src/gdcmHeader.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: gdcmHeader.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2004/12/07 13:39:33 $
   7   Version:   $Revision: 1.213 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #include "gdcmHeader.h"
  20 #include "gdcmGlobal.h"
  21 #include "gdcmUtil.h"
  22 #include "gdcmDebug.h"
  23 #include "gdcmTS.h"
  24 #include "gdcmValEntry.h"
  25 #include <stdio.h> //sscanf
  26
  27 #include <vector>
  28
  29 namespace gdcm
  30 {
  31 //-----------------------------------------------------------------------------
  32 // Constructor / Destructor
  33 /**
  34  * \brief  Constructor
  35  * @param  filename name of the file whose header we want to analyze
  36  */
  37 Header::Header( std::string const & filename ):
  38             Document( filename )
  39 {
  40    // for some ACR-NEMA images GrPixel, NumPixel is *not* 7fe0,0010
  41    // We may encounter the 'RETired' (0x0028, 0x0200) tag
  42    // (Image Location") . This Element contains the number of
  43    // the group that contains the pixel data (hence the "Pixel Data"
  44    // is found by indirection through the "Image Location").
  45    // Inside the group pointed by "Image Location" the searched element
  46    // is conventionally the element 0x0010 (when the norm is respected).
  47    // When the "Image Location" is absent we default to group 0x7fe0.
  48    // Note: this IS the right place for the code
  49
  50    // Image Location
  51    const std::string &imgLocation = GetEntryByNumber(0x0028, 0x0200);
  52    if ( imgLocation == GDCM_UNFOUND )
  53    {
  54       // default value
  55       GrPixel = 0x7fe0;
  56    }
  57    else
  58    {
  59       GrPixel = (uint16_t) atoi( imgLocation.c_str() );
  60    }
  61
  62    // sometimes Image Location value doesn't follow
  63    // the supposed processor endianity.
  64    // see gdcmData/cr172241.dcm
  65    if ( GrPixel == 0xe07f )
  66    {
  67       GrPixel = 0x7fe0;
  68    }
  69
  70    if ( GrPixel != 0x7fe0 )
  71    {
  72       // This is a kludge for old dirty Philips imager.
  73       NumPixel = 0x1010;
  74    }
  75    else
  76    {
  77       NumPixel = 0x0010;
  78    }
  79 }
  80
  81 /**
  82  * \brief Constructor used when we want to generate dicom files from scratch
  83  */
  84 Header::Header()
  85            :Document()
  86 {
  87    InitializeDefaultHeader();
  88 }
  89
  90 /**
  91  * \brief   Canonical destructor.
  92  */
  93 Header::~Header ()
  94 {
  95 }
  96
  97 /**
  98  * \brief Performs some consistency checking on various 'File related'
  99  *       (as opposed to 'DicomDir related') entries
 100  *       then writes in a file all the (Dicom Elements) included the Pixels
 101  * @param fp file pointer on an already open file
 102  * @param filetype Type of the File to be written
 103  *          (ACR-NEMA, ExplicitVR, ImplicitVR)
 104  */
 105 bool Header::Write(std::string fileName,FileType filetype)
 106 {
 107    std::ofstream* fp = new std::ofstream(fileName.c_str(),
 108                                          std::ios::out | std::ios::binary);
 109    if (fp == NULL)
 110    {
 111       dbg.Verbose(2, "Failed to open (write) File: " , fileName.c_str());
 112       return false;
 113    }
 114
 115    // Bits Allocated
 116    if ( GetEntryByNumber(0x0028,0x0100) ==  "12")
 117    {
 118       SetEntryByNumber("16", 0x0028,0x0100);
 119    }
 120
 121   /// \todo correct 'Pixel group' Length if necessary
 122
 123    int i_lgPix = GetEntryLengthByNumber(GrPixel, NumPixel);
 124    if (i_lgPix != -2)
 125    {
 126       // no (GrPixel, NumPixel) element
 127       std::string s_lgPix = Util::Format("%d", i_lgPix+12);
 128       s_lgPix = Util::DicomString( s_lgPix.c_str() );
 129       ReplaceOrCreateByNumber(s_lgPix,GrPixel, 0x0000);
 130    }
 131
 132    // FIXME : should be nice if we could move it to File
 133    //         (or in future gdcmPixelData class)
 134
 135    // Drop Palette Color, if necessary
 136
 137    if ( GetEntryByNumber(0x0028,0x0002).c_str()[0] == '3' )
 138    {
 139       // if SamplesPerPixel = 3, sure we don't need any LUT !
 140       // Drop 0028|1101, 0028|1102, 0028|1103
 141       // Drop 0028|1201, 0028|1202, 0028|1203
 142
 143       DocEntry* e = GetDocEntryByNumber(0x0028,0x01101);
 144       if (e)
 145       {
 146          RemoveEntryNoDestroy(e);
 147       }
 148       e = GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1102);
 149       if (e)
 150       {
 151          RemoveEntryNoDestroy(e);
 152       }
 153       e = GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1103);
 154       if (e)
 155       {
 156          RemoveEntryNoDestroy(e);
 157       }
 158       e = GetDocEntryByNumber(0x0028,0x01201);
 159       if (e)
 160       {
 161          RemoveEntryNoDestroy(e);
 162       }
 163       e = GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1202);
 164       if (e)
 165       {
 166          RemoveEntryNoDestroy(e);
 167       }
 168       e = GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1203);
 169       if (e)
 170       {
 171           RemoveEntryNoDestroy(e);
 172       }
 173    }
 174    Document::WriteContent(fp,filetype);
 175
 176    fp->close();
 177    delete fp;
 178
 179    return true;
 180 }
 181
 182 //-----------------------------------------------------------------------------
 183 // Print
 184
 185
 186 //-----------------------------------------------------------------------------
 187 // Public
 188
 189 /**
 190  * \brief  This predicate, based on hopefully reasonable heuristics,
 191  *         decides whether or not the current Header was properly parsed
 192  *         and contains the mandatory information for being considered as
 193  *         a well formed and usable Dicom/Acr File.
 194  * @return true when Header is the one of a reasonable Dicom/Acr file,
 195  *         false otherwise.
 196  */
 197 bool Header::IsReadable()
 198 {
 199    if( !Document::IsReadable() )
 200    {
 201       return false;
 202    }
 203
 204    const std::string &res = GetEntryByNumber(0x0028, 0x0005);
 205    if ( res != GDCM_UNFOUND && atoi(res.c_str()) > 4 )
 206    {
 207       return false; // Image Dimensions
 208    }
 209    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028, 0x0100) )
 210    {
 211       return false; // "Bits Allocated"
 212    }
 213    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028, 0x0101) )
 214    {
 215       return false; // "Bits Stored"
 216    }
 217    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028, 0x0102) )
 218    {
 219       return false; // "High Bit"
 220    }
 221    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028, 0x0103) )
 222    {
 223       return false; // "Pixel Representation" i.e. 'Sign'
 224    }
 225
 226    return true;
 227 }
 228
 229 /**
 230  * \brief   Retrieve the number of columns of image.
 231  * @return  The encountered size when found, 0 by default.
 232  *          0 means the file is NOT USABLE. The caller will have to check
 233  */
 234 int Header::GetXSize()
 235 {
 236    const std::string &strSize = GetEntryByNumber(0x0028,0x0011);
 237    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 238    {
 239       return 0;
 240    }
 241
 242    return atoi( strSize.c_str() );
 243 }
 244
 245 /**
 246  * \brief   Retrieve the number of lines of image.
 247  * \warning The defaulted value is 1 as opposed to Header::GetXSize()
 248  * @return  The encountered size when found, 1 by default
 249  *          (The ACR-NEMA file contains a Signal, not an Image).
 250  */
 251 int Header::GetYSize()
 252 {
 253    const std::string &strSize = GetEntryByNumber(0x0028,0x0010);
 254    if ( strSize != GDCM_UNFOUND )
 255    {
 256       return atoi( strSize.c_str() );
 257    }
 258    if ( IsDicomV3() )
 259    {
 260       return 0;
 261    }
 262
 263    // The Rows (0028,0010) entry was optional for ACR/NEMA. It might
 264    // hence be a signal (1d image). So we default to 1:
 265    return 1;
 266 }
 267
 268 /**
 269  * \brief   Retrieve the number of planes of volume or the number
 270  *          of frames of a multiframe.
 271  * \warning When present we consider the "Number of Frames" as the third
 272  *          dimension. When absent we consider the third dimension as
 273  *          being the ACR-NEMA "Planes" tag content.
 274  * @return  The encountered size when found, 1 by default (single image).
 275  */
 276 int Header::GetZSize()
 277 {
 278    // Both  DicomV3 and ACR/Nema consider the "Number of Frames"
 279    // as the third dimension.
 280    const std::string &strSize = GetEntryByNumber(0x0028,0x0008);
 281    if ( strSize != GDCM_UNFOUND )
 282    {
 283       return atoi( strSize.c_str() );
 284    }
 285
 286    // We then consider the "Planes" entry as the third dimension
 287    const std::string &strSize2 = GetEntryByNumber(0x0028,0x0012);
 288    if ( strSize2 != GDCM_UNFOUND )
 289    {
 290       return atoi( strSize2.c_str() );
 291    }
 292
 293    return 1;
 294 }
 295
 296 /**
 297   * \brief gets the info from 0028,0030 : Pixel Spacing
 298   *             else 1.0
 299   * @return X dimension of a pixel
 300   */
 301 float Header::GetXSpacing()
 302 {
 303    float xspacing, yspacing;
 304    const std::string &strSpacing = GetEntryByNumber(0x0028,0x0030);
 305
 306    if ( strSpacing == GDCM_UNFOUND )
 307    {
 308       dbg.Verbose(0, "Header::GetXSpacing: unfound Pixel Spacing (0028,0030)");
 309       return 1.;
 310    }
 311
 312    int nbValues;
 313    if( ( nbValues = sscanf( strSpacing.c_str(),
 314          "%f\\%f", &yspacing, &xspacing)) != 2 )
 315    {
 316       // if single value is found, xspacing is defaulted to yspacing
 317       if ( nbValues == 1 )
 318       {
 319          return yspacing;
 320       }
 321    }
 322    if ( xspacing == 0.)
 323    {
 324       dbg.Verbose(0, "Header::GetYSpacing: gdcmData/CT-MONO2-8-abdo.dcm problem");
 325       // seems to be a bug in the header ...
 326       sscanf( strSpacing.c_str(), "%f\\0\\%f", &yspacing, &xspacing);
 327    }
 328
 329    return xspacing;
 330 }
 331
 332 /**
 333   * \brief gets the info from 0028,0030 : Pixel Spacing
 334   *             else 1.0
 335   * @return Y dimension of a pixel
 336   */
 337 float Header::GetYSpacing()
 338 {
 339    float yspacing = 0;
 340    std::string strSpacing = GetEntryByNumber(0x0028,0x0030);
 341
 342    if ( strSpacing == GDCM_UNFOUND )
 343    {
 344       dbg.Verbose(0, "Header::GetYSpacing: unfound Pixel Spacing (0028,0030)");
 345       return 1.;
 346     }
 347
 348    // if sscanf cannot read any float value, it won't affect yspacing
 349    sscanf( strSpacing.c_str(), "%f", &yspacing);
 350
 351    return yspacing;
 352 }
 353
 354 /**
 355  * \brief gets the info from 0018,0088 : Space Between Slices
 356  *                else from 0018,0050 : Slice Thickness
 357  *                else 1.0
 358  * @return Z dimension of a voxel-to be
 359  */
 360 float Header::GetZSpacing()
 361 {
 362    // Spacing Between Slices : distance entre le milieu de chaque coupe
 363    // Les coupes peuvent etre :
 364    //   jointives     (Spacing between Slices = Slice Thickness)
 365    //   chevauchantes (Spacing between Slices < Slice Thickness)
 366    //   disjointes    (Spacing between Slices > Slice Thickness)
 367    // Slice Thickness : epaisseur de tissus sur laquelle est acquis le signal
 368    //   ca interesse le physicien de l'IRM, pas le visualisateur de volumes ...
 369    //   Si le Spacing Between Slices est absent,
 370    //   on suppose que les coupes sont jointives
 371
 372    const std::string &strSpacingBSlices = GetEntryByNumber(0x0018,0x0088);
 373
 374    if ( strSpacingBSlices == GDCM_UNFOUND )
 375    {
 376       dbg.Verbose(0, "Header::GetZSpacing: unfound StrSpacingBSlices");
 377       const std::string &strSliceThickness = GetEntryByNumber(0x0018,0x0050);
 378       if ( strSliceThickness == GDCM_UNFOUND )
 379       {
 380          return 1.;
 381       }
 382       else
 383       {
 384          // if no 'Spacing Between Slices' is found,
 385          // we assume slices join together
 386          // (no overlapping, no interslice gap)
 387          // if they don't, we're fucked up
 388          return (float)atof( strSliceThickness.c_str() );
 389       }
 390    }
 391    //else
 392    return (float)atof( strSpacingBSlices.c_str() );
 393 }
 394
 395 /**
 396  *\brief gets the info from 0028,1052 : Rescale Intercept
 397  * @return Rescale Intercept
 398  */
 399 float Header::GetRescaleIntercept()
 400 {
 401    float resInter = 0.;
 402    /// 0028 1052 DS IMG Rescale Intercept
 403    const std::string &strRescInter = GetEntryByNumber(0x0028,0x1052);
 404    if ( strRescInter != GDCM_UNFOUND )
 405    {
 406       if( sscanf( strRescInter.c_str(), "%f", &resInter) != 1 )
 407       {
 408          // bug in the element 0x0028,0x1052
 409          dbg.Verbose(0, "Header::GetRescaleIntercept: Rescale Slope "
 410                         "is empty");
 411       }
 412    }
 413
 414    return resInter;
 415 }
 416
 417 /**
 418  *\brief   gets the info from 0028,1053 : Rescale Slope
 419  * @return Rescale Slope
 420  */
 421 float Header::GetRescaleSlope()
 422 {
 423    float resSlope = 1.;
 424    //0028 1053 DS IMG Rescale Slope
 425    std::string strRescSlope = GetEntryByNumber(0x0028,0x1053);
 426    if ( strRescSlope != GDCM_UNFOUND )
 427    {
 428       if( sscanf( strRescSlope.c_str(), "%f", &resSlope) != 1)
 429       {
 430          // bug in the element 0x0028,0x1053
 431          dbg.Verbose(0, "Header::GetRescaleSlope: Rescale Slope is empty");
 432       }
 433    }
 434
 435    return resSlope;
 436 }
 437
 438 /**
 439  * \brief This function is intended to user who doesn't want
 440  *   to have to manage a LUT and expects to get an RBG Pixel image
 441  *   (or a monochrome one ...)
 442  * \warning to be used with GetImagePixels()
 443  * @return 1 if Gray level, 3 if Color (RGB, YBR or PALETTE COLOR)
 444  */
 445 int Header::GetNumberOfScalarComponents()
 446 {
 447    if ( GetSamplesPerPixel() == 3 )
 448    {
 449       return 3;
 450    }
 451
 452    // 0028 0100 US IMG Bits Allocated
 453    // (in order no to be messed up by old RGB images)
 454    if ( GetEntryByNumber(0x0028,0x0100) == "24" )
 455    {
 456       return 3;
 457    }
 458
 459    std::string strPhotometricInterpretation = GetEntryByNumber(0x0028,0x0004);
 460
 461    if ( ( strPhotometricInterpretation == "PALETTE COLOR ") )
 462    {
 463       if ( HasLUT() )// PALETTE COLOR is NOT enough
 464       {
 465          return 3;
 466       }
 467       else
 468       {
 469          return 1;
 470       }
 471    }
 472
 473    // beware of trailing space at end of string
 474    // DICOM tags are never of odd length
 475    if ( strPhotometricInterpretation == GDCM_UNFOUND   ||
 476         Util::DicomStringEqual(strPhotometricInterpretation, "MONOCHROME1") ||
 477         Util::DicomStringEqual(strPhotometricInterpretation, "MONOCHROME2") )
 478    {
 479       return 1;
 480    }
 481    else
 482    {
 483       // we assume that *all* kinds of YBR are dealt with
 484       return 3;
 485    }
 486 }
 487
 488 /**
 489  * \brief This function is intended to user that DOESN'T want
 490  *  to get RGB pixels image when it's stored as a PALETTE COLOR image
 491  *   - the (vtk) user is supposed to know how deal with LUTs -
 492  * \warning to be used with GetImagePixelsRaw()
 493  * @return 1 if Gray level, 3 if Color (RGB or YBR - NOT 'PALETTE COLOR' -)
 494  */
 495 int Header::GetNumberOfScalarComponentsRaw()
 496 {
 497    // 0028 0100 US IMG Bits Allocated
 498    // (in order no to be messed up by old RGB images)
 499    if ( Header::GetEntryByNumber(0x0028,0x0100) == "24" )
 500    {
 501       return 3;
 502    }
 503
 504    // we assume that *all* kinds of YBR are dealt with
 505    return GetSamplesPerPixel();
 506 }
 507
 508 //
 509 // --------------  Remember ! ----------------------------------
 510 //
 511 // Image Position Patient                              (0020,0032):
 512 // If not found (ACR_NEMA) we try Image Position       (0020,0030)
 513 // If not found (ACR-NEMA), we consider Slice Location (0020,1041)
 514 //                                   or Location       (0020,0050)
 515 // as the Z coordinate,
 516 // 0. for all the coordinates if nothing is found
 517
 518 // \todo find a way to inform the caller nothing was found
 519 // \todo How to tell the caller a wrong number of values was found?
 520 //
 521 // ---------------------------------------------------------------
 522 //
 523
 524 /**
 525  * \brief gets the info from 0020,0032 : Image Position Patient
 526  *                 else from 0020,0030 : Image Position (RET)
 527  *                 else 0.
 528  * @return up-left image corner X position
 529  */
 530 float Header::GetXOrigin()
 531 {
 532    float xImPos, yImPos, zImPos;
 533    std::string strImPos = GetEntryByNumber(0x0020,0x0032);
 534
 535    if ( strImPos == GDCM_UNFOUND )
 536    {
 537       dbg.Verbose(0, "Header::GetXImagePosition: unfound Image "
 538                      "Position Patient (0020,0032)");
 539       strImPos = GetEntryByNumber(0x0020,0x0030); // For ACR-NEMA images
 540       if ( strImPos == GDCM_UNFOUND )
 541       {
 542          dbg.Verbose(0, "Header::GetXImagePosition: unfound Image "
 543                         "Position (RET) (0020,0030)");
 544          /// \todo How to tell the caller nothing was found ?
 545          return 0.;
 546       }
 547    }
 548
 549    if( sscanf( strImPos.c_str(), "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos) != 3 )
 550    {
 551       return 0.;
 552    }
 553
 554    return xImPos;
 555 }
 556
 557 /**
 558  * \brief gets the info from 0020,0032 : Image Position Patient
 559  *                 else from 0020,0030 : Image Position (RET)
 560  *                 else 0.
 561  * @return up-left image corner Y position
 562  */
 563 float Header::GetYOrigin()
 564 {
 565    float xImPos, yImPos, zImPos;
 566    std::string strImPos = GetEntryByNumber(0x0020,0x0032);
 567
 568    if ( strImPos == GDCM_UNFOUND)
 569    {
 570       dbg.Verbose(0, "Header::GetYImagePosition: unfound Image "
 571                      "Position Patient (0020,0032)");
 572       strImPos = GetEntryByNumber(0x0020,0x0030); // For ACR-NEMA images
 573       if ( strImPos == GDCM_UNFOUND )
 574       {
 575          dbg.Verbose(0, "Header::GetYImagePosition: unfound Image "
 576                         "Position (RET) (0020,0030)");
 577          /// \todo How to tell the caller nothing was found ?
 578          return 0.;
 579       }
 580    }
 581
 582    if( sscanf( strImPos.c_str(), "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos) != 3 )
 583    {
 584       return 0.;
 585    }
 586
 587    return yImPos;
 588 }
 589
 590 /**
 591  * \brief gets the info from 0020,0032 : Image Position Patient
 592  *                 else from 0020,0030 : Image Position (RET)
 593  *                 else from 0020,1041 : Slice Location
 594  *                 else from 0020,0050 : Location
 595  *                 else 0.
 596  * @return up-left image corner Z position
 597  */
 598 float Header::GetZOrigin()
 599 {
 600    float xImPos, yImPos, zImPos;
 601    std::string strImPos = GetEntryByNumber(0x0020,0x0032);
 602
 603    if ( strImPos != GDCM_UNFOUND )
 604    {
 605       if( sscanf( strImPos.c_str(), "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos) != 3)
 606       {
 607          dbg.Verbose(0, "Header::GetZImagePosition: wrong Image "
 608                         "Position Patient (0020,0032)");
 609          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x0032
 610       }
 611       else
 612       {
 613          return zImPos;
 614       }
 615    }
 616
 617    strImPos = GetEntryByNumber(0x0020,0x0030); // For ACR-NEMA images
 618    if ( strImPos != GDCM_UNFOUND )
 619    {
 620       if( sscanf( strImPos.c_str(),
 621           "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos ) != 3 )
 622       {
 623          dbg.Verbose(0, "Header::GetZImagePosition: wrong Image Position (RET) (0020,0030)");
 624          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x0032
 625       }
 626       else
 627       {
 628          return zImPos;
 629       }
 630    }
 631
 632    std::string strSliceLocation = GetEntryByNumber(0x0020,0x1041); // for *very* old ACR-NEMA images
 633    if ( strSliceLocation != GDCM_UNFOUND )
 634    {
 635       if( sscanf( strSliceLocation.c_str(), "%f", &zImPos) != 1)
 636       {
 637          dbg.Verbose(0, "Header::GetZImagePosition: wrong Slice Location (0020,1041)");
 638          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x1041
 639       }
 640       else
 641       {
 642          return zImPos;
 643       }
 644    }
 645    dbg.Verbose(0, "Header::GetZImagePosition: unfound Slice Location (0020,1041)");
 646
 647    std::string strLocation = GetEntryByNumber(0x0020,0x0050);
 648    if ( strLocation != GDCM_UNFOUND )
 649    {
 650       if( sscanf( strLocation.c_str(), "%f", &zImPos) != 1)
 651       {
 652          dbg.Verbose(0, "Header::GetZImagePosition: wrong Location (0020,0050)");
 653          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x0050
 654       }
 655       else
 656       {
 657          return zImPos;
 658       }
 659    }
 660    dbg.Verbose(0, "Header::GetYImagePosition: unfound Location (0020,0050)");
 661
 662    return 0.; // Hopeless
 663 }
 664
 665 /**
 666  * \brief gets the info from 0020,0013 : Image Number else 0.
 667  * @return image number
 668  */
 669 int Header::GetImageNumber()
 670 {
 671    // The function i atoi() takes the address of an area of memory as
 672    // parameter and converts the string stored at that location to an integer
 673    // using the external decimal to internal binary conversion rules. This may
 674    // be preferable to sscanf() since atoi() is a much smaller, simpler and
 675    // faster function. sscanf() can do all possible conversions whereas
 676    // atoi() can only do single decimal integer conversions.
 677    //0020 0013 IS REL Image Number
 678    std::string strImNumber = GetEntryByNumber(0x0020,0x0013);
 679    if ( strImNumber != GDCM_UNFOUND )
 680    {
 681       return atoi( strImNumber.c_str() );
 682    }
 683    return 0;   //Hopeless
 684 }
 685
 686 /**
 687  * \brief gets the info from 0008,0060 : Modality
 688  * @return Modality Type
 689  */
 690 ModalityType Header::GetModality()
 691 {
 692    // 0008 0060 CS ID Modality
 693    std::string strModality = GetEntryByNumber(0x0008,0x0060);
 694    if ( strModality != GDCM_UNFOUND )
 695    {
 696            if ( strModality.find("AU") < strModality.length()) return AU;
 697       else if ( strModality.find("AS") < strModality.length()) return AS;
 698       else if ( strModality.find("BI") < strModality.length()) return BI;
 699       else if ( strModality.find("CF") < strModality.length()) return CF;
 700       else if ( strModality.find("CP") < strModality.length()) return CP;
 701       else if ( strModality.find("CR") < strModality.length()) return CR;
 702       else if ( strModality.find("CT") < strModality.length()) return CT;
 703       else if ( strModality.find("CS") < strModality.length()) return CS;
 704       else if ( strModality.find("DD") < strModality.length()) return DD;
 705       else if ( strModality.find("DF") < strModality.length()) return DF;
 706       else if ( strModality.find("DG") < strModality.length()) return DG;
 707       else if ( strModality.find("DM") < strModality.length()) return DM;
 708       else if ( strModality.find("DS") < strModality.length()) return DS;
 709       else if ( strModality.find("DX") < strModality.length()) return DX;
 710       else if ( strModality.find("ECG") < strModality.length()) return ECG;
 711       else if ( strModality.find("EPS") < strModality.length()) return EPS;
 712       else if ( strModality.find("FA") < strModality.length()) return FA;
 713       else if ( strModality.find("FS") < strModality.length()) return FS;
 714       else if ( strModality.find("HC") < strModality.length()) return HC;
 715       else if ( strModality.find("HD") < strModality.length()) return HD;
 716       else if ( strModality.find("LP") < strModality.length()) return LP;
 717       else if ( strModality.find("LS") < strModality.length()) return LS;
 718       else if ( strModality.find("MA") < strModality.length()) return MA;
 719       else if ( strModality.find("MR") < strModality.length()) return MR;
 720       else if ( strModality.find("NM") < strModality.length()) return NM;
 721       else if ( strModality.find("OT") < strModality.length()) return OT;
 722       else if ( strModality.find("PT") < strModality.length()) return PT;
 723       else if ( strModality.find("RF") < strModality.length()) return RF;
 724       else if ( strModality.find("RG") < strModality.length()) return RG;
 725       else if ( strModality.find("RTDOSE")   < strModality.length()) return RTDOSE;
 726       else if ( strModality.find("RTIMAGE")  < strModality.length()) return RTIMAGE;
 727       else if ( strModality.find("RTPLAN")   < strModality.length()) return RTPLAN;
 728       else if ( strModality.find("RTSTRUCT") < strModality.length()) return RTSTRUCT;
 729       else if ( strModality.find("SM") < strModality.length()) return SM;
 730       else if ( strModality.find("ST") < strModality.length()) return ST;
 731       else if ( strModality.find("TG") < strModality.length()) return TG;
 732       else if ( strModality.find("US") < strModality.length()) return US;
 733       else if ( strModality.find("VF") < strModality.length()) return VF;
 734       else if ( strModality.find("XA") < strModality.length()) return XA;
 735       else if ( strModality.find("XC") < strModality.length()) return XC;
 736
 737       else
 738       {
 739          /// \todo throw error return value ???
 740          /// specified <> unknow in our database
 741          return Unknow;
 742       }
 743    }
 744
 745    return Unknow;
 746 }
 747
 748 /**
 749  * \brief   Retrieve the number of Bits Stored (actually used)
 750  *          (as opposite to number of Bits Allocated)
 751  * @return  The encountered number of Bits Stored, 0 by default.
 752  *          0 means the file is NOT USABLE. The caller has to check it !
 753  */
 754 int Header::GetBitsStored()
 755 {
 756    std::string strSize = GetEntryByNumber( 0x0028, 0x0101 );
 757    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 758    {
 759       dbg.Verbose(0, "Header::GetBitsStored: this is supposed to "
 760                      "be mandatory");
 761       return 0;  // It's supposed to be mandatory
 762                  // the caller will have to check
 763    }
 764    return atoi( strSize.c_str() );
 765 }
 766
 767 /**
 768  * \brief   Retrieve the high bit position.
 769  * \warning The method defaults to 0 when information is absent.
 770  *          The responsability of checking this value is left to the caller.
 771  * @return  The high bit positin when present. 0 when absent.
 772  */
 773 int Header::GetHighBitPosition()
 774 {
 775    std::string strSize = GetEntryByNumber( 0x0028, 0x0102 );
 776    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 777    {
 778       dbg.Verbose(0, "Header::GetHighBitPosition: this is supposed "
 779                      "to be mandatory");
 780       return 0;
 781    }
 782    return atoi( strSize.c_str() );
 783 }
 784
 785 /**
 786  * \brief   Check wether the pixels are signed or UNsigned data.
 787  * \warning The method defaults to false (UNsigned) when information is absent.
 788  *          The responsability of checking this value is left to the caller.
 789  * @return  True when signed, false when UNsigned
 790  */
 791 bool Header::IsSignedPixelData()
 792 {
 793    std::string strSize = GetEntryByNumber( 0x0028, 0x0103 );
 794    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 795    {
 796       dbg.Verbose(0, "Header::IsSignedPixelData: this is supposed "
 797                      "to be mandatory");
 798       return false;
 799    }
 800    int sign = atoi( strSize.c_str() );
 801    if ( sign == 0 )
 802    {
 803       return false;
 804    }
 805    return true;
 806 }
 807
 808 /**
 809  * \brief   Retrieve the number of Bits Allocated
 810  *          (8, 12 -compacted ACR-NEMA files, 16, ...)
 811  * @return  The encountered number of Bits Allocated, 0 by default.
 812  *          0 means the file is NOT USABLE. The caller has to check it !
 813  */
 814 int Header::GetBitsAllocated()
 815 {
 816    std::string strSize = GetEntryByNumber(0x0028,0x0100);
 817    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 818    {
 819       dbg.Verbose(0, "Header::GetBitsStored: this is supposed to "
 820                      "be mandatory");
 821       return 0; // It's supposed to be mandatory
 822                 // the caller will have to check
 823    }
 824    return atoi( strSize.c_str() );
 825 }
 826
 827 /**
 828  * \brief   Retrieve the number of Samples Per Pixel
 829  *          (1 : gray level, 3 : RGB -1 or 3 Planes-)
 830  * @return  The encountered number of Samples Per Pixel, 1 by default.
 831  *          (Gray level Pixels)
 832  */
 833 int Header::GetSamplesPerPixel()
 834 {
 835    const std::string& strSize = GetEntryByNumber(0x0028,0x0002);
 836    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 837    {
 838       dbg.Verbose(0, "Header::GetBitsStored: this is supposed to "
 839                      "be mandatory");
 840       return 1; // Well, it's supposed to be mandatory ...
 841                 // but sometimes it's missing : *we* assume Gray pixels
 842    }
 843    return atoi( strSize.c_str() );
 844 }
 845
 846 /**
 847  * \brief   Check wether this a monochrome picture or not by accessing
 848  *          the "Photometric Interpretation" tag ( 0x0028, 0x0004 ).
 849  * @return  true when "MONOCHROME1" or "MONOCHROME2". False otherwise.
 850  */
 851 bool Header::IsMonochrome()
 852 {
 853    const std::string& PhotometricInterp = GetEntryByNumber( 0x0028, 0x0004 );
 854    if (  Util::DicomStringEqual(PhotometricInterp, "MONOCHROME1")
 855       || Util::DicomStringEqual(PhotometricInterp, "MONOCHROME2") )
 856    {
 857       return true;
 858    }
 859    if ( PhotometricInterp == GDCM_UNFOUND )
 860    {
 861       dbg.Verbose(0, "Header::IsMonochrome: absent Photometric "
 862                      "Interpretation");
 863    }
 864    return false;
 865 }
 866
 867 /**
 868  * \brief   Check wether this a "PALETTE COLOR" picture or not by accessing
 869  *          the "Photometric Interpretation" tag ( 0x0028, 0x0004 ).
 870  * @return  true when "PALETTE COLOR". False otherwise.
 871  */
 872 bool Header::IsPaletteColor()
 873 {
 874    std::string PhotometricInterp = GetEntryByNumber( 0x0028, 0x0004 );
 875    if (   PhotometricInterp == "PALETTE COLOR " )
 876    {
 877       return true;
 878    }
 879    if ( PhotometricInterp == GDCM_UNFOUND )
 880    {
 881       dbg.Verbose(0, "Header::IsPaletteColor: absent Photometric "
 882                      "Interpretation");
 883    }
 884    return false;
 885 }
 886
 887 /**
 888  * \brief   Check wether this a "YBR_FULL" color picture or not by accessing
 889  *          the "Photometric Interpretation" tag ( 0x0028, 0x0004 ).
 890  * @return  true when "YBR_FULL". False otherwise.
 891  */
 892 bool Header::IsYBRFull()
 893 {
 894    std::string PhotometricInterp = GetEntryByNumber( 0x0028, 0x0004 );
 895    if (   PhotometricInterp == "YBR_FULL" )
 896    {
 897       return true;
 898    }
 899    if ( PhotometricInterp == GDCM_UNFOUND )
 900    {
 901       dbg.Verbose(0, "Header::IsYBRFull: absent Photometric "
 902                      "Interpretation");
 903    }
 904    return false;
 905 }
 906
 907 /**
 908  * \brief   Retrieve the Planar Configuration for RGB images
 909  *          (0 : RGB Pixels , 1 : R Plane + G Plane + B Plane)
 910  * @return  The encountered Planar Configuration, 0 by default.
 911  */
 912 int Header::GetPlanarConfiguration()
 913 {
 914    std::string strSize = GetEntryByNumber(0x0028,0x0006);
 915    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 916    {
 917       return 0;
 918    }
 919    return atoi( strSize.c_str() );
 920 }
 921
 922 /**
 923  * \brief   Return the size (in bytes) of a single pixel of data.
 924  * @return  The size in bytes of a single pixel of data; 0 by default
 925  *          0 means the file is NOT USABLE; the caller will have to check
 926  */
 927 int Header::GetPixelSize()
 928 {
 929    // 0028 0100 US IMG Bits Allocated
 930    // (in order no to be messed up by old RGB images)
 931    //   if (Header::GetEntryByNumber(0x0028,0x0100) == "24")
 932    //      return 3;
 933
 934    std::string pixelType = GetPixelType();
 935    if ( pixelType ==  "8U" || pixelType == "8S" )
 936    {
 937       return 1;
 938    }
 939    if ( pixelType == "16U" || pixelType == "16S")
 940    {
 941       return 2;
 942    }
 943    if ( pixelType == "32U" || pixelType == "32S")
 944    {
 945       return 4;
 946    }
 947    if ( pixelType == "FD" )
 948    {
 949       return 8;
 950    }
 951    dbg.Verbose(0, "Header::GetPixelSize: Unknown pixel type");
 952    return 0;
 953 }
 954
 955 /**
 956  * \brief   Build the Pixel Type of the image.
 957  *          Possible values are:
 958  *          - 8U  unsigned  8 bit,
 959  *          - 8S    signed  8 bit,
 960  *          - 16U unsigned 16 bit,
 961  *          - 16S   signed 16 bit,
 962  *          - 32U unsigned 32 bit,
 963  *          - 32S   signed 32 bit,
 964  *          - FD floating double 64 bits (Not kosher DICOM, but so usefull!)
 965  * \warning 12 bit images appear as 16 bit.
 966  *          24 bit images appear as 8 bit
 967  * @return  0S if nothing found. NOT USABLE file. The caller has to check
 968  */
 969 std::string Header::GetPixelType()
 970 {
 971    std::string bitsAlloc = GetEntryByNumber(0x0028, 0x0100); // Bits Allocated
 972    if ( bitsAlloc == GDCM_UNFOUND )
 973    {
 974       dbg.Verbose(0, "Header::GetPixelType: unfound Bits Allocated");
 975       bitsAlloc = "16";
 976    }
 977
 978    if ( bitsAlloc == "64" )
 979    {
 980       return "FD";
 981    }
 982    else if ( bitsAlloc == "12" )
 983    {
 984       // It will be unpacked
 985       bitsAlloc = "16";
 986    }
 987    else if ( bitsAlloc == "24" )
 988    {
 989       // (in order no to be messed up
 990       bitsAlloc = "8";  // by old RGB images)
 991    }
 992
 993    std::string sign = GetEntryByNumber(0x0028, 0x0103);//"Pixel Representation"
 994
 995    if (sign == GDCM_UNFOUND )
 996    {
 997       dbg.Verbose(0, "Header::GetPixelType: unfound Pixel Representation");
 998       bitsAlloc = "0";
 999    }
1000    else if ( sign == "0" )
1001    {
1002       sign = "U";
1003    }
1004    else
1005    {
1006       sign = "S";
1007    }
1008    return bitsAlloc + sign;
1009 }
1010
1011
1012 /**
1013  * \brief   Recover the offset (from the beginning of the file)
1014  *          of *image* pixels (not *icone image* pixels, if any !)
1015  * @return Pixel Offset
1016  */
1017 size_t Header::GetPixelOffset()
1018 {
1019    DocEntry* pxlElement = GetDocEntryByNumber(GrPixel,NumPixel);
1020    if ( pxlElement )
1021    {
1022       return pxlElement->GetOffset();
1023    }
1024    else
1025    {
1026 #ifdef GDCM_DEBUG
1027       std::cout << "Big trouble : Pixel Element ("
1028                 << std::hex << GrPixel<<","<< NumPixel<< ") NOT found"
1029                 << std::endl;
1030 #endif //GDCM_DEBUG
1031       return 0;
1032    }
1033 }
1034
1035 /// \todo TODO : unify those two (previous one and next one)
1036 /**
1037  * \brief   Recover the pixel area length (in Bytes)
1038  * @return Pixel Element Length, as stored in the header
1039  *         (NOT the memory space necessary to hold the Pixels
1040  *          -in case of embeded compressed image-)
1041  *         0 : NOT USABLE file. The caller has to check.
1042  */
1043 size_t Header::GetPixelAreaLength()
1044 {
1045    DocEntry* pxlElement = GetDocEntryByNumber(GrPixel,NumPixel);
1046    if ( pxlElement )
1047    {
1048       return pxlElement->GetLength();
1049    }
1050    else
1051    {
1052 #ifdef GDCM_DEBUG
1053       std::cout << "Big trouble : Pixel Element ("
1054                 << std::hex << GrPixel<<","<< NumPixel<< ") NOT found"
1055                 << std::endl;
1056 #endif //GDCM_DEBUG
1057       return 0;
1058    }
1059 }
1060
1061 /**
1062   * \brief tells us if LUT are used
1063   * \warning Right now, 'Segmented xxx Palette Color Lookup Table Data'
1064   *          are NOT considered as LUT, since nobody knows
1065   *          how to deal with them
1066   *          Please warn me if you know sbdy that *does* know ... jprx
1067   * @return true if LUT Descriptors and LUT Tables were found
1068   */
1069 bool Header::HasLUT()
1070 {
1071    // Check the presence of the LUT Descriptors, and LUT Tables
1072    // LutDescriptorRed
1073    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1101) )
1074    {
1075       return false;
1076    }
1077    // LutDescriptorGreen
1078    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1102) )
1079    {
1080       return false;
1081    }
1082    // LutDescriptorBlue
1083    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1103) )
1084    {
1085       return false;
1086    }
1087    // Red Palette Color Lookup Table Data
1088    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1201) )
1089    {
1090       return false;
1091    }
1092    // Green Palette Color Lookup Table Data
1093    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1202) )
1094    {
1095       return false;
1096    }
1097    // Blue Palette Color Lookup Table Data
1098    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1203) )
1099    {
1100       return false;
1101    }
1102
1103    // FIXME : (0x0028,0x3006) : LUT Data (CTX dependent)
1104    //         NOT taken into account, but we don't know how to use it ...
1105    return true;
1106 }
1107
1108 /**
1109   * \brief gets the info from 0028,1101 : Lookup Table Desc-Red
1110   *             else 0
1111   * @return Lookup Table number of Bits , 0 by default
1112   *          when (0028,0004),Photometric Interpretation = [PALETTE COLOR ]
1113   * @ return bit number of each LUT item
1114   */
1115 int Header::GetLUTNbits()
1116 {
1117    std::vector<std::string> tokens;
1118    int lutNbits;
1119
1120    //Just hope Lookup Table Desc-Red = Lookup Table Desc-Red
1121    //                                = Lookup Table Desc-Blue
1122    // Consistency already checked in GetLUTLength
1123    std::string lutDescription = GetEntryByNumber(0x0028,0x1101);
1124    if ( lutDescription == GDCM_UNFOUND )
1125    {
1126       return 0;
1127    }
1128
1129    tokens.clear(); // clean any previous value
1130    Util::Tokenize ( lutDescription, tokens, "\\" );
1131    //LutLength=atoi(tokens[0].c_str());
1132    //LutDepth=atoi(tokens[1].c_str());
1133
1134    lutNbits = atoi( tokens[2].c_str() );
1135    tokens.clear();
1136
1137    return lutNbits;
1138 }
1139
1140 /**
1141  * \brief Accesses the info from 0002,0010 : Transfert Syntax and TS
1142  *        else 1.
1143  * @return The full Transfert Syntax Name (as opposed to Transfert Syntax UID)
1144  */
1145 std::string Header::GetTransfertSyntaxName()
1146 {
1147    // use the TS (TS : Transfert Syntax)
1148    std::string transfertSyntax = GetEntryByNumber(0x0002,0x0010);
1149
1150    if ( transfertSyntax == GDCM_NOTLOADED )
1151    {
1152       std::cout << "Transfert Syntax not loaded. " << std::endl
1153                << "Better you increase MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE"
1154                << std::endl;
1155       return "Uncompressed ACR-NEMA";
1156    }
1157    if ( transfertSyntax == GDCM_UNFOUND )
1158    {
1159       dbg.Verbose(0, "Header::GetTransfertSyntaxName:"
1160                      " unfound Transfert Syntax (0002,0010)");
1161       return "Uncompressed ACR-NEMA";
1162    }
1163
1164    while ( ! isdigit((unsigned char)transfertSyntax[transfertSyntax.length()-1]) )
1165    {
1166       transfertSyntax.erase(transfertSyntax.length()-1, 1);
1167    }
1168    // we do it only when we need it
1169    TS* ts         = Global::GetTS();
1170    std::string tsName = ts->GetValue( transfertSyntax );
1171
1172    //delete ts; /// \todo Seg Fault when deleted ?!
1173    return tsName;
1174 }
1175
1176 //-----------------------------------------------------------------------------
1177 // Protected
1178
1179 /**
1180  * \brief anonymize a Header (removes Patient's personal info)
1181  *        (read the code to see which ones ...)
1182  */
1183 bool Header::AnonymizeHeader()
1184 {
1185    // If exist, replace by spaces
1186    SetEntryByNumber ("  ",0x0010, 0x2154); // Telephone
1187    SetEntryByNumber ("  ",0x0010, 0x1040); // Adress
1188    SetEntryByNumber ("  ",0x0010, 0x0020); // Patient ID
1189
1190    DocEntry* patientNameHE = GetDocEntryByNumber (0x0010, 0x0010);
1191
1192    if ( patientNameHE ) // we replace it by Study Instance UID (why not)
1193    {
1194       std::string studyInstanceUID =  GetEntryByNumber (0x0020, 0x000d);
1195       if ( studyInstanceUID != GDCM_UNFOUND )
1196       {
1197          ReplaceOrCreateByNumber(studyInstanceUID, 0x0010, 0x0010);
1198       }
1199       else
1200       {
1201          ReplaceOrCreateByNumber("anonymised", 0x0010, 0x0010);
1202       }
1203    }
1204
1205   // Just for fun :-(
1206   // (if any) remove or replace all the stuff that contains a Date
1207
1208 //0008 0012 DA ID Instance Creation Date
1209 //0008 0020 DA ID Study Date
1210 //0008 0021 DA ID Series Date
1211 //0008 0022 DA ID Acquisition Date
1212 //0008 0023 DA ID Content Date
1213 //0008 0024 DA ID Overlay Date
1214 //0008 0025 DA ID Curve Date
1215 //0008 002a DT ID Acquisition Datetime
1216 //0018 9074 DT ACQ Frame Acquisition Datetime
1217 //0018 9151 DT ACQ Frame Reference Datetime
1218 //0018 a002 DT ACQ Contribution Date Time
1219 //0020 3403 SH REL Modified Image Date (RET)
1220 //0032 0032 DA SDY Study Verified Date
1221 //0032 0034 DA SDY Study Read Date
1222 //0032 1000 DA SDY Scheduled Study Start Date
1223 //0032 1010 DA SDY Scheduled Study Stop Date
1224 //0032 1040 DA SDY Study Arrival Date
1225 //0032 1050 DA SDY Study Completion Date
1226 //0038 001a DA VIS Scheduled Admission Date
1227 //0038 001c DA VIS Scheduled Discharge Date
1228 //0038 0020 DA VIS Admitting Date
1229 //0038 0030 DA VIS Discharge Date
1230 //0040 0002 DA PRC Scheduled Procedure Step Start Date
1231 //0040 0004 DA PRC Scheduled Procedure Step End Date
1232 //0040 0244 DA PRC Performed Procedure Step Start Date
1233 //0040 0250 DA PRC Performed Procedure Step End Date
1234 //0040 2004 DA PRC Issue Date of Imaging Service Request
1235 //0040 4005 DT PRC Scheduled Procedure Step Start Date and Time
1236 //0040 4011 DT PRC Expected Completion Date and Time
1237 //0040 a030 DT PRC Verification Date Time
1238 //0040 a032 DT PRC Observation Date Time
1239 //0040 a120 DT PRC DateTime
1240 //0040 a121 DA PRC Date
1241 //0040 a13a DT PRC Referenced Datetime
1242 //0070 0082 DA ??? Presentation Creation Date
1243 //0100 0420 DT ??? SOP Autorization Date and Time
1244 //0400 0105 DT ??? Digital Signature DateTime
1245 //2100 0040 DA PJ Creation Date
1246 //3006 0008 DA SSET Structure Set Date
1247 //3008 0024 DA ??? Treatment Control Point Date
1248 //3008 0054 DA ??? First Treatment Date
1249 //3008 0056 DA ??? Most Recent Treatment Date
1250 //3008 0162 DA ??? Safe Position Exit Date
1251 //3008 0166 DA ??? Safe Position Return Date
1252 //3008 0250 DA ??? Treatment Date
1253 //300a 0006 DA RT RT Plan Date
1254 //300a 022c DA RT Air Kerma Rate Reference Date
1255 //300e 0004 DA RT Review Date
1256
1257    return true;
1258 }
1259
1260 /**
1261   * \brief gets the info from 0020,0037 : Image Orientation Patient
1262   * @param iop adress of the (6)float aray to receive values
1263   * @return cosines of image orientation patient
1264   */
1265 void Header::GetImageOrientationPatient( float iop[6] )
1266 {
1267    std::string strImOriPat;
1268    //iop is supposed to be float[6]
1269    iop[0] = iop[1] = iop[2] = iop[3] = iop[4] = iop[5] = 0.;
1270
1271    // 0020 0037 DS REL Image Orientation (Patient)
1272    if ( (strImOriPat = GetEntryByNumber(0x0020,0x0037)) != GDCM_UNFOUND )
1273    {
1274       if( sscanf( strImOriPat.c_str(), "%f\\%f\\%f\\%f\\%f\\%f",
1275           &iop[0], &iop[1], &iop[2], &iop[3], &iop[4], &iop[5]) != 6 )
1276       {
1277          dbg.Verbose(0, "Header::GetImageOrientationPatient: "
1278                         "wrong Image Orientation Patient (0020,0037)");
1279       }
1280    }
1281    //For ACR-NEMA
1282    // 0020 0035 DS REL Image Orientation (RET)
1283    else if ( (strImOriPat = GetEntryByNumber(0x0020,0x0035)) != GDCM_UNFOUND )
1284    {
1285       if( sscanf( strImOriPat.c_str(), "%f\\%f\\%f\\%f\\%f\\%f",
1286           &iop[0], &iop[1], &iop[2], &iop[3], &iop[4], &iop[5]) != 6 )
1287       {
1288          dbg.Verbose(0, "Header::GetImageOrientationPatient: "
1289                         "wrong Image Orientation Patient (0020,0035)");
1290       }
1291    }
1292 }
1293
1294 /**
1295  * \brief Initialize a default DICOM header that should contain all the
1296  *        field require by other reader. DICOM standart does not
1297  *        explicitely defines thoses fields, heuristic has been choosen.
1298  *        This is not perfect as we are writting a CT image...
1299  */
1300 void Header::InitializeDefaultHeader()
1301 {
1302    typedef struct
1303    {
1304       const char *value;
1305       uint16_t group;
1306       uint16_t elem;
1307    } DICOM_DEFAULT_VALUE;
1308
1309    std::string date = Util::GetCurrentDate();
1310    std::string time = Util::GetCurrentTime();
1311    std::string uid  = Util::CreateUniqueUID();
1312
1313    static DICOM_DEFAULT_VALUE defaultvalue[] = {
1314     { "76", 0x0002, 0x0000},         // MetaElementGroup Length // FIXME: how to recompute ?
1315     { "1.2.840.10008.5.1.4.1.1.2", 0x0002, 0x0002},  // MediaStorageSOPInstanceUID (CT Image Storage)
1316     { uid.c_str(), 0x0002, 0x0012},  // META Implementation Class UID
1317     { "ISO_IR 100",0x0008, 0x0005},  // Specific Character Set
1318     { "DERIVED\\SECONDARY\\OTHER\\GDCM", 0x0008, 0x0008},  // Image Type
1319     { "1.2.840.10008.5.1.4.1.1.2", 0x0008, 0x0016},  // SOP Class UID
1320     { "",          0x0008, 0x0050},  // Accession Number
1321     { "GDCM",      0x0008, 0x0070},  // Manufacturer
1322     { "GDCM",      0x0008, 0x0080},  // Institution Name
1323     { "http://www-creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/", 0x0008, 0x0081},  // Institution Address
1324     { "",          0x0008, 0x0090},  // Refering Physician Name
1325     { "",          0x0008, 0x1030},  // Study Description
1326     { "",          0x0008, 0x1050},  // Performing Physician's Name
1327     { "",          0x0008, 0x1060},  // Name of Physician(s) Reading Study
1328     { "",          0x0010, 0x0040},  // Patient's Sex
1329     { uid.c_str(), 0x0020, 0x000d},  // StudyInstanceUID
1330     { uid.c_str(), 0x0020, 0x000e},  // SeriesInstanceUID
1331     { "",          0x0020, 0x0011},   // AcquisitionNumber
1332     { "1\\0\\0\\0\\1\\0", 0x0020, 0x0037},  // Image Orientation Patient
1333     { "1",         0x0028, 0x0002},  // Samples per pixel 1 or 3
1334     { "MONOCHROME2",0x0028, 0x0004},  // photochromatic interpretation
1335
1336 // Date and timeG
1337
1338     { date.c_str(), 0x0008, 0x0012 } ,  // Instance Creation Date
1339     { time.c_str(), 0x0008, 0x0013 } ,  // Instance Creation Time
1340     { date.c_str(), 0x0008, 0x0020 } ,  // Study Date
1341     { date.c_str(), 0x0008, 0x0022 } ,  // Acquisition Date
1342     { date.c_str(), 0x0008, 0x0023 } ,  // Content Date
1343     { time.c_str(), 0x0008, 0x0030 } ,  // Study Time
1344     { "CT",         0x0008, 0x0060 } ,  // Modality
1345     { "GDCM",       0x0010, 0x0010 } ,  // Patient's Name
1346     { "GDCMID",     0x0010, 0x0020 } ,  // Patient ID
1347     { "1",          0x0020, 0x0010 } ,  // StudyID
1348     { "1",          0x0020, 0x0011 } ,  // SeriesNumber
1349     { "1.0",        0x0018, 0x0050 } ,  // slice Thickness
1350     { "1.0",        0x0018, 0x0088 } ,  // space between slices
1351     { "1.0\\1.0",   0x0028, 0x0030 } ,  // pixelSpacing
1352     { "64",         0x0028, 0x0010 } ,  // nbRows
1353     { "64",         0x0028, 0x0011 } ,  // nbCols
1354     { "16",         0x0028, 0x0100 } ,  // BitsAllocated 8 or 16
1355     { "12",         0x0028, 0x0101 } ,  // BitsStored    8 or 12
1356     { "11",         0x0028, 0x0102 } ,  // HighBit       7 or 11
1357     { "0",          0x0028, 0x0103 } ,  // Pixel Representation 0(unsigned) or 1(signed)
1358     { "1000.0",     0x0028, 0x1051 } ,  // Window Width
1359     { "500.0",      0x0028, 0x1050 } ,  // Window Center
1360     {  0, 0, 0 }
1361    };
1362
1363    // default value
1364    // Special case this is the image (not a string)
1365    GrPixel = 0x7fe0;
1366    NumPixel = 0x0010;
1367    ReplaceOrCreateByNumber(0, 0, GrPixel, NumPixel);
1368
1369    // All remaining strings:
1370    unsigned int i = 0;
1371    DICOM_DEFAULT_VALUE current = defaultvalue[i];
1372    while( current.value )
1373    {
1374       std::string value = Util::DicomString( current.value ); //pad the string properly
1375       ReplaceOrCreateByNumber(value, current.group, current.elem);
1376       current = defaultvalue[++i];
1377    }
1378 }
1379
1380 //-----------------------------------------------------------------------------
1381 // Private
1382
1383 //-----------------------------------------------------------------------------
1384
1385 } // end namespace gdcm