src/gdcmFile.cxx

   1 // gdcmFile.cxx
   2
   3 #include "gdcmFile.h"
   4 #include "gdcmUtil.h"
   5 #include "jpeg/ljpg/jpegless.h"
   6
   7 /////////////////////////////////////////////////////////////////
   8 /**
   9  * \ingroup   gdcmFile
  10  * \brief Constructor dedicated to writing a new DICOMV3 part10 compliant
  11  *        file (see SetFileName, SetDcmTag and Write)
  12  *        Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
  13  *        for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
  14  * \Note  the in-memory representation of all available tags found in
  15  *        the DICOM header is post-poned to first header information access.
  16  *        This avoid a double parsing of public part of the header when
  17  *        one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
  18  *        seen as a side effect).
  19  *
  20  * @param filename file to be opened for parsing
  21  *
  22  * @return
  23  */
  24
  25 gdcmFile::gdcmFile(std::string & filename)
  26         :gdcmHeader(filename.c_str())
  27 {
  28       if (IsReadable())
  29          SetPixelDataSizeFromHeader();
  30 }
  31
  32 gdcmFile::gdcmFile(const char * filename)
  33         :gdcmHeader(filename)
  34 {
  35    if (IsReadable())
  36       SetPixelDataSizeFromHeader();
  37 }
  38
  39 /**
  40  * \ingroup   gdcmFile
  41  * \brief     calcule la longueur (in bytes) A ALLOUER pour recevoir les
  42  *            pixels de l'image ou DES images dans le cas d'un multiframe
  43  *
  44  *          ATTENTION : il ne s'agit PAS de la longueur du groupe des Pixels
  45  *          (dans le cas d'images compressees, elle n'a pas de sens).
  46  *
  47  * @return      longueur a allouer
  48  */
  49 void gdcmFile::SetPixelDataSizeFromHeader(void) {
  50    int nb;
  51    std::string str_nb;
  52    str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
  53    if (str_nb == GDCM_UNFOUND ) {
  54       nb = 16;
  55    } else {
  56       nb = atoi(str_nb.c_str() );
  57       if (nb == 12) nb =16;
  58    }
  59    lgrTotale =  lgrTotaleRaw = GetXSize() *  GetYSize() *  GetZSize()
  60               * (nb/8)* GetSamplesPerPixel();
  61    std::string str_PhotometricInterpretation =
  62                              gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0004);
  63
  64    /*if ( str_PhotometricInterpretation == "PALETTE COLOR " )*/
  65    // pb when undealt Segmented Palette Color
  66
  67     if (HasLUT()) {
  68       lgrTotale*=3;
  69    }
  70 }
  71
  72    // see PS 3.3-2003 : C.7.6.3.2.1
  73    //
  74    //   MONOCHROME1
  75    //   MONOCHROME2
  76    //   PALETTE COLOR
  77    //   RGB
  78    //   HSV  (Retired)
  79    //   ARGB (Retired)
  80    //   CMYK (Retired)
  81    //   YBR_FULL
  82    //   YBR_FULL_422 (no LUT, no Palette)
  83    //   YBR_PARTIAL_422
  84    //   YBR_ICT
  85    //   YBR_RCT
  86
  87   // LUT's
  88   // ex : gdcm-US-ALOKA-16.dcm
  89   // 0028|1221 [OW]   [Segmented Red Palette Color Lookup Table Data]
  90   // 0028|1222 [OW]   [Segmented Green Palette Color Lookup Table Data]
  91   // 0028|1223 [OW]   [Segmented Blue Palette Color Lookup Table Data]
  92
  93   // ex  : OT-PAL-8-face.dcm
  94   // 0028|1201 [US]   [Red Palette Color Lookup Table Data]
  95   // 0028|1202 [US]   [Green Palette Color Lookup Table Data]
  96   // 0028|1203 [US]   [Blue Palette Color Lookup Table Data]
  97
  98
  99 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 100 /**
 101  * \ingroup   gdcmFile
 102  * \brief     Returns the size (in bytes) of required memory to hold
 103  * \          the pixel data represented in this file, when user DOESN'T want
 104  * \          to get RGB pixels image when it's stored as a PALETTE COLOR image
 105  * \          - the (vtk) user is supposed to know how deal with LUTs -
 106  * \          warning to be used with GetImagePixelsRaw()
 107  * @return    The size of pixel data in bytes.
 108  */
 109
 110 size_t gdcmFile::GetImageDataSizeRaw(void) {
 111    return (lgrTotaleRaw);
 112 }
 113
 114 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 115 /**
 116  * \ingroup   gdcmFile
 117  * \brief     Returns the size (in bytes) of required memory to hold
 118  *            the pixel data represented in this file.
 119  * @return    The size of pixel data in bytes.
 120  */
 121
 122 size_t gdcmFile::GetImageDataSize(void) {
 123    return (lgrTotale);
 124 }
 125
 126
 127 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 128 /**
 129  * \ingroup gdcmFile
 130  * \brief   Read pixel data from disk (optionaly decompressing) into the
 131  *          caller specified memory location.
 132  * @param   destination where the pixel data should be stored.
 133  *
 134  */
 135 bool gdcmFile::ReadPixelData(void* destination) {
 136
 137    if ( !OpenFile())
 138       return false;
 139
 140     if ( fseek(fp, GetPixelOffset(), SEEK_SET) == -1 ) {
 141       CloseFile();
 142       return false;
 143    }
 144
 145
 146    // ----------------------  Compacted File (12 Bits Per Pixel)
 147
 148    /* unpack 12 Bits pixels into 16 Bits pixels */
 149    /* 2 pixels 12bit =     [0xABCDEF]           */
 150    /* 2 pixels 16bit = [0x0ABD] + [0x0FCE]      */
 151
 152    if (GetBitsAllocated()==12) {
 153       int nbPixels = GetXSize()*GetYSize();
 154       unsigned char b0, b1, b2;
 155
 156       unsigned short int* pdestination = (unsigned short int*)destination;
 157       for(int p=0;p<nbPixels;p+=2) {
 158          fread(&b0,1,1,fp);
 159          fread(&b1,1,1,fp);
 160          fread(&b2,1,1,fp);
 161          //Two steps is necessary to please VC++
 162          *pdestination++ =  ((b0 >> 4) << 8) + ((b0 & 0x0f) << 4) + (b1 & 0x0f);
 163                        /* A */          /* B */            /* D */
 164          *pdestination++ =  ((b2 & 0x0f) << 8) + ((b1 >> 4) << 4) + (b2 >> 4);
 165                        /* F */          /* C */            /* E */
 166
 167         // Troubles expected on Big-Endian processors ?
 168       }
 169       return(true);
 170    }
 171
 172    // ----------------------  Uncompressed File
 173
 174    if ( !IsDicomV3()                             ||
 175         IsImplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ||
 176         IsExplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ||
 177         IsExplicitVRBigEndianTransferSyntax()    ||
 178         IsDeflatedExplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ) {
 179
 180       size_t ItemRead = fread(destination, GetPixelAreaLength(), 1, fp);
 181
 182       if ( ItemRead != 1 ) {
 183          CloseFile();
 184          return false;
 185       } else {
 186          CloseFile();
 187          return true;
 188       }
 189    }
 190
 191    // ---------------------- Run Length Encoding
 192
 193       if (gdcmHeader::IsRLELossLessTransferSyntax()) {
 194             int res = (bool)gdcm_read_RLE_file (destination);
 195             return res;
 196       }
 197
 198    // --------------- SingleFrame/Multiframe JPEG Lossless/Lossy/2000
 199
 200       int nb;
 201       std::string str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
 202       if (str_nb == GDCM_UNFOUND ) {
 203          nb = 16;
 204       } else {
 205          nb = atoi(str_nb.c_str() );
 206          if (nb == 12) nb =16;  // ?? 12 should be ACR-NEMA only ?
 207       }
 208       int nBytes= nb/8;
 209
 210       int taille = GetXSize() *  GetYSize()  * GetSamplesPerPixel();
 211       long fragmentBegining; // for ftell, fseek
 212
 213       bool jpg2000 =     IsJPEG2000();
 214       bool jpgLossless = IsJPEGLossless();
 215
 216       bool res = true;
 217       guint16 ItemTagGr,ItemTagEl;
 218       int ln;
 219
 220          //  Position on begining of Jpeg Pixels
 221
 222       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 223       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 224       if(GetSwapCode()) {
 225          ItemTagGr=SwapShort(ItemTagGr);
 226          ItemTagEl=SwapShort(ItemTagEl);
 227       }
 228       fread(&ln,4,1,fp);
 229       if(GetSwapCode())
 230          ln=SwapLong(ln);    // Basic Offset Table Item length
 231
 232       if (ln != 0) {
 233          // What is it used for ?!?
 234          char *BasicOffsetTableItemValue = (char *)malloc(ln+1);
 235          fread(BasicOffsetTableItemValue,ln,1,fp);
 236       }
 237
 238       // first Fragment initialisation
 239       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 240       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 241       if(GetSwapCode()) {
 242          ItemTagGr=SwapShort(ItemTagGr);
 243          ItemTagEl=SwapShort(ItemTagEl);
 244       }
 245
 246       // parsing fragments until Sequence Delim. Tag found
 247
 248       while (  ( ItemTagGr == 0xfffe) && (ItemTagEl != 0xe0dd) ) {
 249
 250                         // --- for each Fragment
 251
 252          fread(&ln,4,1,fp);
 253          if(GetSwapCode())
 254             ln=SwapLong(ln);    // Fragment Item length
 255
 256          fragmentBegining=ftell(fp);
 257
 258          if (jpg2000) {          // JPEG 2000 :    call to ???
 259
 260             res = (bool)gdcm_read_JPEG2000_file (destination);  // Not Yet written
 261
 262          } // ------------------------------------- endif (JPEG2000)
 263
 264          else if (jpgLossless) { // JPEG LossLess : call to xmedcom JPEG
 265
 266             JPEGLosslessDecodeImage (fp,                         // Reading Fragment pixels
 267                                      (unsigned short *)destination,
 268                                      GetPixelSize()*8* GetSamplesPerPixel(),
 269                                      ln);
 270             res=1; // in order not to break the loop
 271
 272          } // ------------------------------------- endif (JPEGLossless)
 273
 274          else {                   // JPEG Lossy : call to IJG 6b
 275
 276             if  (GetBitsStored() == 8) {
 277                 res = (bool)gdcm_read_JPEG_file (destination);  // Reading Fragment pixels
 278             } else {
 279                 res = (bool)gdcm_read_JPEG_file12 (destination);// Reading Fragment pixels
 280             }
 281          }  // ------------------------------------- endif (JPEGLossy)
 282
 283          if (!res) break;
 284
 285          destination = (char *)destination + taille * nBytes; // location in user's memory
 286                                                               // for next fragment (if any)
 287
 288          fseek(fp,fragmentBegining,SEEK_SET); // To be sure we start
 289          fseek(fp,ln,SEEK_CUR);               // at the begining of next fragment
 290
 291          ItemTagGr = ItemTagEl =0;
 292          fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 293          fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 294          if(GetSwapCode()) {
 295             ItemTagGr=SwapShort(ItemTagGr);
 296             ItemTagEl=SwapShort(ItemTagEl);
 297          }
 298
 299       }     // endWhile parsing fragments until Sequence Delim. Tag found
 300
 301       return res;
 302 }
 303
 304 /**
 305  * \ingroup gdcmFile
 306  * \brief   Allocates necessary memory, copies the pixel data
 307  *          (image[s]/volume[s]) to newly allocated zone.
 308  *          Transforms YBR pixels into RGB pixels if any
 309             Transforms 3 planes R, G, B into a single RGB Plane
 310             Transforms single Grey plane + 3 Palettes into a RGB Plane
 311  * @return  Pointer to newly allocated pixel data.
 312  * \        NULL if alloc fails
 313  */
 314 void * gdcmFile::GetImageData (void) {
 315    PixelData = (void *) malloc(lgrTotale);
 316    if (PixelData)
 317       GetImageDataIntoVector(PixelData, lgrTotale);
 318    return(PixelData);
 319 }
 320
 321 /**
 322  * \ingroup gdcmFile
 323  * \brief   Allocates necessary memory, copies the pixel data
 324  *          (image[s]/volume[s]) to newly allocated zone.
 325  *          Transforms YBR pixels into RGB pixels if any
 326             Transforms 3 planes R, G, B into a single RGB Plane
 327             DOES NOT transform Grey plane + 3 Palettes into a RGB Plane
 328  * @return  Pointer to newly allocated pixel data.
 329  * \        NULL if alloc fails
 330  */
 331 void * gdcmFile::GetImageDataRaw (void) {
 332    if (HasLUT())
 333       lgrTotale /= 3;  // TODO Let gdcmHeadar user a chance
 334                        // to get the right value
 335                        // Create a member lgrTotaleRaw ???
 336    PixelData = (void *) malloc(lgrTotale);
 337    if (PixelData)
 338       GetImageDataIntoVectorRaw(PixelData, lgrTotale);
 339    return(PixelData);
 340 }
 341
 342 /**
 343  * \ingroup gdcmFile
 344  * \brief   Copies at most MaxSize bytes of pixel data to caller's
 345  *          memory space.
 346  * \warning This function was designed to avoid people that want to build
 347  *          a volume from an image stack to need first to get the image pixels
 348  *          and then move them to the volume area.
 349  *          It's absolutely useless for any VTK user since vtk chooses
 350  *          to invert the lines of an image, that is the last line comes first
 351  *          (for some axis related reasons?). Hence he will have
 352  *          to load the image line by line, starting from the end.
 353  *          VTK users have to call GetImageData
 354  *
 355  * @param   destination Address (in caller's memory space) at which the
 356  *          pixel data should be copied
 357  * @param   MaxSize Maximum number of bytes to be copied. When MaxSize
 358  *          is not sufficient to hold the pixel data the copy is not
 359  *          executed (i.e. no partial copy).
 360  * @return  On success, the number of bytes actually copied. Zero on
 361  *          failure e.g. MaxSize is lower than necessary.
 362  */
 363
 364 size_t gdcmFile::GetImageDataIntoVector (void* destination, size_t MaxSize) {
 365
 366    size_t l = GetImageDataIntoVectorRaw (destination, MaxSize);
 367
 368    if (!HasLUT())
 369       return lgrTotale;
 370
 371          //       from Lut R + Lut G + Lut B
 372
 373    unsigned char * newDest = (unsigned char *)malloc(lgrTotale);
 374    unsigned char * a       = (unsigned char *)destination;
 375    unsigned char * lutRGBA =                  GetLUTRGBA();
 376    if (lutRGBA) {
 377       int l = lgrTotaleRaw;
 378       memmove(newDest, destination, l);// move Gray pixels to temp area
 379       int j;
 380       for (int i=0;i<l; i++) {         // Build RGB Pixels
 381          j=newDest[i]*4;
 382          *a++ = lutRGBA[j];
 383          *a++ = lutRGBA[j+1];
 384          *a++ = lutRGBA[j+2];
 385       }
 386       free(newDest);
 387
 388    // now, it's an RGB image
 389    // Lets's write it in the Header
 390
 391          // CreateOrReplaceIfExist ?
 392
 393    std::string spp = "3";        // Samples Per Pixel
 394    gdcmHeader::SetPubElValByNumber(spp,0x0028,0x0002);
 395    std::string rgb= "RGB ";      // Photometric Interpretation
 396    gdcmHeader::SetPubElValByNumber(rgb,0x0028,0x0004);
 397    std::string planConfig = "0"; // Planar Configuration
 398    gdcmHeader::SetPubElValByNumber(planConfig,0x0028,0x0006);
 399
 400
 401    } else {
 402              // need to make RGB Pixels (?)
 403              //    from grey Pixels (?!)
 404              //     and Gray Lut  (!?!)
 405              //    or Segmented xxx Palette Color Lookup Table Data and so on
 406
 407              // Well . I'll wait till I find such an image
 408
 409                    // Oops! I get one (gdcm-US-ALOKA-16.dcm)
 410                    // No idea how to manage it
 411                    // It seems that *no Dicom Viewer* has any idea :-(
 412                    // Segmented xxx Palette Color are *more* than 65535 long ?!?
 413
 414       std::string rgb= "MONOCHROME1 ";      // Photometric Interpretation
 415       gdcmHeader::SetPubElValByNumber(rgb,0x0028,0x0004);
 416
 417    }
 418
 419    // TODO : Drop Palette Color out of the Header?
 420    return lgrTotale;
 421 }
 422
 423
 424
 425 /**
 426  * \ingroup gdcmFile
 427  * \brief   Copies at most MaxSize bytes of pixel data to caller's
 428  *          memory space.
 429  * \warning This function was designed to avoid people that want to build
 430  *          a volume from an image stack to need first to get the image pixels
 431  *          and then move them to the volume area.
 432  *          It's absolutely useless for any VTK user since vtk chooses
 433  *          to invert the lines of an image, that is the last line comes first
 434  *          (for some axis related reasons?). Hence he will have
 435  *          to load the image line by line, starting from the end.
 436  *          VTK users hace to call GetImageData
 437   * \warning DOES NOT transform the Grey Plane + Palette Color (if any)
 438  *                   into a single RGB Pixels Plane
 439  *          the (VTK) user will manage the palettes
 440  *
 441  * @param   destination Address (in caller's memory space) at which the
 442  *          pixel data should be copied
 443  * @param   MaxSize Maximum number of bytes to be copied. When MaxSize
 444  *          is not sufficient to hold the pixel data the copy is not
 445  *          executed (i.e. no partial copy).
 446  * @return  On success, the number of bytes actually copied. Zero on
 447  *          failure e.g. MaxSize is lower than necessary.
 448  */
 449
 450 size_t gdcmFile::GetImageDataIntoVectorRaw (void* destination, size_t MaxSize) {
 451
 452    int nb, nbu, highBit, signe;
 453    std::string str_nbFrames, str_nb, str_nbu, str_highBit, str_signe;
 454
 455    if ( lgrTotale > MaxSize ) {
 456       dbg.Verbose(0, "gdcmFile::GetImageDataIntoVector: pixel data bigger"
 457                      "than caller's expected MaxSize");
 458       return (size_t)0;
 459    }
 460
 461    (void)ReadPixelData(destination);
 462
 463         // Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel
 464    str_nb = GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
 465    if (str_nb == GDCM_UNFOUND ) {
 466       nb = 16;
 467    } else {
 468       nb = atoi(str_nb.c_str() );
 469    }
 470
 471         // Nombre de Bits Utilises
 472    str_nbu=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0101);
 473    if (str_nbu == GDCM_UNFOUND ) {
 474       nbu = nb;
 475    } else {
 476       nbu = atoi(str_nbu.c_str() );
 477    }
 478
 479         // Position du Bit de Poids Fort
 480    str_highBit=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0102);
 481    if (str_highBit == GDCM_UNFOUND ) {
 482       highBit = nb - 1;
 483    } else {
 484       highBit = atoi(str_highBit.c_str() );
 485    }
 486         // Pixel sign
 487         // 0 = Unsigned
 488         // 1 = Signed
 489    str_signe=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0103);
 490    if (str_signe == GDCM_UNFOUND ) {
 491       signe = 0;  // default is unsigned
 492    } else {
 493       signe = atoi(str_signe.c_str() );
 494    }
 495
 496    // re arange bytes inside the integer
 497    if (nb != 8)
 498      SwapZone(destination, GetSwapCode(), lgrTotale, nb);
 499
 500    // to avoid pb with some xmedcon breakers images
 501    if (nb==16 && nbu<nb && signe==0) {
 502      int l = (int)lgrTotale / (nb/8);
 503      guint16 *deb = (guint16 *)destination;
 504      for(int i = 0; i<l; i++) {
 505         if(*deb == 0xffff)
 506            *deb=0;
 507            deb++;
 508          }
 509     }
 510
 511    // re arange bits inside the bytes
 512    if (nbu != nb){
 513       int l = (int)lgrTotale / (nb/8);
 514       if (nb == 16) {
 515          guint16 mask = 0xffff;
 516          mask = mask >> (nb-nbu);
 517          guint16 *deb = (guint16 *)destination;
 518          for(int i = 0; i<l; i++) {
 519             *deb = (*deb >> (nbu-highBit-1)) & mask;
 520             deb ++;
 521          }
 522       } else if (nb == 32 ) {
 523          guint32 mask = 0xffffffff;
 524          mask = mask >> (nb-nbu);
 525          guint32 *deb = (guint32 *)destination;
 526          for(int i = 0; i<l; i++) {
 527             *deb = (*deb >> (nbu-highBit-1)) & mask;
 528             deb ++;
 529          }
 530       } else {
 531          dbg.Verbose(0, "gdcmFile::GetImageDataIntoVector: wierd image");
 532          return (size_t)0;
 533       }
 534    }
 535
 536 // Just to 'see' what was actually read on disk :-(
 537 // Some troubles expected
 538 //   FILE * f2;
 539 //   f2 = fopen("SpuriousFile.raw","wb");
 540 //   fwrite(destination,lgrTotale,1,f2);
 541 //   fclose(f2);
 542
 543    // Deal with the color
 544    // -------------------
 545
 546        std::string str_PhotometricInterpretation =
 547                  gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0004);
 548
 549       if ( (str_PhotometricInterpretation == "MONOCHROME1 ")
 550         || (str_PhotometricInterpretation == "MONOCHROME2 ") ) {
 551          return lgrTotale;
 552       }
 553
 554    // Planar configuration = 0 : Pixels are already RGB
 555    // Planar configuration = 1 : 3 planes : R, G, B
 556    // Planar configuration = 2 : 1 gray Plane + 3 LUT
 557
 558    // Well ... supposed to be !
 559    // See US-PAL-8-10x-echo.dcm: PlanarConfiguration=0,
 560    //                            PhotometricInterpretation=PALETTE COLOR
 561    // and heuristic has to be found :-(
 562
 563       int planConf=GetPlanarConfiguration();  // 0028,0006
 564
 565       // Whatever Planar Configuration is,
 566       // "PALETTE COLOR " implies that we deal with the palette.
 567       if (str_PhotometricInterpretation == "PALETTE COLOR ")
 568          planConf=2;
 569
 570       switch (planConf) {
 571       case 0:
 572          //       Pixels are already RGB
 573          break;
 574
 575       case 1:
 576
 577          {
 578          if (str_PhotometricInterpretation == "YBR_FULL") {
 579
 580          // Warning : YBR_FULL_422 acts as RGB
 581          //         : we need to make RGB Pixels from Planes Y,cB,cR
 582          // see http://lestourtereaux.free.fr/papers/data/yuvrgb.pdf
 583          // for code optimisation
 584
 585          // to see the tricks about YBR_FULL, YBR_FULL_422,
 586          // YBR_PARTIAL_422, YBR_ICT, YBR_RCT have a look at :
 587          //   ftp://medical.nema.org/medical/dicom/final/sup61_ft.pdf
 588          // and be *very* affraid
 589          //
 590             int l = GetXSize()*GetYSize();
 591             int nbFrames = GetZSize();
 592
 593             unsigned char * newDest = (unsigned char*) malloc(lgrTotale);
 594             unsigned char *x  = newDest;
 595             unsigned char * a = (unsigned char *)destination;
 596             unsigned char * b = a + l;
 597             unsigned char * c = b + l;
 598
 599             double R,G,B;
 600
 601             // TODO : Replace by the 'well known'
 602             //        integer computation counterpart
 603             for (int i=0;i<nbFrames;i++) {
 604                for (int j=0;j<l; j++) {
 605                   R= 1.164 *(*a-16) + 1.596 *(*c -128) + 0.5;
 606                   G= 1.164 *(*a-16) - 0.813 *(*c -128) - 0.392 *(*b -128) + 0.5;
 607                   B= 1.164 *(*a-16) + 2.017 *(*b -128) + 0.5;
 608
 609                   if (R<0.0)   R=0.0;
 610                   if (G<0.0)   G=0.0;
 611                   if (B<0.0)   B=0.0;
 612                   if (R>255.0) R=255.0;
 613                   if (G>255.0) G=255.0;
 614                   if (B>255.0) B=255.0;
 615
 616                   *(x++) = (unsigned char)R;
 617                   *(x++) = (unsigned char)G;
 618                   *(x++) = (unsigned char)B;
 619                   a++; b++; c++;
 620                }
 621            }
 622             memmove(destination,newDest,lgrTotale);
 623             free(newDest);
 624
 625         } else {
 626
 627          //       need to make RGB Pixels from R,G,B Planes
 628          //       (all the Frames at a time)
 629
 630             int l = GetXSize()*GetYSize()*GetZSize();
 631
 632             char * newDest = (char*) malloc(lgrTotale);
 633             char * x = newDest;
 634             char * a = (char *)destination;
 635             char * b = a + l;
 636             char * c = b + l;
 637
 638             for (int j=0;j<l; j++) {
 639                *(x++) = *(a++);
 640                *(x++) = *(b++);
 641                *(x++) = *(c++);
 642             }
 643
 644             memmove(destination,newDest,lgrTotale);
 645             free(newDest);
 646         }
 647
 648          break;
 649        }
 650
 651        case 2:
 652          //       Palettes were found
 653          //       Let the user deal with them !
 654           return lgrTotale;
 655    }
 656             // now, it's an RGB image
 657             // Lets's write it in the Header
 658
 659          // CreateOrReplaceIfExist ?
 660
 661
 662
 663    std::string spp = "3";        // Samples Per Pixel
 664    gdcmHeader::SetPubElValByNumber(spp,0x0028,0x0002);
 665    std::string rgb="RGB ";   // Photometric Interpretation
 666    gdcmHeader::SetPubElValByNumber(rgb,0x0028,0x0004);
 667
 668    std::string planConfig = "0"; // Planar Configuration
 669    gdcmHeader::SetPubElValByNumber(planConfig,0x0028,0x0006);
 670
 671          // TODO : Drop Palette Color out of the Header?
 672
 673    return lgrTotale;
 674 }
 675
 676
 677
 678 /**
 679  * \ingroup gdcmFile
 680  * \brief   Swap the bytes, according to swap code.
 681  * \warning not end user intended
 682  * @param   im area to deal with
 683  * @param   swap swap code
 684  * @param   lgr Area Length
 685  * @param   nb Pixels Bit number
 686  */
 687
 688 void gdcmFile::SwapZone(void* im, int swap, int lgr, int nb) {
 689 guint32 s32;
 690 guint16 fort,faible;
 691 int i;
 692
 693 if(nb == 16)
 694    switch(swap) {
 695       case 0:
 696       case 12:
 697       case 1234:
 698          break;
 699
 700       case 21:
 701       case 3412:
 702       case 2143:
 703       case 4321:
 704
 705          for(i=0;i<lgr;i++)
 706             ((unsigned short int*)im)[i]= ((((unsigned short int*)im)[i])>>8)
 707                                         | ((((unsigned short int*)im)[i])<<8);
 708          break;
 709
 710       default:
 711          printf("valeur de SWAP (16 bits) not allowed : %d\n", swap);
 712    }
 713
 714 if( nb == 32 )
 715    switch (swap) {
 716       case 0:
 717       case 1234:
 718          break;
 719
 720       case 4321:
 721          for(i=0;i<lgr;i++) {
 722             faible=  ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff;    /* 4321 */
 723             fort  =((unsigned long int*)im)[i]>>16;
 724             fort=  (fort>>8)   | (fort<<8);
 725             faible=(faible>>8) | (faible<<8);
 726             s32=faible;
 727             ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|fort;
 728          }
 729          break;
 730
 731       case 2143:
 732          for(i=0;i<lgr;i++) {
 733             faible=  ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff;    /* 2143 */
 734             fort=((unsigned long int*)im)[i]>>16;
 735             fort=  (fort>>8)   | (fort<<8);
 736             faible=(faible>>8) | (faible<<8);
 737             s32=fort;
 738             ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|faible;
 739          }
 740          break;
 741
 742       case 3412:
 743          for(i=0;i<lgr;i++) {
 744             faible=  ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff;    /* 3412 */
 745             fort=((unsigned long int*)im)[i]>>16;
 746             s32=faible;
 747             ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|fort;
 748          }
 749          break;
 750
 751       default:
 752          printf(" SWAP value (32 bits) not allowed : %d\n", swap);
 753    }
 754 return;
 755 }
 756
 757 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 758 /**
 759  * \ingroup   gdcmFile
 760  * \brief TODO JPR
 761  * \warning doit-etre etre publique ?
 762  * TODO : y a-t-il un inconvenient à fusioner ces 2 fonctions
 763  *
 764  * @param inData
 765  * @param ExpectedSize
 766  *
 767  * @return integer acts as a boolean
 768  */
 769 int gdcmFile::SetImageData(void * inData, size_t ExpectedSize) {
 770    SetImageDataSize(ExpectedSize);
 771    PixelData = inData;
 772    lgrTotale = ExpectedSize;
 773    return(1);
 774 }
 775
 776
 777 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 778 /**
 779  * \ingroup   gdcmFile
 780  * \brief Sets the Pixel Area size in the Header
 781  *        --> not-for-rats function
 782  *
 783  * \warning WARNING doit-etre etre publique ?
 784  * TODO : y aurait il un inconvenient à fusionner ces 2 fonctions
 785  *
 786  * @param ImageDataSize new Pixel Area Size
 787  *        warning : nothing else is checked
 788  */
 789
 790 void gdcmFile::SetImageDataSize(size_t ImageDataSize) {
 791    std::string content1;
 792    char car[20];
 793    // Assumes ElValue (0x7fe0, 0x0010) exists ...
 794    sprintf(car,"%d",ImageDataSize);
 795
 796    gdcmElValue*a = GetElValueByNumber(0x7fe0, 0x0010);
 797    a->SetLength(ImageDataSize);
 798
 799    ImageDataSize+=8;
 800    sprintf(car,"%d",ImageDataSize);
 801    content1=car;
 802    SetPubElValByNumber(content1, 0x7fe0, 0x0000);
 803 }
 804
 805
 806 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 807 /**
 808  * \ingroup   gdcmFile
 809  * \brief Ecrit sur disque les pixels d'UNE image
 810  *        Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
 811  *        Ca sera à l'utilisateur d'appeler son Reader correctement
 812  *        (Equivalent a IdImaWriteRawFile)
 813  *
 814  * @param fileName
 815  * @return
 816  */
 817
 818 int gdcmFile::WriteRawData (std::string fileName) {
 819    FILE * fp1;
 820    fp1 = fopen(fileName.c_str(),"wb");
 821    if (fp1 == NULL) {
 822       printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",fileName.c_str());
 823       return (0);
 824    }
 825    fwrite (PixelData,lgrTotale, 1, fp1);
 826    fclose (fp1);
 827    return(1);
 828 }
 829
 830 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 831 /**
 832  * \ingroup   gdcmFile
 833  * \brief Ecrit sur disque UNE image Dicom
 834  *        Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
 835  *         Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel
 836  *         (Equivalent a IdDcmWrite)
 837  *
 838  * @param fileName
 839  * @return int acts as a boolean
 840  */
 841
 842 int gdcmFile::WriteDcmImplVR (std::string fileName) {
 843    return WriteBase(fileName, ImplicitVR);
 844 }
 845
 846 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 847 /**
 848  * \ingroup   gdcmFile
 849  * \brief
 850  * @param  fileName
 851  * @return int acts as a boolean
 852  */
 853
 854 int gdcmFile::WriteDcmImplVR (const char* fileName) {
 855    return WriteDcmImplVR (std::string (fileName));
 856 }
 857
 858 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 859 /**
 860  * \ingroup   gdcmFile
 861  * \brief
 862  * @param  fileName
 863  * @return int acts as a boolean
 864  */
 865
 866 int gdcmFile::WriteDcmExplVR (std::string fileName) {
 867    return WriteBase(fileName, ExplicitVR);
 868 }
 869
 870 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 871 /**
 872  * \ingroup   gdcmFile
 873  * \brief  Ecrit au format ACR-NEMA sur disque l'entete et les pixels
 874  *        (a l'attention des logiciels cliniques
 875  *        qui ne prennent en entrée QUE des images ACR ...
 876  * \warning si un header DICOM est fourni en entree,
 877  *        les groupes < 0x0008 et les groupes impairs sont ignores)
 878  * \warning Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
 879  *        Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel
 880  *        (Equivalent a IdDcmWrite)
 881  *
 882  * @param fileName
 883  * @return int acts as a boolean
 884  */
 885
 886 int gdcmFile::WriteAcr (std::string fileName) {
 887    return WriteBase(fileName, ACR);
 888 }
 889
 890 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 891 /**
 892  * \ingroup   gdcmFile
 893  *
 894  * @param  FileName
 895  * @param  type
 896  *
 897  * @return int acts as a boolean
 898  */
 899 int gdcmFile::WriteBase (std::string FileName, FileType type) {
 900
 901    FILE * fp1;
 902    fp1 = fopen(FileName.c_str(),"wb");
 903    if (fp1 == NULL) {
 904       printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",FileName.c_str());
 905       return (0);
 906    }
 907
 908    if ( (type == ImplicitVR) || (type == ExplicitVR) ) {
 909       char * filePreamble;
 910       // writing Dicom File Preamble
 911       filePreamble=(char*)calloc(128,1);
 912       fwrite(filePreamble,128,1,fp1);
 913       fwrite("DICM",4,1,fp1);
 914    }
 915
 916    // --------------------------------------------------------------
 917    // Special Patch to allow gdcm to re-write ACR-LibIDO formated images
 918    //
 919    // if recognition code tells us we dealt with a LibIDO image
 920    // we reproduce on disk the switch between lineNumber and columnNumber
 921    // just before writting ...
 922
 923    std::string rows, columns;
 924    if ( filetype == ACR_LIBIDO){
 925          rows    = GetPubElValByNumber(0x0028, 0x0010);
 926          columns = GetPubElValByNumber(0x0028, 0x0011);
 927          SetPubElValByNumber(columns,  0x0028, 0x0010);
 928          SetPubElValByNumber(rows   ,  0x0028, 0x0011);
 929    }
 930    // ----------------- End of Special Patch ----------------
 931
 932    gdcmHeader::Write(fp1, type);
 933
 934    // --------------------------------------------------------------
 935    // Special Patch to allow gdcm to re-write ACR-LibIDO formated images
 936    //
 937    // ...and we restore the Header to be Dicom Compliant again
 938    // just after writting
 939
 940    if (filetype == ACR_LIBIDO){
 941          SetPubElValByNumber(rows   , 0x0028, 0x0010);
 942          SetPubElValByNumber(columns, 0x0028, 0x0011);
 943    }
 944    // ----------------- End of Special Patch ----------------
 945
 946    fwrite(PixelData, lgrTotale, 1, fp1);
 947    fclose (fp1);
 948    return(1);
 949 }