src/gdcmHeaderHelper.cxx

   1 // $Header: /cvs/public/gdcm/src/Attic/gdcmHeaderHelper.cxx,v 1.17 2003/11/12 14:06:35 malaterre Exp $
   2
   3 #include "gdcmHeaderHelper.h"
   4
   5 #include "gdcmUtil.h" //for debug
   6 #include <math.h>
   7 #include <algorithm>
   8 //#include <string.h> //for bzero
   9
  10 //directory manipulation (os indep).
  11 //cygwin ???? -> _WIN32 ??
  12 #ifdef _MSC_VER
  13 #include <windows.h>
  14 int GetDir(std::string dPath, std::list<std::string> &filenames)
  15 {
  16   //For now dPath should have an ending "\"
  17   WIN32_FIND_DATA FileData;
  18   HANDLE hFile;
  19   hFile = FindFirstFile((dPath+"*").c_str(), &FileData);
  20   if ( hFile == INVALID_HANDLE_VALUE )
  21   {
  22     //No files !
  23     return false;
  24   }
  25
  26   if( strncmp(FileData.cFileName, ".", 1) != 0 )
  27     filenames.push_back( dPath+FileData.cFileName );
  28   while( FindNextFile(hFile, &FileData ) != 0)
  29   {
  30     if( strncmp(FileData.cFileName, ".", 1) != 0 )
  31       filenames.push_back( dPath+FileData.cFileName );
  32   }
  33   return true;
  34 }
  35
  36 #else
  37 #include <dirent.h>
  38
  39 int GetDir(std::string dPath, std::list<std::string> &filenames)
  40 {
  41  DIR *dir = opendir( dPath.c_str() );
  42  struct dirent *entry;
  43  while((entry = readdir(dir)) != NULL)
  44  {
  45 //   if( strncmp(entry->d_name, ".", 1) != 0 && strncmp(entry->d_name, "..", 2) != 0)
  46    if( strncmp(entry->d_name, ".", 1) != 0 )
  47    {
  48       filenames.push_back( dPath + "/" + entry->d_name );
  49    }
  50  }
  51  closedir(dir);
  52  return true;
  53 }
  54
  55 #endif
  56
  57 //----------------------------------------------------------------------------
  58 /**
  59  * \ingroup gdcmHeaderHelper
  60  * \brief   cstor
  61  */
  62 gdcmHeaderHelper::gdcmHeaderHelper() : gdcmHeader( )
  63 {
  64 }
  65 //----------------------------------------------------------------------------
  66 /**
  67  * \ingroup gdcmHeaderHelper
  68  * \brief   cstor
  69  */
  70 gdcmHeaderHelper::gdcmHeaderHelper(const char *InFilename,
  71     bool exception_on_error) : gdcmHeader( InFilename , exception_on_error)
  72 {
  73 }
  74 //----------------------------------------------------------------------------
  75 /**
  76  * \ingroup gdcmHeaderHelper
  77  * \brief   Return the size (in bytes) of a single pixel of data.
  78  * @return  The size in bytes of a single pixel of data.
  79  *
  80  */
  81 int gdcmHeaderHelper::GetPixelSize() {
  82
  83      // 0028 0100 US IMG Bits Allocated
  84      // (in order no to be messed up by old RGB images)
  85    if (gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100) == "24")
  86       return 3;
  87
  88    std::string PixelType = GetPixelType();
  89    if (PixelType == "8U"  || PixelType == "8S")
  90       return 1;
  91    if (PixelType == "16U" || PixelType == "16S")
  92       return 2;
  93    if (PixelType == "32U" || PixelType == "32S")
  94       return 4;
  95    dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::GetPixelSize: Unknown pixel type");
  96    return 0;
  97 }
  98
  99 //----------------------------------------------------------------------------
 100 /**
 101   * \ingroup gdcmHeaderHelper
 102   * \brief This function is intended to user who doesn't whan
 103   * \ to have to manage a LUT and expects to get an RBG Pixel image
 104   * \ (or a monochrome one ...)
 105   * \warning to be used with GetImagePixels()
 106   * @return 1 if Gray level, 3 if Color (RGB, YBR or PALETTE COLOR)
 107   */
 108 int gdcmHeaderHelper::GetNumberOfScalarComponents() {
 109
 110    if (GetSamplesPerPixel() ==3)
 111       return 3;
 112
 113      // 0028 0100 US IMG Bits Allocated
 114      // (in order no to be messed up by old RGB images)
 115    if (gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100) == "24")
 116       return 3;
 117
 118    std::string PhotometricInterpretation =
 119                   gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0004);
 120
 121    if ( ( PhotometricInterpretation == "PALETTE COLOR ") ) {
 122       if (HasLUT())   // PALETTE COLOR is NOT enough
 123          return 3;
 124       else
 125          return 1;
 126    }
 127
 128       //beware of trailing space at end of string
 129    if (PhotometricInterpretation.find(GDCM_UNFOUND) <
 130                            PhotometricInterpretation.length() ||
 131        PhotometricInterpretation.find("MONOCHROME1") <
 132                            PhotometricInterpretation.length() ||
 133        PhotometricInterpretation.find("MONOCHROME2") <
 134                            PhotometricInterpretation.length() )
 135        return 1;
 136     else
 137     // we assume that *all* kinds of YBR are dealt with
 138       return 3;
 139 }
 140
 141 //----------------------------------------------------------------------------
 142 /**
 143   * \ingroup gdcmHeaderHelper
 144   * \brief This function is intended to user that DOESN'T want
 145   * \to get RGB pixels image when it's stored as a PALETTE COLOR image
 146   * \ - the (vtk) user is supposed to know how deal with LUTs -
 147   * \warning to be used with GetImagePixelsRaw()
 148   * @return 1 if Gray level, 3 if Color (RGB or YBR - NOT 'PALETTE COLOR' -)
 149   */
 150 int gdcmHeaderHelper::GetNumberOfScalarComponentsRaw() {
 151
 152      // 0028 0100 US IMG Bits Allocated
 153      // (in order no to be messed up by old RGB images)
 154    if (gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100) == "24")
 155       return 3;
 156
 157     // we assume that *all* kinds of YBR are dealt with
 158       return GetSamplesPerPixel();
 159 }
 160
 161 //----------------------------------------------------------------------------
 162 /**
 163  * \ingroup gdcmHeaderHelper
 164  * \brief   Build the Pixel Type of the image.
 165  *          Possible values are:
 166  *          - 8U  unsigned  8 bit,
 167  *          - 8S    signed  8 bit,
 168  *          - 16U unsigned 16 bit,
 169  *          - 16S   signed 16 bit,
 170  *          - 32U unsigned 32 bit,
 171  *          - 32S   signed 32 bit,
 172  * \warning 12 bit images appear as 16 bit.
 173  * \        24 bit images appear as 8 bit
 174  * @return
 175  */
 176 std::string gdcmHeaderHelper::GetPixelType() {
 177    std::string BitsAlloc;
 178    BitsAlloc = GetElValByName("Bits Allocated");
 179    if (BitsAlloc == GDCM_UNFOUND) {
 180       dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::GetPixelType: unfound Bits Allocated");
 181       BitsAlloc = std::string("16");
 182    }
 183    if (BitsAlloc == "12")           // It will be unpacked
 184       BitsAlloc = std::string("16");
 185    else if (BitsAlloc == "24")      // (in order no to be messed up
 186       BitsAlloc = std::string("8"); // by old RGB images)
 187
 188    std::string Signed;
 189    Signed = GetElValByName("Pixel Representation");
 190    if (Signed == GDCM_UNFOUND) {
 191       dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::GetPixelType: unfound Pixel Representation");
 192       BitsAlloc = std::string("0");
 193    }
 194    if (Signed == "0")
 195       Signed = std::string("U");
 196    else
 197       Signed = std::string("S");
 198
 199    return( BitsAlloc + Signed);
 200 }
 201 //----------------------------------------------------------------------------
 202 /**
 203   * \ingroup gdcmHeaderHelper
 204   * \brief gets the info from 0028,0030 : Pixel Spacing
 205   * \           else 1.
 206   * @return X dimension of a pixel
 207   */
 208 float gdcmHeaderHelper::GetXSpacing() {
 209     float xspacing, yspacing;
 210     std::string StrSpacing = GetPubElValByNumber(0x0028,0x0030);
 211
 212    if (StrSpacing == GDCM_UNFOUND) {
 213       dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::GetXSpacing: unfound Pixel Spacing (0028,0030)");
 214       return 1.;
 215     }
 216   if( sscanf( StrSpacing.c_str(), "%f\\%f", &yspacing, &xspacing) != 2)
 217     return 0.;
 218   if (xspacing == 0.) {
 219     dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::GetYSpacing: gdcmData/CT-MONO2-8-abdo.dcm problem");
 220     // seems to be a bug in the header ...
 221     sscanf( StrSpacing.c_str(), "%f\\0\\%f", &yspacing, &xspacing);
 222   }
 223   return xspacing;
 224 }
 225 //----------------------------------------------------------------------------
 226 /**
 227   * \ingroup gdcmHeaderHelper
 228   * \brief gets the info from 0028,0030 : Pixel Spacing
 229   * \           else 1.
 230   * @return Y dimension of a pixel
 231   */
 232 float gdcmHeaderHelper::GetYSpacing() {
 233    float xspacing, yspacing;
 234    std::string StrSpacing = GetPubElValByNumber(0x0028,0x0030);
 235
 236    if (StrSpacing == GDCM_UNFOUND) {
 237       dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::GetYSpacing: unfound Pixel Spacing (0028,0030)");
 238       return 1.;
 239     }
 240   if( sscanf( StrSpacing.c_str(), "%f\\%f", &yspacing, &xspacing) != 2)
 241     return 0.;
 242   if (xspacing == 0.) {
 243     dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::GetYSpacing: gdcmData/CT-MONO2-8-abdo.dcm problem");
 244     // seems to be a bug in the header ...
 245     sscanf( StrSpacing.c_str(), "%f\\0\\%f", &yspacing, &xspacing);
 246   }
 247   return yspacing;
 248 }
 249
 250 //----------------------------------------------------------------------------
 251 /**
 252   *\ingroup gdcmHeaderHelper
 253   *\brief gets the info from 0018,0088 : Space Between Slices
 254   *\               else from 0018,0050 : Slice Thickness
 255   *\               else 1.
 256   * @return Z dimension of a voxel-to be
 257   */
 258 float gdcmHeaderHelper::GetZSpacing() {
 259    // TODO : translate into English
 260    // Spacing Between Slices : distance entre le milieu de chaque coupe
 261    // Les coupes peuvent etre :
 262    //   jointives     (Spacing between Slices = Slice Thickness)
 263    //   chevauchantes (Spacing between Slices < Slice Thickness)
 264    //   disjointes    (Spacing between Slices > Slice Thickness)
 265    // Slice Thickness : epaisseur de tissus sur laquelle est acquis le signal
 266    //   ca interesse le physicien de l'IRM, pas le visualisateur de volumes ...
 267    //   Si le Spacing Between Slices est absent,
 268    //   on suppose que les coupes sont jointives
 269
 270    std::string StrSpacingBSlices = GetPubElValByNumber(0x0018,0x0088);
 271
 272    if (StrSpacingBSlices == GDCM_UNFOUND) {
 273       dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::GetZSpacing: unfound StrSpacingBSlices");
 274       std::string StrSliceThickness = GetPubElValByNumber(0x0018,0x0050);
 275       if (StrSliceThickness == GDCM_UNFOUND)
 276          return 1.;
 277       else
 278          // if no 'Spacing Between Slices' is found,
 279          // we assume slices join together
 280          // (no overlapping, no interslice gap)
 281          // if they don't, we're fucked up
 282          return atof(StrSliceThickness.c_str());
 283    } else {
 284       return atof(StrSpacingBSlices.c_str());
 285    }
 286 }
 287
 288 //----------------------------------------------------------------------------
 289 //
 290 // Image Position Patient                              (0020,0032):
 291 // If not found (ACR_NEMA) we try Image Position       (0020,0030)
 292 // If not found (ACR-NEMA), we consider Slice Location (0020,1041)
 293 //                                   or Location       (0020,0050)
 294 // as the Z coordinate,
 295 // 0. for all the coordinates if nothing is found
 296
 297 // TODO : find a way to inform the caller nothing was found
 298 // TODO : How to tell the caller a wrong number of values was found?
 299
 300 /**
 301   * \ingroup gdcmHeaderHelper
 302   * \brief gets the info from 0020,0032 : Image Position Patient
 303   *\                else from 0020,0030 : Image Position (RET)
 304   *\                else 0.
 305   * @return up-left image corner position
 306   */
 307 float gdcmHeaderHelper::GetXOrigin() {
 308     float xImPos, yImPos, zImPos;
 309     std::string StrImPos = GetPubElValByNumber(0x0020,0x0032);
 310
 311     if (StrImPos == GDCM_UNFOUND) {
 312        dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::GetXImagePosition: unfound Image Position Patient (0020,0032)");
 313        StrImPos = GetPubElValByNumber(0x0020,0x0030); // For ACR-NEMA images
 314        if (StrImPos == GDCM_UNFOUND) {
 315           dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::GetXImagePosition: unfound Image Position (RET) (0020,0030)");
 316           // How to tell the caller nothing was found ?
 317          return 0.;
 318        }
 319      }
 320    if( sscanf( StrImPos.c_str(), "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos) != 3)
 321      return 0.;
 322    return xImPos;
 323 }
 324 //----------------------------------------------------------------------------
 325 /**
 326   * \ingroup gdcmHeaderHelper
 327   * \brief gets the info from 0020,0032 : Image Position Patient
 328   * \               else from 0020,0030 : Image Position (RET)
 329   * \               else 0.
 330   * @return up-left image corner position
 331   */
 332 float gdcmHeaderHelper::GetYOrigin() {
 333     float xImPos, yImPos, zImPos;
 334     std::string StrImPos = GetPubElValByNumber(0x0020,0x0032);
 335
 336     if (StrImPos == GDCM_UNFOUND) {
 337        dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::GetYImagePosition: unfound Image Position Patient (0020,0032)");
 338        StrImPos = GetPubElValByNumber(0x0020,0x0030); // For ACR-NEMA images
 339        if (StrImPos == GDCM_UNFOUND) {
 340           dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::GetYImagePosition: unfound Image Position (RET) (0020,0030)");
 341           // How to tell the caller nothing was found ?
 342            return 0.;
 343        }
 344      }
 345    if( sscanf( StrImPos.c_str(), "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos) != 3)
 346      return 0.;
 347    return yImPos;
 348 }
 349 //----------------------------------------------------------------------------
 350 /**
 351   * \ingroup gdcmHeaderHelper
 352   * \brief gets the info from 0020,0032 : Image Position Patient
 353   * \               else from 0020,0030 : Image Position (RET)
 354   * \               else from 0020,1041 : Slice Location
 355   * \               else from 0020,0050 : Location
 356   * \               else 0.
 357   * @return up-left image corner position
 358   */
 359 float gdcmHeaderHelper::GetZOrigin() {
 360    float xImPos, yImPos, zImPos;
 361    std::string StrImPos = GetPubElValByNumber(0x0020,0x0032);
 362    if (StrImPos != GDCM_UNFOUND) {
 363       if( sscanf( StrImPos.c_str(), "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos) != 3) {
 364          dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::GetZImagePosition: wrong Image Position Patient (0020,0032)");
 365          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x0032
 366       } else {
 367          return zImPos;
 368       }
 369    }
 370    StrImPos = GetPubElValByNumber(0x0020,0x0030); // For ACR-NEMA images
 371    if (StrImPos != GDCM_UNFOUND) {
 372       if( sscanf( StrImPos.c_str(), "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos) != 3) {
 373          dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::GetZImagePosition: wrong Image Position (RET) (0020,0030)");
 374          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x0032
 375       } else {
 376          return zImPos;
 377       }
 378    }
 379    std::string StrSliceLocation = GetPubElValByNumber(0x0020,0x1041);// for *very* old ACR-NEMA images
 380    if (StrSliceLocation != GDCM_UNFOUND) {
 381       if( sscanf( StrSliceLocation.c_str(), "%f", &zImPos) !=1) {
 382          dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::GetZImagePosition: wrong Slice Location (0020,1041)");
 383          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x1041
 384       } else {
 385          return zImPos;
 386       }
 387    }
 388    dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::GetZImagePosition: unfound Slice Location (0020,1041)");
 389    std::string StrLocation = GetPubElValByNumber(0x0020,0x0050);
 390    if (StrLocation != GDCM_UNFOUND) {
 391       if( sscanf( StrLocation.c_str(), "%f", &zImPos) !=1) {
 392          dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::GetZImagePosition: wrong Location (0020,0050)");
 393          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x0050
 394       } else {
 395          return zImPos;
 396       }
 397    }
 398    dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::GetYImagePosition: unfound Location (0020,0050)");
 399    return 0.; // Hopeless
 400 }
 401 //----------------------------------------------------------------------------
 402 /**
 403   * \ingroup gdcmHeaderHelper
 404   * \brief gets the info from 0020,0013 : Image Number
 405   * \               else 0.
 406   * @return image number
 407   */
 408 int gdcmHeaderHelper::GetImageNumber() {
 409   //The function i atoi() takes the address of an area of memory as parameter and converts
 410   //the string stored at that location to an integer using the external decimal to internal
 411   //binary conversion rules. This may be preferable to sscanf() since atoi() is a much smaller,
 412   // simpler and faster function. sscanf() can do all possible conversions whereas atoi() can
 413   //only do single decimal integer conversions.
 414   std::string StrImNumber = GetPubElValByNumber(0x0020,0x0013); //0020 0013 IS REL Image Number
 415   if (StrImNumber != GDCM_UNFOUND) {
 416     return atoi( StrImNumber.c_str() );
 417   }
 418   return 0;   //Hopeless
 419 }
 420 //----------------------------------------------------------------------------
 421 /**
 422   * \ingroup gdcmHeaderHelper
 423   * \brief gets the info from 0008,0060 : Modality
 424   * @return ModalityType
 425   */
 426 ModalityType gdcmHeaderHelper::GetModality(void) {
 427   std::string StrModality = GetPubElValByNumber(0x0008,0x0060); //0008 0060 CS ID Modality
 428   if (StrModality != GDCM_UNFOUND) {
 429          if ( StrModality.find("AU") < StrModality.length()) return AU;
 430     else if ( StrModality.find("AS") < StrModality.length()) return AS;
 431     else if ( StrModality.find("BI") < StrModality.length()) return BI;
 432     else if ( StrModality.find("CF") < StrModality.length()) return CF;
 433     else if ( StrModality.find("CP") < StrModality.length()) return CP;
 434     else if ( StrModality.find("CR") < StrModality.length()) return CR;
 435     else if ( StrModality.find("CT") < StrModality.length()) return CT;
 436     else if ( StrModality.find("CS") < StrModality.length()) return CS;
 437     else if ( StrModality.find("DD") < StrModality.length()) return DD;
 438     else if ( StrModality.find("DF") < StrModality.length()) return DF;
 439     else if ( StrModality.find("DG") < StrModality.length()) return DG;
 440     else if ( StrModality.find("DM") < StrModality.length()) return DM;
 441     else if ( StrModality.find("DS") < StrModality.length()) return DS;
 442     else if ( StrModality.find("DX") < StrModality.length()) return DX;
 443     else if ( StrModality.find("ECG") < StrModality.length()) return ECG;
 444     else if ( StrModality.find("EPS") < StrModality.length()) return EPS;
 445     else if ( StrModality.find("FA") < StrModality.length()) return FA;
 446     else if ( StrModality.find("FS") < StrModality.length()) return FS;
 447     else if ( StrModality.find("HC") < StrModality.length()) return HC;
 448     else if ( StrModality.find("HD") < StrModality.length()) return HD;
 449     else if ( StrModality.find("LP") < StrModality.length()) return LP;
 450     else if ( StrModality.find("LS") < StrModality.length()) return LS;
 451     else if ( StrModality.find("MA") < StrModality.length()) return MA;
 452     else if ( StrModality.find("MR") < StrModality.length()) return MR;
 453     else if ( StrModality.find("NM") < StrModality.length()) return NM;
 454     else if ( StrModality.find("OT") < StrModality.length()) return OT;
 455     else if ( StrModality.find("PT") < StrModality.length()) return PT;
 456     else if ( StrModality.find("RF") < StrModality.length()) return RF;
 457     else if ( StrModality.find("RG") < StrModality.length()) return RG;
 458     else if ( StrModality.find("RTDOSE")  < StrModality.length()) return RTDOSE;
 459     else if ( StrModality.find("RTIMAGE") < StrModality.length()) return RTIMAGE;
 460     else if ( StrModality.find("RTPLAN")  < StrModality.length()) return RTPLAN;
 461     else if ( StrModality.find("RTSTRUCT")< StrModality.length()) return RTSTRUCT;
 462     else if ( StrModality.find("SM") < StrModality.length()) return SM;
 463     else if ( StrModality.find("ST") < StrModality.length()) return ST;
 464     else if ( StrModality.find("TG") < StrModality.length()) return TG;
 465     else if ( StrModality.find("US") < StrModality.length()) return US;
 466     else if ( StrModality.find("VF") < StrModality.length()) return VF;
 467     else if ( StrModality.find("XA") < StrModality.length()) return XA;
 468     else if ( StrModality.find("XC") < StrModality.length()) return XC;
 469
 470     else
 471     {
 472       //throw error return value ???
 473       // specified <> unknow in our database
 474       return Unknow;
 475     }
 476   }
 477   return Unknow;
 478 }
 479
 480 //----------------------------------------------------------------------------
 481 std::string gdcmHeaderHelper::GetStudyUID()
 482 {
 483   return GetPubElValByNumber(0x0020,0x000d); //0020 000d UI REL Study Instance UID
 484 }
 485 //----------------------------------------------------------------------------
 486 std::string gdcmHeaderHelper::GetSeriesUID()
 487 {
 488   return GetPubElValByNumber(0x0020,0x000e); //0020 000e UI REL Series Instance UID
 489 }
 490 //----------------------------------------------------------------------------
 491 std::string gdcmHeaderHelper::GetClassUID()
 492 {
 493   return GetPubElValByNumber(0x0008,0x0016); //0008 0016 UI ID SOP Class UID
 494 }
 495 //----------------------------------------------------------------------------
 496 std::string gdcmHeaderHelper::GetInstanceUID()
 497 {
 498   return GetPubElValByNumber(0x0008,0x0018); //0008 0018 UI ID SOP Instance UID
 499 }
 500 //----------------------------------------------------------------------------
 501 float gdcmHeaderHelper::GetRescaleIntercept()
 502 {
 503   float resInter = 0.;
 504   std::string StrRescInter = GetPubElValByNumber(0x0028,0x1052); //0028 1052 DS IMG Rescale Intercept
 505   if (StrRescInter != GDCM_UNFOUND) {
 506       if( sscanf( StrRescInter.c_str(), "%f", &resInter) != 1) {
 507          dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::GetRescaleIntercept: Rescale Slope is empty");
 508            // bug in the element 0x0028,0x1052
 509       }
 510    }
 511   return resInter;
 512 }
 513 //----------------------------------------------------------------------------
 514 float gdcmHeaderHelper::GetRescaleSlope()
 515 {
 516   float resSlope = 1.;
 517   std::string StrRescSlope = GetPubElValByNumber(0x0028,0x1053); //0028 1053 DS IMG Rescale Slope
 518   if (StrRescSlope != GDCM_UNFOUND) {
 519       if( sscanf( StrRescSlope.c_str(), "%f", &resSlope) != 1) {
 520          dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::GetRescaleSlope: Rescale Slope is empty");
 521            // bug in the element 0x0028,0x1053
 522       }
 523    }
 524         return resSlope;
 525 }
 526
 527
 528
 529
 530
 531
 532
 533
 534
 535 gdcmSerieHeaderHelper::~gdcmSerieHeaderHelper()
 536 {
 537   //! \todo
 538   for (std::list<gdcmHeaderHelper*>::iterator it  = CoherentGdcmFileList.begin();
 539         it != CoherentGdcmFileList.end(); it++)
 540   {
 541     delete *it;
 542   }
 543   CoherentGdcmFileList.clear();
 544 }
 545 //----------------------------------------------------------------------------
 546 /**
 547   * \ingroup gdcmHeaderHelper
 548   * \brief gets the info from 0020,0037 : Image Orientation Patient
 549   * @return cosines of image orientation patient
 550   */
 551 void gdcmHeaderHelper::GetImageOrientationPatient( float* iop ) {
 552
 553   //iop is supposed to be float[6]
 554   iop[0] = iop[1] = iop[2] = iop[3] = iop[4] = iop[5] = 0;
 555
 556   std::string StrImOriPat = GetPubElValByNumber(0x0020,0x0037); // 0020 0037 DS REL Image Orientation (Patient)
 557   if (StrImOriPat != GDCM_UNFOUND) {
 558     if( sscanf( StrImOriPat.c_str(), "%f\\%f\\%f\\%f\\%f\\%f",
 559             &iop[0], &iop[1], &iop[2], &iop[3], &iop[4], &iop[5]) != 6) {
 560          dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::GetImageOrientationPatient: wrong Image Orientation Patient (0020,0037)");
 561          return ;  // bug in the element 0x0020,0x0037
 562     }
 563     else
 564       return ;
 565   }
 566
 567   //For ACR-NEMA
 568   StrImOriPat = GetPubElValByNumber(0x0020,0x0035); //0020 0035 DS REL Image Orientation (RET)
 569   if (StrImOriPat != GDCM_UNFOUND) {
 570     if( sscanf( StrImOriPat.c_str(), "%f\\%f\\%f\\%f\\%f\\%f",
 571             &iop[0], &iop[1], &iop[2], &iop[3], &iop[4], &iop[5]) != 6) {
 572          dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::GetImageOrientationPatient: wrong Image Orientation Patient (0020,0035)");
 573          return ;  // bug in the element 0x0020,0x0035
 574     }
 575     else
 576       return ;
 577   }
 578 }
 579
 580 //----------------------------------------------------------------------------
 581 /**
 582   * \ingroup gdcmHeaderHelper
 583   * \brief add a gdcmFile to the list based on file name
 584   */
 585 void gdcmSerieHeaderHelper::AddFileName(std::string filename)
 586 {
 587   gdcmHeaderHelper *GdcmFile = new gdcmHeaderHelper( filename.c_str() );
 588   this->CoherentGdcmFileList.push_back( GdcmFile );
 589 }
 590 //----------------------------------------------------------------------------
 591 /**
 592   * \ingroup gdcmHeaderHelper
 593   * \brief add a gdcmFile to the list
 594   */
 595 void gdcmSerieHeaderHelper::AddGdcmFile(gdcmHeaderHelper *file)
 596 {
 597   this->CoherentGdcmFileList.push_back( file );
 598 }
 599 //----------------------------------------------------------------------------
 600 /**
 601   * \ingroup gdcmHeaderHelper
 602   * \brief \todo
 603   */
 604 void gdcmSerieHeaderHelper::SetDirectory(std::string dir)
 605 {
 606   std::list<std::string> filenames_list;
 607   GetDir(dir, filenames_list);  //OS specific
 608
 609   for(std::list<std::string>::iterator it = filenames_list.begin(); it !=
 610   filenames_list.end(); it++)
 611   {
 612     gdcmHeaderHelper *file = new gdcmHeaderHelper( it->c_str() );
 613     this->CoherentGdcmFileList.push_back( file );
 614   }
 615 }
 616 //----------------------------------------------------------------------------
 617 //This could be implemented in a 'Strategy Pattern' approach
 618 //But as I don't know how to do it, I leave it this way
 619 //BTW, this is also a Strategy, I don't know this is the best approach :)
 620 void gdcmSerieHeaderHelper::OrderGdcmFileList()
 621 {
 622   if( ImagePositionPatientOrdering() )
 623   {
 624     return ;
 625   }
 626   else if( ImageNumberOrdering() )
 627   {
 628     return ;
 629   }
 630   else
 631   {
 632     FileNameOrdering();
 633   }
 634 }
 635 //----------------------------------------------------------------------------
 636 /**
 637   * \ingroup gdcmHeaderHelper
 638   * \brief
 639     We may order, considering :
 640       -# Image Number
 641       -# Image Position Patient
 642       -# More to come :)
 643 */
 644 //based on Jolinda's algorithm
 645 bool gdcmSerieHeaderHelper::ImagePositionPatientOrdering()
 646 {
 647   //iop is calculated based on the file file
 648   float *cosines = new float[6];
 649   float normal[3];
 650   float ipp[3];
 651   float dist;
 652   float min, max;
 653   bool first = true;
 654   int n=0;
 655   std::vector<float> distlist;
 656
 657   //!\todo rewrite this for loop.
 658   for (std::list<gdcmHeaderHelper*>::iterator it  = CoherentGdcmFileList.begin();
 659         it != CoherentGdcmFileList.end(); it++)
 660   {
 661     if(first) {
 662       (*it)->GetImageOrientationPatient(cosines);
 663
 664       //You only have to do this once for all slices in the volume. Next, for
 665       //each slice, calculate the distance along the slice normal using the IPP
 666       //tag ("dist" is initialized to zero before reading the first slice) :
 667       normal[0] = cosines[1]*cosines[5] - cosines[2]*cosines[4];
 668       normal[1] = cosines[2]*cosines[3] - cosines[0]*cosines[5];
 669       normal[2] = cosines[0]*cosines[4] - cosines[1]*cosines[3];
 670
 671       ipp[0] = (*it)->GetXOrigin();
 672       ipp[1] = (*it)->GetYOrigin();
 673       ipp[2] = (*it)->GetZOrigin();
 674
 675       dist = 0;
 676       for (int i = 0; i < 3; ++i)
 677           dist += normal[i]*ipp[i];
 678
 679       if( dist == 0 )
 680       {
 681         delete[] cosines;
 682         return false;
 683       }
 684
 685       distlist.push_back( dist );
 686
 687       max = min = dist;
 688       first = false;
 689     }
 690     else {
 691       ipp[0] = (*it)->GetXOrigin();
 692       ipp[1] = (*it)->GetYOrigin();
 693       ipp[2] = (*it)->GetZOrigin();
 694
 695       dist = 0;
 696       for (int i = 0; i < 3; ++i)
 697           dist += normal[i]*ipp[i];
 698
 699       if( dist == 0 )
 700       {
 701         delete[] cosines;
 702         return false;
 703       }
 704
 705
 706       distlist.push_back( dist );
 707
 708       min = (min < dist) ? min : dist;
 709       max = (max > dist) ? max : dist;
 710     }
 711     n++;
 712   }
 713
 714     //Then I order the slices according to the value "dist". Finally, once
 715     //I've read in all the slices, I calculate the z-spacing as the difference
 716     //between the "dist" values for the first two slices.
 717     std::vector<gdcmHeaderHelper*> CoherentGdcmFileVector(n);
 718     //CoherentGdcmFileVector.reserve( n );
 719     CoherentGdcmFileVector.resize( n );
 720     //assert( CoherentGdcmFileVector.capacity() >= n );
 721
 722     float step = (max - min)/(n - 1);
 723     int pos;
 724     n = 0;
 725
 726     //VC++ don't understand what scope is !! it -> it2
 727     for (std::list<gdcmHeaderHelper*>::iterator it2  = CoherentGdcmFileList.begin();
 728         it2 != CoherentGdcmFileList.end(); it2++, n++)
 729     {
 730       //2*n sort algo !!
 731       //Assumption: all files are present (no one missing)
 732       pos = (int)( fabs( (distlist[n]-min)/step) + .5 );
 733
 734       CoherentGdcmFileVector[pos] = *it2;
 735     }
 736
 737   CoherentGdcmFileList.clear();  //this doesn't delete list's element, node only
 738
 739   //VC++ don't understand what scope is !! it -> it3
 740   for (std::vector<gdcmHeaderHelper*>::iterator it3  = CoherentGdcmFileVector.begin();
 741         it3 != CoherentGdcmFileVector.end(); it3++)
 742   {
 743     CoherentGdcmFileList.push_back( *it3 );
 744   }
 745
 746   distlist.clear();
 747   CoherentGdcmFileVector.clear();
 748   delete[] cosines;
 749
 750   return true;
 751 }
 752 //----------------------------------------------------------------------------
 753 //Based on Image Number
 754 bool gdcmSerieHeaderHelper::ImageNumberOrdering()
 755 {
 756   int min, max, pos;
 757   int n = 0;//CoherentGdcmFileList.size(); //O(N) operation !!
 758   unsigned char *partition;
 759
 760   std::list<gdcmHeaderHelper*>::iterator it  = CoherentGdcmFileList.begin();
 761   min = max = (*it)->GetImageNumber();
 762
 763   for (; it != CoherentGdcmFileList.end(); it++, n++)
 764   {
 765     pos = (*it)->GetImageNumber();
 766
 767     //else
 768     min = (min < pos) ? min : pos;
 769   }
 770
 771   //bzeros(partition, n); //Cette fonction est déconseillée, utilisez plutôt memset.
 772   partition = new unsigned char[n];
 773   memset(partition, 0, n);
 774
 775   std::vector<gdcmHeaderHelper*> CoherentGdcmFileVector(n);
 776
 777   //VC++ don't understand what scope is !! it -> it2
 778   for (std::list<gdcmHeaderHelper*>::iterator it2  = CoherentGdcmFileList.begin();
 779         it2 != CoherentGdcmFileList.end(); it2++)
 780   {
 781     pos = (*it2)->GetImageNumber();
 782     CoherentGdcmFileVector[pos - min] = *it2;
 783     partition[pos - min]++;
 784   }
 785
 786   unsigned char mult;
 787   for(int i=0; i<n ; i++)
 788   {
 789     mult *= partition[i];
 790   }
 791
 792   //VC++ don't understand what scope is !! it -> it3
 793   CoherentGdcmFileList.clear();  //this doesn't delete list's element, node only
 794   for (std::vector<gdcmHeaderHelper*>::iterator it3  = CoherentGdcmFileVector.begin();
 795         it3 != CoherentGdcmFileVector.end(); it3++)
 796   {
 797     CoherentGdcmFileList.push_back( *it3 );
 798   }
 799   CoherentGdcmFileVector.clear();
 800
 801   delete[] partition;
 802   return mult;
 803 }
 804 //----------------------------------------------------------------------------
 805 bool gdcmSerieHeaderHelper::FileNameOrdering()
 806 {
 807   //using the sort
 808   //sort(CoherentGdcmFileList.begin(), CoherentGdcmFileList.end());
 809   return true;
 810 }
 811 //----------------------------------------------------------------------------
 812 std::list<gdcmHeaderHelper*> &gdcmSerieHeaderHelper::GetGdcmFileList()
 813 {
 814   return CoherentGdcmFileList;
 815 }
 816 //----------------------------------------------------------------------------