src/gdcmFile.h

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: gdcmFile.h,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/06/10 14:05:38 $
   7   Version:   $Revision: 1.107 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #ifndef GDCMFILE_H
  20 #define GDCMFILE_H
  21
  22 #include "gdcmDocument.h"
  23
  24 namespace gdcm
  25 {
  26 class RLEFramesInfo;
  27 class JPEGFragmentsInfo;
  28
  29 //-----------------------------------------------------------------------------
  30 // Dicom Part 3.3 Compliant
  31 enum ModalityType {
  32    Unknow,
  33    AU,       // Voice Audio
  34    AS,       // Angioscopy
  35    BI,       // Biomagnetic Imaging
  36    CF,       // Cinefluorography
  37    CP,       // Culposcopy
  38    CR,       // Computed Radiography
  39    CS,       // Cystoscopy
  40    CT,       // Computed Tomography
  41    DD,       // Duplex Dopler
  42    DF,       // Digital Fluoroscopy
  43    DG,       // Diaphanography
  44    DM,       // Digital Microscopy
  45    DS,       // Digital Substraction Angiography
  46    DX,       // Digital Radiography
  47    ECG,      // Echocardiography
  48    EPS,      // Basic Cardiac EP
  49    ES,       // Endoscopy
  50    FA,       // Fluorescein Angiography
  51    FS,       // Fundoscopy
  52    HC,       // Hard Copy
  53    HD,       // Hemodynamic
  54    LP,       // Laparoscopy
  55    LS,       // Laser Surface Scan
  56    MA,       // Magnetic Resonance Angiography
  57    MR,       // Magnetic Resonance
  58    NM,       // Nuclear Medicine
  59    OT,       // Other
  60    PT,       // Positron Emission Tomography
  61    RF,       // Radio Fluoroscopy
  62    RG,       // Radiographic Imaging
  63    RTDOSE,   // Radiotherapy Dose
  64    RTIMAGE,  // Radiotherapy Image
  65    RTPLAN,   // Radiotherapy Plan
  66    RTSTRUCT, // Radiotherapy Structure Set
  67    SM,       // Microscopic Imaging
  68    ST,       // Single-photon Emission Computed Tomography
  69    TG,       // Thermography
  70    US,       // Ultrasound
  71    VF,       // Videofluorography
  72    XA,       // X-Ray Angiography
  73    XC        // Photographic Imaging
  74 };
  75
  76 //-----------------------------------------------------------------------------
  77
  78 /**
  79  * \brief DICOM elements and their corresponding values (and
  80  * additionaly the corresponding DICOM dictionary entry) of the header
  81  * of a DICOM file.
  82  *
  83  * The typical usage of instances of class File is to classify a set of
  84  * dicom files according to header information e.g. to create a file hierarchy
  85  * reflecting the Patient/Study/Serie informations, or extracting a given
  86  * SerieId. Accessing the content (image[s] or volume[s]) is beyond the
  87  * functionality of this class and belongs to gdmcFile.
  88  * \note  The various entries of the explicit value representation (VR) shall
  89  *        be managed within a dictionary which is shared by all File
  90  *        instances.
  91  * \note  The File::Set*Tag* family members cannot be defined as
  92  *        protected due to Swig limitations for as Has_a dependency between
  93  *        File and FileHelper.
  94  */
  95 class GDCM_EXPORT File : public Document
  96 {
  97 public:
  98    File();
  99    File( std::string const &filename );
 100    ~File();
 101
 102    // Loading
 103    bool Load( std::string const &filename );
 104
 105    // Standard values and informations contained in the header
 106    bool IsReadable();
 107
 108    // Some heuristic based accessors, end user intended
 109    int GetImageNumber();
 110    ModalityType GetModality();
 111
 112    int GetXSize();
 113    int GetYSize();
 114    int GetZSize();
 115
 116    float GetXSpacing();
 117    float GetYSpacing();
 118    float GetZSpacing();
 119
 120    float GetXOrigin();
 121    float GetYOrigin();
 122    float GetZOrigin();
 123
 124    void GetImageOrientationPatient( float iop[6] );
 125
 126    int GetBitsStored();
 127    int GetBitsAllocated();
 128    int GetHighBitPosition();
 129    int GetSamplesPerPixel();
 130    int GetPlanarConfiguration();
 131    int GetPixelSize();
 132    std::string GetPixelType();
 133    bool IsSignedPixelData();
 134    bool IsMonochrome();
 135    bool IsMonochrome1();
 136    bool IsPaletteColor();
 137    bool IsYBRFull();
 138
 139    bool HasLUT();
 140    int GetLUTNbits();
 141
 142    // For rescaling graylevel:
 143    float GetRescaleIntercept();
 144    float GetRescaleSlope();
 145
 146    int GetNumberOfScalarComponents();
 147    int GetNumberOfScalarComponentsRaw();
 148
 149    /// Accessor to \ref File::GrPixel
 150    uint16_t GetGrPixel()  { return GrPixel; }
 151    /// Accessor to \ref File::NumPixel
 152    uint16_t GetNumPixel() { return NumPixel; }
 153
 154    size_t GetPixelOffset();
 155    size_t GetPixelAreaLength();
 156
 157    /// returns the RLE info
 158    RLEFramesInfo *GetRLEInfo() { return RLEInfo; }
 159    /// Returns the JPEG Fragments info
 160    JPEGFragmentsInfo *GetJPEGInfo() { return JPEGInfo; }
 161
 162 // Anonymization process
 163    void AddAnonymizeElement (uint16_t group, uint16_t elem,
 164                              std::string const &value);
 165    /// Clears the list of elements to be anonymized
 166    void ClearAnonymizeList() { AnonymizeList.clear(); }
 167    void AnonymizeNoLoad();
 168    /// Replace patient's own information by info from the Anonymization list
 169    bool AnonymizeFile();
 170
 171    bool Write(std::string fileName, FileType filetype);
 172
 173 protected:
 174
 175    /// Store the RLE frames info obtained during parsing of pixels.
 176    RLEFramesInfo *RLEInfo;
 177    /// Store the JPEG fragments info obtained during parsing of pixels.
 178    JPEGFragmentsInfo *JPEGInfo;
 179
 180    /// \brief In some cases (e.g. for some ACR-NEMA images) the Entry Element
 181    /// Number of the 'Pixel Element' is *not* found at 0x0010. In order to
 182    /// make things easier the parser shall store the proper value in
 183    /// NumPixel to provide a unique access facility.
 184    uint16_t NumPixel;
 185    /// \brief In some cases (e.g. for some ACR-NEMA images) the header entry for
 186    /// the group of pixels is *not* found at 0x7fe0.
 187    /// In order to make things easier the parser shall store the proper value
 188    /// in GrPixel to provide a unique access facility.
 189    uint16_t GrPixel;
 190
 191 private:
 192    void ComputeRLEInfo();
 193    void ComputeJPEGFragmentInfo();
 194    bool     ReadTag(uint16_t, uint16_t);
 195    uint32_t ReadTagLength(uint16_t, uint16_t);
 196    void ReadAndSkipEncapsulatedBasicOffsetTable();
 197
 198 };
 199 } // end namespace gdcm
 200
 201 //-----------------------------------------------------------------------------
 202 #endif