src/gdcmFile.h

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: gdcmFile.h,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/03/22 11:37:15 $
   7   Version:   $Revision: 1.106 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #ifndef GDCMFILE_H
  20 #define GDCMFILE_H
  21
  22 #include "gdcmDocument.h"
  23
  24 namespace gdcm
  25 {
  26 class RLEFramesInfo;
  27 class JPEGFragmentsInfo;
  28
  29 //-----------------------------------------------------------------------------
  30 // Dicom Part 3.3 Compliant
  31 enum ModalityType {
  32    Unknow,
  33    AU,       // Voice Audio
  34    AS,       // Angioscopy
  35    BI,       // Biomagnetic Imaging
  36    CF,       // Cinefluorography
  37    CP,       // Culposcopy
  38    CR,       // Computed Radiography
  39    CS,       // Cystoscopy
  40    CT,       // Computed Tomography
  41    DD,       // Duplex Dopler
  42    DF,       // Digital Fluoroscopy
  43    DG,       // Diaphanography
  44    DM,       // Digital Microscopy
  45    DS,       // Digital Substraction Angiography
  46    DX,       // Digital Radiography
  47    ECG,      // Echocardiography
  48    EPS,      // Basic Cardiac EP
  49    ES,       // Endoscopy
  50    FA,       // Fluorescein Angiography
  51    FS,       // Fundoscopy
  52    HC,       // Hard Copy
  53    HD,       // Hemodynamic
  54    LP,       // Laparoscopy
  55    LS,       // Laser Surface Scan
  56    MA,       // Magnetic Resonance Angiography
  57    MR,       // Magnetic Resonance
  58    NM,       // Nuclear Medicine
  59    OT,       // Other
  60    PT,       // Positron Emission Tomography
  61    RF,       // Radio Fluoroscopy
  62    RG,       // Radiographic Imaging
  63    RTDOSE,   // Radiotherapy Dose
  64    RTIMAGE,  // Radiotherapy Image
  65    RTPLAN,   // Radiotherapy Plan
  66    RTSTRUCT, // Radiotherapy Structure Set
  67    SM,       // Microscopic Imaging
  68    ST,       // Single-photon Emission Computed Tomography
  69    TG,       // Thermography
  70    US,       // Ultrasound
  71    VF,       // Videofluorography
  72    XA,       // X-Ray Angiography
  73    XC        // Photographic Imaging
  74 };
  75
  76 //-----------------------------------------------------------------------------
  77
  78 /**
  79  * \brief DICOM elements and their corresponding values (and
  80  * additionaly the corresponding DICOM dictionary entry) of the header
  81  * of a DICOM file.
  82  *
  83  * The typical usage of instances of class File is to classify a set of
  84  * dicom files according to header information e.g. to create a file hierarchy
  85  * reflecting the Patient/Study/Serie informations, or extracting a given
  86  * SerieId. Accessing the content (image[s] or volume[s]) is beyond the
  87  * functionality of this class and belongs to gdmcFile.
  88  * \note  The various entries of the explicit value representation (VR) shall
  89  *        be managed within a dictionary which is shared by all File
  90  *        instances.
  91  * \note  The File::Set*Tag* family members cannot be defined as
  92  *        protected due to Swig limitations for as Has_a dependency between
  93  *        File and FileHelper.
  94  */
  95 class GDCM_EXPORT File : public Document
  96 {
  97 public:
  98    File();
  99    File( std::string const &filename );
 100    ~File();
 101
 102    // Standard values and informations contained in the header
 103    bool IsReadable();
 104
 105    // Some heuristic based accessors, end user intended
 106    int GetImageNumber();
 107    ModalityType GetModality();
 108
 109    int GetXSize();
 110    int GetYSize();
 111    int GetZSize();
 112
 113    float GetXSpacing();
 114    float GetYSpacing();
 115    float GetZSpacing();
 116
 117    float GetXOrigin();
 118    float GetYOrigin();
 119    float GetZOrigin();
 120
 121    void GetImageOrientationPatient( float iop[6] );
 122
 123    int GetBitsStored();
 124    int GetBitsAllocated();
 125    int GetHighBitPosition();
 126    int GetSamplesPerPixel();
 127    int GetPlanarConfiguration();
 128    int GetPixelSize();
 129    std::string GetPixelType();
 130    bool IsSignedPixelData();
 131    bool IsMonochrome();
 132    bool IsMonochrome1();
 133    bool IsPaletteColor();
 134    bool IsYBRFull();
 135
 136    bool HasLUT();
 137    int GetLUTNbits();
 138
 139    // For rescaling graylevel:
 140    float GetRescaleIntercept();
 141    float GetRescaleSlope();
 142
 143    int GetNumberOfScalarComponents();
 144    int GetNumberOfScalarComponentsRaw();
 145
 146    /// Accessor to \ref File::GrPixel
 147    uint16_t GetGrPixel()  { return GrPixel; }
 148    /// Accessor to \ref File::NumPixel
 149    uint16_t GetNumPixel() { return NumPixel; }
 150
 151    size_t GetPixelOffset();
 152    size_t GetPixelAreaLength();
 153
 154    /// returns the RLE info
 155    RLEFramesInfo *GetRLEInfo() { return RLEInfo; }
 156    /// Returns the JPEG Fragments info
 157    JPEGFragmentsInfo *GetJPEGInfo() { return JPEGInfo; }
 158
 159 // Anonymization process
 160    void AddAnonymizeElement (uint16_t group, uint16_t elem,
 161                              std::string const &value);
 162    /// Clears the list of elements to be anonymized
 163    void ClearAnonymizeList() { AnonymizeList.clear(); }
 164    void AnonymizeNoLoad();
 165    /// Replace patient's own information by info from the Anonymization list
 166    bool AnonymizeFile();
 167
 168    bool Write(std::string fileName, FileType filetype);
 169
 170 protected:
 171
 172    /// Store the RLE frames info obtained during parsing of pixels.
 173    RLEFramesInfo *RLEInfo;
 174    /// Store the JPEG fragments info obtained during parsing of pixels.
 175    JPEGFragmentsInfo *JPEGInfo;
 176
 177    /// \brief In some cases (e.g. for some ACR-NEMA images) the Entry Element
 178    /// Number of the 'Pixel Element' is *not* found at 0x0010. In order to
 179    /// make things easier the parser shall store the proper value in
 180    /// NumPixel to provide a unique access facility.
 181    uint16_t NumPixel;
 182    /// \brief In some cases (e.g. for some ACR-NEMA images) the header entry for
 183    /// the group of pixels is *not* found at 0x7fe0.
 184    /// In order to make things easier the parser shall store the proper value
 185    /// in GrPixel to provide a unique access facility.
 186    uint16_t GrPixel;
 187
 188 private:
 189    void ComputeRLEInfo();
 190    void ComputeJPEGFragmentInfo();
 191    bool     ReadTag(uint16_t, uint16_t);
 192    uint32_t ReadTagLength(uint16_t, uint16_t);
 193    void ReadAndSkipEncapsulatedBasicOffsetTable();
 194
 195 };
 196 } // end namespace gdcm
 197
 198 //-----------------------------------------------------------------------------
 199 #endif