src/gdcmHeader.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: gdcmHeader.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2004/11/23 17:12:25 $
   7   Version:   $Revision: 1.205 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #include "gdcmHeader.h"
  20 #include "gdcmGlobal.h"
  21 #include "gdcmUtil.h"
  22 #include "gdcmDebug.h"
  23 #include "gdcmTS.h"
  24 #include "gdcmValEntry.h"
  25 #include <stdio.h>
  26
  27 #include <vector>
  28
  29 namespace gdcm
  30 {
  31 //-----------------------------------------------------------------------------
  32 // Constructor / Destructor
  33 /**
  34  * \brief  Constructor
  35  * @param  filename name of the file whose header we want to analyze
  36  */
  37 Header::Header( std::string const & filename ):
  38             Document( filename )
  39 {
  40    // for some ACR-NEMA images GrPixel, NumPixel is *not* 7fe0,0010
  41    // We may encounter the 'RETired' (0x0028, 0x0200) tag
  42    // (Image Location") . This Element contains the number of
  43    // the group that contains the pixel data (hence the "Pixel Data"
  44    // is found by indirection through the "Image Location").
  45    // Inside the group pointed by "Image Location" the searched element
  46    // is conventionally the element 0x0010 (when the norm is respected).
  47    // When the "Image Location" is absent we default to group 0x7fe0.
  48    // Note: this IS the right place for the code
  49
  50    // Image Location
  51    const std::string &imgLocation = GetEntryByNumber(0x0028, 0x0200);
  52    if ( imgLocation == GDCM_UNFOUND )
  53    {
  54       // default value
  55       GrPixel = 0x7fe0;
  56    }
  57    else
  58    {
  59       GrPixel = (uint16_t) atoi( imgLocation.c_str() );
  60    }
  61
  62    // sometimes Image Location value doesn't follow
  63    // the supposed processor endianity.
  64    // see gdcmData/cr172241.dcm
  65    if ( GrPixel == 0xe07f )
  66    {
  67       GrPixel = 0x7fe0;
  68    }
  69
  70    if ( GrPixel != 0x7fe0 )
  71    {
  72       // This is a kludge for old dirty Philips imager.
  73       NumPixel = 0x1010;
  74    }
  75    else
  76    {
  77       NumPixel = 0x0010;
  78    }
  79 }
  80
  81 /**
  82  * \brief Constructor used when we want to generate dicom files from scratch
  83  */
  84 Header::Header()
  85            :Document()
  86 {
  87    InitializeDefaultHeader();
  88 }
  89
  90 /**
  91  * \brief   Canonical destructor.
  92  */
  93 Header::~Header ()
  94 {
  95 }
  96
  97 /**
  98  * \brief Performs some consistency checking on various 'File related'
  99  *       (as opposed to 'DicomDir related') entries
 100  *       then writes in a file all the (Dicom Elements) included the Pixels
 101  * @param fp file pointer on an already open file
 102  * @param filetype Type of the File to be written
 103  *          (ACR-NEMA, ExplicitVR, ImplicitVR)
 104  */
 105 void Header::Write(std::ofstream* fp,FileType filetype)
 106 {
 107    // Bits Allocated
 108    if ( GetEntryByNumber(0x0028,0x0100) ==  "12")
 109    {
 110       SetEntryByNumber("16", 0x0028,0x0100);
 111    }
 112
 113   /// \todo correct 'Pixel group' Length if necessary
 114
 115    int i_lgPix = GetEntryLengthByNumber(GrPixel, NumPixel);
 116    if (i_lgPix != -2)
 117    {
 118       // no (GrPixel, NumPixel) element
 119       std::string s_lgPix = Util::Format("%d", i_lgPix+12);
 120       s_lgPix = Util::DicomString( s_lgPix.c_str() );
 121       ReplaceOrCreateByNumber(s_lgPix,GrPixel, 0x0000);
 122    }
 123
 124    // FIXME : should be nice if we could move it to File
 125    //         (or in future gdcmPixelData class)
 126
 127    // Drop Palette Color, if necessary
 128
 129    if ( GetEntryByNumber(0x0028,0x0002).c_str()[0] == '3' )
 130    {
 131       // if SamplesPerPixel = 3, sure we don't need any LUT !
 132       // Drop 0028|1101, 0028|1102, 0028|1103
 133       // Drop 0028|1201, 0028|1202, 0028|1203
 134
 135       DocEntry* e = GetDocEntryByNumber(0x0028,0x01101);
 136       if (e)
 137       {
 138          RemoveEntryNoDestroy(e);
 139       }
 140       e = GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1102);
 141       if (e)
 142       {
 143          RemoveEntryNoDestroy(e);
 144       }
 145       e = GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1103);
 146       if (e)
 147       {
 148          RemoveEntryNoDestroy(e);
 149       }
 150       e = GetDocEntryByNumber(0x0028,0x01201);
 151       if (e)
 152       {
 153          RemoveEntryNoDestroy(e);
 154       }
 155       e = GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1202);
 156       if (e)
 157       {
 158          RemoveEntryNoDestroy(e);
 159       }
 160       e = GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1203);
 161       if (e)
 162       {
 163           RemoveEntryNoDestroy(e);
 164       }
 165    }
 166    Document::Write(fp,filetype);
 167 }
 168
 169 //-----------------------------------------------------------------------------
 170 // Print
 171
 172
 173 //-----------------------------------------------------------------------------
 174 // Public
 175
 176 /**
 177  * \brief  This predicate, based on hopefully reasonable heuristics,
 178  *         decides whether or not the current Header was properly parsed
 179  *         and contains the mandatory information for being considered as
 180  *         a well formed and usable Dicom/Acr File.
 181  * @return true when Header is the one of a reasonable Dicom/Acr file,
 182  *         false otherwise.
 183  */
 184 bool Header::IsReadable()
 185 {
 186    if( !Document::IsReadable() )
 187    {
 188       return false;
 189    }
 190
 191    const std::string &res = GetEntryByNumber(0x0028, 0x0005);
 192    if ( res != GDCM_UNFOUND && atoi(res.c_str()) > 4 )
 193    {
 194       return false; // Image Dimensions
 195    }
 196    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028, 0x0100) )
 197    {
 198       return false; // "Bits Allocated"
 199    }
 200    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028, 0x0101) )
 201    {
 202       return false; // "Bits Stored"
 203    }
 204    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028, 0x0102) )
 205    {
 206       return false; // "High Bit"
 207    }
 208    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028, 0x0103) )
 209    {
 210       return false; // "Pixel Representation" i.e. 'Sign'
 211    }
 212
 213    return true;
 214 }
 215
 216 /**
 217  * \brief   Retrieve the number of columns of image.
 218  * @return  The encountered size when found, 0 by default.
 219  *          0 means the file is NOT USABLE. The caller will have to check
 220  */
 221 int Header::GetXSize()
 222 {
 223    const std::string &strSize = GetEntryByNumber(0x0028,0x0011);
 224    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 225    {
 226       return 0;
 227    }
 228
 229    return atoi( strSize.c_str() );
 230 }
 231
 232 /**
 233  * \brief   Retrieve the number of lines of image.
 234  * \warning The defaulted value is 1 as opposed to Header::GetXSize()
 235  * @return  The encountered size when found, 1 by default
 236  *          (The ACR-NEMA file contains a Signal, not an Image).
 237  */
 238 int Header::GetYSize()
 239 {
 240    const std::string &strSize = GetEntryByNumber(0x0028,0x0010);
 241    if ( strSize != GDCM_UNFOUND )
 242    {
 243       return atoi( strSize.c_str() );
 244    }
 245    if ( IsDicomV3() )
 246    {
 247       return 0;
 248    }
 249
 250    // The Rows (0028,0010) entry was optional for ACR/NEMA. It might
 251    // hence be a signal (1d image). So we default to 1:
 252    return 1;
 253 }
 254
 255 /**
 256  * \brief   Retrieve the number of planes of volume or the number
 257  *          of frames of a multiframe.
 258  * \warning When present we consider the "Number of Frames" as the third
 259  *          dimension. When absent we consider the third dimension as
 260  *          being the ACR-NEMA "Planes" tag content.
 261  * @return  The encountered size when found, 1 by default (single image).
 262  */
 263 int Header::GetZSize()
 264 {
 265    // Both  DicomV3 and ACR/Nema consider the "Number of Frames"
 266    // as the third dimension.
 267    const std::string &strSize = GetEntryByNumber(0x0028,0x0008);
 268    if ( strSize != GDCM_UNFOUND )
 269    {
 270       return atoi( strSize.c_str() );
 271    }
 272
 273    // We then consider the "Planes" entry as the third dimension
 274    const std::string &strSize2 = GetEntryByNumber(0x0028,0x0012);
 275    if ( strSize2 != GDCM_UNFOUND )
 276    {
 277       return atoi( strSize2.c_str() );
 278    }
 279
 280    return 1;
 281 }
 282
 283 /**
 284   * \brief gets the info from 0028,0030 : Pixel Spacing
 285   *             else 1.0
 286   * @return X dimension of a pixel
 287   */
 288 float Header::GetXSpacing()
 289 {
 290    float xspacing, yspacing;
 291    const std::string &strSpacing = GetEntryByNumber(0x0028,0x0030);
 292
 293    if ( strSpacing == GDCM_UNFOUND )
 294    {
 295       dbg.Verbose(0, "Header::GetXSpacing: unfound Pixel Spacing (0028,0030)");
 296       return 1.;
 297    }
 298
 299    int nbValues;
 300    if( ( nbValues = sscanf( strSpacing.c_str(),
 301          "%f\\%f", &yspacing, &xspacing)) != 2 )
 302    {
 303       // if single value is found, xspacing is defaulted to yspacing
 304       if ( nbValues == 1 )
 305       {
 306          return yspacing;
 307       }
 308    }
 309    if ( xspacing == 0.)
 310    {
 311       dbg.Verbose(0, "Header::GetYSpacing: gdcmData/CT-MONO2-8-abdo.dcm problem");
 312       // seems to be a bug in the header ...
 313       sscanf( strSpacing.c_str(), "%f\\0\\%f", &yspacing, &xspacing);
 314    }
 315
 316    return xspacing;
 317 }
 318
 319 /**
 320   * \brief gets the info from 0028,0030 : Pixel Spacing
 321   *             else 1.0
 322   * @return Y dimension of a pixel
 323   */
 324 float Header::GetYSpacing()
 325 {
 326    float yspacing = 0;
 327    std::string strSpacing = GetEntryByNumber(0x0028,0x0030);
 328
 329    if ( strSpacing == GDCM_UNFOUND )
 330    {
 331       dbg.Verbose(0, "Header::GetYSpacing: unfound Pixel Spacing (0028,0030)");
 332       return 1.;
 333     }
 334
 335    // if sscanf cannot read any float value, it won't affect yspacing
 336    sscanf( strSpacing.c_str(), "%f", &yspacing);
 337
 338    return yspacing;
 339 }
 340
 341 /**
 342  * \brief gets the info from 0018,0088 : Space Between Slices
 343  *                else from 0018,0050 : Slice Thickness
 344  *                else 1.0
 345  * @return Z dimension of a voxel-to be
 346  */
 347 float Header::GetZSpacing()
 348 {
 349    // Spacing Between Slices : distance entre le milieu de chaque coupe
 350    // Les coupes peuvent etre :
 351    //   jointives     (Spacing between Slices = Slice Thickness)
 352    //   chevauchantes (Spacing between Slices < Slice Thickness)
 353    //   disjointes    (Spacing between Slices > Slice Thickness)
 354    // Slice Thickness : epaisseur de tissus sur laquelle est acquis le signal
 355    //   ca interesse le physicien de l'IRM, pas le visualisateur de volumes ...
 356    //   Si le Spacing Between Slices est absent,
 357    //   on suppose que les coupes sont jointives
 358
 359    std::string strSpacingBSlices = GetEntryByNumber(0x0018,0x0088);
 360
 361    if ( strSpacingBSlices == GDCM_UNFOUND )
 362    {
 363       dbg.Verbose(0, "Header::GetZSpacing: unfound StrSpacingBSlices");
 364       std::string strSliceThickness = GetEntryByNumber(0x0018,0x0050);
 365       if ( strSliceThickness == GDCM_UNFOUND )
 366       {
 367          return 1.;
 368       }
 369       else
 370       {
 371          // if no 'Spacing Between Slices' is found,
 372          // we assume slices join together
 373          // (no overlapping, no interslice gap)
 374          // if they don't, we're fucked up
 375          return (float)atof( strSliceThickness.c_str() );
 376       }
 377    }
 378    else
 379    {
 380       return (float)atof( strSpacingBSlices.c_str() );
 381    }
 382    return 1.;
 383 }
 384
 385 /**
 386  *\brief gets the info from 0028,1052 : Rescale Intercept
 387  * @return Rescale Intercept
 388  */
 389 float Header::GetRescaleIntercept()
 390 {
 391    float resInter = 0.;
 392    /// 0028 1052 DS IMG Rescale Intercept
 393    std::string strRescInter = GetEntryByNumber(0x0028,0x1052);
 394    if ( strRescInter != GDCM_UNFOUND )
 395    {
 396       if( sscanf( strRescInter.c_str(), "%f", &resInter) != 1 )
 397       {
 398          // bug in the element 0x0028,0x1052
 399          dbg.Verbose(0, "Header::GetRescaleIntercept: Rescale Slope "
 400                         "is empty");
 401       }
 402    }
 403
 404    return resInter;
 405 }
 406
 407 /**
 408  *\brief   gets the info from 0028,1053 : Rescale Slope
 409  * @return Rescale Slope
 410  */
 411 float Header::GetRescaleSlope()
 412 {
 413    float resSlope = 1.;
 414    //0028 1053 DS IMG Rescale Slope
 415    std::string strRescSlope = GetEntryByNumber(0x0028,0x1053);
 416    if ( strRescSlope != GDCM_UNFOUND )
 417    {
 418       if( sscanf( strRescSlope.c_str(), "%f", &resSlope) != 1)
 419       {
 420          // bug in the element 0x0028,0x1053
 421          dbg.Verbose(0, "Header::GetRescaleSlope: Rescale Slope is empty");
 422       }
 423    }
 424
 425    return resSlope;
 426 }
 427
 428 /**
 429  * \brief This function is intended to user who doesn't want
 430  *   to have to manage a LUT and expects to get an RBG Pixel image
 431  *   (or a monochrome one ...)
 432  * \warning to be used with GetImagePixels()
 433  * @return 1 if Gray level, 3 if Color (RGB, YBR or PALETTE COLOR)
 434  */
 435 int Header::GetNumberOfScalarComponents()
 436 {
 437    if ( GetSamplesPerPixel() == 3 )
 438    {
 439       return 3;
 440    }
 441
 442    // 0028 0100 US IMG Bits Allocated
 443    // (in order no to be messed up by old RGB images)
 444    if ( GetEntryByNumber(0x0028,0x0100) == "24" )
 445    {
 446       return 3;
 447    }
 448
 449    std::string strPhotometricInterpretation = GetEntryByNumber(0x0028,0x0004);
 450
 451    if ( ( strPhotometricInterpretation == "PALETTE COLOR ") )
 452    {
 453       if ( HasLUT() )// PALETTE COLOR is NOT enough
 454       {
 455          return 3;
 456       }
 457       else
 458       {
 459          return 1;
 460       }
 461    }
 462
 463    // beware of trailing space at end of string
 464    // DICOM tags are never of odd length
 465    if ( strPhotometricInterpretation == GDCM_UNFOUND   ||
 466         Util::DicomStringEqual(strPhotometricInterpretation, "MONOCHROME1") ||
 467         Util::DicomStringEqual(strPhotometricInterpretation, "MONOCHROME2") )
 468    {
 469       return 1;
 470    }
 471    else
 472    {
 473       // we assume that *all* kinds of YBR are dealt with
 474       return 3;
 475    }
 476 }
 477
 478 /**
 479  * \brief This function is intended to user that DOESN'T want
 480  *  to get RGB pixels image when it's stored as a PALETTE COLOR image
 481  *   - the (vtk) user is supposed to know how deal with LUTs -
 482  * \warning to be used with GetImagePixelsRaw()
 483  * @return 1 if Gray level, 3 if Color (RGB or YBR - NOT 'PALETTE COLOR' -)
 484  */
 485 int Header::GetNumberOfScalarComponentsRaw()
 486 {
 487    // 0028 0100 US IMG Bits Allocated
 488    // (in order no to be messed up by old RGB images)
 489    if ( Header::GetEntryByNumber(0x0028,0x0100) == "24" )
 490    {
 491       return 3;
 492    }
 493
 494    // we assume that *all* kinds of YBR are dealt with
 495    return GetSamplesPerPixel();
 496 }
 497
 498 //
 499 // --------------  Remember ! ----------------------------------
 500 //
 501 // Image Position Patient                              (0020,0032):
 502 // If not found (ACR_NEMA) we try Image Position       (0020,0030)
 503 // If not found (ACR-NEMA), we consider Slice Location (0020,1041)
 504 //                                   or Location       (0020,0050)
 505 // as the Z coordinate,
 506 // 0. for all the coordinates if nothing is found
 507
 508 // \todo find a way to inform the caller nothing was found
 509 // \todo How to tell the caller a wrong number of values was found?
 510 //
 511 // ---------------------------------------------------------------
 512 //
 513
 514 /**
 515  * \brief gets the info from 0020,0032 : Image Position Patient
 516  *                 else from 0020,0030 : Image Position (RET)
 517  *                 else 0.
 518  * @return up-left image corner X position
 519  */
 520 float Header::GetXOrigin()
 521 {
 522    float xImPos, yImPos, zImPos;
 523    std::string strImPos = GetEntryByNumber(0x0020,0x0032);
 524
 525    if ( strImPos == GDCM_UNFOUND )
 526    {
 527       dbg.Verbose(0, "Header::GetXImagePosition: unfound Image "
 528                      "Position Patient (0020,0032)");
 529       strImPos = GetEntryByNumber(0x0020,0x0030); // For ACR-NEMA images
 530       if ( strImPos == GDCM_UNFOUND )
 531       {
 532          dbg.Verbose(0, "Header::GetXImagePosition: unfound Image "
 533                         "Position (RET) (0020,0030)");
 534          /// \todo How to tell the caller nothing was found ?
 535          return 0.;
 536       }
 537    }
 538
 539    if( sscanf( strImPos.c_str(), "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos) != 3 )
 540    {
 541       return 0.;
 542    }
 543
 544    return xImPos;
 545 }
 546
 547 /**
 548  * \brief gets the info from 0020,0032 : Image Position Patient
 549  *                 else from 0020,0030 : Image Position (RET)
 550  *                 else 0.
 551  * @return up-left image corner Y position
 552  */
 553 float Header::GetYOrigin()
 554 {
 555    float xImPos, yImPos, zImPos;
 556    std::string strImPos = GetEntryByNumber(0x0020,0x0032);
 557
 558    if ( strImPos == GDCM_UNFOUND)
 559    {
 560       dbg.Verbose(0, "Header::GetYImagePosition: unfound Image "
 561                      "Position Patient (0020,0032)");
 562       strImPos = GetEntryByNumber(0x0020,0x0030); // For ACR-NEMA images
 563       if ( strImPos == GDCM_UNFOUND )
 564       {
 565          dbg.Verbose(0, "Header::GetYImagePosition: unfound Image "
 566                         "Position (RET) (0020,0030)");
 567          /// \todo How to tell the caller nothing was found ?
 568          return 0.;
 569       }
 570    }
 571
 572    if( sscanf( strImPos.c_str(), "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos) != 3 )
 573    {
 574       return 0.;
 575    }
 576
 577    return yImPos;
 578 }
 579
 580 /**
 581  * \brief gets the info from 0020,0032 : Image Position Patient
 582  *                 else from 0020,0030 : Image Position (RET)
 583  *                 else from 0020,1041 : Slice Location
 584  *                 else from 0020,0050 : Location
 585  *                 else 0.
 586  * @return up-left image corner Z position
 587  */
 588 float Header::GetZOrigin()
 589 {
 590    float xImPos, yImPos, zImPos;
 591    std::string strImPos = GetEntryByNumber(0x0020,0x0032);
 592
 593    if ( strImPos != GDCM_UNFOUND )
 594    {
 595       if( sscanf( strImPos.c_str(), "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos) != 3)
 596       {
 597          dbg.Verbose(0, "Header::GetZImagePosition: wrong Image "
 598                         "Position Patient (0020,0032)");
 599          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x0032
 600       }
 601       else
 602       {
 603          return zImPos;
 604       }
 605    }
 606
 607    strImPos = GetEntryByNumber(0x0020,0x0030); // For ACR-NEMA images
 608    if ( strImPos != GDCM_UNFOUND )
 609    {
 610       if( sscanf( strImPos.c_str(),
 611           "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos ) != 3 )
 612       {
 613          dbg.Verbose(0, "Header::GetZImagePosition: wrong Image Position (RET) (0020,0030)");
 614          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x0032
 615       }
 616       else
 617       {
 618          return zImPos;
 619       }
 620    }
 621
 622    std::string strSliceLocation = GetEntryByNumber(0x0020,0x1041); // for *very* old ACR-NEMA images
 623    if ( strSliceLocation != GDCM_UNFOUND )
 624    {
 625       if( sscanf( strSliceLocation.c_str(), "%f", &zImPos) != 1)
 626       {
 627          dbg.Verbose(0, "Header::GetZImagePosition: wrong Slice Location (0020,1041)");
 628          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x1041
 629       }
 630       else
 631       {
 632          return zImPos;
 633       }
 634    }
 635    dbg.Verbose(0, "Header::GetZImagePosition: unfound Slice Location (0020,1041)");
 636
 637    std::string strLocation = GetEntryByNumber(0x0020,0x0050);
 638    if ( strLocation != GDCM_UNFOUND )
 639    {
 640       if( sscanf( strLocation.c_str(), "%f", &zImPos) != 1)
 641       {
 642          dbg.Verbose(0, "Header::GetZImagePosition: wrong Location (0020,0050)");
 643          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x0050
 644       }
 645       else
 646       {
 647          return zImPos;
 648       }
 649    }
 650    dbg.Verbose(0, "Header::GetYImagePosition: unfound Location (0020,0050)");
 651
 652    return 0.; // Hopeless
 653 }
 654
 655 /**
 656  * \brief gets the info from 0020,0013 : Image Number else 0.
 657  * @return image number
 658  */
 659 int Header::GetImageNumber()
 660 {
 661    // The function i atoi() takes the address of an area of memory as
 662    // parameter and converts the string stored at that location to an integer
 663    // using the external decimal to internal binary conversion rules. This may
 664    // be preferable to sscanf() since atoi() is a much smaller, simpler and
 665    // faster function. sscanf() can do all possible conversions whereas
 666    // atoi() can only do single decimal integer conversions.
 667    //0020 0013 IS REL Image Number
 668    std::string strImNumber = GetEntryByNumber(0x0020,0x0013);
 669    if ( strImNumber != GDCM_UNFOUND )
 670    {
 671       return atoi( strImNumber.c_str() );
 672    }
 673    return 0;   //Hopeless
 674 }
 675
 676 /**
 677  * \brief gets the info from 0008,0060 : Modality
 678  * @return Modality Type
 679  */
 680 ModalityType Header::GetModality()
 681 {
 682    // 0008 0060 CS ID Modality
 683    std::string strModality = GetEntryByNumber(0x0008,0x0060);
 684    if ( strModality != GDCM_UNFOUND )
 685    {
 686            if ( strModality.find("AU") < strModality.length()) return AU;
 687       else if ( strModality.find("AS") < strModality.length()) return AS;
 688       else if ( strModality.find("BI") < strModality.length()) return BI;
 689       else if ( strModality.find("CF") < strModality.length()) return CF;
 690       else if ( strModality.find("CP") < strModality.length()) return CP;
 691       else if ( strModality.find("CR") < strModality.length()) return CR;
 692       else if ( strModality.find("CT") < strModality.length()) return CT;
 693       else if ( strModality.find("CS") < strModality.length()) return CS;
 694       else if ( strModality.find("DD") < strModality.length()) return DD;
 695       else if ( strModality.find("DF") < strModality.length()) return DF;
 696       else if ( strModality.find("DG") < strModality.length()) return DG;
 697       else if ( strModality.find("DM") < strModality.length()) return DM;
 698       else if ( strModality.find("DS") < strModality.length()) return DS;
 699       else if ( strModality.find("DX") < strModality.length()) return DX;
 700       else if ( strModality.find("ECG") < strModality.length()) return ECG;
 701       else if ( strModality.find("EPS") < strModality.length()) return EPS;
 702       else if ( strModality.find("FA") < strModality.length()) return FA;
 703       else if ( strModality.find("FS") < strModality.length()) return FS;
 704       else if ( strModality.find("HC") < strModality.length()) return HC;
 705       else if ( strModality.find("HD") < strModality.length()) return HD;
 706       else if ( strModality.find("LP") < strModality.length()) return LP;
 707       else if ( strModality.find("LS") < strModality.length()) return LS;
 708       else if ( strModality.find("MA") < strModality.length()) return MA;
 709       else if ( strModality.find("MR") < strModality.length()) return MR;
 710       else if ( strModality.find("NM") < strModality.length()) return NM;
 711       else if ( strModality.find("OT") < strModality.length()) return OT;
 712       else if ( strModality.find("PT") < strModality.length()) return PT;
 713       else if ( strModality.find("RF") < strModality.length()) return RF;
 714       else if ( strModality.find("RG") < strModality.length()) return RG;
 715       else if ( strModality.find("RTDOSE")   < strModality.length()) return RTDOSE;
 716       else if ( strModality.find("RTIMAGE")  < strModality.length()) return RTIMAGE;
 717       else if ( strModality.find("RTPLAN")   < strModality.length()) return RTPLAN;
 718       else if ( strModality.find("RTSTRUCT") < strModality.length()) return RTSTRUCT;
 719       else if ( strModality.find("SM") < strModality.length()) return SM;
 720       else if ( strModality.find("ST") < strModality.length()) return ST;
 721       else if ( strModality.find("TG") < strModality.length()) return TG;
 722       else if ( strModality.find("US") < strModality.length()) return US;
 723       else if ( strModality.find("VF") < strModality.length()) return VF;
 724       else if ( strModality.find("XA") < strModality.length()) return XA;
 725       else if ( strModality.find("XC") < strModality.length()) return XC;
 726
 727       else
 728       {
 729          /// \todo throw error return value ???
 730          /// specified <> unknow in our database
 731          return Unknow;
 732       }
 733    }
 734
 735    return Unknow;
 736 }
 737
 738 /**
 739  * \brief   Retrieve the number of Bits Stored (actually used)
 740  *          (as opposite to number of Bits Allocated)
 741  * @return  The encountered number of Bits Stored, 0 by default.
 742  *          0 means the file is NOT USABLE. The caller has to check it !
 743  */
 744 int Header::GetBitsStored()
 745 {
 746    std::string strSize = GetEntryByNumber( 0x0028, 0x0101 );
 747    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 748    {
 749       dbg.Verbose(0, "Header::GetBitsStored: this is supposed to "
 750                      "be mandatory");
 751       return 0;  // It's supposed to be mandatory
 752                  // the caller will have to check
 753    }
 754    return atoi( strSize.c_str() );
 755 }
 756
 757 /**
 758  * \brief   Retrieve the high bit position.
 759  * \warning The method defaults to 0 when information is absent.
 760  *          The responsability of checking this value is left to the caller.
 761  * @return  The high bit positin when present. 0 when absent.
 762  */
 763 int Header::GetHighBitPosition()
 764 {
 765    std::string strSize = GetEntryByNumber( 0x0028, 0x0102 );
 766    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 767    {
 768       dbg.Verbose(0, "Header::GetHighBitPosition: this is supposed "
 769                      "to be mandatory");
 770       return 0;
 771    }
 772    return atoi( strSize.c_str() );
 773 }
 774
 775 /**
 776  * \brief   Check wether the pixels are signed or UNsigned data.
 777  * \warning The method defaults to false (UNsigned) when information is absent.
 778  *          The responsability of checking this value is left to the caller.
 779  * @return  True when signed, false when UNsigned
 780  */
 781 bool Header::IsSignedPixelData()
 782 {
 783    std::string strSize = GetEntryByNumber( 0x0028, 0x0103 );
 784    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 785    {
 786       dbg.Verbose(0, "Header::IsSignedPixelData: this is supposed "
 787                      "to be mandatory");
 788       return false;
 789    }
 790    int sign = atoi( strSize.c_str() );
 791    if ( sign == 0 )
 792    {
 793       return false;
 794    }
 795    return true;
 796 }
 797
 798 /**
 799  * \brief   Retrieve the number of Bits Allocated
 800  *          (8, 12 -compacted ACR-NEMA files, 16, ...)
 801  * @return  The encountered number of Bits Allocated, 0 by default.
 802  *          0 means the file is NOT USABLE. The caller has to check it !
 803  */
 804 int Header::GetBitsAllocated()
 805 {
 806    std::string strSize = GetEntryByNumber(0x0028,0x0100);
 807    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 808    {
 809       dbg.Verbose(0, "Header::GetBitsStored: this is supposed to "
 810                      "be mandatory");
 811       return 0; // It's supposed to be mandatory
 812                 // the caller will have to check
 813    }
 814    return atoi( strSize.c_str() );
 815 }
 816
 817 /**
 818  * \brief   Retrieve the number of Samples Per Pixel
 819  *          (1 : gray level, 3 : RGB -1 or 3 Planes-)
 820  * @return  The encountered number of Samples Per Pixel, 1 by default.
 821  *          (Gray level Pixels)
 822  */
 823 int Header::GetSamplesPerPixel()
 824 {
 825    const std::string& strSize = GetEntryByNumber(0x0028,0x0002);
 826    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 827    {
 828       dbg.Verbose(0, "Header::GetBitsStored: this is supposed to "
 829                      "be mandatory");
 830       return 1; // Well, it's supposed to be mandatory ...
 831                 // but sometimes it's missing : *we* assume Gray pixels
 832    }
 833    return atoi( strSize.c_str() );
 834 }
 835
 836 /**
 837  * \brief   Check wether this a monochrome picture or not by accessing
 838  *          the "Photometric Interpretation" tag ( 0x0028, 0x0004 ).
 839  * @return  true when "MONOCHROME1" or "MONOCHROME2". False otherwise.
 840  */
 841 bool Header::IsMonochrome()
 842 {
 843    const std::string& PhotometricInterp = GetEntryByNumber( 0x0028, 0x0004 );
 844    if (  Util::DicomStringEqual(PhotometricInterp, "MONOCHROME1")
 845       || Util::DicomStringEqual(PhotometricInterp, "MONOCHROME2") )
 846    {
 847       return true;
 848    }
 849    if ( PhotometricInterp == GDCM_UNFOUND )
 850    {
 851       dbg.Verbose(0, "Header::IsMonochrome: absent Photometric "
 852                      "Interpretation");
 853    }
 854    return false;
 855 }
 856
 857 /**
 858  * \brief   Check wether this a "PALETTE COLOR" picture or not by accessing
 859  *          the "Photometric Interpretation" tag ( 0x0028, 0x0004 ).
 860  * @return  true when "PALETTE COLOR". False otherwise.
 861  */
 862 bool Header::IsPaletteColor()
 863 {
 864    std::string PhotometricInterp = GetEntryByNumber( 0x0028, 0x0004 );
 865    if (   PhotometricInterp == "PALETTE COLOR " )
 866    {
 867       return true;
 868    }
 869    if ( PhotometricInterp == GDCM_UNFOUND )
 870    {
 871       dbg.Verbose(0, "Header::IsPaletteColor: absent Photometric "
 872                      "Interpretation");
 873    }
 874    return false;
 875 }
 876
 877 /**
 878  * \brief   Check wether this a "YBR_FULL" color picture or not by accessing
 879  *          the "Photometric Interpretation" tag ( 0x0028, 0x0004 ).
 880  * @return  true when "YBR_FULL". False otherwise.
 881  */
 882 bool Header::IsYBRFull()
 883 {
 884    std::string PhotometricInterp = GetEntryByNumber( 0x0028, 0x0004 );
 885    if (   PhotometricInterp == "YBR_FULL" )
 886    {
 887       return true;
 888    }
 889    if ( PhotometricInterp == GDCM_UNFOUND )
 890    {
 891       dbg.Verbose(0, "Header::IsYBRFull: absent Photometric "
 892                      "Interpretation");
 893    }
 894    return false;
 895 }
 896
 897 /**
 898  * \brief   Retrieve the Planar Configuration for RGB images
 899  *          (0 : RGB Pixels , 1 : R Plane + G Plane + B Plane)
 900  * @return  The encountered Planar Configuration, 0 by default.
 901  */
 902 int Header::GetPlanarConfiguration()
 903 {
 904    std::string strSize = GetEntryByNumber(0x0028,0x0006);
 905    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 906    {
 907       return 0;
 908    }
 909    return atoi( strSize.c_str() );
 910 }
 911
 912 /**
 913  * \brief   Return the size (in bytes) of a single pixel of data.
 914  * @return  The size in bytes of a single pixel of data; 0 by default
 915  *          0 means the file is NOT USABLE; the caller will have to check
 916  */
 917 int Header::GetPixelSize()
 918 {
 919    // 0028 0100 US IMG Bits Allocated
 920    // (in order no to be messed up by old RGB images)
 921    //   if (Header::GetEntryByNumber(0x0028,0x0100) == "24")
 922    //      return 3;
 923
 924    std::string pixelType = GetPixelType();
 925    if ( pixelType ==  "8U" || pixelType == "8S" )
 926    {
 927       return 1;
 928    }
 929    if ( pixelType == "16U" || pixelType == "16S")
 930    {
 931       return 2;
 932    }
 933    if ( pixelType == "32U" || pixelType == "32S")
 934    {
 935       return 4;
 936    }
 937    if ( pixelType == "FD" )
 938    {
 939       return 8;
 940    }
 941    dbg.Verbose(0, "Header::GetPixelSize: Unknown pixel type");
 942    return 0;
 943 }
 944
 945 /**
 946  * \brief   Build the Pixel Type of the image.
 947  *          Possible values are:
 948  *          - 8U  unsigned  8 bit,
 949  *          - 8S    signed  8 bit,
 950  *          - 16U unsigned 16 bit,
 951  *          - 16S   signed 16 bit,
 952  *          - 32U unsigned 32 bit,
 953  *          - 32S   signed 32 bit,
 954  *          - FD floating double 64 bits (Not kosher DICOM, but so usefull!)
 955  * \warning 12 bit images appear as 16 bit.
 956  *          24 bit images appear as 8 bit
 957  * @return  0S if nothing found. NOT USABLE file. The caller has to check
 958  */
 959 std::string Header::GetPixelType()
 960 {
 961    std::string bitsAlloc = GetEntryByNumber(0x0028, 0x0100); // Bits Allocated
 962    if ( bitsAlloc == GDCM_UNFOUND )
 963    {
 964       dbg.Verbose(0, "Header::GetPixelType: unfound Bits Allocated");
 965       bitsAlloc = "16";
 966    }
 967
 968    if ( bitsAlloc == "64" )
 969    {
 970       return "FD";
 971    }
 972    if ( bitsAlloc == "12" )
 973    {
 974       // It will be unpacked
 975       bitsAlloc = "16";
 976    }
 977    else if ( bitsAlloc == "24" )
 978    {
 979       // (in order no to be messed up
 980       bitsAlloc = "8";  // by old RGB images)
 981    }
 982
 983    std::string sign = GetEntryByNumber(0x0028, 0x0103);//"Pixel Representation"
 984
 985    if (sign == GDCM_UNFOUND )
 986    {
 987       dbg.Verbose(0, "Header::GetPixelType: unfound Pixel Representation");
 988       bitsAlloc = "0";
 989    }
 990    if ( sign == "0" )
 991    {
 992       sign = "U";
 993    }
 994    else
 995    {
 996       sign = "S";
 997    }
 998    return bitsAlloc + sign;
 999 }
1000
1001
1002 /**
1003  * \brief   Recover the offset (from the beginning of the file)
1004  *          of *image* pixels (not *icone image* pixels, if any !)
1005  * @return Pixel Offset
1006  */
1007 size_t Header::GetPixelOffset()
1008 {
1009    DocEntry* pxlElement = GetDocEntryByNumber(GrPixel,NumPixel);
1010    if ( pxlElement )
1011    {
1012       return pxlElement->GetOffset();
1013    }
1014    else
1015    {
1016 #ifdef GDCM_DEBUG
1017       std::cout << "Big trouble : Pixel Element ("
1018                 << std::hex << GrPixel<<","<< NumPixel<< ") NOT found"
1019                 << std::endl;
1020 #endif //GDCM_DEBUG
1021       return 0;
1022    }
1023 }
1024
1025 /// \todo TODO : unify those two (previous one and next one)
1026 /**
1027  * \brief   Recover the pixel area length (in Bytes)
1028  * @return Pixel Element Length, as stored in the header
1029  *         (NOT the memory space necessary to hold the Pixels
1030  *          -in case of embeded compressed image-)
1031  *         0 : NOT USABLE file. The caller has to check.
1032  */
1033 size_t Header::GetPixelAreaLength()
1034 {
1035    DocEntry* pxlElement = GetDocEntryByNumber(GrPixel,NumPixel);
1036    if ( pxlElement )
1037    {
1038       return pxlElement->GetLength();
1039    }
1040    else
1041    {
1042 #ifdef GDCM_DEBUG
1043       std::cout << "Big trouble : Pixel Element ("
1044                 << std::hex << GrPixel<<","<< NumPixel<< ") NOT found"
1045                 << std::endl;
1046 #endif //GDCM_DEBUG
1047       return 0;
1048    }
1049 }
1050
1051 /**
1052   * \brief tells us if LUT are used
1053   * \warning Right now, 'Segmented xxx Palette Color Lookup Table Data'
1054   *          are NOT considered as LUT, since nobody knows
1055   *          how to deal with them
1056   *          Please warn me if you know sbdy that *does* know ... jprx
1057   * @return true if LUT Descriptors and LUT Tables were found
1058   */
1059 bool Header::HasLUT()
1060 {
1061    // Check the presence of the LUT Descriptors, and LUT Tables
1062    // LutDescriptorRed
1063    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1101) )
1064    {
1065       return false;
1066    }
1067    // LutDescriptorGreen
1068    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1102) )
1069    {
1070       return false;
1071    }
1072    // LutDescriptorBlue
1073    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1103) )
1074    {
1075       return false;
1076    }
1077    // Red Palette Color Lookup Table Data
1078    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1201) )
1079    {
1080       return false;
1081    }
1082    // Green Palette Color Lookup Table Data
1083    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1202) )
1084    {
1085       return false;
1086    }
1087    // Blue Palette Color Lookup Table Data
1088    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1203) )
1089    {
1090       return false;
1091    }
1092
1093    // FIXME : (0x0028,0x3006) : LUT Data (CTX dependent)
1094    //         NOT taken into account, but we don't know how to use it ...
1095    return true;
1096 }
1097
1098 /**
1099   * \brief gets the info from 0028,1101 : Lookup Table Desc-Red
1100   *             else 0
1101   * @return Lookup Table number of Bits , 0 by default
1102   *          when (0028,0004),Photometric Interpretation = [PALETTE COLOR ]
1103   * @ return bit number of each LUT item
1104   */
1105 int Header::GetLUTNbits()
1106 {
1107    std::vector<std::string> tokens;
1108    int lutNbits;
1109
1110    //Just hope Lookup Table Desc-Red = Lookup Table Desc-Red
1111    //                                = Lookup Table Desc-Blue
1112    // Consistency already checked in GetLUTLength
1113    std::string lutDescription = GetEntryByNumber(0x0028,0x1101);
1114    if ( lutDescription == GDCM_UNFOUND )
1115    {
1116       return 0;
1117    }
1118
1119    tokens.clear(); // clean any previous value
1120    Util::Tokenize ( lutDescription, tokens, "\\" );
1121    //LutLength=atoi(tokens[0].c_str());
1122    //LutDepth=atoi(tokens[1].c_str());
1123
1124    lutNbits = atoi( tokens[2].c_str() );
1125    tokens.clear();
1126
1127    return lutNbits;
1128 }
1129
1130 /**
1131  * \brief Accesses the info from 0002,0010 : Transfert Syntax and TS
1132  *        else 1.
1133  * @return The full Transfert Syntax Name (as opposed to Transfert Syntax UID)
1134  */
1135 std::string Header::GetTransfertSyntaxName()
1136 {
1137    // use the TS (TS : Transfert Syntax)
1138    std::string transfertSyntax = GetEntryByNumber(0x0002,0x0010);
1139
1140    if ( transfertSyntax == GDCM_NOTLOADED )
1141    {
1142       std::cout << "Transfert Syntax not loaded. " << std::endl
1143                << "Better you increase MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE"
1144                << std::endl;
1145       return "Uncompressed ACR-NEMA";
1146    }
1147    if ( transfertSyntax == GDCM_UNFOUND )
1148    {
1149       dbg.Verbose(0, "Header::GetTransfertSyntaxName:"
1150                      " unfound Transfert Syntax (0002,0010)");
1151       return "Uncompressed ACR-NEMA";
1152    }
1153
1154    while ( ! isdigit((unsigned char)transfertSyntax[transfertSyntax.length()-1]) )
1155    {
1156       transfertSyntax.erase(transfertSyntax.length()-1, 1);
1157    }
1158    // we do it only when we need it
1159    TS* ts         = Global::GetTS();
1160    std::string tsName = ts->GetValue( transfertSyntax );
1161
1162    //delete ts; /// \todo Seg Fault when deleted ?!
1163    return tsName;
1164 }
1165
1166 /**
1167  * \brief Sets the Pixel Area size in the Header
1168  *        --> not-for-rats function
1169  * @param ImageDataSize new Pixel Area Size
1170  *        warning : nothing else is checked
1171  */
1172 void Header::SetImageDataSize(size_t ImageDataSize)
1173 {
1174    ///FIXME I don't understand this code why do we set two times 'car' ?
1175    std::string car = Util::Format("%d", ImageDataSize);
1176
1177    DocEntry *a = GetDocEntryByNumber(GrPixel, NumPixel);
1178    a->SetLength(ImageDataSize);
1179
1180    // Change the value of the BinEntry, not the BinArea !!!
1181    ImageDataSize += 8;
1182    car = Util::Format("%d", ImageDataSize);
1183    car = Util::DicomString( car.c_str() );
1184
1185    SetEntryByNumber(car, GrPixel, NumPixel);
1186 }
1187
1188 //-----------------------------------------------------------------------------
1189 // Protected
1190
1191 /**
1192  * \brief anonymize a Header (removes Patient's personal info)
1193  *        (read the code to see which ones ...)
1194  */
1195 bool Header::AnonymizeHeader()
1196 {
1197    // If exist, replace by spaces
1198    SetEntryByNumber ("  ",0x0010, 0x2154); // Telephone
1199    SetEntryByNumber ("  ",0x0010, 0x1040); // Adress
1200    SetEntryByNumber ("  ",0x0010, 0x0020); // Patient ID
1201
1202    DocEntry* patientNameHE = GetDocEntryByNumber (0x0010, 0x0010);
1203
1204    if ( patientNameHE ) // we replace it by Study Instance UID (why not)
1205    {
1206       std::string studyInstanceUID =  GetEntryByNumber (0x0020, 0x000d);
1207       if ( studyInstanceUID != GDCM_UNFOUND )
1208       {
1209          ReplaceOrCreateByNumber(studyInstanceUID, 0x0010, 0x0010);
1210       }
1211       else
1212       {
1213          ReplaceOrCreateByNumber("anonymised", 0x0010, 0x0010);
1214       }
1215    }
1216
1217   // Just for fun :-(
1218   // (if any) remove or replace all the stuff that contains a Date
1219
1220 //0008 0012 DA ID Instance Creation Date
1221 //0008 0020 DA ID Study Date
1222 //0008 0021 DA ID Series Date
1223 //0008 0022 DA ID Acquisition Date
1224 //0008 0023 DA ID Content Date
1225 //0008 0024 DA ID Overlay Date
1226 //0008 0025 DA ID Curve Date
1227 //0008 002a DT ID Acquisition Datetime
1228 //0018 9074 DT ACQ Frame Acquisition Datetime
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1231 //0020 3403 SH REL Modified Image Date (RET)
1232 //0032 0032 DA SDY Study Verified Date
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1234 //0032 1000 DA SDY Scheduled Study Start Date
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1239 //0038 001c DA VIS Scheduled Discharge Date
1240 //0038 0020 DA VIS Admitting Date
1241 //0038 0030 DA VIS Discharge Date
1242 //0040 0002 DA PRC Scheduled Procedure Step Start Date
1243 //0040 0004 DA PRC Scheduled Procedure Step End Date
1244 //0040 0244 DA PRC Performed Procedure Step Start Date
1245 //0040 0250 DA PRC Performed Procedure Step End Date
1246 //0040 2004 DA PRC Issue Date of Imaging Service Request
1247 //0040 4005 DT PRC Scheduled Procedure Step Start Date and Time
1248 //0040 4011 DT PRC Expected Completion Date and Time
1249 //0040 a030 DT PRC Verification Date Time
1250 //0040 a032 DT PRC Observation Date Time
1251 //0040 a120 DT PRC DateTime
1252 //0040 a121 DA PRC Date
1253 //0040 a13a DT PRC Referenced Datetime
1254 //0070 0082 DA ??? Presentation Creation Date
1255 //0100 0420 DT ??? SOP Autorization Date and Time
1256 //0400 0105 DT ??? Digital Signature DateTime
1257 //2100 0040 DA PJ Creation Date
1258 //3006 0008 DA SSET Structure Set Date
1259 //3008 0024 DA ??? Treatment Control Point Date
1260 //3008 0054 DA ??? First Treatment Date
1261 //3008 0056 DA ??? Most Recent Treatment Date
1262 //3008 0162 DA ??? Safe Position Exit Date
1263 //3008 0166 DA ??? Safe Position Return Date
1264 //3008 0250 DA ??? Treatment Date
1265 //300a 0006 DA RT RT Plan Date
1266 //300a 022c DA RT Air Kerma Rate Reference Date
1267 //300e 0004 DA RT Review Date
1268
1269    return true;
1270 }
1271
1272 /**
1273   * \brief gets the info from 0020,0037 : Image Orientation Patient
1274   * @param iop adress of the (6)float aray to receive values
1275   * @return cosines of image orientation patient
1276   */
1277 void Header::GetImageOrientationPatient( float iop[6] )
1278 {
1279    std::string strImOriPat;
1280    //iop is supposed to be float[6]
1281    iop[0] = iop[1] = iop[2] = iop[3] = iop[4] = iop[5] = 0.;
1282
1283    // 0020 0037 DS REL Image Orientation (Patient)
1284    if ( (strImOriPat = GetEntryByNumber(0x0020,0x0037)) != GDCM_UNFOUND )
1285    {
1286       if( sscanf( strImOriPat.c_str(), "%f\\%f\\%f\\%f\\%f\\%f",
1287           &iop[0], &iop[1], &iop[2], &iop[3], &iop[4], &iop[5]) != 6 )
1288       {
1289          dbg.Verbose(0, "Header::GetImageOrientationPatient: "
1290                         "wrong Image Orientation Patient (0020,0037)");
1291       }
1292    }
1293    //For ACR-NEMA
1294    // 0020 0035 DS REL Image Orientation (RET)
1295    else if ( (strImOriPat = GetEntryByNumber(0x0020,0x0035)) != GDCM_UNFOUND )
1296    {
1297       if( sscanf( strImOriPat.c_str(), "%f\\%f\\%f\\%f\\%f\\%f",
1298           &iop[0], &iop[1], &iop[2], &iop[3], &iop[4], &iop[5]) != 6 )
1299       {
1300          dbg.Verbose(0, "Header::GetImageOrientationPatient: "
1301                         "wrong Image Orientation Patient (0020,0035)");
1302       }
1303    }
1304 }
1305
1306 /**
1307  * \brief Initialize a default DICOM header that should contain all the
1308  *        field require by other reader. DICOM standart does not
1309  *        explicitely defines thoses fields, heuristic has been choosen.
1310  *        This is not perfect as we are writting a CT image...
1311  */
1312 void Header::InitializeDefaultHeader()
1313 {
1314    typedef struct
1315    {
1316       const char *value;
1317       uint16_t group;
1318       uint16_t elem;
1319    } DICOM_DEFAULT_VALUE;
1320
1321    const char *date = Util::GetCurrentDate().c_str();
1322    const char *time = Util::GetCurrentTime().c_str();
1323    const char *uid  = Util::CreateUniqueUID().c_str();
1324
1325    static DICOM_DEFAULT_VALUE defaultvalue[] = {
1326     "76", 0x0002, 0x0000,  // MetaElementGroup Length // FIXME: how to recompute ?
1327     "1.2.840.10008.5.1.4.1.1.2", 0x0002, 0x0002,  // MediaStorageSOPInstanceUID (CT Image Storage)
1328     uid,      0x0002, 0x0012,  // META Implementation Class UID
1329     "ISO_IR 100", 0x0008, 0x0005,  // Specific Character Set
1330     "DERIVED\\SECONDARY\\OTHER\\GDCM", 0x0008, 0x0008,  // Image Type
1331     "1.2.840.10008.5.1.4.1.1.2", 0x0008, 0x0016,  // SOP Class UID
1332     "",       0x0008, 0x0050,  // Accession Number
1333     "GDCM",   0x0008, 0x0070,  // Manufacturer
1334     "GDCM",   0x0008, 0x0080,  // Institution Name
1335     "http://www-creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/", 0x0008, 0x0081,  // Institution Address
1336     "",       0x0008, 0x0090,  // Refering Physician Name
1337     "",       0x0008, 0x1030,  // Study Description
1338     "",       0x0008, 0x1050,  // Performing Physician's Name
1339     "",       0x0008, 0x1060,  // Name of Physician(s) Reading Study
1340     "",       0x0010, 0x0040,  // Patient's Sex
1341     uid,      0x0020, 0x000d,  // StudyInstanceUID
1342     uid,      0x0020, 0x000e,  // SeriesInstanceUID
1343     "",       0x0020, 0x0011,   // AcquisitionNumber
1344     "1\\0\\0\\0\\1\\0", 0x0020, 0x0037,  // Image Orientation Patient
1345     "1",      0x0028, 0x0002,  // Samples per pixel 1 or 3
1346     "MONOCHROME2", 0x0028, 0x0004,  // photochromatic interpretation
1347
1348 // Date and time
1349
1350     date,       0x0008, 0x0012,  // Instance Creation Date
1351     time,       0x0008, 0x0013,  // Instance Creation Time
1352     date,       0x0008, 0x0020,  // Study Date
1353     date,       0x0008, 0x0022,  // Acquisition Date
1354     date,       0x0008, 0x0023,  // Content Date
1355     time,       0x0008, 0x0030,  // Study Time
1356     "CT",       0x0008, 0x0060,  // Modality
1357     "GDCM",     0x0010, 0x0010,  // Patient's Name
1358     "GDCMID",   0x0010, 0x0020,  // Patient ID
1359     "1",        0x0020, 0x0010,  // StudyID
1360     "1",        0x0020, 0x0011,  // SeriesNumber
1361     "1.0",      0x0018, 0x0050,  // slice Thickness
1362     "1.0",      0x0018, 0x0088,  // space between slices
1363     "1.0\\1.0", 0x0028, 0x0030,  // pixelSpacing
1364     "64",       0x0028, 0x0010,  // nbRows
1365     "64",       0x0028, 0x0011,  // nbCols
1366     "16",       0x0028, 0x0100,  // BitsAllocated 8 or 16
1367     "12",       0x0028, 0x0101,  // BitsStored    8 or 12
1368     "11",       0x0028, 0x0102,  // HighBit       7 or 11
1369     "0",        0x0028, 0x0103,  // Pixel Representation 0(unsigned) or 1(signed)
1370     "1000.0",   0x0028, 0x1051,  // Window Width
1371     "500.0",    0x0028, 0x1050,  // Window Center
1372      0, 0, 0
1373    };
1374
1375    // default value
1376    // Special case this is the image (not a string)
1377    GrPixel = 0x7fe0;
1378    NumPixel = 0x0010;
1379    ReplaceOrCreateByNumber(0, 0, GrPixel, NumPixel);
1380
1381    // All remaining strings:
1382    unsigned int i = 0;
1383    DICOM_DEFAULT_VALUE current = defaultvalue[i];
1384    while( current.value )
1385    {
1386       std::string value = Util::DicomString( current.value ); //pad the string properly
1387       ReplaceOrCreateByNumber(value, current.group, current.elem);
1388       current = defaultvalue[++i];
1389    }
1390 }
1391
1392 //-----------------------------------------------------------------------------
1393 // Private
1394
1395 //-----------------------------------------------------------------------------
1396
1397 } // end namespace gdcm