src/gdcmFileHelper.h

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: gdcmFileHelper.h,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/11/28 15:20:33 $
   7   Version:   $Revision: 1.34 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #ifndef GDCMFILEHELPER_H
  20 #define GDCMFILEHELPER_H
  21
  22 #include "gdcmDebug.h"
  23 #include "gdcmCommandManager.h"
  24
  25
  26 namespace gdcm
  27 {
  28 class File;
  29 class DataEntry;
  30 class SeqEntry;
  31 class PixelReadConvert;
  32 class PixelWriteConvert;
  33 class DocEntryArchive;
  34
  35 typedef void (*VOID_FUNCTION_PUINT8_PFILE_POINTER)(uint8_t *, File *);
  36
  37 //-----------------------------------------------------------------------------
  38 /**
  39  * \brief In addition to Dicom header exploration, this class is designed
  40  * for accessing the image/volume content. One can also use it to
  41  * write Dicom/ACR-NEMA/RAW files.
  42  */
  43 class GDCM_EXPORT FileHelper : public CommandManager
  44 {
  45    gdcmTypeMacro(FileHelper);
  46
  47 public:
  48    enum FileMode
  49    {
  50       WMODE_RAW,
  51       WMODE_RGB
  52    };
  53
  54 public:
  55 /// \brief Constructs a FileHelper with a RefCounter
  56    static FileHelper *New() {return new FileHelper();}
  57 /// \brief Constructs a FileHelper with a RefCounter from a fileHelper
  58    static FileHelper *New(File *header) {return new FileHelper(header);}
  59
  60    void Print(std::ostream &os = std::cout, std::string const &indent = "");
  61
  62    /// Accessor to \ref File
  63    File *GetFile() { return FileInternal; }
  64
  65
  66    void SetLoadMode(int loadMode);
  67    void SetFileName(std::string const &fileName);
  68    bool Load();
  69    /// to allow user to modify pixel order (e.g. Mirror, UpsideDown,...)
  70    void SetUserFunction( VOID_FUNCTION_PUINT8_PFILE_POINTER userFunc )
  71                         { UserFunction = userFunc; }
  72    // File methods
  73    bool SetEntryString(std::string const &content,
  74                            uint16_t group, uint16_t elem);
  75    bool SetEntryBinArea(uint8_t *content, int lgth,
  76                             uint16_t group, uint16_t elem);
  77
  78    DataEntry *InsertEntryString(std::string const &content,
  79                                        uint16_t group, uint16_t elem);
  80    DataEntry *InsertEntryBinArea(uint8_t *binArea, int lgth,
  81                                         uint16_t group, uint16_t elem);
  82    SeqEntry *InsertSeqEntry(uint16_t group, uint16_t elem);
  83
  84    // File helpers
  85    size_t GetImageDataSize();
  86    size_t GetImageDataRawSize();
  87
  88    uint8_t *GetImageData();
  89    uint8_t *GetImageDataRaw();
  90
  91    GDCM_LEGACY(size_t GetImageDataIntoVector(void *destination,size_t maxSize));
  92
  93    void SetImageData(uint8_t *data, size_t expectedSize);
  94
  95    // User data
  96    void SetUserData(uint8_t *data, size_t expectedSize);
  97    uint8_t *GetUserData();
  98    size_t GetUserDataSize();
  99    // RBG data (from file)
 100    uint8_t *GetRGBData();
 101    size_t GetRGBDataSize();
 102    // RAW data (from file)
 103    uint8_t *GetRawData();
 104    size_t GetRawDataSize();
 105
 106    // LUT
 107    uint8_t* GetLutRGBA();
 108    int GetLutItemNumber();
 109    int GetLutItemSize();
 110
 111    // Write mode
 112
 113    /// \brief Tells the writer we want to keep 'Grey pixels + Palettes color'
 114    ///        when possible (as opposed to convert 'Palettes color' to RGB)
 115    void SetWriteModeToRaw()           { SetWriteMode(WMODE_RAW);  }
 116    /// \brief Tells the writer we want to write RGB image when possible
 117    ///        (as opposed to 'Grey pixels + Palettes color')
 118    void SetWriteModeToRGB()           { SetWriteMode(WMODE_RGB);  }
 119    /// \brief Sets the Write Mode ( )
 120    void SetWriteMode(FileMode mode)   { WriteMode = mode;         }
 121    /// \brief Gets the Write Mode ( )
 122    FileMode GetWriteMode()            { return WriteMode;         }
 123
 124    // Write format
 125
 126    /// \brief Tells the writer we want to write as Implicit VR
 127    void SetWriteTypeToDcmImplVR()     { SetWriteType(ImplicitVR); }
 128    /// \brief Tells the writer we want to write as Explicit VR
 129    void SetWriteTypeToDcmExplVR()     { SetWriteType(ExplicitVR); }
 130    /// \brief Tells the writer we want to write as ACR-NEMA
 131    void SetWriteTypeToAcr()           { SetWriteType(ACR);        }
 132    /// \brief Tells the writer we want to write as LibIDO
 133    void SetWriteTypeToAcrLibido()     { SetWriteType(ACR_LIBIDO); }
 134    /// \brief Tells the writer we want to write as JPEG
 135    void SetWriteTypeToJPEG()          { SetWriteType(JPEG);       }
 136    /// \brief Tells the writer which format we want to write
 137    /// (ImplicitVR, ExplicitVR, ACR, ACR_LIBIDO)
 138    void SetWriteType(FileType format) { WriteType = format;       }
 139    /// \brief Gets the format we talled the write we wanted to write
 140    /// (ImplicitVR, ExplicitVR, ACR, ACR_LIBIDO)
 141    FileType GetWriteType()            { return WriteType;         }
 142
 143    // Write pixels of ONE image on hard drive
 144    // No test is made on processor "endianness"
 145    // The user must call his reader correctly
 146    bool WriteRawData  (std::string const &fileName);
 147    bool WriteDcmImplVR(std::string const &fileName);
 148    bool WriteDcmExplVR(std::string const &fileName);
 149    bool WriteAcr      (std::string const &fileName);
 150    bool Write         (std::string const &fileName);
 151    /// \brief if user knows he didn't modify the pixels (e.g. he just anonymized
 152    ///        the file), he is allowed to ask to keep the original
 153    ///        'Media Storage SOP Class UID' and 'Image Type'
 154    void SetKeepMediaStorageSOPClassUID (bool v)
 155                               { KeepMediaStorageSOPClassUID = v; }
 156    // no GetKeepMediaStorageSOPClassUID() method, on purpose!
 157
 158 protected:
 159    FileHelper( );
 160    FileHelper( File *header );
 161    ~FileHelper();
 162
 163    bool CheckWriteIntegrity();
 164
 165    void SetWriteToRaw();
 166    void SetWriteToRGB();
 167    void RestoreWrite();
 168
 169    void SetWriteFileTypeToACR();
 170    void SetWriteFileTypeToJPEG();
 171    void SetWriteFileTypeToExplicitVR();
 172    void SetWriteFileTypeToImplicitVR();
 173    void RestoreWriteFileType();
 174
 175    void SetWriteToLibido();
 176    void SetWriteToNoLibido();
 177    void RestoreWriteOfLibido();
 178
 179    DataEntry *CopyDataEntry(uint16_t group, uint16_t elem,
 180                                const TagName &vr = GDCM_VRUNKNOWN);
 181    void CheckMandatoryElements();
 182    void CheckMandatoryEntry(uint16_t group, uint16_t elem, std::string value);
 183    void SetMandatoryEntry(uint16_t group, uint16_t elem, std::string value);
 184    void CopyMandatoryEntry(uint16_t group, uint16_t elem, std::string value);
 185    void RestoreWriteMandatory();
 186
 187 private:
 188    void Initialize();
 189
 190    uint8_t *GetRaw();
 191
 192 // members variables:
 193    /// gdcm::File to use to load the file
 194    File *FileInternal;
 195
 196    /// Whether already parsed or not
 197    bool Parsed;
 198
 199    // Utility pixel converter
 200    /// \brief Pointer to the PixelReadConverter
 201    PixelReadConvert *PixelReadConverter;
 202    /// \brief Pointer to the PixelWriteConverter
 203    PixelWriteConvert *PixelWriteConverter;
 204
 205    // Utility header archive
 206    /// \brief Pointer to the DocEntryArchive (used while writting process)
 207    DocEntryArchive *Archive;
 208
 209    // Write variables
 210    /// \brief (WMODE_RAW, WMODE_RGB)
 211    FileMode WriteMode;
 212
 213    /// \brief (ImplicitVR, ExplicitVR, ACR, ACR_LIBIDO)
 214    FileType WriteType;
 215
 216    /// \brief Pointer to a user supplied function to allow modification
 217    /// of pixel order (e.g. : Mirror, UpsideDown, 90°Rotation, ...)
 218    /// use as : void userSuppliedFunction(uint8_t *im, gdcm::File *f)
 219    /// NB : the "uint8_t *" type of first param is just for prototyping.
 220    /// User will Cast it according what he founds with f->GetPixelType()
 221    /// See vtkgdcmSerieViewer for an example
 222    VOID_FUNCTION_PUINT8_PFILE_POINTER UserFunction;
 223
 224    /// \brief if user knows he didn't modify the pixels (e.g. he just
 225    /// anonymized the file), he is allowed to ask to keep the original
 226    /// 'Media Storage SOP Class UID' and 'Image Type'
 227    bool KeepMediaStorageSOPClassUID;
 228 };
 229 } // end namespace gdcm
 230
 231 //-----------------------------------------------------------------------------
 232 #endif