src/gdcmHeader.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: gdcmHeader.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/01/10 17:09:49 $
   7   Version:   $Revision: 1.228 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #include "gdcmHeader.h"
  20 #include "gdcmGlobal.h"
  21 #include "gdcmUtil.h"
  22 #include "gdcmDebug.h"
  23 #include "gdcmTS.h"
  24 #include "gdcmValEntry.h"
  25 #include <stdio.h> //sscanf
  26
  27 #include <vector>
  28
  29 namespace gdcm
  30 {
  31 //-----------------------------------------------------------------------------
  32 // Constructor / Destructor
  33 /**
  34  * \brief  Constructor
  35  * @param  filename name of the file whose header we want to analyze
  36  */
  37 Header::Header( std::string const &filename ):
  38             Document( filename )
  39 {
  40    // for some ACR-NEMA images GrPixel, NumPixel is *not* 7fe0,0010
  41    // We may encounter the 'RETired' (0x0028, 0x0200) tag
  42    // (Image Location") . This Element contains the number of
  43    // the group that contains the pixel data (hence the "Pixel Data"
  44    // is found by indirection through the "Image Location").
  45    // Inside the group pointed by "Image Location" the searched element
  46    // is conventionally the element 0x0010 (when the norm is respected).
  47    // When the "Image Location" is Missing we default to group 0x7fe0.
  48    // Note: this IS the right place for the code
  49
  50    // Image Location
  51    const std::string &imgLocation = GetEntry(0x0028, 0x0200);
  52    if ( imgLocation == GDCM_UNFOUND )
  53    {
  54       // default value
  55       GrPixel = 0x7fe0;
  56    }
  57    else
  58    {
  59       GrPixel = (uint16_t) atoi( imgLocation.c_str() );
  60    }
  61
  62    // sometimes Image Location value doesn't follow
  63    // the supposed processor endianity.
  64    // see gdcmData/cr172241.dcm
  65    if ( GrPixel == 0xe07f )
  66    {
  67       GrPixel = 0x7fe0;
  68    }
  69
  70    if ( GrPixel != 0x7fe0 )
  71    {
  72       // This is a kludge for old dirty Philips imager.
  73       NumPixel = 0x1010;
  74    }
  75    else
  76    {
  77       NumPixel = 0x0010;
  78    }
  79
  80    // Now, we know GrPixel and NumPixel.
  81    // Let's create a VirtualDictEntry to allow a further VR modification
  82    // and force VR to match with BitsAllocated.
  83
  84    DocEntry *entry = GetDocEntry(GrPixel, NumPixel);
  85    if ( entry != 0 )
  86    {
  87
  88       std::string PixelVR;
  89       // 8 bits allocated is a 'O Bytes' , as well as 24 (old ACR-NEMA RGB)
  90       // more than 8 (i.e 12, 16) is a 'O Words'
  91       if ( GetBitsAllocated() == 8 || GetBitsAllocated() == 24 )
  92          PixelVR = "OB";
  93       else
  94          PixelVR = "OW";
  95
  96       DictEntry* newEntry = NewVirtualDictEntry(
  97                              GrPixel, NumPixel,
  98                              PixelVR, "PXL", "Pixel Data");
  99
 100       entry->SetDictEntry( newEntry );
 101    }
 102 }
 103
 104 /**
 105  * \brief Constructor used when we want to generate dicom files from scratch
 106  */
 107 Header::Header()
 108            :Document()
 109 {
 110    InitializeDefaultHeader();
 111 }
 112
 113 /**
 114  * \brief   Canonical destructor.
 115  */
 116 Header::~Header ()
 117 {
 118 }
 119
 120 /**
 121  * \brief Performs some consistency checking on various 'File related'
 122  *       (as opposed to 'DicomDir related') entries
 123  *       then writes in a file all the (Dicom Elements) included the Pixels
 124  * @param fileName file name to write to
 125  * @param filetype Type of the File to be written
 126  *          (ACR-NEMA, ExplicitVR, ImplicitVR)
 127  */
 128 bool Header::Write(std::string fileName, FileType filetype)
 129 {
 130    std::ofstream *fp = new std::ofstream(fileName.c_str(),
 131                                          std::ios::out | std::ios::binary);
 132    if (*fp == NULL)
 133    {
 134       gdcmVerboseMacro("Failed to open (write) File: " << fileName.c_str());
 135       return false;
 136    }
 137
 138    // Bits Allocated
 139    if ( GetEntry(0x0028,0x0100) ==  "12")
 140    {
 141       SetEntry("16", 0x0028,0x0100);
 142    }
 143
 144   /// \todo correct 'Pixel group' Length if necessary
 145
 146    int i_lgPix = GetEntryLength(GrPixel, NumPixel);
 147    if (i_lgPix != -2)
 148    {
 149       // no (GrPixel, NumPixel) element
 150       std::string s_lgPix = Util::Format("%d", i_lgPix+12);
 151       s_lgPix = Util::DicomString( s_lgPix.c_str() );
 152       ReplaceOrCreate(s_lgPix,GrPixel, 0x0000);
 153    }
 154
 155    // FIXME : should be nice if we could move it to File
 156    //         (or in future gdcmPixelData class)
 157
 158    // Drop Palette Color, if necessary
 159
 160    if ( GetEntry(0x0028,0x0002).c_str()[0] == '3' )
 161    {
 162       // if SamplesPerPixel = 3, sure we don't need any LUT !
 163       // Drop 0028|1101, 0028|1102, 0028|1103
 164       // Drop 0028|1201, 0028|1202, 0028|1203
 165
 166       DocEntry *e = GetDocEntry(0x0028,0x01101);
 167       if (e)
 168       {
 169          RemoveEntryNoDestroy(e);
 170       }
 171       e = GetDocEntry(0x0028,0x1102);
 172       if (e)
 173       {
 174          RemoveEntryNoDestroy(e);
 175       }
 176       e = GetDocEntry(0x0028,0x1103);
 177       if (e)
 178       {
 179          RemoveEntryNoDestroy(e);
 180       }
 181       e = GetDocEntry(0x0028,0x01201);
 182       if (e)
 183       {
 184          RemoveEntryNoDestroy(e);
 185       }
 186       e = GetDocEntry(0x0028,0x1202);
 187       if (e)
 188       {
 189          RemoveEntryNoDestroy(e);
 190       }
 191       e = GetDocEntry(0x0028,0x1203);
 192       if (e)
 193       {
 194           RemoveEntryNoDestroy(e);
 195       }
 196    }
 197    Document::WriteContent(fp,filetype);
 198
 199    fp->close();
 200    delete fp;
 201
 202    return true;
 203 }
 204
 205 //-----------------------------------------------------------------------------
 206 // Print
 207
 208
 209 //-----------------------------------------------------------------------------
 210 // Public
 211
 212 /**
 213  * \brief  This predicate, based on hopefully reasonable heuristics,
 214  *         decides whether or not the current Header was properly parsed
 215  *         and contains the mandatory information for being considered as
 216  *         a well formed and usable Dicom/Acr File.
 217  * @return true when Header is the one of a reasonable Dicom/Acr file,
 218  *         false otherwise.
 219  */
 220 bool Header::IsReadable()
 221 {
 222    if( !Document::IsReadable() )
 223    {
 224       return false;
 225    }
 226
 227    const std::string &res = GetEntry(0x0028, 0x0005);
 228    if ( res != GDCM_UNFOUND && atoi(res.c_str()) > 4 )
 229    {
 230       return false; // Image Dimensions
 231    }
 232    if ( !GetDocEntry(0x0028, 0x0100) )
 233    {
 234       return false; // "Bits Allocated"
 235    }
 236    if ( !GetDocEntry(0x0028, 0x0101) )
 237    {
 238       return false; // "Bits Stored"
 239    }
 240    if ( !GetDocEntry(0x0028, 0x0102) )
 241    {
 242       return false; // "High Bit"
 243    }
 244    if ( !GetDocEntry(0x0028, 0x0103) )
 245    {
 246       return false; // "Pixel Representation" i.e. 'Sign'
 247    }
 248
 249    return true;
 250 }
 251
 252 /**
 253  * \brief   Retrieve the number of columns of image.
 254  * @return  The encountered size when found, 0 by default.
 255  *          0 means the file is NOT USABLE. The caller will have to check
 256  */
 257 int Header::GetXSize()
 258 {
 259    const std::string &strSize = GetEntry(0x0028,0x0011);
 260    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 261    {
 262       return 0;
 263    }
 264
 265    return atoi( strSize.c_str() );
 266 }
 267
 268 /**
 269  * \brief   Retrieve the number of lines of image.
 270  * \warning The defaulted value is 1 as opposed to Header::GetXSize()
 271  * @return  The encountered size when found, 1 by default
 272  *          (The ACR-NEMA file contains a Signal, not an Image).
 273  */
 274 int Header::GetYSize()
 275 {
 276    const std::string &strSize = GetEntry(0x0028,0x0010);
 277    if ( strSize != GDCM_UNFOUND )
 278    {
 279       return atoi( strSize.c_str() );
 280    }
 281    if ( IsDicomV3() )
 282    {
 283       return 0;
 284    }
 285
 286    // The Rows (0028,0010) entry was optional for ACR/NEMA. It might
 287    // hence be a signal (1D image). So we default to 1:
 288    return 1;
 289 }
 290
 291 /**
 292  * \brief   Retrieve the number of planes of volume or the number
 293  *          of frames of a multiframe.
 294  * \warning When present we consider the "Number of Frames" as the third
 295  *          dimension. When Missing we consider the third dimension as
 296  *          being the ACR-NEMA "Planes" tag content.
 297  * @return  The encountered size when found, 1 by default (single image).
 298  */
 299 int Header::GetZSize()
 300 {
 301    // Both  DicomV3 and ACR/Nema consider the "Number of Frames"
 302    // as the third dimension.
 303    const std::string &strSize = GetEntry(0x0028,0x0008);
 304    if ( strSize != GDCM_UNFOUND )
 305    {
 306       return atoi( strSize.c_str() );
 307    }
 308
 309    // We then consider the "Planes" entry as the third dimension
 310    const std::string &strSize2 = GetEntry(0x0028,0x0012);
 311    if ( strSize2 != GDCM_UNFOUND )
 312    {
 313       return atoi( strSize2.c_str() );
 314    }
 315
 316    return 1;
 317 }
 318
 319 /**
 320   * \brief gets the info from 0028,0030 : Pixel Spacing
 321   *             else 1.0
 322   * @return X dimension of a pixel
 323   */
 324 float Header::GetXSpacing()
 325 {
 326    float xspacing, yspacing;
 327    const std::string &strSpacing = GetEntry(0x0028,0x0030);
 328
 329    if ( strSpacing == GDCM_UNFOUND )
 330    {
 331       gdcmVerboseMacro( "Unfound Pixel Spacing (0028,0030)" );
 332       return 1.;
 333    }
 334
 335    int nbValues;
 336    if( ( nbValues = sscanf( strSpacing.c_str(),
 337          "%f\\%f", &yspacing, &xspacing)) != 2 )
 338    {
 339       // if single value is found, xspacing is defaulted to yspacing
 340       if ( nbValues == 1 )
 341       {
 342          xspacing = yspacing;
 343       }
 344
 345       if ( xspacing == 0.0 )
 346          xspacing = 1.0;
 347
 348       return xspacing;
 349
 350    }
 351
 352    // to avoid troubles with David Clunie's-like images
 353    if ( xspacing == 0. && yspacing == 0.)
 354       return 1.;
 355
 356    if ( xspacing == 0.)
 357    {
 358       gdcmVerboseMacro("gdcmData/CT-MONO2-8-abdo.dcm problem");
 359       // seems to be a bug in the header ...
 360       nbValues = sscanf( strSpacing.c_str(), "%f\\0\\%f", &yspacing, &xspacing);
 361       gdcmAssertMacro( nbValues == 2 );
 362    }
 363
 364    return xspacing;
 365 }
 366
 367 /**
 368   * \brief gets the info from 0028,0030 : Pixel Spacing
 369   *             else 1.0
 370   * @return Y dimension of a pixel
 371   */
 372 float Header::GetYSpacing()
 373 {
 374    float yspacing = 1.;
 375    std::string strSpacing = GetEntry(0x0028,0x0030);
 376
 377    if ( strSpacing == GDCM_UNFOUND )
 378    {
 379       gdcmVerboseMacro("Unfound Pixel Spacing (0028,0030)");
 380       return 1.;
 381     }
 382
 383    // if sscanf cannot read any float value, it won't affect yspacing
 384    sscanf( strSpacing.c_str(), "%f", &yspacing);
 385
 386    if ( yspacing == 0.0 )
 387       yspacing = 1.0;
 388
 389    return yspacing;
 390 }
 391
 392 /**
 393  * \brief gets the info from 0018,0088 : Space Between Slices
 394  *                 else from 0018,0050 : Slice Thickness
 395  *                 else 1.0
 396  * @return Z dimension of a voxel-to be
 397  */
 398 float Header::GetZSpacing()
 399 {
 400    // Spacing Between Slices : distance entre le milieu de chaque coupe
 401    // Les coupes peuvent etre :
 402    //   jointives     (Spacing between Slices = Slice Thickness)
 403    //   chevauchantes (Spacing between Slices < Slice Thickness)
 404    //   disjointes    (Spacing between Slices > Slice Thickness)
 405    // Slice Thickness : epaisseur de tissus sur laquelle est acquis le signal
 406    //   ca interesse le physicien de l'IRM, pas le visualisateur de volumes ...
 407    //   Si le Spacing Between Slices est Missing,
 408    //   on suppose que les coupes sont jointives
 409
 410    const std::string &strSpacingBSlices = GetEntry(0x0018,0x0088);
 411
 412    if ( strSpacingBSlices == GDCM_UNFOUND )
 413    {
 414       gdcmVerboseMacro("Unfound Spacing Between Slices (0018,0088)");
 415       const std::string &strSliceThickness = GetEntry(0x0018,0x0050);
 416       if ( strSliceThickness == GDCM_UNFOUND )
 417       {
 418          gdcmVerboseMacro("Unfound Slice Thickness (0018,0050)");
 419          return 1.;
 420       }
 421       else
 422       {
 423          // if no 'Spacing Between Slices' is found,
 424          // we assume slices join together
 425          // (no overlapping, no interslice gap)
 426          // if they don't, we're fucked up
 427          return (float)atof( strSliceThickness.c_str() );
 428       }
 429    }
 430    //else
 431    return (float)atof( strSpacingBSlices.c_str() );
 432 }
 433
 434 /**
 435  *\brief gets the info from 0028,1052 : Rescale Intercept
 436  * @return Rescale Intercept
 437  */
 438 float Header::GetRescaleIntercept()
 439 {
 440    float resInter = 0.;
 441    /// 0028 1052 DS IMG Rescale Intercept
 442    const std::string &strRescInter = GetEntry(0x0028,0x1052);
 443    if ( strRescInter != GDCM_UNFOUND )
 444    {
 445       if( sscanf( strRescInter.c_str(), "%f", &resInter) != 1 )
 446       {
 447          // bug in the element 0x0028,0x1052
 448          gdcmVerboseMacro( "Rescale Intercept (0028,1052) is empty." );
 449       }
 450    }
 451
 452    return resInter;
 453 }
 454
 455 /**
 456  *\brief   gets the info from 0028,1053 : Rescale Slope
 457  * @return Rescale Slope
 458  */
 459 float Header::GetRescaleSlope()
 460 {
 461    float resSlope = 1.;
 462    //0028 1053 DS IMG Rescale Slope
 463    std::string strRescSlope = GetEntry(0x0028,0x1053);
 464    if ( strRescSlope != GDCM_UNFOUND )
 465    {
 466       if( sscanf( strRescSlope.c_str(), "%f", &resSlope) != 1)
 467       {
 468          // bug in the element 0x0028,0x1053
 469          gdcmVerboseMacro( "Rescale Slope (0028,1053) is empty.");
 470       }
 471    }
 472
 473    return resSlope;
 474 }
 475
 476 /**
 477  * \brief This function is intended to user who doesn't want
 478  *   to have to manage a LUT and expects to get an RBG Pixel image
 479  *   (or a monochrome one ...)
 480  * \warning to be used with GetImagePixels()
 481  * @return 1 if Gray level, 3 if Color (RGB, YBR or PALETTE COLOR)
 482  */
 483 int Header::GetNumberOfScalarComponents()
 484 {
 485    if ( GetSamplesPerPixel() == 3 )
 486    {
 487       return 3;
 488    }
 489
 490    // 0028 0100 US IMG Bits Allocated
 491    // (in order no to be messed up by old RGB images)
 492    if ( GetEntry(0x0028,0x0100) == "24" )
 493    {
 494       return 3;
 495    }
 496
 497    std::string strPhotometricInterpretation = GetEntry(0x0028,0x0004);
 498
 499    if ( ( strPhotometricInterpretation == "PALETTE COLOR ") )
 500    {
 501       if ( HasLUT() )// PALETTE COLOR is NOT enough
 502       {
 503          return 3;
 504       }
 505       else
 506       {
 507          return 1;
 508       }
 509    }
 510
 511    // beware of trailing space at end of string
 512    // DICOM tags are never of odd length
 513    if ( strPhotometricInterpretation == GDCM_UNFOUND   ||
 514         Util::DicomStringEqual(strPhotometricInterpretation, "MONOCHROME1") ||
 515         Util::DicomStringEqual(strPhotometricInterpretation, "MONOCHROME2") )
 516    {
 517       return 1;
 518    }
 519    else
 520    {
 521       // we assume that *all* kinds of YBR are dealt with
 522       return 3;
 523    }
 524 }
 525
 526 /**
 527  * \brief This function is intended to user that DOESN'T want
 528  *  to get RGB pixels image when it's stored as a PALETTE COLOR image
 529  *   - the (vtk) user is supposed to know how deal with LUTs -
 530  * \warning to be used with GetImagePixelsRaw()
 531  * @return 1 if Gray level, 3 if Color (RGB or YBR - NOT 'PALETTE COLOR' -)
 532  */
 533 int Header::GetNumberOfScalarComponentsRaw()
 534 {
 535    // 0028 0100 US IMG Bits Allocated
 536    // (in order no to be messed up by old RGB images)
 537    if ( Header::GetEntry(0x0028,0x0100) == "24" )
 538    {
 539       return 3;
 540    }
 541
 542    // we assume that *all* kinds of YBR are dealt with
 543    return GetSamplesPerPixel();
 544 }
 545
 546 //
 547 // --------------  Remember ! ----------------------------------
 548 //
 549 // Image Position Patient                              (0020,0032):
 550 // If not found (ACR_NEMA) we try Image Position       (0020,0030)
 551 // If not found (ACR-NEMA), we consider Slice Location (0020,1041)
 552 //                                   or Location       (0020,0050)
 553 // as the Z coordinate,
 554 // 0. for all the coordinates if nothing is found
 555
 556 // \todo find a way to inform the caller nothing was found
 557 // \todo How to tell the caller a wrong number of values was found?
 558 //
 559 // ---------------------------------------------------------------
 560 //
 561
 562 /**
 563  * \brief gets the info from 0020,0032 : Image Position Patient
 564  *                 else from 0020,0030 : Image Position (RET)
 565  *                 else 0.
 566  * @return up-left image corner X position
 567  */
 568 float Header::GetXOrigin()
 569 {
 570    float xImPos, yImPos, zImPos;
 571    std::string strImPos = GetEntry(0x0020,0x0032);
 572
 573    if ( strImPos == GDCM_UNFOUND )
 574    {
 575       gdcmVerboseMacro( "Unfound Image Position Patient (0020,0032)");
 576       strImPos = GetEntry(0x0020,0x0030); // For ACR-NEMA images
 577       if ( strImPos == GDCM_UNFOUND )
 578       {
 579          gdcmVerboseMacro( "Unfound Image Position (RET) (0020,0030)");
 580          /// \todo How to tell the caller nothing was found ?
 581          return 0.;
 582       }
 583    }
 584
 585    if( sscanf( strImPos.c_str(), "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos) != 3 )
 586    {
 587       return 0.;
 588    }
 589
 590    return xImPos;
 591 }
 592
 593 /**
 594  * \brief gets the info from 0020,0032 : Image Position Patient
 595  *                 else from 0020,0030 : Image Position (RET)
 596  *                 else 0.
 597  * @return up-left image corner Y position
 598  */
 599 float Header::GetYOrigin()
 600 {
 601    float xImPos, yImPos, zImPos;
 602    std::string strImPos = GetEntry(0x0020,0x0032);
 603
 604    if ( strImPos == GDCM_UNFOUND)
 605    {
 606       gdcmVerboseMacro( "Unfound Image Position Patient (0020,0032)");
 607       strImPos = GetEntry(0x0020,0x0030); // For ACR-NEMA images
 608       if ( strImPos == GDCM_UNFOUND )
 609       {
 610          gdcmVerboseMacro( "Unfound Image Position (RET) (0020,0030)");
 611          /// \todo How to tell the caller nothing was found ?
 612          return 0.;
 613       }
 614    }
 615
 616    if( sscanf( strImPos.c_str(), "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos) != 3 )
 617    {
 618       return 0.;
 619    }
 620
 621    return yImPos;
 622 }
 623
 624 /**
 625  * \brief gets the info from 0020,0032 : Image Position Patient
 626  *                 else from 0020,0030 : Image Position (RET)
 627  *                 else from 0020,1041 : Slice Location
 628  *                 else from 0020,0050 : Location
 629  *                 else 0.
 630  * @return up-left image corner Z position
 631  */
 632 float Header::GetZOrigin()
 633 {
 634    float xImPos, yImPos, zImPos;
 635    std::string strImPos = GetEntry(0x0020,0x0032);
 636
 637    if ( strImPos != GDCM_UNFOUND )
 638    {
 639       if( sscanf( strImPos.c_str(), "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos) != 3)
 640       {
 641          gdcmVerboseMacro( "Wrong Image Position Patient (0020,0032)");
 642          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x0032
 643       }
 644       else
 645       {
 646          return zImPos;
 647       }
 648    }
 649
 650    strImPos = GetEntry(0x0020,0x0030); // For ACR-NEMA images
 651    if ( strImPos != GDCM_UNFOUND )
 652    {
 653       if( sscanf( strImPos.c_str(),
 654           "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos ) != 3 )
 655       {
 656          gdcmVerboseMacro( "Wrong Image Position (RET) (0020,0030)");
 657          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x0032
 658       }
 659       else
 660       {
 661          return zImPos;
 662       }
 663    }
 664
 665    std::string strSliceLocation = GetEntry(0x0020,0x1041); // for *very* old ACR-NEMA images
 666    if ( strSliceLocation != GDCM_UNFOUND )
 667    {
 668       if( sscanf( strSliceLocation.c_str(), "%f", &zImPos) != 1)
 669       {
 670          gdcmVerboseMacro( "Wrong Slice Location (0020,1041)");
 671          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x1041
 672       }
 673       else
 674       {
 675          return zImPos;
 676       }
 677    }
 678    gdcmVerboseMacro( "Unfound Slice Location (0020,1041)");
 679
 680    std::string strLocation = GetEntry(0x0020,0x0050);
 681    if ( strLocation != GDCM_UNFOUND )
 682    {
 683       if( sscanf( strLocation.c_str(), "%f", &zImPos) != 1)
 684       {
 685          gdcmVerboseMacro( "Wrong Location (0020,0050)");
 686          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x0050
 687       }
 688       else
 689       {
 690          return zImPos;
 691       }
 692    }
 693    gdcmVerboseMacro( "Unfound Location (0020,0050)");
 694
 695    return 0.; // Hopeless
 696 }
 697
 698 /**
 699  * \brief gets the info from 0020,0013 : Image Number else 0.
 700  * @return image number
 701  */
 702 int Header::GetImageNumber()
 703 {
 704    // The function i atoi() takes the address of an area of memory as
 705    // parameter and converts the string stored at that location to an integer
 706    // using the external decimal to internal binary conversion rules. This may
 707    // be preferable to sscanf() since atoi() is a much smaller, simpler and
 708    // faster function. sscanf() can do all possible conversions whereas
 709    // atoi() can only do single decimal integer conversions.
 710    //0020 0013 IS REL Image Number
 711    std::string strImNumber = GetEntry(0x0020,0x0013);
 712    if ( strImNumber != GDCM_UNFOUND )
 713    {
 714       return atoi( strImNumber.c_str() );
 715    }
 716    return 0;   //Hopeless
 717 }
 718
 719 /**
 720  * \brief gets the info from 0008,0060 : Modality
 721  * @return Modality Type
 722  */
 723 ModalityType Header::GetModality()
 724 {
 725    // 0008 0060 CS ID Modality
 726    std::string strModality = GetEntry(0x0008,0x0060);
 727    if ( strModality != GDCM_UNFOUND )
 728    {
 729            if ( strModality.find("AU") < strModality.length()) return AU;
 730       else if ( strModality.find("AS") < strModality.length()) return AS;
 731       else if ( strModality.find("BI") < strModality.length()) return BI;
 732       else if ( strModality.find("CF") < strModality.length()) return CF;
 733       else if ( strModality.find("CP") < strModality.length()) return CP;
 734       else if ( strModality.find("CR") < strModality.length()) return CR;
 735       else if ( strModality.find("CT") < strModality.length()) return CT;
 736       else if ( strModality.find("CS") < strModality.length()) return CS;
 737       else if ( strModality.find("DD") < strModality.length()) return DD;
 738       else if ( strModality.find("DF") < strModality.length()) return DF;
 739       else if ( strModality.find("DG") < strModality.length()) return DG;
 740       else if ( strModality.find("DM") < strModality.length()) return DM;
 741       else if ( strModality.find("DS") < strModality.length()) return DS;
 742       else if ( strModality.find("DX") < strModality.length()) return DX;
 743       else if ( strModality.find("ECG") < strModality.length()) return ECG;
 744       else if ( strModality.find("EPS") < strModality.length()) return EPS;
 745       else if ( strModality.find("FA") < strModality.length()) return FA;
 746       else if ( strModality.find("FS") < strModality.length()) return FS;
 747       else if ( strModality.find("HC") < strModality.length()) return HC;
 748       else if ( strModality.find("HD") < strModality.length()) return HD;
 749       else if ( strModality.find("LP") < strModality.length()) return LP;
 750       else if ( strModality.find("LS") < strModality.length()) return LS;
 751       else if ( strModality.find("MA") < strModality.length()) return MA;
 752       else if ( strModality.find("MR") < strModality.length()) return MR;
 753       else if ( strModality.find("NM") < strModality.length()) return NM;
 754       else if ( strModality.find("OT") < strModality.length()) return OT;
 755       else if ( strModality.find("PT") < strModality.length()) return PT;
 756       else if ( strModality.find("RF") < strModality.length()) return RF;
 757       else if ( strModality.find("RG") < strModality.length()) return RG;
 758       else if ( strModality.find("RTDOSE")   < strModality.length()) return RTDOSE;
 759       else if ( strModality.find("RTIMAGE")  < strModality.length()) return RTIMAGE;
 760       else if ( strModality.find("RTPLAN")   < strModality.length()) return RTPLAN;
 761       else if ( strModality.find("RTSTRUCT") < strModality.length()) return RTSTRUCT;
 762       else if ( strModality.find("SM") < strModality.length()) return SM;
 763       else if ( strModality.find("ST") < strModality.length()) return ST;
 764       else if ( strModality.find("TG") < strModality.length()) return TG;
 765       else if ( strModality.find("US") < strModality.length()) return US;
 766       else if ( strModality.find("VF") < strModality.length()) return VF;
 767       else if ( strModality.find("XA") < strModality.length()) return XA;
 768       else if ( strModality.find("XC") < strModality.length()) return XC;
 769
 770       else
 771       {
 772          /// \todo throw error return value ???
 773          /// specified <> unknow in our database
 774          return Unknow;
 775       }
 776    }
 777
 778    return Unknow;
 779 }
 780
 781 /**
 782  * \brief   Retrieve the number of Bits Stored (actually used)
 783  *          (as opposite to number of Bits Allocated)
 784  * @return  The encountered number of Bits Stored, 0 by default.
 785  *          0 means the file is NOT USABLE. The caller has to check it !
 786  */
 787 int Header::GetBitsStored()
 788 {
 789    std::string strSize = GetEntry( 0x0028, 0x0101 );
 790    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 791    {
 792       gdcmVerboseMacro("(0028,0101) is supposed to be mandatory");
 793       return 0;  // It's supposed to be mandatory
 794                  // the caller will have to check
 795    }
 796    return atoi( strSize.c_str() );
 797 }
 798
 799 /**
 800  * \brief   Retrieve the high bit position.
 801  * \warning The method defaults to 0 when information is Missing.
 802  *          The responsability of checking this value is left to the caller.
 803  * @return  The high bit positin when present. 0 when Missing.
 804  */
 805 int Header::GetHighBitPosition()
 806 {
 807    std::string strSize = GetEntry( 0x0028, 0x0102 );
 808    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 809    {
 810       gdcmVerboseMacro( "(0028,0102) is supposed to be mandatory");
 811       return 0;
 812    }
 813    return atoi( strSize.c_str() );
 814 }
 815
 816 /**
 817  * \brief   Check wether the pixels are signed or UNsigned data.
 818  * \warning The method defaults to false (UNsigned) when information is Missing.
 819  *          The responsability of checking this value is left to the caller.
 820  * @return  True when signed, false when UNsigned
 821  */
 822 bool Header::IsSignedPixelData()
 823 {
 824    std::string strSize = GetEntry( 0x0028, 0x0103 );
 825    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 826    {
 827       gdcmVerboseMacro( "(0028,0103) is supposed to be mandatory");
 828       return false;
 829    }
 830    int sign = atoi( strSize.c_str() );
 831    if ( sign == 0 )
 832    {
 833       return false;
 834    }
 835    return true;
 836 }
 837
 838 /**
 839  * \brief   Retrieve the number of Bits Allocated
 840  *          (8, 12 -compacted ACR-NEMA files, 16, ...)
 841  * @return  The encountered number of Bits Allocated, 0 by default.
 842  *          0 means the file is NOT USABLE. The caller has to check it !
 843  */
 844 int Header::GetBitsAllocated()
 845 {
 846    std::string strSize = GetEntry(0x0028,0x0100);
 847    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 848    {
 849       gdcmVerboseMacro( "(0028,0100) is supposed to be mandatory");
 850       return 0; // It's supposed to be mandatory
 851                 // the caller will have to check
 852    }
 853    return atoi( strSize.c_str() );
 854 }
 855
 856 /**
 857  * \brief   Retrieve the number of Samples Per Pixel
 858  *          (1 : gray level, 3 : RGB -1 or 3 Planes-)
 859  * @return  The encountered number of Samples Per Pixel, 1 by default.
 860  *          (Gray level Pixels)
 861  */
 862 int Header::GetSamplesPerPixel()
 863 {
 864    const std::string& strSize = GetEntry(0x0028,0x0002);
 865    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 866    {
 867       gdcmVerboseMacro( "(0028,0002) is supposed to be mandatory");
 868       return 1; // Well, it's supposed to be mandatory ...
 869                 // but sometimes it's missing : *we* assume Gray pixels
 870    }
 871    return atoi( strSize.c_str() );
 872 }
 873
 874 /**
 875  * \brief   Check wether this a monochrome picture or not by accessing
 876  *          the "Photometric Interpretation" tag ( 0x0028, 0x0004 ).
 877  * @return  true when "MONOCHROME1" or "MONOCHROME2". False otherwise.
 878  */
 879 bool Header::IsMonochrome()
 880 {
 881    const std::string& PhotometricInterp = GetEntry( 0x0028, 0x0004 );
 882    if (  Util::DicomStringEqual(PhotometricInterp, "MONOCHROME1")
 883       || Util::DicomStringEqual(PhotometricInterp, "MONOCHROME2") )
 884    {
 885       return true;
 886    }
 887    if ( PhotometricInterp == GDCM_UNFOUND )
 888    {
 889       gdcmVerboseMacro( "Not found : Photometric Interpretation (0028,0004)");
 890    }
 891    return false;
 892 }
 893
 894 /**
 895  * \brief   Check wether this a "PALETTE COLOR" picture or not by accessing
 896  *          the "Photometric Interpretation" tag ( 0x0028, 0x0004 ).
 897  * @return  true when "PALETTE COLOR". False otherwise.
 898  */
 899 bool Header::IsPaletteColor()
 900 {
 901    std::string PhotometricInterp = GetEntry( 0x0028, 0x0004 );
 902    if (   PhotometricInterp == "PALETTE COLOR " )
 903    {
 904       return true;
 905    }
 906    if ( PhotometricInterp == GDCM_UNFOUND )
 907    {
 908       gdcmVerboseMacro( "Not found : Palette color (0028,0004)");
 909    }
 910    return false;
 911 }
 912
 913 /**
 914  * \brief   Check wether this a "YBR_FULL" color picture or not by accessing
 915  *          the "Photometric Interpretation" tag ( 0x0028, 0x0004 ).
 916  * @return  true when "YBR_FULL". False otherwise.
 917  */
 918 bool Header::IsYBRFull()
 919 {
 920    std::string PhotometricInterp = GetEntry( 0x0028, 0x0004 );
 921    if (   PhotometricInterp == "YBR_FULL" )
 922    {
 923       return true;
 924    }
 925    if ( PhotometricInterp == GDCM_UNFOUND )
 926    {
 927       gdcmVerboseMacro( "Not found : YBR Full (0028,0004)");
 928    }
 929    return false;
 930 }
 931
 932 /**
 933  * \brief   Retrieve the Planar Configuration for RGB images
 934  *          (0 : RGB Pixels , 1 : R Plane + G Plane + B Plane)
 935  * @return  The encountered Planar Configuration, 0 by default.
 936  */
 937 int Header::GetPlanarConfiguration()
 938 {
 939    std::string strSize = GetEntry(0x0028,0x0006);
 940    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 941    {
 942       gdcmVerboseMacro( "Not found : Planar Configuration (0028,0006)");
 943       return 0;
 944    }
 945    return atoi( strSize.c_str() );
 946 }
 947
 948 /**
 949  * \brief   Return the size (in bytes) of a single pixel of data.
 950  * @return  The size in bytes of a single pixel of data; 0 by default
 951  *          0 means the file is NOT USABLE; the caller will have to check
 952  */
 953 int Header::GetPixelSize()
 954 {
 955    // 0028 0100 US IMG Bits Allocated
 956    // (in order no to be messed up by old RGB images)
 957    //   if (Header::GetEntry(0x0028,0x0100) == "24")
 958    //      return 3;
 959
 960    std::string pixelType = GetPixelType();
 961    if ( pixelType ==  "8U" || pixelType == "8S" )
 962    {
 963       return 1;
 964    }
 965    if ( pixelType == "16U" || pixelType == "16S")
 966    {
 967       return 2;
 968    }
 969    if ( pixelType == "32U" || pixelType == "32S")
 970    {
 971       return 4;
 972    }
 973    if ( pixelType == "FD" )
 974    {
 975       return 8;
 976    }
 977    gdcmVerboseMacro( "Unknown pixel type");
 978    return 0;
 979 }
 980
 981 /**
 982  * \brief   Build the Pixel Type of the image.
 983  *          Possible values are:
 984  *          - 8U  unsigned  8 bit,
 985  *          - 8S    signed  8 bit,
 986  *          - 16U unsigned 16 bit,
 987  *          - 16S   signed 16 bit,
 988  *          - 32U unsigned 32 bit,
 989  *          - 32S   signed 32 bit,
 990  *          - FD floating double 64 bits (Not kosher DICOM, but so usefull!)
 991  * \warning 12 bit images appear as 16 bit.
 992  *          24 bit images appear as 8 bit
 993  * @return  0S if nothing found. NOT USABLE file. The caller has to check
 994  */
 995 std::string Header::GetPixelType()
 996 {
 997    std::string bitsAlloc = GetEntry(0x0028, 0x0100); // Bits Allocated
 998    if ( bitsAlloc == GDCM_UNFOUND )
 999    {
1000       gdcmVerboseMacro( "Missing  Bits Allocated (0028,0100)");
1001       bitsAlloc = "16";
1002    }
1003
1004    if ( bitsAlloc == "64" )
1005    {
1006       return "FD";
1007    }
1008    else if ( bitsAlloc == "12" )
1009    {
1010       // It will be unpacked
1011       bitsAlloc = "16";
1012    }
1013    else if ( bitsAlloc == "24" )
1014    {
1015       // (in order no to be messed up
1016       bitsAlloc = "8";  // by old RGB images)
1017    }
1018
1019    std::string sign = GetEntry(0x0028, 0x0103);//"Pixel Representation"
1020
1021    if (sign == GDCM_UNFOUND )
1022    {
1023       gdcmVerboseMacro( "Missing Pixel Representation (0028,0103)");
1024       bitsAlloc = "0";
1025    }
1026    else if ( sign == "0" )
1027    {
1028       sign = "U";
1029    }
1030    else
1031    {
1032       sign = "S";
1033    }
1034    return bitsAlloc + sign;
1035 }
1036
1037
1038 /**
1039  * \brief   Recover the offset (from the beginning of the file)
1040  *          of *image* pixels (not *icone image* pixels, if any !)
1041  * @return Pixel Offset
1042  */
1043 size_t Header::GetPixelOffset()
1044 {
1045    DocEntry* pxlElement = GetDocEntry(GrPixel,NumPixel);
1046    if ( pxlElement )
1047    {
1048       return pxlElement->GetOffset();
1049    }
1050    else
1051    {
1052 #ifdef GDCM_DEBUG
1053       std::cout << "Big trouble : Pixel Element ("
1054                 << std::hex << GrPixel<<","<< NumPixel<< ") NOT found"
1055                 << std::endl;
1056 #endif //GDCM_DEBUG
1057       return 0;
1058    }
1059 }
1060
1061 /// \todo TODO : unify those two (previous one and next one)
1062 /**
1063  * \brief   Recover the pixel area length (in Bytes)
1064  * @return Pixel Element Length, as stored in the header
1065  *         (NOT the memory space necessary to hold the Pixels
1066  *          -in case of embeded compressed image-)
1067  *         0 : NOT USABLE file. The caller has to check.
1068  */
1069 size_t Header::GetPixelAreaLength()
1070 {
1071    DocEntry* pxlElement = GetDocEntry(GrPixel,NumPixel);
1072    if ( pxlElement )
1073    {
1074       return pxlElement->GetLength();
1075    }
1076    else
1077    {
1078 #ifdef GDCM_DEBUG
1079       std::cout << "Big trouble : Pixel Element ("
1080                 << std::hex << GrPixel<<","<< NumPixel<< ") NOT found"
1081                 << std::endl;
1082 #endif //GDCM_DEBUG
1083       return 0;
1084    }
1085 }
1086
1087 /**
1088   * \brief tells us if LUT are used
1089   * \warning Right now, 'Segmented xxx Palette Color Lookup Table Data'
1090   *          are NOT considered as LUT, since nobody knows
1091   *          how to deal with them
1092   *          Please warn me if you know sbdy that *does* know ... jprx
1093   * @return true if LUT Descriptors and LUT Tables were found
1094   */
1095 bool Header::HasLUT()
1096 {
1097    // Check the presence of the LUT Descriptors, and LUT Tables
1098    // LutDescriptorRed
1099    if ( !GetDocEntry(0x0028,0x1101) )
1100    {
1101       return false;
1102    }
1103    // LutDescriptorGreen
1104    if ( !GetDocEntry(0x0028,0x1102) )
1105    {
1106       return false;
1107    }
1108    // LutDescriptorBlue
1109    if ( !GetDocEntry(0x0028,0x1103) )
1110    {
1111       return false;
1112    }
1113    // Red Palette Color Lookup Table Data
1114    if ( !GetDocEntry(0x0028,0x1201) )
1115    {
1116       return false;
1117    }
1118    // Green Palette Color Lookup Table Data
1119    if ( !GetDocEntry(0x0028,0x1202) )
1120    {
1121       return false;
1122    }
1123    // Blue Palette Color Lookup Table Data
1124    if ( !GetDocEntry(0x0028,0x1203) )
1125    {
1126       return false;
1127    }
1128
1129    // FIXME : (0x0028,0x3006) : LUT Data (CTX dependent)
1130    //         NOT taken into account, but we don't know how to use it ...
1131    return true;
1132 }
1133
1134 /**
1135   * \brief gets the info from 0028,1101 : Lookup Table Desc-Red
1136   *             else 0
1137   * @return Lookup Table number of Bits , 0 by default
1138   *          when (0028,0004),Photometric Interpretation = [PALETTE COLOR ]
1139   * @ return bit number of each LUT item
1140   */
1141 int Header::GetLUTNbits()
1142 {
1143    std::vector<std::string> tokens;
1144    int lutNbits;
1145
1146    //Just hope Lookup Table Desc-Red = Lookup Table Desc-Red
1147    //                                = Lookup Table Desc-Blue
1148    // Consistency already checked in GetLUTLength
1149    std::string lutDescription = GetEntry(0x0028,0x1101);
1150    if ( lutDescription == GDCM_UNFOUND )
1151    {
1152       return 0;
1153    }
1154
1155    tokens.clear(); // clean any previous value
1156    Util::Tokenize ( lutDescription, tokens, "\\" );
1157    //LutLength=atoi(tokens[0].c_str());
1158    //LutDepth=atoi(tokens[1].c_str());
1159
1160    lutNbits = atoi( tokens[2].c_str() );
1161    tokens.clear();
1162
1163    return lutNbits;
1164 }
1165
1166 /**
1167  * \brief Accesses the info from 0002,0010 : Transfert Syntax and TS
1168  *        else 1.
1169  * @return The full Transfert Syntax Name (as opposed to Transfert Syntax UID)
1170  */
1171 std::string Header::GetTransfertSyntaxName()
1172 {
1173    // use the TS (TS : Transfert Syntax)
1174    std::string transfertSyntax = GetEntry(0x0002,0x0010);
1175
1176    if ( transfertSyntax == GDCM_NOTLOADED )
1177    {
1178       gdcmVerboseMacro( "Transfert Syntax not loaded. " << std::endl
1179                << "Better you increase MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE" );
1180       return "Uncompressed ACR-NEMA";
1181    }
1182    if ( transfertSyntax == GDCM_UNFOUND )
1183    {
1184       gdcmVerboseMacro( "Unfound Transfert Syntax (0002,0010)");
1185       return "Uncompressed ACR-NEMA";
1186    }
1187
1188    while ( ! isdigit((unsigned char)transfertSyntax[transfertSyntax.length()-1]) )
1189    {
1190       transfertSyntax.erase(transfertSyntax.length()-1, 1);
1191    }
1192    // we do it only when we need it
1193    TS* ts         = Global::GetTS();
1194    std::string tsName = ts->GetValue( transfertSyntax );
1195
1196    //delete ts; /// \todo Seg Fault when deleted ?!
1197    return tsName;
1198 }
1199
1200 //-----------------------------------------------------------------------------
1201 // Protected
1202
1203 /**
1204  * \brief anonymize a Header (removes Patient's personal info)
1205  *        (read the code to see which ones ...)
1206  */
1207 bool Header::AnonymizeHeader()
1208 {
1209    // If exist, replace by spaces
1210    SetEntry ("  ",0x0010, 0x2154); // Telephone
1211    SetEntry ("  ",0x0010, 0x1040); // Adress
1212    SetEntry ("  ",0x0010, 0x0020); // Patient ID
1213
1214    DocEntry* patientNameHE = GetDocEntry (0x0010, 0x0010);
1215
1216    if ( patientNameHE ) // we replace it by Study Instance UID (why not)
1217    {
1218       std::string studyInstanceUID =  GetEntry (0x0020, 0x000d);
1219       if ( studyInstanceUID != GDCM_UNFOUND )
1220       {
1221          ReplaceOrCreate(studyInstanceUID, 0x0010, 0x0010);
1222       }
1223       else
1224       {
1225          ReplaceOrCreate("anonymised", 0x0010, 0x0010);
1226       }
1227    }
1228
1229   // Just for fun :-(
1230   // (if any) remove or replace all the stuff that contains a Date
1231
1232 //0008 0012 DA ID Instance Creation Date
1233 //0008 0020 DA ID Study Date
1234 //0008 0021 DA ID Series Date
1235 //0008 0022 DA ID Acquisition Date
1236 //0008 0023 DA ID Content Date
1237 //0008 0024 DA ID Overlay Date
1238 //0008 0025 DA ID Curve Date
1239 //0008 002a DT ID Acquisition Datetime
1240 //0018 9074 DT ACQ Frame Acquisition Datetime
1241 //0018 9151 DT ACQ Frame Reference Datetime
1242 //0018 a002 DT ACQ Contribution Date Time
1243 //0020 3403 SH REL Modified Image Date (RET)
1244 //0032 0032 DA SDY Study Verified Date
1245 //0032 0034 DA SDY Study Read Date
1246 //0032 1000 DA SDY Scheduled Study Start Date
1247 //0032 1010 DA SDY Scheduled Study Stop Date
1248 //0032 1040 DA SDY Study Arrival Date
1249 //0032 1050 DA SDY Study Completion Date
1250 //0038 001a DA VIS Scheduled Admission Date
1251 //0038 001c DA VIS Scheduled Discharge Date
1252 //0038 0020 DA VIS Admitting Date
1253 //0038 0030 DA VIS Discharge Date
1254 //0040 0002 DA PRC Scheduled Procedure Step Start Date
1255 //0040 0004 DA PRC Scheduled Procedure Step End Date
1256 //0040 0244 DA PRC Performed Procedure Step Start Date
1257 //0040 0250 DA PRC Performed Procedure Step End Date
1258 //0040 2004 DA PRC Issue Date of Imaging Service Request
1259 //0040 4005 DT PRC Scheduled Procedure Step Start Date and Time
1260 //0040 4011 DT PRC Expected Completion Date and Time
1261 //0040 a030 DT PRC Verification Date Time
1262 //0040 a032 DT PRC Observation Date Time
1263 //0040 a120 DT PRC DateTime
1264 //0040 a121 DA PRC Date
1265 //0040 a13a DT PRC Referenced Datetime
1266 //0070 0082 DA ??? Presentation Creation Date
1267 //0100 0420 DT ??? SOP Autorization Date and Time
1268 //0400 0105 DT ??? Digital Signature DateTime
1269 //2100 0040 DA PJ Creation Date
1270 //3006 0008 DA SSET Structure Set Date
1271 //3008 0024 DA ??? Treatment Control Point Date
1272 //3008 0054 DA ??? First Treatment Date
1273 //3008 0056 DA ??? Most Recent Treatment Date
1274 //3008 0162 DA ??? Safe Position Exit Date
1275 //3008 0166 DA ??? Safe Position Return Date
1276 //3008 0250 DA ??? Treatment Date
1277 //300a 0006 DA RT RT Plan Date
1278 //300a 022c DA RT Air Kerma Rate Reference Date
1279 //300e 0004 DA RT Review Date
1280
1281    return true;
1282 }
1283
1284 /**
1285   * \brief gets the info from 0020,0037 : Image Orientation Patient
1286   * @param iop adress of the (6)float aray to receive values
1287   * @return cosines of image orientation patient
1288   */
1289 void Header::GetImageOrientationPatient( float iop[6] )
1290 {
1291    std::string strImOriPat;
1292    //iop is supposed to be float[6]
1293    iop[0] = iop[1] = iop[2] = iop[3] = iop[4] = iop[5] = 0.;
1294
1295    // 0020 0037 DS REL Image Orientation (Patient)
1296    if ( (strImOriPat = GetEntry(0x0020,0x0037)) != GDCM_UNFOUND )
1297    {
1298       if( sscanf( strImOriPat.c_str(), "%f\\%f\\%f\\%f\\%f\\%f",
1299           &iop[0], &iop[1], &iop[2], &iop[3], &iop[4], &iop[5]) != 6 )
1300       {
1301          gdcmVerboseMacro( "Wrong Image Orientation Patient (0020,0037). Less than 6 values were found." );
1302       }
1303    }
1304    //For ACR-NEMA
1305    // 0020 0035 DS REL Image Orientation (RET)
1306    else if ( (strImOriPat = GetEntry(0x0020,0x0035)) != GDCM_UNFOUND )
1307    {
1308       if( sscanf( strImOriPat.c_str(), "%f\\%f\\%f\\%f\\%f\\%f",
1309           &iop[0], &iop[1], &iop[2], &iop[3], &iop[4], &iop[5]) != 6 )
1310       {
1311          gdcmVerboseMacro( "wrong Image Orientation Patient (0020,0035). Less than 6 values were found." );
1312       }
1313    }
1314 }
1315
1316 /**
1317  * \brief Initialize a default DICOM header that should contain all the
1318  *        field require by other reader. DICOM standard does not
1319  *        explicitely defines those fields, heuristic has been choosen.
1320  *        This is not perfect as we are writting a CT image...
1321  */
1322 void Header::InitializeDefaultHeader()
1323 {
1324    typedef struct
1325    {
1326       const char *value;
1327       uint16_t group;
1328       uint16_t elem;
1329    } DICOM_DEFAULT_VALUE;
1330
1331    std::string date = Util::GetCurrentDate();
1332    std::string time = Util::GetCurrentTime();
1333    std::string uid = Util::CreateUniqueUID();
1334    std::string uidMedia = uid;
1335    std::string uidClass = uid + ".1";
1336    std::string uidInst  = uid + ".10";
1337    std::string uidStudy = uid + ".100";
1338    std::string uidSerie = uid + ".1000";
1339
1340    static DICOM_DEFAULT_VALUE defaultvalue[] = {
1341     { "146 ",                      0x0002, 0x0000}, // Meta Element Group Length // FIXME: how to recompute ?
1342     { "1.2.840.10008.5.1.4.1.1.2", 0x0002, 0x0002}, // Media Storage SOP Class UID (CT Image Storage)
1343     { uidClass.c_str(),            0x0002, 0x0003}, // Media Storage SOP Instance UID
1344     { uidClass.c_str(),            0x0002, 0x0012}, // META Implementation Class UID
1345     { "GDCM",                      0x0002, 0x0016}, // Source Application Entity Title
1346
1347     { date.c_str(),                0x0008, 0x0012}, // Instance Creation Date
1348     { time.c_str(),                0x0008, 0x0013}, // Instance Creation Time
1349     { "1.2.840.10008.5.1.4.1.1.2", 0x0008, 0x0016}, // SOP Class UID
1350     { uidInst.c_str(),             0x0008, 0x0018}, // SOP Instance UID
1351     { "CT",                        0x0008, 0x0060}, // Modality
1352     { "GDCM",                      0x0008, 0x0070}, // Manufacturer
1353     { "GDCM",                      0x0008, 0x0080}, // Institution Name
1354     { "http://www-creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm", 0x0008, 0x0081},  // Institution Address
1355
1356     { "GDCM",                      0x0010, 0x0010}, // Patient's Name
1357     { "GDCMID",                    0x0010, 0x0020}, // Patient ID
1358
1359     { uidStudy.c_str(),            0x0020, 0x000d}, // Study Instance UID
1360     { uidSerie.c_str(),            0x0020, 0x000e}, // Series Instance UID
1361     { "1",                         0x0020, 0x0010}, // StudyID
1362     { "1",                         0x0020, 0x0011}, // SeriesNumber
1363
1364     { "1",                         0x0028, 0x0002}, // Samples per pixel 1 or 3
1365     { "MONOCHROME1",               0x0028, 0x0004}, // photochromatic interpretation
1366     { "0",                         0x0028, 0x0010}, // nbRows
1367     { "0",                         0x0028, 0x0011}, // nbCols
1368     { "8",                         0x0028, 0x0100}, // BitsAllocated 8 or 12 or 16
1369     { "8",                         0x0028, 0x0101}, // BitsStored    <= BitsAllocated
1370     { "7",                         0x0028, 0x0102}, // HighBit       <= BitsAllocated - 1
1371     { "0",                         0x0028, 0x0103}, // Pixel Representation 0(unsigned) or 1(signed)
1372     { 0, 0, 0 }
1373    };
1374
1375    // default value
1376    // Special case this is the image (not a string)
1377    GrPixel = 0x7fe0;
1378    NumPixel = 0x0010;
1379    ReplaceOrCreate(0, 0, GrPixel, NumPixel);
1380
1381    // All remaining strings:
1382    unsigned int i = 0;
1383    DICOM_DEFAULT_VALUE current = defaultvalue[i];
1384    while( current.value )
1385    {
1386       ReplaceOrCreate(current.value, current.group, current.elem);
1387       current = defaultvalue[++i];
1388    }
1389 }
1390
1391
1392 //-----------------------------------------------------------------------------
1393 // Private
1394
1395 //-----------------------------------------------------------------------------
1396
1397 } // end namespace gdcm