src/gdcmFileHelper.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: gdcmFileHelper.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6
   7   Date:      $Date: 2005/10/24 16:00:48 $
   8   Version:   $Revision: 1.70 $
   9
  10   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  11   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  12   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  13
  14      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  15      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  17
  18 =========================================================================*/
  19
  20 #include "gdcmFileHelper.h"
  21 #include "gdcmGlobal.h"
  22 #include "gdcmTS.h"
  23 #include "gdcmDocument.h"
  24 #include "gdcmDebug.h"
  25 #include "gdcmUtil.h"
  26 #include "gdcmSeqEntry.h"
  27 #include "gdcmSQItem.h"
  28 #include "gdcmDataEntry.h"
  29 #include "gdcmFile.h"
  30 #include "gdcmPixelReadConvert.h"
  31 #include "gdcmPixelWriteConvert.h"
  32 #include "gdcmDocEntryArchive.h"
  33 #include "gdcmDictSet.h"
  34
  35 #include <fstream>
  36
  37 /*
  38 // ----------------------------- WARNING -------------------------
  39
  40 These lines will be moved to the document-to-be 'User's Guide'
  41
  42 // To read an image, user needs a gdcm::File
  43 gdcm::File *f = new gdcm::File(fileName);
  44 // or (advanced) :
  45 // user may also decide he doesn't want to load some parts of the header
  46 gdcm::File *f = new gdcm::File();
  47 f->SetFileName(fileName);
  48    f->SetLoadMode(LD_NOSEQ);             // or
  49    f->SetLoadMode(LD_NOSHADOW);          // or
  50    f->SetLoadMode(LD_NOSEQ | LD_NOSHADOW); // or
  51    f->SetLoadMode(LD_NOSHADOWSEQ);
  52 f->Load();
  53
  54 // user can now check some values
  55 std::string v = f->GetEntryValue(groupNb,ElementNb);
  56
  57 // to get the pixels, user needs a gdcm::FileHelper
  58 gdcm::FileHelper *fh = new gdcm::FileHelper(f);
  59 // user may ask not to convert Palette to RGB
  60 uint8_t *pixels = fh->GetImageDataRaw();
  61 int imageLength = fh->GetImageDataRawSize();
  62 // He can now use the pixels, create a new image, ...
  63 uint8_t *userPixels = ...
  64
  65 To re-write the image, user re-uses the gdcm::FileHelper
  66
  67 fh->SetImageData( userPixels, userPixelsLength);
  68 fh->SetTypeToRaw(); // Even if it was possible to convert Palette to RGB
  69                      // (WriteMode is set)
  70
  71 fh->SetWriteTypeToDcmExpl(); // he wants Explicit Value Representation
  72                               // Little Endian is the default
  73                               // no other value is allowed
  74                                 (-->SetWriteType(ExplicitVR);)
  75                                    -->WriteType = ExplicitVR;
  76 fh->Write(newFileName);      // overwrites the file, if any
  77
  78 // or :
  79 fh->WriteDcmExplVR(newFileName);
  80
  81
  82 // ----------------------------- WARNING -------------------------
  83
  84 These lines will be moved to the document-to-be 'Developer's Guide'
  85
  86 WriteMode : WMODE_RAW / WMODE_RGB
  87 WriteType : ImplicitVR, ExplicitVR, ACR, ACR_LIBIDO
  88
  89 fh1->Write(newFileName);
  90    SetWriteFileTypeToImplicitVR() / SetWriteFileTypeToExplicitVR();
  91    (modifies TransferSyntax)
  92    SetWriteToRaw(); / SetWriteToRGB();
  93       (modifies, when necessary : photochromatic interpretation,
  94          samples per pixel, Planar configuration,
  95          bits allocated, bits stored, high bit -ACR 24 bits-
  96          Pixels element VR, pushes out the LUT )
  97    CheckWriteIntegrity();
  98       (checks user given pixels length)
  99    FileInternal->Write(fileName,WriteType)
 100    fp = opens file(fileName);
 101    ComputeGroup0002Length( );
 102    BitsAllocated 12->16
 103       RemoveEntry(palettes, etc)
 104       Document::WriteContent(fp, writetype);
 105    RestoreWrite();
 106       (moves back to the File all the archived elements)
 107    RestoreWriteFileType();
 108       (pushes back group 0002, with TransferSyntax)
 109 */
 110
 111
 112
 113
 114 namespace gdcm
 115 {
 116 //-------------------------------------------------------------------------
 117 // Constructor / Destructor
 118 /**
 119  * \brief Constructor dedicated to deal with the *pixels* area of a ACR/DICOMV3
 120  *        file (gdcm::File only deals with the ... header)
 121  *        Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
 122  *        for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
 123  *        It will be up to the user to load the pixels into memory
 124  *        ( GetImageDataSize() + GetImageData() methods)
 125  * \note  the in-memory representation of all available tags found in
 126  *        the DICOM header is post-poned to first header information access.
 127  *        This avoid a double parsing of public part of the header when
 128  *        one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
 129  *        seen as a side effect).
 130  */
 131 FileHelper::FileHelper( )
 132 {
 133    FileInternal = new File( );
 134    SelfHeader = true;
 135    Initialize();
 136 }
 137
 138 /**
 139  * \brief Constructor dedicated to deal with the *pixels* area of a ACR/DICOMV3
 140  *        file (File only deals with the ... header)
 141  *        Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
 142  *        for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
 143  *        It will be up to the user to load the pixels into memory
 144  *        ( GetImageDataSize() + GetImageData() methods)
 145  * \note  the in-memory representation of all available tags found in
 146  *        the DICOM header is post-poned to first header information access.
 147  *        This avoid a double parsing of public part of the header when
 148  *        user sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
 149  *        seen as a side effect).
 150  * @param header already built Header
 151  */
 152 FileHelper::FileHelper(File *header)
 153 {
 154    FileInternal = header;
 155    SelfHeader = false;
 156    Initialize();
 157    if ( FileInternal->IsReadable() )
 158    {
 159       PixelReadConverter->GrabInformationsFromFile( FileInternal );
 160    }
 161 }
 162
 163 #ifndef GDCM_LEGACY_REMOVE
 164 /*
 165  *  brief DEPRECATED : use SetFilename() + SetLoadMode() + Load() methods
 166  *        Constructor dedicated to deal with the *pixels* area of a ACR/DICOMV3
 167  *        file (gdcm::File only deals with the ... header)
 168  *        Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
 169  *        for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
 170  *        It will be up to the user to load the pixels into memory
 171  *  note  the in-memory representation of all available tags found in
 172  *        the DICOM header is post-poned to first header information access.
 173  *        This avoid a double parsing of public part of the header when
 174  *        one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
 175  *        seen as a side effect).
 176  *  param filename file to be opened for parsing
 177  *  deprecated  use SetFilename() + Load() methods
 178  */
 179 FileHelper::FileHelper(std::string const &filename )
 180 {
 181    FileInternal = new File( );
 182    FileInternal->SetFileName( filename );
 183    FileInternal->Load();
 184    SelfHeader = true;
 185    Initialize();
 186    if ( FileInternal->IsReadable() )
 187    {
 188       PixelReadConverter->GrabInformationsFromFile( FileInternal );
 189    }
 190 }
 191 #endif
 192
 193 /**
 194  * \brief canonical destructor
 195  * \note  If the header (gdcm::File) was created by the FileHelper constructor,
 196  *        it is destroyed by the FileHelper
 197  */
 198 FileHelper::~FileHelper()
 199 {
 200    if ( PixelReadConverter )
 201    {
 202       delete PixelReadConverter;
 203    }
 204    if ( PixelWriteConverter )
 205    {
 206       delete PixelWriteConverter;
 207    }
 208    if ( Archive )
 209    {
 210       delete Archive;
 211    }
 212
 213    if ( SelfHeader )
 214    {
 215       delete FileInternal;
 216    }
 217    FileInternal = 0;
 218 }
 219
 220 //-----------------------------------------------------------------------------
 221 // Public
 222
 223 /**
 224  * \brief Sets the LoadMode of the internal gdcm::File as a boolean string.
 225  *        NO_SEQ, NO_SHADOW, NO_SHADOWSEQ ... (nothing more, right now)
 226  *        WARNING : before using NO_SHADOW, be sure *all* your files
 227  *        contain accurate values in the 0x0000 element (if any)
 228  *        of *each* Shadow Group. The parser will fail if the size is wrong !
 229  * @param   loadMode Load mode to be used
 230  */
 231 void FileHelper::SetLoadMode(int loadMode)
 232 {
 233    GetFile()->SetLoadMode( loadMode );
 234 }
 235 /**
 236  * \brief Sets the LoadMode of the internal gdcm::File
 237  * @param  fileName name of the file to be open
 238  */
 239 void FileHelper::SetFileName(std::string const &fileName)
 240 {
 241    FileInternal->SetFileName( fileName );
 242 }
 243
 244 /**
 245  * \brief   Loader
 246  * @return false if file cannot be open or no swap info was found,
 247  *         or no tag was found.
 248  */
 249 bool FileHelper::Load()
 250 {
 251    if ( !FileInternal->Load() )
 252       return false;
 253
 254    PixelReadConverter->GrabInformationsFromFile( FileInternal );
 255    return true;
 256 }
 257
 258 /**
 259  * \brief   Accesses an existing DocEntry (i.e. a Dicom Element)
 260  *          through it's (group, element) and modifies it's content with
 261  *          the given value.
 262  * @param   content new value (string) to substitute with
 263  * @param   group  group number of the Dicom Element to modify
 264  * @param   elem element number of the Dicom Element to modify
 265  * \return  false if DocEntry not found
 266  */
 267 bool FileHelper::SetEntryString(std::string const &content,
 268                                     uint16_t group, uint16_t elem)
 269 {
 270    return FileInternal->SetEntryString(content, group, elem);
 271 }
 272
 273
 274 /**
 275  * \brief   Accesses an existing DocEntry (i.e. a Dicom Element)
 276  *          through it's (group, element) and modifies it's content with
 277  *          the given value.
 278  * @param   content new value (void*  -> uint8_t*) to substitute with
 279  * @param   lgth new value length
 280  * @param   group  group number of the Dicom Element to modify
 281  * @param   elem element number of the Dicom Element to modify
 282  * \return  false if DocEntry not found
 283  */
 284 bool FileHelper::SetEntryBinArea(uint8_t *content, int lgth,
 285                                      uint16_t group, uint16_t elem)
 286 {
 287    return FileInternal->SetEntryBinArea(content, lgth, group, elem);
 288 }
 289
 290 /**
 291  * \brief   Modifies the value of a given DocEntry (Dicom entry)
 292  *          when it exists. Creates it with the given value when unexistant.
 293  * @param   content (string)value to be set
 294  * @param   group   Group number of the Entry
 295  * @param   elem  Element number of the Entry
 296  * \return  pointer to the modified/created Dicom entry (NULL when creation
 297  *          failed).
 298  */
 299 DataEntry *FileHelper::InsertEntryString(std::string const &content,
 300                                                 uint16_t group, uint16_t elem)
 301 {
 302    return FileInternal->InsertEntryString(content, group, elem);
 303 }
 304
 305 /**
 306  * \brief   Modifies the value of a given DocEntry (Dicom entry)
 307  *          when it exists. Creates it with the given value when unexistant.
 308  *          A copy of the binArea is made to be kept in the Document.
 309  * @param   binArea (binary)value to be set
 310  * @param   lgth new value length
 311  * @param   group   Group number of the Entry
 312  * @param   elem  Element number of the Entry
 313  * \return  pointer to the modified/created Dicom entry (NULL when creation
 314  *          failed).
 315  */
 316 DataEntry *FileHelper::InsertEntryBinArea(uint8_t *binArea, int lgth,
 317                                                  uint16_t group, uint16_t elem)
 318 {
 319    return FileInternal->InsertEntryBinArea(binArea, lgth, group, elem);
 320 }
 321
 322 /**
 323  * \brief   Modifies the value of a given DocEntry (Dicom entry)
 324  *          when it exists. Creates it, empty (?!) when unexistant.
 325  * @param   group   Group number of the Entry
 326  * @param   elem  Element number of the Entry
 327  * \return  pointer to the modified/created Dicom entry (NULL when creation
 328  *          failed).
 329  */
 330 SeqEntry *FileHelper::InsertSeqEntry(uint16_t group, uint16_t elem)
 331 {
 332    return FileInternal->InsertSeqEntry(group, elem);
 333 }
 334
 335 /**
 336  * \brief   Get the size of the image data
 337  *          If the image can be RGB (with a lut or by default), the size
 338  *          corresponds to the RGB image
 339  *         (use GetImageDataRawSize if you want to be sure to get *only*
 340  *          the size of the pixels)
 341  * @return  The image size
 342  */
 343 size_t FileHelper::GetImageDataSize()
 344 {
 345    if ( PixelWriteConverter->GetUserData() )
 346    {
 347       return PixelWriteConverter->GetUserDataSize();
 348    }
 349    return PixelReadConverter->GetRGBSize();
 350 }
 351
 352 /**
 353  * \brief   Get the size of the image data.
 354  *          If the image could be converted to RGB using a LUT,
 355  *          this transformation is not taken into account by GetImageDataRawSize
 356  *          (use GetImageDataSize if you wish)
 357  * @return  The raw image size
 358  */
 359 size_t FileHelper::GetImageDataRawSize()
 360 {
 361    if ( PixelWriteConverter->GetUserData() )
 362    {
 363       return PixelWriteConverter->GetUserDataSize();
 364    }
 365    return PixelReadConverter->GetRawSize();
 366 }
 367
 368 /**
 369  * \brief brings pixels into memory :
 370  *          - Allocates necessary memory,
 371  *          - Reads the pixels from disk (uncompress if necessary),
 372  *          - Transforms YBR pixels, if any, into RGB pixels,
 373  *          - Transforms 3 planes R, G, B, if any, into a single RGB Plane
 374  *          - Transforms single Grey plane + 3 Palettes into a RGB Plane
 375  *          - Copies the pixel data (image[s]/volume[s]) to newly allocated zone.
 376  * @return  Pointer to newly allocated pixel data.
 377  *          NULL if alloc fails
 378  */
 379 uint8_t *FileHelper::GetImageData()
 380 {
 381    if ( PixelWriteConverter->GetUserData() )
 382    {
 383       return PixelWriteConverter->GetUserData();
 384    }
 385
 386    if ( ! GetRaw() )
 387    {
 388       // If the decompression failed nothing can be done.
 389       return 0;
 390    }
 391
 392    if ( FileInternal->HasLUT() && PixelReadConverter->BuildRGBImage() )
 393    {
 394       return PixelReadConverter->GetRGB();
 395    }
 396    else
 397    {
 398       // When no LUT or LUT conversion fails, return the Raw
 399       return PixelReadConverter->GetRaw();
 400    }
 401 }
 402
 403 /**
 404  * \brief brings pixels into memory :
 405  *          - Allocates necessary memory,
 406  *          - Transforms YBR pixels (if any) into RGB pixels
 407  *          - Transforms 3 planes R, G, B  (if any) into a single RGB Plane
 408  *          - Copies the pixel data (image[s]/volume[s]) to newly allocated zone.
 409  *          - DOES NOT transform Grey plane + 3 Palettes into a RGB Plane
 410  * @return  Pointer to newly allocated pixel data.
 411  *          NULL if alloc fails
 412  */
 413 uint8_t *FileHelper::GetImageDataRaw ()
 414 {
 415    return GetRaw();
 416 }
 417
 418 #ifndef GDCM_LEGACY_REMOVE
 419 /*
 420  * \ brief   Useless function, since PixelReadConverter forces us
 421  *          copy the Pixels anyway.
 422  *          Reads the pixels from disk (uncompress if necessary),
 423  *          Transforms YBR pixels, if any, into RGB pixels
 424  *          Transforms 3 planes R, G, B, if any, into a single RGB Plane
 425  *          Transforms single Grey plane + 3 Palettes into a RGB Plane
 426  *          Copies at most MaxSize bytes of pixel data to caller allocated
 427  *          memory space.
 428  * \ warning This function allows people that want to build a volume
 429  *          from an image stack *not to* have, first to get the image pixels,
 430  *          and then move them to the volume area.
 431  *          It's absolutely useless for any VTK user since vtk chooses
 432  *          to invert the lines of an image, that is the last line comes first
 433  *          (for some axis related reasons?). Hence he will have
 434  *          to load the image line by line, starting from the end.
 435  *          VTK users have to call GetImageData
 436  *
 437  * @ param   destination Address (in caller's memory space) at which the
 438  *          pixel data should be copied
 439  * @ param   maxSize Maximum number of bytes to be copied. When MaxSize
 440  *          is not sufficient to hold the pixel data the copy is not
 441  *          executed (i.e. no partial copy).
 442  * @ return  On success, the number of bytes actually copied. Zero on
 443  *          failure e.g. MaxSize is lower than necessary.
 444  */
 445 size_t FileHelper::GetImageDataIntoVector (void *destination, size_t maxSize)
 446 {
 447    if ( ! GetRaw() )
 448    {
 449       // If the decompression failed nothing can be done.
 450       return 0;
 451    }
 452
 453    if ( FileInternal->HasLUT() && PixelReadConverter->BuildRGBImage() )
 454    {
 455       if ( PixelReadConverter->GetRGBSize() > maxSize )
 456       {
 457          gdcmWarningMacro( "Pixel data bigger than caller's expected MaxSize");
 458          return 0;
 459       }
 460       memcpy( destination,
 461               (void*)PixelReadConverter->GetRGB(),
 462               PixelReadConverter->GetRGBSize() );
 463       return PixelReadConverter->GetRGBSize();
 464    }
 465
 466    // Either no LUT conversion necessary or LUT conversion failed
 467    if ( PixelReadConverter->GetRawSize() > maxSize )
 468    {
 469       gdcmWarningMacro( "Pixel data bigger than caller's expected MaxSize");
 470       return 0;
 471    }
 472    memcpy( destination,
 473            (void *)PixelReadConverter->GetRaw(),
 474            PixelReadConverter->GetRawSize() );
 475    return PixelReadConverter->GetRawSize();
 476 }
 477 #endif
 478
 479 /**
 480  * \brief   Points the internal pointer to the callers inData
 481  *          image representation, BUT WITHOUT COPYING THE DATA.
 482  *          'image' Pixels are presented as C-like 2D arrays : line per line.
 483  *          'volume'Pixels are presented as C-like 3D arrays : plane per plane
 484  * \warning Since the pixels are not copied, it is the caller's responsability
 485  *          not to deallocate its data before gdcm uses them (e.g. with
 486  *          the Write() method )
 487  * @param inData user supplied pixel area (uint8_t* is just for the compiler.
 488  *               user is allowed to pass any kind of pixelsn since the size is
 489  *               given in bytes)
 490  * @param expectedSize total image size, *in Bytes*
 491  */
 492 void FileHelper::SetImageData(uint8_t *inData, size_t expectedSize)
 493 {
 494    SetUserData(inData, expectedSize);
 495 }
 496
 497 /**
 498  * \brief   Set the image data defined by the user
 499  * \warning When writting the file, this data are get as default data to write
 500  * @param inData user supplied pixel area (uint8_t* is just for the compiler.
 501  *               user is allowed to pass any kind of pixels since the size is
 502  *               given in bytes)
 503  * @param expectedSize total image size, *in Bytes*
 504  */
 505 void FileHelper::SetUserData(uint8_t *inData, size_t expectedSize)
 506 {
 507    PixelWriteConverter->SetUserData(inData, expectedSize);
 508 }
 509
 510 /**
 511  * \brief   Get the image data defined by the user
 512  * \warning When writting the file, this data are get as default data to write
 513  */
 514 uint8_t *FileHelper::GetUserData()
 515 {
 516    return PixelWriteConverter->GetUserData();
 517 }
 518
 519 /**
 520  * \brief   Get the image data size defined by the user
 521  * \warning When writting the file, this data are get as default data to write
 522  */
 523 size_t FileHelper::GetUserDataSize()
 524 {
 525    return PixelWriteConverter->GetUserDataSize();
 526 }
 527
 528 /**
 529  * \brief   Get the image data from the file.
 530  *          If a LUT is found, the data are expanded to be RGB
 531  */
 532 uint8_t *FileHelper::GetRGBData()
 533 {
 534    return PixelReadConverter->GetRGB();
 535 }
 536
 537 /**
 538  * \brief   Get the image data size from the file.
 539  *          If a LUT is found, the data are expanded to be RGB
 540  */
 541 size_t FileHelper::GetRGBDataSize()
 542 {
 543    return PixelReadConverter->GetRGBSize();
 544 }
 545
 546 /**
 547  * \brief   Get the image data from the file.
 548  *          Even when a LUT is found, the data are not expanded to RGB!
 549  */
 550 uint8_t *FileHelper::GetRawData()
 551 {
 552    return PixelReadConverter->GetRaw();
 553 }
 554
 555 /**
 556  * \brief   Get the image data size from the file.
 557  *          Even when a LUT is found, the data are not expanded to RGB!
 558  */
 559 size_t FileHelper::GetRawDataSize()
 560 {
 561    return PixelReadConverter->GetRawSize();
 562 }
 563
 564 /**
 565  * \brief Access to the underlying \ref PixelReadConverter RGBA LUT
 566  */
 567 uint8_t* FileHelper::GetLutRGBA()
 568 {
 569    if ( PixelReadConverter->GetLutRGBA() ==0 )
 570       PixelReadConverter->BuildLUTRGBA();
 571    return PixelReadConverter->GetLutRGBA();
 572 }
 573
 574 /**
 575  * \brief Access to the underlying \ref PixelReadConverter RGBA LUT Item Number
 576  */
 577 int FileHelper::GetLutItemNumber()
 578 {
 579    return PixelReadConverter->GetLutItemNumber();
 580 }
 581
 582 /**
 583  * \brief Access to the underlying \ref PixelReadConverter RGBA LUT Item Size
 584  */
 585 int FileHelper::GetLutItemSize()
 586 {
 587    return PixelReadConverter->GetLutItemSize();
 588 }
 589
 590 /**
 591  * \brief Writes on disk A SINGLE Dicom file
 592  *        NO test is performed on  processor "Endiannity".
 593  *        It's up to the user to call his Reader properly
 594  * @param fileName name of the file to be created
 595  *                 (any already existing file is over written)
 596  * @return false if write fails
 597  */
 598 bool FileHelper::WriteRawData(std::string const &fileName)
 599 {
 600    std::ofstream fp1(fileName.c_str(), std::ios::out | std::ios::binary );
 601    if (!fp1)
 602    {
 603       gdcmWarningMacro( "Fail to open (write) file:" << fileName.c_str());
 604       return false;
 605    }
 606
 607    if ( PixelWriteConverter->GetUserData() )
 608    {
 609       fp1.write( (char *)PixelWriteConverter->GetUserData(),
 610                  PixelWriteConverter->GetUserDataSize() );
 611    }
 612    else if ( PixelReadConverter->GetRGB() )
 613    {
 614       fp1.write( (char *)PixelReadConverter->GetRGB(),
 615                  PixelReadConverter->GetRGBSize());
 616    }
 617    else if ( PixelReadConverter->GetRaw() )
 618    {
 619       fp1.write( (char *)PixelReadConverter->GetRaw(),
 620                  PixelReadConverter->GetRawSize());
 621    }
 622    else
 623    {
 624       gdcmErrorMacro( "Nothing written." );
 625    }
 626
 627    fp1.close();
 628
 629    return true;
 630 }
 631
 632 /**
 633  * \brief Writes on disk A SINGLE Dicom file,
 634  *        using the Implicit Value Representation convention
 635  *        NO test is performed on  processor "Endianity".
 636  * @param fileName name of the file to be created
 637  *                 (any already existing file is overwritten)
 638  * @return false if write fails
 639  */
 640
 641 bool FileHelper::WriteDcmImplVR (std::string const &fileName)
 642 {
 643    SetWriteTypeToDcmImplVR();
 644    return Write(fileName);
 645 }
 646
 647 /**
 648 * \brief Writes on disk A SINGLE Dicom file,
 649  *        using the Explicit Value Representation convention
 650  *        NO test is performed on  processor "Endiannity".
 651  * @param fileName name of the file to be created
 652  *                 (any already existing file is overwritten)
 653  * @return false if write fails
 654  */
 655
 656 bool FileHelper::WriteDcmExplVR (std::string const &fileName)
 657 {
 658    SetWriteTypeToDcmExplVR();
 659    return Write(fileName);
 660 }
 661
 662 /**
 663  * \brief Writes on disk A SINGLE Dicom file,
 664  *        using the ACR-NEMA convention
 665  *        NO test is performed on  processor "Endiannity".
 666  *        (a l'attention des logiciels cliniques
 667  *        qui ne prennent en entrée QUE des images ACR ...
 668  * \warning if a DICOM_V3 header is supplied,
 669  *         groups < 0x0008 and shadow groups are ignored
 670  * \warning NO TEST is performed on processor "Endiannity".
 671  * @param fileName name of the file to be created
 672  *                 (any already existing file is overwritten)
 673  * @return false if write fails
 674  */
 675
 676 bool FileHelper::WriteAcr (std::string const &fileName)
 677 {
 678    SetWriteTypeToAcr();
 679    return Write(fileName);
 680 }
 681
 682 /**
 683  * \brief Writes on disk A SINGLE Dicom file,
 684  * @param fileName name of the file to be created
 685  *                 (any already existing file is overwritten)
 686  * @return false if write fails
 687  */
 688 bool FileHelper::Write(std::string const &fileName)
 689 {
 690    switch(WriteType)
 691    {
 692       case ImplicitVR:
 693          SetWriteFileTypeToImplicitVR();
 694          break;
 695       case Unknown:  // should never happen; ExplicitVR is the default value
 696       case ExplicitVR:
 697          SetWriteFileTypeToExplicitVR();
 698          break;
 699       case ACR:
 700       case ACR_LIBIDO:
 701       // NOTHING is done here just for LibIDO.
 702       // Just to avoid further trouble if user creates a file ex-nihilo,
 703       // wants to write it as an ACR-NEMA file,
 704       // and forgets to create any Entry belonging to group 0008
 705       // (shame on him !)
 706       // We add Recognition Code (RET)
 707         if ( ! FileInternal->GetDataEntry(0x0008, 0x0010) )
 708             FileInternal->InsertEntryString("ACR-NEMA V1.0 ", 0x0008, 0x0010);
 709          SetWriteFileTypeToACR();
 710         // SetWriteFileTypeToImplicitVR(); // ACR IS implicit VR !
 711          break;
 712       case JPEG:
 713          SetWriteFileTypeToJPEG();
 714          std::cerr << "Writting as JPEG" << std::endl;
 715          break;
 716    }
 717    CheckMandatoryElements();
 718
 719    // --------------------------------------------------------------
 720    // Special Patch to allow gdcm to re-write ACR-LibIDO formated images
 721    //
 722    // if recognition code tells us we dealt with a LibIDO image
 723    // we reproduce on disk the switch between lineNumber and columnNumber
 724    // just before writting ...
 725    /// \todo the best trick would be *change* the recognition code
 726    ///       but pb expected if user deals with, e.g. COMPLEX images
 727
 728    if ( WriteType == ACR_LIBIDO )
 729    {
 730       SetWriteToLibido();
 731    }
 732    else
 733    {
 734       SetWriteToNoLibido();
 735    }
 736    // ----------------- End of Special Patch ----------------
 737
 738    switch(WriteMode)
 739    {
 740       case WMODE_RAW :
 741          SetWriteToRaw(); // modifies and pushes to the archive, when necessary
 742          break;
 743       case WMODE_RGB :
 744          SetWriteToRGB(); // modifies and pushes to the archive, when necessary
 745          break;
 746    }
 747
 748    bool check = CheckWriteIntegrity(); // verifies length
 749    if (WriteType == JPEG ) check = true;
 750    if (check)
 751    {
 752       check = FileInternal->Write(fileName,WriteType);
 753    }
 754
 755    RestoreWrite();
 756    RestoreWriteFileType();
 757    RestoreWriteMandatory();
 758
 759    // --------------------------------------------------------------
 760    // Special Patch to allow gdcm to re-write ACR-LibIDO formated images
 761    //
 762    // ...and we restore the header to be Dicom Compliant again
 763    // just after writting
 764    RestoreWriteOfLibido();
 765    // ----------------- End of Special Patch ----------------
 766
 767    return check;
 768 }
 769
 770 //-----------------------------------------------------------------------------
 771 // Protected
 772 /**
 773  * \brief Checks the write integrity
 774  *
 775  * The tests made are :
 776  *  - verify the size of the image to write with the possible write
 777  *    when the user set an image data
 778  * @return true if check is successfull
 779  */
 780 bool FileHelper::CheckWriteIntegrity()
 781 {
 782    if ( PixelWriteConverter->GetUserData() )
 783    {
 784       int numberBitsAllocated = FileInternal->GetBitsAllocated();
 785       if ( numberBitsAllocated == 0 || numberBitsAllocated == 12 )
 786       {
 787          gdcmWarningMacro( "numberBitsAllocated changed from "
 788                           << numberBitsAllocated << " to 16 "
 789                           << " for consistency purpose" );
 790          numberBitsAllocated = 16;
 791       }
 792
 793       size_t decSize = FileInternal->GetXSize()
 794                      * FileInternal->GetYSize()
 795                      * FileInternal->GetZSize()
 796                      * FileInternal->GetSamplesPerPixel()
 797                      * ( numberBitsAllocated / 8 );
 798       size_t rgbSize = decSize;
 799       if ( FileInternal->HasLUT() )
 800          rgbSize = decSize * 3;
 801
 802       switch(WriteMode)
 803       {
 804          case WMODE_RAW :
 805             if ( decSize!=PixelWriteConverter->GetUserDataSize() )
 806             {
 807                gdcmWarningMacro( "Data size (Raw) is incorrect. Should be "
 808                            << decSize << " / Found :"
 809                            << PixelWriteConverter->GetUserDataSize() );
 810                return false;
 811             }
 812             break;
 813          case WMODE_RGB :
 814             if ( rgbSize!=PixelWriteConverter->GetUserDataSize() )
 815             {
 816                gdcmWarningMacro( "Data size (RGB) is incorrect. Should be "
 817                           << decSize << " / Found "
 818                           << PixelWriteConverter->GetUserDataSize() );
 819                return false;
 820             }
 821             break;
 822       }
 823    }
 824
 825    return true;
 826 }
 827
 828 /**
 829  * \brief Updates the File to write RAW data (as opposed to RGB data)
 830  *       (modifies, when necessary, photochromatic interpretation,
 831  *       bits allocated, Pixels element VR)
 832  */
 833 void FileHelper::SetWriteToRaw()
 834 {
 835    if ( FileInternal->GetNumberOfScalarComponents() == 3
 836     && !FileInternal->HasLUT() )
 837    {
 838       SetWriteToRGB();
 839    }
 840    else
 841    {
 842       DataEntry *photInt = CopyDataEntry(0x0028,0x0004);
 843       if (FileInternal->HasLUT() )
 844       {
 845          photInt->SetString("PALETTE COLOR ");
 846       }
 847       else
 848       {
 849          photInt->SetString("MONOCHROME2 ");
 850       }
 851
 852       PixelWriteConverter->SetReadData(PixelReadConverter->GetRaw(),
 853                                        PixelReadConverter->GetRawSize());
 854
 855       std::string vr = "OB";
 856       if ( FileInternal->GetBitsAllocated()>8 )
 857          vr = "OW";
 858       if ( FileInternal->GetBitsAllocated()==24 ) // For RGB ACR files
 859          vr = "OB";
 860       DataEntry *pixel =
 861          CopyDataEntry(GetFile()->GetGrPixel(),GetFile()->GetNumPixel(),vr);
 862       pixel->SetFlag(DataEntry::FLAG_PIXELDATA);
 863       pixel->SetBinArea(PixelWriteConverter->GetData(),false);
 864       pixel->SetLength(PixelWriteConverter->GetDataSize());
 865
 866       Archive->Push(photInt);
 867       Archive->Push(pixel);
 868
 869       photInt->Delete();
 870       pixel->Delete();
 871    }
 872 }
 873
 874 /**
 875  * \brief Updates the File to write RGB data (as opposed to RAW data)
 876  *       (modifies, when necessary, photochromatic interpretation,
 877  *       samples per pixel, Planar configuration,
 878  *       bits allocated, bits stored, high bit -ACR 24 bits-
 879  *       Pixels element VR, pushes out the LUT, )
 880  */
 881 void FileHelper::SetWriteToRGB()
 882 {
 883    if ( FileInternal->GetNumberOfScalarComponents()==3 )
 884    {
 885       PixelReadConverter->BuildRGBImage();
 886
 887       DataEntry *spp = CopyDataEntry(0x0028,0x0002);
 888       spp->SetString("3 ");
 889
 890       DataEntry *planConfig = CopyDataEntry(0x0028,0x0006);
 891       planConfig->SetString("0 ");
 892
 893       DataEntry *photInt = CopyDataEntry(0x0028,0x0004);
 894       photInt->SetString("RGB ");
 895
 896       if ( PixelReadConverter->GetRGB() )
 897       {
 898          PixelWriteConverter->SetReadData(PixelReadConverter->GetRGB(),
 899                                           PixelReadConverter->GetRGBSize());
 900       }
 901       else // Raw data
 902       {
 903          PixelWriteConverter->SetReadData(PixelReadConverter->GetRaw(),
 904                                           PixelReadConverter->GetRawSize());
 905       }
 906
 907       std::string vr = "OB";
 908       if ( FileInternal->GetBitsAllocated()>8 )
 909          vr = "OW";
 910       if ( FileInternal->GetBitsAllocated()==24 ) // For RGB ACR files
 911          vr = "OB";
 912       DataEntry *pixel =
 913          CopyDataEntry(GetFile()->GetGrPixel(),GetFile()->GetNumPixel(),vr);
 914       pixel->SetFlag(DataEntry::FLAG_PIXELDATA);
 915       pixel->SetBinArea(PixelWriteConverter->GetData(),false);
 916       pixel->SetLength(PixelWriteConverter->GetDataSize());
 917
 918       Archive->Push(spp);
 919       Archive->Push(planConfig);
 920       Archive->Push(photInt);
 921       Archive->Push(pixel);
 922
 923       spp->Delete();
 924       planConfig->Delete();
 925       photInt->Delete();
 926       pixel->Delete();
 927
 928       // Remove any LUT
 929       Archive->Push(0x0028,0x1101);
 930       Archive->Push(0x0028,0x1102);
 931       Archive->Push(0x0028,0x1103);
 932       Archive->Push(0x0028,0x1201);
 933       Archive->Push(0x0028,0x1202);
 934       Archive->Push(0x0028,0x1203);
 935
 936       // push out Palette Color Lookup Table UID, if any
 937       Archive->Push(0x0028,0x1199);
 938
 939       // For old '24 Bits' ACR-NEMA
 940       // Thus, we have a RGB image and the bits allocated = 24 and
 941       // samples per pixels = 1 (in the read file)
 942       if ( FileInternal->GetBitsAllocated()==24 )
 943       {
 944          DataEntry *bitsAlloc = CopyDataEntry(0x0028,0x0100);
 945          bitsAlloc->SetString("8 ");
 946
 947          DataEntry *bitsStored = CopyDataEntry(0x0028,0x0101);
 948          bitsStored->SetString("8 ");
 949
 950          DataEntry *highBit = CopyDataEntry(0x0028,0x0102);
 951          highBit->SetString("7 ");
 952
 953          Archive->Push(bitsAlloc);
 954          Archive->Push(bitsStored);
 955          Archive->Push(highBit);
 956
 957          bitsAlloc->Delete();
 958          bitsStored->Delete();
 959          highBit->Delete();
 960       }
 961    }
 962    else
 963    {
 964       SetWriteToRaw();
 965    }
 966 }
 967
 968 /**
 969  * \brief Restore the File write mode
 970  */
 971 void FileHelper::RestoreWrite()
 972 {
 973    Archive->Restore(0x0028,0x0002);
 974    Archive->Restore(0x0028,0x0004);
 975    Archive->Restore(0x0028,0x0006);
 976    Archive->Restore(GetFile()->GetGrPixel(),GetFile()->GetNumPixel());
 977
 978    // For old ACR-NEMA (24 bits problem)
 979    Archive->Restore(0x0028,0x0100);
 980    Archive->Restore(0x0028,0x0101);
 981    Archive->Restore(0x0028,0x0102);
 982
 983    // For the LUT
 984    Archive->Restore(0x0028,0x1101);
 985    Archive->Restore(0x0028,0x1102);
 986    Archive->Restore(0x0028,0x1103);
 987    Archive->Restore(0x0028,0x1201);
 988    Archive->Restore(0x0028,0x1202);
 989    Archive->Restore(0x0028,0x1203);
 990
 991    // For the Palette Color Lookup Table UID
 992    Archive->Restore(0x0028,0x1203);
 993
 994
 995    // group 0002 may be pushed out for ACR-NEMA writting purposes
 996    Archive->Restore(0x0002,0x0000);
 997    Archive->Restore(0x0002,0x0001);
 998    Archive->Restore(0x0002,0x0002);
 999    Archive->Restore(0x0002,0x0003);
1000    Archive->Restore(0x0002,0x0010);
1001    Archive->Restore(0x0002,0x0012);
1002    Archive->Restore(0x0002,0x0013);
1003    Archive->Restore(0x0002,0x0016);
1004    Archive->Restore(0x0002,0x0100);
1005    Archive->Restore(0x0002,0x0102);
1006 }
1007
1008 /**
1009  * \brief Pushes out the whole group 0002
1010  *        FIXME : better, set a flag to tell the writer not to write it ...
1011  *        FIXME : method should probably have an other name !
1012  *                SetWriteFileTypeToACR is NOT opposed to
1013  *                SetWriteFileTypeToExplicitVR and SetWriteFileTypeToImplicitVR
1014  */
1015 void FileHelper::SetWriteFileTypeToACR()
1016 {
1017    Archive->Push(0x0002,0x0000);
1018    Archive->Push(0x0002,0x0001);
1019    Archive->Push(0x0002,0x0002);
1020    Archive->Push(0x0002,0x0003);
1021    Archive->Push(0x0002,0x0010);
1022    Archive->Push(0x0002,0x0012);
1023    Archive->Push(0x0002,0x0013);
1024    Archive->Push(0x0002,0x0016);
1025    Archive->Push(0x0002,0x0100);
1026    Archive->Push(0x0002,0x0102);
1027 }
1028
1029 /**
1030  * \brief Sets in the File the TransferSyntax to 'Explicit VR Little Endian"
1031  */
1032 void FileHelper::SetWriteFileTypeToJPEG()
1033 {
1034    std::string ts = Util::DicomString(
1035       Global::GetTS()->GetSpecialTransferSyntax(TS::JPEGBaselineProcess1) );
1036
1037    DataEntry *tss = CopyDataEntry(0x0002,0x0010);
1038    tss->SetString(ts);
1039
1040    Archive->Push(tss);
1041    tss->Delete();
1042 }
1043
1044 void FileHelper::SetWriteFileTypeToExplicitVR()
1045 {
1046    std::string ts = Util::DicomString(
1047       Global::GetTS()->GetSpecialTransferSyntax(TS::ExplicitVRLittleEndian) );
1048
1049    DataEntry *tss = CopyDataEntry(0x0002,0x0010);
1050    tss->SetString(ts);
1051
1052    Archive->Push(tss);
1053    tss->Delete();
1054 }
1055
1056 /**
1057  * \brief Sets in the File the TransferSyntax to 'Implicit VR Little Endian"
1058  */
1059 void FileHelper::SetWriteFileTypeToImplicitVR()
1060 {
1061    std::string ts = Util::DicomString(
1062       Global::GetTS()->GetSpecialTransferSyntax(TS::ImplicitVRLittleEndian) );
1063
1064    DataEntry *tss = CopyDataEntry(0x0002,0x0010);
1065    tss->SetString(ts);
1066
1067    Archive->Push(tss);
1068    tss->Delete();
1069 }
1070
1071
1072 /**
1073  * \brief Restore in the File the initial group 0002
1074  */
1075 void FileHelper::RestoreWriteFileType()
1076 {
1077 }
1078
1079 /**
1080  * \brief Set the Write not to Libido format
1081  */
1082 void FileHelper::SetWriteToLibido()
1083 {
1084    DataEntry *oldRow = FileInternal->GetDataEntry(0x0028, 0x0010);
1085    DataEntry *oldCol = FileInternal->GetDataEntry(0x0028, 0x0011);
1086
1087    if ( oldRow && oldCol )
1088    {
1089       std::string rows, columns;
1090
1091       DataEntry *newRow=DataEntry::New(oldRow->GetDictEntry());
1092       DataEntry *newCol=DataEntry::New(oldCol->GetDictEntry());
1093
1094       newRow->Copy(oldCol);
1095       newCol->Copy(oldRow);
1096
1097       newRow->SetString(oldCol->GetString());
1098       newCol->SetString(oldRow->GetString());
1099
1100       Archive->Push(newRow);
1101       Archive->Push(newCol);
1102
1103       newRow->Delete();
1104       newCol->Delete();
1105    }
1106
1107    DataEntry *libidoCode = CopyDataEntry(0x0008,0x0010);
1108    libidoCode->SetString("ACRNEMA_LIBIDO_1.1");
1109    Archive->Push(libidoCode);
1110    libidoCode->Delete();
1111 }
1112
1113 /**
1114  * \brief Set the Write not to No Libido format
1115  */
1116 void FileHelper::SetWriteToNoLibido()
1117 {
1118    DataEntry *recCode = FileInternal->GetDataEntry(0x0008,0x0010);
1119    if ( recCode )
1120    {
1121       if ( recCode->GetString() == "ACRNEMA_LIBIDO_1.1" )
1122       {
1123          DataEntry *libidoCode = CopyDataEntry(0x0008,0x0010);
1124          libidoCode->SetString("");
1125          Archive->Push(libidoCode);
1126          libidoCode->Delete();
1127       }
1128    }
1129 }
1130
1131 /**
1132  * \brief Restore the Write format
1133  */
1134 void FileHelper::RestoreWriteOfLibido()
1135 {
1136    Archive->Restore(0x0028,0x0010);
1137    Archive->Restore(0x0028,0x0011);
1138    Archive->Restore(0x0008,0x0010);
1139
1140    // Restore 'LibIDO-special' entries, if any
1141    Archive->Restore(0x0028,0x0015);
1142    Archive->Restore(0x0028,0x0016);
1143    Archive->Restore(0x0028,0x0017);
1144    Archive->Restore(0x0028,0x00199);
1145 }
1146
1147 /**
1148  * \brief   Duplicates a DataEntry or creates it.
1149  * @param   group   Group number of the Entry
1150  * @param   elem  Element number of the Entry
1151  * @param   vr  Value Representation of the Entry
1152  *          FIXME : what is it used for?
1153  * \return  pointer to the new Bin Entry (NULL when creation failed).
1154  */
1155 DataEntry *FileHelper::CopyDataEntry(uint16_t group, uint16_t elem,
1156                                    const TagName &vr)
1157 {
1158    DocEntry *oldE = FileInternal->GetDocEntry(group, elem);
1159    DataEntry *newE;
1160
1161    if ( oldE && vr != GDCM_VRUNKNOWN )
1162       if ( oldE->GetVR() != vr )
1163          oldE = NULL;
1164
1165    if ( oldE )
1166    {
1167       newE = DataEntry::New(oldE->GetDictEntry());
1168       newE->Copy(oldE);
1169    }
1170    else
1171    {
1172       newE = GetFile()->NewDataEntry(group, elem, vr);
1173    }
1174
1175    return newE;
1176 }
1177
1178 /**
1179  * \brief   This method is called automatically, just before writting
1180  *         in order to produce a 'True Dicom V3' image
1181  *         We cannot know *how* the user made the File (reading an old ACR-NEMA
1182  *         file or a not very clean DICOM file ...)
1183  *
1184  *          Just before writting :
1185  *             - we check the Entries
1186  *             - we create the mandatory entries if they are missing
1187  *             - we modify the values if necessary
1188  *             - we push the sensitive entries to the Archive
1189  *          The writing process will restore the entries as they where before
1190  *          entering FileHelper::CheckMandatoryElements, so the user will always
1191  *          see the entries just as he left them.
1192  *
1193  * \todo : - warn the user if we had to add some entries :
1194  *         even if a mandatory entry is missing, we add it, with a default value
1195  *         (we don't want to give up the writting process if user forgot to
1196  *         specify Lena's Patient ID, for instance ...)
1197  *         - read the whole PS 3.3 Part of DICOM  (890 pages)
1198  *         and write a *full* checker (probably one method per Modality ...)
1199  *         Any contribution is welcome.
1200  *         - write a user callable full checker, to allow post reading
1201  *         and/or pre writting image consistency check.
1202  */
1203
1204 void FileHelper::CheckMandatoryElements()
1205 {
1206    std::string sop =  Util::CreateUniqueUID();
1207
1208    // just to remember : 'official' 0002 group
1209    if ( WriteType != ACR && WriteType != ACR_LIBIDO )
1210    {
1211      // Group 000002 (Meta Elements) already pushed out
1212
1213    //0002 0000 UL 1 Meta Group Length
1214    //0002 0001 OB 1 File Meta Information Version
1215    //0002 0002 UI 1 Media Stored SOP Class UID
1216    //0002 0003 UI 1 Media Stored SOP Instance UID
1217    //0002 0010 UI 1 Transfer Syntax UID
1218    //0002 0012 UI 1 Implementation Class UID
1219    //0002 0013 SH 1 Implementation Version Name
1220    //0002 0016 AE 1 Source Application Entity Title
1221    //0002 0100 UI 1 Private Information Creator
1222    //0002 0102 OB 1 Private Information
1223
1224    // Create them if not found
1225    // Always modify the value
1226    // Push the entries to the archive.
1227       CopyMandatoryEntry(0x0002,0x0000,"0");
1228
1229       DataEntry *e_0002_0001 = CopyDataEntry(0x0002,0x0001, "OB");
1230       e_0002_0001->SetBinArea((uint8_t*)Util::GetFileMetaInformationVersion(),
1231                                false);
1232       e_0002_0001->SetLength(2);
1233       Archive->Push(e_0002_0001);
1234
1235    // Potentialy post-processed image --> [Secondary Capture Image Storage]
1236    // 'Media Storage SOP Class UID'
1237       CopyMandatoryEntry(0x0002,0x0002,"1.2.840.10008.5.1.4.1.1.7");
1238
1239    // 'Media Storage SOP Instance UID'
1240       CopyMandatoryEntry(0x0002,0x0003,sop);
1241
1242    // 'Implementation Class UID'
1243       CopyMandatoryEntry(0x0002,0x0012,Util::CreateUniqueUID());
1244
1245    // 'Implementation Version Name'
1246       std::string version = "GDCM ";
1247       version += Util::GetVersion();
1248       CopyMandatoryEntry(0x0002,0x0013,version);
1249    }
1250
1251    // Push out 'LibIDO-special' entries, if any
1252    Archive->Push(0x0028,0x0015);
1253    Archive->Push(0x0028,0x0016);
1254    Archive->Push(0x0028,0x0017);
1255    Archive->Push(0x0028,0x00199);
1256
1257    // Deal with the pb of (Bits Stored = 12)
1258    // - we're gonna write the image as Bits Stored = 16
1259    if ( FileInternal->GetEntryString(0x0028,0x0100) ==  "12")
1260    {
1261       CopyMandatoryEntry(0x0028,0x0100,"16");
1262    }
1263
1264    // Check if user wasn't drunk ;-)
1265
1266    std::ostringstream s;
1267    // check 'Bits Allocated' vs decent values
1268    int nbBitsAllocated = FileInternal->GetBitsAllocated();
1269    if ( nbBitsAllocated == 0 || nbBitsAllocated > 32)
1270    {
1271       CopyMandatoryEntry(0x0028,0x0100,"16");
1272       gdcmWarningMacro("(0028,0100) changed from "
1273          << nbBitsAllocated << " to 16 for consistency purpose");
1274       nbBitsAllocated = 16;
1275    }
1276    // check 'Bits Stored' vs 'Bits Allocated'
1277    int nbBitsStored = FileInternal->GetBitsStored();
1278    if ( nbBitsStored == 0 || nbBitsStored > nbBitsAllocated )
1279    {
1280       s.str("");
1281       s << nbBitsAllocated;
1282       CopyMandatoryEntry(0x0028,0x0101,s.str());
1283       gdcmWarningMacro("(0028,0101) changed from "
1284                        << nbBitsStored << " to " << nbBitsAllocated
1285                        << " for consistency purpose" );
1286       nbBitsStored = nbBitsAllocated;
1287     }
1288    // check 'Hight Bit Position' vs 'Bits Allocated' and 'Bits Stored'
1289    int highBitPosition = FileInternal->GetHighBitPosition();
1290    if ( highBitPosition == 0 ||
1291         highBitPosition > nbBitsAllocated-1 ||
1292         highBitPosition < nbBitsStored-1  )
1293    {
1294       s.str("");
1295       s << nbBitsStored - 1;
1296       CopyMandatoryEntry(0x0028,0x0102,s.str());
1297       gdcmWarningMacro("(0028,0102) changed from "
1298                        << highBitPosition << " to " << nbBitsAllocated-1
1299                        << " for consistency purpose");
1300    }
1301   // --- Check UID-related Entries ---
1302
1303    // If 'SOP Class UID' exists ('true DICOM' image)
1304    // we create the 'Source Image Sequence' SeqEntry
1305    // to hold informations about the Source Image
1306
1307    DataEntry *e_0008_0016 = FileInternal->GetDataEntry(0x0008, 0x0016);
1308    if ( e_0008_0016 )
1309    {
1310       // Create 'Source Image Sequence' SeqEntry
1311       SeqEntry *sis = SeqEntry::New (
1312             Global::GetDicts()->GetDefaultPubDict()->GetEntry(0x0008, 0x2112) );
1313       SQItem *sqi = new SQItem(1);
1314       // (we assume 'SOP Instance UID' exists too)
1315       // create 'Referenced SOP Class UID'
1316       DataEntry *e_0008_1150 = DataEntry::New(
1317             Global::GetDicts()->GetDefaultPubDict()->GetEntry(0x0008, 0x1150) );
1318       e_0008_1150->SetString( e_0008_0016->GetString());
1319       sqi->AddEntry(e_0008_1150);
1320
1321       // create 'Referenced SOP Instance UID'
1322       DataEntry *e_0008_0018 = FileInternal->GetDataEntry(0x0008, 0x0018);
1323       DataEntry *e_0008_1155 = DataEntry::New(
1324             Global::GetDicts()->GetDefaultPubDict()->GetEntry(0x0008, 0x1155) );
1325       e_0008_1155->SetString( e_0008_0018->GetString());
1326       sqi->AddEntry(e_0008_1155);
1327
1328       sis->AddSQItem(sqi,1);
1329       // temporarily replaces any previous 'Source Image Sequence'
1330       Archive->Push(sis);
1331       sis->Delete();
1332
1333       // 'Image Type' (The written image is no longer an 'ORIGINAL' one)
1334       CopyMandatoryEntry(0x0008,0x0008,"DERIVED\\PRIMARY");
1335    }
1336
1337    // At the end, not to overwrite the original ones,
1338    // needed by 'Referenced SOP Instance UID', 'Referenced SOP Class UID'
1339    // 'SOP Instance UID'
1340    CopyMandatoryEntry(0x0008,0x0018,sop);
1341
1342    // whether a 'SOP Class UID' already exists or not in the original image
1343    // the gdcm written image *is* a [Secondary Capture Image Storage] !
1344    // 'SOP Class UID' : [Secondary Capture Image Storage]
1345    CopyMandatoryEntry(0x0008,0x0016,"1.2.840.10008.5.1.4.1.1.7");
1346
1347 // ---- The user will never have to take any action on the following ----.
1348    // new value for 'SOP Instance UID'
1349    //SetMandatoryEntry(0x0008,0x0018,Util::CreateUniqueUID());
1350
1351    // Instance Creation Date
1352    CopyMandatoryEntry(0x0008,0x0012,Util::GetCurrentDate().c_str());
1353
1354    // Instance Creation Time
1355    CopyMandatoryEntry(0x0008,0x0013,Util::GetCurrentTime().c_str());
1356
1357 // ----- Add Mandatory Entries if missing ---
1358     // Entries whose type is 1 are mandatory, with a mandatory value
1359     // Entries whose type is 1c are mandatory-inside-a-Sequence,
1360     //                          with a mandatory value
1361     // Entries whose type is 2 are mandatory, with an optional value
1362     // Entries whose type is 2c are mandatory-inside-a-Sequence,
1363     //                          with an optional value
1364     // Entries whose type is 3 are optional
1365
1366    // 'Study Instance UID'
1367    // Keep the value if exists
1368    // The user is allowed to create his own Study,
1369    //          keeping the same 'Study Instance UID' for various images
1370    // The user may add images to a 'Manufacturer Study',
1371    //          adding new series to an already existing Study
1372    CheckMandatoryEntry(0x0020,0x000d,Util::CreateUniqueUID());
1373
1374    // 'Serie Instance UID'
1375    // Keep the value if exists
1376    // The user is allowed to create his own Series,
1377    // keeping the same 'Serie Instance UID' for various images
1378    // The user shouldn't add any image to a 'Manufacturer Serie'
1379    // but there is no way no to allowed him to do that
1380    CheckMandatoryEntry(0x0020,0x000e,Util::CreateUniqueUID());
1381
1382    // Modality : if missing we set it to 'OTher'
1383    CheckMandatoryEntry(0x0008,0x0060,"OT");
1384
1385    // Manufacturer : if missing we set it to 'GDCM Factory'
1386    CheckMandatoryEntry(0x0008,0x0070,"GDCM Factory");
1387
1388    // Institution Name : if missing we set it to 'GDCM Hospital'
1389    CheckMandatoryEntry(0x0008,0x0080,"GDCM Hospital");
1390
1391    // Patient's Name : if missing, we set it to 'GDCM^Patient'
1392    CheckMandatoryEntry(0x0010,0x0010,"GDCM^Patient");
1393
1394    // Patient's Birth Date : 'type 2' entry -> must exist, value not mandatory
1395    CheckMandatoryEntry(0x0010,0x0030,"");
1396
1397    // Patient's Sex :'type 2' entry -> must exist, value not mandatory
1398    CheckMandatoryEntry(0x0010,0x0040,"");
1399
1400    // Referring Physician's Name :'type 2' entry -> must exist, value not mandatory
1401    CheckMandatoryEntry(0x0008,0x0090,"");
1402
1403     // Pixel Spacing : defaulted to 1.0\1.0
1404    CheckMandatoryEntry(0x0028,0x0030,"1.0\\1.0");
1405
1406    // Remove some inconstencies (probably some more will be added)
1407
1408    // if (0028 0008)Number of Frames exists
1409    //    Push out (0020 0052),Frame of Reference UID
1410    //    (only meaningfull within a Serie)
1411    DataEntry *e_0028_0008 = FileInternal->GetDataEntry(0x0028, 0x0008);
1412    if ( !e_0028_0008 )
1413    {
1414       Archive->Push(0x0020, 0X0052);
1415    }
1416 }
1417
1418 void FileHelper::CheckMandatoryEntry(uint16_t group,uint16_t elem,std::string value)
1419 {
1420    DataEntry *entry = FileInternal->GetDataEntry(group,elem);
1421    if ( !entry )
1422    {
1423       entry = DataEntry::New(Global::GetDicts()->GetDefaultPubDict()->GetEntry(group,elem));
1424       entry->SetString(value);
1425       Archive->Push(entry);
1426       entry->Delete();
1427    }
1428 }
1429
1430 void FileHelper::SetMandatoryEntry(uint16_t group,uint16_t elem,std::string value)
1431 {
1432    DataEntry *entry = DataEntry::New(Global::GetDicts()->GetDefaultPubDict()->GetEntry(group,elem));
1433    entry->SetString(value);
1434    Archive->Push(entry);
1435    entry->Delete();
1436 }
1437
1438 void FileHelper::CopyMandatoryEntry(uint16_t group,uint16_t elem,std::string value)
1439 {
1440    DataEntry *entry = CopyDataEntry(group,elem);
1441    entry->SetString(value);
1442    Archive->Push(entry);
1443    entry->Delete();
1444 }
1445
1446 /**
1447  * \brief Restore in the File the initial group 0002
1448  */
1449 void FileHelper::RestoreWriteMandatory()
1450 {
1451    // group 0002 may be pushed out for ACR-NEMA writting purposes
1452    Archive->Restore(0x0002,0x0000);
1453    Archive->Restore(0x0002,0x0001);
1454    Archive->Restore(0x0002,0x0002);
1455    Archive->Restore(0x0002,0x0003);
1456    Archive->Restore(0x0002,0x0010);
1457    Archive->Restore(0x0002,0x0012);
1458    Archive->Restore(0x0002,0x0013);
1459    Archive->Restore(0x0002,0x0016);
1460    Archive->Restore(0x0002,0x0100);
1461    Archive->Restore(0x0002,0x0102);
1462
1463    Archive->Restore(0x0008,0x0012);
1464    Archive->Restore(0x0008,0x0013);
1465    Archive->Restore(0x0008,0x0016);
1466    Archive->Restore(0x0008,0x0018);
1467    Archive->Restore(0x0008,0x0060);
1468    Archive->Restore(0x0008,0x0070);
1469    Archive->Restore(0x0008,0x0080);
1470    Archive->Restore(0x0008,0x0090);
1471    Archive->Restore(0x0008,0x2112);
1472
1473    Archive->Restore(0x0010,0x0010);
1474    Archive->Restore(0x0010,0x0030);
1475    Archive->Restore(0x0010,0x0040);
1476
1477    Archive->Restore(0x0020,0x000d);
1478    Archive->Restore(0x0020,0x000e);
1479 }
1480
1481 //-----------------------------------------------------------------------------
1482 // Private
1483 /**
1484  * \brief Factorization for various forms of constructors.
1485  */
1486 void FileHelper::Initialize()
1487 {
1488    UserFunction = 0;
1489
1490    WriteMode = WMODE_RAW;
1491    WriteType = ExplicitVR;
1492
1493    PixelReadConverter  = new PixelReadConvert;
1494    PixelWriteConverter = new PixelWriteConvert;
1495    Archive = new DocEntryArchive( FileInternal );
1496 }
1497
1498 /**
1499  * \brief Reads/[decompresses] the pixels,
1500  *        *without* making RGB from Palette Colors
1501  * @return the pixels area, whatever its type
1502  *         (uint8_t is just for prototyping : feel free to Cast it)
1503  */
1504 uint8_t *FileHelper::GetRaw()
1505 {
1506    PixelReadConverter->SetUserFunction( UserFunction );
1507
1508    uint8_t *raw = PixelReadConverter->GetRaw();
1509    if ( ! raw )
1510    {
1511       // The Raw image migth not be loaded yet:
1512       std::ifstream *fp = FileInternal->OpenFile();
1513       PixelReadConverter->ReadAndDecompressPixelData( fp );
1514       if ( fp )
1515          FileInternal->CloseFile();
1516
1517       raw = PixelReadConverter->GetRaw();
1518       if ( ! raw )
1519       {
1520          gdcmWarningMacro( "Read/decompress of pixel data apparently went wrong.");
1521          return 0;
1522       }
1523    }
1524    return raw;
1525 }
1526
1527 //-----------------------------------------------------------------------------
1528 /**
1529  * \brief   Prints the common part of DataEntry, SeqEntry
1530  * @param   os ostream we want to print in
1531  * @param indent (unused)
1532  */
1533 void FileHelper::Print(std::ostream &os, std::string const &)
1534 {
1535    FileInternal->SetPrintLevel(PrintLevel);
1536    FileInternal->Print(os);
1537
1538    if ( FileInternal->IsReadable() )
1539    {
1540       PixelReadConverter->SetPrintLevel(PrintLevel);
1541       PixelReadConverter->Print(os);
1542    }
1543 }
1544
1545 //-----------------------------------------------------------------------------
1546 } // end namespace gdcm