lutDescription = GetEntryString(0x0028,0x1101);
1551    if ( lutDescription == GDCM_UNFOUND )
1552    {
1553       return 0;
1554    }
1555
1556    tokens.clear(); // clean any previous value
1557    Util::Tokenize ( lutDescription, tokens, "\\" );
1558    //LutLength=atoi(tokens[0].c_str());
1559    //LutDepth=atoi(tokens[1].c_str());
1560
1561    lutNbits = atoi( tokens[2].c_str() );
1562    tokens.clear();
1563
1564    return lutNbits;
1565 }
1566
1567 // Special case:
1568 //  ts["1.2.840.10008.5.1.4.1.1.4.1"] = "Enhanced MR Image Storage";
1569    bool File::GetRescaleSlopeIntercept(double &slope, double &intercept)
1570    {
1571       slope = 1.0;
1572       intercept = 0.0;
1573       TS *ts = Global::GetTS();
1574       std::string sopclassuid_used;
1575       // D 0002|0002 [UI] [Media Storage SOP Class UID]
1576       const std::string &mediastoragesopclassuid_str = GetEntryString(0x0002,0x0002);
1577       const std::string &mediastoragesopclassuid = ts->GetValue(mediastoragesopclassuid_str);
1578       //D 0008|0016 [UI] [SOP Class UID]
1579       const std::string &sopclassuid_str = GetEntryString(0x0008,0x0016);
1580       const std::string &sopclassuid = ts->GetValue(sopclassuid_str);
1581       if ( mediastoragesopclassuid == GDCM_UNFOUND && sopclassuid == GDCM_UNFOUND )
1582         {
1583         return false;
1584         }
1585       else
1586         {
1587         if( mediastoragesopclassuid == sopclassuid )
1588           {
1589           sopclassuid_used = mediastoragesopclassuid;
1590           }
1591         else
1592           {
1593           gdcmWarningMacro( "Inconsistant SOP Class UID: "
1594             << mediastoragesopclassuid << " and " << sopclassuid );
1595           return false;
1596           }
1597         }
1598       // ok we have now the correc SOP Class UID
1599       if( sopclassuid_used == "Enhanced MR Image Storage" )
1600         {
1601         SeqEntry *PerframeFunctionalGroupsSequence = GetSeqEntry(0x5200,0x9230);
1602         unsigned int n = PerframeFunctionalGroupsSequence->GetNumberOfSQItems();
1603         if( !n ) return false;
1604         SQItem *item1 = PerframeFunctionalGroupsSequence->GetFirstSQItem();
1605         DocEntry *p = item1->GetDocEntry(0x0028,0x9145);
1606         if( !p ) return false;
1607         SeqEntry *seq = dynamic_cast<SeqEntry*>(p);
1608         unsigned int n1 = seq->GetNumberOfSQItems();
1609         if( !n1 ) return false;
1610         SQItem *item2 = seq->GetFirstSQItem();
1611         // D 0028|1052 [DS] [Rescale Intercept] [0 ]
1612         DocEntry *p2 = item2->GetDocEntry(0x0028,0x1052);
1613         if( !p2 ) return false;
1614         DataEntry *entry = dynamic_cast<DataEntry *>(p2);
1615         std::string intercept_str = entry->GetString();
1616         if ( sscanf( intercept_str.c_str(), "%lf", &intercept) != 1 )
1617           {
1618           intercept = 0.;
1619           return false;
1620           }
1621         // D 0028|1053 [DS] [Rescale Slope] [5.65470085470085]
1622         DocEntry *p3 = item2->GetDocEntry(0x0028,0x1053);
1623         if( !p3 ) return false;
1624         DataEntry *entry2 = dynamic_cast<DataEntry *>(p3);
1625         std::string slope_str = entry2->GetString();
1626         if ( sscanf( slope_str.c_str(), "%lf", &slope) != 1 )
1627           {
1628           slope = 1.;
1629           return false;
1630           }
1631         return true;
1632         }
1633
1634      return false;
1635    }
1636
1637 /**
1638  *\brief gets the info from 0028,1052 : Rescale Intercept
1639  * @return Rescale Intercept. defaulted to 0.0 is not found or empty
1640  */
1641 double File::GetRescaleIntercept()
1642 {
1643    // 0028 1052 DS IMG Rescale Intercept
1644    DataEntry *entry = GetDataEntry(0x0028, 0x1052);
1645    if( !entry )
1646    {
1647       gdcmWarningMacro( "Missing Rescale Intercept (0028,1052)");
1648       return 0.0f;
1649    }
1650    return (float)entry->GetValue(0);
1651
1652 }
1653
1654 /**
1655  *\brief   gets the info from 0028,1053 : Rescale Slope
1656  * @return Rescale Slope. defaulted to 1.0 is not found or empty
1657  */
1658 double File::GetRescaleSlope()
1659 {
1660    double resInter = 0.;
1661    double resSlope = 1.;
1662    if ( GetRescaleSlopeIntercept(resSlope, resInter) )
1663      {
1664      return resSlope;
1665      }
1666    //0028 1053 DS IMG Rescale Slope
1667    std::string strRescSlope = GetEntryString(0x0028,0x1053);
1668    if ( strRescSlope != GDCM_UNFOUND )
1669    {
1670       if ( sscanf( strRescSlope.c_str(), "%lf ", &resSlope) != 1 )
1671       {
1672          // bug in the element 0x0028,0x1053
1673          gdcmWarningMacro( "Rescale Slope (0028,1053) is empty.");
1674       }
1675    }
1676
1677    return resSlope;
1678 }
1679
1680 /**
1681  * \brief This function is intended to user who doesn't want
1682  *   to have to manage a LUT and expects to get an RBG Pixel image
1683  *   (or a monochrome one, if no LUT found ...)
1684  * \warning to be used with GetImagePixels()
1685  * @return 1 if Gray level, 3 if Color (RGB, YBR, *or PALETTE COLOR*)
1686  */
1687 int File::GetNumberOfScalarComponents()
1688 {
1689    if ( GetSamplesPerPixel() == 3 )
1690    {
1691       return 3;
1692    }
1693
1694    // 0028 0100 US IMG Bits Allocated
1695    // (in order no to be messed up by old RGB images)
1696    if ( GetEntryString(0x0028,0x0100) == "24" )
1697    {
1698       return 3;
1699    }
1700
1701    std::string strPhotometricInterpretation = GetEntryString(0x0028,0x0004);
1702
1703    if ( ( strPhotometricInterpretation == "PALETTE COLOR ") )
1704    {
1705       if ( HasLUT() )// PALETTE COLOR is NOT enough
1706       {
1707          return 3;
1708       }
1709       else
1710       {
1711          return 1;
1712       }
1713    }
1714
1715    // beware of trailing space at end of string
1716    // DICOM tags are never of odd length
1717    if ( strPhotometricInterpretation == GDCM_UNFOUND   ||
1718         Util::DicomStringEqual(strPhotometricInterpretation, "MONOCHROME1") ||
1719         Util::DicomStringEqual(strPhotometricInterpretation, "MONOCHROME2") )
1720    {
1721       return 1;
1722    }
1723    else
1724    {
1725       // we assume that *all* kinds of YBR are dealt with
1726       return 3;
1727    }
1728 }
1729
1730 /**
1731  * \brief This function is intended to user that DOESN'T want
1732  *  to get RGB pixels image when it's stored as a PALETTE COLOR image
1733  *   - the (vtk) user is supposed to know how deal with LUTs -
1734  * \warning to be used with GetImagePixelsRaw()
1735  * @return 1 if Gray level, 3 if Color (RGB or YBR - NOT 'PALETTE COLOR' -)
1736  */
1737 int File::GetNumberOfScalarComponentsRaw()
1738 {
1739    // 0028 0100 US IMG Bits Allocated
1740    // (in order no to be messed up by old RGB images)
1741    if ( File::GetEntryString(0x0028,0x0100) == "24" )
1742    {
1743       return 3;
1744    }
1745
1746    // we assume that *all* kinds of YBR are dealt with
1747    return GetSamplesPerPixel();
1748 }
1749
1750 /**
1751  * \brief   Recover the offset (from the beginning of the file)
1752  *          of *image* pixels (not *icone image* pixels, if any !)
1753  * @return Pixel Offset
1754  */
1755 size_t File::GetPixelOffset()
1756 {
1757    DocEntry *pxlElement = GetDocEntry(GrPixel, NumPixel);
1758    if ( pxlElement )
1759    {
1760       return pxlElement->GetOffset();
1761    }
1762    else
1763    {
1764       gdcmWarningMacro( "Big trouble : Pixel Element ("
1765                       << std::hex << GrPixel<<","<< NumPixel<< ") NOT found" );
1766       return 0;
1767    }
1768 }
1769
1770 /**
1771  * \brief   Recover the pixel area length (in Bytes)
1772  * @return Pixel Element Length, as stored in the header
1773  *         (NOT the memory space necessary to hold the Pixels
1774  *          -in case of embeded compressed image-)
1775  *         0 : NOT USABLE file. The caller has to check.
1776  */
1777 size_t File::GetPixelAreaLength()
1778 {
1779    DocEntry *pxlElement = GetDocEntry(GrPixel, NumPixel);
1780    if ( pxlElement )
1781    {
1782       return pxlElement->GetLength();
1783    }
1784    else
1785    {
1786       gdcmWarningMacro( "Big trouble : Pixel Element ("
1787                       << std::hex << GrPixel<<","<< NumPixel<< ") NOT found" );
1788       return 0;
1789    }
1790 }
1791
1792 /**
1793  * \brief Adds the characteristics of a new element we want to anonymize
1794  * @param   group  Group number of the target tag.
1795  * @param   elem Element number of the target tag.
1796  * @param   value new value (string) to substitute with
1797  */
1798 void File::AddAnonymizeElement (uint16_t group, uint16_t elem,
1799                                 std::string const &value)
1800 {
1801    DicomElement el;
1802    el.Group = group;
1803    el.Elem  = elem;
1804    el.Value = value;
1805    UserAnonymizeList.push_back(el);
1806 }
1807
1808 /**
1809  * \brief Overwrites in the file the values of the DicomElements
1810  *       held in the list
1811  */
1812 void File::AnonymizeNoLoad()
1813 {
1814    std::fstream *fp = new std::fstream(Filename.c_str(),
1815                               std::ios::in | std::ios::out | std::ios::binary);
1816    GDCM_NAME_SPACE::DocEntry *d;
1817    uint32_t offset;
1818    uint32_t lgth;
1819    uint32_t valLgth = 0;
1820    std::string *spaces;
1821    for (ListElements::iterator it = UserAnonymizeList.begin();
1822                                it != UserAnonymizeList.end();
1823                              ++it)
1824    {
1825
1826       //std::cout << "File::AnonymizeNoLoad -------" << std::hex <<(*it).Group <<"|"<<
1827       //         (*it).Elem
1828       //         << "[" << (*it).Value << "] "<< std::dec << std::endl;
1829       d = GetDocEntry( (*it).Group, (*it).Elem);
1830
1831       if ( d == NULL)
1832          continue;
1833
1834       if ( dynamic_cast<SeqEntry *>(d) )
1835       {
1836          gdcmWarningMacro( "You cannot 'Anonymize' a SeqEntry ");
1837          continue;
1838       }
1839
1840       valLgth = (*it).Value.size();
1841       if (valLgth == 0)
1842          continue;
1843
1844       offset = d->GetOffset();
1845       lgth =   d->GetLength();
1846
1847       //std::cout << "lgth " << lgth << " valLgth " << valLgth << std::endl;
1848       if (valLgth < lgth)
1849       {
1850          spaces = new std::string( lgth-valLgth, ' ');
1851          (*it).Value = (*it).Value + *spaces;
1852          //std::cout << "[" << (*it).Value << "] " << lgth << std::endl;
1853          delete spaces;
1854       }
1855       fp->seekp( offset, std::ios::beg );
1856       fp->write( (*it).Value.c_str(), lgth );
1857
1858    }
1859    fp->close();
1860    delete fp;
1861 }
1862
1863 /**
1864  * \brief anonymize a File (remove Patient's personal info passed with
1865  *        AddAnonymizeElement()
1866  * \note You cannot Anonymize a DataEntry (to be fixed)
1867  */
1868 bool File::AnonymizeFile()
1869 {
1870    // If Anonymisation list is empty, let's perform some basic anonymization
1871    if ( UserAnonymizeList.begin() == UserAnonymizeList.end() )
1872    {
1873       // If exist, replace by spaces
1874       SetEntryString("  ",0x0010, 0x2154); // Telephone
1875       SetEntryString("  ",0x0010, 0x1040); // Adress
1876       SetEntryString("  ",0x0010, 0x0020); // Patient ID
1877
1878       DocEntry *patientNameHE = GetDocEntry (0x0010, 0x0010);
1879
1880       if ( patientNameHE ) // we replace it by Study Instance UID (why not ?)
1881       {
1882          std::string studyInstanceUID =  GetEntryString (0x0020, 0x000d);
1883          if ( studyInstanceUID != GDCM_UNFOUND )
1884          {
1885             SetEntryString(studyInstanceUID, 0x0010, 0x0010);
1886          }
1887          else
1888          {
1889             SetEntryString("anonymized", 0x0010, 0x0010);
1890          }
1891       }
1892    }
1893    else
1894    {
1895       GDCM_NAME_SPACE::DocEntry *d;
1896       for (ListElements::iterator it = UserAnonymizeList.begin();
1897                                   it != UserAnonymizeList.end();
1898                                 ++it)
1899       {
1900          d = GetDocEntry( (*it).Group, (*it).Elem);
1901
1902          if ( d == NULL)
1903             continue;
1904
1905          if ( dynamic_cast<SeqEntry *>(d) )
1906          {
1907             gdcmWarningMacro( "You cannot 'Anonymize' a SeqEntry ");
1908             continue;
1909          }
1910
1911          if ( dynamic_cast<DataEntry *>(d) )
1912          {
1913             gdcmWarningMacro( "To 'Anonymize' a DataEntry, better use AnonymizeNoLoad (FIXME) ");
1914             continue;
1915          }
1916          else
1917             SetEntryString ((*it).Value, (*it).Group, (*it).Elem);
1918       }
1919 }
1920
1921   // In order to make definitively impossible any further identification
1922   // remove or replace all the stuff that contains a Date
1923
1924 //0008 0012 DA ID Instance Creation Date
1925 //0008 0020 DA ID Study Date
1926 //0008 0021 DA ID Series Date
1927 //0008 0022 DA ID Acquisition Date
1928 //0008 0023 DA ID Content Date
1929 //0008 0024 DA ID Overlay Date
1930 //0008 0025 DA ID Curve Date
1931 //0008 002a DT ID Acquisition Datetime
1932 //0018 9074 DT ACQ Frame Acquisition Datetime
1933 //0018 9151 DT ACQ Frame Reference Datetime
1934 //0018 a002 DT ACQ Contribution Date Time
1935 //0020 3403 SH REL Modified Image Date (RET)
1936 //0032 0032 DA SDY Study Verified Date
1937 //0032 0034 DA SDY Study Read Date
1938 //0032 1000 DA SDY Scheduled Study Start Date
1939 //0032 1010 DA SDY Scheduled Study Stop Date
1940 //0032 1040 DA SDY Study Arrival Date
1941 //0032 1050 DA SDY Study Completion Date
1942 //0038 001a DA VIS Scheduled Admission Date
1943 //0038 001c DA VIS Scheduled Discharge Date
1944 //0038 0020 DA VIS Admitting Date
1945 //0038 0030 DA VIS Discharge Date
1946 //0040 0002 DA PRC Scheduled Procedure Step Start Date
1947 //0040 0004 DA PRC Scheduled Procedure Step End Date
1948 //0040 0244 DA PRC Performed Procedure Step Start Date
1949 //0040 0250 DA PRC Performed Procedure Step End Date
1950 //0040 2004 DA PRC Issue Date of Imaging Service Request
1951 //0040 4005 DT PRC Scheduled Procedure Step Start Date and Time
1952 //0040 4011 DT PRC Expected Completion Date and Time
1953 //0040 a030 DT PRC Verification Date Time
1954 //0040 a032 DT PRC Observation Date Time
1955 //0040 a120 DT PRC DateTime
1956 //0040 a121 DA PRC Date
1957 //0040 a13a DT PRC Referenced Datetime
1958 //0070 0082 DA ??? Presentation Creation Date
1959 //0100 0420 DT ??? SOP Autorization Date and Time
1960 //0400 0105 DT ??? Digital Signature DateTime
1961 //2100 0040 DA PJ Creation Date
1962 //3006 0008 DA SSET Structure Set Date
1963 //3008 0024 DA ??? Treatment Control Point Date
1964 //3008 0054 DA ??? First Treatment Date
1965 //3008 0056 DA ??? Most Recent Treatment Date
1966 //3008 0162 DA ??? Safe Position Exit Date
1967 //3008 0166 DA ??? Safe Position Return Date
1968 //3008 0250 DA ??? Treatment Date
1969 //300a 0006 DA RT RT Plan Date
1970 //300a 022c DA RT Air Kerma Rate Reference Date
1971 //300e 0004 DA RT Review Date
1972
1973    return true;
1974 }
1975
1976 /**
1977  * \brief Performs some consistency checking on various 'File related'
1978  *       (as opposed to 'DicomDir related') entries
1979  *       then writes in a file all the (Dicom Elements) included the Pixels
1980  * @param fileName file name to write to
1981  * @param writetype type of the file to be written
1982  *          (ACR, ExplicitVR, ImplicitVR)
1983  */
1984 bool File::Write(std::string fileName, FileType writetype)
1985 {
1986    std::ofstream *fp = new std::ofstream(fileName.c_str(),
1987                                          std::ios::out | std::ios::binary);
1988    if (*fp == NULL)
1989    {
1990       gdcmWarningMacro("Failed to open (write) File: " << fileName.c_str());
1991       return false;
1992    }
1993
1994    // Entry : 0002|0000 = group length -> recalculated
1995    DataEntry *e0000 = GetDataEntry(0x0002,0x0000);
1996    if ( e0000 )
1997    {
1998       std::ostringstream sLen;
1999       sLen << ComputeGroup0002Length( );
2000       e0000->SetString(sLen.str());
2001    }
2002
2003    /// \todo FIXME : Derma?.dcm does not have it...let's remove it ?!? JPRx
2004    if( writetype != JPEG )
2005    {
2006       int i_lgPix = GetEntryLength(GrPixel, NumPixel);
2007       if (i_lgPix != -2)
2008       {
2009          // no (GrPixel, NumPixel) element
2010          std::string s_lgPix = Util::Format("%d", i_lgPix+12);
2011          s_lgPix = Util::DicomString( s_lgPix.c_str() );
2012          InsertEntryString(s_lgPix,GrPixel, 0x0000, "UL");
2013       }
2014    }
2015    Document::WriteContent(fp, writetype);
2016
2017    fp->close();
2018    delete fp;
2019
2020    return true;
2021 }
2022
2023 //-----------------------------------------------------------------------------
2024 // Protected
2025
2026
2027 //-----------------------------------------------------------------------------
2028 // Private
2029 /**
2030  * \brief Parse pixel data from disk of [multi-]fragment RLE encoding.
2031  *        Compute the RLE extra information and store it in \ref RLEInfo
2032  *        for later pixel retrieval usage.
2033  */
2034 void File::ComputeRLEInfo()
2035 {
2036    std::string ts = GetTransferSyntax();
2037    if ( !Global::GetTS()->IsRLELossless(ts) )
2038    {
2039       return;
2040    }
2041
2042    // Encoded pixel data: for the time being we are only concerned with
2043    // Jpeg or RLE Pixel data encodings.
2044    // As stated in PS 3.5-2003, section 8.2 p44:
2045    // "If sent in Encapsulated Format (i.e. other than the Native Format) the
2046    //  value representation OB is used".
2047    // Hence we expect an OB value representation. Concerning OB VR,
2048    // the section PS 3.5-2003, section A.4.c p 58-59, states:
2049    // "For the Value Representations OB and OW, the encoding shall meet the
2050    //   following specifications depending on the Data element tag:"
2051    //   [...snip...]
2052    //    - the first item in the sequence of items before the encoded pixel
2053    //      data stream shall be basic offset table item. The basic offset table
2054    //      item value, however, is not required to be present"
2055    ReadEncapsulatedBasicOffsetTable();
2056
2057    // Encapsulated RLE Compressed Images (see PS 3.5-2003, Annex G)
2058    // Loop on the individual frame[s] and store the information
2059    // on the RLE fragments in a RLEFramesInfo.
2060    // Note: - when only a single frame is present, this is a
2061    //         classical image.
2062    //       - when more than one frame are present, then we are in
2063    //         the case of a multi-frame image.
2064    long frameLength;
2065    int i=0;
2066    uint32_t sum = 0;
2067    while ( (frameLength = ReadTagLength(0xfffe, 0xe000)) != 0 )
2068    {
2069       // Since we have read the basic offset table, let's check the value were correct
2070       // or else produce a warning:
2071       if ( BasicOffsetTableItemValue )
2072         {
2073         // If a BasicOffsetTableItemValue was read
2074         uint32_t individualLength = BasicOffsetTableItemValue[i];
2075         assert( individualLength == sum ); // REMOVE that if this is a problem
2076         if( individualLength != sum )
2077           {
2078           gdcmWarningMacro( "BasicOffsetTableItemValue differs from the fragment lenght" );
2079           }
2080         sum += frameLength + 8;
2081         i++;
2082         }
2083       // Parse the RLE Header and store the corresponding RLE Segment
2084       // Offset Table information on fragments of this current Frame.
2085       // Note that the fragment pixels themselves are not loaded
2086       // (but just skipped).
2087       long frameOffset = Fp->tellg(); // once per fragment
2088
2089       uint32_t nbRleSegments = ReadInt32();
2090       if ( nbRleSegments > 16 )
2091       {
2092          // There should be at most 15 segments (refer to RLEFrame class)
2093          gdcmWarningMacro( "Too many segments.");
2094       }
2095
2096       uint32_t rleSegmentOffsetTable[16];
2097       for( int k = 1; k <= 15; k++ )
2098       {
2099          rleSegmentOffsetTable[k] = ReadInt32();
2100       }
2101
2102       // Deduce from both RLE Header and frameLength
2103       // the fragment length, and again store this info
2104       // in a RLEFramesInfo.
2105       long rleSegmentLength[15];
2106       // skipping (not reading) RLE Segments
2107       if ( nbRleSegments > 1)
2108       {
2109          for(unsigned int k = 1; k <= nbRleSegments-1; k++)
2110          {
2111              rleSegmentLength[k] =  rleSegmentOffsetTable[k+1]
2112                                   - rleSegmentOffsetTable[k];
2113              SkipBytes(rleSegmentLength[k]);
2114           }
2115        }
2116
2117        rleSegmentLength[nbRleSegments] = frameLength
2118                                       - rleSegmentOffsetTable[nbRleSegments];
2119        SkipBytes(rleSegmentLength[nbRleSegments]);
2120
2121        // Store the collected info
2122        RLEFrame *newFrame = new RLEFrame;
2123        newFrame->SetNumberOfFragments(nbRleSegments);
2124        for( unsigned int uk = 1; uk <= nbRleSegments; uk++ )
2125        {
2126           newFrame->SetOffset(uk,frameOffset + rleSegmentOffsetTable[uk]);
2127           newFrame->SetLength(uk,rleSegmentLength[uk]);
2128        }
2129        RLEInfo->AddFrame(newFrame);
2130    }
2131
2132    // Make sure that  we encounter a 'Sequence Delimiter Item'
2133    // at the end of the item :
2134    if ( !ReadTag(0xfffe, 0xe0dd) ) // once per RLE File
2135    {
2136       gdcmWarningMacro( "No sequence delimiter item at end of RLE item sequence");
2137    }
2138 }
2139
2140 /**
2141  * \brief Parse pixel data from disk of [multi-]fragment Jpeg encoding.
2142  *        Compute the jpeg extra information (fragment[s] offset[s] and
2143  *        length) and store it[them] in \ref JPEGInfo for later pixel
2144  *        retrieval usage.
2145  */
2146 void File::ComputeJPEGFragmentInfo()
2147 {
2148    // If you need to, look for comments of ComputeRLEInfo().
2149    std::string ts = GetTransferSyntax();
2150    if ( ! Global::GetTS()->IsJPEG(ts) )
2151    {
2152       return;
2153    }
2154
2155    ReadEncapsulatedBasicOffsetTable();
2156
2157    // Loop on the fragments[s] and store the parsed information in a
2158    // JPEGInfo.
2159    long fragmentLength;
2160    int i=0;
2161    uint32_t sum = 0;
2162    while ( (fragmentLength = ReadTagLength(0xfffe, 0xe000)) != 0 )
2163    {
2164       // Since we have read the basic offset table, let's check the value were correct
2165       // or else produce a warning:
2166       // A.4 Transfer syntaxes for encapsulation of encoded pixel data:
2167       // When the Item Value is present, the Basic Offset Table Item Value shall contain
2168       // concatenated 32-bit unsigned integer values that are byte offsets to the first
2169       // byte of the Item Tag of the first fragment for each frame in the Sequence of
2170       // Items. These offsets are measured from the first byte of the first Item Tag
2171       // following the Basic Offset Table item (See Table A.4-2).
2172
2173       if ( BasicOffsetTableItemValue )
2174         {
2175         // If a BasicOffsetTableItemValue was read
2176         uint32_t individualLength = BasicOffsetTableItemValue[i];
2177         //assert( individualLength == sum ); // Seems like 00191113.dcm is off by one ??
2178         if( individualLength != sum )
2179           {
2180           gdcmWarningMacro( "BasicOffsetTableItemValue differs from the fragment lenght:" <<
2181               individualLength << " != " << sum );
2182           }
2183         sum += fragmentLength + 8;
2184         i++;
2185         }
2186
2187       long fragmentOffset = Fp->tellg(); // Once per fragment
2188       // Store the collected info
2189       JPEGFragment *newFragment = new JPEGFragment;
2190       newFragment->SetOffset(fragmentOffset);
2191       newFragment->SetLength(fragmentLength);
2192       JPEGInfo->AddFragment(newFragment);
2193
2194       SkipBytes(fragmentLength);
2195    }
2196
2197    // Make sure that  we encounter a 'Sequence Delimiter Item'
2198    // at the end of the item :
2199    if ( !ReadTag(0xfffe, 0xe0dd) )
2200    {
2201       gdcmWarningMacro( "No sequence delimiter item at end of JPEG item sequence");
2202    }
2203 }
2204
2205 /**
2206  * \brief   Assuming the internal file pointer \ref Document::Fp
2207  *          is placed at the beginning of a tag, check whether this
2208  *          tag is (TestGroup, TestElem).
2209  * \warning On success the internal file pointer \ref Document::Fp
2210  *          is modified to point after the tag.
2211  *          On failure (i.e. when the tag wasn't the expected tag
2212  *          (TestGroup, TestElem) the internal file pointer
2213  *          \ref Document::Fp is restored to its original position.
2214  * @param   testGroup The expected group   of the tag.
2215  * @param   testElem  The expected Element of the tag.
2216  * @return  True on success, false otherwise.
2217  */
2218 bool File::ReadTag(uint16_t testGroup, uint16_t testElem)
2219 {
2220    long positionOnEntry = Fp->tellg(); // Only when reading fragments
2221    //long currentPosition = positionOnEntry;      // On debugging purposes
2222
2223    // Read the Item Tag group and element, and make
2224    // sure they are what we expected:
2225    uint16_t itemTagGroup;
2226    uint16_t itemTagElem;
2227    try
2228    {
2229       itemTagGroup = ReadInt16();
2230       itemTagElem  = ReadInt16();
2231    }
2232    catch ( FormatError )
2233    {
2234       gdcmErrorMacro( "Can not read tag for "
2235        << "   We should have found tag ("
2236        << DictEntry::TranslateToKey(testGroup,testElem) << ")"
2237        ) ;
2238
2239       return false;
2240    }
2241    if ( itemTagGroup != testGroup || itemTagElem != testElem )
2242    {
2243        // in order not to pollute output we don't warn on 'delimitors'
2244       if (itemTagGroup != 0xfffe ||  testGroup != 0xfffe )
2245          gdcmWarningMacro( "Wrong Item Tag found:"
2246           << "   We should have found tag ("
2247           << DictEntry::TranslateToKey(testGroup,testElem) << ")" << std::endl
2248           << "   but instead we encountered tag ("
2249           << DictEntry::TranslateToKey(itemTagGroup,itemTagElem) << ")"
2250           << "  at address: " << "  0x(" << std::hex
2251           << (unsigned int)positionOnEntry  << std::dec << ")"
2252           ) ;
2253       Fp->seekg(positionOnEntry, std::ios::beg);
2254
2255       return false;
2256    }
2257    return true;
2258 }
2259
2260 /**
2261  * \brief   Assuming the internal file pointer \ref Document::Fp
2262  *          is placed at the beginning of a tag (TestGroup, TestElement),
2263  *          read the length associated to the Tag.
2264  * \warning On success the internal file pointer \ref Document::Fp
2265  *          is modified to point after the tag and its length.
2266  *          On failure (i.e. when the tag wasn't the expected tag
2267  *          (TestGroup, TestElement) the internal file pointer
2268  *          \ref Document::Fp is restored to its original position.
2269  * @param   testGroup The expected Group   of the tag.
2270  * @param   testElem  The expected Element of the tag.
2271  * @return  On success returns the length associated to the tag. On failure
2272  *          returns 0.
2273  */
2274 uint32_t File::ReadTagLength(uint16_t testGroup, uint16_t testElem)
2275 {
2276
2277    if ( !ReadTag(testGroup, testElem) )
2278    {
2279       // Avoid polutting output
2280       if ( testGroup != 0xfffe )
2281          gdcmErrorMacro( "ReadTag did not succeed for ("
2282                     << DictEntry::TranslateToKey(testGroup,testElem)
2283                     << ")..." );
2284       return 0;
2285    }
2286
2287    //// Then read the associated Item Length
2288
2289    // long currentPosition = Fp->tellg(); // save time // JPRx
2290    uint32_t itemLength  = ReadInt32();
2291    gdcmDebugMacro( "Basic Item Length is: " << itemLength
2292 //        << "  at address: " << std::hex << (unsigned int)currentPosition
2293    );
2294    return itemLength;
2295 }
2296
2297 /**
2298  * \brief When parsing the Pixel Data of an encapsulated file, read
2299  *        the basic offset table (when present, and BTW dump it).
2300  */
2301 void File::ReadEncapsulatedBasicOffsetTable()
2302 {
2303    //// Read the Basic Offset Table Item Tag length...
2304    uint32_t itemLength = ReadTagLength(0xfffe, 0xe000);
2305
2306    // When present, read the basic offset table itself.
2307    // Notes: - since the presence of this basic offset table is optional
2308    //          we can't rely on it for the implementation, and we will simply
2309    //          trash its content (when present).
2310    //        - still, when present, we could add some further checks on the
2311    //          lengths, but we won't bother with such fuses for the time being.
2312    if ( itemLength != 0 )
2313    {
2314       char *charBasicOffsetTableItemValue = new char[itemLength];
2315       Fp->read(charBasicOffsetTableItemValue, itemLength);
2316       unsigned int nbEntries = itemLength/4;
2317       assert( nbEntries*4 == itemLength); // Make sure this is a multiple
2318       BasicOffsetTableItemValue = new uint32_t[nbEntries];
2319
2320       for (unsigned int i=0; i < nbEntries; i++ )
2321       {
2322          BasicOffsetTableItemValue[i] = *((uint32_t*)(&charBasicOffsetTableItemValue[4*i]));
2323 #if defined(GDCM_WORDS_BIGENDIAN) || defined(GDCM_FORCE_BIGENDIAN_EMULATION)
2324          uint32_t val = BasicOffsetTableItemValue[i];
2325          BasicOffsetTableItemValue[i]
2326            = (  (val<<24)               | ((val<<8)  & 0x00ff0000) |
2327               ( (val>>8)  & 0x0000ff00) |  (val>>24)               );
2328 #endif
2329          gdcmDebugMacro( "Read one length for: " <<
2330                           std::hex << BasicOffsetTableItemValue[i] );
2331       }
2332
2333       delete[] charBasicOffsetTableItemValue;
2334    }
2335 }
2336
2337 // These are the deprecated method that one day should be removed (after the next release)
2338
2339 //#ifndef GDCM_LEGACY_REMOVE
2340 /*
2341  * \ brief   Loader. (DEPRECATED :  temporaryly kept not to break the API)
2342  * @ param   fileName file to be open for parsing
2343  * @ return false if file cannot be open or no swap info was found,
2344  *         or no tag was found.
2345  * @deprecated Use the Load() [ + SetLoadMode() ] + SetFileName() functions instead
2346  */
2347  /*
2348 bool File::Load( std::string const &fileName )
2349 {
2350    GDCM_LEGACY_REPLACED_BODY(File::Load(std::string), "1.2",
2351                              File::Load());
2352    SetFileName( fileName );
2353    if ( ! this->Document::Load( ) )
2354       return false;
2355
2356    return DoTheLoadingJob( );
2357 }
2358 #endif
2359 */
2360 //-----------------------------------------------------------------------------
2361 // Print
2362
2363 //-----------------------------------------------------------------------------
2364 } // end namespace gdcm