src/gdcmHeader.cxx

   1 #include "gdcm.h"
   2 #include <stdio.h>
   3 // For nthos:
   4 #ifdef _MSC_VER
   5 #include <winsock.h>
   6 #else
   7 #include <netinet/in.h>
   8 #endif
   9 #include <cctype>               // for isalpha
  10 #include <map>
  11 #include <sstream>
  12 #include "gdcmUtil.h"
  13
  14 #define HEADER_LENGHT_TO_READ 256 // on ne lit plus que le debut
  15
  16 namespace Error {
  17         struct FileReadError {
  18                 FileReadError(FILE* fp, const char* Mesg) {
  19                         if (feof(fp))
  20                                 dbg.Verbose(1, "EOF encountered :", Mesg);
  21                         if (ferror(fp))
  22                                 dbg.Verbose(1, "Error on reading :", Mesg);
  23                 }
  24         };
  25 }
  26
  27 //FIXME: this looks dirty to me...
  28 #define str2num(str, typeNum) *((typeNum *)(str))
  29
  30 VRHT * gdcmHeader::dicom_vr = (VRHT*)0;
  31 gdcmDictSet* gdcmHeader::Dicts = new gdcmDictSet();
  32
  33 void gdcmHeader::Initialise(void) {
  34         if (!gdcmHeader::dicom_vr)
  35                 InitVRDict();
  36         RefPubDict = gdcmHeader::Dicts->GetDefaultPublicDict();
  37         RefShaDict = (gdcmDict*)0;
  38 }
  39
  40 gdcmHeader::gdcmHeader (const char* InFilename) {
  41         filename = InFilename;
  42         Initialise();
  43         fp=fopen(InFilename,"rw");
  44         dbg.Error(!fp, "gdcmHeader::gdcmHeader cannot open file", InFilename);
  45         ParseHeader();
  46 }
  47
  48 gdcmHeader::~gdcmHeader (void) {
  49         fclose(fp);
  50         return;
  51 }
  52
  53 void gdcmHeader::InitVRDict (void) {
  54         if (dicom_vr) {
  55                 dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::InitVRDict:", "VR dictionary allready set");
  56                 return;
  57         }
  58         VRHT *vr = new VRHT;
  59         (*vr)["AE"] = "Application Entity";       // 16 car max
  60         (*vr)["AS"] = "Age String";               // 4 car fixe
  61         (*vr)["AT"] = "Attribute Tag";            // 2 unsigned short int
  62         (*vr)["CS"] = "Code String";              // 16 car max
  63         (*vr)["DA"] = "Date";                     // 8 car fixe
  64         (*vr)["DS"] = "Decimal String";           // Decimal codé Binaire 16 max
  65         (*vr)["DT"] = "Date Time";                // 26 car max
  66         (*vr)["FL"] = "Floating Point Single";    // 4 octets IEEE 754:1985
  67         (*vr)["FD"] = "Floating Point Double";    // 8 octets IEEE 754:1985
  68         (*vr)["IS"] = "Integer String";           // en format externe 12 max
  69         (*vr)["LO"] = "Long String";              // 64 octets max
  70         (*vr)["LT"] = "Long Text";                // 10240 max
  71         (*vr)["OB"] = "Other Byte String";
  72         (*vr)["OW"] = "Other Word String";
  73         (*vr)["PN"] = "Person Name";
  74         (*vr)["SH"] = "Short String";             // 16 car max
  75         (*vr)["SL"] = "Signed Long";
  76         (*vr)["SQ"] = "Sequence of Items";        // Not Applicable
  77         (*vr)["SS"] = "Signed Short";             // 2 octets
  78         (*vr)["ST"] = "Short Text";               // 1024 car max
  79         (*vr)["TM"] = "Time";                     // 16 car max
  80         (*vr)["UI"] = "Unique Identifier";        // 64 car max
  81         (*vr)["UN"] = "Unknown";
  82         (*vr)["UT"] = "Unlimited Text";           //  2 puissance 32 -1 car max
  83         (*vr)["UL"] = "Unsigned Long ";           // 4 octets fixe
  84         (*vr)["US"] = "Unsigned Short ";          // 2 octets fixe
  85    dicom_vr = vr;
  86 }
  87
  88 /**
  89  * \ingroup gdcmHeader
  90  * \brief   La seule maniere sure que l'on aie pour determiner
  91  *          si on est en   LITTLE_ENDIAN,       BIG-ENDIAN,
  92  *          BAD-LITTLE-ENDIAN, BAD-BIG-ENDIAN
  93  *          est de trouver l'element qui donne la longueur d'un 'GROUP'
  94  *          (on sait que la longueur de cet element vaut 0x00000004)
  95  *          et de regarder comment cette longueur est codee en memoire
  96  *
  97  *          Le probleme vient de ce que parfois, il n'y en a pas ...
  98  *
  99  *          On fait alors le pari qu'on a a faire a du LITTLE_ENDIAN propre.
 100  *          (Ce qui est la norme -pas respectee- depuis ACR-NEMA)
 101  *          Si ce n'est pas le cas, on ne peut rien faire.
 102  *
 103  *          (il faudrait avoir des fonctions auxquelles
 104  *          on passe le code Swap en parametre, pour faire des essais 'manuels')
 105  */
 106 void gdcmHeader::CheckSwap()
 107 {
 108         guint32  s;
 109         guint32  x=4;  // x : pour ntohs
 110         bool net2host; // true when HostByteOrder is the same as NetworkByteOrder
 111
 112         int lgrLue;
 113         char * entCur;
 114         char deb[HEADER_LENGHT_TO_READ];
 115
 116         // First, compare HostByteOrder and NetworkByteOrder in order to
 117         // determine if we shall need to swap bytes (i.e. the Endian type).
 118         if (x==ntohs(x))
 119                 net2host = true;
 120         else
 121                 net2host = false;
 122
 123         // The easiest case is the one of a DICOM header, since it possesses a
 124         // file preamble where it suffice to look for the sting "DICM".
 125         lgrLue = fread(deb, 1, HEADER_LENGHT_TO_READ, fp);
 126
 127         entCur = deb + 128;
 128         if(memcmp(entCur, "DICM", (size_t)4) == 0) {
 129                 filetype = TrueDicom;
 130                 dbg.Verbose(1, "gdcmHeader::CheckSwap:", "looks like DICOM Version3");
 131         } else {
 132                 filetype = Unknown;
 133                 dbg.Verbose(1, "gdcmHeader::CheckSwap:", "not a DICOM Version3 file");
 134         }
 135
 136         if(filetype == TrueDicom) {
 137                 // Next, determine the value representation (VR). Let's skip to the
 138                 // first element (0002, 0000) and check there if we find "UL", in
 139                 // which case we (almost) know it is explicit VR.
 140                 // WARNING: if it happens to be implicit VR then what we will read
 141                 // is the length of the group. If this ascii representation of this
 142                 // length happens to be "UL" then we shall believe it is explicit VR.
 143                 // FIXME: in order to fix the above warning, we could read the next
 144                 // element value (or a couple of elements values) in order to make
 145                 // sure we are not commiting a big mistake.
 146                 // We need to skip :
 147                 // * the 128 bytes of File Preamble (often padded with zeroes),
 148                 // * the 4 bytes of "DICM" string,
 149                 // * the 4 bytes of the first tag (0002, 0000),
 150                 // i.e. a total of  136 bytes.
 151                 entCur = deb + 136;
 152                 if(memcmp(entCur, "UL", (size_t)2) == 0) {
 153                         filetype = ExplicitVR;
 154                         dbg.Verbose(1, "gdcmHeader::CheckSwap:",
 155                                     "explicit Value Representation");
 156                 } else {
 157                         filetype = ImplicitVR;
 158                         dbg.Verbose(1, "gdcmHeader::CheckSwap:",
 159                                     "not an explicit Value Representation");
 160                 }
 161
 162                 if (net2host) {
 163                         sw = 4321;
 164                         dbg.Verbose(1, "gdcmHeader::CheckSwap:",
 165                                        "HostByteOrder != NetworkByteOrder");
 166                 } else {
 167                         sw = 0;
 168                         dbg.Verbose(1, "gdcmHeader::CheckSwap:",
 169                                        "HostByteOrder = NetworkByteOrder");
 170                 }
 171
 172                 // Position the file position indicator at first tag (i.e.
 173                 // after the file preamble and the "DICM" string).
 174                 rewind(fp);
 175                 fseek (fp, 132L, SEEK_SET);
 176                 return;
 177         } // End of TrueDicom
 178
 179         // Alas, this is not a DicomV3 file and whatever happens there is no file
 180         // preamble. We can reset the file position indicator to where the data
 181         // is (i.e. the beginning of the file).
 182         rewind(fp);
 183
 184         // Our next best chance would be to be considering a 'clean' ACR/NEMA file.
 185         // By clean we mean that the length of the first tag is written down.
 186         // If this is the case and since the length of the first group HAS to be
 187         // four (bytes), then determining the proper swap code is straightforward.
 188
 189         entCur = deb + 4;
 190         s = str2num(entCur, guint32);
 191
 192         switch (s) {
 193         case 0x00040000 :
 194                 sw = 3412;
 195                 filetype = ACR;
 196                 return;
 197         case 0x04000000 :
 198                 sw = 4321;
 199                 filetype = ACR;
 200                 return;
 201         case 0x00000400 :
 202                 sw = 2143;
 203                 filetype = ACR;
 204                 return;
 205         case 0x00000004 :
 206                 sw = 0;
 207                 filetype = ACR;
 208                 return;
 209         default :
 210                 dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::CheckSwap:",
 211                                "ACE/NEMA unfound swap info (time to raise bets)");
 212         }
 213
 214         // We are out of luck. It is not a DicomV3 nor a 'clean' ACR/NEMA file.
 215         // It is time for despaired wild guesses. So, let's assume this file
 216         // happens to be 'dirty' ACR/NEMA, i.e. the length of the group is
 217         // not present. Then the only info we have is the net2host one.
 218         //FIXME  Si c'est du RAW, ca degagera + tard
 219
 220         if (! net2host )
 221                 sw = 0;
 222         else
 223                 sw = 4321;
 224         return;
 225 }
 226
 227 void gdcmHeader::SwitchSwapToBigEndian(void) {
 228         dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::FindLength", "Switching to BigEndian mode.");
 229         if ( sw == 0    ) {
 230                 sw = 4321;
 231                 return;
 232         }
 233         if ( sw == 4321 ) {
 234                 sw = 0;
 235                 return;
 236         }
 237         if ( sw == 3412 ) {
 238                 sw = 2143;
 239                 return;
 240         }
 241         if ( sw == 2143 )
 242                 sw = 3412;
 243 }
 244
 245 /**
 246  * \ingroup   gdcmHeader
 247  * \brief     recupere la longueur d'un champ DICOM.
 248  *            Preconditions:
 249  *            1/ le fichier doit deja avoir ete ouvert,
 250  *            2/ CheckSwap() doit avoir ete appele
 251  *            3/ la  partie 'group'  ainsi que la  partie 'elem'
 252  *               de l'acr_element doivent avoir ete lues.
 253  *
 254  *            ACR-NEMA : we allways get
 255  *                 GroupNumber   (2 Octets)
 256  *                 ElementNumber (2 Octets)
 257  *                 ElementSize   (4 Octets)
 258  *            DICOM en implicit Value Representation :
 259  *                 GroupNumber   (2 Octets)
 260  *                 ElementNumber (2 Octets)
 261  *                 ElementSize   (4 Octets)
 262  *
 263  *            DICOM en explicit Value Representation :
 264  *                 GroupNumber         (2 Octets)
 265  *                 ElementNumber       (2 Octets)
 266  *                 ValueRepresentation (2 Octets)
 267  *                 ElementSize         (2 Octets)
 268  *
 269  *            ATTENTION : dans le cas ou ValueRepresentation = OB, OW, SQ, UN
 270  *                 GroupNumber         (2 Octets)
 271  *                 ElementNumber       (2 Octets)
 272  *                 ValueRepresentation (2 Octets)
 273  *                 zone reservee       (2 Octets)
 274  *                 ElementSize         (4 Octets)
 275  *
 276  * @param sw  code swap
 277  * @param skippedLength  pointeur sur nombre d'octets que l'on a saute qd
 278  *                       la lecture est finie
 279  * @param longueurLue    pointeur sur longueur (en nombre d'octets)
 280  *                       effectivement lue
 281  * @return               longueur retenue pour le champ
 282  */
 283
 284 void gdcmHeader::FindVR( ElValue *ElVal) {
 285         char VR[3];
 286         string vr;
 287         int lgrLue;
 288         long PositionOnEntry = ftell(fp);
 289         // Warning: we believe this is explicit VR (Value Representation) because
 290         // we used a heuristic that found "UL" in the first tag. Alas this
 291         // doesn't guarantee that all the tags will be in explicit VR. In some
 292         // cases (see e-film filtered files) one finds implicit VR tags mixed
 293         // within an explicit VR file. Hence we make sure the present tag
 294         // is in explicit VR and try to fix things if it happens not to be
 295         // the case.
 296         bool RealExplicit = true;
 297
 298         if (filetype != ExplicitVR)
 299                 return;
 300
 301         lgrLue=fread (&VR, (size_t)2,(size_t)1, fp);
 302         VR[2]=0;
 303         vr = string(VR);
 304
 305         // Assume we are reading a falsely explicit VR file i.e. we reached
 306         // a tag where we expect reading a VR but are in fact we read the
 307         // first to bytes of the length. Then we will interogate (through find)
 308         // the dicom_vr dictionary with oddities like "\004\0" which crashes
 309         // both GCC and VC++ implentations of the STL map. Hence when the
 310         // expected VR read happens to be non-ascii characters we consider
 311         // we hit falsely explicit VR tag.
 312
 313         if ( (!isalpha(VR[0])) && (!isalpha(VR[1])) )
 314                 RealExplicit = false;
 315
 316         // CLEANME searching the dicom_vr at each occurence is expensive.
 317         // PostPone this test in an optional integrity check at the end
 318         // of parsing or only in debug mode.
 319         if ( RealExplicit && !dicom_vr->count(vr) )
 320                 RealExplicit = false;
 321
 322         if ( RealExplicit ) {
 323                 if ( ElVal->IsVrUnknown() )
 324                         ElVal->SetVR(vr);
 325                 return;
 326         }
 327
 328         // We thought this was explicit VR, but we end up with an
 329         // implicit VR tag. Let's backtrack.
 330         dbg.Verbose(1, "gdcmHeader::FindVR:", "Falsely explicit vr file");
 331         fseek(fp, PositionOnEntry, SEEK_SET);
 332         // When this element is known in the dictionary we shall use, e.g. for
 333         // the semantics (see  the usage of IsAnInteger), the vr proposed by the
 334         // dictionary entry. Still we have to flag the element as implicit since
 335         // we know now our assumption on expliciteness is not furfilled.
 336         // avoid  .
 337         if ( ElVal->IsVrUnknown() )
 338                 ElVal->SetVR("Implicit");
 339         ElVal->SetImplicitVr();
 340 }
 341
 342 /**
 343  * \ingroup gdcmHeader
 344  * \brief   Determines if the Transfer Syntax was allready encountered
 345  *          and if it corresponds to a Big Endian one.
 346  *
 347  * @return  True when big endian found. False in all other cases.
 348  */
 349 bool gdcmHeader::IsBigEndianTransferSyntax(void) {
 350         ElValue* Element = PubElVals.GetElement(0x0002, 0x0010);
 351         if ( !Element )
 352                 return false;
 353         LoadElementValueSafe(Element);
 354         string Transfer = Element->GetValue();
 355         if ( Transfer == "1.2.840.10008.1.2.2" )
 356                 return true;
 357         return false;
 358 }
 359
 360 void gdcmHeader::FixFoundLength(ElValue * ElVal, guint32 FoudLength) {
 361         // Heuristic: a final fix.
 362         if ( FoudLength == 0xffffffff)
 363                 FoudLength = 0;
 364         ElVal->SetLength(FoudLength);
 365 }
 366
 367 void gdcmHeader::FindLength( ElValue * ElVal) {
 368         guint16 element = ElVal->GetElement();
 369         string  vr      = ElVal->GetVR();
 370         guint16 length16;
 371
 372         if ( (filetype == ExplicitVR) && ! ElVal->IsImplicitVr() ) {
 373                 if ( (vr=="OB") || (vr=="OW") || (vr=="SQ") || (vr=="UN") ) {
 374
 375                         // The following two bytes are reserved, so we skip them,
 376                         // and we proceed on reading the length on 4 bytes.
 377                         fseek(fp, 2L,SEEK_CUR);
 378                         FixFoundLength(ElVal, ReadInt32());
 379                         return;
 380                 }
 381
 382                 // Length is encoded on 2 bytes.
 383                 length16 = ReadInt16();
 384
 385                 // We can tell the current file is encoded in big endian (like
 386                 // Data/US-RGB-8-epicard) when we find the "Transfer Syntax" tag
 387                 // and it's value is the one of the encoding of a bie endian file.
 388                 // In order to deal with such big endian encoded files, we have
 389                 // (at least) two strategies:
 390                 // * when we load the "Transfer Syntax" tag with value of big endian
 391                 //   encoding, we raise the proper flags. Then we wait for the end
 392                 //   of the META group (0x0002) among which is "Transfer Syntax",
 393                 //   before switching the swap code to big endian. We have to postpone
 394                 //   the switching of the swap code since the META group is fully encoded
 395                 //   in little endian, and big endian coding only starts at the next
 396                 //   group. The corresponding code can be hard to analyse and adds
 397                 //   many additional unnecessary tests for regular tags.
 398                 // * the second strategy consist to wait for trouble, that shall appear
 399                 //   when we find the first group with big endian encoding. This is
 400                 //   easy to detect since the length of a "Group Length" tag (the
 401                 //   ones with zero as element number) has to be of 4 (0x0004). When we
 402                 //   encouter 1024 (0x0400) chances are the encoding changed and we
 403                 //   found a group with big endian encoding.
 404                 // We shall use this second strategy. In order make sure that we
 405                 // can interpret the presence of an apparently big endian encoded
 406                 // length of a "Group Length" without committing a big mistake, we
 407                 // add an additional check: we look in the allready parsed elements
 408                 // for the presence of a "Transfer Syntax" whose value has to be "big
 409                 // endian encoding". When this is the case, chances are we got our
 410                 // hands on a big endian encoded file: we switch the swap code to
 411                 // big endian and proceed...
 412                 if ( (element  == 0) && (length16 == 1024) ) {
 413                         if ( ! IsBigEndianTransferSyntax() )
 414                                 throw Error::FileReadError(fp, "gdcmHeader::FindLength");
 415                         length16 = 4;
 416                         SwitchSwapToBigEndian();
 417                         // Restore the unproperly loaded values i.e. the group, the element
 418                         // and the dictionary entry depending on them.
 419                         guint16 CorrectGroup   = SwapShort(ElVal->GetGroup());
 420                         guint16 CorrectElem    = SwapShort(ElVal->GetElement());
 421                         gdcmDictEntry * NewTag = IsInDicts(CorrectGroup, CorrectElem);
 422                         if (!NewTag) {
 423                                 // This correct tag is not in the dictionary. Create a new one.
 424                                 NewTag = new gdcmDictEntry(CorrectGroup, CorrectElem);
 425                         }
 426                         // FIXME this can create a memory leaks on the old entry that be
 427                         // left unreferenced.
 428                         ElVal->SetDictEntry(NewTag);
 429                 }
 430
 431                 // Heuristic: well some files are really ill-formed.
 432                 if ( length16 == 0xffff) {
 433                         length16 = 0;
 434                         dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::FindLength",
 435                                     "Erroneous element length fixed.");
 436                 }
 437                 FixFoundLength(ElVal, (guint32)length16);
 438                 return;
 439         }
 440
 441         // Either implicit VR or an explicit VR that (at least for this
 442         // element) lied a little bit. Length is on 4 bytes.
 443         FixFoundLength(ElVal, ReadInt32());
 444 }
 445
 446
 447 /**
 448  * \ingroup gdcmHeader
 449  * \brief   Swaps back the bytes of 4-byte long integer accordingly to
 450  *          processor order.
 451  *
 452  * @return  The suggested integer.
 453  */
 454 guint32 gdcmHeader::SwapLong(guint32 a) {
 455         // FIXME: il pourrait y avoir un pb pour les entiers negatifs ...
 456         switch (sw) {
 457         case    0 :
 458                 break;
 459         case 4321 :
 460                 a=(   ((a<<24) & 0xff000000) | ((a<<8)  & 0x00ff0000)    |
 461                       ((a>>8)  & 0x0000ff00) | ((a>>24) & 0x000000ff) );
 462                 break;
 463
 464         case 3412 :
 465                 a=(   ((a<<16) & 0xffff0000) | ((a>>16) & 0x0000ffff) );
 466                 break;
 467
 468         case 2143 :
 469                 a=(    ((a<<8) & 0xff00ff00) | ((a>>8) & 0x00ff00ff)  );
 470                 break;
 471         default :
 472                 dbg.Error(" gdcmHeader::SwapLong : unset swap code");
 473                 a=0;
 474         }
 475         return(a);
 476 }
 477
 478 /**
 479  * \ingroup gdcmHeader
 480  * \brief   Swaps the bytes so they agree with the processor order
 481  * @return  The properly swaped 16 bits integer.
 482  */
 483 guint16 gdcmHeader::SwapShort(guint16 a) {
 484         if ( (sw==4321)  || (sw==2143) )
 485                 a =(((a<<8) & 0x0ff00) | ((a>>8)&0x00ff));
 486         return (a);
 487 }
 488
 489 void gdcmHeader::SkipElementValue(ElValue * ElVal) {
 490         //FIXME don't dump the returned value
 491         (void)fseek(fp, (long)ElVal->GetLength(), SEEK_CUR);
 492 }
 493
 494 /**
 495  * \ingroup       gdcmHeader
 496  * \brief         Loads the element if it's size is not to big.
 497  * @param ElVal   Element whose value shall be loaded.
 498  * @param MaxSize Size treshold above which the element value is not
 499  *                loaded in memory. The element value is allways loaded
 500  *                when MaxSize is equal to UINT32_MAX.
 501  * @return
 502  */
 503 void gdcmHeader::LoadElementValue(ElValue * ElVal) {
 504         size_t item_read;
 505         guint16 group  = ElVal->GetGroup();
 506         guint16 elem   = ElVal->GetElement();
 507         string  vr     = ElVal->GetVR();
 508         guint32 length = ElVal->GetLength();
 509         bool SkipLoad  = false;
 510
 511         fseek(fp, (long)ElVal->GetOffset(), SEEK_SET);
 512
 513         // Sequences not treated yet !
 514         if( vr == "SQ" )
 515                 SkipLoad = true;
 516
 517         // Heuristic : a sequence "contains" a set of tags (called items). It looks
 518         // like the last tag of a sequence (the one that terminates the sequence)
 519         // has a group of 0xfffe (with a dummy length).
 520         if( group == 0xfffe )
 521                 SkipLoad = true;
 522
 523         // The group length doesn't represent data to be loaded in memory, since
 524         // each element of the group shall be loaded individualy.
 525         if( elem == 0 )
 526                 SkipLoad = true;
 527
 528         if ( SkipLoad ) {
 529                 SkipElementValue(ElVal);
 530                 ElVal->SetLength(0);
 531                 ElVal->SetValue("gdcm::Skipped");
 532                 return;
 533         }
 534
 535         // When the length is zero things are easy:
 536         if ( length == 0 ) {
 537                 ElVal->SetValue("");
 538                 return;
 539         }
 540
 541         // When an integer is expected, read and convert the following two or
 542         // four bytes properly i.e. as an integer as opposed to a string.
 543         if ( IsAnInteger(ElVal) ) {
 544                 guint32 NewInt;
 545                 if( length == 2 ) {
 546                         NewInt = ReadInt16();
 547                 } else if( length == 4 ) {
 548                         NewInt = ReadInt32();
 549                 } else
 550                         dbg.Error(true, "LoadElementValue: Inconsistency when reading Int.");
 551
 552                 //FIXME: make the following an util fonction
 553                 ostringstream s;
 554                 s << NewInt;
 555                 ElVal->SetValue(s.str());
 556                 return;
 557         }
 558
 559         // FIXME The exact size should be length if we move to strings or whatever
 560         char* NewValue = (char*)g_malloc(length+1);
 561         if( !NewValue) {
 562                 dbg.Verbose(1, "LoadElementValue: Failed to allocate NewValue");
 563                 return;
 564         }
 565         NewValue[length]= 0;
 566
 567         // FIXME les elements trop long (seuil a fixer a la main) ne devraient
 568         // pas etre charge's !!!! Voir TODO.
 569         item_read = fread(NewValue, (size_t)length, (size_t)1, fp);
 570         if ( item_read != 1 ) {
 571                 g_free(NewValue);
 572                 Error::FileReadError(fp, "gdcmHeader::LoadElementValue");
 573                 ElVal->SetValue("gdcm::UnRead");
 574                 return;
 575         }
 576         ElVal->SetValue(NewValue);
 577 }
 578
 579 /**
 580  * \ingroup       gdcmHeader
 581  * \brief         Loads the element while preserving the current
 582  *                underlying file position indicator as opposed to
 583  *                to LoadElementValue that modifies it.
 584  * @param ElVal   Element whose value shall be loaded.
 585  * @return
 586  */
 587 void gdcmHeader::LoadElementValueSafe(ElValue * ElVal) {
 588         long PositionOnEntry = ftell(fp);
 589         LoadElementValue(ElVal);
 590         fseek(fp, PositionOnEntry, SEEK_SET);
 591 }
 592
 593
 594 guint16 gdcmHeader::ReadInt16(void) {
 595         guint16 g;
 596         size_t item_read;
 597         item_read = fread (&g, (size_t)2,(size_t)1, fp);
 598         if ( item_read != 1 )
 599                 throw Error::FileReadError(fp, "gdcmHeader::ReadInt16");
 600         g = SwapShort(g);
 601         return g;
 602 }
 603
 604 guint32 gdcmHeader::ReadInt32(void) {
 605         guint32 g;
 606         size_t item_read;
 607         item_read = fread (&g, (size_t)4,(size_t)1, fp);
 608         if ( item_read != 1 )
 609                 throw Error::FileReadError(fp, "gdcmHeader::ReadInt32");
 610         g = SwapLong(g);
 611         return g;
 612 }
 613
 614 /**
 615  * \ingroup gdcmHeader
 616  * \brief   Read the next tag without loading it's value
 617  * @return  On succes the newly created ElValue, NULL on failure.
 618  */
 619
 620 ElValue * gdcmHeader::ReadNextElement(void) {
 621         guint16 g;
 622         guint16 n;
 623         ElValue * NewElVal;
 624
 625         try {
 626                 g = ReadInt16();
 627                 n = ReadInt16();
 628         }
 629         catch ( Error::FileReadError ) {
 630                 // We reached the EOF (or an error occured) and header parsing
 631                 // has to be considered as finished.
 632                 return (ElValue *)0;
 633         }
 634
 635         // Find out if the tag we encountered is in the dictionaries:
 636         gdcmDictEntry * NewTag = IsInDicts(g, n);
 637         if (!NewTag)
 638                 NewTag = new gdcmDictEntry(g, n);
 639
 640         NewElVal = new ElValue(NewTag);
 641         if (!NewElVal) {
 642                 dbg.Verbose(1, "ReadNextElement: failed to allocate ElValue");
 643                 return (ElValue*)0;
 644         }
 645
 646         FindVR(NewElVal);
 647         try { FindLength(NewElVal); }
 648         catch ( Error::FileReadError ) { // Call it quits
 649                 return (ElValue *)0;
 650         }
 651         NewElVal->SetOffset(ftell(fp));
 652         return NewElVal;
 653 }
 654
 655 bool gdcmHeader::IsAnInteger(ElValue * ElVal) {
 656         guint16 group   = ElVal->GetGroup();
 657         guint16 element = ElVal->GetElement();
 658         string  vr      = ElVal->GetVR();
 659         guint32 length  = ElVal->GetLength();
 660
 661         // When we have some semantics on the element we just read, and if we
 662         // a priori know we are dealing with an integer, then we shall be
 663         // able to swap it's element value properly.
 664         if ( element == 0 )  {  // This is the group length of the group
 665                 if (length == 4)
 666                         return true;
 667                 else
 668                         dbg.Error("gdcmHeader::IsAnInteger",
 669                                   "Erroneous Group Length element length.");
 670         }
 671
 672         if ( group % 2 != 0 )
 673                 // We only have some semantics on documented elements, which are
 674                 // the even ones.
 675                 return false;
 676
 677         if ( (length != 4) && ( length != 2) )
 678                 // Swapping only make sense on integers which are 2 or 4 bytes long.
 679                 return false;
 680
 681         if ( (vr == "UL") || (vr == "US") || (vr == "SL") || (vr == "SS") )
 682                 return true;
 683
 684         if ( (group == 0x0028) && (element == 0x0005) )
 685                 // This tag is retained from ACR/NEMA
 686                 // CHECKME Why should "Image Dimensions" be a single integer ?
 687                 return true;
 688
 689         if ( (group == 0x0028) && (element == 0x0200) )
 690                 // This tag is retained from ACR/NEMA
 691                 return true;
 692
 693         return false;
 694 }
 695
 696 /**
 697  * \ingroup gdcmHeader
 698  * \brief   Recover the offset (from the beginning of the file) of the pixels.
 699  */
 700 size_t gdcmHeader::GetPixelOffset(void) {
 701         // If this file complies with the norm we should encounter the
 702         // "Image Location" tag (0x0028,  0x0200). This tag contains the
 703         // the group that contains the pixel data (hence the "Pixel Data"
 704         // is found by indirection through the "Image Location").
 705         // Inside the group pointed by "Image Location" the searched element
 706         // is conventionally the element 0x0010 (when the norm is respected).
 707         //    When the "Image Location" is absent we default to group 0x7fe0.
 708         guint16 grPixel;
 709         guint16 numPixel;
 710         string ImageLocation = GetPubElValByName("Image Location");
 711         if ( ImageLocation == "UNFOUND" ) {
 712                 grPixel = 0x7FE0;
 713         } else {
 714                 grPixel = (guint16) atoi( ImageLocation.c_str() );
 715         }
 716         if (grPixel != 0x7fe0)
 717                 // FIXME is this still necessary ?
 718                 // Now, this looks like an old dirty fix for Philips imager
 719                 numPixel = 0x1010;
 720         else
 721                 numPixel = 0x0010;
 722         ElValue* PixelElement = PubElVals.GetElement(grPixel, numPixel);
 723         if (PixelElement)
 724                 return PixelElement->GetOffset();
 725         else
 726                 return 0;
 727 }
 728
 729 gdcmDictEntry * gdcmHeader::IsInDicts(guint32 group, guint32 element) {
 730         gdcmDictEntry * found = (gdcmDictEntry*)0;
 731         if (!RefPubDict && !RefShaDict) {
 732                 //FIXME build a default dictionary !
 733                 printf("FIXME in gdcmHeader::IsInDicts\n");
 734         }
 735         if (RefPubDict) {
 736                 found = RefPubDict->GetTag(group, element);
 737                 if (found)
 738                         return found;
 739         }
 740         if (RefShaDict) {
 741                 found = RefShaDict->GetTag(group, element);
 742                 if (found)
 743                         return found;
 744         }
 745         return found;
 746 }
 747
 748 string gdcmHeader::GetPubElValByNumber(guint16 group, guint16 element) {
 749         return PubElVals.GetElValue(group, element);
 750 }
 751
 752 string gdcmHeader::GetPubElValByName(string TagName) {
 753         return PubElVals.GetElValue(TagName);
 754 }
 755
 756 /**
 757  * \ingroup gdcmHeader
 758  * \brief   Parses the header of the file but does NOT load element values.
 759  */
 760 void gdcmHeader::ParseHeader(void) {
 761         ElValue * newElValue = (ElValue *)0;
 762
 763         rewind(fp);
 764         CheckSwap();
 765         while ( (newElValue = ReadNextElement()) ) {
 766                 SkipElementValue(newElValue);
 767                 PubElVals.Add(newElValue);
 768         }
 769 }
 770
 771 /**
 772  * \ingroup gdcmHeader
 773  * \brief   Loads the element values of all the elements present in the
 774  *          public tag based hash table.
 775  */
 776 void gdcmHeader::LoadElements(void) {
 777         rewind(fp);
 778         TagElValueHT ht = PubElVals.GetTagHt();
 779         for (TagElValueHT::iterator tag = ht.begin(); tag != ht.end(); ++tag)
 780                 LoadElementValue(tag->second);
 781 }
 782
 783 void gdcmHeader::PrintPubElVal(ostream & os) {
 784         PubElVals.Print(os);
 785 }
 786
 787 void gdcmHeader::PrintPubDict(ostream & os) {
 788         RefPubDict->Print(os);
 789 }