src/gdcmFileHelper.h

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: gdcmFileHelper.h,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2007/08/21 12:51:09 $
   7   Version:   $Revision: 1.51 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #ifndef GDCMFILEHELPER_H
  20 #define GDCMFILEHELPER_H
  21
  22 #include "gdcmDebug.h"
  23 #include "gdcmRefCounter.h"
  24 #include "gdcmVRKey.h"
  25 #include "gdcmFile.h"
  26
  27 namespace GDCM_NAME_SPACE
  28 {
  29 //class File;
  30 class DataEntry;
  31 class SeqEntry;
  32 class PixelReadConvert;
  33 class PixelWriteConvert;
  34 class DocEntryArchive;
  35
  36 typedef void (*VOID_FUNCTION_PUINT8_PFILE_POINTER)(uint8_t *, File *);
  37
  38 //-----------------------------------------------------------------------------
  39 /**
  40  * \brief In addition to Dicom header exploration, this class is designed
  41  * for accessing the image/volume content. One can also use it to
  42  * write Dicom/ACR-NEMA/RAW files.
  43  */
  44 class GDCM_EXPORT FileHelper : public RefCounter
  45 {
  46    gdcmTypeMacro(FileHelper);
  47
  48 public:
  49    enum FileMode
  50    {
  51       WMODE_RAW,
  52       WMODE_RGB
  53    };
  54
  55 /// \brief Constructs a FileHelper with a RefCounter
  56    static FileHelper *New() {return new FileHelper();}
  57 /// \brief Constructs a FileHelper with a RefCounter from a fileHelper
  58    static FileHelper *New(File *header) {return new FileHelper(header);}
  59
  60    void Print(std::ostream &os = std::cout, std::string const &indent = "");
  61
  62    /// Accessor to \ref File
  63    File *GetFile() { return FileInternal; }
  64
  65
  66    void SetLoadMode(int loadMode);
  67    void SetFileName(std::string const &fileName);
  68    bool Load();
  69    /// to allow user to modify pixel order (e.g. Mirror, UpsideDown,...)
  70    void SetUserFunction( VOID_FUNCTION_PUINT8_PFILE_POINTER userFunc )
  71                         { UserFunction = userFunc; }
  72    // File methods
  73    bool SetEntryString(std::string const &content,
  74                            uint16_t group, uint16_t elem);
  75    bool SetEntryBinArea(uint8_t *content, int lgth,
  76                             uint16_t group, uint16_t elem);
  77
  78    DataEntry *InsertEntryString(std::string const &content,
  79                                 uint16_t group, uint16_t elem, const VRKey &vr);
  80    DataEntry *InsertEntryBinArea(uint8_t *binArea, int lgth,
  81                                 uint16_t group, uint16_t elem, const VRKey &vr);
  82    SeqEntry *InsertSeqEntry(uint16_t group, uint16_t elem);
  83
  84    // File helpers
  85    size_t GetImageDataSize();
  86    size_t GetImageDataRawSize();
  87
  88    uint8_t *GetImageData();
  89    uint8_t *GetImageDataRaw();
  90
  91 // GDCM_LEGACY(size_t GetImageDataIntoVector(void *destination,size_t maxSize))
  92
  93    void SetImageData(uint8_t *data, size_t expectedSize);
  94
  95    // User data
  96    void SetUserData(uint8_t *data, size_t expectedSize);
  97    uint8_t *GetUserData();
  98    size_t GetUserDataSize();
  99    // RBG data (from file)
 100    uint8_t *GetRGBData();
 101    size_t GetRGBDataSize();
 102    // RAW data (from file)
 103    uint8_t *GetRawData();
 104    size_t GetRawDataSize();
 105
 106    void ConvertFixGreyLevels(uint8_t *data, size_t size);
 107
 108    // LUT
 109    uint8_t* GetLutRGBA();
 110    int GetLutItemNumber();
 111    int GetLutItemSize();
 112
 113    // Write mode
 114
 115    /// \brief Tells the writer we want to keep 'Grey pixels + Palettes color'
 116    ///        when possible (as opposed to convert 'Palettes color' to RGB)
 117    void SetWriteModeToRaw()           { SetWriteMode(WMODE_RAW);  }
 118    /// \brief Tells the writer we want to write RGB image when possible
 119    ///        (as opposed to 'Grey pixels + Palettes color')
 120    void SetWriteModeToRGB()           { SetWriteMode(WMODE_RGB);  }
 121    /// \brief Sets the Write Mode ( )
 122    void SetWriteMode(FileMode mode)   { WriteMode = mode;         }
 123    /// \brief Gets the Write Mode ( )
 124    FileMode GetWriteMode()            { return WriteMode;         }
 125
 126    // Write format
 127
 128    /// \brief Tells the writer we want to write as Implicit VR
 129    void SetWriteTypeToDcmImplVR()     { SetWriteType(ImplicitVR); }
 130    /// \brief Tells the writer we want to write as Explicit VR
 131    void SetWriteTypeToDcmExplVR()     { SetWriteType(ExplicitVR); }
 132    /// \brief Tells the writer we want to write as ACR-NEMA
 133    void SetWriteTypeToAcr()           { SetWriteType(ACR);        }
 134    /// \brief Tells the writer we want to write as LibIDO
 135    void SetWriteTypeToAcrLibido()     { SetWriteType(ACR_LIBIDO); }
 136    /// \brief Tells the writer we want to write as JPEG
 137    void SetWriteTypeToJPEG()          { SetWriteType(JPEG);       }
 138    /// \brief Tells the writer we want to write as JPEG2000
 139    void SetWriteTypeToJPEG2000()      { SetWriteType(JPEG2000);   }
 140    /// \brief Tells the writer which format we want to write
 141    /// (ImplicitVR, ExplicitVR, ACR, ACR_LIBIDO)
 142    void SetWriteType(FileType format) { WriteType = format;       }
 143    /// \brief Gets the format we talled the write we wanted to write
 144    /// (ImplicitVR, ExplicitVR, ACR, ACR_LIBIDO)
 145    FileType GetWriteType()            { return WriteType;         }
 146    /// \brief 1 : white=0, black=high value
 147    void SetPhotometricInterpretationToMonochrome1() {
 148                                     PhotometricInterpretation = 1;}
 149    /// \brief 2 : black=0, white=high value  (default)
 150    void SetPhotometricInterpretationToMonochrome2() {
 151                                     PhotometricInterpretation = 2;}
 152    /// \brief 1 : white=0, black=high value
 153    int GetPhotometricInterpretation() {
 154                                 return PhotometricInterpretation; }
 155
 156    // Write pixels of ONE image on hard drive
 157    // No test is made on processor "endianness"
 158    // The user must call his reader correctly
 159    bool WriteRawData  (std::string const &fileName);
 160    bool WriteDcmImplVR(std::string const &fileName);
 161    bool WriteDcmExplVR(std::string const &fileName);
 162    bool WriteAcr      (std::string const &fileName);
 163    bool Write         (std::string const &fileName);
 164
 165 /// \brief We have to deal with 4 *very* different cases :
 166 /// -1) user created ex nihilo his own image and wants to write it as a Dicom image.
 167 ///    USER_OWN_IMAGE
 168 /// -2) user modified the pixels of an existing image.
 169 ///    FILTERED_IMAGE
 170 /// -3) user created a new image, using existing images (eg MIP, MPR, cartography image)
 171 ///   CREATED_IMAGE
 172 /// -4) user modified/added some tags *without processing* the pixels (anonymization...
 173 ///   UNMODIFIED_PIXELS_IMAGE
 174
 175    void SetContentType (ImageContentType c) { ContentType = c; }
 176    // no GetContentType() method, on purpose!
 177
 178    void CallStartMethod();
 179    void CallProgressMethod();
 180    void CallEndMethod();
 181
 182 protected:
 183    FileHelper( );
 184    FileHelper( File *header );
 185    ~FileHelper();
 186
 187    /// \todo move all those 'protected' methods to 'private'
 188    ///       since FileHelper is not derived in anything!
 189    bool CheckWriteIntegrity();
 190
 191    void SetWriteToRaw();
 192    void SetWriteToRGB();
 193    void RestoreWrite();
 194
 195    void SetWriteFileTypeToACR();
 196    void SetWriteFileTypeToJPEG();
 197    void SetWriteFileTypeToJPEG2000();
 198    void SetWriteFileTypeToExplicitVR();
 199    void SetWriteFileTypeToImplicitVR();
 200    void RestoreWriteFileType();
 201
 202    void SetWriteToLibido();
 203    void SetWriteToNoLibido();
 204    void RestoreWriteOfLibido();
 205
 206    DataEntry *CopyDataEntry(uint16_t group, uint16_t elem,
 207                             const VRKey &vr = GDCM_VRUNKNOWN);
 208    void CheckMandatoryElements();
 209    void CheckMandatoryEntry(uint16_t group, uint16_t elem, std::string value,
 210                             const VRKey &vr = GDCM_VRUNKNOWN);
 211    void SetMandatoryEntry(uint16_t group, uint16_t elem, std::string value,
 212                           const VRKey &vr = GDCM_VRUNKNOWN);
 213    void CopyMandatoryEntry(uint16_t group, uint16_t elem, std::string value,
 214                            const VRKey &vr = GDCM_VRUNKNOWN);
 215    void RestoreWriteMandatory();
 216
 217 private:
 218    void Initialize();
 219
 220    uint8_t *GetRaw();
 221
 222 // members variables:
 223 protected:
 224    /// value of the ??? for any progress bar
 225    float Progress;
 226    mutable bool Abort;
 227
 228 private:
 229
 230    /// gdcm::File to use to load the file
 231    File *FileInternal;
 232
 233    /// Whether already parsed or not
 234    bool Parsed;
 235
 236    // Utility pixel converter
 237    /// \brief Pointer to the PixelReadConverter
 238    PixelReadConvert *PixelReadConverter;
 239    /// \brief Pointer to the PixelWriteConverter
 240    PixelWriteConvert *PixelWriteConverter;
 241
 242    // Utility header archive
 243    /// \brief Pointer to the DocEntryArchive (used while writting process)
 244    DocEntryArchive *Archive;
 245
 246    // Write variables
 247    /// \brief (WMODE_RAW, WMODE_RGB)
 248    FileMode WriteMode;
 249
 250    /// \brief (ImplicitVR, ExplicitVR, ACR, ACR_LIBIDO)
 251    FileType WriteType;
 252
 253    /// \brief Pointer to a user supplied function to allow modification
 254    /// of pixel order (e.g. : Mirror, UpsideDown, 90°Rotation, ...)
 255    /// use as : void userSuppliedFunction(uint8_t *im, gdcm::File *f)
 256    /// NB : the "uint8_t *" type of first param is just for prototyping.
 257    /// User will Cast it according what he founds with f->GetPixelType()
 258    /// See vtkgdcmSerieViewer for an example
 259    VOID_FUNCTION_PUINT8_PFILE_POINTER UserFunction;
 260
 261    /// \brief only user knows what he did before asking the image to be written
 262    /// - he created ex nihilo his own image
 263    /// - he just applied a mathematical process on the pixels
 264    /// - he created a new image, using existing images (eg MIP, MPR,cartography)
 265    /// - he anonymized and image (*no* modif on the pixels)
 266    ImageContentType ContentType;
 267
 268    /// \brief  1 : white=0, black=high value
 269    ///         2 : black=0, white=high value (default)
 270    int PhotometricInterpretation;
 271
 272 };
 273 } // end namespace gdcm
 274
 275 //-----------------------------------------------------------------------------
 276 #endif