src/gdcmFileHelper.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: gdcmFileHelper.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/02/21 17:45:41 $
   7   Version:   $Revision: 1.18 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #include "gdcmFileHelper.h"
  20 #include "gdcmGlobal.h"
  21 #include "gdcmTS.h"
  22 #include "gdcmDocument.h"
  23 #include "gdcmDebug.h"
  24 #include "gdcmUtil.h"
  25 #include "gdcmBinEntry.h"
  26 #include "gdcmValEntry.h"
  27 #include "gdcmSeqEntry.h"
  28 #include "gdcmSQItem.h"
  29 #include "gdcmContentEntry.h"
  30 #include "gdcmFile.h"
  31 #include "gdcmPixelReadConvert.h"
  32 #include "gdcmPixelWriteConvert.h"
  33 #include "gdcmDocEntryArchive.h"
  34 #include "gdcmDictSet.h"
  35
  36 #include <fstream>
  37
  38
  39 namespace gdcm
  40 {
  41 //-------------------------------------------------------------------------
  42 // Constructor / Destructor
  43 /**
  44  * \brief Constructor dedicated to deal with the *pixels* area of a ACR/DICOMV3
  45  *        file (gdcm::File only deals with the ... header)
  46  *        Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
  47  *        for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
  48  *        It will be up to the user to load the pixels into memory
  49  * \note  the in-memory representation of all available tags found in
  50  *        the DICOM header is post-poned to first header information access.
  51  *        This avoid a double parsing of public part of the header when
  52  *        one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
  53  *        seen as a side effect).
  54  */
  55 FileHelper::FileHelper( )
  56 {
  57    FileInternal = new File( );
  58    SelfHeader = true;
  59    Initialize();
  60 }
  61
  62 /**
  63  * \brief Constructor dedicated to deal with the *pixels* area of a ACR/DICOMV3
  64  *        file (File only deals with the ... header)
  65  *        Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
  66  *        for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
  67  *        It will be up to the user to load the pixels into memory
  68  * \note  the in-memory representation of all available tags found in
  69  *        the DICOM header is post-poned to first header information access.
  70  *        This avoid a double parsing of public part of the header when
  71  *        user sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
  72  *        seen as a side effect).
  73  * @param header already built Header
  74  */
  75 FileHelper::FileHelper(File *header)
  76 {
  77    FileInternal = header;
  78    SelfHeader = false;
  79    Initialize();
  80 }
  81
  82 /**
  83  * \brief Constructor dedicated to deal with the *pixels* area of a ACR/DICOMV3
  84  *        file (gdcm::File only deals with the ... header)
  85  *        Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
  86  *        for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
  87  *        It will be up to the user to load the pixels into memory
  88  * \note  the in-memory representation of all available tags found in
  89  *        the DICOM header is post-poned to first header information access.
  90  *        This avoid a double parsing of public part of the header when
  91  *        one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
  92  *        seen as a side effect).
  93  * @param filename file to be opened for parsing
  94  */
  95 FileHelper::FileHelper(std::string const &filename )
  96 {
  97    FileInternal = new File( filename );
  98    SelfHeader = true;
  99    Initialize();
 100 }
 101
 102 /**
 103  * \brief canonical destructor
 104  * \note  If the header (gdcm::File) was created by the FileHelper constructor,
 105  *        it is destroyed by the FileHelper
 106  */
 107 FileHelper::~FileHelper()
 108 {
 109    if( PixelReadConverter )
 110    {
 111       delete PixelReadConverter;
 112    }
 113    if( PixelWriteConverter )
 114    {
 115       delete PixelWriteConverter;
 116    }
 117    if( Archive )
 118    {
 119       delete Archive;
 120    }
 121
 122    if( SelfHeader )
 123    {
 124       delete FileInternal;
 125    }
 126    FileInternal = 0;
 127 }
 128
 129 //-----------------------------------------------------------------------------
 130 // Public
 131 /**
 132  * \brief   Accesses an existing DocEntry (i.e. a Dicom Element)
 133  *          through it's (group, element) and modifies it's content with
 134  *          the given value.
 135  * @param   content new value (string) to substitute with
 136  * @param   group  group number of the Dicom Element to modify
 137  * @param   elem element number of the Dicom Element to modify
 138  * \return  false if DocEntry not found
 139  */
 140 bool FileHelper::SetValEntry(std::string const &content,
 141                              uint16_t group, uint16_t elem)
 142 {
 143    return FileInternal->SetValEntry(content, group, elem);
 144 }
 145
 146
 147 /**
 148  * \brief   Accesses an existing DocEntry (i.e. a Dicom Element)
 149  *          through it's (group, element) and modifies it's content with
 150  *          the given value.
 151  * @param   content new value (void*  -> uint8_t*) to substitute with
 152  * @param   lgth new value length
 153  * @param   group  group number of the Dicom Element to modify
 154  * @param   elem element number of the Dicom Element to modify
 155  * \return  false if DocEntry not found
 156  */
 157 bool FileHelper::SetBinEntry(uint8_t *content, int lgth,
 158                              uint16_t group, uint16_t elem)
 159 {
 160    return FileInternal->SetBinEntry(content, lgth, group, elem);
 161 }
 162
 163 /**
 164  * \brief   Modifies the value of a given DocEntry (Dicom entry)
 165  *          when it exists. Creates it with the given value when unexistant.
 166  * @param   content (string)value to be set
 167  * @param   group   Group number of the Entry
 168  * @param   elem  Element number of the Entry
 169  * \return  pointer to the modified/created Dicom entry (NULL when creation
 170  *          failed).
 171  */
 172 ValEntry *FileHelper::InsertValEntry(std::string const &content,
 173                                      uint16_t group, uint16_t elem)
 174 {
 175    return FileInternal->InsertValEntry(content,group,elem);
 176 }
 177
 178 /**
 179  * \brief   Modifies the value of a given DocEntry (Dicom entry)
 180  *          when it exists. Creates it with the given value when unexistant.
 181  *          A copy of the binArea is made to be kept in the Document.
 182  * @param   binArea (binary)value to be set
 183  * @param   lgth new value length
 184  * @param   group   Group number of the Entry
 185  * @param   elem  Element number of the Entry
 186  * \return  pointer to the modified/created Dicom entry (NULL when creation
 187  *          failed).
 188  */
 189 BinEntry *FileHelper::InsertBinEntry(uint8_t *binArea, int lgth,
 190                                      uint16_t group, uint16_t elem)
 191 {
 192    return FileInternal->InsertBinEntry(binArea, lgth, group, elem);
 193 }
 194
 195 /**
 196  * \brief   Modifies the value of a given DocEntry (Dicom entry)
 197  *          when it exists. Creates it, empty (?!) when unexistant.
 198  * @param   group   Group number of the Entry
 199  * @param   elem  Element number of the Entry
 200  * \return  pointer to the modified/created Dicom entry (NULL when creation
 201  *          failed).
 202  */
 203 SeqEntry *FileHelper::InsertSeqEntry(uint16_t group, uint16_t elem)
 204 {
 205    return FileInternal->InsertSeqEntry(group, elem);
 206 }
 207
 208 /**
 209  * \brief   Get the size of the image data
 210  *          If the image can be RGB (with a lut or by default), the size
 211  *          corresponds to the RGB image
 212  *         (use GetImageDataRawSize if you want to be sure to get *only*
 213  *          the size of the pixels)
 214  * @return  The image size
 215  */
 216 size_t FileHelper::GetImageDataSize()
 217 {
 218    if ( PixelWriteConverter->GetUserData() )
 219    {
 220       return PixelWriteConverter->GetUserDataSize();
 221    }
 222
 223    return PixelReadConverter->GetRGBSize();
 224 }
 225
 226 /**
 227  * \brief   Get the size of the image data
 228  *          If the image could be converted to RGB using a LUT,
 229  *          this transformation is not taken into account by GetImageDataRawSize
 230  *          (use GetImageDataSize if you wish)
 231  * @return  The raw image size
 232  */
 233 size_t FileHelper::GetImageDataRawSize()
 234 {
 235    if ( PixelWriteConverter->GetUserData() )
 236    {
 237       return PixelWriteConverter->GetUserDataSize();
 238    }
 239
 240    return PixelReadConverter->GetRawSize();
 241 }
 242
 243 /**
 244  * \brief   - Allocates necessary memory,
 245  *          - Reads the pixels from disk (uncompress if necessary),
 246  *          - Transforms YBR pixels, if any, into RGB pixels,
 247  *          - Transforms 3 planes R, G, B, if any, into a single RGB Plane
 248  *          - Transforms single Grey plane + 3 Palettes into a RGB Plane
 249  *          - Copies the pixel data (image[s]/volume[s]) to newly allocated zone.
 250  * @return  Pointer to newly allocated pixel data.
 251  *          NULL if alloc fails
 252  */
 253 uint8_t *FileHelper::GetImageData()
 254 {
 255    if ( PixelWriteConverter->GetUserData() )
 256    {
 257       return PixelWriteConverter->GetUserData();
 258    }
 259
 260    if ( ! GetRaw() )
 261    {
 262       // If the decompression failed nothing can be done.
 263       return 0;
 264    }
 265
 266    if ( FileInternal->HasLUT() && PixelReadConverter->BuildRGBImage() )
 267    {
 268       return PixelReadConverter->GetRGB();
 269    }
 270    else
 271    {
 272       // When no LUT or LUT conversion fails, return the Raw
 273       return PixelReadConverter->GetRaw();
 274    }
 275 }
 276
 277 /**
 278  * \brief   Allocates necessary memory,
 279  *          Transforms YBR pixels (if any) into RGB pixels
 280  *          Transforms 3 planes R, G, B  (if any) into a single RGB Plane
 281  *          Copies the pixel data (image[s]/volume[s]) to newly allocated zone.
 282  *          DOES NOT transform Grey plane + 3 Palettes into a RGB Plane
 283  * @return  Pointer to newly allocated pixel data.
 284  *          NULL if alloc fails
 285  */
 286 uint8_t *FileHelper::GetImageDataRaw ()
 287 {
 288    return GetRaw();
 289 }
 290
 291 /**
 292  * \brief
 293  *          Read the pixels from disk (uncompress if necessary),
 294  *          Transforms YBR pixels, if any, into RGB pixels
 295  *          Transforms 3 planes R, G, B, if any, into a single RGB Plane
 296  *          Transforms single Grey plane + 3 Palettes into a RGB Plane
 297  *          Copies at most MaxSize bytes of pixel data to caller allocated
 298  *          memory space.
 299  * \warning This function allows people that want to build a volume
 300  *          from an image stack *not to* have, first to get the image pixels,
 301  *          and then move them to the volume area.
 302  *          It's absolutely useless for any VTK user since vtk chooses
 303  *          to invert the lines of an image, that is the last line comes first
 304  *          (for some axis related reasons?). Hence he will have
 305  *          to load the image line by line, starting from the end.
 306  *          VTK users have to call GetImageData
 307  *
 308  * @param   destination Address (in caller's memory space) at which the
 309  *          pixel data should be copied
 310  * @param   maxSize Maximum number of bytes to be copied. When MaxSize
 311  *          is not sufficient to hold the pixel data the copy is not
 312  *          executed (i.e. no partial copy).
 313  * @return  On success, the number of bytes actually copied. Zero on
 314  *          failure e.g. MaxSize is lower than necessary.
 315  */
 316 size_t FileHelper::GetImageDataIntoVector (void *destination, size_t maxSize)
 317 {
 318    if ( ! GetRaw() )
 319    {
 320       // If the decompression failed nothing can be done.
 321       return 0;
 322    }
 323
 324    if ( FileInternal->HasLUT() && PixelReadConverter->BuildRGBImage() )
 325    {
 326       if ( PixelReadConverter->GetRGBSize() > maxSize )
 327       {
 328          gdcmWarningMacro( "Pixel data bigger than caller's expected MaxSize");
 329          return 0;
 330       }
 331       memcpy( destination,
 332               (void*)PixelReadConverter->GetRGB(),
 333               PixelReadConverter->GetRGBSize() );
 334       return PixelReadConverter->GetRGBSize();
 335    }
 336
 337    // Either no LUT conversion necessary or LUT conversion failed
 338    if ( PixelReadConverter->GetRawSize() > maxSize )
 339    {
 340       gdcmWarningMacro( "Pixel data bigger than caller's expected MaxSize");
 341       return 0;
 342    }
 343    memcpy( destination,
 344            (void*)PixelReadConverter->GetRaw(),
 345            PixelReadConverter->GetRawSize() );
 346    return PixelReadConverter->GetRawSize();
 347 }
 348
 349 /**
 350  * \brief   Points the internal pointer to the callers inData
 351  *          image representation, BUT WITHOUT COPYING THE DATA.
 352  *          'image' Pixels are presented as C-like 2D arrays : line per line.
 353  *          'volume'Pixels are presented as C-like 3D arrays : plane per plane
 354  * \warning Since the pixels are not copied, it is the caller's responsability
 355  *          not to deallocate its data before gdcm uses them (e.g. with
 356  *          the Write() method )
 357  * @param inData user supplied pixel area (uint8_t* is just for the compiler.
 358  *               user is allowed to pass any kind of pixelsn since the size is
 359  *               given in bytes)
 360  * @param expectedSize total image size, *in Bytes*
 361  */
 362 void FileHelper::SetImageData(uint8_t *inData, size_t expectedSize)
 363 {
 364    SetUserData(inData, expectedSize);
 365 }
 366
 367 /**
 368  * \brief   Set the image data defined by the user
 369  * \warning When writting the file, this data are get as default data to write
 370  * @param inData user supplied pixel area (uint8_t* is just for the compiler.
 371  *               user is allowed to pass any kind of pixels since the size is
 372  *               given in bytes)
 373  * @param expectedSize total image size, *in Bytes*
 374  */
 375 void FileHelper::SetUserData(uint8_t *inData, size_t expectedSize)
 376 {
 377    PixelWriteConverter->SetUserData(inData, expectedSize);
 378 }
 379
 380 /**
 381  * \brief   Get the image data defined by the user
 382  * \warning When writting the file, this data are get as default data to write
 383  */
 384 uint8_t *FileHelper::GetUserData()
 385 {
 386    return PixelWriteConverter->GetUserData();
 387 }
 388
 389 /**
 390  * \brief   Get the image data size defined by the user
 391  * \warning When writting the file, this data are get as default data to write
 392  */
 393 size_t FileHelper::GetUserDataSize()
 394 {
 395    return PixelWriteConverter->GetUserDataSize();
 396 }
 397
 398 /**
 399  * \brief   Get the image data from the file.
 400  *          If a LUT is found, the data are expanded to be RGB
 401  */
 402 uint8_t *FileHelper::GetRGBData()
 403 {
 404    return PixelReadConverter->GetRGB();
 405 }
 406
 407 /**
 408  * \brief   Get the image data size from the file.
 409  *          If a LUT is found, the data are expanded to be RGB
 410  */
 411 size_t FileHelper::GetRGBDataSize()
 412 {
 413    return PixelReadConverter->GetRGBSize();
 414 }
 415
 416 /**
 417  * \brief   Get the image data from the file.
 418  *          Even when a LUT is found, the data are not expanded to RGB!
 419  */
 420 uint8_t *FileHelper::GetRawData()
 421 {
 422    return PixelReadConverter->GetRaw();
 423 }
 424
 425 /**
 426  * \brief   Get the image data size from the file.
 427  *          Even when a LUT is found, the data are not expanded to RGB!
 428  */
 429 size_t FileHelper::GetRawDataSize()
 430 {
 431    return PixelReadConverter->GetRawSize();
 432 }
 433
 434 /**
 435  * \brief Access to the underlying \ref PixelReadConverter RGBA LUT
 436  */
 437 uint8_t* FileHelper::GetLutRGBA()
 438 {
 439    return PixelReadConverter->GetLutRGBA();
 440 }
 441
 442 /**
 443  * \brief Writes on disk A SINGLE Dicom file
 444  *        NO test is performed on  processor "Endiannity".
 445  *        It's up to the user to call his Reader properly
 446  * @param fileName name of the file to be created
 447  *                 (any already existing file is over written)
 448  * @return false if write fails
 449  */
 450 bool FileHelper::WriteRawData(std::string const &fileName)
 451 {
 452   std::ofstream fp1(fileName.c_str(), std::ios::out | std::ios::binary );
 453    if (!fp1)
 454    {
 455       gdcmWarningMacro( "Fail to open (write) file:" << fileName.c_str());
 456       return false;
 457    }
 458
 459    if( PixelWriteConverter->GetUserData() )
 460    {
 461       fp1.write( (char*)PixelWriteConverter->GetUserData(),
 462                  PixelWriteConverter->GetUserDataSize() );
 463    }
 464    else if ( PixelReadConverter->GetRGB() )
 465    {
 466       fp1.write( (char*)PixelReadConverter->GetRGB(),
 467                  PixelReadConverter->GetRGBSize());
 468    }
 469    else if ( PixelReadConverter->GetRaw() )
 470    {
 471       fp1.write( (char*)PixelReadConverter->GetRaw(),
 472                  PixelReadConverter->GetRawSize());
 473    }
 474    else
 475    {
 476       gdcmErrorMacro( "Nothing written." );
 477    }
 478
 479    fp1.close();
 480
 481    return true;
 482 }
 483
 484 /**
 485  * \brief Writes on disk A SINGLE Dicom file,
 486  *        using the Implicit Value Representation convention
 487  *        NO test is performed on  processor "Endiannity".
 488  * @param fileName name of the file to be created
 489  *                 (any already existing file is overwritten)
 490  * @return false if write fails
 491  */
 492
 493 bool FileHelper::WriteDcmImplVR (std::string const &fileName)
 494 {
 495    SetWriteTypeToDcmImplVR();
 496    return Write(fileName);
 497 }
 498
 499 /**
 500 * \brief Writes on disk A SINGLE Dicom file,
 501  *        using the Explicit Value Representation convention
 502  *        NO test is performed on  processor "Endiannity".
 503  * @param fileName name of the file to be created
 504  *                 (any already existing file is overwritten)
 505  * @return false if write fails
 506  */
 507
 508 bool FileHelper::WriteDcmExplVR (std::string const &fileName)
 509 {
 510    SetWriteTypeToDcmExplVR();
 511    return Write(fileName);
 512 }
 513
 514 /**
 515  * \brief Writes on disk A SINGLE Dicom file,
 516  *        using the ACR-NEMA convention
 517  *        NO test is performed on  processor "Endiannity".
 518  *        (a l'attention des logiciels cliniques
 519  *        qui ne prennent en entrée QUE des images ACR ...
 520  * \warning if a DICOM_V3 header is supplied,
 521  *         groups < 0x0008 and shadow groups are ignored
 522  * \warning NO TEST is performed on processor "Endiannity".
 523  * @param fileName name of the file to be created
 524  *                 (any already existing file is overwritten)
 525  * @return false if write fails
 526  */
 527
 528 bool FileHelper::WriteAcr (std::string const &fileName)
 529 {
 530    SetWriteTypeToAcr();
 531    return Write(fileName);
 532 }
 533
 534 /**
 535  * \brief Writes on disk A SINGLE Dicom file,
 536  * @param fileName name of the file to be created
 537  *                 (any already existing file is overwritten)
 538  * @return false if write fails
 539  */
 540 bool FileHelper::Write(std::string const &fileName)
 541 {
 542    switch(WriteType)
 543    {
 544       case ImplicitVR:
 545          SetWriteFileTypeToImplicitVR();
 546          CheckMandatoryElements();
 547          break;
 548       case ExplicitVR:
 549          SetWriteFileTypeToExplicitVR();
 550          CheckMandatoryElements();
 551          break;
 552       case ACR:
 553       case ACR_LIBIDO:
 554          SetWriteFileTypeToACR();
 555          break;
 556       default:
 557          SetWriteFileTypeToExplicitVR();
 558          CheckMandatoryElements();
 559    }
 560
 561    // --------------------------------------------------------------
 562    // Special Patch to allow gdcm to re-write ACR-LibIDO formated images
 563    //
 564    // if recognition code tells us we dealt with a LibIDO image
 565    // we reproduce on disk the switch between lineNumber and columnNumber
 566    // just before writting ...
 567    /// \todo the best trick would be *change* the recognition code
 568    ///       but pb expected if user deals with, e.g. COMPLEX images
 569    if( WriteType == ACR_LIBIDO )
 570    {
 571       SetWriteToLibido();
 572    }
 573    else
 574    {
 575       SetWriteToNoLibido();
 576    }
 577    // ----------------- End of Special Patch ----------------
 578
 579    switch(WriteMode)
 580    {
 581       case WMODE_RAW :
 582          SetWriteToRaw(); // modifies and pushes to the archive, when necessary
 583          break;
 584       case WMODE_RGB :
 585          SetWriteToRGB(); // modifies and pushes to the archive, when necessary
 586          break;
 587    }
 588
 589    bool check = CheckWriteIntegrity(); // verifies length
 590    if(check)
 591    {
 592       check = FileInternal->Write(fileName,WriteType);
 593    }
 594
 595    RestoreWrite();
 596    RestoreWriteFileType();
 597
 598    // --------------------------------------------------------------
 599    // Special Patch to allow gdcm to re-write ACR-LibIDO formated images
 600    //
 601    // ...and we restore the header to be Dicom Compliant again
 602    // just after writting
 603    RestoreWriteOfLibido();
 604    // ----------------- End of Special Patch ----------------
 605
 606    return check;
 607 }
 608
 609 //-----------------------------------------------------------------------------
 610 // Protected
 611 /**
 612  * \brief Checks the write integrity
 613  *
 614  * The tests made are :
 615  *  - verify the size of the image to write with the possible write
 616  *    when the user set an image data
 617  * @return true if check is successfull
 618  */
 619 bool FileHelper::CheckWriteIntegrity()
 620 {
 621    if(PixelWriteConverter->GetUserData())
 622    {
 623       int numberBitsAllocated = FileInternal->GetBitsAllocated();
 624       if ( numberBitsAllocated == 0 || numberBitsAllocated == 12 )
 625       {
 626          numberBitsAllocated = 16;
 627       }
 628
 629       size_t decSize = FileInternal->GetXSize()
 630                     * FileInternal->GetYSize()
 631                     * FileInternal->GetZSize()
 632                     * ( numberBitsAllocated / 8 )
 633                     * FileInternal->GetSamplesPerPixel();
 634       size_t rgbSize = decSize;
 635       if( FileInternal->HasLUT() )
 636          rgbSize = decSize * 3;
 637
 638       switch(WriteMode)
 639       {
 640          case WMODE_RAW :
 641             if( decSize!=PixelWriteConverter->GetUserDataSize() )
 642             {
 643                gdcmWarningMacro( "Data size (Raw) is incorrect. Should be "
 644                            << decSize << " / Found :"
 645                            << PixelWriteConverter->GetUserDataSize() );
 646                return false;
 647             }
 648             break;
 649          case WMODE_RGB :
 650             if( rgbSize!=PixelWriteConverter->GetUserDataSize() )
 651             {
 652                gdcmWarningMacro( "Data size (RGB) is incorrect. Should be "
 653                           << decSize << " / Found "
 654                           << PixelWriteConverter->GetUserDataSize() );
 655                return false;
 656             }
 657             break;
 658       }
 659    }
 660
 661    return true;
 662 }
 663
 664 /**
 665  * \brief Updates the File to write RAW data (as opposed to RGB data)
 666  *       (modifies, when necessary, photochromatic interpretation,
 667  *       bits allocated, Pixels element VR)
 668  */
 669 void FileHelper::SetWriteToRaw()
 670 {
 671    if( FileInternal->GetNumberOfScalarComponents() == 3
 672     && !FileInternal->HasLUT())
 673    {
 674       SetWriteToRGB();
 675    }
 676    else
 677    {
 678       ValEntry *photInt = CopyValEntry(0x0028,0x0004);
 679       if(FileInternal->HasLUT())
 680       {
 681          photInt->SetValue("PALETTE COLOR ");
 682       }
 683       else
 684       {
 685          photInt->SetValue("MONOCHROME2 ");
 686       }
 687
 688       PixelWriteConverter->SetReadData(PixelReadConverter->GetRaw(),
 689                                        PixelReadConverter->GetRawSize());
 690
 691       std::string vr = "OB";
 692       if( FileInternal->GetBitsAllocated()>8 )
 693          vr = "OW";
 694       if( FileInternal->GetBitsAllocated()==24 ) // For RGB ACR files
 695          vr = "OB";
 696       BinEntry *pixel =
 697          CopyBinEntry(GetFile()->GetGrPixel(),GetFile()->GetNumPixel(),vr);
 698       pixel->SetValue(GDCM_BINLOADED);
 699       pixel->SetBinArea(PixelWriteConverter->GetData(),false);
 700       pixel->SetLength(PixelWriteConverter->GetDataSize());
 701
 702       Archive->Push(photInt);
 703       Archive->Push(pixel);
 704    }
 705 }
 706
 707 /**
 708  * \brief Updates the File to write RGB data (as opposed to RAW data)
 709  *       (modifies, when necessary, photochromatic interpretation,
 710  *       samples per pixel, Planar configuration,
 711  *       bits allocated, bits stored, high bit -ACR 24 bits-
 712  *       Pixels element VR, pushes out the LUT, )
 713  */
 714 void FileHelper::SetWriteToRGB()
 715 {
 716    if(FileInternal->GetNumberOfScalarComponents()==3)
 717    {
 718       PixelReadConverter->BuildRGBImage();
 719
 720       ValEntry *spp = CopyValEntry(0x0028,0x0002);
 721       spp->SetValue("3 ");
 722
 723       ValEntry *planConfig = CopyValEntry(0x0028,0x0006);
 724       planConfig->SetValue("0 ");
 725
 726       ValEntry *photInt = CopyValEntry(0x0028,0x0004);
 727       photInt->SetValue("RGB ");
 728
 729       if(PixelReadConverter->GetRGB())
 730       {
 731          PixelWriteConverter->SetReadData(PixelReadConverter->GetRGB(),
 732                                           PixelReadConverter->GetRGBSize());
 733       }
 734       else // Raw data
 735       {
 736          PixelWriteConverter->SetReadData(PixelReadConverter->GetRaw(),
 737                                           PixelReadConverter->GetRawSize());
 738       }
 739
 740       std::string vr = "OB";
 741       if( FileInternal->GetBitsAllocated()>8 )
 742          vr = "OW";
 743       if( FileInternal->GetBitsAllocated()==24 ) // For RGB ACR files
 744          vr = "OB";
 745       BinEntry *pixel =
 746          CopyBinEntry(GetFile()->GetGrPixel(),GetFile()->GetNumPixel(),vr);
 747       pixel->SetValue(GDCM_BINLOADED);
 748       pixel->SetBinArea(PixelWriteConverter->GetData(),false);
 749       pixel->SetLength(PixelWriteConverter->GetDataSize());
 750
 751       Archive->Push(spp);
 752       Archive->Push(planConfig);
 753       Archive->Push(photInt);
 754       Archive->Push(pixel);
 755
 756       // Remove any LUT
 757       Archive->Push(0x0028,0x1101);
 758       Archive->Push(0x0028,0x1102);
 759       Archive->Push(0x0028,0x1103);
 760       Archive->Push(0x0028,0x1201);
 761       Archive->Push(0x0028,0x1202);
 762       Archive->Push(0x0028,0x1203);
 763
 764       // For old '24 Bits' ACR-NEMA
 765       // Thus, we have a RGB image and the bits allocated = 24 and
 766       // samples per pixels = 1 (in the read file)
 767       if(FileInternal->GetBitsAllocated()==24)
 768       {
 769          ValEntry *bitsAlloc = CopyValEntry(0x0028,0x0100);
 770          bitsAlloc->SetValue("8 ");
 771
 772          ValEntry *bitsStored = CopyValEntry(0x0028,0x0101);
 773          bitsStored->SetValue("8 ");
 774
 775          ValEntry *highBit = CopyValEntry(0x0028,0x0102);
 776          highBit->SetValue("7 ");
 777
 778          Archive->Push(bitsAlloc);
 779          Archive->Push(bitsStored);
 780          Archive->Push(highBit);
 781       }
 782    }
 783    else
 784    {
 785       SetWriteToRaw();
 786    }
 787 }
 788
 789 /**
 790  * \brief Restore the File write mode
 791  */
 792 void FileHelper::RestoreWrite()
 793 {
 794    Archive->Restore(0x0028,0x0002);
 795    Archive->Restore(0x0028,0x0004);
 796    Archive->Restore(0x0028,0x0006);
 797    Archive->Restore(GetFile()->GetGrPixel(),GetFile()->GetNumPixel());
 798
 799    // For old ACR-NEMA (24 bits problem)
 800    Archive->Restore(0x0028,0x0100);
 801    Archive->Restore(0x0028,0x0101);
 802    Archive->Restore(0x0028,0x0102);
 803
 804    // For the LUT
 805    Archive->Restore(0x0028,0x1101);
 806    Archive->Restore(0x0028,0x1102);
 807    Archive->Restore(0x0028,0x1103);
 808    Archive->Restore(0x0028,0x1201);
 809    Archive->Restore(0x0028,0x1202);
 810    Archive->Restore(0x0028,0x1203);
 811
 812    // group 0002 may be pushed out for ACR-NEMA writting purposes
 813    Archive->Restore(0x0002,0x0000);
 814    Archive->Restore(0x0002,0x0001);
 815    Archive->Restore(0x0002,0x0002);
 816    Archive->Restore(0x0002,0x0003);
 817    Archive->Restore(0x0002,0x0010);
 818    Archive->Restore(0x0002,0x0012);
 819    Archive->Restore(0x0002,0x0013);
 820    Archive->Restore(0x0002,0x0016);
 821    Archive->Restore(0x0002,0x0100);
 822    Archive->Restore(0x0002,0x0102);
 823 }
 824
 825 /**
 826  * \brief Pushes out the whole group 0002
 827  *        FIXME : better, set a flag to tell the writer not to write it ...
 828  *        FIXME : method should probably have an other name !
 829  *                SetWriteFileTypeToACR is NOT opposed to
 830  *                SetWriteFileTypeToExplicitVR and SetWriteFileTypeToImplicitVR
 831  */
 832 void FileHelper::SetWriteFileTypeToACR()
 833 {
 834    Archive->Push(0x0002,0x0000);
 835    Archive->Push(0x0002,0x0001);
 836    Archive->Push(0x0002,0x0002);
 837    Archive->Push(0x0002,0x0003);
 838    Archive->Push(0x0002,0x0010);// Only TransferSyntax was pushed out !
 839    Archive->Push(0x0002,0x0012);
 840    Archive->Push(0x0002,0x0013);
 841    Archive->Push(0x0002,0x0016);
 842    Archive->Push(0x0002,0x0100);
 843    Archive->Push(0x0002,0x0102);
 844 }
 845
 846 /**
 847  * \brief Sets in the File the TransferSyntax to 'Explicit VR Little Endian"
 848  */
 849 void FileHelper::SetWriteFileTypeToExplicitVR()
 850 {
 851    std::string ts = Util::DicomString(
 852       Global::GetTS()->GetSpecialTransferSyntax(TS::ExplicitVRLittleEndian) );
 853
 854    ValEntry *tss = CopyValEntry(0x0002,0x0010);
 855    tss->SetValue(ts);
 856
 857    Archive->Push(tss);
 858 }
 859
 860 /**
 861  * \brief Sets in the File the TransferSyntax to 'Implicit VR Little Endian"
 862  */
 863 void FileHelper::SetWriteFileTypeToImplicitVR()
 864 {
 865    std::string ts = Util::DicomString(
 866       Global::GetTS()->GetSpecialTransferSyntax(TS::ImplicitVRLittleEndian) );
 867
 868    ValEntry *tss = CopyValEntry(0x0002,0x0010);
 869    tss->SetValue(ts);
 870
 871    Archive->Push(tss);
 872 }
 873
 874
 875 /**
 876  * \brief Restore in the File the initial group 0002
 877  */
 878 void FileHelper::RestoreWriteFileType()
 879 {
 880    // group 0002 may be pushed out for ACR-NEMA writting purposes
 881    Archive->Restore(0x0002,0x0000);
 882    Archive->Restore(0x0002,0x0001);
 883    Archive->Restore(0x0002,0x0002);
 884    Archive->Restore(0x0002,0x0003);
 885    Archive->Restore(0x0002,0x0010);//only TransferSyntax was pushed out/restored
 886    Archive->Restore(0x0002,0x0012);
 887    Archive->Restore(0x0002,0x0013);
 888    Archive->Restore(0x0002,0x0016);
 889    Archive->Restore(0x0002,0x0100);
 890    Archive->Restore(0x0002,0x0102);
 891 }
 892
 893 /**
 894  * \brief Set the Write not to Libido format
 895  */
 896 void FileHelper::SetWriteToLibido()
 897 {
 898    ValEntry *oldRow = dynamic_cast<ValEntry *>
 899                 (FileInternal->GetDocEntry(0x0028, 0x0010));
 900    ValEntry *oldCol = dynamic_cast<ValEntry *>
 901                 (FileInternal->GetDocEntry(0x0028, 0x0011));
 902
 903    if( oldRow && oldCol )
 904    {
 905       std::string rows, columns;
 906
 907       ValEntry *newRow=new ValEntry(oldRow->GetDictEntry());
 908       ValEntry *newCol=new ValEntry(oldCol->GetDictEntry());
 909
 910       newRow->Copy(oldCol);
 911       newCol->Copy(oldRow);
 912
 913       newRow->SetValue(oldCol->GetValue());
 914       newCol->SetValue(oldRow->GetValue());
 915
 916       Archive->Push(newRow);
 917       Archive->Push(newCol);
 918    }
 919
 920    ValEntry *libidoCode = CopyValEntry(0x0008,0x0010);
 921    libidoCode->SetValue("ACRNEMA_LIBIDO_1.1");
 922    Archive->Push(libidoCode);
 923 }
 924
 925 /**
 926  * \brief Set the Write not to No Libido format
 927  */
 928 void FileHelper::SetWriteToNoLibido()
 929 {
 930    ValEntry *recCode = dynamic_cast<ValEntry *>
 931                 (FileInternal->GetDocEntry(0x0008,0x0010));
 932    if( recCode )
 933    {
 934       if( recCode->GetValue() == "ACRNEMA_LIBIDO_1.1" )
 935       {
 936          ValEntry *libidoCode = CopyValEntry(0x0008,0x0010);
 937          libidoCode->SetValue("");
 938          Archive->Push(libidoCode);
 939       }
 940    }
 941 }
 942
 943 /**
 944  * \brief Restore the Write format
 945  */
 946 void FileHelper::RestoreWriteOfLibido()
 947 {
 948    Archive->Restore(0x0028,0x0010);
 949    Archive->Restore(0x0028,0x0011);
 950    Archive->Restore(0x0008,0x0010);
 951 }
 952
 953 /**
 954  * \brief Duplicates a ValEntry or creates it.
 955  * @param   group   Group number of the Entry
 956  * @param   elem  Element number of the Entry
 957  * \return  pointer to the new Val Entry (NULL when creation failed).
 958  */
 959 ValEntry *FileHelper::CopyValEntry(uint16_t group, uint16_t elem)
 960 {
 961    DocEntry *oldE = FileInternal->GetDocEntry(group, elem);
 962    ValEntry *newE;
 963
 964    if( oldE )
 965    {
 966       newE = new ValEntry(oldE->GetDictEntry());
 967       newE->Copy(oldE);
 968    }
 969    else
 970    {
 971       newE = GetFile()->NewValEntry(group, elem);
 972    }
 973
 974    return newE;
 975 }
 976
 977 /**
 978  * \brief   Duplicates a BinEntry or creates it.
 979  * @param   group   Group number of the Entry
 980  * @param   elem  Element number of the Entry
 981  * @param   vr  Value Representation of the Entry
 982  *          FIXME : what is it used for?
 983  * \return  pointer to the new Bin Entry (NULL when creation failed).
 984  */
 985 BinEntry *FileHelper::CopyBinEntry(uint16_t group, uint16_t elem,
 986                                    const std::string &vr)
 987 {
 988    DocEntry *oldE = FileInternal->GetDocEntry(group, elem);
 989    BinEntry *newE;
 990
 991    if( oldE )
 992       if( oldE->GetVR()!=vr )
 993          oldE = NULL;
 994
 995    if( oldE )
 996    {
 997       newE = new BinEntry(oldE->GetDictEntry());
 998       newE->Copy(oldE);
 999    }
1000    else
1001    {
1002       newE = GetFile()->NewBinEntry(group, elem, vr);
1003    }
1004
1005    return newE;
1006 }
1007
1008 /**
1009  * \brief   Checks the Mandatory Elements
1010  *          adds the mandatory Entries if not found
1011  *          (when user asks to write as a DICOM file, an ACR-NEMA file
1012  *           he read before)
1013  */
1014 void FileHelper::CheckMandatoryElements()
1015 {
1016    // just to remember : 'official' 0002 group
1017
1018    //0002 0000 UL 1 Meta Group Length
1019    //0002 0001 OB 1 File Meta Information Version
1020    //0002 0002 UI 1 Media Stored SOP Class UID
1021    //0002 0003 UI 1 Media Stored SOP Instance UID
1022    //0002 0010 UI 1 Transfer Syntax UID
1023    //0002 0012 UI 1 Implementation Class UID
1024    //0002 0013 SH 1 Implementation Version Name
1025    //0002 0016 AE 1 Source Application Entity Title
1026    //0002 0100 UI 1 Private Information Creator
1027    //0002 0102 OB 1 Private Information
1028
1029    // Create them if not found
1030    ValEntry *e_0002_0000 = CopyValEntry(0x0002,0x0000);
1031       e_0002_0000->SetValue("0"); // for the moment
1032       Archive->Push(e_0002_0000);
1033
1034    BinEntry *e_0002_0001 = CopyBinEntry(0x0002,0x0001, "OB");
1035       e_0002_0001->SetBinArea((uint8_t*)Util::GetFileMetaInformationVersion(),
1036                                false);
1037       e_0002_0001->SetLength(2);
1038
1039    ValEntry *e_0002_0002 = CopyValEntry(0x0002,0x0002);
1040       // [Secondary Capture Image Storage]
1041       e_0002_0002->SetValue("1.2.840.10008.5.1.4.1.1.7");
1042       Archive->Push(e_0002_0002);
1043
1044    // 'Media Stored SOP Instance UID'
1045    ValEntry *e_0002_0003 = CopyValEntry(0x0002,0x0003);
1046       e_0002_0003->SetValue(Util::CreateUniqueUID());
1047       Archive->Push(e_0002_0003);
1048
1049    ValEntry *e_0002_0010 = CopyValEntry(0x0002,0x0010);
1050       //[Explicit VR - Little Endian]
1051       e_0002_0010->SetValue("1.2.840.10008.1.2.1");
1052       Archive->Push(e_0002_0010);
1053
1054    // 'Implementation Class UID'
1055    ValEntry *e_0002_0012 = CopyValEntry(0x0002,0x0012);
1056       e_0002_0012->SetValue(Util::CreateUniqueUID());
1057       Archive->Push(e_0002_0012);
1058
1059    // 'Implementation Version Name'
1060    ValEntry *e_0002_0013 = CopyValEntry(0x0002,0x0013);
1061       e_0002_0013->SetValue("GDCM 1.0");
1062       Archive->Push(e_0002_0013);
1063
1064    //'Source Application Entity Title' Not Mandatory
1065    //ValEntry *e_0002_0016 = CopyValEntry(0x0002,0x0016);
1066    //   e_0002_0016->SetValue("1.2.840.10008.5.1.4.1.1.7");
1067    //   Archive->Push(e_0002_0016);
1068
1069    // Push out 'LibIDO-special' entries, if any
1070    Archive->Push(0x0028,0x0015);
1071    Archive->Push(0x0028,0x0016);
1072    Archive->Push(0x0028,0x0017);
1073    Archive->Push(0x0028,0x00199);
1074
1075    // --- Check UID-related Entries ---
1076
1077    // If 'SOP Class UID' exists ('true DICOM' image)
1078
1079    ValEntry *e_0008_0016 = FileInternal->GetValEntry(0x0008, 0x0016);
1080    if ( e_0008_0016 != 0 )
1081    {
1082       // Create 'Source Image Sequence' SeqEntry
1083       SeqEntry *s = new SeqEntry (
1084       Global::GetDicts()->GetDefaultPubDict()->GetEntry(0x0008, 0x2112) );
1085       SQItem *sqi = new SQItem(1);
1086       // (we assume 'SOP Instance UID' exists too)
1087       // create 'Referenced SOP Class UID'
1088       ValEntry *e_0008_1150 = new ValEntry(
1089       Global::GetDicts()->GetDefaultPubDict()->GetEntry(0x0008, 0x1150) );
1090       e_0008_1150->SetValue( e_0008_0016->GetValue());
1091       sqi->AddEntry(e_0008_1150);
1092
1093       // create 'Referenced SOP Instance UID'
1094       ValEntry *e_0008_0018 = FileInternal->GetValEntry(0x0008, 0x0018);
1095       ValEntry *e_0008_1155 = new ValEntry(
1096             Global::GetDicts()->GetDefaultPubDict()->GetEntry(0x0008, 0x1155) );
1097       e_0008_1155->SetValue( e_0008_0018->GetValue());
1098       sqi->AddEntry(e_0008_1155);
1099
1100       s->AddSQItem(sqi,1);
1101       // temporarily replaces any previous 'Source Image Sequence'
1102       Archive->Push(s);
1103
1104       // 'Image Type'
1105       ValEntry *e_0008_0008 = CopyValEntry(0x0008,0x0008);
1106       e_0008_0008->SetValue("DERIVED\\PRIMARY");
1107       Archive->Push(e_0008_0008);
1108    }
1109    else
1110    {
1111    // SOP Class UID
1112       ValEntry *e_0008_0016  =  new ValEntry(
1113             Global::GetDicts()->GetDefaultPubDict()->GetEntry(0x0008, 0x0016) );
1114       // [Secondary Capture Image Storage]
1115       e_0008_0016 ->SetValue("1.2.840.10008.5.1.4.1.1.7");
1116       Archive->Push(e_0008_0016);
1117    }
1118
1119    // new value for 'SOP Instance UID'
1120    ValEntry *e_0008_0018 = new ValEntry(
1121     Global::GetDicts()->GetDefaultPubDict()->GetEntry(0x0008, 0x0018) );
1122    e_0008_0018->SetValue( Util::CreateUniqueUID() );
1123    Archive->Push(e_0008_0018);
1124
1125    // Instance Creation Date
1126    ValEntry *e0008_0012 = CopyValEntry(0x0008,0x0012);
1127    std::string date = Util::GetCurrentDate();
1128    e0008_0012->SetValue(date.c_str());
1129    Archive->Push(e0008_0012);
1130
1131    // Instance Creation Time
1132    ValEntry *e0008_0013 = CopyValEntry(0x0008,0x0013);
1133    std::string time = Util::GetCurrentTime();
1134    e0008_0013->SetValue(time.c_str());
1135    Archive->Push(e0008_0013);
1136
1137    // new value for 'Serie Instance UID'
1138    // TODO prevoir booleen pour figer la valeur d'un appel a l'autre
1139    //                           calculer nouvelle valeur a chaque fois
1140
1141    ValEntry *e_0020_000e = new ValEntry(
1142             Global::GetDicts()->GetDefaultPubDict()->GetEntry(0x0020, 0x000e) );
1143    e_0020_000e->SetValue( Util::CreateUniqueUID() );
1144    Archive->Push(e_0020_000e);
1145
1146    // new value for 'Study Instance UID'
1147    // TODO prevoir flag pour figer la valeurd'un appel a l'autre
1148    //                        calculer nouvelle valeur a chaque fois
1149    //                        reutiliser mla valeur image origine
1150
1151    ValEntry *e_0020_000d = new ValEntry(
1152             Global::GetDicts()->GetDefaultPubDict()->GetEntry(0x0020, 0x000d) );
1153    e_0020_000d->SetValue( Util::CreateUniqueUID() );
1154    Archive->Push(e_0020_000d);
1155
1156 // ----- Add Mandatory Entries if missing ---
1157
1158 // Entries whose type is 1 are mandatory, with a mandatory value
1159 // Entries whose type is 1c are ?
1160 // Entries whose type is 2 are mandatory, with a optional value
1161 // Entries whose type is 2c are ?
1162 // Entries whose type is 3 are optional
1163    ValEntry *e;
1164
1165    // Modality
1166    e = FileInternal->GetValEntry(0x0008, 0x0060);
1167    if ( !e )
1168    {
1169       e = InsertValEntry("OT",           0x0008, 0x0060);
1170       Archive->Push(e);
1171    }
1172    // Manufacturer
1173    e = FileInternal->GetValEntry(0x0008, 0x0070);
1174    if ( !e )
1175    {
1176       e = InsertValEntry("GDCM Factory", 0x0008, 0x0070);
1177       Archive->Push(e);
1178    }
1179    // Institution Name
1180    e = FileInternal->GetValEntry(0x0008, 0x0070);
1181    if ( !e )
1182    {
1183       e = InsertValEntry("GDCM Hospital",0x0008, 0x0080);
1184       Archive->Push(e);
1185    }
1186    // Institution Adress
1187    e = FileInternal->GetValEntry(0x0008, 0x0081);
1188    if ( !e )
1189    {
1190       e = InsertValEntry("@ GDCM",       0x0008, 0x0081);
1191       Archive->Push(e);
1192    }
1193    // Patient's Name
1194    e = FileInternal->GetValEntry(0x0010, 0x0010);
1195    if ( !e )
1196    {
1197       e = InsertValEntry("GDCM^patient", 0x0010, 0x0010);
1198       Archive->Push(e);
1199    }
1200    // Patient's ID
1201    e = FileInternal->GetValEntry(0x0010, 0x0020);
1202    if ( !e )
1203    {
1204       e = InsertValEntry("GDCM_patient_ID",0x0010, 0x0020);
1205       Archive->Push(e);
1206    }
1207
1208    // Patient's Birth Date
1209    e = FileInternal->GetValEntry(0x0010, 0x0030);
1210    if ( !e )
1211    {
1212       e = InsertValEntry("",0x0010, 0x0030);
1213       Archive->Push(e);
1214    }
1215
1216    // Patient's Sex
1217    e = FileInternal->GetValEntry(0x0010, 0x0040);
1218    if ( !e )
1219    {
1220       e = InsertValEntry("",0x0010, 0x0040);
1221       Archive->Push(e);
1222    }
1223
1224    // Referring Physician's Name
1225    e = FileInternal->GetValEntry(0x0008, 0x0090);
1226    if ( !e )
1227    {
1228       e = InsertValEntry("",0x0008, 0x0090);
1229       Archive->Push(e);
1230    }
1231
1232 }
1233
1234 //-----------------------------------------------------------------------------
1235 // Private
1236 /**
1237  * \brief Factorization for various forms of constructors.
1238  */
1239 void FileHelper::Initialize()
1240 {
1241    WriteMode = WMODE_RAW;
1242    WriteType = ExplicitVR;
1243
1244    PixelReadConverter = new PixelReadConvert;
1245    PixelWriteConverter = new PixelWriteConvert;
1246    Archive = new DocEntryArchive( FileInternal );
1247
1248    if ( FileInternal->IsReadable() )
1249    {
1250       PixelReadConverter->GrabInformationsFromFile( FileInternal );
1251    }
1252 }
1253
1254 /**
1255  * \brief
1256  */
1257 uint8_t *FileHelper::GetRaw()
1258 {
1259    uint8_t *raw = PixelReadConverter->GetRaw();
1260    if ( ! raw )
1261    {
1262       // The Raw image migth not be loaded yet:
1263       std::ifstream *fp = FileInternal->OpenFile();
1264       PixelReadConverter->ReadAndDecompressPixelData( fp );
1265       if(fp)
1266          FileInternal->CloseFile();
1267
1268       raw = PixelReadConverter->GetRaw();
1269       if ( ! raw )
1270       {
1271          gdcmWarningMacro( "Read/decompress of pixel data apparently went wrong.");
1272          return 0;
1273       }
1274    }
1275
1276    return raw;
1277 }
1278
1279 //-----------------------------------------------------------------------------
1280 // Print
1281 void FileHelper::Print(std::ostream &os, std::string const &)
1282 {
1283    FileInternal->SetPrintLevel(PrintLevel);
1284    FileInternal->Print(os);
1285
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