src/gdcmFile.cxx

   1 // gdcmFile.cxx
   2 //-----------------------------------------------------------------------------
   3 #include "gdcmFile.h"
   4 #include "gdcmUtil.h"
   5 #include "jpeg/ljpg/jpegless.h"
   6
   7 //-----------------------------------------------------------------------------
   8 // Constructor / Destructor
   9 /**
  10  * \ingroup   gdcmFile
  11  * \brief Constructor dedicated to writing a new DICOMV3 part10 compliant
  12  *        file (see SetFileName, SetDcmTag and Write)
  13  *        Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
  14  *        for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
  15  * \Note  the in-memory representation of all available tags found in
  16  *        the DICOM header is post-poned to first header information access.
  17  *        This avoid a double parsing of public part of the header when
  18  *        one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
  19  *        seen as a side effect).
  20  *
  21  * @param header file to be opened for reading datas
  22  *
  23  * @return
  24  */
  25
  26 gdcmFile::gdcmFile(gdcmHeader *header) {
  27    Header=header;
  28    SelfHeader=false;
  29
  30    if (Header->IsReadable())
  31       SetPixelDataSizeFromHeader();
  32 }
  33
  34 /**
  35  * \ingroup   gdcmFile
  36  * \brief Constructor dedicated to writing a new DICOMV3 part10 compliant
  37  *        file (see SetFileName, SetDcmTag and Write)
  38  *        Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
  39  *        for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
  40  * \Note  the in-memory representation of all available tags found in
  41  *        the DICOM header is post-poned to first header information access.
  42  *        This avoid a double parsing of public part of the header when
  43  *        one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
  44  *        seen as a side effect).
  45  *
  46  * @param filename file to be opened for parsing
  47  *
  48  * @return
  49  */
  50 gdcmFile::gdcmFile(std::string & filename) {
  51    Header=new gdcmHeader(filename.c_str());
  52    SelfHeader=true;
  53
  54    if (Header->IsReadable())
  55       SetPixelDataSizeFromHeader();
  56 }
  57
  58 gdcmFile::gdcmFile(const char * filename) {
  59    Header=new gdcmHeader(filename);
  60    SelfHeader=true;
  61
  62    if (Header->IsReadable())
  63       SetPixelDataSizeFromHeader();
  64 }
  65
  66 /**
  67  * \ingroup   gdcmFile
  68  * \brief Destructor dedicated to writing a new DICOMV3 part10 compliant
  69  *        file (see SetFileName, SetDcmTag and Write)
  70  * \Note  If the gdcmHeader is created by the gdcmFile, it is destroyed
  71  *        by the gdcmFile
  72  * *
  73  */
  74 gdcmFile::~gdcmFile(void) {
  75    if(SelfHeader)
  76       delete Header;
  77    Header=NULL;
  78 }
  79
  80 //-----------------------------------------------------------------------------
  81 // Print
  82
  83 //-----------------------------------------------------------------------------
  84 // Public
  85 /**
  86  * \ingroup   gdcmFile
  87  * \brief
  88  * @return
  89  */
  90 gdcmHeader *gdcmFile::GetHeader(void) {
  91    return(Header);
  92 }
  93
  94 /**
  95  * \ingroup   gdcmFile
  96  * \brief     calcule la longueur (in bytes) A ALLOUER pour recevoir les
  97  *            pixels de l'image ou DES images dans le cas d'un multiframe
  98  *
  99  *          ATTENTION : il ne s'agit PAS de la longueur du groupe des Pixels
 100  *          (dans le cas d'images compressees, elle n'a pas de sens).
 101  *
 102  * @return      longueur a allouer
 103  */
 104 void gdcmFile::SetPixelDataSizeFromHeader(void) {
 105    // see PS 3.3-2003 : C.7.6.3.2.1
 106    //
 107    //   MONOCHROME1
 108    //   MONOCHROME2
 109    //   PALETTE COLOR
 110    //   RGB
 111    //   HSV  (Retired)
 112    //   ARGB (Retired)
 113    //   CMYK (Retired)
 114    //   YBR_FULL
 115    //   YBR_FULL_422 (no LUT, no Palette)
 116    //   YBR_PARTIAL_422
 117    //   YBR_ICT
 118    //   YBR_RCT
 119
 120    // LUT's
 121    // ex : gdcm-US-ALOKA-16.dcm
 122    // 0028|1221 [OW]   [Segmented Red Palette Color Lookup Table Data]
 123    // 0028|1222 [OW]   [Segmented Green Palette Color Lookup Table Data]
 124    // 0028|1223 [OW]   [Segmented Blue Palette Color Lookup Table Data]
 125
 126    // ex  : OT-PAL-8-face.dcm
 127    // 0028|1201 [US]   [Red Palette Color Lookup Table Data]
 128    // 0028|1202 [US]   [Green Palette Color Lookup Table Data]
 129    // 0028|1203 [US]   [Blue Palette Color Lookup Table Data]
 130
 131    int nb;
 132    std::string str_nb;
 133    str_nb=Header->GetPubEntryByNumber(0x0028,0x0100);
 134    if (str_nb == GDCM_UNFOUND ) {
 135       nb = 16;
 136    } else {
 137       nb = atoi(str_nb.c_str() );
 138       if (nb == 12) nb =16;
 139    }
 140    lgrTotale =  lgrTotaleRaw = Header->GetXSize() * Header->GetYSize()
 141               * Header->GetZSize() * (nb/8)* Header->GetSamplesPerPixel();
 142    std::string str_PhotometricInterpretation =
 143                              Header->GetPubEntryByNumber(0x0028,0x0004);
 144
 145    /*if ( str_PhotometricInterpretation == "PALETTE COLOR " )*/
 146    // pb when undealt Segmented Palette Color
 147
 148     if (Header->HasLUT()) {
 149       lgrTotale*=3;
 150    }
 151 }
 152
 153 /**
 154  * \ingroup   gdcmFile
 155  * \brief     Returns the size (in bytes) of required memory to hold
 156  *            the pixel data represented in this file.
 157  * @return    The size of pixel data in bytes.
 158  */
 159 size_t gdcmFile::GetImageDataSize(void) {
 160    return (lgrTotale);
 161 }
 162
 163 /**
 164  * \ingroup   gdcmFile
 165  * \brief     Returns the size (in bytes) of required memory to hold
 166  * \          the pixel data represented in this file, when user DOESN'T want
 167  * \          to get RGB pixels image when it's stored as a PALETTE COLOR image
 168  * \          - the (vtk) user is supposed to know how deal with LUTs -
 169  * \          warning to be used with GetImagePixelsRaw()
 170  * @return    The size of pixel data in bytes.
 171  */
 172 size_t gdcmFile::GetImageDataSizeRaw(void) {
 173    return (lgrTotaleRaw);
 174 }
 175
 176 /**
 177  * \ingroup gdcmFile
 178  * \brief   Allocates necessary memory, copies the pixel data
 179  *          (image[s]/volume[s]) to newly allocated zone.
 180  *          Transforms YBR pixels into RGB pixels if any
 181             Transforms 3 planes R, G, B into a single RGB Plane
 182             Transforms single Grey plane + 3 Palettes into a RGB Plane
 183  * @return  Pointer to newly allocated pixel data.
 184  * \        NULL if alloc fails
 185  */
 186 void * gdcmFile::GetImageData (void) {
 187    PixelData = (void *) malloc(lgrTotale);
 188    if (PixelData)
 189       GetImageDataIntoVector(PixelData, lgrTotale);
 190    return(PixelData);
 191 }
 192
 193 /**
 194  * \ingroup gdcmFile
 195  * \brief   Copies at most MaxSize bytes of pixel data to caller's
 196  *          memory space.
 197  * \warning This function was designed to avoid people that want to build
 198  *          a volume from an image stack to need first to get the image pixels
 199  *          and then move them to the volume area.
 200  *          It's absolutely useless for any VTK user since vtk chooses
 201  *          to invert the lines of an image, that is the last line comes first
 202  *          (for some axis related reasons?). Hence he will have
 203  *          to load the image line by line, starting from the end.
 204  *          VTK users have to call GetImageData
 205  *
 206  * @param   destination Address (in caller's memory space) at which the
 207  *          pixel data should be copied
 208  * @param   MaxSize Maximum number of bytes to be copied. When MaxSize
 209  *          is not sufficient to hold the pixel data the copy is not
 210  *          executed (i.e. no partial copy).
 211  * @return  On success, the number of bytes actually copied. Zero on
 212  *          failure e.g. MaxSize is lower than necessary.
 213  */
 214 size_t gdcmFile::GetImageDataIntoVector (void* destination, size_t MaxSize) {
 215    size_t l = GetImageDataIntoVectorRaw (destination, MaxSize);
 216
 217    if (!Header->HasLUT())
 218       return lgrTotale;
 219
 220    // from Lut R + Lut G + Lut B
 221    unsigned char * newDest = (unsigned char *)malloc(lgrTotale);
 222    unsigned char * a       = (unsigned char *)destination;
 223    unsigned char * lutRGBA =                  Header->GetLUTRGBA();
 224    if (lutRGBA) {
 225       int l = lgrTotaleRaw;
 226       memmove(newDest, destination, l);// move Gray pixels to temp area
 227       int j;
 228       for (int i=0;i<l; i++) {         // Build RGB Pixels
 229          j=newDest[i]*4;
 230          *a++ = lutRGBA[j];
 231          *a++ = lutRGBA[j+1];
 232          *a++ = lutRGBA[j+2];
 233       }
 234       free(newDest);
 235
 236    // now, it's an RGB image
 237    // Lets's write it in the Header
 238
 239          // CreateOrReplaceIfExist ?
 240
 241    std::string spp = "3";        // Samples Per Pixel
 242    Header->SetPubEntryByNumber(spp,0x0028,0x0002);
 243    std::string rgb= "RGB ";      // Photometric Interpretation
 244    Header->SetPubEntryByNumber(rgb,0x0028,0x0004);
 245    std::string planConfig = "0"; // Planar Configuration
 246    Header->SetPubEntryByNumber(planConfig,0x0028,0x0006);
 247
 248    } else {
 249              // need to make RGB Pixels (?)
 250              //    from grey Pixels (?!)
 251              //     and Gray Lut  (!?!)
 252              //    or Segmented xxx Palette Color Lookup Table Data and so on
 253
 254              // Well . I'll wait till I find such an image
 255
 256                    // Oops! I get one (gdcm-US-ALOKA-16.dcm)
 257                    // No idea how to manage it
 258                    // It seems that *no Dicom Viewer* has any idea :-(
 259                    // Segmented xxx Palette Color are *more* than 65535 long ?!?
 260
 261       std::string rgb= "MONOCHROME1 ";      // Photometric Interpretation
 262       Header->SetPubEntryByNumber(rgb,0x0028,0x0004);
 263
 264    }
 265
 266    // TODO : Drop Palette Color out of the Header?
 267    return lgrTotale;
 268 }
 269
 270 /**
 271  * \ingroup gdcmFile
 272  * \brief   Allocates necessary memory, copies the pixel data
 273  *          (image[s]/volume[s]) to newly allocated zone.
 274  *          Transforms YBR pixels into RGB pixels if any
 275             Transforms 3 planes R, G, B into a single RGB Plane
 276             DOES NOT transform Grey plane + 3 Palettes into a RGB Plane
 277  * @return  Pointer to newly allocated pixel data.
 278  * \        NULL if alloc fails
 279  */
 280 void * gdcmFile::GetImageDataRaw (void) {
 281    if (Header->HasLUT())
 282       lgrTotale /= 3;  // TODO Let gdcmHeadar user a chance
 283                        // to get the right value
 284                        // Create a member lgrTotaleRaw ???
 285    PixelData = (void *) malloc(lgrTotale);
 286    if (PixelData)
 287       GetImageDataIntoVectorRaw(PixelData, lgrTotale);
 288    return(PixelData);
 289 }
 290
 291 /**
 292  * \ingroup gdcmFile
 293  * \brief   Copies at most MaxSize bytes of pixel data to caller's
 294  *          memory space.
 295  * \warning This function was designed to avoid people that want to build
 296  *          a volume from an image stack to need first to get the image pixels
 297  *          and then move them to the volume area.
 298  *          It's absolutely useless for any VTK user since vtk chooses
 299  *          to invert the lines of an image, that is the last line comes first
 300  *          (for some axis related reasons?). Hence he will have
 301  *          to load the image line by line, starting from the end.
 302  *          VTK users hace to call GetImageData
 303  * \warning DOES NOT transform the Grey Plane + Palette Color (if any)
 304  *                   into a single RGB Pixels Plane
 305  *          the (VTK) user will manage the palettes
 306  *
 307  * @param   destination Address (in caller's memory space) at which the
 308  *          pixel data should be copied
 309  * @param   MaxSize Maximum number of bytes to be copied. When MaxSize
 310  *          is not sufficient to hold the pixel data the copy is not
 311  *          executed (i.e. no partial copy).
 312  * @return  On success, the number of bytes actually copied. Zero on
 313  *          failure e.g. MaxSize is lower than necessary.
 314  */
 315 size_t gdcmFile::GetImageDataIntoVectorRaw (void* destination, size_t MaxSize) {
 316
 317    int nb, nbu, highBit, signe;
 318    std::string str_nbFrames, str_nb, str_nbu, str_highBit, str_signe;
 319
 320    if ( lgrTotale > MaxSize ) {
 321       dbg.Verbose(0, "gdcmFile::GetImageDataIntoVector: pixel data bigger"
 322                      "than caller's expected MaxSize");
 323       return (size_t)0;
 324    }
 325
 326    (void)ReadPixelData(destination);
 327
 328         // Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel
 329    str_nb = Header->GetPubEntryByNumber(0x0028,0x0100);
 330    if (str_nb == GDCM_UNFOUND ) {
 331       nb = 16;
 332    } else {
 333       nb = atoi(str_nb.c_str() );
 334    }
 335
 336         // Nombre de Bits Utilises
 337    str_nbu=Header->GetPubEntryByNumber(0x0028,0x0101);
 338    if (str_nbu == GDCM_UNFOUND ) {
 339       nbu = nb;
 340    } else {
 341       nbu = atoi(str_nbu.c_str() );
 342    }
 343
 344         // Position du Bit de Poids Fort
 345    str_highBit=Header->GetPubEntryByNumber(0x0028,0x0102);
 346    if (str_highBit == GDCM_UNFOUND ) {
 347       highBit = nb - 1;
 348    } else {
 349       highBit = atoi(str_highBit.c_str() );
 350    }
 351         // Pixel sign
 352         // 0 = Unsigned
 353         // 1 = Signed
 354    str_signe=Header->GetPubEntryByNumber(0x0028,0x0103);
 355    if (str_signe == GDCM_UNFOUND ) {
 356       signe = 0;  // default is unsigned
 357    } else {
 358       signe = atoi(str_signe.c_str() );
 359    }
 360
 361    // re arange bytes inside the integer
 362    if (nb != 8)
 363      SwapZone(destination, Header->GetSwapCode(), lgrTotale, nb);
 364
 365    // to avoid pb with some xmedcon breakers images
 366    if (nb==16 && nbu<nb && signe==0) {
 367      int l = (int)lgrTotale / (nb/8);
 368      guint16 *deb = (guint16 *)destination;
 369      for(int i = 0; i<l; i++) {
 370         if(*deb == 0xffff)
 371            *deb=0;
 372            deb++;
 373          }
 374     }
 375
 376    // re arange bits inside the bytes
 377    if (nbu != nb){
 378       int l = (int)lgrTotale / (nb/8);
 379       if (nb == 16) {
 380          guint16 mask = 0xffff;
 381          mask = mask >> (nb-nbu);
 382          guint16 *deb = (guint16 *)destination;
 383          for(int i = 0; i<l; i++) {
 384             *deb = (*deb >> (nbu-highBit-1)) & mask;
 385             deb ++;
 386          }
 387       } else if (nb == 32 ) {
 388          guint32 mask = 0xffffffff;
 389          mask = mask >> (nb-nbu);
 390          guint32 *deb = (guint32 *)destination;
 391          for(int i = 0; i<l; i++) {
 392             *deb = (*deb >> (nbu-highBit-1)) & mask;
 393             deb ++;
 394          }
 395       } else {
 396          dbg.Verbose(0, "gdcmFile::GetImageDataIntoVector: wierd image");
 397          return (size_t)0;
 398       }
 399    }
 400
 401 // Just to 'see' what was actually read on disk :-(
 402 // Some troubles expected
 403 //   FILE * f2;
 404 //   f2 = fopen("SpuriousFile.raw","wb");
 405 //   fwrite(destination,lgrTotale,1,f2);
 406 //   fclose(f2);
 407
 408    // Deal with the color
 409    // -------------------
 410
 411        std::string str_PhotometricInterpretation =
 412                  Header->GetPubEntryByNumber(0x0028,0x0004);
 413
 414       if ( (str_PhotometricInterpretation == "MONOCHROME1 ")
 415         || (str_PhotometricInterpretation == "MONOCHROME2 ") ) {
 416          return lgrTotale;
 417       }
 418
 419    // Planar configuration = 0 : Pixels are already RGB
 420    // Planar configuration = 1 : 3 planes : R, G, B
 421    // Planar configuration = 2 : 1 gray Plane + 3 LUT
 422
 423    // Well ... supposed to be !
 424    // See US-PAL-8-10x-echo.dcm: PlanarConfiguration=0,
 425    //                            PhotometricInterpretation=PALETTE COLOR
 426    // and heuristic has to be found :-(
 427
 428       int planConf=Header->GetPlanarConfiguration();  // 0028,0006
 429
 430       // Whatever Planar Configuration is,
 431       // "PALETTE COLOR " implies that we deal with the palette.
 432       if (str_PhotometricInterpretation == "PALETTE COLOR ")
 433          planConf=2;
 434
 435       switch (planConf) {
 436       case 0:
 437          //       Pixels are already RGB
 438          break;
 439
 440       case 1:
 441
 442          {
 443          if (str_PhotometricInterpretation == "YBR_FULL") {
 444
 445    // Warning : YBR_FULL_422 acts as RGB
 446    //         : we need to make RGB Pixels from Planes Y,cB,cR
 447    // see http://lestourtereaux.free.fr/papers/data/yuvrgb.pdf
 448    // for code optimisation
 449
 450          // to see the tricks about YBR_FULL, YBR_FULL_422,
 451     // YBR_PARTIAL_422, YBR_ICT, YBR_RCT have a look at :
 452          //   ftp://medical.nema.org/medical/dicom/final/sup61_ft.pdf
 453          // and be *very* affraid
 454          //
 455             int l = Header->GetXSize()*Header->GetYSize();
 456             int nbFrames = Header->GetZSize();
 457
 458             unsigned char * newDest = (unsigned char*) malloc(lgrTotale);
 459             unsigned char *x  = newDest;
 460             unsigned char * a = (unsigned char *)destination;
 461             unsigned char * b = a + l;
 462             unsigned char * c = b + l;
 463
 464             double R,G,B;
 465
 466             // TODO : Replace by the 'well known'
 467             //        integer computation counterpart
 468             for (int i=0;i<nbFrames;i++) {
 469                for (int j=0;j<l; j++) {
 470                   R= 1.164 *(*a-16) + 1.596 *(*c -128) + 0.5;
 471                   G= 1.164 *(*a-16) - 0.813 *(*c -128) - 0.392 *(*b -128) + 0.5;
 472                   B= 1.164 *(*a-16) + 2.017 *(*b -128) + 0.5;
 473
 474                   if (R<0.0)   R=0.0;
 475                   if (G<0.0)   G=0.0;
 476                   if (B<0.0)   B=0.0;
 477                   if (R>255.0) R=255.0;
 478                   if (G>255.0) G=255.0;
 479                   if (B>255.0) B=255.0;
 480
 481                   *(x++) = (unsigned char)R;
 482                   *(x++) = (unsigned char)G;
 483                   *(x++) = (unsigned char)B;
 484                   a++; b++; c++;
 485                }
 486            }
 487             memmove(destination,newDest,lgrTotale);
 488             free(newDest);
 489
 490         } else {
 491
 492          //       need to make RGB Pixels from R,G,B Planes
 493          //       (all the Frames at a time)
 494
 495             int l = Header->GetXSize()*Header->GetYSize()*Header->GetZSize();
 496
 497             char * newDest = (char*) malloc(lgrTotale);
 498             char * x = newDest;
 499             char * a = (char *)destination;
 500             char * b = a + l;
 501             char * c = b + l;
 502
 503             for (int j=0;j<l; j++) {
 504                *(x++) = *(a++);
 505                *(x++) = *(b++);
 506                *(x++) = *(c++);
 507             }
 508
 509             memmove(destination,newDest,lgrTotale);
 510             free(newDest);
 511         }
 512
 513          break;
 514        }
 515
 516        case 2:
 517          //       Palettes were found
 518          //       Let the user deal with them !
 519          return lgrTotale;
 520    }
 521    // now, it's an RGB image
 522    // Lets's write it in the Header
 523
 524    // CreateOrReplaceIfExist ?
 525
 526    std::string spp = "3";        // Samples Per Pixel
 527    Header->SetPubEntryByNumber(spp,0x0028,0x0002);
 528    std::string rgb="RGB ";   // Photometric Interpretation
 529    Header->SetPubEntryByNumber(rgb,0x0028,0x0004);
 530
 531    std::string planConfig = "0"; // Planar Configuration
 532    Header->SetPubEntryByNumber(planConfig,0x0028,0x0006);
 533
 534          // TODO : Drop Palette Color out of the Header?
 535    return lgrTotale;
 536 }
 537
 538 /**
 539  * \ingroup   gdcmFile
 540  * \brief TODO JPR
 541  * \warning doit-etre etre publique ?
 542  * TODO : y a-t-il un inconvenient à fusioner ces 2 fonctions
 543  *
 544  * @param inData
 545  * @param ExpectedSize
 546  *
 547  * @return integer acts as a boolean
 548  */
 549 bool gdcmFile::SetImageData(void * inData, size_t ExpectedSize) {
 550    Header->SetImageDataSize(ExpectedSize);
 551    PixelData = inData;
 552    lgrTotale = ExpectedSize;
 553    return(true);
 554 }
 555
 556 /**
 557  * \ingroup   gdcmFile
 558  * \brief Ecrit sur disque les pixels d'UNE image
 559  *        Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
 560  *        Ca sera à l'utilisateur d'appeler son Reader correctement
 561  *        (Equivalent a IdImaWriteRawFile)
 562  *
 563  * @param fileName
 564  * @return
 565  */
 566
 567 bool gdcmFile::WriteRawData (std::string fileName) {
 568    FILE * fp1;
 569    fp1 = fopen(fileName.c_str(),"wb");
 570    if (fp1 == NULL) {
 571       printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",fileName.c_str());
 572       return (false);
 573    }
 574    fwrite (PixelData,lgrTotale, 1, fp1);
 575    fclose (fp1);
 576    return(true);
 577 }
 578
 579 /**
 580  * \ingroup   gdcmFile
 581  * \brief Ecrit sur disque UNE image Dicom
 582  *        Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
 583  *         Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel
 584  *         (Equivalent a IdDcmWrite)
 585  *
 586  * @param fileName
 587  * @return int acts as a boolean
 588  */
 589
 590 bool gdcmFile::WriteDcmImplVR (std::string fileName) {
 591    return WriteBase(fileName, ImplicitVR);
 592 }
 593
 594 /**
 595  * \ingroup   gdcmFile
 596  * \brief
 597  * @param  fileName
 598  * @return int acts as a boolean
 599  */
 600
 601 bool gdcmFile::WriteDcmImplVR (const char* fileName) {
 602    return WriteDcmImplVR (std::string (fileName));
 603 }
 604
 605 /**
 606  * \ingroup   gdcmFile
 607  * \brief
 608  * @param  fileName
 609  * @return int acts as a boolean
 610  */
 611
 612 bool gdcmFile::WriteDcmExplVR (std::string fileName) {
 613    return WriteBase(fileName, ExplicitVR);
 614 }
 615
 616 /**
 617  * \ingroup   gdcmFile
 618  * \brief  Ecrit au format ACR-NEMA sur disque l'entete et les pixels
 619  *        (a l'attention des logiciels cliniques
 620  *        qui ne prennent en entrée QUE des images ACR ...
 621  * \warning si un header DICOM est fourni en entree,
 622  *        les groupes < 0x0008 et les groupes impairs sont ignores)
 623  * \warning Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
 624  *        Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel
 625  *        (Equivalent a IdDcmWrite)
 626  *
 627  * @param fileName
 628  * @return int acts as a boolean
 629  */
 630
 631 bool gdcmFile::WriteAcr (std::string fileName) {
 632    return WriteBase(fileName, ACR);
 633 }
 634
 635 //-----------------------------------------------------------------------------
 636 // Protected
 637 /**
 638  * \ingroup   gdcmFile
 639  *
 640  * @param  FileName
 641  * @param  type
 642  *
 643  * @return int acts as a boolean
 644  */
 645 bool gdcmFile::WriteBase (std::string FileName, FileType type) {
 646
 647    FILE * fp1;
 648    fp1 = fopen(FileName.c_str(),"wb");
 649    if (fp1 == NULL) {
 650       printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",FileName.c_str());
 651       return (false);
 652    }
 653
 654    if ( (type == ImplicitVR) || (type == ExplicitVR) ) {
 655       char * filePreamble;
 656       // writing Dicom File Preamble
 657       filePreamble=(char*)calloc(128,1);
 658       fwrite(filePreamble,128,1,fp1);
 659       fwrite("DICM",4,1,fp1);
 660    }
 661
 662    // --------------------------------------------------------------
 663    // Special Patch to allow gdcm to re-write ACR-LibIDO formated images
 664    //
 665    // if recognition code tells us we dealt with a LibIDO image
 666    // we reproduce on disk the switch between lineNumber and columnNumber
 667    // just before writting ...
 668
 669    std::string rows, columns;
 670    if ( Header->GetFileType() == ACR_LIBIDO){
 671          rows    = Header->GetPubEntryByNumber(0x0028, 0x0010);
 672          columns = Header->GetPubEntryByNumber(0x0028, 0x0011);
 673          Header->SetPubEntryByNumber(columns,  0x0028, 0x0010);
 674          Header->SetPubEntryByNumber(rows   ,  0x0028, 0x0011);
 675    }
 676    // ----------------- End of Special Patch ----------------
 677
 678    Header->Write(fp1, type);
 679
 680    // --------------------------------------------------------------
 681    // Special Patch to allow gdcm to re-write ACR-LibIDO formated images
 682    //
 683    // ...and we restore the Header to be Dicom Compliant again
 684    // just after writting
 685
 686    if (Header->GetFileType() == ACR_LIBIDO){
 687          Header->SetPubEntryByNumber(rows   , 0x0028, 0x0010);
 688          Header->SetPubEntryByNumber(columns, 0x0028, 0x0011);
 689    }
 690    // ----------------- End of Special Patch ----------------
 691
 692    fwrite(PixelData, lgrTotale, 1, fp1);
 693    fclose (fp1);
 694    return(true);
 695 }
 696
 697 //-----------------------------------------------------------------------------
 698 // Private
 699 /**
 700  * \ingroup gdcmFile
 701  * \brief   Swap the bytes, according to swap code.
 702  * \warning not end user intended
 703  * @param   im area to deal with
 704  * @param   swap swap code
 705  * @param   lgr Area Length
 706  * @param   nb Pixels Bit number
 707  */
 708 void gdcmFile::SwapZone(void* im, int swap, int lgr, int nb) {
 709 guint32 s32;
 710 guint16 fort,faible;
 711 int i;
 712
 713 if(nb == 16)
 714    switch(swap) {
 715       case 0:
 716       case 12:
 717       case 1234:
 718          break;
 719
 720       case 21:
 721       case 3412:
 722       case 2143:
 723       case 4321:
 724
 725          for(i=0;i<lgr;i++)
 726             ((unsigned short int*)im)[i]= ((((unsigned short int*)im)[i])>>8)
 727                                         | ((((unsigned short int*)im)[i])<<8);
 728          break;
 729
 730       default:
 731          printf("valeur de SWAP (16 bits) not allowed : %d\n", swap);
 732    }
 733
 734 if( nb == 32 )
 735    switch (swap) {
 736       case 0:
 737       case 1234:
 738          break;
 739
 740       case 4321:
 741          for(i=0;i<lgr;i++) {
 742             faible=  ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff;    /* 4321 */
 743             fort  =((unsigned long int*)im)[i]>>16;
 744             fort=  (fort>>8)   | (fort<<8);
 745             faible=(faible>>8) | (faible<<8);
 746             s32=faible;
 747             ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|fort;
 748          }
 749          break;
 750
 751       case 2143:
 752          for(i=0;i<lgr;i++) {
 753             faible=  ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff;    /* 2143 */
 754             fort=((unsigned long int*)im)[i]>>16;
 755             fort=  (fort>>8)   | (fort<<8);
 756             faible=(faible>>8) | (faible<<8);
 757             s32=fort;
 758             ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|faible;
 759          }
 760          break;
 761
 762       case 3412:
 763          for(i=0;i<lgr;i++) {
 764             faible=  ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff;    /* 3412 */
 765             fort=((unsigned long int*)im)[i]>>16;
 766             s32=faible;
 767             ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|fort;
 768          }
 769          break;
 770
 771       default:
 772          printf(" SWAP value (32 bits) not allowed : %d\n", swap);
 773    }
 774 return;
 775 }
 776
 777 /**
 778  * \ingroup gdcmFile
 779  * \brief   Read pixel data from disk (optionaly decompressing) into the
 780  *          caller specified memory location.
 781  * @param   destination where the pixel data should be stored.
 782  *
 783  */
 784 bool gdcmFile::ReadPixelData(void* destination) {
 785
 786    FILE *fp;
 787
 788    if ( !(fp=Header->OpenFile()))
 789       return false;
 790
 791    if ( fseek(fp, Header->GetPixelOffset(), SEEK_SET) == -1 ) {
 792       Header->CloseFile();
 793       return false;
 794    }
 795
 796
 797    // ----------------------  Compacted File (12 Bits Per Pixel)
 798    /* unpack 12 Bits pixels into 16 Bits pixels */
 799    /* 2 pixels 12bit =     [0xABCDEF]           */
 800    /* 2 pixels 16bit = [0x0ABD] + [0x0FCE]      */
 801    if (Header->GetBitsAllocated()==12) {
 802       int nbPixels = Header->GetXSize() * Header->GetYSize();
 803       unsigned char b0, b1, b2;
 804
 805       unsigned short int* pdestination = (unsigned short int*)destination;
 806       for(int p=0;p<nbPixels;p+=2) {
 807          fread(&b0,1,1,fp);
 808          fread(&b1,1,1,fp);
 809          fread(&b2,1,1,fp);
 810          //Two steps is necessary to please VC++
 811          *pdestination++ =  ((b0 >> 4) << 8) + ((b0 & 0x0f) << 4) + (b1 & 0x0f);
 812                        /* A */          /* B */            /* D */
 813          *pdestination++ =  ((b2 & 0x0f) << 8) + ((b1 >> 4) << 4) + (b2 >> 4);
 814                        /* F */          /* C */            /* E */
 815
 816         // Troubles expected on Big-Endian processors ?
 817       }
 818       return(true);
 819    }
 820
 821    // ----------------------  Uncompressed File
 822    if ( !Header->IsDicomV3()                             ||
 823         Header->IsImplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ||
 824         Header->IsExplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ||
 825         Header->IsExplicitVRBigEndianTransferSyntax()    ||
 826         Header->IsDeflatedExplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ) {
 827
 828       size_t ItemRead = fread(destination, Header->GetPixelAreaLength(), 1, fp);
 829
 830       if ( ItemRead != 1 ) {
 831          Header->CloseFile();
 832          return false;
 833       } else {
 834          Header->CloseFile();
 835          return true;
 836       }
 837    }
 838
 839    // ---------------------- Run Length Encoding
 840    if (Header->IsRLELossLessTransferSyntax()) {
 841          bool res = (bool)gdcm_read_RLE_file (fp,destination);
 842          return res;
 843    }
 844
 845    // --------------- SingleFrame/Multiframe JPEG Lossless/Lossy/2000
 846    int nb;
 847    std::string str_nb=Header->GetPubEntryByNumber(0x0028,0x0100);
 848    if (str_nb == GDCM_UNFOUND ) {
 849       nb = 16;
 850    } else {
 851       nb = atoi(str_nb.c_str() );
 852       if (nb == 12) nb =16;  // ?? 12 should be ACR-NEMA only ?
 853    }
 854
 855    int nBytes= nb/8;
 856
 857    int taille = Header->GetXSize() * Header->GetYSize()
 858                * Header->GetSamplesPerPixel();
 859    long fragmentBegining; // for ftell, fseek
 860
 861    bool jpg2000 =     Header->IsJPEG2000();
 862    bool jpgLossless = Header->IsJPEGLossless();
 863
 864    bool res = true;
 865    guint16 ItemTagGr,ItemTagEl;
 866    int ln;
 867
 868       //  Position on begining of Jpeg Pixels
 869
 870    fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 871    fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 872    if(Header->GetSwapCode()) {
 873       ItemTagGr=Header->SwapShort(ItemTagGr);
 874       ItemTagEl=Header->SwapShort(ItemTagEl);
 875    }
 876    fread(&ln,4,1,fp);
 877    if(Header->GetSwapCode())
 878       ln=Header->SwapLong(ln);    // Basic Offset Table Item length
 879
 880    if (ln != 0) {
 881       // What is it used for ?!?
 882       char *BasicOffsetTableItemValue = (char *)malloc(ln+1);
 883       fread(BasicOffsetTableItemValue,ln,1,fp);
 884    }
 885
 886    // first Fragment initialisation
 887    fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 888    fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 889    if(Header->GetSwapCode()) {
 890       ItemTagGr=Header->SwapShort(ItemTagGr);
 891       ItemTagEl=Header->SwapShort(ItemTagEl);
 892    }
 893
 894    // parsing fragments until Sequence Delim. Tag found
 895    while (  ( ItemTagGr == 0xfffe) && (ItemTagEl != 0xe0dd) ) {
 896       // --- for each Fragment
 897
 898       fread(&ln,4,1,fp);
 899       if(Header->GetSwapCode())
 900          ln=Header->SwapLong(ln);    // Fragment Item length
 901
 902       fragmentBegining=ftell(fp);
 903
 904       if (jpg2000) {          // JPEG 2000 :    call to ???
 905
 906          res = (bool)gdcm_read_JPEG2000_file (fp,destination);  // Not Yet written
 907
 908       } // ------------------------------------- endif (JPEG2000)
 909
 910       else if (jpgLossless) { // JPEG LossLess : call to xmedcom JPEG
 911
 912          JPEGLosslessDecodeImage (fp,  // Reading Fragment pixels
 913                                      (unsigned short *)destination,
 914                                      Header->GetPixelSize()*8* Header->GetSamplesPerPixel(),
 915                                      ln);
 916          res=1; // in order not to break the loop
 917
 918       } // ------------------------------------- endif (JPEGLossless)
 919
 920       else {                   // JPEG Lossy : call to IJG 6b
 921
 922          if  (Header->GetBitsStored() == 8) {
 923             res = (bool)gdcm_read_JPEG_file (fp,destination);  // Reading Fragment pixels
 924          } else {
 925             res = (bool)gdcm_read_JPEG_file12 (fp,destination);// Reading Fragment pixels
 926          }
 927       }  // ------------------------------------- endif (JPEGLossy)
 928
 929       if (!res) break;
 930
 931       destination = (char *)destination + taille * nBytes; // location in user's memory
 932                                                            // for next fragment (if any)
 933
 934       fseek(fp,fragmentBegining,SEEK_SET); // To be sure we start
 935       fseek(fp,ln,SEEK_CUR);               // at the begining of next fragment
 936
 937       ItemTagGr = ItemTagEl =0;
 938       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 939       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 940       if(Header->GetSwapCode()) {
 941          ItemTagGr=Header->SwapShort(ItemTagGr);
 942          ItemTagEl=Header->SwapShort(ItemTagEl);
 943       }
 944
 945    }     // endWhile parsing fragments until Sequence Delim. Tag found
 946
 947    Header->CloseFile();
 948    return res;
 949 }
 950 //-----------------------------------------------------------------------------