src/gdcmFile.cxx

   1   /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: gdcmFile.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2004/12/16 13:46:37 $
   7   Version:   $Revision: 1.179 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #include "gdcmFile.h"
  20 #include "gdcmDocument.h"
  21 #include "gdcmDebug.h"
  22 #include "gdcmUtil.h"
  23 #include "gdcmBinEntry.h"
  24 #include "gdcmHeader.h"
  25 #include "gdcmPixelReadConvert.h"
  26 #include "gdcmPixelWriteConvert.h"
  27 #include "gdcmDocEntryArchive.h"
  28
  29 #include <fstream>
  30
  31 namespace gdcm
  32 {
  33 typedef std::pair<TagDocEntryHT::iterator,TagDocEntryHT::iterator> IterHT;
  34
  35 //-------------------------------------------------------------------------
  36 // Constructor / Destructor
  37 /**
  38  * \brief Constructor dedicated to deal with the *pixels* area of a ACR/DICOMV3
  39  *        file (Header only deals with the ... header)
  40  *        Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
  41  *        for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
  42  *        It will be up to the user to load the pixels into memory
  43  *        (see GetImageData, GetImageDataRaw)
  44  * \note  the in-memory representation of all available tags found in
  45  *        the DICOM header is post-poned to first header information access.
  46  *        This avoid a double parsing of public part of the header when
  47  *        one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
  48  *        seen as a side effect).
  49  */
  50 File::File( )
  51 {
  52    HeaderInternal = new Header( );
  53    SelfHeader = true;
  54    Initialise();
  55 }
  56
  57 /**
  58  * \brief Constructor dedicated to deal with the *pixels* area of a ACR/DICOMV3
  59  *        file (Header only deals with the ... header)
  60  *        Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
  61  *        for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
  62  *        It will be up to the user to load the pixels into memory
  63  *        (see GetImageData, GetImageDataRaw)
  64  * \note  the in-memory representation of all available tags found in
  65  *        the DICOM header is post-poned to first header information access.
  66  *        This avoid a double parsing of public part of the header when
  67  *        user sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
  68  *        seen as a side effect).
  69  * @param header already built Header
  70  */
  71 File::File(Header *header)
  72 {
  73    HeaderInternal = header;
  74    SelfHeader = false;
  75    Initialise();
  76 }
  77
  78 /**
  79  * \brief Constructor dedicated to deal with the *pixels* area of a ACR/DICOMV3
  80  *        file (Header only deals with the ... header)
  81  *        Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
  82  *        for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
  83  *        It will be up to the user to load the pixels into memory
  84  *        (see GetImageData, GetImageDataRaw)
  85  * \note  the in-memory representation of all available tags found in
  86  *        the DICOM header is post-poned to first header information access.
  87  *        This avoid a double parsing of public part of the header when
  88  *        one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
  89  *        seen as a side effect).
  90  * @param filename file to be opened for parsing
  91  */
  92 File::File(std::string const & filename )
  93 {
  94    HeaderInternal = new Header( filename );
  95    SelfHeader = true;
  96    Initialise();
  97 }
  98
  99 /**
 100  * \brief canonical destructor
 101  * \note  If the Header was created by the File constructor,
 102  *        it is destroyed by the File
 103  */
 104 File::~File()
 105 {
 106    if( PixelReadConverter )
 107    {
 108       delete PixelReadConverter;
 109    }
 110    if( PixelWriteConverter )
 111    {
 112       delete PixelWriteConverter;
 113    }
 114    if( Archive )
 115    {
 116       delete Archive;
 117    }
 118
 119    if( SelfHeader )
 120    {
 121       delete HeaderInternal;
 122    }
 123    HeaderInternal = 0;
 124 }
 125
 126 //-----------------------------------------------------------------------------
 127 // Print
 128 void File::Print(std::ostream &os)
 129 {
 130    HeaderInternal->SetPrintLevel(PrintLevel);
 131    HeaderInternal->Print(os);
 132
 133    PixelReadConverter->SetPrintLevel(PrintLevel);
 134    PixelReadConverter->Print(os);
 135 }
 136
 137 //-----------------------------------------------------------------------------
 138 // Public
 139 /**
 140  * \brief   Get the size of the image data
 141  *
 142  *          If the image can be RGB (with a lut or by default), the size
 143  *          corresponds to the RGB image
 144  * @return  The image size
 145  */
 146 size_t File::GetImageDataSize()
 147 {
 148    if ( PixelWriteConverter->GetUserData() )
 149    {
 150       return PixelWriteConverter->GetUserDataSize();
 151    }
 152
 153    return PixelReadConverter->GetRGBSize();
 154 }
 155
 156 /**
 157  * \brief   Get the size of the image data
 158  *
 159  *          If the image can be RGB by transformation in a LUT, this
 160  *          transformation isn't considered
 161  * @return  The raw image size
 162  */
 163 size_t File::GetImageDataRawSize()
 164 {
 165    if ( PixelWriteConverter->GetUserData() )
 166    {
 167       return PixelWriteConverter->GetUserDataSize();
 168    }
 169
 170    return PixelReadConverter->GetRawSize();
 171 }
 172
 173 /**
 174  * \brief   - Allocates necessary memory,
 175  *          - Reads the pixels from disk (uncompress if necessary),
 176  *          - Transforms YBR pixels, if any, into RGB pixels
 177  *          - Transforms 3 planes R, G, B, if any, into a single RGB Plane
 178  *          - Transforms single Grey plane + 3 Palettes into a RGB Plane
 179  *          - Copies the pixel data (image[s]/volume[s]) to newly allocated zone.
 180  * @return  Pointer to newly allocated pixel data.
 181  *          NULL if alloc fails
 182  */
 183 uint8_t* File::GetImageData()
 184 {
 185    if ( PixelWriteConverter->GetUserData() )
 186    {
 187       return PixelWriteConverter->GetUserData();
 188    }
 189
 190    if ( ! GetRaw() )
 191    {
 192       // If the decompression failed nothing can be done.
 193       return 0;
 194    }
 195
 196    if ( HeaderInternal->HasLUT() && PixelReadConverter->BuildRGBImage() )
 197    {
 198       return PixelReadConverter->GetRGB();
 199    }
 200    else
 201    {
 202       // When no LUT or LUT conversion fails, return the Raw
 203       return PixelReadConverter->GetRaw();
 204    }
 205 }
 206
 207 /**
 208  * \brief   Allocates necessary memory,
 209  *          Transforms YBR pixels (if any) into RGB pixels
 210  *          Transforms 3 planes R, G, B  (if any) into a single RGB Plane
 211  *          Copies the pixel data (image[s]/volume[s]) to newly allocated zone.
 212  *          DOES NOT transform Grey plane + 3 Palettes into a RGB Plane
 213  * @return  Pointer to newly allocated pixel data.
 214  * \        NULL if alloc fails
 215  */
 216 uint8_t* File::GetImageDataRaw ()
 217 {
 218    return GetRaw();
 219 }
 220
 221 /**
 222  * \brief
 223  *          Read the pixels from disk (uncompress if necessary),
 224  *          Transforms YBR pixels, if any, into RGB pixels
 225  *          Transforms 3 planes R, G, B, if any, into a single RGB Plane
 226  *          Transforms single Grey plane + 3 Palettes into a RGB Plane
 227  *          Copies at most MaxSize bytes of pixel data to caller allocated
 228  *          memory space.
 229  * \warning This function allows people that want to build a volume
 230  *          from an image stack *not to* have, first to get the image pixels,
 231  *          and then move them to the volume area.
 232  *          It's absolutely useless for any VTK user since vtk chooses
 233  *          to invert the lines of an image, that is the last line comes first
 234  *          (for some axis related reasons?). Hence he will have
 235  *          to load the image line by line, starting from the end.
 236  *          VTK users have to call GetImageData
 237  *
 238  * @param   destination Address (in caller's memory space) at which the
 239  *          pixel data should be copied
 240  * @param   maxSize Maximum number of bytes to be copied. When MaxSize
 241  *          is not sufficient to hold the pixel data the copy is not
 242  *          executed (i.e. no partial copy).
 243  * @return  On success, the number of bytes actually copied. Zero on
 244  *          failure e.g. MaxSize is lower than necessary.
 245  */
 246 size_t File::GetImageDataIntoVector (void* destination, size_t maxSize)
 247 {
 248    if ( ! GetRaw() )
 249    {
 250       // If the decompression failed nothing can be done.
 251       return 0;
 252    }
 253
 254    if ( HeaderInternal->HasLUT() && PixelReadConverter->BuildRGBImage() )
 255    {
 256       if ( PixelReadConverter->GetRGBSize() > maxSize )
 257       {
 258          dbg.Verbose(0, "File::GetImageDataIntoVector: pixel data bigger"
 259                         "than caller's expected MaxSize");
 260          return 0;
 261       }
 262       memcpy( destination,
 263               (void*)PixelReadConverter->GetRGB(),
 264               PixelReadConverter->GetRGBSize() );
 265       return PixelReadConverter->GetRGBSize();
 266    }
 267
 268    // Either no LUT conversion necessary or LUT conversion failed
 269    if ( PixelReadConverter->GetRawSize() > maxSize )
 270    {
 271       dbg.Verbose(0, "File::GetImageDataIntoVector: pixel data bigger"
 272                      "than caller's expected MaxSize");
 273       return 0;
 274    }
 275    memcpy( destination,
 276            (void*)PixelReadConverter->GetRaw(),
 277            PixelReadConverter->GetRawSize() );
 278    return PixelReadConverter->GetRawSize();
 279 }
 280
 281 /**
 282  * \brief   Points the internal pointer to the callers inData
 283  *          image representation, BUT WITHOUT COPYING THE DATA.
 284  *          'image' Pixels are presented as C-like 2D arrays : line per line.
 285  *          'volume'Pixels are presented as C-like 3D arrays : plane per plane
 286  * \warning Since the pixels are not copied, it is the caller's responsability
 287  *          not to deallocate it's data before gdcm uses them (e.g. with
 288  *          the Write() method.
 289  * @param inData user supplied pixel area
 290  * @param expectedSize total image size, in Bytes
 291  *
 292  * @return boolean
 293  */
 294 void File::SetImageData(uint8_t* inData, size_t expectedSize)
 295 {
 296    SetUserData(inData,expectedSize);
 297 }
 298
 299 /**
 300  * \brief   Set the image datas defined by the user
 301  * \warning When writting the file, this datas are get as default datas to write
 302  */
 303 void File::SetUserData(uint8_t* data, size_t expectedSize)
 304 {
 305    PixelWriteConverter->SetUserData(data,expectedSize);
 306 }
 307
 308 /**
 309  * \brief   Get the image datas defined by the user
 310  * \warning When writting the file, this datas are get as default datas to write
 311  */
 312 uint8_t* File::GetUserData()
 313 {
 314    return PixelWriteConverter->GetUserData();
 315 }
 316
 317 /**
 318  * \brief   Get the image data size defined by the user
 319  * \warning When writting the file, this datas are get as default datas to write
 320  */
 321 size_t File::GetUserDataSize()
 322 {
 323    return PixelWriteConverter->GetUserDataSize();
 324 }
 325
 326 /**
 327  * \brief   Get the image datas from the file.
 328  *          If a LUT is found, the datas are expanded to be RGB
 329  */
 330 uint8_t* File::GetRGBData()
 331 {
 332    return PixelReadConverter->GetRGB();
 333 }
 334
 335 /**
 336  * \brief   Get the image data size from the file.
 337  *          If a LUT is found, the datas are expanded to be RGB
 338  */
 339 size_t File::GetRGBDataSize()
 340 {
 341    return PixelReadConverter->GetRGBSize();
 342 }
 343
 344 /**
 345  * \brief   Get the image datas from the file.
 346  *          If a LUT is found, the datas are not expanded !
 347  */
 348 uint8_t* File::GetRawData()
 349 {
 350    return PixelReadConverter->GetRaw();
 351 }
 352
 353 /**
 354  * \brief   Get the image data size from the file.
 355  *          If a LUT is found, the datas are not expanded !
 356  */
 357 size_t File::GetRawDataSize()
 358 {
 359    return PixelReadConverter->GetRawSize();
 360 }
 361
 362 /**
 363  * \brief Writes on disk A SINGLE Dicom file
 364  *        NO test is performed on  processor "Endiannity".
 365  *        It's up to the user to call his Reader properly
 366  * @param fileName name of the file to be created
 367  *                 (any already existing file is over written)
 368  * @return false if write fails
 369  */
 370
 371 bool File::WriteRawData(std::string const & fileName)
 372 {
 373   std::ofstream fp1(fileName.c_str(), std::ios::out | std::ios::binary );
 374    if (!fp1)
 375    {
 376       dbg.Verbose(2, "Fail to open (write) file:", fileName.c_str());
 377       return false;
 378    }
 379
 380    if(PixelWriteConverter->GetUserData())
 381       fp1.write((char*)PixelWriteConverter->GetUserData(), PixelWriteConverter->GetUserDataSize());
 382    else if(PixelReadConverter->GetRGB())
 383       fp1.write((char*)PixelReadConverter->GetRGB(), PixelReadConverter->GetRGBSize());
 384    else if(PixelReadConverter->GetRaw())
 385       fp1.write((char*)PixelReadConverter->GetRaw(), PixelReadConverter->GetRawSize());
 386
 387    fp1.close();
 388
 389    return true;
 390 }
 391
 392 /**
 393  * \brief Writes on disk A SINGLE Dicom file,
 394  *        using the Implicit Value Representation convention
 395  *        NO test is performed on  processor "Endiannity".
 396  * @param fileName name of the file to be created
 397  *                 (any already existing file is overwritten)
 398  * @return false if write fails
 399  */
 400
 401 bool File::WriteDcmImplVR (std::string const & fileName)
 402 {
 403    SetWriteTypeToDcmImplVR();
 404    return Write(fileName);
 405 }
 406
 407 /**
 408 * \brief Writes on disk A SINGLE Dicom file,
 409  *        using the Explicit Value Representation convention
 410  *        NO test is performed on  processor "Endiannity". * @param fileName name of the file to be created
 411  *                 (any already existing file is overwritten)
 412  * @return false if write fails
 413  */
 414
 415 bool File::WriteDcmExplVR (std::string const & fileName)
 416 {
 417    SetWriteTypeToDcmExplVR();
 418    return Write(fileName);
 419 }
 420
 421 /**
 422  * \brief Writes on disk A SINGLE Dicom file,
 423  *        using the ACR-NEMA convention
 424  *        NO test is performed on  processor "Endiannity".
 425  *        (a l'attention des logiciels cliniques
 426  *        qui ne prennent en entrée QUE des images ACR ...
 427  * \warning if a DICOM_V3 header is supplied,
 428  *         groups < 0x0008 and shadow groups are ignored
 429  * \warning NO TEST is performed on processor "Endiannity".
 430  * @param fileName name of the file to be created
 431  *                 (any already existing file is overwritten)
 432  * @return false if write fails
 433  */
 434
 435 bool File::WriteAcr (std::string const & fileName)
 436 {
 437    SetWriteTypeToAcr();
 438    return Write(fileName);
 439 }
 440
 441 bool File::Write(std::string const& fileName)
 442 {
 443    return WriteBase(fileName);
 444 }
 445
 446 bool File::SetEntryByNumber(std::string const& content,
 447                             uint16_t group, uint16_t element)
 448 {
 449    return HeaderInternal->SetEntryByNumber(content,group,element);
 450 }
 451
 452 bool File::SetEntryByNumber(uint8_t* content, int lgth,
 453                             uint16_t group, uint16_t element)
 454 {
 455    return HeaderInternal->SetEntryByNumber(content,lgth,group,element);
 456 }
 457
 458 bool File::ReplaceOrCreateByNumber(std::string const& content,
 459                                    uint16_t group, uint16_t element)
 460 {
 461    return HeaderInternal->ReplaceOrCreateByNumber(content,group,element) != NULL;
 462 }
 463
 464 bool File::ReplaceOrCreateByNumber(uint8_t* binArea, int lgth,
 465                                    uint16_t group, uint16_t element)
 466 {
 467    return HeaderInternal->ReplaceOrCreateByNumber(binArea,lgth,group,element) != NULL;
 468 }
 469
 470 /**
 471  * \brief Access to the underlying \ref PixelReadConverter RGBA LUT
 472  */
 473 uint8_t* File::GetLutRGBA()
 474 {
 475    return PixelReadConverter->GetLutRGBA();
 476 }
 477
 478 //-----------------------------------------------------------------------------
 479 // Protected
 480 /**
 481  * \brief NOT a end user inteded function
 482  *        (used by WriteDcmExplVR, WriteDcmImplVR, WriteAcr, etc)
 483  * @param fileName name of the file to be created
 484  *                 (any already existing file is overwritten)
 485  * @param  type file type (ExplicitVR, ImplicitVR, ...)
 486  * @return false if write fails
 487  */
 488 bool File::WriteBase (std::string const & fileName)
 489 {
 490    switch(WriteType)
 491    {
 492       case ImplicitVR:
 493          SetWriteFileTypeToImplicitVR();
 494          break;
 495       case ExplicitVR:
 496          SetWriteFileTypeToExplicitVR();
 497          break;
 498       case ACR:
 499       case ACR_LIBIDO:
 500          SetWriteFileTypeToACR();
 501          break;
 502       default:
 503          SetWriteFileTypeToExplicitVR();
 504    }
 505
 506    // --------------------------------------------------------------
 507    // Special Patch to allow gdcm to re-write ACR-LibIDO formated images
 508    //
 509    // if recognition code tells us we dealt with a LibIDO image
 510    // we reproduce on disk the switch between lineNumber and columnNumber
 511    // just before writting ...
 512    /// \todo the best trick would be *change* the recognition code
 513    ///       but pb expected if user deals with, e.g. COMPLEX images
 514    if( WriteType == ACR_LIBIDO )
 515    {
 516       SetWriteToLibido();
 517    }
 518    else
 519    {
 520       SetWriteToNoLibido();
 521    }
 522    // ----------------- End of Special Patch ----------------
 523
 524    switch(WriteMode)
 525    {
 526       case WMODE_RAW :
 527          SetWriteToRaw();
 528          break;
 529       case WMODE_RGB :
 530          SetWriteToRGB();
 531          break;
 532    }
 533
 534    bool check = CheckWriteIntegrity();
 535    if(check)
 536    {
 537       check = HeaderInternal->Write(fileName,WriteType);
 538    }
 539
 540    RestoreWrite();
 541    RestoreWriteFileType();
 542
 543    // --------------------------------------------------------------
 544    // Special Patch to allow gdcm to re-write ACR-LibIDO formated images
 545    //
 546    // ...and we restore the Header to be Dicom Compliant again
 547    // just after writting
 548    RestoreWriteOfLibido();
 549    // ----------------- End of Special Patch ----------------
 550
 551    return check;
 552 }
 553
 554 /**
 555  * \brief Check the write integrity
 556  *
 557  * The tests made are :
 558  *  - verify the size of the image to write with the possible write
 559  *    when the user set an image data
 560  * @return true if the check successfulls
 561  */
 562 bool File::CheckWriteIntegrity()
 563 {
 564    if(PixelWriteConverter->GetUserData())
 565    {
 566       int numberBitsAllocated = HeaderInternal->GetBitsAllocated();
 567       if ( numberBitsAllocated == 0 || numberBitsAllocated == 12 )
 568       {
 569          numberBitsAllocated = 16;
 570       }
 571
 572       size_t decSize = HeaderInternal->GetXSize()
 573                     * HeaderInternal->GetYSize()
 574                     * HeaderInternal->GetZSize()
 575                     * ( numberBitsAllocated / 8 )
 576                     * HeaderInternal->GetSamplesPerPixel();
 577       size_t rgbSize = decSize;
 578       if( HeaderInternal->HasLUT() )
 579          rgbSize = decSize * 3;
 580
 581       switch(WriteMode)
 582       {
 583          case WMODE_RAW :
 584             if( decSize!=PixelWriteConverter->GetUserDataSize() )
 585             {
 586                dbg.Verbose(0, "File::CheckWriteIntegrity: Data size is incorrect (Raw)");
 587                //std::cerr << "File::CheckWriteIntegrity: Data size is incorrect (Raw)\n"
 588                //          << decSize << " / " << PixelWriteConverter->GetUserDataSize() << "\n";
 589                return false;
 590             }
 591             break;
 592          case WMODE_RGB :
 593             if( rgbSize!=PixelWriteConverter->GetUserDataSize() )
 594             {
 595                dbg.Verbose(0, "File::CheckWriteIntegrity: Data size is incorrect (RGB)");
 596                //std::cerr << "File::CheckWriteIntegrity: Data size is incorrect (RGB)\n"
 597                //          << decSize << " / " << PixelWriteConverter->GetUserDataSize() << "\n";
 598                return false;
 599             }
 600             break;
 601       }
 602    }
 603
 604    return true;
 605 }
 606
 607 void File::SetWriteToRaw()
 608 {
 609    if(HeaderInternal->GetNumberOfScalarComponents()==3 && !HeaderInternal->HasLUT())
 610    {
 611       SetWriteToRGB();
 612    }
 613    else
 614    {
 615       ValEntry* photInt = CopyValEntry(0x0028,0x0004);
 616       if(HeaderInternal->HasLUT())
 617       {
 618          photInt->SetValue("PALETTE COLOR ");
 619       }
 620       else
 621       {
 622          photInt->SetValue("MONOCHROME1 ");
 623       }
 624
 625       PixelWriteConverter->SetReadData(PixelReadConverter->GetRaw(),
 626                                        PixelReadConverter->GetRawSize());
 627
 628       BinEntry* pixel = CopyBinEntry(GetHeader()->GetGrPixel(),GetHeader()->GetNumPixel());
 629       pixel->SetValue(GDCM_BINLOADED);
 630       pixel->SetBinArea(PixelWriteConverter->GetData(),false);
 631       pixel->SetLength(PixelWriteConverter->GetDataSize());
 632
 633       Archive->Push(photInt);
 634       Archive->Push(pixel);
 635    }
 636 }
 637
 638 void File::SetWriteToRGB()
 639 {
 640    if(HeaderInternal->GetNumberOfScalarComponents()==3)
 641    {
 642       PixelReadConverter->BuildRGBImage();
 643
 644       ValEntry* spp = CopyValEntry(0x0028,0x0002);
 645       spp->SetValue("3 ");
 646
 647       ValEntry* planConfig = CopyValEntry(0x0028,0x0006);
 648       planConfig->SetValue("0 ");
 649
 650       ValEntry* photInt = CopyValEntry(0x0028,0x0004);
 651       photInt->SetValue("RGB ");
 652
 653       if(PixelReadConverter->GetRGB())
 654       {
 655          PixelWriteConverter->SetReadData(PixelReadConverter->GetRGB(),
 656                                           PixelReadConverter->GetRGBSize());
 657       }
 658       else // Raw data
 659       {
 660          PixelWriteConverter->SetReadData(PixelReadConverter->GetRaw(),
 661                                           PixelReadConverter->GetRawSize());
 662       }
 663
 664       BinEntry* pixel = CopyBinEntry(GetHeader()->GetGrPixel(),GetHeader()->GetNumPixel());
 665       pixel->SetValue(GDCM_BINLOADED);
 666       pixel->SetBinArea(PixelWriteConverter->GetData(),false);
 667       pixel->SetLength(PixelWriteConverter->GetDataSize());
 668
 669       Archive->Push(spp);
 670       Archive->Push(planConfig);
 671       Archive->Push(photInt);
 672       Archive->Push(pixel);
 673
 674       // Remove any LUT
 675       Archive->Push(0x0028,0x1101);
 676       Archive->Push(0x0028,0x1102);
 677       Archive->Push(0x0028,0x1103);
 678       Archive->Push(0x0028,0x1201);
 679       Archive->Push(0x0028,0x1202);
 680       Archive->Push(0x0028,0x1203);
 681
 682       // For old ACR-NEMA
 683       // Thus, we have a RGB image and the bits allocated = 24 and
 684       // samples per pixels = 1 (in the read file)
 685       if(HeaderInternal->GetBitsAllocated()==24)
 686       {
 687          ValEntry* bitsAlloc = CopyValEntry(0x0028,0x0100);
 688          bitsAlloc->SetValue("8 ");
 689
 690          ValEntry* bitsStored = CopyValEntry(0x0028,0x0101);
 691          bitsStored->SetValue("8 ");
 692
 693          ValEntry* highBit = CopyValEntry(0x0028,0x0102);
 694          highBit->SetValue("7 ");
 695
 696          Archive->Push(bitsAlloc);
 697          Archive->Push(bitsStored);
 698          Archive->Push(highBit);
 699       }
 700    }
 701    else
 702    {
 703       SetWriteToRaw();
 704    }
 705 }
 706
 707 void File::RestoreWrite()
 708 {
 709    Archive->Restore(0x0028,0x0002);
 710    Archive->Restore(0x0028,0x0004);
 711    Archive->Restore(0x0028,0x0006);
 712    Archive->Restore(GetHeader()->GetGrPixel(),GetHeader()->GetNumPixel());
 713
 714    // For old ACR-NEMA (24 bits problem)
 715    Archive->Restore(0x0028,0x0100);
 716    Archive->Restore(0x0028,0x0101);
 717    Archive->Restore(0x0028,0x0102);
 718
 719    // For the LUT
 720    Archive->Restore(0x0028,0x1101);
 721    Archive->Restore(0x0028,0x1102);
 722    Archive->Restore(0x0028,0x1103);
 723    Archive->Restore(0x0028,0x1201);
 724    Archive->Restore(0x0028,0x1202);
 725    Archive->Restore(0x0028,0x1203);
 726 }
 727
 728 void File::SetWriteFileTypeToACR()
 729 {
 730    Archive->Push(0x0002,0x0010);
 731 }
 732
 733 void File::SetWriteFileTypeToExplicitVR()
 734 {
 735    std::string ts = Util::DicomString(
 736       Document::GetTransferSyntaxValue(ExplicitVRLittleEndian).c_str() );
 737
 738    ValEntry* tss = CopyValEntry(0x0002,0x0010);
 739    tss->SetValue(ts);
 740
 741    Archive->Push(tss);
 742 }
 743
 744 void File::SetWriteFileTypeToImplicitVR()
 745 {
 746    std::string ts = Util::DicomString(
 747       Document::GetTransferSyntaxValue(ImplicitVRLittleEndian).c_str() );
 748
 749    ValEntry* tss = CopyValEntry(0x0002,0x0010);
 750    tss->SetValue(ts);
 751
 752    Archive->Push(tss);
 753 }
 754
 755 void File::RestoreWriteFileType()
 756 {
 757    Archive->Restore(0x0002,0x0010);
 758 }
 759
 760 void File::SetWriteToLibido()
 761 {
 762    ValEntry *oldRow = dynamic_cast<ValEntry *>
 763                 (HeaderInternal->GetDocEntryByNumber(0x0028, 0x0010));
 764    ValEntry *oldCol = dynamic_cast<ValEntry *>
 765                 (HeaderInternal->GetDocEntryByNumber(0x0028, 0x0011));
 766
 767    if( oldRow && oldCol )
 768    {
 769       std::string rows, columns;
 770
 771       ValEntry *newRow=new ValEntry(oldRow->GetDictEntry());
 772       ValEntry *newCol=new ValEntry(oldCol->GetDictEntry());
 773
 774       newRow->Copy(oldCol);
 775       newCol->Copy(oldRow);
 776
 777       newRow->SetValue(oldCol->GetValue());
 778       newCol->SetValue(oldRow->GetValue());
 779
 780       Archive->Push(newRow);
 781       Archive->Push(newCol);
 782    }
 783
 784    ValEntry *libidoCode = CopyValEntry(0x0008,0x0010);
 785    libidoCode->SetValue("ACRNEMA_LIBIDO_1.1");
 786    Archive->Push(libidoCode);
 787 }
 788
 789 void File::SetWriteToNoLibido()
 790 {
 791    ValEntry *recCode = dynamic_cast<ValEntry *>
 792                 (HeaderInternal->GetDocEntryByNumber(0x0008,0x0010));
 793    if( recCode )
 794    {
 795       if( recCode->GetValue() == "ACRNEMA_LIBIDO_1.1" )
 796       {
 797          ValEntry *libidoCode = CopyValEntry(0x0008,0x0010);
 798          libidoCode->SetValue("");
 799          Archive->Push(libidoCode);
 800       }
 801    }
 802 }
 803
 804 void File::RestoreWriteOfLibido()
 805 {
 806    Archive->Restore(0x0028,0x0010);
 807    Archive->Restore(0x0028,0x0011);
 808    Archive->Restore(0x0008,0x0010);
 809 }
 810
 811 ValEntry* File::CopyValEntry(uint16_t group,uint16_t element)
 812 {
 813    DocEntry* oldE = HeaderInternal->GetDocEntryByNumber(group, element);
 814    ValEntry* newE;
 815
 816    if(oldE)
 817    {
 818       newE = new ValEntry(oldE->GetDictEntry());
 819       newE->Copy(oldE);
 820    }
 821    else
 822    {
 823       newE = GetHeader()->NewValEntryByNumber(group,element);
 824    }
 825
 826    return(newE);
 827 }
 828
 829 BinEntry* File::CopyBinEntry(uint16_t group,uint16_t element)
 830 {
 831    DocEntry* oldE = HeaderInternal->GetDocEntryByNumber(group, element);
 832    BinEntry* newE;
 833
 834    if(oldE)
 835    {
 836       newE = new BinEntry(oldE->GetDictEntry());
 837       newE->Copy(oldE);
 838    }
 839    else
 840    {
 841       newE = GetHeader()->NewBinEntryByNumber(group,element);
 842    }
 843
 844    return(newE);
 845 }
 846
 847 //-----------------------------------------------------------------------------
 848 // Protected
 849 /**
 850  * \brief Factorization for various forms of constructors.
 851  */
 852 void File::Initialise()
 853 {
 854    WriteMode = WMODE_RAW;
 855    WriteType = ExplicitVR;
 856
 857    PixelReadConverter = new PixelReadConvert;
 858    PixelWriteConverter = new PixelWriteConvert;
 859    Archive = new DocEntryArchive( HeaderInternal );
 860
 861    if ( HeaderInternal->IsReadable() )
 862    {
 863       PixelReadConverter->GrabInformationsFromHeader( HeaderInternal );
 864    }
 865 }
 866
 867 uint8_t* File::GetRaw()
 868 {
 869    uint8_t* raw = PixelReadConverter->GetRaw();
 870    if ( ! raw )
 871    {
 872       // The Raw image migth not be loaded yet:
 873       std::ifstream* fp = HeaderInternal->OpenFile();
 874       PixelReadConverter->ReadAndDecompressPixelData( fp );
 875       if(fp)
 876          HeaderInternal->CloseFile();
 877
 878       raw = PixelReadConverter->GetRaw();
 879       if ( ! raw )
 880       {
 881          dbg.Verbose(0, "File::GetRaw: read/decompress of "
 882                         "pixel data apparently went wrong.");
 883          return 0;
 884       }
 885    }
 886
 887    return raw;
 888 }
 889
 890 //-----------------------------------------------------------------------------
 891 // Private
 892
 893 //-----------------------------------------------------------------------------
 894 } // end namespace gdcm
 895