src/gdcmHeader.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: gdcmHeader.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2004/11/26 10:55:04 $
   7   Version:   $Revision: 1.208 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #include "gdcmHeader.h"
  20 #include "gdcmGlobal.h"
  21 #include "gdcmUtil.h"
  22 #include "gdcmDebug.h"
  23 #include "gdcmTS.h"
  24 #include "gdcmValEntry.h"
  25 #include <stdio.h>
  26
  27 #include <vector>
  28
  29 namespace gdcm
  30 {
  31 //-----------------------------------------------------------------------------
  32 // Constructor / Destructor
  33 /**
  34  * \brief  Constructor
  35  * @param  filename name of the file whose header we want to analyze
  36  */
  37 Header::Header( std::string const & filename ):
  38             Document( filename )
  39 {
  40    // for some ACR-NEMA images GrPixel, NumPixel is *not* 7fe0,0010
  41    // We may encounter the 'RETired' (0x0028, 0x0200) tag
  42    // (Image Location") . This Element contains the number of
  43    // the group that contains the pixel data (hence the "Pixel Data"
  44    // is found by indirection through the "Image Location").
  45    // Inside the group pointed by "Image Location" the searched element
  46    // is conventionally the element 0x0010 (when the norm is respected).
  47    // When the "Image Location" is absent we default to group 0x7fe0.
  48    // Note: this IS the right place for the code
  49
  50    // Image Location
  51    const std::string &imgLocation = GetEntryByNumber(0x0028, 0x0200);
  52    if ( imgLocation == GDCM_UNFOUND )
  53    {
  54       // default value
  55       GrPixel = 0x7fe0;
  56    }
  57    else
  58    {
  59       GrPixel = (uint16_t) atoi( imgLocation.c_str() );
  60    }
  61
  62    // sometimes Image Location value doesn't follow
  63    // the supposed processor endianity.
  64    // see gdcmData/cr172241.dcm
  65    if ( GrPixel == 0xe07f )
  66    {
  67       GrPixel = 0x7fe0;
  68    }
  69
  70    if ( GrPixel != 0x7fe0 )
  71    {
  72       // This is a kludge for old dirty Philips imager.
  73       NumPixel = 0x1010;
  74    }
  75    else
  76    {
  77       NumPixel = 0x0010;
  78    }
  79 }
  80
  81 /**
  82  * \brief Constructor used when we want to generate dicom files from scratch
  83  */
  84 Header::Header()
  85            :Document()
  86 {
  87    InitializeDefaultHeader();
  88 }
  89
  90 /**
  91  * \brief   Canonical destructor.
  92  */
  93 Header::~Header ()
  94 {
  95 }
  96
  97 /**
  98  * \brief Performs some consistency checking on various 'File related'
  99  *       (as opposed to 'DicomDir related') entries
 100  *       then writes in a file all the (Dicom Elements) included the Pixels
 101  * @param fp file pointer on an already open file
 102  * @param filetype Type of the File to be written
 103  *          (ACR-NEMA, ExplicitVR, ImplicitVR)
 104  */
 105 bool Header::Write(std::string fileName,FileType filetype)
 106 {
 107    std::ofstream* fp = new std::ofstream(fileName.c_str(),
 108                                          std::ios::out | std::ios::binary);
 109    if (fp == NULL)
 110    {
 111       dbg.Verbose(2, "Failed to open (write) File: " , fileName.c_str());
 112       return false;
 113    }
 114
 115    // Bits Allocated
 116    if ( GetEntryByNumber(0x0028,0x0100) ==  "12")
 117    {
 118       SetEntryByNumber("16", 0x0028,0x0100);
 119    }
 120
 121   /// \todo correct 'Pixel group' Length if necessary
 122
 123    int i_lgPix = GetEntryLengthByNumber(GrPixel, NumPixel);
 124    if (i_lgPix != -2)
 125    {
 126       // no (GrPixel, NumPixel) element
 127       std::string s_lgPix = Util::Format("%d", i_lgPix+12);
 128       s_lgPix = Util::DicomString( s_lgPix.c_str() );
 129       ReplaceOrCreateByNumber(s_lgPix,GrPixel, 0x0000);
 130    }
 131
 132    // FIXME : should be nice if we could move it to File
 133    //         (or in future gdcmPixelData class)
 134
 135    // Drop Palette Color, if necessary
 136
 137    if ( GetEntryByNumber(0x0028,0x0002).c_str()[0] == '3' )
 138    {
 139       // if SamplesPerPixel = 3, sure we don't need any LUT !
 140       // Drop 0028|1101, 0028|1102, 0028|1103
 141       // Drop 0028|1201, 0028|1202, 0028|1203
 142
 143       DocEntry* e = GetDocEntryByNumber(0x0028,0x01101);
 144       if (e)
 145       {
 146          RemoveEntryNoDestroy(e);
 147       }
 148       e = GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1102);
 149       if (e)
 150       {
 151          RemoveEntryNoDestroy(e);
 152       }
 153       e = GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1103);
 154       if (e)
 155       {
 156          RemoveEntryNoDestroy(e);
 157       }
 158       e = GetDocEntryByNumber(0x0028,0x01201);
 159       if (e)
 160       {
 161          RemoveEntryNoDestroy(e);
 162       }
 163       e = GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1202);
 164       if (e)
 165       {
 166          RemoveEntryNoDestroy(e);
 167       }
 168       e = GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1203);
 169       if (e)
 170       {
 171           RemoveEntryNoDestroy(e);
 172       }
 173    }
 174    Document::WriteContent(fp,filetype);
 175
 176    fp->close();
 177    delete fp;
 178
 179    return true;
 180 }
 181
 182 //-----------------------------------------------------------------------------
 183 // Print
 184
 185
 186 //-----------------------------------------------------------------------------
 187 // Public
 188
 189 /**
 190  * \brief  This predicate, based on hopefully reasonable heuristics,
 191  *         decides whether or not the current Header was properly parsed
 192  *         and contains the mandatory information for being considered as
 193  *         a well formed and usable Dicom/Acr File.
 194  * @return true when Header is the one of a reasonable Dicom/Acr file,
 195  *         false otherwise.
 196  */
 197 bool Header::IsReadable()
 198 {
 199    if( !Document::IsReadable() )
 200    {
 201       return false;
 202    }
 203
 204    const std::string &res = GetEntryByNumber(0x0028, 0x0005);
 205    if ( res != GDCM_UNFOUND && atoi(res.c_str()) > 4 )
 206    {
 207       return false; // Image Dimensions
 208    }
 209    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028, 0x0100) )
 210    {
 211       return false; // "Bits Allocated"
 212    }
 213    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028, 0x0101) )
 214    {
 215       return false; // "Bits Stored"
 216    }
 217    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028, 0x0102) )
 218    {
 219       return false; // "High Bit"
 220    }
 221    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028, 0x0103) )
 222    {
 223       return false; // "Pixel Representation" i.e. 'Sign'
 224    }
 225
 226    return true;
 227 }
 228
 229 /**
 230  * \brief   Retrieve the number of columns of image.
 231  * @return  The encountered size when found, 0 by default.
 232  *          0 means the file is NOT USABLE. The caller will have to check
 233  */
 234 int Header::GetXSize()
 235 {
 236    const std::string &strSize = GetEntryByNumber(0x0028,0x0011);
 237    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 238    {
 239       return 0;
 240    }
 241
 242    return atoi( strSize.c_str() );
 243 }
 244
 245 /**
 246  * \brief   Retrieve the number of lines of image.
 247  * \warning The defaulted value is 1 as opposed to Header::GetXSize()
 248  * @return  The encountered size when found, 1 by default
 249  *          (The ACR-NEMA file contains a Signal, not an Image).
 250  */
 251 int Header::GetYSize()
 252 {
 253    const std::string &strSize = GetEntryByNumber(0x0028,0x0010);
 254    if ( strSize != GDCM_UNFOUND )
 255    {
 256       return atoi( strSize.c_str() );
 257    }
 258    if ( IsDicomV3() )
 259    {
 260       return 0;
 261    }
 262
 263    // The Rows (0028,0010) entry was optional for ACR/NEMA. It might
 264    // hence be a signal (1d image). So we default to 1:
 265    return 1;
 266 }
 267
 268 /**
 269  * \brief   Retrieve the number of planes of volume or the number
 270  *          of frames of a multiframe.
 271  * \warning When present we consider the "Number of Frames" as the third
 272  *          dimension. When absent we consider the third dimension as
 273  *          being the ACR-NEMA "Planes" tag content.
 274  * @return  The encountered size when found, 1 by default (single image).
 275  */
 276 int Header::GetZSize()
 277 {
 278    // Both  DicomV3 and ACR/Nema consider the "Number of Frames"
 279    // as the third dimension.
 280    const std::string &strSize = GetEntryByNumber(0x0028,0x0008);
 281    if ( strSize != GDCM_UNFOUND )
 282    {
 283       return atoi( strSize.c_str() );
 284    }
 285
 286    // We then consider the "Planes" entry as the third dimension
 287    const std::string &strSize2 = GetEntryByNumber(0x0028,0x0012);
 288    if ( strSize2 != GDCM_UNFOUND )
 289    {
 290       return atoi( strSize2.c_str() );
 291    }
 292
 293    return 1;
 294 }
 295
 296 /**
 297   * \brief gets the info from 0028,0030 : Pixel Spacing
 298   *             else 1.0
 299   * @return X dimension of a pixel
 300   */
 301 float Header::GetXSpacing()
 302 {
 303    float xspacing, yspacing;
 304    const std::string &strSpacing = GetEntryByNumber(0x0028,0x0030);
 305
 306    if ( strSpacing == GDCM_UNFOUND )
 307    {
 308       dbg.Verbose(0, "Header::GetXSpacing: unfound Pixel Spacing (0028,0030)");
 309       return 1.;
 310    }
 311
 312    int nbValues;
 313    if( ( nbValues = sscanf( strSpacing.c_str(),
 314          "%f\\%f", &yspacing, &xspacing)) != 2 )
 315    {
 316       // if single value is found, xspacing is defaulted to yspacing
 317       if ( nbValues == 1 )
 318       {
 319          return yspacing;
 320       }
 321    }
 322    if ( xspacing == 0.)
 323    {
 324       dbg.Verbose(0, "Header::GetYSpacing: gdcmData/CT-MONO2-8-abdo.dcm problem");
 325       // seems to be a bug in the header ...
 326       sscanf( strSpacing.c_str(), "%f\\0\\%f", &yspacing, &xspacing);
 327    }
 328
 329    return xspacing;
 330 }
 331
 332 /**
 333   * \brief gets the info from 0028,0030 : Pixel Spacing
 334   *             else 1.0
 335   * @return Y dimension of a pixel
 336   */
 337 float Header::GetYSpacing()
 338 {
 339    float yspacing = 0;
 340    std::string strSpacing = GetEntryByNumber(0x0028,0x0030);
 341
 342    if ( strSpacing == GDCM_UNFOUND )
 343    {
 344       dbg.Verbose(0, "Header::GetYSpacing: unfound Pixel Spacing (0028,0030)");
 345       return 1.;
 346     }
 347
 348    // if sscanf cannot read any float value, it won't affect yspacing
 349    sscanf( strSpacing.c_str(), "%f", &yspacing);
 350
 351    return yspacing;
 352 }
 353
 354 /**
 355  * \brief gets the info from 0018,0088 : Space Between Slices
 356  *                else from 0018,0050 : Slice Thickness
 357  *                else 1.0
 358  * @return Z dimension of a voxel-to be
 359  */
 360 float Header::GetZSpacing()
 361 {
 362    // Spacing Between Slices : distance entre le milieu de chaque coupe
 363    // Les coupes peuvent etre :
 364    //   jointives     (Spacing between Slices = Slice Thickness)
 365    //   chevauchantes (Spacing between Slices < Slice Thickness)
 366    //   disjointes    (Spacing between Slices > Slice Thickness)
 367    // Slice Thickness : epaisseur de tissus sur laquelle est acquis le signal
 368    //   ca interesse le physicien de l'IRM, pas le visualisateur de volumes ...
 369    //   Si le Spacing Between Slices est absent,
 370    //   on suppose que les coupes sont jointives
 371
 372    std::string strSpacingBSlices = GetEntryByNumber(0x0018,0x0088);
 373
 374    if ( strSpacingBSlices == GDCM_UNFOUND )
 375    {
 376       dbg.Verbose(0, "Header::GetZSpacing: unfound StrSpacingBSlices");
 377       std::string strSliceThickness = GetEntryByNumber(0x0018,0x0050);
 378       if ( strSliceThickness == GDCM_UNFOUND )
 379       {
 380          return 1.;
 381       }
 382       else
 383       {
 384          // if no 'Spacing Between Slices' is found,
 385          // we assume slices join together
 386          // (no overlapping, no interslice gap)
 387          // if they don't, we're fucked up
 388          return (float)atof( strSliceThickness.c_str() );
 389       }
 390    }
 391    else
 392    {
 393       return (float)atof( strSpacingBSlices.c_str() );
 394    }
 395    return 1.;
 396 }
 397
 398 /**
 399  *\brief gets the info from 0028,1052 : Rescale Intercept
 400  * @return Rescale Intercept
 401  */
 402 float Header::GetRescaleIntercept()
 403 {
 404    float resInter = 0.;
 405    /// 0028 1052 DS IMG Rescale Intercept
 406    std::string strRescInter = GetEntryByNumber(0x0028,0x1052);
 407    if ( strRescInter != GDCM_UNFOUND )
 408    {
 409       if( sscanf( strRescInter.c_str(), "%f", &resInter) != 1 )
 410       {
 411          // bug in the element 0x0028,0x1052
 412          dbg.Verbose(0, "Header::GetRescaleIntercept: Rescale Slope "
 413                         "is empty");
 414       }
 415    }
 416
 417    return resInter;
 418 }
 419
 420 /**
 421  *\brief   gets the info from 0028,1053 : Rescale Slope
 422  * @return Rescale Slope
 423  */
 424 float Header::GetRescaleSlope()
 425 {
 426    float resSlope = 1.;
 427    //0028 1053 DS IMG Rescale Slope
 428    std::string strRescSlope = GetEntryByNumber(0x0028,0x1053);
 429    if ( strRescSlope != GDCM_UNFOUND )
 430    {
 431       if( sscanf( strRescSlope.c_str(), "%f", &resSlope) != 1)
 432       {
 433          // bug in the element 0x0028,0x1053
 434          dbg.Verbose(0, "Header::GetRescaleSlope: Rescale Slope is empty");
 435       }
 436    }
 437
 438    return resSlope;
 439 }
 440
 441 /**
 442  * \brief This function is intended to user who doesn't want
 443  *   to have to manage a LUT and expects to get an RBG Pixel image
 444  *   (or a monochrome one ...)
 445  * \warning to be used with GetImagePixels()
 446  * @return 1 if Gray level, 3 if Color (RGB, YBR or PALETTE COLOR)
 447  */
 448 int Header::GetNumberOfScalarComponents()
 449 {
 450    if ( GetSamplesPerPixel() == 3 )
 451    {
 452       return 3;
 453    }
 454
 455    // 0028 0100 US IMG Bits Allocated
 456    // (in order no to be messed up by old RGB images)
 457    if ( GetEntryByNumber(0x0028,0x0100) == "24" )
 458    {
 459       return 3;
 460    }
 461
 462    std::string strPhotometricInterpretation = GetEntryByNumber(0x0028,0x0004);
 463
 464    if ( ( strPhotometricInterpretation == "PALETTE COLOR ") )
 465    {
 466       if ( HasLUT() )// PALETTE COLOR is NOT enough
 467       {
 468          return 3;
 469       }
 470       else
 471       {
 472          return 1;
 473       }
 474    }
 475
 476    // beware of trailing space at end of string
 477    // DICOM tags are never of odd length
 478    if ( strPhotometricInterpretation == GDCM_UNFOUND   ||
 479         Util::DicomStringEqual(strPhotometricInterpretation, "MONOCHROME1") ||
 480         Util::DicomStringEqual(strPhotometricInterpretation, "MONOCHROME2") )
 481    {
 482       return 1;
 483    }
 484    else
 485    {
 486       // we assume that *all* kinds of YBR are dealt with
 487       return 3;
 488    }
 489 }
 490
 491 /**
 492  * \brief This function is intended to user that DOESN'T want
 493  *  to get RGB pixels image when it's stored as a PALETTE COLOR image
 494  *   - the (vtk) user is supposed to know how deal with LUTs -
 495  * \warning to be used with GetImagePixelsRaw()
 496  * @return 1 if Gray level, 3 if Color (RGB or YBR - NOT 'PALETTE COLOR' -)
 497  */
 498 int Header::GetNumberOfScalarComponentsRaw()
 499 {
 500    // 0028 0100 US IMG Bits Allocated
 501    // (in order no to be messed up by old RGB images)
 502    if ( Header::GetEntryByNumber(0x0028,0x0100) == "24" )
 503    {
 504       return 3;
 505    }
 506
 507    // we assume that *all* kinds of YBR are dealt with
 508    return GetSamplesPerPixel();
 509 }
 510
 511 //
 512 // --------------  Remember ! ----------------------------------
 513 //
 514 // Image Position Patient                              (0020,0032):
 515 // If not found (ACR_NEMA) we try Image Position       (0020,0030)
 516 // If not found (ACR-NEMA), we consider Slice Location (0020,1041)
 517 //                                   or Location       (0020,0050)
 518 // as the Z coordinate,
 519 // 0. for all the coordinates if nothing is found
 520
 521 // \todo find a way to inform the caller nothing was found
 522 // \todo How to tell the caller a wrong number of values was found?
 523 //
 524 // ---------------------------------------------------------------
 525 //
 526
 527 /**
 528  * \brief gets the info from 0020,0032 : Image Position Patient
 529  *                 else from 0020,0030 : Image Position (RET)
 530  *                 else 0.
 531  * @return up-left image corner X position
 532  */
 533 float Header::GetXOrigin()
 534 {
 535    float xImPos, yImPos, zImPos;
 536    std::string strImPos = GetEntryByNumber(0x0020,0x0032);
 537
 538    if ( strImPos == GDCM_UNFOUND )
 539    {
 540       dbg.Verbose(0, "Header::GetXImagePosition: unfound Image "
 541                      "Position Patient (0020,0032)");
 542       strImPos = GetEntryByNumber(0x0020,0x0030); // For ACR-NEMA images
 543       if ( strImPos == GDCM_UNFOUND )
 544       {
 545          dbg.Verbose(0, "Header::GetXImagePosition: unfound Image "
 546                         "Position (RET) (0020,0030)");
 547          /// \todo How to tell the caller nothing was found ?
 548          return 0.;
 549       }
 550    }
 551
 552    if( sscanf( strImPos.c_str(), "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos) != 3 )
 553    {
 554       return 0.;
 555    }
 556
 557    return xImPos;
 558 }
 559
 560 /**
 561  * \brief gets the info from 0020,0032 : Image Position Patient
 562  *                 else from 0020,0030 : Image Position (RET)
 563  *                 else 0.
 564  * @return up-left image corner Y position
 565  */
 566 float Header::GetYOrigin()
 567 {
 568    float xImPos, yImPos, zImPos;
 569    std::string strImPos = GetEntryByNumber(0x0020,0x0032);
 570
 571    if ( strImPos == GDCM_UNFOUND)
 572    {
 573       dbg.Verbose(0, "Header::GetYImagePosition: unfound Image "
 574                      "Position Patient (0020,0032)");
 575       strImPos = GetEntryByNumber(0x0020,0x0030); // For ACR-NEMA images
 576       if ( strImPos == GDCM_UNFOUND )
 577       {
 578          dbg.Verbose(0, "Header::GetYImagePosition: unfound Image "
 579                         "Position (RET) (0020,0030)");
 580          /// \todo How to tell the caller nothing was found ?
 581          return 0.;
 582       }
 583    }
 584
 585    if( sscanf( strImPos.c_str(), "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos) != 3 )
 586    {
 587       return 0.;
 588    }
 589
 590    return yImPos;
 591 }
 592
 593 /**
 594  * \brief gets the info from 0020,0032 : Image Position Patient
 595  *                 else from 0020,0030 : Image Position (RET)
 596  *                 else from 0020,1041 : Slice Location
 597  *                 else from 0020,0050 : Location
 598  *                 else 0.
 599  * @return up-left image corner Z position
 600  */
 601 float Header::GetZOrigin()
 602 {
 603    float xImPos, yImPos, zImPos;
 604    std::string strImPos = GetEntryByNumber(0x0020,0x0032);
 605
 606    if ( strImPos != GDCM_UNFOUND )
 607    {
 608       if( sscanf( strImPos.c_str(), "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos) != 3)
 609       {
 610          dbg.Verbose(0, "Header::GetZImagePosition: wrong Image "
 611                         "Position Patient (0020,0032)");
 612          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x0032
 613       }
 614       else
 615       {
 616          return zImPos;
 617       }
 618    }
 619
 620    strImPos = GetEntryByNumber(0x0020,0x0030); // For ACR-NEMA images
 621    if ( strImPos != GDCM_UNFOUND )
 622    {
 623       if( sscanf( strImPos.c_str(),
 624           "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos ) != 3 )
 625       {
 626          dbg.Verbose(0, "Header::GetZImagePosition: wrong Image Position (RET) (0020,0030)");
 627          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x0032
 628       }
 629       else
 630       {
 631          return zImPos;
 632       }
 633    }
 634
 635    std::string strSliceLocation = GetEntryByNumber(0x0020,0x1041); // for *very* old ACR-NEMA images
 636    if ( strSliceLocation != GDCM_UNFOUND )
 637    {
 638       if( sscanf( strSliceLocation.c_str(), "%f", &zImPos) != 1)
 639       {
 640          dbg.Verbose(0, "Header::GetZImagePosition: wrong Slice Location (0020,1041)");
 641          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x1041
 642       }
 643       else
 644       {
 645          return zImPos;
 646       }
 647    }
 648    dbg.Verbose(0, "Header::GetZImagePosition: unfound Slice Location (0020,1041)");
 649
 650    std::string strLocation = GetEntryByNumber(0x0020,0x0050);
 651    if ( strLocation != GDCM_UNFOUND )
 652    {
 653       if( sscanf( strLocation.c_str(), "%f", &zImPos) != 1)
 654       {
 655          dbg.Verbose(0, "Header::GetZImagePosition: wrong Location (0020,0050)");
 656          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x0050
 657       }
 658       else
 659       {
 660          return zImPos;
 661       }
 662    }
 663    dbg.Verbose(0, "Header::GetYImagePosition: unfound Location (0020,0050)");
 664
 665    return 0.; // Hopeless
 666 }
 667
 668 /**
 669  * \brief gets the info from 0020,0013 : Image Number else 0.
 670  * @return image number
 671  */
 672 int Header::GetImageNumber()
 673 {
 674    // The function i atoi() takes the address of an area of memory as
 675    // parameter and converts the string stored at that location to an integer
 676    // using the external decimal to internal binary conversion rules. This may
 677    // be preferable to sscanf() since atoi() is a much smaller, simpler and
 678    // faster function. sscanf() can do all possible conversions whereas
 679    // atoi() can only do single decimal integer conversions.
 680    //0020 0013 IS REL Image Number
 681    std::string strImNumber = GetEntryByNumber(0x0020,0x0013);
 682    if ( strImNumber != GDCM_UNFOUND )
 683    {
 684       return atoi( strImNumber.c_str() );
 685    }
 686    return 0;   //Hopeless
 687 }
 688
 689 /**
 690  * \brief gets the info from 0008,0060 : Modality
 691  * @return Modality Type
 692  */
 693 ModalityType Header::GetModality()
 694 {
 695    // 0008 0060 CS ID Modality
 696    std::string strModality = GetEntryByNumber(0x0008,0x0060);
 697    if ( strModality != GDCM_UNFOUND )
 698    {
 699            if ( strModality.find("AU") < strModality.length()) return AU;
 700       else if ( strModality.find("AS") < strModality.length()) return AS;
 701       else if ( strModality.find("BI") < strModality.length()) return BI;
 702       else if ( strModality.find("CF") < strModality.length()) return CF;
 703       else if ( strModality.find("CP") < strModality.length()) return CP;
 704       else if ( strModality.find("CR") < strModality.length()) return CR;
 705       else if ( strModality.find("CT") < strModality.length()) return CT;
 706       else if ( strModality.find("CS") < strModality.length()) return CS;
 707       else if ( strModality.find("DD") < strModality.length()) return DD;
 708       else if ( strModality.find("DF") < strModality.length()) return DF;
 709       else if ( strModality.find("DG") < strModality.length()) return DG;
 710       else if ( strModality.find("DM") < strModality.length()) return DM;
 711       else if ( strModality.find("DS") < strModality.length()) return DS;
 712       else if ( strModality.find("DX") < strModality.length()) return DX;
 713       else if ( strModality.find("ECG") < strModality.length()) return ECG;
 714       else if ( strModality.find("EPS") < strModality.length()) return EPS;
 715       else if ( strModality.find("FA") < strModality.length()) return FA;
 716       else if ( strModality.find("FS") < strModality.length()) return FS;
 717       else if ( strModality.find("HC") < strModality.length()) return HC;
 718       else if ( strModality.find("HD") < strModality.length()) return HD;
 719       else if ( strModality.find("LP") < strModality.length()) return LP;
 720       else if ( strModality.find("LS") < strModality.length()) return LS;
 721       else if ( strModality.find("MA") < strModality.length()) return MA;
 722       else if ( strModality.find("MR") < strModality.length()) return MR;
 723       else if ( strModality.find("NM") < strModality.length()) return NM;
 724       else if ( strModality.find("OT") < strModality.length()) return OT;
 725       else if ( strModality.find("PT") < strModality.length()) return PT;
 726       else if ( strModality.find("RF") < strModality.length()) return RF;
 727       else if ( strModality.find("RG") < strModality.length()) return RG;
 728       else if ( strModality.find("RTDOSE")   < strModality.length()) return RTDOSE;
 729       else if ( strModality.find("RTIMAGE")  < strModality.length()) return RTIMAGE;
 730       else if ( strModality.find("RTPLAN")   < strModality.length()) return RTPLAN;
 731       else if ( strModality.find("RTSTRUCT") < strModality.length()) return RTSTRUCT;
 732       else if ( strModality.find("SM") < strModality.length()) return SM;
 733       else if ( strModality.find("ST") < strModality.length()) return ST;
 734       else if ( strModality.find("TG") < strModality.length()) return TG;
 735       else if ( strModality.find("US") < strModality.length()) return US;
 736       else if ( strModality.find("VF") < strModality.length()) return VF;
 737       else if ( strModality.find("XA") < strModality.length()) return XA;
 738       else if ( strModality.find("XC") < strModality.length()) return XC;
 739
 740       else
 741       {
 742          /// \todo throw error return value ???
 743          /// specified <> unknow in our database
 744          return Unknow;
 745       }
 746    }
 747
 748    return Unknow;
 749 }
 750
 751 /**
 752  * \brief   Retrieve the number of Bits Stored (actually used)
 753  *          (as opposite to number of Bits Allocated)
 754  * @return  The encountered number of Bits Stored, 0 by default.
 755  *          0 means the file is NOT USABLE. The caller has to check it !
 756  */
 757 int Header::GetBitsStored()
 758 {
 759    std::string strSize = GetEntryByNumber( 0x0028, 0x0101 );
 760    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 761    {
 762       dbg.Verbose(0, "Header::GetBitsStored: this is supposed to "
 763                      "be mandatory");
 764       return 0;  // It's supposed to be mandatory
 765                  // the caller will have to check
 766    }
 767    return atoi( strSize.c_str() );
 768 }
 769
 770 /**
 771  * \brief   Retrieve the high bit position.
 772  * \warning The method defaults to 0 when information is absent.
 773  *          The responsability of checking this value is left to the caller.
 774  * @return  The high bit positin when present. 0 when absent.
 775  */
 776 int Header::GetHighBitPosition()
 777 {
 778    std::string strSize = GetEntryByNumber( 0x0028, 0x0102 );
 779    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 780    {
 781       dbg.Verbose(0, "Header::GetHighBitPosition: this is supposed "
 782                      "to be mandatory");
 783       return 0;
 784    }
 785    return atoi( strSize.c_str() );
 786 }
 787
 788 /**
 789  * \brief   Check wether the pixels are signed or UNsigned data.
 790  * \warning The method defaults to false (UNsigned) when information is absent.
 791  *          The responsability of checking this value is left to the caller.
 792  * @return  True when signed, false when UNsigned
 793  */
 794 bool Header::IsSignedPixelData()
 795 {
 796    std::string strSize = GetEntryByNumber( 0x0028, 0x0103 );
 797    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 798    {
 799       dbg.Verbose(0, "Header::IsSignedPixelData: this is supposed "
 800                      "to be mandatory");
 801       return false;
 802    }
 803    int sign = atoi( strSize.c_str() );
 804    if ( sign == 0 )
 805    {
 806       return false;
 807    }
 808    return true;
 809 }
 810
 811 /**
 812  * \brief   Retrieve the number of Bits Allocated
 813  *          (8, 12 -compacted ACR-NEMA files, 16, ...)
 814  * @return  The encountered number of Bits Allocated, 0 by default.
 815  *          0 means the file is NOT USABLE. The caller has to check it !
 816  */
 817 int Header::GetBitsAllocated()
 818 {
 819    std::string strSize = GetEntryByNumber(0x0028,0x0100);
 820    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 821    {
 822       dbg.Verbose(0, "Header::GetBitsStored: this is supposed to "
 823                      "be mandatory");
 824       return 0; // It's supposed to be mandatory
 825                 // the caller will have to check
 826    }
 827    return atoi( strSize.c_str() );
 828 }
 829
 830 /**
 831  * \brief   Retrieve the number of Samples Per Pixel
 832  *          (1 : gray level, 3 : RGB -1 or 3 Planes-)
 833  * @return  The encountered number of Samples Per Pixel, 1 by default.
 834  *          (Gray level Pixels)
 835  */
 836 int Header::GetSamplesPerPixel()
 837 {
 838    const std::string& strSize = GetEntryByNumber(0x0028,0x0002);
 839    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 840    {
 841       dbg.Verbose(0, "Header::GetBitsStored: this is supposed to "
 842                      "be mandatory");
 843       return 1; // Well, it's supposed to be mandatory ...
 844                 // but sometimes it's missing : *we* assume Gray pixels
 845    }
 846    return atoi( strSize.c_str() );
 847 }
 848
 849 /**
 850  * \brief   Check wether this a monochrome picture or not by accessing
 851  *          the "Photometric Interpretation" tag ( 0x0028, 0x0004 ).
 852  * @return  true when "MONOCHROME1" or "MONOCHROME2". False otherwise.
 853  */
 854 bool Header::IsMonochrome()
 855 {
 856    const std::string& PhotometricInterp = GetEntryByNumber( 0x0028, 0x0004 );
 857    if (  Util::DicomStringEqual(PhotometricInterp, "MONOCHROME1")
 858       || Util::DicomStringEqual(PhotometricInterp, "MONOCHROME2") )
 859    {
 860       return true;
 861    }
 862    if ( PhotometricInterp == GDCM_UNFOUND )
 863    {
 864       dbg.Verbose(0, "Header::IsMonochrome: absent Photometric "
 865                      "Interpretation");
 866    }
 867    return false;
 868 }
 869
 870 /**
 871  * \brief   Check wether this a "PALETTE COLOR" picture or not by accessing
 872  *          the "Photometric Interpretation" tag ( 0x0028, 0x0004 ).
 873  * @return  true when "PALETTE COLOR". False otherwise.
 874  */
 875 bool Header::IsPaletteColor()
 876 {
 877    std::string PhotometricInterp = GetEntryByNumber( 0x0028, 0x0004 );
 878    if (   PhotometricInterp == "PALETTE COLOR " )
 879    {
 880       return true;
 881    }
 882    if ( PhotometricInterp == GDCM_UNFOUND )
 883    {
 884       dbg.Verbose(0, "Header::IsPaletteColor: absent Photometric "
 885                      "Interpretation");
 886    }
 887    return false;
 888 }
 889
 890 /**
 891  * \brief   Check wether this a "YBR_FULL" color picture or not by accessing
 892  *          the "Photometric Interpretation" tag ( 0x0028, 0x0004 ).
 893  * @return  true when "YBR_FULL". False otherwise.
 894  */
 895 bool Header::IsYBRFull()
 896 {
 897    std::string PhotometricInterp = GetEntryByNumber( 0x0028, 0x0004 );
 898    if (   PhotometricInterp == "YBR_FULL" )
 899    {
 900       return true;
 901    }
 902    if ( PhotometricInterp == GDCM_UNFOUND )
 903    {
 904       dbg.Verbose(0, "Header::IsYBRFull: absent Photometric "
 905                      "Interpretation");
 906    }
 907    return false;
 908 }
 909
 910 /**
 911  * \brief   Retrieve the Planar Configuration for RGB images
 912  *          (0 : RGB Pixels , 1 : R Plane + G Plane + B Plane)
 913  * @return  The encountered Planar Configuration, 0 by default.
 914  */
 915 int Header::GetPlanarConfiguration()
 916 {
 917    std::string strSize = GetEntryByNumber(0x0028,0x0006);
 918    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 919    {
 920       return 0;
 921    }
 922    return atoi( strSize.c_str() );
 923 }
 924
 925 /**
 926  * \brief   Return the size (in bytes) of a single pixel of data.
 927  * @return  The size in bytes of a single pixel of data; 0 by default
 928  *          0 means the file is NOT USABLE; the caller will have to check
 929  */
 930 int Header::GetPixelSize()
 931 {
 932    // 0028 0100 US IMG Bits Allocated
 933    // (in order no to be messed up by old RGB images)
 934    //   if (Header::GetEntryByNumber(0x0028,0x0100) == "24")
 935    //      return 3;
 936
 937    std::string pixelType = GetPixelType();
 938    if ( pixelType ==  "8U" || pixelType == "8S" )
 939    {
 940       return 1;
 941    }
 942    if ( pixelType == "16U" || pixelType == "16S")
 943    {
 944       return 2;
 945    }
 946    if ( pixelType == "32U" || pixelType == "32S")
 947    {
 948       return 4;
 949    }
 950    if ( pixelType == "FD" )
 951    {
 952       return 8;
 953    }
 954    dbg.Verbose(0, "Header::GetPixelSize: Unknown pixel type");
 955    return 0;
 956 }
 957
 958 /**
 959  * \brief   Build the Pixel Type of the image.
 960  *          Possible values are:
 961  *          - 8U  unsigned  8 bit,
 962  *          - 8S    signed  8 bit,
 963  *          - 16U unsigned 16 bit,
 964  *          - 16S   signed 16 bit,
 965  *          - 32U unsigned 32 bit,
 966  *          - 32S   signed 32 bit,
 967  *          - FD floating double 64 bits (Not kosher DICOM, but so usefull!)
 968  * \warning 12 bit images appear as 16 bit.
 969  *          24 bit images appear as 8 bit
 970  * @return  0S if nothing found. NOT USABLE file. The caller has to check
 971  */
 972 std::string Header::GetPixelType()
 973 {
 974    std::string bitsAlloc = GetEntryByNumber(0x0028, 0x0100); // Bits Allocated
 975    if ( bitsAlloc == GDCM_UNFOUND )
 976    {
 977       dbg.Verbose(0, "Header::GetPixelType: unfound Bits Allocated");
 978       bitsAlloc = "16";
 979    }
 980
 981    if ( bitsAlloc == "64" )
 982    {
 983       return "FD";
 984    }
 985    if ( bitsAlloc == "12" )
 986    {
 987       // It will be unpacked
 988       bitsAlloc = "16";
 989    }
 990    else if ( bitsAlloc == "24" )
 991    {
 992       // (in order no to be messed up
 993       bitsAlloc = "8";  // by old RGB images)
 994    }
 995
 996    std::string sign = GetEntryByNumber(0x0028, 0x0103);//"Pixel Representation"
 997
 998    if (sign == GDCM_UNFOUND )
 999    {
1000       dbg.Verbose(0, "Header::GetPixelType: unfound Pixel Representation");
1001       bitsAlloc = "0";
1002    }
1003    if ( sign == "0" )
1004    {
1005       sign = "U";
1006    }
1007    else
1008    {
1009       sign = "S";
1010    }
1011    return bitsAlloc + sign;
1012 }
1013
1014
1015 /**
1016  * \brief   Recover the offset (from the beginning of the file)
1017  *          of *image* pixels (not *icone image* pixels, if any !)
1018  * @return Pixel Offset
1019  */
1020 size_t Header::GetPixelOffset()
1021 {
1022    DocEntry* pxlElement = GetDocEntryByNumber(GrPixel,NumPixel);
1023    if ( pxlElement )
1024    {
1025       return pxlElement->GetOffset();
1026    }
1027    else
1028    {
1029 #ifdef GDCM_DEBUG
1030       std::cout << "Big trouble : Pixel Element ("
1031                 << std::hex << GrPixel<<","<< NumPixel<< ") NOT found"
1032                 << std::endl;
1033 #endif //GDCM_DEBUG
1034       return 0;
1035    }
1036 }
1037
1038 /// \todo TODO : unify those two (previous one and next one)
1039 /**
1040  * \brief   Recover the pixel area length (in Bytes)
1041  * @return Pixel Element Length, as stored in the header
1042  *         (NOT the memory space necessary to hold the Pixels
1043  *          -in case of embeded compressed image-)
1044  *         0 : NOT USABLE file. The caller has to check.
1045  */
1046 size_t Header::GetPixelAreaLength()
1047 {
1048    DocEntry* pxlElement = GetDocEntryByNumber(GrPixel,NumPixel);
1049    if ( pxlElement )
1050    {
1051       return pxlElement->GetLength();
1052    }
1053    else
1054    {
1055 #ifdef GDCM_DEBUG
1056       std::cout << "Big trouble : Pixel Element ("
1057                 << std::hex << GrPixel<<","<< NumPixel<< ") NOT found"
1058                 << std::endl;
1059 #endif //GDCM_DEBUG
1060       return 0;
1061    }
1062 }
1063
1064 /**
1065   * \brief tells us if LUT are used
1066   * \warning Right now, 'Segmented xxx Palette Color Lookup Table Data'
1067   *          are NOT considered as LUT, since nobody knows
1068   *          how to deal with them
1069   *          Please warn me if you know sbdy that *does* know ... jprx
1070   * @return true if LUT Descriptors and LUT Tables were found
1071   */
1072 bool Header::HasLUT()
1073 {
1074    // Check the presence of the LUT Descriptors, and LUT Tables
1075    // LutDescriptorRed
1076    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1101) )
1077    {
1078       return false;
1079    }
1080    // LutDescriptorGreen
1081    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1102) )
1082    {
1083       return false;
1084    }
1085    // LutDescriptorBlue
1086    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1103) )
1087    {
1088       return false;
1089    }
1090    // Red Palette Color Lookup Table Data
1091    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1201) )
1092    {
1093       return false;
1094    }
1095    // Green Palette Color Lookup Table Data
1096    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1202) )
1097    {
1098       return false;
1099    }
1100    // Blue Palette Color Lookup Table Data
1101    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1203) )
1102    {
1103       return false;
1104    }
1105
1106    // FIXME : (0x0028,0x3006) : LUT Data (CTX dependent)
1107    //         NOT taken into account, but we don't know how to use it ...
1108    return true;
1109 }
1110
1111 /**
1112   * \brief gets the info from 0028,1101 : Lookup Table Desc-Red
1113   *             else 0
1114   * @return Lookup Table number of Bits , 0 by default
1115   *          when (0028,0004),Photometric Interpretation = [PALETTE COLOR ]
1116   * @ return bit number of each LUT item
1117   */
1118 int Header::GetLUTNbits()
1119 {
1120    std::vector<std::string> tokens;
1121    int lutNbits;
1122
1123    //Just hope Lookup Table Desc-Red = Lookup Table Desc-Red
1124    //                                = Lookup Table Desc-Blue
1125    // Consistency already checked in GetLUTLength
1126    std::string lutDescription = GetEntryByNumber(0x0028,0x1101);
1127    if ( lutDescription == GDCM_UNFOUND )
1128    {
1129       return 0;
1130    }
1131
1132    tokens.clear(); // clean any previous value
1133    Util::Tokenize ( lutDescription, tokens, "\\" );
1134    //LutLength=atoi(tokens[0].c_str());
1135    //LutDepth=atoi(tokens[1].c_str());
1136
1137    lutNbits = atoi( tokens[2].c_str() );
1138    tokens.clear();
1139
1140    return lutNbits;
1141 }
1142
1143 /**
1144  * \brief Accesses the info from 0002,0010 : Transfert Syntax and TS
1145  *        else 1.
1146  * @return The full Transfert Syntax Name (as opposed to Transfert Syntax UID)
1147  */
1148 std::string Header::GetTransfertSyntaxName()
1149 {
1150    // use the TS (TS : Transfert Syntax)
1151    std::string transfertSyntax = GetEntryByNumber(0x0002,0x0010);
1152
1153    if ( transfertSyntax == GDCM_NOTLOADED )
1154    {
1155       std::cout << "Transfert Syntax not loaded. " << std::endl
1156                << "Better you increase MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE"
1157                << std::endl;
1158       return "Uncompressed ACR-NEMA";
1159    }
1160    if ( transfertSyntax == GDCM_UNFOUND )
1161    {
1162       dbg.Verbose(0, "Header::GetTransfertSyntaxName:"
1163                      " unfound Transfert Syntax (0002,0010)");
1164       return "Uncompressed ACR-NEMA";
1165    }
1166
1167    while ( ! isdigit((unsigned char)transfertSyntax[transfertSyntax.length()-1]) )
1168    {
1169       transfertSyntax.erase(transfertSyntax.length()-1, 1);
1170    }
1171    // we do it only when we need it
1172    TS* ts         = Global::GetTS();
1173    std::string tsName = ts->GetValue( transfertSyntax );
1174
1175    //delete ts; /// \todo Seg Fault when deleted ?!
1176    return tsName;
1177 }
1178
1179 //-----------------------------------------------------------------------------
1180 // Protected
1181
1182 /**
1183  * \brief anonymize a Header (removes Patient's personal info)
1184  *        (read the code to see which ones ...)
1185  */
1186 bool Header::AnonymizeHeader()
1187 {
1188    // If exist, replace by spaces
1189    SetEntryByNumber ("  ",0x0010, 0x2154); // Telephone
1190    SetEntryByNumber ("  ",0x0010, 0x1040); // Adress
1191    SetEntryByNumber ("  ",0x0010, 0x0020); // Patient ID
1192
1193    DocEntry* patientNameHE = GetDocEntryByNumber (0x0010, 0x0010);
1194
1195    if ( patientNameHE ) // we replace it by Study Instance UID (why not)
1196    {
1197       std::string studyInstanceUID =  GetEntryByNumber (0x0020, 0x000d);
1198       if ( studyInstanceUID != GDCM_UNFOUND )
1199       {
1200          ReplaceOrCreateByNumber(studyInstanceUID, 0x0010, 0x0010);
1201       }
1202       else
1203       {
1204          ReplaceOrCreateByNumber("anonymised", 0x0010, 0x0010);
1205       }
1206    }
1207
1208   // Just for fun :-(
1209   // (if any) remove or replace all the stuff that contains a Date
1210
1211 //0008 0012 DA ID Instance Creation Date
1212 //0008 0020 DA ID Study Date
1213 //0008 0021 DA ID Series Date
1214 //0008 0022 DA ID Acquisition Date
1215 //0008 0023 DA ID Content Date
1216 //0008 0024 DA ID Overlay Date
1217 //0008 0025 DA ID Curve Date
1218 //0008 002a DT ID Acquisition Datetime
1219 //0018 9074 DT ACQ Frame Acquisition Datetime
1220 //0018 9151 DT ACQ Frame Reference Datetime
1221 //0018 a002 DT ACQ Contribution Date Time
1222 //0020 3403 SH REL Modified Image Date (RET)
1223 //0032 0032 DA SDY Study Verified Date
1224 //0032 0034 DA SDY Study Read Date
1225 //0032 1000 DA SDY Scheduled Study Start Date
1226 //0032 1010 DA SDY Scheduled Study Stop Date
1227 //0032 1040 DA SDY Study Arrival Date
1228 //0032 1050 DA SDY Study Completion Date
1229 //0038 001a DA VIS Scheduled Admission Date
1230 //0038 001c DA VIS Scheduled Discharge Date
1231 //0038 0020 DA VIS Admitting Date
1232 //0038 0030 DA VIS Discharge Date
1233 //0040 0002 DA PRC Scheduled Procedure Step Start Date
1234 //0040 0004 DA PRC Scheduled Procedure Step End Date
1235 //0040 0244 DA PRC Performed Procedure Step Start Date
1236 //0040 0250 DA PRC Performed Procedure Step End Date
1237 //0040 2004 DA PRC Issue Date of Imaging Service Request
1238 //0040 4005 DT PRC Scheduled Procedure Step Start Date and Time
1239 //0040 4011 DT PRC Expected Completion Date and Time
1240 //0040 a030 DT PRC Verification Date Time
1241 //0040 a032 DT PRC Observation Date Time
1242 //0040 a120 DT PRC DateTime
1243 //0040 a121 DA PRC Date
1244 //0040 a13a DT PRC Referenced Datetime
1245 //0070 0082 DA ??? Presentation Creation Date
1246 //0100 0420 DT ??? SOP Autorization Date and Time
1247 //0400 0105 DT ??? Digital Signature DateTime
1248 //2100 0040 DA PJ Creation Date
1249 //3006 0008 DA SSET Structure Set Date
1250 //3008 0024 DA ??? Treatment Control Point Date
1251 //3008 0054 DA ??? First Treatment Date
1252 //3008 0056 DA ??? Most Recent Treatment Date
1253 //3008 0162 DA ??? Safe Position Exit Date
1254 //3008 0166 DA ??? Safe Position Return Date
1255 //3008 0250 DA ??? Treatment Date
1256 //300a 0006 DA RT RT Plan Date
1257 //300a 022c DA RT Air Kerma Rate Reference Date
1258 //300e 0004 DA RT Review Date
1259
1260    return true;
1261 }
1262
1263 /**
1264   * \brief gets the info from 0020,0037 : Image Orientation Patient
1265   * @param iop adress of the (6)float aray to receive values
1266   * @return cosines of image orientation patient
1267   */
1268 void Header::GetImageOrientationPatient( float iop[6] )
1269 {
1270    std::string strImOriPat;
1271    //iop is supposed to be float[6]
1272    iop[0] = iop[1] = iop[2] = iop[3] = iop[4] = iop[5] = 0.;
1273
1274    // 0020 0037 DS REL Image Orientation (Patient)
1275    if ( (strImOriPat = GetEntryByNumber(0x0020,0x0037)) != GDCM_UNFOUND )
1276    {
1277       if( sscanf( strImOriPat.c_str(), "%f\\%f\\%f\\%f\\%f\\%f",
1278           &iop[0], &iop[1], &iop[2], &iop[3], &iop[4], &iop[5]) != 6 )
1279       {
1280          dbg.Verbose(0, "Header::GetImageOrientationPatient: "
1281                         "wrong Image Orientation Patient (0020,0037)");
1282       }
1283    }
1284    //For ACR-NEMA
1285    // 0020 0035 DS REL Image Orientation (RET)
1286    else if ( (strImOriPat = GetEntryByNumber(0x0020,0x0035)) != GDCM_UNFOUND )
1287    {
1288       if( sscanf( strImOriPat.c_str(), "%f\\%f\\%f\\%f\\%f\\%f",
1289           &iop[0], &iop[1], &iop[2], &iop[3], &iop[4], &iop[5]) != 6 )
1290       {
1291          dbg.Verbose(0, "Header::GetImageOrientationPatient: "
1292                         "wrong Image Orientation Patient (0020,0035)");
1293       }
1294    }
1295 }
1296
1297 /**
1298  * \brief Initialize a default DICOM header that should contain all the
1299  *        field require by other reader. DICOM standart does not
1300  *        explicitely defines thoses fields, heuristic has been choosen.
1301  *        This is not perfect as we are writting a CT image...
1302  */
1303 void Header::InitializeDefaultHeader()
1304 {
1305    typedef struct
1306    {
1307       const char *value;
1308       uint16_t group;
1309       uint16_t elem;
1310    } DICOM_DEFAULT_VALUE;
1311
1312    const char *date = Util::GetCurrentDate().c_str();
1313    const char *time = Util::GetCurrentTime().c_str();
1314    const char *uid  = Util::CreateUniqueUID().c_str();
1315
1316    static DICOM_DEFAULT_VALUE defaultvalue[] = {
1317     "76", 0x0002, 0x0000,  // MetaElementGroup Length // FIXME: how to recompute ?
1318     "1.2.840.10008.5.1.4.1.1.2", 0x0002, 0x0002,  // MediaStorageSOPInstanceUID (CT Image Storage)
1319     uid,      0x0002, 0x0012,  // META Implementation Class UID
1320     "ISO_IR 100", 0x0008, 0x0005,  // Specific Character Set
1321     "DERIVED\\SECONDARY\\OTHER\\GDCM", 0x0008, 0x0008,  // Image Type
1322     "1.2.840.10008.5.1.4.1.1.2", 0x0008, 0x0016,  // SOP Class UID
1323     "",       0x0008, 0x0050,  // Accession Number
1324     "GDCM",   0x0008, 0x0070,  // Manufacturer
1325     "GDCM",   0x0008, 0x0080,  // Institution Name
1326     "http://www-creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/", 0x0008, 0x0081,  // Institution Address
1327     "",       0x0008, 0x0090,  // Refering Physician Name
1328     "",       0x0008, 0x1030,  // Study Description
1329     "",       0x0008, 0x1050,  // Performing Physician's Name
1330     "",       0x0008, 0x1060,  // Name of Physician(s) Reading Study
1331     "",       0x0010, 0x0040,  // Patient's Sex
1332     uid,      0x0020, 0x000d,  // StudyInstanceUID
1333     uid,      0x0020, 0x000e,  // SeriesInstanceUID
1334     "",       0x0020, 0x0011,   // AcquisitionNumber
1335     "1\\0\\0\\0\\1\\0", 0x0020, 0x0037,  // Image Orientation Patient
1336     "1",      0x0028, 0x0002,  // Samples per pixel 1 or 3
1337     "MONOCHROME2", 0x0028, 0x0004,  // photochromatic interpretation
1338
1339 // Date and time
1340
1341     date,       0x0008, 0x0012,  // Instance Creation Date
1342     time,       0x0008, 0x0013,  // Instance Creation Time
1343     date,       0x0008, 0x0020,  // Study Date
1344     date,       0x0008, 0x0022,  // Acquisition Date
1345     date,       0x0008, 0x0023,  // Content Date
1346     time,       0x0008, 0x0030,  // Study Time
1347     "CT",       0x0008, 0x0060,  // Modality
1348     "GDCM",     0x0010, 0x0010,  // Patient's Name
1349     "GDCMID",   0x0010, 0x0020,  // Patient ID
1350     "1",        0x0020, 0x0010,  // StudyID
1351     "1",        0x0020, 0x0011,  // SeriesNumber
1352     "1.0",      0x0018, 0x0050,  // slice Thickness
1353     "1.0",      0x0018, 0x0088,  // space between slices
1354     "1.0\\1.0", 0x0028, 0x0030,  // pixelSpacing
1355     "64",       0x0028, 0x0010,  // nbRows
1356     "64",       0x0028, 0x0011,  // nbCols
1357     "16",       0x0028, 0x0100,  // BitsAllocated 8 or 16
1358     "12",       0x0028, 0x0101,  // BitsStored    8 or 12
1359     "11",       0x0028, 0x0102,  // HighBit       7 or 11
1360     "0",        0x0028, 0x0103,  // Pixel Representation 0(unsigned) or 1(signed)
1361     "1000.0",   0x0028, 0x1051,  // Window Width
1362     "500.0",    0x0028, 0x1050,  // Window Center
1363      0, 0, 0
1364    };
1365
1366    // default value
1367    // Special case this is the image (not a string)
1368    GrPixel = 0x7fe0;
1369    NumPixel = 0x0010;
1370    ReplaceOrCreateByNumber(0, 0, GrPixel, NumPixel);
1371
1372    // All remaining strings:
1373    unsigned int i = 0;
1374    DICOM_DEFAULT_VALUE current = defaultvalue[i];
1375    while( current.value )
1376    {
1377       std::string value = Util::DicomString( current.value ); //pad the string properly
1378       ReplaceOrCreateByNumber(value, current.group, current.elem);
1379       current = defaultvalue[++i];
1380    }
1381 }
1382
1383 //-----------------------------------------------------------------------------
1384 // Private
1385
1386 //-----------------------------------------------------------------------------
1387
1388 } // end namespace gdcm