src/gdcmFileHelper.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: gdcmFileHelper.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6
   7   Date:      $Date: 2007/08/28 14:05:33 $
   8   Version:   $Revision: 1.124 $
   9
  10   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  11   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  12   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  13
  14      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  15      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  17
  18 =========================================================================*/
  19
  20 #include "gdcmFileHelper.h"
  21 #include "gdcmGlobal.h"
  22 #include "gdcmTS.h"
  23 #include "gdcmDocument.h"
  24 #include "gdcmDebug.h"
  25 #include "gdcmUtil.h"
  26 #include "gdcmSeqEntry.h"
  27 #include "gdcmSQItem.h"
  28 #include "gdcmDataEntry.h"
  29 #include "gdcmDocEntry.h"
  30 #include "gdcmFile.h"
  31 #include "gdcmPixelReadConvert.h"
  32 #include "gdcmPixelWriteConvert.h"
  33 #include "gdcmDocEntryArchive.h"
  34 #include "gdcmDictSet.h"
  35 #include "gdcmOrientation.h"
  36
  37 #if defined(__BORLANDC__)
  38    #include <mem.h> // for memset
  39 #endif
  40
  41 #include <fstream>
  42
  43 /*
  44 // ----------------------------- WARNING -------------------------
  45
  46 These lines will be moved to the document-to-be 'User's Guide'
  47
  48 // To read an image, user needs a gdcm::File
  49 gdcm::File *f = new gdcm::File(fileName);
  50 // or (advanced) :
  51 // user may also decide he doesn't want to load some parts of the header
  52 gdcm::File *f = new gdcm::File();
  53 f->SetFileName(fileName);
  54    f->SetLoadMode(LD_NOSEQ);               // or
  55    f->SetLoadMode(LD_NOSHADOW);            // or
  56    f->SetLoadMode(LD_NOSEQ | LD_NOSHADOW); // or
  57    f->SetLoadMode(LD_NOSHADOWSEQ);
  58 f->Load();
  59
  60 // To decide whether it's an 'image of interest for him, or not,
  61 // user can now check some values
  62 std::string v = f->GetEntryValue(groupNb,ElementNb);
  63
  64 // to get the pixels, user needs a gdcm::FileHelper
  65 gdcm::FileHelper *fh = new gdcm::FileHelper(f);
  66
  67 // user may ask not to convert Palette (if any) to RGB
  68 uint8_t *pixels = fh->GetImageDataRaw();
  69 int imageLength = fh->GetImageDataRawSize();
  70
  71 // He can now use the pixels, create a new image, ...
  72 uint8_t *userPixels = ...
  73
  74 //To re-write the image, user re-uses the gdcm::FileHelper
  75 gdcm::File *fh = new gdcm::FileHelper();
  76
  77 fh->SetTypeToRaw(); // Even if it was possible to convert Palette to RGB
  78                     // (WriteMode is set)
  79
  80 // If user wants to write the file as MONOCHROME1 (0=white)
  81 fh->SetPhotometricInterpretationToMonochrome1();
  82
  83 fh->SetWriteTypeToDcmExpl();  // he wants Explicit Value Representation
  84                               // Little Endian is the default,
  85                               // bigendian not supported for writting
  86                                 (-->SetWriteType(ExplicitVR);)
  87                                    -->WriteType = ExplicitVR;
  88 fh->SetWriteTypeToJPEG();     // lossless compression
  89 fh->SetWriteTypeToJPEG2000(); // lossless compression
  90
  91 fh->SetImageData( userPixels, userPixelsLength);
  92 or
  93 fh->SetUserData( userPixels, userPixelsLength); // this one performs compression, when required
  94
  95 fh->Write(newFileName);      // overwrites the file, if any
  96
  97
  98
  99
 100 These lines will be moved to the document-to-be 'Developer's Guide'
 101
 102 WriteMode : WMODE_RAW / WMODE_RGB
 103 WriteType : ImplicitVR, ExplicitVR, ACR, ACR_LIBIDO
 104 PhotometricInterpretation : MONOCHROME2 (0=black), MONOCHROME2 (0=white)
 105
 106 fh->SetImageData( userPixels, userPixelsLength);
 107 or
 108 fh->SetUserData( userPixels, userPixelsLength);
 109    PixelWriteConverter->SetUserData(inData, expectedSize);
 110
 111
 112 fh->SetWriteMode(WMODE_RAW / WMODE_RGB)
 113
 114 fh->SetWriteType( ImplicitVR/ExplicitVR/ACR/ACR_LIBIDO/JPEG/JPEG2000)
 115
 116 fh->Write(newFileName);
 117    CheckMandatoryElements(); // Checks existing ones / Add missing ones
 118    Fix VR if unknown elements
 119    SetWriteFileTypeToImplicitVR() / SetWriteFileTypeToExplicitVR(); /
 120    SetWriteFileTypeToACR() / SetWriteFileTypeToJPEG() / SetWriteFileTypeToJ2K()
 121       (Modifies TransferSyntax if any; Pushes to the Archives old one)
 122    SetWriteToRaw(); / SetWriteToRGB();
 123       (Modifies and pushes to the Archive, when necessary : photochr. interp.,
 124        samples per pixel, Planar configuration,
 125        bits allocated, bits stored, high bit -ACR 24 bits-
 126        Pixels element VR, pushes out the LUT )
 127           SetWriteToRaw()
 128              Sets Photometric Interpretation
 129              DataEntry *pixel =CopyDataEntry(7fe0,0010,VR)
 130              Sets VR, BinArea, Length for PixelData
 131              if MONOCHROME1
 132                 ConvertFixGreyLevels
 133              Archive->Push(photInt);
 134              Archive->Push(pixel);
 135              photInt->Delete();
 136              pixel->Delete();
 137         SetWriteToRGB()
 138            if NumberOfScalarComponents==1
 139               SetWriteToRaw(); return;
 140            PixelReadConverter->BuildRGBImage()
 141            DataEntry *pixel =CopyDataEntry(7fe0,0010,VR)
 142            Archives spp, planConfig,photInt, pixel
 143            Pushes out any LUT
 144    CheckWriteIntegrity();
 145       (checks user given pixels length)
 146    FileInternal->Write(fileName,WriteType)
 147       fp = opens file(fileName); // out|binary
 148       ComputeGroup0002Length( );
 149       Document::WriteContent(fp, writetype);
 150          writes Dicom File Preamble not ACR-NEMA
 151          ElementSet::WriteContent(fp, writetype);
 152             writes recursively all DataElements
 153    RestoreWrite();
 154          (moves back to the gdcm::File all the archived elements)
 155 */
 156
 157
 158
 159
 160 namespace GDCM_NAME_SPACE
 161 {
 162 typedef std::map<uint16_t, int> GroupHT;    //  Hash Table
 163 //-------------------------------------------------------------------------
 164 // Constructor / Destructor
 165 /**
 166  * \brief Constructor dedicated to deal with the *pixels* area of a ACR/DICOMV3
 167  *        file (gdcm::File only deals with the ... header)
 168  *        Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
 169  *        for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
 170  *        It will be up to the user to load the pixels into memory
 171  *        ( GetImageDataSize() + GetImageData() methods)
 172  * \note  the in-memory representation of all available tags found in
 173  *        the DICOM header is post-poned to first header information access.
 174  *        This avoid a double parsing of public part of the header when
 175  *        one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
 176  *        seen as a side effect).
 177  */
 178 FileHelper::FileHelper( )
 179 {
 180    FileInternal = File::New( );
 181    Initialize();
 182 }
 183
 184 /**
 185  * \brief Constructor dedicated to deal with the *pixels* area of a ACR/DICOMV3
 186  *        file (File only deals with the ... header)
 187  *        Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
 188  *        for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
 189  *        It will be up to the user to load the pixels into memory
 190  *        ( GetImageDataSize() + GetImageData() methods)
 191  * \note  the in-memory representation of all available tags found in
 192  *        the DICOM header is post-poned to first header information access.
 193  *        This avoid a double parsing of public part of the header when
 194  *        user sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
 195  *        seen as a side effect).
 196  * @param header already built Header
 197  */
 198 FileHelper::FileHelper(File *header)
 199 {
 200    gdcmAssertMacro(header);
 201
 202    FileInternal = header;
 203    FileInternal->Register();
 204    Initialize();
 205    if ( FileInternal->IsReadable() )
 206    {
 207       PixelReadConverter->GrabInformationsFromFile( FileInternal, this );
 208    }
 209 }
 210
 211 /**
 212  * \brief canonical destructor
 213  * \note  If the header (gdcm::File) was created by the FileHelper constructor,
 214  *        it is destroyed by the FileHelper
 215  */
 216 FileHelper::~FileHelper()
 217 {
 218    if ( PixelReadConverter )
 219    {
 220       delete PixelReadConverter;
 221    }
 222    if ( PixelWriteConverter )
 223    {
 224       delete PixelWriteConverter;
 225    }
 226    if ( Archive )
 227    {
 228       delete Archive;
 229    }
 230
 231    FileInternal->Unregister();
 232 }
 233
 234 //-----------------------------------------------------------------------------
 235 // Public
 236
 237 /**
 238  * \brief Sets the LoadMode of the internal gdcm::File as a boolean string.
 239  *        NO_SEQ, NO_SHADOW, NO_SHADOWSEQ ... (nothing more, right now)
 240  *        WARNING : before using NO_SHADOW, be sure *all* your files
 241  *        contain accurate values in the 0x0000 element (if any)
 242  *        of *each* Shadow Group. The parser will fail if the size is wrong !
 243  * @param   loadMode Load mode to be used
 244  */
 245 void FileHelper::SetLoadMode(int loadMode)
 246 {
 247    GetFile()->SetLoadMode( loadMode );
 248 }
 249 /**
 250  * \brief Sets the LoadMode of the internal gdcm::File
 251  * @param  fileName name of the file to be open
 252  */
 253 void FileHelper::SetFileName(std::string const &fileName)
 254 {
 255    FileInternal->SetFileName( fileName );
 256 }
 257
 258 /**
 259  * \brief   Loader
 260  * @return false if file cannot be open or no swap info was found,
 261  *         or no tag was found.
 262  */
 263 bool FileHelper::Load()
 264 {
 265    if ( !FileInternal->Load() )
 266       return false;
 267
 268    PixelReadConverter->GrabInformationsFromFile( FileInternal, this );
 269    return true;
 270 }
 271
 272 /**
 273  * \brief   Accesses an existing DataEntry through its (group, element)
 274  *          and modifies its content with the given value.
 275  * @param   content new value (string) to substitute with
 276  * @param   group  group number of the Dicom Element to modify
 277  * @param   elem element number of the Dicom Element to modify
 278  * \return  false if DataEntry not found
 279  */
 280 bool FileHelper::SetEntryString(std::string const &content,
 281                                 uint16_t group, uint16_t elem)
 282 {
 283    return FileInternal->SetEntryString(content, group, elem);
 284 }
 285
 286
 287 /**
 288  * \brief   Accesses an existing DataEntry through its (group, element)
 289  *          and modifies its content with the given value.
 290  * @param   content new value (void*  -> uint8_t*) to substitute with
 291  * @param   lgth new value length
 292  * @param   group  group number of the Dicom Element to modify
 293  * @param   elem element number of the Dicom Element to modify
 294  * \return  false if DataEntry not found
 295  */
 296 bool FileHelper::SetEntryBinArea(uint8_t *content, int lgth,
 297                                  uint16_t group, uint16_t elem)
 298 {
 299    return FileInternal->SetEntryBinArea(content, lgth, group, elem);
 300 }
 301
 302 /**
 303  * \brief   Modifies the value of a given DataEntry when it exists.
 304  *          Creates it with the given value when unexistant.
 305  * @param   content (string) value to be set
 306  * @param   group   Group number of the Entry
 307  * @param   elem  Element number of the Entry
 308  * @param   vr  Value Representation of the DataElement to be inserted
 309  * \return  pointer to the modified/created DataEntry (NULL when creation
 310  *          failed).
 311  */
 312 DataEntry *FileHelper::InsertEntryString(std::string const &content,
 313                                          uint16_t group, uint16_t elem,
 314                                          VRKey const &vr )
 315 {
 316    return FileInternal->InsertEntryString(content, group, elem, vr);
 317 }
 318
 319 /**
 320  * \brief   Modifies the value of a given DataEntry when it exists.
 321  *          Creates it with the given value when unexistant.
 322  *          A copy of the binArea is made to be kept in the Document.
 323  * @param   binArea (binary) value to be set
 324  * @param   lgth new value length
 325  * @param   group   Group number of the Entry
 326  * @param   elem  Element number of the Entry
 327  * @param   vr  Value Representation of the DataElement to be inserted
 328  * \return  pointer to the modified/created DataEntry (NULL when creation
 329  *          failed).
 330  */
 331 DataEntry *FileHelper::InsertEntryBinArea(uint8_t *binArea, int lgth,
 332                                           uint16_t group, uint16_t elem,
 333                                           VRKey const &vr )
 334 {
 335    return FileInternal->InsertEntryBinArea(binArea, lgth, group, elem, vr);
 336 }
 337
 338 /**
 339  * \brief   Adds an empty SeqEntry
 340  *          (remove any existing entry with same group,elem)
 341  * @param   group   Group number of the Entry
 342  * @param   elem  Element number of the Entry
 343  * \return  pointer to the created SeqEntry (NULL when creation
 344  *          failed).
 345  */
 346 SeqEntry *FileHelper::InsertSeqEntry(uint16_t group, uint16_t elem)
 347 {
 348    return FileInternal->InsertSeqEntry(group, elem);
 349 }
 350
 351 /**
 352  * \brief   Get the size of the image data
 353  *          If the image can be RGB (with a lut or by default), the size
 354  *          corresponds to the RGB image
 355  *         (use GetImageDataRawSize if you want to be sure to get *only*
 356  *          the size of the pixels)
 357  * @return  The image size
 358  */
 359 size_t FileHelper::GetImageDataSize()
 360 {
 361    if ( PixelWriteConverter->GetUserData() )
 362    {
 363       return PixelWriteConverter->GetUserDataSize();
 364    }
 365    return PixelReadConverter->GetRGBSize();
 366 }
 367
 368 /**
 369  * \brief   Get the size of the image data.
 370  *          If the image could be converted to RGB using a LUT,
 371  *          this transformation is not taken into account by GetImageDataRawSize
 372  *          (use GetImageDataSize if you wish)
 373  * @return  The raw image size
 374  */
 375 size_t FileHelper::GetImageDataRawSize()
 376 {
 377    if ( PixelWriteConverter->GetUserData() )
 378    {
 379       return PixelWriteConverter->GetUserDataSize();
 380    }
 381    return PixelReadConverter->GetRawSize();
 382 }
 383
 384 /**
 385  * \brief brings pixels into memory :
 386  *          - Allocates necessary memory,
 387  *          - Reads the pixels from disk (uncompress if necessary),
 388  *          - Transforms YBR pixels, if any, into RGB pixels,
 389  *          - Transforms 3 planes R, G, B, if any, into a single RGB Plane
 390  *          - Transforms single Grey plane + 3 Palettes into a RGB Plane
 391  *          - Copies the pixel data (image[s]/volume[s]) to newly allocated zone.
 392  * @return  Pointer to newly allocated pixel data.
 393  *          (uint8_t is just for prototyping. feel free to cast)
 394  *          NULL if alloc fails
 395  */
 396 uint8_t *FileHelper::GetImageData()
 397 {
 398    if ( PixelWriteConverter->GetUserData() )
 399    {
 400       return PixelWriteConverter->GetUserData();
 401    }
 402
 403    if ( ! GetRaw() )
 404    {
 405       // If the decompression failed nothing can be done.
 406       return 0;
 407    }
 408
 409    if ( FileInternal->HasLUT() && PixelReadConverter->BuildRGBImage() )
 410    {
 411       return PixelReadConverter->GetRGB();
 412    }
 413    else
 414    {
 415       // When no LUT or LUT conversion fails, return the Raw
 416       return PixelReadConverter->GetRaw();
 417    }
 418 }
 419
 420 /**
 421  * \brief brings pixels into memory :
 422  *          - Allocates necessary memory,
 423  *          - Transforms YBR pixels (if any) into RGB pixels
 424  *          - Transforms 3 planes R, G, B  (if any) into a single RGB Plane
 425  *          - Copies the pixel data (image[s]/volume[s]) to newly allocated zone.
 426  *          - DOES NOT transform Grey plane + 3 Palettes into a RGB Plane
 427  * @return  Pointer to newly allocated pixel data.
 428  *          (uint8_t is just for prototyping. feel free to cast)
 429  *          NULL if alloc fails
 430  */
 431 uint8_t *FileHelper::GetImageDataRaw ()
 432 {
 433    return GetRaw();
 434 }
 435
 436 //#ifndef GDCM_LEGACY_REMOVE
 437 /*
 438  * \brief   Useless function, since PixelReadConverter forces us
 439  *          copy the Pixels anyway.
 440  *          Reads the pixels from disk (uncompress if necessary),
 441  *          Transforms YBR pixels, if any, into RGB pixels
 442  *          Transforms 3 planes R, G, B, if any, into a single RGB Plane
 443  *          Transforms single Grey plane + 3 Palettes into a RGB Plane
 444  *          Copies at most MaxSize bytes of pixel data to caller allocated
 445  *          memory space.
 446  * \warning This function allows people that want to build a volume
 447  *          from an image stack *not to* have, first to get the image pixels,
 448  *          and then move them to the volume area.
 449  *          It's absolutely useless for any VTK user since vtk chooses
 450  *          to invert the lines of an image, that is the last line comes first
 451  *          (for some axis related reasons?). Hence he will have
 452  *          to load the image line by line, starting from the end.
 453  *          VTK users have to call GetImageData
 454  *
 455  * @param   destination Address (in caller's memory space) at which the
 456  *          pixel data should be copied
 457  * @param   maxSize Maximum number of bytes to be copied. When MaxSize
 458  *          is not sufficient to hold the pixel data the copy is not
 459  *          executed (i.e. no partial copy).
 460  * @return  On success, the number of bytes actually copied. Zero on
 461  *          failure e.g. MaxSize is lower than necessary.
 462  */
 463  /*
 464 size_t FileHelper::GetImageDataIntoVector (void *destination, size_t maxSize)
 465 {
 466    if ( ! GetRaw() )
 467    {
 468       // If the decompression failed nothing can be done.
 469       return 0;
 470    }
 471
 472    if ( FileInternal->HasLUT() && PixelReadConverter->BuildRGBImage() )
 473    {
 474       if ( PixelReadConverter->GetRGBSize() > maxSize )
 475       {
 476          gdcmWarningMacro( "Pixel data bigger than caller's expected MaxSize");
 477          return 0;
 478       }
 479       memcpy( destination,
 480               (void*)PixelReadConverter->GetRGB(),
 481               PixelReadConverter->GetRGBSize() );
 482       return PixelReadConverter->GetRGBSize();
 483    }
 484
 485    // Either no LUT conversion necessary or LUT conversion failed
 486    if ( PixelReadConverter->GetRawSize() > maxSize )
 487    {
 488       gdcmWarningMacro( "Pixel data bigger than caller's expected MaxSize");
 489       return 0;
 490    }
 491    memcpy( destination,
 492            (void *)PixelReadConverter->GetRaw(),
 493            PixelReadConverter->GetRawSize() );
 494    return PixelReadConverter->GetRawSize();
 495 }
 496 */
 497 //#endif
 498
 499 /**
 500  * \brief   Points the internal pointer to the callers inData
 501  *          image representation, BUT WITHOUT COPYING THE DATA.
 502  *          'image' Pixels are presented as C-like 2D arrays : line per line.
 503  *          'volume'Pixels are presented as C-like 3D arrays : plane per plane
 504  * \warning Since the pixels are not copied, it is the caller's responsability
 505  *          not to deallocate its data before gdcm uses them (e.g. with
 506  *          the Write() method )
 507  * @param inData user supplied pixel area (uint8_t* is just for the compiler.
 508  *               user is allowed to pass any kind of pixels since the size is
 509  *               given in bytes)
 510  * @param expectedSize total image size, *in Bytes*
 511  */
 512 void FileHelper::SetImageData(uint8_t *inData, size_t expectedSize)
 513 {
 514    PixelWriteConverter->SetUserData(inData, expectedSize);
 515    /// \todo : shouldn't we call SetCompressJPEGUserData/SetCompressJPEG2000UserData
 516    ///         here, too?
 517 }
 518
 519 /**
 520  * \brief   Set the image data defined by the user
 521  * \warning When writting the file, this data are get as default data to write
 522  * @param inData user supplied pixel area (uint8_t* is just for the compiler.
 523  *               user is allowed to pass any kind of pixels since the size is
 524  *               given in bytes)
 525  * @param expectedSize total image size, *in Bytes*
 526  */
 527 void FileHelper::SetUserData(uint8_t *inData, size_t expectedSize)
 528 {
 529   // Shouldn't we move theese lines to FileHelper::Write()?
 530 /*
 531    if( WriteType == JPEG2000 )
 532    {
 533       PixelWriteConverter->SetCompressJPEG2000UserData(inData, expectedSize, FileInternal);
 534    }
 535    else if( WriteType == JPEG )
 536    {
 537       PixelWriteConverter->SetCompressJPEGUserData(inData, expectedSize, FileInternal);
 538    }
 539    else
 540    {
 541       PixelWriteConverter->SetUserData(inData, expectedSize);
 542    }
 543    */
 544    // Just try!
 545    PixelWriteConverter->SetUserData(inData, expectedSize);
 546 }
 547
 548 /**
 549  * \brief   Get the image data defined by the user
 550  * \warning When writting the file, this data are get as default data to write
 551  */
 552 uint8_t *FileHelper::GetUserData()
 553 {
 554    return PixelWriteConverter->GetUserData();
 555 }
 556
 557 /**
 558  * \brief   Get the image data size defined by the user
 559  * \warning When writting the file, this data are get as default data to write
 560  */
 561 size_t FileHelper::GetUserDataSize()
 562 {
 563    return PixelWriteConverter->GetUserDataSize();
 564 }
 565
 566 /**
 567  * \brief   Get the image data from the file.
 568  *          If a LUT is found, the data are expanded to be RGB
 569  */
 570 uint8_t *FileHelper::GetRGBData()
 571 {
 572    return PixelReadConverter->GetRGB();
 573 }
 574
 575 /**
 576  * \brief   Get the image data size from the file.
 577  *          If a LUT is found, the data are expanded to be RGB
 578  */
 579 size_t FileHelper::GetRGBDataSize()
 580 {
 581    return PixelReadConverter->GetRGBSize();
 582 }
 583
 584 /**
 585  * \brief   Get the image data from the file.
 586  *          Even when a LUT is found, the data are not expanded to RGB!
 587  */
 588 uint8_t *FileHelper::GetRawData()
 589 {
 590    return PixelReadConverter->GetRaw();
 591 }
 592
 593 /**
 594  * \brief   Get the image data size from the file.
 595  *          Even when a LUT is found, the data are not expanded to RGB!
 596  */
 597 size_t FileHelper::GetRawDataSize()
 598 {
 599    return PixelReadConverter->GetRawSize();
 600 }
 601
 602 /**
 603  * \brief Access to the underlying \ref PixelReadConverter RGBA LUT
 604  */
 605 uint8_t* FileHelper::GetLutRGBA()
 606 {
 607    if ( PixelReadConverter->GetLutRGBA() ==0 )
 608       PixelReadConverter->BuildLUTRGBA();
 609    return PixelReadConverter->GetLutRGBA();
 610 }
 611
 612 /**
 613  * \brief Access to the underlying \ref PixelReadConverter RGBA LUT Item Number
 614  */
 615 int FileHelper::GetLutItemNumber()
 616 {
 617    return PixelReadConverter->GetLutItemNumber();
 618 }
 619
 620 /**
 621  * \brief Access to the underlying \ref PixelReadConverter RGBA LUT Item Size
 622  */
 623 int FileHelper::GetLutItemSize()
 624 {
 625    return PixelReadConverter->GetLutItemSize();
 626 }
 627
 628 /**
 629  * \brief Writes on disk A SINGLE Dicom file
 630  *        NO test is performed on  processor "Endiannity".
 631  *        It's up to the user to call his Reader properly
 632  * @param fileName name of the file to be created
 633  *                 (any already existing file is over written)
 634  * @return false if write fails
 635  */
 636 bool FileHelper::WriteRawData(std::string const &fileName)
 637 {
 638    std::ofstream fp1(fileName.c_str(), std::ios::out | std::ios::binary );
 639    if (!fp1)
 640    {
 641       gdcmWarningMacro( "Fail to open (write) file:" << fileName.c_str());
 642       return false;
 643    }
 644
 645    if ( PixelWriteConverter->GetUserData() )
 646    {
 647       fp1.write( (char *)PixelWriteConverter->GetUserData(),
 648                  PixelWriteConverter->GetUserDataSize() );
 649    }
 650    else if ( PixelReadConverter->GetRGB() )
 651    {
 652       fp1.write( (char *)PixelReadConverter->GetRGB(),
 653                  PixelReadConverter->GetRGBSize());
 654    }
 655    else if ( PixelReadConverter->GetRaw() )
 656    {
 657       fp1.write( (char *)PixelReadConverter->GetRaw(),
 658                  PixelReadConverter->GetRawSize());
 659    }
 660    else
 661    {
 662       gdcmErrorMacro( "Nothing written." );
 663    }
 664
 665    fp1.close();
 666
 667    return true;
 668 }
 669
 670 /**
 671  * \brief Writes on disk A SINGLE Dicom file,
 672  *        using the Implicit Value Representation convention
 673  *        NO test is performed on  processor "Endianity".
 674  * @param fileName name of the file to be created
 675  *                 (any already existing file is overwritten)
 676  * @return false if write fails
 677  */
 678
 679 bool FileHelper::WriteDcmImplVR (std::string const &fileName)
 680 {
 681    SetWriteTypeToDcmImplVR();
 682    return Write(fileName);
 683 }
 684
 685 /**
 686 * \brief Writes on disk A SINGLE Dicom file,
 687  *        using the Explicit Value Representation convention
 688  *        NO test is performed on  processor "Endiannity".
 689  * @param fileName name of the file to be created
 690  *                 (any already existing file is overwritten)
 691  * @return false if write fails
 692  */
 693
 694 bool FileHelper::WriteDcmExplVR (std::string const &fileName)
 695 {
 696    SetWriteTypeToDcmExplVR();
 697    return Write(fileName);
 698 }
 699
 700 /**
 701  * \brief Writes on disk A SINGLE Dicom file,
 702  *        using the ACR-NEMA convention
 703  *        NO test is performed on  processor "Endiannity".
 704  *        (a l'attention des logiciels cliniques
 705  *        qui ne prennent en entrée QUE des images ACR ...
 706  * \warning if a DICOM_V3 header is supplied,
 707  *         groups < 0x0008 and shadow groups are ignored
 708  * \warning NO TEST is performed on processor "Endiannity".
 709  * @param fileName name of the file to be created
 710  *                 (any already existing file is overwritten)
 711  * @return false if write fails
 712  */
 713
 714 bool FileHelper::WriteAcr (std::string const &fileName)
 715 {
 716    SetWriteTypeToAcr();
 717    return Write(fileName);
 718 }
 719
 720 /**
 721  * \brief Writes on disk A SINGLE Dicom file,
 722  * @param fileName name of the file to be created
 723  *                 (any already existing file is overwritten)
 724  * @return false if write fails
 725  */
 726 bool FileHelper::Write(std::string const &fileName)
 727 {
 728    CheckMandatoryElements(); //called once, here !
 729
 730    bool flag = false;
 731    DocEntry *e;
 732    switch(WriteType)
 733    {
 734       case ImplicitVR:
 735          SetWriteFileTypeToImplicitVR();
 736          break;
 737
 738       case Unknown:  // should never happen; ExplicitVR is the default value
 739       case ExplicitVR:
 740
 741    // We let DocEntry::WriteContent to put vr=UN for undocumented Shadow Groups !
 742          SetWriteFileTypeToExplicitVR();
 743
 744   break;
 745       case ACR:
 746       case ACR_LIBIDO:
 747       // NOTHING is done here just for LibIDO.
 748       // Just to avoid further trouble if user creates a file ex-nihilo,
 749       // wants to write it as an ACR-NEMA file,
 750       // and forgets to create any Entry belonging to group 0008
 751       // (shame on him !)
 752       // We add Recognition Code (RET)
 753         if ( ! FileInternal->GetDataEntry(0x0008, 0x0010) )
 754             FileInternal->InsertEntryString("ACR-NEMA V1.0 ",
 755                                              0x0008, 0x0010, "LO");
 756          SetWriteFileTypeToACR();
 757         // SetWriteFileTypeToImplicitVR(); // ACR IS implicit VR !
 758          break;
 759
 760       /// \todo FIXME : JPEG/JPEG2000 may be either ExplicitVR or ImplicitVR
 761       case JPEG:
 762          SetWriteFileTypeToJPEG();
 763          // was :
 764          //PixelWriteConverter->SetCompressJPEGUserData(
 765          //   inData, expectedSize, FileInternal);
 766          PixelWriteConverter->SetCompressJPEGUserData(
 767                  PixelWriteConverter->GetUserData(),
 768                  PixelWriteConverter->GetUserDataSize(),FileInternal);
 769          break;
 770
 771       case JPEG2000:
 772          /// \TODO Maybe we should consider doing the compression here !
 773          // PixelWriteConverter->SetCompressJPEG2000UserData(inData, expectedSize, FileInternal);
 774
 775          SetWriteFileTypeToJPEG2000();
 776          PixelWriteConverter->SetCompressJPEG2000UserData(
 777             PixelWriteConverter->GetUserData(),
 778             PixelWriteConverter->GetUserDataSize(),
 779             FileInternal);
 780          break;
 781    }
 782
 783    // --------------------------------------------------------------
 784    // Special Patch to allow gdcm to re-write ACR-LibIDO formated images
 785    //
 786    // if recognition code tells us we dealt with a LibIDO image
 787    // we reproduce on disk the switch between lineNumber and columnNumber
 788    // just before writting ...
 789    /// \todo the best trick would be *change* the recognition code
 790    ///       but pb expected if user deals with, e.g. COMPLEX images
 791
 792    if ( WriteType == ACR_LIBIDO )
 793    {
 794       SetWriteToLibido();
 795    }
 796    else
 797    {
 798       SetWriteToNoLibido();
 799    }
 800    // ----------------- End of Special Patch ----------------
 801
 802    switch(WriteMode)
 803    {
 804       case WMODE_RAW :
 805          SetWriteToRaw(); // modifies and pushes to the archive, when necessary
 806          break;
 807       case WMODE_RGB :
 808          SetWriteToRGB(); // modifies and pushes to the archive, when necessary
 809          break;
 810    }
 811
 812    bool check;
 813    if (WriteType == JPEG || WriteType == JPEG2000)
 814       check = true;
 815    else
 816       check = CheckWriteIntegrity(); // verifies length
 817
 818    if (check)
 819    {
 820       check = FileInternal->Write(fileName,WriteType);
 821    }
 822
 823    RestoreWrite();
 824   // RestoreWriteFileType();
 825   // RestoreWriteMandatory();
 826
 827    // --------------------------------------------------------------
 828    // Special Patch to allow gdcm to re-write ACR-LibIDO formated images
 829    //
 830    // ...and we restore the header to be Dicom Compliant again
 831    // just after writting
 832    RestoreWriteOfLibido();
 833    // ----------------- End of Special Patch ----------------
 834
 835    return check;
 836 }
 837
 838 //-----------------------------------------------------------------------------
 839 // Protected
 840 /**
 841  * \brief Verifies the size of the user given PixelData
 842  * @return true if check is successfull
 843  */
 844 bool FileHelper::CheckWriteIntegrity()
 845 {
 846    if ( PixelWriteConverter->GetUserData() )
 847    {
 848       int numberBitsAllocated = FileInternal->GetBitsAllocated();
 849       if ( numberBitsAllocated == 0 || numberBitsAllocated == 12 )
 850       {
 851          gdcmWarningMacro( "numberBitsAllocated changed from "
 852                           << numberBitsAllocated << " to 16 "
 853                           << " for consistency purpose" );
 854          numberBitsAllocated = 16;
 855       }
 856
 857       size_t decSize = FileInternal->GetXSize()
 858                      * FileInternal->GetYSize()
 859                      * FileInternal->GetZSize()
 860                      * FileInternal->GetTSize()
 861                      * FileInternal->GetSamplesPerPixel()
 862                      * ( numberBitsAllocated / 8 );
 863       size_t rgbSize = decSize;
 864       if ( FileInternal->HasLUT() )
 865          rgbSize = decSize * 3;
 866
 867       switch(WriteMode)
 868       {
 869          case WMODE_RAW :
 870             if ( decSize!=PixelWriteConverter->GetUserDataSize() )
 871             {
 872                gdcmWarningMacro( "Data size (Raw) is incorrect. Should be "
 873                            << decSize << " / Found :"
 874                            << PixelWriteConverter->GetUserDataSize() );
 875                return false;
 876             }
 877             break;
 878          case WMODE_RGB :
 879             if ( rgbSize!=PixelWriteConverter->GetUserDataSize() )
 880             {
 881                gdcmWarningMacro( "Data size (RGB) is incorrect. Should be "
 882                           << decSize << " / Found "
 883                           << PixelWriteConverter->GetUserDataSize() );
 884                return false;
 885             }
 886             break;
 887       }
 888    }
 889    return true;
 890 }
 891
 892 /**
 893  * \brief Updates the File to write RAW data (as opposed to RGB data)
 894  *       (modifies, when necessary, photochromatic interpretation,
 895  *       bits allocated, Pixels element VR)
 896  *       WARNING : if SetPhotometricInterpretationToMonochrome1() was called
 897  *                 before Pixel Elements is modified :-(
 898  */
 899 void FileHelper::SetWriteToRaw()
 900 {
 901    if ( FileInternal->GetNumberOfScalarComponents() == 3
 902     && !FileInternal->HasLUT() )
 903    {
 904       SetWriteToRGB();
 905    }
 906    else
 907    {
 908       // 0x0028,0x0004 : Photometric Interpretation
 909       DataEntry *photInt = CopyDataEntry(0x0028,0x0004,"CS");
 910       if (FileInternal->HasLUT() )
 911       {
 912          photInt->SetString("PALETTE COLOR ");
 913       }
 914       else
 915       {
 916          if (GetPhotometricInterpretation() == 2)
 917             photInt->SetString("MONOCHROME2 ");  // 0 = Black
 918          else
 919             photInt->SetString("MONOCHROME1 ");  // 0 = White !
 920       }
 921
 922       PixelWriteConverter->SetReadData(PixelReadConverter->GetRaw(),
 923                                        PixelReadConverter->GetRawSize());
 924
 925       std::string vr = "OB";
 926       if ( FileInternal->GetBitsAllocated()>8 )
 927          vr = "OW";
 928       if ( FileInternal->GetBitsAllocated()==24 ) // For RGB ACR files
 929          vr = "OB";
 930        // For non RAW data. Mainly JPEG/JPEG2000
 931       if( WriteType == JPEG || WriteType == JPEG2000)
 932       {
 933          vr = "OW";
 934       }
 935
 936       DataEntry *pixel =
 937          CopyDataEntry(GetFile()->GetGrPixel(),GetFile()->GetNumPixel(),vr);
 938       pixel->SetFlag(DataEntry::FLAG_PIXELDATA);
 939       pixel->SetBinArea(PixelWriteConverter->GetData(),false);
 940       pixel->SetLength(
 941          static_cast< uint32_t >(PixelWriteConverter->GetDataSize()) );
 942
 943       if (!FileInternal->HasLUT() && GetPhotometricInterpretation() == 1)
 944       {
 945           ConvertFixGreyLevels( pixel->GetBinArea(), pixel->GetLength() );
 946       }
 947
 948       Archive->Push(photInt);
 949       Archive->Push(pixel);
 950
 951       photInt->Delete();
 952       pixel->Delete();
 953    }
 954 }
 955
 956 /**
 957  * \brief Updates the File to write RGB data (as opposed to RAW data)
 958  *       (modifies, when necessary, photochromatic interpretation,
 959  *       samples per pixel, Planar configuration,
 960  *       bits allocated, bits stored, high bit -ACR 24 bits-
 961  *       Pixels element VR, pushes out the LUT, )
 962  */
 963 void FileHelper::SetWriteToRGB()
 964 {
 965    if ( FileInternal->GetNumberOfScalarComponents()==3 )
 966    {
 967       PixelReadConverter->BuildRGBImage();
 968
 969       DataEntry *spp = CopyDataEntry(0x0028,0x0002,"US");
 970       spp->SetString("3 ");  // Don't drop trailing space
 971
 972       DataEntry *planConfig = CopyDataEntry(0x0028,0x0006,"US");
 973       planConfig->SetString("0 "); // Don't drop trailing space
 974
 975       DataEntry *photInt = CopyDataEntry(0x0028,0x0004,"CS");
 976       photInt->SetString("RGB "); // Don't drop trailing space
 977
 978       if ( PixelReadConverter->GetRGB() )
 979       {
 980          PixelWriteConverter->SetReadData(PixelReadConverter->GetRGB(),
 981                                           PixelReadConverter->GetRGBSize());
 982       }
 983       else // Raw data
 984       {
 985          PixelWriteConverter->SetReadData(PixelReadConverter->GetRaw(),
 986                                           PixelReadConverter->GetRawSize());
 987       }
 988
 989       std::string vr = "OB";
 990       if ( FileInternal->GetBitsAllocated()>8 )
 991          vr = "OW";
 992       if ( FileInternal->GetBitsAllocated()==24 ) // For RGB ACR files
 993          vr = "OB";
 994       DataEntry *pixel =
 995          CopyDataEntry(GetFile()->GetGrPixel(),GetFile()->GetNumPixel(),vr);
 996       pixel->SetFlag(DataEntry::FLAG_PIXELDATA);
 997       pixel->SetBinArea(PixelWriteConverter->GetData(),false);
 998       pixel->SetLength(PixelWriteConverter->GetDataSize());
 999
1000       Archive->Push(spp);
1001       Archive->Push(planConfig);
1002       Archive->Push(photInt);
1003       Archive->Push(pixel);
1004
1005       spp->Delete();
1006       planConfig->Delete();
1007       photInt->Delete();
1008       pixel->Delete();
1009
1010       // Remove any LUT
1011       Archive->Push(0x0028,0x1101);
1012       Archive->Push(0x0028,0x1102);
1013       Archive->Push(0x0028,0x1103);
1014       Archive->Push(0x0028,0x1201);
1015       Archive->Push(0x0028,0x1202);
1016       Archive->Push(0x0028,0x1203);
1017
1018       // push out Palette Color Lookup Table UID, if any
1019       Archive->Push(0x0028,0x1199);
1020
1021       // For old '24 Bits' ACR-NEMA
1022       // Thus, we have a RGB image and the bits allocated = 24 and
1023       // samples per pixels = 1 (in the read file)
1024       if ( FileInternal->GetBitsAllocated()==24 )
1025       {
1026          DataEntry *bitsAlloc = CopyDataEntry(0x0028,0x0100,"US");
1027          bitsAlloc->SetString("8 ");
1028
1029          DataEntry *bitsStored = CopyDataEntry(0x0028,0x0101,"US");
1030          bitsStored->SetString("8 ");
1031
1032          DataEntry *highBit = CopyDataEntry(0x0028,0x0102,"US");
1033          highBit->SetString("7 ");
1034
1035          Archive->Push(bitsAlloc);
1036          Archive->Push(bitsStored);
1037          Archive->Push(highBit);
1038
1039          bitsAlloc->Delete();
1040          bitsStored->Delete();
1041          highBit->Delete();
1042       }
1043    }
1044    else
1045    {
1046       SetWriteToRaw();
1047    }
1048 }
1049
1050 /**
1051  * \brief Restore the File write mode
1052  */
1053 void FileHelper::RestoreWrite()
1054 {
1055    Archive->Restore(0x0028,0x0002);
1056    Archive->Restore(0x0028,0x0004);
1057
1058    Archive->Restore(0x0028,0x0006);
1059    Archive->Restore(GetFile()->GetGrPixel(),GetFile()->GetNumPixel());
1060
1061    // For old ACR-NEMA (24 bits problem)
1062    Archive->Restore(0x0028,0x0100);
1063    Archive->Restore(0x0028,0x0101);
1064    Archive->Restore(0x0028,0x0102);
1065
1066    // For the LUT
1067    Archive->Restore(0x0028,0x1101);
1068    Archive->Restore(0x0028,0x1102);
1069    Archive->Restore(0x0028,0x1103);
1070    Archive->Restore(0x0028,0x1201);
1071    Archive->Restore(0x0028,0x1202);
1072    Archive->Restore(0x0028,0x1203);
1073
1074    // For the Palette Color Lookup Table UID
1075    Archive->Restore(0x0028,0x1203);
1076
1077    // group 0002 may be pushed out for ACR-NEMA writting purposes
1078    Archive->Restore(0x0002,0x0000);
1079    Archive->Restore(0x0002,0x0001);
1080    Archive->Restore(0x0002,0x0002);
1081    Archive->Restore(0x0002,0x0003);
1082    Archive->Restore(0x0002,0x0010);
1083    Archive->Restore(0x0002,0x0012);
1084    Archive->Restore(0x0002,0x0013);
1085    Archive->Restore(0x0002,0x0016);
1086    Archive->Restore(0x0002,0x0100);
1087    Archive->Restore(0x0002,0x0102);
1088
1089 }
1090
1091 /**
1092  * \brief Pushes out the whole group 0002
1093  *        FIXME : better, set a flag to tell the writer not to write it ...
1094  *        FIXME : method should probably have an other name !
1095  *                SetWriteFileTypeToACR is NOT opposed to
1096  *                SetWriteFileTypeToExplicitVR and SetWriteFileTypeToImplicitVR
1097  */
1098 void FileHelper::SetWriteFileTypeToACR()
1099 {
1100    Archive->Push(0x0002,0x0000);
1101    Archive->Push(0x0002,0x0001);
1102    Archive->Push(0x0002,0x0002);
1103    Archive->Push(0x0002,0x0003);
1104    Archive->Push(0x0002,0x0010);
1105    Archive->Push(0x0002,0x0012);
1106    Archive->Push(0x0002,0x0013);
1107    Archive->Push(0x0002,0x0016);
1108    Archive->Push(0x0002,0x0100);
1109    Archive->Push(0x0002,0x0102);
1110 }
1111
1112 /**
1113  * \brief Sets in the File the TransferSyntax to 'JPEG2000'
1114  */
1115 void FileHelper::SetWriteFileTypeToJPEG2000()
1116 {
1117    std::string ts = Util::DicomString(
1118    Global::GetTS()->GetSpecialTransferSyntax(TS::JPEG2000Lossless) );
1119
1120    DataEntry *tss = CopyDataEntry(0x0002,0x0010,"UI");
1121    tss->SetString(ts);
1122
1123    Archive->Push(tss);
1124    tss->Delete();
1125 }
1126
1127 /**
1128  * \brief Sets in the File the TransferSyntax to 'JPEG'
1129  */
1130 void FileHelper::SetWriteFileTypeToJPEG()
1131 {
1132    std::string ts = Util::DicomString(
1133       Global::GetTS()->GetSpecialTransferSyntax(TS::JPEGLosslessProcess14_1) );
1134
1135    DataEntry *tss = CopyDataEntry(0x0002,0x0010,"UI");
1136    tss->SetString(ts);
1137
1138    Archive->Push(tss);
1139    tss->Delete();
1140 }
1141
1142 /**
1143  * \brief Sets in the File the TransferSyntax to 'Explicit VR Little Endian"
1144  */
1145 void FileHelper::SetWriteFileTypeToExplicitVR()
1146 {
1147    std::string ts = Util::DicomString(
1148       Global::GetTS()->GetSpecialTransferSyntax(TS::ExplicitVRLittleEndian) );
1149
1150    DataEntry *tss = CopyDataEntry(0x0002,0x0010,"UI");
1151    tss->SetString(ts);
1152    Archive->Push(tss);
1153    tss->Delete();
1154 }
1155
1156 /**
1157  * \brief Sets in the File the TransferSyntax to 'Implicit VR Little Endian"
1158  */
1159 void FileHelper::SetWriteFileTypeToImplicitVR()
1160 {
1161    std::string ts = Util::DicomString(
1162       Global::GetTS()->GetSpecialTransferSyntax(TS::ImplicitVRLittleEndian) );
1163
1164    DataEntry *tss = CopyDataEntry(0x0002,0x0010,"UI");
1165    tss->SetString(ts);
1166    Archive->Push(tss);
1167    tss->Delete();
1168 }
1169
1170 /**
1171  * \brief Set the Write not to Libido format
1172  */
1173 void FileHelper::SetWriteToLibido()
1174 {
1175    DataEntry *oldRow = FileInternal->GetDataEntry(0x0028, 0x0010);
1176    DataEntry *oldCol = FileInternal->GetDataEntry(0x0028, 0x0011);
1177
1178    if ( oldRow && oldCol )
1179    {
1180       std::string rows, columns;
1181
1182       DataEntry *newRow=DataEntry::New(0x0028, 0x0010, "US");
1183       DataEntry *newCol=DataEntry::New(0x0028, 0x0011, "US");
1184
1185       newRow->Copy(oldCol);
1186       newCol->Copy(oldRow);
1187
1188       newRow->SetString(oldCol->GetString());
1189       newCol->SetString(oldRow->GetString());
1190
1191       Archive->Push(newRow);
1192       Archive->Push(newCol);
1193
1194       newRow->Delete();
1195       newCol->Delete();
1196    }
1197
1198    DataEntry *libidoCode = CopyDataEntry(0x0008,0x0010,"LO");
1199    libidoCode->SetString("ACRNEMA_LIBIDO_1.1");
1200    Archive->Push(libidoCode);
1201    libidoCode->Delete();
1202 }
1203
1204 /**
1205  * \brief Set the Write not to No Libido format
1206  */
1207 void FileHelper::SetWriteToNoLibido()
1208 {
1209    DataEntry *recCode = FileInternal->GetDataEntry(0x0008,0x0010);
1210    if ( recCode )
1211    {
1212       if ( recCode->GetString() == "ACRNEMA_LIBIDO_1.1" )
1213       {
1214          DataEntry *libidoCode = CopyDataEntry(0x0008,0x0010,"LO");
1215          libidoCode->SetString("");
1216          Archive->Push(libidoCode);
1217          libidoCode->Delete();
1218       }
1219    }
1220 }
1221
1222 /**
1223  * \brief Restore the Write format
1224  */
1225 void FileHelper::RestoreWriteOfLibido()
1226 {
1227    Archive->Restore(0x0028,0x0010);
1228    Archive->Restore(0x0028,0x0011);
1229    Archive->Restore(0x0008,0x0010);
1230
1231    // Restore 'LibIDO-special' entries, if any
1232    Archive->Restore(0x0028,0x0015);
1233    Archive->Restore(0x0028,0x0016);
1234    Archive->Restore(0x0028,0x0017);
1235    Archive->Restore(0x0028,0x00199);
1236 }
1237
1238 /**
1239  * \brief   Duplicates a DataEntry or creates it.
1240  * @param   group   Group number of the Entry
1241  * @param   elem  Element number of the Entry
1242  * @param   vr  Value Representation of the Entry
1243  * \return  pointer to the new Bin Entry (NULL when creation failed).
1244  */
1245 DataEntry *FileHelper::CopyDataEntry(uint16_t group, uint16_t elem,
1246                                    const VRKey &vr)
1247 {
1248    DocEntry *oldE = FileInternal->GetDocEntry(group, elem);
1249    DataEntry *newE;
1250
1251    if ( oldE && vr != GDCM_VRUNKNOWN )
1252       if ( oldE->GetVR() != vr )
1253          oldE = NULL;
1254
1255    if ( oldE )
1256    {
1257       newE = DataEntry::New(group, elem, vr);
1258       newE->Copy(oldE);
1259    }
1260    else
1261    {
1262       newE = GetFile()->NewDataEntry(group, elem, vr);
1263    }
1264
1265    return newE;
1266 }
1267
1268 /**
1269  * \brief   This method is called automatically, just before writting
1270  *         in order to produce a 'True Dicom V3' image.
1271  *
1272  *         We cannot know *how* the user made the File :
1273  *         (reading an old ACR-NEMA file or a not very clean DICOM file ...)
1274  *          Just before writting :
1275  *             - we check the Entries
1276  *             - we create the mandatory entries if they are missing
1277  *             - we modify the values if necessary
1278  *             - we push the sensitive entries to the Archive
1279  *          The writing process will restore the entries as they where before
1280  *          entering FileHelper::CheckMandatoryElements, so the user will always
1281  *          see the entries just as they were before he decided to write.
1282  *
1283  * \note
1284  *       -  Entries whose type is 1 are mandatory, with a mandatory value
1285  *       -  Entries whose type is 1c are mandatory-inside-a-Sequence,
1286  *                             with a mandatory value
1287  *       -  Entries whose type is 2 are mandatory, with an optional value
1288  *       -  Entries whose type is 2c are mandatory-inside-a-Sequence,
1289  *                             with an optional value
1290  *       -  Entries whose type is 3 are optional
1291  *
1292  * \todo
1293  *         - warn the user if we had to add some entries :
1294  *         even if a mandatory entry is missing, we add it, with a default value
1295  *         (we don't want to give up the writting process if user forgot to
1296  *         specify Lena's Patient ID, for instance ...)
1297  *         - read the whole PS 3.3 Part of DICOM  (890 pages)
1298  *         and write a *full* checker (probably one method per Modality ...)
1299  *         Any contribution is welcome.
1300  *         - write a user callable full checker, to allow post reading
1301  *         and/or pre writting image consistency check.
1302  */
1303
1304 /* -------------------------------------------------------------------------------------
1305 To be moved to User's guide / WIKI  ?
1306
1307 We have to deal with 4 *very* different cases :
1308 -1) user created ex nihilo his own image and wants to write it as a Dicom image.
1309     USER_OWN_IMAGE
1310 -2) user modified the pixels of an existing image.
1311    FILTERED_IMAGE
1312 -3) user created a new image, using a set of existing images (eg MIP, MPR, cartography image)
1313    CREATED_IMAGE
1314 -4) user modified/added some tags *without processing* the pixels (anonymization...)
1315    UNMODIFIED_PIXELS_IMAGE
1316 -Probabely some more to be added.
1317
1318 gdcm::FileHelper::CheckMandatoryElements() deals automatically with these cases.
1319
1320 1)2)3)4)
1321 0008 0012 Instance Creation Date
1322 0008 0013 Instance Creation Time
1323 0008 0018 SOP Instance UID
1324 are *always* created with the current values; user has *no* possible intervention on
1325 them.
1326
1327 'Serie Instance UID'(0x0020,0x000e)
1328 'Study Instance UID'(0x0020,0x000d) are kept as is if already exist,
1329                                     created  if it doesn't.
1330  The user is allowed to create his own Series/Studies,
1331      keeping the same 'Serie Instance UID' / 'Study Instance UID' for various images
1332  Warning :
1333  The user shouldn't add any image to a 'Manufacturer Serie'
1334      but there is no way no to allow him to do that
1335
1336  None of the 'shadow elements' are droped out.
1337
1338
1339 1)
1340 'Conversion Type (0x0008,0x0064) is forced to 'SYN' (Synthetic Image).
1341
1342 1)3)
1343 'Media Storage SOP Class UID' (0x0002,0x0002)
1344 'SOP Class UID'               (0x0008,0x0016) are set to
1345                                                [Secondary Capture Image Storage]
1346 'Image Type'                  (0x0008,0x0008) is forced to  "DERIVED\PRIMARY"
1347 Conversion Type               (0x0008,0x0064) is forced to 'SYN' (Synthetic Image)
1348
1349 2)4)
1350 If 'SOP Class UID' exists in the native image  ('true DICOM' image)
1351     we create the 'Source Image Sequence' SeqEntry (0x0008, 0x2112)
1352     --> 'Referenced SOP Class UID' (0x0008, 0x1150)
1353          whose value is the original 'SOP Class UID'
1354     --> 'Referenced SOP Instance UID' (0x0008, 0x1155)
1355          whose value is the original 'SOP Class UID'
1356
1357 3) TODO : find a trick to allow user to pass to the writter the list of the Dicom images
1358           or the Series, (or the Study ?) he used to created his image
1359           (MIP, MPR, cartography image, ...)
1360            These info should be stored (?)
1361           0008 1110 SQ 1 Referenced Study Sequence
1362           0008 1115 SQ 1 Referenced Series Sequence
1363           0008 1140 SQ 1 Referenced Image Sequence
1364
1365 4) When user *knows* he didn't modified the pixels, we keep some informations unchanged :
1366 'Media Storage SOP Class UID' (0x0002,0x0002)
1367 'SOP Class UID'               (0x0008,0x0016)
1368 'Image Type'                  (0x0008,0x0008)
1369 'Conversion Type'             (0x0008,0x0064)
1370
1371
1372 Bellow follows the full description (hope so !) of the consistency checks performed
1373 by gdcm::FileHelper::CheckMandatoryElements()
1374
1375
1376 -->'Media Storage SOP Class UID' (0x0002,0x0002)
1377 -->'SOP Class UID'               (0x0008,0x0016) are defaulted to
1378                                                [Secondary Capture Image Storage]
1379 --> 'Image Type'  (0x0008,0x0008)
1380      is forced to  "DERIVED\PRIMARY"
1381      (The written image is no longer an 'ORIGINAL' one)
1382   Except if user knows he didn't modify the image (e.g. : he just anonymized the file)
1383
1384  -->  Conversion Type (0x0008,0x0064)
1385      is defaulted to 'SYN' (Synthetic Image)
1386   when *he* knows he created his own image ex nihilo
1387
1388 --> 'Modality' (0x0008,0x0060)
1389     is defaulted to "OT" (other) if missing.
1390     (a fully user created image belongs to *no* modality)
1391
1392 --> 'Media Storage SOP Instance UID' (0x0002,0x0003)
1393 --> 'Implementation Class UID'       (0x0002,0x0012)
1394     are automatically generated; no user intervention possible
1395
1396 --> 'Serie Instance UID'(0x0020,0x000e)
1397 --> 'Study Instance UID'(0x0020,0x000d) are kept as is if already exist
1398                                              created  if it doesn't.
1399      The user is allowed to create his own Series/Studies,
1400      keeping the same 'Serie Instance UID' / 'Study Instance UID'
1401      for various images
1402      Warning :
1403      The user shouldn't add any image to a 'Manufacturer Serie'
1404      but there is no way no to allowed him to do that
1405
1406 --> If 'SOP Class UID' exists in the native image  ('true DICOM' image)
1407     we create the 'Source Image Sequence' SeqEntry (0x0008, 0x2112)
1408
1409     --> 'Referenced SOP Class UID' (0x0008, 0x1150)
1410          whose value is the original 'SOP Class UID'
1411     --> 'Referenced SOP Instance UID' (0x0008, 0x1155)
1412          whose value is the original 'SOP Class UID'
1413
1414 --> Bits Stored, Bits Allocated, Hight Bit Position are checked for consistency
1415 --> Pixel Spacing     (0x0028,0x0030) is defaulted to "1.0\1.0"
1416 --> Samples Per Pixel (0x0028,0x0002) is defaulted to 1 (grayscale)
1417
1418 --> Imager Pixel Spacing (0x0018,0x1164) : defaulted to Pixel Spacing value
1419
1420 --> Instance Creation Date, Instance Creation Time are forced to current Date and Time
1421
1422 --> Study Date, Study Time are defaulted to current Date and Time
1423    (they remain unchanged if they exist)
1424
1425 --> Patient Orientation : (0x0020,0x0020), if not present, is deduced from
1426     Image Orientation (Patient) : (0020|0037) or from
1427     Image Orientation (RET)     : (0020 0035)
1428
1429 --> Study ID, Series Number, Instance Number, Patient Orientation (Type 2)
1430     are created, with empty value if there are missing.
1431
1432 --> Manufacturer, Institution Name, Patient's Name, (Type 2)
1433     are defaulted with a 'gdcm' value.
1434
1435 --> Patient ID, Patient's Birth Date, Patient's Sex, (Type 2)
1436 --> Referring Physician's Name  (Type 2)
1437     are created, with empty value if there are missing.
1438
1439  -------------------------------------------------------------------------------------*/
1440
1441 void FileHelper::CheckMandatoryElements()
1442 {
1443    std::string sop =  Util::CreateUniqueUID();
1444
1445    // --------------------- For Meta Elements ---------------------
1446    // just to remember : 'official' 0002 group
1447    if ( WriteType != ACR && WriteType != ACR_LIBIDO )
1448    {
1449      // Group 000002 (Meta Elements) already pushed out
1450
1451    //0002 0000 UL 1 Meta Group Length
1452    //0002 0001 OB 1 File Meta Information Version
1453    //0002 0002 UI 1 Media Storage SOP Class UID
1454    //0002 0003 UI 1 Media Storage SOP Instance UID
1455    //0002 0010 UI 1 Transfer Syntax UID
1456    //0002 0012 UI 1 Implementation Class UID
1457    //0002 0013 SH 1 Implementation Version Name
1458    //0002 0016 AE 1 Source Application Entity Title
1459    //0002 0100 UI 1 Private Information Creator
1460    //0002 0102 OB 1 Private Information
1461
1462    // Push out 'ACR-NEMA-special' entries, if any
1463       Archive->Push(0x0008,0x0001); // Length to End
1464       Archive->Push(0x0008,0x0010); // Recognition Code
1465       Archive->Push(0x0028,0x0005); // Image Dimension
1466
1467    // Create them if not found
1468    // Always modify the value
1469    // Push the entries to the archive.
1470       CopyMandatoryEntry(0x0002,0x0000,"0","UL");
1471
1472       DataEntry *e_0002_0001 = CopyDataEntry(0x0002,0x0001, "OB");
1473       e_0002_0001->SetBinArea((uint8_t*)Util::GetFileMetaInformationVersion(),
1474                                false);
1475       e_0002_0001->SetLength(2);
1476       Archive->Push(e_0002_0001);
1477       e_0002_0001->Delete();
1478
1479       if ( ContentType == FILTERED_IMAGE || ContentType == UNMODIFIED_PIXELS_IMAGE)
1480       {
1481    // we keep the original 'Media Storage SOP Class UID', we default it if missing
1482          CheckMandatoryEntry(0x0002,0x0002,"1.2.840.10008.5.1.4.1.1.7","UI");
1483       }
1484       else
1485       {
1486    // It's *not* an image comming straight from a source. We force
1487    // 'Media Storage SOP Class UID'  --> [Secondary Capture Image Storage]
1488          CopyMandatoryEntry(0x0002,0x0002,"1.2.840.10008.5.1.4.1.1.7","UI");
1489       }
1490
1491    // 'Media Storage SOP Instance UID'
1492       CopyMandatoryEntry(0x0002,0x0003,sop,"UI");
1493
1494    // 'Implementation Class UID'
1495    // FIXME : in all examples we have, 0x0002,0x0012 is not so long :
1496    //         seems to be Root UID + 4 digits (?)
1497       CopyMandatoryEntry(0x0002,0x0012,Util::CreateUniqueUID(),"UI");
1498
1499    // 'Implementation Version Name'
1500       std::string version = "GDCM ";
1501       version += Util::GetVersion();
1502       CopyMandatoryEntry(0x0002,0x0013,version,"SH");
1503    }
1504
1505    // --------------------- For DataSet ---------------------
1506
1507    if ( ContentType != USER_OWN_IMAGE) // when it's not a user made image
1508    {
1509    // If 'SOP Class UID' and 'SOP Instance UID' exist ('true DICOM' image)
1510    // we create the 'Source Image Sequence' SeqEntry
1511    // to hold informations about the Source Image
1512
1513       DataEntry *e_0008_0016 = FileInternal->GetDataEntry(0x0008, 0x0016);
1514       DataEntry *e_0008_0018 = FileInternal->GetDataEntry(0x0008, 0x0018);
1515       if ( e_0008_0016 && e_0008_0018)
1516       {
1517       // Create 'Source Image Sequence' SeqEntry
1518       SeqEntry *sis = SeqEntry::New (0x0008, 0x2112);
1519       SQItem *sqi = SQItem::New(1);
1520
1521       // create 'Referenced SOP Class UID' from 'SOP Class UID'
1522
1523       DataEntry *e_0008_1150 = DataEntry::New(0x0008, 0x1150, "UI");
1524       e_0008_1150->SetString( e_0008_0016->GetString());
1525       sqi->AddEntry(e_0008_1150);
1526       e_0008_1150->Delete();
1527
1528       // create 'Referenced SOP Instance UID' from 'SOP Instance UID'
1529       DataEntry *e_0008_0018 = FileInternal->GetDataEntry(0x0008, 0x0018);
1530
1531       DataEntry *e_0008_1155 = DataEntry::New(0x0008, 0x1155, "UI");
1532       e_0008_1155->SetString( e_0008_0018->GetString());
1533       sqi->AddEntry(e_0008_1155);
1534       e_0008_1155->Delete();
1535
1536       sis->AddSQItem(sqi,1);
1537       sqi->Delete();
1538
1539       // temporarily replaces any previous 'Source Image Sequence'
1540       Archive->Push(sis);
1541       sis->Delete();
1542       // FIXME : is 'Image Type' *really* depending on the presence of 'SOP Class UID'?
1543        if ( ContentType == FILTERED_IMAGE)
1544       // the user *knows* he just modified the pixels
1545       // the image is no longer an 'Original' one
1546          CopyMandatoryEntry(0x0008,0x0008,"DERIVED\\PRIMARY","CS");
1547       }
1548    }
1549
1550    if ( ContentType == FILTERED_IMAGE || ContentType == UNMODIFIED_PIXELS_IMAGE)
1551    {
1552    // we keep the original 'Media Storage SOP Class UID', we default it if missing (it should be present !)
1553          CheckMandatoryEntry(0x0008,0x0016,"1.2.840.10008.5.1.4.1.1.7","UI");
1554    }
1555    else
1556    {
1557    // It's *not* an image comming straight from a source. We force
1558    // 'Media Storage SOP Class UID'  --> [Secondary Capture Image Storage]
1559          CopyMandatoryEntry(0x0008,0x0016,"1.2.840.10008.5.1.4.1.1.7", "UI");
1560    }
1561
1562    Archive->Push(0x0028,0x005); // [Image Dimensions (RET)
1563    // Push out 'LibIDO-special' entries, if any
1564    Archive->Push(0x0028,0x0015);
1565    Archive->Push(0x0028,0x0016);
1566    Archive->Push(0x0028,0x0017);
1567    Archive->Push(0x0028,0x0198);  // very old versions
1568    Archive->Push(0x0028,0x0199);
1569
1570    // Replace deprecated 0028 0012 US Planes
1571    // by new             0028 0008 IS Number of Frames
1572
1573   ///\todo : find if there is a rule!
1574    DataEntry *e_0028_0012 = FileInternal->GetDataEntry(0x0028, 0x0012);
1575    if ( e_0028_0012 )
1576    {
1577       CopyMandatoryEntry(0x0028, 0x0008,e_0028_0012->GetString(),"IS");
1578       Archive->Push(0x0028,0x0012);
1579    }
1580
1581    // Deal with the pb of (Bits Stored = 12)
1582    // - we're gonna write the image as Bits Stored = 16
1583    if ( FileInternal->GetEntryString(0x0028,0x0100) ==  "12")
1584    {
1585       CopyMandatoryEntry(0x0028,0x0100,"16","US");
1586    }
1587
1588    // Check if user wasn't drunk ;-)
1589
1590    std::ostringstream s;
1591    // check 'Bits Allocated' vs decent values
1592    int nbBitsAllocated = FileInternal->GetBitsAllocated();
1593    if ( (nbBitsAllocated == 0 || nbBitsAllocated > 32)
1594      || ( nbBitsAllocated > 8 && nbBitsAllocated <16) )
1595    {
1596       CopyMandatoryEntry(0x0028,0x0100,"16","US");
1597       gdcmWarningMacro("(0028,0100) changed from "
1598          << nbBitsAllocated << " to 16 for consistency purpose");
1599       nbBitsAllocated = 16;
1600    }
1601    // check 'Bits Stored' vs 'Bits Allocated'
1602    int nbBitsStored = FileInternal->GetBitsStored();
1603    if ( nbBitsStored == 0 || nbBitsStored > nbBitsAllocated )
1604    {
1605       s.str("");
1606       s << nbBitsAllocated;
1607       CopyMandatoryEntry(0x0028,0x0101,s.str(),"US");
1608       gdcmWarningMacro("(0028,0101) changed from "
1609                        << nbBitsStored << " to " << nbBitsAllocated
1610                        << " for consistency purpose" );
1611       nbBitsStored = nbBitsAllocated;
1612     }
1613    // check 'Hight Bit Position' vs 'Bits Allocated' and 'Bits Stored'
1614    int highBitPosition = FileInternal->GetHighBitPosition();
1615    if ( highBitPosition == 0 ||
1616         highBitPosition > nbBitsAllocated-1 ||
1617         highBitPosition < nbBitsStored-1  )
1618    {
1619       s.str("");
1620       s << nbBitsStored - 1;
1621       CopyMandatoryEntry(0x0028,0x0102,s.str(),"US");
1622       gdcmWarningMacro("(0028,0102) changed from "
1623                        << highBitPosition << " to " << nbBitsAllocated-1
1624                        << " for consistency purpose");
1625    }
1626
1627    // check Pixel Representation (default it as 0 -unsigned-)
1628
1629    DataEntry *e_0028_0103 = FileInternal->GetDataEntry(0x0028, 0x0103);
1630    if ( !e_0028_0103 )
1631    {
1632       gdcmWarningMacro("PixelRepresentation (0028,0103) is supposed to be mandatory");
1633       CopyMandatoryEntry(0x0028, 0x0103,"0","US");
1634    }
1635    else
1636    {
1637       int sign = (int)e_0028_0103->GetValue(0);
1638       if (sign !=1 && sign !=0)
1639       {
1640          gdcmWarningMacro("PixelRepresentation (0028,0103) is supposed to be =1 or =0");
1641          CopyMandatoryEntry(0x0028, 0x0103,"0","US");
1642       }
1643    }
1644
1645    std::string pixelAspectRatio = FileInternal->GetEntryString(0x0028,0x0034);
1646    if ( pixelAspectRatio == GDCM_UNFOUND ) // avoid conflict with pixelSpacing !
1647    {
1648       std::string pixelSpacing = FileInternal->GetEntryString(0x0028,0x0030);
1649       if ( pixelSpacing == GDCM_UNFOUND )
1650       {
1651          pixelSpacing = "1.0\\1.0";
1652           // if missing, Pixel Spacing forced to "1.0\1.0"
1653          CopyMandatoryEntry(0x0028,0x0030,pixelSpacing,"DS");
1654       }
1655
1656       // 'Imager Pixel Spacing' : defaulted to 'Pixel Spacing'
1657       // --> This one is the *legal* one !
1658       if ( ContentType != USER_OWN_IMAGE)
1659       //  we write it only when we are *sure* the image comes from
1660       //         an imager (see also 0008,0x0064)
1661          CheckMandatoryEntry(0x0018,0x1164,pixelSpacing,"DS");
1662    }
1663 /*
1664 ///Exact meaning of RETired fields
1665
1666 // See page 73 of ACR-NEMA_300-1988.pdf !
1667
1668 // 0020,0020 : Patient Orientation :
1669 Patient direction of the first row and
1670 column of the images. The first entry id the direction of the raws, given by the
1671 direction of the last pixel in the first row from the first pixel in tha row.
1672 the second entry is the direction of the columns, given by the direction of the
1673 last pixel in the first column from the first pixel in that column.
1674 L : Left, F : Feet, A : Anterior, P : Posterior.
1675 Up to 3 letters can be used in combination to indicate oblique planes.
1676
1677 //0020,0030 Image Position (RET)
1678 x,y,z coordinates im mm of the first pixel in the image
1679
1680 // 0020,0035 Image Orientation (RET)
1681 Direction cosines of the R axis of the image system with respect to the
1682 equipment coordinate axes x,y,z, followed by direction cosines of the C axis of
1683 the image system with respect to the same axes
1684
1685 //0020,0050 Location
1686 An image location reference, standard for the modality (such as CT bed position),
1687 used to indicate position. Calculation of position for other purposes
1688 is only from (0020,0030) and (0020,0035)
1689 */
1690
1691 /*
1692 // if imagePositionPatient    not found, default it with imagePositionRet,    if any
1693 // if imageOrientationPatient not found, default it with imageOrientationRet, if any
1694
1695    std::string imagePositionRet        = FileInternal->GetEntryString(0x0020,0x0030);
1696    std::string imageOrientationRet     = FileInternal->GetEntryString(0x0020,0x0035);
1697    std::string imagePositionPatient    = FileInternal->GetEntryString(0x0020,0x0032);
1698    std::string imageOrientationPatient = FileInternal->GetEntryString(0x0020,0x0037);
1699
1700    if(  imagePositionPatient == GDCM_UNFOUND && imageOrientationPatient == GDCM_UNFOUND
1701      && imagePositionRet     != GDCM_UNFOUND && imageOrientationRet     != GDCM_UNFOUND)
1702    {
1703       CopyMandatoryEntry(0x0020, 0x0032,imagePositionRet,"DS");
1704       Archive->Push(0x0020,0x0030);
1705       CopyMandatoryEntry(0x0020, 0x0037,imageOrientationRet,"DS");
1706       Archive->Push(0x0020,0x0035);
1707    }
1708 */
1709
1710    // Samples Per Pixel (type 1) : default to grayscale
1711    CheckMandatoryEntry(0x0028,0x0002,"1","US");
1712
1713    // --- Check UID-related Entries ---
1714
1715    // At the end, not to overwrite the original ones,
1716    // needed by 'Referenced SOP Instance UID', 'Referenced SOP Class UID'
1717    // 'SOP Instance UID'
1718    CopyMandatoryEntry(0x0008,0x0018,sop,"UI");
1719
1720    if ( ContentType == USER_OWN_IMAGE)
1721    {
1722       gdcmDebugMacro( "USER_OWN_IMAGE (2)");
1723        // Conversion Type.
1724        // Other possible values are :
1725        // See PS 3.3, Page 408
1726
1727        // DV = Digitized Video
1728        // DI = Digital Interface
1729        // DF = Digitized Film
1730        // WSD = Workstation
1731        // SD = Scanned Document
1732        // SI = Scanned Image
1733        // DRW = Drawing
1734        // SYN = Synthetic Image
1735
1736       CheckMandatoryEntry(0x0008,0x0064,"SYN","CS"); // Why not?
1737    }
1738 /*
1739    if ( ContentType == CREATED_IMAGE)
1740    {
1741    /// \todo : find a trick to pass the Media Storage SOP Instance UID of the images used to create the current image
1742
1743    }
1744 */
1745
1746    // ---- The user will never have to take any action on the following ----
1747
1748    // new value for 'SOP Instance UID'
1749    //SetMandatoryEntry(0x0008,0x0018,Util::CreateUniqueUID());
1750
1751    // Instance Creation Date
1752    const std::string &date = Util::GetCurrentDate();
1753    CopyMandatoryEntry(0x0008,0x0012,date,"DA");
1754
1755    // Instance Creation Time
1756    const std::string &time = Util::GetCurrentTime();
1757    CopyMandatoryEntry(0x0008,0x0013,time,"TM");
1758
1759    // Study Date
1760    CheckMandatoryEntry(0x0008,0x0020,date,"DA");
1761    // Study Time
1762    CheckMandatoryEntry(0x0008,0x0030,time,"TM");
1763
1764    // Accession Number
1765    //CopyMandatoryEntry(0x0008,0x0050,"");
1766    CheckMandatoryEntry(0x0008,0x0050,"","SH");
1767
1768
1769    // ----- Add Mandatory Entries if missing ---
1770    // Entries whose type is 1 are mandatory, with a mandatory value
1771    // Entries whose type is 1c are mandatory-inside-a-Sequence,
1772    //                          with a mandatory value
1773    // Entries whose type is 2 are mandatory, with an optional value
1774    // Entries whose type is 2c are mandatory-inside-a-Sequence,
1775    //                          with an optional value
1776    // Entries whose type is 3 are optional
1777
1778    // 'Study Instance UID'
1779    // Keep the value if exists
1780    // The user is allowed to create his own Study,
1781    //          keeping the same 'Study Instance UID' for various images
1782    // The user may add images to a 'Manufacturer Study',
1783    //          adding new Series to an already existing Study
1784    CheckMandatoryEntry(0x0020,0x000d,Util::CreateUniqueUID(),"UI");
1785
1786    // 'Serie Instance UID'
1787    // Keep the value if exists
1788    // The user is allowed to create his own Series,
1789    // keeping the same 'Serie Instance UID' for various images
1790    // The user shouldn't add any image to a 'Manufacturer Serie'
1791    // but there is no way no to prevent him for doing that
1792    CheckMandatoryEntry(0x0020,0x000e,Util::CreateUniqueUID(),"UI");
1793
1794    // Study ID
1795    CheckMandatoryEntry(0x0020,0x0010,"","SH");
1796
1797    // Series Number
1798    CheckMandatoryEntry(0x0020,0x0011,"","IS");
1799
1800    // Instance Number
1801    CheckMandatoryEntry(0x0020,0x0013,"","IS");
1802
1803    // Patient Orientation
1804    // Can be computed from (0020|0037) :  Image Orientation (Patient)
1805    GDCM_NAME_SPACE::Orientation *o = GDCM_NAME_SPACE::Orientation::New();
1806    std::string ori = o->GetOrientation ( FileInternal );
1807    o->Delete();
1808    if (ori != "\\" && ori != GDCM_UNFOUND)
1809       CheckMandatoryEntry(0x0020,0x0020,ori,"CS");
1810    else
1811       CheckMandatoryEntry(0x0020,0x0020,"","CS");
1812
1813    // Default Patient Position to HFS
1814    CheckMandatoryEntry(0x0018,0x5100,"HFS","CS");
1815
1816    // Modality : if missing we set it to 'OTher'
1817    CheckMandatoryEntry(0x0008,0x0060,"OT","CS");
1818
1819    // Manufacturer : if missing we set it to 'GDCM Factory'
1820    CheckMandatoryEntry(0x0008,0x0070,"GDCM Factory","LO");
1821
1822    // Institution Name : if missing we set it to 'GDCM Hospital'
1823    CheckMandatoryEntry(0x0008,0x0080,"GDCM Hospital","LO");
1824
1825    // Patient's Name : if missing, we set it to 'GDCM^Patient'
1826    CheckMandatoryEntry(0x0010,0x0010,"GDCM^Patient","PN");
1827
1828    // Patient ID : some clinical softwares *demand* it although it's a 'type 2' entry.
1829    CheckMandatoryEntry(0x0010,0x0020,"gdcm ID","LO");
1830
1831    // Patient's Birth Date : 'type 2' entry -> must exist, value not mandatory
1832    CheckMandatoryEntry(0x0010,0x0030,"","DA");
1833
1834    // Patient's Sex :'type 2' entry -> must exist, value not mandatory
1835    CheckMandatoryEntry(0x0010,0x0040,"","CS");
1836
1837    // Referring Physician's Name :'type 2' entry -> must exist, value not mandatory
1838    CheckMandatoryEntry(0x0008,0x0090,"","PN");
1839
1840  /*
1841    // Deal with element 0x0000 (group length) of each group.
1842    // First stage : get all the different Groups
1843
1844   GroupHT grHT;
1845   DocEntry *d = FileInternal->GetFirstEntry();
1846   while(d)
1847   {
1848     grHT[d->GetGroup()] = 0;
1849     d=FileInternal->GetNextEntry();
1850   }
1851   // Second stage : add the missing ones (if any)
1852   for (GroupHT::iterator it = grHT.begin(); it != grHT.end(); ++it)
1853   {
1854       CheckMandatoryEntry(it->first, 0x0000, "0");
1855   }
1856   // Third stage : update all 'zero level' groups length
1857 */
1858
1859
1860    if (PhotometricInterpretation == 1)
1861    {
1862    }
1863 }
1864
1865 void FileHelper::CheckMandatoryEntry(uint16_t group,uint16_t elem,std::string value,const VRKey &vr )
1866 {
1867    DataEntry *entry = FileInternal->GetDataEntry(group,elem);
1868    if ( !entry )
1869    {
1870       //entry = DataEntry::New(Global::GetDicts()->GetDefaultPubDict()->GetEntry(group,elem));
1871       entry = DataEntry::New(group,elem,vr);
1872       entry->SetString(value);
1873       Archive->Push(entry);
1874       entry->Delete();
1875    }
1876 }
1877
1878 /// \todo : what is it used for ? (FileHelper::SetMandatoryEntry)
1879 void FileHelper::SetMandatoryEntry(uint16_t group,uint16_t elem,std::string value,const VRKey &vr)
1880 {
1881    //DataEntry *entry = DataEntry::New(Global::GetDicts()->GetDefaultPubDict()->GetEntry(group,elem));
1882    DataEntry *entry = DataEntry::New(group,elem,vr);
1883    entry->SetString(value);
1884    Archive->Push(entry);
1885    entry->Delete();
1886 }
1887
1888 void FileHelper::CopyMandatoryEntry(uint16_t group,uint16_t elem,std::string value,const VRKey &vr)
1889 {
1890    DataEntry *entry = CopyDataEntry(group,elem,vr);
1891    entry->SetString(value);
1892    Archive->Push(entry);
1893    entry->Delete();
1894 }
1895
1896 /**
1897  * \brief Restore in the File the initial group 0002
1898  */
1899 void FileHelper::RestoreWriteMandatory()
1900 {
1901    // group 0002 may be pushed out for ACR-NEMA writting purposes
1902    Archive->Restore(0x0002,0x0000);
1903    Archive->Restore(0x0002,0x0001);
1904    Archive->Restore(0x0002,0x0002);
1905    Archive->Restore(0x0002,0x0003);
1906    Archive->Restore(0x0002,0x0010);
1907    Archive->Restore(0x0002,0x0012);
1908    Archive->Restore(0x0002,0x0013);
1909    Archive->Restore(0x0002,0x0016);
1910    Archive->Restore(0x0002,0x0100);
1911    Archive->Restore(0x0002,0x0102);
1912
1913    // FIXME : Check if none is missing !
1914
1915    Archive->Restore(0x0008,0x0012);
1916    Archive->Restore(0x0008,0x0013);
1917    Archive->Restore(0x0008,0x0016);
1918    Archive->Restore(0x0008,0x0018);
1919    Archive->Restore(0x0008,0x0060);
1920    Archive->Restore(0x0008,0x0070);
1921    Archive->Restore(0x0008,0x0080);
1922    Archive->Restore(0x0008,0x0090);
1923    Archive->Restore(0x0008,0x2112);
1924
1925    Archive->Restore(0x0010,0x0010);
1926    Archive->Restore(0x0010,0x0030);
1927    Archive->Restore(0x0010,0x0040);
1928
1929    Archive->Restore(0x0020,0x000d);
1930    Archive->Restore(0x0020,0x000e);
1931 }
1932
1933 /**
1934  * \brief   CallStartMethod
1935  */
1936 void FileHelper::CallStartMethod()
1937 {
1938    Progress = 0.0f;
1939    Abort    = false;
1940    CommandManager::ExecuteCommand(this,CMD_STARTPROGRESS);
1941 }
1942
1943 /**
1944  * \brief   CallProgressMethod
1945  */
1946 void FileHelper::CallProgressMethod()
1947 {
1948    CommandManager::ExecuteCommand(this,CMD_PROGRESS);
1949 }
1950
1951 /**
1952  * \brief   CallEndMethod
1953  */
1954 void FileHelper::CallEndMethod()
1955 {
1956    Progress = 1.0f;
1957    CommandManager::ExecuteCommand(this,CMD_ENDPROGRESS);
1958 }
1959
1960 //-----------------------------------------------------------------------------
1961 // Private
1962 /**
1963  * \brief Factorization for various forms of constructors.
1964  */
1965 void FileHelper::Initialize()
1966 {
1967    UserFunction = 0;
1968    ContentType = USER_OWN_IMAGE;
1969
1970    WriteMode = WMODE_RAW;
1971    WriteType = ExplicitVR;
1972
1973    PhotometricInterpretation = 2; // Black = 0
1974
1975    PixelReadConverter  = new PixelReadConvert;
1976    PixelWriteConverter = new PixelWriteConvert;
1977    Archive = new DocEntryArchive( FileInternal );
1978 }
1979
1980 /**
1981  * \brief Reads/[decompresses] the pixels,
1982  *        *without* making RGB from Palette Colors
1983  * @return the pixels area, whatever its type
1984  *         (uint8_t is just for prototyping : feel free to Cast it)
1985  */
1986 uint8_t *FileHelper::GetRaw()
1987 {
1988    PixelReadConverter->SetUserFunction( UserFunction );
1989
1990    uint8_t *raw = PixelReadConverter->GetRaw();
1991    if ( ! raw )
1992    {
1993       // The Raw image migth not be loaded yet:
1994       std::ifstream *fp = FileInternal->OpenFile();
1995       PixelReadConverter->ReadAndDecompressPixelData( fp );
1996       if ( fp )
1997          FileInternal->CloseFile();
1998
1999       raw = PixelReadConverter->GetRaw();
2000       if ( ! raw )
2001       {
2002          gdcmWarningMacro( "Read/decompress of pixel data apparently went wrong.");
2003          return 0;
2004       }
2005    }
2006    return raw;
2007 }
2008
2009 /**
2010  * \brief Deal with Grey levels i.e. re-arange them
2011  *        to have low values = dark, high values = bright
2012  */
2013 void FileHelper::ConvertFixGreyLevels(uint8_t *raw, size_t rawSize)
2014 {
2015    uint32_t i; // to please M$VC6
2016    int16_t j;
2017
2018    // Number of Bits Allocated for storing a Pixel is defaulted to 16
2019    // when absent from the file.
2020    int bitsAllocated = FileInternal->GetBitsAllocated();
2021    if ( bitsAllocated == 0 )
2022    {
2023       bitsAllocated = 16;
2024    }
2025
2026    else if (bitsAllocated > 8 && bitsAllocated < 16 && bitsAllocated != 12)
2027    {
2028       bitsAllocated = 16;
2029    }
2030    // Number of "Bits Stored", defaulted to number of "Bits Allocated"
2031    // when absent from the file.
2032    int bitsStored = FileInternal->GetBitsStored();
2033    if ( bitsStored == 0 )
2034    {
2035       bitsStored = bitsAllocated;
2036    }
2037
2038    if (!FileInternal->IsSignedPixelData())
2039    {
2040       if ( bitsAllocated == 8 )
2041       {
2042          uint8_t *deb = (uint8_t *)raw;
2043          for (i=0; i<rawSize; i++)
2044          {
2045             *deb = 255 - *deb;
2046             deb++;
2047          }
2048          return;
2049       }
2050
2051       if ( bitsAllocated == 16 )
2052       {
2053          uint16_t mask =1;
2054          for (j=0; j<bitsStored-1; j++)
2055          {
2056             mask = (mask << 1) +1; // will be fff when BitsStored=12
2057          }
2058
2059          uint16_t *deb = (uint16_t *)raw;
2060          for (i=0; i<rawSize/2; i++)
2061          {
2062             *deb = mask - *deb;
2063             deb++;
2064          }
2065          return;
2066        }
2067    }
2068    else
2069    {
2070       if ( bitsAllocated == 8 )
2071       {
2072          uint8_t smask8 = 255;
2073          uint8_t *deb = (uint8_t *)raw;
2074          for (i=0; i<rawSize; i++)
2075          {
2076             *deb = smask8 - *deb;
2077             deb++;
2078          }
2079          return;
2080       }
2081       if ( bitsAllocated == 16 )
2082       {
2083          uint16_t smask16 = 65535;
2084          uint16_t *deb = (uint16_t *)raw;
2085          for (i=0; i<rawSize/2; i++)
2086          {
2087             *deb = smask16 - *deb;
2088             deb++;
2089          }
2090          return;
2091       }
2092    }
2093 }
2094
2095 //-----------------------------------------------------------------------------
2096 /**
2097  * \brief   Prints the FileInternal + info on PixelReadConvertor
2098  * @param   os ostream we want to print in
2099  * @param indent (unused)
2100  */
2101 void FileHelper::Print(std::ostream &os, std::string const &)
2102 {
2103    FileInternal->SetPrintLevel(PrintLevel);
2104    FileInternal->Print(os);
2105
2106    if ( FileInternal->IsReadable() )
2107    {
2108       PixelReadConverter->SetPrintLevel(PrintLevel);
2109       PixelReadConverter->Print(os);
2110    }
2111 }
2112
2113 //-----------------------------------------------------------------------------
2114 } // end namespace gdcm
2115
2116
2117 /* Probabely something to be added to use Rescale Slope/Intercept
2118 Have a look ,at ITK code !
2119
2120 // Internal function to rescale pixel according to Rescale Slope/Intercept
2121 template<class TBuffer, class TSource>
2122 void RescaleFunction(TBuffer* buffer, TSource *source,
2123                      double slope, double intercept, size_t size)
2124 {
2125   size /= sizeof(TSource);
2126
2127   if (slope != 1.0 && intercept != 0.0)
2128     {
2129     // Duff's device.  Instead of this code:
2130     //
2131     //   for(unsigned int i=0; i<size; i++)
2132     //    {
2133     //    buffer[i] = (TBuffer)(source[i]*slope + intercept);
2134     //    }
2135     //
2136     // use Duff's device which exploits "fall through"
2137     register size_t n = (size + 7) / 8;
2138     switch ( size % 8)
2139       {
2140       case 0: do { *buffer++ = (TBuffer)((*source++)*slope + intercept);
2141       case 7:      *buffer++ = (TBuffer)((*source++)*slope + intercept);
2142       case 6:      *buffer++ = (TBuffer)((*source++)*slope + intercept);
2143       case 5:      *buffer++ = (TBuffer)((*source++)*slope + intercept);
2144       case 4:      *buffer++ = (TBuffer)((*source++)*slope + intercept);
2145       case 3:      *buffer++ = (TBuffer)((*source++)*slope + intercept);
2146       case 2:      *buffer++ = (TBuffer)((*source++)*slope + intercept);
2147       case 1:      *buffer++ = (TBuffer)((*source++)*slope + intercept);
2148                  }  while (--n > 0);
2149       }
2150     }
2151   else if (slope == 1.0 && intercept != 0.0)
2152     {
2153     // Duff's device.  Instead of this code:
2154     //
2155     //   for(unsigned int i=0; i<size; i++)
2156     //    {
2157     //    buffer[i] = (TBuffer)(source[i] + intercept);
2158     //    }
2159     //
2160     // use Duff's device which exploits "fall through"
2161     register size_t n = (size + 7) / 8;
2162     switch ( size % 8)
2163       {
2164       case 0: do { *buffer++ = (TBuffer)(*source++ + intercept);
2165       case 7:      *buffer++ = (TBuffer)(*source++ + intercept);
2166       case 6:      *buffer++ = (TBuffer)(*source++ + intercept);
2167       case 5:      *buffer++ = (TBuffer)(*source++ + intercept);
2168       case 4:      *buffer++ = (TBuffer)(*source++ + intercept);
2169       case 3:      *buffer++ = (TBuffer)(*source++ + intercept);
2170       case 2:      *buffer++ = (TBuffer)(*source++ + intercept);
2171       case 1:      *buffer++ = (TBuffer)(*source++ + intercept);
2172                  }  while (--n > 0);
2173       }
2174     }
2175   else if (slope != 1.0 && intercept == 0.0)
2176     {
2177     // Duff's device.  Instead of this code:
2178     //
2179     //   for(unsigned int i=0; i<size; i++)
2180     //    {
2181     //    buffer[i] = (TBuffer)(source[i]*slope);
2182     //    }
2183     //
2184     // use Duff's device which exploits "fall through"
2185     register size_t n = (size + 7) / 8;
2186     switch ( size % 8)
2187       {
2188       case 0: do { *buffer++ = (TBuffer)((*source++)*slope);
2189       case 7:      *buffer++ = (TBuffer)((*source++)*slope);
2190       case 6:      *buffer++ = (TBuffer)((*source++)*slope);
2191       case 5:      *buffer++ = (TBuffer)((*source++)*slope);
2192       case 4:      *buffer++ = (TBuffer)((*source++)*slope);
2193       case 3:      *buffer++ = (TBuffer)((*source++)*slope);
2194       case 2:      *buffer++ = (TBuffer)((*source++)*slope);
2195       case 1:      *buffer++ = (TBuffer)((*source++)*slope);
2196                  }  while (--n > 0);
2197       }
2198     }
2199   else
2200     {
2201     // Duff's device.  Instead of this code:
2202     //
2203     //   for(unsigned int i=0; i<size; i++)
2204     //    {
2205     //    buffer[i] = (TBuffer)(source[i]);
2206     //    }
2207     //
2208     // use Duff's device which exploits "fall through"
2209     register size_t n = (size + 7) / 8;
2210     switch ( size % 8)
2211       {
2212       case 0: do { *buffer++ = (TBuffer)(*source++);
2213       case 7:      *buffer++ = (TBuffer)(*source++);
2214       case 6:      *buffer++ = (TBuffer)(*source++);
2215       case 5:      *buffer++ = (TBuffer)(*source++);
2216       case 4:      *buffer++ = (TBuffer)(*source++);
2217       case 3:      *buffer++ = (TBuffer)(*source++);
2218       case 2:      *buffer++ = (TBuffer)(*source++);
2219       case 1:      *buffer++ = (TBuffer)(*source++);
2220                  }  while (--n > 0);
2221       }
2222    }
2223 }
2224
2225
2226 template<class TSource>
2227 void RescaleFunction(ImageIOBase::IOComponentType bufferType,
2228                      void* buffer, TSource *source,
2229                      double slope, double intercept, size_t size)
2230 {
2231   switch (bufferType)
2232     {
2233     case ImageIOBase::UCHAR:
2234       RescaleFunction( (unsigned char *)buffer, source, slope, intercept, size);
2235       break;
2236     case ImageIOBase::CHAR:
2237       RescaleFunction( (char *)buffer, source, slope, intercept, size);
2238       break;
2239     case ImageIOBase::USHORT:
2240       RescaleFunction( (unsigned short *)buffer, source, slope, intercept,size);
2241       break;
2242     case ImageIOBase::SHORT:
2243       RescaleFunction( (short *)buffer, source, slope, intercept, size);
2244       break;
2245     case ImageIOBase::UINT:
2246       RescaleFunction( (unsigned int *)buffer, source, slope, intercept, size);
2247       break;
2248     case ImageIOBase::INT:
2249       RescaleFunction( (int *)buffer, source, slope, intercept, size);
2250       break;
2251     case ImageIOBase::FLOAT:
2252       RescaleFunction( (float *)buffer, source, slope, intercept, size);
2253       break;
2254     case ImageIOBase::DOUBLE:
2255       RescaleFunction( (double *)buffer, source, slope, intercept, size);
2256       break;
2257     default:
2258       ::itk::OStringStream message;
2259       message << "itk::ERROR: GDCMImageIO: Unknown component type : " << bufferType;
2260       ::itk::ExceptionObject e(__FILE__, __LINE__, message.str().c_str(),ITK_LOCATION);
2261       throw e;
2262     }
2263 }
2264 */