src/gdcmHeader.cxx

   1 // $Header: /cvs/public/gdcm/src/Attic/gdcmHeader.cxx,v 1.100 2003/10/14 11:53:16 jpr Exp $
   2
   3 #include "gdcmHeader.h"
   4
   5 #include <stdio.h>
   6 #include <cerrno>
   7 // For nthos:
   8 #ifdef _MSC_VER
   9 #include <winsock.h>
  10 #else
  11 #include <netinet/in.h>
  12 #endif
  13 #include <cctype>    // for isalpha
  14 #include <sstream>
  15 #include "gdcmUtil.h"
  16 #include "gdcmTS.h"
  17
  18 // Refer to gdcmHeader::CheckSwap()
  19 #define HEADER_LENGTH_TO_READ       256
  20 // Refer to gdcmHeader::SetMaxSizeLoadElementValue()
  21 //#define _MaxSizeLoadElementValue_   1024
  22 #define _MaxSizeLoadElementValue_   4096
  23 /**
  24  * \ingroup gdcmHeader
  25  * \brief
  26  */
  27 void gdcmHeader::Initialise(void) {
  28    dicom_vr = gdcmGlobal::GetVR();
  29    dicom_ts = gdcmGlobal::GetTS();
  30    Dicts    = gdcmGlobal::GetDicts();
  31    RefPubDict = Dicts->GetDefaultPubDict();
  32    RefShaDict = (gdcmDict*)0;
  33 }
  34
  35 /**
  36  * \ingroup gdcmHeader
  37  * \brief
  38  * @param   InFilename
  39  * @param   exception_on_error
  40  */
  41 gdcmHeader::gdcmHeader(const char *InFilename, bool exception_on_error) {
  42    SetMaxSizeLoadElementValue(_MaxSizeLoadElementValue_);
  43    filename = InFilename;
  44    Initialise();
  45    if ( !OpenFile(exception_on_error))
  46       return;
  47
  48    ParseHeader();
  49    LoadElements();
  50    CloseFile();
  51 }
  52
  53 /**
  54  * \ingroup gdcmHeader
  55  * \brief
  56  * @param   exception_on_error
  57  */
  58 gdcmHeader::gdcmHeader(bool exception_on_error) {
  59   SetMaxSizeLoadElementValue(_MaxSizeLoadElementValue_);
  60   Initialise();
  61 }
  62
  63 /**
  64  * \ingroup gdcmHeader
  65  * \brief
  66  * @param   exception_on_error
  67  * @return
  68  */
  69  bool gdcmHeader::OpenFile(bool exception_on_error)
  70   throw(gdcmFileError) {
  71   fp=fopen(filename.c_str(),"rb");
  72   if(exception_on_error) {
  73     if(!fp)
  74       throw gdcmFileError("gdcmHeader::gdcmHeader(const char *, bool)");
  75   }
  76 //  char *testEntete = new char[204];
  77   guint16 zero;
  78   fread(&zero,  (size_t)2, (size_t)1, fp);
  79   if ( fp ) {
  80     //ACR -- or DICOM with no Preamble
  81     if( zero == 0x0008 || zero == 0x0800 || zero == 0x0002 || zero == 0x0200)
  82        return true;
  83     //DICOM
  84     fseek(fp, 126L, SEEK_CUR);
  85     char dicm[4];
  86     fread(dicm,  (size_t)4, (size_t)1, fp);
  87     if( strncmp(dicm, "DICM", 4) == 0 )
  88        return true;
  89     fclose(fp);
  90     dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::gdcmHeader not DICOM/ACR", filename.c_str());
  91   }
  92   else {
  93     dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::gdcmHeader cannot open file", filename.c_str());
  94   }
  95   return false;
  96 }
  97
  98 /**
  99  * \ingroup gdcmHeader
 100  * \brief
 101  * @return  TRUE if the close was successfull
 102  */
 103 bool gdcmHeader::CloseFile(void) {
 104   int closed = fclose(fp);
 105   fp = (FILE *)0;
 106   if (! closed)
 107      return false;
 108   return true;
 109 }
 110
 111 /**
 112  * \ingroup gdcmHeader
 113  * \brief   Canonical destructor.
 114  */
 115 gdcmHeader::~gdcmHeader (void) {
 116   dicom_vr =   (gdcmVR*)0;
 117   Dicts    =   (gdcmDictSet*)0;
 118   RefPubDict = (gdcmDict*)0;
 119   RefShaDict = (gdcmDict*)0;
 120   return;
 121 }
 122
 123 // Fourth semantics:
 124 //
 125 // ---> Warning : This fourth fiels is NOT part
 126 //                of the 'official' Dicom Dictionnary
 127 //                and should NOT be used.
 128 //                (Not defined for all the groups
 129 //                 may be removed in a future release)
 130 //
 131 // CMD      Command
 132 // META     Meta Information
 133 // DIR      Directory
 134 // ID
 135 // PAT      Patient
 136 // ACQ      Acquisition
 137 // REL      Related
 138 // IMG      Image
 139 // SDY      Study
 140 // VIS      Visit
 141 // WAV      Waveform
 142 // PRC
 143 // DEV      Device
 144 // NMI      Nuclear Medicine
 145 // MED
 146 // BFS      Basic Film Session
 147 // BFB      Basic Film Box
 148 // BIB      Basic Image Box
 149 // BAB
 150 // IOB
 151 // PJ
 152 // PRINTER
 153 // RT       Radio Therapy
 154 // DVH
 155 // SSET
 156 // RES      Results
 157 // CRV      Curve
 158 // OLY      Overlays
 159 // PXL      Pixels
 160 // DL       Delimiters
 161 //
 162
 163 /**
 164  * \ingroup gdcmHeader
 165  * \brief   Discover what the swap code is (among little endian, big endian,
 166  *          bad little endian, bad big endian).
 167  *
 168  */
 169 void gdcmHeader::CheckSwap()
 170 {
 171    // The only guaranted way of finding the swap code is to find a
 172    // group tag since we know it's length has to be of four bytes i.e.
 173    // 0x00000004. Finding the swap code in then straigthforward. Trouble
 174    // occurs when we can't find such group...
 175    guint32  s;
 176    guint32  x=4;  // x : for ntohs
 177    bool net2host; // true when HostByteOrder is the same as NetworkByteOrder
 178
 179    int lgrLue;
 180    char * entCur;
 181    char deb[HEADER_LENGTH_TO_READ];
 182
 183    // First, compare HostByteOrder and NetworkByteOrder in order to
 184    // determine if we shall need to swap bytes (i.e. the Endian type).
 185    if (x==ntohs(x))
 186       net2host = true;
 187    else
 188       net2host = false;
 189
 190    // The easiest case is the one of a DICOM header, since it possesses a
 191    // file preamble where it suffice to look for the string "DICM".
 192    lgrLue = fread(deb, 1, HEADER_LENGTH_TO_READ, fp);
 193
 194    entCur = deb + 128;
 195    if(memcmp(entCur, "DICM", (size_t)4) == 0) {
 196       dbg.Verbose(1, "gdcmHeader::CheckSwap:", "looks like DICOM Version3");
 197       // Next, determine the value representation (VR). Let's skip to the
 198       // first element (0002, 0000) and check there if we find "UL"
 199       // - or "OB" if the 1st one is (0002,0001) -,
 200       // in which case we (almost) know it is explicit VR.
 201       // WARNING: if it happens to be implicit VR then what we will read
 202       // is the length of the group. If this ascii representation of this
 203       // length happens to be "UL" then we shall believe it is explicit VR.
 204       // FIXME: in order to fix the above warning, we could read the next
 205       // element value (or a couple of elements values) in order to make
 206       // sure we are not commiting a big mistake.
 207       // We need to skip :
 208       // * the 128 bytes of File Preamble (often padded with zeroes),
 209       // * the 4 bytes of "DICM" string,
 210       // * the 4 bytes of the first tag (0002, 0000),or (0002, 0001)
 211       // i.e. a total of  136 bytes.
 212       entCur = deb + 136;
 213       // FIXME
 214       // Use gdcmHeader::dicom_vr to test all the possibilities
 215       // instead of just checking for UL, OB and UI !?
 216       if(  (memcmp(entCur, "UL", (size_t)2) == 0) ||
 217            (memcmp(entCur, "OB", (size_t)2) == 0) ||
 218            (memcmp(entCur, "UI", (size_t)2) == 0) )
 219       {
 220          filetype = ExplicitVR;
 221          dbg.Verbose(1, "gdcmHeader::CheckSwap:",
 222                      "explicit Value Representation");
 223       } else {
 224          filetype = ImplicitVR;
 225          dbg.Verbose(1, "gdcmHeader::CheckSwap:",
 226                      "not an explicit Value Representation");
 227       }
 228       if (net2host) {
 229          sw = 4321;
 230          dbg.Verbose(1, "gdcmHeader::CheckSwap:",
 231                         "HostByteOrder != NetworkByteOrder");
 232       } else {
 233          sw = 0;
 234          dbg.Verbose(1, "gdcmHeader::CheckSwap:",
 235                         "HostByteOrder = NetworkByteOrder");
 236       }
 237
 238       // Position the file position indicator at first tag (i.e.
 239       // after the file preamble and the "DICM" string).
 240       rewind(fp);
 241       fseek (fp, 132L, SEEK_SET);
 242       return;
 243    } // End of DicomV3
 244
 245    // Alas, this is not a DicomV3 file and whatever happens there is no file
 246    // preamble. We can reset the file position indicator to where the data
 247    // is (i.e. the beginning of the file).
 248     dbg.Verbose(1, "gdcmHeader::CheckSwap:", "not a DICOM Version3 file");
 249    rewind(fp);
 250
 251    // Our next best chance would be to be considering a 'clean' ACR/NEMA file.
 252    // By clean we mean that the length of the first tag is written down.
 253    // If this is the case and since the length of the first group HAS to be
 254    // four (bytes), then determining the proper swap code is straightforward.
 255
 256    entCur = deb + 4;
 257    // We assume the array of char we are considering contains the binary
 258    // representation of a 32 bits integer. Hence the following dirty
 259    // trick :
 260    s = *((guint32 *)(entCur));
 261
 262    switch (s) {
 263    case 0x00040000 :
 264       sw = 3412;
 265       filetype = ACR;
 266       return;
 267    case 0x04000000 :
 268       sw = 4321;
 269       filetype = ACR;
 270       return;
 271    case 0x00000400 :
 272       sw = 2143;
 273       filetype = ACR;
 274       return;
 275    case 0x00000004 :
 276       sw = 0;
 277       filetype = ACR;
 278       return;
 279    default :
 280       dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::CheckSwap:",
 281                      "ACR/NEMA unfound swap info (time to raise bets)");
 282    }
 283
 284    // We are out of luck. It is not a DicomV3 nor a 'clean' ACR/NEMA file.
 285    // It is time for despaired wild guesses. So, let's assume this file
 286    // happens to be 'dirty' ACR/NEMA, i.e. the length of the group is
 287    // not present. Then the only info we have is the net2host one.
 288    filetype = Unknown;
 289    if (! net2host )
 290       sw = 0;
 291    else
 292       sw = 4321;
 293    return;
 294 }
 295
 296 /**
 297  * \ingroup gdcmHeader
 298  * \brief
 299  */
 300 void gdcmHeader::SwitchSwapToBigEndian(void) {
 301    dbg.Verbose(1, "gdcmHeader::SwitchSwapToBigEndian",
 302                   "Switching to BigEndian mode.");
 303    if ( sw == 0    ) {
 304       sw = 4321;
 305       return;
 306    }
 307    if ( sw == 4321 ) {
 308       sw = 0;
 309       return;
 310    }
 311    if ( sw == 3412 ) {
 312       sw = 2143;
 313       return;
 314    }
 315    if ( sw == 2143 )
 316       sw = 3412;
 317 }
 318
 319 /**
 320  * \ingroup   gdcmHeader
 321  * \brief     Find the value representation of the current tag.
 322  * @param ElVal
 323  */
 324 void gdcmHeader::FindVR( gdcmElValue *ElVal) {
 325    if (filetype != ExplicitVR)
 326       return;
 327
 328    char VR[3];
 329    std::string vr;
 330    int lgrLue;
 331    char msg[100]; // for sprintf. Sorry
 332
 333    long PositionOnEntry = ftell(fp);
 334    // Warning: we believe this is explicit VR (Value Representation) because
 335    // we used a heuristic that found "UL" in the first tag. Alas this
 336    // doesn't guarantee that all the tags will be in explicit VR. In some
 337    // cases (see e-film filtered files) one finds implicit VR tags mixed
 338    // within an explicit VR file. Hence we make sure the present tag
 339    // is in explicit VR and try to fix things if it happens not to be
 340    // the case.
 341    bool RealExplicit = true;
 342
 343    lgrLue=fread (&VR, (size_t)2,(size_t)1, fp);
 344    VR[2]=0;
 345    vr = std::string(VR);
 346
 347    // Assume we are reading a falsely explicit VR file i.e. we reached
 348    // a tag where we expect reading a VR but are in fact we read the
 349    // first to bytes of the length. Then we will interogate (through find)
 350    // the dicom_vr dictionary with oddities like "\004\0" which crashes
 351    // both GCC and VC++ implementations of the STL map. Hence when the
 352    // expected VR read happens to be non-ascii characters we consider
 353    // we hit falsely explicit VR tag.
 354
 355    if ( (!isalpha(VR[0])) && (!isalpha(VR[1])) )
 356       RealExplicit = false;
 357
 358    // CLEANME searching the dicom_vr at each occurence is expensive.
 359    // PostPone this test in an optional integrity check at the end
 360    // of parsing or only in debug mode.
 361    if ( RealExplicit && !dicom_vr->Count(vr) )
 362       RealExplicit= false;
 363
 364    if ( RealExplicit ) {
 365       if ( ElVal->IsVrUnknown() ) {
 366          // When not a dictionary entry, we can safely overwrite the vr.
 367          ElVal->SetVR(vr);
 368          return;
 369       }
 370       if ( ElVal->GetVR() == vr ) {
 371          // The vr we just read and the dictionary agree. Nothing to do.
 372          return;
 373       }
 374       // The vr present in the file and the dictionary disagree. We assume
 375       // the file writer knew best and use the vr of the file. Since it would
 376       // be unwise to overwrite the vr of a dictionary (since it would
 377       // compromise it's next user), we need to clone the actual DictEntry
 378       // and change the vr for the read one.
 379       gdcmDictEntry* NewTag = new gdcmDictEntry(ElVal->GetGroup(),
 380                                  ElVal->GetElement(),
 381                                  vr,
 382                                  "FIXME",
 383                                  ElVal->GetName());
 384       ElVal->SetDictEntry(NewTag);
 385       return;
 386    }
 387
 388    // We thought this was explicit VR, but we end up with an
 389    // implicit VR tag. Let's backtrack.
 390
 391       sprintf(msg,"Falsely explicit vr file (%04x,%04x)\n",
 392                    ElVal->GetGroup(),ElVal->GetElement());
 393       dbg.Verbose(1, "gdcmHeader::FindVR: ",msg);
 394
 395    fseek(fp, PositionOnEntry, SEEK_SET);
 396    // When this element is known in the dictionary we shall use, e.g. for
 397    // the semantics (see  the usage of IsAnInteger), the vr proposed by the
 398    // dictionary entry. Still we have to flag the element as implicit since
 399    // we know now our assumption on expliciteness is not furfilled.
 400    // avoid  .
 401    if ( ElVal->IsVrUnknown() )
 402       ElVal->SetVR("Implicit");
 403    ElVal->SetImplicitVr();
 404 }
 405
 406 /**
 407  * \ingroup gdcmHeader
 408  * \brief   Determines if the Transfer Syntax was already encountered
 409  *          and if it corresponds to a ImplicitVRLittleEndian one.
 410  *
 411  * @return  True when ImplicitVRLittleEndian found. False in all other cases.
 412  */
 413 bool gdcmHeader::IsImplicitVRLittleEndianTransferSyntax(void) {
 414    gdcmElValue* Element = PubElValSet.GetElementByNumber(0x0002, 0x0010);
 415    if ( !Element )
 416       return false;
 417    LoadElementValueSafe(Element);
 418    std::string Transfer = Element->GetValue();
 419    if ( Transfer == "1.2.840.10008.1.2" )
 420       return true;
 421    return false;
 422 }
 423
 424 /**
 425  * \ingroup gdcmHeader
 426  * \brief   Determines if the Transfer Syntax was already encountered
 427  *          and if it corresponds to a ExplicitVRLittleEndian one.
 428  *
 429  * @return  True when ExplicitVRLittleEndian found. False in all other cases.
 430  */
 431 bool gdcmHeader::IsExplicitVRLittleEndianTransferSyntax(void) {
 432    gdcmElValue* Element = PubElValSet.GetElementByNumber(0x0002, 0x0010);
 433    if ( !Element )
 434       return false;
 435    LoadElementValueSafe(Element);
 436    std::string Transfer = Element->GetValue();
 437    if ( Transfer == "1.2.840.10008.1.2.1" )
 438       return true;
 439    return false;
 440 }
 441
 442 /**
 443  * \ingroup gdcmHeader
 444  * \brief   Determines if the Transfer Syntax was already encountered
 445  *          and if it corresponds to a DeflatedExplicitVRLittleEndian one.
 446  *
 447  * @return  True when DeflatedExplicitVRLittleEndian found. False in all other cases.
 448  */
 449 bool gdcmHeader::IsDeflatedExplicitVRLittleEndianTransferSyntax(void) {
 450    gdcmElValue* Element = PubElValSet.GetElementByNumber(0x0002, 0x0010);
 451    if ( !Element )
 452       return false;
 453    LoadElementValueSafe(Element);
 454    std::string Transfer = Element->GetValue();
 455    if ( Transfer == "1.2.840.10008.1.2.1.99" )
 456       return true;
 457    return false;
 458 }
 459
 460 /**
 461  * \ingroup gdcmHeader
 462  * \brief   Determines if the Transfer Syntax was already encountered
 463  *          and if it corresponds to a Explicit VR Big Endian one.
 464  *
 465  * @return  True when big endian found. False in all other cases.
 466  */
 467 bool gdcmHeader::IsExplicitVRBigEndianTransferSyntax(void) {
 468    gdcmElValue* Element = PubElValSet.GetElementByNumber(0x0002, 0x0010);
 469    if ( !Element )
 470       return false;
 471    LoadElementValueSafe(Element);
 472    std::string Transfer = Element->GetValue();
 473    if ( Transfer == "1.2.840.10008.1.2.2" )  //1.2.2 ??? A verifier !
 474       return true;
 475    return false;
 476 }
 477
 478 /**
 479  * \ingroup gdcmHeader
 480  * \brief   Determines if the Transfer Syntax was already encountered
 481  *          and if it corresponds to a JPEGBaseLineProcess1 one.
 482  *
 483  * @return  True when JPEGBaseLineProcess1found. False in all other cases.
 484  */
 485 bool gdcmHeader::IsJPEGBaseLineProcess1TransferSyntax(void) {
 486    gdcmElValue* Element = PubElValSet.GetElementByNumber(0x0002, 0x0010);
 487    if ( !Element )
 488       return false;
 489    LoadElementValueSafe(Element);
 490    std::string Transfer = Element->GetValue();
 491    if ( Transfer == "1.2.840.10008.1.2.4.50" )
 492       return true;
 493    return false;
 494 }
 495
 496 /**
 497  * \ingroup gdcmHeader
 498  * \brief
 499  *
 500  * @return
 501  */
 502 bool gdcmHeader::IsJPEGLossless(void) {
 503    gdcmElValue* Element = PubElValSet.GetElementByNumber(0x0002, 0x0010);
 504     // faire qq chose d'intelligent a la place de ça
 505    if ( !Element )
 506       return false;
 507    LoadElementValueSafe(Element);
 508    const char * Transfert = Element->GetValue().c_str();
 509    if ( memcmp(Transfert+strlen(Transfert)-2 ,"70",2)==0) return true;
 510    if ( memcmp(Transfert+strlen(Transfert)-2 ,"55",2)==0) return true;
 511    if (Element->GetValue() == "1.2.840.10008.1.2.4.57") return true;
 512
 513    return false;
 514 }
 515
 516
 517 /**
 518  * \ingroup gdcmHeader
 519  * \brief   Determines if the Transfer Syntax was already encountered
 520  *          and if it corresponds to a JPEGExtendedProcess2-4 one.
 521  *
 522  * @return  True when JPEGExtendedProcess2-4 found. False in all other cases.
 523  */
 524 bool gdcmHeader::IsJPEGExtendedProcess2_4TransferSyntax(void) {
 525    gdcmElValue* Element = PubElValSet.GetElementByNumber(0x0002, 0x0010);
 526    if ( !Element )
 527       return false;
 528    LoadElementValueSafe(Element);
 529    std::string Transfer = Element->GetValue();
 530    if ( Transfer == "1.2.840.10008.1.2.4.51" )
 531       return true;
 532    return false;
 533 }
 534
 535 /**
 536  * \ingroup gdcmHeader
 537  * \brief   Determines if the Transfer Syntax was already encountered
 538  *          and if it corresponds to a JPEGExtendeProcess3-5 one.
 539  *
 540  * @return  True when JPEGExtendedProcess3-5 found. False in all other cases.
 541  */
 542 bool gdcmHeader::IsJPEGExtendedProcess3_5TransferSyntax(void) {
 543    gdcmElValue* Element = PubElValSet.GetElementByNumber(0x0002, 0x0010);
 544    if ( !Element )
 545       return false;
 546    LoadElementValueSafe(Element);
 547    std::string Transfer = Element->GetValue();
 548    if ( Transfer == "1.2.840.10008.1.2.4.52" )
 549       return true;
 550    return false;
 551 }
 552
 553 /**
 554  * \ingroup gdcmHeader
 555  * \brief   Determines if the Transfer Syntax was already encountered
 556  *          and if it corresponds to a JPEGSpectralSelectionProcess6-8 one.
 557  *
 558  * @return  True when JPEGSpectralSelectionProcess6-8 found. False in all
 559  *          other cases.
 560  */
 561 bool gdcmHeader::IsJPEGSpectralSelectionProcess6_8TransferSyntax(void) {
 562    gdcmElValue* Element = PubElValSet.GetElementByNumber(0x0002, 0x0010);
 563    if ( !Element )
 564       return false;
 565    LoadElementValueSafe(Element);
 566    std::string Transfer = Element->GetValue();
 567    if ( Transfer == "1.2.840.10008.1.2.4.53" )
 568       return true;
 569    return false;
 570 }
 571
 572 /**
 573  * \ingroup gdcmHeader
 574  * \brief   Determines if the Transfer Syntax was already encountered
 575  *          and if it corresponds to a RLE Lossless one.
 576  *
 577  * @return  True when RLE Lossless found. False in all
 578  *          other cases.
 579  */
 580 bool gdcmHeader::IsRLELossLessTransferSyntax(void) {
 581    gdcmElValue* Element = PubElValSet.GetElementByNumber(0x0002, 0x0010);
 582    if ( !Element )
 583       return false;
 584    LoadElementValueSafe(Element);
 585    std::string Transfer = Element->GetValue();
 586    if ( Transfer == "1.2.840.10008.1.2.5" )
 587       return true;
 588    return false;
 589 }
 590
 591 /**
 592  * \ingroup gdcmHeader
 593  * \brief   Determines if the Transfer Syntax was already encountered
 594  *          and if it corresponds to a JPEG200 one.0
 595  *
 596  * @return  True when JPEG2000 (Lossly or LossLess) found. False in all
 597  *          other cases.
 598  */
 599 bool gdcmHeader::IsJPEG2000(void) {
 600    gdcmElValue* Element = PubElValSet.GetElementByNumber(0x0002, 0x0010);
 601    if ( !Element )
 602       return false;
 603    LoadElementValueSafe(Element);
 604    std::string Transfer = Element->GetValue();
 605    if (    (Transfer == "1.2.840.10008.1.2.4.90")
 606         || (Transfer == "1.2.840.10008.1.2.4.91") )
 607       return true;
 608    return false;
 609 }
 610
 611 /**
 612  * \ingroup gdcmHeader
 613  * \brief   Predicate for dicom version 3 file.
 614  * @return  True when the file is a dicom version 3.
 615  */
 616 bool gdcmHeader::IsDicomV3(void) {
 617    if (   (filetype == ExplicitVR)
 618        || (filetype == ImplicitVR) )
 619       return true;
 620    return false;
 621 }
 622
 623 /**
 624  * \ingroup gdcmHeader
 625  * \brief   When the length of an element value is obviously wrong (because
 626  *          the parser went Jabberwocky) one can hope improving things by
 627  *          applying this heuristic.
 628  */
 629 void gdcmHeader::FixFoundLength(gdcmElValue * ElVal, guint32 FoundLength) {
 630    if ( FoundLength == 0xffffffff)
 631       FoundLength = 0;
 632       // Sorry for the patch!
 633       // XMedCom did the trick to read some nasty GE images ...
 634     if (FoundLength == 13)
 635       // The following 'if' will be removed when there is no more
 636       // images on Creatis HD with a 13 length for Manufacturer...
 637       if ( (ElVal->GetGroup() != 0x0008) || (ElVal->GetElement() ) )
 638       // end of remove area
 639          FoundLength =10;
 640
 641    ElVal->SetLength(FoundLength);
 642 }
 643
 644 /**
 645  * \ingroup gdcmHeader
 646  * \brief
 647  *
 648  * @return
 649  */
 650  guint32 gdcmHeader::FindLengthOB(void) {
 651    // See PS 3.5-2001, section A.4 p. 49 on encapsulation of encoded pixel data.
 652    guint16 g;
 653    guint16 n;
 654    long PositionOnEntry = ftell(fp);
 655    bool FoundSequenceDelimiter = false;
 656    guint32 TotalLength = 0;
 657    guint32 ItemLength;
 658
 659    while ( ! FoundSequenceDelimiter) {
 660       g = ReadInt16();
 661       n = ReadInt16();
 662
 663       long l = ftell(fp);
 664
 665       if (errno == 1)
 666          return 0;
 667       TotalLength += 4;  // We even have to decount the group and element
 668
 669       if ( g != 0xfffe           && g!=0xb00c ) /*for bogus header */ {
 670          char msg[100]; // for sprintf. Sorry
 671          sprintf(msg,"wrong group (%04x) for an item sequence (%04x,%04x)\n",g, g,n);
 672          dbg.Verbose(1, "gdcmHeader::FindLengthOB: ",msg);
 673          long l = ftell(fp);
 674          errno = 1;
 675          return 0;
 676       }
 677       if ( n == 0xe0dd       || ( g==0xb00c && n==0x0eb6 ) ) /* for bogus header  */
 678          FoundSequenceDelimiter = true;
 679       else if ( n != 0xe000 ){
 680          char msg[100];  // for sprintf. Sorry
 681          sprintf(msg,"wrong element (%04x) for an item sequence (%04x,%04x)\n",
 682                       n, g,n);
 683          dbg.Verbose(1, "gdcmHeader::FindLengthOB: ",msg);
 684          errno = 1;
 685          return 0;
 686       }
 687       ItemLength = ReadInt32();
 688       TotalLength += ItemLength + 4;  // We add 4 bytes since we just read
 689                                       // the ItemLength with ReadInt32
 690
 691       SkipBytes(ItemLength);
 692    }
 693    fseek(fp, PositionOnEntry, SEEK_SET);
 694    return TotalLength;
 695 }
 696
 697 /**
 698  * \ingroup gdcmHeader
 699  * \brief
 700  *
 701  * @return
 702  */
 703  void gdcmHeader::FindLength (gdcmElValue * ElVal) {
 704    guint16 element = ElVal->GetElement();
 705    guint16 group   = ElVal->GetGroup();
 706    std::string  vr = ElVal->GetVR();
 707    guint16 length16;
 708    if( (element == 0x0010) && (group == 0x7fe0) ) {
 709       dbg.SetDebug(0);
 710       dbg.Verbose(2, "gdcmHeader::FindLength: ",
 711                      "we reached 7fe0 0010");
 712    }
 713
 714    if ( (filetype == ExplicitVR) && ! ElVal->IsImplicitVr() ) {
 715       if ( (vr=="OB") || (vr=="OW") || (vr=="SQ") || (vr=="UN") ) {
 716
 717          // The following reserved two bytes (see PS 3.5-2001, section
 718          // 7.1.2 Data element structure with explicit vr p27) must be
 719          // skipped before proceeding on reading the length on 4 bytes.
 720          fseek(fp, 2L, SEEK_CUR);
 721
 722          guint32 length32 = ReadInt32();
 723
 724          if ( (vr == "OB") && (length32 == 0xffffffff) ) {
 725             ElVal->SetLength(FindLengthOB());
 726             return;
 727          }
 728          FixFoundLength(ElVal, length32);
 729          return;
 730       }
 731
 732       // Length is encoded on 2 bytes.
 733       length16 = ReadInt16();
 734
 735       // We can tell the current file is encoded in big endian (like
 736       // Data/US-RGB-8-epicard) when we find the "Transfer Syntax" tag
 737       // and it's value is the one of the encoding of a big endian file.
 738       // In order to deal with such big endian encoded files, we have
 739       // (at least) two strategies:
 740       // * when we load the "Transfer Syntax" tag with value of big endian
 741       //   encoding, we raise the proper flags. Then we wait for the end
 742       //   of the META group (0x0002) among which is "Transfer Syntax",
 743       //   before switching the swap code to big endian. We have to postpone
 744       //   the switching of the swap code since the META group is fully encoded
 745       //   in little endian, and big endian coding only starts at the next
 746       //   group. The corresponding code can be hard to analyse and adds
 747       //   many additional unnecessary tests for regular tags.
 748       // * the second strategy consists in waiting for trouble, that shall
 749       //   appear when we find the first group with big endian encoding. This
 750       //   is easy to detect since the length of a "Group Length" tag (the
 751       //   ones with zero as element number) has to be of 4 (0x0004). When we
 752       //   encouter 1024 (0x0400) chances are the encoding changed and we
 753       //   found a group with big endian encoding.
 754       // We shall use this second strategy. In order to make sure that we
 755       // can interpret the presence of an apparently big endian encoded
 756       // length of a "Group Length" without committing a big mistake, we
 757       // add an additional check: we look in the already parsed elements
 758       // for the presence of a "Transfer Syntax" whose value has to be "big
 759       // endian encoding". When this is the case, chances are we have got our
 760       // hands on a big endian encoded file: we switch the swap code to
 761       // big endian and proceed...
 762       if ( (element  == 0x0000) && (length16 == 0x0400) ) {
 763          if ( ! IsExplicitVRBigEndianTransferSyntax() ) {
 764             dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::FindLength", "not explicit VR");
 765             errno = 1;
 766             return;
 767          }
 768          length16 = 4;
 769          SwitchSwapToBigEndian();
 770          // Restore the unproperly loaded values i.e. the group, the element
 771          // and the dictionary entry depending on them.
 772          guint16 CorrectGroup   = SwapShort(ElVal->GetGroup());
 773          guint16 CorrectElem    = SwapShort(ElVal->GetElement());
 774          gdcmDictEntry * NewTag = GetDictEntryByNumber(CorrectGroup,
 775                                                        CorrectElem);
 776          if (!NewTag) {
 777             // This correct tag is not in the dictionary. Create a new one.
 778             NewTag = new gdcmDictEntry(CorrectGroup, CorrectElem);
 779          }
 780          // FIXME this can create a memory leaks on the old entry that be
 781          // left unreferenced.
 782          ElVal->SetDictEntry(NewTag);
 783       }
 784
 785       // Heuristic: well some files are really ill-formed.
 786       if ( length16 == 0xffff) {
 787          length16 = 0;
 788          //dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::FindLength",
 789          //            "Erroneous element length fixed.");
 790          // Actually, length= 0xffff means that we deal with
 791          // Unknown Sequence Length
 792       }
 793
 794       FixFoundLength(ElVal, (guint32)length16);
 795       return;
 796    }
 797
 798    // Either implicit VR or a non DICOM conformal (see not below) explicit
 799    // VR that ommited the VR of (at least) this element. Farts happen.
 800    // [Note: according to the part 5, PS 3.5-2001, section 7.1 p25
 801    // on Data elements "Implicit and Explicit VR Data Elements shall
 802    // not coexist in a Data Set and Data Sets nested within it".]
 803    // Length is on 4 bytes.
 804    FixFoundLength(ElVal, ReadInt32());
 805 }
 806
 807 /**
 808  * \ingroup gdcmHeader
 809  * \brief   Swaps back the bytes of 4-byte long integer accordingly to
 810  *          processor order.
 811  *
 812  * @return  The suggested integer.
 813  */
 814 guint32 gdcmHeader::SwapLong(guint32 a) {
 815    switch (sw) {
 816    case    0 :
 817       break;
 818    case 4321 :
 819       a=(   ((a<<24) & 0xff000000) | ((a<<8)  & 0x00ff0000)    |
 820             ((a>>8)  & 0x0000ff00) | ((a>>24) & 0x000000ff) );
 821       break;
 822
 823    case 3412 :
 824       a=(   ((a<<16) & 0xffff0000) | ((a>>16) & 0x0000ffff) );
 825       break;
 826
 827    case 2143 :
 828       a=(    ((a<<8) & 0xff00ff00) | ((a>>8) & 0x00ff00ff)  );
 829       break;
 830    default :
 831       dbg.Error(" gdcmHeader::SwapLong : unset swap code");
 832       a=0;
 833    }
 834    return(a);
 835 }
 836
 837 /**
 838  * \ingroup gdcmHeader
 839  * \brief   Swaps the bytes so they agree with the processor order
 840  * @return  The properly swaped 16 bits integer.
 841  */
 842 guint16 gdcmHeader::SwapShort(guint16 a) {
 843    if ( (sw==4321)  || (sw==2143) )
 844       a =(((a<<8) & 0x0ff00) | ((a>>8)&0x00ff));
 845    return (a);
 846 }
 847
 848 /**
 849  * \ingroup gdcmHeader
 850  * \brief
 851  *
 852  * @return
 853  */
 854  void gdcmHeader::SkipBytes(guint32 NBytes) {
 855    //FIXME don't dump the returned value
 856    (void)fseek(fp, (long)NBytes, SEEK_CUR);
 857 }
 858
 859 /**
 860  * \ingroup gdcmHeader
 861  * \brief
 862  * @param ElVal
 863  * @return
 864  */
 865  void gdcmHeader::SkipElementValue(gdcmElValue * ElVal) {
 866    SkipBytes(ElVal->GetLength());
 867 }
 868
 869 /**
 870  * \ingroup gdcmHeader
 871  * \brief
 872  * @param NewSize
 873  * @return
 874  */
 875  void gdcmHeader::SetMaxSizeLoadElementValue(long NewSize) {
 876    if (NewSize < 0)
 877       return;
 878    if ((guint32)NewSize >= (guint32)0xffffffff) {
 879       MaxSizeLoadElementValue = 0xffffffff;
 880       return;
 881    }
 882    MaxSizeLoadElementValue = NewSize;
 883 }
 884
 885 /**
 886  * \ingroup       gdcmHeader
 887  * \brief         Loads the element content if it's length is not bigger
 888  *                than the value specified with
 889  *                gdcmHeader::SetMaxSizeLoadElementValue()
 890  */
 891 void gdcmHeader::LoadElementValue(gdcmElValue * ElVal) {
 892    size_t item_read;
 893    guint16 group  = ElVal->GetGroup();
 894    std::string  vr= ElVal->GetVR();
 895    guint32 length = ElVal->GetLength();
 896    bool SkipLoad  = false;
 897
 898    fseek(fp, (long)ElVal->GetOffset(), SEEK_SET);
 899
 900    // FIXME Sequences not treated yet !
 901    //
 902    // Ne faudrait-il pas au contraire trouver immediatement
 903    // une maniere 'propre' de traiter les sequences (vr = SQ)
 904    // car commencer par les ignorer risque de conduire a qq chose
 905    // qui pourrait ne pas etre generalisable
 906    // Well, I'm expecting your code !!!
 907
 908    if( vr == "SQ" )
 909       SkipLoad = true;
 910
 911    // Heuristic : a sequence "contains" a set of tags (called items). It looks
 912    // like the last tag of a sequence (the one that terminates the sequence)
 913    // has a group of 0xfffe (with a dummy length).
 914    // Well ...
 915    // Actually (fffe e000) tells us an Element is beginning
 916    //          (fffe e00d) tells us an Element just ended
 917    //          (fffe e0dd) tells us the current SEQuence just ended
 918
 919    if( group == 0xfffe )
 920       SkipLoad = true;
 921
 922    if ( SkipLoad ) {
 923       ElVal->SetLength(0);
 924       ElVal->SetValue("gdcm::Skipped");
 925       return;
 926    }
 927
 928    // When the length is zero things are easy:
 929    if ( length == 0 ) {
 930       ElVal->SetValue("");
 931       return;
 932    }
 933
 934    // The elements whose length is bigger than the specified upper bound
 935    // are not loaded. Instead we leave a short notice of the offset of
 936    // the element content and it's length.
 937    if (length > MaxSizeLoadElementValue) {
 938       std::ostringstream s;
 939       s << "gdcm::NotLoaded.";
 940       s << " Address:" << (long)ElVal->GetOffset();
 941       s << " Length:"  << ElVal->GetLength();
 942       ElVal->SetValue(s.str());
 943       return;
 944    }
 945
 946    // When an integer is expected, read and convert the following two or
 947    // four bytes properly i.e. as an integer as opposed to a string.
 948
 949         // pour les elements de Value Multiplicity > 1
 950         // on aura en fait une serie d'entiers
 951         // on devrait pouvoir faire + compact (?)
 952
 953    if ( IsAnInteger(ElVal) ) {
 954       guint32 NewInt;
 955       std::ostringstream s;
 956       int nbInt;
 957       if (vr == "US" || vr == "SS") {
 958          nbInt = length / 2;
 959          NewInt = ReadInt16();
 960          s << NewInt;
 961          if (nbInt > 1) {
 962             for (int i=1; i < nbInt; i++) {
 963                s << '\\';
 964                NewInt = ReadInt16();
 965                s << NewInt;
 966             }
 967          }
 968
 969       } else if (vr == "UL" || vr == "SL") {
 970          nbInt = length / 4;
 971          NewInt = ReadInt32();
 972          s << NewInt;
 973          if (nbInt > 1) {
 974             for (int i=1; i < nbInt; i++) {
 975                s << '\\';
 976                NewInt = ReadInt32();
 977                s << NewInt;
 978             }
 979          }
 980       }
 981       ElVal->SetValue(s.str());
 982       return;
 983    }
 984
 985    // We need an additional byte for storing \0 that is not on disk
 986    char* NewValue = (char*)malloc(length+1);
 987    if( !NewValue) {
 988       dbg.Verbose(1, "LoadElementValue: Failed to allocate NewValue");
 989       return;
 990    }
 991    NewValue[length]= 0;
 992
 993    item_read = fread(NewValue, (size_t)length, (size_t)1, fp);
 994    if ( item_read != 1 ) {
 995       free(NewValue);
 996       dbg.Verbose(1, "gdcmHeader::LoadElementValue","unread element value");
 997       ElVal->SetValue("gdcm::UnRead");
 998       return;
 999    }
1000    ElVal->SetValue(NewValue);
1001    free(NewValue);
1002 }
1003
1004 /**
1005  * \ingroup       gdcmHeader
1006  * \brief         Loads the element while preserving the current
1007  *                underlying file position indicator as opposed to
1008  *                to LoadElementValue that modifies it.
1009  * @param ElVal   Element whose value shall be loaded.
1010  * @return
1011  */
1012 void gdcmHeader::LoadElementValueSafe(gdcmElValue * ElVal) {
1013    long PositionOnEntry = ftell(fp);
1014    LoadElementValue(ElVal);
1015    fseek(fp, PositionOnEntry, SEEK_SET);
1016 }
1017
1018 /**
1019  * \ingroup gdcmHeader
1020  * \brief Reads a supposed to be 16 Bits integer
1021  * \     (swaps it depending on processor endianity)
1022  *
1023  * @return integer acts as a boolean
1024  */
1025 guint16 gdcmHeader::ReadInt16(void) {
1026    guint16 g;
1027    size_t item_read;
1028    item_read = fread (&g, (size_t)2,(size_t)1, fp);
1029    if ( item_read != 1 ) {
1030       // dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::ReadInt16", " Failed to read :");
1031       // if(feof(fp))
1032       //    dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::ReadInt16", " End of File encountered");
1033       if(ferror(fp))
1034          dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::ReadInt16", " File Error");
1035       errno = 1;
1036       return 0;
1037    }
1038    errno = 0;
1039    g = SwapShort(g);
1040    return g;
1041 }
1042
1043 /**
1044  * \ingroup gdcmHeader
1045  * \brief  Reads a supposed to be 32 Bits integer
1046  * \       (swaps it depending on processor endianity)
1047  *
1048  * @return
1049  */
1050 guint32 gdcmHeader::ReadInt32(void) {
1051    guint32 g;
1052    size_t item_read;
1053    item_read = fread (&g, (size_t)4,(size_t)1, fp);
1054    if ( item_read != 1 ) {
1055       //dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::ReadInt32", " Failed to read :");
1056       //if(feof(fp))
1057       //   dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::ReadInt32", " End of File encountered");
1058      if(ferror(fp))
1059          dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::ReadInt32", " File Error");
1060       errno = 1;
1061       return 0;
1062    }
1063    errno = 0;
1064    g = SwapLong(g);
1065    return g;
1066 }
1067
1068 /**
1069  * \ingroup gdcmHeader
1070  * \brief
1071  *
1072  * @return
1073  */
1074  gdcmElValue* gdcmHeader::GetElValueByNumber(guint16 Group, guint16 Elem) {
1075
1076    gdcmElValue* elValue = PubElValSet.GetElementByNumber(Group, Elem);
1077    if (!elValue) {
1078       dbg.Verbose(1, "gdcmHeader::GetElValueByNumber",
1079                   "failed to Locate gdcmElValue");
1080       return (gdcmElValue*)0;
1081    }
1082    return elValue;
1083 }
1084
1085 /**
1086  * \ingroup gdcmHeader
1087  * \brief   Build a new Element Value from all the low level arguments.
1088  *          Check for existence of dictionary entry, and build
1089  *          a default one when absent.
1090  * @param   Group group   of the underlying DictEntry
1091  * @param   Elem  element of the underlying DictEntry
1092  */
1093 gdcmElValue* gdcmHeader::NewElValueByNumber(guint16 Group, guint16 Elem) {
1094    // Find out if the tag we encountered is in the dictionaries:
1095    gdcmDictEntry * NewTag = GetDictEntryByNumber(Group, Elem);
1096    if (!NewTag)
1097       NewTag = new gdcmDictEntry(Group, Elem);
1098
1099    gdcmElValue* NewElVal = new gdcmElValue(NewTag);
1100    if (!NewElVal) {
1101       dbg.Verbose(1, "gdcmHeader::NewElValueByNumber",
1102                   "failed to allocate gdcmElValue");
1103       return (gdcmElValue*)0;
1104    }
1105    return NewElVal;
1106 }
1107
1108 /**
1109  * \ingroup gdcmHeader
1110  * \brief   TODO
1111  * @param   Value
1112  * @param   Group
1113  * @param   Elem
1114  * \return integer acts as a boolean
1115  */
1116 int gdcmHeader::ReplaceOrCreateByNumber(std::string Value,
1117                                         guint16 Group, guint16 Elem ) {
1118
1119         // TODO : FIXME JPRx
1120         // curieux, non ?
1121         // on (je) cree une Elvalue ne contenant pas de valeur
1122         // on l'ajoute au ElValSet
1123         // on affecte une valeur a cette ElValue a l'interieur du ElValSet
1124         // --> devrait pouvoir etre fait + simplement ???
1125    if (CheckIfExistByNumber(Group, Elem) == 0) {
1126       gdcmElValue* a =NewElValueByNumber(Group, Elem);
1127       if (a == NULL)
1128          return 0;
1129       PubElValSet.Add(a);
1130    }
1131    PubElValSet.SetElValueByNumber(Value, Group, Elem);
1132    return(1);
1133 }
1134
1135
1136 /**
1137  * \ingroup gdcmHeader
1138  * \brief   Modify (or Creates if not found) an element
1139  * @param   Value new value
1140  * @param   Group
1141  * @param   Elem
1142  * \return integer acts as a boolean
1143  *
1144  */
1145 int gdcmHeader::ReplaceOrCreateByNumber(char* Value, guint16 Group, guint16 Elem ) {
1146
1147    gdcmElValue* nvElValue=NewElValueByNumber(Group, Elem);
1148    PubElValSet.Add(nvElValue);
1149    std::string v = Value;
1150    PubElValSet.SetElValueByNumber(v, Group, Elem);
1151    return(1);
1152 }
1153
1154
1155 /**
1156  * \ingroup gdcmHeader
1157  * \brief   Set a new value if the invoked element exists
1158  * @param   Value
1159  * @param   Group
1160  * @param   Elem
1161  * \return integer acts as a boolean
1162  */
1163 int gdcmHeader::ReplaceIfExistByNumber(char* Value, guint16 Group, guint16 Elem ) {
1164
1165    gdcmElValue* elValue = PubElValSet.GetElementByNumber(Group, Elem);
1166    std::string v = Value;
1167    PubElValSet.SetElValueByNumber(v, Group, Elem);
1168    return 1;
1169 }
1170
1171
1172 /**
1173  * \ingroup gdcmHeader
1174  * \brief   Checks if a given ElValue (group,number)
1175  * \ exists in the Public ElValSet
1176  * @param   Group
1177  * @param   Elem
1178  * @return  integer acts as a boolean
1179  */
1180
1181 int gdcmHeader::CheckIfExistByNumber(guint16 Group, guint16 Elem ) {
1182    return (PubElValSet.CheckIfExistByNumber(Group, Elem));
1183  }
1184
1185 /**
1186  * \ingroup gdcmHeader
1187  * \brief   Build a new Element Value from all the low level arguments.
1188  *          Check for existence of dictionary entry, and build
1189  *          a default one when absent.
1190  * @param   Name    Name of the underlying DictEntry
1191  */
1192 gdcmElValue* gdcmHeader::NewElValueByName(std::string Name) {
1193
1194    gdcmDictEntry * NewTag = GetDictEntryByName(Name);
1195    if (!NewTag)
1196       NewTag = new gdcmDictEntry(0xffff, 0xffff, "LO", "Unknown", Name);
1197
1198    gdcmElValue* NewElVal = new gdcmElValue(NewTag);
1199    if (!NewElVal) {
1200       dbg.Verbose(1, "gdcmHeader::ObtainElValueByName",
1201                   "failed to allocate gdcmElValue");
1202       return (gdcmElValue*)0;
1203    }
1204    return NewElVal;
1205 }
1206
1207 /**
1208  * \ingroup gdcmHeader
1209  * \brief   Read the next tag but WITHOUT loading it's value
1210  * @return  On succes the newly created ElValue, NULL on failure.
1211  */
1212 gdcmElValue * gdcmHeader::ReadNextElement(void) {
1213
1214    guint16 g,n;
1215    gdcmElValue * NewElVal;
1216
1217    g = ReadInt16();
1218    n = ReadInt16();
1219
1220    if (errno == 1)
1221       // We reached the EOF (or an error occured) and header parsing
1222       // has to be considered as finished.
1223       return (gdcmElValue *)0;
1224
1225    NewElVal = NewElValueByNumber(g, n);
1226    FindVR(NewElVal);
1227    FindLength(NewElVal);
1228    if (errno == 1) {
1229       // Call it quits
1230       return (gdcmElValue *)0;
1231    }
1232    NewElVal->SetOffset(ftell(fp));
1233    //if ( (g==0x7fe0) && (n==0x0010) )
1234    return NewElVal;
1235 }
1236
1237 /**
1238  * \ingroup gdcmHeader
1239  * \brief   Apply some heuristics to predict wether the considered
1240  *          element value contains/represents an integer or not.
1241  * @param   ElVal The element value on which to apply the predicate.
1242  * @return  The result of the heuristical predicate.
1243  */
1244 bool gdcmHeader::IsAnInteger(gdcmElValue * ElVal) {
1245    guint16 group   = ElVal->GetGroup();
1246    guint16 element = ElVal->GetElement();
1247    std::string  vr      = ElVal->GetVR();
1248    guint32 length  = ElVal->GetLength();
1249
1250    // When we have some semantics on the element we just read, and if we
1251    // a priori know we are dealing with an integer, then we shall be
1252    // able to swap it's element value properly.
1253    if ( element == 0 )  {  // This is the group length of the group
1254       if (length == 4)
1255          return true;
1256       else {
1257          dbg.Error("gdcmHeader::IsAnInteger",
1258             "Erroneous Group Length element length.");
1259       }
1260    }
1261    if ( (vr == "UL") || (vr == "US") || (vr == "SL") || (vr == "SS") )
1262       return true;
1263
1264    return false;
1265 }
1266
1267 /**
1268  * \ingroup gdcmHeader
1269  * \brief   Recover the offset (from the beginning of the file) of the pixels.
1270  */
1271 size_t gdcmHeader::GetPixelOffset(void) {
1272    // If this file complies with the norm we should encounter the
1273    // "Image Location" tag (0x0028,  0x0200). This tag contains the
1274    // the group that contains the pixel data (hence the "Pixel Data"
1275    // is found by indirection through the "Image Location").
1276    // Inside the group pointed by "Image Location" the searched element
1277    // is conventionally the element 0x0010 (when the norm is respected).
1278    // When the "Image Location" is absent we default to group 0x7fe0.
1279    guint16 grPixel;
1280    guint16 numPixel;
1281    std::string ImageLocation = GetPubElValByName("Image Location");
1282    if ( ImageLocation == GDCM_UNFOUND ) {
1283       grPixel = 0x7fe0;
1284    } else {
1285       grPixel = (guint16) atoi( ImageLocation.c_str() );
1286    }
1287    if (grPixel != 0x7fe0)
1288       // This is a kludge for old dirty Philips imager.
1289       numPixel = 0x1010;
1290    else
1291       numPixel = 0x0010;
1292
1293    gdcmElValue* PixelElement = PubElValSet.GetElementByNumber(grPixel,
1294                                                               numPixel);
1295    if (PixelElement)
1296       return PixelElement->GetOffset();
1297    else
1298       return 0;
1299 }
1300
1301 /**
1302  * \ingroup gdcmHeader
1303  * \brief   Searches both the public and the shadow dictionary (when they
1304  *          exist) for the presence of the DictEntry with given
1305  *          group and element. The public dictionary has precedence on the
1306  *          shadow one.
1307  * @param   group   group of the searched DictEntry
1308  * @param   element element of the searched DictEntry
1309  * @return  Corresponding DictEntry when it exists, NULL otherwise.
1310  */
1311 gdcmDictEntry * gdcmHeader::GetDictEntryByNumber(guint16 group,
1312                                                  guint16 element) {
1313    gdcmDictEntry * found = (gdcmDictEntry*)0;
1314    if (!RefPubDict && !RefShaDict) {
1315       dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::GetDictEntry",
1316                      "we SHOULD have a default dictionary");
1317    }
1318    if (RefPubDict) {
1319       found = RefPubDict->GetTagByNumber(group, element);
1320       if (found)
1321          return found;
1322    }
1323    if (RefShaDict) {
1324       found = RefShaDict->GetTagByNumber(group, element);
1325       if (found)
1326          return found;
1327    }
1328    return found;
1329 }
1330
1331 /**
1332  * \ingroup gdcmHeader
1333  * \brief   Searches both the public and the shadow dictionary (when they
1334  *          exist) for the presence of the DictEntry with given name.
1335  *          The public dictionary has precedence on the shadow one.
1336  * @param   Name name of the searched DictEntry
1337  * @return  Corresponding DictEntry when it exists, NULL otherwise.
1338  */
1339 gdcmDictEntry * gdcmHeader::GetDictEntryByName(std::string Name) {
1340    gdcmDictEntry * found = (gdcmDictEntry*)0;
1341    if (!RefPubDict && !RefShaDict) {
1342       dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::GetDictEntry",
1343                      "we SHOULD have a default dictionary");
1344    }
1345    if (RefPubDict) {
1346       found = RefPubDict->GetTagByName(Name);
1347       if (found)
1348          return found;
1349    }
1350    if (RefShaDict) {
1351       found = RefShaDict->GetTagByName(Name);
1352       if (found)
1353          return found;
1354    }
1355    return found;
1356 }
1357
1358 /**
1359  * \ingroup gdcmHeader
1360  * \brief   Searches within the public dictionary for element value of
1361  *          a given tag.
1362  * @param   group Group of the researched tag.
1363  * @param   element Element of the researched tag.
1364  * @return  Corresponding element value when it exists, and the string
1365  *          GDCM_UNFOUND ("gdcm::Unfound") otherwise.
1366  */
1367 std::string gdcmHeader::GetPubElValByNumber(guint16 group, guint16 element) {
1368    return PubElValSet.GetElValueByNumber(group, element);
1369 }
1370
1371 /**
1372  * \ingroup gdcmHeader
1373  * \brief   Searches within the public dictionary for element value
1374  *          representation of a given tag.
1375  *
1376  *          Obtaining the VR (Value Representation) might be needed by caller
1377  *          to convert the string typed content to caller's native type
1378  *          (think of C++ vs Python). The VR is actually of a higher level
1379  *          of semantics than just the native C++ type.
1380  * @param   group Group of the researched tag.
1381  * @param   element Element of the researched tag.
1382  * @return  Corresponding element value representation when it exists,
1383  *          and the string GDCM_UNFOUND ("gdcm::Unfound") otherwise.
1384  */
1385 std::string gdcmHeader::GetPubElValRepByNumber(guint16 group, guint16 element) {
1386    gdcmElValue* elem =  PubElValSet.GetElementByNumber(group, element);
1387    if ( !elem )
1388       return GDCM_UNFOUND;
1389    return elem->GetVR();
1390 }
1391
1392 /**
1393  * \ingroup gdcmHeader
1394  * \brief   Searches within the public dictionary for element value of
1395  *          a given tag.
1396  * @param   TagName name of the researched element.
1397  * @return  Corresponding element value when it exists, and the string
1398  *          GDCM_UNFOUND ("gdcm::Unfound") otherwise.
1399  */
1400 std::string gdcmHeader::GetPubElValByName(std::string TagName) {
1401    return PubElValSet.GetElValueByName(TagName);
1402 }
1403
1404 /**
1405  * \ingroup gdcmHeader
1406  * \brief   Searches within the elements parsed with the public dictionary for
1407  *          the element value representation of a given tag.
1408  *
1409  *          Obtaining the VR (Value Representation) might be needed by caller
1410  *          to convert the string typed content to caller's native type
1411  *          (think of C++ vs Python). The VR is actually of a higher level
1412  *          of semantics than just the native C++ type.
1413  * @param   TagName name of the researched element.
1414  * @return  Corresponding element value representation when it exists,
1415  *          and the string GDCM_UNFOUND ("gdcm::Unfound") otherwise.
1416  */
1417 std::string gdcmHeader::GetPubElValRepByName(std::string TagName) {
1418    gdcmElValue* elem =  PubElValSet.GetElementByName(TagName);
1419    if ( !elem )
1420       return GDCM_UNFOUND;
1421    return elem->GetVR();
1422 }
1423
1424 /**
1425  * \ingroup gdcmHeader
1426  * \brief   Searches within elements parsed with the SHADOW dictionary
1427  *          for the element value of a given tag.
1428  * @param   group Group of the researched tag.
1429  * @param   element Element of the researched tag.
1430  * @return  Corresponding element value representation when it exists,
1431  *          and the string GDCM_UNFOUND ("gdcm::Unfound") otherwise.
1432  */
1433 std::string gdcmHeader::GetShaElValByNumber(guint16 group, guint16 element) {
1434    return ShaElValSet.GetElValueByNumber(group, element);
1435 }
1436
1437 /**
1438  * \ingroup gdcmHeader
1439  * \brief   Searches within the elements parsed with the SHADOW dictionary
1440  *          for the element value representation of a given tag.
1441  *
1442  *          Obtaining the VR (Value Representation) might be needed by caller
1443  *          to convert the string typed content to caller's native type
1444  *          (think of C++ vs Python). The VR is actually of a higher level
1445  *          of semantics than just the native C++ type.
1446  * @param   group Group of the researched tag.
1447  * @param   element Element of the researched tag.
1448  * @return  Corresponding element value representation when it exists,
1449  *          and the string GDCM_UNFOUND ("gdcm::Unfound") otherwise.
1450  */
1451 std::string gdcmHeader::GetShaElValRepByNumber(guint16 group, guint16 element) {
1452    gdcmElValue* elem =  ShaElValSet.GetElementByNumber(group, element);
1453    if ( !elem )
1454       return GDCM_UNFOUND;
1455    return elem->GetVR();
1456 }
1457
1458 /**
1459  * \ingroup gdcmHeader
1460  * \brief   Searches within the elements parsed with the shadow dictionary
1461  *          for an element value of given tag.
1462  * @param   TagName name of the researched element.
1463  * @return  Corresponding element value when it exists, and the string
1464  *          GDCM_UNFOUND ("gdcm::Unfound") otherwise.
1465  */
1466 std::string gdcmHeader::GetShaElValByName(std::string TagName) {
1467    return ShaElValSet.GetElValueByName(TagName);
1468 }
1469
1470 /**
1471  * \ingroup gdcmHeader
1472  * \brief   Searches within the elements parsed with the shadow dictionary for
1473  *          the element value representation of a given tag.
1474  *
1475  *          Obtaining the VR (Value Representation) might be needed by caller
1476  *          to convert the string typed content to caller's native type
1477  *          (think of C++ vs Python). The VR is actually of a higher level
1478  *          of semantics than just the native C++ type.
1479  * @param   TagName name of the researched element.
1480  * @return  Corresponding element value representation when it exists,
1481  *          and the string GDCM_UNFOUND ("gdcm::Unfound") otherwise.
1482  */
1483 std::string gdcmHeader::GetShaElValRepByName(std::string TagName) {
1484    gdcmElValue* elem =  ShaElValSet.GetElementByName(TagName);
1485    if ( !elem )
1486       return GDCM_UNFOUND;
1487    return elem->GetVR();
1488 }
1489
1490 /**
1491  * \ingroup gdcmHeader
1492  * \brief   Searches within elements parsed with the public dictionary
1493  *          and then within the elements parsed with the shadow dictionary
1494  *          for the element value of a given tag.
1495  * @param   group Group of the researched tag.
1496  * @param   element Element of the researched tag.
1497  * @return  Corresponding element value representation when it exists,
1498  *          and the string GDCM_UNFOUND ("gdcm::Unfound") otherwise.
1499  */
1500 std::string gdcmHeader::GetElValByNumber(guint16 group, guint16 element) {
1501    std::string pub = GetPubElValByNumber(group, element);
1502    if (pub.length())
1503       return pub;
1504    return GetShaElValByNumber(group, element);
1505 }
1506
1507 /**
1508  * \ingroup gdcmHeader
1509  * \brief   Searches within elements parsed with the public dictionary
1510  *          and then within the elements parsed with the shadow dictionary
1511  *          for the element value representation of a given tag.
1512  *
1513  *          Obtaining the VR (Value Representation) might be needed by caller
1514  *          to convert the string typed content to caller's native type
1515  *          (think of C++ vs Python). The VR is actually of a higher level
1516  *          of semantics than just the native C++ type.
1517  * @param   group Group of the researched tag.
1518  * @param   element Element of the researched tag.
1519  * @return  Corresponding element value representation when it exists,
1520  *          and the string GDCM_UNFOUND ("gdcm::Unfound") otherwise.
1521  */
1522 std::string gdcmHeader::GetElValRepByNumber(guint16 group, guint16 element) {
1523    std::string pub = GetPubElValRepByNumber(group, element);
1524    if (pub.length())
1525       return pub;
1526    return GetShaElValRepByNumber(group, element);
1527 }
1528
1529 /**
1530  * \ingroup gdcmHeader
1531  * \brief   Searches within elements parsed with the public dictionary
1532  *          and then within the elements parsed with the shadow dictionary
1533  *          for the element value of a given tag.
1534  * @param   TagName name of the researched element.
1535  * @return  Corresponding element value when it exists,
1536  *          and the string GDCM_UNFOUND ("gdcm::Unfound") otherwise.
1537  */
1538 std::string gdcmHeader::GetElValByName(std::string TagName) {
1539    std::string pub = GetPubElValByName(TagName);
1540    if (pub.length())
1541       return pub;
1542    return GetShaElValByName(TagName);
1543 }
1544
1545 /**
1546  * \ingroup gdcmHeader
1547  * \brief   Searches within elements parsed with the public dictionary
1548  *          and then within the elements parsed with the shadow dictionary
1549  *          for the element value representation of a given tag.
1550  *
1551  *          Obtaining the VR (Value Representation) might be needed by caller
1552  *          to convert the string typed content to caller's native type
1553  *          (think of C++ vs Python). The VR is actually of a higher level
1554  *          of semantics than just the native C++ type.
1555  * @param   TagName name of the researched element.
1556  * @return  Corresponding element value representation when it exists,
1557  *          and the string GDCM_UNFOUND ("gdcm::Unfound") otherwise.
1558  */
1559 std::string gdcmHeader::GetElValRepByName(std::string TagName) {
1560    std::string pub = GetPubElValRepByName(TagName);
1561    if (pub.length())
1562       return pub;
1563    return GetShaElValRepByName(TagName);
1564 }
1565
1566 /**
1567  * \ingroup gdcmHeader
1568  * \brief   Accesses an existing gdcmElValue in the PubElValSet of this instance
1569  *          through it's (group, element) and modifies it's content with
1570  *          the given value.
1571  * @param   content new value to substitute with
1572  * @param   group   group of the ElVal to modify
1573  * @param   element element of the ElVal to modify
1574  */
1575 int gdcmHeader::SetPubElValByNumber(std::string content, guint16 group,
1576                                     guint16 element)
1577
1578 //TODO  : homogeneiser les noms : SetPubElValByNumber
1579 //                    qui appelle PubElValSet.SetElValueByNumber
1580 //        pourquoi pas            SetPubElValueByNumber ??
1581 {
1582
1583    return (  PubElValSet.SetElValueByNumber (content, group, element) );
1584 }
1585
1586 /**
1587  * \ingroup gdcmHeader
1588  * \brief   Accesses an existing gdcmElValue in the PubElValSet of this instance
1589  *          through tag name and modifies it's content with the given value.
1590  * @param   content new value to substitute with
1591  * @param   TagName name of the tag to be modified
1592  */
1593 int gdcmHeader::SetPubElValByName(std::string content, std::string TagName) {
1594    return (  PubElValSet.SetElValueByName (content, TagName) );
1595 }
1596
1597 /**
1598  * \ingroup gdcmHeader
1599  * \brief   Accesses an existing gdcmElValue in the PubElValSet of this instance
1600  *          through it's (group, element) and modifies it's length with
1601  *          the given value.
1602  * \warning Use with extreme caution.
1603  * @param   length new length to substitute with
1604  * @param   group   group of the ElVal to modify
1605  * @param   element element of the ElVal to modify
1606  * @return  1 on success, 0 otherwise.
1607  */
1608
1609 int gdcmHeader::SetPubElValLengthByNumber(guint32 length, guint16 group,
1610                                     guint16 element) {
1611         return (  PubElValSet.SetElValueLengthByNumber (length, group, element) );
1612 }
1613
1614 /**
1615  * \ingroup gdcmHeader
1616  * \brief   Accesses an existing gdcmElValue in the ShaElValSet of this instance
1617  *          through it's (group, element) and modifies it's content with
1618  *          the given value.
1619  * @param   content new value to substitute with
1620  * @param   group   group of the ElVal to modify
1621  * @param   element element of the ElVal to modify
1622  * @return  1 on success, 0 otherwise.
1623  */
1624 int gdcmHeader::SetShaElValByNumber(std::string content,
1625                                     guint16 group, guint16 element) {
1626    return (  ShaElValSet.SetElValueByNumber (content, group, element) );
1627 }
1628
1629 /**
1630  * \ingroup gdcmHeader
1631  * \brief   Accesses an existing gdcmElValue in the ShaElValSet of this instance
1632  *          through tag name and modifies it's content with the given value.
1633  * @param   content new value to substitute with
1634  * @param   ShadowTagName name of the tag to be modified
1635  */
1636 int gdcmHeader::SetShaElValByName(std::string content, std::string ShadowTagName) {
1637    return (  ShaElValSet.SetElValueByName (content, ShadowTagName) );
1638 }
1639
1640 /**
1641  * \ingroup gdcmHeader
1642  * \brief   Parses the header of the file but WITHOUT loading element values.
1643  */
1644 void gdcmHeader::ParseHeader(bool exception_on_error) throw(gdcmFormatError) {
1645    gdcmElValue * newElValue = (gdcmElValue *)0;
1646
1647    rewind(fp);
1648    CheckSwap();
1649    while ( (newElValue = ReadNextElement()) ) {
1650       SkipElementValue(newElValue);
1651       PubElValSet.Add(newElValue);
1652    }
1653 }
1654
1655 /**
1656  * \ingroup gdcmHeader
1657  * \brief  This predicate, based on hopefully reasonnable heuristics,
1658  *         decides whether or not the current gdcmHeader was properly parsed
1659  *         and contains the mandatory information for being considered as
1660  *         a well formed and usable image.
1661  * @return true when gdcmHeader is the one of a reasonable Dicom file,
1662  *         false otherwise.
1663  */
1664 bool gdcmHeader::IsReadable(void) {
1665    if (   GetElValByName("Image Dimensions") != GDCM_UNFOUND
1666       && atoi(GetElValByName("Image Dimensions").c_str()) > 4 ) {
1667       return false;
1668    }
1669    if ( GetElValByName("Bits Allocated")       == GDCM_UNFOUND )
1670       return false;
1671    if ( GetElValByName("Bits Stored")          == GDCM_UNFOUND )
1672       return false;
1673    if ( GetElValByName("High Bit")             == GDCM_UNFOUND )
1674       return false;
1675    if ( GetElValByName("Pixel Representation") == GDCM_UNFOUND )
1676       return false;
1677    return true;
1678 }
1679
1680 /**
1681  * \ingroup gdcmHeader
1682  * \brief   Small utility function that creates a new manually crafted
1683  *          (as opposed as read from the file) gdcmElValue with user
1684  *          specified name and adds it to the public tag hash table.
1685  * \note    A fake TagKey is generated so the PubDict can keep it's coherence.
1686  * @param   NewTagName The name to be given to this new tag.
1687  * @param   VR The Value Representation to be given to this new tag.
1688  * @ return The newly hand crafted Element Value.
1689  */
1690 gdcmElValue* gdcmHeader::NewManualElValToPubDict(std::string NewTagName,
1691                                                  std::string VR) {
1692    gdcmElValue* NewElVal = (gdcmElValue*)0;
1693    guint32 StuffGroup = 0xffff;   // Group to be stuffed with additional info
1694    guint32 FreeElem = 0;
1695    gdcmDictEntry* NewEntry = (gdcmDictEntry*)0;
1696
1697    FreeElem = PubElValSet.GenerateFreeTagKeyInGroup(StuffGroup);
1698    if (FreeElem == UINT32_MAX) {
1699       dbg.Verbose(1, "gdcmHeader::NewManualElValToPubDict",
1700                      "Group 0xffff in Public Dict is full");
1701       return (gdcmElValue*)0;
1702    }
1703    NewEntry = new gdcmDictEntry(StuffGroup, FreeElem,
1704                                 VR, "GDCM", NewTagName);
1705    NewElVal = new gdcmElValue(NewEntry);
1706    PubElValSet.Add(NewElVal);
1707    return NewElVal;
1708 }
1709
1710 /**
1711  * \ingroup gdcmHeader
1712  * \brief   Loads the element values of all the elements present in the
1713  *          public tag based hash table.
1714  */
1715 void gdcmHeader::LoadElements(void) {
1716    rewind(fp);
1717    TagElValueHT ht = PubElValSet.GetTagHt();
1718    for (TagElValueHT::iterator tag = ht.begin(); tag != ht.end(); ++tag) {
1719       LoadElementValue(tag->second);
1720    }
1721    rewind(fp);
1722
1723    // Load 'non string' values
1724    std::string PhotometricInterpretation = GetPubElValByNumber(0x0028,0x0004);
1725    if( PhotometricInterpretation == "PALETTE COLOR " ){
1726       LoadElementVoidArea(0x0028,0x1200);  // gray LUT
1727       LoadElementVoidArea(0x0028,0x1201);  // R    LUT
1728       LoadElementVoidArea(0x0028,0x1202);  // G    LUT
1729       LoadElementVoidArea(0x0028,0x1203);  // B    LUT
1730
1731       LoadElementVoidArea(0x0028,0x1221);  // Segmented Red   Palette Color LUT Data
1732       LoadElementVoidArea(0x0028,0x1222);  // Segmented Green Palette Color LUT Data
1733       LoadElementVoidArea(0x0028,0x1223);  // Segmented Blue  Palette Color LUT Data
1734    }
1735
1736    // --------------------------------------------------------------
1737    // Special Patch to allow gdcm to read ACR-LibIDO formated images
1738    //
1739    // if recognition code tells us we deal with a LibIDO image
1740    // we switch lineNumber and columnNumber
1741    //
1742    std::string RecCode;
1743    RecCode = GetPubElValByNumber(0x0008, 0x0010);
1744    if (RecCode == "ACRNEMA_LIBIDO_1.1" ||
1745        RecCode == "CANRME_AILIBOD1_1." ) {
1746          filetype = ACR_LIBIDO;
1747          std::string rows    = GetPubElValByNumber(0x0028, 0x0010);
1748          std::string columns = GetPubElValByNumber(0x0028, 0x0011);
1749          SetPubElValByNumber(columns, 0x0028, 0x0010);
1750          SetPubElValByNumber(rows   , 0x0028, 0x0011);
1751    }
1752    // ----------------- End of Special Patch ----------------
1753 }
1754
1755 /**
1756   * \ingroup gdcmHeader
1757   * \brief
1758   * @return
1759   */
1760 void gdcmHeader::PrintPubElVal(std::ostream & os) {
1761    PubElValSet.Print(os);
1762 }
1763
1764 /**
1765   * \ingroup gdcmHeader
1766   * \brief
1767   * @return
1768   */
1769 void gdcmHeader::PrintPubDict(std::ostream & os) {
1770    RefPubDict->Print(os);
1771 }
1772
1773 /**
1774   * \ingroup gdcmHeader
1775   * \brief
1776   * @return
1777   */
1778 int gdcmHeader::Write(FILE * fp, FileType type) {
1779
1780
1781    // TODO : move the following lines (and a lot of others)
1782    // to a future function CheckAndCorrectHeader
1783
1784    if (type == ImplicitVR) {
1785       std::string implicitVRTransfertSyntax = "1.2.840.10008.1.2";
1786       ReplaceOrCreateByNumber(implicitVRTransfertSyntax,0x0002, 0x0010);
1787
1788       //FIXME Refer to standards on page 21, chapter 6.2 "Value representation":
1789       //      values with a VR of UI shall be padded with a single trailing null
1790       //      Dans le cas suivant on doit pader manuellement avec un 0
1791
1792       PubElValSet.SetElValueLengthByNumber(18, 0x0002, 0x0010);
1793    }
1794
1795    if (type == ExplicitVR) {
1796       std::string explicitVRTransfertSyntax = "1.2.840.10008.1.2.1";
1797       ReplaceOrCreateByNumber(explicitVRTransfertSyntax,0x0002, 0x0010);
1798
1799       //FIXME Refer to standards on page 21, chapter 6.2 "Value representation":
1800       //      values with a VR of UI shall be padded with a single trailing null
1801       //      Dans le cas suivant on doit pader manuellement avec un 0
1802
1803       PubElValSet.SetElValueLengthByNumber(20, 0x0002, 0x0010);
1804    }
1805
1806    return PubElValSet.Write(fp, type);
1807 }
1808
1809 //
1810 // ------------------------ 'non string' elements related functions
1811 //
1812
1813 /**
1814  * \ingroup       gdcmHeader
1815  * \brief         Loads (from disk) the element content
1816  *                when a string is not suitable
1817  */
1818 void * gdcmHeader::LoadElementVoidArea(guint16 Group, guint16 Elem) {
1819    gdcmElValue * Element= PubElValSet.GetElementByNumber(Group, Elem);
1820    if ( !Element )
1821       return NULL;
1822    size_t o =(size_t)Element->GetOffset();
1823    fseek(fp, o, SEEK_SET);
1824    int l=Element->GetLength();
1825    void * a = malloc(l);
1826    if(!a) {
1827         std::cout << "Big Broblem (LoadElementVoidArea, malloc) "
1828                   << std::hex << Group << " " << Elem << std::endl;
1829         return NULL;
1830    }
1831    int res = PubElValSet.SetVoidAreaByNumber(a, Group, Elem);
1832    // TODO check the result
1833    size_t l2 = fread(a, 1, l ,fp);
1834    if(l != l2) {
1835         std::cout << "Big Broblem (LoadElementVoidArea, fread) "
1836                   << std::hex << Group << " " << Elem << std::endl;
1837         free(a);
1838         return NULL;
1839    }
1840 }
1841
1842 /**
1843  * \ingroup gdcmHeader
1844  * \brief   Gets (from Header) the offset  of a 'non string' element value
1845  * \        (LoadElementValue has already be executed)
1846  * @param   Group
1847  * @param   Elem
1848  * @return File Offset of the Element Value
1849  */
1850  size_t gdcmHeader::GetPubElValOffsetByNumber(guint16 Group, guint16 Elem) {
1851    gdcmElValue* elValue = PubElValSet.GetElementByNumber(Group, Elem);
1852    if (!elValue) {
1853       dbg.Verbose(1, "gdcmHeader::GetElValueByNumber",
1854                       "failed to Locate gdcmElValue");
1855       return (size_t)0;
1856    }
1857    return elValue->GetOffset();
1858 }
1859
1860 /**
1861  * \ingroup gdcmHeader
1862 * \brief   Gets (from Header) a 'non string' element value
1863  * \        (LoadElementValue has already be executed)
1864  * @param   Group
1865  * @param   Elem
1866  * @return Pointer to the 'non string' area
1867
1868  */
1869  void * gdcmHeader::GetPubElValVoidAreaByNumber(guint16 Group, guint16 Elem) {
1870    gdcmElValue* elValue = PubElValSet.GetElementByNumber(Group, Elem);
1871    if (!elValue) {
1872       dbg.Verbose(1, "gdcmHeader::GetElValueByNumber",
1873                   "failed to Locate gdcmElValue");
1874       return (NULL);
1875    }
1876    return elValue->GetVoidArea();
1877 }
1878
1879
1880 //
1881 // =============================================================================
1882 //   Heuristics based accessors
1883 //==============================================================================
1884 //
1885
1886 // TODO : move to an other file.
1887
1888
1889 /**
1890  * \ingroup gdcmHeader
1891  * \brief   Retrieve the number of columns of image.
1892  * @return  The encountered size when found, 0 by default.
1893  */
1894 int gdcmHeader::GetXSize(void) {
1895    // We cannot check for "Columns" because the "Columns" tag is present
1896    // both in IMG (0028,0011) and OLY (6000,0011) sections of the dictionary.
1897    std::string StrSize = GetPubElValByNumber(0x0028,0x0011);
1898    if (StrSize == GDCM_UNFOUND)
1899       return 0;
1900    return atoi(StrSize.c_str());
1901 }
1902
1903 /**
1904  * \ingroup gdcmHeader
1905  * \brief   Retrieve the number of lines of image.
1906  * \warning The defaulted value is 1 as opposed to gdcmHeader::GetXSize()
1907  * @return  The encountered size when found, 1 by default.
1908  */
1909 int gdcmHeader::GetYSize(void) {
1910    // We cannot check for "Rows" because the "Rows" tag is present
1911    // both in IMG (0028,0010) and OLY (6000,0010) sections of the dictionary.
1912    std::string StrSize = GetPubElValByNumber(0x0028,0x0010);
1913    if (StrSize != GDCM_UNFOUND)
1914       return atoi(StrSize.c_str());
1915    if ( IsDicomV3() )
1916       return 0;
1917    else
1918       // The Rows (0028,0010) entry is optional for ACR/NEMA. It might
1919       // hence be a signal (1d image). So we default to 1:
1920       return 1;
1921 }
1922
1923 /**
1924  * \ingroup gdcmHeader
1925  * \brief   Retrieve the number of planes of volume or the number
1926  *          of frames of a multiframe.
1927  * \warning When present we consider the "Number of Frames" as the third
1928  *          dimension. When absent we consider the third dimension as
1929  *          being the "Planes" tag content.
1930  * @return  The encountered size when found, 1 by default.
1931  */
1932 int gdcmHeader::GetZSize(void) {
1933    // Both in DicomV3 and ACR/Nema the consider the "Number of Frames"
1934    // as the third dimension.
1935    std::string StrSize = GetPubElValByNumber(0x0028,0x0008);
1936    if (StrSize != GDCM_UNFOUND)
1937       return atoi(StrSize.c_str());
1938
1939    // We then consider the "Planes" entry as the third dimension [we
1940    // cannot retrieve by name since "Planes tag is present both in
1941    // IMG (0028,0012) and OLY (6000,0012) sections of the dictionary].
1942    StrSize = GetPubElValByNumber(0x0028,0x0012);
1943    if (StrSize != GDCM_UNFOUND)
1944       return atoi(StrSize.c_str());
1945    return 1;
1946 }
1947
1948 /**
1949  * \ingroup gdcmHeader
1950  * \brief   Retrieve the number of Bits Stored
1951  *          (as opposite to number of Bits Allocated)
1952  *
1953  * @return  The encountered number of Bits Stored, 0 by default.
1954  */
1955 int gdcmHeader::GetBitsStored(void) {
1956    std::string StrSize = GetPubElValByNumber(0x0028,0x0101);
1957    if (StrSize == GDCM_UNFOUND)
1958       return 1;
1959    return atoi(StrSize.c_str());
1960 }
1961
1962
1963 /**
1964  * \ingroup gdcmHeader
1965  * \brief   Retrieve the number of Samples Per Pixel
1966  *          (1 : gray level, 3 : RGB)
1967  *
1968  * @return  The encountered number of Samples Per Pixel, 1 by default.
1969  */
1970 int gdcmHeader::GetSamplesPerPixel(void) {
1971    std::string StrSize = GetPubElValByNumber(0x0028,0x0002);
1972    if (StrSize == GDCM_UNFOUND)
1973       return 1; // Well, it's supposed to be mandatory ...
1974    return atoi(StrSize.c_str());
1975 }
1976
1977 /**
1978  * \ingroup gdcmHeader
1979  * \brief   Retrieve the Planar Configuration for RGB images
1980  *          (0 : RGB Pixels , 1 : R Plane + G Plane + B Plane)
1981  *
1982  * @return  The encountered Planar Configuration, 0 by default.
1983  */
1984 int gdcmHeader::GetPlanarConfiguration(void) {
1985    std::string StrSize = GetPubElValByNumber(0x0028,0x0006);
1986    if (StrSize == GDCM_UNFOUND)
1987       return 0;
1988    return atoi(StrSize.c_str());
1989 }
1990
1991 /**
1992  * \ingroup gdcmHeader
1993  * \brief   Return the size (in bytes) of a single pixel of data.
1994  * @return  The size in bytes of a single pixel of data.
1995  *
1996  */
1997 int gdcmHeader::GetPixelSize(void) {
1998    std::string PixelType = GetPixelType();
1999    if (PixelType == "8U"  || PixelType == "8S")
2000       return 1;
2001    if (PixelType == "16U" || PixelType == "16S")
2002       return 2;
2003    if (PixelType == "32U" || PixelType == "32S")
2004       return 4;
2005    dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::GetPixelSize: Unknown pixel type");
2006    return 0;
2007 }
2008
2009 /**
2010  * \ingroup gdcmHeader
2011  * \brief   Build the Pixel Type of the image.
2012  *          Possible values are:
2013  *          - 8U  unsigned  8 bit,
2014  *          - 8S    signed  8 bit,
2015  *          - 16U unsigned 16 bit,
2016  *          - 16S   signed 16 bit,
2017  *          - 32U unsigned 32 bit,
2018  *          - 32S   signed 32 bit,
2019  * \warning 12 bit images appear as 16 bit.
2020  * @return
2021  */
2022 std::string gdcmHeader::GetPixelType(void) {
2023    std::string BitsAlloc;
2024    BitsAlloc = GetElValByName("Bits Allocated");
2025    if (BitsAlloc == GDCM_UNFOUND) {
2026       dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::GetPixelType: unfound Bits Allocated");
2027       BitsAlloc = std::string("16");
2028    }
2029    if (BitsAlloc == "12")
2030       BitsAlloc = std::string("16");
2031
2032    std::string Signed;
2033    Signed = GetElValByName("Pixel Representation");
2034    if (Signed == GDCM_UNFOUND) {
2035       dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::GetPixelType: unfound Pixel Representation");
2036       BitsAlloc = std::string("0");
2037    }
2038    if (Signed == "0")
2039       Signed = std::string("U");
2040    else
2041       Signed = std::string("S");
2042
2043    return( BitsAlloc + Signed);
2044 }
2045
2046 /**
2047   * \ingroup gdcmHeader
2048   * \brief gets the info from 0002,0010 : Transfert Syntax
2049   * \           else 1.
2050   * @return Transfert Syntax Name (as oposite to Transfert Syntax UID)
2051   */
2052 std::string gdcmHeader::GetTransferSyntaxName(void) {
2053    std::string TransfertSyntax = GetPubElValByNumber(0x0002,0x0010);
2054    if (TransfertSyntax == GDCM_UNFOUND) {
2055       dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::GetTransferSyntaxName: unfound Transfert Syntax (0002,0010)");
2056       return "Uncompressed ACR-NEMA";
2057    }
2058    // we do it only when we need it
2059    gdcmTS * ts = gdcmGlobal::GetTS();
2060    std::string tsName=ts->GetValue(TransfertSyntax);
2061    //delete ts; // Seg Fault when deleted ?!
2062    return tsName;
2063 }
2064
2065 // -------------------------------- Lookup Table related functions ------------
2066
2067 /**
2068   * \ingroup gdcmHeader
2069   * \brief gets the info from 0028,1101 : Lookup Table Desc-Red
2070   * \           else 0
2071   * @return Lookup Table Length
2072   * \       when (0028,0004),Photometric Interpretation = [PALETTE COLOR ]
2073   */
2074
2075 int gdcmHeader::GetLUTLength(void) {
2076    std::vector<std::string> tokens;
2077    int LutLength;
2078    //int LutDepth;
2079    //int LutNbits;
2080    // Just hope Lookup Table Desc-Red = Lookup Table Desc-Red = Lookup Table Desc-Blue
2081    std::string LutDescriptionR = GetPubElValByNumber(0x0028,0x1101);
2082    if (LutDescriptionR == GDCM_UNFOUND)
2083       return 0;
2084    std::string LutDescriptionG = GetPubElValByNumber(0x0028,0x1102);
2085    if (LutDescriptionG == GDCM_UNFOUND)
2086       return 0;
2087    std::string LutDescriptionB = GetPubElValByNumber(0x0028,0x1103);
2088    if (LutDescriptionB == GDCM_UNFOUND)
2089       return 0;
2090    if( (LutDescriptionR != LutDescriptionG) || (LutDescriptionR != LutDescriptionB) ) {
2091       dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::GetLUTLength: The CLUT R,G,B are not equal");
2092       return 0;
2093    }
2094    std::cout << "Lut Description " << LutDescriptionR <<std::endl;
2095    tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end()); // clean any previous value
2096    Tokenize (LutDescriptionR, tokens, "\\");
2097    LutLength=atoi(tokens[0].c_str());
2098    //LutDepth=atoi(tokens[1].c_str());
2099    //LutNbits=atoi(tokens[2].c_str());
2100    tokens.clear();
2101    return LutLength;
2102 }
2103
2104 /**
2105   * \ingroup gdcmHeader
2106   * \brief gets the info from 0028,1101 : Lookup Table Desc-Red
2107   * \           else 0
2108   * @return Lookup Table nBit
2109   * \       when (0028,0004),Photometric Interpretation = [PALETTE COLOR ]
2110   */
2111
2112 int gdcmHeader::GetLUTNbits(void) {
2113    std::vector<std::string> tokens;
2114    //int LutLength;
2115    //int LutDepth;
2116    int LutNbits;
2117    //Just hope Lookup Table Desc-Red = Lookup Table Desc-Red = Lookup Table Desc-Blue
2118    // Consistency already checked in GetLUTLength
2119    std::string LutDescription = GetPubElValByNumber(0x0028,0x1101);
2120    if (LutDescription == GDCM_UNFOUND)
2121       return 0;
2122    tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end()); // clean any previous value
2123    Tokenize (LutDescription, tokens, "\\");
2124    //LutLength=atoi(tokens[0].c_str());
2125    //LutDepth=atoi(tokens[1].c_str());
2126    LutNbits=atoi(tokens[2].c_str());
2127    tokens.clear();
2128    return LutNbits;
2129 }
2130
2131
2132 /**
2133   * \ingroup gdcmHeader
2134   * \brief gets the info from 0028,1201 : Lookup Table Red
2135   * \           else 0
2136   * @return Lookup Table Red
2137   * \       when (0028,0004),Photometric Interpretation = [PALETTE COLOR ]
2138   */
2139 void * gdcmHeader::GetLUTRed(void) {
2140    return GetPubElValVoidAreaByNumber(0x0028,0x1201);
2141 }
2142
2143 /**
2144   * \ingroup gdcmHeader
2145   * \brief gets the info from 0028,1202 : Lookup Table Green
2146   * \           else 0
2147   * @return Lookup Table Red
2148   * \       when (0028,0004),Photometric Interpretation = [PALETTE COLOR ]
2149   */
2150   void * gdcmHeader::GetLUTGreen(void) {
2151    return GetPubElValVoidAreaByNumber(0x0028,0x1202);
2152 }
2153
2154 /**
2155   * \ingroup gdcmHeader
2156   * \brief gets the info from 0028,1202 : Lookup Table Blue
2157   * \           else 0
2158   * @return Lookup Table Blue
2159   * \       when (0028,0004),Photometric Interpretation = [PALETTE COLOR ]
2160   */
2161 void * gdcmHeader::GetLUTBlue(void) {
2162    return GetPubElValVoidAreaByNumber(0x0028,0x1203);
2163 }
2164
2165 /**
2166   * \ingroup gdcmHeader
2167   * \brief
2168   * @return Lookup Table RGB
2169   * \       when (0028,0004),Photometric Interpretation = [PALETTE COLOR ]
2170   * \        and (0028,1201),(0028,1202),(0028,1202) are found
2171   * \warning : hazardous ! Use better GetPubElValVoidAreaByNumber
2172   */
2173 void * gdcmHeader::GetLUTRGB(void) {
2174 // Not so easy : see
2175 // http://www.barre.nom.fr/medical/dicom2/limitations.html#Color%20Lookup%20Tables
2176 // and  OT-PAL-8-face.dcm
2177
2178    if (GetPubElValByNumber(0x0028,0x0004) == GDCM_UNFOUND) {
2179    dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::GetLUTRGB: unfound Photometric Interpretation");
2180         return NULL;
2181    }
2182    void * LutR,*LutG,*LutB;
2183    int l;
2184
2185   // Maybe, some day we get an image
2186   // that respects the definition ...
2187   // Let's consider no ones does.
2188
2189    l= GetLUTLength();
2190    if(l==0)
2191      return (NULL);
2192    int nBits=GetLUTNbits();
2193
2194   // a virer quand on aura trouve UNE image
2195   // qui correspond VRAIMENT à la definition !
2196     std::cout << "l " << l << " nBits " << nBits;
2197
2198    l= l/(nBits/8);
2199
2200    LutR =GetPubElValVoidAreaByNumber(0x0028,0x1201);
2201    LutG =GetPubElValVoidAreaByNumber(0x0028,0x1202);
2202    LutB =GetPubElValVoidAreaByNumber(0x0028,0x1203);
2203
2204    // Warning : Any value for nBits  as to be considered as 8
2205    //           Any value for Length as to be considered as 256
2206    // That's DICOM ...
2207
2208    // Just wait before removing the following code
2209    /*
2210    if (nBits == 16) {
2211       guint16 * LUTRGB, *rgb;
2212       LUTRGB = rgb = (guint16 *) malloc(3*l*sizeof( guint16));
2213       guint16 * r = (guint16 *)LutR;
2214       guint16 * g = (guint16 *)LutG;
2215       guint16 * b = (guint16 *)LutB;
2216       for(int i=0;i<l;i++) {
2217          *rgb++ = *r++;
2218          *rgb++ = *g++;
2219          *rgb++ = *b++;
2220       }
2221       return(LUTRGB);
2222    } else
2223
2224    */ {      // we assume it's always 8 Bits
2225       l=256; // we assume ...
2226       unsigned char * LUTRGB, *rgb;
2227       LUTRGB = rgb = (unsigned char *) malloc(3*l*sizeof( char));
2228       unsigned char * r = (unsigned char *)LutR;
2229       unsigned char * g = (unsigned char *)LutG;
2230       unsigned char * b = (unsigned char *)LutB;
2231       for(int i=0;i<l;i++) {
2232       //std::cout << "lut16 " << i << " : " << *r << " " << *g << " " << *b
2233       //          << std::endl;
2234       printf("lut 8 %d : %d %d %d \n",i,*r,*g,*b);
2235          *rgb++ = *r++;
2236          *rgb++ = *g++;
2237          *rgb++ = *b++;
2238       }
2239       free(LutR); free(LutB); free(LutG);
2240       return(LUTRGB);
2241    }
2242
2243 /*  Sorry for the comments. The code will be moved in a fonction
2244
2245         std::string x=GetPubElValByNumber(0x0028,0x1201);
2246         unsigned short int * lutR = (unsigned short int *)malloc((size_t)200*sizeof(short int));
2247         unsigned short int * lutG = (unsigned short int *)malloc((size_t)200*sizeof(short int));
2248         unsigned short int * lutB = (unsigned short int *)malloc((size_t)200*sizeof(short int));
2249
2250          std::vector<std::string> tokens;
2251          tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end()); // clean any previous value
2252          Tokenize ((const std::string)x, tokens, "\\");
2253          for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) {
2254             lutR[i] = atoi(tokens[i].c_str());
2255             printf("%d (%x)\n",lutR[i],lutR[i]);
2256          }
2257
2258          std::string y=GetPubElValByNumber(0x0028,0x1202);
2259          tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end()); // clean any previous value
2260          Tokenize ((const std::string)y, tokens, "\\");
2261          for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) {
2262             lutG[i] = atoi(tokens[i].c_str());
2263          }
2264
2265          std::string z=GetPubElValByNumber(0x0028,0x1203);
2266          tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end()); // clean any previous value
2267          Tokenize ((const std::string)z, tokens, "\\");
2268          for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) {
2269             lutB[i] = atoi(tokens[i].c_str());
2270          }
2271          tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end()); // clean any previous value
2272          Tokenize ((const std::string)x, tokens, "\\");
2273          for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) {
2274             lutB[i] = atoi(tokens[i].c_str());
2275          }
2276
2277  */
2278
2279 //int lgth=GetLUTLength();
2280 //cout << "lgth " << lgth << std::endl;;
2281 //for (int j=0;j<lgth;j++){
2282 //printf ("%d : %d (%x) %d (%x) %d (%x)\n",j,lutR[j],lutR[j],lutG[j],lutG[j],lutB[j],lutB[j]);
2283 //}
2284
2285
2286 }
2287