src/gdcmHeader.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: gdcmHeader.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/01/06 15:36:48 $
   7   Version:   $Revision: 1.220 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #include "gdcmHeader.h"
  20 #include "gdcmGlobal.h"
  21 #include "gdcmUtil.h"
  22 #include "gdcmDebug.h"
  23 #include "gdcmTS.h"
  24 #include "gdcmValEntry.h"
  25 #include <stdio.h> //sscanf
  26
  27 #include <vector>
  28
  29 namespace gdcm
  30 {
  31 //-----------------------------------------------------------------------------
  32 // Constructor / Destructor
  33 /**
  34  * \brief  Constructor
  35  * @param  filename name of the file whose header we want to analyze
  36  */
  37 Header::Header( std::string const & filename ):
  38             Document( filename )
  39 {
  40    // for some ACR-NEMA images GrPixel, NumPixel is *not* 7fe0,0010
  41    // We may encounter the 'RETired' (0x0028, 0x0200) tag
  42    // (Image Location") . This Element contains the number of
  43    // the group that contains the pixel data (hence the "Pixel Data"
  44    // is found by indirection through the "Image Location").
  45    // Inside the group pointed by "Image Location" the searched element
  46    // is conventionally the element 0x0010 (when the norm is respected).
  47    // When the "Image Location" is absent we default to group 0x7fe0.
  48    // Note: this IS the right place for the code
  49
  50    // Image Location
  51    const std::string &imgLocation = GetEntryByNumber(0x0028, 0x0200);
  52    if ( imgLocation == GDCM_UNFOUND )
  53    {
  54       // default value
  55       GrPixel = 0x7fe0;
  56    }
  57    else
  58    {
  59       GrPixel = (uint16_t) atoi( imgLocation.c_str() );
  60    }
  61
  62    // sometimes Image Location value doesn't follow
  63    // the supposed processor endianity.
  64    // see gdcmData/cr172241.dcm
  65    if ( GrPixel == 0xe07f )
  66    {
  67       GrPixel = 0x7fe0;
  68    }
  69
  70    if ( GrPixel != 0x7fe0 )
  71    {
  72       // This is a kludge for old dirty Philips imager.
  73       NumPixel = 0x1010;
  74    }
  75    else
  76    {
  77       NumPixel = 0x0010;
  78    }
  79
  80    // Now, we know GrPixel and NumPixel.
  81    // Let's create a VirtualDictEntry to allow a further VR modification
  82    // and force VR to match with BitsAllocated.
  83
  84    DocEntry* entry = GetDocEntryByNumber(GrPixel, NumPixel);
  85    if ( entry != 0 )
  86    {
  87
  88       std::string PixelVR;
  89       // 8 bits allocated is a 'O Bytes' , as well as 24 (old ACR-NEMA RGB)
  90       // more than 8 (i.e 12, 16) is a 'O Words'
  91       if ( GetBitsAllocated() == 8 || GetBitsAllocated() == 24 )
  92          PixelVR = "OB";
  93       else
  94          PixelVR = "OW";
  95
  96       DictEntry* newEntry = NewVirtualDictEntry(
  97                              GrPixel, NumPixel,
  98                              PixelVR, "PXL", "Pixel Data");
  99
 100       entry->SetDictEntry( newEntry );
 101    }
 102 }
 103
 104 /**
 105  * \brief Constructor used when we want to generate dicom files from scratch
 106  */
 107 Header::Header()
 108            :Document()
 109 {
 110    InitializeDefaultHeader();
 111 }
 112
 113 /**
 114  * \brief   Canonical destructor.
 115  */
 116 Header::~Header ()
 117 {
 118 }
 119
 120 /**
 121  * \brief Performs some consistency checking on various 'File related'
 122  *       (as opposed to 'DicomDir related') entries
 123  *       then writes in a file all the (Dicom Elements) included the Pixels
 124  * @param fp file pointer on an already open file
 125  * @param filetype Type of the File to be written
 126  *          (ACR-NEMA, ExplicitVR, ImplicitVR)
 127  */
 128 bool Header::Write(std::string fileName, FileType filetype)
 129 {
 130    std::ofstream* fp = new std::ofstream(fileName.c_str(),
 131                                          std::ios::out | std::ios::binary);
 132    if (*fp == NULL)
 133    {
 134       dbg.Verbose(2, "Failed to open (write) File: " , fileName.c_str());
 135       return false;
 136    }
 137
 138    // Bits Allocated
 139    if ( GetEntryByNumber(0x0028,0x0100) ==  "12")
 140    {
 141       SetEntryByNumber("16", 0x0028,0x0100);
 142    }
 143
 144   /// \todo correct 'Pixel group' Length if necessary
 145
 146    int i_lgPix = GetEntryLengthByNumber(GrPixel, NumPixel);
 147    if (i_lgPix != -2)
 148    {
 149       // no (GrPixel, NumPixel) element
 150       std::string s_lgPix = Util::Format("%d", i_lgPix+12);
 151       s_lgPix = Util::DicomString( s_lgPix.c_str() );
 152       ReplaceOrCreateByNumber(s_lgPix,GrPixel, 0x0000);
 153    }
 154
 155    // FIXME : should be nice if we could move it to File
 156    //         (or in future gdcmPixelData class)
 157
 158    // Drop Palette Color, if necessary
 159
 160    if ( GetEntryByNumber(0x0028,0x0002).c_str()[0] == '3' )
 161    {
 162       // if SamplesPerPixel = 3, sure we don't need any LUT !
 163       // Drop 0028|1101, 0028|1102, 0028|1103
 164       // Drop 0028|1201, 0028|1202, 0028|1203
 165
 166       DocEntry* e = GetDocEntryByNumber(0x0028,0x01101);
 167       if (e)
 168       {
 169          RemoveEntryNoDestroy(e);
 170       }
 171       e = GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1102);
 172       if (e)
 173       {
 174          RemoveEntryNoDestroy(e);
 175       }
 176       e = GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1103);
 177       if (e)
 178       {
 179          RemoveEntryNoDestroy(e);
 180       }
 181       e = GetDocEntryByNumber(0x0028,0x01201);
 182       if (e)
 183       {
 184          RemoveEntryNoDestroy(e);
 185       }
 186       e = GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1202);
 187       if (e)
 188       {
 189          RemoveEntryNoDestroy(e);
 190       }
 191       e = GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1203);
 192       if (e)
 193       {
 194           RemoveEntryNoDestroy(e);
 195       }
 196    }
 197    Document::WriteContent(fp,filetype);
 198
 199    fp->close();
 200    delete fp;
 201
 202    return true;
 203 }
 204
 205 //-----------------------------------------------------------------------------
 206 // Print
 207
 208
 209 //-----------------------------------------------------------------------------
 210 // Public
 211
 212 /**
 213  * \brief  This predicate, based on hopefully reasonable heuristics,
 214  *         decides whether or not the current Header was properly parsed
 215  *         and contains the mandatory information for being considered as
 216  *         a well formed and usable Dicom/Acr File.
 217  * @return true when Header is the one of a reasonable Dicom/Acr file,
 218  *         false otherwise.
 219  */
 220 bool Header::IsReadable()
 221 {
 222    if( !Document::IsReadable() )
 223    {
 224       return false;
 225    }
 226
 227    const std::string &res = GetEntryByNumber(0x0028, 0x0005);
 228    if ( res != GDCM_UNFOUND && atoi(res.c_str()) > 4 )
 229    {
 230       return false; // Image Dimensions
 231    }
 232    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028, 0x0100) )
 233    {
 234       return false; // "Bits Allocated"
 235    }
 236    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028, 0x0101) )
 237    {
 238       return false; // "Bits Stored"
 239    }
 240    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028, 0x0102) )
 241    {
 242       return false; // "High Bit"
 243    }
 244    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028, 0x0103) )
 245    {
 246       return false; // "Pixel Representation" i.e. 'Sign'
 247    }
 248
 249    return true;
 250 }
 251
 252 /**
 253  * \brief   Retrieve the number of columns of image.
 254  * @return  The encountered size when found, 0 by default.
 255  *          0 means the file is NOT USABLE. The caller will have to check
 256  */
 257 int Header::GetXSize()
 258 {
 259    const std::string &strSize = GetEntryByNumber(0x0028,0x0011);
 260    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 261    {
 262       return 0;
 263    }
 264
 265    return atoi( strSize.c_str() );
 266 }
 267
 268 /**
 269  * \brief   Retrieve the number of lines of image.
 270  * \warning The defaulted value is 1 as opposed to Header::GetXSize()
 271  * @return  The encountered size when found, 1 by default
 272  *          (The ACR-NEMA file contains a Signal, not an Image).
 273  */
 274 int Header::GetYSize()
 275 {
 276    const std::string &strSize = GetEntryByNumber(0x0028,0x0010);
 277    if ( strSize != GDCM_UNFOUND )
 278    {
 279       return atoi( strSize.c_str() );
 280    }
 281    if ( IsDicomV3() )
 282    {
 283       return 0;
 284    }
 285
 286    // The Rows (0028,0010) entry was optional for ACR/NEMA. It might
 287    // hence be a signal (1D image). So we default to 1:
 288    return 1;
 289 }
 290
 291 /**
 292  * \brief   Retrieve the number of planes of volume or the number
 293  *          of frames of a multiframe.
 294  * \warning When present we consider the "Number of Frames" as the third
 295  *          dimension. When absent we consider the third dimension as
 296  *          being the ACR-NEMA "Planes" tag content.
 297  * @return  The encountered size when found, 1 by default (single image).
 298  */
 299 int Header::GetZSize()
 300 {
 301    // Both  DicomV3 and ACR/Nema consider the "Number of Frames"
 302    // as the third dimension.
 303    const std::string &strSize = GetEntryByNumber(0x0028,0x0008);
 304    if ( strSize != GDCM_UNFOUND )
 305    {
 306       return atoi( strSize.c_str() );
 307    }
 308
 309    // We then consider the "Planes" entry as the third dimension
 310    const std::string &strSize2 = GetEntryByNumber(0x0028,0x0012);
 311    if ( strSize2 != GDCM_UNFOUND )
 312    {
 313       return atoi( strSize2.c_str() );
 314    }
 315
 316    return 1;
 317 }
 318
 319 /**
 320   * \brief gets the info from 0028,0030 : Pixel Spacing
 321   *             else 1.0
 322   * @return X dimension of a pixel
 323   */
 324 float Header::GetXSpacing()
 325 {
 326    float xspacing, yspacing;
 327    const std::string &strSpacing = GetEntryByNumber(0x0028,0x0030);
 328
 329    if ( strSpacing == GDCM_UNFOUND )
 330    {
 331       dbg.Verbose(0, "Header::GetXSpacing: unfound Pixel Spacing (0028,0030)");
 332       return 1.;
 333    }
 334
 335    int nbValues;
 336    if( ( nbValues = sscanf( strSpacing.c_str(),
 337          "%f\\%f", &yspacing, &xspacing)) != 2 )
 338    {
 339       // if single value is found, xspacing is defaulted to yspacing
 340       if ( nbValues == 1 )
 341       {
 342          xspacing = yspacing;
 343       }
 344
 345       if ( xspacing == 0.0 )
 346          xspacing = 1.0;
 347
 348       return xspacing;
 349
 350    }
 351
 352    // to avoid troubles with David Clunie's-like images
 353    if ( xspacing == 0. && yspacing == 0.)
 354       return 1.;
 355
 356    if ( xspacing == 0.)
 357    {
 358       dbg.Verbose(0, "Header::GetXSpacing: gdcmData/CT-MONO2-8-abdo.dcm problem");
 359       // seems to be a bug in the header ...
 360       nbValues = sscanf( strSpacing.c_str(), "%f\\0\\%f", &yspacing, &xspacing);
 361       assert( nbValues == 2 );
 362    }
 363
 364    return xspacing;
 365 }
 366
 367 /**
 368   * \brief gets the info from 0028,0030 : Pixel Spacing
 369   *             else 1.0
 370   * @return Y dimension of a pixel
 371   */
 372 float Header::GetYSpacing()
 373 {
 374    float yspacing = 1.;
 375    std::string strSpacing = GetEntryByNumber(0x0028,0x0030);
 376
 377    if ( strSpacing == GDCM_UNFOUND )
 378    {
 379       dbg.Verbose(0, "Header::GetYSpacing: unfound Pixel Spacing (0028,0030)");
 380       return 1.;
 381     }
 382
 383    // if sscanf cannot read any float value, it won't affect yspacing
 384    sscanf( strSpacing.c_str(), "%f", &yspacing);
 385
 386    if ( yspacing == 0.0 )
 387       yspacing = 1.0;
 388
 389    return yspacing;
 390 }
 391
 392 /**
 393  * \brief gets the info from 0018,0088 : Space Between Slices
 394  *                 else from 0018,0050 : Slice Thickness
 395  *                 else 1.0
 396  * @return Z dimension of a voxel-to be
 397  */
 398 float Header::GetZSpacing()
 399 {
 400    // Spacing Between Slices : distance entre le milieu de chaque coupe
 401    // Les coupes peuvent etre :
 402    //   jointives     (Spacing between Slices = Slice Thickness)
 403    //   chevauchantes (Spacing between Slices < Slice Thickness)
 404    //   disjointes    (Spacing between Slices > Slice Thickness)
 405    // Slice Thickness : epaisseur de tissus sur laquelle est acquis le signal
 406    //   ca interesse le physicien de l'IRM, pas le visualisateur de volumes ...
 407    //   Si le Spacing Between Slices est absent,
 408    //   on suppose que les coupes sont jointives
 409
 410    const std::string &strSpacingBSlices = GetEntryByNumber(0x0018,0x0088);
 411
 412    if ( strSpacingBSlices == GDCM_UNFOUND )
 413    {
 414       dbg.Verbose(0, "Header::GetZSpacing: unfound StrSpacingBSlices");
 415       const std::string &strSliceThickness = GetEntryByNumber(0x0018,0x0050);
 416       if ( strSliceThickness == GDCM_UNFOUND )
 417       {
 418          return 1.;
 419       }
 420       else
 421       {
 422          // if no 'Spacing Between Slices' is found,
 423          // we assume slices join together
 424          // (no overlapping, no interslice gap)
 425          // if they don't, we're fucked up
 426          return (float)atof( strSliceThickness.c_str() );
 427       }
 428    }
 429    //else
 430    return (float)atof( strSpacingBSlices.c_str() );
 431 }
 432
 433 /**
 434  *\brief gets the info from 0028,1052 : Rescale Intercept
 435  * @return Rescale Intercept
 436  */
 437 float Header::GetRescaleIntercept()
 438 {
 439    float resInter = 0.;
 440    /// 0028 1052 DS IMG Rescale Intercept
 441    const std::string &strRescInter = GetEntryByNumber(0x0028,0x1052);
 442    if ( strRescInter != GDCM_UNFOUND )
 443    {
 444       if( sscanf( strRescInter.c_str(), "%f", &resInter) != 1 )
 445       {
 446          // bug in the element 0x0028,0x1052
 447          dbg.Verbose(0, "Header::GetRescaleIntercept: Rescale Slope "
 448                         "is empty");
 449       }
 450    }
 451
 452    return resInter;
 453 }
 454
 455 /**
 456  *\brief   gets the info from 0028,1053 : Rescale Slope
 457  * @return Rescale Slope
 458  */
 459 float Header::GetRescaleSlope()
 460 {
 461    float resSlope = 1.;
 462    //0028 1053 DS IMG Rescale Slope
 463    std::string strRescSlope = GetEntryByNumber(0x0028,0x1053);
 464    if ( strRescSlope != GDCM_UNFOUND )
 465    {
 466       if( sscanf( strRescSlope.c_str(), "%f", &resSlope) != 1)
 467       {
 468          // bug in the element 0x0028,0x1053
 469          dbg.Verbose(0, "Header::GetRescaleSlope: Rescale Slope is empty");
 470       }
 471    }
 472
 473    return resSlope;
 474 }
 475
 476 /**
 477  * \brief This function is intended to user who doesn't want
 478  *   to have to manage a LUT and expects to get an RBG Pixel image
 479  *   (or a monochrome one ...)
 480  * \warning to be used with GetImagePixels()
 481  * @return 1 if Gray level, 3 if Color (RGB, YBR or PALETTE COLOR)
 482  */
 483 int Header::GetNumberOfScalarComponents()
 484 {
 485    if ( GetSamplesPerPixel() == 3 )
 486    {
 487       return 3;
 488    }
 489
 490    // 0028 0100 US IMG Bits Allocated
 491    // (in order no to be messed up by old RGB images)
 492    if ( GetEntryByNumber(0x0028,0x0100) == "24" )
 493    {
 494       return 3;
 495    }
 496
 497    std::string strPhotometricInterpretation = GetEntryByNumber(0x0028,0x0004);
 498
 499    if ( ( strPhotometricInterpretation == "PALETTE COLOR ") )
 500    {
 501       if ( HasLUT() )// PALETTE COLOR is NOT enough
 502       {
 503          return 3;
 504       }
 505       else
 506       {
 507          return 1;
 508       }
 509    }
 510
 511    // beware of trailing space at end of string
 512    // DICOM tags are never of odd length
 513    if ( strPhotometricInterpretation == GDCM_UNFOUND   ||
 514         Util::DicomStringEqual(strPhotometricInterpretation, "MONOCHROME1") ||
 515         Util::DicomStringEqual(strPhotometricInterpretation, "MONOCHROME2") )
 516    {
 517       return 1;
 518    }
 519    else
 520    {
 521       // we assume that *all* kinds of YBR are dealt with
 522       return 3;
 523    }
 524 }
 525
 526 /**
 527  * \brief This function is intended to user that DOESN'T want
 528  *  to get RGB pixels image when it's stored as a PALETTE COLOR image
 529  *   - the (vtk) user is supposed to know how deal with LUTs -
 530  * \warning to be used with GetImagePixelsRaw()
 531  * @return 1 if Gray level, 3 if Color (RGB or YBR - NOT 'PALETTE COLOR' -)
 532  */
 533 int Header::GetNumberOfScalarComponentsRaw()
 534 {
 535    // 0028 0100 US IMG Bits Allocated
 536    // (in order no to be messed up by old RGB images)
 537    if ( Header::GetEntryByNumber(0x0028,0x0100) == "24" )
 538    {
 539       return 3;
 540    }
 541
 542    // we assume that *all* kinds of YBR are dealt with
 543    return GetSamplesPerPixel();
 544 }
 545
 546 //
 547 // --------------  Remember ! ----------------------------------
 548 //
 549 // Image Position Patient                              (0020,0032):
 550 // If not found (ACR_NEMA) we try Image Position       (0020,0030)
 551 // If not found (ACR-NEMA), we consider Slice Location (0020,1041)
 552 //                                   or Location       (0020,0050)
 553 // as the Z coordinate,
 554 // 0. for all the coordinates if nothing is found
 555
 556 // \todo find a way to inform the caller nothing was found
 557 // \todo How to tell the caller a wrong number of values was found?
 558 //
 559 // ---------------------------------------------------------------
 560 //
 561
 562 /**
 563  * \brief gets the info from 0020,0032 : Image Position Patient
 564  *                 else from 0020,0030 : Image Position (RET)
 565  *                 else 0.
 566  * @return up-left image corner X position
 567  */
 568 float Header::GetXOrigin()
 569 {
 570    float xImPos, yImPos, zImPos;
 571    std::string strImPos = GetEntryByNumber(0x0020,0x0032);
 572
 573    if ( strImPos == GDCM_UNFOUND )
 574    {
 575       dbg.Verbose(0, "Header::GetXImagePosition: unfound Image "
 576                      "Position Patient (0020,0032)");
 577       strImPos = GetEntryByNumber(0x0020,0x0030); // For ACR-NEMA images
 578       if ( strImPos == GDCM_UNFOUND )
 579       {
 580          dbg.Verbose(0, "Header::GetXImagePosition: unfound Image "
 581                         "Position (RET) (0020,0030)");
 582          /// \todo How to tell the caller nothing was found ?
 583          return 0.;
 584       }
 585    }
 586
 587    if( sscanf( strImPos.c_str(), "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos) != 3 )
 588    {
 589       return 0.;
 590    }
 591
 592    return xImPos;
 593 }
 594
 595 /**
 596  * \brief gets the info from 0020,0032 : Image Position Patient
 597  *                 else from 0020,0030 : Image Position (RET)
 598  *                 else 0.
 599  * @return up-left image corner Y position
 600  */
 601 float Header::GetYOrigin()
 602 {
 603    float xImPos, yImPos, zImPos;
 604    std::string strImPos = GetEntryByNumber(0x0020,0x0032);
 605
 606    if ( strImPos == GDCM_UNFOUND)
 607    {
 608       dbg.Verbose(0, "Header::GetYImagePosition: unfound Image "
 609                      "Position Patient (0020,0032)");
 610       strImPos = GetEntryByNumber(0x0020,0x0030); // For ACR-NEMA images
 611       if ( strImPos == GDCM_UNFOUND )
 612       {
 613          dbg.Verbose(0, "Header::GetYImagePosition: unfound Image "
 614                         "Position (RET) (0020,0030)");
 615          /// \todo How to tell the caller nothing was found ?
 616          return 0.;
 617       }
 618    }
 619
 620    if( sscanf( strImPos.c_str(), "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos) != 3 )
 621    {
 622       return 0.;
 623    }
 624
 625    return yImPos;
 626 }
 627
 628 /**
 629  * \brief gets the info from 0020,0032 : Image Position Patient
 630  *                 else from 0020,0030 : Image Position (RET)
 631  *                 else from 0020,1041 : Slice Location
 632  *                 else from 0020,0050 : Location
 633  *                 else 0.
 634  * @return up-left image corner Z position
 635  */
 636 float Header::GetZOrigin()
 637 {
 638    float xImPos, yImPos, zImPos;
 639    std::string strImPos = GetEntryByNumber(0x0020,0x0032);
 640
 641    if ( strImPos != GDCM_UNFOUND )
 642    {
 643       if( sscanf( strImPos.c_str(), "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos) != 3)
 644       {
 645          dbg.Verbose(0, "Header::GetZImagePosition: wrong Image "
 646                         "Position Patient (0020,0032)");
 647          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x0032
 648       }
 649       else
 650       {
 651          return zImPos;
 652       }
 653    }
 654
 655    strImPos = GetEntryByNumber(0x0020,0x0030); // For ACR-NEMA images
 656    if ( strImPos != GDCM_UNFOUND )
 657    {
 658       if( sscanf( strImPos.c_str(),
 659           "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos ) != 3 )
 660       {
 661          dbg.Verbose(0, "Header::GetZImagePosition: wrong Image Position (RET) (0020,0030)");
 662          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x0032
 663       }
 664       else
 665       {
 666          return zImPos;
 667       }
 668    }
 669
 670    std::string strSliceLocation = GetEntryByNumber(0x0020,0x1041); // for *very* old ACR-NEMA images
 671    if ( strSliceLocation != GDCM_UNFOUND )
 672    {
 673       if( sscanf( strSliceLocation.c_str(), "%f", &zImPos) != 1)
 674       {
 675          dbg.Verbose(0, "Header::GetZImagePosition: wrong Slice Location (0020,1041)");
 676          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x1041
 677       }
 678       else
 679       {
 680          return zImPos;
 681       }
 682    }
 683    dbg.Verbose(0, "Header::GetZImagePosition: unfound Slice Location (0020,1041)");
 684
 685    std::string strLocation = GetEntryByNumber(0x0020,0x0050);
 686    if ( strLocation != GDCM_UNFOUND )
 687    {
 688       if( sscanf( strLocation.c_str(), "%f", &zImPos) != 1)
 689       {
 690          dbg.Verbose(0, "Header::GetZImagePosition: wrong Location (0020,0050)");
 691          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x0050
 692       }
 693       else
 694       {
 695          return zImPos;
 696       }
 697    }
 698    dbg.Verbose(0, "Header::GetYImagePosition: unfound Location (0020,0050)");
 699
 700    return 0.; // Hopeless
 701 }
 702
 703 /**
 704  * \brief gets the info from 0020,0013 : Image Number else 0.
 705  * @return image number
 706  */
 707 int Header::GetImageNumber()
 708 {
 709    // The function i atoi() takes the address of an area of memory as
 710    // parameter and converts the string stored at that location to an integer
 711    // using the external decimal to internal binary conversion rules. This may
 712    // be preferable to sscanf() since atoi() is a much smaller, simpler and
 713    // faster function. sscanf() can do all possible conversions whereas
 714    // atoi() can only do single decimal integer conversions.
 715    //0020 0013 IS REL Image Number
 716    std::string strImNumber = GetEntryByNumber(0x0020,0x0013);
 717    if ( strImNumber != GDCM_UNFOUND )
 718    {
 719       return atoi( strImNumber.c_str() );
 720    }
 721    return 0;   //Hopeless
 722 }
 723
 724 /**
 725  * \brief gets the info from 0008,0060 : Modality
 726  * @return Modality Type
 727  */
 728 ModalityType Header::GetModality()
 729 {
 730    // 0008 0060 CS ID Modality
 731    std::string strModality = GetEntryByNumber(0x0008,0x0060);
 732    if ( strModality != GDCM_UNFOUND )
 733    {
 734            if ( strModality.find("AU") < strModality.length()) return AU;
 735       else if ( strModality.find("AS") < strModality.length()) return AS;
 736       else if ( strModality.find("BI") < strModality.length()) return BI;
 737       else if ( strModality.find("CF") < strModality.length()) return CF;
 738       else if ( strModality.find("CP") < strModality.length()) return CP;
 739       else if ( strModality.find("CR") < strModality.length()) return CR;
 740       else if ( strModality.find("CT") < strModality.length()) return CT;
 741       else if ( strModality.find("CS") < strModality.length()) return CS;
 742       else if ( strModality.find("DD") < strModality.length()) return DD;
 743       else if ( strModality.find("DF") < strModality.length()) return DF;
 744       else if ( strModality.find("DG") < strModality.length()) return DG;
 745       else if ( strModality.find("DM") < strModality.length()) return DM;
 746       else if ( strModality.find("DS") < strModality.length()) return DS;
 747       else if ( strModality.find("DX") < strModality.length()) return DX;
 748       else if ( strModality.find("ECG") < strModality.length()) return ECG;
 749       else if ( strModality.find("EPS") < strModality.length()) return EPS;
 750       else if ( strModality.find("FA") < strModality.length()) return FA;
 751       else if ( strModality.find("FS") < strModality.length()) return FS;
 752       else if ( strModality.find("HC") < strModality.length()) return HC;
 753       else if ( strModality.find("HD") < strModality.length()) return HD;
 754       else if ( strModality.find("LP") < strModality.length()) return LP;
 755       else if ( strModality.find("LS") < strModality.length()) return LS;
 756       else if ( strModality.find("MA") < strModality.length()) return MA;
 757       else if ( strModality.find("MR") < strModality.length()) return MR;
 758       else if ( strModality.find("NM") < strModality.length()) return NM;
 759       else if ( strModality.find("OT") < strModality.length()) return OT;
 760       else if ( strModality.find("PT") < strModality.length()) return PT;
 761       else if ( strModality.find("RF") < strModality.length()) return RF;
 762       else if ( strModality.find("RG") < strModality.length()) return RG;
 763       else if ( strModality.find("RTDOSE")   < strModality.length()) return RTDOSE;
 764       else if ( strModality.find("RTIMAGE")  < strModality.length()) return RTIMAGE;
 765       else if ( strModality.find("RTPLAN")   < strModality.length()) return RTPLAN;
 766       else if ( strModality.find("RTSTRUCT") < strModality.length()) return RTSTRUCT;
 767       else if ( strModality.find("SM") < strModality.length()) return SM;
 768       else if ( strModality.find("ST") < strModality.length()) return ST;
 769       else if ( strModality.find("TG") < strModality.length()) return TG;
 770       else if ( strModality.find("US") < strModality.length()) return US;
 771       else if ( strModality.find("VF") < strModality.length()) return VF;
 772       else if ( strModality.find("XA") < strModality.length()) return XA;
 773       else if ( strModality.find("XC") < strModality.length()) return XC;
 774
 775       else
 776       {
 777          /// \todo throw error return value ???
 778          /// specified <> unknow in our database
 779          return Unknow;
 780       }
 781    }
 782
 783    return Unknow;
 784 }
 785
 786 /**
 787  * \brief   Retrieve the number of Bits Stored (actually used)
 788  *          (as opposite to number of Bits Allocated)
 789  * @return  The encountered number of Bits Stored, 0 by default.
 790  *          0 means the file is NOT USABLE. The caller has to check it !
 791  */
 792 int Header::GetBitsStored()
 793 {
 794    std::string strSize = GetEntryByNumber( 0x0028, 0x0101 );
 795    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 796    {
 797       dbg.Verbose(0, "Header::GetBitsStored: this is supposed to "
 798                      "be mandatory");
 799       return 0;  // It's supposed to be mandatory
 800                  // the caller will have to check
 801    }
 802    return atoi( strSize.c_str() );
 803 }
 804
 805 /**
 806  * \brief   Retrieve the high bit position.
 807  * \warning The method defaults to 0 when information is absent.
 808  *          The responsability of checking this value is left to the caller.
 809  * @return  The high bit positin when present. 0 when absent.
 810  */
 811 int Header::GetHighBitPosition()
 812 {
 813    std::string strSize = GetEntryByNumber( 0x0028, 0x0102 );
 814    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 815    {
 816       dbg.Verbose(0, "Header::GetHighBitPosition: this is supposed "
 817                      "to be mandatory");
 818       return 0;
 819    }
 820    return atoi( strSize.c_str() );
 821 }
 822
 823 /**
 824  * \brief   Check wether the pixels are signed or UNsigned data.
 825  * \warning The method defaults to false (UNsigned) when information is absent.
 826  *          The responsability of checking this value is left to the caller.
 827  * @return  True when signed, false when UNsigned
 828  */
 829 bool Header::IsSignedPixelData()
 830 {
 831    std::string strSize = GetEntryByNumber( 0x0028, 0x0103 );
 832    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 833    {
 834       dbg.Verbose(0, "Header::IsSignedPixelData: this is supposed "
 835                      "to be mandatory");
 836       return false;
 837    }
 838    int sign = atoi( strSize.c_str() );
 839    if ( sign == 0 )
 840    {
 841       return false;
 842    }
 843    return true;
 844 }
 845
 846 /**
 847  * \brief   Retrieve the number of Bits Allocated
 848  *          (8, 12 -compacted ACR-NEMA files, 16, ...)
 849  * @return  The encountered number of Bits Allocated, 0 by default.
 850  *          0 means the file is NOT USABLE. The caller has to check it !
 851  */
 852 int Header::GetBitsAllocated()
 853 {
 854    std::string strSize = GetEntryByNumber(0x0028,0x0100);
 855    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 856    {
 857       dbg.Verbose(0, "Header::GetBitsStored: this is supposed to "
 858                      "be mandatory");
 859       return 0; // It's supposed to be mandatory
 860                 // the caller will have to check
 861    }
 862    return atoi( strSize.c_str() );
 863 }
 864
 865 /**
 866  * \brief   Retrieve the number of Samples Per Pixel
 867  *          (1 : gray level, 3 : RGB -1 or 3 Planes-)
 868  * @return  The encountered number of Samples Per Pixel, 1 by default.
 869  *          (Gray level Pixels)
 870  */
 871 int Header::GetSamplesPerPixel()
 872 {
 873    const std::string& strSize = GetEntryByNumber(0x0028,0x0002);
 874    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 875    {
 876       dbg.Verbose(0, "Header::GetBitsStored: this is supposed to "
 877                      "be mandatory");
 878       return 1; // Well, it's supposed to be mandatory ...
 879                 // but sometimes it's missing : *we* assume Gray pixels
 880    }
 881    return atoi( strSize.c_str() );
 882 }
 883
 884 /**
 885  * \brief   Check wether this a monochrome picture or not by accessing
 886  *          the "Photometric Interpretation" tag ( 0x0028, 0x0004 ).
 887  * @return  true when "MONOCHROME1" or "MONOCHROME2". False otherwise.
 888  */
 889 bool Header::IsMonochrome()
 890 {
 891    const std::string& PhotometricInterp = GetEntryByNumber( 0x0028, 0x0004 );
 892    if (  Util::DicomStringEqual(PhotometricInterp, "MONOCHROME1")
 893       || Util::DicomStringEqual(PhotometricInterp, "MONOCHROME2") )
 894    {
 895       return true;
 896    }
 897    if ( PhotometricInterp == GDCM_UNFOUND )
 898    {
 899       dbg.Verbose(0, "Header::IsMonochrome: absent Photometric "
 900                      "Interpretation");
 901    }
 902    return false;
 903 }
 904
 905 /**
 906  * \brief   Check wether this a "PALETTE COLOR" picture or not by accessing
 907  *          the "Photometric Interpretation" tag ( 0x0028, 0x0004 ).
 908  * @return  true when "PALETTE COLOR". False otherwise.
 909  */
 910 bool Header::IsPaletteColor()
 911 {
 912    std::string PhotometricInterp = GetEntryByNumber( 0x0028, 0x0004 );
 913    if (   PhotometricInterp == "PALETTE COLOR " )
 914    {
 915       return true;
 916    }
 917    if ( PhotometricInterp == GDCM_UNFOUND )
 918    {
 919       dbg.Verbose(0, "Header::IsPaletteColor: absent Photometric "
 920                      "Interpretation");
 921    }
 922    return false;
 923 }
 924
 925 /**
 926  * \brief   Check wether this a "YBR_FULL" color picture or not by accessing
 927  *          the "Photometric Interpretation" tag ( 0x0028, 0x0004 ).
 928  * @return  true when "YBR_FULL". False otherwise.
 929  */
 930 bool Header::IsYBRFull()
 931 {
 932    std::string PhotometricInterp = GetEntryByNumber( 0x0028, 0x0004 );
 933    if (   PhotometricInterp == "YBR_FULL" )
 934    {
 935       return true;
 936    }
 937    if ( PhotometricInterp == GDCM_UNFOUND )
 938    {
 939       dbg.Verbose(0, "Header::IsYBRFull: absent Photometric "
 940                      "Interpretation");
 941    }
 942    return false;
 943 }
 944
 945 /**
 946  * \brief   Retrieve the Planar Configuration for RGB images
 947  *          (0 : RGB Pixels , 1 : R Plane + G Plane + B Plane)
 948  * @return  The encountered Planar Configuration, 0 by default.
 949  */
 950 int Header::GetPlanarConfiguration()
 951 {
 952    std::string strSize = GetEntryByNumber(0x0028,0x0006);
 953    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 954    {
 955       return 0;
 956    }
 957    return atoi( strSize.c_str() );
 958 }
 959
 960 /**
 961  * \brief   Return the size (in bytes) of a single pixel of data.
 962  * @return  The size in bytes of a single pixel of data; 0 by default
 963  *          0 means the file is NOT USABLE; the caller will have to check
 964  */
 965 int Header::GetPixelSize()
 966 {
 967    // 0028 0100 US IMG Bits Allocated
 968    // (in order no to be messed up by old RGB images)
 969    //   if (Header::GetEntryByNumber(0x0028,0x0100) == "24")
 970    //      return 3;
 971
 972    std::string pixelType = GetPixelType();
 973    if ( pixelType ==  "8U" || pixelType == "8S" )
 974    {
 975       return 1;
 976    }
 977    if ( pixelType == "16U" || pixelType == "16S")
 978    {
 979       return 2;
 980    }
 981    if ( pixelType == "32U" || pixelType == "32S")
 982    {
 983       return 4;
 984    }
 985    if ( pixelType == "FD" )
 986    {
 987       return 8;
 988    }
 989    dbg.Verbose(0, "Header::GetPixelSize: Unknown pixel type");
 990    return 0;
 991 }
 992
 993 /**
 994  * \brief   Build the Pixel Type of the image.
 995  *          Possible values are:
 996  *          - 8U  unsigned  8 bit,
 997  *          - 8S    signed  8 bit,
 998  *          - 16U unsigned 16 bit,
 999  *          - 16S   signed 16 bit,
1000  *          - 32U unsigned 32 bit,
1001  *          - 32S   signed 32 bit,
1002  *          - FD floating double 64 bits (Not kosher DICOM, but so usefull!)
1003  * \warning 12 bit images appear as 16 bit.
1004  *          24 bit images appear as 8 bit
1005  * @return  0S if nothing found. NOT USABLE file. The caller has to check
1006  */
1007 std::string Header::GetPixelType()
1008 {
1009    std::string bitsAlloc = GetEntryByNumber(0x0028, 0x0100); // Bits Allocated
1010    if ( bitsAlloc == GDCM_UNFOUND )
1011    {
1012       dbg.Verbose(0, "Header::GetPixelType: unfound Bits Allocated");
1013       bitsAlloc = "16";
1014    }
1015
1016    if ( bitsAlloc == "64" )
1017    {
1018       return "FD";
1019    }
1020    else if ( bitsAlloc == "12" )
1021    {
1022       // It will be unpacked
1023       bitsAlloc = "16";
1024    }
1025    else if ( bitsAlloc == "24" )
1026    {
1027       // (in order no to be messed up
1028       bitsAlloc = "8";  // by old RGB images)
1029    }
1030
1031    std::string sign = GetEntryByNumber(0x0028, 0x0103);//"Pixel Representation"
1032
1033    if (sign == GDCM_UNFOUND )
1034    {
1035       dbg.Verbose(0, "Header::GetPixelType: unfound Pixel Representation");
1036       bitsAlloc = "0";
1037    }
1038    else if ( sign == "0" )
1039    {
1040       sign = "U";
1041    }
1042    else
1043    {
1044       sign = "S";
1045    }
1046    return bitsAlloc + sign;
1047 }
1048
1049
1050 /**
1051  * \brief   Recover the offset (from the beginning of the file)
1052  *          of *image* pixels (not *icone image* pixels, if any !)
1053  * @return Pixel Offset
1054  */
1055 size_t Header::GetPixelOffset()
1056 {
1057    DocEntry* pxlElement = GetDocEntryByNumber(GrPixel,NumPixel);
1058    if ( pxlElement )
1059    {
1060       return pxlElement->GetOffset();
1061    }
1062    else
1063    {
1064 #ifdef GDCM_DEBUG
1065       std::cout << "Big trouble : Pixel Element ("
1066                 << std::hex << GrPixel<<","<< NumPixel<< ") NOT found"
1067                 << std::endl;
1068 #endif //GDCM_DEBUG
1069       return 0;
1070    }
1071 }
1072
1073 /// \todo TODO : unify those two (previous one and next one)
1074 /**
1075  * \brief   Recover the pixel area length (in Bytes)
1076  * @return Pixel Element Length, as stored in the header
1077  *         (NOT the memory space necessary to hold the Pixels
1078  *          -in case of embeded compressed image-)
1079  *         0 : NOT USABLE file. The caller has to check.
1080  */
1081 size_t Header::GetPixelAreaLength()
1082 {
1083    DocEntry* pxlElement = GetDocEntryByNumber(GrPixel,NumPixel);
1084    if ( pxlElement )
1085    {
1086       return pxlElement->GetLength();
1087    }
1088    else
1089    {
1090 #ifdef GDCM_DEBUG
1091       std::cout << "Big trouble : Pixel Element ("
1092                 << std::hex << GrPixel<<","<< NumPixel<< ") NOT found"
1093                 << std::endl;
1094 #endif //GDCM_DEBUG
1095       return 0;
1096    }
1097 }
1098
1099 /**
1100   * \brief tells us if LUT are used
1101   * \warning Right now, 'Segmented xxx Palette Color Lookup Table Data'
1102   *          are NOT considered as LUT, since nobody knows
1103   *          how to deal with them
1104   *          Please warn me if you know sbdy that *does* know ... jprx
1105   * @return true if LUT Descriptors and LUT Tables were found
1106   */
1107 bool Header::HasLUT()
1108 {
1109    // Check the presence of the LUT Descriptors, and LUT Tables
1110    // LutDescriptorRed
1111    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1101) )
1112    {
1113       return false;
1114    }
1115    // LutDescriptorGreen
1116    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1102) )
1117    {
1118       return false;
1119    }
1120    // LutDescriptorBlue
1121    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1103) )
1122    {
1123       return false;
1124    }
1125    // Red Palette Color Lookup Table Data
1126    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1201) )
1127    {
1128       return false;
1129    }
1130    // Green Palette Color Lookup Table Data
1131    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1202) )
1132    {
1133       return false;
1134    }
1135    // Blue Palette Color Lookup Table Data
1136    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1203) )
1137    {
1138       return false;
1139    }
1140
1141    // FIXME : (0x0028,0x3006) : LUT Data (CTX dependent)
1142    //         NOT taken into account, but we don't know how to use it ...
1143    return true;
1144 }
1145
1146 /**
1147   * \brief gets the info from 0028,1101 : Lookup Table Desc-Red
1148   *             else 0
1149   * @return Lookup Table number of Bits , 0 by default
1150   *          when (0028,0004),Photometric Interpretation = [PALETTE COLOR ]
1151   * @ return bit number of each LUT item
1152   */
1153 int Header::GetLUTNbits()
1154 {
1155    std::vector<std::string> tokens;
1156    int lutNbits;
1157
1158    //Just hope Lookup Table Desc-Red = Lookup Table Desc-Red
1159    //                                = Lookup Table Desc-Blue
1160    // Consistency already checked in GetLUTLength
1161    std::string lutDescription = GetEntryByNumber(0x0028,0x1101);
1162    if ( lutDescription == GDCM_UNFOUND )
1163    {
1164       return 0;
1165    }
1166
1167    tokens.clear(); // clean any previous value
1168    Util::Tokenize ( lutDescription, tokens, "\\" );
1169    //LutLength=atoi(tokens[0].c_str());
1170    //LutDepth=atoi(tokens[1].c_str());
1171
1172    lutNbits = atoi( tokens[2].c_str() );
1173    tokens.clear();
1174
1175    return lutNbits;
1176 }
1177
1178 /**
1179  * \brief Accesses the info from 0002,0010 : Transfert Syntax and TS
1180  *        else 1.
1181  * @return The full Transfert Syntax Name (as opposed to Transfert Syntax UID)
1182  */
1183 std::string Header::GetTransfertSyntaxName()
1184 {
1185    // use the TS (TS : Transfert Syntax)
1186    std::string transfertSyntax = GetEntryByNumber(0x0002,0x0010);
1187
1188    if ( transfertSyntax == GDCM_NOTLOADED )
1189    {
1190       std::cout << "Transfert Syntax not loaded. " << std::endl
1191                << "Better you increase MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE"
1192                << std::endl;
1193       return "Uncompressed ACR-NEMA";
1194    }
1195    if ( transfertSyntax == GDCM_UNFOUND )
1196    {
1197       dbg.Verbose(0, "Header::GetTransfertSyntaxName:"
1198                      " unfound Transfert Syntax (0002,0010)");
1199       return "Uncompressed ACR-NEMA";
1200    }
1201
1202    while ( ! isdigit((unsigned char)transfertSyntax[transfertSyntax.length()-1]) )
1203    {
1204       transfertSyntax.erase(transfertSyntax.length()-1, 1);
1205    }
1206    // we do it only when we need it
1207    TS* ts         = Global::GetTS();
1208    std::string tsName = ts->GetValue( transfertSyntax );
1209
1210    //delete ts; /// \todo Seg Fault when deleted ?!
1211    return tsName;
1212 }
1213
1214 //-----------------------------------------------------------------------------
1215 // Protected
1216
1217 /**
1218  * \brief anonymize a Header (removes Patient's personal info)
1219  *        (read the code to see which ones ...)
1220  */
1221 bool Header::AnonymizeHeader()
1222 {
1223    // If exist, replace by spaces
1224    SetEntryByNumber ("  ",0x0010, 0x2154); // Telephone
1225    SetEntryByNumber ("  ",0x0010, 0x1040); // Adress
1226    SetEntryByNumber ("  ",0x0010, 0x0020); // Patient ID
1227
1228    DocEntry* patientNameHE = GetDocEntryByNumber (0x0010, 0x0010);
1229
1230    if ( patientNameHE ) // we replace it by Study Instance UID (why not)
1231    {
1232       std::string studyInstanceUID =  GetEntryByNumber (0x0020, 0x000d);
1233       if ( studyInstanceUID != GDCM_UNFOUND )
1234       {
1235          ReplaceOrCreateByNumber(studyInstanceUID, 0x0010, 0x0010);
1236       }
1237       else
1238       {
1239          ReplaceOrCreateByNumber("anonymised", 0x0010, 0x0010);
1240       }
1241    }
1242
1243   // Just for fun :-(
1244   // (if any) remove or replace all the stuff that contains a Date
1245
1246 //0008 0012 DA ID Instance Creation Date
1247 //0008 0020 DA ID Study Date
1248 //0008 0021 DA ID Series Date
1249 //0008 0022 DA ID Acquisition Date
1250 //0008 0023 DA ID Content Date
1251 //0008 0024 DA ID Overlay Date
1252 //0008 0025 DA ID Curve Date
1253 //0008 002a DT ID Acquisition Datetime
1254 //0018 9074 DT ACQ Frame Acquisition Datetime
1255 //0018 9151 DT ACQ Frame Reference Datetime
1256 //0018 a002 DT ACQ Contribution Date Time
1257 //0020 3403 SH REL Modified Image Date (RET)
1258 //0032 0032 DA SDY Study Verified Date
1259 //0032 0034 DA SDY Study Read Date
1260 //0032 1000 DA SDY Scheduled Study Start Date
1261 //0032 1010 DA SDY Scheduled Study Stop Date
1262 //0032 1040 DA SDY Study Arrival Date
1263 //0032 1050 DA SDY Study Completion Date
1264 //0038 001a DA VIS Scheduled Admission Date
1265 //0038 001c DA VIS Scheduled Discharge Date
1266 //0038 0020 DA VIS Admitting Date
1267 //0038 0030 DA VIS Discharge Date
1268 //0040 0002 DA PRC Scheduled Procedure Step Start Date
1269 //0040 0004 DA PRC Scheduled Procedure Step End Date
1270 //0040 0244 DA PRC Performed Procedure Step Start Date
1271 //0040 0250 DA PRC Performed Procedure Step End Date
1272 //0040 2004 DA PRC Issue Date of Imaging Service Request
1273 //0040 4005 DT PRC Scheduled Procedure Step Start Date and Time
1274 //0040 4011 DT PRC Expected Completion Date and Time
1275 //0040 a030 DT PRC Verification Date Time
1276 //0040 a032 DT PRC Observation Date Time
1277 //0040 a120 DT PRC DateTime
1278 //0040 a121 DA PRC Date
1279 //0040 a13a DT PRC Referenced Datetime
1280 //0070 0082 DA ??? Presentation Creation Date
1281 //0100 0420 DT ??? SOP Autorization Date and Time
1282 //0400 0105 DT ??? Digital Signature DateTime
1283 //2100 0040 DA PJ Creation Date
1284 //3006 0008 DA SSET Structure Set Date
1285 //3008 0024 DA ??? Treatment Control Point Date
1286 //3008 0054 DA ??? First Treatment Date
1287 //3008 0056 DA ??? Most Recent Treatment Date
1288 //3008 0162 DA ??? Safe Position Exit Date
1289 //3008 0166 DA ??? Safe Position Return Date
1290 //3008 0250 DA ??? Treatment Date
1291 //300a 0006 DA RT RT Plan Date
1292 //300a 022c DA RT Air Kerma Rate Reference Date
1293 //300e 0004 DA RT Review Date
1294
1295    return true;
1296 }
1297
1298 /**
1299   * \brief gets the info from 0020,0037 : Image Orientation Patient
1300   * @param iop adress of the (6)float aray to receive values
1301   * @return cosines of image orientation patient
1302   */
1303 void Header::GetImageOrientationPatient( float iop[6] )
1304 {
1305    std::string strImOriPat;
1306    //iop is supposed to be float[6]
1307    iop[0] = iop[1] = iop[2] = iop[3] = iop[4] = iop[5] = 0.;
1308
1309    // 0020 0037 DS REL Image Orientation (Patient)
1310    if ( (strImOriPat = GetEntryByNumber(0x0020,0x0037)) != GDCM_UNFOUND )
1311    {
1312       if( sscanf( strImOriPat.c_str(), "%f\\%f\\%f\\%f\\%f\\%f",
1313           &iop[0], &iop[1], &iop[2], &iop[3], &iop[4], &iop[5]) != 6 )
1314       {
1315          dbg.Verbose(0, "Header::GetImageOrientationPatient: "
1316                         "wrong Image Orientation Patient (0020,0037)");
1317       }
1318    }
1319    //For ACR-NEMA
1320    // 0020 0035 DS REL Image Orientation (RET)
1321    else if ( (strImOriPat = GetEntryByNumber(0x0020,0x0035)) != GDCM_UNFOUND )
1322    {
1323       if( sscanf( strImOriPat.c_str(), "%f\\%f\\%f\\%f\\%f\\%f",
1324           &iop[0], &iop[1], &iop[2], &iop[3], &iop[4], &iop[5]) != 6 )
1325       {
1326          dbg.Verbose(0, "Header::GetImageOrientationPatient: "
1327                         "wrong Image Orientation Patient (0020,0035)");
1328       }
1329    }
1330 }
1331
1332 /**
1333  * \brief Initialize a default DICOM header that should contain all the
1334  *        field require by other reader. DICOM standard does not
1335  *        explicitely defines those fields, heuristic has been choosen.
1336  *        This is not perfect as we are writting a CT image...
1337  */
1338 void Header::InitializeDefaultHeader()
1339 {
1340    typedef struct
1341    {
1342       const char *value;
1343       uint16_t group;
1344       uint16_t elem;
1345    } DICOM_DEFAULT_VALUE;
1346
1347    std::string date = Util::GetCurrentDate();
1348    std::string time = Util::GetCurrentTime();
1349    std::string uid = Util::CreateUniqueUID();
1350    std::string uidMedia = uid;
1351    std::string uidClass = uid + ".1";
1352    std::string uidInst  = uid + ".10";
1353    std::string uidStudy = uid + ".100";
1354    std::string uidSerie = uid + ".1000";
1355
1356    static DICOM_DEFAULT_VALUE defaultvalue[] = {
1357     { "146 ",                      0x0002, 0x0000}, // Meta Element Group Length // FIXME: how to recompute ?
1358     { "1.2.840.10008.5.1.4.1.1.2", 0x0002, 0x0002}, // Media Storage SOP Class UID (CT Image Storage)
1359     { uidClass.c_str(),            0x0002, 0x0003}, // Media Storage SOP Instance UID
1360     { uidClass.c_str(),            0x0002, 0x0012}, // META Implementation Class UID
1361     { "GDCM",                      0x0002, 0x0016}, // Source Application Entity Title
1362
1363     { date.c_str(),                0x0008, 0x0012}, // Instance Creation Date
1364     { time.c_str(),                0x0008, 0x0013}, // Instance Creation Time
1365     { "1.2.840.10008.5.1.4.1.1.2", 0x0008, 0x0016}, // SOP Class UID
1366     { uidInst.c_str(),             0x0008, 0x0018}, // SOP Instance UID
1367     { "CT",                        0x0008, 0x0060}, // Modality
1368     { "GDCM",                      0x0008, 0x0070}, // Manufacturer
1369     { "GDCM",                      0x0008, 0x0080}, // Institution Name
1370     { "http://www-creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm", 0x0008, 0x0081},  // Institution Address
1371
1372     { "GDCM",                      0x0010, 0x0010}, // Patient's Name
1373     { "GDCMID",                    0x0010, 0x0020}, // Patient ID
1374
1375     { uidStudy.c_str(),            0x0020, 0x000d}, // Study Instance UID
1376     { uidSerie.c_str(),            0x0020, 0x000e}, // Series Instance UID
1377     { "1",                         0x0020, 0x0010}, // StudyID
1378     { "1",                         0x0020, 0x0011}, // SeriesNumber
1379
1380     { "1",                         0x0028, 0x0002}, // Samples per pixel 1 or 3
1381     { "MONOCHROME1",               0x0028, 0x0004}, // photochromatic interpretation
1382     { "0",                         0x0028, 0x0010}, // nbRows
1383     { "0",                         0x0028, 0x0011}, // nbCols
1384     { "8",                         0x0028, 0x0100}, // BitsAllocated 8 or 12 or 16
1385     { "8",                         0x0028, 0x0101}, // BitsStored    <= BitsAllocated
1386     { "7",                         0x0028, 0x0102}, // HighBit       <= BitsAllocated - 1
1387     { "0",                         0x0028, 0x0103}, // Pixel Representation 0(unsigned) or 1(signed)
1388     { 0, 0, 0 }
1389    };
1390
1391    // default value
1392    // Special case this is the image (not a string)
1393    GrPixel = 0x7fe0;
1394    NumPixel = 0x0010;
1395    ReplaceOrCreateByNumber(0, 0, GrPixel, NumPixel);
1396
1397    // All remaining strings:
1398    unsigned int i = 0;
1399    DICOM_DEFAULT_VALUE current = defaultvalue[i];
1400    while( current.value )
1401    {
1402       ReplaceOrCreateByNumber(current.value, current.group, current.elem);
1403       current = defaultvalue[++i];
1404    }
1405 }
1406
1407
1408 //-----------------------------------------------------------------------------
1409 // Private
1410
1411 //-----------------------------------------------------------------------------
1412
1413 } // end namespace gdcm