src/gdcmParse.cxx

   1 // gdcmParse.cxx
   2
   3 //This is needed when compiling in debug mode
   4 #ifdef _MSC_VER
   5 // 'type' : forcing value to bool 'true' or 'false' (performance warning)
   6 //#pragma warning ( disable : 4800 )
   7 // 'identifier' : class 'type' needs to have dll-interface to be used by
   8 // clients of class 'type2'
   9 #pragma warning ( disable : 4251 )
  10 // 'identifier' : identifier was truncated to 'number' characters in the
  11 // debug information
  12 #pragma warning ( disable : 4786 )
  13 #endif //_MSC_VER
  14
  15 #include "gdcmFile.h"
  16 #include "gdcmUtil.h"
  17 #include "iddcmjpeg.h" // for the 'LibIDO' Jpeg LossLess
  18
  19 #define str2num(str, typeNum) *((typeNum *)(str))
  20
  21 /////////////////////////////////////////////////////////////////
  22 /**
  23  * \ingroup gdcmFile
  24  * \brief   Parse pixel data from disk and *prints* the result
  25  * \        For multi-fragment Jpeg/Rle files checking purpose *only*
  26  * \        Allows to 'see' if the file *does* conform
  27  * \       (some of them do not)
  28  * \        with Dicom Part 3, Annex A (PS 3.5-2003, page 58, page 85)
  29  *
  30  */
  31 bool gdcmFile::ParsePixelData(void) {
  32
  33    if ( !OpenFile())
  34       return false;
  35
  36     if ( fseek(fp, GetPixelOffset(), SEEK_SET) == -1 ) {
  37       CloseFile();
  38       return false;
  39    }
  40
  41    if ( !IsDicomV3()                             ||
  42         IsImplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ||
  43         IsExplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ||
  44         IsExplicitVRBigEndianTransferSyntax()    ||
  45         IsDeflatedExplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ) {
  46
  47         printf ("gdcmFile::ParsePixelData : non JPEG/RLE File\n");
  48         return 0;
  49    }
  50
  51    int nb;
  52    std::string str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
  53    if (str_nb == GDCM_UNFOUND ) {
  54       nb = 16;
  55    } else {
  56       nb = atoi(str_nb.c_str() );
  57       if (nb == 12) nb =16;
  58    }
  59    int nBytes= nb/8;
  60
  61    int taille = GetXSize() *  GetYSize()  * GetSamplesPerPixel();
  62
  63    printf ("Checking the Dicom-encapsulated Jpeg/RLE Pixels\n");
  64
  65    guint16 ItemTagGr,ItemTagEl;
  66    int ln;
  67    long ftellRes;
  68    char * destination = NULL;
  69
  70   // -------------------- for Parsing : Position on begining of Jpeg/RLE Pixels
  71
  72    if( !IsRLELossLessTransferSyntax()) {
  73
  74       // JPEG Image
  75
  76       std::cout << "JPEG image" << std::endl;
  77       ftellRes=ftell(fp);
  78       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  //Reading (fffe):Basic Offset Table Item Tag Gr
  79       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  //Reading (e000):Basic Offset Table Item Tag El
  80       if(GetSwapCode()) {
  81          ItemTagGr=SwapShort(ItemTagGr);
  82          ItemTagEl=SwapShort(ItemTagEl);
  83       }
  84       printf ("at %x : ItemTag (should be fffe,e000): %04x,%04x\n",
  85                 ftellRes,ItemTagGr,ItemTagEl );
  86       ftellRes=ftell(fp);
  87       fread(&ln,4,1,fp);
  88       if(GetSwapCode())
  89          ln=SwapLong(ln);    // Basic Offset Table Item Lentgh
  90       printf("at %x : Basic Offset Table Item Lentgh (??) %d x(%08x)\n",
  91             ftellRes,ln,ln);
  92       if (ln != 0) {
  93          // What is it used for ??
  94          char * BasicOffsetTableItemValue= (char *)malloc(ln+1);
  95          fread(BasicOffsetTableItemValue,ln,1,fp);
  96          guint32 a;
  97          for (int i=0;i<ln;i+=4){
  98             a=str2num(&BasicOffsetTableItemValue[i],guint32);
  99             printf("      x(%08x)  %d\n",a,a);
 100          }
 101       }
 102
 103       ftellRes=ftell(fp);
 104       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 105       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 106       if(GetSwapCode()) {
 107          ItemTagGr=SwapShort(ItemTagGr);
 108          ItemTagEl=SwapShort(ItemTagEl);
 109       }
 110       printf ("at %x : ItemTag (should be fffe,e000 or e0dd): %04x,%04x\n",
 111             ftellRes,ItemTagGr,ItemTagEl );
 112
 113       while ( ( ItemTagGr==0xfffe) && (ItemTagEl!=0xe0dd) ) { // Parse fragments
 114
 115          ftellRes=ftell(fp);
 116          fread(&ln,4,1,fp);
 117          if(GetSwapCode())
 118             ln=SwapLong(ln);    // length
 119          printf("      at %x : fragment length %d x(%08x)\n",
 120                 ftellRes, ln,ln);
 121
 122         // destination += taille * nBytes; // location in user's memory
 123         //printf ("      Destination will be x(%x) = %d \n",
 124         //     destination,destination );
 125
 126          // ------------------------
 127          fseek(fp,ln,SEEK_CUR); // skipping (not reading) fragment pixels
 128          // ------------------------
 129
 130          ftellRes=ftell(fp);
 131          fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 132          fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 133          if(GetSwapCode()) {
 134             ItemTagGr=SwapShort(ItemTagGr);
 135             ItemTagEl=SwapShort(ItemTagEl);
 136          }
 137          printf ("at %x : ItemTag (should be fffe,e000 or e0dd): %04x,%04x\n",
 138                ftellRes,ItemTagGr,ItemTagEl );
 139       }
 140
 141    } else {
 142
 143       // RLE Image
 144
 145       std::cout << "RLE image" << std::endl;
 146       long RleSegmentLength[15],fragmentLength;
 147       guint32 nbRleSegments;
 148       guint32 RleSegmentOffsetTable[15];
 149       ftellRes=ftell(fp);
 150       // Basic Offset Table with Item Value
 151          // Item Tag
 152       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  //Reading (fffe):Basic Offset Table Item Tag Gr
 153       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  //Reading (e000):Basic Offset Table Item Tag El
 154       if(GetSwapCode()) {
 155          ItemTagGr=SwapShort(ItemTagGr);
 156          ItemTagEl=SwapShort(ItemTagEl);
 157       }
 158       printf ("at %x : ItemTag (should be fffe,e000): %04x,%04x\n",
 159                 ftellRes,ItemTagGr,ItemTagEl );
 160          // Item Length
 161       ftellRes=ftell(fp);
 162       fread(&ln,4,1,fp);
 163       if(GetSwapCode())
 164          ln=SwapLong(ln);    // Basic Offset Table Item Lentgh
 165       printf("at %x : Basic Offset Table Item Lentgh (??) %d x(%08x)\n",
 166             ftellRes,ln,ln);
 167       if (ln != 0) {
 168          // What is it used for ??
 169          char * BasicOffsetTableItemValue= (char *)malloc(ln+1);
 170          fread(BasicOffsetTableItemValue,ln,1,fp);
 171          guint32 a;
 172          for (int i=0;i<ln;i+=4){
 173             a=str2num(&BasicOffsetTableItemValue[i],guint32);
 174             printf("      x(%08x)  %d\n",a,a);
 175          }
 176       }
 177
 178       ftellRes=ftell(fp);
 179       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 180       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 181       if(GetSwapCode()) {
 182          ItemTagGr=SwapShort(ItemTagGr);
 183          ItemTagEl=SwapShort(ItemTagEl);
 184       }
 185       printf ("at %x : ItemTag (should be fffe,e000 or e0dd): %04x,%04x\n",
 186             ftellRes,ItemTagGr,ItemTagEl );
 187
 188       // while 'Sequence Delimiter Item' (fffe,e0dd) not found
 189       while (  ( ItemTagGr == 0xfffe) && (ItemTagEl != 0xe0dd) ) {
 190       // Parse fragments of the current Fragment (Frame)
 191          ftellRes=ftell(fp);
 192          fread(&fragmentLength,4,1,fp);
 193          if(GetSwapCode())
 194             fragmentLength=SwapLong(fragmentLength);    // length
 195          printf("      at %x : 'fragment' length %d x(%08x)\n",
 196                 ftellRes, fragmentLength,fragmentLength);
 197
 198           //------------------ scanning (not reading) fragment pixels
 199
 200          fread(&nbRleSegments,4,1,fp);  // Reading : Number of RLE Segments
 201          if(GetSwapCode())
 202             nbRleSegments=SwapLong(nbRleSegments);
 203             printf("   Nb of RLE Segments : %d\n",nbRleSegments);
 204
 205          for(int k=1; k<=15; k++) { // Reading RLE Segments Offset Table
 206             ftellRes=ftell(fp);
 207             fread(&RleSegmentOffsetTable[k],4,1,fp);
 208             if(GetSwapCode())
 209                RleSegmentOffsetTable[k]=SwapLong(RleSegmentOffsetTable[k]);
 210             printf("        at : %x Offset Segment %d : %d (%x)\n",
 211                     ftellRes,k,RleSegmentOffsetTable[k],
 212                     RleSegmentOffsetTable[k]);
 213          }
 214
 215           if (nbRleSegments>1) { // skipping (not reading) RLE Segments
 216              for(int k=1; k<=nbRleSegments-1; k++) {
 217                 RleSegmentLength[k]=   RleSegmentOffsetTable[k+1]
 218                                      - RleSegmentOffsetTable[k];
 219                 ftellRes=ftell(fp);
 220                 printf ("  Segment %d : Length = %d x(%x) Start at %x\n",
 221                            k,RleSegmentLength[k],RleSegmentLength[k], ftellRes);
 222                 fseek(fp,RleSegmentLength[k],SEEK_CUR);
 223              }
 224           }
 225           RleSegmentLength[nbRleSegments]= fragmentLength
 226                                          - RleSegmentOffsetTable[nbRleSegments];
 227           ftellRes=ftell(fp);
 228           printf ("  Segment %d : Length = %d x(%x) Start at %x\n",
 229                            nbRleSegments,RleSegmentLength[nbRleSegments],
 230                            RleSegmentLength[nbRleSegments],ftellRes);
 231
 232           fseek(fp,RleSegmentLength[nbRleSegments],SEEK_CUR);
 233
 234          // ------------------ end of scanning fragment pixels
 235
 236          ftellRes=ftell(fp);
 237          fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 238          fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 239          if(GetSwapCode()) {
 240             ItemTagGr=SwapShort(ItemTagGr);
 241             ItemTagEl=SwapShort(ItemTagEl);
 242          }
 243          printf ("at %x : ItemTag (should be fffe,e000 or e0dd): %04x,%04x\n",
 244                ftellRes,ItemTagGr,ItemTagEl );
 245       }
 246    }
 247    return 1;
 248 }