src/gdcmHeader.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: gdcmHeader.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2004/12/21 17:43:55 $
   7   Version:   $Revision: 1.218 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #include "gdcmHeader.h"
  20 #include "gdcmGlobal.h"
  21 #include "gdcmUtil.h"
  22 #include "gdcmDebug.h"
  23 #include "gdcmTS.h"
  24 #include "gdcmValEntry.h"
  25 #include <stdio.h> //sscanf
  26
  27 #include <vector>
  28
  29 namespace gdcm
  30 {
  31 //-----------------------------------------------------------------------------
  32 // Constructor / Destructor
  33 /**
  34  * \brief  Constructor
  35  * @param  filename name of the file whose header we want to analyze
  36  */
  37 Header::Header( std::string const & filename ):
  38             Document( filename )
  39 {
  40    // for some ACR-NEMA images GrPixel, NumPixel is *not* 7fe0,0010
  41    // We may encounter the 'RETired' (0x0028, 0x0200) tag
  42    // (Image Location") . This Element contains the number of
  43    // the group that contains the pixel data (hence the "Pixel Data"
  44    // is found by indirection through the "Image Location").
  45    // Inside the group pointed by "Image Location" the searched element
  46    // is conventionally the element 0x0010 (when the norm is respected).
  47    // When the "Image Location" is absent we default to group 0x7fe0.
  48    // Note: this IS the right place for the code
  49
  50    // Image Location
  51    const std::string &imgLocation = GetEntryByNumber(0x0028, 0x0200);
  52    if ( imgLocation == GDCM_UNFOUND )
  53    {
  54       // default value
  55       GrPixel = 0x7fe0;
  56    }
  57    else
  58    {
  59       GrPixel = (uint16_t) atoi( imgLocation.c_str() );
  60    }
  61
  62    // sometimes Image Location value doesn't follow
  63    // the supposed processor endianity.
  64    // see gdcmData/cr172241.dcm
  65    if ( GrPixel == 0xe07f )
  66    {
  67       GrPixel = 0x7fe0;
  68    }
  69
  70    if ( GrPixel != 0x7fe0 )
  71    {
  72       // This is a kludge for old dirty Philips imager.
  73       NumPixel = 0x1010;
  74    }
  75    else
  76    {
  77       NumPixel = 0x0010;
  78    }
  79 }
  80
  81 /**
  82  * \brief Constructor used when we want to generate dicom files from scratch
  83  */
  84 Header::Header()
  85            :Document()
  86 {
  87    InitializeDefaultHeader();
  88 }
  89
  90 /**
  91  * \brief   Canonical destructor.
  92  */
  93 Header::~Header ()
  94 {
  95 }
  96
  97 /**
  98  * \brief Performs some consistency checking on various 'File related'
  99  *       (as opposed to 'DicomDir related') entries
 100  *       then writes in a file all the (Dicom Elements) included the Pixels
 101  * @param fp file pointer on an already open file
 102  * @param filetype Type of the File to be written
 103  *          (ACR-NEMA, ExplicitVR, ImplicitVR)
 104  */
 105 bool Header::Write(std::string fileName,FileType filetype)
 106 {
 107    std::ofstream* fp = new std::ofstream(fileName.c_str(),
 108                                          std::ios::out | std::ios::binary);
 109    if (*fp == NULL)
 110    {
 111       dbg.Verbose(2, "Failed to open (write) File: " , fileName.c_str());
 112       return false;
 113    }
 114
 115    // Bits Allocated
 116    if ( GetEntryByNumber(0x0028,0x0100) ==  "12")
 117    {
 118       SetEntryByNumber("16", 0x0028,0x0100);
 119    }
 120
 121   /// \todo correct 'Pixel group' Length if necessary
 122
 123    int i_lgPix = GetEntryLengthByNumber(GrPixel, NumPixel);
 124    if (i_lgPix != -2)
 125    {
 126       // no (GrPixel, NumPixel) element
 127       std::string s_lgPix = Util::Format("%d", i_lgPix+12);
 128       s_lgPix = Util::DicomString( s_lgPix.c_str() );
 129       ReplaceOrCreateByNumber(s_lgPix,GrPixel, 0x0000);
 130    }
 131
 132    // FIXME : should be nice if we could move it to File
 133    //         (or in future gdcmPixelData class)
 134
 135    // Drop Palette Color, if necessary
 136
 137    if ( GetEntryByNumber(0x0028,0x0002).c_str()[0] == '3' )
 138    {
 139       // if SamplesPerPixel = 3, sure we don't need any LUT !
 140       // Drop 0028|1101, 0028|1102, 0028|1103
 141       // Drop 0028|1201, 0028|1202, 0028|1203
 142
 143       DocEntry* e = GetDocEntryByNumber(0x0028,0x01101);
 144       if (e)
 145       {
 146          RemoveEntryNoDestroy(e);
 147       }
 148       e = GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1102);
 149       if (e)
 150       {
 151          RemoveEntryNoDestroy(e);
 152       }
 153       e = GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1103);
 154       if (e)
 155       {
 156          RemoveEntryNoDestroy(e);
 157       }
 158       e = GetDocEntryByNumber(0x0028,0x01201);
 159       if (e)
 160       {
 161          RemoveEntryNoDestroy(e);
 162       }
 163       e = GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1202);
 164       if (e)
 165       {
 166          RemoveEntryNoDestroy(e);
 167       }
 168       e = GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1203);
 169       if (e)
 170       {
 171           RemoveEntryNoDestroy(e);
 172       }
 173    }
 174    Document::WriteContent(fp,filetype);
 175
 176    fp->close();
 177    delete fp;
 178
 179    return true;
 180 }
 181
 182 //-----------------------------------------------------------------------------
 183 // Print
 184
 185
 186 //-----------------------------------------------------------------------------
 187 // Public
 188
 189 /**
 190  * \brief  This predicate, based on hopefully reasonable heuristics,
 191  *         decides whether or not the current Header was properly parsed
 192  *         and contains the mandatory information for being considered as
 193  *         a well formed and usable Dicom/Acr File.
 194  * @return true when Header is the one of a reasonable Dicom/Acr file,
 195  *         false otherwise.
 196  */
 197 bool Header::IsReadable()
 198 {
 199    if( !Document::IsReadable() )
 200    {
 201       return false;
 202    }
 203
 204    const std::string &res = GetEntryByNumber(0x0028, 0x0005);
 205    if ( res != GDCM_UNFOUND && atoi(res.c_str()) > 4 )
 206    {
 207       return false; // Image Dimensions
 208    }
 209    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028, 0x0100) )
 210    {
 211       return false; // "Bits Allocated"
 212    }
 213    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028, 0x0101) )
 214    {
 215       return false; // "Bits Stored"
 216    }
 217    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028, 0x0102) )
 218    {
 219       return false; // "High Bit"
 220    }
 221    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028, 0x0103) )
 222    {
 223       return false; // "Pixel Representation" i.e. 'Sign'
 224    }
 225
 226    return true;
 227 }
 228
 229 /**
 230  * \brief   Retrieve the number of columns of image.
 231  * @return  The encountered size when found, 0 by default.
 232  *          0 means the file is NOT USABLE. The caller will have to check
 233  */
 234 int Header::GetXSize()
 235 {
 236    const std::string &strSize = GetEntryByNumber(0x0028,0x0011);
 237    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 238    {
 239       return 0;
 240    }
 241
 242    return atoi( strSize.c_str() );
 243 }
 244
 245 /**
 246  * \brief   Retrieve the number of lines of image.
 247  * \warning The defaulted value is 1 as opposed to Header::GetXSize()
 248  * @return  The encountered size when found, 1 by default
 249  *          (The ACR-NEMA file contains a Signal, not an Image).
 250  */
 251 int Header::GetYSize()
 252 {
 253    const std::string &strSize = GetEntryByNumber(0x0028,0x0010);
 254    if ( strSize != GDCM_UNFOUND )
 255    {
 256       return atoi( strSize.c_str() );
 257    }
 258    if ( IsDicomV3() )
 259    {
 260       return 0;
 261    }
 262
 263    // The Rows (0028,0010) entry was optional for ACR/NEMA. It might
 264    // hence be a signal (1d image). So we default to 1:
 265    return 1;
 266 }
 267
 268 /**
 269  * \brief   Retrieve the number of planes of volume or the number
 270  *          of frames of a multiframe.
 271  * \warning When present we consider the "Number of Frames" as the third
 272  *          dimension. When absent we consider the third dimension as
 273  *          being the ACR-NEMA "Planes" tag content.
 274  * @return  The encountered size when found, 1 by default (single image).
 275  */
 276 int Header::GetZSize()
 277 {
 278    // Both  DicomV3 and ACR/Nema consider the "Number of Frames"
 279    // as the third dimension.
 280    const std::string &strSize = GetEntryByNumber(0x0028,0x0008);
 281    if ( strSize != GDCM_UNFOUND )
 282    {
 283       return atoi( strSize.c_str() );
 284    }
 285
 286    // We then consider the "Planes" entry as the third dimension
 287    const std::string &strSize2 = GetEntryByNumber(0x0028,0x0012);
 288    if ( strSize2 != GDCM_UNFOUND )
 289    {
 290       return atoi( strSize2.c_str() );
 291    }
 292
 293    return 1;
 294 }
 295
 296 /**
 297   * \brief gets the info from 0028,0030 : Pixel Spacing
 298   *             else 1.0
 299   * @return X dimension of a pixel
 300   */
 301 float Header::GetXSpacing()
 302 {
 303    float xspacing, yspacing;
 304    const std::string &strSpacing = GetEntryByNumber(0x0028,0x0030);
 305
 306    if ( strSpacing == GDCM_UNFOUND )
 307    {
 308       dbg.Verbose(0, "Header::GetXSpacing: unfound Pixel Spacing (0028,0030)");
 309       return 1.;
 310    }
 311
 312    int nbValues;
 313    if( ( nbValues = sscanf( strSpacing.c_str(),
 314          "%f\\%f", &yspacing, &xspacing)) != 2 )
 315    {
 316       // if single value is found, xspacing is defaulted to yspacing
 317       if ( nbValues == 1 )
 318       {
 319          xspacing = yspacing;
 320       }
 321
 322       if ( xspacing == 0.0 ) xspacing = 1.0;
 323
 324       return xspacing;
 325    }
 326
 327    // to avoid troubles with David Clunie's-like images
 328    if ( xspacing == 0. && yspacing == 0.) return 1.;
 329
 330    if ( xspacing == 0.)
 331    {
 332       dbg.Verbose(0, "Header::GetXSpacing: gdcmData/CT-MONO2-8-abdo.dcm problem");
 333       // seems to be a bug in the header ...
 334       nbValues = sscanf( strSpacing.c_str(), "%f\\0\\%f", &yspacing, &xspacing);
 335       assert( nbValues == 2 );
 336    }
 337
 338    return xspacing;
 339 }
 340
 341 /**
 342   * \brief gets the info from 0028,0030 : Pixel Spacing
 343   *             else 1.0
 344   * @return Y dimension of a pixel
 345   */
 346 float Header::GetYSpacing()
 347 {
 348    float yspacing = 1.;
 349    std::string strSpacing = GetEntryByNumber(0x0028,0x0030);
 350
 351    if ( strSpacing == GDCM_UNFOUND )
 352    {
 353       dbg.Verbose(0, "Header::GetYSpacing: unfound Pixel Spacing (0028,0030)");
 354       return 1.;
 355     }
 356
 357    // if sscanf cannot read any float value, it won't affect yspacing
 358    sscanf( strSpacing.c_str(), "%f", &yspacing);
 359
 360    if ( yspacing == 0.0 ) yspacing = 1.0;
 361
 362    return yspacing;
 363 }
 364
 365 /**
 366  * \brief gets the info from 0018,0088 : Space Between Slices
 367  *                else from 0018,0050 : Slice Thickness
 368  *                else 1.0
 369  * @return Z dimension of a voxel-to be
 370  */
 371 float Header::GetZSpacing()
 372 {
 373    // Spacing Between Slices : distance entre le milieu de chaque coupe
 374    // Les coupes peuvent etre :
 375    //   jointives     (Spacing between Slices = Slice Thickness)
 376    //   chevauchantes (Spacing between Slices < Slice Thickness)
 377    //   disjointes    (Spacing between Slices > Slice Thickness)
 378    // Slice Thickness : epaisseur de tissus sur laquelle est acquis le signal
 379    //   ca interesse le physicien de l'IRM, pas le visualisateur de volumes ...
 380    //   Si le Spacing Between Slices est absent,
 381    //   on suppose que les coupes sont jointives
 382
 383    const std::string &strSpacingBSlices = GetEntryByNumber(0x0018,0x0088);
 384
 385    if ( strSpacingBSlices == GDCM_UNFOUND )
 386    {
 387       dbg.Verbose(0, "Header::GetZSpacing: unfound StrSpacingBSlices");
 388       const std::string &strSliceThickness = GetEntryByNumber(0x0018,0x0050);
 389       if ( strSliceThickness == GDCM_UNFOUND )
 390       {
 391          return 1.;
 392       }
 393       else
 394       {
 395          // if no 'Spacing Between Slices' is found,
 396          // we assume slices join together
 397          // (no overlapping, no interslice gap)
 398          // if they don't, we're fucked up
 399          return (float)atof( strSliceThickness.c_str() );
 400       }
 401    }
 402    //else
 403    return (float)atof( strSpacingBSlices.c_str() );
 404 }
 405
 406 /**
 407  *\brief gets the info from 0028,1052 : Rescale Intercept
 408  * @return Rescale Intercept
 409  */
 410 float Header::GetRescaleIntercept()
 411 {
 412    float resInter = 0.;
 413    /// 0028 1052 DS IMG Rescale Intercept
 414    const std::string &strRescInter = GetEntryByNumber(0x0028,0x1052);
 415    if ( strRescInter != GDCM_UNFOUND )
 416    {
 417       if( sscanf( strRescInter.c_str(), "%f", &resInter) != 1 )
 418       {
 419          // bug in the element 0x0028,0x1052
 420          dbg.Verbose(0, "Header::GetRescaleIntercept: Rescale Slope "
 421                         "is empty");
 422       }
 423    }
 424
 425    return resInter;
 426 }
 427
 428 /**
 429  *\brief   gets the info from 0028,1053 : Rescale Slope
 430  * @return Rescale Slope
 431  */
 432 float Header::GetRescaleSlope()
 433 {
 434    float resSlope = 1.;
 435    //0028 1053 DS IMG Rescale Slope
 436    std::string strRescSlope = GetEntryByNumber(0x0028,0x1053);
 437    if ( strRescSlope != GDCM_UNFOUND )
 438    {
 439       if( sscanf( strRescSlope.c_str(), "%f", &resSlope) != 1)
 440       {
 441          // bug in the element 0x0028,0x1053
 442          dbg.Verbose(0, "Header::GetRescaleSlope: Rescale Slope is empty");
 443       }
 444    }
 445
 446    return resSlope;
 447 }
 448
 449 /**
 450  * \brief This function is intended to user who doesn't want
 451  *   to have to manage a LUT and expects to get an RBG Pixel image
 452  *   (or a monochrome one ...)
 453  * \warning to be used with GetImagePixels()
 454  * @return 1 if Gray level, 3 if Color (RGB, YBR or PALETTE COLOR)
 455  */
 456 int Header::GetNumberOfScalarComponents()
 457 {
 458    if ( GetSamplesPerPixel() == 3 )
 459    {
 460       return 3;
 461    }
 462
 463    // 0028 0100 US IMG Bits Allocated
 464    // (in order no to be messed up by old RGB images)
 465    if ( GetEntryByNumber(0x0028,0x0100) == "24" )
 466    {
 467       return 3;
 468    }
 469
 470    std::string strPhotometricInterpretation = GetEntryByNumber(0x0028,0x0004);
 471
 472    if ( ( strPhotometricInterpretation == "PALETTE COLOR ") )
 473    {
 474       if ( HasLUT() )// PALETTE COLOR is NOT enough
 475       {
 476          return 3;
 477       }
 478       else
 479       {
 480          return 1;
 481       }
 482    }
 483
 484    // beware of trailing space at end of string
 485    // DICOM tags are never of odd length
 486    if ( strPhotometricInterpretation == GDCM_UNFOUND   ||
 487         Util::DicomStringEqual(strPhotometricInterpretation, "MONOCHROME1") ||
 488         Util::DicomStringEqual(strPhotometricInterpretation, "MONOCHROME2") )
 489    {
 490       return 1;
 491    }
 492    else
 493    {
 494       // we assume that *all* kinds of YBR are dealt with
 495       return 3;
 496    }
 497 }
 498
 499 /**
 500  * \brief This function is intended to user that DOESN'T want
 501  *  to get RGB pixels image when it's stored as a PALETTE COLOR image
 502  *   - the (vtk) user is supposed to know how deal with LUTs -
 503  * \warning to be used with GetImagePixelsRaw()
 504  * @return 1 if Gray level, 3 if Color (RGB or YBR - NOT 'PALETTE COLOR' -)
 505  */
 506 int Header::GetNumberOfScalarComponentsRaw()
 507 {
 508    // 0028 0100 US IMG Bits Allocated
 509    // (in order no to be messed up by old RGB images)
 510    if ( Header::GetEntryByNumber(0x0028,0x0100) == "24" )
 511    {
 512       return 3;
 513    }
 514
 515    // we assume that *all* kinds of YBR are dealt with
 516    return GetSamplesPerPixel();
 517 }
 518
 519 //
 520 // --------------  Remember ! ----------------------------------
 521 //
 522 // Image Position Patient                              (0020,0032):
 523 // If not found (ACR_NEMA) we try Image Position       (0020,0030)
 524 // If not found (ACR-NEMA), we consider Slice Location (0020,1041)
 525 //                                   or Location       (0020,0050)
 526 // as the Z coordinate,
 527 // 0. for all the coordinates if nothing is found
 528
 529 // \todo find a way to inform the caller nothing was found
 530 // \todo How to tell the caller a wrong number of values was found?
 531 //
 532 // ---------------------------------------------------------------
 533 //
 534
 535 /**
 536  * \brief gets the info from 0020,0032 : Image Position Patient
 537  *                 else from 0020,0030 : Image Position (RET)
 538  *                 else 0.
 539  * @return up-left image corner X position
 540  */
 541 float Header::GetXOrigin()
 542 {
 543    float xImPos, yImPos, zImPos;
 544    std::string strImPos = GetEntryByNumber(0x0020,0x0032);
 545
 546    if ( strImPos == GDCM_UNFOUND )
 547    {
 548       dbg.Verbose(0, "Header::GetXImagePosition: unfound Image "
 549                      "Position Patient (0020,0032)");
 550       strImPos = GetEntryByNumber(0x0020,0x0030); // For ACR-NEMA images
 551       if ( strImPos == GDCM_UNFOUND )
 552       {
 553          dbg.Verbose(0, "Header::GetXImagePosition: unfound Image "
 554                         "Position (RET) (0020,0030)");
 555          /// \todo How to tell the caller nothing was found ?
 556          return 0.;
 557       }
 558    }
 559
 560    if( sscanf( strImPos.c_str(), "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos) != 3 )
 561    {
 562       return 0.;
 563    }
 564
 565    return xImPos;
 566 }
 567
 568 /**
 569  * \brief gets the info from 0020,0032 : Image Position Patient
 570  *                 else from 0020,0030 : Image Position (RET)
 571  *                 else 0.
 572  * @return up-left image corner Y position
 573  */
 574 float Header::GetYOrigin()
 575 {
 576    float xImPos, yImPos, zImPos;
 577    std::string strImPos = GetEntryByNumber(0x0020,0x0032);
 578
 579    if ( strImPos == GDCM_UNFOUND)
 580    {
 581       dbg.Verbose(0, "Header::GetYImagePosition: unfound Image "
 582                      "Position Patient (0020,0032)");
 583       strImPos = GetEntryByNumber(0x0020,0x0030); // For ACR-NEMA images
 584       if ( strImPos == GDCM_UNFOUND )
 585       {
 586          dbg.Verbose(0, "Header::GetYImagePosition: unfound Image "
 587                         "Position (RET) (0020,0030)");
 588          /// \todo How to tell the caller nothing was found ?
 589          return 0.;
 590       }
 591    }
 592
 593    if( sscanf( strImPos.c_str(), "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos) != 3 )
 594    {
 595       return 0.;
 596    }
 597
 598    return yImPos;
 599 }
 600
 601 /**
 602  * \brief gets the info from 0020,0032 : Image Position Patient
 603  *                 else from 0020,0030 : Image Position (RET)
 604  *                 else from 0020,1041 : Slice Location
 605  *                 else from 0020,0050 : Location
 606  *                 else 0.
 607  * @return up-left image corner Z position
 608  */
 609 float Header::GetZOrigin()
 610 {
 611    float xImPos, yImPos, zImPos;
 612    std::string strImPos = GetEntryByNumber(0x0020,0x0032);
 613
 614    if ( strImPos != GDCM_UNFOUND )
 615    {
 616       if( sscanf( strImPos.c_str(), "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos) != 3)
 617       {
 618          dbg.Verbose(0, "Header::GetZImagePosition: wrong Image "
 619                         "Position Patient (0020,0032)");
 620          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x0032
 621       }
 622       else
 623       {
 624          return zImPos;
 625       }
 626    }
 627
 628    strImPos = GetEntryByNumber(0x0020,0x0030); // For ACR-NEMA images
 629    if ( strImPos != GDCM_UNFOUND )
 630    {
 631       if( sscanf( strImPos.c_str(),
 632           "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos ) != 3 )
 633       {
 634          dbg.Verbose(0, "Header::GetZImagePosition: wrong Image Position (RET) (0020,0030)");
 635          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x0032
 636       }
 637       else
 638       {
 639          return zImPos;
 640       }
 641    }
 642
 643    std::string strSliceLocation = GetEntryByNumber(0x0020,0x1041); // for *very* old ACR-NEMA images
 644    if ( strSliceLocation != GDCM_UNFOUND )
 645    {
 646       if( sscanf( strSliceLocation.c_str(), "%f", &zImPos) != 1)
 647       {
 648          dbg.Verbose(0, "Header::GetZImagePosition: wrong Slice Location (0020,1041)");
 649          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x1041
 650       }
 651       else
 652       {
 653          return zImPos;
 654       }
 655    }
 656    dbg.Verbose(0, "Header::GetZImagePosition: unfound Slice Location (0020,1041)");
 657
 658    std::string strLocation = GetEntryByNumber(0x0020,0x0050);
 659    if ( strLocation != GDCM_UNFOUND )
 660    {
 661       if( sscanf( strLocation.c_str(), "%f", &zImPos) != 1)
 662       {
 663          dbg.Verbose(0, "Header::GetZImagePosition: wrong Location (0020,0050)");
 664          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x0050
 665       }
 666       else
 667       {
 668          return zImPos;
 669       }
 670    }
 671    dbg.Verbose(0, "Header::GetYImagePosition: unfound Location (0020,0050)");
 672
 673    return 0.; // Hopeless
 674 }
 675
 676 /**
 677  * \brief gets the info from 0020,0013 : Image Number else 0.
 678  * @return image number
 679  */
 680 int Header::GetImageNumber()
 681 {
 682    // The function i atoi() takes the address of an area of memory as
 683    // parameter and converts the string stored at that location to an integer
 684    // using the external decimal to internal binary conversion rules. This may
 685    // be preferable to sscanf() since atoi() is a much smaller, simpler and
 686    // faster function. sscanf() can do all possible conversions whereas
 687    // atoi() can only do single decimal integer conversions.
 688    //0020 0013 IS REL Image Number
 689    std::string strImNumber = GetEntryByNumber(0x0020,0x0013);
 690    if ( strImNumber != GDCM_UNFOUND )
 691    {
 692       return atoi( strImNumber.c_str() );
 693    }
 694    return 0;   //Hopeless
 695 }
 696
 697 /**
 698  * \brief gets the info from 0008,0060 : Modality
 699  * @return Modality Type
 700  */
 701 ModalityType Header::GetModality()
 702 {
 703    // 0008 0060 CS ID Modality
 704    std::string strModality = GetEntryByNumber(0x0008,0x0060);
 705    if ( strModality != GDCM_UNFOUND )
 706    {
 707            if ( strModality.find("AU") < strModality.length()) return AU;
 708       else if ( strModality.find("AS") < strModality.length()) return AS;
 709       else if ( strModality.find("BI") < strModality.length()) return BI;
 710       else if ( strModality.find("CF") < strModality.length()) return CF;
 711       else if ( strModality.find("CP") < strModality.length()) return CP;
 712       else if ( strModality.find("CR") < strModality.length()) return CR;
 713       else if ( strModality.find("CT") < strModality.length()) return CT;
 714       else if ( strModality.find("CS") < strModality.length()) return CS;
 715       else if ( strModality.find("DD") < strModality.length()) return DD;
 716       else if ( strModality.find("DF") < strModality.length()) return DF;
 717       else if ( strModality.find("DG") < strModality.length()) return DG;
 718       else if ( strModality.find("DM") < strModality.length()) return DM;
 719       else if ( strModality.find("DS") < strModality.length()) return DS;
 720       else if ( strModality.find("DX") < strModality.length()) return DX;
 721       else if ( strModality.find("ECG") < strModality.length()) return ECG;
 722       else if ( strModality.find("EPS") < strModality.length()) return EPS;
 723       else if ( strModality.find("FA") < strModality.length()) return FA;
 724       else if ( strModality.find("FS") < strModality.length()) return FS;
 725       else if ( strModality.find("HC") < strModality.length()) return HC;
 726       else if ( strModality.find("HD") < strModality.length()) return HD;
 727       else if ( strModality.find("LP") < strModality.length()) return LP;
 728       else if ( strModality.find("LS") < strModality.length()) return LS;
 729       else if ( strModality.find("MA") < strModality.length()) return MA;
 730       else if ( strModality.find("MR") < strModality.length()) return MR;
 731       else if ( strModality.find("NM") < strModality.length()) return NM;
 732       else if ( strModality.find("OT") < strModality.length()) return OT;
 733       else if ( strModality.find("PT") < strModality.length()) return PT;
 734       else if ( strModality.find("RF") < strModality.length()) return RF;
 735       else if ( strModality.find("RG") < strModality.length()) return RG;
 736       else if ( strModality.find("RTDOSE")   < strModality.length()) return RTDOSE;
 737       else if ( strModality.find("RTIMAGE")  < strModality.length()) return RTIMAGE;
 738       else if ( strModality.find("RTPLAN")   < strModality.length()) return RTPLAN;
 739       else if ( strModality.find("RTSTRUCT") < strModality.length()) return RTSTRUCT;
 740       else if ( strModality.find("SM") < strModality.length()) return SM;
 741       else if ( strModality.find("ST") < strModality.length()) return ST;
 742       else if ( strModality.find("TG") < strModality.length()) return TG;
 743       else if ( strModality.find("US") < strModality.length()) return US;
 744       else if ( strModality.find("VF") < strModality.length()) return VF;
 745       else if ( strModality.find("XA") < strModality.length()) return XA;
 746       else if ( strModality.find("XC") < strModality.length()) return XC;
 747
 748       else
 749       {
 750          /// \todo throw error return value ???
 751          /// specified <> unknow in our database
 752          return Unknow;
 753       }
 754    }
 755
 756    return Unknow;
 757 }
 758
 759 /**
 760  * \brief   Retrieve the number of Bits Stored (actually used)
 761  *          (as opposite to number of Bits Allocated)
 762  * @return  The encountered number of Bits Stored, 0 by default.
 763  *          0 means the file is NOT USABLE. The caller has to check it !
 764  */
 765 int Header::GetBitsStored()
 766 {
 767    std::string strSize = GetEntryByNumber( 0x0028, 0x0101 );
 768    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 769    {
 770       dbg.Verbose(0, "Header::GetBitsStored: this is supposed to "
 771                      "be mandatory");
 772       return 0;  // It's supposed to be mandatory
 773                  // the caller will have to check
 774    }
 775    return atoi( strSize.c_str() );
 776 }
 777
 778 /**
 779  * \brief   Retrieve the high bit position.
 780  * \warning The method defaults to 0 when information is absent.
 781  *          The responsability of checking this value is left to the caller.
 782  * @return  The high bit positin when present. 0 when absent.
 783  */
 784 int Header::GetHighBitPosition()
 785 {
 786    std::string strSize = GetEntryByNumber( 0x0028, 0x0102 );
 787    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 788    {
 789       dbg.Verbose(0, "Header::GetHighBitPosition: this is supposed "
 790                      "to be mandatory");
 791       return 0;
 792    }
 793    return atoi( strSize.c_str() );
 794 }
 795
 796 /**
 797  * \brief   Check wether the pixels are signed or UNsigned data.
 798  * \warning The method defaults to false (UNsigned) when information is absent.
 799  *          The responsability of checking this value is left to the caller.
 800  * @return  True when signed, false when UNsigned
 801  */
 802 bool Header::IsSignedPixelData()
 803 {
 804    std::string strSize = GetEntryByNumber( 0x0028, 0x0103 );
 805    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 806    {
 807       dbg.Verbose(0, "Header::IsSignedPixelData: this is supposed "
 808                      "to be mandatory");
 809       return false;
 810    }
 811    int sign = atoi( strSize.c_str() );
 812    if ( sign == 0 )
 813    {
 814       return false;
 815    }
 816    return true;
 817 }
 818
 819 /**
 820  * \brief   Retrieve the number of Bits Allocated
 821  *          (8, 12 -compacted ACR-NEMA files, 16, ...)
 822  * @return  The encountered number of Bits Allocated, 0 by default.
 823  *          0 means the file is NOT USABLE. The caller has to check it !
 824  */
 825 int Header::GetBitsAllocated()
 826 {
 827    std::string strSize = GetEntryByNumber(0x0028,0x0100);
 828    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 829    {
 830       dbg.Verbose(0, "Header::GetBitsStored: this is supposed to "
 831                      "be mandatory");
 832       return 0; // It's supposed to be mandatory
 833                 // the caller will have to check
 834    }
 835    return atoi( strSize.c_str() );
 836 }
 837
 838 /**
 839  * \brief   Retrieve the number of Samples Per Pixel
 840  *          (1 : gray level, 3 : RGB -1 or 3 Planes-)
 841  * @return  The encountered number of Samples Per Pixel, 1 by default.
 842  *          (Gray level Pixels)
 843  */
 844 int Header::GetSamplesPerPixel()
 845 {
 846    const std::string& strSize = GetEntryByNumber(0x0028,0x0002);
 847    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 848    {
 849       dbg.Verbose(0, "Header::GetBitsStored: this is supposed to "
 850                      "be mandatory");
 851       return 1; // Well, it's supposed to be mandatory ...
 852                 // but sometimes it's missing : *we* assume Gray pixels
 853    }
 854    return atoi( strSize.c_str() );
 855 }
 856
 857 /**
 858  * \brief   Check wether this a monochrome picture or not by accessing
 859  *          the "Photometric Interpretation" tag ( 0x0028, 0x0004 ).
 860  * @return  true when "MONOCHROME1" or "MONOCHROME2". False otherwise.
 861  */
 862 bool Header::IsMonochrome()
 863 {
 864    const std::string& PhotometricInterp = GetEntryByNumber( 0x0028, 0x0004 );
 865    if (  Util::DicomStringEqual(PhotometricInterp, "MONOCHROME1")
 866       || Util::DicomStringEqual(PhotometricInterp, "MONOCHROME2") )
 867    {
 868       return true;
 869    }
 870    if ( PhotometricInterp == GDCM_UNFOUND )
 871    {
 872       dbg.Verbose(0, "Header::IsMonochrome: absent Photometric "
 873                      "Interpretation");
 874    }
 875    return false;
 876 }
 877
 878 /**
 879  * \brief   Check wether this a "PALETTE COLOR" picture or not by accessing
 880  *          the "Photometric Interpretation" tag ( 0x0028, 0x0004 ).
 881  * @return  true when "PALETTE COLOR". False otherwise.
 882  */
 883 bool Header::IsPaletteColor()
 884 {
 885    std::string PhotometricInterp = GetEntryByNumber( 0x0028, 0x0004 );
 886    if (   PhotometricInterp == "PALETTE COLOR " )
 887    {
 888       return true;
 889    }
 890    if ( PhotometricInterp == GDCM_UNFOUND )
 891    {
 892       dbg.Verbose(0, "Header::IsPaletteColor: absent Photometric "
 893                      "Interpretation");
 894    }
 895    return false;
 896 }
 897
 898 /**
 899  * \brief   Check wether this a "YBR_FULL" color picture or not by accessing
 900  *          the "Photometric Interpretation" tag ( 0x0028, 0x0004 ).
 901  * @return  true when "YBR_FULL". False otherwise.
 902  */
 903 bool Header::IsYBRFull()
 904 {
 905    std::string PhotometricInterp = GetEntryByNumber( 0x0028, 0x0004 );
 906    if (   PhotometricInterp == "YBR_FULL" )
 907    {
 908       return true;
 909    }
 910    if ( PhotometricInterp == GDCM_UNFOUND )
 911    {
 912       dbg.Verbose(0, "Header::IsYBRFull: absent Photometric "
 913                      "Interpretation");
 914    }
 915    return false;
 916 }
 917
 918 /**
 919  * \brief   Retrieve the Planar Configuration for RGB images
 920  *          (0 : RGB Pixels , 1 : R Plane + G Plane + B Plane)
 921  * @return  The encountered Planar Configuration, 0 by default.
 922  */
 923 int Header::GetPlanarConfiguration()
 924 {
 925    std::string strSize = GetEntryByNumber(0x0028,0x0006);
 926    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 927    {
 928       return 0;
 929    }
 930    return atoi( strSize.c_str() );
 931 }
 932
 933 /**
 934  * \brief   Return the size (in bytes) of a single pixel of data.
 935  * @return  The size in bytes of a single pixel of data; 0 by default
 936  *          0 means the file is NOT USABLE; the caller will have to check
 937  */
 938 int Header::GetPixelSize()
 939 {
 940    // 0028 0100 US IMG Bits Allocated
 941    // (in order no to be messed up by old RGB images)
 942    //   if (Header::GetEntryByNumber(0x0028,0x0100) == "24")
 943    //      return 3;
 944
 945    std::string pixelType = GetPixelType();
 946    if ( pixelType ==  "8U" || pixelType == "8S" )
 947    {
 948       return 1;
 949    }
 950    if ( pixelType == "16U" || pixelType == "16S")
 951    {
 952       return 2;
 953    }
 954    if ( pixelType == "32U" || pixelType == "32S")
 955    {
 956       return 4;
 957    }
 958    if ( pixelType == "FD" )
 959    {
 960       return 8;
 961    }
 962    dbg.Verbose(0, "Header::GetPixelSize: Unknown pixel type");
 963    return 0;
 964 }
 965
 966 /**
 967  * \brief   Build the Pixel Type of the image.
 968  *          Possible values are:
 969  *          - 8U  unsigned  8 bit,
 970  *          - 8S    signed  8 bit,
 971  *          - 16U unsigned 16 bit,
 972  *          - 16S   signed 16 bit,
 973  *          - 32U unsigned 32 bit,
 974  *          - 32S   signed 32 bit,
 975  *          - FD floating double 64 bits (Not kosher DICOM, but so usefull!)
 976  * \warning 12 bit images appear as 16 bit.
 977  *          24 bit images appear as 8 bit
 978  * @return  0S if nothing found. NOT USABLE file. The caller has to check
 979  */
 980 std::string Header::GetPixelType()
 981 {
 982    std::string bitsAlloc = GetEntryByNumber(0x0028, 0x0100); // Bits Allocated
 983    if ( bitsAlloc == GDCM_UNFOUND )
 984    {
 985       dbg.Verbose(0, "Header::GetPixelType: unfound Bits Allocated");
 986       bitsAlloc = "16";
 987    }
 988
 989    if ( bitsAlloc == "64" )
 990    {
 991       return "FD";
 992    }
 993    else if ( bitsAlloc == "12" )
 994    {
 995       // It will be unpacked
 996       bitsAlloc = "16";
 997    }
 998    else if ( bitsAlloc == "24" )
 999    {
1000       // (in order no to be messed up
1001       bitsAlloc = "8";  // by old RGB images)
1002    }
1003
1004    std::string sign = GetEntryByNumber(0x0028, 0x0103);//"Pixel Representation"
1005
1006    if (sign == GDCM_UNFOUND )
1007    {
1008       dbg.Verbose(0, "Header::GetPixelType: unfound Pixel Representation");
1009       bitsAlloc = "0";
1010    }
1011    else if ( sign == "0" )
1012    {
1013       sign = "U";
1014    }
1015    else
1016    {
1017       sign = "S";
1018    }
1019    return bitsAlloc + sign;
1020 }
1021
1022
1023 /**
1024  * \brief   Recover the offset (from the beginning of the file)
1025  *          of *image* pixels (not *icone image* pixels, if any !)
1026  * @return Pixel Offset
1027  */
1028 size_t Header::GetPixelOffset()
1029 {
1030    DocEntry* pxlElement = GetDocEntryByNumber(GrPixel,NumPixel);
1031    if ( pxlElement )
1032    {
1033       return pxlElement->GetOffset();
1034    }
1035    else
1036    {
1037 #ifdef GDCM_DEBUG
1038       std::cout << "Big trouble : Pixel Element ("
1039                 << std::hex << GrPixel<<","<< NumPixel<< ") NOT found"
1040                 << std::endl;
1041 #endif //GDCM_DEBUG
1042       return 0;
1043    }
1044 }
1045
1046 /// \todo TODO : unify those two (previous one and next one)
1047 /**
1048  * \brief   Recover the pixel area length (in Bytes)
1049  * @return Pixel Element Length, as stored in the header
1050  *         (NOT the memory space necessary to hold the Pixels
1051  *          -in case of embeded compressed image-)
1052  *         0 : NOT USABLE file. The caller has to check.
1053  */
1054 size_t Header::GetPixelAreaLength()
1055 {
1056    DocEntry* pxlElement = GetDocEntryByNumber(GrPixel,NumPixel);
1057    if ( pxlElement )
1058    {
1059       return pxlElement->GetLength();
1060    }
1061    else
1062    {
1063 #ifdef GDCM_DEBUG
1064       std::cout << "Big trouble : Pixel Element ("
1065                 << std::hex << GrPixel<<","<< NumPixel<< ") NOT found"
1066                 << std::endl;
1067 #endif //GDCM_DEBUG
1068       return 0;
1069    }
1070 }
1071
1072 /**
1073   * \brief tells us if LUT are used
1074   * \warning Right now, 'Segmented xxx Palette Color Lookup Table Data'
1075   *          are NOT considered as LUT, since nobody knows
1076   *          how to deal with them
1077   *          Please warn me if you know sbdy that *does* know ... jprx
1078   * @return true if LUT Descriptors and LUT Tables were found
1079   */
1080 bool Header::HasLUT()
1081 {
1082    // Check the presence of the LUT Descriptors, and LUT Tables
1083    // LutDescriptorRed
1084    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1101) )
1085    {
1086       return false;
1087    }
1088    // LutDescriptorGreen
1089    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1102) )
1090    {
1091       return false;
1092    }
1093    // LutDescriptorBlue
1094    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1103) )
1095    {
1096       return false;
1097    }
1098    // Red Palette Color Lookup Table Data
1099    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1201) )
1100    {
1101       return false;
1102    }
1103    // Green Palette Color Lookup Table Data
1104    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1202) )
1105    {
1106       return false;
1107    }
1108    // Blue Palette Color Lookup Table Data
1109    if ( !GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1203) )
1110    {
1111       return false;
1112    }
1113
1114    // FIXME : (0x0028,0x3006) : LUT Data (CTX dependent)
1115    //         NOT taken into account, but we don't know how to use it ...
1116    return true;
1117 }
1118
1119 /**
1120   * \brief gets the info from 0028,1101 : Lookup Table Desc-Red
1121   *             else 0
1122   * @return Lookup Table number of Bits , 0 by default
1123   *          when (0028,0004),Photometric Interpretation = [PALETTE COLOR ]
1124   * @ return bit number of each LUT item
1125   */
1126 int Header::GetLUTNbits()
1127 {
1128    std::vector<std::string> tokens;
1129    int lutNbits;
1130
1131    //Just hope Lookup Table Desc-Red = Lookup Table Desc-Red
1132    //                                = Lookup Table Desc-Blue
1133    // Consistency already checked in GetLUTLength
1134    std::string lutDescription = GetEntryByNumber(0x0028,0x1101);
1135    if ( lutDescription == GDCM_UNFOUND )
1136    {
1137       return 0;
1138    }
1139
1140    tokens.clear(); // clean any previous value
1141    Util::Tokenize ( lutDescription, tokens, "\\" );
1142    //LutLength=atoi(tokens[0].c_str());
1143    //LutDepth=atoi(tokens[1].c_str());
1144
1145    lutNbits = atoi( tokens[2].c_str() );
1146    tokens.clear();
1147
1148    return lutNbits;
1149 }
1150
1151 /**
1152  * \brief Accesses the info from 0002,0010 : Transfert Syntax and TS
1153  *        else 1.
1154  * @return The full Transfert Syntax Name (as opposed to Transfert Syntax UID)
1155  */
1156 std::string Header::GetTransfertSyntaxName()
1157 {
1158    // use the TS (TS : Transfert Syntax)
1159    std::string transfertSyntax = GetEntryByNumber(0x0002,0x0010);
1160
1161    if ( transfertSyntax == GDCM_NOTLOADED )
1162    {
1163       std::cout << "Transfert Syntax not loaded. " << std::endl
1164                << "Better you increase MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE"
1165                << std::endl;
1166       return "Uncompressed ACR-NEMA";
1167    }
1168    if ( transfertSyntax == GDCM_UNFOUND )
1169    {
1170       dbg.Verbose(0, "Header::GetTransfertSyntaxName:"
1171                      " unfound Transfert Syntax (0002,0010)");
1172       return "Uncompressed ACR-NEMA";
1173    }
1174
1175    while ( ! isdigit((unsigned char)transfertSyntax[transfertSyntax.length()-1]) )
1176    {
1177       transfertSyntax.erase(transfertSyntax.length()-1, 1);
1178    }
1179    // we do it only when we need it
1180    TS* ts         = Global::GetTS();
1181    std::string tsName = ts->GetValue( transfertSyntax );
1182
1183    //delete ts; /// \todo Seg Fault when deleted ?!
1184    return tsName;
1185 }
1186
1187 //-----------------------------------------------------------------------------
1188 // Protected
1189
1190 /**
1191  * \brief anonymize a Header (removes Patient's personal info)
1192  *        (read the code to see which ones ...)
1193  */
1194 bool Header::AnonymizeHeader()
1195 {
1196    // If exist, replace by spaces
1197    SetEntryByNumber ("  ",0x0010, 0x2154); // Telephone
1198    SetEntryByNumber ("  ",0x0010, 0x1040); // Adress
1199    SetEntryByNumber ("  ",0x0010, 0x0020); // Patient ID
1200
1201    DocEntry* patientNameHE = GetDocEntryByNumber (0x0010, 0x0010);
1202
1203    if ( patientNameHE ) // we replace it by Study Instance UID (why not)
1204    {
1205       std::string studyInstanceUID =  GetEntryByNumber (0x0020, 0x000d);
1206       if ( studyInstanceUID != GDCM_UNFOUND )
1207       {
1208          ReplaceOrCreateByNumber(studyInstanceUID, 0x0010, 0x0010);
1209       }
1210       else
1211       {
1212          ReplaceOrCreateByNumber("anonymised", 0x0010, 0x0010);
1213       }
1214    }
1215
1216   // Just for fun :-(
1217   // (if any) remove or replace all the stuff that contains a Date
1218
1219 //0008 0012 DA ID Instance Creation Date
1220 //0008 0020 DA ID Study Date
1221 //0008 0021 DA ID Series Date
1222 //0008 0022 DA ID Acquisition Date
1223 //0008 0023 DA ID Content Date
1224 //0008 0024 DA ID Overlay Date
1225 //0008 0025 DA ID Curve Date
1226 //0008 002a DT ID Acquisition Datetime
1227 //0018 9074 DT ACQ Frame Acquisition Datetime
1228 //0018 9151 DT ACQ Frame Reference Datetime
1229 //0018 a002 DT ACQ Contribution Date Time
1230 //0020 3403 SH REL Modified Image Date (RET)
1231 //0032 0032 DA SDY Study Verified Date
1232 //0032 0034 DA SDY Study Read Date
1233 //0032 1000 DA SDY Scheduled Study Start Date
1234 //0032 1010 DA SDY Scheduled Study Stop Date
1235 //0032 1040 DA SDY Study Arrival Date
1236 //0032 1050 DA SDY Study Completion Date
1237 //0038 001a DA VIS Scheduled Admission Date
1238 //0038 001c DA VIS Scheduled Discharge Date
1239 //0038 0020 DA VIS Admitting Date
1240 //0038 0030 DA VIS Discharge Date
1241 //0040 0002 DA PRC Scheduled Procedure Step Start Date
1242 //0040 0004 DA PRC Scheduled Procedure Step End Date
1243 //0040 0244 DA PRC Performed Procedure Step Start Date
1244 //0040 0250 DA PRC Performed Procedure Step End Date
1245 //0040 2004 DA PRC Issue Date of Imaging Service Request
1246 //0040 4005 DT PRC Scheduled Procedure Step Start Date and Time
1247 //0040 4011 DT PRC Expected Completion Date and Time
1248 //0040 a030 DT PRC Verification Date Time
1249 //0040 a032 DT PRC Observation Date Time
1250 //0040 a120 DT PRC DateTime
1251 //0040 a121 DA PRC Date
1252 //0040 a13a DT PRC Referenced Datetime
1253 //0070 0082 DA ??? Presentation Creation Date
1254 //0100 0420 DT ??? SOP Autorization Date and Time
1255 //0400 0105 DT ??? Digital Signature DateTime
1256 //2100 0040 DA PJ Creation Date
1257 //3006 0008 DA SSET Structure Set Date
1258 //3008 0024 DA ??? Treatment Control Point Date
1259 //3008 0054 DA ??? First Treatment Date
1260 //3008 0056 DA ??? Most Recent Treatment Date
1261 //3008 0162 DA ??? Safe Position Exit Date
1262 //3008 0166 DA ??? Safe Position Return Date
1263 //3008 0250 DA ??? Treatment Date
1264 //300a 0006 DA RT RT Plan Date
1265 //300a 022c DA RT Air Kerma Rate Reference Date
1266 //300e 0004 DA RT Review Date
1267
1268    return true;
1269 }
1270
1271 /**
1272   * \brief gets the info from 0020,0037 : Image Orientation Patient
1273   * @param iop adress of the (6)float aray to receive values
1274   * @return cosines of image orientation patient
1275   */
1276 void Header::GetImageOrientationPatient( float iop[6] )
1277 {
1278    std::string strImOriPat;
1279    //iop is supposed to be float[6]
1280    iop[0] = iop[1] = iop[2] = iop[3] = iop[4] = iop[5] = 0.;
1281
1282    // 0020 0037 DS REL Image Orientation (Patient)
1283    if ( (strImOriPat = GetEntryByNumber(0x0020,0x0037)) != GDCM_UNFOUND )
1284    {
1285       if( sscanf( strImOriPat.c_str(), "%f\\%f\\%f\\%f\\%f\\%f",
1286           &iop[0], &iop[1], &iop[2], &iop[3], &iop[4], &iop[5]) != 6 )
1287       {
1288          dbg.Verbose(0, "Header::GetImageOrientationPatient: "
1289                         "wrong Image Orientation Patient (0020,0037)");
1290       }
1291    }
1292    //For ACR-NEMA
1293    // 0020 0035 DS REL Image Orientation (RET)
1294    else if ( (strImOriPat = GetEntryByNumber(0x0020,0x0035)) != GDCM_UNFOUND )
1295    {
1296       if( sscanf( strImOriPat.c_str(), "%f\\%f\\%f\\%f\\%f\\%f",
1297           &iop[0], &iop[1], &iop[2], &iop[3], &iop[4], &iop[5]) != 6 )
1298       {
1299          dbg.Verbose(0, "Header::GetImageOrientationPatient: "
1300                         "wrong Image Orientation Patient (0020,0035)");
1301       }
1302    }
1303 }
1304
1305 /**
1306  * \brief Initialize a default DICOM header that should contain all the
1307  *        field require by other reader. DICOM standart does not
1308  *        explicitely defines thoses fields, heuristic has been choosen.
1309  *        This is not perfect as we are writting a CT image...
1310  */
1311 void Header::InitializeDefaultHeader()
1312 {
1313    typedef struct
1314    {
1315       const char *value;
1316       uint16_t group;
1317       uint16_t elem;
1318    } DICOM_DEFAULT_VALUE;
1319
1320    std::string date = Util::GetCurrentDate();
1321    std::string time = Util::GetCurrentTime();
1322    std::string uid = Util::CreateUniqueUID();
1323    std::string uidMedia = uid;
1324    std::string uidClass = uid + ".1";
1325    std::string uidInst  = uid + ".10";
1326    std::string uidStudy = uid + ".100";
1327    std::string uidSerie = uid + ".1000";
1328
1329    static DICOM_DEFAULT_VALUE defaultvalue[] = {
1330     { "146 ",                      0x0002, 0x0000}, // Meta Element Group Length // FIXME: how to recompute ?
1331     { "1.2.840.10008.5.1.4.1.1.2", 0x0002, 0x0002}, // Media Storage SOP Class UID (CT Image Storage)
1332     { uidClass.c_str(),            0x0002, 0x0003}, // Media Storage SOP Instance UID
1333     { uidClass.c_str(),            0x0002, 0x0012}, // META Implementation Class UID
1334     { "GDCM",                      0x0002, 0x0016}, // Source Application Entity Title
1335
1336     { date.c_str(),                0x0008, 0x0012}, // Instance Creation Date
1337     { time.c_str(),                0x0008, 0x0013}, // Instance Creation Time
1338     { "1.2.840.10008.5.1.4.1.1.2", 0x0008, 0x0016}, // SOP Class UID
1339     { uidInst.c_str(),             0x0008, 0x0018}, // SOP Instance UID
1340     { "CT",                        0x0008, 0x0060}, // Modality
1341     { "GDCM",                      0x0008, 0x0070}, // Manufacturer
1342     { "GDCM",                      0x0008, 0x0080}, // Institution Name
1343     { "http://www-creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm", 0x0008, 0x0081},  // Institution Address
1344
1345     { "GDCM",                      0x0010, 0x0010}, // Patient's Name
1346     { "GDCMID",                    0x0010, 0x0020}, // Patient ID
1347
1348     { uidStudy.c_str(),            0x0020, 0x000d}, // Study Instance UID
1349     { uidSerie.c_str(),            0x0020, 0x000e}, // Series Instance UID
1350     { "1",                         0x0020, 0x0010}, // StudyID
1351     { "1",                         0x0020, 0x0011}, // SeriesNumber
1352
1353     { "1",                         0x0028, 0x0002}, // Samples per pixel 1 or 3
1354     { "MONOCHROME1",               0x0028, 0x0004}, // photochromatic interpretation
1355     { "0",                         0x0028, 0x0010}, // nbRows
1356     { "0",                         0x0028, 0x0011}, // nbCols
1357     { "8",                         0x0028, 0x0100}, // BitsAllocated 8 or 16
1358     { "8",                         0x0028, 0x0101}, // BitsStored    8 or 12 or 16
1359     { "7",                         0x0028, 0x0102}, // HighBit       7 or 11 or 15
1360     { "0",                         0x0028, 0x0103}, // Pixel Representation 0(unsigned) or 1(signed)
1361     { 0, 0, 0 }
1362    };
1363
1364    // default value
1365    // Special case this is the image (not a string)
1366    GrPixel = 0x7fe0;
1367    NumPixel = 0x0010;
1368    ReplaceOrCreateByNumber(0, 0, GrPixel, NumPixel);
1369
1370    // All remaining strings:
1371    unsigned int i = 0;
1372    DICOM_DEFAULT_VALUE current = defaultvalue[i];
1373    while( current.value )
1374    {
1375       ReplaceOrCreateByNumber(current.value, current.group, current.elem);
1376       current = defaultvalue[++i];
1377    }
1378 }
1379
1380 //-----------------------------------------------------------------------------
1381 // Private
1382
1383 //-----------------------------------------------------------------------------
1384
1385 } // end namespace gdcm