src/gdcmFile.cxx

   1 // gdcmFile.cxx
   2
   3 #include "gdcmFile.h"
   4 #include "gdcmUtil.h"
   5 #include "iddcmjpeg.h" // for the 'LibIDO' Jpeg LossLess
   6 #include "jpeg/ljpg/jpegless.h"
   7
   8 /////////////////////////////////////////////////////////////////
   9 /**
  10  * \ingroup   gdcmFile
  11  * \brief Constructor dedicated to writing a new DICOMV3 part10 compliant
  12  *        file (see SetFileName, SetDcmTag and Write)
  13  *        Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
  14  *        for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
  15  * \Note  the in-memory representation of all available tags found in
  16  *        the DICOM header is post-poned to first header information access.
  17  *        This avoid a double parsing of public part of the header when
  18  *        one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
  19  *        seen as a side effect).
  20  *
  21  * @param filename file to be opened for parsing
  22  *
  23  * @return
  24  */
  25
  26 gdcmFile::gdcmFile(std::string & filename)
  27         :gdcmHeader(filename.c_str())
  28 {
  29       if (IsReadable())
  30          SetPixelDataSizeFromHeader();
  31 }
  32
  33 gdcmFile::gdcmFile(const char * filename)
  34         :gdcmHeader(filename)
  35 {
  36    if (IsReadable())
  37       SetPixelDataSizeFromHeader();
  38 }
  39
  40 /**
  41  * \ingroup   gdcmFile
  42  * \brief     calcule la longueur (in bytes) A ALLOUER pour recevoir les
  43  *              pixels de l'image
  44  *              ou DES images dans le cas d'un multiframe
  45  *              ATTENTION : il ne s'agit PAS de la longueur du groupe des Pixels
  46  *              (dans le cas d'images compressees, elle n'a pas de sens).
  47  *
  48  * @return      longueur a allouer
  49  */
  50 void gdcmFile::SetPixelDataSizeFromHeader(void) {
  51    int nb;
  52    std::string str_nb;
  53
  54    str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
  55    if (str_nb == GDCM_UNFOUND ) {
  56       nb = 16;
  57    } else {
  58       nb = atoi(str_nb.c_str() );
  59       if (nb == 12) nb =16;
  60    }
  61    lgrTotale =  GetXSize() *  GetYSize() *  GetZSize() * (nb/8)* GetSamplesPerPixel();
  62    std::string str_PhotometricInterpretation = gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0004);
  63    if ( str_PhotometricInterpretation == "PALETTE COLOR " ) {
  64       lgrTotale*=3;
  65    }
  66 }
  67    // see PS 3.3-2003 : C.7.6.3.2.1
  68    //
  69    //   MONOCHROME1
  70    //   MONOCHROME2
  71    //   PALETTE COLOR
  72    //   RGB
  73    //   HSV  (Retired)
  74    //   ARGB (Retired)
  75    //   CMYK (Retired)
  76    //   YBR_FULL
  77    //   YBR_FULL_422 (no LUT, no Palette)
  78    //   YBR_PARTIAL_422
  79    //   YBR_ICT
  80    //   YBR_RCT
  81
  82   // LUT's
  83   // ex : gdcm-US-ALOKA-16.dcm
  84   // 0028|1221 [OW]   [Segmented Red Palette Color Lookup Table Data]
  85   // 0028|1222 [OW]   [Segmented Green Palette Color Lookup Table Data]
  86   // 0028|1223 [OW]   [Segmented Blue Palette Color Lookup Table Data]
  87
  88   // ex : US-PAL-8-10x-echo.dcm, 8BitsRunLengthColor.dcm
  89   // 0028|1201 [OW]   [Red Palette Color Lookup Table Data]
  90   // 0028|1202 [OW]   [Green Palette Color Lookup Table Data]
  91   // 0028|1203 [OW]   [Blue Palette Color Lookup Table Data]
  92
  93   // ex  : OT-PAL-8-face.dcm
  94   // 0028|1201 [US]   [Red Palette Color Lookup Table Data]
  95   // 0028|1202 [US]   [Green Palette Color Lookup Table Data]
  96   // 0028|1203 [US]   [Blue Palette Color Lookup Table Data]
  97
  98
  99 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 100 /**
 101  * \ingroup   gdcmFile
 102  * \brief     Returns the size (in bytes) of required memory to hold
 103  *            the pixel data represented in this file.
 104  * @return    The size of pixel data in bytes.
 105  */
 106
 107 size_t gdcmFile::GetImageDataSize(void) {
 108    return (lgrTotale);
 109 }
 110
 111
 112 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 113 /**
 114  * \ingroup gdcmFile
 115  * \brief   Read pixel data from disk (optionaly decompressing) into the
 116  *          caller specified memory location.
 117  * @param   destination where the pixel data should be stored.
 118  *
 119  */
 120 bool gdcmFile::ReadPixelData(void* destination) {
 121
 122    if ( !OpenFile())
 123       return false;
 124
 125     if ( fseek(fp, GetPixelOffset(), SEEK_SET) == -1 ) {
 126       CloseFile();
 127       return false;
 128    }
 129
 130 // -------------------------  Compacted File (12 Bits Per Pixel)
 131
 132    /* unpack 12 Bits pixels into 16 Bits pixels */
 133    /* 2 pixels 12bit =     [0xABCDEF]           */
 134    /* 2 pixels 16bit = [0x0ABD] + [0x0FCE]      */
 135
 136    if (GetBitsAllocated()==12) {
 137       int nbPixels = GetXSize()*GetYSize();
 138       unsigned char b0, b1, b2;
 139
 140       for(int p=0;p<nbPixels;p+=2) {
 141          fread(&b0,1,1,fp);
 142          fread(&b1,1,1,fp);
 143          fread(&b2,1,1,fp);
 144          *((unsigned short int*)destination)++ =
 145                     ((b0 >> 4) << 8) + ((b0 & 0x0f) << 4) + (b1 & 0x0f);
 146                        /* A */          /* B */            /* D */
 147          *((unsigned short int*)destination)++ =
 148                     ((b2 & 0x0f) << 8) + ((b1 >> 4) << 4) + (b2 >> 4);
 149                        /* F */          /* C */            /* E */
 150
 151         // Troubles expected on Big-Endian processors ?
 152       }
 153       return(true);
 154    }
 155
 156
 157 // -------------------------  Uncompressed File
 158
 159    if ( !IsDicomV3()                             ||
 160         IsImplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ||
 161         IsExplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ||
 162         IsExplicitVRBigEndianTransferSyntax()    ||
 163         IsDeflatedExplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ) {
 164
 165       size_t ItemRead = fread(destination, lgrTotale, 1, fp);
 166       if ( ItemRead != 1 ) {
 167          CloseFile();
 168          return false;
 169       } else {
 170          CloseFile();
 171          return true;
 172       }
 173    }
 174
 175  // ------------------------  Compressed File .
 176
 177       int nb;
 178       std::string str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
 179       if (str_nb == GDCM_UNFOUND ) {
 180          nb = 16;
 181       } else {
 182          nb = atoi(str_nb.c_str() );
 183          if (nb == 12) nb =16;  // ?? 12 should be ACR-NEMA only ?
 184       }
 185       int nBytes= nb/8;
 186
 187       int taille = GetXSize() *  GetYSize()  * GetSamplesPerPixel();
 188
 189
 190
 191   // ---------------- RLE
 192
 193       if (gdcmHeader::IsRLELossLessTransferSyntax()) {
 194             int res = (bool)gdcm_read_RLE_file (destination);
 195             return res;
 196       }
 197
 198   // ----------------- SingleFrame/Multiframe JPEG
 199
 200       long fragmentBegining; // for ftell, fseek
 201
 202       bool b = gdcmHeader::IsJPEG2000();
 203
 204       bool res = true;
 205       guint16 ItemTagGr,ItemTagEl;
 206       int ln;
 207
 208          //  Position on begining of Jpeg Pixels
 209
 210       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 211       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 212       if(GetSwapCode()) {
 213          ItemTagGr=SwapShort(ItemTagGr);
 214          ItemTagEl=SwapShort(ItemTagEl);
 215       }
 216       fread(&ln,4,1,fp);
 217       if(GetSwapCode())
 218          ln=SwapLong(ln);    // Basic Offset Table Item length
 219
 220       if (ln != 0) {
 221          // What is it used for ?!?
 222          char *BasicOffsetTableItemValue = (char *)malloc(ln+1);
 223          fread(BasicOffsetTableItemValue,ln,1,fp);
 224       }
 225
 226       // first Fragment initialisation
 227       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 228       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 229       if(GetSwapCode()) {
 230          ItemTagGr=SwapShort(ItemTagGr);
 231          ItemTagEl=SwapShort(ItemTagEl);
 232       }
 233
 234       // parsing fragments until Sequence Delim. Tag found
 235
 236       while (  ( ItemTagGr == 0xfffe) && (ItemTagEl != 0xe0dd) ) {
 237
 238                         // --- for each Fragment
 239
 240          fread(&ln,4,1,fp);
 241          if(GetSwapCode())
 242             ln=SwapLong(ln);    // Fragment Item length
 243
 244          fragmentBegining=ftell(fp);
 245
 246          if (b)
 247             res = (bool)gdcm_read_JPEG2000_file (destination);  // Not Yet written
 248
 249          else if (IsJPEGLossless()) { // JPEG LossLess : call to xmedcom JPEG
 250
 251             JPEGLosslessDecodeImage (fp,
 252                                      (unsigned short *)destination,
 253                                      GetPixelSize()*8* GetSamplesPerPixel(),
 254                                      ln);
 255
 256             res=1; // in order not to break the loop
 257
 258          } // ------------------------------------- endif (IsJPEGLossless())
 259
 260          else { //              JPEG Lossy : call to xmedcon JPEG
 261                 //               (just to see if it works) --> it does NOT !
 262          /*
 263             JPEGLosslessDecodeImage (fp,
 264                                      (unsigned short *)destination,
 265                                      GetPixelSize()*8* GetSamplesPerPixel(),
 266                                      ln);
 267
 268          */
 269             //               JPEG Lossy : call to IJG 6b
 270
 271             if  (GetBitsStored() == 8) {
 272                 res = (bool)gdcm_read_JPEG_file (destination);  // Reading Fragment pixels
 273             } else {
 274                 res = (bool)gdcm_read_JPEG_file12 (destination);// Reading Fragment pixels
 275             }
 276
 277
 278          }
 279
 280          if (!res) break;
 281
 282          destination = (char *)destination + taille * nBytes; // location in user's memory
 283                                                               // for next fragment (if any)
 284
 285          fseek(fp,fragmentBegining,SEEK_SET); // To be sure we start
 286          fseek(fp,ln,SEEK_CUR);               // at the begining of next fragment
 287
 288          ItemTagGr = ItemTagEl =0;
 289          fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 290          fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 291          if(GetSwapCode()) {
 292             ItemTagGr=SwapShort(ItemTagGr);
 293             ItemTagEl=SwapShort(ItemTagEl);
 294          }
 295
 296       }     // endWhile parsing fragments until Sequence Delim. Tag found
 297
 298       return res;
 299 }
 300
 301 /**
 302  * \ingroup gdcmFile
 303  * \brief   Allocates necessary memory, copies the pixel data
 304  *          (image[s]/volume[s]) to newly allocated zone.
 305  * @return  Pointer to newly allocated pixel data.
 306  * \        NULL if alloc fails
 307  */
 308 void * gdcmFile::GetImageData (void) {
 309    PixelData = (void *) malloc(lgrTotale);
 310    if (PixelData)
 311       GetImageDataIntoVector(PixelData, lgrTotale);
 312    return(PixelData);
 313 }
 314
 315 /**
 316  * \ingroup gdcmFile
 317  * \brief   Copies at most MaxSize bytes of pixel data to caller's
 318  *          memory space.
 319  * @param   destination Address (in caller's memory space) at which the
 320  *          pixel data should be copied
 321  * @param   MaxSize Maximum number of bytes to be copied. When MaxSize
 322  *          is not sufficient to hold the pixel data the copy is not
 323  *          executed (i.e. no partial copy).
 324  * @return  On success, the number of bytes actually copied. Zero on
 325  *          failure e.g. MaxSize is lower than necessary.
 326  */
 327
 328 size_t gdcmFile::GetImageDataIntoVector (void* destination, size_t MaxSize) {
 329
 330    int nb, nbu, highBit, signe;
 331    std::string str_nbFrames, str_nb, str_nbu, str_highBit, str_signe;
 332
 333    if ( lgrTotale > MaxSize ) {
 334       dbg.Verbose(0, "gdcmFile::GetImageDataIntoVector: pixel data bigger"
 335                      "than caller's expected MaxSize");
 336       return (size_t)0;
 337    }
 338
 339    (void)ReadPixelData(destination);
 340
 341         // Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel
 342    str_nb = GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
 343    if (str_nb == GDCM_UNFOUND ) {
 344       nb = 16;
 345    } else {
 346       nb = atoi(str_nb.c_str() );
 347    }
 348
 349         // Nombre de Bits Utilises
 350    str_nbu=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0101);
 351    if (str_nbu == GDCM_UNFOUND ) {
 352       nbu = nb;
 353    } else {
 354       nbu = atoi(str_nbu.c_str() );
 355    }
 356
 357         // Position du Bit de Poids Fort
 358    str_highBit=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0102);
 359    if (str_highBit == GDCM_UNFOUND ) {
 360       highBit = nb - 1;
 361    } else {
 362       highBit = atoi(str_highBit.c_str() );
 363    }
 364
 365         // Signe des Pixels
 366    str_signe=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0103);
 367    if (str_signe == GDCM_UNFOUND ) {
 368       signe = 1;
 369    } else {
 370       signe = atoi(str_signe.c_str() );
 371    }
 372
 373    // re arange bytes inside the integer
 374    if (nb != 8)
 375      SwapZone(destination, GetSwapCode(), lgrTotale, nb);
 376
 377    // re arange bits inside the bytes
 378    if (nbu != nb){
 379       int l = (int)lgrTotale / (nb/8);
 380       if (nb == 16) {
 381          guint16 mask = 0xffff;
 382          mask = mask >> (nb-nbu);
 383          guint16 *deb = (guint16 *)destination;
 384          for(int i = 0; i<l; i++) {
 385             *deb = (*deb >> (nbu-highBit-1)) & mask;
 386             deb ++;
 387          }
 388       } else if (nb == 32 ) {
 389          guint32 mask = 0xffffffff;
 390          mask = mask >> (nb-nbu);
 391          guint32 *deb = (guint32 *)destination;
 392          for(int i = 0; i<l; i++) {
 393             *deb = (*deb >> (nbu-highBit-1)) & mask;
 394             deb ++;
 395          }
 396       } else {
 397          dbg.Verbose(0, "gdcmFile::GetImageDataIntoVector: wierd image");
 398          return (size_t)0;
 399       }
 400    }
 401
 402 // Just to 'see' was was actually read on disk :-(
 403 // Some troubles expected
 404
 405    // *Try* to deal with the color
 406    // ----------------------------
 407
 408    // Planar configuration = 0 : Pixels are already RGB
 409    // Planar configuration = 1 : 3 planes : R, G, B
 410    // Planar configuration = 2 : 1 gray Plane + 3 LUT
 411
 412    // Well ... supposed to be !
 413    // See US-PAL-8-10x-echo.dcm: PlanarConfiguration=0,PhotometricInterpretation=PALETTE COLOR
 414    // and heuristic has to be found :-(
 415
 416       std::string str_PhotometricInterpretation = gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0004);
 417
 418       if ( (str_PhotometricInterpretation == "MONOCHROME1 ")
 419         || (str_PhotometricInterpretation == "MONOCHROME2 ")
 420         || (str_PhotometricInterpretation == "RGB")) {
 421          return lgrTotale;
 422       }
 423       int planConf=GetPlanarConfiguration();
 424
 425       // Whatever Planar Configuration is, "PALETTE COLOR " implies that we deal with the palette.
 426       if (str_PhotometricInterpretation == "PALETTE COLOR ")
 427          planConf=2;
 428
 429       switch (planConf) {
 430       case 0:
 431          //       Pixels are already RGB
 432          break;
 433
 434       case 1:
 435
 436          {
 437          if (str_PhotometricInterpretation == "YBR_FULL") { // Warning : YBR_FULL_422 acts as RGB (?!)
 438
 439          //       need to make RGB Pixels from Planes Y,cB,cR
 440          // see http://lestourtereaux.free.fr/papers/data/yuvrgb.pdf
 441          // for code optimisation
 442
 443             int l = GetXSize()*GetYSize();
 444             int nbFrames = GetZSize();
 445
 446             unsigned char * newDest = (unsigned char*) malloc(lgrTotale);
 447             unsigned char *x  = newDest;
 448             unsigned char * a = (unsigned char *)destination;
 449             unsigned char * b = a + l;
 450             unsigned char * c = b + l;
 451
 452             double R,G,B;
 453
 454             // TODO : Replace by the 'well known'
 455             //        integer computation counterpart
 456             for (int i=0;i<nbFrames;i++) {
 457                for (int j=0;j<l; j++) {
 458                   R= 1.164 *( *a-16) + 1.596 *( *c -128) + 0.5;
 459                   G= 1.164 *( *a-16) - 0.813 *( *c -128) - 0.392 *(*b -128) + 0.5;
 460                   B= 1.164 *( *a-16) + 2.017 *( *b -128) + 0.5;
 461
 462                   if (R<0.0)   R=0.0;
 463                   if (G<0.0)   G=0.0;
 464                   if (B<0.0)   B=0.0;
 465                   if (R>255.0) R=255.0;
 466                   if (G>255.0) G=255.0;
 467                   if (B>255.0) B=255.0;
 468
 469                   *(x++) = (unsigned char)R;
 470                   *(x++) = (unsigned char)G;
 471                   *(x++) = (unsigned char)B;
 472                   a++; b++; c++;
 473                }
 474            }
 475             memmove(destination,newDest,lgrTotale);
 476             free(newDest);
 477
 478         } else {
 479
 480          //       need to make RGB Pixels from Planes R,G,B
 481
 482             int l = GetXSize()*GetYSize();
 483             int nbFrames = GetZSize();
 484
 485             char * newDest = (char*) malloc(lgrTotale);
 486             char *x  = newDest;
 487             char * a = (char *)destination;
 488             char * b = a + l;
 489             char * c = b + l;
 490
 491                // TODO :
 492                // any trick not to have to allocate temporary buffer is welcome ...
 493
 494             for (int i=0;i<nbFrames;i++) {
 495                for (int j=0;j<l; j++) {
 496                   *(x++) = *(a++);
 497                   *(x++) = *(b++);
 498                   *(x++) = *(c++);
 499                }
 500             }
 501             memmove(destination,newDest,lgrTotale);
 502             free(newDest);
 503         }
 504
 505             // now, it's an RGB image
 506             // Lets's write it in the Header
 507          std::string spp = "3";
 508          gdcmHeader::SetPubElValByNumber(spp,0x0028,0x0002);
 509          std::string rgb="RGB";
 510          gdcmHeader::SetPubElValByNumber(rgb,0x0028,0x0004);
 511          break;
 512        }
 513
 514        case 2:
 515          //       from Lut R + Lut G + Lut B
 516
 517          // we no longer use gdcmHeader::GetLUTRGB
 518          // since a lot of images have strange info
 519          // in the Lookup Table Descriptors (0028,1101),...
 520          {
 521          unsigned char * newDest = (unsigned char*) malloc(lgrTotale);
 522          unsigned char * a = (unsigned char *)destination;
 523
 524          unsigned char *lutR =(unsigned char *)GetPubElValVoidAreaByNumber(0x0028,0x1201);
 525          unsigned char *lutG =(unsigned char *)GetPubElValVoidAreaByNumber(0x0028,0x1202);
 526          unsigned char *lutB =(unsigned char *)GetPubElValVoidAreaByNumber(0x0028,0x1203);
 527
 528          if (lutR && lutG && lutB ) { // need to make RGB Pixels
 529                                       // from grey Pixels
 530                                       // and Lut R,Lut G,Lut B
 531
 532             unsigned char * newDest = (unsigned char*) malloc(lgrTotale);
 533             int l = lgrTotale/3;
 534             memmove(newDest, destination, l);// move Gray pixels to temp area
 535
 536             int j;
 537                // See PS 3.3-2003 C.11.1.1.2 p 619
 538                //
 539             int mult;
 540             if ( GetLUTNbits()==16 && nb==8) mult=2; // See PS 3.3
 541             else mult=1;
 542
 543             // if we get a black image, let's just remove the '+1'
 544             // and check again
 545             // if it works, we shall have to check the 3 Palettes
 546             // to see which byte is ==0 (first one, or second one)
 547
 548             //unsigned char * x = newDest;
 549
 550             for (int i=0;i<l; i++) {
 551                j=newDest[i]*mult +1;
 552                *a++ = lutR[j];
 553                *a++ = lutG[j];
 554                *a++ = lutB[j];
 555             }
 556
 557             free(newDest);
 558
 559                // now, it's an RGB image
 560            std::string spp = "3";
 561            gdcmHeader::SetPubElValByNumber(spp,0x0028,0x0002);
 562            std::string rgb="RGB";
 563            gdcmHeader::SetPubElValByNumber(rgb,0x0028,0x0004);
 564
 565          } else { // need to make RGB Pixels (?)
 566                   // from grey Pixels (?!)
 567                   // and Gray Lut  (!?!)
 568                unsigned char *lutGray =(unsigned char *)GetPubElValVoidAreaByNumber(0x0028,0x1200);
 569                     // Well . I'll wait till I find such an image
 570          }
 571          break;
 572          }
 573    }
 574
 575    return lgrTotale;
 576 }
 577
 578 //
 579 // Je laisse le code integral, au cas ça puisse etre reutilise ailleurs
 580 //
 581
 582 /**
 583  * \ingroup gdcmFile
 584  * \brief   Swap the bytes, according to swap code.
 585  * \warning not end user intended
 586  * @param   im area to deal with
 587  * @param   swap swap code
 588  * @param   lgr Area Length
 589  * @param   nb Pixels Bit number
 590  */
 591
 592 void gdcmFile::SwapZone(void* im, int swap, int lgr, int nb) {
 593 guint32 s32;
 594 guint16 fort,faible;
 595 int i;
 596
 597 if(nb == 16)
 598    switch(swap) {
 599       case 0:
 600       case 12:
 601       case 1234:
 602          break;
 603
 604       case 21:
 605       case 3412:
 606       case 2143:
 607       case 4321:
 608
 609          for(i=0;i<lgr;i++)
 610             ((unsigned short int*)im)[i]= ((((unsigned short int*)im)[i])>>8)
 611                                         | ((((unsigned short int*)im)[i])<<8);
 612          break;
 613
 614       default:
 615          printf("valeur de SWAP (16 bits) not allowed : %d\n", swap);
 616    }
 617
 618 if( nb == 32 )
 619    switch (swap) {
 620       case 0:
 621       case 1234:
 622          break;
 623
 624       case 4321:
 625          for(i=0;i<lgr;i++) {
 626             faible=  ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff;    /* 4321 */
 627             fort  =((unsigned long int*)im)[i]>>16;
 628             fort=  (fort>>8)   | (fort<<8);
 629             faible=(faible>>8) | (faible<<8);
 630             s32=faible;
 631             ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|fort;
 632          }
 633          break;
 634
 635       case 2143:
 636          for(i=0;i<lgr;i++) {
 637             faible=  ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff;    /* 2143 */
 638             fort=((unsigned long int*)im)[i]>>16;
 639             fort=  (fort>>8)   | (fort<<8);
 640             faible=(faible>>8) | (faible<<8);
 641             s32=fort;
 642             ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|faible;
 643          }
 644          break;
 645
 646       case 3412:
 647          for(i=0;i<lgr;i++) {
 648             faible=  ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff;    /* 3412 */
 649             fort=((unsigned long int*)im)[i]>>16;
 650             s32=faible;
 651             ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|fort;
 652          }
 653          break;
 654
 655       default:
 656          printf(" SWAP value (32 bits) not allowed : %d\n", swap);
 657    }
 658 return;
 659 }
 660
 661 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 662 /**
 663  * \ingroup   gdcmFile
 664  * \brief TODO JPR
 665  * \warning doit-etre etre publique ?
 666  * TODO : y a-t-il un inconvenient à fusioner ces 2 fonctions
 667  *
 668  * @param inData
 669  * @param ExpectedSize
 670  *
 671  * @return integer acts as a boolean
 672  */
 673 int gdcmFile::SetImageData(void * inData, size_t ExpectedSize) {
 674    SetImageDataSize(ExpectedSize);
 675    PixelData = inData;
 676    lgrTotale = ExpectedSize;
 677    return(1);
 678 }
 679
 680
 681 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 682 /**
 683  * \ingroup   gdcmFile
 684  * \brief Sets the Pixel Area size in the Header
 685  *        --> not-for-rats function
 686  *
 687  * \warning WARNING doit-etre etre publique ?
 688  * TODO : y aurait il un inconvenient à fusionner ces 2 fonctions
 689  *
 690  * @param ImageDataSize new Pixel Area Size
 691  *        warning : nothing else is checked
 692  */
 693
 694 void gdcmFile::SetImageDataSize(size_t ImageDataSize) {
 695    std::string content1;
 696    char car[20];
 697    // Assumes ElValue (0x7fe0, 0x0010) exists ...
 698    sprintf(car,"%d",ImageDataSize);
 699
 700    gdcmElValue*a = GetElValueByNumber(0x7fe0, 0x0010);
 701    a->SetLength(ImageDataSize);
 702
 703    ImageDataSize+=8;
 704    sprintf(car,"%d",ImageDataSize);
 705    content1=car;
 706    SetPubElValByNumber(content1, 0x7fe0, 0x0000);
 707 }
 708
 709
 710 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 711 /**
 712  * \ingroup   gdcmFile
 713  * \brief Ecrit sur disque les pixels d'UNE image
 714  *        Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
 715  *        Ca sera à l'utilisateur d'appeler son Reader correctement
 716  *        (Equivalent a IdImaWriteRawFile)
 717  *
 718  * @param fileName
 719  * @return
 720  */
 721
 722 int gdcmFile::WriteRawData (std::string fileName) {
 723    FILE * fp1;
 724    fp1 = fopen(fileName.c_str(),"wb");
 725    if (fp1 == NULL) {
 726       printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",fileName.c_str());
 727       return (0);
 728    }
 729    fwrite (PixelData,lgrTotale, 1, fp1);
 730    fclose (fp1);
 731    return(1);
 732 }
 733
 734 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 735 /**
 736  * \ingroup   gdcmFile
 737  * \brief Ecrit sur disque UNE image Dicom
 738  *        Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
 739  *         Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel
 740  *         (Equivalent a IdDcmWrite)
 741  *
 742  * @param fileName
 743  * @return int acts as a boolean
 744  */
 745
 746 int gdcmFile::WriteDcmImplVR (std::string fileName) {
 747    return WriteBase(fileName, ImplicitVR);
 748 }
 749
 750 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 751 /**
 752  * \ingroup   gdcmFile
 753  * \brief
 754  * @param  fileName
 755  * @return int acts as a boolean
 756  */
 757
 758 int gdcmFile::WriteDcmImplVR (const char* fileName) {
 759    return WriteDcmImplVR (std::string (fileName));
 760 }
 761
 762 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 763 /**
 764  * \ingroup   gdcmFile
 765  * \brief
 766  * @param  fileName
 767  * @return int acts as a boolean
 768  */
 769
 770 int gdcmFile::WriteDcmExplVR (std::string fileName) {
 771    return WriteBase(fileName, ExplicitVR);
 772 }
 773
 774 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 775 /**
 776  * \ingroup   gdcmFile
 777  * \brief  Ecrit au format ACR-NEMA sur disque l'entete et les pixels
 778  *        (a l'attention des logiciels cliniques
 779  *        qui ne prennent en entrée QUE des images ACR ...
 780  * \warning si un header DICOM est fourni en entree,
 781  *        les groupes < 0x0008 et les groupes impairs sont ignores)
 782  * \warning Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
 783  *        Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel
 784  *        (Equivalent a IdDcmWrite)
 785  *
 786  * @param fileName
 787  * @return int acts as a boolean
 788  */
 789
 790 int gdcmFile::WriteAcr (std::string fileName) {
 791    return WriteBase(fileName, ACR);
 792 }
 793
 794 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 795 /**
 796  * \ingroup   gdcmFile
 797  *
 798  * @param  FileName
 799  * @param  type
 800  *
 801  * @return int acts as a boolean
 802  */
 803 int gdcmFile::WriteBase (std::string FileName, FileType type) {
 804
 805    FILE * fp1;
 806    fp1 = fopen(FileName.c_str(),"wb");
 807    if (fp1 == NULL) {
 808       printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",FileName.c_str());
 809       return (0);
 810    }
 811
 812    if ( (type == ImplicitVR) || (type == ExplicitVR) ) {
 813       char * filePreamble;
 814       // writing Dicom File Preamble
 815       filePreamble=(char*)calloc(128,1);
 816       fwrite(filePreamble,128,1,fp1);
 817       fwrite("DICM",4,1,fp1);
 818    }
 819
 820    // --------------------------------------------------------------
 821    // Special Patch to allow gdcm to re-write ACR-LibIDO formated images
 822    //
 823    // if recognition code tells us we dealt with a LibIDO image
 824    // we reproduce on disk the switch between lineNumber and columnNumber
 825    // just before writting ...
 826
 827    std::string rows, columns;
 828    if ( filetype == ACR_LIBIDO){
 829          rows    = GetPubElValByNumber(0x0028, 0x0010);
 830          columns = GetPubElValByNumber(0x0028, 0x0011);
 831          SetPubElValByNumber(columns,  0x0028, 0x0010);
 832          SetPubElValByNumber(rows   ,  0x0028, 0x0011);
 833    }
 834    // ----------------- End of Special Patch ----------------
 835
 836    gdcmHeader::Write(fp1, type);
 837
 838    // --------------------------------------------------------------
 839    // Special Patch to allow gdcm to re-write ACR-LibIDO formated images
 840    //
 841    // ...and we restore the Header to be Dicom Compliant again
 842    // just after writting
 843
 844    if (filetype == ACR_LIBIDO){
 845          SetPubElValByNumber(rows   , 0x0028, 0x0010);
 846          SetPubElValByNumber(columns, 0x0028, 0x0011);
 847    }
 848    // ----------------- End of Special Patch ----------------
 849
 850    fwrite(PixelData, lgrTotale, 1, fp1);
 851    fclose (fp1);
 852    return(1);
 853 }