src/gdcmHeader.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: gdcmHeader.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/01/05 16:30:50 $
   7   Version:   $Revision: 1.219 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #include "gdcmHeader.h"
  20 #include "gdcmGlobal.h"
  21 #include "gdcmUtil.h"
  22 #include "gdcmDebug.h"
  23 #include "gdcmTS.h"
  24 #include "gdcmValEntry.h"
  25 #include <stdio.h> //sscanf
  26
  27 #include <vector>
  28
  29 namespace gdcm
  30 {
  31 //-----------------------------------------------------------------------------
  32 // Constructor / Destructor
  33 /**
  34  * \brief  Constructor
  35  * @param  filename name of the file whose header we want to analyze
  36  */
  37 Header::Header( std::string const & filename ):
  38             Document( filename )
  39 {
  40    // for some ACR-NEMA images GrPixel, NumPixel is *not* 7fe0,0010
  41    // We may encounter the 'RETired' (0x0028, 0x0200) tag
  42    // (Image Location") . This Element contains the number of
  43    // the group that contains the pixel data (hence the "Pixel Data"
  44    // is found by indirection through the "Image Location").
  45    // Inside the group pointed by "Image Location" the searched element
  46    // is conventionally the element 0x0010 (when the norm is respected).
  47    // When the "Image Location" is absent we default to group 0x7fe0.
  48    // Note: this IS the right place for the code
  49
  50    // Image Location
  51    const std::string &imgLocation = GetEntryByNumber(0x0028, 0x0200);
  52    if ( imgLocation == GDCM_UNFOUND )
  53    {
  54       // default value
  55       GrPixel = 0x7fe0;
  56    }
  57    else
  58    {
  59       GrPixel = (uint16_t) atoi( imgLocation.c_str() );
  60    }
  61
  62    // sometimes Image Location value doesn't follow
  63    // the supposed processor endianity.
  64    // see gdcmData/cr172241.dcm
  65    if ( GrPixel == 0xe07f )
  66    {
  67       GrPixel = 0x7fe0;
  68    }
  69
  70    if ( GrPixel != 0x7fe0 )
  71    {
  72       // This is a kludge for old dirty Philips imager.
  73       NumPixel = 0x1010;
  74    }
  75    else
  76    {
  77       NumPixel = 0x0010;
  78    }
  79
  80    // Now, we know GrPixel and NumPixel.
  81    // Let's create a VirtualDictEntry to allow a further VR modification
  82    // and force VR to match with BitsAllocated.
  83
  84    DocEntry* entry = GetDocEntryByNumber(GrPixel, NumPixel);
  85    if ( entry != 0 )
  86    {
  87
  88       std::string PixelVR;
  89       // 8 bits allocated is a 'O Bytes' , as well as 24 (old ACR-NEMA RGB)
  90       // more than 8 (i.e 12, 16) is a 'O Words'
  91       if ( GetBitsAllocated() == 8 || GetBitsAllocated() == 24 )
  92          PixelVR = "OB";
  93       else
  94          PixelVR = "OW";
  95
  96       DictEntry* newEntry = NewVirtualDictEntry(
  97                              GrPixel, NumPixel,
  98                              PixelVR, "PXL", "Pixel Data");
  99
 100       entry->SetDictEntry( newEntry );
 101    }
 102
 103 }
 104
 105 /**
 106  * \brief Constructor used when we want to generate dicom files from scratch
 107  */
 108 Header::Header()
 109            :Document()
 110 {
 111    InitializeDefaultHeader();
 112 }
 113
 114 /**
 115  * \brief   Canonical destructor.
 116  */
 117 Header::~Header ()
 118 {
 119 }
 120
 121 /**
 122  * \brief Performs some consistency checking on various 'File related'
 123  *       (as opposed to 'DicomDir related') entries
 124  *       then writes in a file all the (Dicom Elements) included the Pixels
 125  * @param fp file pointer on an already open file
 126  * @param filetype Type of the File to be written
 127  *          (ACR-NEMA, ExplicitVR, ImplicitVR)
 128  */
 129 bool Header::Write(std::string fileName, FileType filetype)
 130 {
 131    std::ofstream* fp = new std::ofstream(fileName.c_str(),
 132                                          std::ios::out | std::ios::binary);
 133    if (*fp == NULL)
 134    {
 135       dbg.Verbose(2, "Failed to open (write) File: " , fileName.c_str());
 136       return false;
 137    }
 138
 139    // Bits Allocated
 140    if ( GetEntryByNumber(0x0028,0x0100) ==  "12")
 141    {
 142       SetEntryByNumber("16", 0x0028,0x0100);
 143    }
 144
 145   /// \todo correct 'Pixel group' Length if necessary
 146
 147    int i_lgPix = GetEntryLengthByNumber(GrPixel, NumPixel);
 148    if (i_lgPix != -2)
 149    {
 150       // no (GrPixel, NumPixel) element
 151       std::string s_lgPix = Util::Format("%d", i_lgPix+12);
 152       s_lgPix = Util::DicomString( s_lgPix.c_str() );
 153       ReplaceOrCreateByNumber(s_lgPix,GrPixel, 0x0000);
 154    }
 155
 156    // FIXME : should be nice if we could move it to File
 157    //         (or in future gdcmPixelData class)
 158
 159    // Drop Palette Color, if necessary
 160
 161    if ( GetEntryByNumber(0x0028,0x0002).c_str()[0] == '3' )
 162    {
 163       // if SamplesPerPixel = 3, sure we don't need any LUT !
 164       // Drop 0028|1101, 0028|1102, 0028|1103
 165       // Drop 0028|1201, 0028|1202, 0028|1203
 166
 167       DocEntry* e = GetDocEntryByNumber(0x0028,0x01101);
 168       if (e)
 169       {
 170          RemoveEntryNoDestroy(e);
 171       }
 172       e = GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1102);
 173       if (e)
 174       {
 175          RemoveEntryNoDestroy(e);
 176       }
 177       e = GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1103);
 178       if (e)
 179       {
 180          RemoveEntryNoDestroy(e);
 181       }
 182       e = GetDocEntryByNumber(0x0028,0x01201);
 183       if (e)
 184       {
 185          RemoveEntryNoDestroy(e);
 186       }
 187       e = GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1202);
 188       if (e)
 189       {
 190          RemoveEntryNoDestroy(e);
 191       }
 192       e = GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1203);
 193       if (e)
 194       {
 195           RemoveEntryNoDestroy(e);
 196       }
 197    }
 198    Document::WriteContent(fp,filetype);
 199
 200    fp->close();
 201    delete fp;
 202
 203    return true;
 204 }
 205
 206 //-----------------------------------------------------------------------------
 207 // Print
 208
 209
 210 //-----------------------------------------------------------------------------
 211 // Public
 212
 213 /**
 214  * \brief  This predicate, based on hopefully reasonable heuristics,
 215  *         decides whether or not the current Header was properly parsed
 216  *         and contains the mandatory information for being considered as
 217  *         a well formed and usable Dicom/Acr File.
 218  * @return true when Header is the one of a reasonable Dicom/Acr file,
 219  *         false otherwise.
 220  */
 221 bool Header::IsReadable()
 222 {
 223    if( !Document::IsReadable() )
 224    {
 225       return false;
 226    }
 227
 228    const std::string &res = GetEntryByNumber(0x0028, 0x0005);
 229    if ( res != GDCM_UNFOUND && atoi(res.c_str()) > 4 )
 230    {
 231       return false; // Image Dimensions
 232    }
 233    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028, 0x0100) )
 234    {
 235       return false; // "Bits Allocated"
 236    }
 237    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028, 0x0101) )
 238    {
 239       return false; // "Bits Stored"
 240    }
 241    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028, 0x0102) )
 242    {
 243       return false; // "High Bit"
 244    }
 245    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028, 0x0103) )
 246    {
 247       return false; // "Pixel Representation" i.e. 'Sign'
 248    }
 249
 250    return true;
 251 }
 252
 253 /**
 254  * \brief   Retrieve the number of columns of image.
 255  * @return  The encountered size when found, 0 by default.
 256  *          0 means the file is NOT USABLE. The caller will have to check
 257  */
 258 int Header::GetXSize()
 259 {
 260    const std::string &strSize = GetEntryByNumber(0x0028,0x0011);
 261    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 262    {
 263       return 0;
 264    }
 265
 266    return atoi( strSize.c_str() );
 267 }
 268
 269 /**
 270  * \brief   Retrieve the number of lines of image.
 271  * \warning The defaulted value is 1 as opposed to Header::GetXSize()
 272  * @return  The encountered size when found, 1 by default
 273  *          (The ACR-NEMA file contains a Signal, not an Image).
 274  */
 275 int Header::GetYSize()
 276 {
 277    const std::string &strSize = GetEntryByNumber(0x0028,0x0010);
 278    if ( strSize != GDCM_UNFOUND )
 279    {
 280       return atoi( strSize.c_str() );
 281    }
 282    if ( IsDicomV3() )
 283    {
 284       return 0;
 285    }
 286
 287    // The Rows (0028,0010) entry was optional for ACR/NEMA. It might
 288    // hence be a signal (1D image). So we default to 1:
 289    return 1;
 290 }
 291
 292 /**
 293  * \brief   Retrieve the number of planes of volume or the number
 294  *          of frames of a multiframe.
 295  * \warning When present we consider the "Number of Frames" as the third
 296  *          dimension. When absent we consider the third dimension as
 297  *          being the ACR-NEMA "Planes" tag content.
 298  * @return  The encountered size when found, 1 by default (single image).
 299  */
 300 int Header::GetZSize()
 301 {
 302    // Both  DicomV3 and ACR/Nema consider the "Number of Frames"
 303    // as the third dimension.
 304    const std::string &strSize = GetEntryByNumber(0x0028,0x0008);
 305    if ( strSize != GDCM_UNFOUND )
 306    {
 307       return atoi( strSize.c_str() );
 308    }
 309
 310    // We then consider the "Planes" entry as the third dimension
 311    const std::string &strSize2 = GetEntryByNumber(0x0028,0x0012);
 312    if ( strSize2 != GDCM_UNFOUND )
 313    {
 314       return atoi( strSize2.c_str() );
 315    }
 316
 317    return 1;
 318 }
 319
 320 /**
 321   * \brief gets the info from 0028,0030 : Pixel Spacing
 322   *             else 1.0
 323   * @return X dimension of a pixel
 324   */
 325 float Header::GetXSpacing()
 326 {
 327    float xspacing, yspacing;
 328    const std::string &strSpacing = GetEntryByNumber(0x0028,0x0030);
 329
 330    if ( strSpacing == GDCM_UNFOUND )
 331    {
 332       dbg.Verbose(0, "Header::GetXSpacing: unfound Pixel Spacing (0028,0030)");
 333       return 1.;
 334    }
 335
 336    int nbValues;
 337    if( ( nbValues = sscanf( strSpacing.c_str(),
 338          "%f\\%f", &yspacing, &xspacing)) != 2 )
 339    {
 340       // if single value is found, xspacing is defaulted to yspacing
 341       if ( nbValues == 1 )
 342       {
 343          xspacing = yspacing;
 344       }
 345
 346       if ( xspacing == 0.0 )
 347          xspacing = 1.0;
 348
 349       return xspacing;
 350
 351    }
 352
 353    // to avoid troubles with David Clunie's-like images
 354    if ( xspacing == 0. && yspacing == 0.)
 355       return 1.;
 356
 357    if ( xspacing == 0.)
 358    {
 359       dbg.Verbose(0, "Header::GetXSpacing: gdcmData/CT-MONO2-8-abdo.dcm problem");
 360       // seems to be a bug in the header ...
 361       nbValues = sscanf( strSpacing.c_str(), "%f\\0\\%f", &yspacing, &xspacing);
 362       assert( nbValues == 2 );
 363    }
 364
 365    return xspacing;
 366 }
 367
 368 /**
 369   * \brief gets the info from 0028,0030 : Pixel Spacing
 370   *             else 1.0
 371   * @return Y dimension of a pixel
 372   */
 373 float Header::GetYSpacing()
 374 {
 375    float yspacing = 1.;
 376    std::string strSpacing = GetEntryByNumber(0x0028,0x0030);
 377
 378    if ( strSpacing == GDCM_UNFOUND )
 379    {
 380       dbg.Verbose(0, "Header::GetYSpacing: unfound Pixel Spacing (0028,0030)");
 381       return 1.;
 382     }
 383
 384    // if sscanf cannot read any float value, it won't affect yspacing
 385    sscanf( strSpacing.c_str(), "%f", &yspacing);
 386
 387    if ( yspacing == 0.0 )
 388       yspacing = 1.0;
 389
 390    return yspacing;
 391 }
 392
 393 /**
 394  * \brief gets the info from 0018,0088 : Space Between Slices
 395  *                 else from 0018,0050 : Slice Thickness
 396  *                 else 1.0
 397  * @return Z dimension of a voxel-to be
 398  */
 399 float Header::GetZSpacing()
 400 {
 401    // Spacing Between Slices : distance entre le milieu de chaque coupe
 402    // Les coupes peuvent etre :
 403    //   jointives     (Spacing between Slices = Slice Thickness)
 404    //   chevauchantes (Spacing between Slices < Slice Thickness)
 405    //   disjointes    (Spacing between Slices > Slice Thickness)
 406    // Slice Thickness : epaisseur de tissus sur laquelle est acquis le signal
 407    //   ca interesse le physicien de l'IRM, pas le visualisateur de volumes ...
 408    //   Si le Spacing Between Slices est absent,
 409    //   on suppose que les coupes sont jointives
 410
 411    const std::string &strSpacingBSlices = GetEntryByNumber(0x0018,0x0088);
 412
 413    if ( strSpacingBSlices == GDCM_UNFOUND )
 414    {
 415       dbg.Verbose(0, "Header::GetZSpacing: unfound StrSpacingBSlices");
 416       const std::string &strSliceThickness = GetEntryByNumber(0x0018,0x0050);
 417       if ( strSliceThickness == GDCM_UNFOUND )
 418       {
 419          return 1.;
 420       }
 421       else
 422       {
 423          // if no 'Spacing Between Slices' is found,
 424          // we assume slices join together
 425          // (no overlapping, no interslice gap)
 426          // if they don't, we're fucked up
 427          return (float)atof( strSliceThickness.c_str() );
 428       }
 429    }
 430    //else
 431    return (float)atof( strSpacingBSlices.c_str() );
 432 }
 433
 434 /**
 435  *\brief gets the info from 0028,1052 : Rescale Intercept
 436  * @return Rescale Intercept
 437  */
 438 float Header::GetRescaleIntercept()
 439 {
 440    float resInter = 0.;
 441    /// 0028 1052 DS IMG Rescale Intercept
 442    const std::string &strRescInter = GetEntryByNumber(0x0028,0x1052);
 443    if ( strRescInter != GDCM_UNFOUND )
 444    {
 445       if( sscanf( strRescInter.c_str(), "%f", &resInter) != 1 )
 446       {
 447          // bug in the element 0x0028,0x1052
 448          dbg.Verbose(0, "Header::GetRescaleIntercept: Rescale Slope "
 449                         "is empty");
 450       }
 451    }
 452
 453    return resInter;
 454 }
 455
 456 /**
 457  *\brief   gets the info from 0028,1053 : Rescale Slope
 458  * @return Rescale Slope
 459  */
 460 float Header::GetRescaleSlope()
 461 {
 462    float resSlope = 1.;
 463    //0028 1053 DS IMG Rescale Slope
 464    std::string strRescSlope = GetEntryByNumber(0x0028,0x1053);
 465    if ( strRescSlope != GDCM_UNFOUND )
 466    {
 467       if( sscanf( strRescSlope.c_str(), "%f", &resSlope) != 1)
 468       {
 469          // bug in the element 0x0028,0x1053
 470          dbg.Verbose(0, "Header::GetRescaleSlope: Rescale Slope is empty");
 471       }
 472    }
 473
 474    return resSlope;
 475 }
 476
 477 /**
 478  * \brief This function is intended to user who doesn't want
 479  *   to have to manage a LUT and expects to get an RBG Pixel image
 480  *   (or a monochrome one ...)
 481  * \warning to be used with GetImagePixels()
 482  * @return 1 if Gray level, 3 if Color (RGB, YBR or PALETTE COLOR)
 483  */
 484 int Header::GetNumberOfScalarComponents()
 485 {
 486    if ( GetSamplesPerPixel() == 3 )
 487    {
 488       return 3;
 489    }
 490
 491    // 0028 0100 US IMG Bits Allocated
 492    // (in order no to be messed up by old RGB images)
 493    if ( GetEntryByNumber(0x0028,0x0100) == "24" )
 494    {
 495       return 3;
 496    }
 497
 498    std::string strPhotometricInterpretation = GetEntryByNumber(0x0028,0x0004);
 499
 500    if ( ( strPhotometricInterpretation == "PALETTE COLOR ") )
 501    {
 502       if ( HasLUT() )// PALETTE COLOR is NOT enough
 503       {
 504          return 3;
 505       }
 506       else
 507       {
 508          return 1;
 509       }
 510    }
 511
 512    // beware of trailing space at end of string
 513    // DICOM tags are never of odd length
 514    if ( strPhotometricInterpretation == GDCM_UNFOUND   ||
 515         Util::DicomStringEqual(strPhotometricInterpretation, "MONOCHROME1") ||
 516         Util::DicomStringEqual(strPhotometricInterpretation, "MONOCHROME2") )
 517    {
 518       return 1;
 519    }
 520    else
 521    {
 522       // we assume that *all* kinds of YBR are dealt with
 523       return 3;
 524    }
 525 }
 526
 527 /**
 528  * \brief This function is intended to user that DOESN'T want
 529  *  to get RGB pixels image when it's stored as a PALETTE COLOR image
 530  *   - the (vtk) user is supposed to know how deal with LUTs -
 531  * \warning to be used with GetImagePixelsRaw()
 532  * @return 1 if Gray level, 3 if Color (RGB or YBR - NOT 'PALETTE COLOR' -)
 533  */
 534 int Header::GetNumberOfScalarComponentsRaw()
 535 {
 536    // 0028 0100 US IMG Bits Allocated
 537    // (in order no to be messed up by old RGB images)
 538    if ( Header::GetEntryByNumber(0x0028,0x0100) == "24" )
 539    {
 540       return 3;
 541    }
 542
 543    // we assume that *all* kinds of YBR are dealt with
 544    return GetSamplesPerPixel();
 545 }
 546
 547 //
 548 // --------------  Remember ! ----------------------------------
 549 //
 550 // Image Position Patient                              (0020,0032):
 551 // If not found (ACR_NEMA) we try Image Position       (0020,0030)
 552 // If not found (ACR-NEMA), we consider Slice Location (0020,1041)
 553 //                                   or Location       (0020,0050)
 554 // as the Z coordinate,
 555 // 0. for all the coordinates if nothing is found
 556
 557 // \todo find a way to inform the caller nothing was found
 558 // \todo How to tell the caller a wrong number of values was found?
 559 //
 560 // ---------------------------------------------------------------
 561 //
 562
 563 /**
 564  * \brief gets the info from 0020,0032 : Image Position Patient
 565  *                 else from 0020,0030 : Image Position (RET)
 566  *                 else 0.
 567  * @return up-left image corner X position
 568  */
 569 float Header::GetXOrigin()
 570 {
 571    float xImPos, yImPos, zImPos;
 572    std::string strImPos = GetEntryByNumber(0x0020,0x0032);
 573
 574    if ( strImPos == GDCM_UNFOUND )
 575    {
 576       dbg.Verbose(0, "Header::GetXImagePosition: unfound Image "
 577                      "Position Patient (0020,0032)");
 578       strImPos = GetEntryByNumber(0x0020,0x0030); // For ACR-NEMA images
 579       if ( strImPos == GDCM_UNFOUND )
 580       {
 581          dbg.Verbose(0, "Header::GetXImagePosition: unfound Image "
 582                         "Position (RET) (0020,0030)");
 583          /// \todo How to tell the caller nothing was found ?
 584          return 0.;
 585       }
 586    }
 587
 588    if( sscanf( strImPos.c_str(), "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos) != 3 )
 589    {
 590       return 0.;
 591    }
 592
 593    return xImPos;
 594 }
 595
 596 /**
 597  * \brief gets the info from 0020,0032 : Image Position Patient
 598  *                 else from 0020,0030 : Image Position (RET)
 599  *                 else 0.
 600  * @return up-left image corner Y position
 601  */
 602 float Header::GetYOrigin()
 603 {
 604    float xImPos, yImPos, zImPos;
 605    std::string strImPos = GetEntryByNumber(0x0020,0x0032);
 606
 607    if ( strImPos == GDCM_UNFOUND)
 608    {
 609       dbg.Verbose(0, "Header::GetYImagePosition: unfound Image "
 610                      "Position Patient (0020,0032)");
 611       strImPos = GetEntryByNumber(0x0020,0x0030); // For ACR-NEMA images
 612       if ( strImPos == GDCM_UNFOUND )
 613       {
 614          dbg.Verbose(0, "Header::GetYImagePosition: unfound Image "
 615                         "Position (RET) (0020,0030)");
 616          /// \todo How to tell the caller nothing was found ?
 617          return 0.;
 618       }
 619    }
 620
 621    if( sscanf( strImPos.c_str(), "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos) != 3 )
 622    {
 623       return 0.;
 624    }
 625
 626    return yImPos;
 627 }
 628
 629 /**
 630  * \brief gets the info from 0020,0032 : Image Position Patient
 631  *                 else from 0020,0030 : Image Position (RET)
 632  *                 else from 0020,1041 : Slice Location
 633  *                 else from 0020,0050 : Location
 634  *                 else 0.
 635  * @return up-left image corner Z position
 636  */
 637 float Header::GetZOrigin()
 638 {
 639    float xImPos, yImPos, zImPos;
 640    std::string strImPos = GetEntryByNumber(0x0020,0x0032);
 641
 642    if ( strImPos != GDCM_UNFOUND )
 643    {
 644       if( sscanf( strImPos.c_str(), "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos) != 3)
 645       {
 646          dbg.Verbose(0, "Header::GetZImagePosition: wrong Image "
 647                         "Position Patient (0020,0032)");
 648          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x0032
 649       }
 650       else
 651       {
 652          return zImPos;
 653       }
 654    }
 655
 656    strImPos = GetEntryByNumber(0x0020,0x0030); // For ACR-NEMA images
 657    if ( strImPos != GDCM_UNFOUND )
 658    {
 659       if( sscanf( strImPos.c_str(),
 660           "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos ) != 3 )
 661       {
 662          dbg.Verbose(0, "Header::GetZImagePosition: wrong Image Position (RET) (0020,0030)");
 663          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x0032
 664       }
 665       else
 666       {
 667          return zImPos;
 668       }
 669    }
 670
 671    std::string strSliceLocation = GetEntryByNumber(0x0020,0x1041); // for *very* old ACR-NEMA images
 672    if ( strSliceLocation != GDCM_UNFOUND )
 673    {
 674       if( sscanf( strSliceLocation.c_str(), "%f", &zImPos) != 1)
 675       {
 676          dbg.Verbose(0, "Header::GetZImagePosition: wrong Slice Location (0020,1041)");
 677          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x1041
 678       }
 679       else
 680       {
 681          return zImPos;
 682       }
 683    }
 684    dbg.Verbose(0, "Header::GetZImagePosition: unfound Slice Location (0020,1041)");
 685
 686    std::string strLocation = GetEntryByNumber(0x0020,0x0050);
 687    if ( strLocation != GDCM_UNFOUND )
 688    {
 689       if( sscanf( strLocation.c_str(), "%f", &zImPos) != 1)
 690       {
 691          dbg.Verbose(0, "Header::GetZImagePosition: wrong Location (0020,0050)");
 692          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x0050
 693       }
 694       else
 695       {
 696          return zImPos;
 697       }
 698    }
 699    dbg.Verbose(0, "Header::GetYImagePosition: unfound Location (0020,0050)");
 700
 701    return 0.; // Hopeless
 702 }
 703
 704 /**
 705  * \brief gets the info from 0020,0013 : Image Number else 0.
 706  * @return image number
 707  */
 708 int Header::GetImageNumber()
 709 {
 710    // The function i atoi() takes the address of an area of memory as
 711    // parameter and converts the string stored at that location to an integer
 712    // using the external decimal to internal binary conversion rules. This may
 713    // be preferable to sscanf() since atoi() is a much smaller, simpler and
 714    // faster function. sscanf() can do all possible conversions whereas
 715    // atoi() can only do single decimal integer conversions.
 716    //0020 0013 IS REL Image Number
 717    std::string strImNumber = GetEntryByNumber(0x0020,0x0013);
 718    if ( strImNumber != GDCM_UNFOUND )
 719    {
 720       return atoi( strImNumber.c_str() );
 721    }
 722    return 0;   //Hopeless
 723 }
 724
 725 /**
 726  * \brief gets the info from 0008,0060 : Modality
 727  * @return Modality Type
 728  */
 729 ModalityType Header::GetModality()
 730 {
 731    // 0008 0060 CS ID Modality
 732    std::string strModality = GetEntryByNumber(0x0008,0x0060);
 733    if ( strModality != GDCM_UNFOUND )
 734    {
 735            if ( strModality.find("AU") < strModality.length()) return AU;
 736       else if ( strModality.find("AS") < strModality.length()) return AS;
 737       else if ( strModality.find("BI") < strModality.length()) return BI;
 738       else if ( strModality.find("CF") < strModality.length()) return CF;
 739       else if ( strModality.find("CP") < strModality.length()) return CP;
 740       else if ( strModality.find("CR") < strModality.length()) return CR;
 741       else if ( strModality.find("CT") < strModality.length()) return CT;
 742       else if ( strModality.find("CS") < strModality.length()) return CS;
 743       else if ( strModality.find("DD") < strModality.length()) return DD;
 744       else if ( strModality.find("DF") < strModality.length()) return DF;
 745       else if ( strModality.find("DG") < strModality.length()) return DG;
 746       else if ( strModality.find("DM") < strModality.length()) return DM;
 747       else if ( strModality.find("DS") < strModality.length()) return DS;
 748       else if ( strModality.find("DX") < strModality.length()) return DX;
 749       else if ( strModality.find("ECG") < strModality.length()) return ECG;
 750       else if ( strModality.find("EPS") < strModality.length()) return EPS;
 751       else if ( strModality.find("FA") < strModality.length()) return FA;
 752       else if ( strModality.find("FS") < strModality.length()) return FS;
 753       else if ( strModality.find("HC") < strModality.length()) return HC;
 754       else if ( strModality.find("HD") < strModality.length()) return HD;
 755       else if ( strModality.find("LP") < strModality.length()) return LP;
 756       else if ( strModality.find("LS") < strModality.length()) return LS;
 757       else if ( strModality.find("MA") < strModality.length()) return MA;
 758       else if ( strModality.find("MR") < strModality.length()) return MR;
 759       else if ( strModality.find("NM") < strModality.length()) return NM;
 760       else if ( strModality.find("OT") < strModality.length()) return OT;
 761       else if ( strModality.find("PT") < strModality.length()) return PT;
 762       else if ( strModality.find("RF") < strModality.length()) return RF;
 763       else if ( strModality.find("RG") < strModality.length()) return RG;
 764       else if ( strModality.find("RTDOSE")   < strModality.length()) return RTDOSE;
 765       else if ( strModality.find("RTIMAGE")  < strModality.length()) return RTIMAGE;
 766       else if ( strModality.find("RTPLAN")   < strModality.length()) return RTPLAN;
 767       else if ( strModality.find("RTSTRUCT") < strModality.length()) return RTSTRUCT;
 768       else if ( strModality.find("SM") < strModality.length()) return SM;
 769       else if ( strModality.find("ST") < strModality.length()) return ST;
 770       else if ( strModality.find("TG") < strModality.length()) return TG;
 771       else if ( strModality.find("US") < strModality.length()) return US;
 772       else if ( strModality.find("VF") < strModality.length()) return VF;
 773       else if ( strModality.find("XA") < strModality.length()) return XA;
 774       else if ( strModality.find("XC") < strModality.length()) return XC;
 775
 776       else
 777       {
 778          /// \todo throw error return value ???
 779          /// specified <> unknow in our database
 780          return Unknow;
 781       }
 782    }
 783
 784    return Unknow;
 785 }
 786
 787 /**
 788  * \brief   Retrieve the number of Bits Stored (actually used)
 789  *          (as opposite to number of Bits Allocated)
 790  * @return  The encountered number of Bits Stored, 0 by default.
 791  *          0 means the file is NOT USABLE. The caller has to check it !
 792  */
 793 int Header::GetBitsStored()
 794 {
 795    std::string strSize = GetEntryByNumber( 0x0028, 0x0101 );
 796    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 797    {
 798       dbg.Verbose(0, "Header::GetBitsStored: this is supposed to "
 799                      "be mandatory");
 800       return 0;  // It's supposed to be mandatory
 801                  // the caller will have to check
 802    }
 803    return atoi( strSize.c_str() );
 804 }
 805
 806 /**
 807  * \brief   Retrieve the high bit position.
 808  * \warning The method defaults to 0 when information is absent.
 809  *          The responsability of checking this value is left to the caller.
 810  * @return  The high bit positin when present. 0 when absent.
 811  */
 812 int Header::GetHighBitPosition()
 813 {
 814    std::string strSize = GetEntryByNumber( 0x0028, 0x0102 );
 815    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 816    {
 817       dbg.Verbose(0, "Header::GetHighBitPosition: this is supposed "
 818                      "to be mandatory");
 819       return 0;
 820    }
 821    return atoi( strSize.c_str() );
 822 }
 823
 824 /**
 825  * \brief   Check wether the pixels are signed or UNsigned data.
 826  * \warning The method defaults to false (UNsigned) when information is absent.
 827  *          The responsability of checking this value is left to the caller.
 828  * @return  True when signed, false when UNsigned
 829  */
 830 bool Header::IsSignedPixelData()
 831 {
 832    std::string strSize = GetEntryByNumber( 0x0028, 0x0103 );
 833    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 834    {
 835       dbg.Verbose(0, "Header::IsSignedPixelData: this is supposed "
 836                      "to be mandatory");
 837       return false;
 838    }
 839    int sign = atoi( strSize.c_str() );
 840    if ( sign == 0 )
 841    {
 842       return false;
 843    }
 844    return true;
 845 }
 846
 847 /**
 848  * \brief   Retrieve the number of Bits Allocated
 849  *          (8, 12 -compacted ACR-NEMA files, 16, ...)
 850  * @return  The encountered number of Bits Allocated, 0 by default.
 851  *          0 means the file is NOT USABLE. The caller has to check it !
 852  */
 853 int Header::GetBitsAllocated()
 854 {
 855    std::string strSize = GetEntryByNumber(0x0028,0x0100);
 856    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 857    {
 858       dbg.Verbose(0, "Header::GetBitsStored: this is supposed to "
 859                      "be mandatory");
 860       return 0; // It's supposed to be mandatory
 861                 // the caller will have to check
 862    }
 863    return atoi( strSize.c_str() );
 864 }
 865
 866 /**
 867  * \brief   Retrieve the number of Samples Per Pixel
 868  *          (1 : gray level, 3 : RGB -1 or 3 Planes-)
 869  * @return  The encountered number of Samples Per Pixel, 1 by default.
 870  *          (Gray level Pixels)
 871  */
 872 int Header::GetSamplesPerPixel()
 873 {
 874    const std::string& strSize = GetEntryByNumber(0x0028,0x0002);
 875    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 876    {
 877       dbg.Verbose(0, "Header::GetBitsStored: this is supposed to "
 878                      "be mandatory");
 879       return 1; // Well, it's supposed to be mandatory ...
 880                 // but sometimes it's missing : *we* assume Gray pixels
 881    }
 882    return atoi( strSize.c_str() );
 883 }
 884
 885 /**
 886  * \brief   Check wether this a monochrome picture or not by accessing
 887  *          the "Photometric Interpretation" tag ( 0x0028, 0x0004 ).
 888  * @return  true when "MONOCHROME1" or "MONOCHROME2". False otherwise.
 889  */
 890 bool Header::IsMonochrome()
 891 {
 892    const std::string& PhotometricInterp = GetEntryByNumber( 0x0028, 0x0004 );
 893    if (  Util::DicomStringEqual(PhotometricInterp, "MONOCHROME1")
 894       || Util::DicomStringEqual(PhotometricInterp, "MONOCHROME2") )
 895    {
 896       return true;
 897    }
 898    if ( PhotometricInterp == GDCM_UNFOUND )
 899    {
 900       dbg.Verbose(0, "Header::IsMonochrome: absent Photometric "
 901                      "Interpretation");
 902    }
 903    return false;
 904 }
 905
 906 /**
 907  * \brief   Check wether this a "PALETTE COLOR" picture or not by accessing
 908  *          the "Photometric Interpretation" tag ( 0x0028, 0x0004 ).
 909  * @return  true when "PALETTE COLOR". False otherwise.
 910  */
 911 bool Header::IsPaletteColor()
 912 {
 913    std::string PhotometricInterp = GetEntryByNumber( 0x0028, 0x0004 );
 914    if (   PhotometricInterp == "PALETTE COLOR " )
 915    {
 916       return true;
 917    }
 918    if ( PhotometricInterp == GDCM_UNFOUND )
 919    {
 920       dbg.Verbose(0, "Header::IsPaletteColor: absent Photometric "
 921                      "Interpretation");
 922    }
 923    return false;
 924 }
 925
 926 /**
 927  * \brief   Check wether this a "YBR_FULL" color picture or not by accessing
 928  *          the "Photometric Interpretation" tag ( 0x0028, 0x0004 ).
 929  * @return  true when "YBR_FULL". False otherwise.
 930  */
 931 bool Header::IsYBRFull()
 932 {
 933    std::string PhotometricInterp = GetEntryByNumber( 0x0028, 0x0004 );
 934    if (   PhotometricInterp == "YBR_FULL" )
 935    {
 936       return true;
 937    }
 938    if ( PhotometricInterp == GDCM_UNFOUND )
 939    {
 940       dbg.Verbose(0, "Header::IsYBRFull: absent Photometric "
 941                      "Interpretation");
 942    }
 943    return false;
 944 }
 945
 946 /**
 947  * \brief   Retrieve the Planar Configuration for RGB images
 948  *          (0 : RGB Pixels , 1 : R Plane + G Plane + B Plane)
 949  * @return  The encountered Planar Configuration, 0 by default.
 950  */
 951 int Header::GetPlanarConfiguration()
 952 {
 953    std::string strSize = GetEntryByNumber(0x0028,0x0006);
 954    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 955    {
 956       return 0;
 957    }
 958    return atoi( strSize.c_str() );
 959 }
 960
 961 /**
 962  * \brief   Return the size (in bytes) of a single pixel of data.
 963  * @return  The size in bytes of a single pixel of data; 0 by default
 964  *          0 means the file is NOT USABLE; the caller will have to check
 965  */
 966 int Header::GetPixelSize()
 967 {
 968    // 0028 0100 US IMG Bits Allocated
 969    // (in order no to be messed up by old RGB images)
 970    //   if (Header::GetEntryByNumber(0x0028,0x0100) == "24")
 971    //      return 3;
 972
 973    std::string pixelType = GetPixelType();
 974    if ( pixelType ==  "8U" || pixelType == "8S" )
 975    {
 976       return 1;
 977    }
 978    if ( pixelType == "16U" || pixelType == "16S")
 979    {
 980       return 2;
 981    }
 982    if ( pixelType == "32U" || pixelType == "32S")
 983    {
 984       return 4;
 985    }
 986    if ( pixelType == "FD" )
 987    {
 988       return 8;
 989    }
 990    dbg.Verbose(0, "Header::GetPixelSize: Unknown pixel type");
 991    return 0;
 992 }
 993
 994 /**
 995  * \brief   Build the Pixel Type of the image.
 996  *          Possible values are:
 997  *          - 8U  unsigned  8 bit,
 998  *          - 8S    signed  8 bit,
 999  *          - 16U unsigned 16 bit,
1000  *          - 16S   signed 16 bit,
1001  *          - 32U unsigned 32 bit,
1002  *          - 32S   signed 32 bit,
1003  *          - FD floating double 64 bits (Not kosher DICOM, but so usefull!)
1004  * \warning 12 bit images appear as 16 bit.
1005  *          24 bit images appear as 8 bit
1006  * @return  0S if nothing found. NOT USABLE file. The caller has to check
1007  */
1008 std::string Header::GetPixelType()
1009 {
1010    std::string bitsAlloc = GetEntryByNumber(0x0028, 0x0100); // Bits Allocated
1011    if ( bitsAlloc == GDCM_UNFOUND )
1012    {
1013       dbg.Verbose(0, "Header::GetPixelType: unfound Bits Allocated");
1014       bitsAlloc = "16";
1015    }
1016
1017    if ( bitsAlloc == "64" )
1018    {
1019       return "FD";
1020    }
1021    else if ( bitsAlloc == "12" )
1022    {
1023       // It will be unpacked
1024       bitsAlloc = "16";
1025    }
1026    else if ( bitsAlloc == "24" )
1027    {
1028       // (in order no to be messed up
1029       bitsAlloc = "8";  // by old RGB images)
1030    }
1031
1032    std::string sign = GetEntryByNumber(0x0028, 0x0103);//"Pixel Representation"
1033
1034    if (sign == GDCM_UNFOUND )
1035    {
1036       dbg.Verbose(0, "Header::GetPixelType: unfound Pixel Representation");
1037       bitsAlloc = "0";
1038    }
1039    else if ( sign == "0" )
1040    {
1041       sign = "U";
1042    }
1043    else
1044    {
1045       sign = "S";
1046    }
1047    return bitsAlloc + sign;
1048 }
1049
1050
1051 /**
1052  * \brief   Recover the offset (from the beginning of the file)
1053  *          of *image* pixels (not *icone image* pixels, if any !)
1054  * @return Pixel Offset
1055  */
1056 size_t Header::GetPixelOffset()
1057 {
1058    DocEntry* pxlElement = GetDocEntryByNumber(GrPixel,NumPixel);
1059    if ( pxlElement )
1060    {
1061       return pxlElement->GetOffset();
1062    }
1063    else
1064    {
1065 #ifdef GDCM_DEBUG
1066       std::cout << "Big trouble : Pixel Element ("
1067                 << std::hex << GrPixel<<","<< NumPixel<< ") NOT found"
1068                 << std::endl;
1069 #endif //GDCM_DEBUG
1070       return 0;
1071    }
1072 }
1073
1074 /// \todo TODO : unify those two (previous one and next one)
1075 /**
1076  * \brief   Recover the pixel area length (in Bytes)
1077  * @return Pixel Element Length, as stored in the header
1078  *         (NOT the memory space necessary to hold the Pixels
1079  *          -in case of embeded compressed image-)
1080  *         0 : NOT USABLE file. The caller has to check.
1081  */
1082 size_t Header::GetPixelAreaLength()
1083 {
1084    DocEntry* pxlElement = GetDocEntryByNumber(GrPixel,NumPixel);
1085    if ( pxlElement )
1086    {
1087       return pxlElement->GetLength();
1088    }
1089    else
1090    {
1091 #ifdef GDCM_DEBUG
1092       std::cout << "Big trouble : Pixel Element ("
1093                 << std::hex << GrPixel<<","<< NumPixel<< ") NOT found"
1094                 << std::endl;
1095 #endif //GDCM_DEBUG
1096       return 0;
1097    }
1098 }
1099
1100 /**
1101   * \brief tells us if LUT are used
1102   * \warning Right now, 'Segmented xxx Palette Color Lookup Table Data'
1103   *          are NOT considered as LUT, since nobody knows
1104   *          how to deal with them
1105   *          Please warn me if you know sbdy that *does* know ... jprx
1106   * @return true if LUT Descriptors and LUT Tables were found
1107   */
1108 bool Header::HasLUT()
1109 {
1110    // Check the presence of the LUT Descriptors, and LUT Tables
1111    // LutDescriptorRed
1112    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1101) )
1113    {
1114       return false;
1115    }
1116    // LutDescriptorGreen
1117    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1102) )
1118    {
1119       return false;
1120    }
1121    // LutDescriptorBlue
1122    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1103) )
1123    {
1124       return false;
1125    }
1126    // Red Palette Color Lookup Table Data
1127    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1201) )
1128    {
1129       return false;
1130    }
1131    // Green Palette Color Lookup Table Data
1132    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1202) )
1133    {
1134       return false;
1135    }
1136    // Blue Palette Color Lookup Table Data
1137    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1203) )
1138    {
1139       return false;
1140    }
1141
1142    // FIXME : (0x0028,0x3006) : LUT Data (CTX dependent)
1143    //         NOT taken into account, but we don't know how to use it ...
1144    return true;
1145 }
1146
1147 /**
1148   * \brief gets the info from 0028,1101 : Lookup Table Desc-Red
1149   *             else 0
1150   * @return Lookup Table number of Bits , 0 by default
1151   *          when (0028,0004),Photometric Interpretation = [PALETTE COLOR ]
1152   * @ return bit number of each LUT item
1153   */
1154 int Header::GetLUTNbits()
1155 {
1156    std::vector<std::string> tokens;
1157    int lutNbits;
1158
1159    //Just hope Lookup Table Desc-Red = Lookup Table Desc-Red
1160    //                                = Lookup Table Desc-Blue
1161    // Consistency already checked in GetLUTLength
1162    std::string lutDescription = GetEntryByNumber(0x0028,0x1101);
1163    if ( lutDescription == GDCM_UNFOUND )
1164    {
1165       return 0;
1166    }
1167
1168    tokens.clear(); // clean any previous value
1169    Util::Tokenize ( lutDescription, tokens, "\\" );
1170    //LutLength=atoi(tokens[0].c_str());
1171    //LutDepth=atoi(tokens[1].c_str());
1172
1173    lutNbits = atoi( tokens[2].c_str() );
1174    tokens.clear();
1175
1176    return lutNbits;
1177 }
1178
1179 /**
1180  * \brief Accesses the info from 0002,0010 : Transfert Syntax and TS
1181  *        else 1.
1182  * @return The full Transfert Syntax Name (as opposed to Transfert Syntax UID)
1183  */
1184 std::string Header::GetTransfertSyntaxName()
1185 {
1186    // use the TS (TS : Transfert Syntax)
1187    std::string transfertSyntax = GetEntryByNumber(0x0002,0x0010);
1188
1189    if ( transfertSyntax == GDCM_NOTLOADED )
1190    {
1191       std::cout << "Transfert Syntax not loaded. " << std::endl
1192                << "Better you increase MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE"
1193                << std::endl;
1194       return "Uncompressed ACR-NEMA";
1195    }
1196    if ( transfertSyntax == GDCM_UNFOUND )
1197    {
1198       dbg.Verbose(0, "Header::GetTransfertSyntaxName:"
1199                      " unfound Transfert Syntax (0002,0010)");
1200       return "Uncompressed ACR-NEMA";
1201    }
1202
1203    while ( ! isdigit((unsigned char)transfertSyntax[transfertSyntax.length()-1]) )
1204    {
1205       transfertSyntax.erase(transfertSyntax.length()-1, 1);
1206    }
1207    // we do it only when we need it
1208    TS* ts         = Global::GetTS();
1209    std::string tsName = ts->GetValue( transfertSyntax );
1210
1211    //delete ts; /// \todo Seg Fault when deleted ?!
1212    return tsName;
1213 }
1214
1215 //-----------------------------------------------------------------------------
1216 // Protected
1217
1218 /**
1219  * \brief anonymize a Header (removes Patient's personal info)
1220  *        (read the code to see which ones ...)
1221  */
1222 bool Header::AnonymizeHeader()
1223 {
1224    // If exist, replace by spaces
1225    SetEntryByNumber ("  ",0x0010, 0x2154); // Telephone
1226    SetEntryByNumber ("  ",0x0010, 0x1040); // Adress
1227    SetEntryByNumber ("  ",0x0010, 0x0020); // Patient ID
1228
1229    DocEntry* patientNameHE = GetDocEntryByNumber (0x0010, 0x0010);
1230
1231    if ( patientNameHE ) // we replace it by Study Instance UID (why not)
1232    {
1233       std::string studyInstanceUID =  GetEntryByNumber (0x0020, 0x000d);
1234       if ( studyInstanceUID != GDCM_UNFOUND )
1235       {
1236          ReplaceOrCreateByNumber(studyInstanceUID, 0x0010, 0x0010);
1237       }
1238       else
1239       {
1240          ReplaceOrCreateByNumber("anonymised", 0x0010, 0x0010);
1241       }
1242    }
1243
1244   // Just for fun :-(
1245   // (if any) remove or replace all the stuff that contains a Date
1246
1247 //0008 0012 DA ID Instance Creation Date
1248 //0008 0020 DA ID Study Date
1249 //0008 0021 DA ID Series Date
1250 //0008 0022 DA ID Acquisition Date
1251 //0008 0023 DA ID Content Date
1252 //0008 0024 DA ID Overlay Date
1253 //0008 0025 DA ID Curve Date
1254 //0008 002a DT ID Acquisition Datetime
1255 //0018 9074 DT ACQ Frame Acquisition Datetime
1256 //0018 9151 DT ACQ Frame Reference Datetime
1257 //0018 a002 DT ACQ Contribution Date Time
1258 //0020 3403 SH REL Modified Image Date (RET)
1259 //0032 0032 DA SDY Study Verified Date
1260 //0032 0034 DA SDY Study Read Date
1261 //0032 1000 DA SDY Scheduled Study Start Date
1262 //0032 1010 DA SDY Scheduled Study Stop Date
1263 //0032 1040 DA SDY Study Arrival Date
1264 //0032 1050 DA SDY Study Completion Date
1265 //0038 001a DA VIS Scheduled Admission Date
1266 //0038 001c DA VIS Scheduled Discharge Date
1267 //0038 0020 DA VIS Admitting Date
1268 //0038 0030 DA VIS Discharge Date
1269 //0040 0002 DA PRC Scheduled Procedure Step Start Date
1270 //0040 0004 DA PRC Scheduled Procedure Step End Date
1271 //0040 0244 DA PRC Performed Procedure Step Start Date
1272 //0040 0250 DA PRC Performed Procedure Step End Date
1273 //0040 2004 DA PRC Issue Date of Imaging Service Request
1274 //0040 4005 DT PRC Scheduled Procedure Step Start Date and Time
1275 //0040 4011 DT PRC Expected Completion Date and Time
1276 //0040 a030 DT PRC Verification Date Time
1277 //0040 a032 DT PRC Observation Date Time
1278 //0040 a120 DT PRC DateTime
1279 //0040 a121 DA PRC Date
1280 //0040 a13a DT PRC Referenced Datetime
1281 //0070 0082 DA ??? Presentation Creation Date
1282 //0100 0420 DT ??? SOP Autorization Date and Time
1283 //0400 0105 DT ??? Digital Signature DateTime
1284 //2100 0040 DA PJ Creation Date
1285 //3006 0008 DA SSET Structure Set Date
1286 //3008 0024 DA ??? Treatment Control Point Date
1287 //3008 0054 DA ??? First Treatment Date
1288 //3008 0056 DA ??? Most Recent Treatment Date
1289 //3008 0162 DA ??? Safe Position Exit Date
1290 //3008 0166 DA ??? Safe Position Return Date
1291 //3008 0250 DA ??? Treatment Date
1292 //300a 0006 DA RT RT Plan Date
1293 //300a 022c DA RT Air Kerma Rate Reference Date
1294 //300e 0004 DA RT Review Date
1295
1296    return true;
1297 }
1298
1299 /**
1300   * \brief gets the info from 0020,0037 : Image Orientation Patient
1301   * @param iop adress of the (6)float aray to receive values
1302   * @return cosines of image orientation patient
1303   */
1304 void Header::GetImageOrientationPatient( float iop[6] )
1305 {
1306    std::string strImOriPat;
1307    //iop is supposed to be float[6]
1308    iop[0] = iop[1] = iop[2] = iop[3] = iop[4] = iop[5] = 0.;
1309
1310    // 0020 0037 DS REL Image Orientation (Patient)
1311    if ( (strImOriPat = GetEntryByNumber(0x0020,0x0037)) != GDCM_UNFOUND )
1312    {
1313       if( sscanf( strImOriPat.c_str(), "%f\\%f\\%f\\%f\\%f\\%f",
1314           &iop[0], &iop[1], &iop[2], &iop[3], &iop[4], &iop[5]) != 6 )
1315       {
1316          dbg.Verbose(0, "Header::GetImageOrientationPatient: "
1317                         "wrong Image Orientation Patient (0020,0037)");
1318       }
1319    }
1320    //For ACR-NEMA
1321    // 0020 0035 DS REL Image Orientation (RET)
1322    else if ( (strImOriPat = GetEntryByNumber(0x0020,0x0035)) != GDCM_UNFOUND )
1323    {
1324       if( sscanf( strImOriPat.c_str(), "%f\\%f\\%f\\%f\\%f\\%f",
1325           &iop[0], &iop[1], &iop[2], &iop[3], &iop[4], &iop[5]) != 6 )
1326       {
1327          dbg.Verbose(0, "Header::GetImageOrientationPatient: "
1328                         "wrong Image Orientation Patient (0020,0035)");
1329       }
1330    }
1331 }
1332
1333 /**
1334  * \brief Initialize a default DICOM header that should contain all the
1335  *        field require by other reader. DICOM standard does not
1336  *        explicitely defines those fields, heuristic has been choosen.
1337  *        This is not perfect as we are writting a CT image...
1338  */
1339 void Header::InitializeDefaultHeader()
1340 {
1341    typedef struct
1342    {
1343       const char *value;
1344       uint16_t group;
1345       uint16_t elem;
1346    } DICOM_DEFAULT_VALUE;
1347
1348    std::string date = Util::GetCurrentDate();
1349    std::string time = Util::GetCurrentTime();
1350    std::string uid = Util::CreateUniqueUID();
1351    std::string uidMedia = uid;
1352    std::string uidClass = uid + ".1";
1353    std::string uidInst  = uid + ".10";
1354    std::string uidStudy = uid + ".100";
1355    std::string uidSerie = uid + ".1000";
1356
1357    static DICOM_DEFAULT_VALUE defaultvalue[] = {
1358     { "146 ",                      0x0002, 0x0000}, // Meta Element Group Length // FIXME: how to recompute ?
1359     { "1.2.840.10008.5.1.4.1.1.2", 0x0002, 0x0002}, // Media Storage SOP Class UID (CT Image Storage)
1360     { uidClass.c_str(),            0x0002, 0x0003}, // Media Storage SOP Instance UID
1361     { uidClass.c_str(),            0x0002, 0x0012}, // META Implementation Class UID
1362     { "GDCM",                      0x0002, 0x0016}, // Source Application Entity Title
1363
1364     { date.c_str(),                0x0008, 0x0012}, // Instance Creation Date
1365     { time.c_str(),                0x0008, 0x0013}, // Instance Creation Time
1366     { "1.2.840.10008.5.1.4.1.1.2", 0x0008, 0x0016}, // SOP Class UID
1367     { uidInst.c_str(),             0x0008, 0x0018}, // SOP Instance UID
1368     { "CT",                        0x0008, 0x0060}, // Modality
1369     { "GDCM",                      0x0008, 0x0070}, // Manufacturer
1370     { "GDCM",                      0x0008, 0x0080}, // Institution Name
1371     { "http://www-creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm", 0x0008, 0x0081},  // Institution Address
1372
1373     { "GDCM",                      0x0010, 0x0010}, // Patient's Name
1374     { "GDCMID",                    0x0010, 0x0020}, // Patient ID
1375
1376     { uidStudy.c_str(),            0x0020, 0x000d}, // Study Instance UID
1377     { uidSerie.c_str(),            0x0020, 0x000e}, // Series Instance UID
1378     { "1",                         0x0020, 0x0010}, // StudyID
1379     { "1",                         0x0020, 0x0011}, // SeriesNumber
1380
1381     { "1",                         0x0028, 0x0002}, // Samples per pixel 1 or 3
1382     { "MONOCHROME1",               0x0028, 0x0004}, // photochromatic interpretation
1383     { "0",                         0x0028, 0x0010}, // nbRows
1384     { "0",                         0x0028, 0x0011}, // nbCols
1385     { "8",                         0x0028, 0x0100}, // BitsAllocated 8 or 12 or 16
1386     { "8",                         0x0028, 0x0101}, // BitsStored    <= BitsAllocated
1387     { "7",                         0x0028, 0x0102}, // HighBit       <= BitsAllocated - 1
1388     { "0",                         0x0028, 0x0103}, // Pixel Representation 0(unsigned) or 1(signed)
1389     { 0, 0, 0 }
1390    };
1391
1392    // default value
1393    // Special case this is the image (not a string)
1394    GrPixel = 0x7fe0;
1395    NumPixel = 0x0010;
1396    ReplaceOrCreateByNumber(0, 0, GrPixel, NumPixel);
1397
1398    // All remaining strings:
1399    unsigned int i = 0;
1400    DICOM_DEFAULT_VALUE current = defaultvalue[i];
1401    while( current.value )
1402    {
1403       ReplaceOrCreateByNumber(current.value, current.group, current.elem);
1404       current = defaultvalue[++i];
1405    }
1406 }
1407
1408
1409 //-----------------------------------------------------------------------------
1410 // Private
1411
1412 //-----------------------------------------------------------------------------
1413
1414 } // end namespace gdcm