src/gdcmFileHelper.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: gdcmFileHelper.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6
   7   Date:      $Date: 2005/10/18 08:35:50 $
   8   Version:   $Revision: 1.60 $
   9
  10   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  11   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  12   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  13
  14      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  15      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  17
  18 =========================================================================*/
  19
  20 #include "gdcmFileHelper.h"
  21 #include "gdcmGlobal.h"
  22 #include "gdcmTS.h"
  23 #include "gdcmDocument.h"
  24 #include "gdcmDebug.h"
  25 #include "gdcmUtil.h"
  26 #include "gdcmSeqEntry.h"
  27 #include "gdcmSQItem.h"
  28 #include "gdcmDataEntry.h"
  29 #include "gdcmFile.h"
  30 #include "gdcmPixelReadConvert.h"
  31 #include "gdcmPixelWriteConvert.h"
  32 #include "gdcmDocEntryArchive.h"
  33 #include "gdcmDictSet.h"
  34
  35 #include <fstream>
  36
  37 /*
  38 // ----------------------------- WARNING -------------------------
  39
  40 These lines will be moved to the document-to-be 'User's Guide'
  41
  42 // To read an image, user needs a gdcm::File
  43 gdcm::File *f = new gdcm::File(fileName);
  44 // or (advanced) :
  45 // user may also decide he doesn't want to load some parts of the header
  46 gdcm::File *f = new gdcm::File();
  47 f->SetFileName(fileName);
  48    f->SetLoadMode(LD_NOSEQ);             // or
  49    f->SetLoadMode(LD_NOSHADOW);          // or
  50    f->SetLoadMode(LD_NOSEQ | LD_NOSHADOW); // or
  51    f->SetLoadMode(LD_NOSHADOWSEQ);
  52 f->Load();
  53
  54 // user can now check some values
  55 std::string v = f->GetEntryValue(groupNb,ElementNb);
  56
  57 // to get the pixels, user needs a gdcm::FileHelper
  58 gdcm::FileHelper *fh = new gdcm::FileHelper(f);
  59 // user may ask not to convert Palette to RGB
  60 uint8_t *pixels = fh->GetImageDataRaw();
  61 int imageLength = fh->GetImageDataRawSize();
  62 // He can now use the pixels, create a new image, ...
  63 uint8_t *userPixels = ...
  64
  65 To re-write the image, user re-uses the gdcm::FileHelper
  66
  67 fh->SetImageData( userPixels, userPixelsLength);
  68 fh->SetTypeToRaw(); // Even if it was possible to convert Palette to RGB
  69                      // (WriteMode is set)
  70
  71 fh->SetWriteTypeToDcmExpl(); // he wants Explicit Value Representation
  72                               // Little Endian is the default
  73                               // no other value is allowed
  74                                 (-->SetWriteType(ExplicitVR);)
  75                                    -->WriteType = ExplicitVR;
  76 fh->Write(newFileName);      // overwrites the file, if any
  77
  78 // or :
  79 fh->WriteDcmExplVR(newFileName);
  80
  81
  82 // ----------------------------- WARNING -------------------------
  83
  84 These lines will be moved to the document-to-be 'Developer's Guide'
  85
  86 WriteMode : WMODE_RAW / WMODE_RGB
  87 WriteType : ImplicitVR, ExplicitVR, ACR, ACR_LIBIDO
  88
  89 fh1->Write(newFileName);
  90    SetWriteFileTypeToImplicitVR() / SetWriteFileTypeToExplicitVR();
  91    (modifies TransferSyntax)
  92    SetWriteToRaw(); / SetWriteToRGB();
  93       (modifies, when necessary : photochromatic interpretation,
  94          samples per pixel, Planar configuration,
  95          bits allocated, bits stored, high bit -ACR 24 bits-
  96          Pixels element VR, pushes out the LUT )
  97    CheckWriteIntegrity();
  98       (checks user given pixels length)
  99    FileInternal->Write(fileName,WriteType)
 100    fp = opens file(fileName);
 101    ComputeGroup0002Length( );
 102    BitsAllocated 12->16
 103       RemoveEntryNoDestroy(palettes, etc)
 104       Document::WriteContent(fp, writetype);
 105    RestoreWrite();
 106       (moves back to the File all the archived elements)
 107    RestoreWriteFileType();
 108       (pushes back group 0002, with TransferSyntax)
 109 */
 110
 111
 112
 113
 114 namespace gdcm
 115 {
 116 //-------------------------------------------------------------------------
 117 // Constructor / Destructor
 118 /**
 119  * \brief Constructor dedicated to deal with the *pixels* area of a ACR/DICOMV3
 120  *        file (gdcm::File only deals with the ... header)
 121  *        Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
 122  *        for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
 123  *        It will be up to the user to load the pixels into memory
 124  *        ( GetImageDataSize() + GetImageData() methods)
 125  * \note  the in-memory representation of all available tags found in
 126  *        the DICOM header is post-poned to first header information access.
 127  *        This avoid a double parsing of public part of the header when
 128  *        one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
 129  *        seen as a side effect).
 130  */
 131 FileHelper::FileHelper( )
 132 {
 133    FileInternal = new File( );
 134    SelfHeader = true;
 135    Initialize();
 136 }
 137
 138 /**
 139  * \brief Constructor dedicated to deal with the *pixels* area of a ACR/DICOMV3
 140  *        file (File only deals with the ... header)
 141  *        Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
 142  *        for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
 143  *        It will be up to the user to load the pixels into memory
 144  *        ( GetImageDataSize() + GetImageData() methods)
 145  * \note  the in-memory representation of all available tags found in
 146  *        the DICOM header is post-poned to first header information access.
 147  *        This avoid a double parsing of public part of the header when
 148  *        user sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
 149  *        seen as a side effect).
 150  * @param header already built Header
 151  */
 152 FileHelper::FileHelper(File *header)
 153 {
 154    FileInternal = header;
 155    SelfHeader = false;
 156    Initialize();
 157    if ( FileInternal->IsReadable() )
 158    {
 159       PixelReadConverter->GrabInformationsFromFile( FileInternal );
 160    }
 161 }
 162
 163 #ifndef GDCM_LEGACY_REMOVE
 164 /**
 165  * \brief DEPRECATED : use SetFilename() + SetLoadMode() + Load() methods
 166  *        Constructor dedicated to deal with the *pixels* area of a ACR/DICOMV3
 167  *        file (gdcm::File only deals with the ... header)
 168  *        Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
 169  *        for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
 170  *        It will be up to the user to load the pixels into memory
 171  * \note  the in-memory representation of all available tags found in
 172  *        the DICOM header is post-poned to first header information access.
 173  *        This avoid a double parsing of public part of the header when
 174  *        one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
 175  *        seen as a side effect).
 176  * @param filename file to be opened for parsing
 177  * @deprecated  use SetFilename() + Load() methods
 178  */
 179 FileHelper::FileHelper(std::string const &filename )
 180 {
 181    FileInternal = new File( );
 182    FileInternal->SetFileName( filename );
 183    FileInternal->Load();
 184    SelfHeader = true;
 185    Initialize();
 186    if ( FileInternal->IsReadable() )
 187    {
 188       PixelReadConverter->GrabInformationsFromFile( FileInternal );
 189    }
 190 }
 191 #endif
 192
 193 /**
 194  * \brief canonical destructor
 195  * \note  If the header (gdcm::File) was created by the FileHelper constructor,
 196  *        it is destroyed by the FileHelper
 197  */
 198 FileHelper::~FileHelper()
 199 {
 200    if ( PixelReadConverter )
 201    {
 202       delete PixelReadConverter;
 203    }
 204    if ( PixelWriteConverter )
 205    {
 206       delete PixelWriteConverter;
 207    }
 208    if ( Archive )
 209    {
 210       delete Archive;
 211    }
 212
 213    if ( SelfHeader )
 214    {
 215       delete FileInternal;
 216    }
 217    FileInternal = 0;
 218 }
 219
 220 //-----------------------------------------------------------------------------
 221 // Public
 222
 223 /**
 224  * \brief Sets the LoadMode of the internal gdcm::File as a boolean string.
 225  *        NO_SEQ, NO_SHADOW, NO_SHADOWSEQ
 226  *... (nothing more, right now)
 227  *        WARNING : before using NO_SHADOW, be sure *all* your files
 228  *        contain accurate values in the 0x0000 element (if any)
 229  *        of *each* Shadow Group. The parser will fail if the size is wrong !
 230  * @param   loadMode Load mode to be used
 231  */
 232 void FileHelper::SetLoadMode(int loadMode)
 233 {
 234    GetFile()->SetLoadMode( loadMode );
 235 }
 236 /**
 237  * \brief Sets the LoadMode of the internal gdcm::File
 238  * @param  fileName name of the file to be open
 239  */
 240 void FileHelper::SetFileName(std::string const &fileName)
 241 {
 242    FileInternal->SetFileName( fileName );
 243 }
 244
 245 /**
 246  * \brief   Loader
 247  * @return false if file cannot be open or no swap info was found,
 248  *         or no tag was found.
 249  */
 250 bool FileHelper::Load()
 251 {
 252    if ( !FileInternal->Load() )
 253       return false;
 254
 255    PixelReadConverter->GrabInformationsFromFile( FileInternal );
 256    return true;
 257 }
 258
 259 /**
 260  * \brief   Accesses an existing DocEntry (i.e. a Dicom Element)
 261  *          through it's (group, element) and modifies it's content with
 262  *          the given value.
 263  * @param   content new value (string) to substitute with
 264  * @param   group  group number of the Dicom Element to modify
 265  * @param   elem element number of the Dicom Element to modify
 266  * \return  false if DocEntry not found
 267  */
 268 bool FileHelper::SetEntryString(std::string const &content,
 269                                     uint16_t group, uint16_t elem)
 270 {
 271    return FileInternal->SetEntryString(content, group, elem);
 272 }
 273
 274
 275 /**
 276  * \brief   Accesses an existing DocEntry (i.e. a Dicom Element)
 277  *          through it's (group, element) and modifies it's content with
 278  *          the given value.
 279  * @param   content new value (void*  -> uint8_t*) to substitute with
 280  * @param   lgth new value length
 281  * @param   group  group number of the Dicom Element to modify
 282  * @param   elem element number of the Dicom Element to modify
 283  * \return  false if DocEntry not found
 284  */
 285 bool FileHelper::SetEntryBinArea(uint8_t *content, int lgth,
 286                                      uint16_t group, uint16_t elem)
 287 {
 288    return FileInternal->SetEntryBinArea(content, lgth, group, elem);
 289 }
 290
 291 /**
 292  * \brief   Modifies the value of a given DocEntry (Dicom entry)
 293  *          when it exists. Creates it with the given value when unexistant.
 294  * @param   content (string)value to be set
 295  * @param   group   Group number of the Entry
 296  * @param   elem  Element number of the Entry
 297  * \return  pointer to the modified/created Dicom entry (NULL when creation
 298  *          failed).
 299  */
 300 DataEntry *FileHelper::InsertEntryString(std::string const &content,
 301                                                 uint16_t group, uint16_t elem)
 302 {
 303    return FileInternal->InsertEntryString(content, group, elem);
 304 }
 305
 306 /**
 307  * \brief   Modifies the value of a given DocEntry (Dicom entry)
 308  *          when it exists. Creates it with the given value when unexistant.
 309  *          A copy of the binArea is made to be kept in the Document.
 310  * @param   binArea (binary)value to be set
 311  * @param   lgth new value length
 312  * @param   group   Group number of the Entry
 313  * @param   elem  Element number of the Entry
 314  * \return  pointer to the modified/created Dicom entry (NULL when creation
 315  *          failed).
 316  */
 317 DataEntry *FileHelper::InsertEntryBinArea(uint8_t *binArea, int lgth,
 318                                                  uint16_t group, uint16_t elem)
 319 {
 320    return FileInternal->InsertEntryBinArea(binArea, lgth, group, elem);
 321 }
 322
 323 /**
 324  * \brief   Modifies the value of a given DocEntry (Dicom entry)
 325  *          when it exists. Creates it, empty (?!) when unexistant.
 326  * @param   group   Group number of the Entry
 327  * @param   elem  Element number of the Entry
 328  * \return  pointer to the modified/created Dicom entry (NULL when creation
 329  *          failed).
 330  */
 331 SeqEntry *FileHelper::InsertSeqEntry(uint16_t group, uint16_t elem)
 332 {
 333    return FileInternal->InsertSeqEntry(group, elem);
 334 }
 335
 336 /**
 337  * \brief   Get the size of the image data
 338  *          If the image can be RGB (with a lut or by default), the size
 339  *          corresponds to the RGB image
 340  *         (use GetImageDataRawSize if you want to be sure to get *only*
 341  *          the size of the pixels)
 342  * @return  The image size
 343  */
 344 size_t FileHelper::GetImageDataSize()
 345 {
 346    if ( PixelWriteConverter->GetUserData() )
 347    {
 348       return PixelWriteConverter->GetUserDataSize();
 349    }
 350    return PixelReadConverter->GetRGBSize();
 351 }
 352
 353 /**
 354  * \brief   Get the size of the image data
 355  *          If the image could be converted to RGB using a LUT,
 356  *          this transformation is not taken into account by GetImageDataRawSize
 357  *          (use GetImageDataSize if you wish)
 358  * @return  The raw image size
 359  */
 360 size_t FileHelper::GetImageDataRawSize()
 361 {
 362    if ( PixelWriteConverter->GetUserData() )
 363    {
 364       return PixelWriteConverter->GetUserDataSize();
 365    }
 366    return PixelReadConverter->GetRawSize();
 367 }
 368
 369 /**
 370  * \brief   - Allocates necessary memory,
 371  *          - Reads the pixels from disk (uncompress if necessary),
 372  *          - Transforms YBR pixels, if any, into RGB pixels,
 373  *          - Transforms 3 planes R, G, B, if any, into a single RGB Plane
 374  *          - Transforms single Grey plane + 3 Palettes into a RGB Plane
 375  *          - Copies the pixel data (image[s]/volume[s]) to newly allocated zone.
 376  * @return  Pointer to newly allocated pixel data.
 377  *          NULL if alloc fails
 378  */
 379 uint8_t *FileHelper::GetImageData()
 380 {
 381    if ( PixelWriteConverter->GetUserData() )
 382    {
 383       return PixelWriteConverter->GetUserData();
 384    }
 385
 386    if ( ! GetRaw() )
 387    {
 388       // If the decompression failed nothing can be done.
 389       return 0;
 390    }
 391
 392    if ( FileInternal->HasLUT() && PixelReadConverter->BuildRGBImage() )
 393    {
 394       return PixelReadConverter->GetRGB();
 395    }
 396    else
 397    {
 398       // When no LUT or LUT conversion fails, return the Raw
 399       return PixelReadConverter->GetRaw();
 400    }
 401 }
 402
 403 /**
 404  * \brief   Allocates necessary memory,
 405  *          Transforms YBR pixels (if any) into RGB pixels
 406  *          Transforms 3 planes R, G, B  (if any) into a single RGB Plane
 407  *          Copies the pixel data (image[s]/volume[s]) to newly allocated zone.
 408  *          DOES NOT transform Grey plane + 3 Palettes into a RGB Plane
 409  * @return  Pointer to newly allocated pixel data.
 410  *          NULL if alloc fails
 411  */
 412 uint8_t *FileHelper::GetImageDataRaw ()
 413 {
 414    return GetRaw();
 415 }
 416
 417 #ifndef GDCM_LEGACY_REMOVE
 418 /**
 419  * \brief   Useless function, since PixelReadConverter forces us
 420  *          copy the Pixels anyway.
 421  *          Reads the pixels from disk (uncompress if necessary),
 422  *          Transforms YBR pixels, if any, into RGB pixels
 423  *          Transforms 3 planes R, G, B, if any, into a single RGB Plane
 424  *          Transforms single Grey plane + 3 Palettes into a RGB Plane
 425  *          Copies at most MaxSize bytes of pixel data to caller allocated
 426  *          memory space.
 427  * \warning This function allows people that want to build a volume
 428  *          from an image stack *not to* have, first to get the image pixels,
 429  *          and then move them to the volume area.
 430  *          It's absolutely useless for any VTK user since vtk chooses
 431  *          to invert the lines of an image, that is the last line comes first
 432  *          (for some axis related reasons?). Hence he will have
 433  *          to load the image line by line, starting from the end.
 434  *          VTK users have to call GetImageData
 435  *
 436  * @param   destination Address (in caller's memory space) at which the
 437  *          pixel data should be copied
 438  * @param   maxSize Maximum number of bytes to be copied. When MaxSize
 439  *          is not sufficient to hold the pixel data the copy is not
 440  *          executed (i.e. no partial copy).
 441  * @return  On success, the number of bytes actually copied. Zero on
 442  *          failure e.g. MaxSize is lower than necessary.
 443  */
 444 size_t FileHelper::GetImageDataIntoVector (void *destination, size_t maxSize)
 445 {
 446    if ( ! GetRaw() )
 447    {
 448       // If the decompression failed nothing can be done.
 449       return 0;
 450    }
 451
 452    if ( FileInternal->HasLUT() && PixelReadConverter->BuildRGBImage() )
 453    {
 454       if ( PixelReadConverter->GetRGBSize() > maxSize )
 455       {
 456          gdcmWarningMacro( "Pixel data bigger than caller's expected MaxSize");
 457          return 0;
 458       }
 459       memcpy( destination,
 460               (void*)PixelReadConverter->GetRGB(),
 461               PixelReadConverter->GetRGBSize() );
 462       return PixelReadConverter->GetRGBSize();
 463    }
 464
 465    // Either no LUT conversion necessary or LUT conversion failed
 466    if ( PixelReadConverter->GetRawSize() > maxSize )
 467    {
 468       gdcmWarningMacro( "Pixel data bigger than caller's expected MaxSize");
 469       return 0;
 470    }
 471    memcpy( destination,
 472            (void *)PixelReadConverter->GetRaw(),
 473            PixelReadConverter->GetRawSize() );
 474    return PixelReadConverter->GetRawSize();
 475 }
 476 #endif
 477
 478 /**
 479  * \brief   Points the internal pointer to the callers inData
 480  *          image representation, BUT WITHOUT COPYING THE DATA.
 481  *          'image' Pixels are presented as C-like 2D arrays : line per line.
 482  *          'volume'Pixels are presented as C-like 3D arrays : plane per plane
 483  * \warning Since the pixels are not copied, it is the caller's responsability
 484  *          not to deallocate its data before gdcm uses them (e.g. with
 485  *          the Write() method )
 486  * @param inData user supplied pixel area (uint8_t* is just for the compiler.
 487  *               user is allowed to pass any kind of pixelsn since the size is
 488  *               given in bytes)
 489  * @param expectedSize total image size, *in Bytes*
 490  */
 491 void FileHelper::SetImageData(uint8_t *inData, size_t expectedSize)
 492 {
 493    SetUserData(inData, expectedSize);
 494 }
 495
 496 /**
 497  * \brief   Set the image data defined by the user
 498  * \warning When writting the file, this data are get as default data to write
 499  * @param inData user supplied pixel area (uint8_t* is just for the compiler.
 500  *               user is allowed to pass any kind of pixels since the size is
 501  *               given in bytes)
 502  * @param expectedSize total image size, *in Bytes*
 503  */
 504 void FileHelper::SetUserData(uint8_t *inData, size_t expectedSize)
 505 {
 506    PixelWriteConverter->SetUserData(inData, expectedSize);
 507 }
 508
 509 /**
 510  * \brief   Get the image data defined by the user
 511  * \warning When writting the file, this data are get as default data to write
 512  */
 513 uint8_t *FileHelper::GetUserData()
 514 {
 515    return PixelWriteConverter->GetUserData();
 516 }
 517
 518 /**
 519  * \brief   Get the image data size defined by the user
 520  * \warning When writting the file, this data are get as default data to write
 521  */
 522 size_t FileHelper::GetUserDataSize()
 523 {
 524    return PixelWriteConverter->GetUserDataSize();
 525 }
 526
 527 /**
 528  * \brief   Get the image data from the file.
 529  *          If a LUT is found, the data are expanded to be RGB
 530  */
 531 uint8_t *FileHelper::GetRGBData()
 532 {
 533    return PixelReadConverter->GetRGB();
 534 }
 535
 536 /**
 537  * \brief   Get the image data size from the file.
 538  *          If a LUT is found, the data are expanded to be RGB
 539  */
 540 size_t FileHelper::GetRGBDataSize()
 541 {
 542    return PixelReadConverter->GetRGBSize();
 543 }
 544
 545 /**
 546  * \brief   Get the image data from the file.
 547  *          Even when a LUT is found, the data are not expanded to RGB!
 548  */
 549 uint8_t *FileHelper::GetRawData()
 550 {
 551    return PixelReadConverter->GetRaw();
 552 }
 553
 554 /**
 555  * \brief   Get the image data size from the file.
 556  *          Even when a LUT is found, the data are not expanded to RGB!
 557  */
 558 size_t FileHelper::GetRawDataSize()
 559 {
 560    return PixelReadConverter->GetRawSize();
 561 }
 562
 563 /**
 564  * \brief Access to the underlying \ref PixelReadConverter RGBA LUT
 565  */
 566 uint8_t* FileHelper::GetLutRGBA()
 567 {
 568    if ( PixelReadConverter->GetLutRGBA() ==0 )
 569       PixelReadConverter->BuildLUTRGBA();
 570    return PixelReadConverter->GetLutRGBA();
 571 }
 572
 573 /**
 574  * \brief Access to the underlying \ref PixelReadConverter RGBA LUT Item Number
 575  */
 576 int FileHelper::GetLutItemNumber()
 577 {
 578    return PixelReadConverter->GetLutItemNumber();
 579 }
 580
 581 /**
 582  * \brief Access to the underlying \ref PixelReadConverter RGBA LUT Item Size
 583  */
 584 int FileHelper::GetLutItemSize()
 585 {
 586    return PixelReadConverter->GetLutItemSize();
 587 }
 588
 589 /**
 590  * \brief Writes on disk A SINGLE Dicom file
 591  *        NO test is performed on  processor "Endiannity".
 592  *        It's up to the user to call his Reader properly
 593  * @param fileName name of the file to be created
 594  *                 (any already existing file is over written)
 595  * @return false if write fails
 596  */
 597 bool FileHelper::WriteRawData(std::string const &fileName)
 598 {
 599    std::ofstream fp1(fileName.c_str(), std::ios::out | std::ios::binary );
 600    if (!fp1)
 601    {
 602       gdcmWarningMacro( "Fail to open (write) file:" << fileName.c_str());
 603       return false;
 604    }
 605
 606    if ( PixelWriteConverter->GetUserData() )
 607    {
 608       fp1.write( (char *)PixelWriteConverter->GetUserData(),
 609                  PixelWriteConverter->GetUserDataSize() );
 610    }
 611    else if ( PixelReadConverter->GetRGB() )
 612    {
 613       fp1.write( (char *)PixelReadConverter->GetRGB(),
 614                  PixelReadConverter->GetRGBSize());
 615    }
 616    else if ( PixelReadConverter->GetRaw() )
 617    {
 618       fp1.write( (char *)PixelReadConverter->GetRaw(),
 619                  PixelReadConverter->GetRawSize());
 620    }
 621    else
 622    {
 623       gdcmErrorMacro( "Nothing written." );
 624    }
 625
 626    fp1.close();
 627
 628    return true;
 629 }
 630
 631 /**
 632  * \brief Writes on disk A SINGLE Dicom file,
 633  *        using the Implicit Value Representation convention
 634  *        NO test is performed on  processor "Endianity".
 635  * @param fileName name of the file to be created
 636  *                 (any already existing file is overwritten)
 637  * @return false if write fails
 638  */
 639
 640 bool FileHelper::WriteDcmImplVR (std::string const &fileName)
 641 {
 642    SetWriteTypeToDcmImplVR();
 643    return Write(fileName);
 644 }
 645
 646 /**
 647 * \brief Writes on disk A SINGLE Dicom file,
 648  *        using the Explicit Value Representation convention
 649  *        NO test is performed on  processor "Endiannity".
 650  * @param fileName name of the file to be created
 651  *                 (any already existing file is overwritten)
 652  * @return false if write fails
 653  */
 654
 655 bool FileHelper::WriteDcmExplVR (std::string const &fileName)
 656 {
 657    SetWriteTypeToDcmExplVR();
 658    return Write(fileName);
 659 }
 660
 661 /**
 662  * \brief Writes on disk A SINGLE Dicom file,
 663  *        using the ACR-NEMA convention
 664  *        NO test is performed on  processor "Endiannity".
 665  *        (a l'attention des logiciels cliniques
 666  *        qui ne prennent en entrée QUE des images ACR ...
 667  * \warning if a DICOM_V3 header is supplied,
 668  *         groups < 0x0008 and shadow groups are ignored
 669  * \warning NO TEST is performed on processor "Endiannity".
 670  * @param fileName name of the file to be created
 671  *                 (any already existing file is overwritten)
 672  * @return false if write fails
 673  */
 674
 675 bool FileHelper::WriteAcr (std::string const &fileName)
 676 {
 677    SetWriteTypeToAcr();
 678    return Write(fileName);
 679 }
 680
 681 /**
 682  * \brief Writes on disk A SINGLE Dicom file,
 683  * @param fileName name of the file to be created
 684  *                 (any already existing file is overwritten)
 685  * @return false if write fails
 686  */
 687 bool FileHelper::Write(std::string const &fileName)
 688 {
 689    switch(WriteType)
 690    {
 691       case ImplicitVR:
 692          SetWriteFileTypeToImplicitVR();
 693          break;
 694       case Unknown:  // should never happen; ExplicitVR is the default value
 695       case ExplicitVR:
 696          SetWriteFileTypeToExplicitVR();
 697          break;
 698       case ACR:
 699       case ACR_LIBIDO:
 700       // NOTHING is done here just for LibIDO.
 701       // Just to avoid further trouble if user creates a file ex-nihilo,
 702       // wants to write it as an ACR-NEMA file,
 703       // and forgets to create any Entry belonging to group 0008
 704       // (shame on him !)
 705       // We add Recognition Code (RET)
 706         if ( ! FileInternal->GetDataEntry(0x0008, 0x0010) )
 707             FileInternal->InsertEntryString("", 0x0008, 0x0010);
 708          SetWriteFileTypeToACR();
 709         // SetWriteFileTypeToImplicitVR(); // ACR IS implicit VR !
 710          break;
 711    }
 712    CheckMandatoryElements();
 713
 714    // --------------------------------------------------------------
 715    // Special Patch to allow gdcm to re-write ACR-LibIDO formated images
 716    //
 717    // if recognition code tells us we dealt with a LibIDO image
 718    // we reproduce on disk the switch between lineNumber and columnNumber
 719    // just before writting ...
 720    /// \todo the best trick would be *change* the recognition code
 721    ///       but pb expected if user deals with, e.g. COMPLEX images
 722
 723    if ( WriteType == ACR_LIBIDO )
 724    {
 725       SetWriteToLibido();
 726    }
 727    else
 728    {
 729       SetWriteToNoLibido();
 730    }
 731    // ----------------- End of Special Patch ----------------
 732
 733    switch(WriteMode)
 734    {
 735       case WMODE_RAW :
 736          SetWriteToRaw(); // modifies and pushes to the archive, when necessary
 737          break;
 738       case WMODE_RGB :
 739          SetWriteToRGB(); // modifies and pushes to the archive, when necessary
 740          break;
 741    }
 742
 743    bool check = CheckWriteIntegrity(); // verifies length
 744    if (check)
 745    {
 746       check = FileInternal->Write(fileName,WriteType);
 747    }
 748
 749    RestoreWrite();
 750    RestoreWriteFileType();
 751    RestoreWriteMandatory();
 752
 753    // --------------------------------------------------------------
 754    // Special Patch to allow gdcm to re-write ACR-LibIDO formated images
 755    //
 756    // ...and we restore the header to be Dicom Compliant again
 757    // just after writting
 758    RestoreWriteOfLibido();
 759    // ----------------- End of Special Patch ----------------
 760
 761    return check;
 762 }
 763
 764 //-----------------------------------------------------------------------------
 765 // Protected
 766 /**
 767  * \brief Checks the write integrity
 768  *
 769  * The tests made are :
 770  *  - verify the size of the image to write with the possible write
 771  *    when the user set an image data
 772  * @return true if check is successfull
 773  */
 774 bool FileHelper::CheckWriteIntegrity()
 775 {
 776    if ( PixelWriteConverter->GetUserData() )
 777    {
 778       int numberBitsAllocated = FileInternal->GetBitsAllocated();
 779       if ( numberBitsAllocated == 0 || numberBitsAllocated == 12 )
 780       {
 781          gdcmWarningMacro( "numberBitsAllocated changed from "
 782                           << numberBitsAllocated << " to 16 "
 783                           << " for consistency purpose" );
 784          numberBitsAllocated = 16;
 785       }
 786
 787       size_t decSize = FileInternal->GetXSize()
 788                      * FileInternal->GetYSize()
 789                      * FileInternal->GetZSize()
 790                      * FileInternal->GetSamplesPerPixel()
 791                      * ( numberBitsAllocated / 8 );
 792       size_t rgbSize = decSize;
 793       if ( FileInternal->HasLUT() )
 794          rgbSize = decSize * 3;
 795
 796       switch(WriteMode)
 797       {
 798          case WMODE_RAW :
 799             if ( decSize!=PixelWriteConverter->GetUserDataSize() )
 800             {
 801                gdcmWarningMacro( "Data size (Raw) is incorrect. Should be "
 802                            << decSize << " / Found :"
 803                            << PixelWriteConverter->GetUserDataSize() );
 804                return false;
 805             }
 806             break;
 807          case WMODE_RGB :
 808             if ( rgbSize!=PixelWriteConverter->GetUserDataSize() )
 809             {
 810                gdcmWarningMacro( "Data size (RGB) is incorrect. Should be "
 811                           << decSize << " / Found "
 812                           << PixelWriteConverter->GetUserDataSize() );
 813                return false;
 814             }
 815             break;
 816       }
 817    }
 818
 819    return true;
 820 }
 821
 822 /**
 823  * \brief Updates the File to write RAW data (as opposed to RGB data)
 824  *       (modifies, when necessary, photochromatic interpretation,
 825  *       bits allocated, Pixels element VR)
 826  */
 827 void FileHelper::SetWriteToRaw()
 828 {
 829    if ( FileInternal->GetNumberOfScalarComponents() == 3
 830     && !FileInternal->HasLUT() )
 831    {
 832       SetWriteToRGB();
 833    }
 834    else
 835    {
 836       DataEntry *photInt = CopyDataEntry(0x0028,0x0004);
 837       if (FileInternal->HasLUT() )
 838       {
 839          photInt->SetString("PALETTE COLOR ");
 840       }
 841       else
 842       {
 843          photInt->SetString("MONOCHROME2 ");
 844       }
 845
 846       PixelWriteConverter->SetReadData(PixelReadConverter->GetRaw(),
 847                                        PixelReadConverter->GetRawSize());
 848
 849       std::string vr = "OB";
 850       if ( FileInternal->GetBitsAllocated()>8 )
 851          vr = "OW";
 852       if ( FileInternal->GetBitsAllocated()==24 ) // For RGB ACR files
 853          vr = "OB";
 854       DataEntry *pixel =
 855          CopyDataEntry(GetFile()->GetGrPixel(),GetFile()->GetNumPixel(),vr);
 856       pixel->SetFlag(DataEntry::FLAG_PIXELDATA);
 857       pixel->SetBinArea(PixelWriteConverter->GetData(),false);
 858       pixel->SetLength(PixelWriteConverter->GetDataSize());
 859
 860       Archive->Push(photInt);
 861       Archive->Push(pixel);
 862    }
 863 }
 864
 865 /**
 866  * \brief Updates the File to write RGB data (as opposed to RAW data)
 867  *       (modifies, when necessary, photochromatic interpretation,
 868  *       samples per pixel, Planar configuration,
 869  *       bits allocated, bits stored, high bit -ACR 24 bits-
 870  *       Pixels element VR, pushes out the LUT, )
 871  */
 872 void FileHelper::SetWriteToRGB()
 873 {
 874    if ( FileInternal->GetNumberOfScalarComponents()==3 )
 875    {
 876       PixelReadConverter->BuildRGBImage();
 877
 878       DataEntry *spp = CopyDataEntry(0x0028,0x0002);
 879       spp->SetString("3 ");
 880
 881       DataEntry *planConfig = CopyDataEntry(0x0028,0x0006);
 882       planConfig->SetString("0 ");
 883
 884       DataEntry *photInt = CopyDataEntry(0x0028,0x0004);
 885       photInt->SetString("RGB ");
 886
 887       if ( PixelReadConverter->GetRGB() )
 888       {
 889          PixelWriteConverter->SetReadData(PixelReadConverter->GetRGB(),
 890                                           PixelReadConverter->GetRGBSize());
 891       }
 892       else // Raw data
 893       {
 894          PixelWriteConverter->SetReadData(PixelReadConverter->GetRaw(),
 895                                           PixelReadConverter->GetRawSize());
 896       }
 897
 898       std::string vr = "OB";
 899       if ( FileInternal->GetBitsAllocated()>8 )
 900          vr = "OW";
 901       if ( FileInternal->GetBitsAllocated()==24 ) // For RGB ACR files
 902          vr = "OB";
 903       DataEntry *pixel =
 904          CopyDataEntry(GetFile()->GetGrPixel(),GetFile()->GetNumPixel(),vr);
 905       pixel->SetFlag(DataEntry::FLAG_PIXELDATA);
 906       pixel->SetBinArea(PixelWriteConverter->GetData(),false);
 907       pixel->SetLength(PixelWriteConverter->GetDataSize());
 908
 909       Archive->Push(spp);
 910       Archive->Push(planConfig);
 911       Archive->Push(photInt);
 912       Archive->Push(pixel);
 913
 914       // Remove any LUT
 915       Archive->Push(0x0028,0x1101);
 916       Archive->Push(0x0028,0x1102);
 917       Archive->Push(0x0028,0x1103);
 918       Archive->Push(0x0028,0x1201);
 919       Archive->Push(0x0028,0x1202);
 920       Archive->Push(0x0028,0x1203);
 921
 922       // push out Palette Color Lookup Table UID, if any
 923       Archive->Push(0x0028,0x1199);
 924
 925       // For old '24 Bits' ACR-NEMA
 926       // Thus, we have a RGB image and the bits allocated = 24 and
 927       // samples per pixels = 1 (in the read file)
 928       if ( FileInternal->GetBitsAllocated()==24 )
 929       {
 930          DataEntry *bitsAlloc = CopyDataEntry(0x0028,0x0100);
 931          bitsAlloc->SetString("8 ");
 932
 933          DataEntry *bitsStored = CopyDataEntry(0x0028,0x0101);
 934          bitsStored->SetString("8 ");
 935
 936          DataEntry *highBit = CopyDataEntry(0x0028,0x0102);
 937          highBit->SetString("7 ");
 938
 939          Archive->Push(bitsAlloc);
 940          Archive->Push(bitsStored);
 941          Archive->Push(highBit);
 942       }
 943    }
 944    else
 945    {
 946       SetWriteToRaw();
 947    }
 948 }
 949
 950 /**
 951  * \brief Restore the File write mode
 952  */
 953 void FileHelper::RestoreWrite()
 954 {
 955    Archive->Restore(0x0028,0x0002);
 956    Archive->Restore(0x0028,0x0004);
 957    Archive->Restore(0x0028,0x0006);
 958    Archive->Restore(GetFile()->GetGrPixel(),GetFile()->GetNumPixel());
 959
 960    // For old ACR-NEMA (24 bits problem)
 961    Archive->Restore(0x0028,0x0100);
 962    Archive->Restore(0x0028,0x0101);
 963    Archive->Restore(0x0028,0x0102);
 964
 965    // For the LUT
 966    Archive->Restore(0x0028,0x1101);
 967    Archive->Restore(0x0028,0x1102);
 968    Archive->Restore(0x0028,0x1103);
 969    Archive->Restore(0x0028,0x1201);
 970    Archive->Restore(0x0028,0x1202);
 971    Archive->Restore(0x0028,0x1203);
 972
 973    // For the Palette Color Lookup Table UID
 974    Archive->Restore(0x0028,0x1203);
 975
 976
 977    // group 0002 may be pushed out for ACR-NEMA writting purposes
 978    Archive->Restore(0x0002,0x0000);
 979    Archive->Restore(0x0002,0x0001);
 980    Archive->Restore(0x0002,0x0002);
 981    Archive->Restore(0x0002,0x0003);
 982    Archive->Restore(0x0002,0x0010);
 983    Archive->Restore(0x0002,0x0012);
 984    Archive->Restore(0x0002,0x0013);
 985    Archive->Restore(0x0002,0x0016);
 986    Archive->Restore(0x0002,0x0100);
 987    Archive->Restore(0x0002,0x0102);
 988 }
 989
 990 /**
 991  * \brief Pushes out the whole group 0002
 992  *        FIXME : better, set a flag to tell the writer not to write it ...
 993  *        FIXME : method should probably have an other name !
 994  *                SetWriteFileTypeToACR is NOT opposed to
 995  *                SetWriteFileTypeToExplicitVR and SetWriteFileTypeToImplicitVR
 996  */
 997 void FileHelper::SetWriteFileTypeToACR()
 998 {
 999    Archive->Push(0x0002,0x0000);
1000    Archive->Push(0x0002,0x0001);
1001    Archive->Push(0x0002,0x0002);
1002    Archive->Push(0x0002,0x0003);
1003    Archive->Push(0x0002,0x0010);
1004    Archive->Push(0x0002,0x0012);
1005    Archive->Push(0x0002,0x0013);
1006    Archive->Push(0x0002,0x0016);
1007    Archive->Push(0x0002,0x0100);
1008    Archive->Push(0x0002,0x0102);
1009 }
1010
1011 /**
1012  * \brief Sets in the File the TransferSyntax to 'Explicit VR Little Endian"
1013  */
1014 void FileHelper::SetWriteFileTypeToExplicitVR()
1015 {
1016    std::string ts = Util::DicomString(
1017       Global::GetTS()->GetSpecialTransferSyntax(TS::ExplicitVRLittleEndian) );
1018
1019    DataEntry *tss = CopyDataEntry(0x0002,0x0010);
1020    tss->SetString(ts);
1021
1022    Archive->Push(tss);
1023 }
1024
1025 /**
1026  * \brief Sets in the File the TransferSyntax to 'Implicit VR Little Endian"
1027  */
1028 void FileHelper::SetWriteFileTypeToImplicitVR()
1029 {
1030    std::string ts = Util::DicomString(
1031       Global::GetTS()->GetSpecialTransferSyntax(TS::ImplicitVRLittleEndian) );
1032
1033    DataEntry *tss = CopyDataEntry(0x0002,0x0010);
1034    tss->SetString(ts);
1035
1036    Archive->Push(tss);
1037 }
1038
1039
1040 /**
1041  * \brief Restore in the File the initial group 0002
1042  */
1043 void FileHelper::RestoreWriteFileType()
1044 {
1045 }
1046
1047 /**
1048  * \brief Set the Write not to Libido format
1049  */
1050 void FileHelper::SetWriteToLibido()
1051 {
1052    DataEntry *oldRow = FileInternal->GetDataEntry(0x0028, 0x0010);
1053    DataEntry *oldCol = FileInternal->GetDataEntry(0x0028, 0x0011);
1054
1055    if ( oldRow && oldCol )
1056    {
1057       std::string rows, columns;
1058
1059       DataEntry *newRow=new DataEntry(oldRow->GetDictEntry());
1060       DataEntry *newCol=new DataEntry(oldCol->GetDictEntry());
1061
1062       newRow->Copy(oldCol);
1063       newCol->Copy(oldRow);
1064
1065       newRow->SetString(oldCol->GetString());
1066       newCol->SetString(oldRow->GetString());
1067
1068       Archive->Push(newRow);
1069       Archive->Push(newCol);
1070    }
1071
1072    DataEntry *libidoCode = CopyDataEntry(0x0008,0x0010);
1073    libidoCode->SetString("ACRNEMA_LIBIDO_1.1");
1074    Archive->Push(libidoCode);
1075 }
1076
1077 /**
1078  * \brief Set the Write not to No Libido format
1079  */
1080 void FileHelper::SetWriteToNoLibido()
1081 {
1082    DataEntry *recCode = FileInternal->GetDataEntry(0x0008,0x0010);
1083    if ( recCode )
1084    {
1085       if ( recCode->GetString() == "ACRNEMA_LIBIDO_1.1" )
1086       {
1087          DataEntry *libidoCode = CopyDataEntry(0x0008,0x0010);
1088          libidoCode->SetString("");
1089          Archive->Push(libidoCode);
1090       }
1091    }
1092 }
1093
1094 /**
1095  * \brief Restore the Write format
1096  */
1097 void FileHelper::RestoreWriteOfLibido()
1098 {
1099    Archive->Restore(0x0028,0x0010);
1100    Archive->Restore(0x0028,0x0011);
1101    Archive->Restore(0x0008,0x0010);
1102
1103    // Restore 'LibIDO-special' entries, if any
1104    Archive->Restore(0x0028,0x0015);
1105    Archive->Restore(0x0028,0x0016);
1106    Archive->Restore(0x0028,0x0017);
1107    Archive->Restore(0x0028,0x00199);
1108 }
1109
1110 /**
1111  * \brief   Duplicates a DataEntry or creates it.
1112  * @param   group   Group number of the Entry
1113  * @param   elem  Element number of the Entry
1114  * @param   vr  Value Representation of the Entry
1115  *          FIXME : what is it used for?
1116  * \return  pointer to the new Bin Entry (NULL when creation failed).
1117  */
1118 DataEntry *FileHelper::CopyDataEntry(uint16_t group, uint16_t elem,
1119                                    const TagName &vr)
1120 {
1121    DocEntry *oldE = FileInternal->GetDocEntry(group, elem);
1122    DataEntry *newE;
1123
1124    if ( oldE && vr != GDCM_UNKNOWN )
1125       if ( oldE->GetVR()!=vr )
1126          oldE = NULL;
1127
1128    if ( oldE )
1129    {
1130       newE = new DataEntry(oldE->GetDictEntry());
1131       newE->Copy(oldE);
1132    }
1133    else
1134    {
1135       newE = GetFile()->NewDataEntry(group, elem, vr);
1136    }
1137
1138    return newE;
1139 }
1140
1141 /**
1142  * \brief   This method is called automatically, just before writting
1143  *         in order to produce a 'True Dicom V3' image
1144  *         We cannot know *how* the user made the File (reading an old ACR-NEMA
1145  *         file or a not very clean DICOM file ...)
1146  *
1147  *          Just before writting :
1148  *             - we check the Entries
1149  *             - we create the mandatory entries if they are missing
1150  *             - we modify the values if necessary
1151  *             - we push the sensitive entries to the Archive
1152  *          The writing process will restore the entries as they where before
1153  *          entering FileHelper::CheckMandatoryElements, so the user will always
1154  *          see the entries just as he left them.
1155  *
1156  * \todo : - warn the user if we had to add some entries :
1157  *         even if a mandatory entry is missing, we add it, with a default value
1158  *         (we don't want to give up the writting process if user forgot to
1159  *         specify Lena's Patient ID, for instance ...)
1160  *         - read the whole PS 3.3 Part of DICOM  (890 pages)
1161  *         and write a *full* checker (probably one method per Modality ...)
1162  *         Any contribution is welcome.
1163  *         - write a user callable full checker, to allow post reading
1164  *         and/or pre writting image consistency check.
1165  */
1166
1167 void FileHelper::CheckMandatoryElements()
1168 {
1169    // just to remember : 'official' 0002 group
1170    if ( WriteType != ACR && WriteType != ACR_LIBIDO )
1171    {
1172      // Group 000002 (Meta Elements) already pushed out
1173
1174    //0002 0000 UL 1 Meta Group Length
1175    //0002 0001 OB 1 File Meta Information Version
1176    //0002 0002 UI 1 Media Stored SOP Class UID
1177    //0002 0003 UI 1 Media Stored SOP Instance UID
1178    //0002 0010 UI 1 Transfer Syntax UID
1179    //0002 0012 UI 1 Implementation Class UID
1180    //0002 0013 SH 1 Implementation Version Name
1181    //0002 0016 AE 1 Source Application Entity Title
1182    //0002 0100 UI 1 Private Information Creator
1183    //0002 0102 OB 1 Private Information
1184
1185    // Create them if not found
1186    // Always modify the value
1187    // Push the entries to the archive.
1188       CopyMandatoryEntry(0x0002,0x0000,"0");
1189
1190       DataEntry *e_0002_0001 = CopyDataEntry(0x0002,0x0001, "OB");
1191       e_0002_0001->SetBinArea((uint8_t*)Util::GetFileMetaInformationVersion(),
1192                                false);
1193       e_0002_0001->SetLength(2);
1194       Archive->Push(e_0002_0001);
1195
1196    // 'Media Stored SOP Class UID'
1197       // [Secondary Capture Image Storage]
1198       CopyMandatoryEntry(0x0002,0x0002,"1.2.840.10008.5.1.4.1.1.7");
1199
1200    // 'Media Stored SOP Instance UID'
1201       CopyMandatoryEntry(0x0002,0x0003,Util::CreateUniqueUID());
1202
1203    // 'Implementation Class UID'
1204       CopyMandatoryEntry(0x0002,0x0012,Util::CreateUniqueUID());
1205
1206    // 'Implementation Version Name'
1207       std::string version = "GDCM ";
1208       version += Util::GetVersion();
1209       CopyMandatoryEntry(0x0002,0x0013,version);
1210    }
1211
1212    // Push out 'LibIDO-special' entries, if any
1213    Archive->Push(0x0028,0x0015);
1214    Archive->Push(0x0028,0x0016);
1215    Archive->Push(0x0028,0x0017);
1216    Archive->Push(0x0028,0x00199);
1217
1218    // Deal with the pb of (Bits Stored = 12)
1219    // - we're gonna write the image as Bits Stored = 16
1220    if ( FileInternal->GetEntryString(0x0028,0x0100) ==  "12")
1221    {
1222       CopyMandatoryEntry(0x0028,0x0100,"16");
1223    }
1224
1225    // Check if user wasn't drunk ;-)
1226
1227    std::ostringstream s;
1228    // check 'Bits Allocated' vs decent values
1229    int nbBitsAllocated = FileInternal->GetBitsAllocated();
1230    if ( nbBitsAllocated == 0 || nbBitsAllocated > 32)
1231    {
1232       CopyMandatoryEntry(0x0028,0x0100,"16");
1233       gdcmWarningMacro("(0028,0100) changed from "
1234          << nbBitsAllocated << " to 16 for consistency purpose");
1235       nbBitsAllocated = 16;
1236    }
1237    // check 'Bits Stored' vs 'Bits Allocated'
1238    int nbBitsStored = FileInternal->GetBitsStored();
1239    if ( nbBitsStored == 0 || nbBitsStored > nbBitsAllocated )
1240    {
1241       s.str("");
1242       s << nbBitsAllocated;
1243       CopyMandatoryEntry(0x0028,0x0101,s.str());
1244       gdcmWarningMacro("(0028,0101) changed from "
1245                        << nbBitsStored << " to " << nbBitsAllocated
1246                        << " for consistency purpose" );
1247       nbBitsStored = nbBitsAllocated;
1248     }
1249    // check 'Hight Bit Position' vs 'Bits Allocated' and 'Bits Stored'
1250    int highBitPosition = FileInternal->GetHighBitPosition();
1251    if ( highBitPosition == 0 ||
1252         highBitPosition > nbBitsAllocated-1 ||
1253         highBitPosition < nbBitsStored-1  )
1254    {
1255       s.str("");
1256       s << nbBitsStored - 1;
1257       CopyMandatoryEntry(0x0028,0x0102,s.str());
1258       gdcmWarningMacro("(0028,0102) changed from "
1259                        << highBitPosition << " to " << nbBitsAllocated-1
1260                        << " for consistency purpose");
1261    }
1262   // --- Check UID-related Entries ---
1263
1264    // If 'SOP Class UID' exists ('true DICOM' image)
1265    // we create the 'Source Image Sequence' SeqEntry
1266    // to hold informations about the Source Image
1267
1268    DataEntry *e_0008_0016 = FileInternal->GetDataEntry(0x0008, 0x0016);
1269    if ( e_0008_0016 )
1270    {
1271       // Create 'Source Image Sequence' SeqEntry
1272       SeqEntry *sis = new SeqEntry (
1273             Global::GetDicts()->GetDefaultPubDict()->GetEntry(0x0008, 0x2112) );
1274       SQItem *sqi = new SQItem(1);
1275       // (we assume 'SOP Instance UID' exists too)
1276       // create 'Referenced SOP Class UID'
1277       DataEntry *e_0008_1150 = new DataEntry(
1278             Global::GetDicts()->GetDefaultPubDict()->GetEntry(0x0008, 0x1150) );
1279       e_0008_1150->SetString( e_0008_0016->GetString());
1280       sqi->AddEntry(e_0008_1150);
1281
1282       // create 'Referenced SOP Instance UID'
1283       DataEntry *e_0008_0018 = FileInternal->GetDataEntry(0x0008, 0x0018);
1284       DataEntry *e_0008_1155 = new DataEntry(
1285             Global::GetDicts()->GetDefaultPubDict()->GetEntry(0x0008, 0x1155) );
1286       e_0008_1155->SetString( e_0008_0018->GetString());
1287       sqi->AddEntry(e_0008_1155);
1288
1289       sis->AddSQItem(sqi,1);
1290       // temporarily replaces any previous 'Source Image Sequence'
1291       Archive->Push(sis);
1292
1293       // 'Image Type' (The written image is no longer an 'ORIGINAL' one)
1294       CopyMandatoryEntry(0x0008,0x0008,"DERIVED\\PRIMARY");
1295    }
1296    else
1297    {
1298       // There was no 'SOP Class UID'.
1299       // the source image was NOT a true Dicom one.
1300       // We consider the image is a 'Secondary Capture' one
1301       // SOP Class UID
1302       // [Secondary Capture Image Storage]
1303       SetMandatoryEntry(0x0008,0x0016,"1.2.840.10008.5.1.4.1.1.7");
1304    }
1305
1306 // ---- The user will never have to take any action on the following ----.
1307    // new value for 'SOP Instance UID'
1308    SetMandatoryEntry(0x0008,0x0018,Util::CreateUniqueUID());
1309
1310    // Instance Creation Date
1311    CopyMandatoryEntry(0x0008,0x0012,Util::GetCurrentDate().c_str());
1312
1313    // Instance Creation Time
1314    CopyMandatoryEntry(0x0008,0x0013,Util::GetCurrentTime().c_str());
1315
1316 // ----- Add Mandatory Entries if missing ---
1317 // Entries whose type is 1 are mandatory, with a mandatory value
1318 // Entries whose type is 1c are mandatory-inside-a-Sequence
1319 // Entries whose type is 2 are mandatory, with a optional value
1320 // Entries whose type is 2c are mandatory-inside-a-Sequence
1321 // Entries whose type is 3 are optional
1322
1323    // 'Serie Instance UID'
1324    // Keep the value if exists
1325    // The user is allowed to create his own Series,
1326    // keeping the same 'Serie Instance UID' for various images
1327    // The user shouldn't add any image to a 'Manufacturer Serie'
1328    // but there is no way no to allowed him to do that
1329    CheckMandatoryEntry(0x0020,0x000e,Util::CreateUniqueUID());
1330
1331    // 'Study Instance UID'
1332    // Keep the value if exists
1333    // The user is allowed to create his own Study,
1334    //          keeping the same 'Study Instance UID' for various images
1335    // The user may add images to a 'Manufacturer Study',
1336    //          adding new series to an already existing Study
1337    CheckMandatoryEntry(0x0020,0x000d,Util::CreateUniqueUID());
1338
1339    // Modality : if missing we set it to 'OTher'
1340    CheckMandatoryEntry(0x0008,0x0060,"OT");
1341
1342    // Manufacturer : if missing we set it to 'GDCM Factory'
1343    CheckMandatoryEntry(0x0008,0x0070,"GDCM Factory");
1344
1345    // Institution Name : if missing we set it to 'GDCM Hospital'
1346    CheckMandatoryEntry(0x0008,0x0080,"GDCM Hospital");
1347
1348    // Patient's Name : if missing, we set it to 'GDCM^Patient'
1349    CheckMandatoryEntry(0x0010,0x0010,"GDCM^Patient");
1350
1351    // Patient's Birth Date : 'type 2' entry -> must exist, value not mandatory
1352    CheckMandatoryEntry(0x0010,0x0030,"");
1353
1354    // Patient's Sex :'type 2' entry -> must exist, value not mandatory
1355    CheckMandatoryEntry(0x0010,0x0040,"");
1356
1357    // Referring Physician's Name :'type 2' entry -> must exist, value not mandatory
1358    CheckMandatoryEntry(0x0008,0x0090,"");
1359
1360     // Pixel Spacing : defaulted to 1.0\1.0
1361    CheckMandatoryEntry(0x0028,0x0030,"1.0\\1.0");
1362
1363    // Remove some inconstencies (probably some more will be added)
1364
1365    // if (0028 0008)Number of Frames exists
1366    //    Push out (0020 0052),Frame of Reference UID
1367    //    (only meaningfull within a Serie)
1368    DataEntry *e_0028_0008 = FileInternal->GetDataEntry(0x0028, 0x0008);
1369    if ( !e_0028_0008 )
1370    {
1371       Archive->Push(0x0020, 0X0052);
1372    }
1373 }
1374
1375 void FileHelper::CheckMandatoryEntry(uint16_t group,uint16_t elem,std::string value)
1376 {
1377    DataEntry *entry = FileInternal->GetDataEntry(group,elem);
1378    if ( !entry )
1379    {
1380       entry = new DataEntry(Global::GetDicts()->GetDefaultPubDict()->GetEntry(group,elem));
1381       entry->SetString(value);
1382       Archive->Push(entry);
1383    }
1384 }
1385
1386 void FileHelper::SetMandatoryEntry(uint16_t group,uint16_t elem,std::string value)
1387 {
1388    DataEntry *entry = new DataEntry(Global::GetDicts()->GetDefaultPubDict()->GetEntry(group,elem));
1389    entry->SetString(value);
1390    Archive->Push(entry);
1391 }
1392
1393 void FileHelper::CopyMandatoryEntry(uint16_t group,uint16_t elem,std::string value)
1394 {
1395    DataEntry *entry = CopyDataEntry(group,elem);
1396    entry->SetString(value);
1397    Archive->Push(entry);
1398 }
1399
1400 /**
1401  * \brief Restore in the File the initial group 0002
1402  */
1403 void FileHelper::RestoreWriteMandatory()
1404 {
1405    // group 0002 may be pushed out for ACR-NEMA writting purposes
1406    Archive->Restore(0x0002,0x0000);
1407    Archive->Restore(0x0002,0x0001);
1408    Archive->Restore(0x0002,0x0002);
1409    Archive->Restore(0x0002,0x0003);
1410    Archive->Restore(0x0002,0x0010);
1411    Archive->Restore(0x0002,0x0012);
1412    Archive->Restore(0x0002,0x0013);
1413    Archive->Restore(0x0002,0x0016);
1414    Archive->Restore(0x0002,0x0100);
1415    Archive->Restore(0x0002,0x0102);
1416
1417    Archive->Restore(0x0008,0x0012);
1418    Archive->Restore(0x0008,0x0013);
1419    Archive->Restore(0x0008,0x0016);
1420    Archive->Restore(0x0008,0x0018);
1421    Archive->Restore(0x0008,0x0060);
1422    Archive->Restore(0x0008,0x0070);
1423    Archive->Restore(0x0008,0x0080);
1424    Archive->Restore(0x0008,0x0090);
1425    Archive->Restore(0x0008,0x2112);
1426
1427    Archive->Restore(0x0010,0x0010);
1428    Archive->Restore(0x0010,0x0030);
1429    Archive->Restore(0x0010,0x0040);
1430
1431    Archive->Restore(0x0020,0x000d);
1432    Archive->Restore(0x0020,0x000e);
1433
1434 }
1435
1436 //-----------------------------------------------------------------------------
1437 // Private
1438 /**
1439  * \brief Factorization for various forms of constructors.
1440  */
1441 void FileHelper::Initialize()
1442 {
1443    UserFunction = 0;
1444
1445    WriteMode = WMODE_RAW;
1446    WriteType = ExplicitVR;
1447
1448    PixelReadConverter  = new PixelReadConvert;
1449    PixelWriteConverter = new PixelWriteConvert;
1450    Archive = new DocEntryArchive( FileInternal );
1451 }
1452
1453 /**
1454  * \brief Reads/[decompresses] the pixels,
1455  *        *without* making RGB from Palette Colors
1456  * @return the pixels area, whatever its type
1457  *         (uint8_t is just for prototyping : feel free to Cast it)
1458  */
1459 uint8_t *FileHelper::GetRaw()
1460 {
1461    PixelReadConverter->SetUserFunction( UserFunction );
1462
1463    uint8_t *raw = PixelReadConverter->GetRaw();
1464    if ( ! raw )
1465    {
1466       // The Raw image migth not be loaded yet:
1467       std::ifstream *fp = FileInternal->OpenFile();
1468       PixelReadConverter->ReadAndDecompressPixelData( fp );
1469       if ( fp )
1470          FileInternal->CloseFile();
1471
1472       raw = PixelReadConverter->GetRaw();
1473       if ( ! raw )
1474       {
1475          gdcmWarningMacro( "Read/decompress of pixel data apparently went wrong.");
1476          return 0;
1477       }
1478    }
1479    return raw;
1480 }
1481
1482 //-----------------------------------------------------------------------------
1483 /**
1484  * \brief   Prints the common part of DataEntry, SeqEntry
1485  * @param   os ostream we want to print in
1486  * @param indent (unused)
1487  */
1488 void FileHelper::Print(std::ostream &os, std::string const &)
1489 {
1490    FileInternal->SetPrintLevel(PrintLevel);
1491    FileInternal->Print(os);
1492
1493    if ( FileInternal->IsReadable() )
1494    {
1495       PixelReadConverter->SetPrintLevel(PrintLevel);
1496       PixelReadConverter->Print(os);
1497    }
1498 }
1499
1500 //-----------------------------------------------------------------------------
1501 } // end namespace gdcm