src/gdcmHeader.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: gdcmHeader.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2004/10/28 03:10:58 $
   7   Version:   $Revision: 1.196 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #include "gdcmHeader.h"
  20 #include "gdcmGlobal.h"
  21 #include "gdcmUtil.h"
  22 #include "gdcmDebug.h"
  23 #include "gdcmTS.h"
  24 #include "gdcmValEntry.h"
  25
  26 #include <vector>
  27
  28 namespace gdcm
  29 {
  30 //-----------------------------------------------------------------------------
  31 // Constructor / Destructor
  32 /**
  33  * \brief  Constructor
  34  * @param  filename name of the file whose header we want to analyze
  35  */
  36 Header::Header( std::string const & filename ):
  37             Document( filename )
  38 {
  39    // for some ACR-NEMA images GrPixel, NumPixel is *not* 7fe0,0010
  40    // We may encounter the 'RETired' (0x0028, 0x0200) tag
  41    // (Image Location") . This Element contains the number of
  42    // the group that contains the pixel data (hence the "Pixel Data"
  43    // is found by indirection through the "Image Location").
  44    // Inside the group pointed by "Image Location" the searched element
  45    // is conventionally the element 0x0010 (when the norm is respected).
  46    // When the "Image Location" is absent we default to group 0x7fe0.
  47    // Note: this IS the right place for the code
  48
  49    // Image Location
  50    std::string imgLocation = GetEntryByNumber(0x0028, 0x0200);
  51    if ( imgLocation == GDCM_UNFOUND )
  52    {
  53       // default value
  54       GrPixel = 0x7fe0;
  55    }
  56    else
  57    {
  58       GrPixel = (uint16_t) atoi( imgLocation.c_str() );
  59    }
  60
  61    // sometimes Image Location value doesn't follow
  62    // the supposed processor endianity.
  63    // see gdcmData/cr172241.dcm
  64    if ( GrPixel == 0xe07f )
  65    {
  66       GrPixel = 0x7fe0;
  67    }
  68
  69    if ( GrPixel != 0x7fe0 )
  70    {
  71       // This is a kludge for old dirty Philips imager.
  72       NumPixel = 0x1010;
  73    }
  74    else
  75    {
  76       NumPixel = 0x0010;
  77    }
  78 }
  79
  80 /**
  81  * \brief Constructor
  82  */
  83 Header::Header()
  84            :Document()
  85 {
  86 }
  87
  88 /**
  89  * \brief   Canonical destructor.
  90  */
  91 Header::~Header ()
  92 {
  93 }
  94
  95
  96 /**
  97  * \brief Performs some consistency checking on various 'File related'
  98  *       (as opposed to 'DicomDir related') entries
  99  *       then writes in a file all the (Dicom Elements) included the Pixels
 100  * @param fp file pointer on an already open file
 101  * @param filetype Type of the File to be written
 102  *          (ACR-NEMA, ExplicitVR, ImplicitVR)
 103  */
 104 void Header::Write(std::ofstream* fp,FileType filetype)
 105 {
 106    // Bits Allocated
 107    if ( GetEntryByNumber(0x0028,0x0100) ==  "12")
 108    {
 109       SetEntryByNumber("16", 0x0028,0x0100);
 110    }
 111
 112   /// \todo correct 'Pixel group' Length if necessary
 113
 114    int i_lgPix = GetEntryLengthByNumber(GrPixel, NumPixel);
 115    if (i_lgPix != -2)
 116    {
 117       // no (GrPixel, NumPixel) element
 118       std::string s_lgPix;
 119       s_lgPix = Util::Format("%d", i_lgPix+12);
 120       ReplaceOrCreateByNumber(s_lgPix,GrPixel, 0x0000);
 121    }
 122
 123    // FIXME : should be nice if we could move it to File
 124    //         (or in future gdcmPixelData class)
 125
 126    // Drop Palette Color, if necessary
 127
 128    if ( GetEntryByNumber(0x0028,0x0002).c_str()[0] == '3' )
 129    {
 130       // if SamplesPerPixel = 3, sure we don't need any LUT !
 131       // Drop 0028|1101, 0028|1102, 0028|1103
 132       // Drop 0028|1201, 0028|1202, 0028|1203
 133
 134       DocEntry* e = GetDocEntryByNumber(0x0028,0x01101);
 135       if (e)
 136       {
 137          RemoveEntryNoDestroy(e);
 138       }
 139       e = GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1102);
 140       if (e)
 141       {
 142          RemoveEntryNoDestroy(e);
 143       }
 144       e = GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1103);
 145       if (e)
 146       {
 147          RemoveEntryNoDestroy(e);
 148       }
 149       e = GetDocEntryByNumber(0x0028,0x01201);
 150       if (e)
 151       {
 152          RemoveEntryNoDestroy(e);
 153       }
 154       e = GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1202);
 155       if (e)
 156       {
 157          RemoveEntryNoDestroy(e);
 158       }
 159       e = GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1203);
 160       if (e)
 161       {
 162           RemoveEntryNoDestroy(e);
 163       }
 164    }
 165    Document::Write(fp,filetype);
 166 }
 167
 168 //-----------------------------------------------------------------------------
 169 // Print
 170
 171
 172 //-----------------------------------------------------------------------------
 173 // Public
 174
 175 /**
 176  * \brief  This predicate, based on hopefully reasonable heuristics,
 177  *         decides whether or not the current Header was properly parsed
 178  *         and contains the mandatory information for being considered as
 179  *         a well formed and usable Dicom/Acr File.
 180  * @return true when Header is the one of a reasonable Dicom/Acr file,
 181  *         false otherwise.
 182  */
 183 bool Header::IsReadable()
 184 {
 185    if( !Document::IsReadable() )
 186    {
 187       return false;
 188    }
 189
 190    std::string res = GetEntryByNumber(0x0028, 0x0005);
 191    if ( res != GDCM_UNFOUND && atoi(res.c_str()) > 4 )
 192    {
 193       return false; // Image Dimensions
 194    }
 195    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028, 0x0100) )
 196    {
 197       return false; // "Bits Allocated"
 198    }
 199    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028, 0x0101) )
 200    {
 201       return false; // "Bits Stored"
 202    }
 203    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028, 0x0102) )
 204    {
 205       return false; // "High Bit"
 206    }
 207    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028, 0x0103) )
 208    {
 209       return false; // "Pixel Representation" i.e. 'Sign'
 210    }
 211
 212    return true;
 213 }
 214
 215 /**
 216  * \brief   Retrieve the number of columns of image.
 217  * @return  The encountered size when found, 0 by default.
 218  *          0 means the file is NOT USABLE. The caller will have to check
 219  */
 220 int Header::GetXSize()
 221 {
 222    std::string strSize;
 223    strSize = GetEntryByNumber(0x0028,0x0011);
 224    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 225    {
 226       return 0;
 227    }
 228
 229    return atoi( strSize.c_str() );
 230 }
 231
 232 /**
 233  * \brief   Retrieve the number of lines of image.
 234  * \warning The defaulted value is 1 as opposed to Header::GetXSize()
 235  * @return  The encountered size when found, 1 by default
 236  *          (The ACR-NEMA file contains a Signal, not an Image).
 237  */
 238 int Header::GetYSize()
 239 {
 240    std::string strSize = GetEntryByNumber(0x0028,0x0010);
 241    if ( strSize != GDCM_UNFOUND )
 242    {
 243       return atoi( strSize.c_str() );
 244    }
 245    if ( IsDicomV3() )
 246    {
 247       return 0;
 248    }
 249
 250    // The Rows (0028,0010) entry was optional for ACR/NEMA. It might
 251    // hence be a signal (1d image). So we default to 1:
 252    return 1;
 253 }
 254
 255 /**
 256  * \brief   Retrieve the number of planes of volume or the number
 257  *          of frames of a multiframe.
 258  * \warning When present we consider the "Number of Frames" as the third
 259  *          dimension. When absent we consider the third dimension as
 260  *          being the ACR-NEMA "Planes" tag content.
 261  * @return  The encountered size when found, 1 by default (single image).
 262  */
 263 int Header::GetZSize()
 264 {
 265    // Both  DicomV3 and ACR/Nema consider the "Number of Frames"
 266    // as the third dimension.
 267    std::string strSize = GetEntryByNumber(0x0028,0x0008);
 268    if ( strSize != GDCM_UNFOUND )
 269    {
 270       return atoi( strSize.c_str() );
 271    }
 272
 273    // We then consider the "Planes" entry as the third dimension
 274    strSize = GetEntryByNumber(0x0028,0x0012);
 275    if ( strSize != GDCM_UNFOUND )
 276    {
 277       return atoi( strSize.c_str() );
 278    }
 279
 280    return 1;
 281 }
 282
 283 /**
 284   * \brief gets the info from 0028,0030 : Pixel Spacing
 285   *             else 1.0
 286   * @return X dimension of a pixel
 287   */
 288 float Header::GetXSpacing()
 289 {
 290    float xspacing, yspacing;
 291    std::string strSpacing = GetEntryByNumber(0x0028,0x0030);
 292
 293    if ( strSpacing == GDCM_UNFOUND )
 294    {
 295       dbg.Verbose(0, "Header::GetXSpacing: unfound Pixel Spacing (0028,0030)");
 296       return 1.;
 297    }
 298
 299    int nbValues;
 300    if( ( nbValues = sscanf( strSpacing.c_str(),
 301          "%f\\%f", &yspacing, &xspacing)) != 2 )
 302    {
 303       // if single value is found, xspacing is defaulted to yspacing
 304       if ( nbValues == 1 )
 305       {
 306          return yspacing;
 307       }
 308    }
 309    if ( xspacing == 0.)
 310    {
 311       dbg.Verbose(0, "Header::GetYSpacing: gdcmData/CT-MONO2-8-abdo.dcm problem");
 312       // seems to be a bug in the header ...
 313       sscanf( strSpacing.c_str(), "%f\\0\\%f", &yspacing, &xspacing);
 314    }
 315
 316    return xspacing;
 317 }
 318
 319 /**
 320   * \brief gets the info from 0028,0030 : Pixel Spacing
 321   *             else 1.0
 322   * @return Y dimension of a pixel
 323   */
 324 float Header::GetYSpacing()
 325 {
 326    float yspacing = 0;
 327    std::string strSpacing = GetEntryByNumber(0x0028,0x0030);
 328
 329    if ( strSpacing == GDCM_UNFOUND )
 330    {
 331       dbg.Verbose(0, "Header::GetYSpacing: unfound Pixel Spacing (0028,0030)");
 332       return 1.;
 333     }
 334
 335    // if sscanf cannot read any float value, it won't affect yspacing
 336    sscanf( strSpacing.c_str(), "%f", &yspacing);
 337
 338    return yspacing;
 339 }
 340
 341 /**
 342  * \brief gets the info from 0018,0088 : Space Between Slices
 343  *                else from 0018,0050 : Slice Thickness
 344  *                else 1.0
 345  * @return Z dimension of a voxel-to be
 346  */
 347 float Header::GetZSpacing()
 348 {
 349    // Spacing Between Slices : distance entre le milieu de chaque coupe
 350    // Les coupes peuvent etre :
 351    //   jointives     (Spacing between Slices = Slice Thickness)
 352    //   chevauchantes (Spacing between Slices < Slice Thickness)
 353    //   disjointes    (Spacing between Slices > Slice Thickness)
 354    // Slice Thickness : epaisseur de tissus sur laquelle est acquis le signal
 355    //   ca interesse le physicien de l'IRM, pas le visualisateur de volumes ...
 356    //   Si le Spacing Between Slices est absent,
 357    //   on suppose que les coupes sont jointives
 358
 359    std::string strSpacingBSlices = GetEntryByNumber(0x0018,0x0088);
 360
 361    if ( strSpacingBSlices == GDCM_UNFOUND )
 362    {
 363       dbg.Verbose(0, "Header::GetZSpacing: unfound StrSpacingBSlices");
 364       std::string strSliceThickness = GetEntryByNumber(0x0018,0x0050);
 365       if ( strSliceThickness == GDCM_UNFOUND )
 366       {
 367          return 1.;
 368       }
 369       else
 370       {
 371          // if no 'Spacing Between Slices' is found,
 372          // we assume slices join together
 373          // (no overlapping, no interslice gap)
 374          // if they don't, we're fucked up
 375          return atof( strSliceThickness.c_str() );
 376       }
 377    }
 378    else
 379    {
 380       return atof( strSpacingBSlices.c_str() );
 381    }
 382 }
 383
 384 /**
 385  *\brief gets the info from 0028,1052 : Rescale Intercept
 386  * @return Rescale Intercept
 387  */
 388 float Header::GetRescaleIntercept()
 389 {
 390    float resInter = 0.;
 391    /// 0028 1052 DS IMG Rescale Intercept
 392    std::string strRescInter = GetEntryByNumber(0x0028,0x1052);
 393    if ( strRescInter != GDCM_UNFOUND )
 394    {
 395       if( sscanf( strRescInter.c_str(), "%f", &resInter) != 1 )
 396       {
 397          // bug in the element 0x0028,0x1052
 398          dbg.Verbose(0, "Header::GetRescaleIntercept: Rescale Slope "
 399                         "is empty");
 400       }
 401    }
 402
 403    return resInter;
 404 }
 405
 406 /**
 407  *\brief   gets the info from 0028,1053 : Rescale Slope
 408  * @return Rescale Slope
 409  */
 410 float Header::GetRescaleSlope()
 411 {
 412    float resSlope = 1.;
 413    //0028 1053 DS IMG Rescale Slope
 414    std::string strRescSlope = GetEntryByNumber(0x0028,0x1053);
 415    if ( strRescSlope != GDCM_UNFOUND )
 416    {
 417       if( sscanf( strRescSlope.c_str(), "%f", &resSlope) != 1)
 418       {
 419          // bug in the element 0x0028,0x1053
 420          dbg.Verbose(0, "Header::GetRescaleSlope: Rescale Slope is empty");
 421       }
 422    }
 423
 424    return resSlope;
 425 }
 426
 427 /**
 428  * \brief This function is intended to user who doesn't want
 429  *   to have to manage a LUT and expects to get an RBG Pixel image
 430  *   (or a monochrome one ...)
 431  * \warning to be used with GetImagePixels()
 432  * @return 1 if Gray level, 3 if Color (RGB, YBR or PALETTE COLOR)
 433  */
 434 int Header::GetNumberOfScalarComponents()
 435 {
 436    if ( GetSamplesPerPixel() == 3 )
 437    {
 438       return 3;
 439    }
 440
 441    // 0028 0100 US IMG Bits Allocated
 442    // (in order no to be messed up by old RGB images)
 443    if ( GetEntryByNumber(0x0028,0x0100) == "24" )
 444    {
 445       return 3;
 446    }
 447
 448    std::string strPhotometricInterpretation = GetEntryByNumber(0x0028,0x0004);
 449
 450    if ( ( strPhotometricInterpretation == "PALETTE COLOR ") )
 451    {
 452       if ( HasLUT() )// PALETTE COLOR is NOT enough
 453       {
 454          return 3;
 455       }
 456       else
 457       {
 458          return 1;
 459       }
 460    }
 461
 462    // beware of trailing space at end of string
 463    // DICOM tags are never of odd length
 464    if ( strPhotometricInterpretation == GDCM_UNFOUND   ||
 465         strPhotometricInterpretation == "MONOCHROME1 " ||
 466         strPhotometricInterpretation == "MONOCHROME2 " )
 467    {
 468       return 1;
 469    }
 470    else
 471    {
 472       // we assume that *all* kinds of YBR are dealt with
 473       return 3;
 474    }
 475 }
 476
 477 /**
 478  * \brief This function is intended to user that DOESN'T want
 479  *  to get RGB pixels image when it's stored as a PALETTE COLOR image
 480  *   - the (vtk) user is supposed to know how deal with LUTs -
 481  * \warning to be used with GetImagePixelsRaw()
 482  * @return 1 if Gray level, 3 if Color (RGB or YBR - NOT 'PALETTE COLOR' -)
 483  */
 484 int Header::GetNumberOfScalarComponentsRaw()
 485 {
 486    // 0028 0100 US IMG Bits Allocated
 487    // (in order no to be messed up by old RGB images)
 488    if ( Header::GetEntryByNumber(0x0028,0x0100) == "24" )
 489    {
 490       return 3;
 491    }
 492
 493    // we assume that *all* kinds of YBR are dealt with
 494    return GetSamplesPerPixel();
 495 }
 496
 497 //
 498 // --------------  Remember ! ----------------------------------
 499 //
 500 // Image Position Patient                              (0020,0032):
 501 // If not found (ACR_NEMA) we try Image Position       (0020,0030)
 502 // If not found (ACR-NEMA), we consider Slice Location (0020,1041)
 503 //                                   or Location       (0020,0050)
 504 // as the Z coordinate,
 505 // 0. for all the coordinates if nothing is found
 506
 507 // \todo find a way to inform the caller nothing was found
 508 // \todo How to tell the caller a wrong number of values was found?
 509 //
 510 // ---------------------------------------------------------------
 511 //
 512
 513 /**
 514  * \brief gets the info from 0020,0032 : Image Position Patient
 515  *                 else from 0020,0030 : Image Position (RET)
 516  *                 else 0.
 517  * @return up-left image corner X position
 518  */
 519 float Header::GetXOrigin()
 520 {
 521    float xImPos, yImPos, zImPos;
 522    std::string strImPos = GetEntryByNumber(0x0020,0x0032);
 523
 524    if ( strImPos == GDCM_UNFOUND )
 525    {
 526       dbg.Verbose(0, "Header::GetXImagePosition: unfound Image "
 527                      "Position Patient (0020,0032)");
 528       strImPos = GetEntryByNumber(0x0020,0x0030); // For ACR-NEMA images
 529       if ( strImPos == GDCM_UNFOUND )
 530       {
 531          dbg.Verbose(0, "Header::GetXImagePosition: unfound Image "
 532                         "Position (RET) (0020,0030)");
 533          /// \todo How to tell the caller nothing was found ?
 534          return 0.;
 535       }
 536    }
 537
 538    if( sscanf( strImPos.c_str(), "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos) != 3 )
 539    {
 540       return 0.;
 541    }
 542
 543    return xImPos;
 544 }
 545
 546 /**
 547  * \brief gets the info from 0020,0032 : Image Position Patient
 548  *                 else from 0020,0030 : Image Position (RET)
 549  *                 else 0.
 550  * @return up-left image corner Y position
 551  */
 552 float Header::GetYOrigin()
 553 {
 554    float xImPos, yImPos, zImPos;
 555    std::string strImPos = GetEntryByNumber(0x0020,0x0032);
 556
 557    if ( strImPos == GDCM_UNFOUND)
 558    {
 559       dbg.Verbose(0, "Header::GetYImagePosition: unfound Image "
 560                      "Position Patient (0020,0032)");
 561       strImPos = GetEntryByNumber(0x0020,0x0030); // For ACR-NEMA images
 562       if ( strImPos == GDCM_UNFOUND )
 563       {
 564          dbg.Verbose(0, "Header::GetYImagePosition: unfound Image "
 565                         "Position (RET) (0020,0030)");
 566          /// \todo How to tell the caller nothing was found ?
 567          return 0.;
 568       }
 569    }
 570
 571    if( sscanf( strImPos.c_str(), "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos) != 3 )
 572    {
 573       return 0.;
 574    }
 575
 576    return yImPos;
 577 }
 578
 579 /**
 580  * \brief gets the info from 0020,0032 : Image Position Patient
 581  *                 else from 0020,0030 : Image Position (RET)
 582  *                 else from 0020,1041 : Slice Location
 583  *                 else from 0020,0050 : Location
 584  *                 else 0.
 585  * @return up-left image corner Z position
 586  */
 587 float Header::GetZOrigin()
 588 {
 589    float xImPos, yImPos, zImPos;
 590    std::string strImPos = GetEntryByNumber(0x0020,0x0032);
 591
 592    if ( strImPos != GDCM_UNFOUND )
 593    {
 594       if( sscanf( strImPos.c_str(), "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos) != 3)
 595       {
 596          dbg.Verbose(0, "Header::GetZImagePosition: wrong Image "
 597                         "Position Patient (0020,0032)");
 598          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x0032
 599       }
 600       else
 601       {
 602          return zImPos;
 603       }
 604    }
 605
 606    strImPos = GetEntryByNumber(0x0020,0x0030); // For ACR-NEMA images
 607    if ( strImPos != GDCM_UNFOUND )
 608    {
 609       if( sscanf( strImPos.c_str(),
 610           "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos ) != 3 )
 611       {
 612          dbg.Verbose(0, "Header::GetZImagePosition: wrong Image Position (RET) (0020,0030)");
 613          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x0032
 614       }
 615       else
 616       {
 617          return zImPos;
 618       }
 619    }
 620
 621    std::string strSliceLocation = GetEntryByNumber(0x0020,0x1041); // for *very* old ACR-NEMA images
 622    if ( strSliceLocation != GDCM_UNFOUND )
 623    {
 624       if( sscanf( strSliceLocation.c_str(), "%f", &zImPos) != 1)
 625       {
 626          dbg.Verbose(0, "Header::GetZImagePosition: wrong Slice Location (0020,1041)");
 627          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x1041
 628       }
 629       else
 630       {
 631          return zImPos;
 632       }
 633    }
 634    dbg.Verbose(0, "Header::GetZImagePosition: unfound Slice Location (0020,1041)");
 635
 636    std::string strLocation = GetEntryByNumber(0x0020,0x0050);
 637    if ( strLocation != GDCM_UNFOUND )
 638    {
 639       if( sscanf( strLocation.c_str(), "%f", &zImPos) != 1)
 640       {
 641          dbg.Verbose(0, "Header::GetZImagePosition: wrong Location (0020,0050)");
 642          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x0050
 643       }
 644       else
 645       {
 646          return zImPos;
 647       }
 648    }
 649    dbg.Verbose(0, "Header::GetYImagePosition: unfound Location (0020,0050)");
 650
 651    return 0.; // Hopeless
 652 }
 653
 654 /**
 655  * \brief gets the info from 0020,0013 : Image Number else 0.
 656  * @return image number
 657  */
 658 int Header::GetImageNumber()
 659 {
 660    // The function i atoi() takes the address of an area of memory as
 661    // parameter and converts the string stored at that location to an integer
 662    // using the external decimal to internal binary conversion rules. This may
 663    // be preferable to sscanf() since atoi() is a much smaller, simpler and
 664    // faster function. sscanf() can do all possible conversions whereas
 665    // atoi() can only do single decimal integer conversions.
 666    //0020 0013 IS REL Image Number
 667    std::string strImNumber = GetEntryByNumber(0x0020,0x0013);
 668    if ( strImNumber != GDCM_UNFOUND )
 669    {
 670       return atoi( strImNumber.c_str() );
 671    }
 672    return 0;   //Hopeless
 673 }
 674
 675 /**
 676  * \brief gets the info from 0008,0060 : Modality
 677  * @return Modality Type
 678  */
 679 ModalityType Header::GetModality()
 680 {
 681    // 0008 0060 CS ID Modality
 682    std::string strModality = GetEntryByNumber(0x0008,0x0060);
 683    if ( strModality != GDCM_UNFOUND )
 684    {
 685            if ( strModality.find("AU") < strModality.length()) return AU;
 686       else if ( strModality.find("AS") < strModality.length()) return AS;
 687       else if ( strModality.find("BI") < strModality.length()) return BI;
 688       else if ( strModality.find("CF") < strModality.length()) return CF;
 689       else if ( strModality.find("CP") < strModality.length()) return CP;
 690       else if ( strModality.find("CR") < strModality.length()) return CR;
 691       else if ( strModality.find("CT") < strModality.length()) return CT;
 692       else if ( strModality.find("CS") < strModality.length()) return CS;
 693       else if ( strModality.find("DD") < strModality.length()) return DD;
 694       else if ( strModality.find("DF") < strModality.length()) return DF;
 695       else if ( strModality.find("DG") < strModality.length()) return DG;
 696       else if ( strModality.find("DM") < strModality.length()) return DM;
 697       else if ( strModality.find("DS") < strModality.length()) return DS;
 698       else if ( strModality.find("DX") < strModality.length()) return DX;
 699       else if ( strModality.find("ECG") < strModality.length()) return ECG;
 700       else if ( strModality.find("EPS") < strModality.length()) return EPS;
 701       else if ( strModality.find("FA") < strModality.length()) return FA;
 702       else if ( strModality.find("FS") < strModality.length()) return FS;
 703       else if ( strModality.find("HC") < strModality.length()) return HC;
 704       else if ( strModality.find("HD") < strModality.length()) return HD;
 705       else if ( strModality.find("LP") < strModality.length()) return LP;
 706       else if ( strModality.find("LS") < strModality.length()) return LS;
 707       else if ( strModality.find("MA") < strModality.length()) return MA;
 708       else if ( strModality.find("MR") < strModality.length()) return MR;
 709       else if ( strModality.find("NM") < strModality.length()) return NM;
 710       else if ( strModality.find("OT") < strModality.length()) return OT;
 711       else if ( strModality.find("PT") < strModality.length()) return PT;
 712       else if ( strModality.find("RF") < strModality.length()) return RF;
 713       else if ( strModality.find("RG") < strModality.length()) return RG;
 714       else if ( strModality.find("RTDOSE")   < strModality.length()) return RTDOSE;
 715       else if ( strModality.find("RTIMAGE")  < strModality.length()) return RTIMAGE;
 716       else if ( strModality.find("RTPLAN")   < strModality.length()) return RTPLAN;
 717       else if ( strModality.find("RTSTRUCT") < strModality.length()) return RTSTRUCT;
 718       else if ( strModality.find("SM") < strModality.length()) return SM;
 719       else if ( strModality.find("ST") < strModality.length()) return ST;
 720       else if ( strModality.find("TG") < strModality.length()) return TG;
 721       else if ( strModality.find("US") < strModality.length()) return US;
 722       else if ( strModality.find("VF") < strModality.length()) return VF;
 723       else if ( strModality.find("XA") < strModality.length()) return XA;
 724       else if ( strModality.find("XC") < strModality.length()) return XC;
 725
 726       else
 727       {
 728          /// \todo throw error return value ???
 729          /// specified <> unknow in our database
 730          return Unknow;
 731       }
 732    }
 733
 734    return Unknow;
 735 }
 736
 737 /**
 738  * \brief   Retrieve the number of Bits Stored (actually used)
 739  *          (as opposite to number of Bits Allocated)
 740  * @return  The encountered number of Bits Stored, 0 by default.
 741  *          0 means the file is NOT USABLE. The caller has to check it !
 742  */
 743 int Header::GetBitsStored()
 744 {
 745    std::string strSize = GetEntryByNumber( 0x0028, 0x0101 );
 746    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 747    {
 748       dbg.Verbose(0, "Header::GetBitsStored: this is supposed to "
 749                      "be mandatory");
 750       return 0;  // It's supposed to be mandatory
 751                  // the caller will have to check
 752    }
 753    return atoi( strSize.c_str() );
 754 }
 755
 756 /**
 757  * \brief   Retrieve the high bit position.
 758  * \warning The method defaults to 0 when information is absent.
 759  *          The responsability of checking this value is left to the caller.
 760  * @return  The high bit positin when present. 0 when absent.
 761  */
 762 int Header::GetHighBitPosition()
 763 {
 764    std::string strSize = GetEntryByNumber( 0x0028, 0x0102 );
 765    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 766    {
 767       dbg.Verbose(0, "Header::GetHighBitPosition: this is supposed "
 768                      "to be mandatory");
 769       return 0;
 770    }
 771    return atoi( strSize.c_str() );
 772 }
 773
 774 /**
 775  * \brief   Check wether the pixels are signed or UNsigned data.
 776  * \warning The method defaults to false (UNsigned) when information is absent.
 777  *          The responsability of checking this value is left to the caller.
 778  * @return  True when signed, false when UNsigned
 779  */
 780 bool Header::IsSignedPixelData()
 781 {
 782    std::string strSize = GetEntryByNumber( 0x0028, 0x0103 );
 783    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 784    {
 785       dbg.Verbose(0, "Header::IsSignedPixelData: this is supposed "
 786                      "to be mandatory");
 787       return false;
 788    }
 789    int sign = atoi( strSize.c_str() );
 790    if ( sign == 0 )
 791    {
 792       return false;
 793    }
 794    return true;
 795 }
 796
 797 /**
 798  * \brief   Retrieve the number of Bits Allocated
 799  *          (8, 12 -compacted ACR-NEMA files, 16, ...)
 800  * @return  The encountered number of Bits Allocated, 0 by default.
 801  *          0 means the file is NOT USABLE. The caller has to check it !
 802  */
 803 int Header::GetBitsAllocated()
 804 {
 805    std::string strSize = GetEntryByNumber(0x0028,0x0100);
 806    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 807    {
 808       dbg.Verbose(0, "Header::GetBitsStored: this is supposed to "
 809                      "be mandatory");
 810       return 0; // It's supposed to be mandatory
 811                 // the caller will have to check
 812    }
 813    return atoi( strSize.c_str() );
 814 }
 815
 816 /**
 817  * \brief   Retrieve the number of Samples Per Pixel
 818  *          (1 : gray level, 3 : RGB -1 or 3 Planes-)
 819  * @return  The encountered number of Samples Per Pixel, 1 by default.
 820  *          (Gray level Pixels)
 821  */
 822 int Header::GetSamplesPerPixel()
 823 {
 824    std::string strSize = GetEntryByNumber(0x0028,0x0002);
 825    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 826    {
 827       dbg.Verbose(0, "Header::GetBitsStored: this is supposed to "
 828                      "be mandatory");
 829       return 1; // Well, it's supposed to be mandatory ...
 830                 // but sometimes it's missing : *we* assume Gray pixels
 831    }
 832    return atoi( strSize.c_str() );
 833 }
 834
 835 /**
 836  * \brief   Check wether this a monochrome picture or not by accessing
 837  *          the "Photometric Interpretation" tag ( 0x0028, 0x0004 ).
 838  * @return  true when "MONOCHROME1" or "MONOCHROME2". False otherwise.
 839  */
 840 bool Header::IsMonochrome()
 841 {
 842    std::string PhotometricInterp = GetEntryByNumber( 0x0028, 0x0004 );
 843    if (   PhotometricInterp == "MONOCHROME1 "
 844        || PhotometricInterp == "MONOCHROME2 " )
 845    {
 846       return true;
 847    }
 848    if ( PhotometricInterp == GDCM_UNFOUND )
 849    {
 850       dbg.Verbose(0, "Header::IsMonochrome: absent Photometric "
 851                      "Interpretation");
 852    }
 853    return false;
 854 }
 855
 856 /**
 857  * \brief   Check wether this a "PALETTE COLOR" picture or not by accessing
 858  *          the "Photometric Interpretation" tag ( 0x0028, 0x0004 ).
 859  * @return  true when "PALETTE COLOR". False otherwise.
 860  */
 861 bool Header::IsPaletteColor()
 862 {
 863    std::string PhotometricInterp = GetEntryByNumber( 0x0028, 0x0004 );
 864    if (   PhotometricInterp == "PALETTE COLOR " )
 865    {
 866       return true;
 867    }
 868    if ( PhotometricInterp == GDCM_UNFOUND )
 869    {
 870       dbg.Verbose(0, "Header::IsPaletteColor: absent Photometric "
 871                      "Interpretation");
 872    }
 873    return false;
 874 }
 875
 876 /**
 877  * \brief   Check wether this a "YBR_FULL" color picture or not by accessing
 878  *          the "Photometric Interpretation" tag ( 0x0028, 0x0004 ).
 879  * @return  true when "YBR_FULL". False otherwise.
 880  */
 881 bool Header::IsYBRFull()
 882 {
 883    std::string PhotometricInterp = GetEntryByNumber( 0x0028, 0x0004 );
 884    if (   PhotometricInterp == "YBR_FULL" )
 885    {
 886       return true;
 887    }
 888    if ( PhotometricInterp == GDCM_UNFOUND )
 889    {
 890       dbg.Verbose(0, "Header::IsYBRFull: absent Photometric "
 891                      "Interpretation");
 892    }
 893    return false;
 894 }
 895
 896 /**
 897  * \brief   Retrieve the Planar Configuration for RGB images
 898  *          (0 : RGB Pixels , 1 : R Plane + G Plane + B Plane)
 899  * @return  The encountered Planar Configuration, 0 by default.
 900  */
 901 int Header::GetPlanarConfiguration()
 902 {
 903    std::string strSize = GetEntryByNumber(0x0028,0x0006);
 904    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 905    {
 906       return 0;
 907    }
 908    return atoi( strSize.c_str() );
 909 }
 910
 911 /**
 912  * \brief   Return the size (in bytes) of a single pixel of data.
 913  * @return  The size in bytes of a single pixel of data; 0 by default
 914  *          0 means the file is NOT USABLE; the caller will have to check
 915  */
 916 int Header::GetPixelSize()
 917 {
 918    // 0028 0100 US IMG Bits Allocated
 919    // (in order no to be messed up by old RGB images)
 920    //   if (Header::GetEntryByNumber(0x0028,0x0100) == "24")
 921    //      return 3;
 922
 923    std::string pixelType = GetPixelType();
 924    if ( pixelType ==  "8U" || pixelType == "8S" )
 925    {
 926       return 1;
 927    }
 928    if ( pixelType == "16U" || pixelType == "16S")
 929    {
 930       return 2;
 931    }
 932    if ( pixelType == "32U" || pixelType == "32S")
 933    {
 934       return 4;
 935    }
 936    if ( pixelType == "FD" )
 937    {
 938       return 8;
 939    }
 940    dbg.Verbose(0, "Header::GetPixelSize: Unknown pixel type");
 941    return 0;
 942 }
 943
 944 /**
 945  * \brief   Build the Pixel Type of the image.
 946  *          Possible values are:
 947  *          - 8U  unsigned  8 bit,
 948  *          - 8S    signed  8 bit,
 949  *          - 16U unsigned 16 bit,
 950  *          - 16S   signed 16 bit,
 951  *          - 32U unsigned 32 bit,
 952  *          - 32S   signed 32 bit,
 953  *          - FD floating double 64 bits (Not kosher DICOM, but so usefull!)
 954  * \warning 12 bit images appear as 16 bit.
 955  *          24 bit images appear as 8 bit
 956  * @return  0S if nothing found. NOT USABLE file. The caller has to check
 957  */
 958 std::string Header::GetPixelType()
 959 {
 960    std::string bitsAlloc = GetEntryByNumber(0x0028, 0x0100); // Bits Allocated
 961    if ( bitsAlloc == GDCM_UNFOUND )
 962    {
 963       dbg.Verbose(0, "Header::GetPixelType: unfound Bits Allocated");
 964       bitsAlloc = "16";
 965    }
 966
 967    if ( bitsAlloc == "64" )
 968    {
 969       return "FD";
 970    }
 971    if ( bitsAlloc == "12" )
 972    {
 973       // It will be unpacked
 974       bitsAlloc = "16";
 975    }
 976    else if ( bitsAlloc == "24" )
 977    {
 978       // (in order no to be messed up
 979       bitsAlloc = "8";  // by old RGB images)
 980    }
 981
 982    std::string sign = GetEntryByNumber(0x0028, 0x0103);//"Pixel Representation"
 983
 984    if (sign == GDCM_UNFOUND )
 985    {
 986       dbg.Verbose(0, "Header::GetPixelType: unfound Pixel Representation");
 987       bitsAlloc = "0";
 988    }
 989    if ( sign == "0" )
 990    {
 991       sign = "U";
 992    }
 993    else
 994    {
 995       sign = "S";
 996    }
 997    return bitsAlloc + sign;
 998 }
 999
1000
1001 /**
1002  * \brief   Recover the offset (from the beginning of the file)
1003  *          of *image* pixels (not *icone image* pixels, if any !)
1004  * @return Pixel Offset
1005  */
1006 size_t Header::GetPixelOffset()
1007 {
1008    DocEntry* pxlElement = GetDocEntryByNumber(GrPixel,NumPixel);
1009    if ( pxlElement )
1010    {
1011       return pxlElement->GetOffset();
1012    }
1013    else
1014    {
1015 #ifdef GDCM_DEBUG
1016       std::cout << "Big trouble : Pixel Element ("
1017                 << std::hex << GrPixel<<","<< NumPixel<< ") NOT found"
1018                 << std::endl;
1019 #endif //GDCM_DEBUG
1020       return 0;
1021    }
1022 }
1023
1024 /// \todo TODO : unify those two (previous one and next one)
1025 /**
1026  * \brief   Recover the pixel area length (in Bytes)
1027  * @return Pixel Element Length, as stored in the header
1028  *         (NOT the memory space necessary to hold the Pixels
1029  *          -in case of embeded compressed image-)
1030  *         0 : NOT USABLE file. The caller has to check.
1031  */
1032 size_t Header::GetPixelAreaLength()
1033 {
1034    DocEntry* pxlElement = GetDocEntryByNumber(GrPixel,NumPixel);
1035    if ( pxlElement )
1036    {
1037       return pxlElement->GetLength();
1038    }
1039    else
1040    {
1041 #ifdef GDCM_DEBUG
1042       std::cout << "Big trouble : Pixel Element ("
1043                 << std::hex << GrPixel<<","<< NumPixel<< ") NOT found"
1044                 << std::endl;
1045 #endif //GDCM_DEBUG
1046       return 0;
1047    }
1048 }
1049
1050 /**
1051   * \brief tells us if LUT are used
1052   * \warning Right now, 'Segmented xxx Palette Color Lookup Table Data'
1053   *          are NOT considered as LUT, since nobody knows
1054   *          how to deal with them
1055   *          Please warn me if you know sbdy that *does* know ... jprx
1056   * @return true if LUT Descriptors and LUT Tables were found
1057   */
1058 bool Header::HasLUT()
1059 {
1060    // Check the presence of the LUT Descriptors, and LUT Tables
1061    // LutDescriptorRed
1062    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1101) )
1063    {
1064       return false;
1065    }
1066    // LutDescriptorGreen
1067    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1102) )
1068    {
1069       return false;
1070    }
1071    // LutDescriptorBlue
1072    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1103) )
1073    {
1074       return false;
1075    }
1076    // Red Palette Color Lookup Table Data
1077    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1201) )
1078    {
1079       return false;
1080    }
1081    // Green Palette Color Lookup Table Data
1082    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1202) )
1083    {
1084       return false;
1085    }
1086    // Blue Palette Color Lookup Table Data
1087    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1203) )
1088    {
1089       return false;
1090    }
1091
1092    // FIXME : (0x0028,0x3006) : LUT Data (CTX dependent)
1093    //         NOT taken into account, but we don't know how to use it ...
1094    return true;
1095 }
1096
1097 /**
1098   * \brief gets the info from 0028,1101 : Lookup Table Desc-Red
1099   *             else 0
1100   * @return Lookup Table number of Bits , 0 by default
1101   *          when (0028,0004),Photometric Interpretation = [PALETTE COLOR ]
1102   * @ return bit number of each LUT item
1103   */
1104 int Header::GetLUTNbits()
1105 {
1106    std::vector<std::string> tokens;
1107    int lutNbits;
1108
1109    //Just hope Lookup Table Desc-Red = Lookup Table Desc-Red
1110    //                                = Lookup Table Desc-Blue
1111    // Consistency already checked in GetLUTLength
1112    std::string lutDescription = GetEntryByNumber(0x0028,0x1101);
1113    if ( lutDescription == GDCM_UNFOUND )
1114    {
1115       return 0;
1116    }
1117
1118    tokens.clear(); // clean any previous value
1119    Util::Tokenize ( lutDescription, tokens, "\\" );
1120    //LutLength=atoi(tokens[0].c_str());
1121    //LutDepth=atoi(tokens[1].c_str());
1122
1123    lutNbits = atoi( tokens[2].c_str() );
1124    tokens.clear();
1125
1126    return lutNbits;
1127 }
1128
1129 /**
1130  * \brief Accesses the info from 0002,0010 : Transfert Syntax and TS
1131  *        else 1.
1132  * @return The full Transfert Syntax Name (as opposed to Transfert Syntax UID)
1133  */
1134 std::string Header::GetTransfertSyntaxName()
1135 {
1136    // use the TS (TS : Transfert Syntax)
1137    std::string transfertSyntax = GetEntryByNumber(0x0002,0x0010);
1138
1139    if ( transfertSyntax == GDCM_NOTLOADED )
1140    {
1141       std::cout << "Transfert Syntax not loaded. " << std::endl
1142                << "Better you increase MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE"
1143                << std::endl;
1144       return "Uncompressed ACR-NEMA";
1145    }
1146    if ( transfertSyntax == GDCM_UNFOUND )
1147    {
1148       dbg.Verbose(0, "Header::GetTransfertSyntaxName:"
1149                      " unfound Transfert Syntax (0002,0010)");
1150       return "Uncompressed ACR-NEMA";
1151    }
1152
1153    while ( ! isdigit(transfertSyntax[transfertSyntax.length()-1]) )
1154    {
1155       transfertSyntax.erase(transfertSyntax.length()-1, 1);
1156    }
1157    // we do it only when we need it
1158    TS* ts         = Global::GetTS();
1159    std::string tsName = ts->GetValue( transfertSyntax );
1160
1161    //delete ts; /// \todo Seg Fault when deleted ?!
1162    return tsName;
1163 }
1164
1165 /**
1166  * \brief Sets the Pixel Area size in the Header
1167  *        --> not-for-rats function
1168  * @param ImageDataSize new Pixel Area Size
1169  *        warning : nothing else is checked
1170  */
1171 void Header::SetImageDataSize(size_t ImageDataSize)
1172 {
1173    ///FIXME I don't understand this code wh ydo we set two times 'car' ?
1174    std::string car = Util::Format("%d", ImageDataSize);
1175
1176    DocEntry *a = GetDocEntryByNumber(GrPixel, NumPixel);
1177    a->SetLength(ImageDataSize);
1178
1179    ImageDataSize += 8;
1180    car = Util::Format("%d", ImageDataSize);
1181
1182    SetEntryByNumber(car, GrPixel, NumPixel);
1183 }
1184
1185 //-----------------------------------------------------------------------------
1186 // Protected
1187
1188 /**
1189  * \brief anonymize a Header (removes Patient's personal info)
1190  *        (read the code to see which ones ...)
1191  */
1192 bool Header::AnonymizeHeader()
1193 {
1194    // If exist, replace by spaces
1195    SetEntryByNumber ("  ",0x0010, 0x2154); // Telephone
1196    SetEntryByNumber ("  ",0x0010, 0x1040); // Adress
1197    SetEntryByNumber ("  ",0x0010, 0x0020); // Patient ID
1198
1199    DocEntry* patientNameHE = GetDocEntryByNumber (0x0010, 0x0010);
1200
1201    if ( patientNameHE ) // we replace it by Study Instance UID (why not)
1202    {
1203       std::string studyInstanceUID =  GetEntryByNumber (0x0020, 0x000d);
1204       if ( studyInstanceUID != GDCM_UNFOUND )
1205       {
1206          ReplaceOrCreateByNumber(studyInstanceUID, 0x0010, 0x0010);
1207       }
1208       else
1209       {
1210          ReplaceOrCreateByNumber(std::string("anonymised"), 0x0010, 0x0010);
1211       }
1212    }
1213
1214   // Just for fun :-(
1215   // (if any) remove or replace all the stuff that contains a Date
1216
1217 //0008 0012 DA ID Instance Creation Date
1218 //0008 0020 DA ID Study Date
1219 //0008 0021 DA ID Series Date
1220 //0008 0022 DA ID Acquisition Date
1221 //0008 0023 DA ID Content Date
1222 //0008 0024 DA ID Overlay Date
1223 //0008 0025 DA ID Curve Date
1224 //0008 002a DT ID Acquisition Datetime
1225 //0018 9074 DT ACQ Frame Acquisition Datetime
1226 //0018 9151 DT ACQ Frame Reference Datetime
1227 //0018 a002 DT ACQ Contribution Date Time
1228 //0020 3403 SH REL Modified Image Date (RET)
1229 //0032 0032 DA SDY Study Verified Date
1230 //0032 0034 DA SDY Study Read Date
1231 //0032 1000 DA SDY Scheduled Study Start Date
1232 //0032 1010 DA SDY Scheduled Study Stop Date
1233 //0032 1040 DA SDY Study Arrival Date
1234 //0032 1050 DA SDY Study Completion Date
1235 //0038 001a DA VIS Scheduled Admission Date
1236 //0038 001c DA VIS Scheduled Discharge Date
1237 //0038 0020 DA VIS Admitting Date
1238 //0038 0030 DA VIS Discharge Date
1239 //0040 0002 DA PRC Scheduled Procedure Step Start Date
1240 //0040 0004 DA PRC Scheduled Procedure Step End Date
1241 //0040 0244 DA PRC Performed Procedure Step Start Date
1242 //0040 0250 DA PRC Performed Procedure Step End Date
1243 //0040 2004 DA PRC Issue Date of Imaging Service Request
1244 //0040 4005 DT PRC Scheduled Procedure Step Start Date and Time
1245 //0040 4011 DT PRC Expected Completion Date and Time
1246 //0040 a030 DT PRC Verification Date Time
1247 //0040 a032 DT PRC Observation Date Time
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1266    return true;
1267 }
1268
1269 /**
1270   * \brief gets the info from 0020,0037 : Image Orientation Patient
1271   * @param iop adress of the (6)float aray to receive values
1272   * @return cosines of image orientation patient
1273   */
1274 void Header::GetImageOrientationPatient( float iop[6] )
1275 {
1276    std::string strImOriPat;
1277    //iop is supposed to be float[6]
1278    iop[0] = iop[1] = iop[2] = iop[3] = iop[4] = iop[5] = 0.;
1279
1280    // 0020 0037 DS REL Image Orientation (Patient)
1281    if ( (strImOriPat = GetEntryByNumber(0x0020,0x0037)) != GDCM_UNFOUND )
1282    {
1283       if( sscanf( strImOriPat.c_str(), "%f\\%f\\%f\\%f\\%f\\%f",
1284           &iop[0], &iop[1], &iop[2], &iop[3], &iop[4], &iop[5]) != 6 )
1285       {
1286          dbg.Verbose(0, "Header::GetImageOrientationPatient: "
1287                         "wrong Image Orientation Patient (0020,0037)");
1288       }
1289    }
1290    //For ACR-NEMA
1291    // 0020 0035 DS REL Image Orientation (RET)
1292    else if ( (strImOriPat = GetEntryByNumber(0x0020,0x0035)) != GDCM_UNFOUND )
1293    {
1294       if( sscanf( strImOriPat.c_str(), "%f\\%f\\%f\\%f\\%f\\%f",
1295           &iop[0], &iop[1], &iop[2], &iop[3], &iop[4], &iop[5]) != 6 )
1296       {
1297          dbg.Verbose(0, "Header::GetImageOrientationPatient: "
1298                         "wrong Image Orientation Patient (0020,0035)");
1299       }
1300    }
1301 }
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1303 //-----------------------------------------------------------------------------
1304 // Private
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1308 } // end namespace gdcm