src/gdcmHeader.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: gdcmHeader.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/01/07 22:19:48 $
   7   Version:   $Revision: 1.226 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #include "gdcmHeader.h"
  20 #include "gdcmGlobal.h"
  21 #include "gdcmUtil.h"
  22 #include "gdcmDebug.h"
  23 #include "gdcmTS.h"
  24 #include "gdcmValEntry.h"
  25 #include <stdio.h> //sscanf
  26
  27 #include <vector>
  28
  29 namespace gdcm
  30 {
  31 //-----------------------------------------------------------------------------
  32 // Constructor / Destructor
  33 /**
  34  * \brief  Constructor
  35  * @param  filename name of the file whose header we want to analyze
  36  */
  37 Header::Header( std::string const &filename ):
  38             Document( filename )
  39 {
  40    // for some ACR-NEMA images GrPixel, NumPixel is *not* 7fe0,0010
  41    // We may encounter the 'RETired' (0x0028, 0x0200) tag
  42    // (Image Location") . This Element contains the number of
  43    // the group that contains the pixel data (hence the "Pixel Data"
  44    // is found by indirection through the "Image Location").
  45    // Inside the group pointed by "Image Location" the searched element
  46    // is conventionally the element 0x0010 (when the norm is respected).
  47    // When the "Image Location" is absent we default to group 0x7fe0.
  48    // Note: this IS the right place for the code
  49
  50    // Image Location
  51    const std::string &imgLocation = GetEntryByNumber(0x0028, 0x0200);
  52    if ( imgLocation == GDCM_UNFOUND )
  53    {
  54       // default value
  55       GrPixel = 0x7fe0;
  56    }
  57    else
  58    {
  59       GrPixel = (uint16_t) atoi( imgLocation.c_str() );
  60    }
  61
  62    // sometimes Image Location value doesn't follow
  63    // the supposed processor endianity.
  64    // see gdcmData/cr172241.dcm
  65    if ( GrPixel == 0xe07f )
  66    {
  67       GrPixel = 0x7fe0;
  68    }
  69
  70    if ( GrPixel != 0x7fe0 )
  71    {
  72       // This is a kludge for old dirty Philips imager.
  73       NumPixel = 0x1010;
  74    }
  75    else
  76    {
  77       NumPixel = 0x0010;
  78    }
  79
  80    // Now, we know GrPixel and NumPixel.
  81    // Let's create a VirtualDictEntry to allow a further VR modification
  82    // and force VR to match with BitsAllocated.
  83
  84    DocEntry *entry = GetDocEntryByNumber(GrPixel, NumPixel);
  85    if ( entry != 0 )
  86    {
  87
  88       std::string PixelVR;
  89       // 8 bits allocated is a 'O Bytes' , as well as 24 (old ACR-NEMA RGB)
  90       // more than 8 (i.e 12, 16) is a 'O Words'
  91       if ( GetBitsAllocated() == 8 || GetBitsAllocated() == 24 )
  92          PixelVR = "OB";
  93       else
  94          PixelVR = "OW";
  95
  96       DictEntry* newEntry = NewVirtualDictEntry(
  97                              GrPixel, NumPixel,
  98                              PixelVR, "PXL", "Pixel Data");
  99
 100       entry->SetDictEntry( newEntry );
 101    }
 102 }
 103
 104 /**
 105  * \brief Constructor used when we want to generate dicom files from scratch
 106  */
 107 Header::Header()
 108            :Document()
 109 {
 110    InitializeDefaultHeader();
 111 }
 112
 113 /**
 114  * \brief   Canonical destructor.
 115  */
 116 Header::~Header ()
 117 {
 118 }
 119
 120 /**
 121  * \brief Performs some consistency checking on various 'File related'
 122  *       (as opposed to 'DicomDir related') entries
 123  *       then writes in a file all the (Dicom Elements) included the Pixels
 124  * @param fileName file name to write to
 125  * @param filetype Type of the File to be written
 126  *          (ACR-NEMA, ExplicitVR, ImplicitVR)
 127  */
 128 bool Header::Write(std::string fileName, FileType filetype)
 129 {
 130    std::ofstream *fp = new std::ofstream(fileName.c_str(),
 131                                          std::ios::out | std::ios::binary);
 132    if (*fp == NULL)
 133    {
 134       gdcmVerboseMacro("Failed to open (write) File: " << fileName.c_str());
 135       return false;
 136    }
 137
 138    // Bits Allocated
 139    if ( GetEntryByNumber(0x0028,0x0100) ==  "12")
 140    {
 141       SetEntryByNumber("16", 0x0028,0x0100);
 142    }
 143
 144   /// \todo correct 'Pixel group' Length if necessary
 145
 146    int i_lgPix = GetEntryLengthByNumber(GrPixel, NumPixel);
 147    if (i_lgPix != -2)
 148    {
 149       // no (GrPixel, NumPixel) element
 150       std::string s_lgPix = Util::Format("%d", i_lgPix+12);
 151       s_lgPix = Util::DicomString( s_lgPix.c_str() );
 152       ReplaceOrCreateByNumber(s_lgPix,GrPixel, 0x0000);
 153    }
 154
 155    // FIXME : should be nice if we could move it to File
 156    //         (or in future gdcmPixelData class)
 157
 158    // Drop Palette Color, if necessary
 159
 160    if ( GetEntryByNumber(0x0028,0x0002).c_str()[0] == '3' )
 161    {
 162       // if SamplesPerPixel = 3, sure we don't need any LUT !
 163       // Drop 0028|1101, 0028|1102, 0028|1103
 164       // Drop 0028|1201, 0028|1202, 0028|1203
 165
 166       DocEntry *e = GetDocEntryByNumber(0x0028,0x01101);
 167       if (e)
 168       {
 169          RemoveEntryNoDestroy(e);
 170       }
 171       e = GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1102);
 172       if (e)
 173       {
 174          RemoveEntryNoDestroy(e);
 175       }
 176       e = GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1103);
 177       if (e)
 178       {
 179          RemoveEntryNoDestroy(e);
 180       }
 181       e = GetDocEntryByNumber(0x0028,0x01201);
 182       if (e)
 183       {
 184          RemoveEntryNoDestroy(e);
 185       }
 186       e = GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1202);
 187       if (e)
 188       {
 189          RemoveEntryNoDestroy(e);
 190       }
 191       e = GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1203);
 192       if (e)
 193       {
 194           RemoveEntryNoDestroy(e);
 195       }
 196    }
 197    Document::WriteContent(fp,filetype);
 198
 199    fp->close();
 200    delete fp;
 201
 202    return true;
 203 }
 204
 205 //-----------------------------------------------------------------------------
 206 // Print
 207
 208
 209 //-----------------------------------------------------------------------------
 210 // Public
 211
 212 /**
 213  * \brief  This predicate, based on hopefully reasonable heuristics,
 214  *         decides whether or not the current Header was properly parsed
 215  *         and contains the mandatory information for being considered as
 216  *         a well formed and usable Dicom/Acr File.
 217  * @return true when Header is the one of a reasonable Dicom/Acr file,
 218  *         false otherwise.
 219  */
 220 bool Header::IsReadable()
 221 {
 222    if( !Document::IsReadable() )
 223    {
 224       return false;
 225    }
 226
 227    const std::string &res = GetEntryByNumber(0x0028, 0x0005);
 228    if ( res != GDCM_UNFOUND && atoi(res.c_str()) > 4 )
 229    {
 230       return false; // Image Dimensions
 231    }
 232    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028, 0x0100) )
 233    {
 234       return false; // "Bits Allocated"
 235    }
 236    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028, 0x0101) )
 237    {
 238       return false; // "Bits Stored"
 239    }
 240    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028, 0x0102) )
 241    {
 242       return false; // "High Bit"
 243    }
 244    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028, 0x0103) )
 245    {
 246       return false; // "Pixel Representation" i.e. 'Sign'
 247    }
 248
 249    return true;
 250 }
 251
 252 /**
 253  * \brief   Retrieve the number of columns of image.
 254  * @return  The encountered size when found, 0 by default.
 255  *          0 means the file is NOT USABLE. The caller will have to check
 256  */
 257 int Header::GetXSize()
 258 {
 259    const std::string &strSize = GetEntryByNumber(0x0028,0x0011);
 260    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 261    {
 262       return 0;
 263    }
 264
 265    return atoi( strSize.c_str() );
 266 }
 267
 268 /**
 269  * \brief   Retrieve the number of lines of image.
 270  * \warning The defaulted value is 1 as opposed to Header::GetXSize()
 271  * @return  The encountered size when found, 1 by default
 272  *          (The ACR-NEMA file contains a Signal, not an Image).
 273  */
 274 int Header::GetYSize()
 275 {
 276    const std::string &strSize = GetEntryByNumber(0x0028,0x0010);
 277    if ( strSize != GDCM_UNFOUND )
 278    {
 279       return atoi( strSize.c_str() );
 280    }
 281    if ( IsDicomV3() )
 282    {
 283       return 0;
 284    }
 285
 286    // The Rows (0028,0010) entry was optional for ACR/NEMA. It might
 287    // hence be a signal (1D image). So we default to 1:
 288    return 1;
 289 }
 290
 291 /**
 292  * \brief   Retrieve the number of planes of volume or the number
 293  *          of frames of a multiframe.
 294  * \warning When present we consider the "Number of Frames" as the third
 295  *          dimension. When absent we consider the third dimension as
 296  *          being the ACR-NEMA "Planes" tag content.
 297  * @return  The encountered size when found, 1 by default (single image).
 298  */
 299 int Header::GetZSize()
 300 {
 301    // Both  DicomV3 and ACR/Nema consider the "Number of Frames"
 302    // as the third dimension.
 303    const std::string &strSize = GetEntryByNumber(0x0028,0x0008);
 304    if ( strSize != GDCM_UNFOUND )
 305    {
 306       return atoi( strSize.c_str() );
 307    }
 308
 309    // We then consider the "Planes" entry as the third dimension
 310    const std::string &strSize2 = GetEntryByNumber(0x0028,0x0012);
 311    if ( strSize2 != GDCM_UNFOUND )
 312    {
 313       return atoi( strSize2.c_str() );
 314    }
 315
 316    return 1;
 317 }
 318
 319 /**
 320   * \brief gets the info from 0028,0030 : Pixel Spacing
 321   *             else 1.0
 322   * @return X dimension of a pixel
 323   */
 324 float Header::GetXSpacing()
 325 {
 326    float xspacing, yspacing;
 327    const std::string &strSpacing = GetEntryByNumber(0x0028,0x0030);
 328
 329    if ( strSpacing == GDCM_UNFOUND )
 330    {
 331       gdcmVerboseMacro( "Unfound Pixel Spacing (0028,0030)" );
 332       return 1.;
 333    }
 334
 335    int nbValues;
 336    if( ( nbValues = sscanf( strSpacing.c_str(),
 337          "%f\\%f", &yspacing, &xspacing)) != 2 )
 338    {
 339       // if single value is found, xspacing is defaulted to yspacing
 340       if ( nbValues == 1 )
 341       {
 342          xspacing = yspacing;
 343       }
 344
 345       if ( xspacing == 0.0 )
 346          xspacing = 1.0;
 347
 348       return xspacing;
 349
 350    }
 351
 352    // to avoid troubles with David Clunie's-like images
 353    if ( xspacing == 0. && yspacing == 0.)
 354       return 1.;
 355
 356    if ( xspacing == 0.)
 357    {
 358       gdcmVerboseMacro("gdcmData/CT-MONO2-8-abdo.dcm problem");
 359       // seems to be a bug in the header ...
 360       nbValues = sscanf( strSpacing.c_str(), "%f\\0\\%f", &yspacing, &xspacing);
 361       gdcmAssertMacro( nbValues == 2 );
 362    }
 363
 364    return xspacing;
 365 }
 366
 367 /**
 368   * \brief gets the info from 0028,0030 : Pixel Spacing
 369   *             else 1.0
 370   * @return Y dimension of a pixel
 371   */
 372 float Header::GetYSpacing()
 373 {
 374    float yspacing = 1.;
 375    std::string strSpacing = GetEntryByNumber(0x0028,0x0030);
 376
 377    if ( strSpacing == GDCM_UNFOUND )
 378    {
 379       gdcmVerboseMacro("Unfound Pixel Spacing (0028,0030)");
 380       return 1.;
 381     }
 382
 383    // if sscanf cannot read any float value, it won't affect yspacing
 384    sscanf( strSpacing.c_str(), "%f", &yspacing);
 385
 386    if ( yspacing == 0.0 )
 387       yspacing = 1.0;
 388
 389    return yspacing;
 390 }
 391
 392 /**
 393  * \brief gets the info from 0018,0088 : Space Between Slices
 394  *                 else from 0018,0050 : Slice Thickness
 395  *                 else 1.0
 396  * @return Z dimension of a voxel-to be
 397  */
 398 float Header::GetZSpacing()
 399 {
 400    // Spacing Between Slices : distance entre le milieu de chaque coupe
 401    // Les coupes peuvent etre :
 402    //   jointives     (Spacing between Slices = Slice Thickness)
 403    //   chevauchantes (Spacing between Slices < Slice Thickness)
 404    //   disjointes    (Spacing between Slices > Slice Thickness)
 405    // Slice Thickness : epaisseur de tissus sur laquelle est acquis le signal
 406    //   ca interesse le physicien de l'IRM, pas le visualisateur de volumes ...
 407    //   Si le Spacing Between Slices est absent,
 408    //   on suppose que les coupes sont jointives
 409
 410    const std::string &strSpacingBSlices = GetEntryByNumber(0x0018,0x0088);
 411
 412    if ( strSpacingBSlices == GDCM_UNFOUND )
 413    {
 414       gdcmVerboseMacro("Unfound StrSpacingBSlices");
 415       const std::string &strSliceThickness = GetEntryByNumber(0x0018,0x0050);
 416       if ( strSliceThickness == GDCM_UNFOUND )
 417       {
 418          return 1.;
 419       }
 420       else
 421       {
 422          // if no 'Spacing Between Slices' is found,
 423          // we assume slices join together
 424          // (no overlapping, no interslice gap)
 425          // if they don't, we're fucked up
 426          return (float)atof( strSliceThickness.c_str() );
 427       }
 428    }
 429    //else
 430    return (float)atof( strSpacingBSlices.c_str() );
 431 }
 432
 433 /**
 434  *\brief gets the info from 0028,1052 : Rescale Intercept
 435  * @return Rescale Intercept
 436  */
 437 float Header::GetRescaleIntercept()
 438 {
 439    float resInter = 0.;
 440    /// 0028 1052 DS IMG Rescale Intercept
 441    const std::string &strRescInter = GetEntryByNumber(0x0028,0x1052);
 442    if ( strRescInter != GDCM_UNFOUND )
 443    {
 444       if( sscanf( strRescInter.c_str(), "%f", &resInter) != 1 )
 445       {
 446          // bug in the element 0x0028,0x1052
 447          gdcmVerboseMacro( "Rescale Intercept is empty." );
 448       }
 449    }
 450
 451    return resInter;
 452 }
 453
 454 /**
 455  *\brief   gets the info from 0028,1053 : Rescale Slope
 456  * @return Rescale Slope
 457  */
 458 float Header::GetRescaleSlope()
 459 {
 460    float resSlope = 1.;
 461    //0028 1053 DS IMG Rescale Slope
 462    std::string strRescSlope = GetEntryByNumber(0x0028,0x1053);
 463    if ( strRescSlope != GDCM_UNFOUND )
 464    {
 465       if( sscanf( strRescSlope.c_str(), "%f", &resSlope) != 1)
 466       {
 467          // bug in the element 0x0028,0x1053
 468          gdcmVerboseMacro( "Rescale Slope is empty.");
 469       }
 470    }
 471
 472    return resSlope;
 473 }
 474
 475 /**
 476  * \brief This function is intended to user who doesn't want
 477  *   to have to manage a LUT and expects to get an RBG Pixel image
 478  *   (or a monochrome one ...)
 479  * \warning to be used with GetImagePixels()
 480  * @return 1 if Gray level, 3 if Color (RGB, YBR or PALETTE COLOR)
 481  */
 482 int Header::GetNumberOfScalarComponents()
 483 {
 484    if ( GetSamplesPerPixel() == 3 )
 485    {
 486       return 3;
 487    }
 488
 489    // 0028 0100 US IMG Bits Allocated
 490    // (in order no to be messed up by old RGB images)
 491    if ( GetEntryByNumber(0x0028,0x0100) == "24" )
 492    {
 493       return 3;
 494    }
 495
 496    std::string strPhotometricInterpretation = GetEntryByNumber(0x0028,0x0004);
 497
 498    if ( ( strPhotometricInterpretation == "PALETTE COLOR ") )
 499    {
 500       if ( HasLUT() )// PALETTE COLOR is NOT enough
 501       {
 502          return 3;
 503       }
 504       else
 505       {
 506          return 1;
 507       }
 508    }
 509
 510    // beware of trailing space at end of string
 511    // DICOM tags are never of odd length
 512    if ( strPhotometricInterpretation == GDCM_UNFOUND   ||
 513         Util::DicomStringEqual(strPhotometricInterpretation, "MONOCHROME1") ||
 514         Util::DicomStringEqual(strPhotometricInterpretation, "MONOCHROME2") )
 515    {
 516       return 1;
 517    }
 518    else
 519    {
 520       // we assume that *all* kinds of YBR are dealt with
 521       return 3;
 522    }
 523 }
 524
 525 /**
 526  * \brief This function is intended to user that DOESN'T want
 527  *  to get RGB pixels image when it's stored as a PALETTE COLOR image
 528  *   - the (vtk) user is supposed to know how deal with LUTs -
 529  * \warning to be used with GetImagePixelsRaw()
 530  * @return 1 if Gray level, 3 if Color (RGB or YBR - NOT 'PALETTE COLOR' -)
 531  */
 532 int Header::GetNumberOfScalarComponentsRaw()
 533 {
 534    // 0028 0100 US IMG Bits Allocated
 535    // (in order no to be messed up by old RGB images)
 536    if ( Header::GetEntryByNumber(0x0028,0x0100) == "24" )
 537    {
 538       return 3;
 539    }
 540
 541    // we assume that *all* kinds of YBR are dealt with
 542    return GetSamplesPerPixel();
 543 }
 544
 545 //
 546 // --------------  Remember ! ----------------------------------
 547 //
 548 // Image Position Patient                              (0020,0032):
 549 // If not found (ACR_NEMA) we try Image Position       (0020,0030)
 550 // If not found (ACR-NEMA), we consider Slice Location (0020,1041)
 551 //                                   or Location       (0020,0050)
 552 // as the Z coordinate,
 553 // 0. for all the coordinates if nothing is found
 554
 555 // \todo find a way to inform the caller nothing was found
 556 // \todo How to tell the caller a wrong number of values was found?
 557 //
 558 // ---------------------------------------------------------------
 559 //
 560
 561 /**
 562  * \brief gets the info from 0020,0032 : Image Position Patient
 563  *                 else from 0020,0030 : Image Position (RET)
 564  *                 else 0.
 565  * @return up-left image corner X position
 566  */
 567 float Header::GetXOrigin()
 568 {
 569    float xImPos, yImPos, zImPos;
 570    std::string strImPos = GetEntryByNumber(0x0020,0x0032);
 571
 572    if ( strImPos == GDCM_UNFOUND )
 573    {
 574       gdcmVerboseMacro( "Unfound Image Position Patient (0020,0032)");
 575       strImPos = GetEntryByNumber(0x0020,0x0030); // For ACR-NEMA images
 576       if ( strImPos == GDCM_UNFOUND )
 577       {
 578          gdcmVerboseMacro( "Unfound Image Position (RET) (0020,0030)");
 579          /// \todo How to tell the caller nothing was found ?
 580          return 0.;
 581       }
 582    }
 583
 584    if( sscanf( strImPos.c_str(), "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos) != 3 )
 585    {
 586       return 0.;
 587    }
 588
 589    return xImPos;
 590 }
 591
 592 /**
 593  * \brief gets the info from 0020,0032 : Image Position Patient
 594  *                 else from 0020,0030 : Image Position (RET)
 595  *                 else 0.
 596  * @return up-left image corner Y position
 597  */
 598 float Header::GetYOrigin()
 599 {
 600    float xImPos, yImPos, zImPos;
 601    std::string strImPos = GetEntryByNumber(0x0020,0x0032);
 602
 603    if ( strImPos == GDCM_UNFOUND)
 604    {
 605       gdcmVerboseMacro( "Unfound Image Position Patient (0020,0032)");
 606       strImPos = GetEntryByNumber(0x0020,0x0030); // For ACR-NEMA images
 607       if ( strImPos == GDCM_UNFOUND )
 608       {
 609          gdcmVerboseMacro( "Unfound Image Position (RET) (0020,0030)");
 610          /// \todo How to tell the caller nothing was found ?
 611          return 0.;
 612       }
 613    }
 614
 615    if( sscanf( strImPos.c_str(), "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos) != 3 )
 616    {
 617       return 0.;
 618    }
 619
 620    return yImPos;
 621 }
 622
 623 /**
 624  * \brief gets the info from 0020,0032 : Image Position Patient
 625  *                 else from 0020,0030 : Image Position (RET)
 626  *                 else from 0020,1041 : Slice Location
 627  *                 else from 0020,0050 : Location
 628  *                 else 0.
 629  * @return up-left image corner Z position
 630  */
 631 float Header::GetZOrigin()
 632 {
 633    float xImPos, yImPos, zImPos;
 634    std::string strImPos = GetEntryByNumber(0x0020,0x0032);
 635
 636    if ( strImPos != GDCM_UNFOUND )
 637    {
 638       if( sscanf( strImPos.c_str(), "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos) != 3)
 639       {
 640          gdcmVerboseMacro( "Wrong Image Position Patient (0020,0032)");
 641          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x0032
 642       }
 643       else
 644       {
 645          return zImPos;
 646       }
 647    }
 648
 649    strImPos = GetEntryByNumber(0x0020,0x0030); // For ACR-NEMA images
 650    if ( strImPos != GDCM_UNFOUND )
 651    {
 652       if( sscanf( strImPos.c_str(),
 653           "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos ) != 3 )
 654       {
 655          gdcmVerboseMacro( "Wrong Image Position (RET) (0020,0030)");
 656          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x0032
 657       }
 658       else
 659       {
 660          return zImPos;
 661       }
 662    }
 663
 664    std::string strSliceLocation = GetEntryByNumber(0x0020,0x1041); // for *very* old ACR-NEMA images
 665    if ( strSliceLocation != GDCM_UNFOUND )
 666    {
 667       if( sscanf( strSliceLocation.c_str(), "%f", &zImPos) != 1)
 668       {
 669          gdcmVerboseMacro( "Wrong Slice Location (0020,1041)");
 670          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x1041
 671       }
 672       else
 673       {
 674          return zImPos;
 675       }
 676    }
 677    gdcmVerboseMacro( "Unfound Slice Location (0020,1041)");
 678
 679    std::string strLocation = GetEntryByNumber(0x0020,0x0050);
 680    if ( strLocation != GDCM_UNFOUND )
 681    {
 682       if( sscanf( strLocation.c_str(), "%f", &zImPos) != 1)
 683       {
 684          gdcmVerboseMacro( "Wrong Location (0020,0050)");
 685          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x0050
 686       }
 687       else
 688       {
 689          return zImPos;
 690       }
 691    }
 692    gdcmVerboseMacro( "Unfound Location (0020,0050)");
 693
 694    return 0.; // Hopeless
 695 }
 696
 697 /**
 698  * \brief gets the info from 0020,0013 : Image Number else 0.
 699  * @return image number
 700  */
 701 int Header::GetImageNumber()
 702 {
 703    // The function i atoi() takes the address of an area of memory as
 704    // parameter and converts the string stored at that location to an integer
 705    // using the external decimal to internal binary conversion rules. This may
 706    // be preferable to sscanf() since atoi() is a much smaller, simpler and
 707    // faster function. sscanf() can do all possible conversions whereas
 708    // atoi() can only do single decimal integer conversions.
 709    //0020 0013 IS REL Image Number
 710    std::string strImNumber = GetEntryByNumber(0x0020,0x0013);
 711    if ( strImNumber != GDCM_UNFOUND )
 712    {
 713       return atoi( strImNumber.c_str() );
 714    }
 715    return 0;   //Hopeless
 716 }
 717
 718 /**
 719  * \brief gets the info from 0008,0060 : Modality
 720  * @return Modality Type
 721  */
 722 ModalityType Header::GetModality()
 723 {
 724    // 0008 0060 CS ID Modality
 725    std::string strModality = GetEntryByNumber(0x0008,0x0060);
 726    if ( strModality != GDCM_UNFOUND )
 727    {
 728            if ( strModality.find("AU") < strModality.length()) return AU;
 729       else if ( strModality.find("AS") < strModality.length()) return AS;
 730       else if ( strModality.find("BI") < strModality.length()) return BI;
 731       else if ( strModality.find("CF") < strModality.length()) return CF;
 732       else if ( strModality.find("CP") < strModality.length()) return CP;
 733       else if ( strModality.find("CR") < strModality.length()) return CR;
 734       else if ( strModality.find("CT") < strModality.length()) return CT;
 735       else if ( strModality.find("CS") < strModality.length()) return CS;
 736       else if ( strModality.find("DD") < strModality.length()) return DD;
 737       else if ( strModality.find("DF") < strModality.length()) return DF;
 738       else if ( strModality.find("DG") < strModality.length()) return DG;
 739       else if ( strModality.find("DM") < strModality.length()) return DM;
 740       else if ( strModality.find("DS") < strModality.length()) return DS;
 741       else if ( strModality.find("DX") < strModality.length()) return DX;
 742       else if ( strModality.find("ECG") < strModality.length()) return ECG;
 743       else if ( strModality.find("EPS") < strModality.length()) return EPS;
 744       else if ( strModality.find("FA") < strModality.length()) return FA;
 745       else if ( strModality.find("FS") < strModality.length()) return FS;
 746       else if ( strModality.find("HC") < strModality.length()) return HC;
 747       else if ( strModality.find("HD") < strModality.length()) return HD;
 748       else if ( strModality.find("LP") < strModality.length()) return LP;
 749       else if ( strModality.find("LS") < strModality.length()) return LS;
 750       else if ( strModality.find("MA") < strModality.length()) return MA;
 751       else if ( strModality.find("MR") < strModality.length()) return MR;
 752       else if ( strModality.find("NM") < strModality.length()) return NM;
 753       else if ( strModality.find("OT") < strModality.length()) return OT;
 754       else if ( strModality.find("PT") < strModality.length()) return PT;
 755       else if ( strModality.find("RF") < strModality.length()) return RF;
 756       else if ( strModality.find("RG") < strModality.length()) return RG;
 757       else if ( strModality.find("RTDOSE")   < strModality.length()) return RTDOSE;
 758       else if ( strModality.find("RTIMAGE")  < strModality.length()) return RTIMAGE;
 759       else if ( strModality.find("RTPLAN")   < strModality.length()) return RTPLAN;
 760       else if ( strModality.find("RTSTRUCT") < strModality.length()) return RTSTRUCT;
 761       else if ( strModality.find("SM") < strModality.length()) return SM;
 762       else if ( strModality.find("ST") < strModality.length()) return ST;
 763       else if ( strModality.find("TG") < strModality.length()) return TG;
 764       else if ( strModality.find("US") < strModality.length()) return US;
 765       else if ( strModality.find("VF") < strModality.length()) return VF;
 766       else if ( strModality.find("XA") < strModality.length()) return XA;
 767       else if ( strModality.find("XC") < strModality.length()) return XC;
 768
 769       else
 770       {
 771          /// \todo throw error return value ???
 772          /// specified <> unknow in our database
 773          return Unknow;
 774       }
 775    }
 776
 777    return Unknow;
 778 }
 779
 780 /**
 781  * \brief   Retrieve the number of Bits Stored (actually used)
 782  *          (as opposite to number of Bits Allocated)
 783  * @return  The encountered number of Bits Stored, 0 by default.
 784  *          0 means the file is NOT USABLE. The caller has to check it !
 785  */
 786 int Header::GetBitsStored()
 787 {
 788    std::string strSize = GetEntryByNumber( 0x0028, 0x0101 );
 789    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 790    {
 791       gdcmVerboseMacro("This is supposed to be mandatory");
 792       return 0;  // It's supposed to be mandatory
 793                  // the caller will have to check
 794    }
 795    return atoi( strSize.c_str() );
 796 }
 797
 798 /**
 799  * \brief   Retrieve the high bit position.
 800  * \warning The method defaults to 0 when information is absent.
 801  *          The responsability of checking this value is left to the caller.
 802  * @return  The high bit positin when present. 0 when absent.
 803  */
 804 int Header::GetHighBitPosition()
 805 {
 806    std::string strSize = GetEntryByNumber( 0x0028, 0x0102 );
 807    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 808    {
 809       gdcmVerboseMacro( "This is supposed to be mandatory");
 810       return 0;
 811    }
 812    return atoi( strSize.c_str() );
 813 }
 814
 815 /**
 816  * \brief   Check wether the pixels are signed or UNsigned data.
 817  * \warning The method defaults to false (UNsigned) when information is absent.
 818  *          The responsability of checking this value is left to the caller.
 819  * @return  True when signed, false when UNsigned
 820  */
 821 bool Header::IsSignedPixelData()
 822 {
 823    std::string strSize = GetEntryByNumber( 0x0028, 0x0103 );
 824    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 825    {
 826       gdcmVerboseMacro( "This is supposed to be mandatory");
 827       return false;
 828    }
 829    int sign = atoi( strSize.c_str() );
 830    if ( sign == 0 )
 831    {
 832       return false;
 833    }
 834    return true;
 835 }
 836
 837 /**
 838  * \brief   Retrieve the number of Bits Allocated
 839  *          (8, 12 -compacted ACR-NEMA files, 16, ...)
 840  * @return  The encountered number of Bits Allocated, 0 by default.
 841  *          0 means the file is NOT USABLE. The caller has to check it !
 842  */
 843 int Header::GetBitsAllocated()
 844 {
 845    std::string strSize = GetEntryByNumber(0x0028,0x0100);
 846    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 847    {
 848       gdcmVerboseMacro( "This is supposed to be mandatory");
 849       return 0; // It's supposed to be mandatory
 850                 // the caller will have to check
 851    }
 852    return atoi( strSize.c_str() );
 853 }
 854
 855 /**
 856  * \brief   Retrieve the number of Samples Per Pixel
 857  *          (1 : gray level, 3 : RGB -1 or 3 Planes-)
 858  * @return  The encountered number of Samples Per Pixel, 1 by default.
 859  *          (Gray level Pixels)
 860  */
 861 int Header::GetSamplesPerPixel()
 862 {
 863    const std::string& strSize = GetEntryByNumber(0x0028,0x0002);
 864    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 865    {
 866       gdcmVerboseMacro( "This is supposed to be mandatory");
 867       return 1; // Well, it's supposed to be mandatory ...
 868                 // but sometimes it's missing : *we* assume Gray pixels
 869    }
 870    return atoi( strSize.c_str() );
 871 }
 872
 873 /**
 874  * \brief   Check wether this a monochrome picture or not by accessing
 875  *          the "Photometric Interpretation" tag ( 0x0028, 0x0004 ).
 876  * @return  true when "MONOCHROME1" or "MONOCHROME2". False otherwise.
 877  */
 878 bool Header::IsMonochrome()
 879 {
 880    const std::string& PhotometricInterp = GetEntryByNumber( 0x0028, 0x0004 );
 881    if (  Util::DicomStringEqual(PhotometricInterp, "MONOCHROME1")
 882       || Util::DicomStringEqual(PhotometricInterp, "MONOCHROME2") )
 883    {
 884       return true;
 885    }
 886    if ( PhotometricInterp == GDCM_UNFOUND )
 887    {
 888       gdcmVerboseMacro( "Absent Photometric Interpretation");
 889    }
 890    return false;
 891 }
 892
 893 /**
 894  * \brief   Check wether this a "PALETTE COLOR" picture or not by accessing
 895  *          the "Photometric Interpretation" tag ( 0x0028, 0x0004 ).
 896  * @return  true when "PALETTE COLOR". False otherwise.
 897  */
 898 bool Header::IsPaletteColor()
 899 {
 900    std::string PhotometricInterp = GetEntryByNumber( 0x0028, 0x0004 );
 901    if (   PhotometricInterp == "PALETTE COLOR " )
 902    {
 903       return true;
 904    }
 905    if ( PhotometricInterp == GDCM_UNFOUND )
 906    {
 907       gdcmVerboseMacro( "Absent Palette color");
 908    }
 909    return false;
 910 }
 911
 912 /**
 913  * \brief   Check wether this a "YBR_FULL" color picture or not by accessing
 914  *          the "Photometric Interpretation" tag ( 0x0028, 0x0004 ).
 915  * @return  true when "YBR_FULL". False otherwise.
 916  */
 917 bool Header::IsYBRFull()
 918 {
 919    std::string PhotometricInterp = GetEntryByNumber( 0x0028, 0x0004 );
 920    if (   PhotometricInterp == "YBR_FULL" )
 921    {
 922       return true;
 923    }
 924    if ( PhotometricInterp == GDCM_UNFOUND )
 925    {
 926       gdcmVerboseMacro( "Absent YBR Full");
 927    }
 928    return false;
 929 }
 930
 931 /**
 932  * \brief   Retrieve the Planar Configuration for RGB images
 933  *          (0 : RGB Pixels , 1 : R Plane + G Plane + B Plane)
 934  * @return  The encountered Planar Configuration, 0 by default.
 935  */
 936 int Header::GetPlanarConfiguration()
 937 {
 938    std::string strSize = GetEntryByNumber(0x0028,0x0006);
 939    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 940    {
 941       gdcmVerboseMacro( "Absent Planar Configuration");
 942       return 0;
 943    }
 944    return atoi( strSize.c_str() );
 945 }
 946
 947 /**
 948  * \brief   Return the size (in bytes) of a single pixel of data.
 949  * @return  The size in bytes of a single pixel of data; 0 by default
 950  *          0 means the file is NOT USABLE; the caller will have to check
 951  */
 952 int Header::GetPixelSize()
 953 {
 954    // 0028 0100 US IMG Bits Allocated
 955    // (in order no to be messed up by old RGB images)
 956    //   if (Header::GetEntryByNumber(0x0028,0x0100) == "24")
 957    //      return 3;
 958
 959    std::string pixelType = GetPixelType();
 960    if ( pixelType ==  "8U" || pixelType == "8S" )
 961    {
 962       return 1;
 963    }
 964    if ( pixelType == "16U" || pixelType == "16S")
 965    {
 966       return 2;
 967    }
 968    if ( pixelType == "32U" || pixelType == "32S")
 969    {
 970       return 4;
 971    }
 972    if ( pixelType == "FD" )
 973    {
 974       return 8;
 975    }
 976    gdcmVerboseMacro( "Unknown pixel type");
 977    return 0;
 978 }
 979
 980 /**
 981  * \brief   Build the Pixel Type of the image.
 982  *          Possible values are:
 983  *          - 8U  unsigned  8 bit,
 984  *          - 8S    signed  8 bit,
 985  *          - 16U unsigned 16 bit,
 986  *          - 16S   signed 16 bit,
 987  *          - 32U unsigned 32 bit,
 988  *          - 32S   signed 32 bit,
 989  *          - FD floating double 64 bits (Not kosher DICOM, but so usefull!)
 990  * \warning 12 bit images appear as 16 bit.
 991  *          24 bit images appear as 8 bit
 992  * @return  0S if nothing found. NOT USABLE file. The caller has to check
 993  */
 994 std::string Header::GetPixelType()
 995 {
 996    std::string bitsAlloc = GetEntryByNumber(0x0028, 0x0100); // Bits Allocated
 997    if ( bitsAlloc == GDCM_UNFOUND )
 998    {
 999       gdcmVerboseMacro( "Unfound Bits Allocated");
1000       bitsAlloc = "16";
1001    }
1002
1003    if ( bitsAlloc == "64" )
1004    {
1005       return "FD";
1006    }
1007    else if ( bitsAlloc == "12" )
1008    {
1009       // It will be unpacked
1010       bitsAlloc = "16";
1011    }
1012    else if ( bitsAlloc == "24" )
1013    {
1014       // (in order no to be messed up
1015       bitsAlloc = "8";  // by old RGB images)
1016    }
1017
1018    std::string sign = GetEntryByNumber(0x0028, 0x0103);//"Pixel Representation"
1019
1020    if (sign == GDCM_UNFOUND )
1021    {
1022       gdcmVerboseMacro( "Unfound Pixel Representation");
1023       bitsAlloc = "0";
1024    }
1025    else if ( sign == "0" )
1026    {
1027       sign = "U";
1028    }
1029    else
1030    {
1031       sign = "S";
1032    }
1033    return bitsAlloc + sign;
1034 }
1035
1036
1037 /**
1038  * \brief   Recover the offset (from the beginning of the file)
1039  *          of *image* pixels (not *icone image* pixels, if any !)
1040  * @return Pixel Offset
1041  */
1042 size_t Header::GetPixelOffset()
1043 {
1044    DocEntry* pxlElement = GetDocEntryByNumber(GrPixel,NumPixel);
1045    if ( pxlElement )
1046    {
1047       return pxlElement->GetOffset();
1048    }
1049    else
1050    {
1051 #ifdef GDCM_DEBUG
1052       std::cout << "Big trouble : Pixel Element ("
1053                 << std::hex << GrPixel<<","<< NumPixel<< ") NOT found"
1054                 << std::endl;
1055 #endif //GDCM_DEBUG
1056       return 0;
1057    }
1058 }
1059
1060 /// \todo TODO : unify those two (previous one and next one)
1061 /**
1062  * \brief   Recover the pixel area length (in Bytes)
1063  * @return Pixel Element Length, as stored in the header
1064  *         (NOT the memory space necessary to hold the Pixels
1065  *          -in case of embeded compressed image-)
1066  *         0 : NOT USABLE file. The caller has to check.
1067  */
1068 size_t Header::GetPixelAreaLength()
1069 {
1070    DocEntry* pxlElement = GetDocEntryByNumber(GrPixel,NumPixel);
1071    if ( pxlElement )
1072    {
1073       return pxlElement->GetLength();
1074    }
1075    else
1076    {
1077 #ifdef GDCM_DEBUG
1078       std::cout << "Big trouble : Pixel Element ("
1079                 << std::hex << GrPixel<<","<< NumPixel<< ") NOT found"
1080                 << std::endl;
1081 #endif //GDCM_DEBUG
1082       return 0;
1083    }
1084 }
1085
1086 /**
1087   * \brief tells us if LUT are used
1088   * \warning Right now, 'Segmented xxx Palette Color Lookup Table Data'
1089   *          are NOT considered as LUT, since nobody knows
1090   *          how to deal with them
1091   *          Please warn me if you know sbdy that *does* know ... jprx
1092   * @return true if LUT Descriptors and LUT Tables were found
1093   */
1094 bool Header::HasLUT()
1095 {
1096    // Check the presence of the LUT Descriptors, and LUT Tables
1097    // LutDescriptorRed
1098    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1101) )
1099    {
1100       return false;
1101    }
1102    // LutDescriptorGreen
1103    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1102) )
1104    {
1105       return false;
1106    }
1107    // LutDescriptorBlue
1108    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1103) )
1109    {
1110       return false;
1111    }
1112    // Red Palette Color Lookup Table Data
1113    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1201) )
1114    {
1115       return false;
1116    }
1117    // Green Palette Color Lookup Table Data
1118    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1202) )
1119    {
1120       return false;
1121    }
1122    // Blue Palette Color Lookup Table Data
1123    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1203) )
1124    {
1125       return false;
1126    }
1127
1128    // FIXME : (0x0028,0x3006) : LUT Data (CTX dependent)
1129    //         NOT taken into account, but we don't know how to use it ...
1130    return true;
1131 }
1132
1133 /**
1134   * \brief gets the info from 0028,1101 : Lookup Table Desc-Red
1135   *             else 0
1136   * @return Lookup Table number of Bits , 0 by default
1137   *          when (0028,0004),Photometric Interpretation = [PALETTE COLOR ]
1138   * @ return bit number of each LUT item
1139   */
1140 int Header::GetLUTNbits()
1141 {
1142    std::vector<std::string> tokens;
1143    int lutNbits;
1144
1145    //Just hope Lookup Table Desc-Red = Lookup Table Desc-Red
1146    //                                = Lookup Table Desc-Blue
1147    // Consistency already checked in GetLUTLength
1148    std::string lutDescription = GetEntryByNumber(0x0028,0x1101);
1149    if ( lutDescription == GDCM_UNFOUND )
1150    {
1151       return 0;
1152    }
1153
1154    tokens.clear(); // clean any previous value
1155    Util::Tokenize ( lutDescription, tokens, "\\" );
1156    //LutLength=atoi(tokens[0].c_str());
1157    //LutDepth=atoi(tokens[1].c_str());
1158
1159    lutNbits = atoi( tokens[2].c_str() );
1160    tokens.clear();
1161
1162    return lutNbits;
1163 }
1164
1165 /**
1166  * \brief Accesses the info from 0002,0010 : Transfert Syntax and TS
1167  *        else 1.
1168  * @return The full Transfert Syntax Name (as opposed to Transfert Syntax UID)
1169  */
1170 std::string Header::GetTransfertSyntaxName()
1171 {
1172    // use the TS (TS : Transfert Syntax)
1173    std::string transfertSyntax = GetEntryByNumber(0x0002,0x0010);
1174
1175    if ( transfertSyntax == GDCM_NOTLOADED )
1176    {
1177       gdcmVerboseMacro( "Transfert Syntax not loaded. " << std::endl
1178                << "Better you increase MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE" );
1179       return "Uncompressed ACR-NEMA";
1180    }
1181    if ( transfertSyntax == GDCM_UNFOUND )
1182    {
1183       gdcmVerboseMacro( "Unfound Transfert Syntax (0002,0010)");
1184       return "Uncompressed ACR-NEMA";
1185    }
1186
1187    while ( ! isdigit((unsigned char)transfertSyntax[transfertSyntax.length()-1]) )
1188    {
1189       transfertSyntax.erase(transfertSyntax.length()-1, 1);
1190    }
1191    // we do it only when we need it
1192    TS* ts         = Global::GetTS();
1193    std::string tsName = ts->GetValue( transfertSyntax );
1194
1195    //delete ts; /// \todo Seg Fault when deleted ?!
1196    return tsName;
1197 }
1198
1199 //-----------------------------------------------------------------------------
1200 // Protected
1201
1202 /**
1203  * \brief anonymize a Header (removes Patient's personal info)
1204  *        (read the code to see which ones ...)
1205  */
1206 bool Header::AnonymizeHeader()
1207 {
1208    // If exist, replace by spaces
1209    SetEntryByNumber ("  ",0x0010, 0x2154); // Telephone
1210    SetEntryByNumber ("  ",0x0010, 0x1040); // Adress
1211    SetEntryByNumber ("  ",0x0010, 0x0020); // Patient ID
1212
1213    DocEntry* patientNameHE = GetDocEntryByNumber (0x0010, 0x0010);
1214
1215    if ( patientNameHE ) // we replace it by Study Instance UID (why not)
1216    {
1217       std::string studyInstanceUID =  GetEntryByNumber (0x0020, 0x000d);
1218       if ( studyInstanceUID != GDCM_UNFOUND )
1219       {
1220          ReplaceOrCreateByNumber(studyInstanceUID, 0x0010, 0x0010);
1221       }
1222       else
1223       {
1224          ReplaceOrCreateByNumber("anonymised", 0x0010, 0x0010);
1225       }
1226    }
1227
1228   // Just for fun :-(
1229   // (if any) remove or replace all the stuff that contains a Date
1230
1231 //0008 0012 DA ID Instance Creation Date
1232 //0008 0020 DA ID Study Date
1233 //0008 0021 DA ID Series Date
1234 //0008 0022 DA ID Acquisition Date
1235 //0008 0023 DA ID Content Date
1236 //0008 0024 DA ID Overlay Date
1237 //0008 0025 DA ID Curve Date
1238 //0008 002a DT ID Acquisition Datetime
1239 //0018 9074 DT ACQ Frame Acquisition Datetime
1240 //0018 9151 DT ACQ Frame Reference Datetime
1241 //0018 a002 DT ACQ Contribution Date Time
1242 //0020 3403 SH REL Modified Image Date (RET)
1243 //0032 0032 DA SDY Study Verified Date
1244 //0032 0034 DA SDY Study Read Date
1245 //0032 1000 DA SDY Scheduled Study Start Date
1246 //0032 1010 DA SDY Scheduled Study Stop Date
1247 //0032 1040 DA SDY Study Arrival Date
1248 //0032 1050 DA SDY Study Completion Date
1249 //0038 001a DA VIS Scheduled Admission Date
1250 //0038 001c DA VIS Scheduled Discharge Date
1251 //0038 0020 DA VIS Admitting Date
1252 //0038 0030 DA VIS Discharge Date
1253 //0040 0002 DA PRC Scheduled Procedure Step Start Date
1254 //0040 0004 DA PRC Scheduled Procedure Step End Date
1255 //0040 0244 DA PRC Performed Procedure Step Start Date
1256 //0040 0250 DA PRC Performed Procedure Step End Date
1257 //0040 2004 DA PRC Issue Date of Imaging Service Request
1258 //0040 4005 DT PRC Scheduled Procedure Step Start Date and Time
1259 //0040 4011 DT PRC Expected Completion Date and Time
1260 //0040 a030 DT PRC Verification Date Time
1261 //0040 a032 DT PRC Observation Date Time
1262 //0040 a120 DT PRC DateTime
1263 //0040 a121 DA PRC Date
1264 //0040 a13a DT PRC Referenced Datetime
1265 //0070 0082 DA ??? Presentation Creation Date
1266 //0100 0420 DT ??? SOP Autorization Date and Time
1267 //0400 0105 DT ??? Digital Signature DateTime
1268 //2100 0040 DA PJ Creation Date
1269 //3006 0008 DA SSET Structure Set Date
1270 //3008 0024 DA ??? Treatment Control Point Date
1271 //3008 0054 DA ??? First Treatment Date
1272 //3008 0056 DA ??? Most Recent Treatment Date
1273 //3008 0162 DA ??? Safe Position Exit Date
1274 //3008 0166 DA ??? Safe Position Return Date
1275 //3008 0250 DA ??? Treatment Date
1276 //300a 0006 DA RT RT Plan Date
1277 //300a 022c DA RT Air Kerma Rate Reference Date
1278 //300e 0004 DA RT Review Date
1279
1280    return true;
1281 }
1282
1283 /**
1284   * \brief gets the info from 0020,0037 : Image Orientation Patient
1285   * @param iop adress of the (6)float aray to receive values
1286   * @return cosines of image orientation patient
1287   */
1288 void Header::GetImageOrientationPatient( float iop[6] )
1289 {
1290    std::string strImOriPat;
1291    //iop is supposed to be float[6]
1292    iop[0] = iop[1] = iop[2] = iop[3] = iop[4] = iop[5] = 0.;
1293
1294    // 0020 0037 DS REL Image Orientation (Patient)
1295    if ( (strImOriPat = GetEntryByNumber(0x0020,0x0037)) != GDCM_UNFOUND )
1296    {
1297       if( sscanf( strImOriPat.c_str(), "%f\\%f\\%f\\%f\\%f\\%f",
1298           &iop[0], &iop[1], &iop[2], &iop[3], &iop[4], &iop[5]) != 6 )
1299       {
1300          gdcmVerboseMacro( "Wrong Image Orientation Patient (0020,0037). Less than 6 values were found." );
1301       }
1302    }
1303    //For ACR-NEMA
1304    // 0020 0035 DS REL Image Orientation (RET)
1305    else if ( (strImOriPat = GetEntryByNumber(0x0020,0x0035)) != GDCM_UNFOUND )
1306    {
1307       if( sscanf( strImOriPat.c_str(), "%f\\%f\\%f\\%f\\%f\\%f",
1308           &iop[0], &iop[1], &iop[2], &iop[3], &iop[4], &iop[5]) != 6 )
1309       {
1310          gdcmVerboseMacro( "wrong Image Orientation Patient (0020,0035). Less than 6 values were found." );
1311       }
1312    }
1313 }
1314
1315 /**
1316  * \brief Initialize a default DICOM header that should contain all the
1317  *        field require by other reader. DICOM standard does not
1318  *        explicitely defines those fields, heuristic has been choosen.
1319  *        This is not perfect as we are writting a CT image...
1320  */
1321 void Header::InitializeDefaultHeader()
1322 {
1323    typedef struct
1324    {
1325       const char *value;
1326       uint16_t group;
1327       uint16_t elem;
1328    } DICOM_DEFAULT_VALUE;
1329
1330    std::string date = Util::GetCurrentDate();
1331    std::string time = Util::GetCurrentTime();
1332    std::string uid = Util::CreateUniqueUID();
1333    std::string uidMedia = uid;
1334    std::string uidClass = uid + ".1";
1335    std::string uidInst  = uid + ".10";
1336    std::string uidStudy = uid + ".100";
1337    std::string uidSerie = uid + ".1000";
1338
1339    static DICOM_DEFAULT_VALUE defaultvalue[] = {
1340     { "146 ",                      0x0002, 0x0000}, // Meta Element Group Length // FIXME: how to recompute ?
1341     { "1.2.840.10008.5.1.4.1.1.2", 0x0002, 0x0002}, // Media Storage SOP Class UID (CT Image Storage)
1342     { uidClass.c_str(),            0x0002, 0x0003}, // Media Storage SOP Instance UID
1343     { uidClass.c_str(),            0x0002, 0x0012}, // META Implementation Class UID
1344     { "GDCM",                      0x0002, 0x0016}, // Source Application Entity Title
1345
1346     { date.c_str(),                0x0008, 0x0012}, // Instance Creation Date
1347     { time.c_str(),                0x0008, 0x0013}, // Instance Creation Time
1348     { "1.2.840.10008.5.1.4.1.1.2", 0x0008, 0x0016}, // SOP Class UID
1349     { uidInst.c_str(),             0x0008, 0x0018}, // SOP Instance UID
1350     { "CT",                        0x0008, 0x0060}, // Modality
1351     { "GDCM",                      0x0008, 0x0070}, // Manufacturer
1352     { "GDCM",                      0x0008, 0x0080}, // Institution Name
1353     { "http://www-creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm", 0x0008, 0x0081},  // Institution Address
1354
1355     { "GDCM",                      0x0010, 0x0010}, // Patient's Name
1356     { "GDCMID",                    0x0010, 0x0020}, // Patient ID
1357
1358     { uidStudy.c_str(),            0x0020, 0x000d}, // Study Instance UID
1359     { uidSerie.c_str(),            0x0020, 0x000e}, // Series Instance UID
1360     { "1",                         0x0020, 0x0010}, // StudyID
1361     { "1",                         0x0020, 0x0011}, // SeriesNumber
1362
1363     { "1",                         0x0028, 0x0002}, // Samples per pixel 1 or 3
1364     { "MONOCHROME1",               0x0028, 0x0004}, // photochromatic interpretation
1365     { "0",                         0x0028, 0x0010}, // nbRows
1366     { "0",                         0x0028, 0x0011}, // nbCols
1367     { "8",                         0x0028, 0x0100}, // BitsAllocated 8 or 12 or 16
1368     { "8",                         0x0028, 0x0101}, // BitsStored    <= BitsAllocated
1369     { "7",                         0x0028, 0x0102}, // HighBit       <= BitsAllocated - 1
1370     { "0",                         0x0028, 0x0103}, // Pixel Representation 0(unsigned) or 1(signed)
1371     { 0, 0, 0 }
1372    };
1373
1374    // default value
1375    // Special case this is the image (not a string)
1376    GrPixel = 0x7fe0;
1377    NumPixel = 0x0010;
1378    ReplaceOrCreateByNumber(0, 0, GrPixel, NumPixel);
1379
1380    // All remaining strings:
1381    unsigned int i = 0;
1382    DICOM_DEFAULT_VALUE current = defaultvalue[i];
1383    while( current.value )
1384    {
1385       ReplaceOrCreateByNumber(current.value, current.group, current.elem);
1386       current = defaultvalue[++i];
1387    }
1388 }
1389
1390
1391 //-----------------------------------------------------------------------------
1392 // Private
1393
1394 //-----------------------------------------------------------------------------
1395
1396 } // end namespace gdcm