src/gdcmFileHelper.h

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: gdcmFileHelper.h,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/11/21 09:46:26 $
   7   Version:   $Revision: 1.31 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #ifndef GDCMFILEHELPER_H
  20 #define GDCMFILEHELPER_H
  21
  22 #include "gdcmDebug.h"
  23 #include "gdcmRefCounter.h"
  24
  25
  26 namespace gdcm
  27 {
  28 class File;
  29 class DataEntry;
  30 class SeqEntry;
  31 class PixelReadConvert;
  32 class PixelWriteConvert;
  33 class DocEntryArchive;
  34
  35 typedef void (*VOID_FUNCTION_PUINT8_PFILE_POINTER)(uint8_t *, File *);
  36
  37 //-----------------------------------------------------------------------------
  38 /**
  39  * \brief In addition to Dicom header exploration, this class is designed
  40  * for accessing the image/volume content. One can also use it to
  41  * write Dicom/ACR-NEMA/RAW files.
  42  */
  43 class GDCM_EXPORT FileHelper : public RefCounter
  44 {
  45    gdcmTypeMacro(FileHelper);
  46
  47 public:
  48    enum FileMode
  49    {
  50       WMODE_RAW,
  51       WMODE_RGB
  52    };
  53
  54 public:
  55 /// \brief Constructs a FileHelper with a RefCounter
  56    static FileHelper *New() {return new FileHelper();}
  57 /// \brief Constructs a FileHelper with a RefCounter from a fileHelper
  58    static FileHelper *New(File *header) {return new FileHelper(header);}
  59
  60    virtual ~FileHelper();
  61
  62    void Print(std::ostream &os = std::cout, std::string const &indent = "");
  63
  64    /// Accessor to \ref File
  65    File *GetFile() { return FileInternal; }
  66
  67
  68    void SetLoadMode(int loadMode);
  69    void SetFileName(std::string const &fileName);
  70    bool Load();
  71    /// to allow user to modify pixel order (e.g. Mirror, UpsideDown,...)
  72    void SetUserFunction( VOID_FUNCTION_PUINT8_PFILE_POINTER userFunc )
  73                         { UserFunction = userFunc; }
  74    // File methods
  75    bool SetEntryString(std::string const &content,
  76                            uint16_t group, uint16_t elem);
  77    bool SetEntryBinArea(uint8_t *content, int lgth,
  78                             uint16_t group, uint16_t elem);
  79
  80    DataEntry *InsertEntryString(std::string const &content,
  81                                        uint16_t group, uint16_t elem);
  82    DataEntry *InsertEntryBinArea(uint8_t *binArea, int lgth,
  83                                         uint16_t group, uint16_t elem);
  84    SeqEntry *InsertSeqEntry(uint16_t group, uint16_t elem);
  85
  86    // File helpers
  87    size_t GetImageDataSize();
  88    size_t GetImageDataRawSize();
  89
  90    uint8_t *GetImageData();
  91    uint8_t *GetImageDataRaw();
  92
  93    GDCM_LEGACY(size_t GetImageDataIntoVector(void *destination,size_t maxSize));
  94
  95    void SetImageData(uint8_t *data, size_t expectedSize);
  96
  97    // User data
  98    void SetUserData(uint8_t *data, size_t expectedSize);
  99    uint8_t *GetUserData();
 100    size_t GetUserDataSize();
 101    // RBG data (from file)
 102    uint8_t *GetRGBData();
 103    size_t GetRGBDataSize();
 104    // RAW data (from file)
 105    uint8_t *GetRawData();
 106    size_t GetRawDataSize();
 107
 108    // LUT
 109    uint8_t* GetLutRGBA();
 110    int GetLutItemNumber();
 111    int GetLutItemSize();
 112
 113    // Write mode
 114
 115    /// \brief Tells the writer we want to keep 'Grey pixels + Palettes color'
 116    ///        when possible (as opposed to convert 'Palettes color' to RGB)
 117    void SetWriteModeToRaw()           { SetWriteMode(WMODE_RAW);  }
 118    /// \brief Tells the writer we want to write RGB image when possible
 119    ///        (as opposed to 'Grey pixels + Palettes color')
 120    void SetWriteModeToRGB()           { SetWriteMode(WMODE_RGB);  }
 121    /// \brief Sets the Write Mode ( )
 122    void SetWriteMode(FileMode mode)   { WriteMode = mode;         }
 123    /// \brief Gets the Write Mode ( )
 124    FileMode GetWriteMode()            { return WriteMode;         }
 125
 126    // Write format
 127
 128    /// \brief Tells the writer we want to write as Implicit VR
 129    void SetWriteTypeToDcmImplVR()     { SetWriteType(ImplicitVR); }
 130    /// \brief Tells the writer we want to write as Explicit VR
 131    void SetWriteTypeToDcmExplVR()     { SetWriteType(ExplicitVR); }
 132    /// \brief Tells the writer we want to write as ACR-NEMA
 133    void SetWriteTypeToAcr()           { SetWriteType(ACR);        }
 134    /// \brief Tells the writer we want to write as LibIDO
 135    void SetWriteTypeToAcrLibido()     { SetWriteType(ACR_LIBIDO); }
 136    /// \brief Tells the writer we want to write as JPEG
 137    void SetWriteTypeToJPEG()          { SetWriteType(JPEG);       }
 138    /// \brief Tells the writer which format we want to write
 139    /// (ImplicitVR, ExplicitVR, ACR, ACR_LIBIDO)
 140    void SetWriteType(FileType format) { WriteType = format;       }
 141    /// \brief Gets the format we talled the write we wanted to write
 142    /// (ImplicitVR, ExplicitVR, ACR, ACR_LIBIDO)
 143    FileType GetWriteType()            { return WriteType;         }
 144
 145    // Write pixels of ONE image on hard drive
 146    // No test is made on processor "endianness"
 147    // The user must call his reader correctly
 148    bool WriteRawData  (std::string const &fileName);
 149    bool WriteDcmImplVR(std::string const &fileName);
 150    bool WriteDcmExplVR(std::string const &fileName);
 151    bool WriteAcr      (std::string const &fileName);
 152    bool Write         (std::string const &fileName);
 153    /// \brief if user knows he didn't modify the pixels (e.g. he just anonymized
 154    ///        the file), he is allowed to ask to keep the original
 155    ///        'Media Storage SOP Class UID' and 'Image Type'
 156    void SetKeepMediaStorageSOPClassUID (bool v)
 157                               { KeepMediaStorageSOPClassUID = v; }
 158    // no GetKeepMediaStorageSOPClassUID() method, on purpose!
 159
 160 protected:
 161    FileHelper( );
 162    FileHelper( File *header );
 163
 164    bool CheckWriteIntegrity();
 165
 166    void SetWriteToRaw();
 167    void SetWriteToRGB();
 168    void RestoreWrite();
 169
 170    void SetWriteFileTypeToACR();
 171    void SetWriteFileTypeToJPEG();
 172    void SetWriteFileTypeToExplicitVR();
 173    void SetWriteFileTypeToImplicitVR();
 174    void RestoreWriteFileType();
 175
 176    void SetWriteToLibido();
 177    void SetWriteToNoLibido();
 178    void RestoreWriteOfLibido();
 179
 180    DataEntry *CopyDataEntry(uint16_t group, uint16_t elem,
 181                                const TagName &vr = GDCM_VRUNKNOWN);
 182    void CheckMandatoryElements();
 183    void CheckMandatoryEntry(uint16_t group, uint16_t elem, std::string value);
 184    void SetMandatoryEntry(uint16_t group, uint16_t elem, std::string value);
 185    void CopyMandatoryEntry(uint16_t group, uint16_t elem, std::string value);
 186    void RestoreWriteMandatory();
 187
 188 private:
 189    void Initialize();
 190
 191    uint8_t *GetRaw();
 192
 193 // members variables:
 194    /// gdcm::File to use to load the file
 195    File *FileInternal;
 196
 197    /// Whether already parsed or not
 198    bool Parsed;
 199
 200    // Utility pixel converter
 201    /// \brief Pointer to the PixelReadConverter
 202    PixelReadConvert *PixelReadConverter;
 203    /// \brief Pointer to the PixelWriteConverter
 204    PixelWriteConvert *PixelWriteConverter;
 205
 206    // Utility header archive
 207    /// \brief Pointer to the DocEntryArchive (used while writting process)
 208    DocEntryArchive *Archive;
 209
 210    // Write variables
 211    /// \brief (WMODE_RAW, WMODE_RGB)
 212    FileMode WriteMode;
 213
 214    /// \brief (ImplicitVR, ExplicitVR, ACR, ACR_LIBIDO)
 215    FileType WriteType;
 216
 217    /// \brief Pointer to a user supplied function to allow modification
 218    /// of pixel order (e.g. : Mirror, UpsideDown, 90°Rotation, ...)
 219    /// use as : void userSuppliedFunction(uint8_t *im, gdcm::File *f)
 220    /// NB : the "uint8_t *" type of first param is just for prototyping.
 221    /// User will Cast it according what he founds with f->GetPixelType()
 222    /// See vtkgdcmSerieViewer for an example
 223    VOID_FUNCTION_PUINT8_PFILE_POINTER UserFunction;
 224
 225    /// \brief if user knows he didn't modify the pixels (e.g. he just
 226    /// anonymized the file), he is allowed to ask to keep the original
 227    /// 'Media Storage SOP Class UID' and 'Image Type'
 228    bool KeepMediaStorageSOPClassUID;
 229 };
 230 } // end namespace gdcm
 231
 232 //-----------------------------------------------------------------------------
 233 #endif