src/gdcmFile.cxx

   1 // gdcmFile.cxx
   2
   3 #include "gdcmFile.h"
   4 #include "gdcmUtil.h"
   5 #include "jpeg/ljpg/jpegless.h"
   6
   7 /////////////////////////////////////////////////////////////////
   8 /**
   9  * \ingroup   gdcmFile
  10  * \brief Constructor dedicated to writing a new DICOMV3 part10 compliant
  11  *        file (see SetFileName, SetDcmTag and Write)
  12  *        Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
  13  *        for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
  14  * \Note  the in-memory representation of all available tags found in
  15  *        the DICOM header is post-poned to first header information access.
  16  *        This avoid a double parsing of public part of the header when
  17  *        one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
  18  *        seen as a side effect).
  19  *
  20  * @param filename file to be opened for parsing
  21  *
  22  * @return
  23  */
  24
  25 gdcmFile::gdcmFile(std::string & filename)
  26         :gdcmHeader(filename.c_str())
  27 {
  28       if (IsReadable())
  29          SetPixelDataSizeFromHeader();
  30 }
  31
  32 gdcmFile::gdcmFile(const char * filename)
  33         :gdcmHeader(filename)
  34 {
  35    if (IsReadable())
  36       SetPixelDataSizeFromHeader();
  37 }
  38
  39 /**
  40  * \ingroup   gdcmFile
  41  * \brief     calcule la longueur (in bytes) A ALLOUER pour recevoir les
  42  *            pixels de l'image ou DES images dans le cas d'un multiframe
  43  *
  44  *          ATTENTION : il ne s'agit PAS de la longueur du groupe des Pixels
  45  *          (dans le cas d'images compressees, elle n'a pas de sens).
  46  *
  47  * @return      longueur a allouer
  48  */
  49 void gdcmFile::SetPixelDataSizeFromHeader(void) {
  50    int nb;
  51    std::string str_nb;
  52
  53    str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
  54    if (str_nb == GDCM_UNFOUND ) {
  55       nb = 16;
  56    } else {
  57       nb = atoi(str_nb.c_str() );
  58       if (nb == 12) nb =16;
  59    }
  60    lgrTotale =  GetXSize() *  GetYSize() *  GetZSize()
  61               * (nb/8)* GetSamplesPerPixel();
  62    std::string str_PhotometricInterpretation =
  63                              gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0004);
  64    if ( str_PhotometricInterpretation == "PALETTE COLOR " ) {
  65       lgrTotale*=3;
  66    }
  67 }
  68    // see PS 3.3-2003 : C.7.6.3.2.1
  69    //
  70    //   MONOCHROME1
  71    //   MONOCHROME2
  72    //   PALETTE COLOR
  73    //   RGB
  74    //   HSV  (Retired)
  75    //   ARGB (Retired)
  76    //   CMYK (Retired)
  77    //   YBR_FULL
  78    //   YBR_FULL_422 (no LUT, no Palette)
  79    //   YBR_PARTIAL_422
  80    //   YBR_ICT
  81    //   YBR_RCT
  82
  83   // LUT's
  84   // ex : gdcm-US-ALOKA-16.dcm
  85   // 0028|1221 [OW]   [Segmented Red Palette Color Lookup Table Data]
  86   // 0028|1222 [OW]   [Segmented Green Palette Color Lookup Table Data]
  87   // 0028|1223 [OW]   [Segmented Blue Palette Color Lookup Table Data]
  88
  89   // ex : US-PAL-8-10x-echo.dcm, 8BitsRunLengthColor.dcm
  90   // 0028|1201 [OW]   [Red Palette Color Lookup Table Data]
  91   // 0028|1202 [OW]   [Green Palette Color Lookup Table Data]
  92   // 0028|1203 [OW]   [Blue Palette Color Lookup Table Data]
  93
  94   // ex  : OT-PAL-8-face.dcm
  95   // 0028|1201 [US]   [Red Palette Color Lookup Table Data]
  96   // 0028|1202 [US]   [Green Palette Color Lookup Table Data]
  97   // 0028|1203 [US]   [Blue Palette Color Lookup Table Data]
  98
  99
 100 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 101 /**
 102  * \ingroup   gdcmFile
 103  * \brief     Returns the size (in bytes) of required memory to hold
 104  *            the pixel data represented in this file.
 105  * @return    The size of pixel data in bytes.
 106  */
 107
 108 size_t gdcmFile::GetImageDataSize(void) {
 109    return (lgrTotale);
 110 }
 111
 112
 113 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 114 /**
 115  * \ingroup gdcmFile
 116  * \brief   Read pixel data from disk (optionaly decompressing) into the
 117  *          caller specified memory location.
 118  * @param   destination where the pixel data should be stored.
 119  *
 120  */
 121 bool gdcmFile::ReadPixelData(void* destination) {
 122
 123    if ( !OpenFile())
 124       return false;
 125
 126     if ( fseek(fp, GetPixelOffset(), SEEK_SET) == -1 ) {
 127       CloseFile();
 128       return false;
 129    }
 130
 131 // -------------------------  Compacted File (12 Bits Per Pixel)
 132
 133    /* unpack 12 Bits pixels into 16 Bits pixels */
 134    /* 2 pixels 12bit =     [0xABCDEF]           */
 135    /* 2 pixels 16bit = [0x0ABD] + [0x0FCE]      */
 136
 137    if (GetBitsAllocated()==12) {
 138       int nbPixels = GetXSize()*GetYSize();
 139       unsigned char b0, b1, b2;
 140
 141       for(int p=0;p<nbPixels;p+=2) {
 142          fread(&b0,1,1,fp);
 143          fread(&b1,1,1,fp);
 144          fread(&b2,1,1,fp);
 145          *((unsigned short int*)destination)++ =
 146                     ((b0 >> 4) << 8) + ((b0 & 0x0f) << 4) + (b1 & 0x0f);
 147                        /* A */          /* B */            /* D */
 148          *((unsigned short int*)destination)++ =
 149                     ((b2 & 0x0f) << 8) + ((b1 >> 4) << 4) + (b2 >> 4);
 150                        /* F */          /* C */            /* E */
 151
 152         // Troubles expected on Big-Endian processors ?
 153       }
 154       return(true);
 155    }
 156
 157
 158 // -------------------------  Uncompressed File
 159
 160    if ( !IsDicomV3()                             ||
 161         IsImplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ||
 162         IsExplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ||
 163         IsExplicitVRBigEndianTransferSyntax()    ||
 164         IsDeflatedExplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ) {
 165
 166       size_t ItemRead = fread(destination, lgrTotale, 1, fp);
 167       if ( ItemRead != 1 ) {
 168          CloseFile();
 169          return false;
 170       } else {
 171          CloseFile();
 172          return true;
 173       }
 174    }
 175
 176
 177 // ------------------------- Run Length Encoding
 178
 179       if (gdcmHeader::IsRLELossLessTransferSyntax()) {
 180             int res = (bool)gdcm_read_RLE_file (destination);
 181             return res;
 182       }
 183
 184
 185
 186 // ----------------- SingleFrame/Multiframe JPEG Lossless/Lossy/2000
 187
 188       int nb;
 189       std::string str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
 190       if (str_nb == GDCM_UNFOUND ) {
 191          nb = 16;
 192       } else {
 193          nb = atoi(str_nb.c_str() );
 194          if (nb == 12) nb =16;  // ?? 12 should be ACR-NEMA only ?
 195       }
 196       int nBytes= nb/8;
 197
 198       int taille = GetXSize() *  GetYSize()  * GetSamplesPerPixel();
 199       long fragmentBegining; // for ftell, fseek
 200
 201       bool jpg2000 =     IsJPEG2000();
 202       bool jpgLossless = IsJPEGLossless();
 203
 204       bool res = true;
 205       guint16 ItemTagGr,ItemTagEl;
 206       int ln;
 207
 208          //  Position on begining of Jpeg Pixels
 209
 210       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 211       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 212       if(GetSwapCode()) {
 213          ItemTagGr=SwapShort(ItemTagGr);
 214          ItemTagEl=SwapShort(ItemTagEl);
 215       }
 216       fread(&ln,4,1,fp);
 217       if(GetSwapCode())
 218          ln=SwapLong(ln);    // Basic Offset Table Item length
 219
 220       if (ln != 0) {
 221          // What is it used for ?!?
 222          char *BasicOffsetTableItemValue = (char *)malloc(ln+1);
 223          fread(BasicOffsetTableItemValue,ln,1,fp);
 224       }
 225
 226       // first Fragment initialisation
 227       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 228       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 229       if(GetSwapCode()) {
 230          ItemTagGr=SwapShort(ItemTagGr);
 231          ItemTagEl=SwapShort(ItemTagEl);
 232       }
 233
 234       // parsing fragments until Sequence Delim. Tag found
 235
 236       while (  ( ItemTagGr == 0xfffe) && (ItemTagEl != 0xe0dd) ) {
 237
 238                         // --- for each Fragment
 239
 240          fread(&ln,4,1,fp);
 241          if(GetSwapCode())
 242             ln=SwapLong(ln);    // Fragment Item length
 243
 244          fragmentBegining=ftell(fp);
 245
 246          if (jpg2000) {          // JPEG 2000 :    call to ???
 247
 248             res = (bool)gdcm_read_JPEG2000_file (destination);  // Not Yet written
 249
 250          } // ------------------------------------- endif (JPEG2000)
 251
 252          else if (jpgLossless) { // JPEG LossLess : call to xmedcom JPEG
 253
 254             JPEGLosslessDecodeImage (fp,                         // Reading Fragment pixels
 255                                      (unsigned short *)destination,
 256                                      GetPixelSize()*8* GetSamplesPerPixel(),
 257                                      ln);
 258             res=1; // in order not to break the loop
 259
 260          } // ------------------------------------- endif (JPEGLossless)
 261
 262          else {                   // JPEG Lossy : call to IJG 6b
 263
 264             if  (GetBitsStored() == 8) {
 265                 res = (bool)gdcm_read_JPEG_file (destination);  // Reading Fragment pixels
 266             } else {
 267                 res = (bool)gdcm_read_JPEG_file12 (destination);// Reading Fragment pixels
 268             }
 269          }  // ------------------------------------- endif (JPEGLossy)
 270
 271          if (!res) break;
 272
 273          destination = (char *)destination + taille * nBytes; // location in user's memory
 274                                                               // for next fragment (if any)
 275
 276          fseek(fp,fragmentBegining,SEEK_SET); // To be sure we start
 277          fseek(fp,ln,SEEK_CUR);               // at the begining of next fragment
 278
 279          ItemTagGr = ItemTagEl =0;
 280          fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 281          fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 282          if(GetSwapCode()) {
 283             ItemTagGr=SwapShort(ItemTagGr);
 284             ItemTagEl=SwapShort(ItemTagEl);
 285          }
 286
 287       }     // endWhile parsing fragments until Sequence Delim. Tag found
 288
 289       return res;
 290 }
 291
 292 /**
 293  * \ingroup gdcmFile
 294  * \brief   Allocates necessary memory, copies the pixel data
 295  *          (image[s]/volume[s]) to newly allocated zone.
 296  * @return  Pointer to newly allocated pixel data.
 297  * \        NULL if alloc fails
 298  */
 299 void * gdcmFile::GetImageData (void) {
 300    PixelData = (void *) malloc(lgrTotale);
 301    if (PixelData)
 302       GetImageDataIntoVector(PixelData, lgrTotale);
 303    return(PixelData);
 304 }
 305
 306 /**
 307  * \ingroup gdcmFile
 308  * \brief   Copies at most MaxSize bytes of pixel data to caller's
 309  *          memory space.
 310  * @param   destination Address (in caller's memory space) at which the
 311  *          pixel data should be copied
 312  * @param   MaxSize Maximum number of bytes to be copied. When MaxSize
 313  *          is not sufficient to hold the pixel data the copy is not
 314  *          executed (i.e. no partial copy).
 315  * @return  On success, the number of bytes actually copied. Zero on
 316  *          failure e.g. MaxSize is lower than necessary.
 317  */
 318
 319 size_t gdcmFile::GetImageDataIntoVector (void* destination, size_t MaxSize) {
 320
 321    int nb, nbu, highBit, signe;
 322    std::string str_nbFrames, str_nb, str_nbu, str_highBit, str_signe;
 323
 324    if ( lgrTotale > MaxSize ) {
 325       dbg.Verbose(0, "gdcmFile::GetImageDataIntoVector: pixel data bigger"
 326                      "than caller's expected MaxSize");
 327       return (size_t)0;
 328    }
 329
 330    (void)ReadPixelData(destination);
 331
 332         // Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel
 333    str_nb = GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
 334    if (str_nb == GDCM_UNFOUND ) {
 335       nb = 16;
 336    } else {
 337       nb = atoi(str_nb.c_str() );
 338    }
 339
 340         // Nombre de Bits Utilises
 341    str_nbu=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0101);
 342    if (str_nbu == GDCM_UNFOUND ) {
 343       nbu = nb;
 344    } else {
 345       nbu = atoi(str_nbu.c_str() );
 346    }
 347
 348         // Position du Bit de Poids Fort
 349    str_highBit=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0102);
 350    if (str_highBit == GDCM_UNFOUND ) {
 351       highBit = nb - 1;
 352    } else {
 353       highBit = atoi(str_highBit.c_str() );
 354    }
 355
 356         // Signe des Pixels
 357    str_signe=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0103);
 358    if (str_signe == GDCM_UNFOUND ) {
 359       signe = 1;
 360    } else {
 361       signe = atoi(str_signe.c_str() );
 362    }
 363
 364    // re arange bytes inside the integer
 365    if (nb != 8)
 366      SwapZone(destination, GetSwapCode(), lgrTotale, nb);
 367
 368    // re arange bits inside the bytes
 369    if (nbu != nb){
 370       int l = (int)lgrTotale / (nb/8);
 371       if (nb == 16) {
 372          guint16 mask = 0xffff;
 373          mask = mask >> (nb-nbu);
 374          guint16 *deb = (guint16 *)destination;
 375          for(int i = 0; i<l; i++) {
 376             *deb = (*deb >> (nbu-highBit-1)) & mask;
 377             deb ++;
 378          }
 379       } else if (nb == 32 ) {
 380          guint32 mask = 0xffffffff;
 381          mask = mask >> (nb-nbu);
 382          guint32 *deb = (guint32 *)destination;
 383          for(int i = 0; i<l; i++) {
 384             *deb = (*deb >> (nbu-highBit-1)) & mask;
 385             deb ++;
 386          }
 387       } else {
 388          dbg.Verbose(0, "gdcmFile::GetImageDataIntoVector: wierd image");
 389          return (size_t)0;
 390       }
 391    }
 392
 393 // Just to 'see' was was actually read on disk :-(
 394 // Some troubles expected
 395
 396    // *Try* to deal with the color
 397    // ----------------------------
 398
 399        std::string str_PhotometricInterpretation =
 400                  gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0004);
 401
 402       if ( (str_PhotometricInterpretation == "MONOCHROME1 ")
 403         || (str_PhotometricInterpretation == "MONOCHROME2 ") ) {
 404          return lgrTotale;
 405       }
 406
 407    // Planar configuration = 0 : Pixels are already RGB
 408    // Planar configuration = 1 : 3 planes : R, G, B
 409    // Planar configuration = 2 : 1 gray Plane + 3 LUT
 410
 411    // Well ... supposed to be !
 412    // See US-PAL-8-10x-echo.dcm: PlanarConfiguration=0,
 413    //                            PhotometricInterpretation=PALETTE COLOR
 414    // and heuristic has to be found :-(
 415
 416       int planConf=GetPlanarConfiguration();  // 0028,0006
 417
 418       // Whatever Planar Configuration is,
 419       // "PALETTE COLOR " implies that we deal with the palette.
 420       if (str_PhotometricInterpretation == "PALETTE COLOR ")
 421          planConf=2;
 422
 423       switch (planConf) {
 424       case 0:
 425          //       Pixels are already RGB
 426          break;
 427
 428       case 1:
 429
 430          {
 431          if (str_PhotometricInterpretation == "YBR_FULL") { // Warning : YBR_FULL_422 acts as RGB (?!)
 432
 433          //       need to make RGB Pixels from Planes Y,cB,cR
 434          // see http://lestourtereaux.free.fr/papers/data/yuvrgb.pdf
 435          // for code optimisation
 436
 437             int l = GetXSize()*GetYSize();
 438             int nbFrames = GetZSize();
 439
 440             unsigned char * newDest = (unsigned char*) malloc(lgrTotale);
 441             unsigned char *x  = newDest;
 442             unsigned char * a = (unsigned char *)destination;
 443             unsigned char * b = a + l;
 444             unsigned char * c = b + l;
 445
 446             double R,G,B;
 447
 448             // TODO : Replace by the 'well known'
 449             //        integer computation counterpart
 450             for (int i=0;i<nbFrames;i++) {
 451                for (int j=0;j<l; j++) {
 452                   R= 1.164 *(*a-16) + 1.596 *(*c -128) + 0.5;
 453                   G= 1.164 *(*a-16) - 0.813 *(*c -128) - 0.392 *(*b -128) + 0.5;
 454                   B= 1.164 *(*a-16) + 2.017 *(*b -128) + 0.5;
 455
 456                   if (R<0.0)   R=0.0;
 457                   if (G<0.0)   G=0.0;
 458                   if (B<0.0)   B=0.0;
 459                   if (R>255.0) R=255.0;
 460                   if (G>255.0) G=255.0;
 461                   if (B>255.0) B=255.0;
 462
 463                   *(x++) = (unsigned char)R;
 464                   *(x++) = (unsigned char)G;
 465                   *(x++) = (unsigned char)B;
 466                   a++; b++; c++;
 467                }
 468            }
 469             memmove(destination,newDest,lgrTotale);
 470             free(newDest);
 471
 472         } else {
 473
 474          //       need to make RGB Pixels from Planes R,G,B
 475
 476             int l = GetXSize()*GetYSize();
 477             int nbFrames = GetZSize();
 478
 479             char * newDest = (char*) malloc(lgrTotale);
 480             char *x  = newDest;
 481             char * a = (char *)destination;
 482             char * b = a + l;
 483             char * c = b + l;
 484
 485                // TODO :
 486                // any trick not to have to allocate temporary buffer is welcome ...
 487
 488             for (int i=0;i<nbFrames;i++) {
 489                for (int j=0;j<l; j++) {
 490                   *(x++) = *(a++);
 491                   *(x++) = *(b++);
 492                   *(x++) = *(c++);
 493                }
 494             }
 495             memmove(destination,newDest,lgrTotale);
 496             free(newDest);
 497         }
 498
 499          break;
 500        }
 501
 502        case 2:
 503          //       from Lut R + Lut G + Lut B
 504
 505          // we no longer use gdcmHeader::GetLUTRGB
 506          // since a lot of images have strange info
 507          // in the Lookup Table Descriptors (0028,1101),...
 508          {
 509          unsigned char * newDest = (unsigned char*) malloc(lgrTotale);
 510          unsigned char * a = (unsigned char *)destination;
 511
 512          unsigned char *lutR =(unsigned char *)GetPubElValVoidAreaByNumber(0x0028,0x1201);
 513          unsigned char *lutG =(unsigned char *)GetPubElValVoidAreaByNumber(0x0028,0x1202);
 514          unsigned char *lutB =(unsigned char *)GetPubElValVoidAreaByNumber(0x0028,0x1203);
 515
 516          if (lutR && lutG && lutB ) { // need to make RGB Pixels
 517                                       // from grey Pixels
 518                                       // and Lut R,Lut G,Lut B
 519
 520             unsigned char * newDest = (unsigned char*) malloc(lgrTotale);
 521             int l = lgrTotale/3;
 522             memmove(newDest, destination, l);// move Gray pixels to temp area
 523
 524             int j;
 525                // See PS 3.3-2003 C.11.1.1.2 p 619
 526                //
 527             int mult;
 528             if (GetLUTNbits()==16 && nb==8) mult=2; // See PS 3.3
 529             else mult=1;
 530
 531             // if we get a black image, let's just remove the '+1'
 532             // and check again
 533             // if it works, we shall have to check the 3 Palettes
 534             // to see which byte is ==0 (first one, or second one)
 535
 536             for (int i=0;i<l; i++) {
 537                j=newDest[i]*mult +1;
 538                *a++ = lutR[j];
 539                *a++ = lutG[j];
 540                *a++ = lutB[j];
 541             }
 542
 543             free(newDest);
 544
 545          } else {
 546              // need to make RGB Pixels (?)
 547              // from grey Pixels (?!)
 548              // and Gray Lut  (!?!)
 549              //unsigned char *lutGray =(unsigned char *)GetPubElValVoidAreaByNumber(0x0028,0x1200);
 550
 551                              // Well . I'll wait till I find such an image
 552
 553              // or Segmented Green Palette Color Lookup Table Data and so on
 554
 555                             // Oops! I get one (gdcm-US-ALOKA-16.dcm)
 556                             // No idea how to manage it :-(
 557                             // Segmented xxx Palette Color are *more* than 65535 long ?!?
 558
 559             // WARNING : quick and dirty trick to produce a single plane Grey image
 560             // See also  gdcmHeaderHelper::GetNumberOfScalarComponents()
 561                     lgrTotale /=3;
 562                     return lgrTotale;
 563             // end of dirty trick
 564          }
 565          break;
 566       }
 567    }
 568
 569             // now, it's an RGB image
 570             // Lets's write it in the Header
 571
 572          // CreateOrReplaceIfExist ?
 573
 574    std::string spp = "3";        // Samples Per Pixel
 575    gdcmHeader::SetPubElValByNumber(spp,0x0028,0x0002);
 576    std::string rgb="RGB ";       // Photometric Interpretation
 577    gdcmHeader::SetPubElValByNumber(rgb,0x0028,0x0004);
 578    std::string planConfig = "0"; // Planar Configuration
 579    gdcmHeader::SetPubElValByNumber(planConfig,0x0028,0x0006);
 580
 581          // + Drop Palette Color ?
 582
 583    return lgrTotale;
 584 }
 585
 586 //
 587 // Je laisse le code integral, au cas ça puisse etre reutilise ailleurs
 588 //
 589
 590 /**
 591  * \ingroup gdcmFile
 592  * \brief   Swap the bytes, according to swap code.
 593  * \warning not end user intended
 594  * @param   im area to deal with
 595  * @param   swap swap code
 596  * @param   lgr Area Length
 597  * @param   nb Pixels Bit number
 598  */
 599
 600 void gdcmFile::SwapZone(void* im, int swap, int lgr, int nb) {
 601 guint32 s32;
 602 guint16 fort,faible;
 603 int i;
 604
 605 if(nb == 16)
 606    switch(swap) {
 607       case 0:
 608       case 12:
 609       case 1234:
 610          break;
 611
 612       case 21:
 613       case 3412:
 614       case 2143:
 615       case 4321:
 616
 617          for(i=0;i<lgr;i++)
 618             ((unsigned short int*)im)[i]= ((((unsigned short int*)im)[i])>>8)
 619                                         | ((((unsigned short int*)im)[i])<<8);
 620          break;
 621
 622       default:
 623          printf("valeur de SWAP (16 bits) not allowed : %d\n", swap);
 624    }
 625
 626 if( nb == 32 )
 627    switch (swap) {
 628       case 0:
 629       case 1234:
 630          break;
 631
 632       case 4321:
 633          for(i=0;i<lgr;i++) {
 634             faible=  ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff;    /* 4321 */
 635             fort  =((unsigned long int*)im)[i]>>16;
 636             fort=  (fort>>8)   | (fort<<8);
 637             faible=(faible>>8) | (faible<<8);
 638             s32=faible;
 639             ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|fort;
 640          }
 641          break;
 642
 643       case 2143:
 644          for(i=0;i<lgr;i++) {
 645             faible=  ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff;    /* 2143 */
 646             fort=((unsigned long int*)im)[i]>>16;
 647             fort=  (fort>>8)   | (fort<<8);
 648             faible=(faible>>8) | (faible<<8);
 649             s32=fort;
 650             ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|faible;
 651          }
 652          break;
 653
 654       case 3412:
 655          for(i=0;i<lgr;i++) {
 656             faible=  ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff;    /* 3412 */
 657             fort=((unsigned long int*)im)[i]>>16;
 658             s32=faible;
 659             ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|fort;
 660          }
 661          break;
 662
 663       default:
 664          printf(" SWAP value (32 bits) not allowed : %d\n", swap);
 665    }
 666 return;
 667 }
 668
 669 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 670 /**
 671  * \ingroup   gdcmFile
 672  * \brief TODO JPR
 673  * \warning doit-etre etre publique ?
 674  * TODO : y a-t-il un inconvenient à fusioner ces 2 fonctions
 675  *
 676  * @param inData
 677  * @param ExpectedSize
 678  *
 679  * @return integer acts as a boolean
 680  */
 681 int gdcmFile::SetImageData(void * inData, size_t ExpectedSize) {
 682    SetImageDataSize(ExpectedSize);
 683    PixelData = inData;
 684    lgrTotale = ExpectedSize;
 685    return(1);
 686 }
 687
 688
 689 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 690 /**
 691  * \ingroup   gdcmFile
 692  * \brief Sets the Pixel Area size in the Header
 693  *        --> not-for-rats function
 694  *
 695  * \warning WARNING doit-etre etre publique ?
 696  * TODO : y aurait il un inconvenient à fusionner ces 2 fonctions
 697  *
 698  * @param ImageDataSize new Pixel Area Size
 699  *        warning : nothing else is checked
 700  */
 701
 702 void gdcmFile::SetImageDataSize(size_t ImageDataSize) {
 703    std::string content1;
 704    char car[20];
 705    // Assumes ElValue (0x7fe0, 0x0010) exists ...
 706    sprintf(car,"%d",ImageDataSize);
 707
 708    gdcmElValue*a = GetElValueByNumber(0x7fe0, 0x0010);
 709    a->SetLength(ImageDataSize);
 710
 711    ImageDataSize+=8;
 712    sprintf(car,"%d",ImageDataSize);
 713    content1=car;
 714    SetPubElValByNumber(content1, 0x7fe0, 0x0000);
 715 }
 716
 717
 718 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 719 /**
 720  * \ingroup   gdcmFile
 721  * \brief Ecrit sur disque les pixels d'UNE image
 722  *        Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
 723  *        Ca sera à l'utilisateur d'appeler son Reader correctement
 724  *        (Equivalent a IdImaWriteRawFile)
 725  *
 726  * @param fileName
 727  * @return
 728  */
 729
 730 int gdcmFile::WriteRawData (std::string fileName) {
 731    FILE * fp1;
 732    fp1 = fopen(fileName.c_str(),"wb");
 733    if (fp1 == NULL) {
 734       printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",fileName.c_str());
 735       return (0);
 736    }
 737    fwrite (PixelData,lgrTotale, 1, fp1);
 738    fclose (fp1);
 739    return(1);
 740 }
 741
 742 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 743 /**
 744  * \ingroup   gdcmFile
 745  * \brief Ecrit sur disque UNE image Dicom
 746  *        Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
 747  *         Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel
 748  *         (Equivalent a IdDcmWrite)
 749  *
 750  * @param fileName
 751  * @return int acts as a boolean
 752  */
 753
 754 int gdcmFile::WriteDcmImplVR (std::string fileName) {
 755    return WriteBase(fileName, ImplicitVR);
 756 }
 757
 758 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 759 /**
 760  * \ingroup   gdcmFile
 761  * \brief
 762  * @param  fileName
 763  * @return int acts as a boolean
 764  */
 765
 766 int gdcmFile::WriteDcmImplVR (const char* fileName) {
 767    return WriteDcmImplVR (std::string (fileName));
 768 }
 769
 770 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 771 /**
 772  * \ingroup   gdcmFile
 773  * \brief
 774  * @param  fileName
 775  * @return int acts as a boolean
 776  */
 777
 778 int gdcmFile::WriteDcmExplVR (std::string fileName) {
 779    return WriteBase(fileName, ExplicitVR);
 780 }
 781
 782 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 783 /**
 784  * \ingroup   gdcmFile
 785  * \brief  Ecrit au format ACR-NEMA sur disque l'entete et les pixels
 786  *        (a l'attention des logiciels cliniques
 787  *        qui ne prennent en entrée QUE des images ACR ...
 788  * \warning si un header DICOM est fourni en entree,
 789  *        les groupes < 0x0008 et les groupes impairs sont ignores)
 790  * \warning Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
 791  *        Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel
 792  *        (Equivalent a IdDcmWrite)
 793  *
 794  * @param fileName
 795  * @return int acts as a boolean
 796  */
 797
 798 int gdcmFile::WriteAcr (std::string fileName) {
 799    return WriteBase(fileName, ACR);
 800 }
 801
 802 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 803 /**
 804  * \ingroup   gdcmFile
 805  *
 806  * @param  FileName
 807  * @param  type
 808  *
 809  * @return int acts as a boolean
 810  */
 811 int gdcmFile::WriteBase (std::string FileName, FileType type) {
 812
 813    FILE * fp1;
 814    fp1 = fopen(FileName.c_str(),"wb");
 815    if (fp1 == NULL) {
 816       printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",FileName.c_str());
 817       return (0);
 818    }
 819
 820    if ( (type == ImplicitVR) || (type == ExplicitVR) ) {
 821       char * filePreamble;
 822       // writing Dicom File Preamble
 823       filePreamble=(char*)calloc(128,1);
 824       fwrite(filePreamble,128,1,fp1);
 825       fwrite("DICM",4,1,fp1);
 826    }
 827
 828    // --------------------------------------------------------------
 829    // Special Patch to allow gdcm to re-write ACR-LibIDO formated images
 830    //
 831    // if recognition code tells us we dealt with a LibIDO image
 832    // we reproduce on disk the switch between lineNumber and columnNumber
 833    // just before writting ...
 834
 835    std::string rows, columns;
 836    if ( filetype == ACR_LIBIDO){
 837          rows    = GetPubElValByNumber(0x0028, 0x0010);
 838          columns = GetPubElValByNumber(0x0028, 0x0011);
 839          SetPubElValByNumber(columns,  0x0028, 0x0010);
 840          SetPubElValByNumber(rows   ,  0x0028, 0x0011);
 841    }
 842    // ----------------- End of Special Patch ----------------
 843
 844    gdcmHeader::Write(fp1, type);
 845
 846    // --------------------------------------------------------------
 847    // Special Patch to allow gdcm to re-write ACR-LibIDO formated images
 848    //
 849    // ...and we restore the Header to be Dicom Compliant again
 850    // just after writting
 851
 852    if (filetype == ACR_LIBIDO){
 853          SetPubElValByNumber(rows   , 0x0028, 0x0010);
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 855    }
 856    // ----------------- End of Special Patch ----------------
 857
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 861 }