src/gdcmHeader.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: gdcmHeader.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/01/11 20:49:44 $
   7   Version:   $Revision: 1.230 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #include "gdcmHeader.h"
  20 #include "gdcmGlobal.h"
  21 #include "gdcmUtil.h"
  22 #include "gdcmDebug.h"
  23 #include "gdcmTS.h"
  24 #include "gdcmValEntry.h"
  25 #include "gdcmBinEntry.h"
  26 #include <stdio.h> //sscanf
  27
  28 #include <vector>
  29
  30 namespace gdcm
  31 {
  32 //-----------------------------------------------------------------------------
  33 // Constructor / Destructor
  34 /**
  35  * \brief  Constructor
  36  * @param  filename name of the file whose header we want to analyze
  37  */
  38 Header::Header( std::string const &filename ):
  39             Document( filename )
  40 {
  41    // for some ACR-NEMA images GrPixel, NumPixel is *not* 7fe0,0010
  42    // We may encounter the 'RETired' (0x0028, 0x0200) tag
  43    // (Image Location") . This Element contains the number of
  44    // the group that contains the pixel data (hence the "Pixel Data"
  45    // is found by indirection through the "Image Location").
  46    // Inside the group pointed by "Image Location" the searched element
  47    // is conventionally the element 0x0010 (when the norm is respected).
  48    // When the "Image Location" is Missing we default to group 0x7fe0.
  49    // Note: this IS the right place for the code
  50
  51    // Image Location
  52    const std::string &imgLocation = GetEntry(0x0028, 0x0200);
  53    if ( imgLocation == GDCM_UNFOUND )
  54    {
  55       // default value
  56       GrPixel = 0x7fe0;
  57    }
  58    else
  59    {
  60       GrPixel = (uint16_t) atoi( imgLocation.c_str() );
  61    }
  62
  63    // sometimes Image Location value doesn't follow
  64    // the supposed processor endianity.
  65    // see gdcmData/cr172241.dcm
  66    if ( GrPixel == 0xe07f )
  67    {
  68       GrPixel = 0x7fe0;
  69    }
  70
  71    if ( GrPixel != 0x7fe0 )
  72    {
  73       // This is a kludge for old dirty Philips imager.
  74       NumPixel = 0x1010;
  75    }
  76    else
  77    {
  78       NumPixel = 0x0010;
  79    }
  80
  81    // Now, we know GrPixel and NumPixel.
  82    // Let's create a VirtualDictEntry to allow a further VR modification
  83    // and force VR to match with BitsAllocated.
  84
  85    DocEntry *entry = GetDocEntry(GrPixel, NumPixel);
  86    if ( entry != 0 )
  87    {
  88
  89       std::string PixelVR;
  90       // 8 bits allocated is a 'O Bytes' , as well as 24 (old ACR-NEMA RGB)
  91       // more than 8 (i.e 12, 16) is a 'O Words'
  92       if ( GetBitsAllocated() == 8 || GetBitsAllocated() == 24 )
  93          PixelVR = "OB";
  94       else
  95          PixelVR = "OW";
  96
  97       DictEntry* newEntry = NewVirtualDictEntry(
  98                              GrPixel, NumPixel,
  99                              PixelVR, "PXL", "Pixel Data");
 100
 101       entry->SetDictEntry( newEntry );
 102    }
 103 }
 104
 105 /**
 106  * \brief Constructor used when we want to generate dicom files from scratch
 107  */
 108 Header::Header()
 109            :Document()
 110 {
 111    InitializeDefaultHeader();
 112 }
 113
 114 /**
 115  * \brief   Canonical destructor.
 116  */
 117 Header::~Header ()
 118 {
 119 }
 120
 121 /**
 122  * \brief Performs some consistency checking on various 'File related'
 123  *       (as opposed to 'DicomDir related') entries
 124  *       then writes in a file all the (Dicom Elements) included the Pixels
 125  * @param fileName file name to write to
 126  * @param filetype Type of the File to be written
 127  *          (ACR-NEMA, ExplicitVR, ImplicitVR)
 128  */
 129 bool Header::Write(std::string fileName, FileType filetype)
 130 {
 131    std::ofstream *fp = new std::ofstream(fileName.c_str(),
 132                                          std::ios::out | std::ios::binary);
 133    if (*fp == NULL)
 134    {
 135       gdcmVerboseMacro("Failed to open (write) File: " << fileName.c_str());
 136       return false;
 137    }
 138
 139    // Bits Allocated
 140    if ( GetEntry(0x0028,0x0100) ==  "12")
 141    {
 142       SetEntry("16", 0x0028,0x0100);
 143    }
 144
 145   /// \todo correct 'Pixel group' Length if necessary
 146
 147    int i_lgPix = GetEntryLength(GrPixel, NumPixel);
 148    if (i_lgPix != -2)
 149    {
 150       // no (GrPixel, NumPixel) element
 151       std::string s_lgPix = Util::Format("%d", i_lgPix+12);
 152       s_lgPix = Util::DicomString( s_lgPix.c_str() );
 153       ReplaceOrCreate(s_lgPix,GrPixel, 0x0000);
 154    }
 155
 156    // FIXME : should be nice if we could move it to File
 157    //         (or in future gdcmPixelData class)
 158
 159    // Drop Palette Color, if necessary
 160
 161    if ( GetEntry(0x0028,0x0002).c_str()[0] == '3' )
 162    {
 163       // if SamplesPerPixel = 3, sure we don't need any LUT !
 164       // Drop 0028|1101, 0028|1102, 0028|1103
 165       // Drop 0028|1201, 0028|1202, 0028|1203
 166
 167       DocEntry *e = GetDocEntry(0x0028,0x01101);
 168       if (e)
 169       {
 170          RemoveEntryNoDestroy(e);
 171       }
 172       e = GetDocEntry(0x0028,0x1102);
 173       if (e)
 174       {
 175          RemoveEntryNoDestroy(e);
 176       }
 177       e = GetDocEntry(0x0028,0x1103);
 178       if (e)
 179       {
 180          RemoveEntryNoDestroy(e);
 181       }
 182       e = GetDocEntry(0x0028,0x01201);
 183       if (e)
 184       {
 185          RemoveEntryNoDestroy(e);
 186       }
 187       e = GetDocEntry(0x0028,0x1202);
 188       if (e)
 189       {
 190          RemoveEntryNoDestroy(e);
 191       }
 192       e = GetDocEntry(0x0028,0x1203);
 193       if (e)
 194       {
 195           RemoveEntryNoDestroy(e);
 196       }
 197    }
 198
 199 #ifdef GDCM_WORDS_BIGENDIAN
 200    // Super Duper hack that will make gdcm a BOMB ! but should
 201    // Fix temporarily the dashboard
 202    BinEntry *b = GetBinEntry(0x7fe0,0x0010);
 203    if ( GetEntry(0x0028,0x0100) ==  "16")
 204    {
 205       uint16_t *im16 = (uint16_t*)b->GetBinArea();
 206       int lgr = b->GetLength();
 207       for( int i = 0; i < lgr / 2; i++ )
 208       {
 209          im16[i]= (im16[i] >> 8) | (im16[i] << 8 );
 210       }
 211    }
 212 #endif //GDCM_WORDS_BIGENDIAN
 213
 214    Document::WriteContent(fp,filetype);
 215
 216 #ifdef GDCM_WORDS_BIGENDIAN
 217    // Flip back the pixel ... I told you this is a hack
 218    if ( GetEntry(0x0028,0x0100) ==  "16")
 219    {
 220       uint16_t *im16 = (uint16_t*)b->GetBinArea();
 221       int lgr = b->GetLength();
 222       for( int i = 0; i < lgr / 2; i++ )
 223       {
 224          im16[i]= (im16[i] >> 8) | (im16[i] << 8 );
 225       }
 226    }
 227 #endif //GDCM_WORDS_BIGENDIAN
 228
 229    fp->close();
 230    delete fp;
 231
 232    return true;
 233 }
 234
 235 //-----------------------------------------------------------------------------
 236 // Print
 237
 238
 239 //-----------------------------------------------------------------------------
 240 // Public
 241
 242 /**
 243  * \brief  This predicate, based on hopefully reasonable heuristics,
 244  *         decides whether or not the current Header was properly parsed
 245  *         and contains the mandatory information for being considered as
 246  *         a well formed and usable Dicom/Acr File.
 247  * @return true when Header is the one of a reasonable Dicom/Acr file,
 248  *         false otherwise.
 249  */
 250 bool Header::IsReadable()
 251 {
 252    if( !Document::IsReadable() )
 253    {
 254       return false;
 255    }
 256
 257    const std::string &res = GetEntry(0x0028, 0x0005);
 258    if ( res != GDCM_UNFOUND && atoi(res.c_str()) > 4 )
 259    {
 260       return false; // Image Dimensions
 261    }
 262    if ( !GetDocEntry(0x0028, 0x0100) )
 263    {
 264       return false; // "Bits Allocated"
 265    }
 266    if ( !GetDocEntry(0x0028, 0x0101) )
 267    {
 268       return false; // "Bits Stored"
 269    }
 270    if ( !GetDocEntry(0x0028, 0x0102) )
 271    {
 272       return false; // "High Bit"
 273    }
 274    if ( !GetDocEntry(0x0028, 0x0103) )
 275    {
 276       return false; // "Pixel Representation" i.e. 'Sign'
 277    }
 278
 279    return true;
 280 }
 281
 282 /**
 283  * \brief   Retrieve the number of columns of image.
 284  * @return  The encountered size when found, 0 by default.
 285  *          0 means the file is NOT USABLE. The caller will have to check
 286  */
 287 int Header::GetXSize()
 288 {
 289    const std::string &strSize = GetEntry(0x0028,0x0011);
 290    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 291    {
 292       return 0;
 293    }
 294
 295    return atoi( strSize.c_str() );
 296 }
 297
 298 /**
 299  * \brief   Retrieve the number of lines of image.
 300  * \warning The defaulted value is 1 as opposed to Header::GetXSize()
 301  * @return  The encountered size when found, 1 by default
 302  *          (The ACR-NEMA file contains a Signal, not an Image).
 303  */
 304 int Header::GetYSize()
 305 {
 306    const std::string &strSize = GetEntry(0x0028,0x0010);
 307    if ( strSize != GDCM_UNFOUND )
 308    {
 309       return atoi( strSize.c_str() );
 310    }
 311    if ( IsDicomV3() )
 312    {
 313       return 0;
 314    }
 315
 316    // The Rows (0028,0010) entry was optional for ACR/NEMA. It might
 317    // hence be a signal (1D image). So we default to 1:
 318    return 1;
 319 }
 320
 321 /**
 322  * \brief   Retrieve the number of planes of volume or the number
 323  *          of frames of a multiframe.
 324  * \warning When present we consider the "Number of Frames" as the third
 325  *          dimension. When Missing we consider the third dimension as
 326  *          being the ACR-NEMA "Planes" tag content.
 327  * @return  The encountered size when found, 1 by default (single image).
 328  */
 329 int Header::GetZSize()
 330 {
 331    // Both  DicomV3 and ACR/Nema consider the "Number of Frames"
 332    // as the third dimension.
 333    const std::string &strSize = GetEntry(0x0028,0x0008);
 334    if ( strSize != GDCM_UNFOUND )
 335    {
 336       return atoi( strSize.c_str() );
 337    }
 338
 339    // We then consider the "Planes" entry as the third dimension
 340    const std::string &strSize2 = GetEntry(0x0028,0x0012);
 341    if ( strSize2 != GDCM_UNFOUND )
 342    {
 343       return atoi( strSize2.c_str() );
 344    }
 345
 346    return 1;
 347 }
 348
 349 /**
 350   * \brief gets the info from 0028,0030 : Pixel Spacing
 351   *             else 1.0
 352   * @return X dimension of a pixel
 353   */
 354 float Header::GetXSpacing()
 355 {
 356    float xspacing, yspacing;
 357    const std::string &strSpacing = GetEntry(0x0028,0x0030);
 358
 359    if ( strSpacing == GDCM_UNFOUND )
 360    {
 361       gdcmVerboseMacro( "Unfound Pixel Spacing (0028,0030)" );
 362       return 1.;
 363    }
 364
 365    int nbValues;
 366    if( ( nbValues = sscanf( strSpacing.c_str(),
 367          "%f\\%f", &yspacing, &xspacing)) != 2 )
 368    {
 369       // if single value is found, xspacing is defaulted to yspacing
 370       if ( nbValues == 1 )
 371       {
 372          xspacing = yspacing;
 373       }
 374
 375       if ( xspacing == 0.0 )
 376          xspacing = 1.0;
 377
 378       return xspacing;
 379
 380    }
 381
 382    // to avoid troubles with David Clunie's-like images
 383    if ( xspacing == 0. && yspacing == 0.)
 384       return 1.;
 385
 386    if ( xspacing == 0.)
 387    {
 388       gdcmVerboseMacro("gdcmData/CT-MONO2-8-abdo.dcm problem");
 389       // seems to be a bug in the header ...
 390       nbValues = sscanf( strSpacing.c_str(), "%f\\0\\%f", &yspacing, &xspacing);
 391       gdcmAssertMacro( nbValues == 2 );
 392    }
 393
 394    return xspacing;
 395 }
 396
 397 /**
 398   * \brief gets the info from 0028,0030 : Pixel Spacing
 399   *             else 1.0
 400   * @return Y dimension of a pixel
 401   */
 402 float Header::GetYSpacing()
 403 {
 404    float yspacing = 1.;
 405    std::string strSpacing = GetEntry(0x0028,0x0030);
 406
 407    if ( strSpacing == GDCM_UNFOUND )
 408    {
 409       gdcmVerboseMacro("Unfound Pixel Spacing (0028,0030)");
 410       return 1.;
 411     }
 412
 413    // if sscanf cannot read any float value, it won't affect yspacing
 414    sscanf( strSpacing.c_str(), "%f", &yspacing);
 415
 416    if ( yspacing == 0.0 )
 417       yspacing = 1.0;
 418
 419    return yspacing;
 420 }
 421
 422 /**
 423  * \brief gets the info from 0018,0088 : Space Between Slices
 424  *                 else from 0018,0050 : Slice Thickness
 425  *                 else 1.0
 426  * @return Z dimension of a voxel-to be
 427  */
 428 float Header::GetZSpacing()
 429 {
 430    // Spacing Between Slices : distance entre le milieu de chaque coupe
 431    // Les coupes peuvent etre :
 432    //   jointives     (Spacing between Slices = Slice Thickness)
 433    //   chevauchantes (Spacing between Slices < Slice Thickness)
 434    //   disjointes    (Spacing between Slices > Slice Thickness)
 435    // Slice Thickness : epaisseur de tissus sur laquelle est acquis le signal
 436    //   ca interesse le physicien de l'IRM, pas le visualisateur de volumes ...
 437    //   Si le Spacing Between Slices est Missing,
 438    //   on suppose que les coupes sont jointives
 439
 440    const std::string &strSpacingBSlices = GetEntry(0x0018,0x0088);
 441
 442    if ( strSpacingBSlices == GDCM_UNFOUND )
 443    {
 444       gdcmVerboseMacro("Unfound Spacing Between Slices (0018,0088)");
 445       const std::string &strSliceThickness = GetEntry(0x0018,0x0050);
 446       if ( strSliceThickness == GDCM_UNFOUND )
 447       {
 448          gdcmVerboseMacro("Unfound Slice Thickness (0018,0050)");
 449          return 1.;
 450       }
 451       else
 452       {
 453          // if no 'Spacing Between Slices' is found,
 454          // we assume slices join together
 455          // (no overlapping, no interslice gap)
 456          // if they don't, we're fucked up
 457          return (float)atof( strSliceThickness.c_str() );
 458       }
 459    }
 460    //else
 461    return (float)atof( strSpacingBSlices.c_str() );
 462 }
 463
 464 /**
 465  *\brief gets the info from 0028,1052 : Rescale Intercept
 466  * @return Rescale Intercept
 467  */
 468 float Header::GetRescaleIntercept()
 469 {
 470    float resInter = 0.;
 471    /// 0028 1052 DS IMG Rescale Intercept
 472    const std::string &strRescInter = GetEntry(0x0028,0x1052);
 473    if ( strRescInter != GDCM_UNFOUND )
 474    {
 475       if( sscanf( strRescInter.c_str(), "%f", &resInter) != 1 )
 476       {
 477          // bug in the element 0x0028,0x1052
 478          gdcmVerboseMacro( "Rescale Intercept (0028,1052) is empty." );
 479       }
 480    }
 481
 482    return resInter;
 483 }
 484
 485 /**
 486  *\brief   gets the info from 0028,1053 : Rescale Slope
 487  * @return Rescale Slope
 488  */
 489 float Header::GetRescaleSlope()
 490 {
 491    float resSlope = 1.;
 492    //0028 1053 DS IMG Rescale Slope
 493    std::string strRescSlope = GetEntry(0x0028,0x1053);
 494    if ( strRescSlope != GDCM_UNFOUND )
 495    {
 496       if( sscanf( strRescSlope.c_str(), "%f", &resSlope) != 1)
 497       {
 498          // bug in the element 0x0028,0x1053
 499          gdcmVerboseMacro( "Rescale Slope (0028,1053) is empty.");
 500       }
 501    }
 502
 503    return resSlope;
 504 }
 505
 506 /**
 507  * \brief This function is intended to user who doesn't want
 508  *   to have to manage a LUT and expects to get an RBG Pixel image
 509  *   (or a monochrome one ...)
 510  * \warning to be used with GetImagePixels()
 511  * @return 1 if Gray level, 3 if Color (RGB, YBR or PALETTE COLOR)
 512  */
 513 int Header::GetNumberOfScalarComponents()
 514 {
 515    if ( GetSamplesPerPixel() == 3 )
 516    {
 517       return 3;
 518    }
 519
 520    // 0028 0100 US IMG Bits Allocated
 521    // (in order no to be messed up by old RGB images)
 522    if ( GetEntry(0x0028,0x0100) == "24" )
 523    {
 524       return 3;
 525    }
 526
 527    std::string strPhotometricInterpretation = GetEntry(0x0028,0x0004);
 528
 529    if ( ( strPhotometricInterpretation == "PALETTE COLOR ") )
 530    {
 531       if ( HasLUT() )// PALETTE COLOR is NOT enough
 532       {
 533          return 3;
 534       }
 535       else
 536       {
 537          return 1;
 538       }
 539    }
 540
 541    // beware of trailing space at end of string
 542    // DICOM tags are never of odd length
 543    if ( strPhotometricInterpretation == GDCM_UNFOUND   ||
 544         Util::DicomStringEqual(strPhotometricInterpretation, "MONOCHROME1") ||
 545         Util::DicomStringEqual(strPhotometricInterpretation, "MONOCHROME2") )
 546    {
 547       return 1;
 548    }
 549    else
 550    {
 551       // we assume that *all* kinds of YBR are dealt with
 552       return 3;
 553    }
 554 }
 555
 556 /**
 557  * \brief This function is intended to user that DOESN'T want
 558  *  to get RGB pixels image when it's stored as a PALETTE COLOR image
 559  *   - the (vtk) user is supposed to know how deal with LUTs -
 560  * \warning to be used with GetImagePixelsRaw()
 561  * @return 1 if Gray level, 3 if Color (RGB or YBR - NOT 'PALETTE COLOR' -)
 562  */
 563 int Header::GetNumberOfScalarComponentsRaw()
 564 {
 565    // 0028 0100 US IMG Bits Allocated
 566    // (in order no to be messed up by old RGB images)
 567    if ( Header::GetEntry(0x0028,0x0100) == "24" )
 568    {
 569       return 3;
 570    }
 571
 572    // we assume that *all* kinds of YBR are dealt with
 573    return GetSamplesPerPixel();
 574 }
 575
 576 //
 577 // --------------  Remember ! ----------------------------------
 578 //
 579 // Image Position Patient                              (0020,0032):
 580 // If not found (ACR_NEMA) we try Image Position       (0020,0030)
 581 // If not found (ACR-NEMA), we consider Slice Location (0020,1041)
 582 //                                   or Location       (0020,0050)
 583 // as the Z coordinate,
 584 // 0. for all the coordinates if nothing is found
 585
 586 // \todo find a way to inform the caller nothing was found
 587 // \todo How to tell the caller a wrong number of values was found?
 588 //
 589 // ---------------------------------------------------------------
 590 //
 591
 592 /**
 593  * \brief gets the info from 0020,0032 : Image Position Patient
 594  *                 else from 0020,0030 : Image Position (RET)
 595  *                 else 0.
 596  * @return up-left image corner X position
 597  */
 598 float Header::GetXOrigin()
 599 {
 600    float xImPos, yImPos, zImPos;
 601    std::string strImPos = GetEntry(0x0020,0x0032);
 602
 603    if ( strImPos == GDCM_UNFOUND )
 604    {
 605       gdcmVerboseMacro( "Unfound Image Position Patient (0020,0032)");
 606       strImPos = GetEntry(0x0020,0x0030); // For ACR-NEMA images
 607       if ( strImPos == GDCM_UNFOUND )
 608       {
 609          gdcmVerboseMacro( "Unfound Image Position (RET) (0020,0030)");
 610          /// \todo How to tell the caller nothing was found ?
 611          return 0.;
 612       }
 613    }
 614
 615    if( sscanf( strImPos.c_str(), "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos) != 3 )
 616    {
 617       return 0.;
 618    }
 619
 620    return xImPos;
 621 }
 622
 623 /**
 624  * \brief gets the info from 0020,0032 : Image Position Patient
 625  *                 else from 0020,0030 : Image Position (RET)
 626  *                 else 0.
 627  * @return up-left image corner Y position
 628  */
 629 float Header::GetYOrigin()
 630 {
 631    float xImPos, yImPos, zImPos;
 632    std::string strImPos = GetEntry(0x0020,0x0032);
 633
 634    if ( strImPos == GDCM_UNFOUND)
 635    {
 636       gdcmVerboseMacro( "Unfound Image Position Patient (0020,0032)");
 637       strImPos = GetEntry(0x0020,0x0030); // For ACR-NEMA images
 638       if ( strImPos == GDCM_UNFOUND )
 639       {
 640          gdcmVerboseMacro( "Unfound Image Position (RET) (0020,0030)");
 641          /// \todo How to tell the caller nothing was found ?
 642          return 0.;
 643       }
 644    }
 645
 646    if( sscanf( strImPos.c_str(), "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos) != 3 )
 647    {
 648       return 0.;
 649    }
 650
 651    return yImPos;
 652 }
 653
 654 /**
 655  * \brief gets the info from 0020,0032 : Image Position Patient
 656  *                 else from 0020,0030 : Image Position (RET)
 657  *                 else from 0020,1041 : Slice Location
 658  *                 else from 0020,0050 : Location
 659  *                 else 0.
 660  * @return up-left image corner Z position
 661  */
 662 float Header::GetZOrigin()
 663 {
 664    float xImPos, yImPos, zImPos;
 665    std::string strImPos = GetEntry(0x0020,0x0032);
 666
 667    if ( strImPos != GDCM_UNFOUND )
 668    {
 669       if( sscanf( strImPos.c_str(), "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos) != 3)
 670       {
 671          gdcmVerboseMacro( "Wrong Image Position Patient (0020,0032)");
 672          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x0032
 673       }
 674       else
 675       {
 676          return zImPos;
 677       }
 678    }
 679
 680    strImPos = GetEntry(0x0020,0x0030); // For ACR-NEMA images
 681    if ( strImPos != GDCM_UNFOUND )
 682    {
 683       if( sscanf( strImPos.c_str(),
 684           "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos ) != 3 )
 685       {
 686          gdcmVerboseMacro( "Wrong Image Position (RET) (0020,0030)");
 687          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x0032
 688       }
 689       else
 690       {
 691          return zImPos;
 692       }
 693    }
 694
 695    std::string strSliceLocation = GetEntry(0x0020,0x1041); // for *very* old ACR-NEMA images
 696    if ( strSliceLocation != GDCM_UNFOUND )
 697    {
 698       if( sscanf( strSliceLocation.c_str(), "%f", &zImPos) != 1)
 699       {
 700          gdcmVerboseMacro( "Wrong Slice Location (0020,1041)");
 701          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x1041
 702       }
 703       else
 704       {
 705          return zImPos;
 706       }
 707    }
 708    gdcmVerboseMacro( "Unfound Slice Location (0020,1041)");
 709
 710    std::string strLocation = GetEntry(0x0020,0x0050);
 711    if ( strLocation != GDCM_UNFOUND )
 712    {
 713       if( sscanf( strLocation.c_str(), "%f", &zImPos) != 1)
 714       {
 715          gdcmVerboseMacro( "Wrong Location (0020,0050)");
 716          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x0050
 717       }
 718       else
 719       {
 720          return zImPos;
 721       }
 722    }
 723    gdcmVerboseMacro( "Unfound Location (0020,0050)");
 724
 725    return 0.; // Hopeless
 726 }
 727
 728 /**
 729  * \brief gets the info from 0020,0013 : Image Number else 0.
 730  * @return image number
 731  */
 732 int Header::GetImageNumber()
 733 {
 734    // The function i atoi() takes the address of an area of memory as
 735    // parameter and converts the string stored at that location to an integer
 736    // using the external decimal to internal binary conversion rules. This may
 737    // be preferable to sscanf() since atoi() is a much smaller, simpler and
 738    // faster function. sscanf() can do all possible conversions whereas
 739    // atoi() can only do single decimal integer conversions.
 740    //0020 0013 IS REL Image Number
 741    std::string strImNumber = GetEntry(0x0020,0x0013);
 742    if ( strImNumber != GDCM_UNFOUND )
 743    {
 744       return atoi( strImNumber.c_str() );
 745    }
 746    return 0;   //Hopeless
 747 }
 748
 749 /**
 750  * \brief gets the info from 0008,0060 : Modality
 751  * @return Modality Type
 752  */
 753 ModalityType Header::GetModality()
 754 {
 755    // 0008 0060 CS ID Modality
 756    std::string strModality = GetEntry(0x0008,0x0060);
 757    if ( strModality != GDCM_UNFOUND )
 758    {
 759            if ( strModality.find("AU") < strModality.length()) return AU;
 760       else if ( strModality.find("AS") < strModality.length()) return AS;
 761       else if ( strModality.find("BI") < strModality.length()) return BI;
 762       else if ( strModality.find("CF") < strModality.length()) return CF;
 763       else if ( strModality.find("CP") < strModality.length()) return CP;
 764       else if ( strModality.find("CR") < strModality.length()) return CR;
 765       else if ( strModality.find("CT") < strModality.length()) return CT;
 766       else if ( strModality.find("CS") < strModality.length()) return CS;
 767       else if ( strModality.find("DD") < strModality.length()) return DD;
 768       else if ( strModality.find("DF") < strModality.length()) return DF;
 769       else if ( strModality.find("DG") < strModality.length()) return DG;
 770       else if ( strModality.find("DM") < strModality.length()) return DM;
 771       else if ( strModality.find("DS") < strModality.length()) return DS;
 772       else if ( strModality.find("DX") < strModality.length()) return DX;
 773       else if ( strModality.find("ECG") < strModality.length()) return ECG;
 774       else if ( strModality.find("EPS") < strModality.length()) return EPS;
 775       else if ( strModality.find("FA") < strModality.length()) return FA;
 776       else if ( strModality.find("FS") < strModality.length()) return FS;
 777       else if ( strModality.find("HC") < strModality.length()) return HC;
 778       else if ( strModality.find("HD") < strModality.length()) return HD;
 779       else if ( strModality.find("LP") < strModality.length()) return LP;
 780       else if ( strModality.find("LS") < strModality.length()) return LS;
 781       else if ( strModality.find("MA") < strModality.length()) return MA;
 782       else if ( strModality.find("MR") < strModality.length()) return MR;
 783       else if ( strModality.find("NM") < strModality.length()) return NM;
 784       else if ( strModality.find("OT") < strModality.length()) return OT;
 785       else if ( strModality.find("PT") < strModality.length()) return PT;
 786       else if ( strModality.find("RF") < strModality.length()) return RF;
 787       else if ( strModality.find("RG") < strModality.length()) return RG;
 788       else if ( strModality.find("RTDOSE")   < strModality.length()) return RTDOSE;
 789       else if ( strModality.find("RTIMAGE")  < strModality.length()) return RTIMAGE;
 790       else if ( strModality.find("RTPLAN")   < strModality.length()) return RTPLAN;
 791       else if ( strModality.find("RTSTRUCT") < strModality.length()) return RTSTRUCT;
 792       else if ( strModality.find("SM") < strModality.length()) return SM;
 793       else if ( strModality.find("ST") < strModality.length()) return ST;
 794       else if ( strModality.find("TG") < strModality.length()) return TG;
 795       else if ( strModality.find("US") < strModality.length()) return US;
 796       else if ( strModality.find("VF") < strModality.length()) return VF;
 797       else if ( strModality.find("XA") < strModality.length()) return XA;
 798       else if ( strModality.find("XC") < strModality.length()) return XC;
 799
 800       else
 801       {
 802          /// \todo throw error return value ???
 803          /// specified <> unknow in our database
 804          return Unknow;
 805       }
 806    }
 807
 808    return Unknow;
 809 }
 810
 811 /**
 812  * \brief   Retrieve the number of Bits Stored (actually used)
 813  *          (as opposite to number of Bits Allocated)
 814  * @return  The encountered number of Bits Stored, 0 by default.
 815  *          0 means the file is NOT USABLE. The caller has to check it !
 816  */
 817 int Header::GetBitsStored()
 818 {
 819    std::string strSize = GetEntry( 0x0028, 0x0101 );
 820    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 821    {
 822       gdcmVerboseMacro("(0028,0101) is supposed to be mandatory");
 823       return 0;  // It's supposed to be mandatory
 824                  // the caller will have to check
 825    }
 826    return atoi( strSize.c_str() );
 827 }
 828
 829 /**
 830  * \brief   Retrieve the high bit position.
 831  * \warning The method defaults to 0 when information is Missing.
 832  *          The responsability of checking this value is left to the caller.
 833  * @return  The high bit positin when present. 0 when Missing.
 834  */
 835 int Header::GetHighBitPosition()
 836 {
 837    std::string strSize = GetEntry( 0x0028, 0x0102 );
 838    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 839    {
 840       gdcmVerboseMacro( "(0028,0102) is supposed to be mandatory");
 841       return 0;
 842    }
 843    return atoi( strSize.c_str() );
 844 }
 845
 846 /**
 847  * \brief   Check wether the pixels are signed or UNsigned data.
 848  * \warning The method defaults to false (UNsigned) when information is Missing.
 849  *          The responsability of checking this value is left to the caller.
 850  * @return  True when signed, false when UNsigned
 851  */
 852 bool Header::IsSignedPixelData()
 853 {
 854    std::string strSize = GetEntry( 0x0028, 0x0103 );
 855    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 856    {
 857       gdcmVerboseMacro( "(0028,0103) is supposed to be mandatory");
 858       return false;
 859    }
 860    int sign = atoi( strSize.c_str() );
 861    if ( sign == 0 )
 862    {
 863       return false;
 864    }
 865    return true;
 866 }
 867
 868 /**
 869  * \brief   Retrieve the number of Bits Allocated
 870  *          (8, 12 -compacted ACR-NEMA files, 16, ...)
 871  * @return  The encountered number of Bits Allocated, 0 by default.
 872  *          0 means the file is NOT USABLE. The caller has to check it !
 873  */
 874 int Header::GetBitsAllocated()
 875 {
 876    std::string strSize = GetEntry(0x0028,0x0100);
 877    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 878    {
 879       gdcmVerboseMacro( "(0028,0100) is supposed to be mandatory");
 880       return 0; // It's supposed to be mandatory
 881                 // the caller will have to check
 882    }
 883    return atoi( strSize.c_str() );
 884 }
 885
 886 /**
 887  * \brief   Retrieve the number of Samples Per Pixel
 888  *          (1 : gray level, 3 : RGB -1 or 3 Planes-)
 889  * @return  The encountered number of Samples Per Pixel, 1 by default.
 890  *          (Gray level Pixels)
 891  */
 892 int Header::GetSamplesPerPixel()
 893 {
 894    const std::string& strSize = GetEntry(0x0028,0x0002);
 895    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 896    {
 897       gdcmVerboseMacro( "(0028,0002) is supposed to be mandatory");
 898       return 1; // Well, it's supposed to be mandatory ...
 899                 // but sometimes it's missing : *we* assume Gray pixels
 900    }
 901    return atoi( strSize.c_str() );
 902 }
 903
 904 /**
 905  * \brief   Check wether this a monochrome picture or not by accessing
 906  *          the "Photometric Interpretation" tag ( 0x0028, 0x0004 ).
 907  * @return  true when "MONOCHROME1" or "MONOCHROME2". False otherwise.
 908  */
 909 bool Header::IsMonochrome()
 910 {
 911    const std::string& PhotometricInterp = GetEntry( 0x0028, 0x0004 );
 912    if (  Util::DicomStringEqual(PhotometricInterp, "MONOCHROME1")
 913       || Util::DicomStringEqual(PhotometricInterp, "MONOCHROME2") )
 914    {
 915       return true;
 916    }
 917    if ( PhotometricInterp == GDCM_UNFOUND )
 918    {
 919       gdcmVerboseMacro( "Not found : Photometric Interpretation (0028,0004)");
 920    }
 921    return false;
 922 }
 923
 924 /**
 925  * \brief   Check wether this a "PALETTE COLOR" picture or not by accessing
 926  *          the "Photometric Interpretation" tag ( 0x0028, 0x0004 ).
 927  * @return  true when "PALETTE COLOR". False otherwise.
 928  */
 929 bool Header::IsPaletteColor()
 930 {
 931    std::string PhotometricInterp = GetEntry( 0x0028, 0x0004 );
 932    if (   PhotometricInterp == "PALETTE COLOR " )
 933    {
 934       return true;
 935    }
 936    if ( PhotometricInterp == GDCM_UNFOUND )
 937    {
 938       gdcmVerboseMacro( "Not found : Palette color (0028,0004)");
 939    }
 940    return false;
 941 }
 942
 943 /**
 944  * \brief   Check wether this a "YBR_FULL" color picture or not by accessing
 945  *          the "Photometric Interpretation" tag ( 0x0028, 0x0004 ).
 946  * @return  true when "YBR_FULL". False otherwise.
 947  */
 948 bool Header::IsYBRFull()
 949 {
 950    std::string PhotometricInterp = GetEntry( 0x0028, 0x0004 );
 951    if (   PhotometricInterp == "YBR_FULL" )
 952    {
 953       return true;
 954    }
 955    if ( PhotometricInterp == GDCM_UNFOUND )
 956    {
 957       gdcmVerboseMacro( "Not found : YBR Full (0028,0004)");
 958    }
 959    return false;
 960 }
 961
 962 /**
 963  * \brief   Retrieve the Planar Configuration for RGB images
 964  *          (0 : RGB Pixels , 1 : R Plane + G Plane + B Plane)
 965  * @return  The encountered Planar Configuration, 0 by default.
 966  */
 967 int Header::GetPlanarConfiguration()
 968 {
 969    std::string strSize = GetEntry(0x0028,0x0006);
 970    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 971    {
 972       gdcmVerboseMacro( "Not found : Planar Configuration (0028,0006)");
 973       return 0;
 974    }
 975    return atoi( strSize.c_str() );
 976 }
 977
 978 /**
 979  * \brief   Return the size (in bytes) of a single pixel of data.
 980  * @return  The size in bytes of a single pixel of data; 0 by default
 981  *          0 means the file is NOT USABLE; the caller will have to check
 982  */
 983 int Header::GetPixelSize()
 984 {
 985    // 0028 0100 US IMG Bits Allocated
 986    // (in order no to be messed up by old RGB images)
 987    //   if (Header::GetEntry(0x0028,0x0100) == "24")
 988    //      return 3;
 989
 990    std::string pixelType = GetPixelType();
 991    if ( pixelType ==  "8U" || pixelType == "8S" )
 992    {
 993       return 1;
 994    }
 995    if ( pixelType == "16U" || pixelType == "16S")
 996    {
 997       return 2;
 998    }
 999    if ( pixelType == "32U" || pixelType == "32S")
1000    {
1001       return 4;
1002    }
1003    if ( pixelType == "FD" )
1004    {
1005       return 8;
1006    }
1007    gdcmVerboseMacro( "Unknown pixel type");
1008    return 0;
1009 }
1010
1011 /**
1012  * \brief   Build the Pixel Type of the image.
1013  *          Possible values are:
1014  *          - 8U  unsigned  8 bit,
1015  *          - 8S    signed  8 bit,
1016  *          - 16U unsigned 16 bit,
1017  *          - 16S   signed 16 bit,
1018  *          - 32U unsigned 32 bit,
1019  *          - 32S   signed 32 bit,
1020  *          - FD floating double 64 bits (Not kosher DICOM, but so usefull!)
1021  * \warning 12 bit images appear as 16 bit.
1022  *          24 bit images appear as 8 bit
1023  * @return  0S if nothing found. NOT USABLE file. The caller has to check
1024  */
1025 std::string Header::GetPixelType()
1026 {
1027    std::string bitsAlloc = GetEntry(0x0028, 0x0100); // Bits Allocated
1028    if ( bitsAlloc == GDCM_UNFOUND )
1029    {
1030       gdcmVerboseMacro( "Missing  Bits Allocated (0028,0100)");
1031       bitsAlloc = "16";
1032    }
1033
1034    if ( bitsAlloc == "64" )
1035    {
1036       return "FD";
1037    }
1038    else if ( bitsAlloc == "12" )
1039    {
1040       // It will be unpacked
1041       bitsAlloc = "16";
1042    }
1043    else if ( bitsAlloc == "24" )
1044    {
1045       // (in order no to be messed up
1046       bitsAlloc = "8";  // by old RGB images)
1047    }
1048
1049    std::string sign = GetEntry(0x0028, 0x0103);//"Pixel Representation"
1050
1051    if (sign == GDCM_UNFOUND )
1052    {
1053       gdcmVerboseMacro( "Missing Pixel Representation (0028,0103)");
1054       bitsAlloc = "0";
1055    }
1056    else if ( sign == "0" )
1057    {
1058       sign = "U";
1059    }
1060    else
1061    {
1062       sign = "S";
1063    }
1064    return bitsAlloc + sign;
1065 }
1066
1067
1068 /**
1069  * \brief   Recover the offset (from the beginning of the file)
1070  *          of *image* pixels (not *icone image* pixels, if any !)
1071  * @return Pixel Offset
1072  */
1073 size_t Header::GetPixelOffset()
1074 {
1075    DocEntry* pxlElement = GetDocEntry(GrPixel,NumPixel);
1076    if ( pxlElement )
1077    {
1078       return pxlElement->GetOffset();
1079    }
1080    else
1081    {
1082 #ifdef GDCM_DEBUG
1083       std::cout << "Big trouble : Pixel Element ("
1084                 << std::hex << GrPixel<<","<< NumPixel<< ") NOT found"
1085                 << std::endl;
1086 #endif //GDCM_DEBUG
1087       return 0;
1088    }
1089 }
1090
1091 /// \todo TODO : unify those two (previous one and next one)
1092 /**
1093  * \brief   Recover the pixel area length (in Bytes)
1094  * @return Pixel Element Length, as stored in the header
1095  *         (NOT the memory space necessary to hold the Pixels
1096  *          -in case of embeded compressed image-)
1097  *         0 : NOT USABLE file. The caller has to check.
1098  */
1099 size_t Header::GetPixelAreaLength()
1100 {
1101    DocEntry* pxlElement = GetDocEntry(GrPixel,NumPixel);
1102    if ( pxlElement )
1103    {
1104       return pxlElement->GetLength();
1105    }
1106    else
1107    {
1108 #ifdef GDCM_DEBUG
1109       std::cout << "Big trouble : Pixel Element ("
1110                 << std::hex << GrPixel<<","<< NumPixel<< ") NOT found"
1111                 << std::endl;
1112 #endif //GDCM_DEBUG
1113       return 0;
1114    }
1115 }
1116
1117 /**
1118   * \brief tells us if LUT are used
1119   * \warning Right now, 'Segmented xxx Palette Color Lookup Table Data'
1120   *          are NOT considered as LUT, since nobody knows
1121   *          how to deal with them
1122   *          Please warn me if you know sbdy that *does* know ... jprx
1123   * @return true if LUT Descriptors and LUT Tables were found
1124   */
1125 bool Header::HasLUT()
1126 {
1127    // Check the presence of the LUT Descriptors, and LUT Tables
1128    // LutDescriptorRed
1129    if ( !GetDocEntry(0x0028,0x1101) )
1130    {
1131       return false;
1132    }
1133    // LutDescriptorGreen
1134    if ( !GetDocEntry(0x0028,0x1102) )
1135    {
1136       return false;
1137    }
1138    // LutDescriptorBlue
1139    if ( !GetDocEntry(0x0028,0x1103) )
1140    {
1141       return false;
1142    }
1143    // Red Palette Color Lookup Table Data
1144    if ( !GetDocEntry(0x0028,0x1201) )
1145    {
1146       return false;
1147    }
1148    // Green Palette Color Lookup Table Data
1149    if ( !GetDocEntry(0x0028,0x1202) )
1150    {
1151       return false;
1152    }
1153    // Blue Palette Color Lookup Table Data
1154    if ( !GetDocEntry(0x0028,0x1203) )
1155    {
1156       return false;
1157    }
1158
1159    // FIXME : (0x0028,0x3006) : LUT Data (CTX dependent)
1160    //         NOT taken into account, but we don't know how to use it ...
1161    return true;
1162 }
1163
1164 /**
1165   * \brief gets the info from 0028,1101 : Lookup Table Desc-Red
1166   *             else 0
1167   * @return Lookup Table number of Bits , 0 by default
1168   *          when (0028,0004),Photometric Interpretation = [PALETTE COLOR ]
1169   * @ return bit number of each LUT item
1170   */
1171 int Header::GetLUTNbits()
1172 {
1173    std::vector<std::string> tokens;
1174    int lutNbits;
1175
1176    //Just hope Lookup Table Desc-Red = Lookup Table Desc-Red
1177    //                                = Lookup Table Desc-Blue
1178    // Consistency already checked in GetLUTLength
1179    std::string lutDescription = GetEntry(0x0028,0x1101);
1180    if ( lutDescription == GDCM_UNFOUND )
1181    {
1182       return 0;
1183    }
1184
1185    tokens.clear(); // clean any previous value
1186    Util::Tokenize ( lutDescription, tokens, "\\" );
1187    //LutLength=atoi(tokens[0].c_str());
1188    //LutDepth=atoi(tokens[1].c_str());
1189
1190    lutNbits = atoi( tokens[2].c_str() );
1191    tokens.clear();
1192
1193    return lutNbits;
1194 }
1195
1196 /**
1197  * \brief Accesses the info from 0002,0010 : Transfer Syntax and TS
1198  *        else 1.
1199  * @return The full Transfer Syntax Name (as opposed to Transfer Syntax UID)
1200  */
1201 std::string Header::GetTransferSyntaxName()
1202 {
1203    // use the TS (TS : Transfer Syntax)
1204    std::string transferSyntax = GetEntry(0x0002,0x0010);
1205
1206    if ( transferSyntax == GDCM_NOTLOADED )
1207    {
1208       gdcmVerboseMacro( "Transfer Syntax not loaded. " << std::endl
1209                << "Better you increase MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE" );
1210       return "Uncompressed ACR-NEMA";
1211    }
1212    if ( transferSyntax == GDCM_UNFOUND )
1213    {
1214       gdcmVerboseMacro( "Unfound Transfer Syntax (0002,0010)");
1215       return "Uncompressed ACR-NEMA";
1216    }
1217
1218    while ( ! isdigit((unsigned char)transferSyntax[transferSyntax.length()-1]) )
1219    {
1220       transferSyntax.erase(transferSyntax.length()-1, 1);
1221    }
1222    // we do it only when we need it
1223    TS* ts         = Global::GetTS();
1224    std::string tsName = ts->GetValue( transferSyntax );
1225
1226    //delete ts; /// \todo Seg Fault when deleted ?!
1227    return tsName;
1228 }
1229
1230 //-----------------------------------------------------------------------------
1231 // Protected
1232
1233 /**
1234  * \brief anonymize a Header (removes Patient's personal info)
1235  *        (read the code to see which ones ...)
1236  */
1237 bool Header::AnonymizeHeader()
1238 {
1239    // If exist, replace by spaces
1240    SetEntry ("  ",0x0010, 0x2154); // Telephone
1241    SetEntry ("  ",0x0010, 0x1040); // Adress
1242    SetEntry ("  ",0x0010, 0x0020); // Patient ID
1243
1244    DocEntry* patientNameHE = GetDocEntry (0x0010, 0x0010);
1245
1246    if ( patientNameHE ) // we replace it by Study Instance UID (why not)
1247    {
1248       std::string studyInstanceUID =  GetEntry (0x0020, 0x000d);
1249       if ( studyInstanceUID != GDCM_UNFOUND )
1250       {
1251          ReplaceOrCreate(studyInstanceUID, 0x0010, 0x0010);
1252       }
1253       else
1254       {
1255          ReplaceOrCreate("anonymised", 0x0010, 0x0010);
1256       }
1257    }
1258
1259   // Just for fun :-(
1260   // (if any) remove or replace all the stuff that contains a Date
1261
1262 //0008 0012 DA ID Instance Creation Date
1263 //0008 0020 DA ID Study Date
1264 //0008 0021 DA ID Series Date
1265 //0008 0022 DA ID Acquisition Date
1266 //0008 0023 DA ID Content Date
1267 //0008 0024 DA ID Overlay Date
1268 //0008 0025 DA ID Curve Date
1269 //0008 002a DT ID Acquisition Datetime
1270 //0018 9074 DT ACQ Frame Acquisition Datetime
1271 //0018 9151 DT ACQ Frame Reference Datetime
1272 //0018 a002 DT ACQ Contribution Date Time
1273 //0020 3403 SH REL Modified Image Date (RET)
1274 //0032 0032 DA SDY Study Verified Date
1275 //0032 0034 DA SDY Study Read Date
1276 //0032 1000 DA SDY Scheduled Study Start Date
1277 //0032 1010 DA SDY Scheduled Study Stop Date
1278 //0032 1040 DA SDY Study Arrival Date
1279 //0032 1050 DA SDY Study Completion Date
1280 //0038 001a DA VIS Scheduled Admission Date
1281 //0038 001c DA VIS Scheduled Discharge Date
1282 //0038 0020 DA VIS Admitting Date
1283 //0038 0030 DA VIS Discharge Date
1284 //0040 0002 DA PRC Scheduled Procedure Step Start Date
1285 //0040 0004 DA PRC Scheduled Procedure Step End Date
1286 //0040 0244 DA PRC Performed Procedure Step Start Date
1287 //0040 0250 DA PRC Performed Procedure Step End Date
1288 //0040 2004 DA PRC Issue Date of Imaging Service Request
1289 //0040 4005 DT PRC Scheduled Procedure Step Start Date and Time
1290 //0040 4011 DT PRC Expected Completion Date and Time
1291 //0040 a030 DT PRC Verification Date Time
1292 //0040 a032 DT PRC Observation Date Time
1293 //0040 a120 DT PRC DateTime
1294 //0040 a121 DA PRC Date
1295 //0040 a13a DT PRC Referenced Datetime
1296 //0070 0082 DA ??? Presentation Creation Date
1297 //0100 0420 DT ??? SOP Autorization Date and Time
1298 //0400 0105 DT ??? Digital Signature DateTime
1299 //2100 0040 DA PJ Creation Date
1300 //3006 0008 DA SSET Structure Set Date
1301 //3008 0024 DA ??? Treatment Control Point Date
1302 //3008 0054 DA ??? First Treatment Date
1303 //3008 0056 DA ??? Most Recent Treatment Date
1304 //3008 0162 DA ??? Safe Position Exit Date
1305 //3008 0166 DA ??? Safe Position Return Date
1306 //3008 0250 DA ??? Treatment Date
1307 //300a 0006 DA RT RT Plan Date
1308 //300a 022c DA RT Air Kerma Rate Reference Date
1309 //300e 0004 DA RT Review Date
1310
1311    return true;
1312 }
1313
1314 /**
1315   * \brief gets the info from 0020,0037 : Image Orientation Patient
1316   * @param iop adress of the (6)float aray to receive values
1317   * @return cosines of image orientation patient
1318   */
1319 void Header::GetImageOrientationPatient( float iop[6] )
1320 {
1321    std::string strImOriPat;
1322    //iop is supposed to be float[6]
1323    iop[0] = iop[1] = iop[2] = iop[3] = iop[4] = iop[5] = 0.;
1324
1325    // 0020 0037 DS REL Image Orientation (Patient)
1326    if ( (strImOriPat = GetEntry(0x0020,0x0037)) != GDCM_UNFOUND )
1327    {
1328       if( sscanf( strImOriPat.c_str(), "%f\\%f\\%f\\%f\\%f\\%f",
1329           &iop[0], &iop[1], &iop[2], &iop[3], &iop[4], &iop[5]) != 6 )
1330       {
1331          gdcmVerboseMacro( "Wrong Image Orientation Patient (0020,0037). Less than 6 values were found." );
1332       }
1333    }
1334    //For ACR-NEMA
1335    // 0020 0035 DS REL Image Orientation (RET)
1336    else if ( (strImOriPat = GetEntry(0x0020,0x0035)) != GDCM_UNFOUND )
1337    {
1338       if( sscanf( strImOriPat.c_str(), "%f\\%f\\%f\\%f\\%f\\%f",
1339           &iop[0], &iop[1], &iop[2], &iop[3], &iop[4], &iop[5]) != 6 )
1340       {
1341          gdcmVerboseMacro( "wrong Image Orientation Patient (0020,0035). Less than 6 values were found." );
1342       }
1343    }
1344 }
1345
1346 /**
1347  * \brief Initialize a default DICOM header that should contain all the
1348  *        field require by other reader. DICOM standard does not
1349  *        explicitely defines those fields, heuristic has been choosen.
1350  *        This is not perfect as we are writting a CT image...
1351  */
1352 void Header::InitializeDefaultHeader()
1353 {
1354    typedef struct
1355    {
1356       const char *value;
1357       uint16_t group;
1358       uint16_t elem;
1359    } DICOM_DEFAULT_VALUE;
1360
1361    std::string date = Util::GetCurrentDate();
1362    std::string time = Util::GetCurrentTime();
1363    std::string uid = Util::CreateUniqueUID();
1364    std::string uidMedia = uid;
1365    std::string uidClass = uid + ".1";
1366    std::string uidInst  = uid + ".10";
1367    std::string uidStudy = uid + ".100";
1368    std::string uidSerie = uid + ".1000";
1369
1370    static DICOM_DEFAULT_VALUE defaultvalue[] = {
1371     { "146 ",                      0x0002, 0x0000}, // Meta Element Group Length // FIXME: how to recompute ?
1372     { "1.2.840.10008.5.1.4.1.1.2", 0x0002, 0x0002}, // Media Storage SOP Class UID (CT Image Storage)
1373     { uidClass.c_str(),            0x0002, 0x0003}, // Media Storage SOP Instance UID
1374     { uidClass.c_str(),            0x0002, 0x0012}, // META Implementation Class UID
1375     { "GDCM",                      0x0002, 0x0016}, // Source Application Entity Title
1376
1377     { date.c_str(),                0x0008, 0x0012}, // Instance Creation Date
1378     { time.c_str(),                0x0008, 0x0013}, // Instance Creation Time
1379     { "1.2.840.10008.5.1.4.1.1.2", 0x0008, 0x0016}, // SOP Class UID
1380     { uidInst.c_str(),             0x0008, 0x0018}, // SOP Instance UID
1381     { "CT",                        0x0008, 0x0060}, // Modality
1382     { "GDCM",                      0x0008, 0x0070}, // Manufacturer
1383     { "GDCM",                      0x0008, 0x0080}, // Institution Name
1384     { "http://www-creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm", 0x0008, 0x0081},  // Institution Address
1385
1386     { "GDCM",                      0x0010, 0x0010}, // Patient's Name
1387     { "GDCMID",                    0x0010, 0x0020}, // Patient ID
1388
1389     { uidStudy.c_str(),            0x0020, 0x000d}, // Study Instance UID
1390     { uidSerie.c_str(),            0x0020, 0x000e}, // Series Instance UID
1391     { "1",                         0x0020, 0x0010}, // StudyID
1392     { "1",                         0x0020, 0x0011}, // SeriesNumber
1393
1394     { "1",                         0x0028, 0x0002}, // Samples per pixel 1 or 3
1395     { "MONOCHROME1",               0x0028, 0x0004}, // photochromatic interpretation
1396     { "0",                         0x0028, 0x0010}, // nbRows
1397     { "0",                         0x0028, 0x0011}, // nbCols
1398     { "8",                         0x0028, 0x0100}, // BitsAllocated 8 or 12 or 16
1399     { "8",                         0x0028, 0x0101}, // BitsStored    <= BitsAllocated
1400     { "7",                         0x0028, 0x0102}, // HighBit       <= BitsAllocated - 1
1401     { "0",                         0x0028, 0x0103}, // Pixel Representation 0(unsigned) or 1(signed)
1402     { 0, 0, 0 }
1403    };
1404
1405    // default value
1406    // Special case this is the image (not a string)
1407    GrPixel = 0x7fe0;
1408    NumPixel = 0x0010;
1409    ReplaceOrCreate(0, 0, GrPixel, NumPixel);
1410
1411    // All remaining strings:
1412    unsigned int i = 0;
1413    DICOM_DEFAULT_VALUE current = defaultvalue[i];
1414    while( current.value )
1415    {
1416       ReplaceOrCreate(current.value, current.group, current.elem);
1417       current = defaultvalue[++i];
1418    }
1419 }
1420
1421
1422 //-----------------------------------------------------------------------------
1423 // Private
1424
1425 //-----------------------------------------------------------------------------
1426
1427 } // end namespace gdcm