src/gdcmFile.h

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: gdcmFile.h,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2004/11/23 11:14:13 $
   7   Version:   $Revision: 1.73 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #ifndef GDCMFILE_H
  20 #define GDCMFILE_H
  21
  22 #include "gdcmCommon.h"
  23 #include "gdcmHeader.h"
  24 #include "gdcmPixelConvert.h"
  25 #include "gdcmDocEntryArchive.h"
  26
  27 namespace gdcm
  28 {
  29 //-----------------------------------------------------------------------------
  30 /*
  31  * In addition to Dicom header exploration, this class is designed
  32  * for accessing the image/volume content. One can also use it to
  33  * write Dicom/ACR-NEMA/RAW files.
  34  */
  35 class GDCM_EXPORT File
  36 {
  37 public:
  38    enum TWriteMode
  39    {
  40       WMODE_NATIVE,
  41       WMODE_DECOMPRESSED,
  42       WMODE_RGB
  43    };
  44
  45    enum TWriteType
  46    {
  47       WTYPE_IMPL_VR,
  48       WTYPE_EXPL_VR,
  49       WTYPE_ACR
  50    };
  51
  52 public:
  53    File( Header* header );
  54    File( std::string const& filename );
  55
  56    virtual ~File();
  57
  58    /// Accessor to \ref Header
  59    Header* GetHeader() { return HeaderInternal; }
  60
  61    /// Accessor to \ref ImageDataSize
  62    size_t GetImageDataSize() { return ImageDataSize; };
  63
  64    /// Accessor to \ref ImageDataSizeRaw
  65    size_t GetImageDataSizeRaw() { return ImageDataSizeRaw; };
  66
  67    /// Accessor to \ref PixelConverter
  68    PixelConvert* GetPixelConverter() { return PixelConverter; };
  69
  70    uint8_t* GetImageData();
  71    size_t GetImageDataIntoVector(void* destination, size_t maxSize);
  72    uint8_t* GetImageDataRaw();
  73
  74    // see also Header::SetImageDataSize ?!?
  75    bool SetImageData (uint8_t* data, size_t expectedSize);
  76
  77    // Write pixels of ONE image on hard drive
  78    // No test is made on processor "endianity"
  79    // The user must call his reader correctly
  80    bool WriteRawData  (std::string const& fileName);
  81    bool WriteDcmImplVR(std::string const& fileName);
  82    bool WriteDcmExplVR(std::string const& fileName);
  83    bool WriteAcr      (std::string const& fileName);
  84    bool Write(std::string const& fileName);
  85
  86    virtual bool SetEntryByNumber(std::string const& content,
  87                                  uint16_t group, uint16_t element)
  88    {
  89       HeaderInternal->SetEntryByNumber(content,group,element);
  90       return true;
  91    }
  92    uint8_t* GetLutRGBA();
  93
  94    // Write mode
  95    void SetWriteModeToNative()          { SetWriteMode(WMODE_NATIVE); };
  96    void SetWriteModeToDecompressed()    { SetWriteMode(WMODE_DECOMPRESSED); };
  97    void SetWriteModeToRGB()             { SetWriteMode(WMODE_RGB); };
  98    void SetWriteMode(unsigned int mode) { WriteMode = mode; };
  99    unsigned int GetWriteMode()          { return WriteMode; };
 100
 101    // Write format
 102    void SetWriteTypeToDcmImplVR()         { SetWriteType(WTYPE_EXPL_VR); };
 103    void SetWriteTypeToDcmExplVR()         { SetWriteType(WTYPE_EXPL_VR); };
 104    void SetWriteTypeToAcr()               { SetWriteType(WTYPE_ACR); };
 105    void SetWriteType(unsigned int format) { WriteType = format; };
 106    unsigned int GetWriteType()            { return WriteType; };
 107
 108 protected:
 109    bool WriteBase(std::string const& fileName, FileType type);
 110
 111    void SetWriteToNative();
 112    void SetWriteToDecompressed();
 113    void SetWriteToRGB();
 114    void RestoreWrite();
 115
 116    void SetWriteToLibido();
 117    void RestoreWriteFromLibido();
 118
 119    ValEntry* CopyValEntry(uint16_t group,uint16_t element);
 120    BinEntry* CopyBinEntry(uint16_t group,uint16_t element);
 121
 122 private:
 123    void Initialise();
 124
 125    void SaveInitialValues();    // will belong to the future PixelData class
 126    void RestoreInitialValues(); // will belong to the future PixelData class
 127    void DeleteInitialValues();  // will belong to the future PixelData class
 128    uint8_t* GetDecompressed();
 129    int ComputeDecompressedPixelDataSizeFromHeader();
 130
 131 private:
 132    void SetPixelData(uint8_t* data);
 133
 134 // members variables:
 135
 136    /// Header to use to load the file
 137    Header *HeaderInternal;
 138
 139    /// \brief Whether the underlying \ref Header was loaded by
 140    ///  the constructor or passed to the constructor. When false
 141    ///  the destructor is in charge of deletion.
 142    bool SelfHeader;
 143
 144    /// Wether already parsed or not
 145    bool Parsed;
 146
 147    /// Utility pixel converter
 148    PixelConvert* PixelConverter;
 149
 150    // Utility header archive
 151    DocEntryArchive *Archive;
 152
 153    // Write variables
 154    unsigned int WriteMode;
 155    unsigned int WriteType;
 156
 157 /// FIXME
 158 // --------------- Will be moved to a PixelData class
 159 //
 160
 161    /// \brief to hold the Pixels (when read)
 162    uint8_t* Pixel_Data;  // (was PixelData)
 163
 164    /// \brief Size (in bytes) of required memory to hold the Gray Level pixels
 165    ///        represented in this file. This is used when the user DOESN'T want
 166    ///        the RGB pixels image when it's stored as a PALETTE COLOR image
 167    size_t ImageDataSizeRaw;
 168
 169    /// \brief Size (in bytes) of requited memory to hold the the pixels
 170    ///        of this image in it's RGB convertion either from:
 171    ///        - Plane R, Plane G, Plane B
 172    ///        - Grey Plane + Palette Color
 173    ///        - YBR Pixels (or from RGB Pixels, as well)
 174    size_t ImageDataSize;
 175
 176   /// \brief ==1  if GetImageDataRaw was used
 177   ///        ==0  if GetImageData    was used
 178   ///        ==-1 if ImageData never read
 179    int PixelRead;
 180
 181   /// \brief length of the last allocated area devoided to receive Pixels
 182   ///        ( to allow us not to (free + new) if un necessary )
 183    size_t LastAllocatedPixelDataLength;
 184
 185   // Initial values of some fields that can be modified during reading process
 186   // if user asked to transform gray level + LUT image into RGB image
 187
 188   /// \brief Samples Per Pixel           (0x0028,0x0002), as found on disk
 189    std::string InitialSpp;
 190   /// \brief Photometric Interpretation  (0x0028,0x0004), as found on disk
 191    std::string InitialPhotInt;
 192   /// \brief Planar Configuration        (0x0028,0x0006), as found on disk
 193    std::string InitialPlanConfig;
 194
 195   // Initial values of some fields that can be modified during reading process
 196   // if the image was a 'strange' ACR-NEMA
 197   // (Bits Allocated=12, High Bit not equal to Bits stored +1)
 198   /// \brief Bits Allocated              (0x0028,0x0100), as found on disk
 199    std::string InitialBitsAllocated;
 200   /// \brief High Bit                    (0x0028,0x0102), as found on disk
 201    std::string InitialHighBit;
 202
 203   // some DocEntry that can be moved out of the H table during reading process
 204   // if user asked to transform gray level + LUT image into RGB image
 205   // We keep a pointer on them for a future use.
 206
 207   /// \brief Red Palette Color Lookup Table Descriptor   0028 1101 as read
 208   DocEntry* InitialRedLUTDescr;
 209   /// \brief Green Palette Color Lookup Table Descriptor 0028 1102 as read
 210   DocEntry* InitialGreenLUTDescr;
 211   /// \brief Blue Palette Color Lookup Table Descriptor  0028 1103 as read
 212   DocEntry* InitialBlueLUTDescr;
 213
 214   /// \brief Red Palette Color Lookup Table Data         0028 1201 as read
 215   DocEntry* InitialRedLUTData;
 216   /// \brief Green Palette Color Lookup Table Data       0028 1202 as read
 217   DocEntry* InitialGreenLUTData;
 218   /// \brief Blue Palette Color Lookup Table Data        0028 1203 as read
 219   DocEntry* InitialBlueLUTData;
 220
 221 //
 222 // --------------- end of future PixelData class
 223 //
 224
 225 };
 226 } // end namespace gdcm
 227
 228 //-----------------------------------------------------------------------------
 229 #endif