src/gdcmHeader.cxx

   1 // $Header: /cvs/public/gdcm/src/Attic/gdcmHeader.cxx,v 1.104 2003/10/30 17:04:21 jpr Exp $
   2
   3 #include "gdcmHeader.h"
   4
   5 #include <stdio.h>
   6 #include <cerrno>
   7 // For nthos:
   8 #ifdef _MSC_VER
   9 #include <winsock.h>
  10 #else
  11 #include <netinet/in.h>
  12 #endif
  13 #include <cctype>    // for isalpha
  14 #include <sstream>
  15 #include "gdcmUtil.h"
  16 #include "gdcmTS.h"
  17
  18 // Refer to gdcmHeader::CheckSwap()
  19 #define HEADER_LENGTH_TO_READ       256
  20 // Refer to gdcmHeader::SetMaxSizeLoadElementValue()
  21 //#define _MaxSizeLoadElementValue_   1024
  22 #define _MaxSizeLoadElementValue_   4096
  23 /**
  24  * \ingroup gdcmHeader
  25  * \brief
  26  */
  27 void gdcmHeader::Initialise(void) {
  28    dicom_vr = gdcmGlobal::GetVR();
  29    dicom_ts = gdcmGlobal::GetTS();
  30    Dicts    = gdcmGlobal::GetDicts();
  31    RefPubDict = Dicts->GetDefaultPubDict();
  32    RefShaDict = (gdcmDict*)0;
  33 }
  34
  35 /**
  36  * \ingroup gdcmHeader
  37  * \brief
  38  * @param   InFilename
  39  * @param   exception_on_error
  40  */
  41 gdcmHeader::gdcmHeader(const char *InFilename, bool exception_on_error) {
  42    SetMaxSizeLoadElementValue(_MaxSizeLoadElementValue_);
  43    filename = InFilename;
  44    Initialise();
  45    if ( !OpenFile(exception_on_error))
  46       return;
  47    ParseHeader();
  48    LoadElements();
  49    CloseFile();
  50 }
  51
  52 /**
  53  * \ingroup gdcmHeader
  54  * \brief
  55  * @param   exception_on_error
  56  */
  57 gdcmHeader::gdcmHeader(bool exception_on_error) {
  58   SetMaxSizeLoadElementValue(_MaxSizeLoadElementValue_);
  59   Initialise();
  60 }
  61
  62 /**
  63  * \ingroup gdcmHeader
  64  * \brief
  65  * @param   exception_on_error
  66  * @return
  67  */
  68  bool gdcmHeader::OpenFile(bool exception_on_error)
  69   throw(gdcmFileError) {
  70   fp=fopen(filename.c_str(),"rb");
  71   if(exception_on_error) {
  72     if(!fp)
  73       throw gdcmFileError("gdcmHeader::gdcmHeader(const char *, bool)");
  74   }
  75
  76   if ( fp ) {
  77      guint16 zero;
  78      fread(&zero,  (size_t)2, (size_t)1, fp);
  79
  80     //ACR -- or DICOM with no Preamble
  81     if( zero == 0x0008 || zero == 0x0800 || zero == 0x0002 || zero == 0x0200)
  82        return true;
  83     //DICOM
  84     fseek(fp, 126L, SEEK_CUR);
  85     char dicm[4];
  86     fread(dicm,  (size_t)4, (size_t)1, fp);
  87     if( memcmp(dicm, "DICM", 4) == 0 )
  88        return true;
  89     fclose(fp);
  90     dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::gdcmHeader not DICOM/ACR", filename.c_str());
  91   }
  92   else {
  93     dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::gdcmHeader cannot open file", filename.c_str());
  94   }
  95   return false;
  96 }
  97
  98 /**
  99  * \ingroup gdcmHeader
 100  * \brief
 101  * @return  TRUE if the close was successfull
 102  */
 103 bool gdcmHeader::CloseFile(void) {
 104   int closed = fclose(fp);
 105   fp = (FILE *)0;
 106   if (! closed)
 107      return false;
 108   return true;
 109 }
 110
 111 /**
 112  * \ingroup gdcmHeader
 113  * \brief   Canonical destructor.
 114  */
 115 gdcmHeader::~gdcmHeader (void) {
 116   dicom_vr =   (gdcmVR*)0;
 117   Dicts    =   (gdcmDictSet*)0;
 118   RefPubDict = (gdcmDict*)0;
 119   RefShaDict = (gdcmDict*)0;
 120   return;
 121 }
 122
 123 // Fourth semantics:
 124 //
 125 // ---> Warning : This fourth field is NOT part
 126 //                of the 'official' Dicom Dictionnary
 127 //                and should NOT be used.
 128 //                (Not defined for all the groups
 129 //                 may be removed in a future release)
 130 //
 131 // CMD      Command
 132 // META     Meta Information
 133 // DIR      Directory
 134 // ID
 135 // PAT      Patient
 136 // ACQ      Acquisition
 137 // REL      Related
 138 // IMG      Image
 139 // SDY      Study
 140 // VIS      Visit
 141 // WAV      Waveform
 142 // PRC
 143 // DEV      Device
 144 // NMI      Nuclear Medicine
 145 // MED
 146 // BFS      Basic Film Session
 147 // BFB      Basic Film Box
 148 // BIB      Basic Image Box
 149 // BAB
 150 // IOB
 151 // PJ
 152 // PRINTER
 153 // RT       Radio Therapy
 154 // DVH
 155 // SSET
 156 // RES      Results
 157 // CRV      Curve
 158 // OLY      Overlays
 159 // PXL      Pixels
 160 // DL       Delimiters
 161 //
 162
 163 /**
 164  * \ingroup gdcmHeader
 165  * \brief   Discover what the swap code is (among little endian, big endian,
 166  *          bad little endian, bad big endian).
 167  *
 168  */
 169 void gdcmHeader::CheckSwap()
 170 {
 171    // The only guaranted way of finding the swap code is to find a
 172    // group tag since we know it's length has to be of four bytes i.e.
 173    // 0x00000004. Finding the swap code in then straigthforward. Trouble
 174    // occurs when we can't find such group...
 175    guint32  s;
 176    guint32  x=4;  // x : for ntohs
 177    bool net2host; // true when HostByteOrder is the same as NetworkByteOrder
 178
 179    int lgrLue;
 180    char * entCur;
 181    char deb[HEADER_LENGTH_TO_READ];
 182
 183    // First, compare HostByteOrder and NetworkByteOrder in order to
 184    // determine if we shall need to swap bytes (i.e. the Endian type).
 185    if (x==ntohs(x))
 186       net2host = true;
 187    else
 188       net2host = false;
 189
 190    // The easiest case is the one of a DICOM header, since it possesses a
 191    // file preamble where it suffice to look for the string "DICM".
 192    lgrLue = fread(deb, 1, HEADER_LENGTH_TO_READ, fp);
 193
 194    entCur = deb + 128;
 195    if(memcmp(entCur, "DICM", (size_t)4) == 0) {
 196       dbg.Verbose(1, "gdcmHeader::CheckSwap:", "looks like DICOM Version3");
 197       // Next, determine the value representation (VR). Let's skip to the
 198       // first element (0002, 0000) and check there if we find "UL"
 199       // - or "OB" if the 1st one is (0002,0001) -,
 200       // in which case we (almost) know it is explicit VR.
 201       // WARNING: if it happens to be implicit VR then what we will read
 202       // is the length of the group. If this ascii representation of this
 203       // length happens to be "UL" then we shall believe it is explicit VR.
 204       // FIXME: in order to fix the above warning, we could read the next
 205       // element value (or a couple of elements values) in order to make
 206       // sure we are not commiting a big mistake.
 207       // We need to skip :
 208       // * the 128 bytes of File Preamble (often padded with zeroes),
 209       // * the 4 bytes of "DICM" string,
 210       // * the 4 bytes of the first tag (0002, 0000),or (0002, 0001)
 211       // i.e. a total of  136 bytes.
 212       entCur = deb + 136;
 213       // FIXME
 214       // Use gdcmHeader::dicom_vr to test all the possibilities
 215       // instead of just checking for UL, OB and UI !?
 216       if(  (memcmp(entCur, "UL", (size_t)2) == 0) ||
 217            (memcmp(entCur, "OB", (size_t)2) == 0) ||
 218            (memcmp(entCur, "UI", (size_t)2) == 0) )
 219       {
 220          filetype = ExplicitVR;
 221          dbg.Verbose(1, "gdcmHeader::CheckSwap:",
 222                      "explicit Value Representation");
 223       } else {
 224          filetype = ImplicitVR;
 225          dbg.Verbose(1, "gdcmHeader::CheckSwap:",
 226                      "not an explicit Value Representation");
 227       }
 228       if (net2host) {
 229          sw = 4321;
 230          dbg.Verbose(1, "gdcmHeader::CheckSwap:",
 231                         "HostByteOrder != NetworkByteOrder");
 232       } else {
 233          sw = 0;
 234          dbg.Verbose(1, "gdcmHeader::CheckSwap:",
 235                         "HostByteOrder = NetworkByteOrder");
 236       }
 237
 238       // Position the file position indicator at first tag (i.e.
 239       // after the file preamble and the "DICM" string).
 240       rewind(fp);
 241       fseek (fp, 132L, SEEK_SET);
 242       return;
 243    } // End of DicomV3
 244
 245    // Alas, this is not a DicomV3 file and whatever happens there is no file
 246    // preamble. We can reset the file position indicator to where the data
 247    // is (i.e. the beginning of the file).
 248     dbg.Verbose(1, "gdcmHeader::CheckSwap:", "not a DICOM Version3 file");
 249    rewind(fp);
 250
 251    // Our next best chance would be to be considering a 'clean' ACR/NEMA file.
 252    // By clean we mean that the length of the first tag is written down.
 253    // If this is the case and since the length of the first group HAS to be
 254    // four (bytes), then determining the proper swap code is straightforward.
 255
 256    entCur = deb + 4;
 257    // We assume the array of char we are considering contains the binary
 258    // representation of a 32 bits integer. Hence the following dirty
 259    // trick :
 260    s = *((guint32 *)(entCur));
 261
 262    switch (s) {
 263    case 0x00040000 :
 264       sw = 3412;
 265       filetype = ACR;
 266       return;
 267    case 0x04000000 :
 268       sw = 4321;
 269       filetype = ACR;
 270       return;
 271    case 0x00000400 :
 272       sw = 2143;
 273       filetype = ACR;
 274       return;
 275    case 0x00000004 :
 276       sw = 0;
 277       filetype = ACR;
 278       return;
 279    default :
 280       dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::CheckSwap:",
 281                      "ACR/NEMA unfound swap info (time to raise bets)");
 282    }
 283
 284    // We are out of luck. It is not a DicomV3 nor a 'clean' ACR/NEMA file.
 285    // It is time for despaired wild guesses. So, let's assume this file
 286    // happens to be 'dirty' ACR/NEMA, i.e. the length of the group is
 287    // not present. Then the only info we have is the net2host one.
 288    filetype = Unknown;
 289    if (! net2host )
 290       sw = 0;
 291    else
 292       sw = 4321;
 293    return;
 294 }
 295
 296 /**
 297  * \ingroup gdcmHeader
 298  * \brief
 299  */
 300 void gdcmHeader::SwitchSwapToBigEndian(void) {
 301    dbg.Verbose(1, "gdcmHeader::SwitchSwapToBigEndian",
 302                   "Switching to BigEndian mode.");
 303    if ( sw == 0    ) {
 304       sw = 4321;
 305       return;
 306    }
 307    if ( sw == 4321 ) {
 308       sw = 0;
 309       return;
 310    }
 311    if ( sw == 3412 ) {
 312       sw = 2143;
 313       return;
 314    }
 315    if ( sw == 2143 )
 316       sw = 3412;
 317 }
 318
 319 /**
 320  * \ingroup   gdcmHeader
 321  * \brief     Find the value representation of the current tag.
 322  * @param ElVal
 323  */
 324 void gdcmHeader::FindVR( gdcmElValue *ElVal) {
 325    if (filetype != ExplicitVR)
 326       return;
 327
 328    char VR[3];
 329    std::string vr;
 330    int lgrLue;
 331    char msg[100]; // for sprintf. Sorry
 332
 333    long PositionOnEntry = ftell(fp);
 334    // Warning: we believe this is explicit VR (Value Representation) because
 335    // we used a heuristic that found "UL" in the first tag. Alas this
 336    // doesn't guarantee that all the tags will be in explicit VR. In some
 337    // cases (see e-film filtered files) one finds implicit VR tags mixed
 338    // within an explicit VR file. Hence we make sure the present tag
 339    // is in explicit VR and try to fix things if it happens not to be
 340    // the case.
 341    bool RealExplicit = true;
 342
 343    lgrLue=fread (&VR, (size_t)2,(size_t)1, fp);
 344    VR[2]=0;
 345    vr = std::string(VR);
 346
 347    // Assume we are reading a falsely explicit VR file i.e. we reached
 348    // a tag where we expect reading a VR but are in fact we read the
 349    // first to bytes of the length. Then we will interogate (through find)
 350    // the dicom_vr dictionary with oddities like "\004\0" which crashes
 351    // both GCC and VC++ implementations of the STL map. Hence when the
 352    // expected VR read happens to be non-ascii characters we consider
 353    // we hit falsely explicit VR tag.
 354
 355    if ( (!isalpha(VR[0])) && (!isalpha(VR[1])) )
 356       RealExplicit = false;
 357
 358    // CLEANME searching the dicom_vr at each occurence is expensive.
 359    // PostPone this test in an optional integrity check at the end
 360    // of parsing or only in debug mode.
 361    if ( RealExplicit && !dicom_vr->Count(vr) )
 362       RealExplicit= false;
 363
 364    if ( RealExplicit ) {
 365       if ( ElVal->IsVrUnknown() ) {
 366          // When not a dictionary entry, we can safely overwrite the vr.
 367          ElVal->SetVR(vr);
 368          return;
 369       }
 370       if ( ElVal->GetVR() == vr ) {
 371          // The vr we just read and the dictionary agree. Nothing to do.
 372          return;
 373       }
 374       // The vr present in the file and the dictionary disagree. We assume
 375       // the file writer knew best and use the vr of the file. Since it would
 376       // be unwise to overwrite the vr of a dictionary (since it would
 377       // compromise it's next user), we need to clone the actual DictEntry
 378       // and change the vr for the read one.
 379       gdcmDictEntry* NewTag = new gdcmDictEntry(ElVal->GetGroup(),
 380                                  ElVal->GetElement(),
 381                                  vr,
 382                                  "FIXME",
 383                                  ElVal->GetName());
 384       ElVal->SetDictEntry(NewTag);
 385       return;
 386    }
 387
 388    // We thought this was explicit VR, but we end up with an
 389    // implicit VR tag. Let's backtrack.
 390
 391       sprintf(msg,"Falsely explicit vr file (%04x,%04x)\n",
 392                    ElVal->GetGroup(),ElVal->GetElement());
 393       dbg.Verbose(1, "gdcmHeader::FindVR: ",msg);
 394
 395    fseek(fp, PositionOnEntry, SEEK_SET);
 396    // When this element is known in the dictionary we shall use, e.g. for
 397    // the semantics (see  the usage of IsAnInteger), the vr proposed by the
 398    // dictionary entry. Still we have to flag the element as implicit since
 399    // we know now our assumption on expliciteness is not furfilled.
 400    // avoid  .
 401    if ( ElVal->IsVrUnknown() )
 402       ElVal->SetVR("Implicit");
 403    ElVal->SetImplicitVr();
 404 }
 405
 406 /**
 407  * \ingroup gdcmHeader
 408  * \brief   Determines if the Transfer Syntax was already encountered
 409  *          and if it corresponds to a ImplicitVRLittleEndian one.
 410  *
 411  * @return  True when ImplicitVRLittleEndian found. False in all other cases.
 412  */
 413 bool gdcmHeader::IsImplicitVRLittleEndianTransferSyntax(void) {
 414    gdcmElValue* Element = PubElValSet.GetElementByNumber(0x0002, 0x0010);
 415    if ( !Element )
 416       return false;
 417    LoadElementValueSafe(Element);
 418    std::string Transfer = Element->GetValue();
 419    if ( Transfer == "1.2.840.10008.1.2" )
 420       return true;
 421    return false;
 422 }
 423
 424 /**
 425  * \ingroup gdcmHeader
 426  * \brief   Determines if the Transfer Syntax was already encountered
 427  *          and if it corresponds to a ExplicitVRLittleEndian one.
 428  *
 429  * @return  True when ExplicitVRLittleEndian found. False in all other cases.
 430  */
 431 bool gdcmHeader::IsExplicitVRLittleEndianTransferSyntax(void) {
 432    gdcmElValue* Element = PubElValSet.GetElementByNumber(0x0002, 0x0010);
 433    if ( !Element )
 434       return false;
 435    LoadElementValueSafe(Element);
 436    std::string Transfer = Element->GetValue();
 437    if ( Transfer == "1.2.840.10008.1.2.1" )
 438       return true;
 439    return false;
 440 }
 441
 442 /**
 443  * \ingroup gdcmHeader
 444  * \brief   Determines if the Transfer Syntax was already encountered
 445  *          and if it corresponds to a DeflatedExplicitVRLittleEndian one.
 446  *
 447  * @return  True when DeflatedExplicitVRLittleEndian found. False in all other cases.
 448  */
 449 bool gdcmHeader::IsDeflatedExplicitVRLittleEndianTransferSyntax(void) {
 450    gdcmElValue* Element = PubElValSet.GetElementByNumber(0x0002, 0x0010);
 451    if ( !Element )
 452       return false;
 453    LoadElementValueSafe(Element);
 454    std::string Transfer = Element->GetValue();
 455    if ( Transfer == "1.2.840.10008.1.2.1.99" )
 456       return true;
 457    return false;
 458 }
 459
 460 /**
 461  * \ingroup gdcmHeader
 462  * \brief   Determines if the Transfer Syntax was already encountered
 463  *          and if it corresponds to a Explicit VR Big Endian one.
 464  *
 465  * @return  True when big endian found. False in all other cases.
 466  */
 467 bool gdcmHeader::IsExplicitVRBigEndianTransferSyntax(void) {
 468    gdcmElValue* Element = PubElValSet.GetElementByNumber(0x0002, 0x0010);
 469    if ( !Element )
 470       return false;
 471    LoadElementValueSafe(Element);
 472    std::string Transfer = Element->GetValue();
 473    if ( Transfer == "1.2.840.10008.1.2.2" )  //1.2.2 ??? A verifier !
 474       return true;
 475    return false;
 476 }
 477
 478 /**
 479  * \ingroup gdcmHeader
 480  * \brief   Determines if the Transfer Syntax was already encountered
 481  *          and if it corresponds to a JPEGBaseLineProcess1 one.
 482  *
 483  * @return  True when JPEGBaseLineProcess1found. False in all other cases.
 484  */
 485 bool gdcmHeader::IsJPEGBaseLineProcess1TransferSyntax(void) {
 486    gdcmElValue* Element = PubElValSet.GetElementByNumber(0x0002, 0x0010);
 487    if ( !Element )
 488       return false;
 489    LoadElementValueSafe(Element);
 490    std::string Transfer = Element->GetValue();
 491    if ( Transfer == "1.2.840.10008.1.2.4.50" )
 492       return true;
 493    return false;
 494 }
 495
 496 /**
 497  * \ingroup gdcmHeader
 498  * \brief
 499  *
 500  * @return
 501  */
 502 bool gdcmHeader::IsJPEGLossless(void) {
 503    gdcmElValue* Element = PubElValSet.GetElementByNumber(0x0002, 0x0010);
 504     // faire qq chose d'intelligent a la place de ça
 505    if ( !Element )
 506       return false;
 507    LoadElementValueSafe(Element);
 508    const char * Transfert = Element->GetValue().c_str();
 509    if ( memcmp(Transfert+strlen(Transfert)-2 ,"70",2)==0) return true;
 510    if ( memcmp(Transfert+strlen(Transfert)-2 ,"55",2)==0) return true;
 511    if (Element->GetValue() == "1.2.840.10008.1.2.4.57") return true;
 512
 513    return false;
 514 }
 515
 516
 517 /**
 518  * \ingroup gdcmHeader
 519  * \brief   Determines if the Transfer Syntax was already encountered
 520  *          and if it corresponds to a JPEGExtendedProcess2-4 one.
 521  *
 522  * @return  True when JPEGExtendedProcess2-4 found. False in all other cases.
 523  */
 524 bool gdcmHeader::IsJPEGExtendedProcess2_4TransferSyntax(void) {
 525    gdcmElValue* Element = PubElValSet.GetElementByNumber(0x0002, 0x0010);
 526    if ( !Element )
 527       return false;
 528    LoadElementValueSafe(Element);
 529    std::string Transfer = Element->GetValue();
 530    if ( Transfer == "1.2.840.10008.1.2.4.51" )
 531       return true;
 532    return false;
 533 }
 534
 535 /**
 536  * \ingroup gdcmHeader
 537  * \brief   Determines if the Transfer Syntax was already encountered
 538  *          and if it corresponds to a JPEGExtendeProcess3-5 one.
 539  *
 540  * @return  True when JPEGExtendedProcess3-5 found. False in all other cases.
 541  */
 542 bool gdcmHeader::IsJPEGExtendedProcess3_5TransferSyntax(void) {
 543    gdcmElValue* Element = PubElValSet.GetElementByNumber(0x0002, 0x0010);
 544    if ( !Element )
 545       return false;
 546    LoadElementValueSafe(Element);
 547    std::string Transfer = Element->GetValue();
 548    if ( Transfer == "1.2.840.10008.1.2.4.52" )
 549       return true;
 550    return false;
 551 }
 552
 553 /**
 554  * \ingroup gdcmHeader
 555  * \brief   Determines if the Transfer Syntax was already encountered
 556  *          and if it corresponds to a JPEGSpectralSelectionProcess6-8 one.
 557  *
 558  * @return  True when JPEGSpectralSelectionProcess6-8 found. False in all
 559  *          other cases.
 560  */
 561 bool gdcmHeader::IsJPEGSpectralSelectionProcess6_8TransferSyntax(void) {
 562    gdcmElValue* Element = PubElValSet.GetElementByNumber(0x0002, 0x0010);
 563    if ( !Element )
 564       return false;
 565    LoadElementValueSafe(Element);
 566    std::string Transfer = Element->GetValue();
 567    if ( Transfer == "1.2.840.10008.1.2.4.53" )
 568       return true;
 569    return false;
 570 }
 571
 572 /**
 573  * \ingroup gdcmHeader
 574  * \brief   Determines if the Transfer Syntax was already encountered
 575  *          and if it corresponds to a RLE Lossless one.
 576  *
 577  * @return  True when RLE Lossless found. False in all
 578  *          other cases.
 579  */
 580 bool gdcmHeader::IsRLELossLessTransferSyntax(void) {
 581    gdcmElValue* Element = PubElValSet.GetElementByNumber(0x0002, 0x0010);
 582    if ( !Element )
 583       return false;
 584    LoadElementValueSafe(Element);
 585    std::string Transfer = Element->GetValue();
 586    if ( Transfer == "1.2.840.10008.1.2.5" )
 587       return true;
 588    return false;
 589 }
 590
 591 /**
 592  * \ingroup gdcmHeader
 593  * \brief   Determines if the Transfer Syntax was already encountered
 594  *          and if it corresponds to a JPEG200 one.0
 595  *
 596  * @return  True when JPEG2000 (Lossly or LossLess) found. False in all
 597  *          other cases.
 598  */
 599 bool gdcmHeader::IsJPEG2000(void) {
 600    gdcmElValue* Element = PubElValSet.GetElementByNumber(0x0002, 0x0010);
 601    if ( !Element )
 602       return false;
 603    LoadElementValueSafe(Element);
 604    std::string Transfer = Element->GetValue();
 605    if (    (Transfer == "1.2.840.10008.1.2.4.90")
 606         || (Transfer == "1.2.840.10008.1.2.4.91") )
 607       return true;
 608    return false;
 609 }
 610
 611 /**
 612  * \ingroup gdcmHeader
 613  * \brief   Predicate for dicom version 3 file.
 614  * @return  True when the file is a dicom version 3.
 615  */
 616 bool gdcmHeader::IsDicomV3(void) {
 617    if (   (filetype == ExplicitVR)
 618        || (filetype == ImplicitVR) )
 619       return true;
 620    return false;
 621 }
 622
 623 /**
 624  * \ingroup gdcmHeader
 625  * \brief   When the length of an element value is obviously wrong (because
 626  *          the parser went Jabberwocky) one can hope improving things by
 627  *          applying this heuristic.
 628  */
 629 void gdcmHeader::FixFoundLength(gdcmElValue * ElVal, guint32 FoundLength) {
 630    if ( FoundLength == 0xffffffff)
 631       FoundLength = 0;
 632
 633       // Sorry for the patch!
 634       // XMedCom did the trick to read some nasty GE images ...
 635    else if (FoundLength == 13) {
 636       // The following 'if' will be removed when there is no more
 637       // images on Creatis HDs with a 13 length for Manufacturer...
 638       if ( (ElVal->GetGroup() != 0x0008) || (ElVal->GetElement() != 0x0070))  {
 639       // end of remove area
 640          FoundLength =10;
 641       }
 642    }
 643      // to fix some garbage 'Leonardo' Siemens images
 644      // May be commented out to avoid overhead
 645    else if ( (ElVal->GetGroup() == 0x0009)
 646        &&
 647        ( (ElVal->GetElement() == 0x1113) || (ElVal->GetElement() == 0x1114) ) )
 648         FoundLength =4;
 649
 650    ElVal->SetLength(FoundLength);
 651 }
 652
 653 /**
 654  * \ingroup gdcmHeader
 655  * \brief
 656  *
 657  * @return
 658  */
 659  guint32 gdcmHeader::FindLengthOB(void) {
 660    // See PS 3.5-2001, section A.4 p. 49 on encapsulation of encoded pixel data.
 661    guint16 g;
 662    guint16 n;
 663    long PositionOnEntry = ftell(fp);
 664    bool FoundSequenceDelimiter = false;
 665    guint32 TotalLength = 0;
 666    guint32 ItemLength;
 667
 668    while ( ! FoundSequenceDelimiter) {
 669       g = ReadInt16();
 670       n = ReadInt16();
 671       if (errno == 1)
 672          return 0;
 673       TotalLength += 4;  // We even have to decount the group and element
 674
 675       if ( g != 0xfffe && g!=0xb00c ) /*for bogus header */ {
 676          char msg[100]; // for sprintf. Sorry
 677          sprintf(msg,"wrong group (%04x) for an item sequence (%04x,%04x)\n",g, g,n);
 678          dbg.Verbose(1, "gdcmHeader::FindLengthOB: ",msg);
 679          errno = 1;
 680          return 0;
 681       }
 682       if ( n == 0xe0dd || ( g==0xb00c && n==0x0eb6 ) ) /* for bogus header  */
 683          FoundSequenceDelimiter = true;
 684       else if ( n != 0xe000 ){
 685          char msg[100];  // for sprintf. Sorry
 686          sprintf(msg,"wrong element (%04x) for an item sequence (%04x,%04x)\n",
 687                       n, g,n);
 688          dbg.Verbose(1, "gdcmHeader::FindLengthOB: ",msg);
 689          errno = 1;
 690          return 0;
 691       }
 692       ItemLength = ReadInt32();
 693       TotalLength += ItemLength + 4;  // We add 4 bytes since we just read
 694                                       // the ItemLength with ReadInt32
 695       SkipBytes(ItemLength);
 696    }
 697    fseek(fp, PositionOnEntry, SEEK_SET);
 698    return TotalLength;
 699 }
 700
 701 /**
 702  * \ingroup gdcmHeader
 703  * \brief
 704  *
 705  * @return
 706  */
 707  void gdcmHeader::FindLength (gdcmElValue * ElVal) {
 708    guint16 element = ElVal->GetElement();
 709    guint16 group   = ElVal->GetGroup();
 710    std::string  vr = ElVal->GetVR();
 711    guint16 length16;
 712    if( (element == 0x0010) && (group == 0x7fe0) ) {
 713       dbg.SetDebug(0);
 714       dbg.Verbose(2, "gdcmHeader::FindLength: ",
 715                      "we reached 7fe0 0010");
 716    }
 717
 718    if ( (filetype == ExplicitVR) && ! ElVal->IsImplicitVr() ) {
 719       if ( (vr=="OB") || (vr=="OW") || (vr=="SQ") || (vr=="UN") ) {
 720
 721          // The following reserved two bytes (see PS 3.5-2001, section
 722          // 7.1.2 Data element structure with explicit vr p27) must be
 723          // skipped before proceeding on reading the length on 4 bytes.
 724          fseek(fp, 2L, SEEK_CUR);
 725
 726          guint32 length32 = ReadInt32();
 727
 728          if ( (vr == "OB") && (length32 == 0xffffffff) ) {
 729             ElVal->SetLength(FindLengthOB());
 730             return;
 731          }
 732          FixFoundLength(ElVal, length32);
 733          return;
 734       }
 735
 736       // Length is encoded on 2 bytes.
 737       length16 = ReadInt16();
 738
 739       // We can tell the current file is encoded in big endian (like
 740       // Data/US-RGB-8-epicard) when we find the "Transfer Syntax" tag
 741       // and it's value is the one of the encoding of a big endian file.
 742       // In order to deal with such big endian encoded files, we have
 743       // (at least) two strategies:
 744       // * when we load the "Transfer Syntax" tag with value of big endian
 745       //   encoding, we raise the proper flags. Then we wait for the end
 746       //   of the META group (0x0002) among which is "Transfer Syntax",
 747       //   before switching the swap code to big endian. We have to postpone
 748       //   the switching of the swap code since the META group is fully encoded
 749       //   in little endian, and big endian coding only starts at the next
 750       //   group. The corresponding code can be hard to analyse and adds
 751       //   many additional unnecessary tests for regular tags.
 752       // * the second strategy consists in waiting for trouble, that shall
 753       //   appear when we find the first group with big endian encoding. This
 754       //   is easy to detect since the length of a "Group Length" tag (the
 755       //   ones with zero as element number) has to be of 4 (0x0004). When we
 756       //   encouter 1024 (0x0400) chances are the encoding changed and we
 757       //   found a group with big endian encoding.
 758       // We shall use this second strategy. In order to make sure that we
 759       // can interpret the presence of an apparently big endian encoded
 760       // length of a "Group Length" without committing a big mistake, we
 761       // add an additional check: we look in the already parsed elements
 762       // for the presence of a "Transfer Syntax" whose value has to be "big
 763       // endian encoding". When this is the case, chances are we have got our
 764       // hands on a big endian encoded file: we switch the swap code to
 765       // big endian and proceed...
 766       if ( (element  == 0x0000) && (length16 == 0x0400) ) {
 767          if ( ! IsExplicitVRBigEndianTransferSyntax() ) {
 768             dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::FindLength", "not explicit VR");
 769             errno = 1;
 770             return;
 771          }
 772          length16 = 4;
 773          SwitchSwapToBigEndian();
 774          // Restore the unproperly loaded values i.e. the group, the element
 775          // and the dictionary entry depending on them.
 776          guint16 CorrectGroup   = SwapShort(ElVal->GetGroup());
 777          guint16 CorrectElem    = SwapShort(ElVal->GetElement());
 778          gdcmDictEntry * NewTag = GetDictEntryByNumber(CorrectGroup,
 779                                                        CorrectElem);
 780          if (!NewTag) {
 781             // This correct tag is not in the dictionary. Create a new one.
 782             NewTag = new gdcmDictEntry(CorrectGroup, CorrectElem);
 783          }
 784          // FIXME this can create a memory leaks on the old entry that be
 785          // left unreferenced.
 786          ElVal->SetDictEntry(NewTag);
 787       }
 788
 789       // Heuristic: well some files are really ill-formed.
 790       if ( length16 == 0xffff) {
 791          length16 = 0;
 792          //dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::FindLength",
 793          //            "Erroneous element length fixed.");
 794          // Actually, length= 0xffff means that we deal with
 795          // Unknown Sequence Length
 796       }
 797
 798       FixFoundLength(ElVal, (guint32)length16);
 799       return;
 800    }
 801
 802    // Either implicit VR or a non DICOM conformal (see not below) explicit
 803    // VR that ommited the VR of (at least) this element. Farts happen.
 804    // [Note: according to the part 5, PS 3.5-2001, section 7.1 p25
 805    // on Data elements "Implicit and Explicit VR Data Elements shall
 806    // not coexist in a Data Set and Data Sets nested within it".]
 807    // Length is on 4 bytes.
 808    FixFoundLength(ElVal, ReadInt32());
 809 }
 810
 811 /**
 812  * \ingroup gdcmHeader
 813  * \brief   Swaps back the bytes of 4-byte long integer accordingly to
 814  *          processor order.
 815  * @return  The properly swaped 32 bits integer.
 816  */
 817 guint32 gdcmHeader::SwapLong(guint32 a) {
 818    switch (sw) {
 819    case    0 :
 820       break;
 821    case 4321 :
 822       a=(   ((a<<24) & 0xff000000) | ((a<<8)  & 0x00ff0000)    |
 823             ((a>>8)  & 0x0000ff00) | ((a>>24) & 0x000000ff) );
 824       break;
 825
 826    case 3412 :
 827       a=(   ((a<<16) & 0xffff0000) | ((a>>16) & 0x0000ffff) );
 828       break;
 829
 830    case 2143 :
 831       a=(    ((a<<8) & 0xff00ff00) | ((a>>8) & 0x00ff00ff)  );
 832       break;
 833    default :
 834       dbg.Error(" gdcmHeader::SwapLong : unset swap code");
 835       a=0;
 836    }
 837    return(a);
 838 }
 839
 840 /**
 841  * \ingroup gdcmHeader
 842  * \brief   Swaps the bytes so they agree with the processor order
 843  * @return  The properly swaped 16 bits integer.
 844  */
 845 guint16 gdcmHeader::SwapShort(guint16 a) {
 846    if ( (sw==4321)  || (sw==2143) )
 847       a =(((a<<8) & 0x0ff00) | ((a>>8)&0x00ff));
 848    return (a);
 849 }
 850
 851 /**
 852  * \ingroup gdcmHeader
 853  * \brief
 854  *
 855  * @return
 856  */
 857  void gdcmHeader::SkipBytes(guint32 NBytes) {
 858    //FIXME don't dump the returned value
 859    (void)fseek(fp, (long)NBytes, SEEK_CUR);
 860 }
 861
 862 /**
 863  * \ingroup gdcmHeader
 864  * \brief
 865  * @param ElVal
 866  * @return
 867  */
 868  void gdcmHeader::SkipElementValue(gdcmElValue * ElVal) {
 869    SkipBytes(ElVal->GetLength());
 870 }
 871
 872 /**
 873  * \ingroup gdcmHeader
 874  * \brief
 875  * @param NewSize
 876  * @return
 877  */
 878  void gdcmHeader::SetMaxSizeLoadElementValue(long NewSize) {
 879    if (NewSize < 0)
 880       return;
 881    if ((guint32)NewSize >= (guint32)0xffffffff) {
 882       MaxSizeLoadElementValue = 0xffffffff;
 883       return;
 884    }
 885    MaxSizeLoadElementValue = NewSize;
 886 }
 887
 888 /**
 889  * \ingroup       gdcmHeader
 890  * \brief         Loads the element content if it's length is not bigger
 891  *                than the value specified with
 892  *                gdcmHeader::SetMaxSizeLoadElementValue()
 893  */
 894 void gdcmHeader::LoadElementValue(gdcmElValue * ElVal) {
 895    size_t item_read;
 896    guint16 group  = ElVal->GetGroup();
 897    std::string  vr= ElVal->GetVR();
 898    guint32 length = ElVal->GetLength();
 899    bool SkipLoad  = false;
 900
 901    fseek(fp, (long)ElVal->GetOffset(), SEEK_SET);
 902
 903    // FIXME Sequences not treated yet !
 904    //
 905    // Ne faudrait-il pas au contraire trouver immediatement
 906    // une maniere 'propre' de traiter les sequences (vr = SQ)
 907    // car commencer par les ignorer risque de conduire a qq chose
 908    // qui pourrait ne pas etre generalisable
 909    // Well, I'm expecting your code !!!
 910
 911    if( vr == "SQ" )
 912       SkipLoad = true;
 913
 914    // A sequence "contains" a set of Elements.
 915    //          (fffe e000) tells us an Element is beginning
 916    //          (fffe e00d) tells us an Element just ended
 917    //          (fffe e0dd) tells us the current SQuence just ended
 918
 919    if( group == 0xfffe )
 920       SkipLoad = true;
 921
 922    if ( SkipLoad ) {
 923       ElVal->SetLength(0);
 924       ElVal->SetValue("gdcm::Skipped");
 925       return;
 926    }
 927
 928    // When the length is zero things are easy:
 929    if ( length == 0 ) {
 930       ElVal->SetValue("");
 931       return;
 932    }
 933
 934    // The elements whose length is bigger than the specified upper bound
 935    // are not loaded. Instead we leave a short notice of the offset of
 936    // the element content and it's length.
 937    if (length > MaxSizeLoadElementValue) {
 938       std::ostringstream s;
 939       s << "gdcm::NotLoaded.";
 940       s << " Address:" << (long)ElVal->GetOffset();
 941       s << " Length:"  << ElVal->GetLength();
 942       ElVal->SetValue(s.str());
 943       return;
 944    }
 945
 946    // When an integer is expected, read and convert the following two or
 947    // four bytes properly i.e. as an integer as opposed to a string.
 948
 949         // pour les elements de Value Multiplicity > 1
 950         // on aura en fait une serie d'entiers
 951         // on devrait pouvoir faire + compact (?)
 952
 953    if ( IsAnInteger(ElVal) ) {
 954       guint32 NewInt;
 955       std::ostringstream s;
 956       int nbInt;
 957       if (vr == "US" || vr == "SS") {
 958          nbInt = length / 2;
 959          NewInt = ReadInt16();
 960          s << NewInt;
 961          if (nbInt > 1) {
 962             for (int i=1; i < nbInt; i++) {
 963                s << '\\';
 964                NewInt = ReadInt16();
 965                s << NewInt;
 966             }
 967          }
 968
 969       } else if (vr == "UL" || vr == "SL") {
 970          nbInt = length / 4;
 971          NewInt = ReadInt32();
 972          s << NewInt;
 973          if (nbInt > 1) {
 974             for (int i=1; i < nbInt; i++) {
 975                s << '\\';
 976                NewInt = ReadInt32();
 977                s << NewInt;
 978             }
 979          }
 980       }
 981       ElVal->SetValue(s.str());
 982       return;
 983    }
 984
 985    // We need an additional byte for storing \0 that is not on disk
 986    char* NewValue = (char*)malloc(length+1);
 987    if( !NewValue) {
 988       dbg.Verbose(1, "LoadElementValue: Failed to allocate NewValue");
 989       return;
 990    }
 991    NewValue[length]= 0;
 992
 993    item_read = fread(NewValue, (size_t)length, (size_t)1, fp);
 994    if ( item_read != 1 ) {
 995       free(NewValue);
 996       dbg.Verbose(1, "gdcmHeader::LoadElementValue","unread element value");
 997       ElVal->SetValue("gdcm::UnRead");
 998       return;
 999    }
1000    ElVal->SetValue(NewValue);
1001    free(NewValue);
1002 }
1003
1004 /**
1005  * \ingroup       gdcmHeader
1006  * \brief         Loads the element while preserving the current
1007  *                underlying file position indicator as opposed to
1008  *                to LoadElementValue that modifies it.
1009  * @param ElVal   Element whose value shall be loaded.
1010  * @return
1011  */
1012 void gdcmHeader::LoadElementValueSafe(gdcmElValue * ElVal) {
1013    long PositionOnEntry = ftell(fp);
1014    LoadElementValue(ElVal);
1015    fseek(fp, PositionOnEntry, SEEK_SET);
1016 }
1017
1018 /**
1019  * \ingroup gdcmHeader
1020  * \brief Reads a supposed to be 16 Bits integer
1021  * \     (swaps it depending on processor endianity)
1022  *
1023  * @return integer acts as a boolean
1024  */
1025 guint16 gdcmHeader::ReadInt16(void) {
1026    guint16 g;
1027    size_t item_read;
1028    item_read = fread (&g, (size_t)2,(size_t)1, fp);
1029    if ( item_read != 1 ) {
1030       // dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::ReadInt16", " Failed to read :");
1031       // if(feof(fp))
1032       //    dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::ReadInt16", " End of File encountered");
1033       if(ferror(fp))
1034          dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::ReadInt16", " File Error");
1035       errno = 1;
1036       return 0;
1037    }
1038    errno = 0;
1039    g = SwapShort(g);
1040    return g;
1041 }
1042
1043 /**
1044  * \ingroup gdcmHeader
1045  * \brief  Reads a supposed to be 32 Bits integer
1046  * \       (swaps it depending on processor endianity)
1047  *
1048  * @return
1049  */
1050 guint32 gdcmHeader::ReadInt32(void) {
1051    guint32 g;
1052    size_t item_read;
1053    item_read = fread (&g, (size_t)4,(size_t)1, fp);
1054    if ( item_read != 1 ) {
1055       //dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::ReadInt32", " Failed to read :");
1056       //if(feof(fp))
1057       //   dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::ReadInt32", " End of File encountered");
1058      if(ferror(fp))
1059          dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::ReadInt32", " File Error");
1060       errno = 1;
1061       return 0;
1062    }
1063    errno = 0;
1064    g = SwapLong(g);
1065    return g;
1066 }
1067
1068 /**
1069  * \ingroup gdcmHeader
1070  * \brief
1071  *
1072  * @return
1073  */
1074  gdcmElValue* gdcmHeader::GetElValueByNumber(guint16 Group, guint16 Elem) {
1075
1076    gdcmElValue* elValue = PubElValSet.GetElementByNumber(Group, Elem);
1077    if (!elValue) {
1078       dbg.Verbose(1, "gdcmHeader::GetElValueByNumber",
1079                   "failed to Locate gdcmElValue");
1080       return (gdcmElValue*)0;
1081    }
1082    return elValue;
1083 }
1084
1085 /**
1086  * \ingroup gdcmHeader
1087  * \brief   Build a new Element Value from all the low level arguments.
1088  *          Check for existence of dictionary entry, and build
1089  *          a default one when absent.
1090  * @param   Group group   of the underlying DictEntry
1091  * @param   Elem  element of the underlying DictEntry
1092  */
1093 gdcmElValue* gdcmHeader::NewElValueByNumber(guint16 Group, guint16 Elem) {
1094    // Find out if the tag we encountered is in the dictionaries:
1095    gdcmDictEntry * NewTag = GetDictEntryByNumber(Group, Elem);
1096    if (!NewTag)
1097       NewTag = new gdcmDictEntry(Group, Elem);
1098
1099    gdcmElValue* NewElVal = new gdcmElValue(NewTag);
1100    if (!NewElVal) {
1101       dbg.Verbose(1, "gdcmHeader::NewElValueByNumber",
1102                   "failed to allocate gdcmElValue");
1103       return (gdcmElValue*)0;
1104    }
1105    return NewElVal;
1106 }
1107
1108 /**
1109  * \ingroup gdcmHeader
1110  * \brief   TODO
1111  * @param   Value
1112  * @param   Group
1113  * @param   Elem
1114  * \return integer acts as a boolean
1115  */
1116 int gdcmHeader::ReplaceOrCreateByNumber(std::string Value,
1117                                         guint16 Group, guint16 Elem ) {
1118
1119         // TODO : FIXME JPRx
1120         // curieux, non ?
1121         // on (je) cree une Elvalue ne contenant pas de valeur
1122         // on l'ajoute au ElValSet
1123         // on affecte une valeur a cette ElValue a l'interieur du ElValSet
1124         // --> devrait pouvoir etre fait + simplement ???
1125    if (CheckIfExistByNumber(Group, Elem) == 0) {
1126       gdcmElValue* a =NewElValueByNumber(Group, Elem);
1127       if (a == NULL)
1128          return 0;
1129       PubElValSet.Add(a);
1130    }
1131    PubElValSet.SetElValueByNumber(Value, Group, Elem);
1132    return(1);
1133 }
1134
1135
1136 /**
1137  * \ingroup gdcmHeader
1138  * \brief   Modify (or Creates if not found) an element
1139  * @param   Value new value
1140  * @param   Group
1141  * @param   Elem
1142  * \return integer acts as a boolean
1143  *
1144  */
1145 int gdcmHeader::ReplaceOrCreateByNumber(char* Value, guint16 Group, guint16 Elem ) {
1146
1147    gdcmElValue* nvElValue=NewElValueByNumber(Group, Elem);
1148    PubElValSet.Add(nvElValue);
1149    std::string v = Value;
1150    PubElValSet.SetElValueByNumber(v, Group, Elem);
1151    return(1);
1152 }
1153
1154
1155 /**
1156  * \ingroup gdcmHeader
1157  * \brief   Set a new value if the invoked element exists
1158  *          Seems to be useless !!!
1159  * @param   Value
1160  * @param   Group
1161  * @param   Elem
1162  * \return integer acts as a boolean
1163  */
1164 int gdcmHeader::ReplaceIfExistByNumber(char* Value, guint16 Group, guint16 Elem ) {
1165
1166    //gdcmElValue* elValue = PubElValSet.GetElementByNumber(Group, Elem);
1167    std::string v = Value;
1168    PubElValSet.SetElValueByNumber(v, Group, Elem);
1169    return 1;
1170 }
1171
1172
1173 /**
1174  * \ingroup gdcmHeader
1175  * \brief   Checks if a given ElValue (group,number)
1176  * \ exists in the Public ElValSet
1177  * @param   Group
1178  * @param   Elem
1179  * @return  integer acts as a boolean
1180  */
1181
1182 int gdcmHeader::CheckIfExistByNumber(guint16 Group, guint16 Elem ) {
1183    return (PubElValSet.CheckIfExistByNumber(Group, Elem));
1184  }
1185
1186 /**
1187  * \ingroup gdcmHeader
1188  * \brief   Build a new Element Value from all the low level arguments.
1189  *          Check for existence of dictionary entry, and build
1190  *          a default one when absent.
1191  * @param   Name    Name of the underlying DictEntry
1192  */
1193 gdcmElValue* gdcmHeader::NewElValueByName(std::string Name) {
1194
1195    gdcmDictEntry * NewTag = GetDictEntryByName(Name);
1196    if (!NewTag)
1197       NewTag = new gdcmDictEntry(0xffff, 0xffff, "LO", "Unknown", Name);
1198
1199    gdcmElValue* NewElVal = new gdcmElValue(NewTag);
1200    if (!NewElVal) {
1201       dbg.Verbose(1, "gdcmHeader::ObtainElValueByName",
1202                   "failed to allocate gdcmElValue");
1203       return (gdcmElValue*)0;
1204    }
1205    return NewElVal;
1206 }
1207
1208 /**
1209  * \ingroup gdcmHeader
1210  * \brief   Read the next tag but WITHOUT loading it's value
1211  * @return  On succes the newly created ElValue, NULL on failure.
1212  */
1213 gdcmElValue * gdcmHeader::ReadNextElement(void) {
1214
1215    guint16 g,n;
1216    gdcmElValue * NewElVal;
1217
1218    g = ReadInt16();
1219    n = ReadInt16();
1220
1221    if (errno == 1)
1222       // We reached the EOF (or an error occured) and header parsing
1223       // has to be considered as finished.
1224       return (gdcmElValue *)0;
1225
1226    NewElVal = NewElValueByNumber(g, n);
1227    FindVR(NewElVal);
1228    FindLength(NewElVal);
1229    if (errno == 1) {
1230       // Call it quits
1231       return (gdcmElValue *)0;
1232    }
1233    NewElVal->SetOffset(ftell(fp));
1234    //if ( (g==0x7fe0) && (n==0x0010) )
1235    return NewElVal;
1236 }
1237
1238 /**
1239  * \ingroup gdcmHeader
1240  * \brief   Apply some heuristics to predict wether the considered
1241  *          element value contains/represents an integer or not.
1242  * @param   ElVal The element value on which to apply the predicate.
1243  * @return  The result of the heuristical predicate.
1244  */
1245 bool gdcmHeader::IsAnInteger(gdcmElValue * ElVal) {
1246    guint16 element = ElVal->GetElement();
1247    std::string  vr = ElVal->GetVR();
1248    guint32 length  = ElVal->GetLength();
1249
1250    // When we have some semantics on the element we just read, and if we
1251    // a priori know we are dealing with an integer, then we shall be
1252    // able to swap it's element value properly.
1253    if ( element == 0 )  {  // This is the group length of the group
1254       if (length == 4)
1255          return true;
1256       else {
1257          dbg.Error("gdcmHeader::IsAnInteger",
1258             "Erroneous Group Length element length.");
1259       }
1260    }
1261    if ( (vr == "UL") || (vr == "US") || (vr == "SL") || (vr == "SS") )
1262       return true;
1263
1264    return false;
1265 }
1266
1267 /**
1268  * \ingroup gdcmHeader
1269  * \brief   Recover the offset (from the beginning of the file) of the pixels.
1270  */
1271 size_t gdcmHeader::GetPixelOffset(void) {
1272    // If this file complies with the norm we should encounter the
1273    // "Image Location" tag (0x0028,  0x0200). This tag contains the
1274    // the group that contains the pixel data (hence the "Pixel Data"
1275    // is found by indirection through the "Image Location").
1276    // Inside the group pointed by "Image Location" the searched element
1277    // is conventionally the element 0x0010 (when the norm is respected).
1278    // When the "Image Location" is absent we default to group 0x7fe0.
1279    guint16 grPixel;
1280    guint16 numPixel;
1281    std::string ImageLocation = GetPubElValByName("Image Location");
1282    if ( ImageLocation == GDCM_UNFOUND ) {
1283       grPixel = 0x7fe0;
1284    } else {
1285       grPixel = (guint16) atoi( ImageLocation.c_str() );
1286    }
1287    if (grPixel != 0x7fe0)
1288       // This is a kludge for old dirty Philips imager.
1289       numPixel = 0x1010;
1290    else
1291       numPixel = 0x0010;
1292
1293    gdcmElValue* PixelElement = PubElValSet.GetElementByNumber(grPixel,
1294                                                               numPixel);
1295    if (PixelElement)
1296       return PixelElement->GetOffset();
1297    else
1298       return 0;
1299 }
1300
1301 /**
1302  * \ingroup gdcmHeader
1303  * \brief   Recover the pixel area length (in Bytes) .
1304  */
1305 size_t gdcmHeader::GetPixelAreaLength(void) {
1306    // If this file complies with the norm we should encounter the
1307    // "Image Location" tag (0x0028,  0x0200). This tag contains the
1308    // the group that contains the pixel data (hence the "Pixel Data"
1309    // is found by indirection through the "Image Location").
1310    // Inside the group pointed by "Image Location" the searched element
1311    // is conventionally the element 0x0010 (when the norm is respected).
1312    // When the "Image Location" is absent we default to group 0x7fe0.
1313    guint16 grPixel;
1314    guint16 numPixel;
1315    std::string ImageLocation = GetPubElValByName("Image Location");
1316    if ( ImageLocation == GDCM_UNFOUND ) {
1317       grPixel = 0x7fe0;
1318    } else {
1319       grPixel = (guint16) atoi( ImageLocation.c_str() );
1320    }
1321    if (grPixel != 0x7fe0)
1322       // This is a kludge for old dirty Philips imager.
1323       numPixel = 0x1010;
1324    else
1325       numPixel = 0x0010;
1326
1327    gdcmElValue* PixelElement = PubElValSet.GetElementByNumber(grPixel,
1328                                                               numPixel);
1329    if (PixelElement)
1330       return PixelElement->GetLength();
1331    else
1332       return 0;
1333 }
1334
1335 /**
1336  * \ingroup gdcmHeader
1337  * \brief   Searches both the public and the shadow dictionary (when they
1338  *          exist) for the presence of the DictEntry with given
1339  *          group and element. The public dictionary has precedence on the
1340  *          shadow one.
1341  * @param   group   group of the searched DictEntry
1342  * @param   element element of the searched DictEntry
1343  * @return  Corresponding DictEntry when it exists, NULL otherwise.
1344  */
1345 gdcmDictEntry * gdcmHeader::GetDictEntryByNumber(guint16 group,
1346                                                  guint16 element) {
1347    gdcmDictEntry * found = (gdcmDictEntry*)0;
1348    if (!RefPubDict && !RefShaDict) {
1349       dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::GetDictEntry",
1350                      "we SHOULD have a default dictionary");
1351    }
1352    if (RefPubDict) {
1353       found = RefPubDict->GetTagByNumber(group, element);
1354       if (found)
1355          return found;
1356    }
1357    if (RefShaDict) {
1358       found = RefShaDict->GetTagByNumber(group, element);
1359       if (found)
1360          return found;
1361    }
1362    return found;
1363 }
1364
1365 /**
1366  * \ingroup gdcmHeader
1367  * \brief   Searches both the public and the shadow dictionary (when they
1368  *          exist) for the presence of the DictEntry with given name.
1369  *          The public dictionary has precedence on the shadow one.
1370  * @param   Name name of the searched DictEntry
1371  * @return  Corresponding DictEntry when it exists, NULL otherwise.
1372  */
1373 gdcmDictEntry * gdcmHeader::GetDictEntryByName(std::string Name) {
1374    gdcmDictEntry * found = (gdcmDictEntry*)0;
1375    if (!RefPubDict && !RefShaDict) {
1376       dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::GetDictEntry",
1377                      "we SHOULD have a default dictionary");
1378    }
1379    if (RefPubDict) {
1380       found = RefPubDict->GetTagByName(Name);
1381       if (found)
1382          return found;
1383    }
1384    if (RefShaDict) {
1385       found = RefShaDict->GetTagByName(Name);
1386       if (found)
1387          return found;
1388    }
1389    return found;
1390 }
1391
1392 /**
1393  * \ingroup gdcmHeader
1394  * \brief   Searches within the public dictionary for element value of
1395  *          a given tag.
1396  * @param   group Group of the researched tag.
1397  * @param   element Element of the researched tag.
1398  * @return  Corresponding element value when it exists, and the string
1399  *          GDCM_UNFOUND ("gdcm::Unfound") otherwise.
1400  */
1401 std::string gdcmHeader::GetPubElValByNumber(guint16 group, guint16 element) {
1402    return PubElValSet.GetElValueByNumber(group, element);
1403 }
1404
1405 /**
1406  * \ingroup gdcmHeader
1407  * \brief   Searches within the public dictionary for element value
1408  *          representation of a given tag.
1409  *
1410  *          Obtaining the VR (Value Representation) might be needed by caller
1411  *          to convert the string typed content to caller's native type
1412  *          (think of C++ vs Python). The VR is actually of a higher level
1413  *          of semantics than just the native C++ type.
1414  * @param   group Group of the researched tag.
1415  * @param   element Element of the researched tag.
1416  * @return  Corresponding element value representation when it exists,
1417  *          and the string GDCM_UNFOUND ("gdcm::Unfound") otherwise.
1418  */
1419 std::string gdcmHeader::GetPubElValRepByNumber(guint16 group, guint16 element) {
1420    gdcmElValue* elem =  PubElValSet.GetElementByNumber(group, element);
1421    if ( !elem )
1422       return GDCM_UNFOUND;
1423    return elem->GetVR();
1424 }
1425
1426 /**
1427  * \ingroup gdcmHeader
1428  * \brief   Searches within the public dictionary for element value of
1429  *          a given tag.
1430  * @param   TagName name of the researched element.
1431  * @return  Corresponding element value when it exists, and the string
1432  *          GDCM_UNFOUND ("gdcm::Unfound") otherwise.
1433  */
1434 std::string gdcmHeader::GetPubElValByName(std::string TagName) {
1435    return PubElValSet.GetElValueByName(TagName);
1436 }
1437
1438 /**
1439  * \ingroup gdcmHeader
1440  * \brief   Searches within the elements parsed with the public dictionary for
1441  *          the element value representation of a given tag.
1442  *
1443  *          Obtaining the VR (Value Representation) might be needed by caller
1444  *          to convert the string typed content to caller's native type
1445  *          (think of C++ vs Python). The VR is actually of a higher level
1446  *          of semantics than just the native C++ type.
1447  * @param   TagName name of the researched element.
1448  * @return  Corresponding element value representation when it exists,
1449  *          and the string GDCM_UNFOUND ("gdcm::Unfound") otherwise.
1450  */
1451 std::string gdcmHeader::GetPubElValRepByName(std::string TagName) {
1452    gdcmElValue* elem =  PubElValSet.GetElementByName(TagName);
1453    if ( !elem )
1454       return GDCM_UNFOUND;
1455    return elem->GetVR();
1456 }
1457
1458 /**
1459  * \ingroup gdcmHeader
1460  * \brief   Searches within elements parsed with the SHADOW dictionary
1461  *          for the element value of a given tag.
1462  * @param   group Group of the researched tag.
1463  * @param   element Element of the researched tag.
1464  * @return  Corresponding element value representation when it exists,
1465  *          and the string GDCM_UNFOUND ("gdcm::Unfound") otherwise.
1466  */
1467 std::string gdcmHeader::GetShaElValByNumber(guint16 group, guint16 element) {
1468    return ShaElValSet.GetElValueByNumber(group, element);
1469 }
1470
1471 /**
1472  * \ingroup gdcmHeader
1473  * \brief   Searches within the elements parsed with the SHADOW dictionary
1474  *          for the element value representation of a given tag.
1475  *
1476  *          Obtaining the VR (Value Representation) might be needed by caller
1477  *          to convert the string typed content to caller's native type
1478  *          (think of C++ vs Python). The VR is actually of a higher level
1479  *          of semantics than just the native C++ type.
1480  * @param   group Group of the researched tag.
1481  * @param   element Element of the researched tag.
1482  * @return  Corresponding element value representation when it exists,
1483  *          and the string GDCM_UNFOUND ("gdcm::Unfound") otherwise.
1484  */
1485 std::string gdcmHeader::GetShaElValRepByNumber(guint16 group, guint16 element) {
1486    gdcmElValue* elem =  ShaElValSet.GetElementByNumber(group, element);
1487    if ( !elem )
1488       return GDCM_UNFOUND;
1489    return elem->GetVR();
1490 }
1491
1492 /**
1493  * \ingroup gdcmHeader
1494  * \brief   Searches within the elements parsed with the shadow dictionary
1495  *          for an element value of given tag.
1496  * @param   TagName name of the researched element.
1497  * @return  Corresponding element value when it exists, and the string
1498  *          GDCM_UNFOUND ("gdcm::Unfound") otherwise.
1499  */
1500 std::string gdcmHeader::GetShaElValByName(std::string TagName) {
1501    return ShaElValSet.GetElValueByName(TagName);
1502 }
1503
1504 /**
1505  * \ingroup gdcmHeader
1506  * \brief   Searches within the elements parsed with the shadow dictionary for
1507  *          the element value representation of a given tag.
1508  *
1509  *          Obtaining the VR (Value Representation) might be needed by caller
1510  *          to convert the string typed content to caller's native type
1511  *          (think of C++ vs Python). The VR is actually of a higher level
1512  *          of semantics than just the native C++ type.
1513  * @param   TagName name of the researched element.
1514  * @return  Corresponding element value representation when it exists,
1515  *          and the string GDCM_UNFOUND ("gdcm::Unfound") otherwise.
1516  */
1517 std::string gdcmHeader::GetShaElValRepByName(std::string TagName) {
1518    gdcmElValue* elem =  ShaElValSet.GetElementByName(TagName);
1519    if ( !elem )
1520       return GDCM_UNFOUND;
1521    return elem->GetVR();
1522 }
1523
1524 /**
1525  * \ingroup gdcmHeader
1526  * \brief   Searches within elements parsed with the public dictionary
1527  *          and then within the elements parsed with the shadow dictionary
1528  *          for the element value of a given tag.
1529  * @param   group Group of the researched tag.
1530  * @param   element Element of the researched tag.
1531  * @return  Corresponding element value representation when it exists,
1532  *          and the string GDCM_UNFOUND ("gdcm::Unfound") otherwise.
1533  */
1534 std::string gdcmHeader::GetElValByNumber(guint16 group, guint16 element) {
1535    std::string pub = GetPubElValByNumber(group, element);
1536    if (pub.length())
1537       return pub;
1538    return GetShaElValByNumber(group, element);
1539 }
1540
1541 /**
1542  * \ingroup gdcmHeader
1543  * \brief   Searches within elements parsed with the public dictionary
1544  *          and then within the elements parsed with the shadow dictionary
1545  *          for the element value representation of a given tag.
1546  *
1547  *          Obtaining the VR (Value Representation) might be needed by caller
1548  *          to convert the string typed content to caller's native type
1549  *          (think of C++ vs Python). The VR is actually of a higher level
1550  *          of semantics than just the native C++ type.
1551  * @param   group Group of the researched tag.
1552  * @param   element Element of the researched tag.
1553  * @return  Corresponding element value representation when it exists,
1554  *          and the string GDCM_UNFOUND ("gdcm::Unfound") otherwise.
1555  */
1556 std::string gdcmHeader::GetElValRepByNumber(guint16 group, guint16 element) {
1557    std::string pub = GetPubElValRepByNumber(group, element);
1558    if (pub.length())
1559       return pub;
1560    return GetShaElValRepByNumber(group, element);
1561 }
1562
1563 /**
1564  * \ingroup gdcmHeader
1565  * \brief   Searches within elements parsed with the public dictionary
1566  *          and then within the elements parsed with the shadow dictionary
1567  *          for the element value of a given tag.
1568  * @param   TagName name of the researched element.
1569  * @return  Corresponding element value when it exists,
1570  *          and the string GDCM_UNFOUND ("gdcm::Unfound") otherwise.
1571  */
1572 std::string gdcmHeader::GetElValByName(std::string TagName) {
1573    std::string pub = GetPubElValByName(TagName);
1574    if (pub.length())
1575       return pub;
1576    return GetShaElValByName(TagName);
1577 }
1578
1579 /**
1580  * \ingroup gdcmHeader
1581  * \brief   Searches within elements parsed with the public dictionary
1582  *          and then within the elements parsed with the shadow dictionary
1583  *          for the element value representation of a given tag.
1584  *
1585  *          Obtaining the VR (Value Representation) might be needed by caller
1586  *          to convert the string typed content to caller's native type
1587  *          (think of C++ vs Python). The VR is actually of a higher level
1588  *          of semantics than just the native C++ type.
1589  * @param   TagName name of the researched element.
1590  * @return  Corresponding element value representation when it exists,
1591  *          and the string GDCM_UNFOUND ("gdcm::Unfound") otherwise.
1592  */
1593 std::string gdcmHeader::GetElValRepByName(std::string TagName) {
1594    std::string pub = GetPubElValRepByName(TagName);
1595    if (pub.length())
1596       return pub;
1597    return GetShaElValRepByName(TagName);
1598 }
1599
1600 /**
1601  * \ingroup gdcmHeader
1602  * \brief   Accesses an existing gdcmElValue in the PubElValSet of this instance
1603  *          through it's (group, element) and modifies it's content with
1604  *          the given value.
1605  * @param   content new value to substitute with
1606  * @param   group   group of the ElVal to modify
1607  * @param   element element of the ElVal to modify
1608  */
1609 int gdcmHeader::SetPubElValByNumber(std::string content, guint16 group,
1610                                     guint16 element)
1611
1612 //TODO  : homogeneiser les noms : SetPubElValByNumber
1613 //                    qui appelle PubElValSet.SetElValueByNumber
1614 //        pourquoi pas            SetPubElValueByNumber ??
1615 {
1616
1617    return (  PubElValSet.SetElValueByNumber (content, group, element) );
1618 }
1619
1620 /**
1621  * \ingroup gdcmHeader
1622  * \brief   Accesses an existing gdcmElValue in the PubElValSet of this instance
1623  *          through tag name and modifies it's content with the given value.
1624  * @param   content new value to substitute with
1625  * @param   TagName name of the tag to be modified
1626  */
1627 int gdcmHeader::SetPubElValByName(std::string content, std::string TagName) {
1628    return (  PubElValSet.SetElValueByName (content, TagName) );
1629 }
1630
1631 /**
1632  * \ingroup gdcmHeader
1633  * \brief   Accesses an existing gdcmElValue in the PubElValSet of this instance
1634  *          through it's (group, element) and modifies it's length with
1635  *          the given value.
1636  * \warning Use with extreme caution.
1637  * @param   length new length to substitute with
1638  * @param   group   group of the ElVal to modify
1639  * @param   element element of the ElVal to modify
1640  * @return  1 on success, 0 otherwise.
1641  */
1642
1643 int gdcmHeader::SetPubElValLengthByNumber(guint32 length, guint16 group,
1644                                     guint16 element) {
1645         return (  PubElValSet.SetElValueLengthByNumber (length, group, element) );
1646 }
1647
1648 /**
1649  * \ingroup gdcmHeader
1650  * \brief   Accesses an existing gdcmElValue in the ShaElValSet of this instance
1651  *          through it's (group, element) and modifies it's content with
1652  *          the given value.
1653  * @param   content new value to substitute with
1654  * @param   group   group of the ElVal to modify
1655  * @param   element element of the ElVal to modify
1656  * @return  1 on success, 0 otherwise.
1657  */
1658 int gdcmHeader::SetShaElValByNumber(std::string content,
1659                                     guint16 group, guint16 element) {
1660    return (  ShaElValSet.SetElValueByNumber (content, group, element) );
1661 }
1662
1663 /**
1664  * \ingroup gdcmHeader
1665  * \brief   Accesses an existing gdcmElValue in the ShaElValSet of this instance
1666  *          through tag name and modifies it's content with the given value.
1667  * @param   content new value to substitute with
1668  * @param   ShadowTagName name of the tag to be modified
1669  */
1670 int gdcmHeader::SetShaElValByName(std::string content, std::string ShadowTagName) {
1671    return (  ShaElValSet.SetElValueByName (content, ShadowTagName) );
1672 }
1673
1674 /**
1675  * \ingroup gdcmHeader
1676  * \brief   Parses the header of the file but WITHOUT loading element values.
1677  */
1678 void gdcmHeader::ParseHeader(bool exception_on_error) throw(gdcmFormatError) {
1679    gdcmElValue * newElValue = (gdcmElValue *)0;
1680
1681    rewind(fp);
1682    CheckSwap();
1683    while ( (newElValue = ReadNextElement()) ) {
1684       SkipElementValue(newElValue);
1685       PubElValSet.Add(newElValue);
1686    }
1687 }
1688
1689 /**
1690  * \ingroup gdcmHeader
1691  * \brief  This predicate, based on hopefully reasonnable heuristics,
1692  *         decides whether or not the current gdcmHeader was properly parsed
1693  *         and contains the mandatory information for being considered as
1694  *         a well formed and usable image.
1695  * @return true when gdcmHeader is the one of a reasonable Dicom file,
1696  *         false otherwise.
1697  */
1698 bool gdcmHeader::IsReadable(void) {
1699    if (   GetElValByName("Image Dimensions") != GDCM_UNFOUND
1700       && atoi(GetElValByName("Image Dimensions").c_str()) > 4 ) {
1701       return false;
1702    }
1703    if ( GetElValByName("Bits Allocated")       == GDCM_UNFOUND )
1704       return false;
1705    if ( GetElValByName("Bits Stored")          == GDCM_UNFOUND )
1706       return false;
1707    if ( GetElValByName("High Bit")             == GDCM_UNFOUND )
1708       return false;
1709    if ( GetElValByName("Pixel Representation") == GDCM_UNFOUND )
1710       return false;
1711    return true;
1712 }
1713
1714 /**
1715  * \ingroup gdcmHeader
1716  * \brief   Small utility function that creates a new manually crafted
1717  *          (as opposed as read from the file) gdcmElValue with user
1718  *          specified name and adds it to the public tag hash table.
1719  * \note    A fake TagKey is generated so the PubDict can keep it's coherence.
1720  * @param   NewTagName The name to be given to this new tag.
1721  * @param   VR The Value Representation to be given to this new tag.
1722  * @ return The newly hand crafted Element Value.
1723  */
1724 gdcmElValue* gdcmHeader::NewManualElValToPubDict(std::string NewTagName,
1725                                                  std::string VR) {
1726    gdcmElValue* NewElVal = (gdcmElValue*)0;
1727    guint32 StuffGroup = 0xffff;   // Group to be stuffed with additional info
1728    guint32 FreeElem = 0;
1729    gdcmDictEntry* NewEntry = (gdcmDictEntry*)0;
1730
1731    FreeElem = PubElValSet.GenerateFreeTagKeyInGroup(StuffGroup);
1732    if (FreeElem == UINT32_MAX) {
1733       dbg.Verbose(1, "gdcmHeader::NewManualElValToPubDict",
1734                      "Group 0xffff in Public Dict is full");
1735       return (gdcmElValue*)0;
1736    }
1737    NewEntry = new gdcmDictEntry(StuffGroup, FreeElem,
1738                                 VR, "GDCM", NewTagName);
1739    NewElVal = new gdcmElValue(NewEntry);
1740    PubElValSet.Add(NewElVal);
1741    return NewElVal;
1742 }
1743
1744 /**
1745  * \ingroup gdcmHeader
1746  * \brief   Loads the element values of all the elements present in the
1747  *          public tag based hash table.
1748  */
1749 void gdcmHeader::LoadElements(void) {
1750    rewind(fp);
1751    TagElValueHT ht = PubElValSet.GetTagHt();
1752    for (TagElValueHT::iterator tag = ht.begin(); tag != ht.end(); ++tag) {
1753       LoadElementValue(tag->second);
1754    }
1755    rewind(fp);
1756
1757    // Load 'non string' values
1758    std::string PhotometricInterpretation = GetPubElValByNumber(0x0028,0x0004);
1759    if( PhotometricInterpretation == "PALETTE COLOR " ){
1760       LoadElementVoidArea(0x0028,0x1200);  // gray LUT
1761       LoadElementVoidArea(0x0028,0x1201);  // R    LUT
1762       LoadElementVoidArea(0x0028,0x1202);  // G    LUT
1763       LoadElementVoidArea(0x0028,0x1203);  // B    LUT
1764
1765       LoadElementVoidArea(0x0028,0x1221);  // Segmented Red   Palette Color LUT Data
1766       LoadElementVoidArea(0x0028,0x1222);  // Segmented Green Palette Color LUT Data
1767       LoadElementVoidArea(0x0028,0x1223);  // Segmented Blue  Palette Color LUT Data
1768    }
1769
1770    // --------------------------------------------------------------
1771    // Special Patch to allow gdcm to read ACR-LibIDO formated images
1772    //
1773    // if recognition code tells us we deal with a LibIDO image
1774    // we switch lineNumber and columnNumber
1775    //
1776    std::string RecCode;
1777    RecCode = GetPubElValByNumber(0x0008, 0x0010);
1778    if (RecCode == "ACRNEMA_LIBIDO_1.1" ||
1779        RecCode == "CANRME_AILIBOD1_1." ) {
1780          filetype = ACR_LIBIDO;
1781          std::string rows    = GetPubElValByNumber(0x0028, 0x0010);
1782          std::string columns = GetPubElValByNumber(0x0028, 0x0011);
1783          SetPubElValByNumber(columns, 0x0028, 0x0010);
1784          SetPubElValByNumber(rows   , 0x0028, 0x0011);
1785    }
1786    // ----------------- End of Special Patch ----------------
1787 }
1788
1789 /**
1790   * \ingroup gdcmHeader
1791   * \brief
1792   * @return
1793   */
1794 void gdcmHeader::PrintPubElVal(std::ostream & os) {
1795    PubElValSet.Print(os);
1796 }
1797
1798 /**
1799   * \ingroup gdcmHeader
1800   * \brief
1801   * @return
1802   */
1803 void gdcmHeader::PrintPubDict(std::ostream & os) {
1804    RefPubDict->Print(os);
1805 }
1806
1807 /**
1808   * \ingroup gdcmHeader
1809   * \brief
1810   * @return integer, acts as a Boolean
1811   */
1812 int gdcmHeader::Write(FILE * fp, FileType type) {
1813
1814
1815    // TODO : move the following lines (and a lot of others)
1816    // to a future function CheckAndCorrectHeader
1817
1818    if (type == ImplicitVR) {
1819       std::string implicitVRTransfertSyntax = "1.2.840.10008.1.2";
1820       ReplaceOrCreateByNumber(implicitVRTransfertSyntax,0x0002, 0x0010);
1821
1822       //FIXME Refer to standards on page 21, chapter 6.2 "Value representation":
1823       //      values with a VR of UI shall be padded with a single trailing null
1824       //      Dans le cas suivant on doit pader manuellement avec un 0
1825
1826       PubElValSet.SetElValueLengthByNumber(18, 0x0002, 0x0010);
1827    }
1828
1829    if (type == ExplicitVR) {
1830       std::string explicitVRTransfertSyntax = "1.2.840.10008.1.2.1";
1831       ReplaceOrCreateByNumber(explicitVRTransfertSyntax,0x0002, 0x0010);
1832
1833       //FIXME Refer to standards on page 21, chapter 6.2 "Value representation":
1834       //      values with a VR of UI shall be padded with a single trailing null
1835       //      Dans le cas suivant on doit pader manuellement avec un 0
1836
1837       PubElValSet.SetElValueLengthByNumber(20, 0x0002, 0x0010);
1838    }
1839
1840    return PubElValSet.Write(fp, type);
1841 }
1842
1843 //
1844 // ------------------------ 'non string' elements related functions
1845 //
1846
1847 /**
1848  * \ingroup       gdcmHeader
1849  * \brief         Loads (from disk) the element content
1850  *                when a string is not suitable
1851  */
1852 void * gdcmHeader::LoadElementVoidArea(guint16 Group, guint16 Elem) {
1853    gdcmElValue * Element= PubElValSet.GetElementByNumber(Group, Elem);
1854    if ( !Element )
1855       return NULL;
1856    size_t o =(size_t)Element->GetOffset();
1857    fseek(fp, o, SEEK_SET);
1858    int l=Element->GetLength();
1859    void * a = malloc(l);
1860    if(!a) {
1861         std::cout << "Big Broblem (LoadElementVoidArea, malloc) "
1862                   << std::hex << Group << " " << Elem << std::endl;
1863         return NULL;
1864    }
1865    /* int res = */ PubElValSet.SetVoidAreaByNumber(a, Group, Elem);
1866    // TODO check the result
1867    size_t l2 = fread(a, 1, l ,fp);
1868    if(l != l2) {
1869         std::cout << "Big Broblem (LoadElementVoidArea, fread) "
1870                   << std::hex << Group << " " << Elem << std::endl;
1871         free(a);
1872         return NULL;
1873    }
1874    return a;
1875 }
1876
1877 /**
1878  * \ingroup gdcmHeader
1879  * \brief   Gets (from Header) the offset  of a 'non string' element value
1880  * \        (LoadElementValue has already be executed)
1881  * @param   Group
1882  * @param   Elem
1883  * @return File Offset of the Element Value
1884  */
1885  size_t gdcmHeader::GetPubElValOffsetByNumber(guint16 Group, guint16 Elem) {
1886    gdcmElValue* elValue = PubElValSet.GetElementByNumber(Group, Elem);
1887    if (!elValue) {
1888       dbg.Verbose(1, "gdcmHeader::GetElValueByNumber",
1889                       "failed to Locate gdcmElValue");
1890       return (size_t)0;
1891    }
1892    return elValue->GetOffset();
1893 }
1894
1895 /**
1896  * \ingroup gdcmHeader
1897 * \brief   Gets (from Header) a 'non string' element value
1898  * \        (LoadElementValue has already be executed)
1899  * @param   Group
1900  * @param   Elem
1901  * @return Pointer to the 'non string' area
1902
1903  */
1904  void * gdcmHeader::GetPubElValVoidAreaByNumber(guint16 Group, guint16 Elem) {
1905    gdcmElValue* elValue = PubElValSet.GetElementByNumber(Group, Elem);
1906    if (!elValue) {
1907       dbg.Verbose(1, "gdcmHeader::GetElValueByNumber",
1908                   "failed to Locate gdcmElValue");
1909       return (NULL);
1910    }
1911    return elValue->GetVoidArea();
1912 }
1913
1914
1915 //
1916 // =============================================================================
1917 //   Heuristics based accessors
1918 //==============================================================================
1919 //
1920
1921 // TODO : move to an other file.
1922
1923
1924 /**
1925  * \ingroup gdcmHeader
1926  * \brief   Retrieve the number of columns of image.
1927  * @return  The encountered size when found, 0 by default.
1928  */
1929 int gdcmHeader::GetXSize(void) {
1930    // We cannot check for "Columns" because the "Columns" tag is present
1931    // both in IMG (0028,0011) and OLY (6000,0011) sections of the dictionary.
1932    std::string StrSize = GetPubElValByNumber(0x0028,0x0011);
1933    if (StrSize == GDCM_UNFOUND)
1934       return 0;
1935    return atoi(StrSize.c_str());
1936 }
1937
1938 /**
1939  * \ingroup gdcmHeader
1940  * \brief   Retrieve the number of lines of image.
1941  * \warning The defaulted value is 1 as opposed to gdcmHeader::GetXSize()
1942  * @return  The encountered size when found, 1 by default.
1943  */
1944 int gdcmHeader::GetYSize(void) {
1945    // We cannot check for "Rows" because the "Rows" tag is present
1946    // both in IMG (0028,0010) and OLY (6000,0010) sections of the dictionary.
1947    std::string StrSize = GetPubElValByNumber(0x0028,0x0010);
1948    if (StrSize != GDCM_UNFOUND)
1949       return atoi(StrSize.c_str());
1950    if ( IsDicomV3() )
1951       return 0;
1952    else
1953       // The Rows (0028,0010) entry is optional for ACR/NEMA. It might
1954       // hence be a signal (1d image). So we default to 1:
1955       return 1;
1956 }
1957
1958 /**
1959  * \ingroup gdcmHeader
1960  * \brief   Retrieve the number of planes of volume or the number
1961  *          of frames of a multiframe.
1962  * \warning When present we consider the "Number of Frames" as the third
1963  *          dimension. When absent we consider the third dimension as
1964  *          being the "Planes" tag content.
1965  * @return  The encountered size when found, 1 by default.
1966  */
1967 int gdcmHeader::GetZSize(void) {
1968    // Both in DicomV3 and ACR/Nema the consider the "Number of Frames"
1969    // as the third dimension.
1970    std::string StrSize = GetPubElValByNumber(0x0028,0x0008);
1971    if (StrSize != GDCM_UNFOUND)
1972       return atoi(StrSize.c_str());
1973
1974    // We then consider the "Planes" entry as the third dimension [we
1975    // cannot retrieve by name since "Planes tag is present both in
1976    // IMG (0028,0012) and OLY (6000,0012) sections of the dictionary].
1977    StrSize = GetPubElValByNumber(0x0028,0x0012);
1978    if (StrSize != GDCM_UNFOUND)
1979       return atoi(StrSize.c_str());
1980    return 1;
1981 }
1982
1983 /**
1984  * \ingroup gdcmHeader
1985  * \brief   Retrieve the number of Bits Stored
1986  *          (as opposite to number of Bits Allocated)
1987  *
1988  * @return  The encountered number of Bits Stored, 0 by default.
1989  */
1990 int gdcmHeader::GetBitsStored(void) {
1991    std::string StrSize = GetPubElValByNumber(0x0028,0x0101);
1992    if (StrSize == GDCM_UNFOUND)
1993       return 1;
1994    return atoi(StrSize.c_str());
1995 }
1996
1997 /**
1998  * \ingroup gdcmHeader
1999  * \brief   Retrieve the number of Bits Allocated
2000  *          (8, 12 -compacted ACR-NEMA files, 16, ...)
2001  *
2002  * @return  The encountered number of Bits Allocated, 0 by default.
2003  */
2004 int gdcmHeader::GetBitsAllocated(void) {
2005    std::string StrSize = GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
2006    if (StrSize == GDCM_UNFOUND)
2007       return 1;
2008    return atoi(StrSize.c_str());
2009 }
2010
2011 /**
2012  * \ingroup gdcmHeader
2013  * \brief   Retrieve the number of Samples Per Pixel
2014  *          (1 : gray level, 3 : RGB)
2015  *
2016  * @return  The encountered number of Samples Per Pixel, 1 by default.
2017  */
2018 int gdcmHeader::GetSamplesPerPixel(void) {
2019    std::string StrSize = GetPubElValByNumber(0x0028,0x0002);
2020    if (StrSize == GDCM_UNFOUND)
2021       return 1; // Well, it's supposed to be mandatory ...
2022    return atoi(StrSize.c_str());
2023 }
2024
2025 /**
2026  * \ingroup gdcmHeader
2027  * \brief   Retrieve the Planar Configuration for RGB images
2028  *          (0 : RGB Pixels , 1 : R Plane + G Plane + B Plane)
2029  *
2030  * @return  The encountered Planar Configuration, 0 by default.
2031  */
2032 int gdcmHeader::GetPlanarConfiguration(void) {
2033    std::string StrSize = GetPubElValByNumber(0x0028,0x0006);
2034    if (StrSize == GDCM_UNFOUND)
2035       return 0;
2036    return atoi(StrSize.c_str());
2037 }
2038
2039 /**
2040  * \ingroup gdcmHeader
2041  * \brief   Return the size (in bytes) of a single pixel of data.
2042  * @return  The size in bytes of a single pixel of data.
2043  *
2044  */
2045 int gdcmHeader::GetPixelSize(void) {
2046    std::string PixelType = GetPixelType();
2047    if (PixelType == "8U"  || PixelType == "8S")
2048       return 1;
2049    if (PixelType == "16U" || PixelType == "16S")
2050       return 2;
2051    if (PixelType == "32U" || PixelType == "32S")
2052       return 4;
2053    dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::GetPixelSize: Unknown pixel type");
2054    return 0;
2055 }
2056
2057 /**
2058  * \ingroup gdcmHeader
2059  * \brief   Build the Pixel Type of the image.
2060  *          Possible values are:
2061  *          - 8U  unsigned  8 bit,
2062  *          - 8S    signed  8 bit,
2063  *          - 16U unsigned 16 bit,
2064  *          - 16S   signed 16 bit,
2065  *          - 32U unsigned 32 bit,
2066  *          - 32S   signed 32 bit,
2067  * \warning 12 bit images appear as 16 bit.
2068  * @return
2069  */
2070 std::string gdcmHeader::GetPixelType(void) {
2071    std::string BitsAlloc;
2072    BitsAlloc = GetElValByName("Bits Allocated");
2073    if (BitsAlloc == GDCM_UNFOUND) {
2074       dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::GetPixelType: unfound Bits Allocated");
2075       BitsAlloc = std::string("16");
2076    }
2077    if (BitsAlloc == "12")
2078       BitsAlloc = std::string("16");
2079
2080    std::string Signed;
2081    Signed = GetElValByName("Pixel Representation");
2082    if (Signed == GDCM_UNFOUND) {
2083       dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::GetPixelType: unfound Pixel Representation");
2084       BitsAlloc = std::string("0");
2085    }
2086    if (Signed == "0")
2087       Signed = std::string("U");
2088    else
2089       Signed = std::string("S");
2090
2091    return( BitsAlloc + Signed);
2092 }
2093
2094 /**
2095   * \ingroup gdcmHeader
2096   * \brief gets the info from 0002,0010 : Transfert Syntax
2097   * \           else 1.
2098   * @return Transfert Syntax Name (as oposite to Transfert Syntax UID)
2099   */
2100 std::string gdcmHeader::GetTransferSyntaxName(void) {
2101    std::string TransfertSyntax = GetPubElValByNumber(0x0002,0x0010);
2102    if (TransfertSyntax == GDCM_UNFOUND) {
2103       dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::GetTransferSyntaxName: unfound Transfert Syntax (0002,0010)");
2104       return "Uncompressed ACR-NEMA";
2105    }
2106    // we do it only when we need it
2107    gdcmTS * ts = gdcmGlobal::GetTS();
2108    std::string tsName=ts->GetValue(TransfertSyntax);
2109    //delete ts; // Seg Fault when deleted ?!
2110    return tsName;
2111 }
2112
2113 // -------------------------------- Lookup Table related functions ------------
2114
2115 /**
2116   * \ingroup gdcmHeader
2117   * \brief tells us if LUT are used
2118   * @return int acts as a Boolean
2119   */
2120
2121 int gdcmHeader::HasLUT(void) {
2122
2123    // Just hope checking the presence of the LUT Descriptors is enough
2124    if (GetPubElValByNumber(0x0028,0x1101) == GDCM_UNFOUND)
2125       return 0;
2126    // LutDescriptorGreen
2127    if (GetPubElValByNumber(0x0028,0x1102) == GDCM_UNFOUND)
2128       return 0;
2129    // LutDescriptorBlue
2130    if (GetPubElValByNumber(0x0028,0x1103) == GDCM_UNFOUND)
2131       return 0;
2132    return 1;
2133 }
2134
2135 /**
2136   * \ingroup gdcmHeader
2137   * \brief gets the info from 0028,1101 : Lookup Table Desc-Red
2138   * \           else 0
2139   * @return Lookup Table nBit
2140   * \       when (0028,0004),Photometric Interpretation = [PALETTE COLOR ]
2141   */
2142
2143 int gdcmHeader::GetLUTNbits(void) {
2144    std::vector<std::string> tokens;
2145    //int LutLength;
2146    //int LutDepth;
2147    int LutNbits;
2148    //Just hope Lookup Table Desc-Red = Lookup Table Desc-Red = Lookup Table Desc-Blue
2149    // Consistency already checked in GetLUTLength
2150    std::string LutDescription = GetPubElValByNumber(0x0028,0x1101);
2151    if (LutDescription == GDCM_UNFOUND)
2152       return 0;
2153    tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end()); // clean any previous value
2154    Tokenize (LutDescription, tokens, "\\");
2155    //LutLength=atoi(tokens[0].c_str());
2156    //LutDepth=atoi(tokens[1].c_str());
2157    LutNbits=atoi(tokens[2].c_str());
2158    tokens.clear();
2159    return LutNbits;
2160 }
2161
2162 /**
2163   * \ingroup gdcmHeader
2164   * \brief builts Red/Green/Blue/Alpha LUT from Header
2165   * \       when (0028,0004),Photometric Interpretation = [PALETTE COLOR ]
2166   * \        and (0028,1101),(0028,1102),(0028,1102)
2167   * \          - xxx Palette Color Lookup Table Descriptor - are found
2168   * \        and (0028,1201),(0028,1202),(0028,1202)
2169   * \          - xxx Palette Color Lookup Table Data - are found
2170   * \warning does NOT deal with :
2171   * \ 0028 1100 Gray Lookup Table Descriptor (Retired)
2172   * \ 0028 1221 Segmented Red Palette Color Lookup Table Data
2173   * \ 0028 1222 Segmented Green Palette Color Lookup Table Data
2174   * \ 0028 1223 Segmented Blue Palette Color Lookup Table Data
2175   * \ no known Dicom reader deails with them :-(
2176   * @return Lookup Table RGBA
2177   */
2178
2179 void * gdcmHeader::GetLUTRGBA(void) {
2180 // Not so easy : see
2181 // http://www.barre.nom.fr/medical/dicom2/limitations.html#Color%20Lookup%20Tables
2182 // and  OT-PAL-8-face.dcm
2183
2184 //  if Photometric Interpretation # PALETTE COLOR, no LUT to be done
2185
2186    if (gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0004) != "PALETTE COLOR ") {
2187         return NULL;
2188    }
2189
2190    void * LutR,*LutG,*LutB;
2191    int l;
2192    int lengthR, debR, nbitsR;
2193    int lengthG, debG, nbitsG;
2194    int lengthB, debB, nbitsB;
2195
2196 // Get info from Lut Descriptors
2197 // (the 3 LUT descriptors may be different)
2198
2199    std::string LutDescriptionR = GetPubElValByNumber(0x0028,0x1101);
2200    if (LutDescriptionR == GDCM_UNFOUND)
2201       return NULL;
2202    std::string LutDescriptionG = GetPubElValByNumber(0x0028,0x1102);
2203    if (LutDescriptionG == GDCM_UNFOUND)
2204       return NULL;
2205    std::string LutDescriptionB = GetPubElValByNumber(0x0028,0x1103);
2206    if (LutDescriptionB == GDCM_UNFOUND)
2207       return NULL;
2208
2209    std::vector<std::string> tokens;
2210
2211    tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end()); // clean any previous value
2212    Tokenize (LutDescriptionR, tokens, "\\");
2213    lengthR=atoi(tokens[0].c_str()); // Red LUT length in Bytes
2214    debR   =atoi(tokens[1].c_str()); // subscript of the first Lut Value
2215    nbitsR =atoi(tokens[2].c_str()); // Lut item size (in Bits)
2216    tokens.clear();
2217
2218    tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end()); // clean any previous value
2219    Tokenize (LutDescriptionG, tokens, "\\");
2220    lengthG=atoi(tokens[0].c_str()); // Green LUT length in Bytes
2221    debG   =atoi(tokens[1].c_str());
2222    nbitsG =atoi(tokens[2].c_str());
2223    tokens.clear();
2224
2225    tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end()); // clean any previous value
2226    Tokenize (LutDescriptionB, tokens, "\\");
2227    lengthB=atoi(tokens[0].c_str()); // Blue LUT length in Bytes
2228    debB   =atoi(tokens[1].c_str());
2229    nbitsB =atoi(tokens[2].c_str());
2230    tokens.clear();
2231
2232 // Load LUTs into memory, (as they were stored on disk)
2233
2234    unsigned char *lutR =(unsigned char *)
2235                                    GetPubElValVoidAreaByNumber(0x0028,0x1201);
2236    unsigned char *lutG =(unsigned char *)
2237                                    GetPubElValVoidAreaByNumber(0x0028,0x1202);
2238    unsigned char *lutB =(unsigned char *)
2239                                    GetPubElValVoidAreaByNumber(0x0028,0x1203);
2240
2241    if (!lutR || !lutG || !lutB ) {
2242         return NULL;
2243    }
2244  // forge the 4 * 8 Bits Red/Green/Blue/Alpha LUT
2245
2246   char *LUTRGBA = (char *)calloc(1024,1); // 256 * 4 (R, G, B, Alpha)
2247   if (!LUTRGBA) {
2248      return NULL;
2249   }
2250         // Bits Allocated
2251    int nb;
2252    std::string str_nb = GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
2253    if (str_nb == GDCM_UNFOUND ) {
2254       nb = 16;
2255    } else {
2256       nb = atoi(str_nb.c_str() );
2257    }
2258   int mult;
2259
2260   if (nbitsR==16 && nb==8) // when LUT item size is different than pixel size
2261      mult=2;               // high byte must be = low byte
2262   else                     // See PS 3.3-2003 C.11.1.1.2 p 619
2263      mult=1;
2264
2265
2266             // if we get a black image, let's just remove the '+1'
2267             // from 'i*mult+1' and check again
2268             // if it works, we shall have to check the 3 Palettes
2269             // to see which byte is ==0 (first one, or second one)
2270             // and fix the code
2271             // We give up the checking to avoid some overhead
2272   char *a;
2273   a= LUTRGBA+debR;
2274   for(int i=0;i<lengthR;i++) {
2275      *a = lutR[i*mult+1];
2276      a+=4;
2277   }
2278   a= LUTRGBA+debG;
2279   for(int i=0;i<lengthG;i++) {
2280      *(a+1) = lutG[i*mult+1];
2281      a+=4;
2282   }
2283   a= LUTRGBA+debB;
2284   for(int i=0;i<lengthB;i++) {
2285      *(a+2) = lutB[i*mult+1];
2286      a+=4;
2287   }
2288   for(int i=0;i<255;i++) {
2289      *(a+3) = 1; // Alpha component
2290      a+=4;
2291   }
2292
2293 for (int i=0;i<255;i++)
2294     printf ( "%d %02x %02x %02x %02x \n",
2295     i,(LUTRGBA+i*4)[0],(LUTRGBA+i*4)[1],(LUTRGBA+i*4)[2],(LUTRGBA+i*4)[3]);
2296
2297 // WHY does it seg fault ?!?
2298 //free(LutR); free(LutB); free(LutG); printf ("libere\n");
2299
2300   return(LUTRGBA);
2301 }
2302